The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
51
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sequence length |
214
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structure length |
214
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Chain Sequence |
PMSDKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANLAGSAMESTVMVLRNMVDPKDIDDDLEGEVTEECGKFGAVNRVIIYQEKQGEEEDAEIIVKIFVEFSIASETHKAIQALNGRWFAGRKVVAEVYDQERFDNSDLSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Dimerization and Protein Binding Specificity of the U2AF Homology Motif of the Splicing Factor Puf60.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Splicing, transcription
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source organism |
Escherichia coli o157:h7
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molecule keywords |
thioredoxin N-terminally fused to Puf60(UHM)
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total genus |
51
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structure length |
214
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sequence length |
214
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chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2008-07-24 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00085 | Thioredoxin | Thioredoxin |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Glutaredoxin | Glutaredoxin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1PMT A; 2H66 A; 1FB6 A; 3KMN A; 2OTJ S; 2MBT A; 2WJU A; 4YUD A; 2V32 A; 4RQX A; 3NS6 A; 1TU8 A; 3LPY A; 5COH A; 4AGS A; 3IOS A; 5J3R A; 3G4S S; 2LEG A; 2EIR A; 1R4W A; 1G6Y A; 1E6B A; 1G0T A; 2RUE A; 4GSS A; 1LBK A; 3GST A; 4HQS A; 1M7T A; 4HUA A; 4L5L A; 2JRS A; 2JX2 A; 3HHN B; 1TRS A; 3NMR A; 3HYP A; 2CPH A; 2Z9S A; 4K2D A; 2KXF A; 2FWE A; 1SU9 A; 2G2Q A; 2CQG A; 2FGX A; 2CPX A; 4EGL A; 2VCX A; 3WGX A; 3BCI A; 5DDQ C; 4LIR A; 1M0U A; 3W8J A; 2MKS A; 3MDF A; 4OFM A; 1HQO A; 3FEX B; 3D6I A; 2J0S D; 1SD8 A; 3EIN A; 1RQM A; 2GDR A; 1X4H A; 2KRR A; 4J57 E; 2B1K A; 2IJY A; 2MKI A; 4TR3 A; 4AJ7 A; 4QU7 A; 2B5Y A; 2FC9 A; 2ERR A; 5HR0 