4HCCA

The zinc ion bound form of crystal structure of e.coli exoi-ssdna complex
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
470
structure length
465
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with the single strand DNA
rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
total genus 165
structure length 465
sequence length 470
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2012-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4hccA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4hccA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hccA01
3OS2A 1BIZA 2D0CA 3LP0A 1KTQA 1TKXA 5E41A 3LP1A 1TL1A 4IFVA 4MQ3A 1XHZA 4DSKA 1S1XA 4AHSA 3ITHA 1RTDA 2F8SA 4JRPA 1W9HA 1KFDA 4BDYA 4OLAA 4B9NA 1WLJA 4Y1DA 5HP1A 1YVUA 4BDPA 4DTJA 4FJKA 4ZHRA 3NCIA 3VA0A 3HSTB 2Q3SA 4LD0A 4CHPA 4FJGA 4CFDA 4IKFA 4LH5A 3JYTA 3NHGA 4KI4A 3NH2A 1KFSA 4DLEA 5C24A 1VRUA 2KW4A 4IDKA 2G8WA 2VG7A 3QIPA 1KRPA 1LV5A 3D45A 3OYAA 3QNOA 1HQUA 2HNYA 5KGWA 3TR8A 4LH4A 3VQBA 4CFAA 3ALYA 3S9HA 4KHSA 4W5NA 4FZZA 3F73A 3F9KA 3HPOA 4J2EA 4M42A 4Z4GA 1HYVA 4DTNA 4PUOA 2B4JA 3SYZA 3ZSXA 4KHWA 3LZIA 3QESA 4M3WA 1C1CA 3OYIA 4C8OA 4PY5A 1X1PA 1EXQA 1S1TA 1BI4A 3KK2A 3DLHA 4Q0BA 1G15A 1HQEA 5FDLA 3OYJA 3SZ2A 1X9SA 4KPYA 2F8TA 1GOCA 1L3TA 2P1JA 2RN2A 3IRXA 3ZSQA 3IS9A 3L2WA 1Z25A 3NGIA 3AVMA 1T05A 5I42A 3OYLA 4KRFA 3AVFA 2GUIA 3U3GA 1QSSA 1KVCA 4NYNA 4B9SA 2KFNA 3P1GA 3L2UA 4EZ9A 1S1WA 3KD5E 3FFIA 3K5LA 3TWHA 1ZBFA 1NK0A 2LSNA 2VG5A 4F3OA 2XY6A 2G8FA 1K6YA 1A5XA 1BISA 4Z0UA 4FLTA 1Y97A 4DSLA 4CCHA 3AA2A 1JLBA 1U48A 1RT6A 3AA4A 4JLHA 3SNNA 5DMRA 1QSYA 1IH7A 4DTPA 1X9MA 4J2AA 3EYZA 1Q8IA 1KLNA 3U3YA 2ZD1A 4KREA 4FLXA 3V1QA 4OKJA 3OS1A 3VQ9A 1RTIA 3EY1A 3CG7A 3KK3A 3IAYA 1JXBA 1ZBHA 1LAWA 3VA3A 2XY7A 1W0HA 4FK4A 1BGXT 3B6OA 1WSIA 1RDCA 3DM2A 1TGOA 3NF6A 5CZ2A 5FRNA 3CM5A 4CJUA 3EZ5A 4B8CA 4FXDA 4GMJB 1TAUA 2D0BA 4CF1A 4CJQA 1L3VA 1RBRA 2YNGA 3TAPA 