4JRQA

Crystal structure of e. coli exonuclease i in complex with a 5cy-da13 oligonucleotide
Total Genus 143
50100150200250300350400450020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
468
structure length
460
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEATPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS5 (97-101)S1 (10-18)S4 (47-50)AH4 (108-119)S3 (41-42)TI1 (22-25)TI2 (23-26)TI3 (37-40)AH3 (81-93)S2 (28-37)AH16 (401-415)3H6 (416-418)AH1 (61-67)TIV1 (54-57)AH18 (437-454)AH2 (71-77)TIV6 (122-125)TII1 (128-131)TIV2 (94-97)TIV8 (156-159)TIV4 (103-106)TIV3 (101-104)3H1 (125-127)TI4 (104-107)AH14 (341-351)AH7 (183-200)TIV13 (290-293)AH5 (137-147)TI9 (302-305)S10 (298-302)AH6 (166-173)AH8 (202-211)S8 (243-251)AH9 (214-220)3H2 (234-236)S7 (229-232)TIV12 (286-289)TIV9 (222-225)TI6 (223-226)TIV10 (252-255)TI7 (255-258)S9 (258-263)TIV11 (263-266)AH10 (268-273)AH13 (327-339)AH11 (276-284)TI8 (287-290)S11 (308-311)TI10 (303-306)AH12 (317-323)TI12 (387-390)AH15 (374-385)TI13 (388-391)TI14 (391-394)TIV15 (392-395)O2 (434-436)AH19 (458-474)AH17 (421-434)S6 (133-136)TIV7 (129-132)TI5 (157-160)O1 (296-298)3H4 (312-314)TIV14 (390-393)TIV16 (454-457)3H3 (238-240)3H5 (363-365)TI11 (366-369)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5cy-dA13
total genus 143
structure length 460
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4jrqA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4jrqA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jrqA01
5DK5A 3MECA 5HRRA 5KRTA 3VQ9A 2XHBA 1VK0A 2P1JA 3QIOA 3HPGA 2B4JA 3S3OA 3K5NA 3M8PA 3L8BA 3IAYA 4DSKA 4DU1A 3K58A 1RTDA 3RMBA 5J1EA 4FJ9A 3AA5X 2NUBA 1N5YA 1RT4A 2O4IA 4LD0A 3HP9A 4K8ZA 4FJ7A 3AA2A 3SYZA 3U3GA 3CFOA 3TAQA 4AH9A 3TR8A 4DLGA 4OJRA 1QQCA 3LP3A 3OS0A 1XHXA 3K59A 3RR7A 3QINA 4CJ3A 4KI6A 3SQ1A 4F2SA 1ITGA 2IDOA 2BGGA 1TV6A 