4JS5A

Crystal structure of e. coli exonuclease i in complex with a dt13 oligonucleotide
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
468
structure length
464
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords dT13 oligonucleotide
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 125
structure length 464
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4js5A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4js5A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4js5A01
3MXIA 3SQ4A 4CGIA 3C6UA 3OS1A 4AHVA 3QERA 3TAPA 1T7PA 1EETA 1TL3A 3V4IA 3HSTB 1KVCA 1NJYA 2HW3A 2XY5A 1B92A 2VWJA 4B9SA 4CGJA 1KCFA 4ELTA 4DFPA 5J1EA 3AO5A 4FJHA 4KI6A 3L8BA 2FBTA 4F2SA 4FXDA 3RR8A 4CJKA 3HPHA 1BI4B 1NK9A 3B6OA 3LANA 1IKXA 4DU1A 1XHXA 3U3YA 1LWCA 4FLVA 4M3XA 4DF8A 1KTQA 1IKWA 4DTJA 3DRSA 2HHUA 1WSJA 3LZIA 1LW2A 1S6PA 5KGXA 3NGZA 4IFYA 4KHQA 1KRPA 4CJSA 3ZSVA 4M3ZA 3ITHA 1Q8IA 2KTQA 2Z1IA 1TKZA 2Z1JA 3SUOA 3UIQA 4E7JA 1W0HA 2FBYA 4FM2A 1BGXT 3AVCA 2B5JA 4IDKA 1HNVA 1UOCA 3K5OA 4DS4A 2YKMA 4GVMA 3VQBA 5SZTA 3NH1A 1NJWA 1YTAA 4E3SA 4HTUA 1C0UA 1RBRA 3AVLA 1U47A 1VSKA 3AVAA 3SJJA 4KB1A 1G15A 4Y1DA 1FKOA 4KTQA 1RTDA 2D0AA 2OPSA 3PUFA 3LP1A 1S1XA 3SUNA 1RT1A 3PO5A 1EXQA 3FFIA 3L2UA 4HVJA 1JXEA 1SKWA 4EZ9A 4KRFA 3DRRA 5KRTA 4QOZB 3WNGA 3SV4A 5DMRA 4FJIA 1QHTA 4RG8A 4M3RA 1C0MA 3LPTA 4OGEA 3AA5X 1GOAA 1JXBA 3SYZA 3A2FA 3HPOA 3MAQA 3NDKA 3K2PA 3ZSXA 3K5MA 1BIZA 4AILC 3QESA 3HO1A 5C24A 1EX4A 4UQGA 4O5BA 4ICLA 4FM0A 4FLUA 3RMDA 4RW9A 4W5QA 5I3UA 4CHZA 3AVMA 1ASUA 1LAVA 3M8PA 3ZSWA 1RDAA 1MU2A 4FW1A 4LH5A 4BE2A 2OA8A 4DFMA 2HHTA 2YKNA 2Z1GA 4NCGA 1ITGA 4OKEA 4KHNA 1VSFA 4F8RA 3OYBA 1RBUA 1C1BA 2GBZA 2HVHA 5I42A 5J2NA 3AVHA 3VQDA 5HP1A 4CHNA 4M3YA 3DOLA 4GMJB 5HBMA 3OYIA 1FXXA 5J2MA 2HHSA 1HJRA 4EP4A 2VWKA 1ZBLA 1WLJA 1ASVA 3ZSQA 2PZSA 3S3OA 3HK2A 2PYLA 3KKRA 4RW6A 4DLEA 2G8UA 1WNSA 1I39A 4BE0A 4FJ9A 4H4MA 