4HCBA

The metal-free form of crystal structure of e.coli exoi-ssdna complex
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
470
structure length
462
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENLPSFRLEHLTKANGIEDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with the single strand DNA
rcsb
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 168
structure length 462
sequence length 470
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2012-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4hcbA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4hcbA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hcbA01
4CJ5A 3NH2A 2F96A 1HYZA 1VSDA 1JKHA 1KRPA 4KHWA 4N5SA 4N41A 3LWMA 4FM1A 1RBUA 4R5PA 2WONA 3HYFA 1KLNA 4OLBA 2QKBA 2HMIA 3PX0A 4NCBA 1JLCA 3OS0A 4BWMA 2A1RA 1BIUA 3ZSQA 1WAJA 3KLHA 3VQ8A 3EZ5A 2VG7A 3KK2A 3OJUA 1KVAA 1G15A 3BGRA 1D8YA 1BISA 3OYCA 4CERA 4E7HA 4FK0A 2HHUA 1KSPA 2HNZA 3NGZA 4DFPA 3AVAA 4CEDA 4FM0A 4EZ6A 1ZBIA 1WN7A 5CZ1A 2YKNA 4DTSA 3DI6A 1ASWA 2HHQA 1BL3A 2NUBA 1TL3A 3ZSXA 2XRIA 2F8SA 4EP4A 3L2VA 4HTUA 3T3FA 1SL1A 1BI4A 1S1UA 4FLYA 1LW2A 4F4KA 3D45A 1B92A 3DM2A 1Q9YA 4KREA 4I7FA 4CJLA 4BDZA 4E3SA 3TAEA 4DLGA 4DSIA 2DY4A 1D5AA 4E7IA 2O4IA 4IFVA 1ZBLA 4E7LA 1VK0A 3ZT4A 5K14A 1T05A 4CHPA 3V4IA 1KVBA 4FJJA 1ZBHA 3HJFA 1RTJA 4GW6A 1JL2A 1NOZA 4IG0A 4O55A 3QEVA 3CM6A 1ASUA 1TAQA 4CJFA 3L8BA 4CJKA 3CQ8A 3QETA 4KB0A 1S9EA 3SQ0A 2DTUA 3SPZA 4CF2A 1QSLA 1BCOA 4BE1A 4KI4A 4Y1CA 5KTQA 1Z25A 3KKSA 3DOLA 1KTQA 2EHGA 3LP3A 4J2EA 1WAFA 1RNHA 1SL0A 4OJRA 1UA1A 3M8QA 3OYHA 1KFSA 4FZXC 3KJVA 1S1TA 2YHBA 2XY7A 2HB5A 3MXJA 4CECA 4CGDA 2Z1IA 3EYZA 1L3UA 4CGIA 4E89A 4DMNA 3THVA 4Z4EA 3LP1A 1FXXA 2Z1JA 2ZQBA 3VQ6A 3ITHA 2OZMA 3PX4A 