4JS5A

Crystal structure of e. coli exonuclease i in complex with a dt13 oligonucleotide
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
468
structure length
464
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords dT13 oligonucleotide
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 125
structure length 464
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4js5A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4js5A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4js5A01
2ETJA 4M45A 4KHNA 4DU4A 4CERA 4W5RA 4CHYA 4HHTA 5HRSA 4F8RA 2D5RA 4CJ5A 1QTMA 2B5JA 3HJFA 1HQUA 2XRIA 4M3RA 4MQ3A 3S9HA 4E0DA 3ZT3A 3V9SA 4CESA 1L5UA 2HHQA 1WSIA 2NUBA 3U3YA 3IAYA 5K14A 3OYJA 4ID1A 4DTOA 2OYQA 3SJJA 3QEPA 3H08A 3HP9A 1YT3A 3OYCA 1VRUA 3KD5E 3SV4A 3AO1A 3C6TA 4GVMA 4CHQA 1J53A 1HPZA 3TAFA 3TAQA 3RWUA 4KB1A 4E89A 2RN2A 3NFAA 4F2RA 3B6OA 4W5NA 1TVRA 1RBSA 2OPSA 4I2PA 3L2UA 1C1AA 1SL1A 4CEFA 3PO5A 3QETA 3L2WA 1QS4A 3KK3A 2EHGA 3OYNA 1QQCA 3KK2A 2P5GA 2P5OA 4OLBA 4KTQA 3AVGA 2D0AA 4FLVA 5DK5A 3QEXA 4DFPA 2Z1IA 2FBVA 4CEDA 1L3SA 4CEBA 4RG8A 4IFYA 3TARA 3VQBA 1Q8IA 1RTJA 5HRRA 3V9WA 1TGOA 2B4JA 1BQNA 2RKIA 4HVJA 3SQ1A 4Q0BA 2O4IA 2HHSA 4LD0A 1RILA 1GOBA 3V81A 4Z4FA 4KREA 1X1PA 2OPRA 3ZSVA 3QEWA 4CEQA 3ZSZA 3F73A 4OPJA 3OYAA 4DTPA 1RCHA 1LW2A 1S6PA 4NYFA 3OYIA 1HMVA 3AA5X 3QEIA 4J2AA 1S9GA 4KO0A 4PWDA 1IKYA 4Z0UA 1NK4A 4HUGA 3TWHA 5CZ2A 3BDPA 4IFVA 3SUOA 3P83D 4M3TA 3KIOA 4ID5A 3OYGA 2XHBA 3SI6A 3RR8A 1TK8A 4M3WA 4DQIA 3HM9A 1SKSA 4DSIA 3QESA 1G15A 4E1MA 2E4LA 4DS4A 1HYZA 3AVCA 3LP3A 5HRNA 4F3OA 4KI4A 3KLEA 3TANA 1L3TA 3DLGA 4E7IA 4TSXA 5I3UA 1NJZA 1DLOA 1JL1A 2YNHA 1SL0A 1NK6A 2OA8A 2XO7A 3LZJA 1T8EA 1IG9A 4DSKA 4OVLA 3AA2A 4FJXA 3OYDA 2KTQA 3OYMA 4CJFA 3ASMA 3O3FA 4CGFA 2G8WA 3NGZA 1DTQA 2OPPA 3AO5A 4N5SA 4N41A 4FM2A 1WNSA 2F8SA 4HCBA 3DI6A 4DTXA 4C8KA 4DQPA 3OS1A 1FKPA 4J2BA 4J2DA 1UAXA 5C42A 3K5OA 