4RG8A

Structural and biochemical studies of a moderately thermophilic exonuclease i from methylocaldum szegediense
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
476
structure length
467
Chain Sequence
CCSLYWYDYETFGTDPRRDRPAQFAGIRTDLELNPIGEPVTLFCKPARDVLPVPEACLITGITPQMAAERGLKEAEFITRIHEQFSVPGTCVAGYNNIRFDDEVTRHCLYRNLFDPYEREWRNGNSRWDIIDMLRLTRALRPEGIEWPVDGSGKPSLRLEALTVANGIQHAHDALADVRATIAVARLVRERQPKLFNFVFANRGKREAFELLRFGAMQPVLHVSEKYASDRYCLAVVVALARHPRNPNGVVVYDLSVDPTPLIDLNAEDLRERLFTPASKLPPGVERIALKTVHLNKCPVIAPLTALRSQDTERLQIDLDRCNRHLDRLKREWTLPKKIREAMTTDDPDLMLYDGFLGDADRAVLKWLRGLTPDELARAQPSFEDARLPELLFRYRARNFPETLTPEETARWEAYRIRRLTVEGCGGSIVLNEYLARIEALEASPDLSAKDREILKNLREYAREIIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Biochemical Studies of a Moderately Thermophilic Exonuclease I from Methylocaldum szegediense.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Methylocaldum szegediense
molecule keywords Exonuclease I
total genus 159
structure length 467
sequence length 476
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4rg8A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4rg8A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4rg8A01
4CEEA 1BHLA 2IOCA 4KV8A 1RTIA 2FBXA 1NK5A 1YTAA 1EX4A 4CFBA 2IAJA 3OYDA 1BIZA 3CM6A 4AILC 3ZSXA 3KLIA 1VRUA 1WSFA 3QIOA 4CHPA 2R7YA 4QCLA 1TL1A 4CHOA 4KFBA 3EY1A 4FLYA 1JLCA 1BL3A 4CGJA 3SQ2A 4F2RA 3O3HA 2RPIA 4IFYA 1RBTA 1NK0A 2YHAA 2OPPA 4KTZA 4G1QA 2QK9A 5CYQA 4BWMA 4CJKA 4OLBA 1SUQA 1VSFA 4NCGA 4ELUA 2PZSA 1B9FA 5KI6A 1TL3A 3VQ7A 4DTNA 4ID1A 4E1MA 3QLHA 2PYLA 2I5JA 2VWKA 2KW4A 1LW2A 3OJUA 2NUBA 3TAGA 2G8VA 4FZZA 2QKKA 4Z4FA 1J9AA 3M8QA 3C6TA 3DLKA 3TANA 4FJMA 4N47A 3VQQA 2XY5A 2OYQA 1N6QA 1IG9A 4CIEA 1C0TA 2Y1JA 3MEEA 1JLGA 1B92A 2P1JA 1KVBA 3WNHA 4CJ5A 4LH5A 4I9LA 4CJPA 3QEVA 3SNNA 4ICLA 3SCXA 3K59A 4L8RB 3O3GA 3VQDA 3AVLA 1F21A 4DTRA 4BDPA 3M8PA 4YNQA 4DQRA 3QETA 4ELTA 2KZMA 1CXUA 1QQCA 4CJUA 4UQGA 3K5OA 3LP0A 1ASVA 4CJSA 1RILA 4TSXA 4CEOA 3QEIA 4J2EA 1DLOA 3HJFA 2HHQA 3AVMA 3ZT2A 3F9KA 3QINA 5DK5A 2HHVA 