4JS4A

Crystal structure of e. coli exonuclease i in complex with a da16 oligonucleotide
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
468
structure length
468
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords dT16 oligonucleotide
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 137
structure length 468
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4js4A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4js4A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4js4A01
1S1XA 2Y1IA 3OYMA 3T3FA 2O4IA 3QEXA 1WLJA 4OGEA 4G1QA 1C1AA 3KJVA 4W5NA 1WN7A 1ZBFA 4M3RA 1LAVA 1N5YA 2Z1IA 1VSIA 3RMBA 3RWUA 4ELUA 3HVTA 4Z4FA 1CLQA 4Z4CA 1TL3A 3ZCMA 4EZ6A 3DLGA 3K5MA 4DSKA 4F3OA 4B3OA 2D5RA 3DLKA 4RW8A 3OYJA 1ASUA 1IH7A 4M3WA 2YNHA 2X74A 3NF6A 3TAEA 1IKVA 3IG1A 3AO3A 3RRHA 1Y97A 3BGRA 4FCYA 1KVBA 3QEPA 3CQ8A 3RMCA 3V9WA 1TV6A 2YV0X 4M3UA 4JS4A 4C8LA 4IDKA 3ZSRA 4KO0A 4CHNA 2OPSA 1JLFA 1XWLA 1UA0A 1C0MA 2P1JA 1SL1A 4FJ5A 3PX0A 2BE2A 4MFBA 3AA5X 4DF4A 3QEWA 3L2RA 4KHYA 4F3TA 4ID5A 2G8IA 1JXBA 3P1GA 2Q3SA 5DMRA 1T8EA 4OLAA 4B9TA 1EX4A 4LSLA 4N47A 2XHBA 4KHQA 1IKYA 2EX3A 2E6LA 4DQPA 3ZSWA 3K5NA 1HYSA 4DQSA 4IKFA 1NK0A 4KB1A 4CGDA 1VSKA 4MQ3A 3WNGA 3RMAA 5HROA 2IS3A 1SV5A 4W5OA 3AVMA 4JLHA 4E19A 3LWLA 4FLYA 4F2SA 3AA4A 3HJFA 4I2PA 1C1CA 2B4JA 4KHUA 1QTMA 1TK0A 1F21A 4KPYA 4FJXA 5HRPA 1KCFA 2XO7A 1KVCA 3C95A 4CF9A 4E7LA 1VSHA 3AO4A 3HP9A 3IS9A 3NH1A 4RG8A 2EHGA 3SPYA 1NKCA 2KZMA 4JS5A 1LWFA 1KRPA 2HNDA 4FLXA 4KAZA 2YNFA 3QESA 2VG6A 1ZYQA 2E6MA 4FLVA 5KTQA 1LWEA 2D0AA 5HBMA 3L3UA 4E1NA 4N41A 4M3ZA 1S1UA 2KFNA 4FXDA 1SKWA 1UOCA 4CFAA 1YT3A 4B9LA 4M3TA 1QSSA 3VQ9A 3TI0A 2VWJA 3S3NA 1X9SA 1HJRA 1HMVA 1J53A 4DS5A 1J54A 3SQ0A 4B08A 5JS2A 4CEFA 1LW2A 2IDOA 3ZT1A 5E41A 3HPHA 3EY1A 3EYZA 4CFDA 1WSJA 1CXQA 2YHAA 4HUEA 1YVUA 3ALYA 2P5OA 1J5OA 3HK2A 1B9DA 3K2PA 1EXQA 1JXEA 1KSPA 3D45A 5CZ1A 4F4KA 5FRMA 4LSNA 