4JS4A

Crystal structure of e. coli exonuclease i in complex with a da16 oligonucleotide
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
468
structure length
468
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords dT16 oligonucleotide
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 137
structure length 468
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4js4A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4js4A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4js4A01
2B5JA 2YNHA 4E1NA 4JRPA 2XRIA 1NJWA 4B9SA 4O4GA 4W5OA 1SKSA 4J2EA 4ICLA 1EKEA 3VN5A 4Q0BA 2DTUA 3LAKA 3B6OA 2B4JA 4M45A 3HPOA 1RTDA 5HRRA 4I9QA 3TAQA 3LAMA 4J2AA 4R5PA 1BQMA 4DTJA 5HROA 1LW0A 1BI4B 4FJXA 4B9UA 2G8HA 2BE2A 4RW9A 4CF1A 4E7JA 2D0BA 3QEIA 4ELTA 4B3OA 4DTUA 3VQ4A 1EP4A 1JXBA 3O3HA 4KB0A 1KFDA 4KV8A 1RBUA 3ZT2A 2HHXA 3TAPA 3NF9A 1YTAA 1B9FA 4Z0UA 2A1RA 1TL3A 3VQ8A 3DLHA 2OZMA 1S6PA 4DQPA 4E7LA 4FLXA 4M3XA 1S5JA 2HHTA 1L5UA 4C8OA 2G8WA 4O55A 3ZSOA 1Z26A 4KTWA 4DTOA 3MXIA 1REVA 5I3UA 4GW6A 4DTRA 3L2RA 1T05A 1NKBA 1HYZA 4B08A 3V9UA 1KVCA 2PZSA 3QEWA 1LWFA 5C24A 4CJWA 4FYDA 1IH7A 1TK8A 3QNNA 5SWMA 3ASMA 3DOLA 1KCFA 3IRXA 4IFYA 3CFPA 2YNFA 1JLQA 1IKYA 3QESA 1NOYA 3T3FA 5CZ1A 1HQUA 3LP2A 1LV5A 3TAFA 4Y1DA 3ZT1A 4M3ZA 1LWEA 4HCCA 4GVMA 4CEBA 3DLRA 4F2SA 1VSKA 1EETA 1RT4A 2D0AA 1T7PA 3QEXA 4EZ6A 1QE1A 3KKRA 4DFJA 1JLAA 3KKSA 1C0TA 3NH2A 4FJIA 4JRQA 3CQ8A 1U45A 2AJQA 3RRHA 1WSEA 3B6PA 4FLWA 2KFZA 2XY7A 1RT5A 1RBSA 1VSIA 1L3SA 4O5BA 1FK9A 3DLEA 3HP9A 1ZBHA 2VWKA 3T19A 4OPJA 3SQ4A 3TI0A 4FM1A 3D45A 4CJFA 1A5XA 1YTUA 2GBZA 4DQIA 4N76A 1L3VA 1RT6A 1QSYA 4BWMA 1IG9A 3HSTB 3AVIA 2G8VA 4ELVA 3OYKA 4DF4A 4FJ5A 1NK4A 2VG7A 2PYJA 1DTTA 3ZSZA 4HUGA 3NGIA 2BANA 4CEZA 1BI4A 1BIZA 2OPRA 3NAEA 4AH9A 1L3TA 3K5LA 1S1XA 3WNFA 2HHUA 4DWIA 1TKXA 3OYJA 5C25A 3OYNA 3SI6A 3SUOA 1S6QA 3H08A 2P5OA 4DF8A 3HO1A 1TK5A 3SV4A 4FXDA 1GOCA 3ZT4A 