4HCB | Genus

Total Genus 168

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	168
sequence length	470
structure length	462
Chain Sequence	QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENLPSFRLEHLTKANGIEDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase/dna
molecule keywords	Exodeoxyribonuclease I
publication title	The structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with the single strand DNA rcsb
source organism	Escherichia coli
total genus	168
structure length	462
sequence length	470
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date	2012-09-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00929	RNase_T	Exonuclease
A	PF08411	Exonuc_X-T_C	Exonuclease C-terminal

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.1280.70	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Monooxygenase	Monooxygenase	4hcbA03
2.30.30.450	Mainly Beta	Roll	SH3 type barrels.	SH3 type barrels.	4hcbA02
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4hcbA01

1B9DA 3L3VA 1BGXT 5HLFA 1X9SA 2PZSA 4LD0A 3ZSZA 3HK2A 4CHQA 1WSHA 2Z1HA 4ZTFA 4JS4A 2YHAA 4M42A 1QS4A 1R0AA 4HUFA 1Z25A 4M3XA 1UWBA 2RF2A 4F4KA 3B6PA 4KHWA 2F8TA 3EZ5A 3EY1A 4FJ5A 4OPKA 3AVKA 2IGIA 3OYKA 1KVBA 3KLEA 4OGCA 3IG1A 2D0CA 3QEVA 3I8DA 3QERA 4OLAA 2XY5A 3C6TA 3RR7A 1JXBA 3ZCMA 1VSMA 1IKXA 1FK9A 3VQPA 4O55A 4O0IA 3PV8A 4L8RB 1TGOA 1KLNA 2Z1IA 5KRSA 1VSJA 3KTQA 3BGRA 5HROA 4KHSA 2RPIA 3V9XA 3OJUA 1LWEA 3VQ9A 3QNOA 1C6VA 3AVAA 3AVNA 4HTUA 4FJHA 1TKTA 1HYSA 3K58A 2G8KA 1RBSA 4KHYA 1A5WA 2OPRA 3NF7A 3LANA 4MQ3A 3AVBA 3WNHA 3VQEA 4R5PA 4XIUA 3KLGA 4KAZA 4B08A 2HHXA 4CGIA 2GBZA 4Z0UA 1KVCA 3C95A 2P1JA 4UQGA 4DTUA 3S3OA 4DTRA 1NJXA 3CFPA 5J2NA 4EP5A 4E1MA 4Z4HA 3WNEA 1VSLA 3CQ8A 4CJ3A 4F2RA 1NK7A 4E3SA 3LAKA 2VG7A 4CEFA 3AA2A 1VSIA 4B9UA 3DM2A 4FM2A 1RDBA 3V1RA 1J53A 4FVMA 4OPJA 3PX6A 5DK5A 2OZMA 4DSJA 3IAYA 1SV5A 4NYFA 4JRPA 4RW6A 4CJEA 3QESA 2HMIA 2HW3A 5FROA 1HMVA 2YNGA 3QLHA 5HBMA 4AHVA 3VQCA 4FJNA 1QQCA 2YNFA 4OKJA 4CF8A 4K8ZA 2XRIA 1TKZA 2HB5A 3MEEA 