4HCB | Genus

Total Genus 168

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	168
sequence length	470
structure length	462
Chain Sequence	QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENLPSFRLEHLTKANGIEDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	The structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with the single strand DNA rcsb
molecule keywords	Exodeoxyribonuclease I
molecule tags	Hydrolase/dna
source organism	Escherichia coli
total genus	168
structure length	462
sequence length	470
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date	2012-09-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00929	RNase_T	Exonuclease
A	PF08411	Exonuc_X-T_C	Exonuclease C-terminal

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1280.70	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Monooxygenase	Monooxygenase	4hcbA03
2.30.30.450	Mainly Beta	Roll	SH3 type barrels.	SH3 type barrels.	4hcbA02
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4hcbA01

3VQ8A 3TR8A 2QKKA 3VQBA 3AVMA 4E3SA 1RT1A 2XY5A 3HXMA 1RT6A 2FC0A 3P83D 4KTZA 2E4LA 2FBVA 4E7LA 4DTNA 1WSJA 4FLTA 4CJLA 3RR8A 2G8VA 3QO9A 4B9VA 5HLFA 3DOKA 1LAWA 3AA3A 3T1AA 3B6PA 2Z1IA 3LP1A 3CFRA 4AHVA 1B92A 3AVNA 4CK2A 3OJSA 1ASWA 4CK1A 4Z4GA 3WNEA 3KK3A 3AA5X 3SCXA 1LW2A 1VSHA 2G8UA 4M3XA 2HHVA 4IBNA 3OS2A 1HNVA 1UA0A 3AV9A 1BISA 1LV5A 4KAZA 4H8KA 4DLGA 3V6DA 1NJXA 5D3GA 4OVLA 4DQRA 3CYMA 4YNQA 2HHSA 1XHZA 1S9EA 4B9UA 2QK9A 3ITHA 3OYDA 4PY5A 5SZTA 1YTAA 1F21A 4KHWA 1JXEA 4F3TA 3MXIA 4E19A 3V81A 2EX3A 4CEEA 3RMAA 2BDPA 3O4NA 4CECA 1QTMA 3G0ZA 4CJVA 4Z4IA 1VSJA 3DLGA 3KLHA 1N5YA 1XI1A 1NK9A 4I2PA 4CK3A 4AHSA 3NBPA 3KTQA 3NF9A 1C6VA 1C1AA 5DK5A 2BGGA 1DTQA 4C8MA 1EP4A 1I39A 3SQ2A 2P51A 4KREA 1REVA 4E7JA 2F8SA 3L8BA 1RBVA 1B9DA 2QXFA 4FM0A 2GV9A 3TI0A 4KV8A 1JLBA 5C24A 1S1TA 4OGEA 3E01A 4Q5VA 3QEWA 3THVA 2HNZA 2Z1GA 4HHTA 2P5OA 4EZ9A 3ZSRA 2JGUA 4IKFA 4DSLA 3RMCA 2ZE2A 2XY7A 1JKHA 3RRGA 3LANA 1RDCA 1T7PA 4DQPA 3LP3A 2OPQA 4LH5A 1RBRA 3V9UA 3LPTA 3AO3A 1J54A 5K14A 