4LUB | Genus

Total Genus 54

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	54
sequence length	275
structure length	188
Chain Sequence	TMKIAYLGPSGSFTHNVALHAFPAADLLPFENITEVIKAYESKQVCFAIVPVENSIEGSVHETFDYLFHQAKIEAVAEIILENYTRFWVLGDETPTIHLKEEDQKISLALTLPDNLPGALYKALSTFAWRGIDLTKIESRPLKTILGEYFFIIDFENHNEKLVSFALEELTSIGIHYKILGKYAVYRL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__058004613037054__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__058004613037054__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4LUB/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__058004613037054__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"058004613037054","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4LUB/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__058004613037054__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Streptococcus mutans
publication title	X-ray structure of prephenate dehydratase from Streptococcus mutans rcsb
molecule keywords	Putative prephenate dehydratase
total genus	54
structure length	188
sequence length	275
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.51: Prephenate dehydratase.
pdb deposition date	2013-07-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00800	PDT	Prephenate dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.70.260	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Alpha-Beta Plaits	Alpha-Beta Plaits	4lubA02
3.40.190.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2	Periplasmic binding protein-like II	4lubA01

3R6UA 4PP0A 1A99A 1LKZA 5IT4A 1UJ5A 5CI5A 2VD2A 4LQ5A 5IT0A 2R9JA 1H3DA 3LSFB 1LBCA 4QSDA 3BKIB 3EF7A 3RT6B 2UVIA 2HCAA 4ONYA 3CSBA 4DDDA 3VXBA 2ZNSA 3TQLA 3AB2B 3QUFA 4LQ2A 2YPNA 1UTHB 1MRPA 1ZLQA 2HQ0A 2Z8DA 4O3AA 4OFJA 1PBQA 1MXXA 3MP8A 1B3LA 5AA2B 5TPAB 3NRBA 1D3KA 1YGYA 4WKMA 4LATA 3MW0A 4NF8B 1P1OA 3IOWA 5I59A 3K5PA 4ELOA 3Q25A 2Q88A 3KN8A 3KEIA 2Z8FA 4YKIA 3MP6A 3G3GA 4GL0A 3W15C 1U8SA 4M4GA 