4HCCA

The zinc ion bound form of crystal structure of e.coli exoi-ssdna complex
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
470
structure length
465
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with the single strand DNA
rcsb
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
molecule tags Hydrolase/dna
source organism Escherichia coli
total genus 165
structure length 465
sequence length 470
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2012-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4hccA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4hccA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hccA01
4FM2A 1NK4A 1D9DA 2KZMA 4M3TA 4LY7A 3NF8A 4CEZA 2KW4A 3QINA 3VQ5A 3QEVA 3ZT3A 3L2UA 4FZYA 2HHUA 2G8KA 4E7HA 4JRPA 2XY8A 3L8BA 1BISA 4FJNA 3MEDA 1D8YA 3LPTA 4KFBA 4AHVA 5HRPA 1JL2A 1LW0A 1IKWA 4BDZA 4NCAA 3HSTB 3DI6A 4GMJB 3WNFA 1KVAA 3KK2A 3NCIA 1CXUA 4G1QA 4DTOA 4DQSA 4F2SA 2KFNA 1WSHA 1HQEA 1L3UA 2IDOA 3SYZA 3NF9A 1Y97A 3VQ4A 4UQGA 1SKRA 1Q9YA 5EU7A 2E6LA 3ZSZA 3MXMA 4O4GA 3HP9A 1SKSA 1KTQA 4M42A 2PYLA 4N41A 3V9XA 2HHWA 2DFFA 4BDYA 2BE2A 3ZT1A 3SV3A 4JS4A 4KTWA 1U4BA 1CZBA 1C1CA 3LP1A 4DTXA 3SPZA 3KKRA 5DMRA 4AHTA 3OYJA 4ID1A 2EHGA 1B92A 2IOCA 3IRXA 1JLCA 3MAQA 3AO4A 4DLGA 4FLYA 2Q3SA 4FM1A 3QLHA 4E3SA 4DSKA 3VQPA 4KAZA 3AVBA 5SZTA 4AHSA 2OA8A 3DLGA 3KIOA 4F3TA 4JLHA 2ZQBA 4CK3A 1D5AA 4FJLA 1TGOA 1WSIA 3WNHA 3S3MA 1RBTA 4EP4A 3AA3A 4B08A 4KHUA 2VG5A 3HVTA 2IAJA 4M3WA 1IH7A 4KB0A 4CF9A 5CYMA 3SCXA 1TL3A 4DFMA 1TK8A 4O0IA 1DLOA 1KRPA 2B5JA 3TAMA 3K58A 3CQ8A 3PX0A 4DF4A 1NK7A 3OYAA 2NUBA 1IKXA 1LWEA 4NYNA 1QSLA 2OZMA 1DTTA 4CJEA 3QNOA 3ISNC 4Q5VA 2Y1JA 2KTQA 1BIZA 4AHUA 2IGIA 3NH2A 3LP0A 1ZBFA 1ITGA 4CJRA 1LAVA 3IS9A 1C1BA 1TL1A 2XRIA 3O3HA 1RT6A 3HP6A 4FK0A 3PO4A 2RF2A 3VQ6A 3HJFA 1HYZA 4MQ3A 3OJSA 1RBUA 1WSJA 2ZE2A 2B6AA 1RCHA 3DLRA 4IBNA 3OYCA 4DTUA 1Q8IA 4CEFA 4BWMA 2PYJA 4C8OA 1WSFA 2BGGA 3VA0A 