3HP9A

Crystal structure of ssb/exonuclease i in complex with inhibitor cfam
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
469
structure length
452
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAESDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Small-molecule tools for dissecting the roles of SSB/protein interactions in genome maintenance
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
total genus 165
structure length 452
sequence length 469
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2009-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3hp9A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3hp9A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3hp9A01
4FZZA 3KTQA 1HNIA 1DTTA 3QINA 4K8ZA 2IC3A 1VSKA 3AVNA 2ETJA 3OYAA 4FLXA 3V9UA 3QETA 4PQUA 1RDAA 1RBRA 4F2SA 4FK2A 3PY8A 3T1AA 4I2PA 3IRXA 4B8CA 3OYBA 2HHWA 2HHSA 3NAEA 4CERA 3KLIA 3KLEA 4KI6A 3OYHA 4CF9A 3VQ4A 4B8AB 2Y1JA 4N76A 3DM2A 5J2MA 2P5GA 4DG1A 4DQRA 2Z1IA 3RWUA 2DFEA 1JL1A 4CGIA 3L2VA 3SQ2A 5CZ2A 2HVHA 3LWLA 4FZXC 4IBNA 4CJWA 4DTJA 1RCHA 3AO5A 1NOYA 1QS4A 4OGEA 1U49A 3HO1A 1RTHA 2Z1GA 2E6MA 1Q8IA 5FDLA 2Y1IA 3O3FA 3O3GA 3TI0A 1WSHA 1SKSA 4DQQA 3OY9A 1Z25A 4O0IA 3NF8A 4AH9A 1I3AA 4J2DA 3KD5E 1S1TA 2X74A 4BDYA 1D9DA 4FXDA 2AJQA 3KK2A 4F8RA 1TAUA 2LSNA 1XI1A 1KVCA 2G8KA 3SQ0A 3V9ZA 3OYCA 4E0DA 5C24A 4MFBA 3TWHA 1J53A 4CF1A 3CYMA 1WNSA 4CK2A 1UAXA 1BIZA 3EY1A 1SUQA 5SWMA 4FJXA 4CJSA 3WNHA 3MXMA 1T03A 4DF8A 1VSHA 4FJIA 1TK8A 4M3UA 3VQ8A 4DTSA 3D0PA 2D0CA 4CHYA 2IS3A 4FJ9A 1CXQA 1BI4B 4KHSA 3VQ7A 1X9SA 4DFJA 4FJ7A 3G10A 4C8MA 1B92A 1TL3A 3SPZA 3K5LA 3A2FA 3ZCMA 3VQQA 3ZSVA 1S6QA 4I9LA 4HVJA 4DLGA 3TAMA 3V9XA 4E1NA 4DTOA 1IG9A 3ZT3A 2QKBA 3V9WA 2G8IA 4AHUA 2XY6A 4E7IA 1U47A 