4HCBA

The metal-free form of crystal structure of e.coli exoi-ssdna complex
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
470
structure length
462
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENLPSFRLEHLTKANGIEDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with the single strand DNA
rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
total genus 168
structure length 462
sequence length 470
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2012-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4hcbA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4hcbA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hcbA01
3OYAA 1R0AA 3KLGA 1RBUA 1JLEA 4GW6A 4KFBA 4HTUA 4Q0BA 4HHTA 3NH0A 4KTQA 4OLAA 4I7FA 3OJUA 4DSIA 2G8UA 3ZSRA 5EU7A 2HHQA 4CEBA 3QEIA 2VG5A 3KKRA 2X74A 3ITHA 3HVTA 3QLHA 4EZ9A 1W0HA 3CFOA 1NK4A 1BI4A 4BACA 1FK9A 2YNIA 1QQCA 3SV4A 2OZSA 3AVHA 2YNGA 3AVIA 2RPIA 4CFDA 3L2VA 2KZMA 4FJLA 4LH4A 3SUNA 1NK9A 3L8BA 1TKDA 2P5OA 1EETA 4ZHRA 4KAZA 2YKMA 4DQIA 1D9DA 4CCHA 5FRNA 2P51A 3NF9A 4N5SA 4DLGA 3H08A 4J2AA 4B9LA 1BHLA 1VSDA 3V6DA 4CIFA 2HNZA 5I42A 2ATQA 3VN5A 4CJSA 3OY9A 4DTOA 4FLZA 1VSJA 3OYMA 3OJSA 3MXMA 1TGOA 3DLEA 4N56A 4DQRA 3OS1A 3DLBA 3OYIA 4CF0A 4RW7A 3RRHA 4MQ3A 4TSXA 1HYZA 1QSLA 1Z26A 2VG7A 3TR8A 3VQ4A 4E7KA 4M3YA 2XY7A 1D9FA 5J2QA 4BE0A 2IS3A 3HPGA 1EP4A 4OPKA 3M8QA 3I0RA 4KTZA 4JS4A 3RTVA 3WNHA 5HROA 1L5UA 1ASVA 4CFCA 5CYQA 1GOBA 4CJ5A 3SPYA 3RRGA 3ZSQA 1VK0A 4ELTA 3RMBA 1U49A 3P5JA 2I5JA 2BGGA 5KRTA 2Z1HA 2KTQA 2B4JA 1UA1A 1ITGA 1HMVA 4BE1A 3SQ1A 4FJNA 3F73A 4M41A 3V81A 4DTRA 4AHTA 2XO7A 1W9HA 4CGIA 4DLEA 1GOCA 1U4BA 4N41A 4OGCA 3AO2A 3LP2A 1KFSA 4IG3A 4CESA 3C6UA 3K59A 4F3OA 3ZSZA 4CF9A 4RW6A 4E7LA 1BL3A 5K14A 3AA3A 3BGRA 3D45A 2B6AA 4LY7A 4HCCA 2YV0X 2Z1GA 4CJLA 1Z25A 2WONA 1NJXA 1VSLA 1WSGA 3HXMA 4FM1A 1IKVA 4C8NA 4W5OA 4K8ZA 1SV5A 4CEAA 3WNGA 5T7BA 2AJQA 2OPPA 1SL1A 3LP3A 1NKCA 1EXQA 