4RG8A

Structural and biochemical studies of a moderately thermophilic exonuclease i from methylocaldum szegediense
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
476
structure length
467
Chain Sequence
CCSLYWYDYETFGTDPRRDRPAQFAGIRTDLELNPIGEPVTLFCKPARDVLPVPEACLITGITPQMAAERGLKEAEFITRIHEQFSVPGTCVAGYNNIRFDDEVTRHCLYRNLFDPYEREWRNGNSRWDIIDMLRLTRALRPEGIEWPVDGSGKPSLRLEALTVANGIQHAHDALADVRATIAVARLVRERQPKLFNFVFANRGKREAFELLRFGAMQPVLHVSEKYASDRYCLAVVVALARHPRNPNGVVVYDLSVDPTPLIDLNAEDLRERLFTPASKLPPGVERIALKTVHLNKCPVIAPLTALRSQDTERLQIDLDRCNRHLDRLKREWTLPKKIREAMTTDDPDLMLYDGFLGDADRAVLKWLRGLTPDELARAQPSFEDARLPELLFRYRARNFPETLTPEETARWEAYRIRRLTVEGCGGSIVLNEYLARIEALEASPDLSAKDREILKNLREYAREIIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural and Biochemical Studies of a Moderately Thermophilic Exonuclease I from Methylocaldum szegediense.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exonuclease I
molecule tags Hydrolase
source organism Methylocaldum szegediense
total genus 159
structure length 467
sequence length 476
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4rg8A03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4rg8A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4rg8A01
3TR8A 2PYJA 4CJRA 4DS4A 1ZYQA 4ELUA 5CZ1A 3OYCA 2HHXA 1WSGA 5JS1A 4KRFA 3QEWA 2BDPA 3AO2A 3LPTA 2Z1HA 3B6OA 4AHSA 4ZTJA 1QSYA 1ASWA 4CJQA 4C8LA 3KK1A 4GMJB 3SUPA 4DTPA 3SJJA 1SKRA 3PY8A 1T8EA 1JL2A 1TV6A 2JGUA 3NF8A 4CEAA 5J2QA 2OA8A 4M42A 4ELVA 3LANA 4E7LA 4IKFA 4Z4FA 1T05A 1YTUA 5FRNA 3HXMA 1RBUA 2LSNA 2O4IA 5J1EA 1KCFA 3K57A 1A5WA 4FCYA 4FM2A 2IS3A 1FKOA 1KLNA 4YFUA 2WOMA 2DFFA 2ETJA 4NYFA 4F2SA 4H8KA 5FROA 4Z4GA 4FJ5A 4M3YA 2G8IA 4KHYA 5KGXA 4N5SA 3MXJA 4I7FA 4DTMA 4FJHA 2X6NA 4FK0A 3KKSA 1BHLA 4BDYA 1KVBA 5HBMA 4G1QA 4JS5A 3ZSYA 4F2RA 4CK3A 3LZIA 4DMNA 3TAGA 1ZBUA 4CIEA 3LP3A 4FZXC 4HCCA 4DF4A 1U04A 1X9WA 4KAZA 2QXFA 1UWBA 1HYZA 5KRTA 3RRGA 1BL3A 1HNIA 2HHUA 1ZBHA 4GVMA 4NYNA 3MAQA 3EZ5A 2BANA 1ASVA 4KHWA 3U6FA 3QESA 3K58A 2VWKA 3OJUA 3HPHA 3KIOA 5JS2A 2EHGA 