1DLOA 2P1JA 4N47A 5KRSA 1NK4A 1TV6A 2X6NA 1JXBA 1LAWA 3M8SA 3HXMA 3IS9A 4IG3A 4RW8A 4E7LA 1A5WA 3VQAA 4O4GA 2FC0A 4CF0A 4FJ5A 2O4IA 1Q9YA 4EP4A 2BANA 2OPQA 3TANA 1RT7A 4CFBA 1RDCA 3SUOA 1BL3A 1BIUA 4M3WA 3LALA 5I42A 2DFHA 3LAMA 4BE1A 4E3SA 4FYDA 2FBTA 1XHXA 1KTQA 4Q5VA 4QAGA 4ICLA 1QQCA 4E89A 3C6UA 2XY5A 3JSMA 1RTDA 1F21A 5KRTA 3IAYA 4DQSA 1G15A 5J2PA 2OYQA 4XIUA 1ASWA 1X1PA 3OYNA 3BDPA 3ISNC 4B9TA 4C8OA 2PY5A 1B9FA 1LAVA 2RN2A 3OYMA 4BE0A 3QEWA 3OYEA 4B3OA 2B5JA 2JLEA 4Z4FA 3AA4A 3VQ5A 2PZSA 3KLGA 4FLTA 2O4GA 1ZYQA 3DRRA 4OGCA 4WE1A 3QO9A 1J54A 3DYAA 3QERA 4PA1A 3OYGA 4E7KA 3PX0A 4FZYA 4CHNA 4Y1DA 3OYFA 3V6DA 3PV8A 3K5MA 3TABA 2Q3SA 4FLWA 3T3FA 1R0AA 1HNVA 4CEOA 3QEXA 1X9WA 3AVKA 1HQUA 4CIFA 5HRRA 4JS4A 4E7JA 4DWIA 3OYKA 3DLBA 4PY5A 3OS2A 3DOLA 4BDPA 1A5VA 5JS1A 5HBMA 4CJTA 3HP9A 3HSTB 4IFYA 1LV5A 3AVCA 1SL2A 3LP3A 1NK9A 3LAKA 4DU1A 1U4BA 2PYJA 4RW6A 2XRIA 4Z4IA 3AVHA 2NUBA 1TK5A 5HRSA 1WAJA 1HYSA 3ZT4A 4O5BA 3TR8A 4LSLA 4QOZB 4LSNA 3VQBA 3P83D 4BACA 1LW2A 5DK5A 2FBVA 2KZMA 3LPTA 4M3YA 4E19A 4CEBA 3SYZA 3ZSZA 3SI6A 2D5RA 2DY4A 3VA0A 4DSJA 3HPHA 2P51A 1C0UA 4OPJA 2G8HA 4W5NA 4N5SA 5HROA 2JGUA 2OZMA 4BE2A 4CJ4A 3AO1A 2IOCA 2QXFA 4KHUA 4AHRA 1GOBA 1SKWA 4DSLA 1IKVA 3B6OA 1VSLA 3BGRA 3P1GA 2Z1HA 4KTWA 4KV8A 4N56A 2VG7A 1UA1A 1SL1A 1J5OA 4ZTJA 2BDPA 4GW6A 4B08A 4Z4GA 4KREA 1RDBA 3M8RA 1RBTA 3G0ZA 3B6PA 3V81A 3MEDA 5J2QA 4KFBA 3RMDA 1BQNA 4KHNA 3QLHA 4FM0A 2IDOA 1U48A 4CFDA 3KLFA 1CLQA 4DQPA 1N6QA 1WSGA 3C6TA 1VSDA 1RILA 1XHZA 3LP1A 4DSIA 3CFRA 3ZSWA 1I39A 2XHBA 4DSKA 5FRMA 4JRPA 1JL2A 3HVRA 4DS4A 3VQ6A 4OLAA 1QSLA 1FXXA 3SUNA 1NKCA 4DFKA 3NHGA 3LANA 3QEIA 3D45A 3WNGA 3KLHA 4RW9A 4DU3A 4DTPA 4DQIA 4M3TA 1T05A 4O55A 1NKEA 1RT3A 2ATQA 4DSFA 4C8LA 1XWLA 2KW4A 1S1XA 2E6LA 2OPPA 