1HRHA 1X9SA 2PYJA 4KREA 4M3WA 3WNEA 1I39A 4CGJA 3VQPA 1VRTA 5HRRA 1I3AA 1SL2A 4CJKA 1K6YA 3AVFA 4AHUA 4DTSA 1SL0A 3UIQA 4J2DA 4NCAA 4WE1A 2YNHA 4FW1A 2XY5A 4O0IA 3V1QA 1S1VA 4FLTA 3I8DA 2KW4A 3AA5X 3HYFA 3KIOA 3NAEA 3KLIA 3VQ7A 3C94A 1NK0A 4F3TA 4KTWA 3DLKA 1CLQA 3HL8A 1KTQA 2A1RA 3ZT0A 2GV9A 4Z4EA 4CEFA 1BCOA 3EYZA 3HP9A 3O4NA 4BDYA 3T1AA 4HCBA 4CJVA 3OYFA 1NK5A 1J53A 1ASUA 1LW0A 4CGFA 1J5OA 3NFAA 4HVJA 4ZTFA 3JYTA 3AVKA 2FBTA 3THVA 4KB0A 1NK6A 4DFPA 4DU1A 3BDPA 4CK2A 4EP4A 3HP6A 2Z1IA 5DK5A 2YHBA 1B92A 4EZ6A 4N76A 4CEOA 1S1XA 4HUGA 4M3TA 1N5YA 4FZXC 2HNYA 2E4LA 3HVRA 4DSEA 5HLFA 1C1AA 4CFAA 3DRPA 1XHXA 3TARA 4PUOA 3MEGA 4IFYA 1TV6A 4KO0A 5CY4A 4FLUA 4FK4A 3U6FA 1JXBA 3G10A 4O0JA 4PQUA 5J2PA 3LWLA 3TANA 1CZBA 3F9KA 3D0PA 1TKXA 4FLXA 1F21A 1L3VA 1RT1A 2RKIA 4ELUA 3T3FA 5C42A 1NOYA 2HHXA 3VQ6A 3QNOA 1RDAA 3C6TA 4CF2A 1A5VA 3CFPA 2GBZA 1T7PA 5E41A 3K57A 2GUIA 4KB1A 3TAQA 1BQNA 1RBRA 2Z1JA 4RW9A 2E6LA 3WNFA 3DMJA 3LZJA 1U04A 2OA8A 2O4IA 1TAUA 3AA4A 4AHRA 4CK1A 4R5PA 1CXUA 1TL3A 3HK2A 1LAWA 3QEPA 1RTHA 1IKYA 4FM2A 2IOCA 3DLHA 2O4GA 3HJFA 3SQ0A 1TK5A 1VSFA 1CXQA 1XI1A 3PY8A 4DSKA 1Q9YA 4CFBA 3TAMA 5C25A 5J2NA 4W5TA 3RWUA 4DTPA 4CJTA 1HNVA 4M3XA 3DRSA 2BANA 4GMJB 4M3ZA 4KV8A 5HBMA 3RR7A 1D5AA 1RTJA 4OGEA 3VQCA 1JLGA 1KLNA 1KSPA 3OYHA 1ZBLA 4B9MA 1S6PA 3KK1A 4E7JA 1O1WA 1XC9A 3KLFA 3DLRA 3LALA 4H4MA 2Y1IA 1RT7A 3SUOA 3SJJA 1L3TA 1JLAA 4C8LA 4CERA 3JSMA 1C1BA 4IBNA 4CHPA 1CZ9A 3AVMA 4FM0A 4LSNA 1VSIA 2JGUA 3FFIA 3O3FA 4RW4A 1TKZA 4W5NA 3NHGA 5C24A 3EZ5A 4IFVA 4PA1A 4E0DA 4M3UA 1T8EA 3NGIA 2OPQA 4C8OA 4DG1A 4M42A 4Z4HA 1SKSA 4DTJA 4CK3A 2HVIA 3NDKA 4B9UA 2FBXA 3OS0A 4FYDA 4J2EA 1LWCA 5HRSA 5J1EA 3VQAA 3NH2A 1IG9A 2F8TA 1A5WA 1JXEA 1JKHA 3VA3A 4DFKA 2VWKA 4IKFA 1L3SA 4CJRA 2HNDA 3OYDA 2B5JA 2QKBA 1QSYA 4OJRA 1TAQA 5SWMA 2HMIA 3VQ9A 1FKPA 2IDOA 2OZMA 1UA0A 3MXIA 4KHUA 1NK7A 3AVLA 3U3YA 1IH7A 4BDZA 1C0MA 3VQBA 3SQ4A 1KCFA 4CJQA 4DU4A 5J2MA 3TABA 5JS1A 