3HL8A

Crystal structure of exonuclease i in complex with inhibitor bcbp
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
470
structure length
456
Chain Sequence
KQQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTANAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small-molecule tools for dissecting the roles of SSB/protein interactions in genome maintenance
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
total genus 157
structure length 456
sequence length 470
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2009-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3hl8A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3hl8A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hl8A01
4CEEA 4K8ZA 4CJQA 1VSKA 3L2QA 4FLTA 1NJWA 4Y1CA 1HJRA 3DRSA 4CEZA 4FJGA 3VQ6A 4AHVA 3OYMA 3V81A 3IAYA 2OZSA 2FBTA 2QKKA 4B08A 2QXFA 1QSSA 3QIPA 4CE9A 4DTJA 4FJKA 3SCXA 4FW2A 1D8YA 4FJ5A 1JL2A 4CF0A 3KLFA 1RTJA 1JLFA 2HHQA 3DYAA 3SQ4A 1KFSA 5KGWA 3IG1A 2GBZA 3AVGA 3K58A 4FJJA 4GW6A 3QESA 4OKEA 1D9DA 3VQ7A 1S1VA 3AVJA 2B6AA 1RT3A 2E4LA 4ICLA 4Y1DA 3F73A 4AHSA 1EETA 3V9WA 2XY5A 1NJXA 4NYNA 4OPKA 3RR7A 1KLMA 1VSJA 1YTAA 4CK1A 3PX0A 4RW6A 4IG0A 1EP4A 1WSGA 2BANA 4ZHRA 3KLIA 1IG9A 4FJHA 1RBSA 3K59A 4CHPA 1IKYA 3C6TA 4CGHA 4F2RA 2Z1JA 4E3SA 5HRRA 4M3RA 1X1PA 5CYQA 3HSTB 4F3TA 1RT7A 1VRUA 3TI0A 1RDCA 2VG6A 3SQ1A 4B9NA 1WAJA 2QK9A 1L3UA 4RW7A 4B9UA 4CFAA 5C42A 2I5JA 3VQEA 4ID1A 1S1TA 2Z1GA 1IH7A 4CGFA 4KPYA 1U48A 3AVKA 4CIEA 2ETJA 1UA1A 4FM2A 2NUBA 1WSFA 4UQGA 4W5RA 3HPOA 1LV5A 1REVA 4DTPA 4KAZA 2FC0A 1C0MA 2OZMA 1JXEA 1RDBA 2YHAA 3DI6A 3DOLA 1HYSA 3LALA 4B9SA 3HXMA 1ZYQA 1QSYA 4ID5A 3JSMA 4FJNA 2HVIA 3O3HA 4BE0A 1BISA 1BGXT 3AVBA 4CF1A 1U4BA 4RW9A 1C1BA 3C95A 4L8RB 4RW8A 