4RG8A

Structural and biochemical studies of a moderately thermophilic exonuclease i from methylocaldum szegediense
Total Genus 159
50100150200250300350400450020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
476
structure length
467
Chain Sequence
CCSLYWYDYETFGTDPRRDRPAQFAGIRTDLELNPIGEPVTLFCKPARDVLPVPEACLITGITPQMAAERGLKEAEFITRIHEQFSVPGTCVAGYNNIRFDDEVTRHCLYRNLFDPYEREWRNGNSRWDIIDMLRLTRALRPEGIEWPVDGSGKPSLRLEALTVANGIQHAHDALADVRATIAVARLVRERQPKLFNFVFANRGKREAFELLRFGAMQPVLHVSEKYASDRYCLAVVVALARHPRNPNGVVVYDLSVDPTPLIDLNAEDLRERLFTPASKLPPGVERIALKTVHLNKCPVIAPLTALRSQDTERLQIDLDRCNRHLDRLKREWTLPKKIREAMTTDDPDLMLYDGFLGDADRAVLKWLRGLTPDELARAQPSFEDARLPELLFRYRARNFPETLTPEETARWEAYRIRRLTVEGCGGSIVLNEYLARIEALEASPDLSAKDREILKNLREYAREIIS
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Methylocaldum szegediense
publication title Structural and Biochemical Studies of a Moderately Thermophilic Exonuclease I from Methylocaldum szegediense.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exonuclease I
total genus 159
structure length 467
sequence length 476
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4rg8A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4rg8A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4rg8A01
3NHGA 1NKEA 4WE1A 1YTAA 3SQ2A 4CESA 4HCCA 1HPZA 3OYJA 3V6DA 2Z1IA 2G8WA 3TARA 1TKTA 2XY8A 3T19A 3VQPA 3PY8A 1RBUA 3QNOA 1SKRA 4Z4GA 2NUBA 3VQDA 1RBVA 1DTQA 5HRSA 4CJ3A 3HM9A 1RCHA 1LV5A 1D9FA 1D5AA 2HHWA 4ELTA 4H8KA 3WNHA 4CEFA 2VWJA 4DTNA 3F73A 2G8VA 1RNHA 4M42A 1RDDA 3TAFA 1T7PA 3PO4A 4F4KA 4FJ9A 1TL3A 1IH7A 1JLFA 3NAEA 2EX3A 1VSDA 4QOZB 1KVCA 4CHYA 4J2BA 3KLHA 1FKPA 4CJLA 3KK2A 5J2MA 1SL1A 3DLGA 4FLYA 1NKBA 1JXBA 1K6YA 3NF9A 3AVLA 2HHQA 4CK2A 1CZBA 2X74A 5CYMA 5HRRA 1NK7A 2XY6A 4O44A 4MFBA 5CZ2A 1WSJA 3CFOA 4CFAA 1TK5A 3ZSXA 2OPSA 2VG7A 4FCYA 5J2PA 4CHQA 5HLFA 3KD1E 4FK4A 3OYHA 2P1JA 4CEQA 4E19A 5DK5A 3DYAA 4MQ3A 3RMDA 4OKJA 1HYZA 4EZ6A 4CJKA 4DTXA 3ZSWA 1KLMA 4FK2A 4FJJA 3AVKA 3QIPA 4BDYA 2G8KA 2X6SA 1JLGA 1X9MA 2YKNA 3OYLA 4M3XA 4Z4EA 4PQUA 