4JS5A

Crystal structure of e. coli exonuclease i in complex with a dt13 oligonucleotide
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
468
structure length
464
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
molecule keywords dT13 oligonucleotide
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 125
structure length 464
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4js5A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4js5A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4js5A01
4JS5A 3WNFA 4BDZA 4B9SA 1RT2A 1JLEA 4AH9A 1RBVA 3HYFA 4LY7A 4E7HA 3ZT3A 1Q9XA 1VSIA 3PX6A 2X6SA 2YNGA 4KHWA 3OJUA 4DTSA 5HROA 4CERA 1WAFA 1ZBIA 4AHSA 4DTNA 1I3AA 1C0TA 3LDSA 2F8SA 3TWHA 1HQEA 5CYMA 2LSNA 1NK4A 3LP0A 4AHCA 4O5BA 1QS4A 5J2PA 3V6DA 4PQUA 4BWJA 2G8VA 1KFDA 4O0JA 4O44A 1BL3A 4B9VA 3I0SA 1RT7A 1RTIA 3DLKA 3SI6A 1QTMA 3HM9A 1L3SA 4FJ8A 1S9EA 1CZBA 1ZBFA 4CJUA 2OYQA 4O55A 3OS2A 1I39A 2OA8A 3AVLA 4DQPA 1X1PA 2O4GA 2DTUA 3K59A 1NOYA 2X6NA 4WE1A 4M3RA 1C6VA 1HYVA 3SQ4A 1YTUA 2E4LA 3VA0A 5C25A 3NF9A 1WSEA 5J2MA 2WOMA 4L8RB 4XIUA 4M41A 4CEQA 4Z4EA 4OKEA 4LH4A 3ASMA 3K5NA 1L3TA 3SQ1A 2KFNA 1EP4A 2HNDA 4JLHA 4OLAA 2OPSA 3PY8A 1NJYA 3VQ6A 2KQ2A 1T05A 4CJLA 2VG7A 3A2FA 1L5UA 4FZZA 4DQQA 4CEOA 1RNHA 4FLZA 2HHXA 3WNHA 3EY1A 3OYKA 4FZXC 3HO1A 3ITHA 1JL2A 2EX3A 4B08A 3OYFA 3RMAA 1TK8A 2G8UA 3TAMA 3VQBA 1HQUA 1HYZA 4CFCA 2YNIA 5HRSA 3AA5X 4BDYA 1BCMA 3RR7A 3ISNC 4N47A 1U49A 1B9FA 1RDDA 3CFRA 3TAEA 3AVNA 4GVMA 3KD1E 2HW3A 5KRSA 3M8RA 4E7KA 4CGJA 5CY4A 1TKXA 3LAMA 4CJFA 4KHQA 4OLBA 1RT4A 3K58A 1JLQA 1JXEA 3C94A 1TL1A 4CJ4A 3VQ8A 2XO7A 3KJVA 1C0UA 3V1RA 2Z1JA 1K6YA 2HNYA 3VQPA 3SV3A 1RT5A 4CFBA 4RW9A 3MXIA 4FJGA 1UOCA 1X9WA 5J2NA 