4NCBA 1JLGA 2JLEA 3K5OA 3LAMA 2HB5A 2HNYA 3PUFA 3O3GA 3QETA 2YNGA 3AA2A 4C8NA 1BQMA 3O3FA 1JL1A 3ZSRA 3ZSXA 1IKXA 1CXUA 3TR8A 3OYKA 3LZJA 3VQ4A 4E89A 3S3MA 4DQSA 3A2FA 4OGCA 4B9MA 3MXMA 3KLEA 4DS5A 3K5NA 1FXXA 3KIOA 1FKPA 3THVA 1RDDA 1X9MA 3M8SA 4EZ9A 5J2PA 1SKWA 3KD1E 4NYFA 5CYMA 1S6PA 3NF8A 4JRQA 2IGIA 3C94A 1B9FA 3DLKA 1NK8A 1TV6A 4K8XA 5K14A 3HYFA 4CJ3A 2G8FA 1TVRA 1KLNA 2X74A 3H08A 1BL3A 4O55A 1RBRA 3QNNA 2B5JA 3AVAA 1L3VA 3VA3A 3UIQA 3OYBA 1JLAA 3KTQA 4DTNA 3HPHA 1JLEA 3CFPA 3S3OA 1ASVA 1C0TA 5DMRA 3VQPA 5J2NA 3FFIA 5J2MA 1DLOA 4WE1A 1U47A 3AVFA 3NDKA 2BGGA 3ULDA 2BDPA 2HHXA 1VRTA 4BE1A 3K2PA 4DFJA 1U45A 4KREA 4B9TA 1GOBA 4I2QA 2W42A 3RMCA 1TL3A 1HYVA 3KLHA 3DRRA 3OYDA 3VQ8A 4FJ8A 3MAQA 4CIGA 4I2PA 3OYHA 1TK5A 2KZMA 4E7KA 1Y97A 3DMJA 2DFEA 2X78A 4PY5A 4N5SA 3T19A 4B9VA 2YNHA 5CZ1A 4FYDA 3ZSQA 4KI6A 1SL2A 1UA0A 1KVCA 1XHZA 1X9SA 3KJVA 2DY4A 4HCBA 2OPRA 1FKOA 4QAGA 4CEQA 3NH1A 4CIFA 3OYNA 4MFBA 4LH5A 3OYAA 3KK2A 4ZTFA 1JXBA 3BDPA 3LWMA 2HW3A 4FJIA 1TAUA 3VQDA 1HNVA 3SZ2A 2G8HA 3AVIA 3CFOA 3V1QA 3NH2A 1NK6A 5FRMA 2KFZA 4M3ZA 4OLBA 3OVNA 3QIOA 2IOCA 4R5PA 3RTVA 4Z0UA 4FLUA 3V1OA 3HM9A 2LSNA 4DSEA 4AHCA 4E7HA 3QEXA 4I7FA 3P1GA 3OYCA 4KB0A 3U6FA 4YFUA 1I3AA 4O0JA 4DTSA 3TAFA 4O5BA 4Q5VA 4EP4A 3SV3A 4DQIA 5SZTA 1TAQA 3VA0A 3QEWA 5HLFA 2RN2A 1VSDA 3TARA 3TAQA 5JS2A 5EU7A 3S9HA 4DSIA 1MU2A 3LPUA 3AVLA 4XIUA 2ATQA 1TL1A 4DU3A 1UAXA 1KSPA 4M3WA 4DSJA 4FLYA 3AO1A 3HJFA 1LW2A 3ZSZA 1IKVA 3SNNA 1JLQA 1QS4A 4IBNA 3EY1A 3VQ5A 4JLHA 3VQBA 1TK8A 2F8TA 3WNGA 1BHLA 1KVBA 1JLCA 3TWHA 4Z4FA 1A5WA 1LWEA 4W5QA 4IFYA 4CJEA 3E01A 3EZ5A 3TAPA 5FRNA 4C8MA 4CGJA 1RBVA 1BI4B 3OYFA 3B6PA 1HMVA 3DLEA 5D3GA 4QOZB 5E41A 3CM5A 3LP1A 3NGIA 3OS0A 4NCGA 3TAEA 4CJ4A 1D5AA 3RMAA 2F96A 5HP1A 4O4GA 1NK0A 