1IIWA 3KWMA 4ND9A 4U4XA 1M5CA 2DWIA 1OQGA 1AMFA 1OLAA 2NUVA 1FQDA 2PT1A 3RUMA 1BKAA 4P0IA 1JW1A 5CMBA 1YBAA 1LSTA 1EU8A 2HAUA 3KN3A 3OO7A 2FYIA 2XXTA 4MBPA 1MQGA 2M8CA 3O97A 5H8HA 3KOTA 5JTYA 3TUJC 3M3LA 1QVSA 4PFTA 1IQ7A 3Q28A 4IO1A 2H9BA 1SVXB 3TPAA 1ZMGA 1SW5A 1MPCA 4TLMB 4EXKA 4GL8A 1L5TA 2ZYNA 5H8FA 4OFLA 1CE2A 4UA8A 4NF4A 3KBRA 4KHZE 1ZBMA 2OJTA 3V8XB 1UIUA 3H6TA 3U8QA 2XX9A 5ELVA 4I9DA 1ZPVA 2XXHA 3DP8A 3CVGA 1H44A 3S9MC 1B1XA 3PMWA 1Y7PA 4H67A 4NF5A 3L7OA 1B7ZA 3PPRA 2PA3A 3T96B 1S7YA 2PMSA 5AA1A 3KOSA 5BUUA 3BFTA 4I62A 3DHXA 1MQHA 4H5FA 4RK2A 2NXOA 2OLBA 2XXQA 3K1NA 1LB9A 2F35A 1UTHA 4GO5X 3O6GA 4DE8A 3UGWA 4GRKA 2Y7PA 5AA2A 2LVWA 4Q30B 5TPAA 1H76A 4EUOA 3LR1A 2Y7IA 4AQ4A 3FD3A 4NF8A 3OFHA 5CM6A 4IO3A 1MY1A 2DWAA 5CMKA 2Z23A 4RYAA 4N07A 5ITPA 3TCHA 1VFDA 1VSOA 4ESWA 3IK6B 3E3KA 1R9QA 4Z0IA 2V3UA 2QRRA 3K6XA 2CMOA 3ENWA 4FATA 3CFLA 3DM0A 1R6ZA 1GVCA 4GIZA 2H5YA 4R6YA 3KFMA 2NOOA 2H98A 1WDNA 2DYXA 1B5JA 1DTGA 2RCBA 4H1XA 3MPLA 1FTJA 1B51A 2B3FA 2P1SA 3DLNA 5ICQA 2V25A 4X48A 1B3GA 3C35A 4GXSB 1Q35A 4FORA 4EQBA 2ZNUA 3K6UA 3VFJA 1AH5A 1PDAA 4K3FA 3R26A 2DQVA 2ESNA 5HBCA 3IL1B 2VP1A 3FVOA 3SEWA 3H3GA 5FHMA 3TMGA 1TWYA 2B3BA 4YZZA 3N26A 4F2OA 4LVQA 1MM6A 2I4BA 3K2DA 3KGCA 4NWDA 4KFQA 1XS5A 1NNPA 1URGA 2F34A 5IKBA 5JEIA 4ZZAA 1RYXA 1N84A 3QXMA 4GWOA 3MAHA 3KN7A 2G29A 4MLVA 1GTKA 3QYTA 3FASA 3OEMA 4FEDA 3TCGA 3TCFA 4DCXA 2P9GA 3S1TA 5KCJA 2QS1A 3KZGA 3C4MA 2I3VA 5BWJA 4KD5A 4RPNA 5CMCA 4ELPA 4NF6B 4YB7A 4OMBA 4IO2A 4JWYA 4LZ8A 1Q1KA 3IB2A 5FTHA 3ZKLA 1MH4A 4ZEKA 1DOTA 5KDTB 3UW1A 3HSTA 5DYHA 2QMXA 3KSJA 4PFYA 1B1HA 3OBIA 4DIGA 1MY0A 5L8DA 3RLFE 4R6HA 1B3FA 1B3EA 4OYVA 3FUZA 1O8BA 4QFPA 4E0XA 2F8MA 5EHMA 3HN0A 4R73A 1N76A 4LA9A 2OZZA 3PMVA 2Z22A 2Q8JA 2QSWA 1B7HA 2RC7A 4M1VA 5TP9B 1YTVA 1MH3A 2R71A 1B5HA 1MQDA 1XTZA 2VD3A 4P11A 5H8NB 3AXFA 3K4UA 1KWHA 3A09A 3SEYA 1M5FA 4BDQA 2P2AA 3RGYA 3DC2A 2RQMA 3CI8A 3MZBA 2NVUB 1OQHA 2X7QA 4EQ7A 2VGQA 4FAJA 2XXXA 1LK7A 3LBSA 4XKNA 1DMBA 1CB6A 1R1NA 3UORA 5JTYB 