3C95A

Exonuclease i (apo)
Total Genus 158
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
158
sequence length
470
structure length
446
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAESDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis of Escherichia coli single-stranded DNA-binding protein stimulation of exonuclease I.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
total genus 158
structure length 446
sequence length 470
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2008-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3c95A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3c95A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3c95A01
4RW9A 2W42A 4DMNA 1TL3A 4FXDA 3QEPA 2ZQBA 4FW1A 4LSNA 1TK8A 4IKFA 1SL0A 4FJMA 3ZSYA 2HNDA 2A1SA 3F73A 1FKPA 3IG1A 1QE1A 2WONA 1RILA 5SZTA 3K2PA 2X6SA 4DFKA 1A5VA 3HP9A 3QEWA 1NK5A 4CJVA 2HHTA 3PX4A 1Y97A 3HT3A 3PX0A 3C94A 1WLJA 2IS3A 4CJLA 1NJXA 1J53A 2Y1JA 4RW7A 1QSSA 2OPRA 4M41A 3ZSOA 3V4IA 3FFIA 3DI6A 3QNNA 3P5JA 1BIZA 1W0HA 1HNVA 1VSKA 1NK6A 1QSLA 3AVHA 2EHGA 2FBXA 2RPIA 1KVBA 1DTTA 1YTAA 3NGIA 1YTUA 3LP1A 3MEGA 4WE1A 3NGZA 3ZSXA 4O44A 4RG8A 1HRHA 1QQCA 3O3FA 4BDPA 5K14A 5T7BA 1EP4A 4CHNA 2P1JA 4FM1A 4KHQA 4N47A 1JL1A 2KFZA 1KVAA 4E7IA 1S9EA 3NF6A 3AVKA 4DU4A 4CJ3A 1NK7A 4FJJA 2E6MA 4FM2A 4FK2A 2JLEA 3RTVA 3CYMA 1YVUA 4OPKA 3I0SA 4NCAA 4CJEA 4OPJA 4LY7A 1IO2A 2Z1HA 3P83D 3QINA 1D9DA 3KD1E 4W5QA 3RRGA 3VQBA 2RF2A 3OYNA 3SUOA 4J2AA 3VQEA 3KK1A 1J9AA 4HTUA 4C8LA 2B4JA 5CYMA 3DOLA 2G8KA 4FJXA 4DLEA 1C1BA 4CHQA 3OYLA 4OJRA 1CXUA 2IC3A 1JKHA 3L2VA 1U04A 2HW3A 4F2RA 4ELVA 1RBRA 3MXMA 2VG5A 3LP3A 4CFAA 2G8WA 1A5WA 4OGCA 2HMIA 3MXJA 4BE1A 2XY7A 1GOAA 4HHTA 3PV8A 1BISA 4YFUA 4FJHA 4Z0UA 3OYFA 4CEAA 4KTQA 3OYDA 1CZ9A 3K5MA 3NH1A 3DLGA 4DSJA 1KCFA 3MECA 4GMJB 4KKOA 4DLGA 3ZCMA 4CHZA 4E89A 2VG7A 3TR8A 4FLWA 1ZBHA 3TAQA 4F8RA 1A5XA 1SKSA 2DY4A 4EP4A 4KRFA 4HCBA 4H4MA 4KI6A 1C1CA 3RMCA 4M42A 4CESA 3V1QA 5HLFA 