1WAFA 4FLWA 4KHSA 1ZBIA 3NBPA 1TKZA 2QXFA 4O0IA 2DFHA 2KZMA 3O3FA 3U6FA 3QEWA 2P51A 2G8UA 1JLGA 3LANA 5KI6A 3VQQA 1RTHA 4N56A 1QSLA 2OPRA 3DLRA 4PUOA 1TKXA 2GV9A 2XO7A 4KI4A 2YNGA 3EYZA 2EHGA 2X74A 3HVTA 4MFBA 3KK2A 1HJRA 1IH7A 4CEEA 3OYIA 3VQEA 3MXIA 1LAWA 4J2EA 4CJ4A 4BDYA 4KREA 1RBSA 1KFDA 3TAMA 3V1RA 2WOMA 3I0RA 3EY1A 3RMAA 4DQPA 4CJWA 3SQ0A 1NK4A 3C6TA 4ZTFA 4CF8A 3K2PA 3V9WA 4H4MA 3T3FA 2QKBA 4NCBA 4L8RB 3L2QA 3SQ4A 2E4LA 4F8RA 2Q3SA 2QKKA 5D3GA 2KFZA 4WE1A 3C6UA 3DRRA 3AA4A 1WSGA 3KK3A 4DFMA 1TK8A 1IG9A 2OZSA 1LWFA 2G8KA 1VSIA 2RF2A 1RT2A 1UA0A 4K8XA 1SL2A 1WAJA 3FFIA 3QEIA 1CZBA 3MEEA 3TAFA 4JS4A 4CFCA 4AHTA 4KHNA 3MAQA 4DFJA 4E7KA 2BANA 1VSEA 1RBVA 4DQSA 4DFPA 2XY5A 4FK2A 3KIOA 2G8WA 4PY5A 4OKEA 3ZT3A 4CIFA 1TK0A 2FBVA 4DWIA 4DSLA 4OGCA 1EETA 3TI0A 3PO5A 3V9XA 1L3TA 4FJ8A 3P5JA 4CESA 1FXXA 1Q9XA 3L3UA 1BQMA 4CJRA 2E6MA 4FM0A 1FK9A 3CM5A 3NFAA 3DLBA 4C8LA 1UOCA 3NDKA 4OGEA 3PUFA 2BDPA 3L2VA 3S3NA 2Z1IA 4DG1A 4FW2A 1REVA 4CF0A 4BE0A 5CY4A 1NJYA 3VQ5A 3DYAA 1VSMA 4ICLA 1LWEA 4KFBA 4FCYA 1KVBA 1WSEA 3OYEA 4B9MA 4KV8A 4CJFA 4E19A 1X9WA 2VG7A 3OS2A 1D9FA 4NYFA 3KKRA 1S5JA 4E1MA 1WN7A 4HHTA 1Z25A 5KGWA 3LWLA 3HYFA 3AO3A 1CXUA 2ZE2A 2E6LA 3ZSZA 3NHGA 1U45A 1YTUA 4W5QA 3KJVA 4I7FA 3NCIA 2KQ2A 3AVJA 4G1QA 4DU4A 1JLBA 4E1NA 2ATQA 5J2MA 1IKXA 3BGRA 3QIPA 4CK1A 3QEXA 1BISA 2DTUA 2HHQA 4AHRA 5KTQA 3OY9A 4E7HA 3UIQA 1LW0A 4CJLA 1I3AA 3SZ2A 1S9EA 2FBXA 4CHNA 4DQIA 4TSXA 4CERA 2RPIA 1UAXA 3V9SA 1JLEA 4RW8A 4R5PA 1SL1A 2PYJA 4F3TA 3LZIA 3TAPA 4JRQA 3OVNA 4DFKA 3HP6A 4B9TA 3AO2A 1BCMA 2IGIA 5I42A 1LV5A 3EZ5A 4DSEA 1KRPA 4CJKA 1L5UA 1SKRA 1YVUA 4W5OA 3NAEA 1BGXT 3OYDA 3U3YA 2PY5A 4ZTJA 1CXQA 4F4KA 4Z4GA 4OLAA 4I2QA 4CHYA 5DMRA 4YFUA 1RT5A 4FM1A 1NK8A 1RDBA 1S1UA 2X78A 1NKBA 4F2RA 1JLAA 2FBYA 4DTPA 3QNOA 4FLXA 3JYTA 1RDDA 2EX3A 1HYSA 2B6AA 4DTXA 4Z4EA 1JKHA 4HCBA 4FJGA 3DLKA 3ZSWA 3ALYA 4DQRA 1ZBLA 2HVIA 3V81A 