4JS4A

Crystal structure of e. coli exonuclease i in complex with a da16 oligonucleotide
Total Genus 137
50100150200250300350400450020406080100120140
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
468
structure length
468
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
50100150200250300350400450400300200100
020406080100120Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS2 (28-37)S5 (97-101)S1 (10-18)S3 (41-42)TIV1 (22-25)TI1 (23-26)TI2 (37-40)AH3 (81-93)AH16 (401-414)S4 (47-50)AH1 (61-67)TIV2 (54-57)AH19 (458-474)AH2 (71-77)TI4 (122-125)TIV7 (128-131)TI5 (157-160)TIV3 (94-97)S10 (298-302)TIV5 (103-106)TIV4 (101-104)3H1 (125-127)TI3 (104-107)AH4 (108-119)AH8 (202-211)O1 (296-298)S6 (133-136)TIV8 (129-132)AH5 (137-147)AH6 (166-173)TIV10 (177-180)TIV11 (179-182)AH7 (183-200)S8 (243-251)AH9 (214-219)AH13 (327-339)3H3 (238-240)3H2 (223-225)TI10 (302-305)TIV12 (234-237)S7 (229-232)TI6 (233-236)TI7 (255-258)TIV14 (252-255)TIV13 (240-243)S9 (258-263)TI9 (287-290)TI8 (263-266)AH11 (276-284)TIV15 (286-289)TIV16 (303-306)S11 (308-311)3H4 (312-314)AH12 (317-323)AH14 (341-351)3H5 (363-365)TI11 (366-369)3H7 (416-418)AH17 (421-434)AH18 (437-452)TI14 (454-457)TIV17 (452-455)TIV9 (149-152)AH10 (268-273)TI12 (390-393)AH15 (374-385)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords dT16 oligonucleotide
total genus 137
structure length 468
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4js4A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4js4A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4js4A01
3DOKA 5J2NA 1WSFA 4EP4A 3RMBA 1D9DA 2IAJA 4W5RA 4B3OA 4MQ3A 4F3TA 4KKOA 1A5XA 1HRHA 2HNDA 3LP0A 1BIUA 3L2QA 4NYFA 2P5GA 4HUFA 1QSSA 1BL3A 3TAFA 4OPJA 1I39A 3T1AA 4KV8A 4CCHA 3RTVA 1SUQA 4DTJA 4I2QA 5HRSA 1TL3A 4FK4A 1RT2A 3T19A 4CERA 4E7IA 3AVNA 4DTXA 3C6UA 2Y1JA 1SKSA 1FK9A 4NCGA 1B9DA 4FLYA 3SYZA 3SQ4A 4AHVA 3D45A 