1U04A 4NCAA 2P5GA 1GOBA 3VQBA 4GMJB 4DSEA 1KTQA 2X78A 3NF8A 3DRRA 1NK8A 2VWJA 3BDPA 3QNNA 4PUOA 3JYTA 1J54A 3WNEA 4N76A 4FXDA 5KRSA 1WSEA 5HRSA 1KLNA 3ISNC 4IFVA 3DMJA 1RTHA 3AA2A 1TKTA 1ZBFA 3IG1A 1WSGA 3LAKA 4FCYA 2GV9A 3AA5X 3WNFA 4FW2A 3TAEA 1JLEA 2WONA 1J53A 3LP3A 3KLGA 4LSNA 3M8SA 5KTQA 2G8FA 2P5OA 4M42A 1TKDA 1DTQA 1NK6A 4J2BA 3NH0A 4DG1A 1A5VA 2YHBA 4N5SA 4DLGA 4DF4A 4CGDA 1SKRA 1S6QA 3KLHA 2VG7A 4H8KA 3CQ8A 4KI4A 1C0MA 3AVCA 3NBPA 4N56A 4HUFA 3QESA 2FBYA 3VQ5A 5HRNA 3SV3A 3TARA 2W42A 1QTMA 4C8MA 3O3FA 1S6PA 3VN5A 1S1UA 4DFKA 1U49A 4DF8A 3L2UA 1KCFA 1QHTA 4DQIA 2KTQA 1O1WA 4HUGA 4FLZA 3ULDA 4BE2A 2Z1GA 5J2PA 4OJRA 4CFDA 4FJHA 4CF0A 4W5QA 4DSKA 3VQCA 1U48A 3ZSZA 3LANA 5J2NA 4CF1A 1BI4A 3LP2A 1I39A 3NF6A 3ZSRA 2X74A 2IC3A 3HSTB 3V1QA 3LDSA 4MQ3A 1CXQA 4CJTA 3TAMA 2FBVA 3RRGA 4FJ5A 4B3OA 3C94A 3AO1A 3RMDA 2HHXA 1BQMA 1S9EA 3NDKA 4KRFA 1CZBA 1JLQA 3BGRA 4CEDA 1L3TA 4JS5A 4CK3A 3ZCMA 1C1AA 3HVTA 1W9HA 2AJQA 4E1NA 3V9WA 4CECA 4FJ9A 3SZ2A 4KHYA 3DOLA 3P83D 3SUOA 3PX6A 4O44A 5C42A 3CM5A 4CEZA 1G15A 4RW4A 1VSIA 4JS4A 3KKRA 2OZMA 1KVCA 4BE1A 1C6VA 5I3UA 2QXFA 4ZTFA 4M3RA 1S1VA 2FC0A 3PUFA 1KRPA 3VQ4A 1Q9YA 2Q3SA 4BWJA 3T1AA 3NH1A 4DTUA 3NGZA 3V9UA 4JRQA 4KTWA 1ASWA 1TGOA 3QO9A 5E41A 1RT5A 3B6PA 5FRNA 1IH7A 1VK0A 3CFRA 3RMBA 1RCHA 2IDOA 3K5MA 2YNIA 3OS0A 4RG8A 1RT2A 3AO5A 3KK2A 3SPZA 1NKBA 3HK2A 4B9SA 3HPGA 3NHGA 4CJQA 3S3OA 3LALA 3HL8A 1UWBA 1ASUA 4AH9A 1JXBA 4AHVA 3HXMA 3O4QA 1L3VA 3EZ5A 2ITGA 4FJ8A 4KO0A 5I42A 3L2RA 4B9LA 2X6SA 4FM2A 4FK4A 1REVA 1A5WA 1LWEA 1EKEA 3RR7A 3KTQA 4J2DA 3OVNA 1RDBA 3DRSA 4CF2A 3LWMA 4FJJA 4KHNA 3KLFA 2HHUA 3PX0A 1Y97A 2D0BA 5HROA 1MU2A 3OS2A 2O4IA 4Q5VA 2G8WA 3KLEA 2G8UA 2G8IA 2ATQA 2D5RA 3AA3A 1LWCA 3L2QA 4W5NA 2XO7A 2GUIA 4C8NA 4M41A 2XY6A 3V6DA 3U3YA 3OYFA 1IO2A 1ZBUA 4FJGA 4PQUA 5HBMA 3ZSOA 1LV5A 3UIQA 1WN7A 3TAFA 4E3SA 4CHZA 1TKZA 3AVAA 4Z4CA 3OY9A 4I9QA 4NYNA 1VSMA 4LH4A 1NOZA 4DTXA 3A2FA 4M3YA 2YKNA 4B08A 5J2MA 5KGXA 2O4GA 3LZJA 1FKPA 4HTUA 4B9NA 5DMRA 1TKXA 4OKJA 2X6NA 3G10A 3VQAA 1JLBA 1L3UA 1U45A 2HHWA 4DFPA 2HVIA 2HNDA 