4ZTFA 1JKHA 4W5QA 3RTVA 3QEPA 3TAPA 2B4JA 4CJQA 3OYHA 1UA0A 4E19A 1QSYA 4OKKA 4DFPA 5HROA 4HTUA 3I8DA 4KV8A 2OZSA 4N76A 1X9MA 4DTRA 1FK9A 1LWFA 4CHYA 4GW6A 1U45A 4W5RA 5HBMA 3HVRA 5C42A 2P51A 3EZ5A 1U04A 2HHQA 3ZSVA 1A5WA 3CFPA 1VSMA 4CEEA 1L5UA 4OKEA 3LZIA 3UIQA 2G8IA 2F8TA 1Z26A 3VQ8A 2HNYA 3CM5A 3LAKA 2HMIA 1HMVA 4PWDA 4OGEA 3AVCA 4KHNA 1A5VA 1S1TA 5KI6A 1DTQA 4DU4A 3ZSQA 2PY5A 4CJVA 3RR7A 1TV6A 1C0UA 1YT3A 1BGXT 3C6UA 3P5JA 4DTJA 2DFHA 4I2QA 3V9WA 4FLWA 3AVJA 1SKWA 1JLFA 1ASWA 4DSFA 3DRSA 2ATQA 4KREA 3A2FA 3EYZA 4IG3A 1ZBLA 4JS5A 1ASVA 4FJ5A 2F8SA 4CGJA 5J2NA 4CK1A 2YNHA 2HHSA 4IFYA 1GOCA 3L2VA 4FCYA 2YNGA 2OYQA 3AVIA 3ZCMA 3DLBA 1U49A 4IKFA 2FBXA 3NBPA 4EZ9A 4DQIA 4B9VA 1XWLA 2Z1HA 3G0ZA 3LALA 4C8KA 3OYMA 4QAGA 3ZSWA 4CE9A 4FVMA 3RRHA 5CYQA 2Z1GA 4B9NA 2HHVA 4YNQA 3SUQA 4FLVA 1RILA 4IDKA 4NYFA 3QEXA 3ASMA 1KLMA 3TAFA 2YNFA 3SQ0A 4I9QA 3NH0A 1JLEA 4Y1CA 2E6MA 4CFCA 3G10A 1VK0A 3RMCA 2PZSA 1ZBHA 1TKZA 1SL0A 5C24A 1N6QA 5HLFA 2G8HA 4FJKA 3NF7A 3OS2A 3U6FA 5CZ1A 3TAEA 4FJ9A 3V9UA 3RWUA 3EY1A 2KFZA 3V1QA 1NJYA 3AA4A 5KRTA 4CGDA 1VSKA 3AO3A 2G8WA 3LP3A 2DY4A 2D5RA 3LWLA 3JSMA 4I7FA 4DSEA 3HPHA 1RTIA 2QKKA 1TKXA 1TAUA 4C8MA 1NKEA 4FLTA 1S1UA 5HRSA 3SNNA 4CJPA 3QNNA 2OPSA 5E41A 3KJVA 1TKDA 2E4LA 3F73A 3KLGA 3V1RA 4CHOA 3LAMA 2RKIA 4FM0A 2HVHA 1JLQA 4PA1A 3TANA 4OJRA 4F8RA 1L3TA 3JYTA 4OPJA 4OPKA 2X74A 3AO1A 4BE0A 3QERA 4CJ5A 1SUQA 3U3GA 4FJ8A 3ZT2A 3TAGA 4LSNA 2JGUA 4J2AA 3PX4A 5CZ2A 1VSLA 4CEOA 2ITGA 2R7YA 4RW9A 1NK0A 3S3OA 1RTHA 1WNSA 4M3RA 3AVKA 2HVIA 4DTSA 4CFAA 4M3XA 4FK4A 1NJZA 1J9AA 3NF6A 3T19A 2FC0A 3PX6A 1ZBIA 4FW2A 3OYNA 4C8LA 4ELUA 1RT2A 3P1GA 4TSXA 4B8CA 4WE1A 3SPYA 1HRHA 2HW3A 4ICLA 4J2DA 3O4NA 4JRQA 4CERA 4FJIA 3DOLA 2HB5A 3IAYA 1GOAA 3KK3A 2YHAA 1IG9A 4B8AB 4OKJA 2KZZA 4HUEA 4CGFA 4LH5A 4IFVA 1WLJA 2VG7A 3P83D 3QEWA 1KCFA 5CY4A 4AHRA 1X9SA 1C1AA 1VSJA 1ZBUA 2IS3A 1J54A 1LAWA 4CJ3A 4KHQA 4AHCA 2GBZA 2HHXA 1RNHA 1U48A 1RDCA 