4JS4A

Crystal structure of e. coli exonuclease i in complex with a da16 oligonucleotide
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
468
structure length
468
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords dT16 oligonucleotide
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 137
structure length 468
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4js4A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4js4A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4js4A01
1X9WA 3QNNA 2YHAA 4Z4FA 3QO9A 1TAQA 1RTDA 4BWMA 4CK3A 4N47A 4I9QA 3OYDA 5D3GA 3OS1A 1RDCA 3VQ9A 3IG1A 3AO2A 2XO7A 4HUFA 4L8RB 2QK9A 2HHUA 4DG1A 2QKBA 4CGIA 1YTUA 4CJWA 3CM6A 3VQDA 4TSXA 3O4NA 3ZT4A 4DSEA 5HROA 3G0ZA 2IDOA 3QEVA 4FJHA 5K14A 1NK0A 1VK0A 1SV5A 4PUOA 4OKJA 1KTQA 1EKEA 3M8RA 1Y97A 1LAWA 3M8PA 1ASWA 2HMIA 4CJKA 1NJWA 3KD1E 1BHLA 2GV9A 3VN5A 3HL8A 4E0DA 4FJKA 1WN7A 2VWJA 4G1QA 3A2FA 3WNGA 4DTUA 5I3UA 5J2PA 3ASMA 3TAQA 2E6LA 3CQ8A 4HCCA 3RR7A 1I3AA 1RTIA 3MECA 5HRSA 3TI0A 3KIOA 1KFSA 3ZSWA 2D5RA 3SPZA 1S1TA 3VQAA 4FJNA 4LY7A 1RDDA 3VQ8A 1GOCA 4EP4A 3O3FA 4E3SA 2P1JA 1RBSA 4B9VA 3ISNC 4ELTA 3KLHA 4CGHA 1WNSA 1QE1A 1NJXA 4DSFA 3AO1A 4LH5A 4BE1A 4KHQA 3CG7A 4FJ8A 2E4LA 4I2PA 1XHZA 3CFRA 4F2SA 1IG9A 3RR8A 3RWUA 3AA2A 1BGXT 4Z4HA 3K5NA 1WSIA 2AJQA 3ZSOA 4DTJA 1KLMA 3P5JA 3VQQA 4PWDA 1SKRA 1EETA 2KQ2A 4KI6A 4CEFA 4CGGA 4FLZA 4JS4A 1TV6A 2YKMA 1A5XA 3PO4A 5JS1A 3T3FA 5KGXA 4FLYA 3NHGA 1RBRA 1LWFA 1U48A 1B9DA 2OZMA 5FROA 1VSDA 3V9XA 3MXIA 4W5QA 3AVKA 3HPHA 3QEWA 1IO2A 3L3UA 3T1AA 1W9HA 3L2VA 3TABA 1NOYA 2VG7A 3LANA 3QLHA 4AHRA 5J2QA 3S3OA 3NF8A 3PO5A 4FJ9A 4E7LA 2BGGA 1JKHA 2X74A 1BCOA 4LH4A 5SZTA 4OLBA 1VSMA 2VWKA 1L3VA 4LSLA 2BE2A 3QNOA 3M8QA 3K5LA 3DLKA 1TK8A 3ZSXA 3EYZA 1ITGA 1S9GA 4XIUA 1C1BA 4E89A 5CZ2A 5J1EA 4DWIA 1CXUA 4W5RA 1NK5A 1ZBUA 4CK1A 1VSKA 1A5VA 3V1OA 2PZSA 1L3SA 4NYFA 5FDLA 3MXMA 3SI6A 4O0IA 4M3XA 4CEDA 4DS5A 4NCAA 1EP4A 