2D0BA 1NK9A 1NOYA 4KHNA 1S6QA 2OPSA 5JS1A 2E4LA 2RN2A 3T1AA 4W5RA 3OYEA 1HQEA 1IKYA 3T19A 1U49A 4FK2A 3U3YA 3AVIA 4BWJA 2B6AA 3KTQA 1ZBFA 3A2FA 3ALYA 4DU1A 3OYIA 3OS1A 1RBSA 4KTWA 3K57A 3LPUA 3O3FA 2IOCA 1TVRA 4AHUA 4DS4A 3IAYA 4F2RA 5T7BA 1SKRA 1U04A 3SUPA 3V9ZA 4FW2A 4HVJA 4LSLA 1T03A 1XI1A 1VSKA 1WSFA 1RCHA 4FLVA 1VRTA 1CZBA 3OYNA 3CYMA 2XO7A 4OPJA 1RDCA 3SNNA 4DSKA 4FYDA 2DFFA 2X78A 3SYZA 4CJWA 4B9NA 4CEQA 1RT6A 4HUFA 1EXQA 4J2DA 3NDKA 4CEOA 3LP2A 4OVLA 2FC0A 3IS9A 3O4QA 4KKOA 2Y1IA 4FLTA 3K5LA 4RW4A 4NYFA 1K6YA 3MECA 2RKIA 4CHNA 4FXDA 3QINA 2IGIA 3VQAA 1YTAA 1EETA 1GOAA 1J9AA 3SV3A 3HPOA 5E41A 4B9SA 4B9MA 1RTHA 4N56A 4DTMA 2YNHA 5J2PA 3V81A 2IDOA 3M8RA 3KLIA 1LWFA 1O1WA 3DRRA 4DQPA 3MXIA 3LDSA 3V1QA 1HRHA 1SUQA 2O4GA 4CEFA 4CIGA 3OY9A 1BIZA 3AVGA 2IC3A 3OYJA 3KLEA 3NAEA 1KVCA 2YHAA 3NF6A 3PUFA 4FJLA 1JLFA 1Q8IA 3B6OA 1RDBA 4I9QA 2FBXA 3NH0A 4CJ4A 4KHSA 3HK2A 3AVBA 1NK4A 2IS3A 2YNIA 4TSXA 1YVUA 4AHRA 1BQMA 3RR7A 2G8KA 4Z4CA 3K58A 3RMDA 1N6QA 3TAFA 3V9SA 4DSLA 4OGCA 3AA4A 3WNGA 4ELTA 3KK1A 2G8HA 2ATQA 2KW4A 3F9KA 5SWMA 4CF0A 3L2QA 1WSEA 5J1EA 4YFUA 1HYVA 1RT4A 2GV9A 3CG7A 3DLBA 3VQ7A 1U45A 3KIOA 4NCAA 3P1GA 3VQDA 3TAGA 3K5MA 1IKWA 1UWBA 5DMRA 1DTTA 4LY7A 4KHYA 3NHGA 4DTPA 3VQEA 3AA3A 5C24A 4CJUA 5KRTA 4H4OA 4HUEA 4JRPA 1RBRA 4O5BA 2B5JA 4CK2A 3AO5A 5KRSA 2VWKA 5J2NA 5HROA 4N76A 3RMAA 2QK9A 4KB1A 1WLJA 4M45A 4PY5A 1HQUA 1IKXA 3DLKA 5KGXA 3CFRA 2VG6A 4M3UA 3AO3A 4AH9A 3NBPA 4CEZA 3S3OA 1RT5A 3ZSWA 4DU4A 3B6PA 1QS4A 3C6TA 3K5OA 2HHVA 1I3AA 4Z4GA 4FM2A 4Y1DA 1SKSA 1L3SA 1LAVA 3RMBA 3SUOA 4RW7A 3ZT0A 1RBTA 1R0AA 3HP9A 4FJGA 4CFDA 3ZSRA 3HP6A 4C8LA 4CGGA 1NK5A 3ZT2A 1BGXT 4FZYA 1BI4B 1JLQA 4CJRA 3HXMA 4ID5A 1TKTA 3TWHA 1JL1A 3KK3A 3SI6A 4Z4IA 4PWDA 4CIFA 3VQ4A 