3AVBA 3MEEA 3ZSZA 3OYFA 1GOAA 3PX6A 1S1TA 1Z25A 4E89A 4DQRA 4O55A 3QNNA 1ZBLA 3AVIA 4N47A 4DTJA 2GV9A 1HNVA 3NDKA 3QIOA 2QXFA 1CXUA 3QERA 2HMIA 4YNQA 4JLHA 3K58A 4HHTA 1BCMA 4K8XA 3DLKA 3A2FA 3OYEA 1C6VA 3WNFA 3D0PA 4DTSA 3TAPA 4FJGA 3ZSVA 4BACA 3NF7A 1S1XA 3SPYA 4FLWA 4IG0A 4DU4A 4CF2A 1RBRA 4DMNA 3ZSOA 3OYKA 3CQ8A 4DTRA 3C6TA 1XI1A 4QCLA 4OGEA 1C1BA 2B6AA 2WONA 4KHNA 2JGUA 3V1RA 4NCGA 2E6MA 3K5NA 1JLQA 1KTQA 4GMJB 4I2PA 4CFCA 4NYFA 5T7BA 4B9TA 2D0BA 2HNDA 3PUFA 1L5UA 1KVBA 4JS5A 1HJRA 4CEEA 4W5OA 2HNZA 2ITGA 5I3UA 1L3TA 2DFHA 4FLVA 4CIEA 4HUGA 4BE1A 3QLHA 1UA1A 4NCAA 4FLTA 3JYTA 4H4MA 4B8AB 3V9WA 2OPRA 3JSMA 4FJ7A 4Z4FA 2PY5A 4ICLA 4DTOA 3HJFA 1TKDA 3KJVA 4CEOA 4DQPA 3U3YA 3UIQA 1HQUA 3PV8A 3RR7A 4CJ5A 3K5MA 3WNEA 1Q8IA 1HNIA 1B9DA 1RBTA 1U4BA 2G8HA 2AJQA 4PWDA 2Q3SA 4DF8A 4KKOA 3K59A 2HHUA 4DTUA 2F96A 4G1QA 4PUOA 4C8NA 1WLJA 2BGGA 3AV9A 3HPHA 4OJRA 1QSSA 1Z26A 3VQEA 4CJQA 3V81A 1NK0A 4Q0BA 1HYSA 3LAMA 5C25A 3ZCMA 4DSLA 1YVUA 4OLBA 3LZJA 1BQNA 3V9SA 2JLEA 3HYFA 2DY4A 3KLGA 3NGIA 3HO1A 2YNFA 4CERA 2KFZA 4RW7A 1KLNA 3G10A 2BANA 1JKHA 2XHBA 1KVAA 3K2PA 4KHSA 4PY5A 1IKXA 1WSHA 4B9UA 4CFBA 4M3WA 2D5RA 4FLUA 1S5JA 4FJ5A 1QSYA 4IFVA 1BQMA 2IGIA 1S6PA 5KTQA 1S1WA 1BIUA 4CJEA 5JS1A 3ISNC 1JLEA 3ITHA 3LP3A 1ZBUA 2XY7A 1NJZA 3M8QA 2WOMA 4B9VA 3QEIA 1RT2A 1KCFA 1U47A 1RTIA 1X9WA 1TAQA 4HTUA 4DS5A 1T05A 4CFDA 1N6QA 3OYBA 3ZT3A 4B8CA 4PA1A 4E3SA 1BCOA 3MXJA 2D0CA 1QTMA 4LD0A 3KK3A 5J2NA 2HNYA 1I3AA 4Q5VA 4C8MA 1HMVA 4I7FA 3SQ1A 4ZTFA 4E7JA 1RT3A 3LANA 1TKZA 2Z1HA 2DTUA 5CZ1A 2ATQA 4FLXA 4ELUA 3VQ9A 4FM0A 2F8SA 3F9KA 3M8RA 3RMCA 1UOCA 1ASVA 1JL1A 3P1GA 4EP5A 1EKEA 3T3FA 3U6FA 4FJMA 4CEDA 3TAMA 3NCIA 3QEWA 4CJTA 4Z4CA 4N5SA 3SZ2A 5JS2A 4IDKA 3L2QA 1A5WA 1WSFA 1C1CA 4DS4A 4RW6A 1TK0A 4CHZA 3DLBA 3HVRA 4XIUA 1U49A 1KSPA 4FZYA 1HYVA 1ZBFA 4CJUA 3KD5E 5FROA 1I39A 3KLEA 4KHYA 4CEAA 2IAJA 5C42A 3LWLA 3TANA 3SNNA 3VQ5A 3SI6A 4DLEA 5KGWA 4DQQA 1BL3A 2FBXA 3OJSA 3DRSA 3L2RA 3C6UA 3VN5A 2G8UA 2HHVA 1RT6A 3MECA 4Z4HA 5FRNA 1WSGA 3NGZA 3VQ6A 4BDZA 3O3FA 3M8PA 3V9XA 1QQCA 