5CY4A 4KHSA 3ASMA 4LSLA 5FROA 4PQUA 1RBVA 1JLEA 5FRNA 3KK1A 4HCCA 4OGCA 4EP5A 4JRQA 1K6YA 1C1CA 1WSHA 3KD5E 3VN5A 1SKRA 1CLQA 3QIOA 4FJLA 4CGFA 3SQ0A 4FK2A 3O4NA 2OZMA 1JKHA 3ZT2A 4ID5A 4Z4FA 3TAFA 1EKEA 3HP9A 3D0PA 3OS2A 3VQ5A 2G8IA 2ZD1A 2VG7A 4WE1A 4BACA 2JLEA 1QSYA 2E4LA 2P51A 4OLAA 1JLQA 1L5UA 2RKIA 3TABA 2O4IA 4LY7A 1HMVA 3AV9A 2DFEA 4PA1A 1UAXA 1UA1A 3KD1E 4HHTA 1Q9YA 4JRPA 1VSLA 1XI1A 4DWIA 4KFBA 3TR8A 5HRPA 4FLWA 3OVNA 3DLGA 3MXMA 5C25A 1A5VA 3NBPA 4QAGA 4CEDA 4DTUA 3NH0A 1NJZA 1IO2A 3G10A 3CFRA 4E1MA 2KZZA 3QEWA 1Y97A 3TARA 4B9LA 4NCBA 3I0SA 1QSSA 3OYCA 5HRNA 1TK0A 4ELVA 5KI6A 3OYNA 4IFVA 3K5NA 3SNNA 4FJGA 4FVMA 3HT3A 1XWLA 1RTIA 4IKFA 2B4JA 1A5WA 1F21A 3OYKA 4OPJA 4OKJA 4N5SA 4KI4A 3KIOA 3RR7A 3H08A 3LDSA 3DMJA 2IAJA 4CEQA 3V9ZA 1RNHA 4CJLA 4FZXC 2ETJA 1RT3A 1BCOA 1VSMA 4CJ3A 4Z0UA 4QCLA 4K8ZA 3DI6A 3C95A 4Z4EA 2A1SA 3V9UA 4DTPA 1VSDA 4RW4A 3JSMA 4FLYA 1JLBA 3O3GA 4FYDA 3NH2A 2OPQA 4E7HA 3KLEA 2G8FA 4KB0A 3DRPA 3KLHA 3TAQA 2D5RA 2QK9A 3V1RA 2HNYA 4NYFA 3P83D 1TL1A 3AVIA 3TAGA 3S3MA 4F3OA 2VG6A 1O1WA 4B9VA 1BCMA 4DTXA 4KO0A 1D8YA 1N6QA 4CHOA 1CZ9A 1JL1A 4W5OA 3K58A 2OYQA 3PO4A 2YNGA 4CHQA 5EU7A 1T05A 3SUQA 4ZHRA 3DLEA 4W5NA 5CYMA 1QS4A 3LZJA 4KPYA 3MEEA 4B8AB 4AHTA 1J54A 3L3UA 3IAYA 4RW7A 4CEEA 1RILA 3QNOA 4CECA 3ZSZA 4Z4CA 4C8OA 4FJJA 2D0BA 3P5JA 3OYMA 1REVA 1WN7A 2P5OA 2IGIA 2IC3A 1BL3A 3SPZA 1T8EA 1HQUA 2F96A 3O4QA 3RMAA 1U48A 4PUOA 3VQ4A 3VQAA 3G0ZA 2FC0A 3M8RA 2X6NA 2YHAA 4H8KA 3ZSOA 2FBXA 4DLGA 4B08A 2KZMA 4GW6A 3L2VA 3OYAA 5SWMA 1L3UA 3T3FA 4CK3A 1SL2A 4FJMA 2HHVA 1B9DA 1JLCA 4W5RA 4FJ5A 4JS5A 3U3GA 2QKKA 3V9XA 2X6SA 3EZ5A 3KTQA 1R0AA 5T7BA 1BIUA 1QTMA 4CIGA 4N41A 4E19A 1WSGA 4DTSA 2HHQA 1WAFA 2HNDA 2BDPA 4DQPA 2JGUA 4O4GA 1RDBA 4AH9A 3DM2A 4IBNA 2X74A 1B9FA 2HB5A 3T19A 3D45A 4FK0A 4C8MA 5HRRA 3VQ8A 3NAEA 4B9TA 4N76A 4FLXA 1J53A 2HNZA 3M8SA 1YTUA 3RMBA 1WAJA 4O55A 4C8NA 2Q3SA 4CF1A 3ZSRA 1TAUA 