A; 4ECJ A; 1GH2 A; 4V2L A; 4J5O A; 3CBU A; 3TYT A; 1TK5 B; 2X8C A; 1ON4 A; 4O32 A; 1U1M A; 3PGT A; 2RS2 A; 2C3Q A; 1K8A T; 2GT6 A; 3LFL A; 4PNF A; 3GMF A; 4RQR A; 2VCQ A; 2F8F A; 4PXO A; 1WHW A; 4MZC A; 4POK A; 4FIW A; 1PSQ A; 2YZH A; 3M8N A; 1ZGN A; 2CPJ A; 2CVK A; 2DNP A; 3IK9 A; 1ZH5 A; 1GUM A; 3IK7 A; 2BZ2 A; 4WF4 A; 3CTR A; 2CPY A; 2GGT A; 1S79 A; 2MBS A; 3P3D A; 3IHQ A; 4IKH A; 1WI8 A; 2XSF A; 1VF3 A; 3HDC A; 3IE3 A; 5ECH B; 1VC6 A; 1VBY A; 4ED5 A; 1X0R A; 3TOU A; 2DMM A; 5ECI B; 4LJM A; 4IEL A; 2YJ7 A; 4BVX A; 1WP0 A; 3RHC A; 3PIP Q; 1M2A A; 2DJJ A; 5JCG A; 3TKS C; 4D73 B; 1IYH A; 3DLL Q; 1IYI A; 4M5D B; 4EKZ A; 2JL4 A; 1O81 A; 1ILO A; 4F02 A; 2VON A; 5H5S A; 2VOD A; 5IQQ A; 4HDE A; 1FO5 A; 1XXU A; 1A0F A; 4CHS A; 1SYR A; 1BX9 A; 1M9A A; 2FD3 A; 2CQ9 A; 2H76 A; 2E7P A; 3GL5 A; 1VGL A; 3NS5 A; 2YWO A; 2D3O R; 4TXO A; 1SKW B; 2HSH A; 2DHA A; 2V6K A; 1F3B A; 2FLS A; 5MLC V; 1GUK A; 5HO4 A; 1A9N B; 1EEM A; 2IFQ B; 1B4Q A; 2NDO A; 2LJA A; 1YIT S; 5EPF A; 3DEX A; 1TOF A; 2VCT A; 2G1D A; 2E0Q A; 1X0F A; 1HD1 A; 2U1A A; 3LOR A; 3IC4 A; 4MP4 A; 2AJQ B; 5HFG A; 3A2W A; 1VQM S; 2DB1 A; 2QEX S; 1XZO A; 4POB A; 1LJR A; 3HVS A; 5D78 A; 2DJ0 A; 2G0C A; 4LMW A; 6GSV A; 2IWT A; 2OTL S; 3HVV A; 3G9B A; 4K1F A; 3BJ5 A; 4MZB A; 2MMA A; 1VQN S; 5GAN D; 3F63 A; 3CRT A; 4PQ1 A; 1JZO A; 4PNG A; 2LXI A; 2L5L A; 1Q4J A; 4MF5 A; 4ISD A; 1UFW A; 3QPM A; 4V2M A; 2AYG A; 1H6K X; 1GP1 A; 2VOO A; 4HJM A; 3EUR A; 1GSS A; 2DGW A; 1U6F A; 3DRN A; 4JBB A; 2CX4 A; 5D9W A; 2PER A; 1SJQ A; 3CCQ S; 2CQI A; 1X5D A; 3F4T A; 1ST9 A; 2VOP A; 2P5Q A; 4OFT A; 3WT1 A; 5ECP B; 2PEH A; 1YKA A; 1BG5 A; 1T8E B; 4MZW A; 2MQM A; 3I56 S; 3DXB A; 3SMZ A; 3KJY A; 1JZW A; 4W90 B; 5LCZ A; 3G7Y A; 4BVY A; 2HYX A; 12GS A; 5B8B A; 2NZ4 A; 1OO0 B; 3C1S A; 3CCV S; 1F3A A; 2CPI A; 3SDE A; 3VPT A; 1O7U A; 4IO9 Q; 1SJI A; 4DVC A; 1YEX A; 5GAD U; 2VCV A; 2RRA A; 4QL9 A; 2RVJ A; 1XIY A; 1TXX A; 2XS5 A; 2PPT A; 3GYK A; 1V57 A; 4KND A; 4GCI A; 1HD0 A; 5EN1 A; 2ALB A; 1M2D A; 1YEP A; 1ABA A; 2X1B A; 4NXI A; 3TGZ A; 2ES7 A; 1MD3 A; 1PN9 A; 1ZCP A; 5IOX A; 2XPD A; 4J2F A; 1VBZ A; 1QVG R; 2AV4 A; 2WRT A; 4EL1 A; 5FT3 A; 