4HUEA 4DTPA 4IBNA 1J9AA 4QAGA 4FJ8A 3NFAA 3VQBA 3MXIA 1EP4A 3VQ4A 3S3MA 1XHZA 4FZZA 4OKEA 3NH0A 4F3OA 1J53A 1U04A 4OKKA 1DTTA 3CYMA 3PO5A 3OS2A 1X9SA 4KRFA 1NK9A 1EXQA 3WNGA 4CHPA 1NK5A 1TVRA 3ZT2A 1XC9A 2IOCA 3S3OA 4Y1DA 1T8EA 2ZD1A 4CJRA 3S9HA 3LPTA 3B6OA 3CG7A 2RF2A 4AHSA 3VA0A 4B3OA 1B9FA 1KRPA 1TAUA 1QS4A 2E6LA 2X6NA 1TV6A 4DG1A 4CJFA 4BE0A 2HVHA 3QEVA 2Y1JA 3AVCA 1DLOA 3SUPA 2P51A 3OYAA 4F2RA 5EU7A 1VK0A 5KRSA 5HROA 1A5VA 3SPZA 2KZZA 4NYNA 4CEBA 3TR8A 3MEGA 4DF4A 5D3GA 1NOYA 4Z0UA 1F21A 1UWBA 3QINA 4DFPA 2OA8A 3KKRA 3HP9A 5C24A 2O4GA 3OYNA 3TI0A 3EY1A 3IAYA 4O5BA 3OY9A 3DLHA 4OPKA 4F8RA 1EX4A 1WSIA 3O3GA 4KI4A 4RG8A 3ZT1A 1X1PA 3AO1A 1RBSA 4AILC 1W9HA 3DLRA 3SQ0A 1CLQA 3TWHA 1FK9A 4J2DA 1O1WA 4RW8A 1TK8A 3TAQA 3AVMA 4IKFA 2X78A 3HPGA 4C8LA 3KKSA 1FXXA 2B4JA 1J54A 4KTZA 4W5TA 1ZYQA 1LW0A 3RWUA 3SQ4A 1UAXA 4M3UA 4CGIA 1LAVA 1RTDA 2DFFA 3HPOA 1Q9YA 3QEXA 3RR8A 2KZMA 1IKYA 5HRNA 3LAKA 3KTQA 3HVTA 2OPPA 2Y1IA 4KB1A 2YHBA 4DSFA 3AVFA 5FDLA 2G8FA 4DQSA 4FJLA 4ID5A 4CF9A 2FBTA 4O0JA 4B9SA 2YHAA 2F8TA 4CE9A 4ELVA 3I0RA 3MXMA 2E4LA 3L3VA 4KAZA 5HBMA 3SUQA 2YKMA 1A5XA 4Y1CA 3VA3A 2OZSA 3NGYA 3SCXA 4FM2A 5SZTA 5J1EA 4L8RB 2XRIA 2KQ2A 3KK1A 1C0MA 1JXEA 3SV4A 3PX4A 4CJSA 1T03A 3NF6A 3L8BA 4E0DA 4F3TA 3OYMA 4F2SA 1YT3A 1NKCA 3BDPA 2QKKA 3OYDA 3K5OA 1WAJA 4AHVA 5KRTA 4HCBA 1VSIA 4DFJA 2LSNA 1NK6A 1RT7A 4R5PA 1TL1A 1RT1A 2PYJA 1REVA 2YNGA 2ZE2A 4N41A 3QO9A 5HRPA 2VG6A 3K5LA 2GBZA 3ULDA 3AVAA 3LPUA 4OVLA 4E1MA 1SUQA 3CM5A 3LZIA 2HHTA 1RILA 2A1SA 3AVNA 2R7YA 3OYIA 3AVHA 3RMBA 1GOCA 1NJXA 1W0HA 4KO0A 3L2UA 4FJIA 2A1RA 3LALA 3FFIA 4FM1A 4KREA 3TABA 3DOLA 3SUNA 1JLCA 1ZBIA 3ZSRA 2XO7A 1EETA 1WNSA 5I42A 2YNHA 3RRGA 1JLBA 4KTQA 1VSLA 3P83D 1VSJA 1C0TA 4CF8A 4CJWA 3OJUA 3HXMA 3RRHA 1SL2A 3KLFA 4RW4A 5KGXA 4N76A 4DWIA 3AA2A 4W5NA 1LWCA 2Z1JA 4NCBA 1IKWA 4KB0A 4O0IA 4AHUA 1QSLA 5HP1A 2O4IA 3O4NA 4J2AA 2DFEA 3DOKA 3I0SA 4H4OA 3T1AA 3RMAA 4KHUA 2BE2A 3P5JA 1VSKA 4OPJA 3VQQA 1RT4A 3O4QA 3VQ8A 1D9DA 1XWLA 4DTMA 3S3NA 4AH9A 1GOBA 1WAFA 3EYZA 4LH5A 3PX0A 3IG1A 3I8DA 1S1UA 2EHGA 