4CHNA 4C8LA 3V1OA 4DTOA 1SKWA 4B9UA 5CZ1A 3KKSA 4KHSA 2DTUA 1BQNA 5C24A 5JS2A 2WOMA 3K2PA 4IDKA 1SL2A 1S1WA 3KD5E 3QIPA 2E6MA 3SYZA 1ZBIA 1HMVA 1KVAA 4J2AA 4LSLA 3HPHA 3ZSWA 3CFPA 3VQPA 2OZSA 1HYVA 2IGIA 4CHQA 4QAGA 4B9TA 4EP4A 3JSMA 3K5LA 3G0ZA 3AVGA 3KK3A 4DU4A 2HNZA 3L8BA 4Z4GA 4FM0A 1ZBHA 2HW3A 3NGIA 1R0AA 3IAYA 1RDCA 1TAQA 2E6LA 5CZ2A 4FW1A 2YNFA 1JXEA 3T19A 3B6OA 1NJZA 3NGYA 3I8DA 3P1GA 4CEBA 3OYJA 4CF8A 3K57A 4FJLA 5EU7A 3HYFA 4KI6A 4OPKA 3AVJA 3VQ6A 1U47A 4Q0BA 4E7KA 2JGUA 4DQQA 3QEWA 1NJWA 1HRHA 3K5NA 2IS3A 1LWFA 1HPZA 1X9WA 1C0UA 5K14A 3AV9A 2HNYA 4IG3A 3ALYA 3ASMA 4CGIA 1NJYA 4F3OA 5CYMA 1TAUA 4AHSA 3OYLA 1S1XA 3AA4A 3AVFA 3NF7A 3DLRA 2RF2A 4WE1A 1SV5A 1QSSA 4EZ9A 2KQ2A 3NAEA 3SUNA 1X9MA 4CJ3A 1Q8IA 2Z1HA 3NFAA 4CERA 4O0IA 4JRPA 1RBRA 5HRRA 4CJ4A 2GBZA 4M45A 4RW6A 3PV8A 1LAVA 2PYJA 3HP9A 4ID5A 1TK8A 4KHWA 3PY8A 2BDPA 2QKBA 5SZTA 1S9GA 1JKHA 3ZSQA 3ZT4A 4B8AB 4CJRA 3TABA 2XRIA 4DMNA 2B5JA 3RMCA 3OYNA 1TK5A 2ZE2A 1ZYQA 4KHUA 4FVMA 4GW6A 4FLTA 1TV6A 1HNIA 4ZTJA 4CFCA 3RRHA 3AVHA 3SUQA 1D8YA 2DFFA 3AO2A 3L2VA 4HCCA 1WSJA 5SWMA 3LWLA 3V9XA 2P51A 4FZYA 4EP5A 1W0HA 3DM2A 3OYHA 1VSHA 4H4MA 2A1SA 3H08A 4H4OA 3ZT3A 3V9ZA 3RR8A 4DU3A 3QEXA 3I0SA 3T3FA 1RTJA 4F8RA 4M3WA 4BDZA 1NK7A 3DLHA 4OVLA 2KFZA 1RT7A 4Z4EA 3OYBA 4DQPA 5C25A 3AVIA 2OPSA 2F96A 3MAQA 1GOAA 3SUPA 3ITHA 1NK9A 2HHSA 4KREA 4BDYA 4PA1A 4CGFA 4FM1A 1NOYA 4K8ZA 4PY5A 1QSLA 1DTTA 5CY4A 4DU1A 4FK0A 1RT6A 3OYCA 4NCBA 2F8SA 4ZHRA 2YNGA 3C6UA 3VA3A 3HT3A 4RW9A 4QOZB 2FBTA 4CJFA 1CZ9A 4XIUA 4CK2A 3HP6A 1Q9XA 5J1EA 2OPQA 4E7IA 4M3UA 3HM9A 4B9MA 1RBSA 1WLJA 3AVBA 1L5UA 4FJKA 3KJVA 3NH2A 4E7HA 2D0CA 3MXIA 1D5AA 1ZBLA 4B9VA 3L3VA 2G8HA 1KLMA 2HMIA 4HHTA 4C8OA 2XY8A 3QNOA 1T8EA 1TK0A 1T7PA 1C1CA 4CIGA 1RT3A 1SKSA 1TVRA 1RNHA 4IBNA 3PO5A 3K58A 4Z4IA 3TAPA 4KPYA 1X1PA 4FJXA 2BANA 5KGWA 4E89A 1UAXA 3AO4A 4E0DA 3C95A 1WAFA 1HJRA 3PX4A 4DWIA 4DSLA 3TR8A 5JS1A 1BCOA 1ITGA 1VSJA 4RW8A 4CJLA 4DSFA 5HRPA 3AO3A 3F73A 3FFIA 3P5JA 1QSYA 3SQ0A 2PY5A 1HYSA 1FK9A 3TWHA 1N5YA 3OS1A 1WSHA 4FLWA 1XHZA 1HQEA 1EETA 5KRTA 