2P10A

Crystal structure of a putative phosphonopyruvate hydrolase (mll9387) from mesorhizobium loti maff303099 at 2.15 a resolution
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
277
structure length
268
Chain Sequence
KRPTRSELVDRFQKKIRAGEPIIGGGAGTGLSAKSEEAGDIDLIVIYNSGRYRMAGRGSLAGLLAYGNANQIVVDMAREVLPVVRHTPVLAGVNGTDPFMVMSTFLRELKEIGFAGVQNFPTVGLIDGLFRQNLEETGMSYAQEVEMIAEAHKLDLLTTPYVFSPEDAVAMAKAGADILVCHMGLTGKSMDDCVSLINECIEAARTIRDDIIILSHGGPIANPEDARFILDSCQGCHGFYGASSMERLPAEEAIRSQTLAFKAIRRQP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of hypothetical protein (NP_085906.1) from Mesorhizobium loti at 2.15 A resolution
rcsb
molecule keywords Mll9387 protein
molecule tags Hydrolase
source organism Mesorhizobium loti
total genus 92
structure length 268
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09370 PEP_hydrolase Phosphoenolpyruvate hydrolase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.5.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces Single helix bin 2p10A02
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2p10A01
2VEPA 1SZEA 2E1DA 3O6CA 1W1ZA 4Z0SA 1KFLA 3BLFA 4CQAA 3F4NA 4FNPA 1B3OA 4LY8A 1VYPX 3TXVA 4X2RA 1GT8A 1BWLA 3M43A 1YDVA 1LOQA 1OFOA 1SUXA 3P67A 3BG3A 2A5HA 2C3ZA 3PG8A 2VELA 4JTFA 1DBTA 5FEPA 1O5XA 5TBOA 3NZ1A 4YLWA 4QAIA 1VLWA 3QFEA 4N9CA 1GVOA 2YYTA 1VZWA 3S1UA 4Z1AA 3G1HA 4JICA 3STCA 1L2UA 3IV3A 4EWND 4FB7A 3BGJA 2GQ8A 2ZZ7A 4K8HA 2Y62A 3PSVA 3SFKA 3CB8A 3IIOA 3LHWA 4XBKA 1T8XA 4RK8A 4OE7A 3SZ8A 2VENA 1DJQA 3M41A 3ANYA 5HR7A 3TQVA 2OT1A 3TC7A 4NX0A 5FF4A 1EEPA 1F7BA 2OJPA 2QEZA 3A22A 3UWWA 1KM4A 5F2IA 5FEZA 2FB3A 1I8JA 5HUPA 2NUYA 2TRSA 2YFOA 3GNNA 4UFJA 5A5WA 3EKZA 3CEPA 5KZDA 1HG3A 4QJ1A 2R91A 1GG0A 3TQKA 5AYZA 1P4CA 2A6NA 4EIVA 4DBDA 3ELFA 1QCWA 2X1SA 4DO4A 