1VRTA 4CCHA 2KZMA 4DQQA 1S5JA 1XC9A 5CY4A 1ZBFA 1NK7A 1BQMA 1KLNA 1RNHA 1WAFA 3FFIA 3K2PA 2QKBA 1Z26A 1K6YA 3L8BA 3TABA 1U04A 1VSKA 4AHUA 3QIOA 4CJUA 3OJUA 2X78A 1CZBA 1YTAA 1RDCA 4FW1A 4DTJA 1KCFA 3QEVA 3RRGA 2GUIA 2IDOA 1XI1A 5J2NA 4CJVA 4JS5A 2O4GA 4G1QA 1TK5A 1C1BA 3WNHA 1TK0A 4PY5A 4DSEA 1C0MA 3JYTA 2JLEA 1Q9YA 2JGUA 3AA3A 2I5JA 3DLKA 3G0ZA 1UOCA 4ELTA 5CYMA 1BGXT 3DM2A 1JLEA 3KKRA 3ZSYA 1CLQA 5HBMA 1RBVA 4CJLA 4C8LA 2YHAA 1WLJA 5HLFA 3DMJA 3MAQA 1BCMA 4BDZA 3NH0A 4RW6A 3NCIA 3NF6A 4KHUA 1C0TA 4DFKA 3PV8A 2GV9A 1RT6A 4W5QA 2PY5A 3C6UA 1MU2A 5SWMA 1KVCA 3LWMA 4CK3A 1CXUA 4IG0A 1B92A 3ISNC 3ITHA 4EP5A 4I9QA 3OVNA 2IGIA 3T19A 3TAPA 3LP1A 3NBPA 3HPOA 4FJMA 2A1SA 3S3MA 2F8TA 1YTUA 2LSNA 4LSLA 5KGXA 1SKRA 4DSLA 4UQGA 3S3OA 1JLAA 4O5BA 3HXMA 1RT1A 1VSFA 2GBZA 4AILC 1REVA 4Z4GA 1C0UA 4HUFA 3SUQA 3SV3A 1WSJA 5I42A 4J2EA 4QCLA 3AVLA 4KTZA 2HNYA 4B9NA 4KKOA 1QSSA 2HVHA 4E7HA 1VSIA 2R7YA 4OKJA 3M8QA 4W5OA 4CGHA 4DU1A 4DLGA 3LZIA 4ICLA 5J1EA 4DQSA 1CZ9A 3MEGA 4BWMA 4FLZA 3VQ7A 1RT5A 4BWJA 4KTWA 1X9SA 1BI4B 3NF8A 2VG6A 1S1TA 1BISA 1T7PA 1KFSA 4DWIA 4CEZA 4KB0A 4C8NA 2XY8A 3OYFA 4IBNA 3DOLA 5KRTA 3NF9A 2X74A 3OYKA 5J2PA 4CJQA 1A5XA 4M3ZA 1EETA 4CJTA 4ELVA 2KZZA 1FK9A 3O3HA 3V1QA 3L3VA 3MXJA 3RMDA 2HW3A 4I9LA 3AVJA 1RT3A 3ZT0A 4E7JA 3RMCA 2YNFA 4YFUA 1Q9XA 1WSEA 4JS4A 3NH2A 5FDLA 3O4NA 1IKVA 3L3UA 3VQQA 3CFRA 5HP1A 4CF8A 3V9ZA 4Y1DA 5DMRA 4Z4EA 3KJVA 4JRPA 2WONA 1HJRA 1FXXA 3QIPA 3VQ9A 1R0AA 4B9SA 2Y1IA 3OS2A 3HT3A 3CM5A 4DTMA 3LPTA 4CJSA 3HVRA 3VQPA 2W42A 3KTQA 3AO3A 2DTUA 5EU7A 3LALA 1ASVA 4M3XA 4KAZA 4H8KA 1TKTA 3SUNA 2VWKA 4BDPA 1TKDA 1CXQA 2KQ2A 3RMAA 1IO2A 3B6PA 2QKKA 3ZSRA 1X9MA 2VWJA 1I39A 3QERA 2Z1HA 4E1NA 4KPYA 4EZ6A 4AHTA 4OLAA 1VSLA 2HHXA 2KFZA 1RTIA 2Q3SA 4F4KA 3V4IA 3UIQA 1LWCA 3VA3A 3K57A 3IS9A 1VSHA 4PA1A 4B9VA 3SQ4A 4AHCA 3NGYA 4FJ9A 2YHBA 2D0CA 3VQAA 1TAUA 3LDSA 4CEOA 1O1WA 3AO4A 3AA4A 1NOZA 1S6QA 1WAJA 