2EPKX

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 241
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
241
sequence length
625
structure length
613
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus gordonii
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
total genus 241
structure length 613
sequence length 625
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
X PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
X PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2epkX03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2epkX02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2epkX01
1QBBA 2WMGA 5BXTA 5A6AA 5AYBA 1E43A 2OSYA 3MMUA 3QOKA 3SEPA 1M7XA 1WZAA 1H5VA 3VD5A 1QVBA 3WNLA 3ALGA 1LWJA 1OSEA 2VMFA 4URIA 3W29A 1BSIA 1XV8A 5C8BB 1MQPA 3W82A 3VX1A 2JALA 4JCLA 1E15A 3AFBA 3WFLA 3WF1A 1AQ0A 4EANA 3NJ3A 1E4LA 1I75A 3THDA 2F2HA 2VX5A 2VVSA 4QLKA 4ATDA 1G9HA 3OIHA 3VU2A 5EMYA 4AWEA 2EJ1A 4U31A 2E9MA 4TVDA 1TZ7A 1IZKA 4WK9A 4W7WA 1E4MM 4D6CA 1H2JA 1QNSA 3WELA 5I5RA 4L4PA 3GH5A 2E8ZA 2QF8A 1V3MA 2FDMA 1OINA 5A95A 5FOOA 4A3YA 3T2PA 4RE3A 1BGAA 4UQAA 3VM7A 1CXKA 3M7SA 4P7QA 2AAAA 5AYIA 4PSRA 4M80A 3AS3A 5TD4A 1UQYA 1UR4A 3WBAA 1XH2A 4XZBA 2WWDA 5DT7A 5E6YA 3T08A 2B31A 2ZX9A 1NOWA 1JNDA 3W28A 1BVZA 4WKHA 3IANA 4QAWA 4Q7NA 2GK1B 3K1DA 2XHYA 3F5LA 3WDHA 4CCCA 1UWIA 1JYWA 1HKIA 4U5KA 1H1NA 2C0HA 4PBGA 4AMCA 2BNJA 5EBAA 3AIEA 1EDQA 3GXIA 4TTUA 1WP6A 1UKQA 1HKJA 4DM1A 1EOKA 3T2QA 2EBNA 4HPGA 1TG7A 2DIJA 1DWIM 3AQUA 2DSWA 3ALFA 3OLEA 3VKKA 4UFKA 3I3BA 5A8NA 2XGIA 4WKAA 1UWTA 4JL1A 1W3KA 2CHOA 5CZKA 1ZJBA 3WUBA 4BA0A 4CGTA 3VIKA 3MSDA 3FHAA 3AMLA 2OYKA 1US3A 4YN5A 1OD8A 2WZHA 3EDFA 5IHRA 4CCEA 3WMSA 3GH7A 8A3HA 3SUWA 2OWWA 2CETA 2DT2A 2DIEA 3W27A 4PSPA 2OWXA 1CNVA 2Y2WA 1J12A 2VZTA 1AQHA 1NWSA 1GZJA 1IV8A 1TVNA 1U2YA 2WXDM 4D1JA 1DEDA 2J7DA 5ABGA 4ACZB 5AC5A 1GPFA 5JBEA 1N82A 1YHTA 2YLLA 5I78A 1UD3A 1I1WA 3WQ5A 1EIBA 4HOWA 1B9ZA 2YBUA 3VGFA 2NSXA 2D1ZA 1G1YA 3FAXA 2IXVA 1XHGA 1J0KA 1OGBA 3PZ9A 1HP4A 2DEPA 1J0HA 5I77A 4R27A 5D9MA 4UOZA 4FMVA 2J78A 2BHYA 4UQEA 3MUY1 1OM0A 1BGGA 2WZIA 1C90A 4OJYA 4Z2GA 4GIAA 1HN1A 2PWHA 1CGYA 1W2VA 1QHZA 4ZE4A 2J7HA 4ZE5A 1HJVA 5HBFA 4RE2A 1GHSA 1QI5A 2X0HA 4MNMA 1OGGA 1J0YA 1R7OA 1VB9A 4MJ4A 4R5EA 1E72M 1HX0A 3VILA 4UOJA 1W9UA 4JKMA 1OCQA 1ISWA 1EHNA 3BSGA 1OWQA 3A3HA 3MANA 4W7VA 3RM8A 2WAGA 3WF4A 2GJPA 2YBTA 