3KKSA 4ZHRA 3PX6A 4M3ZA 4OLBA 4F4KA 3H08A 3SV4A 4LH4A 4R5PA 3OYEA 3SQ2A 3M8QA 3ZSWA 4CHYA 1NJYA 4DSJA 4BE1A 3AV9A 2WONA 1R0AA 2KTQA 4B9LA 2XO7A 3SJJA 3AVJA 3LZIA 3SPZA 4CHPA 1ITGA 4RG8A 4YNQA 4DFPA 3ZCMA 3V9WA 2Z1IA 1T8EA 4CJTA 1WN7A 3HSTB 1LWEA 1Z25A 3AO1A 2VG7A 3WNGA 3L2RA 5C42A 1RILA 4J2EA 3KK2A 3PV8A 1RBVA 3AO5A 4FLZA 1JLBA 5HRRA 3ZSZA 2YKNA 4DTUA 3IS9A 2OZSA 2EHGA 2IGIA 3QEWA 1EKEA 4J2AA 1Q9XA 1KRPA 3HL8A 2B5JA 3KTQA 3DLRA 3VQCA 3SUNA 4ELVA 1I3AA 3L3UA 4CFAA 4OGCA 3D0PA 1JLGA 3ZSQA 1Y97A 4LSLA 4DQIA 4CHNA 3LAKA 2ATQA 4XIUA 3O3HA 3OS0A 3O4QA 4CFBA 3DLKA 4FJ9A 2G8UA 3ZSYA 3P1GA 1ZBFA 3CG7A 3KLGA 2D0CA 4F2SA 5SZTA 2BGGA 3WNEA 4NCBA 5SWMA 1IG9A 1RT1A 1TAUA 1C1CA 3RRHA 1J54A 4CIEA 2X6SA 2ZE2A 1L3TA 2YHBA 4CJFA 4E7JA 4ID1A 4E7HA 3HVRA 4DS4A 3DMJA 4J2BA 4PY5A 2RF2A 1RDDA 3LDSA 4DSEA 2HHWA 2I5JA 1LW2A 4FK0A 1SL2A 1TV6A 3K5OA 4FLTA 3V9ZA 3RR7A 4N76A 4JS5A 4KHSA 2B6AA 3MXMA 4FM0A 3LAMA 3L2VA 3CFRA 1C6VA 3M8PA 2KZMA 1NK8A 1NKEA 3U3YA 4FM2A 4C8KA 2F8SA 4FCYA 3ZSRA 4KPYA 1GOCA 1FKOA 1IH7A 1HPZA 4UQGA 4HUGA 3LP1A 3I8DA 4QOZB 1REVA 4CIGA 3QLHA 3SPYA 2A1RA 4CJ5A 3QEPA 3SI6A 4ELTA 4E0DA 4KTQA 3O3GA 4FJ8A 1RTHA 1G15A 3S3MA 2FC0A 4CEFA 1Z26A 2D0BA 4DFKA 1SL1A 2PYLA 4F8RA 1RBTA 3NFAA 2AJQA 1ASVA 3OYCA 1QSLA 3HVTA 3DLBA 3B6PA 4FJJA 3K2PA 1UAXA 3OYJA 1ASWA 1U4BA 1TAQA 1KVAA 4CEEA 4IDKA 3OJSA 3KLFA 4GVMA 4OGEA 2FBVA 2G8IA 3HPGA 1RBRA 3PY8A 3OYLA 1T03A 4N56A 3CM5A 3QINA 2ITGA 4RW7A 3KJVA 5HP1A 4B9TA 4PWDA 1S6QA 1TKTA 1LW0A 2YNGA 4H4MA 4CK2A 4W5OA 4Z4IA 3AO4A 4Z4CA 3O3FA 2Y1IA 4DWIA 3OS1A 1C1BA 4KREA 4HVJA 3E01A 3TAMA 4BDYA 4M3UA 3NBPA 1DLOA 1BHLA 3V6DA 4Q0BA 4KHQA 3U3GA 4CGJA 1UA0A 4DSKA 5DK5A 2GV9A 1L3SA 1CZ9A 1EP4A 2GUIA 1RDCA 3VN5A 2PY5A 3CYMA 1T05A 4NYNA 1LWCA 4CF2A 3QERA 2HMIA 1VSLA 3HJFA 4CEBA 4FJGA 2XRIA 4KHWA 2HHQA 1S9GA 3WNFA 3SUQA 1RTJA 1L3VA 2HHUA 2WOMA 1RT5A 1TKDA 3ULDA 3SUPA 2F8TA 1BQNA 3EY1A 3OYGA 4FM1A 3NAEA 4M3YA 4AHTA 1VSIA 1XWLA 4B8CA 