3M8SA 3QNOA 4FZZA 3L2VA 3PUFA 3KD1E 1WSHA 3DRPA 1EKEA 3RRHA 4AHSA 1SUQA 3OS0A 3WNFA 3T3FA 4HUEA 2G8IA 1WSGA 2YNIA 4DSJA 4B8CA 1ITGA 3ZCMA 2ZD1A 1U49A 1D9FA 1TKZA 1A5WA 1NKEA 4FVMA 3KLHA 2YNGA 3EY1A 1SV5A 4B08A 3TAGA 3ZT4A 5J2QA 1HYSA 2AJQA 4O44A 3HYFA 1BCOA 3LAKA 3I8DA 3THVA 4XIUA 1NKCA 2G8FA 3NHGA 5FRNA 4DSFA 2HHTA 4M3UA 2RF2A 3HVTA 2E6MA 2IAJA 1XHXA 2Z1JA 4DTRA 3AVMA 1KRPA 4I7FA 2PZSA 4L8RB 1S1WA 4H4MA 1N5YA 3LP0A 4AH9A 3HL8A 2ZE2A 4OKKA 4KV8A 3SZ2A 4DTUA 3PO4A 1JLBA 1NKBA 5D3GA 4DTNA 1N6QA 1LV5A 3K58A 4FLYA 3JSMA 3QNNA 1C1CA 4PUOA 5KI6A 3OYLA 1C6VA 3C95A 4N56A 4BE1A 4NYNA 4OJRA 3V1OA 4CGJA 1NJWA 3F9KA 1S1VA 4E19A 2IS3A 1UWBA 3HPGA 2FC0A 5KGWA 3S3NA 4FYDA 2HHWA 2QXFA 2D0BA 4FJ8A 4DFJA 5KRSA 5J2MA 1ZBHA 3ALYA 3CYMA 1NOYA 5E41A 4ZHRA 4FJLA 4FJNA 4RW4A 1HQEA 4OGEA 4EP4A 1KLMA 3ZT1A 4O0JA 5SZTA 4B9UA 4FJHA 4KI6A 3DLEA 4CK2A 1HYVA 3U6FA 4IG3A 3MXIA 1NK5A 1VSMA 1NJYA 2X6SA 3NF7A 3I0SA 2B6AA 3EYZA 3CM6A 3PX6A 4IDKA 4OKEA 4DF4A 4QOZB 2G8HA 4BE0A 3SQ2A 1U4BA 4E3SA 1T03A 3DOKA 4LSNA 1ASUA 2VG7A 1LAVA 3LAMA 3U3GA 1X9WA 1F21A 2YKNA 1RT2A 5JS1A 1S1UA 4FLWA 3V6DA 5FRMA 3SCXA 5C25A 3AVAA 3MXMA 3VQ8A 3OYHA 4FW2A 3NH1A 1D9DA 2BDPA 2Z1GA 5HRPA 1HNVA 2FBYA 2G8VA 4Z4HA 1LAWA 2BGGA 1B9FA 1GOCA 1RT4A 2OPQA 3AVKA 1EX4A 2P1JA 4LH4A 1Y97A 4R5PA 4CF0A 3L2QA 3DRRA 1TKXA 3K5NA 1JKHA 1LW0A 2FBTA 1D5AA 4B9MA 1VSDA 1HNIA 3IG1A 5FROA 3VQ6A 3K59A 1WN7A 4CIGA 3PX0A 1U48A 4H4OA 4CGGA 3SNNA 4FZXC 1RTHA 3KLIA 2YV0X 1FKOA 1VSEA 4GW6A 1RDDA 1QHTA 3K5LA 4CF1A 1RBRA 4NCGA 4CFAA 1RTDA 3V9UA 5CYQA 1EXQA 4FM0A 4FLXA 4B3OA 1RDAA 3OYEA 4RW9A 4F2SA 4CJPA 4JLHA 4CK1A 4CIFA 4CJRA 4CGDA 3RMBA 4CJWA 4IKFA 5CZ1A 1UA1A 2DFFA 4CECA 3A2FA 2ITGA 1JLFA 3AO2A 2XY6A 3V9XA 1U47A 4WE1A 4CFCA 3O3GA 1QSYA 2BE2A 4FXDA 4PQUA 3QLHA 3PX4A 1VK0A 2OZSA 4CFBA 4CHPA 1WSFA 3ZSXA 3QO9A 3MEDA 2DY4A 4FM1A 3VQEA 4CHNA 4BDYA 3KK1A 4KHYA 1U45A 1VSJA 2PYJA 3E01A 4FJ5A 4Z4CA 4FK2A 