4RY1A 3PPOA 3H6WA 1QULA 2F5XA 4F2QA 5CBSA 1ZU0A 1HSJA 4ZEFA 2I48A 4UACA 4RK9A 4F1YA 2LAOA 4NF6A 4IO7A 3TKDA 2QPQA 3IJOB 2CZLA 3H4ZA 1LAFE 1LCTA 2XX7A 2I9SA 3JV9A 4NF4B 3O28A 5KDTA 2Y7KA 2O68A 2DT9A 1A54A 2CDQA 1ZJLA 2DSFA 5I84A 1SQYA 1P99A 3TUZC 1FQBA 1US4A 4DXBA 3T9HB 2F7BA 3P7IA 1Y1MA 1FQAA 5T41A 3LSWA 1FQCA 2BJJX 2DWJA 3CG1A 4JBZA 1PB9A 5DEXB 4Q5TA 3ONMA 1I6QA 2HEUA 4X1BA 5DT6A 2OK2A 4ZE9A 3OSRA 4L17A 1IITA 1PSDA 3IOTA 3VXCA 2OBGA 2FGCA 3SEXA 1N3WA 3RN8A 1XOCA 3QAXA 5TP9A 3O66A 5CMMA 3M3KA 5FHOA 1FQEA 2Q2CA 2AIXA 3L6HA 3G3IA 5H8NA 3UA8A 1DTZA 3O6HA 4F29A 1MY4A 3B6TA 3TFLA 1F9BA 4QSEA 1I6AA 4YKPA 2O7UA 4PE5B 2F6PA 1LCFA 3CR9A 1PB7A 3IORA 1MXZA 4KYDA 4HCWA 3LC8A 4QFLA 1JVXA 2H99A 4RJZA 5FTIA 3ZKKA 3VVEA 1A7LA 4FECA 3VLUA 4LONB 5AE4A 2XX8A 4GLIA 4ZDMA 1SDXA 3GBBA 1N0TA 1IXGA 4MF3A 4R2BA 4DXCA 3RY3A 3QIMA 5M2VA 3OMBA 3TTKA 1B3HA 4E0WA 5ITOA 1Y4CA 2KO1A 2D21A 3IXQA 3MQ9A 3VVDA 1SI1A 2H9ZA 2REJA 4EXLA 1H43A 3PU5A 4JDFA 3S4UA 3FV1A 1M5EA 4OESA 1N7WA 3MUQA 2ONRA 3B6WA 4N6PA 3K00A 3O6IA 4NEDA 3MVYA 4H5GA 1OVTA 2I6EA 3QUJA 3HV1A 3VDFA 4YKJA 3DP6A 1AIVA 2A5TB 4QF9A 2DXYA 1SW1A 3VLVA 4F31B 3FJMA 3D4CA 3A3UA 3S9NC 2KLFA 4ECFA 4F3SA 1EZOA 4IGRA 2IEEA 3I5OA 3OO9A 5DEXA 4DLDA 3IO6A 4FJPA 3N94A 3C31A 3O2AA 1MQIA 5KCJB 1BIYA 1POTA 5DVFA 3WAFA 4P0GA 5HM4B 2O69A 3OFEA 3C34A 3USDA 3HCQA 2GFEA 3N6TA 3V89B 2ABHA 4Q0CA 4G4PA 1LFGA 2H4IA 3U92A 4GFRA 1Y3NA 1SC6A 1GGGA 1DSNA 2VHAA 4ELQA 1JEUA 1UIVA 3RTWB 4GXAA 2QJEA 4YMBA 1MY3A 5K2XA 3L6GA 1MS7A 1D9VA 4LZ7A 1H45A 3EQ1A 1PC3A 3UN6A 3G7WA 3F11A 3TYHA 4LUBA 1UJ4A 3ILTB 4Q8RA 3H06B 3VV5A 2X26A 4ZS9A 2GH9A 1B5IA 1ANFA 3S9LC 3ENQA 4X9TA 5CBRA 1S9TA 3CRBA 1SYHA 1MPBA 2XXIA 4XKRA 3BBRA 3MWBA 3JZJA 4HTGA 4I1DA 2VOZA 2XXRA 1XHYA 3PD9A 4KR5A 4JWXA 4ZEBA 3EHSA 4OHNA 4LP2B 2DOJA 4RA1A 1B7UA 1PEBA 1TT1A 3AB4B 1QUKA 2ONKE 1NMUA 4R75A 5CRYA 3MVZA 4FIMA 2XXPA 5AA4B 4EF2A 5HPQA 2HXWA 2DVCA 1XVYA 2A5TA 2Z8EA 1PBPA 3TQWA 1ATGA 4DZ1A 1B32A 4OVJA 2V3QA 1MXWA 2QS2A 2RE1A 4H8IA 1LLSA 3B6QA 1JW5A 