2M72 A; 4KUN A; 2XS2 A; 4K0N A; 1X5T A; 2PGT A; 4FXV A; 4IJ3 A; 4TW5 A; 3F3R A; 2M0G B; 4F03 A; 2XHF A; 3I69 A; 3B4D A; 5J4U A; 2MQN A; 3NNA A; 2LYV A; 4D73 A; 1FVJ A; 2CPF A; 3CC7 S; 2GVP A; 3FR3 A; 4F25 A; 2KHC A; 4PRF A; 2FY6 A; 2I9H A; 3TJB A; 5HL7 Q; 5AIS A; 2V94 A; 3ERW A; 1H2U X; 1BJX A; 1JZD A; 2HZC A; 4XS1 A; 3RPN A; 1XWK A; 2TRX A; 3ERG A; 2GO9 A; 3E3E A; 3UVH A; 2JZT A; 3APQ A; 4EDZ A; 3QCP A; 3KH9 A; 2MQQ A; 1XW9 A; 2DNQ A; 2XBI A; 2EIQ A; 2IFQ A; 3TRX A; 1T1V A; 4YB1 P; 2MY8 A; 1TTZ A; 5GAG U; 3QR6 A; 5LSO A; 2CZ3 A; 2R6K A; 1UA5 A; 3HKR A; 2DNH A; 5CRW A; 2MXY A; 3CCJ S; 2PBJ A; 4IS0 A; 1T3B A; 4GTU A; 1NO8 A; 2K6V A; 5F07 A; 4MPG A; 1VQ5 S; 3EGZ A; 2CA8 A; 1VC0 A; 5ELA A; 1VQL S; 2V2G A; 1GSU A; 2J8A A; 4MJE A; 2KP2 A; 4A8X A; 2FWG A; 3CUL A; 4G2E A; 1TW9 A; 4WET A; 3RPP A; 2E2M A; 3IR4 A; 1WOU A; 3DIE A; 1FHT A; 3TKS E; 3FR6 A; 1YI2 S; 2GTU A; 3KTL A; 3ZVJ A; 2HXK A; 1SL1 B; 2PUK C; 4PQI A; 5G30 A; 2DNM A; 1TP9 A; 3QD9 A; 1X4E A; 5DDO C; 2ON5 A; 1SD9 A; 5D9T A; 1GUL A; 5AN1 A; 3IRW P; 3WGE A; 3ZIJ A; 1U87 A; 3O3T A; 2DIS A; 1XBS A; 1WEL A; 2WB9 A; 1GSD A; 2JAC A; 1SKS B; 3QMX A; 2DHG A; 2P0G A; 4CQ1 A; 1I9D A; 1THO A; 2H8L A; 2VLV A; 2CQ0 A; 1U6B A; 4OCE A; 2AYE A; 1X4B A; 1NHO A; 1O6J A; 1UC7 A; 2A3J A; 2YAN A; 3LYP A; 1M5K C; 2X1F A; 3ISO A; 4ZIL A; 1Q86 T; 3FK8 A; 1ZZF A; 1JZR A; 3NNC A; 2DIU A; 4RUV A; 2E2G A; 3BO3 A; 3P8W A; 2WUL A; 2NTO A; 1X5S A; 3QAW A; 1A2L A; 1TRW A; 1XCC A; 3M0F A; 17GS A; 3GUR A; 2GQK A; 5G5E A; 3SWL A; 5IMF A; 3ZFB A; 5H5Q A; 4BL7 A; 1PO6 A; 5ECS A; 5F8B A; 2E44 A; 3Q6O A; 4N30 A; 4PGT A; 1B9X C; 4WF9 Q; 1ERV A; 5AIX A; 1SL2 B; 5CYJ A; 1MTC A; 2HRF A; 1U1P A; 1KOH A; 3RBT A; 4H86 A; 2I81 A; 2C0G A; 2N82 B; 2AB6 A; 2VL2 C; 2IMI A; 2J76 E; 2KH9 A; 3PR8 A; 5HR1 A; 4GWR A; 1KOO A; 2HVZ A; 2O87 A; 2TRC P; 4PKD B; 4OO5 A; 3S01 A; 3MUR P; 3MXH P; 1FG4 A; 1M9B A; 2R2J A; 1YQ1 A; 1NW2 A; 2SXL A; 2B5X A; 2N5B A; 4HZ2 A; 4K7N A; 2KUC A; 2OIH A; 2DGU A; 2CPE A; 4WBJ A; 1FB0 A; 2DGS A; 3HJP A; 2H19 A; 3A2X A; 1WEZ A; 1D8Z A; 3RAZ A; 2B7K A; 2K9F A; 4POL A; 2H30 A; 2K8S A; 4LL1 B; 1YJ6 A; 1A8L A; 3R2Q A; 1NU4 A; 2L6D A; 