4M7SA 4YWIA 1IF2A 3W7QA 5D2XA 1T99A 4JYFA 1G7VA 1OK6A 2DJXA 4EVZA 1UJPA 2QCNA 2ZRUA 3LTPA 3OG3A 3PB2A 4AHQA 2TMDA 4IMFA 1PHQA 4M5PA 4NJGA 3NGJA 1M7OA 4MJZA 3UPBA 3BK0A 2XN2A 1SU5A 5LNWA 4LUJA 1TPUA 1KV5A 3BPWA 4Z1BA 1VQTA 4MZ8A 2EKCA 1W5QA 3CWOX 3HPSA 1XDLA 1KTNA 4NZFA 2NXGA 3IVTA 1JCYA 5CPOA 2QKFA 2FTPA 1DQWA 2ZA2A 2PRLA 1I2OA 1TTIA 5D2TA 4JTIA 4N4QA 1TPEA 2FPVA 3OVRA 1I45A 1WA3A 4WX2A 3W86A 3VKJA 1YDNA 2C13A 1H51A 5KZEA 3WJXA 1HUVA 3UWQA 2CFFA 4O15A 2V2DA 4HNVA 1I4NA 3P82A 1XUUA 3P5YA 1XL9A 4FNRA 1LRTA 1K3UA 3W1UA 2ZTJA 4JS3A 4MZYA 5KITA 2AQWA 4GRSA 1W8SA 1XBXA 1W3TA 1PV8A 1GZGA 1ICPA 3O16A 3FLUA 5E1QA 1VHNA 2B7NA 3TW6A 2DZUA 3BG9A 1NEYA 4UTTA 3S8HA 4LT9A 3QPYA 5CSRA 1TQXA 3FOKA 1FDIA 2J88A 3IRDA 1K03A 3DFSA 3TCEA 1S5TA 1TB3A 1SFLA 4FX7A 2V5LA 3GDMA 4IMDA 4NNCA 3SSJA 3W1LA 3UD6A 3O1NA 2NLIA 1SSGA 4YXGA 1KM1A 3W83A 3HG5A 1PCWA 1SW3A 4M6VA 2G5WA 5FF0A 2QCCA 3W2UA 2V2CA 3TAOA 4GBUA 5BMXA 2A1YA 2CLHA 4JYEA 1TO3A 3G0SA 1H1ZA 1WBJA 3A21A 4K8EA 1ME8A 2YR1A 4UUIA 1JR1A 2Q8LA 3O07A 4UFHA 4LS2A 2NWSA 5I3IA 1MXSA 4ZQOA 4ADUA 1FCUA 4FNQA 3TA6A 3HOJA 3M44A 3UWYA 1HFBA 3BO9A 1FY6A 1XFBA 2FFCA 5F4WA 2O7SA 4IOTA 1RVGA 1GYNA 1F74A 3PUOA 4JNMA 1TPFA 5G2HA 1W54A 1VPXA 4AAJA 5AYYA 1XUZA 4PL2A 2X16A 3N9SA 2V9DA 5HWJA 1QOPA 3R89A 4KFNA 4UFLA 1B57A 1FDJA 3UY8A 3I6RA 5KTLA 1W31A 3R13A 1AW5A 1TV5A 3C2FA 2PRMA 4UFKA 4OBTA 3KHJA 4NJIA 3W7GA 2ZCGA 1PS9A 3L9CA 4CCCA 6TIMA 5AHLA 2ZRZA 3CTLA 4HNNA 4X3ZA 3NQMA 5CGQA 4CQ9A 2WOQA 4RZ6A 2VXNA 2QCHA 3S1WA 1KM3A 3W72A 1FCVA 3G1AA 1OHLA 1O60A 3CU2A 4Y9AA 5J5RA 4FNSA 3OIXA 3G1FA 3T78A 3PB0A 3LTSA 3NQFA 1FWRA 3NYZA 1JCMP 1EA0A 4WZHA 3INPA 4OWGA 1GJPA 1OFQA 3PM6A 5CKSA 3KAOA 4GJ1A 4XWUA 2QJGA 3TIMA 1FWSA 1SSDA 2CW6A 2H90A 4M6PA 3O6DA 1T0OA 4X9SA 4O8RA 1WOAA 1ZAHA 3P8JA 3DZ1A 4GNJA 3P61A 3QM3A 