1QSLA 3HYFA 3WNFA 4DTNA 3PY8A 3O3HA 1RDCA 4BE1A 3V1QA 4BDZA 3SQ1A 4FK4A 4E7KA 1L3VA 1DTQA 3KK2A 3P1GA 3VQ9A 2QKBA 4JS4A 1ASWA 1U49A 3DLHA 4C8KA 1RT2A 4B9NA 3AA2A 1GOBA 1TKTA 1T03A 1YT3A 1NOYA 1HYZA 3K57A 5J2QA 4CJRA 3BDPA 1XHZA 1SL0A 2YHBA 4YNQA 5KGWA 2XY8A 5HLFA 4AHCA 2ITGA 3F73A 1TAQA 3SZ2A 1RT5A 3AA4A 4BWMA 1DLOA 4DQQA 1SL1A 4Z4HA 4FJ7A 4CGDA 3AVJA 1NK8A 3SUPA 4I9QA 4Y1CA 3QETA 1C0TA 3CM5A 3QEVA 3NFAA 1TVRA 1VK0A 4DS5A 4I2QA 3ULDA 2XY6A 1J5OA 1SUQA 3VQ7A 3M8QA 4CGHA 4OPKA 3OYDA 4AHUA 4DG1A 1ZBIA 4CJTA 4OKKA 3L2QA 5DK5A 1C6VA 1U04A 3VQCA 2GV9A 3MEDA 1NJXA 3HXMA 1NK5A 2G8HA 4DSJA 3NE6A 4DFKA 3ZT4A 2F8SA 4CK2A 3BGRA 3VQEA 4LH4A 1VRTA 4CEOA 4CJQA 4DQRA 4E7LA 2A1RA 1NK7A 1NK0A 4M3TA 1LWFA 4OJRA 3OJSA 4M3UA 3WNHA 4M45A 5J2PA 4K8XA 3QIPA 4CEZA 3OJUA 3LAKA 3L2WA 4FM1A 3TAEA 1NK6A 1NOZA 3B6PA 4H4OA 4CEAA 1NK4A 4CFBA 1ZYQA 4KHWA 3TWHA 1ZBFA 1HYSA 4I7FA 1LWEA 4F2RA 2RN2A 2YNFA 4O44A 4CHPA 1HRHA 1KLNA 3IS9A 1GOCA 4CIFA 4G1QA 3VQPA 3LAMA 3CG7A 3IRXA 4R5PA 3KK3A 4M3WA 3LWLA 2P1JA 3LP3A 1RCHA 4M41A 2DY4A 4ELUA 4CJ4A 3AO4A 4DTMA 3V81A 2IS3A 1JLFA 1Q9XA 1YVUA 2B6AA 4CJPA 3KJVA 4MQ3A 1A5XA 3O3FA 3EY1A 1X9WA 4HCBA 4L8RB 2HVIA 2LSNA 3KLGA 4B3OA 1X9MA 1RTHA 4KV8A 1WSFA 2EHGA 4IG3A 1LAWA 1Z26A 3RWUA 2E6LA 3L3VA 4MFBA 4F3TA 1TK8A 2GUIA 5CZ1A 1JLAA 2XRIA 4Q5VA 4HUEA 4EZ6A 1KFDA 3IG1A 2Y1JA 3TANA 1CZBA 1S1VA 2OPPA 4CJVA 1S9GA 5E41A 1HNIA 4CF8A 4OVLA 4CJUA 4DSLA 4FZZA 4NYNA 5KRSA 2ZQBA 4E1NA 4DF4A 3SQ2A 2I5JA 4AHRA 3HP6A 1LV5A 3HM9A 2BGGA 1D9DA 3OY9A 2Y1IA 1BQNA 4F4KA 3PV8A 4CF2A 2E6MA 3LALA 3V6DA 3AA3A 4LSNA 3RTVA 1NKEA 3V9WA 3RRHA 1HYVA 5CZ2A 3RRGA 3SI6A 2G8KA 2RPIA 4FLZA 3LPUA 1S6QA 1NKCA 4CHYA 4FJ8A 1RT6A 4J2DA 2XY7A 4DSKA 3ZT3A 4DU3A 1HQEA 4C8LA 4J2AA 4BDYA 3CFOA 2XHBA 3S3NA 4CK1A 3KLIA 2NUBA 2X78A 4CF9A 2HMIA 2ATQA 4CCHA 1RT4A 2F8TA 1QQCA 4FW2A 1S5JA 3K5LA 1KLMA 4NCAA 1S9EA 4KREA 4YFUA 3HJFA 2IOCA 2Z1HA 3AO2A 4CJWA 1I3AA 