2FBXA 4CECA 4PQUA 1G15A 3KLGA 3S9HA 3CFRA 4FJ8A 4KHUA 1TGOA 5KGWA 4FM2A 4EP4A 4CGGA 4QOZB 2X74A 5D3GA 4M3TA 3HPGA 3U3YA 4CFBA 3LWLA 3TARA 3ULDA 1RBRA 2OPPA 4E0DA 2YHAA 3CG7A 4XIUA 4CJ4A 3DRRA 2GV9A 1S9EA 3K5OA 3O3GA 1UOCA 4CEEA 3AA2A 3KLIA 4FZXC 4RG8A 3VQDA 3S3MA 4CGIA 3O3FA 1CXUA 2JGUA 3VQAA 2OA8A 2X6NA 4O0JA 4KHYA 1RTIA 1EXQA 3AVGA 1XWLA 3V9XA 1IKVA 3RMDA 4Z4IA 4CK1A 3SZ2A 3AVAA 3EY1A 1RILA 3V9WA 1QHTA 2LSNA 2Z1HA 2QXFA 3L2WA 2OPQA 3MAQA 1N6QA 4DSLA 1C1BA 4KI6A 2HHQA 1T8EA 4DQQA 1DLOA 1VRUA 3DLGA 3KK2A 4BE2A 1Z25A 4PWDA 1RTJA 1VSLA 4Z4GA 3IAYA 2FC0A 4CGJA 5SZTA 4DFMA 4M3YA 2KZMA 4CHQA 4OVLA 4GMJB 2WOMA 1JL2A 4BWJA 1SL1A 4I2PA 3K5MA 4HTUA 4PY5A 2KW4A 3A2FA 2HHWA 1RDCA 4DSKA 3AVKA 4H4OA 3MEEA 1KTQA 2QKKA 5HRSA 3CM5A 3OY9A 1XI1A 1ZBUA 4CEQA 2YNIA 1JLCA 4E1MA 4DS4A 2G8KA 1J9AA 1JLGA 4IKFA 3OYAA 4DMNA 2HNZA 4B9TA 3HVTA 3NE6A 2RN2A 2G8IA 3ZSYA 4N47A 4FJGA 4CJVA 4DSEA 1Q8IA 3SUPA 4ZTFA 1ZBFA 3T1AA 1VRTA 2YV0X 3AO1A 4CIFA 4DTPA 3SCXA 1RT7A 4DU4A 3OYHA 4G1QA 1VK0A 3HPHA 2NUBA 3MECA 2VG6A 4OPKA 3KK1A 4DFKA 1XC9A 1GOAA 4DQSA 1JL1A 3OYGA 1SL2A 3PUFA 1NK7A 4I7FA 3TAMA 4N56A 3VA0A 1KLMA 3LP0A 2G8FA 4OGEA 2DFHA 2VWJA 1ZBLA 4WE1A 5EU7A 2EHGA 3DRSA 2ETJA 1RT2A 4DLGA 3S3NA 2KQ2A 3KD1E 4JLHA 3ISNC 3V4IA 1KLNA 4FZYA 4NCBA 4J2BA 1A5VA 3P83D 4FVMA 1F21A 3L3UA 2HNDA 1UWBA 3M8PA 3L2VA 3SPYA 3L2QA 4CHNA 1GOBA 3NF8A 4BE0A 5CYQA 1WSGA 2YKMA 1K6YA 3VQEA 5HRPA 4FLUA 4EZ9A 3V6DA 1UA1A 5HRNA 4E7KA 1ZYQA 5JS1A 4H8KA 3OS0A 2IDOA 3MXJA 1N5YA 3IS9A 1SKRA 4DFPA 1DTQA 4LH5A 4IBNA 3ZSQA 3NH1A 1A5WA 3AA5X 3NBPA 3L3VA 5K14A 3LP1A 2OZSA 4OKJA 4Z4FA 2KZZA 3TWHA 3AVCA 1RBVA 3HJFA 2ATQA 4MFBA 2P1JA 3CM6A 1JKHA 1J5OA 3PY8A 4O44A 3NF6A 3AVNA 2R7YA 1HRHA 4FJ7A 4PUOA 3AO5A 1J53A 1FKPA 3HP6A 1BQNA 3P5JA 5J2NA 1S1UA 4M42A 2BGGA 3DLKA 3LZIA 1YVUA 3TABA 4RW8A 4H4MA 3RR7A 1ASUA 3ZSWA 4FK4A 3IG1A 3K58A 5CY4A 2EX3A 4HUEA 4JS4A 1LWCA 3NFAA 4KB1A 5HP1A 4IG3A 