1VRTA 1T03A 1YVUA 4B8CA 4DTMA 5J2QA 4CEFA 3DYAA 3SPYA 4KB0A 1XWLA 3CG7A 2HB5A 3RMAA 4KTQA 3SI6A 1WAJA 1IKWA 3TI0A 2BGGA 3LZIA 5FRMA 3DI6A 3L3UA 1U4BA 1D9FA 4MFBA 1IKYA 1Z25A 1IKXA 3OYKA 1VSLA 1RDDA 3NCIA 1VSEA 3KK1A 2ZQBA 2ETJA 4OKEA 3PO4A 4DLEA 3VQEA 3IRXA 3MEGA 4LY7A 2BE2A 1RBVA 2B6AA 1B9DA 1RT4A 3ZSVA 3NF9A 3MXJA 3SQ1A 1KSPA 2E4LA 4IKFA 4CE9A 4K8XA 1XHXA 1EP4A 4W5TA 4YFUA 2ZD1A 1JLFA 3LAMA 4EZ6A 2EHGA 4FJIA 3LP1A 3DOKA 3SV4A 1EXQA 3OYAA 3ZT1A 1HNVA 4O0JA 4AHRA 2DY4A 1T05A 1NK4A 2EX3A 2DFEA 3SQ4A 3ZSYA 3KIOA 4CJEA 3QERA 4KB1A 3MXMA 2OPRA 2B4JA 3LPTA 2F8TA 3HO1A 3CFOA 3NE6A 4CJWA 4AHTA 3LPUA 1XC9A 3S3MA 1D9DA 1LW0A 2JLEA 1RT1A 3DLEA 1BISA 3WNGA 1HYZA 1J5OA 4F4KA 2D0AA 3V9SA 4N41A 1C1BA 3RTVA 4CEAA 1JL1A 2YV0X 2RN2A 3DRPA 4Y1DA 3L2WA 1X9SA 4Y1CA 1LAWA 1CLQA 4W5OA 1A5XA 3DLBA 4DTPA 1I3AA 4FJNA 1VSKA 3EYZA 1BI4B 5D3GA 4RW7A 3IS9A 1WNSA 4CGGA 4DFJA 2RKIA 1GOCA 1Z26A 2YKMA 4HVJA 1K6YA 2Z1JA 4W5RA 2A1RA 3DLGA 3I0RA 4FYDA 1NKEA 4JLHA 4KKOA 1RTDA 1KFDA 1RDAA 1HQUA 4OGCA 4CESA 3VQ8A 1SL0A 3KD1E 1FKOA 4KAZA 3OYMA 3O4NA 4CEQA 4ELVA 1S1TA 4CGHA 2DFHA 4FLUA 4GVMA 3AVKA 4M3XA 3MEDA 4NYFA 4M3TA 1BGXT 4IG0A 2HHTA 3V1RA 2KFNA 4FJ7A 4CF9A 3V4IA 3S3NA 4AHCA 4Z4HA 3ZT0A 5FROA 4KHQA 3U6FA 3RWUA 4CCHA 4C8KA 3VA0A 4O4GA 4DS4A 4CFAA 4I2PA 3OYIA 2XHBA 3D45A 1SL1A 3HPOA 2KZZA 4Z0UA 1JLAA 1BIUA 1YT3A 4DFMA 4I2QA 1VSDA 2VG6A 1NJXA 3OYEA 4DSJA 3U3GA 1UA0A 2LSNA 4OKKA 1UOCA 3HVRA 4PWDA 4BACA 4FZXC 4DSIA 3D0PA 4AHUA 4I7FA 3QEPA 1XI1A 5FDLA 4O55A 4LD0A 3MECA 1YTUA 4E7JA 4OLAA 3AVNA 3VQ9A 3TAQA 3OYGA 2Z1IA 2OA8A 4CJVA 4CIFA 3E01A 1RBUA 4OPJA 4E7LA 2YNHA 1KFSA 5HP1A 4FLXA 2VG5A 4CHYA 1WSIA 4OGEA 2HVHA 4FK2A 4FLVA 5T7BA 5HLFA 4O5BA 1UA1A 4F2SA 4M3ZA 1S5JA 3SJJA 3S9HA 1JL2A 4HCBA 4DTJA 3OJSA 3V81A 4DQSA 1NKCA 1L3SA 4E19A 2Y1IA 1BCMA 4BE0A 2XY7A 4DS5A 4DTSA 3THVA 1IKVA 1QS4A 3CYMA 3M8RA 4HUEA 4CK1A 1QE1A 2G8KA 1FXXA 4R5PA 4F3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MCAB 1XQSC 2JH8A 1BHLA 4IEIA 4KV8A 1VQOA 1IO6A 3PMTA 1DT9A 4C0FA 3OYDA 4C0DB 2HQHA 5LJ5j 1M8MA 2M0YA 3H0IA 3CCVT 3CM6A 