1OF6A 3W88A 4WOQA 1YTKA 5AC6A 2CLKA 3JR2A 3NG3A 3SY5A 2Y85A 3EKLA 3SJ3A 5H91A 1JULA 1JCJA 1RQHA 1LOSA 4MYXA 2CZDA 3M9YA 3MP3A 1UUOA 5CZJA 2FIQA 3UXAA 5I3HA 1VH7A 3GLCA 3GIYA 4UR7A 5LHFA 4MOZA 2CWNA 1A50A 1WOBA 3HQ1A 2ZZ2A 3NPWA 3CIWA 4QSHA 2VFDA 2Q8ZA 5K9CA 4RLIA 3LERA 4AF0B 2DZVA 2Y7EA 4JX6A 3RLUA 4BK9A 5E0KA 2YW4A 5LNVA 3RMJA 3CM4A 3HJZA 1L6SA 4RX0A 3TX9A 2WSQA 1QFEA 5FESA 3BGGA 3DI1A 3GZ3A 3CEUA 4WY0A 1TYGA 3LV6A 1FWWA 3SGZA 3P5ZA 4AHPA 3ABRA 2RH9A 2NUWA 5L6UA 3DI0A 3UQNA 1VCGA 3FJ6A 3G3MA 3LI0A 4PC8A 1XCFA 2RKXA 4JX4A 4A21A 1LLWA 4PODA 3QC3A 3TH6A 4O1AA 4AMAA 1AJYA 4JTTA 1L9WA 5LNUA 1XXXA 2A21A 3LTYA 4D2JA 2ISSA 2EGZA 2F84A 4JIPA 1F6PA 1PCKA 1FUYA 3G1SA 5D2VA 3W7EA 2Y7DA 1FDYA 1ZCOA 3QEZA 3I7QA 4GXMA 3E12A 2Y63A 5F2LA 3P8IA 5IBXC 4JYDA 1OYBA 3G1YA 3W2MA 3KVJA 3AJXA 3L67A 4AWTA 3NNTA 3UZJA 1K8ZA 3G1DA 3CHVA 5L9FA 4KWVA 2CZEA 4CCEA 5BNKA 3S0CA 1TPVA 4JTSA 2NV1A 4HPXA 5EPDA 4IUOA 5F4XA 1DJNA 1KM0A 1K8XA 2Q3RA 5AOUA 3KFTA 3U2OA 2QAPA 4HHPA 3W76A 4FXSA 3PSWA 1ICQA 1TTPA 3ZS4A 3F1QA 1G67A 2Z1BA 3TW7A 3HO8A 4GFSA 1GQNA 3A9IA 3QPZA 2ZRWA 3EX2A 4LW7A 4N6FA 4RJEA 2C15A 2VKZG 4O16A 4PL1A 4AH7A 1A5BA 2I9EA 4PFMA 3BV4A 3SECA 3MW7A 4IWWA 4LVDA 4KWWA 3W87A 3EXSA 1XDMA 4K37A 3NQ2A 3FKRA 3ABOA 4MIMA 4QM1A 3DENA 1JRBA 3C2EA 1R2RA 3W7JA 1FQ0A 1G6CA 5FEWA 4NZJA 1H5YA 4JGDA 3M16A 5AN7A 3HG2A 1TSIA 3NQDA 1QPRA 2R94A 3D0CA 5DBTA 4IX0A 1KM5A 2HTMA 4YMZA 1KLZA 1RQBA 4U4MA 3LOTA 5BOOA 3LB0A 2ATMA 4A3UA 4MY1A 5D33A 3W7IA 4CNNA 5CG7A 4P2VA 1RPXA 2I1OA 5AHFA 1D3GA 3V1PA 1LDCA 5LHEA 2ZRVA 1YXCA 4UTWA 1OF8A 4CLMA 3PR2A 4MZ1A 5D05A 1C9DA 3TXZA 3W7MA 1A5CA 2HS8A 2CLEA 5G1TA 1QPQA 2FLIA 4DBEA 1N7KA 4XTIA 1O94A 5IM51 1O4UA 4HN4A 3LLDA 3O06A 1W56A 4ZMGA 3L65A 4LNYA 3P62A 1H7PA 4JTGA 2EF9A 2YPIA 1H7NA 1MEWA 1A5AA 4L4MA 4HKPA 2ABAA 3OVQA 4TMBA 