4HCCA

The zinc ion bound form of crystal structure of e.coli exoi-ssdna complex
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
470
structure length
465
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with the single strand DNA
rcsb
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
total genus 165
structure length 465
sequence length 470
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2012-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4hccA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4hccA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hccA01
4L8RB 4CFBA 1RT5A 1Q9YA 3B6OA 3QNNA 1ZYQA 3SPZA 4CE9A 4H8KA 3AVFA 4BDZA 1N5YA 4DFKA 4M3TA 3V1OA 3ZSYA 2AJQA 2HHUA 1RCHA 1BISA 2E6LA 2OPQA 3VQQA 1VSFA 1U49A 1EXQA 3OYAA 3KTQA 2HVHA 4UQGA 1HNIA 4BE1A 4CEAA 1L5UA 4FLUA 1HQEA 4C8KA 3M8QA 4DTSA 1BQMA 1LWCA 3M8RA 4CJVA 3TAGA 3OS0A 1RTIA 4FW2A 4N5SA 4OPJA 3DOKA 4DLGA 5HROA 4IKFA 2X74A 3NDKA 4FLWA 1JLFA 3TR8A 4CF0A 3VQCA 5CYMA 4KB0A 1KVBA 3MXIA 4F4KA 1L3TA 1QHTA 2FBXA 3SCXA 4LSNA 4CGJA 3AVAA 4TSXA 1TGOA 1HJRA 4M42A 2XY5A 1JXEA 4RW9A 3VQ5A 3K57A 4DS5A 1MU2A 3PO5A 2IOCA 2B5JA 2JLEA 3DLKA 2X6SA 3VQEA 1XI1A 1S1WA 2VWKA 4Q5VA 3OYKA 3U6FA 1SKWA 3TWHA 4FJKA 2HHSA 1LAVA 4DQSA 3AVLA 4OGEA 4CJ5A 1X9WA 4I7FA 4B9LA 1UOCA 2JGUA 4B9UA 3V9UA 3HO1A 3KD1E 4FYDA 4CHPA 3EZ5A 3LP1A 4EZ9A 2F96A 1C0UA 1TKTA 2Z1GA 3SQ2A 4M3ZA 3SI6A 1W0HA 3HT3A 3QEIA 1SKRA 3ITHA 5C25A 4KI4A 3SV3A 1GOAA 4KTZA 1NKBA 3AV9A 3OYLA 4I9LA 5J2PA 1NKCA 4BDYA 4FM0A 4FJ5A 4QOZB 4CF1A 1S1VA 3ZSRA 4PWDA 2DFFA 3QIPA 1BQNA 3OJUA 2F8SA 3OYJA 1TKDA 1VSDA 4CF2A 4M3XA 1U48A 4ID1A 2KFNA 1U47A 3LANA 3QEWA 3VQPA 3DLGA 4ZTJA 3OYDA 5HRPA 3ZT3A 3JYTA 3QESA 4O4GA 1WN7A 1WAJA 4NCAA 3HP6A 4CCHA 4K8ZA 1A5VA 1UA0A 1WLJA 4CJUA 2YKMA 3VQ9A 2QK9A 1RBVA 4CGHA 1T05A 3DLHA 3KK2A 4PY5A 2OA8A 4DTXA 1KTQA 3L2WA 4BE0A 3ZT4A 4AILC 4J2BA 3C6UA 5HP1A 4FXDA 4AHRA 1NJZA 3QIOA 3D45A 4KV8A 