4BWMA 4CFBA 4BDZA 2QKKA 2PYJA 1RTHA 1HPZA 3OS0A 3MEDA 4N76A 4FJJA 2ZD1A 2GUIA 1NOYA 2BANA 1Q8IA 5C42A 2O4IA 5KI6A 3LPUA 3K5LA 1RT6A 3KK1A 3OYIA 2QK9A 4CEBA 3V81A 2Z1JA 1B9FA 3LZIA 3LAMA 2RN2A 2IC3A 1JL1A 3ZT1A 1KSPA 4FJ7A 4DFMA 3HO1A 1KCFA 2OPQA 3TWHA 3VQAA 3F73A 4FM1A 4ELUA 2KW4A 1KFSA 1TL1A 3NGIA 1RT4A 3TAFA 2Q3SA 4I2PA 3VQ8A 4B9VA 1BIZA 1D8YA 5J1EA 4ELTA 1IH7A 3V9WA 3DYAA 1ASWA 4CHYA 1VSFA 3H08A 4ZHRA 1BCMA 2WOMA 3NH0A 4CFAA 5I3UA 3MECA 4G1QA 3SV4A 3DLKA 1LWCA 4CJUA 2E6LA 3CFRA 1L3TA 4Q0BA 1RDDA 4FLVA 3HPHA 3TR8A 3SI6A 2PY5A 4KB0A 1NJWA 4JS5A 4F3TA 4DSLA 4AHCA 3LALA 1IO2A 4AHUA 4FJ8A 5DMRA 1JLAA 4AHRA 2DTUA 4LH4A 3SUQA 4FJ9A 1S1TA 2FC0A 3DLGA 3DMJA 3DRPA 3MXIA 4B9MA 3NGZA 3CM6A 3SPYA 4HHTA 4CJRA 1HNIA 2YV0X 3ISNC 3KK3A 1T05A 4CGFA 1SL2A 3VQBA 4I9QA 4OGEA 3VN5A 4CCHA 3IS9A 1DTTA 4CIEA 4CJKA 3G10A 3OS2A 4ELVA 3P83D 3ZT3A 2D5RA 2DFHA 1TK0A 3OYLA 1BI4B 5J2MA 4KRFA 4CK1A 3SQ0A 4O5BA 1VRUA 1JL2A 4RW4A 3KD5E 4M3TA 1UAXA 4F8RA 3D0PA 3SV3A 1W9HA 3S3NA 4KTWA 3SQ2A 1REVA 4E89A 1G15A 4N47A 5E41A 3E01A 1QSLA 4CGDA 4FXDA 3ZSXA 3OYHA 3OVNA 4OLBA 1GOCA 3KKRA 3QIPA 1HNVA 1S9GA 4I7FA 2YNIA 3L2WA 3VA0A 3SCXA 1NK0A 4K8XA 4NCBA 3HSTB 1TKXA 2JLEA 4C8LA 1C0UA 1VSEA 3HYFA 4DSIA 4WE1A 4CESA 1TVRA 1ASUA 4Z4IA 1IKVA 3AA5X 4JRQA 2ATQA 3L2VA 1XHZA 1WLJA 1O1WA 3NCIA 4CF2A 1NJZA 4CK2A 3PY8A 4N41A 1JKHA 1RDAA 3VQQA 3ZSVA 4BE1A 1U47A 3VQ4A 3JSMA 4H4MA 1TL3A 2HVIA 3K59A 4CGJA 1ZBIA 4ID5A 4BE2A 4FLYA 4NCGA 1CZ9A 4FW1A 3LWMA 2XY7A 1C0TA 3QEWA 1JLQA 5I42A 4F2SA 2KFNA 4BE0A 3AO3A 2YKMA 3ZSRA 4FZXC 3L2QA 4KV8A 3HT3A 5HP1A 4I2QA 4YNQA 1KTQA 3RTVA 4DWIA 4W5OA 3B6OA 3PO5A 4PA1A 3K5MA 5JS2A 3PO4A 3QEXA 4HVJA 4FLUA 2X6NA 5SWMA 1Y97A 3KLFA 3V1OA 2YHBA 1C1BA 4DTXA 4FK4A 3LWLA 5HRSA 2Y1JA 1WN7A 3S3MA 4KI6A 4HCBA 4DF4A 1MU2A 3AVIA 1J9AA 1S5JA 1XWLA 1BI4A 3ZSOA 4DMNA 4W5QA 4E7KA 3O4QA 3TANA 2D0AA 5C25A 3L2RA 3CM5A 1WAJA 4H8KA 4HUGA 4GW6A 4HUEA 4E0DA 2ZQBA 1UA1A 1L3VA 3KD1E 3TAMA 4KI4A 1NK5A 1ITGA 2RKIA 3QO9A 2YNHA 4OKEA 4CEOA 1NKCA 4FJGA 4CEDA 1YTUA 2X74A 3KLIA 5C24A 3C6UA 4Q5VA 