2HMIA 1T7PA 1TKXA 2X6SA 2YHBA 3SI6A 1HQUA 3LZIA 5HRNA 3AVNA 3ZT0A 1SKRA 1NOYA 3CM6A 2PZSA 4RG8A 1BIZA 5FDLA 2D5RA 1YTUA 2YNFA 4BACA 4DTXA 3HPGA 4FJLA 5DK5A 3ZCMA 2YKMA 1VSLA 3M8PA 4N76A 1KVAA 2HNZA 2ZQBA 1LWCA 3AVHA 1VSIA 4CJRA 2HVHA 4FK2A 3PO5A 3NGYA 3RR8A 4N41A 3MECA 1O1WA 3SUOA 1ZBFA 2D0CA 3CG7A 3NE6A 1S1WA 2P51A 1FK9A 4B8AB 3HP9A 1RT5A 2OYQA 5KRTA 1XI1A 4N56A 2VG5A 3DLRA 4PWDA 4OGEA 4FJMA 3TAMA 2EX3A 1VSEA 1NK4A 2Z1IA 4AH9A 3HK2A 1A5XA 1DTTA 3QEPA 1BCMA 3LPTA 3QO9A 4CJVA 2E6LA 3HVRA 4DTUA 2YNIA 3VQAA 1UOCA 3MXIA 2O4IA 3NCIA 2XY6A 3MEGA 4CJKA 1ASUA 1NKBA 2XY7A 4EZ6A 4CJUA 1ASWA 4AILC 3TAGA 3SPYA 1RT6A 3HL8A 2HHTA 3LP3A 2HNDA 3VN5A 4CEFA 4CJPA 2WONA 1EKEA 4O0IA 4BWMA 3OS2A 3NF7A 1KRPA 4FK0A 1BCOA 1C1CA 2A1SA 2O4GA 4DFMA 3AO2A 4BDZA 2HHUA 3QNOA 4DSKA 3OYEA 3PO4A 4DQPA 4J2AA 4DSLA 1J9AA 1QE1A 4PUOA 5JS1A 2FBXA 1NJYA 2VWJA 1NKCA 5T7BA 1C6VA 4B3OA 2DFHA 1J5OA 4FZZA 3V9SA 4CJ5A 1QHTA 2VG7A 2WOMA 4IG3A 1L5UA 2XHBA 3CQ8A 1WN7A 4CK3A 1Q8IA 3DLGA 1Q9XA 4C8KA 4CF8A 4DG1A 3IS9A 1EXQA 3ZSYA 4DTRA 3RMBA 4ELUA 4E7JA 4KHNA 3PY8A 4CF9A 3NAEA 3NF6A 4KV8A 4BWJA 3DOKA 5KGXA 4M45A 4CECA 4J2DA 4DQRA 1BIUA 4M41A 4CEOA 3OJUA 1S5JA 4CEAA 4HHTA 1KFDA 3V9ZA 4J2EA 3RWUA 3I0RA 4B9LA 2GUIA 2HHVA 3DM2A 4NCAA 4CJSA 3KKSA 4ELVA 4CF2A 3V9XA 1WSJA 4DF8A 4AHRA 4CHNA 4AHTA 3SQ2A 3AV9A 1RTIA 4O44A 1SKSA 4I9QA 1IKWA 4CGDA 2ZD1A 3L2RA 3OYGA 1U04A 1S9GA 1NK9A 3VQQA 4ZTJA 2PY5A 2B4JA 3D0PA 3ITHA 4CJTA 4KI4A 3M8QA 1I39A 1N6QA 4CFBA 3O4QA 2P1JA 1X9WA 1B92A 4W5TA 4G1QA 1T03A 4ELTA 4LD0A 4FJ9A 2Y1JA 2Y1IA 1WAFA 5I3UA 4BDPA 4Z4GA 1LAWA 3NFAA 4TSXA 3L2VA 3AVCA 4DQQA 3QLHA 3HP6A 2XRIA 1SL0A 3SUPA 2AJQA 3G10A 2KFNA 2Z1HA 4KHYA 4HUGA 4KHWA 4EP5A 1SV5A 4GVMA 1XWLA 4DS4A 4CHQA 4LSNA 3TABA 2KTQA 4KTQA 2D0AA 4JS4A 3V1RA 4E1NA 