3AVBA 3OYHA 1SKSA 3NF8A 1KFSA 4CE9A 4HUGA 2R7YA 1S1WA 3OYLA 1C1AA 4O0JA 1S1UA 2KW4A 1SV5A 3ZT0A 3VA3A 1WSIA 3HPGA 3KLFA 3DLKA 4OLBA 3MEGA 2PYJA 5CYQA 1TKXA 4LD0A 3CQ8A 1BISA 4CIEA 1UWBA 3TAMA 4CJFA 5C42A 3OYEA 4HUFA 3AVKA 4N56A 4DU4A 4N47A 3AVFA 3DLBA 1W9HA 2D0CA 3K59A 5KTQA 1U45A 4Z4GA 3LP2A 3QNNA 4PY5A 4CJ5A 3PX4A 2OPRA 2HHWA 4FLTA 1RBSA 4CERA 3NF6A 3QO9A 3HVRA 4E89A 3KKSA 4DFJA 4BWJA 3PX6A 4DMNA 3EYZA 4CJEA 1D5AA 2KQ2A 2KFNA 3VQQA 3NGIA 3V9SA 3VQ6A 3DLRA 1Z25A 3LP0A 4KAZA 1VSEA 3I0RA 1XC9A 1TV6A 4DSEA 1NKBA 1WSEA 3E01A 2YV0X 3ISNC 4E0DA 1HPZA 1IG9A 3QEIA 1LW0A 3QEPA 3I8DA 1D9FA 1TGOA 1VSHA 3F9KA 3ZSYA 3QEXA 2G8WA 3NCIA 4DTRA 1IKVA 1RT7A 3V1OA 1KVBA 4AHSA 1UA0A 2KFZA 1BHLA 2AJQA 4RW8A 4DQIA 4M42A 1FK9A 4KHYA 2RF2A 4DQSA 3S9HA 5FDLA 3OYGA 4ZTFA 1KVAA 4Q0BA 2DFFA 4CFDA 3CFPA 2HHXA 2VG5A 2G8VA 3DYAA 4CEBA 4CEFA 4O0IA 3U6FA 2PY5A 3ZT1A 3HL8A 2ZE2A 2QXFA 1RDDA 2YNHA 3AO3A 4KTZA 3OYFA 4E7IA 4B9UA 5JS1A 4DSFA 2DFHA 3QINA 5HROA 4PWDA 5K14A 3LWMA 4IG0A 2W42A 4JLHA 2BANA 3TI0A 4FJXA 2WONA 3T1AA 5FRMA 2FBVA 4FJNA 4KHUA 3AVNA 3OS0A 3QLHA 1DTTA 3OYJA 4FZYA 1IKYA 5JS2A 1KSPA 1FKPA 3VA0A 1CXQA 4FJKA 1U4BA 3THVA 3PX0A 3NF7A 4CFCA 1RTJA 2WOMA 4W5TA 4ZTJA 1L3TA 2DTUA 1EP4A 3NHGA 1JL2A 3L2RA 4J2BA 3ALYA 3RMCA 2O4GA 3C94A 3DOKA 4CGGA 4KKOA 2XO7A 1TK5A 1BI4A 1X1PA 4B9MA 5HRSA 2P5GA 4DSIA 4J2EA 4I9LA 1VRUA 2EX3A 1IH7A 3AVGA 3SV3A 4FCYA 3NGYA 4BDPA 1ZBUA 4KTWA 3JYTA 3SPYA 1X9SA 1TKDA 3MECA 1L3SA 4DTOA 4TSXA 3WNEA 3HVTA 4ID1A 4Z4IA 1N5YA 4CESA 4XIUA 1BQMA 1S1TA 2BE2A 2IDOA 4B8CA 1CXUA 1VSJA 4CFAA 1ZBHA 3NF9A 3SCXA 3C6TA 1RBTA 4I2PA 3ZCMA 1J9AA 2OZSA 1QE1A 5D3GA 1JLGA 1VSIA 3CM6A 3MXJA 4CF0A 3CYMA 3AO1A 2YNIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MXIA 3TAPA 5IHKA 1EETA 3HSTB 2XY5A 2VWJA 3M57A 1N27A 3FDRA 3VMFB 1HNWK 1FPOA 3AO5A 3L8BA 4F2SA 4FXDA 3RR8A 2CSQA 3CC7Q 4M75F 2P9PB 4RTVA 2WSFE 3HRSA 1YI2Q 4M7DC 4DU1A 1IKXA 