4JRQA

Crystal structure of e. coli exonuclease i in complex with a 5cy-da13 oligonucleotide
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
468
structure length
460
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEATPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
molecule keywords 5cy-dA13
total genus 143
structure length 460
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4jrqA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4jrqA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jrqA01
1FKPA 3OVNA 1FKOA 1RT2A 3C6TA 4CFCA 4B9UA 2RKIA 5KTQA 5E41A 4O55A 4CESA 4Z0UA 4M3YA 2Q3SA 4PQUA 3NFAA 1JL2A 4AHSA 1C1AA 1J53A 3VQ5A 1RTIA 4N5SA 1WSHA 4CJ3A 4HUGA 3DRSA 4E7LA 4CE9A 3CYMA 4HCBA 4CFBA 1IG9A 5KGXA 2HHTA 2PYLA 3WNHA 3BDPA 1TL3A 2ZE2A 3SUNA 5J2MA 4C8MA 2R7YA 3H08A 4Q0BA 4OGCA 2YHBA 4DMNA 4M3XA 3PX6A 1XI1A 2G8KA 5KRSA 2XO7A 4CEAA 2LSNA 3DM2A 3V9ZA 3KK1A 2P51A 3K59A 4IFVA 4KB1A 1JLEA 4CERA 4BDZA 4ZTFA 1YTAA 4F2SA 2HHSA 3AA4A 1ASWA 3EZ5A 4ELTA 5C42A 5KGWA 2HNYA 3QEWA 4BWMA 1RILA 3AO3A 1XC9A 1S1VA 1ZBFA 3TAQA 3O3FA 1U47A 4CCHA 4J2AA 4EZ6A 4J2EA 3M8QA 1KRPA 2VWKA 4I7FA 3V81A 3QO9A 3L2RA 3KTQA 1TK8A 4ELUA 1B9DA 4CHPA 3ZT0A 5T7BA 3HPOA 4HHTA 4M3RA 2XY7A 3K2PA 1GOBA 3HM9A 4N76A 3MAQA 4CEBA 4EP4A 3DLKA 3G0ZA 1TKXA 1YT3A 4CJWA 3OYAA 1ZBHA 3AA5X 1KVBA 1S6QA 4AHVA 4F3TA 3CG7A 4FLWA 4HTUA 3HK2A 1UWBA 3JSMA 1EETA 4GMJB 3LZIA 3V9UA 3HPGA 2G8VA 5JS2A 3F73A 1NOZA 3ZSQA 4CHYA 4DS4A 4M3ZA 3HSTB 1B9FA 1CZBA 3I0RA 4CEQA 3OS1A 4DQSA 4KHYA 1WSIA 4DLGA 1U4BA 1TKZA 1VK0A 2DFEA 4O0IA 1RBRA 2OPQA 4CF0A 4E3SA 4OGEA 4DU1A 1ZBLA 4RW7A 4PUOA 1U48A 2OZSA 1QQCA 1X9SA 4KTQA 1RCHA 4KKOA 4W5NA 3P1GA 3SUOA 3O4QA 5CY4A 4IFYA 1CXQA 2YNGA 4KAZA 