3DRPA 4XIUA 4M3RA 2WOMA 3ZSZA 3HVRA 3SPYA 1NK8A 1JXBA 3ZSVA 2YV0X 3NH1A 3C95A 3D0PA 3SCXA 2PZSA 2P1JA 3KD5E 1ZBUA 3QIOA 2JGUA 4OKJA 3QEWA 1LAWA 2IAJA 5I3UA 2P5GA 1J53A 1CXQA 2Q3SA 1L3VA 2YNGA 2HHSA 3ZT3A 4FW1A 2JLEA 4FZZA 2Z1HA 1RT3A 3DYAA 4CGHA 2VWJA 1C1CA 3SQ1A 2PYJA 4F3TA 4Q0BA 3TAQA 3AVCA 1C1AA 5J2MA 1T8EA 3AA5X 4AHCA 2KQ2A 4O0JA 1IG9A 1SV5A 1TKXA 1XHZA 3OYFA 3CM5A 3HPGA 4E7KA 2AJQA 4AILC 4CJQA 4KFBA 2XHBA 3NE6A 4DTXA 4FJ8A 2FBTA 3AVKA 4PA1A 4FJHA 4KRFA 2HW3A 2G8UA 2OPQA 4JS5A 1YT3A 2G8WA 3SV4A 1Q9XA 1QHTA 4CEBA 3DLEA 3DRSA 3U6FA 1TK8A 1ITGA 3ZCMA 3VQ9A 4IDKA 3TABA 3OYDA 2X6NA 1F21A 4B9VA 5FRNA 3V9XA 4OPKA 3MXMA 1JLGA 1C0UA 1CLQA 1MU2A 1X1PA 4FCYA 3OYGA 5CYMA 3L2UA 4AHSA 4CIEA 4BE2A 3S9HA 4KTZA 3LALA 4C8KA 3K59A 3AA2A 2HNYA 1FK9A 4C8OA 4EP5A 2D5RA 4AHVA 4F8RA 3LANA 3SJJA 1JXEA 1ASVA 4RW9A 3DLGA 1B9FA 5J2QA 3C6UA 4CEEA 3AVNA 5C42A 4N47A 3ZSYA 4Q5VA 5HP1A 4CK3A 3IG1A 4Z4HA 1CXUA 1TL1A 1WSIA 5FRMA 1TKDA 1N5YA 4FJ9A 1KCFA 5HLFA 3ZSOA 3QNNA 4E0DA 3AO2A 3JSMA 4KV8A 1TV6A 1WSHA 3AVFA 4M42A 4KPYA 4CFBA 4DSFA 1REVA 4DTJA 2Y1JA 4DQQA 3DMJA 2OPPA 3HO1A 1VSIA 1L3TA 4QOZB 2G8IA 1BCMA 1VSHA 3VQBA 4DFMA 1RTDA 4I2PA 3CFPA 3OYAA 3LZIA 2PYLA 3WNEA 1NK7A 1W0HA 1C0MA 4O0IA 3NFAA 2HHXA 3TANA 3QEPA 4BDPA 3HM9A 4H8KA 4CE9A 1U4BA 1IO2A 3SZ2A 2G8VA 1SKWA 4GVMA 4IG3A 4FJ5A 1BHLA 1VSFA 4DQSA 2FBVA 1FKOA 4CHOA 3OVNA 4K8ZA 1T7PA 1CZ9A 1Z26A 4BDYA 2F8TA 4DSEA 2KZMA 4DS5A 2LSNA 1EX4A 3RR8A 1B9DA 1TGOA 1RDDA 2D0CA 1RDAA 4LSNA 4CESA 3JYTA 4YNQA 4LD0A 1NJYA 2P5OA 3NF9A 4B8AB 1VSMA 1S1XA 1LW0A 2BANA 3KLFA 4CJSA 2P51A 1C0TA 4RG8A 4DQRA 4E19A 4M3TA 2HVIA 4FLWA 1S1VA 1ZYQA 4CJ3A 2A1SA 4FJIA 1NJZA 4ZHRA 1L5UA 4KAZA 1EKEA 3QLHA 3V1RA 4DTNA 2R7YA 1TK0A 2OYQA 3AVLA 3WNHA 4K8XA 4CF1A 4KHUA 