1DL3A 4Y8FA 3FYOA 4ZQCA 1N55A 3W2JA 1M7PA 4RR4A 1FWNA 3NEVA 4RXFA 2C16A 4DXVA 2JKPA 1OFBA 2YGYA 1ME7A 3LCWA 1KFJA 2NX9A 3HF3A 1SW0A 1OG0A 4FEZA 3MYPA 3W71A 4MJMA 2C19A 2JKEA 4IPIA 4LVFA 2WNNA 4X22A 2DP3A 5DCDA 3VNDA 1R2TA 3PS7A 1Q6OA 3TAKA 3DFQA 4Z0JA 3O63A 3S42A 2A4AA 1WYIA 4UMBA 4PEKA 3YPIA 2DORA 2TYSA 4CNPA 1G69A 1TRDA 3GX9A 2CLOA 3IVUA 1TMHA 4GWEA 5HR6A 3NQVA 5HWMA 5I3JA 5U7SA 1XC4A 3E0IA 3GAKA 4OU1A 4N02A 3UY7A 1LLZA 4M6QA 4Q32A 4H3DA 4ADSA 5F2MA 1UBSA 1G4TA 2GJNA 3W2NA 1IXQA 4QQ3A 3W7PA 3G0UA 3QW4B 4MLRA 3I7RA 1W5MA 3G18A 4E2BA 3BVJA 5H2ZA 3QSRA 2ZZ1A 1ZHAA 3W1NA 3CWNA 3BW3A 3FKKA 2JGQA 3LRLA 3DBPA 3WJSA 2VEIA 2Z2UA 3TV8A 4EOUA 2QUUA 3STGA 3ZR4A 1GOXA 2VOMA 3TFXA 3NQ8A 1QNVA 1AL7A 1H1YA 2ZBTA 2RDWA 1GVRA 5C54A 4O14A 2A0NA 4LTSA 1F2JA 4QNWA 3C2VA 3EWZA 4WJEA 3LXAA 5FF2A 1U5JA 3B0PA 3MP5A 2HMCA 2QCLA 2WJZA 1IGSA 3L0GA 3SGUA 3B05A 3TC6A 3GKFA 1X8FA 2J9XA 5CZTA 3EX1A 3DKLA 3S9YA 2WO5A 1UASA 2VC6A 3HB9A 3LHUA 1S5VA 2BTMA 2BXVA 2V0TA 4GUIA 1J5TA 3A5FA 3N9RA 3NM1A 3G22A 1HO1A 1A53A 3GXTA 1YTEA 2XN0A 1JUEA 4JX5A 3NQAA 3NQCA 3QMRA 3TFCA 1WMKA 3RU6A 2FPYA 1QDSA 4DO5A 1TREA 1KM6A 1Q6QA 4UC5A 3C52A 4LC8A 4DPPA 1QAPA 2E6FA 3W2KA 1EX5A 3LCXA 3MWAA 3GR8A 3NQ6A 4IXHA 2B7QA 4S1FA 3IGSA 4MVAA 1VR6A 5HJLA 4O4VA 3LHYA 1K7FA 1EB3A 1ME9A 4IPJA 2NUXA 3PUEA 4FHAA 2ZRYA 2Y7FA 1QPNA 3R8RA 5AHMA 4IJBA 3S5NA 2NXHA 3MP4A 4KKXA 4Y90A 1RQEA 4O4WA 3S6DA 2Y7GA 4FXRA 4KFOA 5I3GA 3LGEA 1N8FA 3NA8A 4N9BA 5AC7A 4C1LA 3LXCA 1R46A 5AC8A 3DFPA 2CZ5A 2D73A 4MLJA 1JQXA 2V2HA 1C8VA 5E93A 5BMWA 1ZFJA 1DHPA 3FA5A 4O18A 4YCOA 5FF3A 3T40A 1W5OA 1KV8A 1P5BA 4ZQMA 1JCLA 3UYCA 3ZWSA 2ZTKA 1VCFA 3UPWA 3WJYA 4POCA 1J2WA 1VYSX 5AFDA 1W3NA 1JUBA 2DU2A 1KBJA 4ORMA 2E09A 3G8EA 4QISA 4XBSA 2UV8G 2E77A 3NPXA 3I7SA 3IGXA 3QH2A 1FBAA 1THFD 1V5XA 2J9ZA 3NXFA 3RFAA 