2F96A 2HHSA 1HQEA 1WAFA 2ITGA 3QERA 4FJKA 3AVFA 3TAGA 1RBTA 1HPZA 2Z1IA 4AHSA 3S3OA 4AHVA 3QNOA 3SQ0A 4F3TA 4ELUA 4YFUA 3I8DA 1I39A 1I3AA 2RF2A 4CHOA 1B92A 2VG5A 4FJNA 4KHNA 4KREA 1S1WA 3JSMA 1ITGA 1SL0A 1QQCA 1Y97A 3AO3A 1BCOA 3C6UA 3LP3A 3QIPA 4HVJA 4CJRA 5KRSA 2XO7A 3V9ZA 4E3SA 3QLHA 3DLBA 4DSIA 4LY7A 4JS5A 1QSLA 3LALA 4AHRA 3QINA 3SJJA 4LSNA 4M3UA 4KPYA 4FJ9A 4DQRA 3OS2A 3VA3A 4M41A 4B8AB 2XHBA 1C0MA 2HNYA 4HHTA 3NHGA 4OKEA 5CYMA 3QEVA 2Q3SA 4RW7A 3VQBA 4FLZA 1SUQA 3K5NA 2BDPA 3KTQA 3DOKA 1NJXA 4CJUA 3PX6A 4IG0A 4KO0A 1U04A 3SPZA 3RR8A 4C8LA 2HW3A 3AO4A 3LPTA 4KTZA 4CJLA 4LH4A 1RDBA 3DMJA 4CIGA 3K59A 3SUQA 2KFNA 2E6MA 1X9WA 4YNQA 4FK0A 1XHZA 3MXMA 3LWMA 4W5NA 1SV5A 2FBTA 2DFFA 3FFIA 1BGXT 4F4KA 3G10A 1BISA 3WNHA 3SYZA 4F3OA 4KFBA 3HVRA 3AA4A 4DU3A 3VQ5A 3KD5E 5DMRA 2FBYA 4O0IA 1NKEA 4CK3A 2IS3A 1O1WA 4TSXA 1RT1A 3VQQA 4N5SA 3NCIA 3F73A 4BDPA 4I2QA 3LANA 1W0HA 4E19A 3WNGA 4L8RB 2DY4A 1HNVA 1VSDA 4W5QA 4CHPA 1VSHA 3C94A 3TR8A 4B9LA 5FRMA 4CF8A 4C8KA 3AVBA 3HYFA 3KLHA 2ZQBA 4FJMA 3ZSVA 4CCHA 1WSJA 4LSLA 4FZZA 1BIUA 4AHCA 3OYCA 4CGFA 4NYNA 3ZCMA 3KIOA 3K2PA 1U47A 2IC3A 1VSJA 1TK0A 1D8YA 3ALYA 4NCGA 5T7BA 3MEGA 1LAWA 2HB5A 2QK9A 1TAUA 4DSJA 4CEDA 4FJLA 3ITHA 4IDKA 1RDAA 3F9KA 5FROA 2KTQA 4C8NA 3QO9A 1KFSA 4CJKA 1WSIA 1JLFA 1ASWA 3P1GA 3NDKA 4DG1A 1ASVA 4IFVA 5KTQA 4CFDA 4E89A 3OYFA 3OYIA 1HJRA 2G8UA 1S1TA 3WNEA 4Y1CA 4MQ3A 3PO5A 2GUIA 3AVJA 4OLAA 2Z1JA 2XY5A 4B9NA 2HVHA 1D9FA 2OPSA 3G0ZA 4AHUA 4FK2A 3KLEA 5JS2A 1D9DA 2Y1IA 1U48A 4N41A 4DLEA 3C95A 4CEAA 3M8RA 1NKCA 3PX4A 4KKOA 3RMAA 4KHWA 4I9LA 4BE1A 4ID1A 1U49A 1EX4A 4FCYA 4KTQA 3AVHA 4KRFA 1NK5A 3HM9A 4FM0A 4DTMA 4CE9A 3NH0A 5FRNA 2JLEA 3OYBA 3RMCA 1RDDA 2I5JA 1Q9YA 3QIOA 4NYFA 2PYLA 4F8RA 2DFEA 3LPUA 3QETA 1WN7A 3ZSXA 3K57A 1NJYA 4B9MA 4FJJA 4E7IA 1WSFA 3BDPA 4FLYA 3BGRA 5J2PA 1SKWA 4DSFA 3OYMA 1TV6A 3JYTA 4KAZA 1TKTA 1JXEA 3V1QA 3M8SA 2XY6A 1WLJA 1RCHA 2E4LA 