4JRPA

Structure of e. coli exonuclease i in complex with a 5cy-dt13 oligonucleotide
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
469
structure length
460
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEASDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5cy-dT13
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 159
structure length 460
sequence length 469
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4jrpA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4jrpA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jrpA01
1S1UA 3OYKA 4AHUA 3OYEA 4AH9A 3HP6A 5KGWA 3CFRA 1VRTA 2R7YA 2HVHA 2DFFA 3K5OA 4M3ZA 3TAEA 3ISNC 3L3VA 4IG3A 2B4JA 3RMDA 2PYLA 3PY8A 4KHWA 3AVKA 3C6UA 4Z4HA 3JYTA 3RTVA 3C6TA 1QHTA 3OYNA 3OYBA 4W5RA 3VQEA 1JXBA 2VG5A 4OPJA 4C8NA 2HHQA 2VG6A 4CFCA 1HRHA 3KTQA 4FJLA 1JL1A 3QEXA 4DQSA 2O4IA 3HPHA 4UQGA 3V9ZA 3TI0A 1Y97A 4B9VA 4F2SA 2HHTA 1BIZA 4GVMA 4J2AA 1ZBFA 4YFUA 3H08A 4W5NA 1RTJA 3QEIA 3TWHA 3DLGA 4ZTJA 3KJVA 3K5LA 1LAWA 3VA0A 4FLTA 4KHNA 4KHQA 3M8PA 4KRFA 2KFNA 4JS5A 2ITGA 4KREA 3HPOA 1NKCA 1D9FA 1RBTA 1WSJA 4DFJA 1HPZA 3LWMA 2OZSA 1T05A 4FJHA 4M3XA 5DK5A 4HTUA 3SQ1A 4PQUA 3SI6A 4CHQA 2OPQA 5SZTA 3VQDA 1BQNA 1GOAA 4EZ6A 4DQRA 4F3TA 1LV5A 3M8QA 3KIOA 3CM5A 4KO0A 3AVAA 2OPPA 4KTQA 4JRPA 1RDCA 4RW9A 3AO2A 4O0IA 4C8MA 4EP5A 4DSEA 3QNNA 5EU7A 3ZSZA 3V9XA 4JS4A 3G0ZA 4KB1A 4OJRA 2E4LA 5C24A 4DS4A 1NJXA 4F4KA 2XY8A 4CJUA 3IAYA 3MECA 3HP9A 3LALA 3KD5E 2Z1GA 1FXXA 4CF0A 3DMJA 1LW2A 1UAXA 3NF7A 5KI6A 1BCOA 4W5TA 3IRXA 3SNNA 4CERA 4J2BA 4FJJA 5D3GA 3K5NA 3VN5A 1CXUA 1UA0A 3MXJA 1Q9XA 4CESA 3MAQA 3DM2A 1X9SA 1XHXA 2A1SA 4DSKA 4B9SA 1ASVA 4CGGA 1VRUA 2RPIA 3AA5X 4O5BA 4CHZA 1NK5A 4BE1A 3ZSOA 1TL3A 5J2MA 