2PYLA 1SV5A 2GUIA 3PX4A 2KFNA 4AHTA 3QIPA 4CGJA 5SWMA 4NCGA 3SV4A 4I9QA 3HL8A 1GOCA 3ZT0A 3OJUA 5JS1A 2E6MA 4CE9A 1C0MA 3M8QA 4DG1A 2OPPA 3VQPA 4KHUA 3AVGA 4LY7A 4KO0A 2QKBA 1NJZA 4H4MA 4CEFA 1NKCA 1RTDA 3QIOA 2PZSA 2G8WA 3NE6A 4CGFA 3I0SA 3NGZA 3ZSXA 4IG0A 1T8EA 3SUPA 2OPSA 3NH2A 1RNHA 4F4KA 4DTPA 5J2MA 4RW8A 3VQAA 3QEPA 1SL2A 4E7HA 1CXUA 1XHXA 1TAQA 1KVAA 1XWLA 1CZBA 4GMJB 1VSEA 2LSNA 1Q9XA 2HNDA 3WNHA 3K2PA 4ZHRA 1B9FA 3OYBA 3LZIA 3AVJA 4DF4A 2ITGA 3SPYA 1G15A 4FJMA 3SUQA 4Z4EA 4DSJA 3QINA 4DMNA 4HUFA 3VQEA 4CEZA 3DOLA 1U47A 4CJ4A 1LWEA 5HROA 3G10A 4ELVA 2XRIA 4CJQA 1NJYA 3AVKA 3C6TA 5KGWA 4JS4A 2DFEA 4DLEA 1T03A 1NKEA 3SV3A 1Y97A 2IOCA 4CFAA 2NUBA 4AHCA 4KB0A 3SPZA 2RPIA 1CZ9A 4FZZA 3ZSVA 2A1RA 4FJHA 5CZ1A 3HT3A 4FJLA 4I2QA 4FYDA 1NK0A 1WNSA 4CJFA 3DMJA 3QNOA 1S6PA 2KW4A 3DLKA 4LH4A 1LWCA 5KI6A 1A5WA 3RTVA 3OYNA 4FJ7A 3NF7A 2G8FA 4O44A 2HMIA 5FROA 3ISNC 4QAGA 3ULDA 4OLBA 3HP9A 1VSIA 2IC3A 1ZBHA 1IO2A 4ELUA 4CEAA 4O55A 4CEQA 3AO1A 3ZSZA 4RW6A 3AVHA 3LP0A 4FJ5A 1SL1A 1S6QA 3DRSA 4IFYA 4QCLA 1CLQA 3S9HA 4AHRA 4GW6A 4BE2A 1JLGA 1J5OA 4ZTJA 3SQ0A 4HTUA 1TK8A 2D0BA 2WOMA 4PA1A 1NOYA 3DYAA 3V9SA 2E6LA 4CJSA 1JL2A 4N76A 4W5RA 3SZ2A 2VG6A 4M45A 4J2DA 4DU1A 4CHOA 3NGIA 4CIFA 3MECA 1EX4A 3LPUA 3NAEA 4TSXA 2F96A 4FM2A 4BE1A 3L2WA 4DSFA 4CF9A 4XIUA 2XO7A 1ZYQA 1N6QA 4DSIA 1NK5A 3IAYA 1TKTA 3AVCA 3OYKA 4K8XA 4CHYA 3U3YA 1L3TA 1UAXA 1WAFA 4H4OA 1D9FA 4B9NA 1WAJA 1KLMA 2P1JA 4OPJA 1RTIA 3AO5A 1X1PA 3OS0A 2O4GA 3OS1A 1L3UA 2YHAA 3K58A 4OKJA 4RW7A 2G8KA 4HVJA 2HVIA 4B8CA 5CZ2A 3EZ5A 2DFFA 2JLEA 2VWKA 4CIGA 4YFUA 3VQDA 4KI4A 1BI4B 3ZSQA 3OYAA 1JLAA 2YV0X 2FBYA 4NYFA 3WNGA 1KVBA 4NYNA 2IS3A 3IRXA 4FLXA 3TAEA 1UWBA 2BANA 4O5BA 5J2NA 2HHTA 1IKXA 2X78A 2YHBA 1CXQA 4W5QA 1QS4A 3HJFA 3ZT1A 4FK0A 4N47A 3U6FA 1BQNA 3OYGA 4CJEA 1W0HA 3OYHA 3HVTA 3LAMA 1NJWA 4N56A 4LD0A 2Y1JA 4M42A 1FKPA 4PWDA 3S3MA 4C8KA 3EYZA 4FM1A 1T05A 4AILC 2Y1IA 3I0RA 3DI6A 2R7YA 1FK9A 3C95A 1KFSA 1RCHA 1TL3A 2FBXA 4B9SA 4HUGA 2YNGA 3LDSA 2YKMA 4M3ZA 5JS2A 3QEVA 3QERA 4FZXC 1TKZA 4E7KA 2D5RA 3CFOA 