3TARA 4CEQA 4LSLA 3TAGA 4EZ6A 4FZYA 3HK2A 3SQ2A 4CFBA 4EP4A 1B92A 2ETJA 2G8FA 1ASWA 3SI6A 1QE1A 1C6VA 4BWMA 3H08A 4GVMA 3PV8A 1QSYA 4F3OA 4LH5A 1HQEA 1QHTA 4CIEA 5HBMA 3O4NA 1ASVA 4CE9A 1T7PA 4QOZB 3RMDA 2OPQA 3QLHA 1DLOA 4IBNA 1GOAA 3QNNA 4HCCA 2D0AA 3B6OA 3VN5A 1C1CA 3DM2A 3LP2A 3LP1A 4CJEA 4CHQA 3P1GA 1L3VA 2KW4A 3KLIA 4LH4A 4CHZA 3KLHA 2KFNA 1TAUA 5CZ2A 3HPOA 1XC9A 2HHSA 1S1TA 1KVAA 3NGYA 5HP1A 1QTMA 3ZSRA 3O3GA 1NJZA 2YNIA 1RT3A 1BI4A 1U04A 3RR8A 2IAJA 3K5OA 4FJLA 3P83D 1HPZA 4O4GA 4CF9A 4E7JA 3DOKA 4CJPA 3OYKA 3S9HA 4O55A 1O1WA 4CGDA 2F8SA 3NH0A 1D5AA 5HRSA 1HYVA 1KCFA 4M42A 4KAZA 2RN2A 2OPSA 3VQAA 4E7IA 2PZSA 3DI6A 1BI4B 2IC3A 3MXJA 2VG6A 3D0PA 4IKFA 5I3UA 4FW1A 4FLZA 3E01A 3NF9A 3OYAA 1F21A 1KSPA 3ZSYA 3KLFA 4AHVA 1EX4A 2YV0X 1JL1A 3VA0A 1NOYA 2HMIA 4N41A 4N47A 3VQDA 1JL2A 4HUGA 4FJ5A 4DSJA 4ELTA 2F8TA 3DMJA 4CJTA 2Z1HA 1WSHA 4FJNA 3NF8A 4M3WA 1W0HA 3CG7A 3AO5A 3L2RA 4BE1A 3SUOA 4PWDA 2KZZA 3DLEA 3IG1A 3QESA 1SV5A 4CGGA 4CJUA 1Y97A 2HHXA 4FJJA 3C95A 2VG5A 4CJ5A 3LDSA 4Z4HA 1NK7A 5JS1A 1HNIA 4KHWA 1BL3A 4JRPA 3M8RA 3ZT4A 3RMCA 4B9NA 3CQ8A 1XHZA 3AO4A 3ULDA 3OYGA 3KLGA 3SNNA 4KB1A 4M3UA 3NH2A 1KVCA 1W9HA 1DTTA 5CYQA 4B9VA 4NYNA 4YNQA 4HUEA 1RILA 2HVHA 4I9LA 1T8EA 1WSIA 4AHUA 4QCLA 4DF8A 4KPYA 2FBTA 5C25A 4JLHA 3SV4A 4CHPA 1BCOA 4CGFA 4IG0A 4ELUA 1SL0A 4J2BA 4B08A 1TK5A 2DY4A 1ZBFA 3ZT1A 1RCHA 3DOLA 4C8OA 3OYLA 4DS4A 3G0ZA 2Y1JA 1IO2A 3IS9A 3SUQA 3K5MA 3SV3A 1G15A 3MEGA 5FRNA 1JLCA 4BACA 3VQ4A 3C94A 2YHAA 3OYFA 4PQUA 4CK2A 4IFYA 3ASMA 3D45A 3ZSXA 1VSJA 4CFAA 3KK1A 2LSNA 1WLJA 3CM6A 4CGIA 1NJWA 4GMJB 3HSTB 4RW9A 1U4BA 4HVJA 4CGHA 2YNHA 3AA3A 1NK5A 1N6QA 2HNDA 3KD1E 3AVMA 3KTQA 2P5GA 1GOBA 4DTOA 3I0SA 2HHWA 4DSIA 3OYJA 1VSDA 4I9QA 3F9KA 1L3SA 3AVHA 3T19A 3OS1A 1U48A 4OPKA 4OKKA 3TANA 1TKDA 4KRFA 2HB5A 1J53A 2P5OA 4B9LA 4Q5VA 4IFVA 5HLFA 4OKJA 3MEDA 5C24A 4FYDA 1LWCA 4ID5A 3CFRA 3HJFA 5FRMA 