3E9AA 2H8ZA 3C61A 2W0UA 1TPC1 3NL2A 1Z48A 3MI6A 4XZ9A 5K9XA 4S2BA 2YXGA 4OHQA 4ZQRA 3GDRA 2OX1A 2CLIA 4O1BA 1ZNNA 2ABBA 1QPOA 2E6AA 3U6WA 3I65A 1F5ZA 5G4EA 2E68A 4O50A 1XKYA 5F1UA 2ZFAA 3OA3A 5HQEA 3NVTA 4HSNA 4JEQA 3H25A 2HS6A 3NQ7A 4J9JA 3DHDA 1YDOA 3DFTA 3W73A 2V5BA 5CSSA 4R53A 1QO2A 3CIXA 5FEXA 4UFIA 2X2GA 3PC0A 3M7WA 4UTHA 3QJAA 1ZAJA 2BX7A 4H6KA 4RZ4A 4UNLA 1BKSA 4XTDA 3BLEA 3B06A 1W5NA 4R33A 2IQTA 2QJIA 3UWUA 2X1RA 4DO6A 3W1XA 1KFCA 3NPVA 3NZRA 5A8GA 1IXOA 2J9YA 3IIPA 4R7JA 3LCFA 3HG4A 5F4SA 4YCPA 1UCWA 3LHVA 4JD4A 3EWXA 2V8ZA 2GVLA 3VCRA 3LHTA 3TMLA 3HGOA 1Q6LA 4JTEA 1OFEA 5MHBA 4N2YA 3KRSA 2BWGA 4I7UA 5DY3A 5G5IA 4GUJA 5DCBA 5K7JA 5CPMA 3EWKA 4OQVA 1RV8A 4GE8A 3K30A 4IMCA 3BG5A 4PA8A 2VFHA 3LXBA 3WFAA 5TQLA 3PBUA 5AHNA 3L0NA 2NZLA 1GYLA 1H50A 2WNQA 4AEOA 1Q45A 4HNUA 1F76A 4UTTC 2J27A 1TCDA 3L68A 4LS0A 5LSMA 5BW6A 2A85A 1KFKA 1EP3A 4IMGA 2A7RA 4QNEA 3W7RA 5G4WA 3DXIA 4S2CA 3HGRA 1S5WA 4O12A 1YPFA 3W22A 4DPQA 3IIXA 3EEGA 3LX9A 3OVPA 1WQ5A 2V30A 3SI9A 1TJRA 2H3BA 1B4KA 1QMLA 2VFIA 3O6YX 2W6RA 1EWEA 5KMYA 1NF7A 3P80A 5DXYA 1F73A 4TO8A 2ALDA 4H4IA 3IIVA 4Z1DA 4LWWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2JWD A;  1AMK A;  2IPF A;  3VOF A;  1Q82 Q;  4HA0 A;  1DIE A;  3BOF A;  3RLV A;  1X6L A;  2WK2 A;  4MUZ A;  1LWI A;  3L5M A;  2R1P A;  3ARP A;  4QFU A;  4HH2 A;  1E1C B;  2E5T A;  1SO3 A;  4GZE A;  4G1K A;  4TMC A;  2BY3 A;  4A2R A;  3VIO A;  1EFZ A;  3AS2 A;  3TU9 A;  1MZ9 A;  2Q71 A;  3N11 A;  4AZG A;  3PZU A;  3S1G A;  3WNN A;  3B8S A;  1EL3 A;  3M64 A;  3ZT5 A;  3AYS A;  3BIC A;  2VGI A;  3GY1 A;  3K8L A;  3DFN A;  2D2C C;  3PVF A;  1FS0 E;  3WNO A;  5JBF A;  1GVS A;  1OX4 B;  1TZ9 A;  5HMS A;  4L65 A;  2PGE A;  5H2F E;  4I7Z C;  5BOF A;  4H9Z A;  1XIH A;  1WRG A;  4UTF A;  4HYW A;  1NDV