2IDOA 4DU1A 3B6PA 4C8LA 2Y1JA 4PWDA 5HRRA 4M45A 1QE1A 1I3AA 4MFBA 4OPKA 4BE1A 1NJZA 3AVGA 4GVMA 3O3FA 3RWUA 4OGEA 3PX4A 1KVAA 2VWKA 2B5JA 3AO4A 3OYDA 4JS4A 1L3UA 1VSJA 3AV9A 3DLGA 3SUOA 3DYAA 1IO2A 1J54A 3LP3A 2JLEA 3HPHA 4KTZA 2PZSA 1EETA 3MEGA 1XC9A 1FK9A 4FJIA 4AHUA 1WNSA 2QXFA 2HHSA 3V1OA 3HM9A 3KKRA 2R7YA 3HP9A 2OZSA 3QIOA 4CGDA 4CJ3A 4CJ4A 4CHOA 1T8EA 3AO2A 3ZSOA 1U45A 1NJWA 3L2QA 1WSEA 4DQSA 4ICLA 2RKIA 1JXEA 4BE2A 1JL2A 4J2BA 1VSMA 1VSDA 2PYJA 3C6UA 4B9UA 5C42A 1RBSA 4OPJA 1C1AA 3ZSRA 3OJUA 3SPYA 4OLBA 4CGGA 1CLQA 2GV9A 1RNHA 3PX0A 3AVHA 1JL1A 5K14A 1KSPA 3SUNA 5HLFA 1CXUA 2XHBA 2KZMA 1LWCA 1NKEA 4CK1A 3KD1E 1D5AA 3V1RA 4M41A 3RMBA 4FJHA 5D3GA 5KI6A 4CJ5A 1HRHA 1RBTA 4AHTA 4FLVA 3LAMA 2OPPA 1MU2A 2O4GA 4K8ZA 2WOMA 1FKOA 1RCHA 1C0UA 2Z1IA 2YKNA 3NBPA 3HXMA 4FK2A 1WSFA 1SV5A 3T1AA 5C25A 4CHNA 4O5BA 1VK0A 4R5PA 1T03A 4FJNA 4LSNA 1NK8A 1NK6A 4CFCA 4E89A 2YHBA 1CZ9A 5JS2A 3HYFA 3AVIA 4Q5VA 3QEPA 1Q9XA 1QHTA 4L8RB 2RPIA 1EP4A 3AO3A 2EX3A 2YKMA 1VSKA 3DLEA 3E01A 1TK8A 1LAVA 1TK5A 1RT5A 3CFOA 5J2PA 3QEWA 3ZSVA 1UWBA 1A5VA 4DSEA 2P5OA 4FM0A 3I0RA 3CYMA 4KO0A 4CEDA 4YFUA 4DFPA 4JS5A 3V9UA 5FROA 4DSIA 1XHXA 1NKCA 1S6PA 2P5GA 4CJTA 4E1NA 4E7LA 1RDAA 3NGYA 1WSGA 3G0ZA 1NK9A 1RDDA 2ZE2A 5CY4A 4BWJA 4W5RA 4I9QA 2GBZA 3OVNA 4CHYA 3AO5A 4OGCA 3SI6A 4XIUA 4EP4A 1VRTA 3WNFA 4NCAA 2AJQA 2HHVA 2OPSA 4I9LA 1B9FA 3KLGA 3QEVA 5HROA 2D5RA 3I8DA 4O0JA 3LP2A 3CFPA 3PO5A 3SV4A 1Z26A 4CJKA 4DQRA 3PX6A 3SCXA 4KHQA 4FJJA 3HJFA 3V4IA 4DFJA 4FJ9A 3K5NA 1RBVA 2KQ2A 4B08A 4DTUA 3KLHA 1BQNA 2DY4A 3PY8A 1WN7A 1VSLA 2DFEA 1TAQA 3HVRA 1BIUA 4DLGA 1NK5A 3KIOA 3ZT3A 4E7KA 4DFKA 4GW6A 3VQCA 3CM6A 1SL1A 4KI6A 1VSFA 1ZBLA 2BGGA 2HHXA 1DTQA 5J2MA 3ZSYA 4I2PA 4Z4CA 4O0IA 4FLUA 4W5QA 4E7IA 2IS3A 2QKKA 2HNDA 1LW2A 5KRTA 1ZYQA 3QEIA 1J53A 3TI0A 3OYNA 2Z1GA 4KAZA 1QSLA 3SQ4A 4HUGA 4C8NA 3ZT1A 3K2PA 1D9FA 3DLBA 4CF9A 2G8KA 3AA3A 3LWMA 3L3UA 3QETA 4KB0A 3HK2A 4FJ7A 