3AVIA 4B8AB 1T05A 1NK0A 1BI4A 1TAQA 1LWFA 4LH5A 1BIUA 4Z4IA 3TAEA 1NJXA 1IH7A 3CG7A 4B9LA 4N47A 4ELUA 1RDBA 1KSPA 2PYLA 4DFMA 2HNDA 3OJSA 4HTUA 4CHZA 1KTQA 1A5VA 2XY5A 3DLHA 2ZQBA 5C24A 4DLEA 1BHLA 4FK4A 3HP6A 2EX3A 4K8XA 4OPKA 4RW8A 3CFPA 2X6NA 2XY7A 3VQCA 1QSLA 2HNZA 3ZSQA 1YVUA 4QAGA 1W9HA 2ATQA 5T7BA 1KFDA 4KHSA 3CFOA 3AVNA 4CGIA 4DTSA 4ZTFA 1TL3A 1JL2A 1L3VA 3DLRA 3TR8A 1I3AA 4C8OA 4FZYA 3BGRA 2VG5A 2HB5A 3LPUA 2DFEA 3LP2A 3HK2A 1JLGA 2BANA 3RTVA 4DF8A 2DFHA 4KHWA 4KRFA 1RBTA 3NE6A 2HMIA 2F96A 1ASWA 4I2QA 3MEEA 4FJIA 4F3TA 1Z25A 4O4GA 4EZ9A 1SKWA 1TL1A 1JXBA 4E7LA 4CF9A 4Y1CA 1NK9A 3PY8A 3ZSWA 3AV9A 1J9AA 4CEAA 4RW7A 4CFDA 4FJJA 1JLCA 3HPHA 1S1XA 1ZBIA 3VQ5A 3G10A 3P1GA 4M41A 2HHVA 3L2RA 4W5TA 1ZYQA 3KLFA 4K8ZA 3SPYA 3TAMA 1B9DA 1KVAA 4O55A 4CF2A 4CJ3A 4DS5A 2G8UA 2A1RA 4DQRA 2YKMA 3AVHA 2Y1JA 2QK9A 2HVIA 4CJEA 4AHVA 3VQ4A 4C8MA 1HRHA 1RBUA 4N76A 3KLGA 3WNEA 3AVFA 4M42A 3TI0A 1IKWA 4E7KA 4DG1A 3K5MA 5HROA 4CJKA 3SQ0A 3VN5A 1TV6A 4O0IA 4BACA 4ZTJA 1DTTA 2G8KA 4FK0A 3M8RA 3IRXA 3DLBA 1D8YA 3LANA 5JS2A 1EP4A 2E6LA 3AVBA 4FLUA 4OGCA 4LY7A 4JRQA 3LWLA 3SYZA 3WNGA 2P51A 1J54A 3OYBA 3VA0A 2RPIA 3ZSOA 2HHUA 3P5JA 2WOMA 3QINA 3M8PA 3RR7A 4HCCA 4NCAA 4BE2A 3VQDA 3CQ8A 1J5OA 3HSTB 4CHOA 1BL3A 3T1AA 4CE9A 4YNQA 1ZBLA 4B9TA 4KHQA 3MECA 4MFBA 4FCYA 2OZMA 2FBXA 4DMNA 3D45A 3KKSA 1S9EA 4FLTA 1SL2A 1XHZA 1QE1A 1GOAA 2IOCA 3D0PA 4KFBA 4CJ4A 3ULDA 3I0RA 1BIZA 1KVBA 1NK8A 1LWEA 1RT7A 1JLQA 4FJ7A 1IKXA 3DYAA 4GMJB 4M3YA 1W0HA 1JXEA 3ZT2A 4CIEA 5KTQA 3NDKA 4FJGA 4DU3A 2KFNA 3SPZA 4NCBA 4AHRA 4FJKA 3NAEA 1L3UA 4Q5VA 4CEEA 2IC3A 1XWLA 3OY9A 3O4QA 3DRSA 3EZ5A 1UA0A 2KW4A 3V1RA 3C94A 1ZBUA 3NGIA 3SUPA 3HO1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KHNA 2GTDA 2DXCA 2EJGA 3VS0A 2D5RA 4CJ5A 4F8RA 1XNQK 1JJ2S 3M4YA 4M3RA 4MQ3A 4PLIA 3V9SA 1KHCA 4CESA 1U3OA 1L5UA 2J6OA 3JB9J 1WSIA 2NUBA 1RL2A 5K14A 5M1QA 4BVPA 3SJJA 1IB8A 