2HHTA 1HYSA 4FVMA 4OKKA 1KLMA 5CY4A 3RTVA 4MQ3A 2HHWA 1JLEA 4HHTA 4M3YA 1QE1A 5DK5A 3S3NA 1XC9A 3HPHA 1J54A 1X9MA 3AO4A 3OYKA 4PUOA 4OLAA 3OYLA 3SQ2A 4DQIA 3M8SA 1HNIA 3L2WA 1IH7A 3C94A 1XWLA 4DF8A 3SUNA 4KHQA 3I0RA 3QO9A 1TK5A 2E6MA 4DTRA 4M3WA 3K5NA 2Z1GA 3ISNC 1D9DA 1QSSA 4WE1A 3L2RA 1DTQA 4QCLA 3ULDA 1HNVA 2KZZA 1S5JA 1HMVA 1C1BA 4IBNA 3E01A 1NK6A 4JS4A 4NCGA 4CJTA 4RW8A 2E6LA 1UOCA 4Z0UA 2ITGA 3MEGA 3EY1A 2KFNA 3VQQA 3MEDA 4FLXA 4H4MA 2OA8A 3HT3A 3NGYA 4I2QA 3RMCA 2G8FA 3ASMA 3LZJA 4KO0A 2ETJA 4W5NA 5SZTA 3NCIA 5CYQA 4M41A 3H08A 4B08A 4L8RB 2X74A 4ELUA 4CF9A 1LWEA 4B9LA 4J2AA 1UAXA 4M3XA 3QERA 3QESA 3HL8A 1WSGA 3LAKA 3O3HA 2B4JA 4E1MA 4G1QA 4M3ZA 2D0AA 5HRNA 4HCCA 4CHQA 1QQCA 3V9UA 1YTUA 4OKEA 4FJMA 4CF8A 4DTOA 4UQGA 4ZTJA 1NK0A 3PY8A 4B9TA 4W5TA 3DLRA 1RTIA 1JLAA 1NKEA 1TKZA 2OZSA 2VG5A 1VRUA 3M8PA 4O4GA 4PQUA 1W9HA 4LH5A 3VQCA 4FLZA 3TI0A 3KD1E 4CK1A 3PX6A 1A5VA 1WNSA 5HRRA 3VA0A 5KI6A 3LPTA 3TR8A 1TAUA 3AVJA 1A5XA 2QXFA 1VSLA 2ZD1A 2DFHA 4CHZA 1NKCA 1I39A 4HCBA 3KLGA 1X9WA 4KI6A 5C25A 5FDLA 4FK4A 3RRGA 1RBVA 4ZTFA 4JRQA 3P5JA 3V9WA 2BGGA 1NJXA 1EP4A 1LWCA 3HSTB 3CFOA 2YNFA 4FLUA 4DF4A 3AVMA 1KFDA 3F73A 1QSYA 3QEXA 4W5OA 1UA0A 5HRSA 4E1NA 2BE2A 2XY6A 2FBYA 1S6PA 2KFZA 3OYBA 1GOBA 1WSJA 3NF7A 3QNOA 3AV9A 2I5JA 2GBZA 4DLEA 4CJVA 2HVHA 3G10A 3I8DA 3LWLA 4RW6A 4MFBA 4OGEA 3HVTA 4JLHA 3NGIA 4DFKA 1U48A 4F2SA 3QEIA 1X9SA 3PO4A 3O4NA 3VQPA 4DFJA 2OPRA 2RPIA 3L3VA 5HRPA 3VA3A 1U47A 4DSJA 4CCHA 3P83D 3TAPA 4LH4A 4QAGA 1VSJA 2DFEA 4BE0A 1FKPA 4FJXA 2KTQA 5I42A 4B8CA 3BDPA 4GMJB 1IKVA 3ZT1A 4CFCA 3KKRA 3NF8A 2QKKA 4ID1A 1VSEA 1RT1A 3V6DA 1HJRA 4F3OA 1JLBA 2PY5A 1A5WA 2X6SA 4I9LA 4C8MA 4DWIA 3RRHA 1RILA 3WNFA 3MEEA 4ELVA 4Z4FA 3L3UA 1RT7A 2YKMA 2GUIA 3TAMA 3AO1A 