4FW2A 3QEXA 4YNQA 4N76A 4M3ZA 2JGUA 3ZT2A 4BACA 1N5YA 3KKSA 3WNHA 4CEZA 3I0SA 3HL8A 2BDPA 1NKBA 1XWLA 5HRPA 3SPZA 2YV0X 2X78A 2G8UA 4QCLA 1NOZA 2A1RA 4IG3A 2X74A 4CGHA 4ELVA 3OYFA 3ZT0A 4CGJA 3S3OA 4B3OA 3DI6A 4N5SA 3UIQA 1IKWA 1KVBA 3RRGA 1LWFA 3DOLA 5CYQA 1U47A 3RMDA 1C0TA 4I7FA 2E6MA 3HPGA 4ZTFA 2HHUA 1KLMA 1RT3A 4Z4FA 4OKEA 1I39A 4M3TA 1O1WA 4CJLA 4FLYA 1QS4A 2NUBA 2X6SA 2Z1HA 3U6FA 1YTUA 4HHTA 5DK5A 4H4MA 3L2RA 2OPRA 3QNNA 1ZBIA 3O4NA 2HW3A 4LSLA 3DLKA 1A5WA 4FVMA 4QOZB 2Y1IA 3AVCA 1RTJA 1SL2A 2KTQA 4DFMA 1TKDA 2FBVA 3DRPA 4AH9A 1L5UA 4KHYA 1YT3A 1L3SA 1NJYA 3CQ8A 3SQ2A 5JS1A 4ID5A 1Q9YA 3SUQA 4F2SA 1D8YA 4CEQA 2BE2A 3AVKA 4NCGA 3LALA 3LPTA 4KV8A 4AHVA 1QQCA 4HVJA 2XO7A 4CJWA 1TK0A 1HYSA 3QO9A 3NH0A 2HVIA 2E4LA 4B9VA 4O55A 1IG9A 4F2RA 4JRQA 2DFFA 4CHQA 1GOBA 2B6AA 3AVBA 4AHCA 4CJVA 4DS4A 1S9EA 4CF2A 5KRSA 4PQUA 4CJSA 4BE0A 3O4QA 2OYQA 3L3VA 4M3YA 3KJVA 2HB5A 3VQQA 4W5TA 2DTUA 4DTRA 5KTQA 1ASWA 2W42A 4K8XA 2RF2A 3KLIA 3JSMA 1EKEA 4Z4IA 3K5OA 1S1VA 4DTMA 1JLQA 1JLEA 1HNIA 3NGZA 4M3XA 1WAFA 3VQPA 4DQQA 3SV3A 4CIGA 4B9TA 1TKZA 1TL3A 4FW1A 3L2VA 4HUEA 1RT2A 3VN5A 3QERA 3TAGA 1U49A 2HHWA 3OJSA 3AO1A 3NH1A 3NF7A 3MAQA 3O3GA 2QK9A 5HRSA 4N41A 4RW6A 3KK1A 3K59A 3QINA 4B8AB 1BI4B 4CF0A 3V9ZA 1DTTA 3TAQA 1XI1A 4OKKA 1S1UA 4DF4A 3NE6A 4E1MA 1IKYA 3AA5X 2HHTA 3RMAA 3DOKA 4CERA 3MECA 2KZZA 2YNHA 2FBYA 4OJRA 1BCOA 1RILA 4HCCA 4EZ6A 1VSEA 2YHAA 4WE1A 3OY9A 4Y1CA 5KGXA 3AVNA 2FBXA 4I2QA 4IFYA 4CJEA 1R0AA 1B9DA 3K5MA 4CEAA 4B9LA 1ASUA 3HP6A 1B92A 4CIFA 1N6QA 1S9GA 4DTSA 5T7BA 3CFRA 4KHUA 2O4IA 4RW7A 1NK7A 4CJRA 3NAEA 4KHNA 4F3TA 3TANA 3ASMA 1IKXA 4RG8A 1TKTA 1HMVA 3ZT4A 1UA0A 4DQIA 4DSJA 3S3NA 3RTVA 4KB1A 2ATQA 3TAFA 3NFAA 4DTXA 4FZYA 5EU7A 4IG0A 3OYBA 3QLHA 5FRMA 4HCBA 4DTOA 4FCYA 3RR7A 3AVJA 4G1QA 3C95A 3VQDA 3ZSZA 4CJPA 4KTQA 4N47A 4EP5A 3PUFA 4F8RA 1BCMA 1C6VA 2G8VA 3C94A 2WONA 1ITGA 3LAKA 4AILC 3LANA 3LPUA 4DU3A 3VQ8A 4E19A 5SZTA 