2PVGB 5GMKm 4JK8A 1HPMA 2HMPA 3H08A 3HP9A 1AD5A 4DBRA 4CZKA 3AO1A 4CHQA 3VOVA 1HNWK 4XU2A 5CKBA 4E89A 3DAWA 2YJEA 4YOYA 3NFAA 3SWNB 1QVFA 4JRKA 3ZYYX 3PSIA 1C1AA 1M1KU 4CEFA 1Q86C 4XTYA 1XTDA 2KXDA 1T6DA 4C0DC 3KK2A 2P1MB 1UG1A 3RSEB 2D0AA 2AHJB 2G6FX 4PJOB 3BZKA 4CD3A 2OTJT 2Z1IA 2EYZA 3QSUA 4Y92A 3QKJA 4C0DB 1K76A 3VS5A 2VASA 2QA4A 1FZ4E 1Q82O 3NPFA 3V9WA 1TGOA 5HK3A 4JI5K 2O4IA 1YHQN 2KR3A 3M0PA 4LD0A 4KREA 5BN9A 2EWNA 3ZSZA 3F73A 3CCEN 3G7ZA 3QEIA 1S6PA 1I4K1 3OYIA 5TKWA 2JW4A 2KY9A 3G6EN 4KT0E 5H37A 5FPEA 4Z0UA 3BUZB 3CCVT 1WHGA 5AQLA 3TWHA 3VS4A 3SUOA 2IVOA 3P83D 4X62K 4FYVB 1M8MA 3RR8A 4DQIA 4NLCA 3QZ5B 1SKSA 2IIMA 2DRKA 3VENA 4AG2C 3QESA 1M30A 4E1MA 1NZ9A 4FT2A 3TANA 2DBKA 2RN8A 4E7IA 2OA8A 1DLOA 2FPDA 1G8XA 4PJOD 3LZJA 1T8EA 3AA2A 3VESA 2CUBA 3CMEQ 3PGGA 1M90R 3ASMA 4A2AA 3M0UA 4CGFA 2AT1B 4FOEA 1DTQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4FLU A;  4OGC A;  4LY7 A;  4JRQ A;  3LWL A;  3SYZ A;  3WNG A;  2P51 A;  1J54 A;  3OYB A;  3VA0 A;  2RPI A;  3ZSO A;  2HHU A;  3P5J A;  2WOM A;  3QIN A;  3M8P A;  3RR7 A;  4HCC A;  4NCA A;  4BE2 A;  3VQD A;  3CQ8 A;  1J5O A;  3HST B;  4CHO A;  1BL3 A;  3T1A A;  4CE9 A;  4YNQ A;  1ZBL A;  4B9T A;  4KHQ A;  3MEC A;  4MFB A;  4FCY A;  2OZM A;  2FBX A;  4DMN A;  3D45 A;  3KKS A;  1S9E A;  4FLT A;  1SL2 A;  1XHZ A;  1QE1 A;  1GOA A;  2IOC A;  3D0P A;  4KFB A;  4CJ4 A;  3ULD A;  3I0R A;  1BIZ A;  1KVB A;  1NK8 A;  1LWE A;  1RT7 A;  1JLQ A;  4FJ7 A;  1IKX A;  3DYA A;  4GMJ B;  4M3Y A;  1W0H A;  1JXE A;  3ZT2 A;  4CIE A;  5KTQ A;  3NDK A;  4FJG A;  4DU3 A;  2KFN A;  3SPZ A;  4NCB A;  4AHR A;  4FJK A;  3NAE A;  1L3U A;  4Q5V A;  4CEE A;  2IC3 A;  1XWL A;  3OY9 A;  3O4Q A;  3DRS A;  3EZ5 A;  1UA0 A;  2KW4 A;  3V1R A;  3C94 A;  1ZBU A;  3NGI A;  3SUP A;  3HO1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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