4Z4IA 1JLBA 1BGXT 4M3TA 4FXDA 2IS3A 3KK1A 4FJ5A 5HRPA 1B92A 1J9AA 2HNZA 1S1TA 3KKRA 1B9FA 3LP0A 1ZYQA 3OS0A 4NYNA 1XC9A 1QSYA 3HVTA 3P1GA 3L2UA 3EZ5A 1RTIA 2D0CA 3AVBA 2AJQA 1J53A 3DLKA 1QQCA 3VQ8A 3AVLA 3DRSA 4ELTA 3QINA 4LY7A 1ZBHA 2FBYA 3U3YA 3A2FA 2BANA 1TAQA 3LP3A 4CHYA 4FJNA 3HYFA 3AVHA 1NOYA 5CYQA 3K58A 1ZBLA 4DWIA 1WSGA 2I5JA 4Z4FA 4K8ZA 1LWEA 4AHTA 3QESA 1C1CA 1JLEA 2O4GA 3OYMA 3NF6A 1IKYA 3VQ9A 3TAGA 4NCAA 4F8RA 3HL8A 3AO5A 2OPRA 2IGIA 3QIPA 4BWMA 3V1RA 3MEDA 4CEAA 4CEEA 3OYFA 3EYZA 3D0PA 1D9DA 2JLEA 4DTUA 3LZIA 1Z25A 3AVIA 4QOZB 3OJUA 4H4MA 1C1AA 4DTNA 1D8YA 4E7KA 3JSMA 1VSLA 4DG1A 1HJRA 2E6MA 3NH2A 3ZSWA 1W0HA 3CFPA 4CHPA 2OA8A 4KAZA 4B3OA 4DFPA 2JGUA 3CM6A 4NCGA 1X1PA 4M3UA 3HSTB 4W5QA 3VQBA 3SPYA 3NDKA 4DQQA 4EZ9A 4ICLA 4AILC 4BACA 1U45A 1A5VA 1Q8IA 4IBNA 1DTTA 1NKEA 4DQIA 5HRRA 1IG9A 1JLFA 5J1EA 2KZMA 4OKEA 1TKTA 4DU4A 3BGRA 3K59A 1JLQA 4G1QA 3SZ2A 2G8IA 2YNIA 3ZT4A 1VSHA 3AVCA 3DLEA 3LPTA 1JL2A 4AHVA 4PY5A 4IG0A 3ULDA 4B9MA 1BQMA 4ID1A 3HO1A 2HVIA 4O44A 4BE0A 3U3GA 3MEEA 4CHOA 4BE2A 1TV6A 3B6PA 4K8XA 4B9LA 1BISA 3PX0A 3LWLA 4H4OA 1GOCA 4E7LA 4FLXA 3DRPA 1TK0A 1L5UA 3DOLA 4M3RA 4FYDA 2FBVA 4DTXA 4RW6A 4CJFA 4OVLA 3OY9A 2PZSA 4DTPA 4N76A 4N56A 3SQ2A 4W5OA 4E89A 4FVMA 3QO9A 3SJJA 2D0BA 1T03A 2RN2A 4ELVA 4DTOA 3OYHA 4CIEA 2HMIA 4R5PA 3SQ4A 1RILA 4CGJA 1WSHA 4CJQA 2D5RA 3OVNA 4E3SA 4CCHA 3SPZA 1JLCA 4CK2A 3ASMA 4B9TA 1LW0A 1VSIA 4CF1A 1NK9A 4N41A 3VQQA 3ZSYA 3TANA 1L3SA 2B5JA 2W42A 3DLHA 3TR8A 2KTQA 1EKEA 3ZT0A 1IKVA 5KTQA 3PUFA 1C0TA 1HMVA 3O3FA 4FZYA 3NAEA 1HYVA 1C1BA 2ZE2A 3CYMA 4Y1DA 4CGHA 4E1MA 3MXIA 3HXMA 1QSSA 3AO4A 4OGCA 3VQCA 2BGGA 1RT1A 4FJ8A 1BL3A 5FROA 4CEQA 2G8HA 3V9UA 4OLAA 4HCCA 1JKHA 1IH7A 3ZCMA 3KLHA 3PX6A 