4KI6A 1RCHA 4EP5A 3KK2A 4DSLA 3HXMA 3HL8A 4DTMA 1XHZA 4OVLA 4OJRA 3SCXA 5CZ1A 2ITGA 4BWMA 3D0PA 1QSSA 1BIZA 3OVNA 3M8PA 3OYIA 1UA0A 4DF4A 4F2RA 3RRHA 4ICLA 3AVMA 3O4NA 1T7PA 3QERA 4DU4A 3AO1A 3AV9A 3LP2A 4EZ6A 4PWDA 5FROA 3MXJA 1VSLA 2QKKA 2F8TA 3CM5A 3L2RA 3DLBA 4B9MA 3PO5A 4CFDA 1JLCA 1Y97A 3TR8A 4DU1A 2X74A 3KLEA 1D5AA 1S1UA 3RMCA 2HVIA 2B4JA 2G8FA 2Y1IA 4Y1CA 4NCBA 4KTWA 4CHZA 1YVUA 5JS2A 3U6FA 1D8YA 2AJQA 4H4MA 1JLBA 4HHTA 3VQCA 1LWEA 3I0RA 3AO5A 5HBMA 2IAJA 1JL1A 1J9AA 2RPIA 3IG1A 4B8CA 3SYZA 1KSPA 1KCFA 1VSKA 4W5NA 4DTPA 4CF2A 1NJZA 3V9ZA 1D9FA 5T7BA 1C1AA 4CJWA 3I8DA 2ATQA 3IS9A 3SNNA 3OYMA 2DFFA 2FBXA 4W5OA 4FK2A 4E1MA 2FC0A 3NGYA 4DTJA 5DMRA 3SQ0A 2HHWA 4H4OA 1NK8A 4I2PA 1J5OA 1JXBA 3OYBA 3L3UA 4IFVA 4DTOA 1KLNA 4HCBA 1LWCA 1LW2A 4KO0A 5FRMA 2QXFA 1WAJA 5JS1A 2XY7A 4O0IA 4F3OA 5DK5A 3T19A 3G10A 1S1WA 1G15A 2G8KA 3B6OA 4QAGA 3OYEA 2WONA 1JLAA 1Z26A 3VQ4A 1U45A 3PO4A 4N56A 3SPZA 4CJVA 4E7IA 4DFMA 1NK9A 4Q0BA 4RG8A 3OYLA 4CHNA 3O3FA 4R5PA 3VA3A 3SJJA 3AO2A 3NF6A 4FW1A 3HVRA 4HUGA 3QIOA 3PX0A 3SUQA 1U48A 3QLHA 1KLMA 3KIOA 1QE1A 3U3GA 3L2WA 4HCCA 4CK2A 2KZMA 1WSGA 2OZSA 3WNGA 4FJJA 4CE9A 3K2PA 3NGZA 1VSFA 2ZE2A 3SQ2A 4CGGA 3P83D 3VQDA 4H8KA 1RBTA 3LP1A 4FJ5A 2VWKA 5SZTA 3L8BA 4FLWA 3DLGA 1J53A 2P5GA 2D0AA 5D3GA 1B92A 1L3VA 1NK0A 1A5WA 1BQNA 5KGWA 4ZHRA 3OYDA 1J54A 3KLIA 3KK3A 1XC9A 1CXUA 3AVGA 3SUOA 1Q8IA 1UWBA 2JLEA 1GOBA 3CM6A 4KFBA 5HP1A 1HRHA 1BI4A 4ELUA 3HJFA 4ID5A 4M45A 4BE1A 3EZ5A 1KRPA 3S9HA 1IKWA 4JRQA 4CJ3A 4DG1A 3QESA 1X9SA 1TK0A 4DQIA 4DWIA 1VSDA 2A1SA 4FZYA 3V9XA 4ZTJA 2XRIA 1GOCA 3HPHA 3KK1A 4CEEA 2IS3A 3NFAA 1KFSA 1HNVA 3QETA 1U04A 4CGDA 1RDCA 4CJEA 3U3YA 4M3XA 5HRNA 3OS1A 3KTQA 1SKWA 2B6AA 1TGOA 3ZCMA 3LWMA 3T3FA 