4HCBA

The metal-free form of crystal structure of e.coli exoi-ssdna complex
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
470
structure length
462
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENLPSFRLEHLTKANGIEDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with the single strand DNA
rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
total genus 168
structure length 462
sequence length 470
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2012-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4hcbA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4hcbA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hcbA01
1JKHA 5J1EA 3VQ8A 4DFJA 5FDLA 4KB0A 1BISA 1BGXT 4CEEA 1IKXA 3M8SA 3QEVA 5T7BA 3TABA 1UA1A 3AVHA 1LWEA 2IGIA 1RNHA 3SJJA 3TAGA 4FLUA 1VSDA 4F2RA 4FJMA 3L2WA 3LP2A 2YNFA 4CHOA 3K58A 3B6OA 2XO7A 3SPYA 4I7FA 1LW0A 2QKKA 3SQ4A 1J53A 4E19A 4J2DA 3T3FA 1TL1A 4Z4FA 4KTZA 3V1RA 2HVHA 4OKKA 1QSSA 2O4IA 5DK5A 3VQ7A 1ZYQA 1ASVA 4CIGA 1L3UA 1T03A 2HHTA 3KLHA 3KTQA 4E89A 3AVNA 3VQDA 4QOZB 2FBXA 1TKDA 2YHBA 3KLFA 3L2VA 1NJZA 3LANA 5CZ2A 3E01A 2RF2A 1WSFA 3DMJA 3SCXA 3PO4A 4ELUA 3A2FA 4LY7A 4FJLA 1QHTA 5CY4A 3O3GA 3QETA 4ZTFA 1CLQA 3V81A 3TI0A 3P1GA 5KGXA 3DYAA 1LV5A 4NCGA 4HUFA 4FJ7A 4DTOA 4IBNA 4JRPA 3PX6A 4M45A 3AA5X 4DLGA 3SQ1A 1NK8A 3M8PA 4KB1A 4E7IA 1IKWA 3VQ6A 1U45A 3HVRA 4HCBA 2P5OA 3OS0A 1L3VA 4O0IA 3JSMA 2KTQA 1BL3A 1HYZA 4AHUA 2GBZA 3F9KA 4GW6A 4FLXA 2VG7A 1JLCA 4FLWA 4E7KA 4B9TA 1WSIA 4W5QA 3V9SA 4FJJA 4KI6A 3AVJA 3OYMA 3K5MA 1S6PA 3PX4A 1HQEA 3AO2A 2F96A 1C1AA 1J54A 1IH7A 1LWFA 1A5VA 3AV9A 3ASMA 3ZSQA 2DTUA 1KTQA 4PY5A 1VRTA 3U3GA 3RR7A 4AILC 1FK9A 3IRXA 2G8FA 1NOZA 5K14A 2YNGA 1QQCA 1RT3A 4ICLA 1TK8A 1BI4B 1KLMA 3ZSZA 