3ASMA 3NGYA 1TKDA 3ZSWA 3EY1A 3AVNA 3NBPA 3TARA 3BGRA 2QXFA 1JLEA 1I39A 3LZJA 3VA0A 4FJLA 2XY8A 3VQ6A 4HUFA 5HROA 3QLHA 3I8DA 4J2EA 3AO3A 4N76A 3SQ1A 3SI6A 2HHQA 4PQUA 3TANA 4CIFA 3NAEA 2D0AA 3AVCA 3L3UA 4AHSA 1F21A 2DTUA 1RT6A 3LANA 1RT4A 2D0CA 4L8RB 3NF9A 2DFFA 3IS9A 4FCYA 1LWCA 4PA1A 4DTRA 1L5UA 2P5OA 3ALYA 4O5BA 3K5LA 3T19A 4FJ9A 3CM5A 1LWEA 2HB5A 1KVCA 3LDSA 4CEBA 4BE2A 1J5OA 3AVMA 1QS4A 1S9GA 4E3SA 2OPPA 3KK3A 4J2BA 3VQ5A 3RRHA 3BDPA 3AA5X 2A1RA 1IG9A 3VQ9A 3PUFA 3DYAA 1C0UA 4DG1A 5J1EA 4B08A 4CEDA 3KK2A 2B5JA 2DFEA 3TI0A 3RMBA 3OYHA 3VQAA 1IKXA 1UWBA 1GOCA 3AO1A 4M45A 3EYZA 5KTQA 2ITGA 2Z1IA 1VRUA 4GW6A 3O3GA 2FC0A 1KLMA 4DU3A 3CFRA 1T03A 1RT2A 4LD0A 4AHUA 3SQ0A 1NK4A 3QO9A 4DTXA 1U48A 1TKZA 2QK9A 1EKEA 3MAQA 4JLHA 1SV5A 4QAGA 1G15A 2P51A 4CF0A 3PX6A 1BCOA 3RMAA 4KI4A 3CFPA 5FRMA 1IKVA 1S1TA 4CIGA 4F3TA 2R7YA 3HM9A 4EZ6A 1JXEA 4KHWA 4DSKA 5JS2A 5FDLA 4DS5A 4B9TA 1DTQA 1NK9A 1RT7A 3NH2A 5KRTA 3RMDA 1HYZA 1TK0A 1C0MA 1S1WA 2KW4A 3MEDA 1RDCA 4AH9A 3T3FA 3QERA 3ISNC 4M3TA 4E1NA 2HNYA 3HVTA 3LAMA 3DLRA 4BDYA 4HVJA 1NOYA 4ZTJA 1ZBLA 4Z4GA 2O4GA 3KKSA 1BCMA 1HJRA 3HYFA 4DFJA 3V1RA 3M8PA 4B3OA 4ELTA 4DTPA 3B6OA 3V9XA 4PWDA 1B9DA 1X1PA 3G0ZA 4FJKA 3M8RA 2QKBA 4IG0A 1D9FA 3OYBA 3LZIA 3CM6A 3VA3A 4CJWA 1ASUA 4KAZA 2F8SA 5CZ2A 4B8CA 3KLGA 2VWJA 4CEQA 4CFDA 3L2RA 4M3ZA 3AO5A 3SJJA 2PY5A 4CF9A 4CEFA 5CY4A 4KPYA 3MXIA 4CK2A 4FLUA 2LSNA 3JYTA 2HHXA 5CZ1A 3K5OA 4CEOA 4HUEA 1VSHA 3HL8A 1FK9A 1BGXT 4FK4A 5KGXA 3LWLA 1XHZA 3JSMA 3D45A 2GBZA 4CCHA 2GV9A 4E7JA 4FJNA 5FROA 1N6QA 4CHOA 4Q5VA 1RBUA 1RTIA 4IBNA 1EETA 1TAQA 2KQ2A 4C8OA 4KREA 4B8AB 4Y1CA 1RBSA 5HBMA 4DQQA 4DTOA 3S3OA 1RDDA 3O4NA 1TAUA 3L3VA 3EZ5A 3F9KA 1DLOA 1KTQA 4B9NA 3QIOA 3NH0A 1CXQA 2RKIA 4OVLA 3V9SA 1X9MA 1VSEA 2OPQA 4IFVA 3AVFA 3AV9A 1RCHA 4N41A 1YT3A 4J2DA 3V81A 5HP1A 1N5YA 2XY5A 4FLTA 1W9HA 4JRQA 4I2PA 3TAFA 1I3AA 2BE2A 4Z4CA 5C25A 5HRSA 1J54A 3ZT1A 3OYCA 4NYNA 3NE6A 3K59A 1X9WA 4OLAA 4FYDA 4DTNA 3S9HA 1XC9A 2YNIA 