3M8PA 3K59A 2G8UA 4CJVA 3SUQA 1BI4B 1Q8IA 4OJRA 3VQPA 3DRPA 1WSJA 3CFPA 2KZMA 3OYMA 4DLEA 4CHNA 5J2PA 1LWEA 4B9LA 3OYBA 1X9SA 5K14A 1TAQA 3P1GA 4FW1A 4IG3A 3VQQA 3S3OA 1X9MA 3QNOA 1J53A 3IAYA 4LSNA 2WONA 3LAKA 2Z1IA 4FJMA 3L8BA 4KHQA 1D5AA 5HP1A 1IKVA 1VSMA 4OPKA 1VSKA 5CY4A 2P1JA 4E19A 4O44A 3AVBA 3LP0A 4FZYA 1RT6A 3CG7A 4BE0A 2B5JA 5C42A 1TKZA 1XI1A 1NK4A 3HSTB 1RTDA 1S1VA 3DRRA 4CFCA 4JLHA 2OZMA 4HUEA 3L2UA 3HL8A 4CJWA 2YHBA 4FW2A 2YKMA 4CERA 4OVLA 3OYDA 4DU1A 4ELTA 4DTXA 3I0SA 1RDAA 4RW6A 2VG7A 3TAPA 3T19A 4CEQA 1FKPA 3CFRA 3PX6A 2IAJA 1HPZA 1UA1A 4CEEA 3SQ0A 1K6YA 3AO3A 4HUGA 2GBZA 1VK0A 3TANA 3D0PA 3QEVA 1LV5A 2KTQA 1VSHA 3L2WA 3AVGA 4KV8A 4FK4A 1C1CA 3SNNA 1IKXA 3T3FA 3P5JA 4M3TA 2FBYA 1IO2A 4CECA 3KLFA 1U4BA 2OYQA 1RDDA 1XHZA 4E1NA 3VA0A 4AILC 4F4KA 4HHTA 1DTQA 3KD5E 4J2BA 4E0DA 4PWDA 3KLGA 1TGOA 3MEDA 1XHXA 1JLCA 4LH5A 2Y1JA 3AVJA 1SUQA 1U47A 3DLGA 1GOCA 3TWHA 2R7YA 4CJSA 2OPQA 1S1TA 1L3SA 1IKWA 4CESA 4KKOA 4FLWA 2HB5A 3SV3A 4E3SA 2D0AA 4B3OA 4DSLA 3M8RA 2IOCA 3HVRA 3OY9A 2G8KA 4I2PA 4TSXA 3JYTA 3DM2A 3RTVA 4CE9A 4E7KA 3L3UA 3AVIA 4B8CA 3H08A 3ZSOA 1L3TA 4CGJA 3AVLA 3HT3A 2G8VA 4OKEA 2YNIA 4JS4A 4K8ZA 4OLAA 2HHQA 4AH9A 3OYAA 3AVHA 1Z25A 3NFAA 1RCHA 2FBTA 4OKJA 4MQ3A 1ITGA 1UOCA 2O4GA 2X6SA 3VQ8A 5HRSA 4DQRA 3ASMA 4DTJA 3U3GA 3SI6A 4FJ7A 3TAQA 1A5VA 1LAWA 1WSHA 2EX3A 2DTUA 4GW6A 1BIUA 4DFKA 4M41A 1G15A 3V9WA 3ZT0A 1TK0A 1SV5A 3AVMA 4CJUA 4CGGA 2HHSA 4KTZA 1NK5A 1JKHA 2XRIA 1Q9YA 1F21A 4LY7A 2IDOA 4WE1A 4CEDA 3LWMA 4FLXA 1Z26A 2B4JA 3QEIA 3TAFA 1NJYA 3ZT4A 1Q9XA 3VQAA 4BE2A 2XY5A 4M45A 3OYGA 4B08A 4DSEA 3V9XA 4CF8A 2HVIA 3ZSWA 1SL1A 3NAEA 4EP4A 2HNZA 1RBVA 4W5TA 3QLHA 3OS0A 3MEEA 2HMIA 5HRRA 1RTJA 4C8OA 4ZHRA 4JRQA 3O4NA 4M3RA 4Y1DA 2OPRA 4OGEA 4CF2A 3HVTA 1U45A 1S1WA 2DFEA 4Z0UA 1KFSA 3O3HA 3HM9A 1C1BA 1REVA 1EXQA 1LAVA 3MXMA 4CGFA 3QERA 3SQ1A 1HJRA 1LWCA 4FJGA 3HJFA 4R5PA 4FM0A 3AVNA 5CYMA 1S1XA 1VSFA 1TKXA 3BGRA 3L3VA 2XO7A 3V9UA 1NOYA 4FJ9A 1A5XA 1S9EA 3D45A 5KI6A 2E6MA 3HO1A 4CJEA 4FVMA 1CZBA 3L2RA 1HQUA 3DLRA 1VRUA 1KVCA 4BWJA 4NCGA 