2IOCA 1BL3A 4H4OA 3OYCA 4IBNA 1REVA 1UOCA 4FM2A 1J9AA 1U04A 3OYKA 2BANA 4CK2A 2PY5A 2FC0A 4CGIA 4E0DA 4N56A 4Z4HA 4HUFA 3VQ5A 4F4KA 3K57A 2OZMA 3VQAA 3TAEA 4ELTA 2FBTA 4CFBA 3HT3A 1HPZA 4CK3A 3M8PA 3V9XA 1FKPA 4AHRA 2F96A 1RTHA 4FYDA 4O44A 1TV6A 2E6LA 3THVA 4ID1A 3G10A 1GOAA 4J2DA 3DRRA 5I3UA 3LZJA 1WSHA 4DG1A 2ITGA 4FJ5A 4H8KA 3TARA 1RT7A 3AVAA 1RDBA 4M3UA 2YNFA 1IKVA 3V81A 3SJJA 4E7HA 4FJMA 1SUQA 4C8MA 3LWLA 2HNZA 4PA1A 3VQEA 4CGFA 3OS0A 1RT1A 3NF9A 1DLOA 4CIEA 4W5OA 5J2NA 1HNVA 3TABA 4CESA 1JLGA 3RR8A 2QKBA 2XRIA 3RRHA 1S6QA 3WNGA 1JLFA 4Z4EA 4BDZA 3V6DA 2G8HA 4NYFA 3RMCA 4CEOA 5HRNA 4DU4A 4B9MA 3VQ6A 1UAXA 3ULDA 1NJXA 1S5JA 3OYHA 1SKRA 3KTQA 4FJXA 4CE9A 1EX4A 1ZBUA 2ETJA 3P83D 3OYMA 1T7PA 2OA8A 3SUPA 3DRSA 1JLCA 3H08A 2IC3A 3DLRA 3D0PA 4KFBA 4RW9A 3T19A 3K58A 3ZSWA 5CYMA 1CZBA 3HO1A 3TAMA 4UQGA 3O3HA 3S3MA 3T3FA 4CF8A 4DS5A 3AVLA 1CXQA 4M3RA 4CEEA 3L8BA 4FM1A 1NOYA 4NCBA 3PO4A 2VG6A 1JKHA 4ZTJA 4E3SA 3HVTA 3ISNC 1VSHA 1U4BA 4FK0A 2VWJA 2IAJA 3IG1A 3OYGA 2HMIA 1BHLA 3MEDA 3KLFA 3C6TA 3SQ1A 4RW4A 1RT4A 3VQ4A 1ASVA 1WSJA 3DMJA 5J1EA 3KLEA 3LDSA 4OVLA 2XY5A 4DF8A 1LWEA 4O4GA 4FZXC 4TSXA 3M8QA 1J5OA 1SL0A 2HVHA 3MXMA 1NK4A 4DSFA 4C8KA 4DWIA 1F21A 4FJ8A 1X9WA 2DFHA 2EHGA 3WNEA 4FLWA 1HYZA 4FLZA 2X6NA 1SKSA 3P5JA 4DQPA 3ZCMA 1FXXA 3MXJA 2Z1JA 1VSIA 2ZQBA 4KTWA 1UA1A 5CZ1A 3VQ7A 2P51A 5J2QA 5HBMA 3MXIA 1C0MA 4CEFA 4LY7A 3M8SA 2KFZA 4RW8A 3V9WA 1KCFA 1YTAA 1SKWA 3PV8A 2A1SA 4QAGA 4HTUA 1HJRA 3NDKA 4FJLA 1BQMA 1JLAA 4DMNA 4ELUA 2IGIA 3M8RA 2I5JA 3NF8A 2HHQA 2YNIA 1C1BA 4KKOA 4CEBA 2G8IA 1LW0A 3OYEA 2OPQA 1RBUA 3A2FA 3BGRA 4CJFA 2D0AA 4BWMA 2PYLA 1TVRA 2XY8A 3MEEA 4CECA 1QTMA 5SWMA 3SQ0A 1D9DA 1WAJA 3BDPA 3V9SA 4CHZA 4E7JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2L3RA 2I2LA 4C5IA 1BIZA 1X27A 4YORA 1KJWA 5BRFA 2KEAA 2H3EB 2RQWA 1PC0A 3TREA 4IFVA 1S1XA 4MQ3A 4JI6K 2FLOA 4M75A 3CCRT 4AHSA 4CZIA 4BR5A 4BDYA 5GAGP 3CCVN 4OLAA 