1ZKBA 5I56B 1QUJA 5J1DA 2UVHA 2V3TA 1LBBA 3EHUA 4PQJA 3SEUA 4HW8A 2PT2A 4XKQA 2RINA 1MM7A 1USYH 4ELRA 4BDNA 1LFHA 2P9EA 2I49A 4JB7A 4QFNA 1S50A 5ISUA 2DE4A 2LQJA 2ALUA 3LUYA 5F7VA 3PUZE 5FIIA 3PUXE 5A5XB 1US5A 3U7JA 3JYRA 4NWCA 3TUSA 4U2RA 1WVJA 2GRVA 1A55A 3N5LA 4XXUA 1MXVA 3E9XA 4PWUA 1JNFA 3SDFA 1SW2A 3KJ7A 2XD2A 1TXFA 1LAGE 4BLAA 2I4CA 5I2NA 1MG1A 1MXUA 2UXAA 3T93B 4F18A 1AL3A 4U22A 3SESA 1ZIUA 1KS2A 1OLCA 3BFUA 2W7YA 1NH7A 3IOUA 4MFIA 4R9FA 2ONSA 3FXRA 3HHEA 2UYEA 3U94A 1FTMA 4ISUA 1MY2A 4TOZA 4IGTA 3TEPA 4POXA 4I8CA 4U1ZA 3ODBA 1EH3A 4OFOA 2HAVA 3FVGA 1VE4A 1FTOA 3K01A 1QW0A 4ZZEA 2PC6A 4G8HA 2XHDA 1NNFA 2QS3A 3IX1A 5FHNA 1Y20A 4N13A 2XD3A 2F8DA 2V93A 5AA4A 2AL5A 1VFEA 2QRYA 4TLLB 2THIA 4YB6A 2J0XA 1R9LA 4EF1A 1M5DA 4C1UA 4F22A 4YB5A 1FW0A 2I3WA 1JQFA 3Q29A 3IBWA 1Y4TA 3K6WA 2DS9A 3K02A 4FE8A 1LB8A 4YKKA 1BTJA 1Y1ZA 3VVFA 4EQ9A 5I56A 3PPPA 4X84A 1QUIA 3FXUA 2YJPA 4G8MA 1ELJA 1P1QA 1B46A 2HZKA 2D5WA 4RPOA 2O51A 2WKYA 1B6HA 1IUDA 1Y3QA 3C33A 1I6BA 2QMWA 1NL5A 3IJXB 1TFDA 3A3CA 4IO6A 4O3BA 5KZTA 2RCAA 2OWSA 4F1VA 1TFAA 3WAEA 1DPPA 3IB1A 4KYEA 4G8NA 1OIBA 4IY5A 1D4NA 4G77A 3B7DA 4KCDA 1LGBC 5A5XA 3FATA 1GV8A 2P0SA 1P1NA 1B4HA 4U4SA 3TDJA 1D9YA 3PPQA 2Y7WA 2O84X 4IB2A 1A8EA 1B58A 3MVWA 4GF8A 1IZ1A 4R6KA 4GOTA 4GD5A 2ZYKA 1I69A 1JVYA 3TTRA 3EHTA 3LOUA 4DCYA 3U72A 1RYOA 3S2VA 3G3JA 3KSXA 3LSLA 1P1WA 3I3VA 4OZ9A 4NTLA 3G3HA 2I0BA 4WXJA 3GXAA 4F3BA 1YAEA 3IR1A 3K1MA 5K2YA 4JWOA 3IOVA 3TTLA 3RTFB 3H6UA 3PUWE 3S9EA 4JXIA 2F7CA 4ZEIA 1DPEA 3TTMA 1AOVA 1URSA 3OENA 3V83A 4RXLA 2AYSA 4F19A 3OO8A 2I58A 3ENVA 4QRZA 3OSQA 3HO7A 4G68A 1Z7NE 4F1UA 3SEVA 3T9XB 3IO4A 4R9GA 3ECRA 3SKPA 3RQTA 1T0KA 4GO7X 2RQKA 2F97A 4ZECA 2X7PA 5DVJA 4AB6A 4NE4A 1MDP1 4XIGQ 2RKMA 4KCCA 1URDA 1RWUA 5JJBA 3T9VA 3FJGA 1LK5A 2DP8A 2AL4A 2ZYMA 3HHFA 4OTEA 3M3FA 1UJ6A 4GVOA 3OELA 4OQOA 2GHAA 3H7MA 1B2HA 2PYYA 3T9UA 2Y7RA 1Z7ME 1WODA 1MXYA 1NNTA 4X1DA 4MH5A 1LAXA 5L9MA 2UVGA 3E4RA 4RNSA 1EZPA 1IXHA 1SW4A 1XC1A 2Q89A 3N6UA 1XVXA 3PGFA 4YMAA 