4FJ7A 4KRFA 3KK3A 1RT1A 4CCHA 1XC9A 1G15A 1SUQA 2DFFA 3O4NA 4E7IA 3V4IA 1HRHA 2OPPA 2G8VA 4M3TA 4DFKA 2F8SA 1DTQA 4Z4EA 3AVMA 1RTDA 1YVUA 5I42A 4DU4A 2QKBA 1YT3A 4DMNA 3S3NA 4Z4IA 1HQEA 1HPZA 3I0SA 3ISNC 2PYLA 1J53A 1ZBLA 1TKDA 3P5JA 2G8UA 1NJZA 4KB1A 2G8WA 4PA1A 3SQ0A 4C8OA 4FCYA 3V6DA 3SPZA 1XHXA 3LP2A 1NKEA 3F9KA 1W9HA 4JRPA 3K5MA 4OKKA 4M3UA 1S9EA 1JKHA 2ITGA 3D45A 2X6NA 4KTZA 3NHGA 4CESA 2IS3A 3SYZA 1N5YA 3PV8A 3M8RA 1VK0A 2VWKA 1TKTA 3LANA 4FM0A 1NOZA 3SV4A 3RMDA 1LAVA 5CZ2A 4CEBA 3RRGA 4LH4A 4HUEA 3I8DA 1TGOA 3NH0A 2JGUA 2EHGA 1RT4A 4CGIA 4BE2A 3RRHA 1F21A 1ITGA 4CHYA 3QERA 1Q9YA 2OPSA 3LP0A 4JS5A 1CZ9A 1WSHA 1RBUA 3DRPA 4CHOA 3ZT1A 4DLGA 5HROA 2OA8A 3ZT3A 3DLHA 3QEVA 4I9LA 4YNQA 1KTQA 1QQCA 5J1EA 1CZBA 1J54A 1RTHA 1C1AA 4CJLA 2E6MA 4F8RA 1BI4A 4M3YA 3IRXA 4CEDA 4FLWA 4IDKA 3PX4A 4DWIA 3OJSA 2FBYA 3HVTA 1CXQA 1W0HA 3NBPA 5J2QA 4DLEA 3WNEA 4CGGA 1L3SA 2YV0X 1T8EA 4BDYA 1T05A 3DLBA 4HCCA 1RBTA 3LWLA 2P5OA 3C6UA 1TKZA 4KTWA 4C8LA 2IDOA 4HVJA 4AHUA 2A1RA 2RKIA 2BE2A 3AA4A 1LW0A 3U3YA 1NK5A 3KD5E 3V9UA 4PQUA 4M42A 4Z4HA 5KI6A 1NK7A 3L3VA 3KKRA 1Z26A 4FLZA 4Q0BA 3ZSOA 4KHQA 4H4OA 3ASMA 4FJXA 4CJFA 1ZBIA 4LY7A 5HRSA 3P83D 3OS1A 3OYIA 4E7LA 2ZE2A 4DF4A 1S6QA 1A5VA 3MEDA 4OJRA 3B6OA 1GOCA 1RNHA 4FZYA 1VSMA 3NGZA 3OY9A 1S1UA 2IC3A 2RF2A 3TANA 4IFVA 1QSLA 2R7YA 5HRPA 3ALYA 3MEEA 3WNFA 4M3XA 1C0UA 4MQ3A 1UWBA 2RPIA 1WLJA 4CFDA 4J2BA 4OKJA 3KLGA 2PYJA 5C25A 4KHUA 1K6YA 4DSFA 4IKFA 1VSFA 1WSEA 3LAKA 3ZT4A 3BGRA 4FM1A 1GOAA 1WSIA 3EYZA 3AO3A 1U49A 4E19A 1TK0A 1Z25A 2G8IA 2IAJA 3LDSA 3ZSVA 4FLXA 1IO2A 4F2SA 4OLAA 5HBMA 3NF9A 1BQNA 2Q3SA 4KO0A 4CJWA 1VSHA 3T1AA 3VQ9A 4B8CA 2OPQA 3MXJA 4DTOA 1JLBA 3U3GA 4W5NA 3AA5X 3OYLA 4FW1A 1LWFA 4FK4A 3WNHA 2P5GA 4F3OA 4DTMA 3L3UA 1EX4A 3CYMA 