3T19A 4E7IA 2HVIA 4DU1A 1HQUA 1TAQA 2KQ2A 1K6YA 4N47A 4Z4HA 2B6AA 4CF8A 4YNQA 1KVAA 1IKXA 1T8EA 4CGGA 1NK8A 2IS3A 4LY7A 3L8BA 3HK2A 4I2PA 4Z4GA 1KLMA 1KRPA 2ETJA 2X78A 4Z4CA 4CEZA 3PV8A 2P5OA 4OLAA 3AVGA 2P1JA 2ZQBA 3IS9A 1JLQA 1REVA 1TV6A 4AH9A 4CEQA 4CIEA 2EHGA 3SJJA 2IGIA 5FDLA 1RBUA 3NF6A 4EP5A 3AVCA 3NF9A 4F3TA 3L2VA 3S3NA 1NK6A 1L3SA 3SYZA 4OGCA 1WAFA 5CY4A 5KGXA 4CECA 3NGZA 4DQIA 2G8FA 4O0IA 2BGGA 1GOCA 2XRIA 3HM9A 1NJXA 4RW4A 2RN2A 5KRSA 2E6MA 3LDSA 3O4QA 1X1PA 2Y1IA 4W5RA 1QSYA 3K59A 4JLHA 1DTQA 1RT7A 2VG6A 3OYMA 4CFCA 2HHQA 2PYLA 5J2NA 2KZMA 4DTOA 3AO2A 4CEEA 3SV4A 1C0TA 4E0DA 3THVA 1JKHA 3LZIA 3P1GA 3AVMA 3AVBA 3RR7A 4CJTA 3HL8A 4F2SA 1KCFA 3JSMA 1HMVA 3RWUA 4OKEA 3RRGA 1D5AA 1RDBA 5CZ2A 3L3VA 5CZ1A 3SUOA 3LZJA 3G0ZA 3VQ4A 4CHQA 4BACA 3AVHA 3AA2A 3EY1A 3TARA 4PUOA 1RNHA 2YHAA 3LP3A 4GVMA 2HNZA 3CFOA 3WNFA 2D5RA 1VK0A 4E1MA 1Q8IA 5J2MA 3BDPA 1U4BA 2BE2A 4EZ6A 4F2RA 4YFUA 4Z4FA 1JLGA 3DM2A 4CFDA 1GOBA 2ATQA 1Z26A 3NE6A 3NCIA 3T1AA 1WNSA 4FLYA 1QS4A 1UWBA 4OJRA 1NK9A 1D9DA 4CHNA 3OYCA 3VQAA 4KHQA 3T3FA 4DMNA 2PZSA 3QEPA 3M8PA 4FJGA 4BWJA 4M3WA 1S1TA 4DLEA 1XWLA 3ZSWA 2GBZA 2E4LA 2XY7A 3IG1A 2A1RA 2WOMA 3KJVA 4K8XA 5I3UA 4NYFA 4J2EA 4J2DA 4E3SA 3VA3A 4CGFA 2FBTA 4ELTA 4OKKA 3RTVA 3LALA 4Q0BA 3ZSOA 1Z25A 3P5JA 4OPKA 4W5OA 3K5LA 3QINA 1C0MA 2Q3SA 4E7HA 3ASMA 4NYNA 1B9DA 5J1EA 3TAQA 3NF8A 3BGRA 2LSNA 3NBPA 4G1QA 3CM6A 3TAEA 2ZE2A 4M41A 1S6PA 3LWMA 4Z4EA 1JLEA 4M3YA 1UAXA 4CJLA 1S9EA 4J2AA 4DSFA 1KFSA 2YKNA 3OY9A 2QKBA 2HNDA 4IG0A 2BDPA 2OZSA 1U04A 4KKOA 4CEOA 1SKSA 5DMRA 4E89A 2FC0A 2D0BA 4Y1CA 4FW1A 2B4JA 3OVNA 1HYSA 5DK5A 1ASVA 3SQ0A 4C8NA 3KK1A 4FLVA 4OVLA 4CJSA 1J9AA 1JLAA 4JRQA 4F3OA 1KLNA 4N76A 4KHYA 2DY4A 2G8WA 1WSFA 2F8TA 1EKEA 2YNIA 3FFIA 4HVJA 3TANA 1TL1A 1XHXA 3O3FA 3AA3A 3HVTA 4FJ8A 4CIFA 4Z0UA 4B9VA 3HXMA 1X9MA 4EP4A 3SNNA 4BE2A 1BHLA 4CJRA 1ASWA 4CJ3A 4FJ7A 3SPYA 1FK9A 2NUBA 3NH0A 2XHBA 1I39A 4CJFA 3CFPA 