3I8DA 3QNOA 3SUQA 1RDCA 3A2FA 1U4BA 1L3SA 4B9MA 3JYTA 1XHXA 4CHZA 1XC9A 3AVNA 4CGHA 4CHQA 1IKWA 3JSMA 4FLZA 1T03A 4M3YA 2HNZA 2F8SA 4EP5A 3M8PA 2A1RA 3F9KA 4CJRA 4CIFA 4UQGA 1I3AA 1ASVA 3AVCA 4J2BA 3NDKA 1X9MA 3KKSA 3KD1E 4JRQA 4DQIA 3AV9A 4W5RA 4CJQA 3L2UA 3NBPA 5T7BA 3LP3A 2BDPA 1B9FA 1TK8A 4FK2A 1JL2A 1UWBA 4ZTFA 2O4GA 4ID1A 3TAMA 4CJ3A 3OYAA 3NF7A 4CGJA 4OKJA 1QS4A 2OPQA 4O44A 4KKOA 4WE1A 1G15A 1HNIA 5CY4A 1KFDA 4I9LA 4H8KA 4Z4HA 2G8FA 4LH5A 2XY6A 1Q9YA 3AVIA 4DTSA 1CZ9A 2Z1GA 2YNGA 1A5WA 1CXUA 1U04A 4CGIA 3QLHA 4DSLA 4FZZA 4PY5A 2ATQA 3WNHA 2BGGA 2OPPA 2P51A 5HRRA 2HNYA 1IO2A 3AVLA 4HTUA 3HP6A 4FLTA 1R0AA 1BI4A 3SUOA 4BE1A 3CM5A 3OS2A 4KV8A 2W42A 3RRGA 4KHWA 2Z1HA 1WSGA 3VQBA 1DLOA 1RT3A 2BANA 3CFOA 3OYIA 3TWHA 4KRFA 1X9WA 4LY7A 2DY4A 3SQ2A 2ZQBA 3NF8A 4B8CA 1RT1A 5C42A 4N56A 3LALA 3TANA 1RTHA 3T1AA 3TABA 1D9FA 2Z1JA 1L3VA 2PZSA 2XY8A 4FJIA 4FJLA 1DTTA 1TKZA 1WAJA 4DFKA 1BQNA 3OYCA 4HUFA 2D0BA 3SQ1A 3HL8A 3MXIA 3LP0A 5KI6A 3VQEA 3OYNA 2G8VA 5HRNA 5JS1A 1HPZA 2WONA 4RW4A 3V9ZA 3CFPA 3PO4A 3NHGA 5DK5A 3KKRA 3QINA 1VSMA 3QO9A 2HHVA 1NJYA 3K5LA 3MXMA 4ZTJA 1QSYA 1S1WA 3LP1A 3O4NA 1L3TA 1A5VA 1JL1A 2VG5A 2HW3A 1K6YA 4CEZA 1U49A 4AHVA 3SNNA 1SKSA 4FK4A 3HT3A 1RTDA 1HYZA 2KTQA 4BDPA 3KK3A 4H4MA 4KTQA 3SJJA 3V81A 3PUFA 1XI1A 1Q9XA 3DM2A 4CECA 2QKBA 1RT5A 4DU1A 4DU3A 2OZSA 1QSLA 1S1VA 2OZMA 1S9GA 4M45A 1UA1A 3TAQA 3VA3A 4CEBA 1RBSA 4PUOA 3TR8A 1D5AA 3AA2A 1B92A 1EP4A 1RT4A 1U47A 3HPGA 3HO1A 3SPZA 4CHYA 3UIQA 4I9QA 4Z0UA 4NCAA 3O3GA 4FJ7A 3AVHA 2LSNA 1BGXT 3ZT3A 4CGFA 3THVA 2PY5A 4Q5VA 4AHCA 1REVA 3KLIA 3DMJA 2F8TA 4B9UA 1HYVA 4ICLA 3ZT2A 2HVIA 1BL3A 2I5JA 2QXFA 3L2QA 2GBZA 3U3GA 4R5PA 1ZBHA 1NOZA 2P5GA 1U48A 2WOMA 4N76A 3SV3A 3QEIA 1XHZA 3OJUA 1RDAA 3CYMA 4I2QA 1DTQA 3L3VA 4C8MA 3DRSA 4OKKA 3V9UA 3V1RA 3LDSA 4DLEA 3DLRA 3MXJA 4FJHA 2JLEA 2PYJA 4FYDA 3PO5A 4M41A 2IC3A 3ASMA 4CFBA 2HHTA 2YHBA 4BDYA 3NCIA 1WSFA 4RW9A 