4Z4HA 4DLGA 1K6YA 4BDPA 3TABA 3OYKA 4CHOA 3CFPA 4Z0UA 4DTPA 4KI4A 5E41A 1UWBA 4F2RA 3K59A 4BE2A 3AVHA 1S1VA 3OYNA 3HM9A 4BWJA 4B9NA 4EZ9A 4DTRA 1CZBA 3NGYA 4FJLA 4Z4GA 3KLHA 4KAZA 2XY5A 2QXFA 1NK6A 4CJ4A 4C8MA 3QIOA 4CGGA 3KLEA 2O4GA 3TAEA 3IAYA 2IS3A 3F9KA 5HBMA 4CEQA 3SQ0A 1WSIA 3QESA 2HHVA 4CGHA 4E3SA 3HT3A 2YHAA 4CJ3A 4CE9A 5KGWA 1NK5A 1VSMA 4CECA 4CGFA 4YFUA 3UIQA 5KRSA 3ISNC 4E7LA 4DMNA 2R7YA 1SKWA 3FFIA 4FVMA 1WNSA 3HPOA 1NK0A 4CJKA 4M45A 3HXMA 2D5RA 4DSIA 3VQAA 1VSDA 3MAQA 4IG0A 2IOCA 3HK2A 4KTWA 3ZSXA 2XY8A 4DSFA 2X6NA 2OYQA 2Q3SA 1ZBUA 4OVLA 4M3RA 3VQQA 3OYIA 3PO5A 4ELUA 1CLQA 1TGOA 3K57A 1RDBA 1NJXA 1RTDA 1B92A 3AO3A 1BCOA 1NJZA 3SUOA 2RKIA 1F21A 4QCLA 3AVFA 2RN2A 4G1QA 1X1PA 1U49A 1L3UA 3ITHA 3RMAA 4FJ7A 2Z1JA 3SCXA 3KKRA 2VG6A 3RRGA 4M3TA 3OYFA 4DU1A 2OA8A 2E4LA 2YNFA 4W5QA 3LWLA 4M42A 2HHXA 2BE2A 4M3XA 4CFCA 4TSXA 4N41A 1IKYA 2HW3A 2EX3A 4FW1A 5CZ2A 3BDPA 3A2FA 1NK7A 1HJRA 2ZD1A 2F96A 1WSGA 4M41A 4O5BA 3RWUA 1BI4A 3WNHA 4CF1A 3TARA 3V9UA 1B9FA 3V9XA 1JLFA 1VK0A 4KFBA 3NF8A 1D5AA 1JKHA 1YVUA 3T3FA 2FBYA 1IO2A 4E1NA 3DLGA 4CJRA 1QE1A 1KTQA 3AA5X 2X74A 2JLEA 2KZZA 4DLEA 4FK2A 4B08A 4LSNA 4CEZA 2NUBA 1DTQA 5KGXA 3F73A 1KFSA 4Y1DA 1KLNA 3DM2A 4DSLA 2YNIA 2VWKA 1NKCA 3VQ8A 4ZTJA 2IDOA 3OJUA 4DQQA 1JLQA 3HO1A 4CEOA 3NH1A 1WAFA 3NDKA 1S5JA 4ID5A 1SV5A 1ZBLA 2DY4A 3JSMA 5JS2A 4L8RB 4ZTFA 1NK9A 3VQ9A 3DOLA 3AVLA 3QNNA 3OS2A 1S9EA 3OYAA 4CJEA 4C8OA 3OYDA 5D3GA 4DG1A 1KSPA 4CK1A 5HLFA 4AHUA 2DFEA 1NK4A 2W42A 4DFMA 3IG1A 4CHZA 1QQCA 1FKPA 1W9HA 1LWFA 2HHSA 3M8RA 1T7PA 5KRTA 1RDAA 3L8BA 5CYQA 1LAWA 4FZYA 1VSHA 2P51A 4RW6A 3TR8A 1Q8IA 2OPQA 3SZ2A 3SV3A 3ZT2A 5I3UA 4OLAA 3P83D 4O0JA 3AVCA 1TVRA 3BGRA 1J5OA 1QSYA 3AVMA 4GW6A 4DQSA 4OJRA 4CJUA 4E19A 3KK1A 3OYBA 5J2PA 3TI0A 1N6QA 4B9MA 3S3NA 3QEIA 4KRFA 4FJKA 3OVNA 4B9SA 4EZ6A 3DRSA 1WLJA 2ETJA 1WSJA 1HMVA 3MECA 3NF7A 3K5NA 1RBUA 3L3VA 1RT3A 4CESA 2QKBA 3MEEA 3SNNA 3P5JA 3TWHA 1W0HA 