2X78A 1EXQA 4B08A 3EY1A 5KTQA 4CJUA 1JL1A 4I2QA 4NCGA 3FFIA 3LWLA 4KHSA 3K59A 3IRXA 3PV8A 3OYNA 4RW8A 2BDPA 5HP1A 4CF8A 3TWHA 1RDAA 4AHTA 1TKTA 1LWEA 4OKEA 2RKIA 5EU7A 3THVA 4B8CA 3LAKA 4I7FA 2W42A 4FZXC 3B6PA 3DRPA 4EZ9A 1NK6A 3MEGA 4Z4EA 4FXDA 3VA3A 3AA5X 1SL1A 4K8XA 3NGYA 4WE1A 3VQBA 2D0BA 3LZJA 3PX4A 1RT4A 1RTHA 3DLRA 4MFBA 4CGJA 3VA0A 1LAVA 2YNHA 4M3UA 3ITHA 4MQ3A 1VSHA 4DQIA 2F8TA 4DQRA 4RW4A 1NOZA 4R5PA 3HVTA 4B3OA 1L3UA 5JS2A 3HXMA 2G8HA 4CJSA 2VG5A 4HHTA 3RRHA 2DFEA 3KK2A 4IBNA 2NUBA 3E01A 4AHCA 3QEXA 1CXQA 1HMVA 4F4KA 4E7IA 4CIFA 2Y1IA 2QXFA 2BANA 4RW9A 3QESA 4C8NA 3HP6A 4O44A 5HLFA 4J2EA 3NH1A 4FM2A 3DRRA 4CJQA 3V4IA 3V81A 1NKBA 4FK2A 2HNDA 3KKRA 3QIPA 3VQEA 3JSMA 4CIEA 2FBTA 4CGDA 5SWMA 3L2QA 3TAFA 3DOKA 1BQNA 5DMRA 1RCHA 4CEZA 2G8KA 4H4MA 4FK0A 1NJYA 5C42A 3ZT3A 3LPTA 3ZSZA 1ZBHA 4ZTJA 3DM2A 3LP3A 1TK0A 1HNIA 4FLWA 4F2RA 4BDZA 3V9WA 4YNQA 1VSFA 4CE9A 3ZSVA 4EP5A 3U6FA 3AVAA 1D9FA 2VG6A 3NFAA 1RTJA 1C0TA 2HVIA 1C1CA 1IKXA 1FK9A 4AHSA 2D0CA 4C8MA 3VQ4A 4JS5A 4CERA 3LPUA 4YFUA 3SPYA 1TK5A 4C8LA 3HK2A 3OYIA 3HO1A 3NF6A 3HP9A 4KV8A 1Q8IA 4JRQA 2OPRA 3HJFA 4HUGA 5CYQA 4DU1A 4F3OA 2JLEA 1UA1A 3OYEA 1R0AA 2PY5A 3AA4A 2FBVA 5KGWA 5C25A 1T05A 4OGEA 4ZHRA 1JLAA 3SQ2A 3HSTB 4KRFA 1RT3A 3VQ7A 3IS9A 1TAUA 4FJJA 3C94A 3AV9A 5HBMA 3K5MA 1QQCA 1VSJA 4Y1DA 3OJUA 4J2AA 3OVNA 4N76A 2OA8A 4M3YA 1WSFA 2ETJA 1HQEA 3U3GA 4DLGA 1RNHA 1TL1A 2P51A 4B9MA 4CECA 4CFCA 3SQ0A 1N5YA 3NCIA 4CHOA 1DTTA 3OYJA 1JLCA 4CEQA 4DU4A 1RT7A 4KAZA 3NH2A 3C95A 1HQUA 4JRPA 4B9UA 3HPGA 5J2MA 1WAFA 3CFOA 1XC9A 2HW3A 2OZSA 3TANA 4CHQA 2KZMA 5CZ1A 3LZIA 4AH9A 4H4OA 3PX0A 3AVFA 1IKYA 1IKWA 5HRPA 2RPIA 3QEPA 1T8EA 1DLOA 3SUQA 4KTQA 2DFFA 1D5AA 2XY5A 1BQMA 3JYTA 1QSSA 2A1RA 4OJRA 2FBXA 3QEIA 4ID5A 4I9LA 2PYLA 4M3WA 2WOMA 4FJIA 4FVMA 1BL3A 3OYCA 4DTSA 1WLJA 3ULDA 4DQSA 4KI4A 1K6YA 3NGZA 1NK7A 2QKKA 2ZQBA 3ZSRA 4CJPA 1KRPA 4DSLA 4E1MA 2B6AA 4RG8A 3PX6A 1YT3A 3AVGA 4DSJA 4KREA 