2Z1HA 4M3RA 3M8SA 3QERA 4FZZA 1TVRA 3DYAA 3AVKA 4HUGA 1J53A 4DQRA 1NJWA 4R5PA 2R7YA 3NFAA 5J2QA 1NOYA 2OZMA 4CIGA 1L3UA 1TK8A 1VSHA 1HPZA 3TAPA 3MEDA 5E41A 4PQUA 1RT4A 4IG3A 4KRFA 4CERA 2XY6A 2EX3A 4RW6A 2RF2A 1QE1A 3RMCA 3RR8A 2IC3A 1CZ9A 3TI0A 1WSGA 1RILA 2OPPA 1RBRA 2YNGA 3MECA 5KGWA 5FRMA 2HHTA 4MFBA 3OYHA 3KIOA 1IKYA 1RDCA 1NKEA 3I8DA 4CJWA 4CK1A 2ZD1A 1RDAA 3PO4A 3K5OA 4CGIA 4DTRA 1YTUA 2G8IA 3O3GA 1QSLA 3AO3A 4QCLA 1NK5A 3B6PA 1RT3A 1JXBA 1EX4A 3CG7A 4AHUA 5SWMA 3O3HA 3OYEA 3U3GA 2D0AA 1L3VA 1T7PA 3ZSVA 4DF4A 4E1NA 3AO5A 3SUQA 4O44A 1TAUA 4GMJB 1BL3A 5C42A 3VQ7A 4FM2A 3ZCMA 3LWLA 2YHBA 4LSLA 4B9MA 1EP4A 4FJLA 1A5XA 4KPYA 3OS1A 3OYNA 3KD5E 4M3UA 2OYQA 2HHWA 3TABA 1FXXA 3ZSXA 4DS4A 2QXFA 3LPUA 5K14A 1TK0A 1JL1A 4KO0A 1NOZA 2VG7A 4ICLA 1HYZA 4DSLA 3DMJA 4DFMA 1TL3A 3HJFA 3KKRA 2RKIA 2HB5A 3V9SA 3ISNC 3ALYA 1KVCA 4B3OA 1LAWA 1VSMA 1S5JA 3SZ2A 3PX4A 4W5QA 3S3MA 1WSIA 3F73A 2OPSA 3KK3A 3RRHA 4CEFA 1VSEA 4FCYA 3L3UA 1NK0A 1ZBIA 4JS4A 2O4GA 4CHOA 2I5JA 4FLXA 3C95A 3S9HA 4KTQA 1VRUA 2FBVA 3OYIA 3OJSA 1RTHA 3QETA 4FK0A 4CGDA 4FJIA 2HHXA 3AO4A 3V4IA 1SL1A 2YNHA 3DRRA 4CEDA 1VSLA 4AHSA 1CXUA 1HRHA 4JRPA 3DRPA 1BIUA 3RMAA 4AHTA 1T03A 3I0SA 4O55A 4H4OA 3VN5A 4Z4IA 1RT6A 1QTMA 4RW7A 1YT3A 3NGYA 3K58A 4IFVA 3C6TA 1D8YA 3LPTA 1VSKA 2WONA 5SZTA 1BGXT 2W42A 1SV5A 3UIQA 4LH4A 4FJXA 3I0RA 3HPHA 4XIUA 4E7KA 1IG9A 1TK5A 2KTQA 4LD0A 1ASUA 1S6QA 4H4MA 3L2UA 1XC9A 1VSIA 1FKPA 3ULDA 3ZT0A 2GUIA 1IO2A 3U3YA 3HP9A 4B08A 4ZHRA 1RBTA 4HUEA 1C1BA 4DFPA 2HMIA 3L2QA 1CZBA 1G15A 3WNHA 4DU3A 1EETA 1S9GA 1NK4A 1IKWA 1RT2A 4DTMA 1D9FA 3MAQA 1BCMA 1O1WA 4BWMA 2FBYA 3HPGA 3KLGA 1C1CA 3NHGA 4RW8A 4DTPA 3KKSA 3LP2A 2G8HA 4Y1DA 2Z1JA 3MEEA 2HW3A 3LP0A 3VQBA 3VQDA 3DOLA 3AO1A 3AVIA 4AHCA 1ZBHA 2Y1JA 5KRTA 1DTTA 2YV0X 3O4NA 1RDDA 4FZYA 3VQ8A 1IKVA 1UA1A 2Z1IA 1HNVA 4FZXC 1W9HA 3AVJA 4PA1A 1RTDA 4DSEA 4DTJA 1XHZA 4O0JA 1WSHA 2PY5A 4DSJA 2DFEA 3K5MA 4I2QA 3PY8A 3NGIA 