4RW6A 1CZ9A 4AHVA 1ASWA 3AVIA 4DFPA 1MU2A 3HP9A 4QCLA 1NJXA 1TK5A 4LSLA 1XWLA 2E6LA 3DLRA 4JRPA 3M8QA 2OZMA 3JYTA 4CHPA 1DTTA 4KRFA 2W42A 1Z25A 1S1TA 4CGIA 2QKBA 1VRUA 1NK6A 3NGIA 4RW4A 2PYLA 3VQ9A 1WSIA 1HPZA 4FJHA 3NAEA 4FYDA 3DOLA 4C8NA 3O4QA 4CEZA 2Z1IA 1TKTA 3O3HA 3KLHA 1XI1A 3KD5E 4B9UA 4FK4A 3P1GA 4CEDA 1ZBUA 4CHYA 3L2QA 4YNQA 2E6MA 1RTJA 2HB5A 2OPPA 4W5RA 1FKPA 1Q9YA 1S6PA 2KFZA 4Z0UA 3DYAA 1HJRA 3NF8A 4FW2A 4C8LA 3F9KA 2RN2A 1TVRA 3AVFA 3V1OA 4I7FA 4DS5A 4F3TA 4PY5A 4IKFA 2ZD1A 3IRXA 5CYQA 1JLGA 3NH0A 1QQCA 1BI4B 4OKJA 4N76A 4AILC 4CJKA 4J2EA 3CYMA 1NOZA 2D5RA 1IKYA 2A1RA 1NKEA 2RKIA 1BGXT 4DFKA 4Z4FA 2R7YA 4M42A 2P51A 4Z4CA 2DFHA 4PA1A 3QEIA 4CEAA 1WSHA 4J2BA 1RBUA 4HTUA 2BANA 4CEBA 4KAZA 3VQ7A 3DLEA 3KKRA 1S1VA 1NKBA 1NKCA 1W9HA 1ASVA 1N5YA 1NK7A 3RMBA 1RBRA 4FVMA 4DSKA 4F2SA 3ZT2A 1CXQA 3V1QA 5KTQA 1T8EA 1O1WA 4AHUA 4FJXA 4IFYA 1TAUA 2XY5A 2HMIA 1VK0A 2PZSA 1EX4A 5HLFA 4DSEA 1A5XA 4OPKA 4OKKA 1JLFA 2GUIA 4YFUA 3ZSOA 3HPOA 2HHTA 1YTAA 4FM0A 2F96A 1FKOA 4BACA 4DU3A 5FDLA 4ZTFA 3QO9A 2YV0X 1QHTA 1TAQA 4KREA 2Q3SA 1RILA 3LANA 4GMJB 4CIGA 4LH5A 4CF9A 4EP4A 3MAQA 1WNSA 2DY4A 3TANA 5E41A 3IAYA 3NH1A 4DLGA 1BISA 5C24A 4KB0A 3BDPA 1LV5A 2FBVA 2KW4A 4B8AB 4FLTA 1UA1A 4J2AA 4DS4A 1BHLA 1ASUA 4DLEA 1BQMA 2VWJA 3PV8A 2QK9A 4Z4IA 4N5SA 3VQ5A 1TKZA 3NBPA 3F73A 2BGGA 2XY8A 1KVAA 4CIFA 1LW0A 2G8WA 3C6TA 2FBTA 1NJWA 4J2DA 1HNIA 3AA3A 4RW7A 4AHTA 4CECA 4ID1A 4DF8A 3VQEA 4E7JA 3RWUA 3QEVA 4E7LA 2P5OA 2GV9A 4CJTA 3JSMA 3SUPA 4KHUA 1RT6A 1SKSA 4NYFA 4EZ9A 3CG7A 4CEFA 3LALA 4LSNA 3T1AA 3S3OA 1S6QA 3LAKA 4I9LA 3K5MA 1TKDA 1ZBHA 3E01A 3SPYA 2Z1HA 3TI0A 1QSLA 2P1JA 2EHGA 1N6QA 4Z4GA 4OGEA 5EU7A 1KTQA 4FCYA 4FJIA 4C8OA 3RR8A 4KB1A 1DLOA 1BIUA 