2XRIA 3V81A 1IKWA 4B9UA 1YT3A 4KKOA 1EETA 1RCHA 3CG7A 3AV9A 4FJ7A 1S1VA 3OYIA 3S3OA 3BDPA 3VQ5A 4CIGA 1LAVA 2LSNA 1S9GA 3O3HA 1QSLA 2IAJA 4DMNA 1NK0A 4B08A 1RTHA 1X9MA 1W9HA 3HPGA 2VWJA 5KRSA 4OKJA 1L3UA 3F9KA 4PA1A 1SKWA 3TABA 4CEDA 5C25A 3AVGA 4LSLA 4EP4A 4M3WA 5CY4A 5CZ1A 3IS9A 1T7PA 3OYCA 3NHGA 1CLQA 1U48A 3HK2A 1Z26A 4KHSA 1RDBA 1ITGA 1JLAA 1UOCA 1IKXA 2BE2A 3KLIA 1FK9A 2YNGA 4FLVA 4C8OA 1TAUA 3RMCA 1NKBA 1RT4A 3S3NA 2GBZA 1EP4A 3O3GA 5FDLA 5JS2A 3ZSQA 1XWLA 3AA3A 5I3UA 3QEVA 5K14A 4KFBA 1BI4A 3O4NA 1SKRA 3OJSA 2G8WA 2X6SA 1BCMA 4CEBA 4MFBA 4DTMA 4DF4A 2P5GA 1WSIA 3RMBA 3UIQA 4M3YA 3KLFA 3RRHA 3HT3A 3CQ8A 4CGDA 3QERA 1RBSA 4F3OA 2A1RA 3RMAA 1XI1A 1BI4B 1TVRA 2VWKA 2XO7A 3NBPA 3OYDA 3ZSVA 5HRSA 1SKSA 2X78A 3AA2A 4BDZA 3IG1A 4KI4A 2F8TA 3C94A 3FFIA 2FBTA 1WSFA 2YV0X 1KVCA 3PX4A 3TAQA 1RDDA 3PO4A 3KD1E 1EX4A 1VSMA 3OS2A 2PYJA 1RT2A 4OGEA 1SUQA 2ETJA 1DLOA 3SV3A 4DF8A 3B6OA 3C95A 2YKMA 4CJSA 3QEWA 4CE9A 3VQ4A 4J2DA 4HHTA 2YHAA 5KGXA 2XY5A 1KLMA 3MEGA 4E7JA 3T3FA 1XHZA 4OPKA 4IKFA 4Z4GA 4DQPA 3K57A 1RT7A 3V9WA 1B9DA 4IFYA 2KW4A 4QAGA 3ZSRA 3I0SA 1HYZA 3LP1A 1MU2A 2GV9A 5C42A 3HVRA 4KV8A 3PV8A 2OPSA 1REVA 3LAKA 4LSNA 1A5WA 1FKOA 3TARA 4ZTFA 2OYQA 3OYAA 2XY7A 4FK4A 1HYSA 2DY4A 3KLEA 1WSEA 1K6YA 2HNYA 3QNOA 2ZD1A 5J2QA 4DTJA 3L2RA 4FJXA 1JXEA 5FRMA 1U04A 4XIUA 1G15A 1TKDA 4KHUA 3HJFA 4CJTA 1VSEA 3DLBA 1HQEA 4FLUA 1ASWA 5T7BA 1UA1A 3WNFA 4LD0A 4PUOA 2YKNA 1VSDA 1UWBA 4Q5VA 1L3TA 4RW8A 2QKKA 4AHCA 3ZT1A 4FJIA 1KFSA 3WNGA 2G8VA 5KRTA 2OZMA 1R0AA 2E6LA 2X74A 3I8DA 1KTQA 3QEPA 2HHVA 4FM0A 2QK9A 4DLEA 4FJKA 2HHSA 3CFOA 3LPUA 3LDSA 3SYZA 1RT5A 2FC0A 1WNSA 3V9SA 4O55A 2ATQA 2Z1HA 3NCIA 4HVJA 4CJ3A 1I3AA 3L8BA 4NYFA 4CGIA 3SUPA 4FLWA 1C0MA 1TKXA 1TKZA 