3AVMA 4N56A 1WSJA 3C94A 1GOCA 2VWJA 5HROA 4C8NA 3V1RA 3K5LA 1XHZA 4DFJA 4E1MA 3KKRA 1DLOA 1RDAA 1D8YA 1IKXA 3NAEA 2E6LA 3I0SA 3AVJA 1JLGA 1N6QA 1O1WA 2O4GA 3L2QA 3LAKA 1S5JA 3SYZA 2Z1IA 4KTZA 3MEEA 4FZZA 3AVIA 3PUFA 3OYIA 4DU4A 3ZSXA 4UQGA 1RT6A 2Z1JA 4O4GA 3NBPA 1HYZA 3SUPA 3T19A 2DY4A 1ASVA 4DTOA 2FBTA 2ZQBA 1BGXT 3ITHA 4CJTA 4FJGA 4DFKA 4B3OA 4DTXA 4CF8A 3NF7A 4LSNA 3I8DA 3AVCA 1VRTA 1JLQA 5EU7A 4CJVA 3CM5A 3IAYA 2VG6A 1VSMA 2GUIA 3TR8A 2ITGA 4J2BA 4BDPA 2X78A 4Q5VA 1LAWA 4CGJA 1VSFA 4CJLA 3QEVA 4BE1A 3SPZA 3HPHA 3RMAA 1QTMA 3VQQA 4CJSA 4XIUA 4OKEA 2KW4A 4K8ZA 3VQPA 3E01A 3JYTA 1U04A 3LAMA 4FM1A 4ICLA 4M42A 3RMBA 1LAVA 2D5RA 4JLHA 4IDKA 4CJ4A 3DLGA 4CJFA 5C25A 1MU2A 4EZ9A 2AJQA 4HUFA 4FK2A 1D9DA 3L2UA 1C1CA 4FJ8A 4Y1DA 4E1NA 4B9NA 1J5OA 4OLBA 3B6OA 1LWEA 3TAPA 3AV9A 3IG1A 3ZT2A 1Q9YA 4LSLA 4FJHA 4NCGA 1WAJA 2GV9A 1Q8IA 2RF2A 1C1BA 4NYFA 4KHQA 3NH2A 4MFBA 1BI4B 5KRTA 3PX0A 3LDSA 1R0AA 1EXQA 3U6FA 3NGZA 1JLFA 2YHAA 3RRHA 2YV0X 2FBYA 2W42A 1L3VA 3ZSYA 4F8RA 1S1XA 2IGIA 2X6SA 1HMVA 4AH9A 4CHNA 1Q9XA 1QS4A 4C8KA 4CIFA 4DSKA 2ETJA 3AVHA 4N47A 4E19A 4FLYA 1S6PA 1SKSA 2PY5A 4CF1A 4RG8A 3KLGA 3OS0A 1FK9A 3DI6A 2HB5A 3CQ8A 3QETA 5HRSA 1ZBUA 1SKWA 3DRPA 3KLFA 1RT7A 2PZSA 4DTNA 3SV3A 1T03A 1EKEA 1JLBA 4JS4A 2KZMA 1X9MA 4CHOA 4DWIA 1K6YA 4EP5A 3TAGA 3NDKA 2RN2A 2QK9A 3DLBA 4KV8A 5FDLA 4PY5A 4B08A 2PYJA 3THVA 2OPPA 1VSEA 4FZYA 5CYQA 1NJZA 4J2DA 4B9VA 4FLXA 4FLTA 3T1AA 2YKNA 4W5OA 4PA1A 1SL0A 1VSKA 4DSEA 3BGRA 1S9GA 2Z1HA 2F8TA 2O4IA 3OY9A 3ASMA 3CM6A 3KLHA 4LD0A 3VQAA 3K57A 3NE6A 4DTSA 1KLMA 3OS2A 4M45A 1KLNA 1VSIA 3M8SA 3ZCMA 4FJLA 1ITGA 4CJQA 2HMIA 2BDPA 3RR7A 4FLUA 1S9EA 1QHTA 1TGOA 3AA2A 2QKBA 1YTUA 4CEEA 1BL3A 3LP0A 3LWLA 1X9WA 4Z4CA 2E6MA 