3KK1A 3RTVA 5KI6A 3HVTA 1YTUA 3THVA 1CZ9A 3VQDA 3KD1E 2YNHA 3AA5X 4CHZA 2HNDA 4CJEA 4DTRA 3DLKA 1O1WA 4ELVA 1IH7A 1BGXT 3NDKA 3RMAA 2KFZA 4HCCA 4KKOA 4O44A 2WOMA 3VQPA 4CFCA 4EP5A 4FJLA 4J2EA 4N41A 4F3TA 2A1RA 3QESA 1WSFA 3MXIA 1QTMA 4FK4A 1IKXA 1HYVA 3OYIA 4CK3A 3U3GA 4BWMA 4HUGA 1Q9XA 2HHVA 3LP2A 5JS2A 2KZZA 3RRGA 5J2NA 4GVMA 2KQ2A 1HPZA 3TAFA 3PX6A 3H08A 1NJXA 1LWEA 1W0HA 3EYZA 4CIGA 4CGJA 4FVMA 3LWMA 1LW0A 1Y97A 3V1OA 1UWBA 1GOAA 3MEEA 3I8DA 4HUEA 3C94A 3SV4A 4LD0A 4EZ6A 3I0SA 4DFPA 1BCMA 4PUOA 4DTNA 5CYMA 4DSEA 1HMVA 2F8SA 3OVNA 4E7HA 3HYFA 4OKJA 3K5NA 1RT2A 3KKRA 3ULDA 3L3VA 1NK8A 2XY8A 2I5JA 4Q0BA 4M3XA 4FJHA 4NCAA 4KI4A 4Z4EA 5K14A 3UIQA 1ZBHA 1U45A 1C0MA 2B4JA 3TAGA 2A1SA 2YNFA 3MEGA 2YKMA 1D9FA 4FJKA 1YTAA 4BDZA 2GBZA 3SUPA 4CFAA 1VSIA 3RMBA 3OYDA 2HNZA 4I7FA 3TAPA 1L3SA 4FLUA 4AHCA 1NK7A 4I9QA 1VSFA 2D0BA 3SUQA 1TKZA 2HNYA 1HQEA 2HHXA 4AHVA 3AV9A 4FW2A 3S9HA 4JS5A 3AVGA 1KVBA 1TGOA 1J9AA 1VSMA 1EETA 2YHAA 3ZT2A 1FKPA 3VQ9A 2IAJA 4CECA 4CGDA 4CJUA 4W5QA 3JYTA 3HL8A 1YVUA 4LY7A 2G8WA 1KSPA 1T7PA 1ZBUA 3DLHA 1REVA 1X9MA 3AVMA 1LWFA 3C95A 1IKWA 4ZTFA 1TK0A 2XO7A 4AHSA 3KJVA 1YT3A 3K2PA 4W5OA 4UQGA 2Z1JA 2RF2A 4DS5A 4F2RA 3HP6A 2EHGA 1JLAA 5HRPA 3ZT0A 4QCLA 1IO2A 3NCIA 1NK6A 4RW7A 4CEZA 1JLQA 4PWDA 3RMCA 3WNFA 1JLGA 4HUFA 3SV3A 3TARA 4NCBA 4CHPA 1NJZA 2ZD1A 1DTQA 1VSJA 1RDDA 3U3YA 1JLEA 4CEAA 1QE1A 4DMNA 3QIOA 3NGIA 5KGWA 4FCYA 3TAEA 4B9UA 2KFNA 3LZIA 3AA2A 3VQCA 4KAZA 1C0TA 5C25A 1S1VA 1RT4A 3EZ5A 4NCGA 3AVJA 3VQEA 3K58A 4CJ5A 3AVBA 3OS1A 1SV5A 3SZ2A 1EP4A 2WONA 1WSIA 1KVAA 2ITGA 4Z4CA 4DLEA 4FK0A 2ZE2A 3V1QA 1EX4A 4CJFA 1S9EA 1TVRA 5SZTA 3QNOA 3L8BA 1D8YA 3AVAA 3S3NA 3SCXA 3DLEA 1BISA 3L2UA 4CHQA 1N5YA 2OA8A 4B9SA 2P5OA 4KO0A 1VSEA 4M3RA 3OS0A 1C1CA 2F8TA 