3K57A 3TAPA 3SCXA 3L8BA 4AHSA 2VWKA 3HXMA 1NK6A 3RMDA 5SWMA 3LP2A 1ASWA 2KZZA 3LZJA 1QHTA 3OY9A 3AVAA 3MEEA 5EU7A 3T19A 3OVNA 3U3YA 1NOYA 3O4QA 1EETA 1RT6A 4FLUA 3RR7A 2AJQA 4JRPA 2QK9A 2ZD1A 2XY5A 1X1PA 4IG3A 2FBYA 3ZSVA 4CEAA 4CJFA 1RDDA 3NH2A 3OYKA 1ITGA 3VQ7A 4O55A 1RBVA 2G8KA 4OLBA 1YTUA 2RPIA 4Z4IA 3G0ZA 4IBNA 3SYZA 4RW6A 4BWMA 3B6PA 2B5JA 4CEQA 3H08A 2RKIA 4CK3A 5HLFA 4KHNA 4BE0A 1VSFA 2HHUA 1BCOA 4YFUA 3M8RA 3V9XA 3C6TA 1YTAA 4NCGA 4DQQA 1C1BA 4B9SA 4QAGA 2YKMA 3AVGA 3DOLA 1FK9A 3LAMA 4K8ZA 4CJUA 1S5JA 3DI6A 4E7KA 4IFVA 3V6DA 4DLGA 1QE1A 1Z26A 3KIOA 1TK5A 1LV5A 4ELVA 4FZXC 2KW4A 3CFRA 5HP1A 1D8YA 4FJKA 4W5TA 1JLEA 3KLGA 3NE6A 2QKKA 3ZSZA 4FM2A 4PQUA 5CZ2A 4C8KA 1HRHA 2DFFA 3LAKA 1C0UA 1SL2A 4OGCA 4C8NA 1RT2A 2ZE2A 4DSFA 1MU2A 3P83D 3QETA 4OKEA 4OVLA 2OA8A 3AA3A 4O5BA 4CJSA 3AO2A 4HCCA 3C94A 2XY7A 2HHSA 4EZ9A 2NUBA 1CZBA 1KLNA 5KRTA 3DLHA 4CGGA 3SI6A 1C0TA 1LAWA 1I39A 1WAFA 3TARA 3I0RA 4J2EA 4NYNA 1BIUA 1NK5A 3MEGA 4BDZA 2Y1JA 1ZBUA 2PYLA 4O0IA 3PY8A 1TAQA 3AVBA 3WNEA 1LWCA 3DLEA 1RBUA 1ZBLA 1NKBA 1FKPA 4DSIA 4PA1A 3LWMA 3QERA 3SZ2A 4AH9A 1U45A 1BI4B 1TVRA 2G8HA 4E7HA 2X6NA 3K59A 2DTUA 1W0HA 1IKXA 4CJTA 4M3XA 3OYBA 3OYEA 4CJLA 3SQ4A 1RDBA 4BACA 1LW0A 5J2NA 2YNIA 3NGYA 4CEEA 4CJ4A 4DQRA 3VQPA 4XIUA 4OPJA 4K8XA 2HHWA 4FM0A 4BE2A 4EP4A 4GW6A 1RILA 4O0JA 1O1WA 3I0SA 3CM6A 1RTIA 4DG1A 1NJWA 3DRRA 3ZSYA 3ULDA 1D9DA 4E0DA 3K5OA 3ZT4A 3DYAA 5KRSA 2FBVA 1UAXA 4KTZA 2IOCA 4AHUA 4CE9A 1NK9A 4HCBA 3V1QA 3D0PA 3ITHA 1FKOA 4CIGA 4E7IA 3ZT0A 1S9EA 3OYGA 1JLGA 3DLBA 1S6QA 4QOZB 4J2DA 3MECA 3KLFA 4CF2A 4DTJA 2HB5A 3SUNA 2HVHA 5J2MA 1TKTA 4KI4A 2ITGA 1NKEA 4LD0A 4CESA 5I3UA 4W5QA 3MAQA 4H4OA 1WSEA 3VQCA 1VSLA 4CCHA 2X6SA 2HHQA 1HNVA 1BHLA 4DF8A 5K14A 4Z4EA 1VRTA 4L8RB 4CERA 3PV8A 3F73A 4KREA 1Z25A 4CK1A 4FW1A 5D3GA 3AVKA 4YNQA 3ZSQA 3V4IA 5FRNA 3OYFA 3VN5A 1VSEA 3B6OA 3LANA 5CYQA 3NAEA 3TAGA 2E4LA 3RTVA 1NJZA 2HMIA 