4XIUA 2RN2A 4I2QA 3K5LA 1RDAA 1TGOA 1R0AA 1S1WA 4CJPA 4DTRA 3WNHA 3SPZA 1N5YA 3KD1E 3DLBA 3HPHA 4Q5VA 4CFBA 4O4GA 3NF6A 4J2AA 4CEZA 1U04A 1RILA 2D0BA 4OPKA 1T05A 1IG9A 4FJIA 4N5SA 2D0CA 4KFBA 2VG6A 4QAGA 3NGYA 2YNIA 1L3SA 1T8EA 4CECA 4CHNA 1J9AA 5CYQA 1U47A 3BGRA 4CF1A 4BWJA 3ZT3A 1NKEA 2P51A 4HUEA 4O0JA 1QSLA 3KK1A 4CFAA 5KTQA 4LSLA 4DQSA 2XY6A 3SUPA 4CJSA 2VWJA 1HYVA 4DTMA 4CEOA 4CGHA 3RMBA 1BIZA 2OPPA 4JS4A 2G8VA 2PYJA 1RT7A 3QINA 3ZT1A 1XHXA 2YKNA 1BQMA 1D9FA 4JRQA 1LWCA 1JLAA 3CFPA 2XY7A 4CJ5A 1REVA 1NK9A 1RT4A 5HP1A 3ALYA 1UAXA 4CGIA 2HHWA 1IKYA 4B9UA 4RG8A 3OJUA 4FK0A 1VSFA 3QIOA 3L3UA 5EU7A 5I42A 1HQUA 4KHUA 2QXFA 1DLOA 4ID5A 4K8XA 1S1VA 4Z4GA 2BGGA 3I0SA 4FK4A 2PZSA 3O4QA 3K5NA 3QEPA 1C6VA 5I3UA 3PY8A 1VSJA 3AA3A 3OJSA 2VWKA 4CGJA 2ZQBA 3CFOA 1S6QA 3KLGA 4WE1A 3IG1A 1RBTA 3WNEA 2WOMA 4F3OA 3RRGA 1O1WA 4DTUA 3U3YA 1RT5A 4ELTA 1WNSA 4N56A 3K57A 3L2RA 3ZCMA 3PX0A 3D0PA 1WSJA 3ZSOA 4FLTA 3VQEA 1B9FA 2RKIA 4IG3A 2XY5A 1SL2A 3V1QA 2X78A 3KLEA 4CJLA 1L3TA 3WNFA 1D8YA 4Z4EA 4K8ZA 3DRRA 4NCAA 4M3WA 3OYNA 3LZJA 3AVIA 4O5BA 1KCFA 3TAMA 4CHPA 4KHQA 5J2MA 2B5JA 4CHQA 4DS5A 1A5XA 4PQUA 3HP6A 4M3TA 4KV8A 1ZBFA 3SQ2A 3SV3A 5HRRA 2DFHA 4EP5A 3OYJA 1U4BA 4F4KA 1ZBIA 1TV6A 1NK6A 1YVUA 2KZMA 3THVA 3DLGA 3CM5A 2BDPA 3PV8A 4KAZA 1JL1A 2E4LA 3O3HA 1S1UA 3RRHA 4UQGA 4CESA 1LAWA 2DFEA 3MEDA 5SZTA 2XHBA 4B9NA 4N41A 1EP4A 4FJXA 1XC9A 1CZ9A 2Z1JA 4ID1A 3VQ9A 1KSPA 1S5JA 4KI4A 4OLAA 1S9GA 2OPQA 1TKTA 3C95A 1HNVA 3DLRA 4CERA 4NYFA 4DSLA 1U49A 1TAUA 4DU3A 3KIOA 4I9LA 5J2QA 4B8CA 4R5PA 3UIQA 3G0ZA 2OA8A 2Z1IA 3AVMA 1Q9YA 2PY5A 3P83D 3VQCA 1S1TA 4FLYA 4L8RB 1WAJA 4AHRA 2ITGA 1SL0A 1J5OA 2AJQA 4OJRA 1NJYA 1U48A 3V9ZA 4YNQA 3LPUA 3QEWA 4BE2A 2G8KA 1RBRA 4FZXC 1NK5A 1VSHA 3PUFA 1K6YA 