1KFDA 3K57A 4IDKA 1CZBA 4FM1A 4NYNA 4Y1CA 1NKBA 4NYFA 1BHLA 1L3TA 3DRSA 4LH4A 4YNQA 1ZBFA 1VRTA 3QNNA 4I2QA 1QSYA 3LDSA 1L5UA 3L2QA 4IG0A 1RTIA 3MECA 4ZHRA 3RRHA 4H8KA 2QK9A 5CY4A 5FROA 1JXEA 3AA3A 4M41A 3NH0A 1ASVA 2YKNA 3OYJA 2OPSA 4BWJA 3ZSOA 5FRNA 4H4MA 3KK3A 4ID5A 3E01A 4J2BA 2KTQA 1JKHA 3NH1A 4DTMA 3ZSXA 4OLBA 4FLYA 3NF6A 4KHYA 1WLJA 3MAQA 4FLZA 3CM6A 1EKEA 3O4NA 4KB1A 4Z4HA 5T7BA 1W9HA 4OKKA 1HJRA 5CZ1A 3V1RA 4CF2A 1BQMA 3F73A 3NH2A 3SQ1A 3FFIA 3S3MA 3ZSQA 1KFSA 3WNEA 4B9MA 2X78A 2VG5A 2G8UA 3O4QA 3LP0A 5KTQA 1IKYA 3L2RA 1S9GA 1TAQA 1RBVA 3ALYA 3KIOA 4IFVA 3OJUA 4CIEA 3QEVA 4J2AA 1S1WA 1VRUA 4FJMA 3M8QA 4B9VA 3OJSA 3AO4A 2BGGA 2GUIA 2OPRA 1UOCA 4CCHA 1MU2A 5I3UA 1S1UA 3DLGA 5DMRA 3V9SA 1UA0A 4FM2A 4CGGA 4Z0UA 3I0RA 2YHBA 4HHTA 4DTXA 4B9LA 3CM5A 1B9DA 3DLRA 1NK5A 1RBUA 5KGXA 1JLBA 4DU4A 2R7YA 1A5XA 3VA3A 1NJYA 3QIPA 4CEEA 4CJVA 4M45A 4B9NA 3K5OA 1BCOA 4OPKA 2HVIA 3NGZA 1ZBIA 2ZQBA 3OYLA 3NF9A 4FW1A 4C8NA 4ID1A 4CGFA 4W5TA 2HMIA 3U6FA 4GMJB 2G8FA 1RBSA 2F96A 3SQ4A 3DI6A 3L3UA 3MXJA 4CEQA 4CHOA 3SPYA 1HYZA 4JLHA 2IGIA 4LH5A 4CJ3A 1WSEA 3ZT1A 2RPIA 4CGHA 4KHWA 3VN5A 1C6VA 4R5PA 4CJQA 1KCFA 3HJFA 1GOCA 3KKSA 1L3UA 2HHUA 3PX4A 1QSSA 3AO3A 4FJGA 4FJNA 2YNIA 1LWCA 4MQ3A 2HW3A 2HHQA 4KRFA 4DFMA 1T8EA 4CF8A 3QEPA 1TKTA 2VG6A 3PUFA 4O0JA 1FKOA 4KTZA 4TSXA 3SNNA 1SL0A 4ELUA 1XC9A 1RT1A 2X6SA 1D5AA 1TKXA 1RTJA 3AVLA 4AHTA 4CJPA 4DF4A 3SJJA 3HM9A 4C8KA 4CJKA 2XY7A 3LPUA 4W5RA 1RT5A 4OJRA 3O3HA 5HLFA 4KTQA 1VK0A 5C42A 1KRPA 1SKRA 4F3OA 1JLFA 1BI4A 4E1MA 3CFOA 1C1BA 1Z26A 2FBYA 2HB5A 3ITHA 3NFAA 5HP1A 2PYLA 4RG8A 2YNGA 5E41A 4YFUA 3TAQA 1WN7A 1TKDA 4EZ9A 3L2WA 2HHTA 4CK1A 2YV0X 4ELTA 3ZSYA 1NK0A 3DOKA 2EX3A 3CFPA 4RW4A 4FJ8A 3LZJA 1KLNA 1K6YA 1WSJA 1HRHA 2B6AA 3HT3A 1JLCA 1RNHA 