2HNYA 1CXUA 3VQ7A 4DTMA 3DLEA 2HNZA 3LWMA 1EXQA 4H8KA 4M3WA 3TAPA 1SL0A 1N5YA 3CM6A 2DFHA 3AVKA 3TAGA 4O55A 3NF6A 4AHCA 4EP5A 4I7FA 4CK3A 3AO2A 4W5NA 1YTUA 1YTAA 4HCBA 3C95A 4IFVA 4FW2A 4BE0A 4IG3A 2QK9A 4Z4EA 2DTUA 4ICLA 4JLHA 3OYMA 2PYJA 1D8YA 2XY7A 1S1WA 4FLXA 4I9QA 4CHQA 1ZBIA 3PUFA 4DTOA 1S1TA 3ZSOA 1A5WA 4IFYA 1EX4A 3K5MA 4KHUA 4E1MA 3L2UA 3SQ1A 3U6FA 1KFDA 2G8WA 4FJXA 3DLHA 4HTUA 1QHTA 3CFOA 1U04A 1HQUA 2FBTA 2HB5A 3QO9A 5HRNA 4NCAA 5C25A 3QEVA 1C1AA 1S6PA 1NJWA 4N47A 3VQBA 4O44A 1JL1A 1RT6A 2IC3A 4WE1A 3ZSVA 1RBSA 5HRPA 3EYZA 1TK8A 1L5UA 4KB0A 1JL2A 3AA2A 1RT4A 3NH2A 1TL1A 3PX0A 3ASMA 4FYDA 4JRQA 3M8SA 3LP2A 2KFNA 3QNOA 2YNHA 2KW4A 4HHTA 1TK5A 1GOBA 4C8NA 5T7BA 4B8AB 1IKVA 4O0IA 1DTTA 5FRNA 1VSJA 2E6LA 4PUOA 3G10A 3B6OA 1FXXA 5J1EA 3NGIA 4AHRA 2LSNA 4DU3A 2OPRA 3QEXA 3HP6A 1QTMA 4F3OA 4KO0A 5CY4A 1WAJA 1C0UA 1VRUA 2O4IA 1WSHA 2YKMA 1KCFA 1C0MA 1BGXT 2XHBA 4OPKA 3V4IA 3NGZA 3V9SA 2XY6A 4LD0A 4OKKA 3DRRA 3KD1E 5CZ1A 3K58A 2G8HA 3OYHA 2A1SA 3MXJA 5I42A 3VA3A 4O4GA 3NF9A 4DF4A 2VWJA 1ZYQA 4B9VA 3NCIA 4N5SA 1KVCA 2KFZA 1J53A 3AVIA 4IBNA 4CEAA 3EZ5A 1WSEA 2OPPA 4C8LA 3HP9A 4BWMA 1BI4B 4CGIA 3VQ6A 3RR8A 4CIFA 2FBXA 1ASUA 4GMJB 4CJPA 4RW9A 3V1RA 3OY9A 1J9AA 1VSFA 5FDLA 3VQDA 3DI6A 3LPUA 1S1UA 4LY7A 1VSKA 1SKRA 3AVBA 3V81A 1S1XA 3THVA 1BISA 3AVAA 2YV0X 1X9WA 3DYAA 1MU2A 4CJWA 3S9HA 3AA3A 4MFBA 3LANA 4DFJA 3G0ZA 1JXBA 4FJHA 4RW4A 4FLVA 3AVGA 3KLIA 3I0SA 1VSEA 3IRXA 2BANA 4Q5VA 1JXEA 4DF8A 2OZMA 3TAQA 3V1OA 1C0TA 3LALA 3NHGA 1LV5A 3ZT0A 1RNHA 4I9LA 1IKXA 1A5VA 5J2QA 2RPIA 4J2DA 4FJNA 1HYVA 4CJSA 4CJQA 4KI6A 5FROA 4AH9A 4H4OA 4CGDA 3NE6A 2ZQBA 1XC9A 1KLMA 1NOYA 2VG5A 4Z4FA 5KI6A 2B4JA 2X78A 4AILC 1BQMA 4DTSA 4OKEA 2KQ2A 2PZSA 4RW8A 4HCCA 3KD5E 4PQUA 3ZT3A 4Y1CA 4W5TA 4CF9A 4BDZA 3TANA 1IKWA 4K8XA 1BIZA 4JS4A 1U47A 1HQEA 3MXIA 3VQPA 3KK3A 3O4NA 3PO4A 1TK0A 1LAVA 2DFFA 1NKBA 5K14A 5FRMA 3V1QA 3JYTA 4E89A 1NOZA 1XHXA 1TKZA 4I2PA 1YT3A 2GBZA 