3MEEA 1NJZA 1WSIA 1QSSA 2HB5A 3U3GA 4AHVA 1KVAA 4OVLA 3LPTA 4G1QA 1SKRA 1A5XA 3SV3A 1C0TA 3IAYA 4DS4A 4OKJA 2X6SA 1ZBFA 4GVMA 1TVRA 4DF8A 1BIZA 1HQUA 3DLGA 3B6OA 1RDCA 3AO5A 2ZE2A 3PX0A 3OYLA 3QO9A 2BDPA 1HPZA 4B08A 1KRPA 1X9MA 4FJIA 3AVJA 4DTUA 3PV8A 4FZYA 4KHWA 2KQ2A 4CHOA 3DOLA 3O3HA 2F8SA 1DTQA 3K5MA 4ELVA 1B9FA 1NKBA 3VQEA 3RMCA 4DQSA 3CM6A 3HSTB 4KI4A 2P1JA 4F8RA 2ETJA 1BI4B 2WOMA 4KHNA 3MXJA 4CHZA 3NE6A 5FROA 1RT2A 3SZ2A 3I0SA 1RBVA 2ITGA 3VQQA 1TL1A 2XY8A 2HW3A 1VRUA 2EHGA 1TK0A 4ID1A 4BWJA 4L8RB 4LSLA 4BE2A 1RNHA 2G8KA 1RCHA 3AVGA 4FLVA 4CJUA 3DRRA 1UAXA 3QIPA 4DTMA 3QEXA 4CIEA 4W5RA 4B9NA 1DLOA 2DY4A 4DS5A 3OYBA 3IS9A 4CHQA 4ZTJA 1C6VA 4Y1CA 4DSJA 1YTAA 3RMAA 1RDDA 4DQPA 3HPOA 4FJ5A 3PUFA 3AVNA 1JLQA 1RT5A 3CG7A 3LP1A 1Y97A 1ZYQA 2E6MA 1SKWA 4PWDA 1C0UA 3LWMA 4M3RA 3V9WA 1JLBA 3PX4A 3RMDA 2KFZA 4Y1DA 1J54A 4O44A 4DU3A 1LAVA 2NUBA 4E7IA 4E3SA 3HPHA 4KHQA 2OYQA 1U48A 1Q9XA 1EX4A 3HO1A 4E89A 3L2UA 3SPZA 4FJKA 2FC0A 1L3UA 3CM5A 1J9AA 1WAJA 1S1UA 3HM9A 1WAFA 3IRXA 3L2QA 4DWIA 4FW2A 4CEEA 2A1SA 2IGIA 1N6QA 2G8VA 4FJGA 3ZSXA 5D3GA 3K58A 4FVMA 2DFFA 1LWFA 1ASWA 3VA0A 3AO4A 3CQ8A 4DMNA 4ID5A 4O5BA 5HRPA 1S1TA 3S3OA 3LZIA 1UOCA 2X6NA 5DMRA 3VQDA 1RBSA 1S1WA 2R7YA 3PO5A 4FXDA 3TAPA 4I2QA 1IO2A 4FCYA 1QS4A 1LWEA 1U45A 1QE1A 3ZCMA 4KI6A 4CGDA 2OPSA 2YHAA 3QEVA 4YFUA 3TWHA 2LSNA 5CYMA 3KLEA 4FZZA 2D0CA 1MU2A 3LAKA 4RW8A 4RG8A 2X78A 3V1RA 4DFJA 4Z4IA 3T19A 4CJ4A 3TAFA 4KHYA 2IC3A 2PY5A 5FRMA 3AVAA 4E1MA 4Z4CA 3QETA 4PY5A 2OPRA 4NYNA 3AA2A 3MAQA 4H8KA 3VQ5A 5KGXA 3B6PA 3KJVA 4YNQA 3CYMA 2DFHA 2RF2A 3SNNA 3CFRA 3NGZA 3L2WA 3ASMA 3DI6A 3ZSYA 3ALYA 4CEQA 4FLYA 3S3NA 4FK2A 2VWJA 1KVCA 4NCGA 3MEDA 5KGWA 3P83D 3AV9A 3ZT4A 3NF7A 3NCIA 3TAEA 2RN2A 3DYAA 1NJYA 4FJ7A 4QCLA 4IG0A 3L3UA 4AH9A 5HRNA 4E7HA 1NOZA 3M8RA 3L3VA 3ZSWA 1QHTA 4F2SA 3AVBA 4LH5A 2D0AA 3SI6A 3ZT1A 2HHSA 1XHZA 1BISA 4B3OA 4Z0UA 4CJEA 4DSFA 3SUQA 1WSHA 3AO3A 3K2PA 4AHSA 3TAGA 4OPJA 