3V1OA 3OS2A 3SQ4A 1C6VA 3DLHA 4W5QA 4KTQA 1HPZA 4IKFA 4CHYA 4CJPA 3OYMA 4FJKA 1NKBA 4C8NA 4HUGA 4AHTA 3DOKA 1DLOA 4CEAA 1LV5A 2BDPA 4EZ9A 2W42A 3RWUA 4DG1A 1GOCA 3FFIA 3LP0A 4ICLA 1D9FA 3I0SA 4FJNA 4CGJA 1SL2A 1S1WA 1RT2A 3PO5A 3K2PA 3S3MA 1XHXA 2HNDA 3U3GA 1NJWA 3OJSA 1QTMA 5KGWA 3AVHA 5EU7A 5JS2A 3VN5A 3PV8A 1S9GA 4J2BA 3SUQA 2RF2A 3VQ5A 4FJ7A 4B3OA 4IFYA 3IRXA 3UIQA 4CFAA 5HBMA 4DU3A 1J5OA 3G0ZA 4CGFA 3QIPA 3O3GA 3MAQA 1BQNA 1Y97A 4CJEA 4E7JA 2XY5A 3LAMA 4O44A 4B9UA 5D3GA 3TARA 5CZ2A 4BACA 2ZE2A 5FROA 4DTUA 2XY8A 4NYNA 2EX3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NH2A 1KRPA 1VSDA 4A4GA 2K2MA 5IZ7A 3EGXA 4N5SA 1M2OA 3LWMA 1IHVA 4BR0A 4A5BA 4IUPA 4BRLA 5C0YA 4NCBA 1JLCA 2A1RA 2YUQA 2V52B 4HT9A 3ZSQA 3OGLB 1SS6A 4Q5WA 3SJHA 2KAFA 3EZ5A 2VQEK 1KVAA 1KQSP 4E7HA 1BIAA 3GP8A 1KSPA 2HNZA 3UKUB 4DFPA 4DB3A 4EZ6A 2O8EA 1KD1C 1TWBA 4DTSA 1BL3A 1Q82R 1WGSA 3ZSXA 3M58A 2KYMA 2OJ2A 4LXCA 1PD0A 2QWNA 2W0ZA 4BD3A 1Q9YA 1K0SA 3E19A 3DM2A 2D6FA 2W41A 4CJLA 3HOTA 2R58A 1U06A 3CJAA 2MI6A 1VYTA 1I5OB 2CZ1B 2JJ9A 2X51A 1WNLA 2DXTA 3MHXA 3GNFB 3CCMA 4GNIA 3LDPA 3O8MA 3HRTA 3V8LA 1OVQA 2BZ8A 3S6WA 4HVUA 4JHDA 4ISEA 3CCET 2SEMA 3PY8A 3QEVA 1TUCA 3CM6A 2UUAK 1ABQA 3SQ0A 1NJIC 1JXOA 3EG9A 4BR5A 3WVDB 3CCST 1ZLMA 3OGMB 1TUYA 4JKAA 4XTZA 3KKSA 4CBUA 3CCVN 4DHYA 4DV6K 2H8HA 1WAFA 3GLXA 3VYGA 1NM1A 4OJRA 1YHQT 1KFSA 5F1XA 2NLXA 3KJVA 2JWKA 4AQYK 4JI2K 2XY7A 1HNXK 3ZEUB 1WIEA 4Z4EA 4CGDA 2Z1IA 2E6NA 3HM8A 3THVA 1M1FA 5A0LA 3VUZA 1XMHE 1BWFO 3ID8A 3JV3A 1GCQC 1UJ0A 2DE0X 1X6GA 1Y07A 3NFCA 2P0KA 4NL3A 4PJOB 1E4GT 1HQEA 3T1AA 3CCLN 1FPOA 3BDUA 3CCQQ 2B6AA 1AZEA 4BWJA 1YN8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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