1C0MA 2YNGA 1QE1A 1T7PA 4KB0A 3QIOA 4HUFA 1W9HA 1O1WA 1XC9A 2NUBA 1TKTA 3NF9A 3DMJA 1SKWA 4B8AB 3OYKA 1J9AA 4DQPA 3LWLA 4DU3A 4JRPA 1TK8A 3AA2A 4CIGA 1B92A 3F73A 3P83D 4BE1A 2IC3A 5DK5A 2P5GA 3ALYA 4AHCA 4CEBA 1JXEA 1JLBA 4O4GA 1S6PA 4DSJA 1VSEA 5HRPA 4FJIA 4FLVA 1D9FA 4BWMA 4DQSA 1GOBA 3C94A 3AVFA 3ZSZA 3NH1A 4Z4CA 1L5UA 4FLYA 4E7JA 1WSEA 1QSLA 4MFBA 4J2DA 4NCBA 3ZT3A 5C24A 3VQCA 4CHQA 3SPZA 3M8SA 3L2QA 4DFMA 4CGDA 3QNNA 3TAEA 4DQIA 1BGXT 4IFYA 4DTNA 3AA5X 1CZ9A 3QETA 2HHVA 1EKEA 4EZ9A 2B6AA 1RBTA 1RDBA 3DRSA 2DFHA 1LW0A 4ID1A 4O55A 3ZSVA 3PV8A 3RR8A 4RW7A 3S3MA 4FJ8A 4M3UA 4KFBA 4KTWA 3ZSQA 3DOLA 4CJTA 4UQGA 4BDZA 3ZT1A 1RT7A 1HYVA 3G0ZA 1YT3A 4W5RA 1SL2A 4QCLA 3CFOA 1IKYA 1C0TA 1C0UA 1WAJA 3LP1A 4C8KA 4KTQA 3DLBA 3KLIA 1RT1A 3OYLA 4CF0A 4BDPA 1HRHA 2VG6A 5D3GA 3IG1A 1WNSA 3CM5A 3G10A 4DSKA 3HP6A 4CJ5A 4EP5A 3ULDA 1ZBLA 4B9UA 4DSFA 1T03A 4DWIA 3OVNA 3SV4A 4FZZA 1FK9A 2W42A 5I3UA 3PO4A 5KGWA 5FRMA 1U49A 2RPIA 3AO1A 1TL1A 1VSLA 2FBVA 4CJ3A 3OS1A 3VQBA 2JLEA 4DF8A 1HQEA 1NKEA 4CJKA 3TAMA 1TK5A 2QKKA 2X74A 2YNHA 3IRXA 2KQ2A 1ZBIA 4N41A 3K5MA 4DTUA 5SWMA 1N6QA 1KVAA 2RN2A 4RW4A 4PQUA 4J2EA 2F96A 1N5YA 2XY8A 4I9QA 3K5OA 1NJWA 1NK7A 2PYLA 3C6TA 3V4IA 1D8YA 4CEZA 1WLJA 1S6QA 3QINA 1DLOA 1WN7A 4OKKA 1LWFA 1SL0A 2ZD1A 4IBNA 4W5NA 1QS4A 1KTQA 1NJXA 4OGCA 1JLFA 3V6DA 4CGHA 1QTMA 3SUOA 4KHSA 3PUFA 3KLEA 1BIZA 1QSSA 2BGGA 3DOKA 2PZSA 3TARA 2GUIA 3KD1E 4LSLA 1TVRA 1RNHA 1VSIA 3K2PA 3V9ZA 5C25A 4FJKA 5E41A 4CK1A 3DI6A 4CJFA 2RKIA 1DTTA 3LP2A 1JLQA 3AVKA 4NCAA 2ATQA 2HNDA 3CM6A 1JL1A 1ASUA 4CEOA 4HVJA 4FJNA 4DSIA 3SUNA 2YV0X 4KB1A 4I2QA 1RT3A 5KRSA 4HTUA 3RMAA 4FXDA 3E01A 1NK6A 3VQ7A 4L8RB 4F3TA 4Q0BA 4ID5A 3S3NA 3L2VA 1FXXA 3ISNC 4CFBA 1RTHA 3OYFA 3AVCA 3S9HA 3VQ9A 4KHNA 3VQ6A 3PX0A 4CEFA 4BACA 4E7HA 3V1OA 3NF6A 3NGIA 4N76A 1D9DA 3ITHA 1KRPA 4H4OA 4AHUA 3DYAA 1NK8A 1L3VA 1EETA 1RTIA 4IFVA 4F8RA 1TL3A 2YNFA 5J2MA 1NK9A 4CCHA 1KLMA 2BE2A 2A1RA 3BDPA 3VA3A 3HP9A 4CJPA 4RW9A 3AV9A 4E7IA 3F9KA 4KPYA 2Z1JA 2QK9A 3NDKA 1NOZA 1SKSA 5HROA 3KJVA 1CXQA 3RMBA 2FC0A 3C6UA 