4HCCA

The zinc ion bound form of crystal structure of e.coli exoi-ssdna complex
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
470
structure length
465
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with the single strand DNA
rcsb
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 165
structure length 465
sequence length 470
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2012-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4hccA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4hccA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hccA01
1NK7A 4QOZB 4CECA 3ZSYA 4CJUA 3DYAA 3NHGA 1BQNA 3QLHA 3AO3A 4LH4A 2DFEA 1CXUA 2FBVA 4QAGA 3L2RA 4CJWA 1NKBA 3OJSA 2DY4A 4FJ7A 2Z1JA 4B9VA 3T3FA 5DK5A 2Y1IA 1XHZA 4KHSA 3ZSOA 1EETA 4LSNA 1RDAA 2DFFA 3QETA 4PWDA 1RTHA 1VSFA 2XO7A 1WSFA 3L8BA 3RRHA 3SCXA 2HVIA 2X74A 3L2VA 3SQ4A 1TK5A 4DSLA 4F4KA 1SL2A 4KHWA 3V1QA 2VWJA 1NJXA 5SZTA 4L8RB 4O4GA 5CZ1A 1T8EA 1TKZA 4RW8A 2HHWA 3QEXA 1JLCA 3DOKA 1S6QA 3HPHA 4G1QA 4HTUA 4K8ZA 3AV9A 4DQIA 3AVCA 3VQDA 3TAFA 1FKOA 4NCAA 3M8QA 4H8KA 4I9LA 4W5NA 4EP5A 1ZBIA 3CM6A 4KI6A 4HCCA 3KLGA 1BL3A 3IG1A 4Y1DA 4F3OA 4J2AA 3NF6A 1NOYA 1BI4B 1RT2A 3KLIA 4FYDA 1VSKA 2O4IA 3AA4A 3KLHA 2OPPA 3O4QA 4N41A 4CJQA 3NFAA 3DI6A 4FJNA 3SQ1A 2RPIA 2G8HA 3TAMA 3PO4A 4CHYA 2IAJA 2PYLA 1Z25A 2Z1GA 3QIOA 1ASVA 2HNDA 3SNNA 3ISNC 2X6SA 5FRMA 3HSTB 3LAMA 2HW3A 1CZ9A 4KI4A 4KTZA 4LY7A 4BACA 4XIUA 1T7PA 5CY4A 3DRSA 5KRTA 2E6MA 1C0TA 1W0HA 1BI4A 3DLRA 2F8SA 4RW9A 4FJ9A 3NGIA 1BISA 1RILA 2D0AA 4HCBA 4E3SA 4DSKA 1QQCA 2DFHA 3SUQA 3OYBA 1NOZA 3PUFA 4CF8A 5HRSA 2F96A 5KTQA 3RTVA 2PY5A 4DLGA 2HHQA 3TABA 2OZMA 1UA0A 1KRPA 3VA0A 1WN7A 4IFYA 4CEZA 1X1PA 5J1EA 4AHRA 1LWFA 4CJLA 1RTDA 4ICLA 4BDYA 4ELVA 1VRTA 2P51A 3VQAA 4FJXA 5FRNA 3DM2A 1RDDA 1UOCA 3SUNA 4FJKA 4DTMA 4M3TA 2DTUA 3LWMA 2A1RA 1HYSA 1S5JA 3DRPA 3P5JA 3JYTA 4M41A 3KLEA 4IKFA 2G8IA 4O5BA 1WSHA 3B6OA 2AJQA 3OYDA 3AVHA 5SWMA 