The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
115
|
sequence length |
579
|
structure length |
557
|
Chain Sequence |
NNLNWFVGVVEDRMDPLKLGRVRVRVVGLHPPQRAQGDVMGIPTEKLPWMSVIQPITSAAMSGIGGSVTGPVEGTRVYGHFLDKWKTNGIVLGTYGGIVREKPNRLEGFSDPTGQYPRRLGNDTNVLNQGGEVGYDSSSNVIQDSNLDTAINPDDRPLSEIPTDDNPNMSMAEMLRRDEGLRLKVYWDTEGYPTIGIGHLIMKQPVRDMAQINKVLSKQVGREITGNPGSITMEEATTLFERDLADMQRDIKSHSKVGPVWQAVNRSRQMALENMAFQMGVGGVAKFNTMLTAMLAGDWEKAYKAGRDSLWYQQTKGRASRVTMIILTGNLESYGVEVKTDPADPPIPNDSRILFKEPVSSYKGEYPYVHTMETESGHIQEFDDTPGQERYRLVHPTGTYEEVSPSGRRTRKTVDNLYDITNADGNFLVAGDKKTNVGGSEIYYNMDNRLHQIDGSNTIFVRGDETKTVEGNGTILVKGNVTIIVEGNADITVKGDATTLVEGNQTNTVNGNLSWKVAGTVDWDVGGDWTEKMASMSSISSGQYTIDGSRIDIGSHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structure of the cell-puncturing device of bacteriophage T4.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase/structural protein
|
source organism |
Enterobacteria phage t4
|
molecule keywords |
TAIL-ASSOCIATED LYSOZYME
|
total genus |
115
|
structure length |
557
|
sequence length |
579
|
ec nomenclature |
ec
3.2.1.17: Lysozyme. |
pdb deposition date | 2001-09-26 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00959 | Phage_lysozyme | Phage lysozyme |
A | PF06714 | Gp5_OB | Gp5 N-terminal OB domain |
A | PF06715 | Gp5_C | Gp5 C-terminal repeat (3 copies) |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Lysozyme | Lysozyme | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Nucleic acid-binding protein domain | ||
Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 123L A; 1L17 A; 1CU3 A; 3CDT A; 2NTG A; 2LZM A; 1L73 A; 1CX6 A; 4GBR B; 214L A; 3HH5 A; 142L A; 1L99 A; 196L A; 1SWY A; 235L A; 1OYU A; 164L A; 166L A; 4ZPU A; 119L A; 3QAK A; 4EXM A; 4K5Y A; 149L A; 169L A; 1LYJ A; 3EML A; 4W57 A; 1L09 A; 1C6L A; 1C6H A; 1CV3 A; 1LGX A; 1L69 A; 3C7W A; 122L A; 158L A; 4GRV A; 198L A; 2B70 A; 182L A; 1D2W A; 236L A; 1L33 A; 1L40 A; 1P36 A; 4EKR A; 104L A; 186L A; 1C6C A; 150L A; 139L A; 1C6P A; 1L59 A; 3SB5 A; 1G1V A; 2QB0 B; 157L A; 231L A; 1L34 A; 251L A; 3GUL A; 4I7K A; 125L A; 1L15 A; 2OTY X; 4DJH A; 253L A; 1C6Q A; 1L57 A; 1L90 