2YNFA 3QEPA 3PX4A 1D9DA 2HNZA 2I5JA 4C8KA 2G8IA 2JGUA 2IC3A 3HP6A 1IKXA 4ELTA 4CHQA 4IG0A 5HRPA 3AVCA 1T03A 1VSMA 2YKMA 3AVKA 3SUNA 1LAVA 3OYHA 1HYSA 4KI4A 2XY6A 1WSFA 3V9UA 4FLXA 3P5JA 1WN7A 3ZSWA 1JKHA 3ALYA 3AA4A 1U47A 4FJNA 1HMVA 4DSIA 5HRRA 4PUOA 2YHBA 3KLGA 4E89A 2OPQA 4GW6A 1FXXA 3DOKA 3O3GA 1R0AA 1RT1A 4DFJA 2D0BA 2VG6A 3NE6A 3ZT0A 2D0CA 4JS4A 3AA2A 4OPJA 3LP3A 5I42A 5J1EA 4FM2A 3TARA 4NYNA 1RBSA 3ZSVA 3OY9A 4E0DA 3K5OA 1WLJA 2XHBA 1TL3A 4M3ZA 1DTQA 1IG9A 2O4IA 4TSXA 3H08A 3NH2A 3MEGA 4CK3A 4DTUA 2BE2A 3QIPA 4HUFA 3HVTA 4ELVA 2HVHA 2ETJA 4IG3A 4CF8A 3MEEA 4DQSA 4M3TA 4IDKA 1VSEA 1VSHA 4Z4HA 1ZYQA 2VG5A 4MQ3A 3HSTB 1F21A 1YT3A 4DTRA 2PY5A 2HHSA 1SV5A 4I2QA 4K8XA 4FJ9A 1C1BA 3KLFA 3HPGA 1UAXA 3ZT1A 1A5VA 3DM2A 4CJ5A 2HHQA 3KKSA 2X78A 3AVJA 1REVA 5CZ2A 3RTVA 1KVCA 3ZT4A 4E3SA 1SKRA 3C95A 1RT3A 4K8ZA 1LWFA 3MEDA 3OYCA 3QEXA 1IKVA 2IGIA 1C0MA 3DRSA 3MECA 1U4BA 4CJRA 1ZBLA 2BDPA 2PYJA 3ZSZA 4F4KA 3OYJA 5I3UA 4DSJA 4I9QA 3NF7A 3RMDA 1S1XA 1VRTA 1SL2A 5KGXA 2KZZA 3V81A 3NCIA 2G8HA 3CFOA 4B9TA 2KTQA 3OYAA 3V9SA 4CHOA 3TAGA 3HK2A 3FFIA 1TV6A 1C1CA 1VSJA 1RDBA 5KI6A 3V9WA 4FJ7A 5J2QA 4KTQA 4Y1DA 4KPYA 3TAFA 1EETA 4KV8A 3ZSRA 3LPUA 4RW8A 1GOAA 3OS0A 1CLQA 3L2VA 3ULDA 3M8SA 4FM1A 3UIQA 2DFEA 4B9LA 4N41A 3HT3A 4NCGA 3TABA 3AO4A 3AVAA 3NHGA 2YKNA 1BCOA 1EKEA 3ZSQA 3AO3A 3DRRA 1SUQA 4G1QA 4DQRA 3RRGA 4MFBA 3C6UA 4CESA 1SL1A 1IH7A 4FLVA 4CJPA 4FK0A 4NCAA 3BGRA 5FRNA 4CF0A 5C42A 4E1NA 3B6PA 1XHXA 4DMNA 3L3VA 2FBYA 4FJMA 4W5TA 1RDAA 4FJKA 3OJSA 3LZJA 3S3NA 2HHUA 4FJLA 4FLUA 1RTHA 3VN5A 3V4IA 1X9MA 4E19A 3AVBA 1B9DA 1NK5A 4AHRA 3QINA 4CFAA 4CJSA 1QSYA 3QEWA 3SZ2A 4BE2A 3QNNA 4B9NA 4Q5VA 4M3WA 4KHYA 4LD0A 2B5JA 4CF1A 3DRPA 5K14A 5SWMA 2YNHA 