1U1SA 3LDQA 9ATCB 3G6ET 1DEJA 4ISEA 3D7SB 4CHPA 4YOUA 4CFDA 3VESA 1SPKA 3NMZC 2HSTA 3NHGA 2RQTA 4LH5A 3JYTA 2DK3A 5HCKA 3D6RA 3VEOA 4WCEL 5I9EB 4XTUA 2G8WA 3UT1A 4M78A 1P92A 3OYAA 3VQBA 4BC5A 3A8MB 1YJNA 3ALYA 4OVAA 1FMKA 3C7NB 1QCFA 4F7UE 5FPEA 4FZZA 2O8BB 3PIOL 2HAXA 2RF0A 3H0HA 2VGMA 2DMOA 2K9GA 4J2EA 1OU8A 1UJYA 2AK5A 4EMHA 3GP8A 4X5MA 1OI1A 2BZXA 2B4JA 4CBUA 3ZSXA 4H0VB 4KHWA 4PUOA 4JDSA 5I11A 3VEWA 1HUXA 2EAYA 1KAXA 4JKGB 4PY5A 3DLHA 4OMLA 2GQIA 5GAN5 1QVGA 4BC2A 5FDLA 3SZ2A 3MWTA 1X9SA 2QGGA 3ER0A 4KPYA 1H3ZA 2JOYA 1XJWB 2DBMA 3CQYA 2DZCA 2PUOB 1VQPT 1L3TA 4J7IA 3M6GA 3ENBA 4L3QA 2O8EA 2JNGA 1JJ2S 3N4PA 4KRFA 1BU6O 5C2FA 1KXPA 3U3GA 4JLGA 2RHUA 1BG3A 4JI2K 4CC7A 4JZ4A 4OPAA 2JXBA 2FYOA 2HBPA 2XMFA 5LJ3h 1GXIE 5LJVA 3O1BA 1WXBA 2LSNA 2VCPA 4NO7A 3THWB 3SLCA 4Z0UA 2OTJN 4BG8A 1V76A 1QZ6A 4IURA 5M1PA 3MCAB 5GANj 1H641 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2XY5 A;  4DF8 A;  1LWE A;  4O4G A;  4FZX C;  4TSX A;  3M8Q A;  1J5O A;  1SL0 A;  2HVH A;  3MXM A;  1NK4 A;  4DSF A;  4C8K A;  4DWI A;  1F21 A;  4FJ8 A;  1X9W A;  2DFH A;  2EHG A;  3WNE A;  4FLW A;  1HYZ A;  4FLZ A;  2X6N A;  1SKS A;  3P5J A;  4DQP A;  3ZCM A;  1FXX A;  3MXJ A;  2Z1J A;  1VSI A;  2ZQB A;  4KTW A;  1UA1 A;  5CZ1 A;  3VQ7 A;  2P51 A;  5J2Q A;  5HBM A;  3MXI A;  1C0M A;  4CEF A;  4LY7 A;  3M8S A;  2KFZ A;  4RW8 A;  3V9W A;  1KCF A;  1YTA A;  1SKW A;  3PV8 A;  2A1S A;  4QAG A;  4HTU A;  1HJR A;  3NDK A;  4FJL A;  1BQM A;  1JLA A;  4DMN A;  4ELU A;  2IGI A;  3M8R A;  2I5J A;  3NF8 A;  2HHQ A;  2YNI A;  1C1B A;  4KKO A;  4CEB A;  2G8I A;  1LW0 A;  3OYE A;  2OPQ A;  1RBU A;  3A2F A;  3BGR A;  4CJF A;  2D0A A;  4BWM A;  2PYL A;  1TVR A;  2XY8 A;  3MEE A;  4CEC A;  1QTM A;  5SWM A;  3SQ0 A;  1D9D A;  1WAJ A;  3BDP A;  3V9S A;  4CHZ A;  4E7J A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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