3K57A 4OKKA 1WSIA 4UQGA 3SQ4A 4BDPA 4OLAA 1S1UA 4KI6A 1BIZA 3CM5A 4W5TA 2XHBA 1WN7A 4MQ3A 3DRRA 3L2VA 2OZMA 1FKOA 2I5JA 1DLOA 4W5OA 4CHZA 1NOZA 3MXMA 4DTUA 3C94A 3CG7A 4OKEA 3HVRA 4FLZA 3L3VA 1EKEA 2RN2A 4JRQA 4CJPA 3M8SA 4OPKA 2HHQA 1BGXT 3V9ZA 1WLJA 1VSMA 4DSKA 3DLRA 1KVCA 4KHYA 3ZSYA 4CJWA 1Q8IA 4RW4A 4BWMA 1RBUA 4CF0A 3JSMA 2PY5A 1L5UA 4DWIA 4CJ5A 3O3HA 4ZTFA 4OGCA 4M3YA 4M3WA 4CJRA 3P1GA 3UIQA 1WSEA 4JLHA 1C0TA 1HQEA 4CJTA 3CFPA 4PUOA 3PV8A 4DTJA 4O0IA 1ASVA 1HYVA 1A5XA 3F9KA 1SKWA 3V4IA 3BDPA 5HRSA 4CHQA 3IS9A 3MEDA 4Y1DA 1RDAA 4I7FA 4KPYA 4OJRA 4KHSA 3DLEA 1D9DA 3O3GA 1W9HA 4JS5A 3O3FA 1TAUA 4WE1A 5EU7A 4CFCA 3OYEA 4EZ6A 3HO1A 1LAVA 4IDKA 3PO4A 2Z1JA 1GOAA 2ATQA 3QETA 3KD5E 2DTUA 2RF2A 1K6YA 3T3FA 3VA3A 3EY1A 4E7IA 2ZD1A 4F3OA 3OYFA 4ELTA 4QOZB 3KJVA 4Z4CA 4B8AB 3AA4A 3KLGA 3HPHA 1SL0A 4M41A 1ZBFA 3HPOA 1RDDA 1BI4A 1J9AA 4KFBA 3SJJA 3H08A 4Z0UA 3PY8A 2X6SA 3LP2A 1Z25A 3V9XA 5J2QA 4DF8A 1EXQA 1RTJA 1VSFA 4B08A 4FCYA 3SNNA 2VG5A 4FJIA 1D8YA 4KKOA 4DSEA 2Z1HA 3KLFA 1ASUA 1C1BA 1VK0A 2ETJA 2XY8A 3B6OA 1HRHA 1LW0A 3HM9A 2D0AA 3KK2A 3K5MA 4DQQA 4MFBA 1YVUA 1S1WA 4DFKA 1HJRA 4ID5A 2B5JA 1NK8A 3OYMA 4DU3A 4CESA 1C1CA 2Q3SA 3ASMA 4CGDA 4NCAA 4DFMA 1QE1A 3OYCA 3O4QA 2KZZA 3OYIA 3TAQA 3NGYA 1KFDA 3MEGA 4PQUA 2A1SA 4KTWA 1DTTA 4IG3A 1U4BA 1BQMA 3HK2A 3HSTB 1FXXA 1VRUA 2G8HA 1BCOA 1U04A 3IG1A 1RT3A 3QESA 4FJ9A 3KKRA 5KRTA 1RT5A 4CIEA 3HYFA 3ZT3A 2FBTA 5HBMA 3OYJA 3I8DA 1J53A 1LWFA 3SUNA 1TK5A 4FXDA 3DM2A 3K5OA 4E0DA 1S9GA 3HP6A 5KGXA 4FJKA 1YT3A 3P5JA 1KTQA 5HRRA 3S3NA 4Y1CA 1I3AA 1WSFA 1U49A 2YKNA 3AVLA 1NK4A 2W42A 3VA0A 3NH0A 3V9WA 4FJNA 4FVMA 4CF8A 1VSDA 3DRPA 3VN5A 4J2BA 4G1QA 4DU4A 1JLFA 1QSYA 1S1VA 1JXBA 3RMDA 3L2QA 4CHPA 4Q0BA 3WNFA 3AO4A 3RRHA 4DTSA 3KLIA 4FW2A 3ZT2A 1SUQA 2KQ2A 5I42A 4CCHA 2AJQA 3NCIA 1TVRA 4CJKA 5KRSA 2HHWA 4RG8A 1UOCA 4FLUA 1HQUA 2RKIA 4KHNA 1IKWA 2VG7A 1NK6A 3A2FA 4O0JA 3TAMA 3SYZA 2EHGA 1UA1A 4CGGA 5C42A 3K5NA 3TAGA 2IGIA 1R0AA 4JRPA 4Z4FA 1JLEA 1KCFA 5J2PA 4AH9A 4KHQA 3NF6A 3V1QA 4E89A 5HP1A 4F8RA 3ZSOA 1Q9YA 4DTMA 1YTUA 