1QS4A 2RPIA 1S1WA 2FBYA 4CIEA 1BI4A 1NJWA 4DG1A 3PY8A 4M3ZA 4LD0A 3KKSA 3SV4A 1XHXA 2P1JA 3I0SA 1NJXA 4CF0A 3PUFA 4N56A 1NK8A 4J2EA 5FROA 2D0BA 1VRUA 2FBVA 1LV5A 4RW4A 1WAFA 1W0HA 4GVMA 3VQBA 4DF8A 5I42A 2DTUA 4HHTA 3L2QA 1VSEA 2VG6A 1S9GA 1UWBA 1U47A 3SQ2A 3KLHA 2X78A 4FLXA 2XY6A 4N5SA 2ETJA 4PY5A 3KTQA 3HL8A 2YHBA 3CM6A 3AV9A 1NOZA 4DFJA 1ASUA 4H4OA 5FRNA 4M3YA 1CLQA 5KTQA 4DQRA 1RTJA 4LH4A 4FJ7A 3OVNA 1RBSA 1UA1A 4DQQA 4W5OA 3S9HA 1KVCA 3SUPA 4FJMA 1QTMA 1IKVA 1JLGA 1SV5A 3O3GA 2OPPA 2P5OA 1C6VA 1JLAA 3ALYA 1WAJA 4BWJA 3L2RA 2YKMA 3C94A 4Y1DA 4FK2A 1JXBA 1HJRA 3FFIA 3SI6A 1NK6A 1RBRA 4B9TA 1K6YA 3I0RA 4DLEA 3BDPA 3HM9A 3KLIA 4CGIA 4Z4FA 1B9FA 3QETA 4RG8A 1VSDA 4HUGA 3NGYA 4CCHA 3TI0A 4BE2A 4QOZB 3K5NA 3RMDA 2P5GA 3L3VA 1UAXA 3DRPA 4H4MA 5J2QA 4E7LA 1SL1A 1L3SA 4BACA 1HQUA 1RT7A 1TVRA 1RTDA 3SQ4A 3VQCA 4YFUA 1NK5A 4CEAA 3B6OA 4I9LA 3ZSRA 2YNIA 2F96A 3E01A 3KD1E 3HO1A 3HYFA 4E1MA 1BQNA 3CG7A 5FDLA 3VQ7A 1VSIA 4CEBA 4KTZA 3RMAA 3RR8A 1HNIA 1W9HA 4KB1A 2DFEA 3O4QA 3NDKA 1KVBA 3DM2A 1BIUA 3VQ9A 1GOBA 2YKNA 3T3FA 4FJGA 1IO2A 4FJXA 4Q0BA 1FXXA 3DMJA 4DTNA 5J1EA 4I2PA 1KFDA 4E7IA 2VWJA 2JLEA 1Q9XA 2KQ2A 3RMBA 1S1XA 4ID5A 4CGHA 4CHPA 3SUNA 3HXMA 1CZ9A 1G15A 1YVUA 1JL1A 1IKYA 5SWMA 5T7BA 2I5JA 3V81A 3AO2A 2AJQA 4CGGA 3K5OA 4RW8A 2HHTA 3OYIA 4CK2A 4DFKA 1I39A 1LWCA 2G8FA 3OYDA 4KTQA 1FKOA 3D0PA 3TARA 3V6DA 2WOMA 3OS1A 2OPRA 2RN2A 2FBTA 3M8PA 3OYGA 1T8EA 4B9UA 1J53A 4FJJA 4FJHA 3VN5A 4KHWA 4CEQA 3V9SA 5HP1A 3AA5X 2O4IA 1HNVA 1YTAA 3OY9A 1CXQA 1UOCA 3KLFA 3NAEA 3L3UA 1RBVA 5J2MA 3DOKA 1TK5A 1QE1A 3SJJA 1REVA 1BL3A 3VQQA 4B3OA 4J2BA 3V9ZA 2YV0X 4RW7A 3M8SA 3OYBA 1O1WA 3MEGA 3U3YA 3OYLA 5C25A 1N5YA 4AH9A 3D45A 3LANA 1LW2A 3V1OA 5JS2A 4BDPA 1EP4A 1T05A 2Z1IA 4FXDA 3C6TA 4CESA 4B9LA 3THVA 4Z4HA 4CIFA 4FLUA 3F9KA 4O0JA 3OS0A 2G8UA 4CJLA 3SZ2A 3DYAA 4CHZA 4OLBA 1NOYA 4K8XA 4KKOA 4FW1A 2HNDA 3AVGA 4O44A 3WNEA 3PO5A 1MU2A 1RT1A 3LDSA 4DWIA 4HCCA 3DLKA 