1QTMA 1S1UA 2WONA 1S6PA 3CYMA 4BE2A 3VQPA 1BCMA 2KW4A 1RILA 3K2PA 3ZT2A 4CFDA 4DLEA 4GW6A 3DI6A 4GVMA 1SL2A 3TAEA 4CJFA 1S1VA 1Q9YA 2KFZA 3KLFA 1D8YA 2Z1GA 3D45A 4IG3A 5KRTA 3DLBA 1GOAA 2G8UA 1NJZA 2IAJA 1RT5A 3AO4A 4DMNA 1ASUA 1I39A 3QERA 1C1AA 2GUIA 4ID1A 4OGCA 3V6DA 1O1WA 1B9FA 3AVJA 4FM1A 4Z4IA 4FZZA 3O3HA 1JLBA 4B9SA 2Y1JA 2IOCA 4K8ZA 3DLHA 4KHUA 3LDSA 3UIQA 3RMCA 4CJ4A 3NGIA 1CZBA 4KTWA 2HHSA 3IAYA 1N6QA 4F3TA 2KZZA 2KTQA 1TVRA 4HVJA 3DOLA 4Q5VA 1ZBFA 1C0UA 4O4GA 2YNGA 3O3GA 3TAPA 5HRNA 1S1WA 1NK8A 4HCBA 3L3VA 1FKPA 1HRHA 3O4QA 4CJEA 3AVMA 3MXJA 3VQ5A 2R7YA 2HHWA 2EHGA 3QINA 2FC0A 3RMDA 4FK4A 3NBPA 2EX3A 3OYMA 2HHTA 2KFNA 2B5JA 4KFBA 3MEEA 5I42A 1TKZA 1SL0A 3DYAA 3SZ2A 4N56A 4FJLA 2RN2A 2G8WA 3KLGA 2FBYA 2X6SA 3P1GA 3ZSQA 3NH0A 1IKVA 3LWMA 3LP2A 3P83D 1REVA 2ZD1A 4E1NA 5E41A 1U45A 2HHQA 4AILC 1C0MA 4AHUA 2A1SA 3OYAA 1F21A 1LW2A 4E7KA 1WSJA 3TR8A 4C8OA 1NKEA 4B9TA 3QIOA 3LP0A 4KHYA 1QS4A 4M41A 1MU2A 3ZCMA 4KHNA 1JXBA 3PUFA 4LSNA 4CIGA 1XHXA 3G10A 2HHVA 4BACA 3L8BA 1KSPA 3B6OA 4CHPA 4DTRA 3RRGA 1YVUA 4IFYA 1HYSA 3DRSA 1U4BA 3U3YA 3S3NA 2G8VA 4DTMA 4M42A 5CYMA 4CESA 4M3ZA 1RBVA 3AO5A 3WNEA 1QSYA 3CFPA 2HVHA 4DF8A 2Z1JA 4Z0UA 2Z1HA 1IH7A 4CEAA 5CY4A 1BI4B 3OYLA 4FJ7A 3AVNA 2HB5A 2P5OA 4KHWA 3H08A 4AHVA 2IGIA 4CFBA 5FRNA 5DK5A 3V1QA 1KFDA 4CEOA 3K58A 1VSIA 1UA0A 4QCLA 3OS0A 2O4IA 4FLVA 4NYNA 4CF2A 3OJSA 1TKDA 2OPSA 1L5UA 4B9NA 3L2RA 4M3RA 3QETA 3SQ1A 2XRIA 2D0AA 1HYVA 1UWBA 1X1PA 4OPKA 4J2DA 1BIUA 1LWCA 1S1XA 3KJVA 1LV5A 3SUOA 4CJLA 2YNFA 4J2BA 4FLXA 1C6VA 2I5JA 4M45A 4B8AB 4CEEA 3V9SA 4DF4A 3S9HA 4O0JA 4DFPA 2YNIA 1RBUA 3BGRA 4IKFA 1RBTA 3NAEA 4KB1A 5HRRA 1HYZA 4FW2A 1QSLA 2P5GA 4UQGA 4FZYA 3V9UA 2LSNA 3BDPA 3NF9A 1Q9XA 3DLGA 1LW0A 5KRSA 4DSIA 3OYFA 1TGOA 1X9SA 1SKWA 1UAXA 5KI6A 4N5SA 3HVRA 3EZ5A 4BDPA 1JLQA 4DS4A 4OVLA 3K57A 3SJJA 2RF2A 4BWJA 3LALA 1D9DA 1S9EA 1CLQA 2IC3A 3ZT1A 3OYKA 1SKSA 3L2WA 4DTNA 3RMAA 4W5NA 1X9MA 1JLGA 1KCFA 