4BE2A 3PV8A 1VSEA 3QNOA 2IC3A 4I7FA 3RMCA 1J9AA 3LALA 1RBSA 4I9QA 1Z26A 1JLAA 5I3UA 2HHUA 3O4NA 1JLGA 3SQ0A 1SUQA 4CHOA 3D0PA 4N5SA 2VWKA 3WNGA 1RT4A 1TVRA 4E7IA 4RW4A 1DTTA 3AO2A 3LDSA 3MXJA 4Y1CA 4M3UA 1VSHA 5D3GA 4CEBA 2HHTA 4B9MA 4E7HA 3V1RA 4FZZA 2GV9A 1HNVA 4H4MA 2D0BA 1Q9XA 3NCIA 3U3YA 2XY8A 1KVAA 3CFPA 4M3RA 1IKYA 4M3WA 1C6VA 3SUOA 1VSJA 4KKOA 5J2MA 1REVA 3MAQA 4KB1A 3HJFA 2IS3A 3MEGA 3ZSXA 1TL3A 4AILC 1YTUA 4KHYA 4Z4CA 4PA1A 1NK8A 1QSSA 4OPJA 3M8RA 3SV4A 3PX0A 4DTNA 2A1SA 4CFBA 2RF2A 1RBRA 1BQMA 4CE9A 5J2PA 3DLKA 4AHUA 1ZBLA 2R7YA 4W5QA 3L3VA 3LP1A 1GOBA 1TKDA 4E0DA 2RN2A 3AO1A 4J2EA 1TKTA 1J53A 1YT3A 1LV5A 3AO4A 5HRPA 4CEFA 1C0UA 4CJFA 4LH5A 4CK2A 1QS4A 1ZBHA 3VQ7A 4CFCA 4F3TA 4IFVA 3CM5A 4B8CA 2OYQA 2Z1HA 3OYMA 1SKRA 1ITGA 3DMJA 4ID5A 3BDPA 4C8MA 3V1OA 1GOAA 3VQBA 3AVNA 1JXBA 4CGFA 3HVRA 2XY6A 1QSLA 3PX6A 3B6PA 4CF1A 2G8UA 3PY8A 1U45A 4B9SA 3AA5X 2BANA 4RG8A 4FLWA 4CJEA 1W9HA 3LP0A 3ZSQA 1FK9A 2Q3SA 3QO9A 1SKWA 1J54A 3OYIA 3MECA 5EU7A 1RT7A 3O3GA 4Z4IA 2KQ2A 4JLHA 1RT5A 4LD0A 4ELUA 2PZSA 4DLEA 4J2DA 5K14A 3L2WA 4DTUA 2YV0X 3TAGA 2KTQA 1YTAA 5C24A 3ZT3A 4FJMA 1C1CA 3NF7A 5CYQA 3OYLA 1LAVA 1U48A 1RCHA 3T1AA 4DG1A 3DLGA 3DRRA 3LANA 2RKIA 1ZBFA 4FLYA 1C1AA 2X78A 4I2PA 1EX4A 5DMRA 4N76A 1L3UA 1LWEA 2D0CA 3K5MA 4CJVA 4DSJA 1TGOA 3S9HA 4OGEA 4OJRA 1IH7A 4IG0A 1YVUA 4Z4GA 1WSJA 4TSXA 4W5TA 3WNEA 3SJJA 2ZD1A 2JLEA 3ZT2A 4DSIA 4GW6A 3V6DA 3HXMA 5FDLA 3O3FA 4DFJA 2BDPA 1JLQA 3TAPA 1X9SA 1JL1A 1Q8IA 4CERA 1JL2A 1U4BA 1BHLA 3AVMA 4FK2A 3K57A 4MQ3A 3V81A 3VQ8A 1S1XA 1U47A 1X9WA 1DTQA 3OVNA 3QEIA 3LPTA 1ASUA 4KRFA 5J2QA 1JXEA 3AA3A 2YNGA 4DTJA 2VG6A 3AVFA 4DFKA 2QKBA 3LP2A 2HHVA 4CJTA 3LWLA 2X6NA 3NBPA 3QIPA 1RTJA 4DF4A 3NF8A 3T19A 1IKXA 4M42A 4C8NA 3SUPA 4EZ6A 2F8TA 4CJSA 4F8RA 4OLAA 2B6AA 2YKMA 1KLNA 1L3VA 1HQUA 4Z4HA 1HPZA 3RR8A 5J2NA 3CYMA 3HO1A 2BE2A 3KD1E 1JKHA 3ZSZA 4BDZA 3AO5A 4DF8A 3LZIA 2P5OA 4Q5VA 3AVLA 4CEQA 1N5YA 3SPZA 5C25A 1TV6A 