A; 1CV5 A; 243L A; 238L A; 201L A; 3C7Y A; 1L64 A; 1D3F A; 1G0P A; 1L53 A; 160L A; 1CU6 A; 1LYI A; 2OEA X; 3HTF A; 1T6H A; 1L35 A; 3SB7 A; 4LDE A; 249L A; 161L A; 242L A; 3SBB C; 1L63 A; 2ANX A; 1LYD A; 1L77 A; 1L27 A; 1WTH A; 3DN4 A; 7LZM A; 1L98 A; 1P7S A; 177L A; 1C6N A; 1L21 A; 1L10 A; 1DYA A; 1L86 A; 3HDE A; 2RAZ X; 1QTB A; 1QTV A; 1D3J A; 1D9W A; 1C6D A; 2RB2 X; 1CTW A; 1C66 A; 1L76 A; 244L A; 229L A; 173L A; 3DN1 A; 1C64 A; 211L A; 1L20 A; 146L A; 195L A; 2RBN A; 1QT7 A; 1CVK A; 230L A; 3G3X A; 4I7P A; 218L A; 4LDL A; 240L A; 1L13 A; 2Z6B A; 3F8V A; 245L A; 1C67 A; 252L A; 3HTG A; 1L72 A; 114L A; 2RBO A; 206L A; 3GUP A; 1QTH A; 4ARM B; 171L A; 2HUK A; 2Q9E A; 4LZM A; 1LW9 A; 3C7Z A; 180L A; 3C81 A; 1L55 A; 1QUD A; 3DKE X; 3HH6 A; 3DMZ A; 1L32 A; 1LI6 A; 1C6B A; 4I7T A; 175L A; 1PQM A; 3SB8 A; 192L A; 1DYD A; 3HTB A; 1OVJ A; 1L84 A; 188L A; 1C6T A; 1L29 A; 1L45 A; 1L18 A; 4I7R A; 2OE7 X; 3OE8 A; 1C6A A; 1C60 A; 1P56 A; 4PK0 A; 4OO9 A; 1L61 A; 1QTD A; 1SSW A; 3PDS A; 2O79 A; 4I7Q A; 2RBP A; 190L A; 228L A; 3DN6 A; 3HT9 A; 237L A; 219L A; 1LPY A; 1L43 A; 246L A; 143L A; 200L A; 225L A; 209L A; 1L30 A; 3GUO A; 115L A; 1P3N A; 1JTN A; 1QT6 A; 1ZWN A; 1KW5 A; 216L A; 5I14 A; 1QTC A; 1ZYT A; 2B72 A; 1L52 A; 2OU9 A; 3DNA A; 167L A; 4DKL A; 1L28 A; 2IGC A; 261L A; 1C68 A; 3CDV A; 107L A; 2F32 A; 250L A; 1LGW A; 1L85 A; 1L94 A; 3CDR A; 4YX7 C; 103L A; 3HU8 A; 1XEP A; 1LWK A; 1C6E A; 1L54 A; 1L0J A; 3GUN A; 159L A; 1K28 A; 3FA0 A; 1L48 A; 1DYG A; 2OU0 X; 4W55 A; 112L A; 185L A; 4EJ4 A; 4YXC A; 3GUM A; 3HUA A; 155L A; 3FI5 A; 3PBL A; 191L A; 3HUQ A; 3NY8 A; 137L A; 217L A; 3HH4 A; 4E97 A; 2OTZ X; 1LYE A; 1L71 A; 1L41 A; 1L39 A; 108L A; 1OWY A; 1KY0 A; 1QTZ A; 1T8G A; 2RB0 X; 3C8S A; 3RUN A; 1L14 A; 1C61 A; 4EKQ A; 2HUL A; 183L A; 1PQJ A; 3DN8 A; 1L88 A; 1L38 A; 1P64 A; 4ARQ B; 4AQN A; 1PQO A; 1L03 A; 3G3V A; 1QT8 A; 1L24 A; 3C80 A; 152L A; 1KNI A; 4W54 A; 1CX7 A; 3HT7 A; 4W51 A; 151L A; 241L A; 4I7S A; 1G0G A; 1G0J A; 3OE6 A; 4EKS A; 2B6T A; 178L A; 2A4T A; 2OE9 X; 3D4S A; 1QT3 A; 2RBS A; 1L05 A; 3V2W A; 258L A; 1SSY A; 3GUI A; 222L A; 128L A; 109L A; 170L A; 2RB1 X; 1L19 