3HYFA 1EETA 4KTZA 2E6MA 3KIOA 4JRPA 3MEDA 2Z1HA 3VA0A 2HVIA 1RCHA 2Z1GA 4FLUA 2OPSA 1JLCA 1U48A 2HHTA 1CXQA 1VRTA 3VQ4A 2D0AA 3ZT4A 4BACA 2G8FA 4LH5A 2G8KA 4CFDA 1TKXA 3L2WA 3CQ8A 1XI1A 5HROA 1XHZA 3AA4A 3VQEA 5J2MA 1D9FA 5DMRA 4FXDA 3MEGA 2QKKA 1HYZA 4AHSA 4CJVA 1JLAA 4CF0A 1GOAA 4DTNA 3DRPA 4QAGA 3PX4A 4FZZA 4FLWA 1UA1A 1JLEA 4FJIA 1BCMA 4CJLA 1HYSA 3LP3A 3ZT1A 2HVHA 3C94A 3S3OA 4DQPA 4B9UA 4CEDA 3I0RA 3VQ5A 2JGUA 1X9SA 3ALYA 4E7KA 4DU4A 3QETA 2P5OA 3HPHA 4HUEA 1X9MA 1UOCA 3NH0A 3RMCA 3QIPA 1Q9YA 4KB1A 1O1WA 1ZBHA 1HNIA 4DS5A 2P1JA 3LZJA 4FZXC 5C24A 1HNVA 3K5LA 4K8ZA 5KTQA 4KHNA 5JS1A 3LPTA 4FJMA 4CF8A 4PA1A 3C6TA 5EU7A 2G8VA 4DQRA 2BDPA 5CYMA 4FJ5A 4IKFA 4KHYA 3RMDA 1RT7A 1U45A 1KVBA 1RTIA 4OKJA 1QS4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GKJK 4YHHK 3JB9D 1FZ3E 4W5RA 4XTVA 3CPFA 3WUHA 3JRZA 1ZSGA 1HRHA 3LP0A 1BIUA 1JCGA 3ULEA 1H3ZA 4U67L 2KBTA 4HUFA 1NGAA 4OPJA 1AEYA 3VS3A 3T1AA 4I2QA 5HRSA 2ZJPL 2HBWA 3CCRA 1RT2A 3T19A 3PGGA 4E7IA 4WF9L 3FB9A 5AQWA 2ZGYA 3ZX2A 1WHHA 2CZ1B 2DLPA 3D45A 1ZSZC 3KKSA 2AP1A 3SV4A 2QWRA 3AV9A 4FVUA 2CP3A 4B9LA 5AQRA 1VQKN 1WXBA 1KD1C 2JOYA 4DFPA 2Z1IA 1UUEA 1WN7A 4JI2K 4YOVA 1XNQK 2OTJA 3PV8A 3CMEN 4FLZA 3L4IA 1WQWA 4ESRA 4IUVA 5HRRA 2O31A 2QG9B 3QEWA 4DOVA 1Q9XA 4FYYB 4Y91A 3CJ7A 1OZ2A 4MLHA 2YI1A 4OGCA 1JLGA 4QS8A 1Y97A 3O9SA 4CHNA 3QIIA 1VQPQ 3AGRA 2YHTA 4ISFA 3EE8A 2D0OA 4CFBA 1SRMA 3DLKA 4FJ9A 3LDPA 5C2FA 3KWIA 4J6YA 4NL2A 5LJ5d 2GGRA 1YVNA 4JI5K 1G3WA 1HK9A 1A0NB 3G25A 3M54A 5KPRA 4NCBA 1YJWQ 5SWMA 2G6FX 4HA8A 4EFHA 5KCHA 1RL2A 3RRHA 1WHKA 4RTWA 3LDLA 3KUFA 1M1KC 5CKFA 3JB9I 4E7JA 4DEYA 4E7HA 2QQ9A 3LLRA 2E6ZA 2BH1A 3HVRA 2Y4YA 3CCSA 3LDSA 2HHWA 5AQNA 3TTDA 5JLFA 4FLTA 2XKOC 2O8DA 3EKUA 3BE3A 3A8OB 2EPDA 4B9WA 3CC2Q 1C6VA 2KZMA 1NKEA 3BY7A 3JCMP 4M78B 4MZTA 3J7YP 4FM2A 4C8KA 4KPYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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