1SV5A 3SV3A 2OZMA 1JLAA 3ZSQA 3DRRA 4DLGA 1L3UA 1BI4A 4CF0A 3V9ZA 3LP1A 2KFNA 4KI6A 3HK2A 1KFDA 1SL0A 1QHTA 2HB5A 4E7HA 2VG5A 2BDPA 2D0AA 2ETJA 3OYGA 4E1NA 4DU3A 4OLAA 1C0UA 1TGOA 3D45A 4CGJA 4CGGA 3ALYA 1S9GA 1VSEA 3AA3A 3IS9A 4HVJA 2VWKA 5J2QA 3CFRA 1FKOA 3OS1A 4DSEA 3C95A 1S6QA 2PYLA 2HW3A 3TAGA 3AVJA 1UA0A 1L3VA 5E41A 1WN7A 1D8YA 5FRMA 2FBYA 3NF8A 4CEZA 4KV8A 4FLZA 1VRUA 1NJYA 3DMJA 4I2QA 5CY4A 4AHRA 1BI4B 4KHQA 2XY5A 2OYQA 4FJHA 1VRTA 1YTUA 4LSLA 3HT3A 2IC3A 3HL8A 4KTWA 3DI6A 4DSIA 4FZXC 4M3ZA 2KTQA 2P5OA 5CYQA 3MEDA 3QESA 1LWFA 4CCHA 3EZ5A 3OVNA 4JRQA 4FW2A 4E7IA 1VSFA 3AA5X 4Z4IA 3AO4A 4N56A 1RT5A 1C1AA 1MU2A 4LY7A 4BDPA 1RDBA 4B9MA 4I9QA 4FYDA 3RTVA 2IDOA 3ZSYA 3BGRA 1RTHA 4UQGA 4ZHRA 1CXQA 3MAQA 2QK9A 3K57A 3AA4A 4CGHA 3VQAA 4B9NA 4DSKA 3OS0A 3O3HA 3SJJA 2GUIA 4I9LA 2HHXA 1LAWA 3E01A 4YFUA 4M45A 5KI6A 1QE1A 4FXDA 5DMRA 4JRPA 4CJPA 4CIFA 3ASMA 4K8ZA 4FK0A 3QETA 4GW6A 4W5RA 2HHSA 2W42A 2OPQA 4M3YA 1LWEA 2Z1GA 1NK4A 3H08A 3KLIA 4FVMA 4B08A 1NJWA 3NH1A 2RKIA 4JS4A 1G15A 3DRPA 4J2EA 2IS3A 1LW2A 3HSTB 3VQ7A 3AO2A 3SYZA 1BIZA 1L3SA 4EP4A 4W5QA 4DFKA 2B5JA 2YV0X 4IFYA 4FJNA 3SUOA 4LSNA 4ZTJA 4CJVA 4FW1A 3CFPA 3AVGA 4E7KA 3C94A 4O4GA 3QEPA 4C8KA 2RN2A 2I5JA 4CK1A 2ZQBA 3LP2A 4M41A 3NE6A 4DU1A 1U45A 3L2WA 3LP0A 4GVMA 2PZSA 1BISA 2FC0A 1N5YA 4B9LA 3THVA 4RW9A 4CIGA 4DSJA 1VSMA 4KPYA 3B6PA 3M8SA 4KFBA 1XHXA 1NK8A 4CK3A 3NBPA 2RPIA 3IRXA 1RDCA 3V1OA 3V1QA 4CGDA 4CGFA 4KHWA 3ZT4A 3V9UA 2KW4A 1BGXT 4FJKA 1KFSA 4HUFA 1Y97A 4CHOA 3HP6A 4CECA 1Q9XA 3AO5A 4C8OA 1CZ9A 3LWMA 3L2VA 1SKWA 1IO2A 3LDSA 2QKBA 1R0AA 3VQCA 4CF1A 1HRHA 3L3UA 4FJXA 4TSXA 1BHLA 3KIOA 3NH2A 1B92A 4CJ4A 3TAEA 1VSHA 4AHTA 3DLEA 1NOZA 4CHNA 4BWJA 4IG3A 4DQIA 1RTJA 1J5OA 4M3RA 4OGCA 1HQEA 3DM2A 4BWMA 1S9EA 1IG9A 5SWMA 1S1VA 1ASWA 1TKXA 1WSEA 4AHCA 4ID1A 4E7LA 3AO3A 3OYCA 4DFMA 1JL2A 2YNIA 1U48A 2P5GA 3V4IA 4M3TA 4EZ9A 2HVIA 1IKVA 5K14A 3ZT0A 1SKSA 2G8IA 4LH4A 4BE2A 1RDAA 3CM6A 1ITGA 1ZBHA 3G0ZA 3U3GA 2FBVA 1ASUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCST 1AD5A 2VUBA 3GOIA 1RI0A 