5C42A 4MFBA 4DTPA 1MU2A 2JGUA 4IBNA 3OYFA 4HUFA 5HRNA 2G8VA 4F2SA 3ITHA 3KIOA 1UAXA 1UWBA 4E1NA 4FW2A 2EHGA 4OKEA 4N47A 4DS4A 4EZ9A 1A5WA 3C6UA 4FM2A 3OYKA 4HHTA 3QERA 3HPGA 4DFMA 1KLMA 1KTQA 1NK4A 1HRHA 1SV5A 3V9XA 5JS1A 3RRGA 3HK2A 4CJRA 1EXQA 4FJ5A 1N6QA 3O3HA 3IRXA 5FROA 3JSMA 3EY1A 4C8OA 3NF9A 1BCOA 4IG3A 4OGCA 4M3ZA 3CG7A 2O4GA 3K2PA 4F2RA 2OPRA 4B9LA 4CF2A 4CJPA 4R5PA 4CK1A 4DMNA 4KREA 4OKKA 3SQ2A 1I3AA 1NKEA 3NH1A 1GOCA 2KZMA 2KW4A 2D5RA 4CGHA 3NGYA 3VQQA 1D9DA 4FJIA 4JRQA 1VSIA 3KK3A 4CHZA 1B92A 4B3OA 1S1WA 1XHXA 2P1JA 3OJUA 3NDKA 3IAYA 1S9GA 4FLTA 2HHXA 4OVLA 4BE0A 1I39A 4FLXA 4FLVA 1TAUA 2ETJA 3MXMA 4AHCA 1X9MA 4BE1A 2QK9A 1VRUA 3V9UA 4E7KA 3OYAA 3DLEA 1U04A 3TANA 4ELTA 4KHUA 1HQEA 2HB5A 3K5OA 1S1UA 3MEDA 3NAEA 1VSDA 5E41A 3NH2A 4Z0UA 1FXXA 3EZ5A 2NUBA 3OYGA 3HT3A 1ZYQA 1HMVA 4GMJB 1CLQA 2WONA 4CJ5A 5T7BA 1F21A 4B08A 5HROA 4NYNA 3VQCA 4JS5A 3K59A 3AVIA 4FJLA 4CEOA 1Y97A 4ZTFA 3CFRA 4CJ3A 3TWHA 3S3NA 4FLUA 4O44A 4DFPA 4FZYA 4BWMA 3K5LA 4CGJA 2ZQBA 4PY5A 1TAQA 2OPSA 1KFDA 3HL8A 1LW2A 5HBMA 1CZBA 4BWJA 3V9WA 2G8WA 1WAJA 3ZT0A 4E19A 3HVTA 4CEAA 3DLHA 1TK0A 2ZE2A 4DU4A 4DTOA 4KB0A 2KFNA 1LWCA 1WLJA 4CHQA 4FLZA 1KCFA 4OKJA 4C8KA 4OLBA 2LSNA 1IO2A 1L3SA 1SL0A 2ATQA 2FBYA 2QKKA 3HM9A 4DU3A 3KD5E 1BIZA 4Q0BA 1KVBA 2XY7A 5CYMA 3AVJA 1EP4A 3KTQA 5CZ2A 4DWIA 4KPYA 1WNSA 2YNHA 4CF0A 2HHSA 1FKPA 3OYCA 2YHBA 3KKRA 4JRPA 3ALYA 3KJVA 3AVAA 2G8FA 1S1TA 4AHSA 4O0JA 4AH9A 3RMDA 5HRRA 1LW0A 2E6LA 1RBVA 1XWLA 4CFDA 3QINA 5KI6A 3SPYA 1D5AA 4DQQA 3OY9A 1BCMA 4HUEA 2YNFA 1WSGA 1VSLA 3V9SA 1U49A 1NKCA 1IG9A 2BGGA 2W42A 1JLBA 3VN5A 3G10A 1JLFA 4M45A 4WE1A 4FCYA 1JLEA 3CFOA 3VQ5A 1BIUA 2QXFA 3TAEA 1RTIA 1NK5A 4CF9A 2GUIA 1G15A 2I5JA 3P1GA 3M8SA 2B5JA 4KFBA 4DQPA 4C8LA 2FBTA 3LAKA 2WOMA 2VG7A 3PX4A 1HJRA 1J5OA 4CGDA 3OS2A 3EYZA 3U6FA 3TI0A 4FJHA 4B8AB 4FW1A 3E01A 3QEVA 3SI6A 1KSPA 2FBXA 4HVJA 3OYHA 1KFSA 1ASWA 1ZBUA 4CEEA 3WNFA 3VQ6A 3LPUA 2HNYA 4CHPA 3ZSRA 