2XHBA 2P5GA 4JRPA 2Q3SA 1HYSA 1Q8IA 4CGHA 3V9ZA 5CZ2A 1FKOA 3V1OA 4B9TA 4C8KA 4FJ8A 2G8WA 2HVHA 3OS2A 3LPUA 3OYEA 1RBTA 2KFNA 4MFBA 4CF1A 4KPYA 4FJXA 4FK0A 1B9DA 2ZQBA 4HUEA 2HHTA 2HHUA 4B9SA 1HYVA 1TKTA 2QK9A 1S6QA 2ZD1A 3O4QA 1IKXA 3AO1A 4N47A 1KFDA 3G0ZA 3KLHA 3LANA 5FDLA 3P1GA 4Z4GA 1BGXT 2FBVA 2BE2A 4H4OA 3AVCA 4AHCA 3M8SA 1WN7A 1LW2A 5JS2A 3QNNA 4KRFA 3O3GA 4OLBA 1X1PA 2YKNA 2KZZA 3ZT3A 1BCMA 1G15A 3KK3A 1NJWA 1WSJA 5KI6A 4F2RA 3LP0A 1RILA 1RDBA 3KK2A 3OYJA 4LD0A 4DSLA 2QXFA 3V4IA 4M45A 3OYNA 1JL1A 1XWLA 1HQEA 2VG6A 4J2BA 3DOKA 3HT3A 4CGGA 1DTTA 2DFEA 2FBYA 4KHSA 3SQ2A 4BDPA 3SCXA 3E01A 4E1NA 2PYLA 2JLEA 1S9EA 1TK8A 4FJJA 3V9XA 1VSEA 1QTMA 3OYCA 1IKWA 4XIUA 4DQQA 4NYFA 3K5LA 2EX3A 1RTDA 4CF8A 4Q5VA 4UQGA 1RTIA 1SUQA 3NGYA 1ZBHA 4BWMA 4CJWA 4QOZB 2IAJA 4AILC 4O55A 1X9WA 3S9HA 2D5RA 4Z4FA 1WLJA 3DM2A 4W5QA 1BQMA 1JL2A 1ZBUA 1RT3A 4CJ3A 2G8HA 3LDSA 2G8IA 4FJ9A 4DTNA 1FXXA 1VSHA 3OVNA 4JS5A 4CHNA 1WNSA 5SZTA 4CECA 4F4KA 3QIOA 2W42A 3NBPA 3OYKA 1YVUA 4KKOA 4JRQA 4CEDA 2HHVA 2YNFA 3SYZA 4FLWA 3K5OA 3V9SA 3LAMA 1T05A 2HHWA 1RT4A 1BIUA 1GOAA 4QAGA 2G8FA 3RR8A 3NH1A 2PZSA 3KTQA 3QINA 3NF8A 3QESA 2DTUA 5KTQA 3M8PA 1YT3A 3L2RA 1LV5A 1RT6A 3SUPA 4I2PA 3ULDA 3VQ8A 3ZT2A 1JLCA 1HJRA 4CJFA 1KLMA 3ZSOA 1EKEA 3KD5E 4NCBA 3KKSA 1JLFA 1VSKA 1ZBIA 4ICLA 2Y1JA 3IG1A 5KRSA 3KD1E 4JLHA 5CZ1A 3PX6A 2XRIA 1D8YA 1VSMA 3S3MA 1WSFA 4IDKA 4O4GA 4OKKA 1WSEA 2QKKA 3QERA 4CEZA 3C95A 4DF4A 4EP5A 3QEWA 3EY1A 2XY6A 5HP1A 4B8AB 4DTXA 4C8MA 3NF6A 3ZSVA 4CHYA 4FJMA 4E19A 3MECA 1YTUA 1REVA 3V9UA 4B9VA 1NKEA 4CJPA 1C1CA 2D0BA 4OKEA 3K5NA 3OYGA 1HNIA 1UWBA 4DFMA 3TI0A 4FJHA 4I9QA 1KVBA 4B8CA 4K8XA 1S5JA 2F96A 3ISNC 4CE9A 1T03A 4I9LA 4HUFA 1U47A 5I3UA 3A2FA 4CIGA 3PO4A 1S9GA 1NK8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2BZ8A 2VB6A 4ZGEB 2RI3A 4ELYC 4OB3B 3I33A 4LF4K 1JLEA 4GW6A 1T0HA 2CP5A 2LC4A 4A2BA 3LGFA 5HCKA 4ICGC 1I94K 5EU7A 1QLYA 4H0PA 3QEIA 5GJVB 1XC9A 