4E0DA 5HRRA 2A1RA 1EKEA 1RDDA 4DMNA 3HT3A 3ZSYA 5HRNA 3ITHA 4OGCA 1KSPA 1C0TA 4CECA 3AVAA 3CFRA 3S3NA 1T7PA 3HK2A 5I3UA 4FZZA 1WSEA 3QO9A 3K5MA 3V4IA 3TABA 1QHTA 2D0CA 3B6PA 4DS5A 1T03A 1Z25A 4HUFA 5K14A 4E1NA 3MEEA 1EXQA 3ZSXA 3ZSOA 1EX4A 2GV9A 3QEIA 4ELTA 1TKTA 3DLEA 1RT4A 2HNZA 4CFDA 1VRTA 2EX3A 2XHBA 4EZ6A 2Y1IA 3QIPA 1BQMA 1F21A 4W5NA 1WN7A 4AILC 1FKPA 1KLNA 2Z1JA 3KLEA 1EETA 4CF1A 3LZJA 3NE6A 1NK9A 1ZYQA 3MXIA 4CJWA 4K8ZA 2QK9A 4DU3A 1S9EA 4PQUA 1WSGA 5KGWA 3NGZA 4B9SA 4CJ4A 3TWHA 1JXEA 2VWKA 3TR8A 4KPYA 5DK5A 3PV8A 2WONA 4DU1A 1X1PA 3OYKA 1S6PA 1RDBA 4CHNA 3AVNA 2O4GA 4M3UA 4FLZA 4F2RA 5D3GA 5FRMA 1S1VA 1R0AA 3DLHA 4OLAA 3AO5A 3QIOA 3VQEA 3HPOA 3OYFA 3TAQA 4KHSA 1BCOA 1X9WA 4N47A 3MECA 4CJFA 1I3AA 4LSLA 4CJSA 3NHGA 2BANA 2QKBA 4QCLA 2XY5A 3H08A 1RDAA 4PUOA 4ELVA 4KI6A 1YTUA 1NKCA 3M8RA 4DTPA 1KFSA 1RT5A 2IC3A 3KD5E 4FYDA 4DTMA 1L3VA 1J5OA 4DSJA 4HCBA 3WNGA 4CF2A 1C0MA 3OYEA 3VA3A 4ZTJA 2BDPA 4Z4GA 3IG1A 3AVFA 4O5BA 1B9DA 3DRRA 3NFAA 3NH1A 1S6QA 2X6NA 4HVJA 2W42A 3ULDA 2OPQA 1TAQA 4DS4A 3VQAA 4FZXC 3AVLA 1D9FA 2A1SA 4F4KA 3L2WA 4KHYA 1QQCA 1S5JA 3BGRA 2GUIA 3AA2A 4XIUA 4O55A 2XO7A 3C95A 4ZHRA 2QXFA 3SUOA 4OVLA 4NCBA 3O3FA 1NKBA 4KRFA 4E7JA 3M8QA 4Z4CA 4NCGA 3NGIA 4CJTA 4C8NA 1BHLA 1XI1A 4KO0A 3AVHA 5JS1A 1VSFA 1VSHA 3AVMA 4R5PA 3OJUA 3KK1A 3K5LA 3QESA 3LP2A 4DQPA 1SL2A 4CFBA 4KI4A 4CIGA 4Z4EA 3T1AA 5J2PA 3K57A 5KRSA 4M41A 4MFBA 4CJKA 1HPZA 2XY7A 1QSSA 3K59A 4L8RB 2LSNA 4CHQA 4E7KA 3CYMA 3K2PA 3CFOA 2D0AA 1BI4B 2X6SA 4M45A 4B9MA 4E89A 1A5XA 1XHZA 4Z4IA 1HYVA 3LPUA 3LWMA 3MXJA 3VQDA 3ZT4A 4W5TA 3ZT0A 3HPGA 3RRGA 4F3OA 4CF8A 4RW6A 2G8VA 1RT3A 2ZD1A 1HYSA 3SQ1A 5KGXA 4BE1A 1XC9A 4DSIA 4DSLA 4CJUA 4CEDA 4Z0UA 1JLBA 4IG0A 4EP5A 1TK0A 1BCMA 4H8KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NG2A 3P8BB 1V29B 2C0IA 2RMOA 2RHIA 2KZMA 2OJ2A 1VQ5A 4M3TA 1EFNA 4C92E 4RTVA 4ZNXA 3T9NA 5M9OA 1M90C 4CEZA 1UE9A 3VQ5A 4M78E 3L2UA 2AT1B 1WFWA 