2E6MA 3SUNA 4ELVA 3AVHA 3SYZA 2GBZA 2XHBA 4ELUA 1ZBIA 4E7HA 3RTVA 3AVCA 1VSLA 3AVBA 4BE0A 1U49A 3DMJA 4E7JA 1J53A 2YV0X 1UOCA 1KVCA 2XY8A 1SUQA 4DU3A 4FW1A 2F8SA 3ZT0A 3HYFA 2DTUA 4Y1CA 4CFAA 4CK2A 1VRTA 3I0RA 2XY6A 1RDBA 4E19A 1ZBLA 3C6UA 1JLEA 3OYBA 3TARA 4FJMA 3V1RA 2PYJA 4FLUA 4DTXA 2IS3A 4FJXA 3CM5A 4HUEA 1WAJA 3K5OA 4KO0A 4QAGA 4DQQA 1RT6A 4OKKA 3V9ZA 4ZTFA 2G8IA 4DTPA 3I8DA 4FJ5A 3OY9A 2YHBA 4DFMA 1ZYQA 4OLAA 4Q0BA 4IG0A 4DFJA 3ZSYA 3OYGA 3HPOA 3F73A 4CCHA 2HNZA 2HHXA 4KPYA 1A5WA 3D0PA 4CHYA 4C8KA 3HM9A 2X6NA 3RMBA 1XWLA 1Z26A 1XI1A 2OYQA 4CF1A 1VRUA 4CJRA 3KKSA 4ICLA 3LP1A 2JGUA 4GMJB 2B4JA 4CEBA 4RW6A 4FCYA 1GOBA 4HTUA 4CGFA 3KK3A 3NF7A 4FJGA 1WSEA 4NCBA 4IDKA 4DFKA 3SV3A 3KD5E 4W5OA 4H8KA 2YKNA 1S6QA 4DSKA 1RT1A 2DFHA 1HJRA 4KKOA 1HPZA 1BIZA 3KK1A 3AA3A 1YTAA 3VQ6A 2ZE2A 2ITGA 4PA1A 3AO3A 1G15A 3AVLA 3C6TA 1BI4A 3NE6A 2XY7A 1NKCA 1KLNA 1J5OA 1TL3A 5C24A 3AVIA 1VSEA 3TAMA 4BDYA 4PY5A 3KLIA 4CHZA 3SNNA 2OPQA 1TKXA 5T7BA 4FLTA 4RW7A 4DTOA 1Z25A 2O4GA 4CJ5A 3PY8A 4FM0A 3TAGA 1S5JA 3M8SA 4JLHA 2G8FA 3L2UA 4F8RA 4LD0A 2Q3SA 3MEDA 1B92A 1J9AA 3DLEA 4W5TA 4M3TA 3VQCA 3ALYA 1DTQA 4CHNA 1FXXA 1JL2A 2Z1IA 3LAMA 1T03A 5FRMA 1W0HA 4PQUA 1RT2A 4O5BA 4KB0A 2F96A 3S3MA 1CZ9A 1WSHA 3OYHA 1U47A 1L3TA 4QOZB 1U04A 4N41A 3I0SA 1HNVA 2HNYA 4CJ3A 3WNFA 4OPJA 1NK9A 1WSGA 4CJTA 2ATQA 4IFVA 3NDKA 1J54A 4KTZA 4DQPA 1KVAA 1NK4A 1JLFA 3KTQA 4EZ6A 3SV4A 1ASVA 2OPPA 5J2NA 4Z4CA 1BISA 1KVBA 3SQ4A 3OS2A 4CF9A 3HT3A 1FKOA 3KLEA 1QHTA 3SUPA 4B9LA 4FYDA 2DY4A 1EX4A 3T19A 3F9KA 3WNHA 4CJVA 3SCXA 1T7PA 4O55A 4Z4GA 4CF0A 3MAQA 1JXEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D7EO 4Z4FA 1TAQA 1IHVA 1KJWA 3OYDA 2DNUA 1HNWK 3IKMA 3IG1A 2RI5A 3PMTA 5GIOA 4HUFA 2HHUA 4A59A 2DL4A 2EYZA 5HROA 1JJ2M 3OSSC 2ZGYA 3O4NA 3JCMb 3C7NB 1YIJT 3SHWA 2F9TA 2O8BB 3CCSN 4OKJA 5F2RA 1W7AA 4RTXA 5GJVB 3CC4A 5IN1A 1LAWA 1QVGP 3CC2N 3KD1E 2DD5A 3VS6A 1BHLA 4EMGA 1YJNA 1WN7A 