A; 1PQD A; 233L A; 1C6G A; 1L79 A; 184L A; 1JTM A; 102L A; 247L A; 4ARQ A; 181L A; 1T8F A; 1CU5 A; 1L65 A; 223L A; 4LDO A; 1QS9 A; 256L A; 1L97 A; 2RAY X; 1L37 A; 1P5C A; 1L80 A; 3SBA A; 1L49 A; 1OWZ A; 1NHB A; 6LZM A; 1P46 A; 1DYC A; 3NYA A; 2F2Q A; 3C82 A; 1C6J A; 168L A; 1L25 A; 162L A; 221L A; 2L78 A; 172L A; 165L A; 4ARM A; 1G0K A; 1CUQ A; 3HH3 A; 110L A; 1LYH A; 4S0W A; 126L A; 213L A; 1T8A A; 127L A; 1D3M A; 1L42 A; 3GUK A; 4ARP A; 4I7L A; 1JQU A; 3L64 A; 2OU8 A; 2RH1 A; 1L95 A; 1QUH A; 174L A; 1LGU A; 4PJZ A; 4W56 A; 4I7N A; 1SWZ A; 1C6F A; 1L75 A; 1DYF A; 4I7J A; 3SB6 A; 226L A; 3DN2 A; 4EPI A; 248L A; 3HU9 A; 4EKP A; 187L A; 1D2Y A; 1L83 A; 262L A; 227L A; 3SB9 A; 3JR6 A; 1L56 A; 111L A; 3HWL A; 2LC9 A; 1OVK A; 3CDO A; 2F47 A; 1L89 A; 1C63 A; 2O7A A; 2Q9D A; 2RBR A; 1L96 A; 1LLH A; 140L A; 1KY1 A; 1L01 A; 1QUO A; 1L58 A; 1L66 A; 1C69 A; 147L A; 1CU2 A; 1C6K A; 3FAD A; 3DMX A; 1G0Q A; 138L A; 1G0M A; 3OE9 A; 3G3W A; 1G0L A; 1L47 A; 1L31 A; 1L93 A; 1L91 A; 2O4W A; 141L A; 1CV1 A; 1L87 A; 1CV0 A; 1I6S A; 1SX2 A; 1L02 A; 239L A; 2B7X A; 3DN0 A; 210L A; 3C83 A; 1P6Y A; 4W59 A; 1OV5 A; 1L62 A; 1QSB A; 2CUU A; 130L A; 2OE4 X; 144L A; 148L E; 3HUK A; 1TLA A; 4W53 A; 1P37 A; 4IAP A; 4EPF A; 1LI2 A; 1L22 A; 1QUG A; 232L A; 156L A; 2LCB A; 2B6X A; 2QAR C; 1ZUR A; 3HT6 A; 1OV7 A; 1L70 A; 205L A; 1L36 A; 1LYG A; 3L2X A; 3HT8 A; 1LI3 A; 2NTH A; 4ARL A; 259L A; 1L46 A; 1P2L A; 1DYB A; 1KS3 A; 3C8R A; 189L A; 1C6M A; 1L06 A; 1CV4 A; 3F9L A; 3UON A; 1P2R A; 212L A; 1L74 A; 260L A; 1L0K A; 215L A; 1G06 A; 129L A; 3HTD A; 1PQI A; 3DN3 A; 1D3N A; 257L A; 3K2R A; 1C65 A; 3VW7 A; 1DYE A; 1QT5 A; 1T97 A; 4W58 A; 2B6Z A; 3ODU A; 3CDQ A; 113L A; 3OE0 A; 199L A; 1L82 A; 4I7O A; 2ANV A; 120L A; 2B73 A; 1L11 A; 163L A; 3LZM A; 1L07 A; 3RZE A; 1L60 A; 2B6W A; 1B6I A; 118L A; 1QS5 A; 224L A; 4DAJ A; 3C8Q A; 1XJT A; 1L50 A; 1QSQ A; 3GUJ A; 1L81 A; 1CU0 A; 1C6I A; 220L A; 131L A; 3V2Y A; 1LWG A; 1OVH A; 1C62 A; 1SX7 A; 4ARJ A; 1CV6 A; 1L26 A; 145L A; 1L67 A; 1L92 A; 3NY9 A; 4YXA C; 1L00 A; 3HDF A; 5LZM A; 2B75 A; 3DMV A; 1L16 A; 254L A; 2RBQ A; 176L A; 1G1W A; 1KW7 A; 3SN6 R; 1PQK A; 1XJU A; 