3LALA 4ZTFA 3QETA 5I42A 1NK0A 3OYJA 1SKWA 3DLEA 5HRNA 3C95A 1LW0A 3OYAA 3E01A 2YHAA 4HUGA 3V9ZA 3OYMA 1O1WA 4CGJA 1T7PA 1IKWA 4CJFA 1L3TA 2FBYA 5C24A 4FJIA 3KLIA 4CGDA 4KHSA 3OS2A 2RN2A 1JLBA 1C0TA 1RDAA 4KTZA 3PY8A 4I9QA 1L3UA 2HVHA 2AJQA 1WSJA 3G10A 3DRRA 4QCLA 4GVMA 4W5OA 3VQ7A 1NOZA 1HQUA 1WSIA 4CF2A 4RW8A 1ASWA 2IGIA 3PO5A 3U3YA 4FJGA 3LP2A 3HPHA 4DQSA 3MEEA 3VQ8A 4PY5A 1JLGA 4LH4A 4EP5A 3KIOA 1VSDA 3C6TA 1VK0A 5KGWA 3VN5A 5I3UA 4ELUA 4FZYA 3LAKA 1L3SA 4E19A 1Q9XA 3HVRA 3ZT4A 1WAJA 3AVJA 3SZ2A 4Z4EA 4QOZB 1X9SA 4DSEA 1JL2A 3AVIA 2X74A 4CGGA 2OZMA 4IFYA 3QIPA 3PO4A 1BHLA 3AA4A 5HRPA 2P5GA 4FVMA 4LH5A 1HNIA 3OS1A 3DOKA 2ETJA 3DLKA 3AVLA 3NHGA 3AO2A 1S6QA 5E41A 4XIUA 4E7HA 3TABA 2O4IA 4HCCA 4NCBA 3B6PA 4OKEA 4AHVA 3VQDA 3K5NA 1L3VA 4OLBA 1SL1A 4CHPA 3P1GA 4DFMA 1HMVA 3QEIA 1RNHA 3HK2A 1RBVA 2HHVA 4W5RA 2PYLA 3KTQA 4K8XA 4MFBA 3NF8A 3THVA 4BE0A 3K57A 3I0RA 3O4QA 4UQGA 2YHBA 2F96A 4YNQA 1VSMA 3VQQA 2YV0X 4CJUA 3U3GA 1WSGA 4DSFA 1D8YA 1HYVA 3ZSQA 3ZSRA 3OJSA 3A2FA 3C6UA 4RW6A 1JLCA 4F3OA 4M3UA 2ZD1A 4DTMA 1NJWA 4M3XA 5FRNA 3L2WA 4KHUA 4FM0A 1TL1A 3QEVA 1S6PA 1RT5A 2B6AA 3S3NA 4KB0A 3TAGA 2IAJA 4KV8A 4DTUA 4CJ4A 2JGUA 5J2MA 4DSLA 1TKTA 5CYQA 3K58A 2BGGA 3H08A 1U4BA 3QEXA 1R0AA 1VSFA 4NYFA 3L8BA 3SPYA 2GUIA 3HSTB 3M8QA 1LW2A 3TAMA 3ULDA 3CFOA 2OA8A 4FLZA 1KFSA 2Q3SA 4ID1A 4FK0A 3DMJA 2KZZA 4CF1A 4M3RA 1JLFA 1EXQA 5C42A 1NKEA 3NCIA 3SUQA 1UAXA 2X78A 1BI4B 2FBVA 2KFNA 3KLEA 1Z26A 1T05A 1B9FA 3ZSZA 3V1OA 1S1UA 4DF4A 1WAFA 4CFBA 3IRXA 3SQ4A 3AA2A 4CK3A 2Y1IA 3SCXA 3WNGA 1NK8A 4CE9A 1UA1A 1XHXA 3ZT3A 4DFPA 2I5JA 3IAYA 3HO1A 2KTQA 2HHWA 2YKNA 1WN7A 2YNGA 1MU2A 2X6NA 4KTWA 1KFDA 4C8MA 3VQPA 3KLFA 3V6DA 1U45A 4O4GA 5JS1A 4H8KA 3SYZA 3OVNA 4FJ8A 2NUBA 1FKOA 1XI1A 3NF7A 1VSIA 1RBTA 4C8KA 4FZZA 4PUOA 3O3HA 2G8HA 2PYJA 4FLXA 1WSHA 3L2UA 1BQNA 5KI6A 4CJPA 1Z25A 4N5SA 1VSJA 2XO7A 4Q0BA 4NCGA 3SQ2A 2BANA 3DRSA 4I7FA 2YNHA 1RT1A 3SV4A 3DLHA 3T1AA 2QKKA 5D3GA 1S1XA 2E6LA 3OYKA 3M8SA 1ITGA 