4CGGA 1I3AA 3EZ5A 2KZZA 1WN7A 4N47A 4AHSA 4RW7A 1X9MA 4FJ5A 3KKSA 3MEEA 2A1RA 4KHSA 2KW4A 5SWMA 4B8AB 4O55A 4CEFA 1G15A 1W0HA 4TSXA 4Z0UA 2KQ2A 4E1MA 3MXMA 1XWLA 4F3TA 3HT3A 4OKEA 3DM2A 2XRIA 3ZSRA 4Z4CA 3VA0A 3MAQA 3G10A 4CJFA 1F21A 2ETJA 2HHQA 3OY9A 4B08A 4PWDA 4MQ3A 1RDCA 1Q9XA 4M3XA 1X1PA 4FK2A 1UOCA 5KGWA 3ZT2A 2Q3SA 4IFVA 3AVGA 3MEGA 1RT2A 2FBTA 1JXBA 4CK3A 2X6SA 4BACA 2HNDA 1ZBLA 1RDBA 3PO5A 3AVAA 4CEDA 4HCCA 3LAKA 3NBPA 3NF7A 3OYLA 4KTWA 1GOCA 3HK2A 5CYMA 3JYTA 4BDZA 2P5GA 1WLJA 1SV5A 4DFPA 4DSKA 4DTNA 4C8KA 4M3ZA 4H4MA 2P1JA 3AA2A 4DTPA 4B3OA 1S1XA 4I2PA 4F8RA 2G8UA 2GUIA 3KJVA 3CFRA 3TWHA 2G8WA 2IS3A 4FVMA 3OS1A 3NE6A 3L2UA 2D0AA 2VG5A 1TK0A 3MECA 4CJQA 3OYIA 1NOYA 1ZBUA 4NCBA 3NH1A 4AHVA 1RT6A 2NUBA 1RBUA 3QEIA 1I39A 4C8OA 2OZSA 3O3FA 4DLEA 1RTIA 2YV0X 3HL8A 3SUQA 4AHTA 4DTXA 3V9XA 3V9UA 4BE0A 2KFZA 3CYMA 4I9QA 3L2QA 1RDDA 3VQAA 3AO4A 1SKRA 1TK5A 3KK2A 3OYHA 1NK0A 4CJTA 1SUQA 1FKPA 2BE2A 2ZD1A 3IS9A 4IFYA 3ZT0A 2WONA 5KRTA 3SZ2A 3HP9A 3V6DA 4EZ6A 3LP0A 3QLHA 4C8MA 5J2NA 3S3MA 4DF4A 3DI6A 3ZSXA 4B9VA 3LZIA 3NAEA 4CHZA 1C0MA 5HRNA 3C6UA 4HTUA 1TL3A 4CGDA 4DMNA 4LH4A 1X9WA 1B9DA 1WSHA 3RWUA 3OYEA 3OYGA 3NCIA 5FRNA 3QO9A 2HHVA 3HPGA 1IKVA 1BCMA 4ZTJA 4CJKA 4W5TA 1GOAA 5C42A 4M42A 4FJNA 4FLZA 2R7YA 4M3YA 2HHXA 4PA1A 3NGZA 3MXJA 4E1NA 2FBYA 2Y1JA 4IG0A 3HYFA 4KPYA 4CFDA 3C6TA 1BQNA 3B6PA 4OGEA 3TAQA 3ZSYA 1A5WA 4FM2A 4CF8A 3FFIA 4PUOA 4Y1CA 2FBVA 3VQ5A 3SYZA 3MXIA 4Q0BA 4CJVA 1D9DA 1NJXA 2Z1HA 4LD0A 4BDPA 1FKOA 1BCOA 3DOKA 4EZ9A 1D5AA 1TAQA 3VQBA 1KVAA 4M41A 3RR8A 1GOBA 2RPIA 1CXQA 1RBVA 2JGUA 4CHYA 1SKWA 3KLIA 4YFUA 1RTDA 3DLKA 3QIPA 4RW4A 1JLBA 3TAFA 4E7HA 4H8KA 4BWMA 3TANA 3RMDA 3I0RA 1QS4A 1VSMA 3V9WA 5J2PA 2I5JA 1JXEA 1BHLA 3VN5A 3H08A 4IDKA 3VQQA 