2O4GA 1HYSA 3PO4A 1B9DA 4CK2A 4E7HA 3SQ1A 1NK9A 2P5GA 2HHVA 4EP5A 3NGYA 3V1OA 4CEFA 3U6FA 1C0UA 1RNHA 1CZBA 4CJ3A 3V9SA 5I42A 4CGHA 1BL3A 1TKZA 3EZ5A 1CZ9A 1CLQA 2W42A 3OYLA 4K8ZA 1BCMA 3TAEA 4AILC 1C1AA 4M3RA 4DTSA 3SUNA 5CZ2A 1T03A 3RTVA 2X6SA 3I0RA 2F8SA 1TL1A 4QAGA 3V1RA 4CFAA 4CJEA 3LZJA 3AO2A 4W5RA 5HLFA 3M8QA 2X78A 1L3UA 4CJSA 4M3WA 4DS5A 4FLVA 4DU1A 3AVLA 1NOZA 1IO2A 2IAJA 1LW2A 1NK0A 3SNNA 4QCLA 1TKDA 1RT3A 3OVNA 2HMIA 1KVAA 4OJRA 4ZHRA 5KRTA 4W5TA 4ID5A 3EYZA 3I0SA 5KGXA 2E6LA 4Z4CA 3KJVA 1CXQA 3HXMA 4OLBA 4B9VA 3OYEA 4CJTA 1RTHA 1JLEA 4CHZA 4CHYA 4HUFA 3HT3A 3PV8A 3VQ9A 5C42A 5J2QA 4OGCA 4UQGA 3HL8A 3NF7A 4DTXA 3RRGA 1WNSA 3VQ7A 4BDYA 3DYAA 4PA1A 2P51A 2O4IA 4LD0A 4RW4A 4K8XA 4FLTA 1QSSA 3RMBA 3HK2A 1S1VA 3TANA 4HCBA 4OKKA 3QEPA 1TAQA 3ZSRA 4Q5VA 2ZE2A 4C8MA 2F8TA 1IKWA 2B6AA 1X1PA 2D0CA 4NCAA 2HVIA 3OYDA 3L2UA 1LAVA 4ZTJA 1FXXA 2A1SA 4F2RA 4FJHA 2FBVA 4FW2A 4KI4A 5E41A 1NK8A 1NK6A 1C1CA 3V81A 1JLBA 5HBMA 4CGDA 1VSFA 3KK3A 3OJSA 4J2DA 5KI6A 3D0PA 1VSMA 4B8CA 3DM2A 1FKOA 1WSHA 1W9HA 3O4NA 4CJ5A 1KSPA 1X9SA 2IGIA 2YHBA 5FDLA 4CERA 2ZD1A 1HNIA 3E01A 5DK5A 3DRPA 4CFCA 4CF9A 3OJUA 3L8BA 3SV3A 1MU2A 2IOCA 3PX0A 1Q9XA 4DTNA 3UIQA 1ZBIA 1HMVA 2XY8A 4KHQA 2RPIA 4CF2A 1S9GA 2YKNA 3O4QA 3VQ6A 1UAXA 5J2MA 3MEDA 1R0AA 1IKXA 3SQ2A 2QKBA 4RW6A 1D5AA 3AV9A 4BDZA 4CIEA 2OYQA 3VQCA 3CFOA 4BACA 1QTMA 1KRPA 2Z1GA 1HYVA 4CEOA 2Y1JA 3C6TA 3U3GA 1NJZA 4KHSA 5J1EA 1X9MA 1TVRA 4CJQA 3THVA 3VQPA 4FW1A 4CF0A 4CJPA 1J54A 3OS1A 1YT3A 3ZT3A 3AA3A 1C6VA 4AHTA 3RWUA 1WAJA 1QS4A 4Z4HA 3LDSA 1VSEA 3AVMA 1XHXA 3KLFA 3NGZA 3CYMA 1KVBA 4CESA 1BHLA 1U4BA 3ZT0A 4Z4EA 2YNGA 2PY5A 3DI6A 2RKIA 1UA0A 2WONA 2D5RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YNHA 4E1NA 2HCKA 3BE3A 3I9QA 4A4EA 4H5RA 4J2EA 3SWNA 2W6LA 2DZ9A 2QTVA 1JJ2S 1S22A 3HPOA 1X6OA 2FL7A 3TAQA 1YWPA 3EG1A 5LJ5j 1NJIC 3MCPA 1ATNA 2RI5A 2LT1A 4J8FA 2OTJA 2ZF5O 1NLOC 