5HROA 4CFAA 2YHBA 4Y1CA 4E7HA 4FK2A 3T19A 5HRNA 4KPYA 1ZBIA 4QCLA 2HW3A 1S6QA 2P1JA 2PY5A 4DTRA 4CJVA 2EX3A 2XHBA 1SL2A 2YNFA 4Z4CA 1YTUA 1O1WA 3L2VA 1FKPA 1T8EA 3K5MA 4FZXC 2KZZA 2DFHA 3K2PA 4N47A 1KVBA 4AHSA 1NJZA 2QKBA 4GMJB 1VSJA 1RNHA 4I9LA 1S1XA 1YTAA 2FBXA 4FM1A 3V6DA 1X9WA 1J54A 3DLRA 2P51A 3P5JA 4FJGA 5CZ2A 4H8KA 4JLHA 4CJPA 4C8KA 2RKIA 1SV5A 1VSFA 4DU1A 1SL0A 3KK2A 1RT6A 2DFEA 3NGYA 1SL1A 1CZ9A 1NK8A 4CJ4A 1KLNA 4HUFA 3LZJA 3ITHA 3WNHA 4I2QA 4E1NA 3NGZA 2G8FA 1RTDA 2GUIA 3LP2A 3VQAA 2P5OA 1TK8A 3ZT2A 3I0RA 1L3VA 4E7IA 1KSPA 4DTSA 2XY6A 2WONA 4FJ9A 2IDOA 1KRPA 4CF8A 4DSJA 3THVA 4CJ5A 1IO2A 3NE6A 1J5OA 2EHGA 1QTMA 2KQ2A 1HQUA 4CEOA 4M41A 3RR7A 4AHRA 4J2EA 2BDPA 5E41A 4CF9A 2Z1JA 4CHNA 3KK3A 4B8CA 1RBVA 3HM9A 1LWFA 1N6QA 4FZZA 2Q3SA 4CJKA 3KLGA 1VK0A 3T1AA 4CF2A 1WAFA 3G10A 4KTZA 1QE1A 1NK7A 5SWMA 1F21A 4DS5A 4HUGA 3V1OA 4C8LA 1U4BA 1KVAA 3DRRA 5CYMA 4YNQA 4CJLA 3O4QA 1KFDA 3AO3A 4JRQA 4DSFA 4Z4EA 4FLZA 2D0AA 3L2QA 1D5AA 3DI6A 5HLFA 3QETA 2HB5A 2KFZA 4CFBA 3L3UA 4NCBA 1S5JA 3OYGA 4CEFA 4CJEA 1WN7A 4RW7A 3OYLA 4GW6A 1S9EA 3E01A 4FLYA 3DOKA 3SV4A 3V4IA 3MXMA 3TAMA 2HHXA 3KKSA 3ALYA 2IOCA 4KTWA 4PWDA 3VA3A 4DSLA 2WOMA 1C0UA 1RBUA 4OKKA 4CGFA 3NFAA 1EXQA 4CEZA 1WAJA 3NGIA 1YVUA 4DLGA 1LWCA 2RF2A 3SUNA 1VSKA 3NH0A 3LAMA 3EY1A 1ASUA 3RR8A 3VQ7A 4L8RB 3M8RA 4FW1A 2X6NA 3OS1A 4KHYA 4KB0A 4CK1A 4DU3A 1C6VA 4ELUA 4CFDA 3SUOA 4BDPA 1U47A 4B9NA 4CIFA 1CXQA 3TAFA 2Y1IA 1NJWA 1CZBA 4E0DA 3TAPA 1RDAA 1HNVA 3M8SA 3NH1A 3S9HA 3NF8A 1KCFA 3AA4A 3AO1A 1QS4A 4CK3A 4Z0UA 5DMRA 5J2PA 4DFKA 4I9QA 2QXFA 1JLGA 3OYJA 3U6FA 3RRGA 4M42A 4Q0BA 1HNIA 3ZSXA 1U49A 2G8KA 2F96A 2DTUA 2Z1IA 3NF9A 1DTQA 3V1QA 1NOZA 4BDYA 5HP1A 3VQ6A 1BIUA 1TGOA 3SCXA 3QLHA 1TK5A 4M45A 