4B9SA 4CCHA 4IKFA 4LH5A 3AVBA 1RCHA 4OPJA 3OYAA 1KLNA 3NF8A 2HW3A 1RBSA 1ZBHA 4CK2A 3DRSA 3HM9A 4FW1A 4CFCA 3LP1A 4DFMA 1S9EA 1DTQA 4CGFA 4DSFA 4M3RA 4CF9A 3L3VA 3LALA 3AA4A 4NYNA 3KD5E 1WSEA 5D3GA 1SL1A 3QERA 2ATQA 4E7JA 1QE1A 4FM1A 4ZHRA 5DMRA 2G8IA 3CQ8A 1IO2A 2Z1GA 3C94A 1QSYA 4FZYA 4KTQA 4J2EA 4DQRA 3KK3A 2E6LA 4FCYA 3VA3A 1X9SA 2HNYA 4M3UA 5HRPA 3SI6A 3RMAA 1YTAA 1VK0A 2E6MA 2OPRA 5C24A 4CEBA 4FM0A 3S3OA 4KHWA 3AO5A 2KFNA 4FJ8A 3SUNA 3AVKA 4DQPA 2B4JA 5HLFA 4F2SA 3NHGA 2HHSA 3HXMA 1VSLA 1HMVA 2X74A 3SQ0A 3CM6A 4OVLA 2YNHA 3LWLA 2PYLA 2F8SA 3HVTA 3LAMA 1HJRA 4E7LA 3HO1A 4DQIA 3LWMA 3NDKA 4DU1A 2XY8A 1UA0A 1JL2A 4DG1A 4FJ9A 2HHUA 2B6AA 4QCLA 3EY1A 4C8LA 4CEQA 3BDPA 3OYKA 1C0TA 2DY4A 2O4GA 3DRPA 1XHZA 1CXUA 1HNIA 2ZE2A 1KVCA 3TARA 1EXQA 2GV9A 4O44A 4FYDA 3F73A 1YTUA 2D5RA 1RTHA 3TAEA 2FC0A 4FLVA 4JS5A 3U6FA 4DQQA 3OS2A 1LAVA 4LSNA 1NK7A 1N6QA 1QTMA 3EYZA 4Z4IA 4CEAA 4H4OA 4DSEA 2X6NA 3TR8A 1RTJA 3SUOA 1ASUA 5JS2A 4OGCA 3ITHA 3VQ4A 3RTVA 1KVBA 4CJWA 1Z25A 4CIEA 1KFDA 3ZSWA 4BDYA 3QESA 2HMIA 4ELVA 4HUGA 3NGIA 1JLGA 1DTTA 1WSGA 1TVRA 1KFSA 5KI6A 2DFFA 4DF8A 3DOLA 4E3SA 1NKBA 1YT3A 1CZBA 4J2BA 3T19A 3DLHA 3DLEA 4AH9A 4DSJA 3NH2A 2QKBA 2Y1IA 3LDSA 1KRPA 2IAJA 4DS4A 2EHGA 5FRMA 4KREA 1XI1A 1WAFA 2QK9A 4FJHA 3K2PA 4C8NA 1LW2A 1SKSA 1B92A 3NH0A 2OPSA 3NF9A 3QEXA 1JLFA 4FW2A 3T1AA 4CJ3A 4G1QA 1C0UA 4HHTA 4BE1A 3V1OA 4FJKA 4KRFA 4OLBA 1VSIA 4FJGA 3AO3A 1L5UA 4DTSA 5C25A 5JS1A 1NJWA 3ISNC 3CG7A 2YKMA 1RT1A 2A1SA 1EX4A 4KKOA 1HRHA 3LPTA 1JLQA 3OYCA 2HNZA 4DWIA 4CIFA 4FZZA 1HPZA 3HPOA 1BIUA 5E41A 1EETA 3ZT4A 1W9HA 3OYDA 3M8RA 4B9LA 4E0DA 1Q8IA 4KHNA 4GMJB 1NKCA 2LSNA 4W5NA 3P5JA 4RW6A 2G8HA 1Y97A 3AO1A 3WNGA 3SV4A 3ULDA 4DTJA 1ASWA 3K5OA 1EKEA 3O4NA 1VSKA 3L8BA 1BI4A 