2BE2A 3QFPA 4NLBA 3W0LA 2G8HA 1QQMA 4GKKK 5BR9A 4CC3A 1M1FA 2LVMA 2D0BA 1BA0A 5CKHA 5CIUA 3META 3VQ4A 4BQZA 1VQLA 1X2KA 3PGGA 1JXBA 1V4TA 2G3RA 4LDWA 2JHAA 3A1PA 3VS6A 2P1MB 2B8IA 1TYQB 3TAPA 5HK3A 2YRVA 3NF9A 3MEWA 1IB8A 2YUOA 2VB6A 3MHXA 2PZ1A 2HQEA 2A1RA 5AZJA 5GIOA 2HZYA 2LNHB 5HK0A 1RFQA 2VGNA 1S72Q 1FWZA 4C1NI 1QVPA 1VYVA 3J7AP 3I5SA 1Q7YO 2ZPGB 2AA4A 3HTRA 2YRCA 3CCST 2XG8D 3VS0A 3AGRA 1R0CB 2G8WA 3GOIA 4O55A 1Z26A 1O9SA 4KTWA 4C5IA 3J27A 4DCHA 2D0QB 4F16A 2IVNA 2X3XD 5I3UA 3JCMb 3L2RA 1HYZA 3V9UA 4EDUA 3MP8A 2F2WA 4MZPA 1KG1A 1V1CA 4FYDA 4K41A 2E5KA 2F2VA 3QNNA 3O5ZA 3M3ZA 3TU4K 1NPPA 4OP0A 3DOLA 3IRXA 4A5AA 4QNDA 3CFPA 1FZ0E 4RCCA 1IKYA 1NOYA 1MMOG 4J5YA 2C0TA 1XVBE 1OZ3A 4M3ZA 1FYZE 5AQVA 3AHUA 5M1FA 1RAEB 2FF3B 4E7SA 1T7PA 4PLIA 4EZ6A 4JKFA 2ENMA 3KKRA 2AZVA 2D8HA 4FJIA 2V51B 3CD6N 3RRHA 3B6PA 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 2IGI A;  2YHB A;  5FDL A;  4CER A;  2ZD1 A;  1HNI A;  3E01 A;  5DK5 A;  3DRP A;  4CFC A;  4CF9 A;  3OJU A;  3L8B A;  3SV3 A;  1MU2 A;  2IOC A;  3PX0 A;  1Q9X A;  4DTN A;  3UIQ A;  1ZBI A;  1HMV A;  2XY8 A;  4KHQ A;  2RPI A;  4CF2 A;  1S9G A;  2YKN A;  3O4Q A;  3VQ6 A;  1UAX A;  5J2M A;  3MED A;  1R0A A;  1IKX A;  3SQ2 A;  2QKB A;  4RW6 A;  1D5A A;  3AV9 A;  4BDZ A;  4CIE A;  2OYQ A;  3VQC A;  3CFO A;  4BAC A;  1QTM A;  1KRP A;  2Z1G A;  1HYV A;  4CEO A;  2Y1J A;  3C6T A;  3U3G A;  1NJZ A;  4KHS A;  5J1E A;  1X9M A;  1TVR A;  4CJQ A;  3THV A;  3VQP A;  4FW1 A;  4CF0 A;  4CJP A;  1J54 A;  3OS1 A;  1YT3 A;  3ZT3 A;  3AA3 A;  1C6V A;  4AHT A;  3RWU A;  1WAJ A;  1QS4 A;  4Z4H A;  3LDS A;  1VSE A;  3AVM A;  1XHX A;  3KLF A;  3NGZ A;  3CYM A;  1KVB A;  4CES A;  1BHL A;  1U4B A;  3ZT0 A;  4Z4E A;  2YNG A;  2PY5 A;  3DI6 A;  2RKI A;  1UA0 A;  2WON A;  2D5R A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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