2VOC A; 5A5K A; 1FJ7 A; 3GA4 A; 2IMK A; 3VK9 A; 3UCG A; 1QXH A; 1SXL A; 1YY7 A; 1VRS D; 3FZA A; 1BED A; 4XIH A; 5G5F A; 1QMV A; 4Y0F A; 3V4M A; 1R7H A; 5ECN B; 3FW2 A; 4ILF A; 5F0G A; 4HZ4 A; 1UP1 A; 3CCR S; 4KE3 A; 2M7S A; 2KM8 B; 4L0W A; 3M9J A; 2L41 A; 1XW6 A; 1ERW A; 1OKT A; 4QPT A; 3D0Z A; 1YHQ S; 1EGO A; 1S3A A; 1EP7 A; 2OA7 A; 2K18 A; 2KG1 A; 2H6X A; 2KT5 A; 1TDI A; 4YQM A; 4Q5R A; 2PN8 A; 2XPE A; 3F6F A; 3VAF A; 4LLR A; 10GS A; 1BAY A; 3UEM A; 2MMY A; 4K7O A; 1VC5 A; 3KEB A; 2B5E A; 3BCK A; 3GNJ A; 2L5O A; 3EU4 A; 3HVX A; 3P90 A; 3CXC R; 1O0P A; 2JZS A; 3LWA A; 4ZBB A; 1HNC A; 2F9J A; 2ON7 A; 1N8R T; 1AW9 A; 1USB A; 2RII A; 4TOP A; 1M5P C; 1WI6 A; 3G7I A; 1OYJ A; 1F37 A; 5DVB A; 1Q81 T; 4MK3 A; 2X1G A; 1H2V Z; 2LA4 A; 4WKR A; 2RM5 A; 3KZQ A; 4ZXG A; 2LRC A; 4Q5F A; 5DQS A; 8GSS A; 1CVJ A; 2H73 A; 4YAV A; 1K0D A; 3LGC A; 5HR2 A; 5CP1 A; 1Z9H A; 2YN1 A; 1XOB A; 1N8J A; 5DAK B; 1MDI A; 1HA1 A; 4X43 A; 4FXW A; 2F9D A; 5DDL A; 5ELG A; 4K0G A; 1XVW A; 4Q5N A; 2YTC A; 5G2Z A; 5GVQ A; 4DSS B; 2CPZ A; 1PL2 A; 3E9J B; 2M8D B; 3DYR A; 5EY6 A; 2CJK A; 4XS4 B; 3GSS A; 5J9B A; 4K9Z A; 1R5P A; 3LSZ A; 2VLT A; 4N11 A; 4IGJ A; 2MMO A; 3UVT A; 1ERT A; 2R3X A; 1R5A A; 3QOU A; 1FOV A; 3VWW A; 2PE8 A; 3THP A; 1YIJ S; 5DM6 Q; 1K3O A; 1C72 A; 4L0U A; 3O6T A; 2YWI A; 1P27 B; 2DIV A; 4FO5 A; 3UL3 A; 2QFJ A; 3G96 A; 4JU5 A; 3J7Z T; 3BEG B; 2HLS A; 1OIA A; 1DRZ A; 5JVH Q; 4ZL7 A; 2RT3 A; 2OSQ A; 1KTE A; 2IN3 A; 4KDX A; 1GNE A; 4K6X A; 4F2I A; 22GS A; 2H0I A; 3D4M A; 1B8X A; 1SJR A; 2H6Y A; 3SXL A; 1RK4 A; 1EV9 A; 1M1K T; 5G1L A; 2DH9 A; 3CCS S; 1YZX A; 3ZTL A; 5JCW A; 3R1H A; 1WG4 A; 4RU2 A; 3D4T A; 4GSN A; 2LV3 A; 2J23 A; 4GST A; 2Q79 A; 2AUV A; 5DJL A; 3I43 A; 2GQL A; 3W6G A; 1THX A; 4MH3 A; 4EUY A; 4NV5 A; 5F06 A; 1IQT A; 4MAB A; 1Z6M A; 2DLX A; 3US5 A; 2L57 A; 2CPD A; 3MD3 A; 3IA1 A; 3KH7 A; 2C3T A; 3FZ9 A; 4MCU A; 1EP8 A; 1UN2 A; 1TRV A; 1FJC A; 4G10 A; 5ECL B; 3UJ1 A; 2MGZ B; 2KLX A; 4KB3 A; 5LNK e; 1JFU A; 2BOP A; 3TRP A; 1TU7 A; 1KC8 T; 3QAV A; 1BYE A; 3ZZZ A; 2FWH A; 1WEX A; 1U1N A; 1S3D A; 2IME A; 4NHZ A; 1EGR A; 1G2E A; 5ID2 B; 3HCZ A; 5CRE A; 5IPH A; 3CSH A; 1A7G