1CUP A; 4W52 A; 2B6Y A; 1L12 A; 255L A; 1L04 A; 2HUM A; 1EPY A; 197L A; 1L51 A; 1L44 A; 1LYF A; 1QT4 A; 4I7M A; 1L23 A; 1L68 A; 234L A; 1L08 A; 2B74 A; 1G07 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HM4 B; 1NSN S; 1BB5 A; 1GXX A; 3G0K A; 1HFG A; 5FLM H; 3NUV A; 2WGQ A; 2UXC L; 3BVZ A; 4G4B A; 4LYC A; 5KP1 A; 2WAQ G; 1DZB X; 1JKD A; 1Q8K A; 1DJR D; 1FGQ A; 4X64 L; 1YVC A; 1YJ9 A; 2FYC A; 3M7N A; 3FG3 A; 5G3L D; 3KBX A; 4E6I A; 1GFA A; 4F8M A; 3HOX H; 4LFB L; 3HOU B; 1B20 A; 2MO0 A; 4PQX A; 1LZC A; 4MHE A; 1BSE A; 1N8Q A; 3HOZ B; 2BDO A; 243L A; 238L A; 5KXP A; 3VA7 A; 1LSM A; 2Q8R E; 2NVX H; 1HF4 A; 1IOQ A; 4EV2 A; 1EUJ A; 3A7A B; 4LDE A; 3NUC A; 2DBT A; 5IYB H; 2ANX A; 1LYD A; 4H90 A; 4TSC A; 5FO7 B; 3S5C A; 4YHH L; 1LJE A; 4A7D A; 3SK4 A; 3FZW A; 3IWR A; 4N9T A; 2E2U A; 2DY8 A; 1QTB A; 5CXO A; 5EPJ A; 3CPF A; 1TEW A; 1G7I C; 3MFG A; 211L A; 1IO5 A; 1LJJ A; 1YAN A; 240L A; 2K7V A; 4KKT A; 1IW7 C; 1K0R A; 1K8M A; 1DQJ C; 2HUK A; 3SGI A; 3DKE X; 1TWG H; 1EYC A; 5CGK A; 1TJD A; 1GFV A; 2FMM A; 4O2H A; 2K32 A; 4HIM A; 4J6H A; 3S14 H; 2P0M A; 2NVQ B; 3BND A; 190L A; 4OWB A; 1AE3 A; 1XMQ Q; 4YCU A; 2B24 B; 2LYX A; 2F0N A; 1RTU A; 1UBZ A; 1QT6 A; 1UUV B; 3C1E A; 4Z41 A; 2VB3 X; 1CHQ D; 1OF5 A; 1L28 A; 4X3S A; 133L A; 3MTS A; 1HEP A; 2CWT A; 250L A; 5CV5 A; 4HMJ A; 5BIR A; 1LWK A; 4N6U A; 1L0J A; 5E4W C; 4MMY B; 3AGH A; 3X3X A; 1F10 A; 5LHY 1; 3VWO A; 3ULL A; 1BCP F; 3EN1 B; 1QMA A; 1B7N A; 3P66 A; 4XQJ A; 3HK4 A; 3QR8 A; 3HH4 A; 1BUV T; 1NNX A; 2XQO A; 1BNR A; 1JV2 B; 1FJG Q; 2Z2F A; 2HU1 A; 3K3T A; 3TP6 A; 1IP1 A; 4R6C A; 1VQM 3; 2TMP A; 5K5P A; 4FYD A; 1LSE A; 1RGF A; 4GOP A; 3I4N H; 1YIT 3; 4H8Y A; 4H9C A; 4N0J A; 1F9Q A; 2OCE A; 1L79 A; 3ND8 A; 4RW2 A; 2JQ5 A; 1N8R 4; 4NP5 A; 1SE8 A; 5JPN C; 4KFD A; 1TFK A; 4R4C A; 5ILF A; 1H6M A; 4WJW A; 1IP5 A; 1NR4 A; 3CXC 2; 5LMU L; 4H13 C; 4IPD A; 5ELC A; 2X69 A; 4BL3 A; 5GQO A; 3I70 A; 168L A; 1PYL A; 3HOX B; 1F2L A; 4ARM A; 1ICF B; 3HZP A; 2OOV A; 1WQO A; 3KJP A; 1B7Y B; 1L42 A; 3K7C A; 5I6W A; 3WOF A; 1EYD A; 174L A; 1LGU A; 4DR1 L; 2E76 C; 1XTC D; 5FKA C; 2Z19 A; 2B5Z A; 1NB3 I; 5IWA Q; 3JAM E; 4LFC L; 3EBA B; 3SLU A; 