3RPWA 2O1LA 5B70A 2OWTA 2E0SA 1BP5A 3N0VA 5H8QB 4OEUA 4IO5A 3GZGA 1B4ZA 3MJNA 2J0WA 1QKAA 3PUYE 3OD7A 2H25A 3E13X 2PX1A 3C9HA 2ZXTA 1A8FA 4JSOA 3CSGA 4F3PA 4QFOA 3QK6A 2DE3A 3EN3A 1B52A 4TQUQ 4LZ5A 4H6DA 4OERA 4KI0E 1QKBA 3FGSA 3AAWB 2DVZA 4G2ZA 4H65A 1LAHE 3R7XA 2ANJA 2ZHOA 4U21A 4XTCQ 1NKXA 3FJ7A 3Q27A 3C36A 5DTBA 2XXVA 3CFXA 2V84A 4BDMA 5DVIA 1YPNA 2B65A 1II5A 2ZYOA 5I57B 2QSXA 3KJTA 3HPIA 5IAIA 2DTJA 3PD8A 3H6VA 3FVNA 5ICTA 3T66A 5L9OA 3IAZA 2D3IA 3W9WA 3OXNA 5I2NB 1B40A 4KYSA 1Y9UA 3TODA 4QSCA 3M8UA 4BDRA 1UTBB 4MLQA 3G3KA 1OMPA 3Q26A 1SI0A 1BLFA 1JETA 3OEKA 3PPNA 5EHSA 2DWHA 2JOQA 2HFBA 3DELB 4QHQA 1MQJA 3K6VA 4KPTA 1USYE 1NH8A 5LOMA 3UIFA 1N3XA 1P1UA 4BDLA 2YLNA 3EPEA 5B7DA 4PFUA 4R74A 5L9SA 4GQOA 3OOAA 4WEPA 4WEDA 4OENA 3FXQA 1XT8A 5H8QA 1B0HA 3PV0E 4OXVA 3W9VA 3DP4A 1B05A 3DHWC 3CEDA 5TU0A 3OFFA 3GBAA 3FZVA 4H0WA 3MC2A 1SD3A 2O7IA 1PB8A 5H8SA 2MDAA 2P9CA 4AB5A 4HS7A 1JEVA 1HSLA 2I0CA 2IA4A 2Q2AA 4BDOA 1B0LA 5I58B 1M0SA 1IEJA 3DDNA 1B9JA 1O63A 1FTKA 3LSXA 2FA7A 2Q9TA 1IXCA 1FCKA 3I6VA 2ZMBA 5F1QA 3UP9A 4THIA 1YCJA 2XXUA 3MZ9A 2JHEA 1GR2A 3FV2A 3PUVE 2PVUA 4OETA 2G93A 4M8LA 4DXUA 1POY1 1A40A 3TAJA 5I57A 4XKPA 1JW4A 4U23A 4YU0A 3MZ1A 4ZE8A 4PFWA 3V5AA 2OCUA 2REGA 1RKMA 4R2FA 2DXRA 3QSLA 2UVJA 3P96A 3VLWA 3ILUB 3RNNA 4ZEDA 4G68C 4ESXA 1UTBA 3TUIC 4F3GA 3HHGA 3OO6A 2GHBA 2F78A 4QFKA 3O29A 5I2KB 3U1OA 3MBPA 4FEBA 3UK4A 3CFZA 4EDPA 5CC2A 3IB0A 3ZSFA 2XXYA 1UQWA 3KG2A 3MTJA 3G3FA 4F39A 4NMLA 3C32A 4R72A 3GLBA 4C0RA 1MPDA 3CG3A 1QJMA 3PMXA 1HSEA 3FVKA 5AA3A 2QL3A 1MDQA 3OFGA 2E1SA 4G68B 3ZS6A 1ZTYA 3SERA 2ZNTA 3MPKA 1J1NA 2O1MA 1EZ9A 2NWJA 2F7AA 5I59B 2QS4A 4H8JA 4IO4A 3FIRA 3THIA 3O1LA 2UYFA 2PBWA 1SBPA 3MAMA 4GMKA 4NMYA 1N7XA 5I58A 1FTLA 4OEVA 2RC9A 2RC8A 3K0VA 5JK4A 2NYIA 1LFIA 2R6GE 4C1TA 2XXWA 3O9PA 1O64A 2RF1A 1M5BA 4Z7EA 2Y84A 3TZAA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4LUBA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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