1VRUA 1WSFA 2JVVA 1TL1A 3SQ2A 4FVUA 3J7ZO 5JVGL 2EQIA 1T44A 1VQ4N 4IFYA 2J05A 2YHAA 4G1QA 4M7DF 3M54A 2CUBA 3I35A 4NCGA 4ELUA 5GAOq 1ZC6A 2PZSA 5KI6A 1QP2A 1TL3A 3FZLA 4BB7A 5C6SA 4E1MA 5GAOm 3H45C 4BR0A 3OJUA 3TAGA 1UB4A 1QVGA 3EG9B 3VEZA 4BY6C 2FSJA 4Z4FA 1CKAA 5AQGA 5LJ3f 3RNJA 3M8QA 4FL6A 4O8UA 4N47A 2OYQA 1XTDA 4F7UG 1NE8A 3HTVA 2Q36A 3VERA 2F5TX 3CMAT 1BUPA 1Y0MA 1NGCA 1JLGA 1B92A 1KVBA 4CJ5A 1D1BA 4ICLA 1IBLK 3MAQA 1S72T 1H3ZA 4BVPA 1C0GA 4M7AF 3J7YP 1M1GA 3I56A 2NYSA 4A57A 3CCET 4DQRA 4ELTA 2KBTA 2O8EB 2RKHA 3QEIA 3M57A 1ASVA 2B8IA 1RILA 2LC4A 1K8AC 2MWPA 5KE2A 2X4YA 2QWMA 1GOBA 3VQBA 3ZEUB 3ULRB 1EQYA 4PL8A 2X78A 1T0HA 3C0BA 1NK8A 2HNIA 1R0CB 3WNEA 2VCPA 1VYTA 4J8FA 3DLLA 3H3NO 2D6FA 2ED1A 3P38A 2L3QA 4OX9K 2L3PA 5J3BA 3HM8A 4IFVA 2DEQA 2FEIA 2DVJA 3ATVA 3R8EA 3IG1A 2IG0A 4FCYA 1WYXA 4JKHA 4O8KA 3UB5A 2J06A 4FW2A 2X51A 4XK8E 1JLEA 2WONA 2P5OA 4FL9A 4JI6K 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2LC4 A;  1K8A C;  2MWP A;  5KE2 A;  2X4Y A;  2QWM A;  1GOB A;  3VQB A;  3ZEU B;  3ULR B;  1EQY A;  4PL8 A;  2X78 A;  1T0H A;  3C0B A;  1NK8 A;  2HNI A;  1R0C B;  3WNE A;  2VCP A;  1VYT A;  4J8F A;  3DLL A;  3H3N O;  2D6F A;  2ED1 A;  3P38 A;  2L3Q A;  4OX9 K;  2L3P A;  5J3B A;  3HM8 A;  4IFV A;  2DEQ A;  2FEI A;  2DVJ A;  3ATV A;  3R8E A;  3IG1 A;  2IG0 A;  4FCY A;  1WYX A;  4JKH A;  4O8K A;  3UB5 A;  2J06 A;  4FW2 A;  2X51 A;  4XK8 E;  1JLE A;  2WON A;  2P5O A;  4FL9 A;  4JI6 K;  3GLX A;  2R57 A;  2KT1 A;  1UGS B;  1RI9 A;  1Q18 A;  2YHB A;  3EE8 A;  4BGA A;  3NH0 A;  3HRU A;  4CGD A;  4DLG A;  1SKR A;  4NXM K;  1MHY G;  1M1K U;  3KLH A;  4LD6 A;  3CJA A;  3GPL A;  3LDO A;  4YY3 K;  2FBY A;  1B34 A;  5E26 A;  3QDF A;  4M7A B;  4DR4 K;  5IN1 A;  3E1Y A;  1M90 R;  4ORZ A;  1GLF O;  5GAO p;  1NGE A;  1QHA A;  1RFQ A;  3I8B A;  3D7S B;  4Z89 A;  4CZL A;  3L2U A;  2AK5 A;  2DK3 A;  2KTQ A;  5GAN 6;  4DQ8 A;  3FZH A;  3D2E A;  4BE2 A;  3TU5 A;  4LE9 A;  2EWS A;  1W7A A;  4FJH A;  1ZXO A;  3EHR A; 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