1L3TA 3AO5A 4N47A 2KQ2A 3K5LA 3CFRA 3SUNA 4FZXC 4CERA 4F4KA 4E0DA 1RT2A 5KTQA 4Z4CA 1QTMA 4FXDA 4QCLA 2XY8A 3AO4A 2KW4A 4OPJA 4HUFA 4FLVA 3L8BA 1SL1A 3OYJA 3T3FA 3L2UA 2XO7A 2DTUA 1ZBHA 3HO1A 1ZBUA 5CY4A 5SWMA 3HT3A 1HYZA 1B9DA 1R0AA 4GMJB 4KKOA 4W5OA 5C24A 3K57A 2GV9A 3QEIA 2G8KA 1D9FA 3AA3A 2HHWA 2KZZA 2YKNA 3KK1A 4CHZA 4CK2A 4E1MA 1WNSA 2HHSA 5KRSA 4OVLA 3SJJA 1HNIA 3QINA 3PX6A 4RW4A 4H8KA 5FROA 4LSLA 3VQCA 3G0ZA 3L2WA 1KCFA 4DU1A 1RDAA 3ZT2A 4CFCA 4FVMA 4KHSA 4KFBA 1S1XA 3JYTA 3ZSWA 3SUQA 1RCHA 4HTUA 2FBVA 4DFPA 1CLQA 2D0BA 4H4MA 1RILA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4K8ZA 2HCKA 4JRKA 4FWRA 3DRSA 4CEZA 4FJGA 1MHZG 3NVKA 1QP3A 5M9OA 4LF8K 2LVMA 2F69A 2I7PA 2K3XA 1RUWA 2FBTA 2IVPA 3D2EA 3H0IA 2F2VA 3C6PB 2NUTA 3QIPA 3R6OA 4DTJA 2O8BA 3SCXA 1X69A 1D8YA 2ZF5O 2RN8A 3EKUA 5FPDA 1VQ4T 4PNOA 3LDBA 3J81E 3EGXA 4BR0A 5JLFA 4WFNL 5KGWA 3MN5A 1B07A 4RCHA 2GBZA 3K58A 1R0BG 2EPDA 4M75G 4CBWA 1ZSZC 2ITMA 2JW4A 2B6AA 2E4LA 4Y1DA 4AHSA 2M02A 2QQAA 1ZUYA 1D1AA 2LZ6B 4OMMA 1YJNQ 1VQ9N 4IUVA 4OPKA 1U2VB 3QKJA 1KLMA 2MYSA 4NL3A 3JCMf 3RERA 4PJOA 1YIJQ 2RK1A 4Y28E 3EGUA 4OB3B 1VSJA 1YTAA 4C0GA 1SKUB 2FF3B 3C7NA 1C0FA 3KLIA 4ZHRA 1GCQA 4FJHA 4JNEA 4K0KK 3K59A 4CHPA 1IKYA 2QA4N 3C0CA 2Z1JA 4JI0K 4C92C 3QJYA 5L23A 1X1PA 1G3TA 1IG8A 1MDUB 3VF4A 4N0AC 4F3TA 1VQPT 2QK9A 2VG6A 1P92A 4IOXA 1WAJA 3VF2A 2MMBA 4DR5K 3PX0A 4IOAL 2Z1GA 3L1NA 1HNZK 2LF3A 4LD6A 1RAAB 1PM3A 2RB6A 4CIEA 3DB3A 2YX6A 2VWFA 4IT5A 5GAEP 3HPOA 1E3MA 5HY6A 2QDYB 1BI3A 2PU9B 4DEXA 1C0MA 2QWPA 4B1UB 3LALA 2RNAA 1ZYQA 1NGJA 1PWTA 1PNJA 3HSBA 1IV0A 3JV3A 2P9SB 3GP8A 2VWBA 4BE0A 4JKBA 3AVBA 5M1PA 4CF1A 1U4BA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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