2VWKA 1WAFA 2FBXA 4OKEA 3DMJA 3RR7A 1ASUA 4KHQA 1TL1A 3IG1A 2RKIA 3NGYA 1RT6A 3AVIA 4KB0A 3DRPA 4HTUA 1NJWA 4L8RB 4JRQA 1KLMA 3HPGA 4CE9A 4G1QA 3HPOA 3PO4A 1CXUA 3F9KA 4OVLA 3S3OA 1QHTA 2GV9A 4CJLA 4M3ZA 4CESA 1EXQA 3ZSRA 3CG7A 5D3GA 1ITGA 1S5JA 3RR8A 4CEFA 1U04A 3ASMA 1NOZA 3NBPA 2VWJA 4H4OA 2BE2A 4AILC 3V4IA 5CYQA 2QKKA 4KPYA 1S6PA 5J1EA 4FLVA 3AO2A 5EU7A 3T19A 2OZSA 2W42A 4CJRA 4HCBA 3NF7A 3M8PA 3HK2A 2DTUA 1C1AA 2D0AA 1ZBLA 5HRNA 4M42A 3P5JA 4CEDA 2DFFA 3NE6A 3CQ8A 4F4KA 3PO5A 4FJJA 3AVFA 1FK9A 2E4LA 1L3VA 2G8VA 4IKFA 3K59A 4K8XA 4DTUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HI0A 4FZZA 1VYTA 3QG1A 2IC3A 4FLXA 2ETJA 3OYAA 3A98A 4N4GA 3PY8A 3FR0A 3T1AA 4JKBA 1M1KR 4I2PA 4FWMA 1MNDA 4B8CA 4OPAA 3A5OC 3KLIA 1VQ7A 4KI6A 3MCPA 3GBQA 5LJ3d 2HBLA 3H1QA 3VQ4A 2Q31A 2Y1JA 2P5GA 3WVEB 1D0XA 1UECA 4CGIA 5GAN4 3WEEA 5LJ5g 3CMAQ 2DTOA 3P4IA 3LWLA 4IBNA 4CJWA 4XU1A 4FZXC 5GAOl 3WXMB 1M9SA 1KQSS 4FWQA 2DTIA 3T1HK 1NOYA 2BTFA 1SS6A 2RHXA 1K8AC 3VYGA 2Z1GA 3P39A 5FDLA 4IOAL 2Y1IA 4YHHK 1KJWA 1FS1A 2LC4A 1WSHA 5H37A 3CCMA 1Z25A 4O0IA 1K73C 1AWJA 3H6ZA 2CH6A 4A62A 1S1TA 4M78B 4YY3K 2DM1A 4F8RA 4F14A 2LSNA 2G8KA 1UGVA 3V9ZA 1Y64A 5C24A 2QK0A 4C0DC 1GLFO 1N32K 4MFBA 3TWHA 4JI0K 1Q81C 4CF1A 3E9OA 1GLLO 4FJXA 4CZHA 1RAAB 2IVPA 4PKGA 1LJOA 4U7BA 3VF4A 1TK8A 4M3UA 2LQWA 4ELZC 3VQ8A 3NVKA 2D0CA 1KC8R 4CHYA 2MCNA 5C0YA 4DA4A 4BQLA 3VQ7A 3H0IA 2H3GX 2LVMA 3S41A 2K9GA 2E64A 4LDYA 3OBYA 4X9CA 4DQIA 1S6QA 4HVJA 3CCLN 5GANh 1Q82C 3KWIA 4FOEA 3ZL7C 3JCMJ 3CCJA 1ZUYA 4LDXA 4QS7A 2ZPBB 2G3RA 5DM7L 4AHUA 2CH4W 2GNCA 1MA9B 2JMAA 4OF1A 1S72T 2LQ8A 1DLOA 2E2OA 1FWZA 4N47A 5KRSA 3OMCA 1I5OB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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