1KLMA 3NAEA 1LW2A 1YT3A 4NCAA 4CEAA 2EX3A 2HNZA 3HM9A 4KHNA 3NFAA 3D45A 4GMJB 2A1SA 4C8OA 2FBTA 3G0ZA 2JGUA 3ZSYA 3AA3A 4CJLA 4DTNA 3QEPA 1U4BA 1QSYA 1RT7A 3V9SA 4Z4EA 2OPPA 1WNSA 3CYMA 3PUFA 3OYBA 1ZBHA 3V6DA 5JS1A 4CFCA 1WSJA 4YFUA 2HNYA 3O3HA 4BACA 4W5RA 4DS5A 2HHVA 2KFZA 2Z1GA 4LY7A 3LP0A 3VQ5A 4CK3A 1SUQA 4Y1CA 1IKWA 4LH5A 3DLHA 1BCOA 3KJVA 2ZE2A 1BIUA 4CE9A 3OYNA 4IKFA 1RT2A 1LAWA 3TAEA 4AHSA 4DLGA 3SZ2A 1DLOA 1HYZA 5CYQA 3O4NA 1HQEA 3A2FA 4DTMA 3NH1A 5HRPA 1VSKA 1ASVA 1BL3A 3DI6A 4CF9A 1ZBUA 1T7PA 1S1UA 4C8MA 2AJQA 4GVMA 1CZBA 3LP2A 3NGYA 2W42A 3ALYA 3SPZA 3SYZA 2IAJA 3V4IA 4KKOA 3OY9A 3ZT2A 3F9KA 3VA3A 3ZSWA 2HHSA 3LDSA 4CJSA 1TAUA 2YKNA 4FYDA 1KFDA 4IG0A 2NUBA 2BDPA 4E1NA 3OJSA 3QNNA 4B8AB 1UOCA 4KO0A 1GOAA 3V9ZA 1T03A 3SNNA 1XHXA 3T3FA 4B9SA 1F21A 3AVMA 4CEQA 3NF6A 3ZSQA 4CFDA 4LSLA 4B9NA 4CHPA 4PQUA 4FZYA 1WSEA 4M45A 4DSFA 4CF1A 4DU1A 1I39A 4QAGA 3RWUA 1JXEA 1VSDA 3VQ6A 3ITHA 3HJFA 2A1RA 4CHOA 1J54A 4M41A 1RT3A 4CIFA 4B3OA 1RT5A 3HL8A 4DQIA 1RCHA 2FBXA 2XY8A 1RBTA 3SQ1A 2O4GA 4OVLA 1A5VA 3K5OA 5CZ1A 4DTJA 1U48A 4KTQA 4E7IA 3SUNA 1Q9XA 1T8EA 2OYQA 4TSXA 3NH2A 4CIGA 5KRTA 4E7LA 2BGGA 3ASMA 3SUOA 3P5JA 1NKBA 3HVTA 4CJTA 1NKEA 1HRHA 3RRHA 1HQUA 4O4GA 3IRXA 3TABA 2G8IA 2OPSA 4Z4FA 4EP4A 5SZTA 3QEIA 2B6AA 5KGXA 1A5XA 3VQ7A 4DG1A 1N5YA 1LW0A 3KIOA 3HXMA 4FM0A 3T1AA 3PX0A 3QIOA 3O3FA 1NK8A 4M3YA 4W5NA 1FKPA 2WONA 3NF8A 4N56A 3HPGA 4AH9A 4J2EA 4CGHA 1X9WA 4RW8A 1W0HA 4KTZA 5D3GA 2KZZA 1KVAA 4HCCA 1C0MA 4JLHA 3WNFA 2P5OA 4FLWA 1TK5A 1NK9A 4IFVA 3AVJA 2KQ2A 1QE1A 3TAPA 2ITGA 4CJ4A 4IDKA 4CEZA 4AILC 1NOZA 2FBYA 1D5AA 1EX4A 3K5NA 5KTQA 3S9HA 1DTQA 4BWJA 4RW9A 2F8SA 2E4LA 3RR8A 4FJMA 4M3ZA 1CXQA 3V9UA 3V1QA 5T7BA 4DU4A 2E6MA 5J2QA 1BQMA 1RDCA 3AO2A 4Z4GA 2X6SA 4DTSA 3SJJA 1YTAA 4BDYA 3I0RA 3K57A 4ZTJA 1HJRA 4EZ9A 2HHQA 2P51A 3P1GA 4I9LA 3C94A 3AVLA 1TAQA 3L8BA 4DTPA 4CJQA 1S9EA 3O3GA 3LZJA 1TKDA 3L3UA 2VG5A 4IG3A 1SL1A 3OS1A 3DLEA 3HP9A 1RTIA 3THVA 3RMCA 1IKYA 1NK6A 1CLQA 1XI1A 1QHTA 1JLEA 1L5UA 3AVCA 4IFYA 2OZSA 4QCLA 2LSNA 1D9DA 1I3AA 2KTQA 