3OJUA 3M8PA 5HRRA 3MXMA 4M41A 4DTRA 4FK0A 4DF4A 3SCXA 4LH5A 2KTQA 5HRNA 4CJKA 4KI6A 5CZ2A 2HNZA 1Z26A 4W5QA 5J2PA 1NOYA 5I42A 3KD1E 3M8RA 4KHUA 4NYNA 4FZXC 4M3UA 4F3OA 4KO0A 4LH4A 4YFUA 3NHGA 2IS3A 4Y1CA 1VSDA 2G8IA 2F8SA 1TV6A 3D45A 4G1QA 3VQ9A 1ASUA 4CEZA 3KJVA 3K5NA 4FLZA 3RTVA 1T05A 2G8WA 2BANA 3EY1A 4IKFA 3LP1A 3AA3A 1EX4A 1HQUA 3VQDA 3VN5A 4CJRA 4DQRA 4Z4FA 5FRMA 1JXBA 1VRUA 3D0PA 4M3WA 3HVRA 3AVNA 1TAUA 3NGYA 2OZMA 4NCAA 1BQMA 4DQIA 4FJIA 3L2WA 3OYDA 2X74A 4TSXA 4FJ7A 2YNHA 4OJRA 1X1PA 3VQEA 3AVAA 4FW1A 4AHCA 1SL2A 3T3FA 4E0DA 4ZTJA 1TAQA 4CJ5A 2XY8A 3AO2A 1D5AA 3S3MA 4FJNA 4OPKA 3OYMA 2IAJA 3B6PA 3TANA 4B9SA 1WSFA 3MXIA 4CECA 4CHZA 3SQ4A 4B9MA 4FXDA 1I3AA 1DTTA 4CFDA 2Y1JA 1QE1A 3NH0A 4I2QA 1U49A 1RDDA 4F2RA 4ELVA 3TAMA 2FC0A 1XWLA 3NH1A 3HP9A 3QESA 3VQCA 2DFHA 3OYEA 1I39A 4CGIA 4KI4A 1Z25A 4FM2A 2HHVA 4DSLA 3L2VA 1NK8A 4CEFA 1N5YA 1CXUA 3RRGA 1HRHA 3LPUA 1BIZA 4KREA 3TWHA 2D0CA 1NJWA 3AVGA 3WNGA 4FYDA 1DTQA 2KFZA 3K5MA 3S3OA 2JGUA 1RT3A 3VQ7A 3V9SA 3RR8A 4CFAA 4FJ5A 3PO5A 5J2QA 2IC3A 4CK2A 3QNOA 1UA1A 1RBUA 4Z4EA 3ZSZA 2XHBA 2G8UA 1BISA 4CGDA 4CGHA 4FCYA 5J1EA 1IKWA 3K58A 1KFSA 4H4MA 1SKRA 4KHSA 5DMRA 4E7KA 3DOLA 4DF8A 3ZT1A 4ID5A 1CLQA 3C95A 4OVLA 1JLCA 3DMJA 3KKSA 4BWJA 4CK3A 3HVTA 1C0MA 4RW4A 2P5GA 3AVLA 3KIOA 2G8HA 1BQNA 1LWCA 2HHXA 4OKJA 2WONA 2NUBA 1HNIA 1RT1A 4GW6A 1JLAA 3AVKA 4RW8A 3K5OA 3ZSOA 1ZBIA 1KVAA 1L3UA 4KB0A 3ULDA 1F21A 1RBSA 1WSGA 2FBVA 3L3UA 5SWMA 2XY6A 4Z4HA 3OYBA 1TKTA 2GBZA 4HUEA 4KTWA 1Y97A 3DLHA 2IOCA 3OYHA 1S1UA 4DQPA 3CFOA 2WOMA 3HYFA 2ATQA 2KFNA 1L3TA 2RPIA 3OYJA 3SQ1A 4N41A 4OPJA 1SL1A 1HPZA 1KVCA 2FBXA 3QLHA 4FVMA 3OYFA 1SV5A 3HXMA 2BGGA 3P5JA 1JL1A 3ZSWA 3QIPA 4BE2A 3LPTA 3V6DA 1TK0A 2P5OA 2YKMA 