1Z26A 3QNOA 3S9HA 1TKZA 3QNNA 4N76A 4AHCA 4KHYA 2EX3A 4GVMA 3K59A 1JLEA 2JLEA 3AVLA 3HSTB 4B9MA 5HRSA 4RW8A 2F8TA 5HBMA 4CJUA 3RMCA 3NFAA 2IC3A 1ITGA 2BANA 4JLHA 4CE9A 4W5OA 2W42A 2OYQA 4FXDA 3M8QA 1T7PA 2IDOA 2HB5A 3KKRA 3IAYA 4RW9A 3OVNA 1VRUA 4CJRA 4CJEA 3TAPA 3OYBA 1C1CA 1UWBA 1VSEA 2IOCA 4KO0A 4CF2A 3AVCA 3V4IA 2YHAA 3I8DA 3S3NA 3D45A 4HVJA 3OYFA 4CJ4A 5HROA 2OZMA 4EP4A 4Y1DA 5KRSA 3AVFA 3VQPA 1MU2A 4CF0A 1TKXA 4Z4HA 4DU4A 4DSIA 3ZSVA 4CK1A 2HVIA 4OKJA 4W5RA 4DFKA 5CZ1A 5FROA 1FXXA 3LP3A 3SNNA 1C1BA 3HJFA 4MFBA 1HYSA 1NK4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DPPB 3M55A 1AD5A 2RI2A 4WCIA 3M0RA 1BGXT 2JZ2A 1OKJA 3AAQA 1VYUA 4CZMA 2V51B 3I33A 2YB5A 1JJ2A 4M7AA 1LWEA 5KYUB 3JB9G 1TOVA 3J7YP 3DKMA 1W70A 1DKGD 3TAGA 3CMEA 2O8FB 4ATOA 4XU1A 4F2RA 4KGZB 4CVNE 1WGSA 1NBEB 3X26B 2YHYA 3UO3A 4MZMA 4H0VB 2CH6A 1PWTA 4DV4K 3TPQA 3DXMB 3SPYA 1X01A 4I7FA 1O9SA 2KRSA 2QKKA 4OB0B 4OMOA 4ZGEB 4DR1K 4J2DA 3QHSA 1FZ0E 4FIBA 1VQKA 4CZIA 2HVHA 1QSSA 3FZFA 2HL3A 1NU0A 2DD5A 4CIGA 3OTOK 4DBRA 1HYOA 3J7ZO 2CSIA 1L3UA 1M1KO 3KTQA 1WX6A 5J39A 4CI0C 1ZA2B 1HKGA 2HF4A 2FBXA 1MHYG 4M7AG 5CKFA 1TKDA 1W1FA 2NUTB 5CCAA 1GL5A 4KT0E 4CZLA 3SCXA 1Q82R 1WSFA 2A42A 4JK7A 5E26A 1M1FA 5AFUH 2JM9A 3QETA 3OMGA 3VUZA 3DYAA 2HQXA 3PSIA 4WFAL 4DHYA 5E84A 1I81A 3PX6A 3JCMd 3SQ1A 3ER0A 5DLQE 3AY9A 2J6OA 2Y4YA 2UYTA 1W2BP 5C2DA 1NJIO 1SHFA 1GLJO 4ZNXA 4KB1A 2E1ZA 3H8ZA 2DYIA 3OS0A 2MYSA 1VQ9T 4J7IA 4AHUA 3F9KA 2LNHB 3M58A 3PVQA 1JLCA 1T3VA 2ZF5O 3C65A 1DJ7B 3OYMA 3K5MA 1VQNQ 2E65A 3CCLA 3SMPA 3PX4A 2HZYA 2E1YA 3O8VA 1HSQA 2ROTA 1HQEA 2F96A 1C1AA 3ASMA 4I6MA 3I55N 3ZSQA 3I55Q 1QVGP 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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