3MXJA 4CJ3A 4LSNA 4C8NA 4Z4HA 3OYLA 2OYQA 4FK2A 3VQ9A 1L3SA 2D0CA 3U3GA 1SKRA 1WSGA 4CHNA 4DTRA 3TAPA 4N41A 3AVAA 4FZYA 3KKSA 1IKYA 1VSKA 4HCBA 2B6AA 4BE0A 1HYZA 2DFHA 4E1NA 4BACA 3D0PA 4CGIA 4KRFA 4F2RA 3D45A 4RW9A 2IDOA 2O4IA 5KTQA 4AHUA 5E41A 3NFAA 1XC9A 1JL1A 3LWLA 2YNIA 3PUFA 1RTHA 1RT7A 1IH7A 4B3OA 1VRTA 1JLQA 5DMRA 5CY4A 3QLHA 3OVNA 5T7BA 4BWJA 4C8LA 3TARA 1KSPA 2X74A 2YNFA 3PX0A 1X9MA 1TV6A 1NKBA 1BL3A 4B9MA 3K59A 3KK1A 4DTXA 4FJGA 1S5JA 4DQSA 2HVHA 3QNNA 1U48A 4DS4A 1TK0A 4BDZA 3K5LA 1QSSA 3VQ7A 1HNIA 1ZBIA 3VQ5A 3TAFA 3BGRA 1BHLA 1HMVA 4I9LA 1X9SA 1ZBLA 1BCMA 3RMBA 3TWHA 1D5AA 4DS5A 5HRNA 2XY6A 1BIUA 3QEIA 4GVMA 4CFBA 3L2UA 3TANA 3PO5A 3CQ8A 3CM6A 3LZJA 3RR7A 1JLCA 3KLEA 3KD1E 4NCBA 5J1EA 4FLYA 1QSLA 1ITGA 1O1WA 3AO2A 1RBSA 4ID1A 5FDLA 3V1RA 4CEOA 4CFDA 3MAQA 4ICLA 1TGOA 4CEDA 4DFPA 4EP4A 3QEXA 3VQQA 3S3OA 2OA8A 2P5GA 4L8RB 2KFZA 1Z26A 2HNYA 4E1MA 4CGHA 2IAJA 2B4JA 4IFVA 4FJJA 3NH1A 1RT4A 4DQIA 3ZCMA 1RILA 3T19A 3ZSWA 3ZT4A 4KB1A 2HHUA 5I3UA 2OZSA 2YNHA 3LWMA 3KIOA 2VWJA 4B9LA 1VSLA 2HB5A 1SKSA 2HW3A 4FW1A 4HUEA 3OY9A 3L2RA 4R5PA 4F2SA 3RWUA 3NDKA 2F8TA 1MU2A 4DTOA 4KTQA 5C25A 4M3TA 3HPGA 3LAKA 3JYTA 1A5VA 3SI6A 1IKVA 5CYQA 3VQ4A 4N5SA 4FLVA 1HYSA 1NK7A 2OPRA 3DLBA 5FRNA 1TKDA 2DY4A 5FRMA 4K8ZA 3TABA 4CF1A 3MEEA 3M8PA 4CERA 4FK4A 3SQ1A 3L3UA 4LSLA 1TL1A 4CF2A 2KZMA 3ALYA 2BE2A 4CJUA 4O4GA 2G8IA 3F73A 2HHXA 1RDBA 1L3VA 1GOBA 3M8RA 2WONA 1KRPA 3FFIA 1TKXA 2KTQA 4HCCA 1ZBUA 4C8OA 3AA2A 3VQ6A 4FLWA 4DFJA 4CEBA 1U45A 1RT2A 4FJ8A 3AVBA 3DLHA 4B9TA 4FJXA 3AVIA 1EETA 1S1XA 3AVFA 1QHTA 5HRPA 1X9WA 2GBZA 2X6NA 1WSHA 2ZQBA 4EP5A 1IG9A 5CYMA 3VQCA 3NHGA 1KLNA 4M3UA 4BDYA 3PX6A 4M3RA 3C6UA 1HPZA 1RBTA 3NF8A 3V1OA 4J2AA 4W5NA 1QQCA 3LALA 4J2EA 2PYJA 3SUOA 1C0UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1TYQA 1UB4A 2EYXA 3AVMA 1YHQA 1RT1A 2EYYA 2P9UA 2QXLA 2WBNA 3R9PA 2FC0A 2P9IA 4KTZA 2HHHK 2E4LA 2LRQA 4OX9K 1XNRK 4FLTA 2QEXA 4DR3K 1QQNA 4BRQA 5BREA 4R79A 3R6OA 4DUZK 4LDYA 3JS6A 4HA8A 5D6WA 1B92A 1IJJA 1GLDG 2J4RA 2CT4A 3TL8B 1FZ8E 3AVNA 