3NF6A 3ALYA 3HP6A 3LALA 2KZZA 3V9XA 2BE2A 3L8BA 4FJMA 3HJFA 4DU3A 3QEPA 1WAFA 3MXJA 1NK9A 3PY8A 3SQ0A 3V1OA 4CGFA 3LZJA 2DTUA 2IDOA 1HQEA 1BCMA 4FLVA 5C24A 4E7HA 2HHUA 3FFIA 1A5VA 4DSFA 1BCOA 3SV4A 4K8XA 4JS5A 4AHTA 2B5JA 4CIGA 3EYZA 1BHLA 4CEDA 4ID1A 1L3SA 2HHWA 3VQBA 4DFPA 4DSIA 3HL8A 1RDCA 4H4OA 3RMDA 3LWMA 4DLEA 4W5TA 5DK5A 3OYCA 4BE0A 4AILC 1VSHA 5KI6A 3TI0A 5JS1A 4I2PA 5HRPA 3HT3A 1RT4A 1NKEA 1NK5A 2OYQA 3AO4A 1NK7A 1HYSA 1J9AA 4DTMA 3AO5A 4JRPA 4M3TA 1BIUA 1RTHA 3NF8A 4IG3A 4DS5A 3DRRA 3SPYA 4B9TA 1UAXA 1JXEA 3DYAA 4O0JA 1VSLA 4WE1A 4E89A 3OYNA 4BDYA 4JRQA 3SJJA 1ZYQA 2Z1GA 3VA3A 1NK4A 3A2FA 2B4JA 2HVHA 3OJSA 2KQ2A 4KFBA 1SUQA 1NK0A 1VSJA 1QSLA 2G8FA 1A5WA 4KPYA 2I5JA 4RW6A 1B92A 2HNDA 1TKDA 1LW0A 5FROA 1QSSA 1IH7A 4HCCA 2EX3A 2YNIA 1IKVA 1KFDA 1U45A 1G15A 4CJUA 5I3UA 3RMCA 4DSJA 3SNNA 3ZT3A 1BI4A 2OPRA 4CJPA 3TABA 2EHGA 2ZD1A 5HP1A 1RNHA 3QEIA 3SI6A 4FJKA 1C6VA 1CZ9A 3ZT4A 2XRIA 1C0TA 4OKKA 4B9LA 1S1TA 3UIQA 1TVRA 1KSPA 3S9HA 1EP4A 4ZHRA 3DLEA 2HW3A 4OLAA 1KTQA 1REVA 4AHRA 4HVJA 1J54A 1RTJA 3AVBA 1WLJA 3TAEA 3SZ2A 1S1WA 3KLEA 3CFPA 2Y1IA 1NK6A 4B8AB 3S3NA 4FJXA 3MECA 1TL1A 4MQ3A 4O5BA 4DTPA 1W9HA 2P1JA 4CEOA 3HO1A 1GOAA 4H8KA 1T8EA 1WN7A 3NCIA 3O4NA 1WSEA 5FRNA 4DQQA 1NJXA 1LWFA 2OPSA 4KHWA 3G10A 4KHNA 4Z4IA 1NJYA 3OYLA 3VQ6A 1FXXA 4B8CA 3CFRA 4R5PA 3QINA 2HVIA 1RT5A 1RDBA 4LY7A 4C8OA 3NGIA 2A1RA 3LANA 5J2NA 1RTDA 3IRXA 3QIOA 1HNVA 1TK5A 1C0UA 4W5RA 4CHQA 1IKYA 3LP3A 3F9KA 2DFFA 3AVFA 1L5UA 2F96A 3LP2A 4GVMA 3P83D 3U3YA 2HHQA 3QNNA 3RWUA 2JLEA 1NKBA 2YNFA 2XY5A 1W0HA 4I9LA 3DOKA 4YNQA 1NKCA 3VQ4A 3WNEA 3C6UA 3DLRA 2B6AA 5CZ1A 3O3HA 4PWDA 1YVUA 2A1SA 4DG1A 4C8LA 1UOCA 4O44A 3WNFA 3MEGA 3TAFA 4E7IA 1HJRA 4CK1A 3AO1A 4IBNA 