1W6G A; 4QGU A; 1HTP A; 4WYK B; 2PCF B; 1BVS A; 2F0M A; 1L01 A; 4I8S A; 1L66 A; 2K5Q A; 1STY A; 3TZD A; 3D0F A; 1KAW A; 2W56 A; 2ICE C; 3M3Y H; 1NF5 A; 3CU3 A; 2X6L A; 1JWM D; 4LYM A; 1OGZ A; 3CT5 A; 1K8O A; 3IKJ A; 141L A; 1CV1 A; 4LGK A; 2CFW A; 1NHE A; 4EMN A; 2F0H A; 5AEU B; 3HUK A; 4DT3 A; 1HFZ A; 156L A; 1VDS A; 1CKO A; 1OV7 A; 2NTH A; 1U4R A; 1QE6 A; 4XQN A; 3AW6 A; 2HEF A; 4GCD A; 4RFB A; 1XMO Q; 4R9K A; 3X42 A; 1KWI A; 1GMQ A; 3MXU A; 4Y7N H; 2A6E C; 5FK9 C; 4LF8 Q; 4KJO A; 4OWC A; 4B08 A; 3RZD H; 3CKI B; 4YWK A; 2Z18 A; 1HKX A; 2WAQ B; 3ODU A; 3CDQ A; 5C0X I; 2B73 A; 3PO3 B; 4ETD A; 3KLS A; 224L A; 3CCL 3; 2WAC A; 9LYZ A; 3BKV A; 131L A; 2HOH A; 1CZW A; 3DGN A; 5KNB A; 4YCV A; 3K57 A; 3HDF A; 3BG3 A; 1DOM A; 3CSR A; 1X1W A; 1L04 A; 4DNI A; 4TUN A; 1OF5 B; 2DQE Y; 3BVM A; 1FGU A; 1JJG A; 1DI4 A; 1J5E L; 4BAD A; 1LXE A; 1L17 A; 3E99 A; 5FJ8 G; 1CU3 A; 1GBZ A; 4Q0F A; 4N5R A; 2H4O A; 1GXD C; 3FF0 A; 3HH5 A; 2ML6 A; 5LVH A; 5CV6 A; 1WQQ A; 4IFD I; 4IUN A; 4GNX A; 1C6L A; 4JI3 L; 4OON A; 2G4N A; 1UE7 A; 3A95 A; 4ZRZ A; 5M5X H; 104L A; 4WFN 3; 2BQB A; 3EC9 A; 3BYT B; 2A5H A; 2OT2 A; 1CK1 A; 1FNV A; 1Q86 C; 2GV0 A; 1IQX A; 8CHO A; 2O9U X; 4LZI A; 1D3F A; 1G0P A; 1CU6 A; 2M7O A; 4GOP B; 1VQ6 A; 3ITP A; 4QB4 A; 1BNF A; 3G71 A; 2HU3 A; 1L63 A; 1UI7 A; 1JPO A; 1LZY A; 3DN4 A; 3WVX A; 3P20 A; 5KYL A; 2EPB A; 2W9P A; 2LXJ A; 1L10 A; 3H94 A; 3M18 B; 4H9F A; 1UW1 A; 4GCC A; 4EBG A; 4EX5 A; 4A3C G; 2KEE A; 1QZH A; 3H3V H; 4ZM8 A; 4QIW B; 2BQC A; 4HZB B; 5B1G A; 4ARM B; 4EYC A; 5IGE A; 4A3M H; 4MTK A; 5LL6 S; 1IC7 Y; 2O2L D; 2F4V L; 1WTQ A; 1KIX A; 3BZK A; 3M3Y B; 4H1P A; 3P1H A; 4PK0 A; 3ULP A; 1WCM B; 4R4K A; 4YEM A; 3GTP H; 4NXN Q; 4GOP C; 3P65 A; 5FJ8 H; 5JJI A; 4A3I H; 3ECF A; 4CDD C; 3K0X A; 5F9U A; 1JTN A; 4NSG A; 2PPB C; 1Q81 C; 3CHB D; 3QO2 A; 1QTC A; 4CBV A; 3TP7 A; 1MGW A; 1AZP A; 5I6Y A; 5DEH A; 1BCP D; 4KL7 A; 261L A; 4DQ5 A; 2N78 A; 1XXG A; 1JEF A; 1IWZ A; 2OQK A; 3KE7 A; 3Q3F A; 4RGM A; 2JA5 H; 1L48 A; 3D9A C; 4R4T A; 112L A; 2YDG A; 2OOV C; 4L7K A; 4BIR A; 4YXC A; 2EYP A; 4G7Z C; 2OTZ X; 3SVA A; 1EZ8 A; 1QTZ A; 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