4YOVA 4CESA 1HPZA 3LM9A 4PJOB 3V6DA 1NGCA 4KHPK 2L3SA 2ZPGB 3PMTA 1W6XA 2DE0X 3JCMP 1S72T 1QKXA 4KGXB 2YI1A 4FT4A 2HHWA 1JCFA 2CGKA 1HYOA 3J7YP 1M90O 5FU7B 3QBWA 5FLXE 3WNHA 1PSFA 2DNUA 2F2WA 4M7DA 3VETA 1RDDA 1D0ZA 4JKGB 2R58A 4F4KA 2HSPA 1IH7A 2EAYA 2X3WD 1Q86O 1VQPA 1VSDA 5AJ3K 1NYGA 3EGDB 1KVCA 3ZETA 3DJCA 4Z94A 2YUPA 3FEOA 1NZ9A 5CHIA 2PBDA 5BRFA 2XK0A 1Y64A 3T7ZA 5A2QO 1W2BM 3DLGA 1HNXK 4K41A 2LDMA 3KWGA 2E2PA 5KQDA 2JTFA 5CQYA 5GAMh 1VQ4T 4O44A 3CFOA 2WACA 3T69A 1VQNT 2E2NA 2QK0A 4OPAA 4XEIA 1RLQC 4X5NA 2FZKB 4B9WA 2CP5A 5EX5A 3KD1E 2B7MA 3OYHA 1BA0A 4E19A 5DK5A 1VQ4A 1T7PA 2HNIA 4E6RA 1C0GA 4OKJA 3EAEA 1VQNA 3I56N 2A42A 3EFSA 3HOSA 3R6OA 2HKNA 2RHKA 4FK2A 4EMKC 1UTIA 3OW2S 1QQMA 3AVKA 5C10A 3BY7A 5GJVB 3QMLA 2HCKA 3BDLA 3D7EO 4LF9K 4DQ8A 2P0KA 1RDUA 1RUWA 3F70A 3QNNA 3VEZA 5IHKA 3JCMb 2FVUA 2QQ9A 3L2ZA 2EQMA 1UB4A 5M1OA 5KYWB 1VQMQ 1CXUA 3QERA 4WCEL 7AT1B 3DLKA 4PL6A 2DYBA 4A2BA 1FZ4E 1FZ6E 3TAPA 3LH5A 5HL7L 4BACA 3JCMV 5CKEA 3NF7A 4RTYA 1S1XA 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 1NK8 A;  4CK3 A;  3NBP A;  2RPI A;  3IRX A;  1RDC A;  3V1O A;  3V1Q A;  4CGD A;  4CGF A;  4KHW A;  3ZT4 A;  3V9U A;  2KW4 A;  1BGX T;  4FJK A;  1KFS A;  4HUF A;  1Y97 A;  4CHO A;  3HP6 A;  4CEC A;  1Q9X A;  3AO5 A;  4C8O A;  1CZ9 A;  3LWM A;  3L2V A;  1SKW A;  1IO2 A;  3LDS A;  2QKB A;  1R0A A;  3VQC A;  4CF1 A;  1HRH A;  3L3U A;  4FJX A;  4TSX A;  1BHL A;  3KIO A;  3NH2 A;  1B92 A;  4CJ4 A;  3TAE A;  1VSH A;  4AHT A;  3DLE A;  1NOZ A;  4CHN A;  4BWJ A;  4IG3 A;  4DQI A;  1RTJ A;  1J5O A;  4M3R A;  4OGC A;  1HQE A;  3DM2 A;  4BWM A;  1S9E A;  1IG9 A;  5SWM A;  1S1V A;  1ASW A;  1TKX A;  1WSE A;  4AHC A;  4ID1 A;  4E7L A;  3AO3 A;  3OYC A;  4DFM A;  1JL2 A;  2YNI A;  1U48 A;  2P5G A;  3V4I A;  4M3T A;  4EZ9 A;  2HVI A;  1IKV A;  5K14 A;  3ZT0 A;  1SKS A;  2G8I A;  4LH4 A;  4BE2 A;  1RDA A;  3CM6 A;  1ITG A;  1ZBH A;  3G0Z A;  3U3G A;  2FBV A;  1ASU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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