4AHRA 3ZT2A 3AA3A 2I5JA 1I3AA 3AO5A 4YNQA 1IH7A 2Y1IA 4Z4HA 1L3UA 5DMRA 1ZBFA 3OYHA 3MXIA 4C8MA 3I0RA 1X1PA 4B9TA 4C8NA 3OJSA 1BI4A 4CJ4A 2IGIA 4PA1A 3EY1A 3B6PA 2OPSA 3KK2A 2KFZA 4CHZA 3KK3A 3SQ4A 3M8QA 4CJLA 4ZTFA 3WNFA 1VSJA 1RT5A 3CQ8A 3SCXA 2ZE2A 2D0BA 1RILA 4CF9A 3RMDA 3IS9A 3C95A 2E6LA 4FK2A 4RG8A 3AO4A 1JLGA 2XY7A 3O4QA 1RBSA 2Q3SA 3MEGA 4E89A 4O0IA 4FJJA 4FM1A 1QQCA 3K5LA 4FJLA 3RR7A 3VQ4A 4W5OA 3VQ5A 3NH2A 1RDCA 3SYZA 4DTOA 4XIUA 3NCIA 4DTSA 3TI0A 1TKDA 4CFDA 5KTQA 3OYNA 1EP4A 4DTRA 2D0CA 2YHAA 2FBXA 2HNYA 3QIPA 1BQMA 4CIFA 4Z4IA 3LZJA 5SZTA 4CF1A 1S5JA 3QEXA 3V81A 1HMVA 4IG0A 3DLEA 1J5OA 3FFIA 5HLFA 3O3FA 1JXBA 2DY4A 1TAUA 3OYEA 4DFPA 4KI4A 4Q5VA 4FLUA 3EYZA 1RT4A 3QO9A 4DFJA 1NJZA 3T1AA 3LALA 4AHVA 5I42A 1BCOA 2ZQBA 3UIQA 4M3ZA 3SZ2A 1J54A 4LH4A 1S1UA 3VQEA 4DQQA 1MU2A 2G8WA 3WNHA 3U3YA 3I8DA 3V1RA 4E1MA 3WNEA 1Y97A 2OZSA 1B9DA 4DG1A 4Z4EA 4CHPA 3HK2A 4IDKA 3NHGA 4RW8A 1RBRA 3QEPA 2G8HA 2OPPA 3ZSXA 4FLTA 1KSPA 4EZ6A 2X78A 1CXUA 4AHTA 3K5NA 3KLHA 1NK0A 4KI6A 4M3XA 4FYDA 3PX4A 1NKCA 4B9SA 4DU4A 1YVUA 2P5OA 2Z1GA 5CZ2A 2KZZA 4DS5A 3RRHA 3RWUA 3NGYA 2A1SA 4KO0A 1S9GA 2VWJA 3VQDA 5CYQA 1WSFA 4I9LA 3JSMA 4KHUA 1BCMA 4CGIA 3SQ2A 3KTQA 5J2NA 1HNVA 3TABA 4N47A 4FJXA 5T7BA 2HHTA 2G8FA 3DLHA 1QHTA 3NE6A 2E4LA 3AA4A 4CK2A 3PO5A 3WNGA 4K8XA 1U48A 1I39A 4QOZB 4DLGA 1UAXA 5HRNA 4OPJA 2XY6A 3LPUA 4CHOA 3RMCA 3THVA 4W5QA 1UA0A 1HYSA 2GV9A 1KFDA 1GOAA 4FLZA 1C1AA 1VSDA 3NBPA 3ZSRA 5EU7A 3NH0A 3V9SA 2KFNA 3VN5A 4OLBA 4H4MA 3SPYA 2P51A 1JLEA 4J2AA 1C6VA 3OYIA 3LDSA 2HW3A 3AVAA 2HVHA 2VG5A 3A2FA 2XHBA 1W0HA 1VRTA 4Y1CA 3MECA 4LD0A 4HCBA 1EX4A 3V1QA 1IG9A 2PY5A 2QKBA 4M3WA 4N56A 3CYMA 1WAFA 1B9FA 4CHYA 3HYFA 4QAGA 4CFAA 1CLQA 3DLKA 1WSIA 4O0JA 3HPOA 4KREA 1YTAA 1LW2A 1RT2A 1XWLA 1JLAA 2RF2A 2YKNA 3O3GA 3OS2A 5FDLA 4B9NA 2F8SA 2D5RA 4B9VA 3OYJA 1BISA 3KKRA 3LAMA 4O5BA 1NKBA 1R0AA 3NF7A 3ZCMA 2F8TA 3NGZA 2HHWA 2KW4A 4PY5A 4F3OA 4ICLA 1BQNA 2AJQA 4PUOA 2ITGA 4B9MA 3HPGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V1RA 1BYMA 3TR8A 3EGUA 1ZYQA 1JJ2S 