3KTQA 1WSHA 1VRUA 2VG7A 3V9SA 3VA0A 5HRSA 4CJVA 4DMNA 3CG7A 3NGZA 1BQMA 3S9HA 1QQCA 3HM9A 4F2RA 3OS1A 4QCLA 2FC0A 1WSIA 1NK7A 4PWDA 4HUGA 4HVJA 1TKDA 1TL1A 3HVRA 2IAJA 4CJ5A 4AHRA 4OPKA 3LPTA 3VQAA 3O3FA 1C6VA 3KD5E 4Q0BA 4F8RA 2IGIA 4CF1A 3FFIA 1VK0A 3AVJA 4E3SA 4KHSA 4CEDA 3ISNC 1VSJA 4FJNA 1RT7A 4ELTA 3BDPA 1JLQA 3OYHA 1WNSA 3WNFA 4ZHRA 3M8SA 3IRXA 1IG9A 4CF0A 3DOKA 4DS4A 1GOCA 4Z4GA 4CHPA 3MEDA 4FZYA 1JLAA 4FJMA 3S3OA 2HHXA 4GMJB 3NH0A 2D0CA 3G10A 4FLWA 2JGUA 2A1SA 4O4GA 1TKXA 4DTXA 3NF9A 3HPOA 4CJKA 4AILC 3PX6A 3AVFA 5FDLA 4IG0A 4N5SA 4DTRA 3QEVA 1L5UA 1VSDA 2YKNA 4CJWA 5CYMA 4FJGA 5C25A 4DTPA 2F96A 3KLEA 2FBTA 1TGOA 3VQ6A 4AHTA 1KLMA 1RNHA 3PX4A 1L3UA 4B9NA 2B6AA 1BISA 2RF2A 5SZTA 4NCBA 4B8AB 4Y1CA 2DFEA 1KVAA 4FW2A 3VQ4A 2KQ2A 1KTQA 4KFBA 3QIOA 5KGWA 4DTNA 3U6FA 3KLHA 4DTMA 1W9HA 4OJRA 3VQ8A 4DFPA 4M42A 2G8WA 4C8OA 3VQQA 3L2VA 1J9AA 4E1MA 1RBTA 3NGIA 3L2WA 3P5JA 3K58A 3TAFA 4FJJA 2X78A 5J2PA 3S3MA 5I42A 1Q8IA 2GV9A 3DRPA 4DWIA 4DSJA 1SKRA 4CF8A 4FJ8A 1JKHA 5J1EA 4J2AA 4Y1DA 1JLCA 1RCHA 2OPRA 1GOBA 3OYLA 2FBXA 5FROA 3OJSA 4IFYA 3VQDA 3LPUA 3SV4A 2GUIA 5C24A 4KI6A 1HQUA 4CJPA 4DTOA 3LZIA 3IAYA 4LH4A 1ZBIA 4HHTA 4CFCA 1SUQA 4E89A 2G8UA 3ZSXA 1JLBA 4BWJA 4DU4A 4RW7A 3VQ5A 4NYFA 3OYDA 3KK1A 1BIZA 3NFAA 3AO1A 3SUPA 3RR8A 1GOAA 1A5XA 3OS0A 1T7PA 1S6PA 3O3HA 4FM1A 2R7YA 4DSEA 3QIPA 3V1OA 4B9VA 4FJ9A 1N6QA 4FK0A 1NK4A 1TAUA 1S1TA 1T05A 3C6UA 4E7JA 1FXXA 4DFMA 4CIEA 4KB0A 1HQEA 1NJXA 4CEOA 2DFHA 4KTWA 4DFJA 1NK8A 3E01A 4CHOA 1KFSA 4CJEA 3KK2A 1BCMA 4FVMA 4CK2A 1RBRA 2ETJA 2RN2A 1SL0A 3HSTB 4I7FA 3ZSOA 1EKEA 4GVMA 3QNNA 2OYQA 2KFZA 3AO5A 1RTJA 3M8QA 4TSXA 3EZ5A 4DTUA 2XRIA 3HYFA 5J2QA 5KGXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQMT 2PTKA 1VQLT 3OYMA 5LJ5f 3DLLA 2X4XA 1QLYA 4JK8A 2W6LA 3T3FA 3CCJN 4LF7K 2O4IA 3G71A 1HYOA 2UUAK 1U6ZA 4W5NA 1ZBFA 1LAVA 3P8HA 3RMBA 1VSIA 3CC4N 3IUCA 1JJ2A 4Z4FA 4E47A 