2VWJA 2PAVA 4G1QA 5JVHL 2CS7A 2EYQA 2UXCK 2DX1A 3ASMA 3TAQA 1AOJA 4BQZA 3ZFJA 3RR7A 5HRSA 2L3PA 1K9MR 1VQ6A 3SPZA 3ZSWA 3QYGB 4FJNA 4GV3A 4WFNL 5GAMf 2E65A 5AQFA 2BE9B 2EJGA 1GOCA 2EIFA 2COWA 2JJ9A 2P1JA 3H8ZA 4C0DB 2WSCE 2RQVA 3QFUA 4B9VA 3CMET 4CGHA 3KLHA 2XI9A 2P9NA 1NJXA 1NEGA 2YRCA 3AO1A 1H8KA 3CG7A 2HOEA 2COZA 4EPCA 1P8ZA 2DEBA 5H37A 1SSFA 1BWFO 2DPPB 2Q31A 1NG2A 3QBYA 3RR8A 3AA2A 3NGPA 4Z4HA 2QW9A 4EHUA 5AQZA 5LJ3f 4ZGJB 3ATVA 3ZSOA 4LDUA 1BA0A 1KLMA 3D2FA 3VQQA 1J3TA 4C5EA 5KCHA 1NGCA 2E1ZA 4JS4A 1HKCA 2HAXA 2CP2A 3E66A 2CH6A 3VMFB 3PO4A 1O9SA 3LWHA 1KQ1A 2BZYA 3URGA 1I0CA 1ZHIA 5KGXA 4FLYA 2UXBK 3NHGA 3OQ5A 1U48A 1B9DA 2CYZB 1VSDA 4W5QA 2R58A 3AVKA 3HPHA 3VKIA 2AT1B 3SBTA 3MX5A 3LANA 2DRMA 3BFMA 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3QIPA 5GAN5 2QEXN 1R8OB 4HT8A 2MMBA 3QDKA 2OAWA 4XK8E 3L2QA 5SWMA 1S72A 2UXDK 3VEVA 3KVGA 1IBMK 3ZL7C 1BQNA 3K2OA 3O8VA 1QP2A 4FWOA 4O8UA 3ZSZA 3CXCM 4JKFA 3R9PA 2DA9A 3SK3A 1M4ZA 5GAN2 4E6RA 1D9FA 4JI3K 1VQMN 3MP6A 3G4ST 4PQUA 4KH0B 1XMFE 1TYQA 4B9XA 2FF3B 3H9NA 2VVKA 2AK5A 3VYGA 4KV8A 2RK2A 2HF3A 1FS1A 1UGSB 5M9OA 3CCLN 3CCJA 3LH0A 3ULRB 3PIOA 1T05A 3MJXA 3SQ2A 3HSTB 4L5GA 1RT3A 3IS9A 2HBJA 4FJJA 4BY9C 3AV9A 5HBMA 2HNIA 4A53A 1D1BA 1VSJA 1OU8A 3KZBA 1H3ZA 2OA8A 4M3YA 1FZ6E 3C12A 4GLKA 1TL1A 2GFUA 4AQYK 2YDLA 2A7YA 3GG4A 3CCRQ 2EW3A 4X5MA 4MDAA 1BI0A 1CKBA 2XDBA 2V7YA 4LE9A 3NTIA 4OVAA 3C95A 4M7AB 3C6NB 4JRPA 3JSCA 4B9UA 2W10A 1M1GA 4JRKA 5J2MA 1XQSC 1XVFE 1IO6A 4WYBA 2DBMA 3M59A 3V8JA 1Q86O 2GX9A 2UUBK 2QEXQ 4H4OA 2ED0A 3ER0A 4ANJA 1IKWA 2RPIA 4JI6K 1AEYA 1DLOA 2M1HA 1T8EA 3WT0A 3J7AP 1YWOA 5JICA 1QSSA 4B1ZA 1HKGA 4OJRA 4FVUA 4ID5A 1K8AC 4ILHA 3CJAA 1XNQK 3EE8A 3VUZA 2D6FA 1VQMQ 1NK7A 1NU0A 3L2ZA 1U1SA 2B6AA 4RG8A 3JCMf 2VUBA 4EFHA 3AVGA 4DSJA 3OYYA 2KMTA 3VEWA 1WB9A 4IJAA 3QSUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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