1OH5A 4RUGA 1LWCA 4PKHA 4FLVA 4Z89A 1FZ1E 4DF8A 2CREA 2ASPA 3GNGA 3LZIA 2WBNA 3DRSA 4CVNE 1S6PA 1XVCE 4PFOA 3P8BB 4DOWA 2OTLN 1ZLMA 2DETA 4GKKK 4M77F 4DR1K 1K9MU 4PFZA 3SEMA 1TKZA 2IG0A 3O9RA 3V8KA 1W0HA 1BGXT 3NHNA 2B5JA 1YJNA 1UOCA 4AFSC 2MI6A 1UHCA 2YKMA 4GVMA 3NH1A 2OAWA 3J80O 4LNPA 2P4RA 4ELYC 5GANe 4YHHK 1V1CA 3E9LA 2RN8A 3QXEB 1FKOA 2QWOA 3HBTA 1E6GA 3PO5A 1RT1A 4E4BA 4DOVA 3FFIA 4EZ9A 2B1EA 3HZ6A 2CUDA 3DLLL 3M54A 3EEQA 4ISGA 3WNGA 4KUIA 4J5YA 4RG8A 2YJFA 1HR0K 2EQIA 5J3BA 2VXFA 3C6AA 2QDYB 3VKIA 2A3LA 3KD5E 5KYYB 1N9SA 1BIZA 5AQPA 4PK4A 1FZ7E 3HO1A 5C24A 3JCMP 1EX4A 4FM0A 4H0TB 2O8FA 2VYTA 3JRZA 3GG4A 5CKEA 4W5QA 3SD4A 1D0YA 1MV3A 1ASUA 1LAVA 3VGLA 1YJ9A 4H5WA 4U7BA 1RDAA 3KHYA 1MU2A 4H5TA 2ZZDA 4Z94A 3RKXA 4DFMA 4HXJA 4EMGA 1M9SA 2CP6A 3VU3C 2HZYA 2HL3A 4GV6A 1ITGA 2V26A 4IOXA 3PVQA 2A42A 4MDXA 3OYBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3QLH A;  1DTT A;  3OYJ A;  4FZY A;  1IKY A;  5JS2 A;  1KSP A;  1FKP A;  3VA0 A;  1CXQ A;  4FJK A;  1U4B A;  3THV A;  3PX0 A;  3NF7 A;  4CFC A;  1RTJ A;  2WOM A;  4W5T A;  4ZTJ A;  1L3T A;  2DTU A;  1EP4 A;  3NHG A;  1JL2 A;  3L2R A;  4J2B A;  3ALY A;  3RMC A;  2O4G A;  3C94 A;  3DOK A;  4CGG A;  4KKO A;  2XO7 A;  1TK5 A;  1BI4 A;  1X1P A;  4B9M A;  5HRS A;  2P5G A;  4DSI A;  4J2E A;  4I9L A;  1VRU A;  2EX3 A;  1IH7 A;  3AVG A;  3SV3 A;  4FCY A;  3NGY A;  4BDP A;  1ZBU A;  4KTW A;  3JYT A;  3SPY A;  1X9S A;  1TKD A;  3MEC A;  1L3S A;  4DTO A;  4TSX A;  3WNE A;  3HVT A;  4ID1 A;  4Z4I A;  1N5Y A;  4CES A;  4XIU A;  1BQM A;  1S1T A;  2BE2 A;  2IDO A;  4B8C A;  1CXU A;  1VSJ A;  4CFA A;  1ZBH A;  3NF9 A;  3SCX A;  3C6T A;  1RBT A;  4I2P A;  3ZCM A;  1J9A A;  2OZS A;  1QE1 A;  5D3G A;  1JLG A;  1VSI A;  3CM6 A;  3MXJ A;  4CF0 A;  3CYM A;  3AO1 A;  2YNI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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