4KV8A 4M3YA 3RMAA 2XY5A 3THVA 1T05A 3C95A 2GBZA 3CQ8A 1NJWA 2IDOA 4CGIA 1DLOA 3OS0A 1B9FA 1TK8A 4KTWA 3NGZA 3QEPA 2HNZA 3D45A 1XC9A 2OA8A 4KTQA 1O1WA 1RNHA 3UIQA 4NCBA 3OS1A 3LZJA 4FJ8A 2HVHA 1SL1A 4M3XA 1B9DA 5I42A 1D9FA 1TL1A 4E7JA 4YFUA 4YNQA 2Y1JA 1NK6A 3H08A 3S3OA 1UA1A 4NCGA 3DLBA 4B9UA 3SV3A 1S9EA 2OZSA 3V4IA 4KHNA 3A2FA 1S1VA 1RT1A 3K58A 4KAZA 3AVGA 4K8XA 2ITGA 4E89A 4FK0A 3ZT1A 2IOCA 1QTMA 3K5NA 4UQGA 4B9TA 4OPKA 1C0MA 3VQ9A 4DTSA 4CEDA 3S3MA 4FK4A 1RT3A 3KKSA 4FVMA 1HYZA 3ASMA 2YHAA 5JS2A 2XHBA 3RR7A 4HUGA 5HLFA 4DQSA 1R0AA 2P5GA 3AVKA 4FM1A 3VQEA 3SZ2A 4DSEA 3PO5A 4FXDA 4IDKA 4ID1A 3I0RA 2EX3A 3TR8A 4CK3A 4O55A 4FJJA 1C1BA 1QE1A 2FC0A 2VG5A 3KK2A 1NJZA 1RT6A 4DSFA 4I2QA 4H4OA 5KGXA 3C6TA 1VK0A 4DQRA 4CJKA 3OYEA 3L2QA 4CIEA 3QNNA 4RW6A 1SKSA 3RWUA 1BGXT 1HNIA 4CIFA 1XI1A 1WAFA 5HP1A 3KLFA 5KGWA 4FJGA 3ULDA 3AA2A 1NK9A 1IKWA 3M8PA 4W5RA 3HPOA 3RMBA 1IKVA 2KFZA 1NK0A 1RBTA 1S6PA 4FM0A 1LAWA 1VSMA 4J2BA 1RDCA 4CFAA 4ZHRA 3I8DA 3HP9A 3HYFA 4DS5A 3KK1A 3ZSWA 4Z4EA 5KRSA 1WSIA 2Z1IA 3MEEA 3VQ4A 3SYZA 4Z4FA 4AHVA 3L2UA 3ZSVA 3QEWA 4DTXA 3WNHA 4N56A 4CHNA 3ZT4A 1WSEA 4LSLA 3F73A 1CXQA 4NYFA 4KO0A 1L5UA 1Q9YA 1A5VA 3HP6A 1A5XA 3P83D 3C94A 4DTRA 3QESA 1NJYA 2PYJA 3VA3A 1T03A 3F9KA 4CJ4A 3U3GA 2YKNA 2OPQA 4KHQA 4PQUA 3LP3A 3NH0A 3VQPA 4CIGA 4W5OA 4JS4A 2IGIA 3MXIA 4B9NA 4GVMA 4E1MA 1KVCA 3AVBA 2XRIA 4DU1A 1L3TA 4CGGA 4O0IA 3V9ZA 4PUOA 4BDPA 4FZXC 4QCLA 4ZTJA 1TKXA 2YNIA 2G8KA 3FFIA 1EKEA 3ZCMA 4CCHA 1RBUA 3I0SA 3DOLA 3L3UA 4AHTA 4CESA 1QSYA 3G0ZA 4RW7A 3TAQA 3TARA 4EP4A 2B4JA 1K6YA 2KZZA 3OYNA 2HMIA 1D8YA 1HYVA 3IS9A 2E4LA 4E7LA 3BGRA 3NE6A 1RDBA 1QHTA 3OYJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V7ZA 1FZHE 5IN1A 3NHGA 4C1NK 3QLHA 2DZ9A 3RSEB 3HTRA 1CXUA 2K3XA 2BH1A 4X64K 1NKBA 2DY4A 4HXJA 1LCKA 4OF1A 3C7NB 4CBUA 4DCHA 2O31A 3H46O 1OOTA 1XQHA 3CD6A 1RDAA 4LSNA 2DFFA 2CKKA 5KYNA 2FSNA 4Q5WA 2X74A 4F4KA 4KHWA 3PLAA 2D0NA 2MAMA 