3JSMA 4E3SA 1TGOA 4Z4CA 2G8VA 1VSLA 3NE6A 3SJJA 3ZT0A 1NK9A 4M3TA 1BHLA 4Z4IA 2DFFA 3RWUA 1TL3A 1X1PA 4RW7A 5J2NA 3AO1A 1SUQA 2D0CA 5KRSA 3F73A 3PX4A 1TL1A 3SUNA 3QEPA 4KTWA 4Z4FA 4CGJA 1XI1A 1EP4A 1YTAA 4MQ3A 5JS2A 2A1SA 3LPUA 4FLUA 3VQPA 1S1XA 3VQCA 1RT1A 3OYHA 2HHTA 4CF1A 2YHBA 3VQBA 3I8DA 3LAKA 1T05A 1RNHA 1KLMA 4OLBA 4BWJA 4DF4A 3QEVA 4CF2A 3CFPA 1KTQA 4LSNA 1X9SA 1NK6A 5FROA 2YKNA 4Z0UA 2A1RA 3THVA 3O4QA 3NGIA 5FDLA 1C1BA 2R7YA 1VSFA 3TAEA 4DMNA 4IDKA 1D8YA 2KTQA 4LY7A 2ITGA 3QETA 3NF6A 4DTNA 3HPHA 4DS5A 1Q9YA 4DTSA 2QK9A 3HL8A 3WNGA 4M3RA 2VWJA 3PX0A 4C8MA 2HHVA 4CECA 3LALA 2RKIA 3S3MA 2G8IA 5K14A 4C8NA 1BIUA 1RBTA 2W42A 4BE2A 1Q8IA 4N76A 4DTUA 3AVFA 4E0DA 1A5XA 2IS3A 3VQ8A 1L3UA 3WNEA 4W5RA 3L3VA 1S6PA 4DTJA 4J2DA 4NCGA 1UA1A 1VRUA 4AHCA 2F96A 1ZYQA 2XRIA 2Z1JA 3V1QA 4DQQA 2D5RA 1HQUA 5J2QA 1D9DA 1C0MA 1NJXA 1DTQA 3AVLA 3SPYA 3V9UA 1Z26A 3V9ZA 4H4OA 4H8KA 4OPJA 1VSHA 4CHOA 3RTVA 2WONA 2YKMA 3KLEA 3V6DA 1KFSA 4Q0BA 4OVLA 1JXEA 4CJVA 4M3YA 4FZXC 3OYNA 3VQ6A 3OJSA 5SWMA 4CEAA 4C8KA 3AVNA 1RDAA 1QSSA 2Z1GA 3VA3A 1RBRA 1S1WA 1CLQA 3DRSA 3NF7A 4W5NA 3PY8A 4FXDA 1RTIA 1X9MA 3AVKA 2DFEA 4W5TA 1WSFA 1RDCA 4CEZA 3DRPA 1JLQA 4DTMA 3RRHA 4KKOA 4B3OA 4M45A 2I5JA 4CFDA 3LWMA 1J5OA 4FJMA 4ZHRA 4FK0A 1YT3A 4RW4A 4AHSA 4B8AB 4CJQA 4CJSA 3TWHA 5J2PA 3SUPA 3HT3A 1R0AA 4CCHA 1HYZA 1EKEA 3HVRA 3RRGA 3ZCMA 4FJXA 1C1AA 4DU3A 4E7LA 2XY6A 3OYCA 2ZQBA 3AVBA 3A2FA 1S9GA 1C0TA 1XWLA 4CEOA 2YNFA 2Y1IA 3ZSQA 1U49A 1TAQA 4RG8A 3NGZA 4KHUA 4KHQA 4FK4A 1RTJA 4FJKA 4KO0A 4I2PA 4M3ZA 1UWBA 1HNVA 4QAGA 4JS5A 1HRHA 1JXBA 1VRTA 3ITHA 2FC0A 3OYMA 1K6YA 1T03A 5SZTA 3CYMA 5CYMA 2XY7A 3HO1A 1QS4A 3LZJA 1J9AA 3DLGA 5KGXA 4FZZA 2AJQA 4EZ9A 1JLFA 1S6QA 4B9UA 4O5BA 4FLVA 4CK3A 4FJHA 3QO9A 3AVGA 4M41A 3ZT2A 4BDPA 1FKPA 2D0BA 2HNZA 4IG3A 2IOCA 4PA1A 5EU7A 3QERA 1SKWA 4FJIA 3LP0A 1LAVA 4B8CA 4DTRA 4CEBA 3AVIA 3O3HA 3BDPA 3AV9A 5C42A 