4M7XA 2FF6A 3TSQA 3QUIA 4IUUA 4FWNA 1IB8A 1KAYA 4BR9A 4JI8K 5AQMA 5JLFA 3CCJT 1W0HA 3W0LA 2QQBA 2KKZA 2AIRB 1C6VX 3WQUA 3NTHA 3DXMB 1MNEA 5AFUH 2K9GA 1VUBA 2JS0A 4LD6A 3V7CA 4NL3A 3AVHA 5AQUA 3CF5L 1KJWA 2O8DA 3EFSA 2F2VA 1YI2T 3SUNA 1ZBJA 2PQWA 3CPFA 3KBGA 3RESA 3CCEA 4XTUA 2P5OA 1V4SA 1EETA 4KAZA 5AQRA 1QQMA 2HHHK 4DQIA 2ESWA 2P51A 2HAXA 3H08A 2RQRA 5CE3A 1XUPO 2GQVA 1VSDA 2HF3A 1JCFA 3H8ZA 1K73U 3TSUA 5I42A 4OMQA 3OY9A 1N8RO 3MXMA 1VSJA 1I0CA 1MWKA 3MWPA 3PVLA 1GCQC 3LWHA 1XC3A 3H1VX 1VQMQ 1HYZA 1Z26A 3EN9A 3VQ4A 3SWNB 1OPKA 4BE0A 1I5LA 4PJOB 3J7AF 3LH5A 2IS3A 3IKMA 2QA4Q 4OPKA 4E7SA 4DUZK 1EZZB 3VF2A 3RTVA 3LDBA 3HZ6A 2HBWA 3EGXA 3ZSQA 1PC0A 1WXTA 3P5JA 4M78F 3WUHA 5IWAK 2E32A 1M1KO 2KTQA 1ITGA 1HMVA 3SQ1A 3I5SA 1TS9A 4M7AG 3VS7A 1HXDA 1NLOC 1U5SA 4QQ6A 3FZHA 4CC2A 5FDLA 3EGUA 1VQ7Q 4IG3A 2JOYA 4CESA 4JI0K 2FVUA 2K3YA 4WTOB 4KH4A 5AQQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3NF8 A;  3QES A;  2DTU A;  5KTQ A;  3M8P A;  1YT3 A;  3L2R A;  1LV5 A;  1RT6 A;  3SUP A;  4I2P A;  3ULD A;  3VQ8 A;  3ZT2 A;  1JLC A;  1HJR A;  4CJF A;  1KLM A;  3ZSO A;  1EKE A;  3KD5 E;  4NCB A;  3KKS A;  1JLF A;  1VSK A;  1ZBI A;  4ICL A;  2Y1J A;  3IG1 A;  5KRS A;  3KD1 E;  4JLH A;  5CZ1 A;  3PX6 A;  2XRI A;  1D8Y A;  1VSM A;  3S3M A;  1WSF A;  4IDK A;  4O4G A;  4OKK A;  1WSE A;  2QKK A;  3QER A;  4CEZ A;  3C95 A;  4DF4 A;  4EP5 A;  3QEW A;  3EY1 A;  2XY6 A;  5HP1 A;  4B8A B;  4DTX A;  4C8M A;  3NF6 A;  3ZSV A;  4CHY A;  4FJM A;  4E19 A;  3MEC A;  1YTU A;  1REV A;  3V9U A;  4B9V A;  1NKE A;  4CJP A;  1C1C A;  2D0B A;  4OKE A;  3K5N A;  3OYG A;  1HNI A;  1UWB A;  4DFM A;  3TI0 A;  4FJH A;  4I9Q A;  1KVB A;  4B8C A;  4K8X A;  1S5J A;  2F96 A;  3ISN C;  4CE9 A;  1T03 A;  4I9L A;  4HUF A;  1U47 A;  5I3U A;  3A2F A;  4CIG A;  3PO4 A;  1S9G A;  1NK8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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