2F8SA 2B6AA 2IC3A 4CECA 4N5SA 4FK0A 3SQ0A 4O4GA 4RG8A 4IFVA 1TL1A 5HBMA 1NJYA 4IDKA 4MQ3A 1N5YA 4HUEA 2HHWA 3D45A 4F2RA 1RBRA 1S6PA 2HNDA 3S3MA 1ZBUA 5I42A 1S1WA 3LANA 4LH5A 4FM2A 4ID5A 4FCYA 3AVMA 2HHUA 5JS1A 3AVNA 3DYAA 1RT3A 4FW2A 3PO5A 3SUQA 1A5XA 4I2PA 4CJRA 1NK6A 4TSXA 3P83D 2NUBA 3AVFA 1I39A 5J2NA 3RWUA 3L2WA 4B8AB 2YNHA 4WE1A 2VG7A 4CJWA 4O0JA 5FRNA 4BWJA 3WNEA 2Y1JA 4KI6A 4HCBA 4OLBA 4DFMA 1BHLA 3F73A 4RW4A 2G8UA 4LH4A 4DSIA 4I7FA 4FJMA 3ZT3A 1GOBA 2ZQBA 4ZHRA 1NK4A 3AVJA 4E19A 1Q9YA 3QIOA 3VQPA 1WLJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EO1A 3LYIA 3ID8A 5KYWB 2CH5A 3CFRA 3CCLQ 1W7AA 1K8KA 3CXCS 1X43A 4A54A 1GLFO 5AFUH 4JKCA 2K9GA 3L3VA 4IG3A 1VQMQ 4KHWA 4IIOA 4IO8A 4CW7B 1ILYA 3JYTA 5JLHA 3C6TA 1K73O 2PUKB 4IOAL 3OYBA 3VQEA 1I94K 4NOYA 3UA6A 2HHQA 3JV3A 4O5FA 4DV1K 3KTQA 2OTJN 1JL1A 3T7ZA 3HPHA 1VQKA 2KY9A 4GVMA 1GCQA 4YFUA 4W5NA 1HK9A 1NGBA 3QICA 3G71N 1JXMA 3ASKA 4P5NA 1BI1A 4ZTJA 1ABOA 3UB5A 3CCQN 3H3OB 4WF2A 1LAWA 2H8HA 3MKDA 4XH5A 4KREA 2M16A 5AQYA 3HPOA 1RBTA 3F70A 4M3XA 2V8IA 1YWPA 3LWMA 4HTUA 1YJ9N 5IH2A 3SI6A 1PRLC 1X3MA 2OPQA 1V76A 4M75B 4EZ6A 1BQNA 3CBOA 1GOAA 4ILGB 5AQRA 1K73U 2FPFA 2IVOA 1UUEA 2F69A 2GFUA 2ZPFB 4DQRA 4HWIA 1FZ0E 1FZ6E 1LV5A 1H8KA 4DEYA 1RDCA 4FU6A 2QW9A 3CJ9A 5CHIA 3V7CA 2MCNA 3UO3A 5GANf 5EU7A 4DV4K 5KCHA 2UUCK 2LTOA 1K9MR 3WQTA 5KYYA 1IREB 2XY8A 1W70A 5FW9A 2DEBA 4A4KA 1KQSP 2I7PA 2QWLA 3DMJA 3A5ZB 3QHSA 1ZQ1A 1AWOA 1X2QA 4JK8A 2ZPIB 3SNNA 3OMGA 2YUOA 3VN5A 1CXUA 1XOVA 1UA0A 3LLRA 1E4GT 1Q9XA 1M2VB 1OI1A 4CESA 3H1QA 1VQ7Q 5GAOn 3WVDB 1XHXA 5D7UA 4LN2A 2A42A 2E1YA 4DSKA 1ASVA 3LWHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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