2O31A 4JRPA 1TUCA 2MW2A 3A8MB 3CQTA 1JL2A 3IMXA 4A4HA 3WXKA 5EXWA 3CCVA 4BRIA 4M77F 4GMJB 3BEXA 4NO7A 2KI7A 2VJ4A 2DTOA 3KK2A 5IXBA 4K25A 3CCUT 4G1QA 5BR8K 4DV2K 4H0OA 4F2SA 2MMBA 2YRVA 4CD3A 3EH2A 2O8DA 3VEOA 2HBPA 3SYZA 1S3XA 4A54A 1LJOA 5EU7A 3PMTA 2Y90A 4O4GA 1SKSA 1NGCA 4FL6A 2P4RA 3N5BB 1ZBXA 4BDYA 2DFFA 3FDRA 2DXBA 4KTWA 1U4BA 2ED1A 1IHVA 1N9SA 2JPNA 4JKGA 3KKRA 3JB9D 1XMGE 1KQ2A 2ASPA 2J4RA 1Q82R 1JLCA 4ID1A 3AO4A 4DR4K 4DSKA 2Q3SA 3OMCA 4DEXA 4PJOB 5CQYA 3AVBA 3S41A 2OA8A 2QA4Q 4CK3A 1D5AA 3D6RA 1YVNA 4JI1K 1M3CA 2JTMA 5FLXE 3AA3A 2X4JA 4WTOB 1G3SA 4M3WA 2P1PB 4JHDA 5BR9A 1V4SA 4U7BA 4DFMA 4DEYA 2E2PA 4O0IA 3P8DA 4J7FA 3U8XA 5DLQE 3C6AA 3FZLA 3TAMA 3T1HK 1AWXA 2OZMA 5KYWB 3H3NO 5IXFA 1XMHE 3CIPA 3E9PA 1ZXOA 3QNOA 2HF3A 3ZX3A 2HL5C 4A57A 5GMKe 3GOXA 4AHUA 2IGIA 1HK9A 2JH8A 3V8LA 3VEVA 1ITGA 2RE2A 3T69A 4M7DD 1TL1A 3EHRA 1CKBA 1YIJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2XO7 A;  3C95 A;  4ZHR A;  2QXF A;  3SUO A;  4OVL A;  4NCB A;  3O3F A;  1NKB A;  4KRF A;  4E7J A;  3M8Q A;  4Z4C A;  4NCG A;  3NGI A;  4CJT A;  4C8N A;  1BHL A;  1XI1 A;  4KO0 A;  3AVH A;  5JS1 A;  1VSF A;  1VSH A;  3AVM A;  4R5P A;  3OJU A;  3KK1 A;  3K5L A;  3QES A;  3LP2 A;  4DQP A;  1SL2 A;  4CFB A;  4KI4 A;  4CIG A;  4Z4E A;  3T1A A;  5J2P A;  3K57 A;  5KRS A;  4M41 A;  4MFB A;  4CJK A;  1HPZ A;  2XY7 A;  1QSS A;  3K59 A;  4L8R B;  2LSN A;  4CHQ A;  4E7K A;  3CYM A;  3K2P A;  3CFO A;  2D0A A;  1BI4 B;  2X6S A;  4M45 A;  4B9M A;  4E89 A;  1A5X A;  1XHZ A;  4Z4I A;  1HYV A;  3LPU A;  3LWM A;  3MXJ A;  3VQD A;  3ZT4 A;  4W5T A;  3ZT0 A;  3HPG A;  3RRG A;  4F3O A;  4CF8 A;  4RW6 A;  2G8V A;  1RT3 A;  2ZD1 A;  1HYS A;  3SQ1 A;  5KGX A;  4BE1 A;  1XC9 A;  4DSI A;  4DSL A;  4CJU A;  4CED A;  4Z0U A;  1JLB A;  4IG0 A;  4EP5 A;  1TK0 A;  1BCM A;  4H8K A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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