E; 4ZL8 A; 4E8E A; 5DDR C; 1OVN A; 3LQV A; 4TU9 A; 4WFA Q; 4KSO A; 4F0C A; 2DIT A; 3CD6 S; 1MDK A; 1WG5 A; 5LSL A; 3D22 A; 3EWL A; 3GUS A; 3VAK A; 1K3Y A; 4JZQ A; 1X5C A; 3MAK A; 1NSW A; 3MUT P; 2VD0 A; 2JVR A; 1GSY A; 3EMX A; 1N88 A; 2N3L A; 2CQ2 A; 2WDU A; 4WXT A; 1I5G A; 4XRD A; 4ZB9 A; 3K8N A; 4FH8 A; 2B0G A; 2RUF A; 5D73 A; 1YJN S; 5GZZ B; 5DM7 Q; 4IHU A; 1B9Y C; 1T7P B; 4WFB Q; 1PX7 A; 1J0F A; 1Q7Y T; 1GNW A; 2JU5 A; 5E4W A; 2ZJR Q; 2ADB A; 2CQH A; 3H1N A; 4EC0 A; 4UY8 T; 4KGI A; 2MMN A; 3KM6 A; 2P31 A; 2XNQ A; 2RU3 A; 4WKW A; 5DET A; 3R1L A; 3NNH A; 4ECI A; 3GTU B; 2LJR A; 4Z7X A; 2AAW A; 2LA6 A; 2OBK A; 3W8S A; 5DAK A; 1PKZ A; 4AJ8 A; 1HD2 A; 3TJG A; 2H6Z A; 5ECK B; 2DJ2 A; 2LQQ A; 1H4O A; 4X1U A; 4IN0 A; 5HQP A; 3HA9 A; 3F6D A; 2GHP A; 4TR1 B; 1TKD B; 1F6M C; 2XNR A; 2MSS A; 2IMD A; 2GT5 A; 1YTY A; 3DGQ A; 2VO4 A; 2QC7 A; 2DNR A; 4ZKA A; 1ZMA A; 1FXL A; 2YPM A; 2GST A; 1WJK A; 4WR5 A; 2OJL A; 3U5R E; 2WBR A; 2DJ1 A; 3H2U B; 2H0H A; 2CQC A; 3VPQ A; 2RLI A; 3QFA C; 4OD7 A; 2KP1 A; 1U1O A; 2YV9 A; 3TJJ A; 3KMO A; 5KN2 A; 1FHE A; 6GST A; 1Z3E A; 3J7Y k; 2DNZ A; 3Q2S C; 1OKD A; 2I38 A; 5D96 A; 3KD0 A; 2GS3 A; 5C04 A; 3F9U A; 2KN4 A; 4BS2 A; 2ZJP Q; 2X1A A; 4IQ1 A; 1MEK A; 4XS6 A; 4ERD A; 3ZRD A; 3EC3 A; 2LCW A; 2MZS A; 4EO3 A; 2HGN A; 1WE0 A; 2R37 A; 1DE2 A; 3VWV A; 3ZML A; 4EF0 A; 4GQF A; 2MZC A; 3F3Q A; 5B6N A; 5A4V A; 2EK1 A; 2C3N A; 4KDY A; 3I55 S; 5CRD A; 2KXN B; 1QGV A; 2WS2 A; 5IO2 A; 1E2Y A; 2LEB A; 16GS A; 3L9U A; 4YAP A; 3BOA A; 5J41 A; 3G8T A; 3GX8 A; 7GSS A; 2M4M A; 2QKE A; 2CQ1 A; 2IL3 A; 2VM1 A; 1GTI A; 2OAC A; 4HS1 A; 3H2V E; 2MGZ A; 2NVL A; 1U6T A; 3GKK A; 2ZNM A; 2DC5 A; 2L08 A; 1UVZ A; 2MZ1 A; 3ZVJ D; 4LMZ A; 2E5J A; 1EWX A; 3CPW R; 5D93 A; 2MQL A; 2B1L A; 1XFL A; 2LJK A; 3UAR A; 1M2B A; 4TU7 A; 3NIV A; 3HZ8 A; 1N2A A; 3ZYW A; 3VAJ A; 1KNG A; 4MLY A; 4QQB A; 1F9M A; 2RM6 A; 2ADC A; 2VCZ A; 3HI9 A; 2YWM A; 2CQ3 A; 2DH8 A; 1K0O A; 2HT9 A; 4ZBD A; 3E0U A; 3CCU S; 5DBQ A; 2DJ3 A; 5JWO B; 1X4A A; 2LMI A; 3ME7 A; 3ZIV A; 3CMA S; 2MKC A; 2CQB A; 3GH9 A; 3LXT A; 2O89 A; 2MQO A; 5FHI A; 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