3AVFA 3DOLA 5CZ2A 3UIQA 3MXMA 3AO1A 4FK2A 4FCYA 4KHQA 4DFJA 1SKWA 2B4JA 3M8PA 4J2BA 4E7JA 1JLFA 5KGWA 4AHTA 1WAFA 3FFIA 2VG6A 3OYMA 1JLGA 1IG9A 1QSSA 4QOZB 2FBVA 2I5JA 1SKRA 1LAVA 3OYDA 5J2PA 1U45A 4FJKA 5FRNA 1FXXA 1RTJA 3MEGA 3OYCA 4Z4CA 3KLHA 1GOBA 4N5SA 3AA4A 3M8SA 3M8RA 3MAQA 1U49A 2G8UA 2HHTA 3U3YA 3LP1A 4CJWA 4J2AA 1L3SA 1EP4A 1RNHA 4DQRA 3RMBA 1VK0A 1ZBFA 2G8FA 3NHGA 5FDLA 1EKEA 1JLBA 2PYLA 1WSGA 5EU7A 1N6QA 4PY5A 1C1AA 4B8CA 4E7HA 1SKSA 4KPYA 4M3WA 4CJFA 3DRRA 3CFOA 3HPOA 3JYTA 3BDPA 1S6PA 1VSHA 4O44A 2HNDA 3OYJA 1BQNA 2QXFA 3HP6A 2HHUA 1C1CA 1UA0A 4E19A 2IS3A 1RBRA 4O0JA 3U3GA 2BE2A 3NDKA 3QETA 2DFEA 2ETJA 3TAQA 1TK8A 3PX4A 5HRNA 4FW2A 4DQQA 1L3UA 3DLBA 2VWKA 4MFBA 2Y1IA 3NE6A 1X1PA 4FLXA 3LP3A 2XO7A 4CJ5A 4F3OA 4CJPA 1X9MA 1EXQA 1NK4A 1U04A 4DSEA 4J2DA 2D0BA 4KFBA 3WNGA 4CHZA 3CG7A 2X78A 3DRSA 1CXUA 3AVHA 3KK2A 4FLZA 4KHUA 2XHBA 2KZMA 2OA8A 4DFKA 4CHNA 1B92A 4PUOA 4C8NA 4FJXA 4DTOA 3RMAA 3TAGA 4W5TA 3M8QA 3AV9A 1EETA 4B9TA 2HVHA 5HRRA 1ZYQA 4H4OA 2VWJA 4C8KA 1LV5A 2B5JA 1KRPA 1VRTA 3ZT4A 4CF0A 2DFFA 3MXJA 3OYAA 4DLEA 3NF9A 3TI0A 1RBVA 3OYEA 3VQDA 4FJIA 4CECA 2G8WA 3I0SA 2DY4A 2GV9A 4DFPA 4DF8A 1Q9YA 1WSIA 3EYZA 2G8HA 4ID1A 4FK0A 4PWDA 5CY4A 4Y1DA 1WSFA 4DU3A 1S6QA 3L2UA 3SQ4A 3TARA 3LPTA 4ICLA 4BDPA 1BISA 1RT1A 3K2PA 4CJVA 1LWFA 2F96A 1ZBLA 1FKOA 1D9FA 4OKKA 4RW7A 4DSKA 3RMDA 4EZ6A 4KREA 3AO4A 2G8VA 4DQSA 3SUPA 4M3RA 2HHWA 1Z26A 4FJLA 1S1XA 1XC9A 2R7YA 1RILA 3ZT0A 3T19A 1SL0A 2QKBA 1QTMA 3NBPA 3KKSA 1YVUA 3AO5A 4M3UA 1NJYA 2IOCA 3RRGA 4OJRA 3QINA 4LSNA 4CEEA 1TV6A 3OYGA 4RG8A 1J5OA 2EHGA 4FZZA 3OYFA 5K14A 4IBNA 1HYVA 1RBUA 3AVGA 2XY6A 3HVRA 3U6FA 3DOKA 1S1VA 1JLCA 1RTDA 2IDOA 4DS4A 4KB1A 1K6YA 4NYNA 4CGGA 4CERA 3DLRA 4FLTA 2P5GA 4B9LA 4DQPA 1S1WA 5FRMA 1BHLA 5CYMA 3ULDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2LQKA 1B9DA 5HLFA 1X9SA 4LD0A 3HK2A 5BPMA 4CHQA 1XVDE 4JS4A 1ZUUA 4F7UA 2CZ6B 2DD5A 1PCXA 3UPUA 3VS1A 3CD6T 4M3XA 4YY3K 2KNBB 4F14A 2KR3A 1UWBA 4X9DA 2KMTA 2CGLA 3B6PA 2FRYA 2F8TA 2K5SA 3EY1A 4KRTA 4FJ5A 2NUTB 