4B9UA 1RDBA 1EX4A 1C6VA 3DM2A 4BWMA 2IOCA 4Z4HA 2HHSA 1UA0A 4I9LA 1TGOA 3WNEA 4EZ9A 2YNFA 4KB1A 4IG3A 2FBTA 3DLBA 3OY9A 3OJUA 1Q8IA 1XWLA 1TK5A 3U6FA 4F2SA 4FZXC 1U47A 4CJKA 1ASVA 4B9VA 4Z4IA 2Z1GA 3TAPA 4KO0A 4DQPA 4MQ3A 3VQCA 2DFHA 3KD5E 3AVBA 1FXXA 1S5JA 3D0PA 3WNFA 1LAVA 3ZT0A 4KFBA 1HPZA 4O0JA 3L2QA 3RR7A 4B9LA 1REVA 4KHYA 1KSPA 4JS5A 2D5RA 4CEZA 3QESA 3HP6A 3RWUA 1D5AA 4IDKA 4OKKA 4CJQA 1TKXA 4DQIA 3ITHA 4B9SA 4E1MA 1IKYA 3CG7A 5DMRA 5J2NA 3SPZA 4AHTA 1CZBA 3TWHA 2ATQA 1B92A 1S1VA 2KZMA 5HRRA 4N56A 4CEEA 3RR8A 2HNZA 4CFCA 1NJZA 5KRSA 1NJYA 1RTJA 2VWKA 4C8NA 3WNHA 4LSLA 4DU1A 4DTSA 2WOMA 4Z4FA 2IDOA 1LWFA 2VG6A 4FW2A 1BL3A 1RTHA 1WSFA 2ZE2A 3LPTA 5EU7A 1JLQA 3OYGA 1NKCA 4E0DA 4W5NA 4CHYA 4ID5A 1K6YA 3V9UA 4DWIA 3HJFA 3SNNA 3KJVA 1T8EA 1VRTA 1TV6A 3AVAA 3AVGA 4O55A 2G8VA 1BIUA 1VSLA 3SV3A 4W5TA 1WSEA 4FLYA 5J2QA 4CECA 3SUNA 4E7KA 1HYSA 3ZT2A 3NFAA 4Y1DA 3DRPA 1IH7A 1U49A 1Q9YA 4CGFA 4ICLA 3SUPA 1BI4A 4CJ5A 1SUQA 1JLAA 4OGEA 1BQMA 4CJRA 4CF8A 3OYEA 2XHBA 3VQ4A 4DTJA 3CQ8A 3S3MA 2BDPA 4H4OA 4O0IA 4JS4A 4TSXA 1CLQA 3ZSVA 1KLNA 2E4LA 1TVRA 1QHTA 4CIEA 4AHRA 3HPOA 4RW4A 3KLHA 4CGHA 4FLVA 1QTMA 1UOCA 1ZBUA 4G1QA 5SWMA 4FJ5A 2OPSA 1HQEA 3V9WA 1NKBA 4FJ7A 2PZSA 3LWMA 1KRPA 3AA3A 1QSYA 4AHCA 3KKRA 3LPUA 2YKMA 2HVIA 4M3WA 1JXBA 5DK5A 3AO4A 3HPGA 4JRPA 2G8FA 4CK1A 5J2PA 2EX3A 2G8IA 1ZBFA 4BWJA 3NDKA 2G8UA 4M3YA 2F8TA 2XY6A 1LAWA 1RT3A 4DS4A 3OS0A 4DF8A 4CERA 3OYIA 2HHUA 4CJSA 4F4KA 4CGIA 3HXMA 4BDZA 1ZBIA 4BACA 4E7LA 4B9MA 3UIQA 4CJTA 4R5PA 1GOBA 4AILC 1LV5A 4KHNA 1RTDA 1C1AA 4I2QA 4DQRA 2OYQA 3LP0A 4OKJA 3QNOA 2Z1JA 4ZHRA 1ZYQA 1SKRA 4K8ZA 1SL2A 2D0BA 2XRIA 4DSIA 2OZSA 1WNSA 3TAEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VKIA 1GLCG 1RUWA 4ELZC 2OTJN 4LSNA 4FT4A 1K0XA 1UGSB 3ZSYA 1Q86O 2DL5A 2JMAA 2WONA 1RILA 5SZTA 3J7AP 4DR6K 2X6SA 3UATA 1A5VA 1NK5A 3I55Q 4O5VA 3GBTA 4AI6A 2DL8A 2P4RA 3PVLA 1Y97A 3PX0A 2QA4T 1WLJA 4CJLA 1UGPB 2YJEA 1J53A 3WSOA 1VQMT 4PL8A 4RW7A 3ZSOA 