4CK2A 4CK1A 4BRGA 3L42A 4J9DA 2E64A 4M3XA 3CCUA 2E5LK 4IBNA 1N33K 1YUWA 2E12A 3AV9A 3PT9A 4DLGA 2M0YA 1HK9A 4JYAK 2J6KA 4YNQA 1BO5O 2HHSA 2LJ1A 3H0HA 3H41A 3LDBA 1N5ZA 2EJFA 2ZPHB 1VQ8Q 1Q82U 3HI0A 5ADXH 3VRZA 1U2VA 3M9QA 5BN9A 4CEEA 2VUBA 2O8FB 5IXFA 2UXBK 2DD4A 4CJVA 1VSJA 3DLGA 3EFOB 1MA9B 2Y4XA 2JUFA 3NF9A 2K79A 3LYIA 3NHNA 2KEAA 4M7DA 5AQYA 2P51A 4E7JA 5CCAA 1WZOA 4JI6K 1WNLA 1W70A 3HRUA 1BA0A 3NFCA 4QVCA 1JLBA 1VAZA 5C24A 5GAHP 3QEWA 5AQMA 4C92B 4A2AA 3THVA 2BTFA 2JGUA 1X6OA 1M1KC 5GIPA 2WFBA 4B9WA 1FJGK 4GVEA 2DL7A 2X51A 3LP3A 3AHUA 3UA7A 2LMJA 4JJNK 1PM3A 3LPTA 3ID8A 1M1KR 1VQMQ 4JK7A 3E19A 4MO5A 1BB9A 2PTKA 2HL3A 1ZXOA 5K14A 4M7AB 2GUIA 1T6CA 2JHAA 2L5QA 3M0TA 2BUPA 4AHTA 3PLAA 1LVKA 2L3PA 2ZGWA 1QHAA 1PNJA 5GAN3 3JSCA 2FPEA 4FWSA 2OAUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5GAH P;  3QEW A;  5AQM A;  4C92 B;  4A2A A;  3THV A;  2BTF A;  2JGU A;  1X6O A;  1M1K C;  5GIP A;  2WFB A;  4B9W A;  1FJG K;  4GVE A;  2DL7 A;  2X51 A;  3LP3 A;  3AHU A;  3UA7 A;  2LMJ A;  4JJN K;  1PM3 A;  3LPT A;  3ID8 A;  1M1K R;  1VQM Q;  4JK7 A;  3E19 A;  4MO5 A;  1BB9 A;  2PTK A;  2HL3 A;  1ZXO A;  5K14 A;  4M7A B;  2GUI A;  1T6C A;  2JHA A;  2L5Q A;  3M0T A;  2BUP A;  4AHT A;  3PLA A;  1LVK A;  2L3P A;  2ZGW A;  1QHA A;  1PNJ A;  5GAN 3;  3JSC A;  2FPE A;  4FWS A;  2OAU A;  4BG9 A;  1WHG A;  4DG1 A;  3CCR N;  5KYU B;  3QII A;  5F0X A;  2QKB A;  4F17 A;  3OA9 A;  2E10 A;  2XIC A;  3CD6 Q;  3NE6 A;  1GLJ O;  3I0S A;  3NGZ A;  2CZ7 B;  4IG0 A;  4IEI A;  5BPM A;  2YX6 A;  2CH6 A;  4F4K A;  5J2M A;  3QZ9 B;  4AKI A;  3VQA A;  1RDW X;  4I6M A;  3O5Z A;  3QDF A;  4QQG A;  2DRK A;  3GOX A;  2CSQ A;  3RER A;  3MK6 A;  1FZI E;  1XWL A;  2RQT A;  4HCZ A;  1YHQ Q;  1CZB A;  2AA4 A;  3WNH A;  4ILJ A;  4LFA K;  2B7M A;  3OYB A;  2DTI A;  2AT1 B;  2RM4 A;  2QEX Q;  4GKK K;  4FJM A;  3SUQ A;  3JCM c; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4HCBA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

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