1TUUA 1ZXOA 2EYWA 3U23A 3AVKA 2IGIA 4OGCA 5M9OA 2D0CA 4CZGA 4RTZA 4IXCA 2HL3A 3P31A 1VQ8Q 3QERA 3J7YP 2XY5A 3RR7A 3ZCMA 2L3SA 2JTMA 2MIOA 2X4XA 1FK9A 3HZ6A 4O55A 3VOVA 1M1FA 2EQIA 2LTOA 1TGOA 1XVEE 1VSJA 3PFSA 4JI1K 3INZA 3PNWC 1TU0B 2NUPB 4A4GA 4NS5A 3VF2A 2EYXA 3V9XA 1N1CA 1YJWT 1LWEA 1ATSA 5C15A 3QNOA 2CGJA 3L0MA 1N33K 1HYSA 2AZVA 3TSWA 1A5WA 1HX1A 3EGDB 1NGHA 3AVBA 4R5PA 4XIUA 2K3YA 3C7NA 1KD1O 3A0IX 2BUPA 2GBZA 4CGIA 2M0OA 5FU6B 3P4IA 2P1JA 1VQKT 2OTJN 2L3RA 1YHQA 5J2NA 4Z4HA 3WNEA 3CQ8A 1X3NA 4CZMA 2DRKA 4E3SA 3LAKA 3E1SA 3AA2A 1VSIA 2EJGA 2KHOA 2QWMA 4B9UA 2DILA 4CJ7A 2HHHK 1AWWA 4JI0K 3V1RA 4FVMA 2YWWA 4AFUC 5CK9A 3OW2A 2DBKA 5EC7A 1SV5A 4NYFA 4RW6A 4AFQC 2FF3B 4CJEA 5GANh 5BPNA 2FL7A 3CJBA 2NUTA 2VJ5A 1NYFA 2EYQA 4OKJA 1QVGA 3VQCA 3GE1A 2QKKA 1TKZA 1Q82U 1D4XA 4M75C 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2L3R A;  1YHQ A;  5J2N A;  4Z4H A;  3WNE A;  3CQ8 A;  1X3N A;  4CZM A;  2DRK A;  4E3S A;  3LAK A;  3E1S A;  3AA2 A;  1VSI A;  2EJG A;  2KHO A;  2QWM A;  4B9U A;  2DIL A;  4CJ7 A;  2HHH K;  1AWW A;  4JI0 K;  3V1R A;  4FVM A;  2YWW A;  4AFU C;  5CK9 A;  3OW2 A;  2DBK A;  5EC7 A;  1SV5 A;  4NYF A;  4RW6 A;  4AFQ C;  2FF3 B;  4CJE A;  5GAN h;  5BPN A;  2FL7 A;  3CJB A;  2NUT A;  2VJ5 A;  1NYF A;  2EYQ A;  4OKJ A;  1QVG A;  3VQC A;  3GE1 A;  2QKK A;  1TKZ A;  1Q82 U;  1D4X A;  4M75 C;  4RMO A;  1Q86 U;  4ILG B;  1I4K 1;  4KH6 A;  2P1O B;  4KT0 E;  1HPZ A;  4LFA K;  1VYU A;  2VWF A;  2QDL A;  2EBP A;  3MED A;  1AWO A;  4FJJ A;  2GUI A;  3QDR B;  1Q8I A;  2O4I A;  3DXM B;  3VTH A;  5KI6 A;  3K5L A;  2JWK A;  3FE1 A;  1BG3 A;  3KK1 A;  2JT4 A;  2RJE A;  4AQY K;  3OYI A;  1YJN A;  1GFC A;  1VQP A;  4CEB A;  2NUP A;  1ZHI A;  2D4W A;  3FB9 A;  2RN2 A;  1ZC6 A;  2UXB K;  3QSU A;  4DFM A;  3QBW A;  4JI3 K;  3PE0 A;  5BPL A;  2VCP A;  3SHW A;  4I6J B;  4FSS A;  1QCN A;  4FYV B;  4J9D A;  4ELZ C;  4ATO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4HCBA

Total Genus

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