4L8RB 1KG1A 4O4GA 1T8EA 2AKLA 4RW8A 2WTUA 2HHWA 3DOKA 4G1QA 4YDUC 3TAFA 1N36K 3BDUA 3CCMN 1D1BA 4PKCC 4EIAA 1OH8A 4H8KA 4M7DE 3C4SA 3GBTA 2CZ6B 3CM6A 2PFTA 4HCCA 3KLGA 1BL3A 3IG1A 5LJ3e 3WXLA 4CZGA 4PJOE 1TYQA 3NF6A 4GV6A 1OVQA 1VSKA 1VQMA 3AA4A 2UXBK 2GNCA 2OPPA 3O4QA 4MDWA 1NG2A 4EMHA 3JCMe 2FO0A 2YHTA 3CCLT 3DI6A 5CE3A 4WFBL 5CQXA 4J8OA 1NGGA 4CHYA 1JW2A 2DL7A 1HNWK 1QWEA 3G71N 2Z1GA 5FU6C 3QIOA 1YJ9A 1ASVA 2ZPIB 3CCJQ 1T6DA 3LAMA 2DIQA 4JK8A 1WXBA 5FU6B 4KTZA 2WUSA 2P1OB 4BACA 1PKSA 2KYMA 2CZ0B 2MYSA 1SHFA 2EWSA 2YJFA 3KHYA 1Q95G 1W0HA 1ZX6A 1BI4A 3O4WA 4FJ9A 1W97L 2JZ2A 4Z89A 1UGVA 2ABLA 2DFHA 1MMAA 2E1YA 2YRCA 5KTQA 3K2OA 2D8HA 2PY5A 2HHQA 4HKEA 5GIPA 2LCSA 1QQNA 5J1EA 1TU0B 4AHRA 1LWFA 1VQ8Q 3LDBA 2RM4A 5AQSA 3BF1A 1VRTA 2EBPA 2NLUA 2O01E 4QVDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2DIQ A;  4JK8 A;  1WXB A;  5FU6 B;  4KTZ A;  2WUS A;  2P1O B;  4BAC A;  1PKS A;  2KYM A;  2CZ0 B;  2MYS A;  1SHF A;  2EWS A;  2YJF A;  3KHY A;  1Q95 G;  1W0H A;  1ZX6 A;  1BI4 A;  3O4W A;  4FJ9 A;  1W97 L;  2JZ2 A;  4Z89 A;  1UGV A;  2ABL A;  2DFH A;  1MMA A;  2E1Y A;  2YRC A;  5KTQ A;  3K2O A;  2D8H A;  2PY5 A;  2HHQ A;  4HKE A;  5GIP A;  2LCS A;  1QQN A;  5J1E A;  1TU0 B;  4AHR A;  1LWF A;  1VQ8 Q;  3LDB A;  2RM4 A;  5AQS A;  3BF1 A;  1VRT A;  2EBP A;  2NLU A;  2O01 E;  4QVD A;  1QVG S;  4FJX A;  1K9M R;  2DTH A;  2HQE A;  3NTH A;  4MDX A;  1RDD A;  4MLE A;  3CPW P;  4C8Q A;  1KC8 C;  2H3G X;  4LFB K;  2VQF K;  1WQ7 A;  3DRP A;  3C0B A;  3E9L A;  1RAF B;  2PNI A;  4QNC A;  3G6E Q;  1FZ4 E;  2A6A A;  4L6V 5;  3AGK A;  1U2V B;  2O4X B;  2C0I A;  4Z88 A;  2JN0 A;  3BP8 A;  3H6E A;  4I7F A;  2LF3 A;  1RBS A;  3LLR A;  3VKI A;  3CXC P;  3SQ0 A;  3O4N A;  4CHO A;  5C2D A;  3KUF A;  4B6M A;  4X62 K;  1KAY A;  3CCM T;  2E41 A;  4DV3 K;  1RT4 A;  1TVR A;  4E7I A;  1GBQ A;  1DTT A;  3AO2 A;  5E26 A; 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