4KHSA 1ITGA 5KRTA 4IBNA 4O4GA 4F8RA 4M3UA 4DTXA 1EXQA 4KTZA 4C8MA 4DSFA 4HVJA 3MXMA 3ZSYA 1S5JA 3S3MA 3K5LA 4UQGA 3ZSXA 4BE0A 3OYNA 3L2UA 1KVBA 4CIEA 3NDKA 1RTDA 4FXDA 3QNOA 2OPRA 2IOCA 4OGCA 2Y1JA 4KKOA 4FLYA 4KHNA 4CGHA 1IO2A 2RF2A 1W0HA 3CFPA 4CGFA 4CJQA 3TAQA 1FK9A 3D45A 4M3YA 2YHAA 3AVHA 3WNEA 2HHVA 3DI6A 3CQ8A 2NUBA 3THVA 3OYGA 4BDPA 3LZIA 4QOZB 3SV4A 3VQQA 4B3OA 1WSJA 4W5QA 1LAWA 3LWLA 3TAPA 3G0ZA 2IDOA 4HUEA 3PUFA 3K57A 3DLHA 1L3UA 4CCHA 3LPTA 2ZQBA 2Z1GA 4CK1A 1SL0A 3DMJA 3EYZA 3VQAA 2GBZA 1S9GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LJ5e 2JS0A 1N8RU 1QWFA 1FZ4E 4B9SA 2NRXA 4DR4K 4RUGA 1BO5O 3NVMA 1Q9XA 4OF1A 1MV3A 3OW2S 2YCHA 4DTSA 3SBTA 5HROA 5CCAA 4CC2A 4GAMC 4AFSC 3CCJN 1Q7YO 4MO4A 3CCLN 2F8SA 2RKHA 4O5BA 4EPHA 1VUBA 4LF7K 4PL6A 4GY5A 2JNGA 2GX9A 2KGTA 2NNWA 1HNZK 4B9VA 2QYZA 4C5EA 1JCFA 1GLEG 1IXDA 1RT7A 1RTIA 2EQIA 4ORZA 3DLKA 1QTMA 3BEXA 3ID8A 1S9EA 2W40A 3VEVA 5FLXO 3CCVT 4NO7A 4O55A 2O8CB 4RTYA 1NU0A 2OA8A 4DQPA 5C0MA 2GWKA 3EZWA 2MMBA 2RQWA 1G8XA 3JB9J 5GAN6 4I6MA 3VA0A 3CC2A 1ZA2B 1GCQA 3MX5A 5J2MA 3CCUT 2KR3A 5M1OA 4M77A 4CZHA 4Z4EA 1EIFA 3THKA 2YUQA 4LH4A 3CF5L 2DF6A 3ASMA 2AKKA 3SQ1A 4NLBA 1BIAA 1EP4A 2YJFA 4JLHA 2OPSA 2JH9A 2RPNA 1M90R 2KQ2A 2VGNA 2CH6A 4L59A 4FLZA 2GFUA 3CMET 1RDUA 1SAZA 3EY1A 2WFBA 2DBMA 1ACMB 4B08A 1SHGA 3H0HA 3TSZA 1JL2A 4FZXC 2BZYA 2J06A 1BIBA 1FYZE 2YNIA 3VEWA 1BCMA 1VQ6N 3ZFJA 4NL3A 2QWRA 4C1NI 3OW2P 1LVKA 1WLPB 2LX7A 1B9FA 4B3MK 4E7KA 1E7OA 3QFUA 4CGJA 1NZ9A 3CCRA 4CJFA 5GAGP 2RQRA 1WHLA 1S72A 1JLQA 1K73U 2LP5A 4M75C 2JHCA 3H3NO 2DXTA 3ZEUA 3IDHA 1KD1R 2OVQB 1K9MC 5GJVB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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