2B5JA 2GBZA 4M3XA 4FVMA 1ZBUA 3NH1A 2PYLA 3V1OA 4DLEA 2G8HA 4KHYA 2OA8A 3LAMA 5HRPA 4UQGA 4DSFA 4B9SA 4J2AA 1MU2A 1RBUA 3PO4A 1CZ9A 1RT6A 3G10A 5HROA 4HUFA 4EP5A 1FKOA 5HRNA 5T7BA 4XIUA 3L2WA 1BIZA 1WNSA 4N5SA 4FLTA 3V4IA 3KD5E 1HMVA 1A5WA 2OYQA 4ELVA 3SCXA 1U47A 4CIGA 3AVAA 3HXMA 4Y1DA 2OPPA 1RT7A 1ASUA 1KLNA 4KTQA 3SPZA 3OYBA 3TABA 3K5LA 2O4GA 2OZMA 1C0UA 1TVRA 1EXQA 1A5VA 3KKSA 3WNFA 1SKSA 1ZBHA 3VQ7A 3ZSVA 3M8SA 3ISNC 1IKVA 4NCAA 3MXMA 2X6SA 3IRXA 5CZ1A 5E41A 1NOZA 2GUIA 3LPTA 4Y1CA 3OJUA 3HM9A 1GOCA 1WSJA 3K57A 1TKTA 4GW6A 4E89A 3WNHA 1NKEA 3PX6A 2HW3A 4FM2A 3T1AA 1BQNA 1NKCA 1J54A 4CEFA 2VWKA 4O44A 3B6PA 1B9DA 2BE2A 2JGUA 1I39A 4AILC 4KB0A 3M8QA 2HHUA 1IKWA 1B9FA 2XY8A 1VSKA 4KTZA 4RW6A 2HNYA 2ZD1A 1LW2A 3ZSOA 1NK0A 1S1VA 4O0JA 4CEDA 2JLEA 2X6NA 4ID1A 4FLYA 1IKYA 3DLHA 3L2UA 4HTUA 3AVCA 4BDZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1A5W A;  2OYQ A;  4ELV A;  3SCX A;  1U47 A;  4CIG A;  3AVA A;  3HXM A;  4Y1D A;  2OPP A;  1RT7 A;  1ASU A;  1KLN A;  4KTQ A;  3SPZ A;  3OYB A;  3TAB A;  3K5L A;  2O4G A;  2OZM A;  1C0U A;  1TVR A;  1EXQ A;  1A5V A;  3KKS A;  3WNF A;  1SKS A;  1ZBH A;  3VQ7 A;  3ZSV A;  3M8S A;  3ISN C;  1IKV A;  4NCA A;  3MXM A;  2X6S A;  3IRX A;  5CZ1 A;  5E41 A;  1NOZ A;  2GUI A;  3LPT A;  4Y1C A;  3OJU A;  3HM9 A;  1GOC A;  1WSJ A;  3K57 A;  1TKT A;  4GW6 A;  4E89 A;  3WNH A;  1NKE A;  3PX6 A;  2HW3 A;  4FM2 A;  3T1A A;  1BQN A;  1NKC A;  1J54 A;  4CEF A;  2VWK A;  4O44 A;  3B6P A;  1B9D A;  2BE2 A;  2JGU A;  1I39 A;  4AIL C;  4KB0 A;  3M8Q A;  2HHU A;  1IKW A;  1B9F A;  2XY8 A;  1VSK A;  4KTZ A;  4RW6 A;  2HNY A;  2ZD1 A;  1LW2 A;  3ZSO A;  1NK0 A;  1S1V A;  4O0J A;  4CED A;  2JLE A;  2X6N A;  4ID1 A;  4FLY A;  1IKY A;  3DLH A;  3L2U A;  4HTU A;  3AVC A;  4BDZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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