2HQEA 3V4IA 3FIFA 3OW2P 4CC4B 1MV3A 5LJ5j 2P84A 4RUGA 4U67L 2FPEA 4QAGA 2EKOA 2GQVA 4RTVA 2F2WA 1DTTA 2EKHA 2CREA 2P0PA 2LCSA 4LF5K 1T3SA 2LQKA 3QBXA 2FEIA 1LOTB 3MEGA 2PBDA 3QWYA 4BI8B 1BYMA 1SEMA 2B1EA 1OULA 1HRHA 4J8OA 4NOYA 1N9RA 3MX5A 2V8IA 4PJMA 2B86A 4N47A 1RAHB 4Z8AA 3E9GA 3AVKA 4M7AB 3O1BA 3O9SA 3K2OA 3I0SA 4NL3A 4GLMA 2L3PA 4XTXA 2Z1HA 3QINA 3OSVA 1SHFA 3CCSQ 4J2AA 3RKXA 2RPNA 3R9PA 3KK1A 2UXCK 1J9AA 4PLIA 1OPKA 3E4YA 1M3AA 1YWPA 2Q1NA 4DLEA 5GAOl 2UUBK 4M78A 2KQWA 2X4YA 2DM1A 1CXUA 4OB0B 4F2RA 1NG9A 2PNIA 2VG5A 3LP3A 4L5GA 1VQ4T 1A5WA 5AQUA 4Y28E 2I0NA 3CCQN 2G8WA 2BKDN 1GOAA 1BISA 1VQ8A 4Z0UA 2CP6A 4KTQA 1W70A 4F16A 3M4GA 3QWXX 1VQ6T 4JI1K 1QMCA 1QVFA 3J80E 4DSJA 1KCFA 4A2AA 1BI3A 5LY3A 3H6ZA 3VS1A 3UDCA 2VG7A 2ZPGB 3TAQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4BRN A;  4ZGE B;  1VQ5 N;  4A4H A;  4CJQ A;  1XNR K;  4FWN A;  4DR5 K;  4DQI A;  4B9S A;  3VJP A;  2CT3 A;  3SPZ A;  1QWF A;  1XL3 C;  2ATQ A;  1BIB A;  1GLB G;  1U8R A;  4BB7 A;  4GKK K;  1A0N B;  2KRO A;  3TTC A;  3WQU A;  1XVC E;  4QVD A;  3OHR A;  3PMI A;  4JRI A;  1TOV A;  1RTJ A;  4M77 A;  1VQL Q;  4JKA A;  3IDH A;  5KQ8 A;  1BBZ A;  4DV6 K;  1KSW A;  1RI0 A;  2XHC A;  2NRW A;  4CI6 A;  4DR1 K;  1EWQ A;  3WNH A;  3EGX A;  1VQO T;  4MO4 A;  1S72 N;  4DB3 A;  4DTS A;  4Z4F A;  1GLD G;  3THY B;  1BL3 A;  4U7B A;  4FWP A;  1HNZ K;  2EIF A;  1JLQ A;  1N1C A;  3RSE A;  4CHY A;  1UHC A;  3GBQ A;  1K6Y A;  4DWI A;  3G4S N;  1VRT A;  5BPM A;  4C8Q G;  1NEX B;  2DRM A;  4JD2 A;  3AVG A;  5CKE A;  1PRM C;  2AIR B;  1BIU A;  2QWR A;  1XMH E;  1O13 A;  4CEC A;  2J06 A;  1HYS A;  1Q82 R;  2A40 A;  1U49 A;  3DRP A;  1IH7 A;  3M57 A;  4JDS A;  4ICL A;  2KRS A;  1HJD A;  1Y0M A;  1SUQ A;  4CJR A;  3MMV A;  4KHP K;  2OTL N;  3LM9 A;  3S3M A;  1AEY A;  4RNG A;  1KLN A;  4JYA K;  1GLJ O;  1YJW T;  3DLL L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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