A;  2CPU A;  4LV4 A;  3PJT A;  1ZJI A;  3NL3 A;  4PUL A;  2A2I A;  3VMZ A;  2VEK A;  1IZK A;  3VC6 A;  1SQX G;  1PKN A;  1JM0 A;  1SFT A;  3VXG A;  1JY3 O;  1ZU8 A;  3NR0 A;  4D1I A;  1UD4 A;  3Q94 A;  5T26 A;  4C7R A;  4FIR A;  2CLF A;  4LOC A;  1OY0 A;  4HVX A;  1DKW A;  1GJU A;  3NOY A;  4E3T A;  6TAA A;  4CD4 A;  2DSK A;  2O1J A;  1AJZ A;  3W1M A;  3TYC A;  2CZV A;  3PUL A;  1WDP A;  3P8C E;  3BAY A;  5CCZ A;  3BCD A;  2E6Y A;  4NT0 A;  1D7M A;  5E9A A;  2WSS H;  1A5L C;  3TTO A;  3QQW A;  3HMC A;  1N2V A;  2PUR A;  2C18 A;  3GG2 A;  1MKM A;  3O0K A;  2XNX A;  3ZVH A;  2HNH A;  4H8N A;  3PRJ A;  1FHD A;  1P0N A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 2ZT9 D;  2VEP A;  1SZE A;  2E1D A;  3GF7 A;  3O6C A;  1W1Z A;  4Z0S A;  1KFL A;  3BLF A;  4CQA A;  3F4N A;  4FNP A;  1B3O A;  4LY8 A;  1VYP X;  3TXV A;  4X2R A;  1GT8 A;  1BWL A;  3M43 A;  1YDV A;  1LOQ A;  1OFO A;  1SUX A;  3P67 A;  3BG3 A;  2A5H A;  2C3Z A;  3PG8 A;  2VEL A;  4JTF A;  1DBT A;  5FEP A;  1O5X A;  5TBO A;  3NZ1 A;  4YLW A;  4QAI A;  1VLW A;  3QFE A;  4N9C A;  2E74 C;  1R8E A;  1GVO A;  2YYT A;  1VZW A;  3S1U A;  4Z1A A;  3G1H A;  4JIC A;  3STC A;  1L2U A;  3IAO A;  3IV3 A;  4EWN D;  4FB7 A;  3BGJ A;  2GQ8 A;  4OGQ D;  2ZZ7 A;  4K8H A;  2Y62 A;  3PSV A;  3SFK A;  3CB8 A;  3IIO A;  3LHW A;  4XBK A;  1T8X A;  4RK8 A;  4OE7 A;  3SZ8 A;  2VEN A;  1DJQ A;  3M41 A;  3ANY A;  5HR7 A;  3TQV A;  2OT1 A;  3TC7 A;  4NX0 A;  4YTP C;  5FF4 A;  1EEP A;  1F7B A;  2OJP A;  2QEZ A;  3A22 A;  3UWW A;  1KM4 A;  5F2I A;  5FEZ A;  2FB3 A;  1I8J A;  5HUP A;  2NUY A;  2TRS A;  2YFO A;  3GNN A;  4UFJ A;  5A5W A;  3EKZ A;  3CEP A;  5KZD A;  1HG3 A;  4QJ1 A;  2R91 A;  1GG0 A;  3TQK A;  2QJP C;  1P4C A; 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