1F21A 2VG5A 5CYQA 3KLFA 3ZT2A 1ZBUA 4FK2A 1QSSA 1LWEA 1HYVA 1YVUA 3AVNA 3QEVA 3SQ1A 1BCOA 1BI4A 1X9SA 1U45A 4I9QA 1YTAA 1IH7A 1R0AA 3ZSQA 3NAEA 4B9TA 1TKZA 3ZSZA 3HPOA 1J54A 5JS1A 1WSJA 1TKXA 2D0CA 1CXQA 5HBMA 2VWJA 3CFRA 3QNOA 4E7JA 3SUPA 3DI6A 3NH1A 1KFDA 2YNFA 5HRRA 4HHTA 3V9XA 4ZTFA 1NJYA 3DLBA 4DSKA 4CJPA 1B9FA 3VQ6A 4B9SA 1LWFA 4M45A 4KHNA 4DQPA 2BANA 3WNEA 2DFHA 3TAMA 3LAMA 4HTUA 4FLTA 1RTJA 1VSJA 3A2FA 4MQ3A 3V1QA 3V81A 1Q9XA 3KLIA 4DTNA 4DG1A 4NCBA 4KTWA 4CHZA 3CYMA 4GW6A 5JS2A 4CF9A 3KLHA 2KFZA 3S3OA 3V1RA 4DSIA 2X6NA 1ZBLA 3EYZA 4N41A 2RPIA 4IBNA 3OYGA 4DWIA 3L2RA 4W5TA 3VA0A 3V6DA 5D3GA 1RT1A 1CLQA 4DTUA 1FKOA 1QQCA 2IDOA 2G8VA 3TAFA 2P51A 3RMDA 2O4IA 4FJNA 4FJJA 4DQQA 3SQ4A 4FJ9A 5KTQA 1N6QA 5T7BA 3QO9A 2HHVA 4KHWA 1ITGA 3MXJA 2A1SA 3K2PA 5FROA 3HSTB 1LW2A 4KB1A 1I3AA 4ID5A 3C94A 3D0PA 4B8CA 1JL2A 3PX0A 1JLBA 1LV5A 4OLBA 2KW4A 1LW0A 4FJMA 1C6VA 3V9ZA 3AA5X 4HCBA 2ITGA 4CEBA 3F9KA 4DU4A 4E7LA 2XY8A 4C8OA 4FM1A 1ZBFA 4LH5A 4KREA 4KAZA 1B92A 3KLEA 5C24A 4DFJA 4NCGA 3AA4A 3QLHA 2QKKA 4CK3A 3HVRA 2XO7A 1S1XA 4DF8A 4C8LA 3MEGA 4FVMA 2GV9A 3MXMA 4CESA 3H08A 1DLOA 3NH2A 3PUFA 4FK4A 4KHSA 4HCCA 4IDKA 3RMBA 4F8RA 4CJQA 1WSEA 4CJKA 1BIZA 3G10A 4FJHA 5HRNA 4RG8A 2OPRA 5HRSA 1VRTA 3IAYA 4ELVA 4N56A 4KFBA 4HUFA 2DTUA 1C1AA 3HYFA 5FRNA 3CM5A 4CJEA 3QEXA 4CHYA 4KHUA 3IRXA 1KSPA 4OKJA 2P5GA 3OYBA 3ZT1A 1BI4B 3PX6A 4FLZA 5HLFA 1SL2A 1NK7A 1A5WA 5EU7A 4QAGA 1SUQA 2PYJA 4E19A 1J5OA 3NF7A 2G8UA 3SUNA 2IAJA 5I42A 4JS5A 3WNGA 1S1UA 4CFAA 4B9NA 4ELUA 4WE1A 3P83D 5KI6A 4W5NA 3DLRA 3K5NA 4BDPA 4KI6A 4O5BA 3OS2A 1RBSA 3OYFA 4CJ4A 3CQ8A 3V9WA 1JLCA 4IFYA 4CK2A 2G8KA 2HNYA 3DRSA 4AHVA 4C8MA 1Y97A 1SL0A 3E01A 2KZZA 3LAKA 3DLEA 4B8AB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2PZ1A 1NGGA 1I94K 4CFBA 5KH6A 1GLBG 1K8KA 1ZYQA 3ID6A 4CE9A 1MUZA 1AWOA 1ZUYA 4DR5K 2MZWB 5FPEA 2CGHA 3DKMA 3CCJT 3K2OA 3VQQA 4ZN1A 3CCUT 5M1QA 4YOYA 2P4TA 