5SZTA 1T7PA 4CJEA 2QXFA 3SQ2A 4FJ9A 4DTUA 4NCBA 4Z4GA 4KRFA 1D9FA 1KCFA 1WNSA 2X6NA 4CGGA 4CF2A 3PO4A 3V4IA 3PX4A 4RW9A 4E7JA 5HLFA 2D0AA 3NF9A 3ZSVA 3ISNC 3SUQA 4FW2A 3V9WA 3QERA 2VG5A 2QKKA 3KD5E 4FJJA 5CYMA 4IG0A 4QCLA 1XHXA 3MEDA 3VQ8A 3U3GA 1LV5A 3KK3A 3VA0A 4I9QA 1RBTA 4CF9A 4F4KA 2E4LA 3KK2A 1LW2A 2VG7A 5HBMA 1JKHA 1IO2A 3PV8A 4BACA 4FM0A 3IS9A 3TARA 3V1QA 3L3VA 4DFMA 2OA8A 4L8RB 3O3GA 5D3GA 2D0BA 1QSYA 4FK4A 1A5XA 3OYKA 3ZSRA 3QEXA 1RBVA 4AHUA 4DTJA 1UA0A 3OYGA 4QOZB 3KLIA 5K14A 4CIEA 1HYVA 4QAGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UA6A 2KR3A 5F1XA 3OVNA 1HNZK 3FDRA 4DV3K 1CZAN 2RKIA 1K76A 5I11A 4O55A 2MPXC 1N34K 1C1AA 2B8AA 3MN5A 3CC4N 3S6WA 4C92G 2L2PA 2F4VK 2FEIA 4E7LA 1WSHA 4CJ3A 5IWAK 2PZ1A 1IG9A 4LE9A 1H92A 3D2FA 4CFBA 5KGXA 3A1PA 2PYLA 3WNHA 2Q0UA 2W40A 2ZE2A 5KCOA 2EYXA 1OH8A 5IT9E 2R7YA 2L3SA 3AGRA 1MMDA 1HXDA 4DMNA 1VQNN 5FU7B 1YVNA 2PQWA 2GBQA 4M75F 3BDUA 2L3QA 3JS6A 1XL3C 4RCCA 5EG2A 3KK1A 2YI1A 4H5WA 1TSFA 1ATSA 2CSQA 2HQHA 4KH0B 4X62K 2YUQA 4ZTFA 1KC8R 2MWOA 1GLEG 1ASWA 3UO2A 4ELTA 5LJ3g 4MZPA 4X64K 2QWMA 1G2BA 5GAGP 2LQ8A 1T3SA 4AM6A 3TAQA 4EZ6A 1QVPA 3UKUA 3HRTA 3SLCA 1GLJO 1KRPA 3FZLA 3HGKE 4V19S 5DM6L 3CD6A 3VKIA 1B9DA 3HPOA 4X9DA 3OMCA 3H41A 3BVOA 1PKSA 2IIRA 3K2PA 5GAMf 1KQSP 2DD4A 1GOBA 1NGBA 3OTOK 3HM9A 4EP4A 3G0ZA 3CBPA 4ANJA 2R58A 4CJWA 1ZBHA 3I55T 3AA5X 1YJWT 3CG7A 4FLWA 4LDWA 3CPFA 4KBMB 5GMKe 4F7UE 1X6OA 3BE3A 3HPGA 2E1YA 2HF4A 3CMEQ 4LDXA 4M3ZA 3CI5A 4C92F 3ZEUB 3MCPA 4DLGA 1VQKT 1TKZA 5IBKB 4AMCA 4FYXB 1RBRA 2OPQA 4I6MA 2JS2A 2F2VA 4EMKC 3CCVQ 4DU1A 4QVZA 2RCUA 4RW7A 1X01A 2MK5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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