4ELUA 4XH5A 2CH5A 2GUPA 2MCNA 2RH2A 1DEJA 2RQTA 1Q82C 5C6SA 3I8BA 4FIBA 3AHUA 3SFMA 3SUPA 2ZJQL 1JL2A 1TV6A 1YJ9N 3CC7N 2W0ZA 4ME7A 3V7DB 3CBOA 1NMNA 4PKGA 5LMNK 4Z4FA 2LSNA 1VQMQ 4WFBL 4EHTA 1SSFA 4AFSC 1X01A 2M0OA 3D2FA 4OMPA 2O31A 5CKDA 1A5WA 5ELZA 2IS3A 3SBGA 4FM2A 1FKOA 2IIMA 1DGKN 2CZ1B 2LQ8A 2ETJA 2HKNA 1VQPA 2M02A 4LF8K 3HPWA 1QP2A 5M1QA 2K5LA 1N8RR 4A62A 3I55N 4BRCA 4RCHA 4RCCA 3DJCA 3FFKB 4N5SA 2IPOB 4KT0E 1N32K 1QMCA 4BC4A 1VQ8Q 2QEXT 4G1QA 2MZWB 3EG1A 3ZSYA 4M7YA 4F2RA 1DKGD 3H6EA 5A2QE 2JTFA 1X2KA 4CIEA 2P9SA 3GBTA 1X9WA 2CGHA 4H5TA 2KRNA 5AFUH 3VEOA 3G4SN 3A0IX 1Y96A 4ZN1A 5GAN6 4ISGA 5IREA 4JKHA 5HK0A 4GVMA 4H0YB 1JJ2A 1VYUA 1QW1A 3QUIA 2FSJA 1YFNA 3HHTB 3K58A 1JXOA 3E4WA 2PVDB 3HPHA 3KIOA 1K0XA 2XK0A 4JI5K 2EHGA 3M8PA 1TUCA 4DV2K 2G8UA 2O8CB 1GLCG 3C6OB 1EIFA 1VQ9T 3KVGA 2V8JA 3LGFA 3TEEA 3AARA 4OJRA 3DRPA 3EFOB 4EFHA 2EIFA 2E4HA 4GLMA 3TSPA 4DLEA 3PLAA 5LJ5g 3OYBA 4A5AA 4M78D 5K14A 2BE7D 3P1GA 3G25A 3VQQA 2HQEA 1X9MA 3QNOA 1J53A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CHO A;  3RMC A;  3THV A;  4W5Q A;  1UA0 A;  1HYS A;  2GV9 A;  1KFD A;  1GOA A;  4FLZ A;  1C1A A;  1VSD A;  3NBP A;  3ZSR A;  5EU7 A;  3NH0 A;  3V9S A;  2KFN A;  3VN5 A;  4OLB A;  4H4M A;  3SPY A;  2P51 A;  1JLE A;  4J2A A;  1C6V A;  3OYI A;  3LDS A;  2HW3 A;  3AVA A;  2HVH A;  2VG5 A;  3A2F A;  2XHB A;  1W0H A;  1VRT A;  4Y1C A;  3MEC A;  4LD0 A;  4HCB A;  1EX4 A;  3V1Q A;  1IG9 A;  2PY5 A;  2QKB A;  4M3W A;  4N56 A;  3CYM A;  1WAF A;  1B9F A;  4CHY A;  3HYF A;  4QAG A;  4CFA A;  1CLQ A;  3DLK A;  1WSI A;  4O0J A;  3HPO A;  4KRE A;  1YTA A;  1LW2 A;  1RT2 A;  1XWL A;  1JLA A;  2RF2 A;  2YKN A;  3O3G A;  3OS2 A;  5FDL A;  4B9N A;  2F8S A;  2D5R A;  4B9V A;  3OYJ A;  1BIS A;  3KKR A;  3LAM A;  4O5B A;  1NKB A;  1R0A A;  3NF7 A;  3ZCM A;  2F8T A;  3NGZ A;  2HHW A;  2KW4 A;  4PY5 A;  4F3O A;  4ICL A;  1BQN A;  2AJQ A;  4PUO A;  2ITG A;  4B9M A;  3HPG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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