3EKUA 3IDHA 4FLUA 1XVCE 2OTJT 1HQEA 3RVCA 1XMHE 1FWZA 4FW2A 1VQPN 1JJ2A 4OPJA 1OZ2A 1E6HA 3DOKA 1DKGD 1D0ZA 3CJBA 2X74A 4YDUA 1K73R 1JLFA 1NWKA 3VQCA 1YAGA 4IJNA 1KVBA 3MXIA 4F4KA 3M4YA 4BR4A 1L3TA 3QJYA 4JJNK 2Z0WA 1KSWA 1CZAN 3CCUQ 4LSNA 3UWNA 3ZX3A 3AVAA 5ADXH 3U23A 3I8BA 2PBDA 1EQYA 2JXBA 2BKDN 1U6ZA 5MLCQ 3VF4A 4DS5A 1ZBJA 3ULEB 1VIFA 3CEYA 3G71Q 4QCLA 1HKCA 2YRDA 1SKWA 2LCLA 1VHXA 2K3YA 3OYKA 1SSHA 2XG8D 4FJKA 1CKBA 2VWKA 3D2EB 2O8CB 2HBLA 4I7FA 2J6FA 2KGTA 3A8GB 1YHQQ 1UOCA 4B9LA 3HO1A 2DVEA 2YXYA 4IXCA 2RHZA 4CVNE 4BB7A 3L2ZA 2F96A 4B1UB 5AQIA 3IUCA 2KKZA 4F7UA 1YJNT 3HT3A 4NL2A 1SKRA 5C25A 2VV5A 4KI4A 2VYTA 4KTZA 1W1FA 1NKBA 1LDKE 3AV9A 1GCPA 4NL3A 4I9LA 1PWTA 3PVLA 2VJ5A 4KT0E 4FJ5A 4BDYA 4FM0A 2M9UA 3CC4A 4CF1A 4PWDA 2DFFA 1BQNA 2AT1B 1K0SA 1TKDA 2JJ9A 1VSDA 1X3NA 4M3XA 2KFNA 1FX7A 4QVCA 3VEWA 3VQPA 3F70A 3TPQA 1T0HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4CES A;  3H08 A;  1DLO A;  3NH2 A;  3PUF A;  4FK4 A;  4KHS A;  4HCC A;  4IDK A;  3RMB A;  4F8R A;  4CJQ A;  1WSE A;  4CJK A;  1BIZ A;  3G10 A;  4FJH A;  5HRN A;  4RG8 A;  2OPR A;  5HRS A;  1VRT A;  3IAY A;  4ELV A;  4N56 A;  4KFB A;  4HUF A;  2DTU A;  1C1A A;  3HYF A;  5FRN A;  3CM5 A;  4CJE A;  3QEX A;  4CHY A;  4KHU A;  3IRX A;  1KSP A;  4OKJ A;  2P5G A;  3OYB A;  3ZT1 A;  1BI4 B;  3PX6 A;  4FLZ A;  5HLF A;  1SL2 A;  1NK7 A;  1A5W A;  5EU7 A;  4QAG A;  1SUQ A;  2PYJ A;  4E19 A;  1J5O A;  3NF7 A;  2G8U A;  3SUN A;  2IAJ A;  5I42 A;  4JS5 A;  3WNG A;  1S1U A;  4CFA A;  4B9N A;  4ELU A;  4WE1 A;  3P83 D;  5KI6 A;  4W5N A;  3DLR A;  3K5N A;  4BDP A;  4KI6 A;  4O5B A;  3OS2 A;  1RBS A;  3OYF A;  4CJ4 A;  3CQ8 A;  3V9W A;  1JLC A;  4IFY A;  4CK2 A;  2G8K A;  2HNY A;  3DRS A;  4AHV A;  4C8M A;  1Y97 A;  1SL0 A;  3E01 A;  2KZZ A;  3LAK A;  3DLE A;  4B8A B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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