4CW7B 3LDNA 3ZCMA 1PSFA 2P9IB 3K5MA 1WBDA 4DSKA 1GLEG 4EZ6A 4F3OA 3O5BA 2E4HA 1IH7A 4M3WA 4RTZA 5M1NA 3QEPA 3RRHA 3BGRA 4RCHA 4Z02A 3SWNA 1KVBA 5GMKj 2DL4A 2V7YA 3TL8B 4DEYA 5M1FA 4PFPA 2YUQA 3E4YA 4KO0A 2OPSA 2H3GX 2M51A 2L0AA 2EQMA 4KH0B 4XTZA 4RNGA 1D1CA 1TUYA 2BE2A 3PX0A 4F3TA 1NM7A 1K73U 3MDQA 3T7ZA 3CCUN 3P1GA 2G8IA 2Q3SA 2ECZA 1G99A 1DT9A 4KHQA 2CP6A 2VC8A 3QWYA 2BUDA 3RNJA 2E6LA 4RUGA 2ED0A 2P1NB 4A4EA 2UU9K 5HROA 4C92F 1EIFA 3U8XA 5GIPA 2FYOA 3VS1A 2IS3A 2QXLA 3VEZA 1KK7A 2E3HA 4GY5A 4JDSA 1X75C 4I2PA 3MPUB 3OS5A 1YN8A 3C6NB 3D2FB 4EFHA 5HRPA 4FWKA 2V7ZA 1KCFA 1LOJA 1MWMA 1E3MA 3PMIA 4RTUA 3OW2A 4IURA 1VHXA 3OBWA 4DQ8A 5BRFA 2YUNA 1NKCA 4CZHA 4XU3A 4JS5A 4KGXB 1LWFA 2HNDA 2P9KA 1RAAB 3VGMA 4IO9L 4JI5K 2VG6A 1ZYQA 2AJQA 4HCZA 5IXFA 4F17A 1GXIE 5KTQA 3CCRA 1NGHA 1YIJA 4JJDA 2YJEA 3FGUA 2HMPA 4CBUA 1SKWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3OJS A;  4IFY A;  3VQD A;  3LPU A;  3SV4 A;  2GUI A;  5C24 A;  4KI6 A;  1HQU A;  4CJP A;  4DTO A;  3LZI A;  3IAY A;  4LH4 A;  1ZBI A;  4HHT A;  4CFC A;  1SUQ A;  4E89 A;  2G8U A;  3ZSX A;  1JLB A;  4BWJ A;  4DU4 A;  4RW7 A;  3VQ5 A;  4NYF A;  3OYD A;  3KK1 A;  1BIZ A;  3NFA A;  3AO1 A;  3SUP A;  3RR8 A;  1GOA A;  1A5X A;  3OS0 A;  1T7P A;  1S6P A;  3O3H A;  4FM1 A;  2R7Y A;  4DSE A;  3QIP A;  3V1O A;  4B9V A;  4FJ9 A;  1N6Q A;  4FK0 A;  1NK4 A;  1TAU A;  1S1T A;  1T05 A;  3C6U A;  4E7J A;  1FXX A;  4DFM A;  4CIE A;  4KB0 A;  1HQE A;  1NJX A;  4CEO A;  2DFH A;  4KTW A;  4DFJ A;  1NK8 A;  3E01 A;  4CHO A;  1KFS A;  4CJE A;  3KK2 A;  1BCM A;  4FVM A;  4CK2 A;  1RBR A;  2ETJ A;  2RN2 A;  1SL0 A;  3HST B;  4I7F A;  3ZSO A;  1EKE A;  4GVM A;  3QNN A;  2OYQ A;  2KFZ A;  3AO5 A;  1RTJ A;  3M8Q A;  4TSX A;  3EZ5 A;  4DTU A;  2XRI A;  3HYF A;  5J2Q A;  5KGX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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