2WC7A 1QNOA 1CBGA 1FH7A 3GXDA 3ZT5A 1D3CA 4UTFA 3SUTA 3PTKA 2W62A 1DWGM 4LPCA 3BAWA 2WKLA 1P6WA 1V0MA 2V5DA 3BAXA 1BFNA 4WLCA 1GORA 2WZEA 1W32A 4PTWA 3K8LA 5C70A 4DWSB 4Z2JA 3OZOA 1XSJA 3VD4A 3W6LA 3AMDA 1MW2A 3GNRA 3ZJ7A 3RILA 3ZO9A 2WVVB 1HJWA 3VD7A 1JZ5A 1UWUA 2W92A 4X9YA 2X09A 2ZICA 5A8PA 1FHDA 2XM2A 1B3WA 5E70A 4D6DA 2XSBA 2WSPA 4OBRA 1XSIA 4CN1A 4A3HA 2WANA 2BFGA 4AEFA 1WDRA 1VFUA 3UESA 4MB3A 5A8QA 1W9PA 4H2CA 3WH5A 3AISA 3PZQA 1PX4A 1E70M 1UOKA 2Y4SA 4GZEA 7CGTA 1W9BM 2FHFA 4BCEA 3WEZA 1UD5A 3NUKA 1UG6A 1A3HA 4BF7A 1E40A 1C8QA 2A3AA 1QI3A 2WHJA 3VNYA 3EDJA 1H0IA 2EPLX 5BRQA 3HMCA 4DWSC 1B3VA 3WUFA 4D6GA 3N9KA 3WH9A 3ARZA 1VBUA 3UG3A 1E5NA 2J74A 3CPUA 3VIPA 1HKKA 2YDRA 1E1EA 1A47A 2VZVA 3MMDA 1VRXA 3BSHA 1R86A 3N17A 4AZCB 3TONA 1WE5A 5ABFA 1C93A 3F5KA 3PZGA 1WPCA 3EMZA 3AXIA 1PBGA 3FXYA 3ARSA 2PF0A 1Z32X 5BWFA 2BY1A 4GO9A 3SCQA 3NIYA 1BG9A 5D4YA 1UR8A 1BYDA 1E73M 1WKYA 5I3DA 3ZT6A 3WNKA 2ZUMA 1Q6GA 1ZBKA 4D6IA 3SCSA 3RMEA 4HA4A 1LG2A 2CKRA 2YKKA 4AZHA 2W66A 3IK2A 2VCBA 3RIKA 1E1FA 1K6AA 4W7UA 5JBFA 4GZIA 1W1VA 3VDAA 4B3KA 4HZ6A 2D0GA 1PX3A 1UH2A 2FGZA 3VGBA 4J3UA 1EQPA 1O6IA 4J3VA 4Q22A 2CBIA 3VX0A 5ABHA 3S6TA 4N0RA 3MMWA 3VIOA 4HMEA 1CXEA 2XFRA 3AOFA 5M03A 1HT6A 4MAVA 5CLWA 2EXOA 1W1YA 2W61A 5FL1A 3MUIA 5JIWA 1UWSA 3W25A 1DTUA 2XWEA 1WZMA 2QHAA 4AYSA 3WNPA 1B3XA 1B3YA 4S3JA 4XV0A 3UG4A 3MV11 1HP5A 4MAZA 4XZWA 3VGHA 5LA0A 5BRPA 3TOPA 1NQ6A 1JYNA 1PX8A 1TCMA 2FHBA 2CNCA 2PI6A 2E40A 4H7VA 5EFFA 2D3NA 3KL0A 3S2CA 3IAPA 1GQLA 2JEPA 3VIFA 1GQKA 2ZUVA 3VIJA 2UWFA 4J27A 5BYWA 4WSKA 4UNIA 5A6MA 1CXLA 4JKKA 3WH8A 4JHOA 2WVVA 1MW1A 3L4WA 1UHVA 1VFFA 1H09A 4TXEA 2YDSA 2J75A 3B9DA 4H8HA 2X05A 3VIGA 1HL9A 4MB4A 2QPUA 1BQCA 1KBBA 3WUGA 2DH3A 2BXZA 3DHPA 1JL8A 4F8XA 4KGLA 2VQUA 1E5JA 3J7HA 1BG4A 3VO0A 2D24A 1CWYA 4A4AA 3L4ZA 1ITXA 3ZJKA 4LQ1A 2ZX8A 3MU7A 3ZIZA 3VDHA 1ZL1A 3UETA 4PMUA 2X2YA 2J7EA 2YA2A 3NSXA 3WD0A 3MUAA 3T0BA 1CIUA 2BVYA 4NSBA 4TTGA 1V3LA 3WF3A 3CUFA 1X1NA 1JF5A 3OZPA 1X6LA 2BXYA 2VCCA 1WDSA 1J0JA 5IHSA 3PHAA 1CTNA 4PTMA 3N11A 5IFPA 4HU0A 1E9LA 1CGTA 4CVWA 4FLOA 2YL6A 1B1YA 3AHTA 5A8MA 4AZCA 2ZXAA 5D8ZA 4PN2A 1UWRA 4PYSA 1G0CA 2GJRA 4GO8A 1NOFA 2E4TA 4PTXA 5CXPA 5BXSA 1XD1A 3L4TA 2CBVA 4FK9A 2G3IA 3N18A 1E4NA 2V38A 3VGEA 2BHUA 3KEHA 2V5CA 5E6ZA 6CGTA 1M53A 3ARWA 3CIVA 4AISA 1KQYA 4BQ2A 5CSUA 3T0AA 4E8CA 3HJEA 3WL0A 3RDKA 4QLJA 3BLKA 5FD0A 1VEOA 2J7CA 3SCOA 1GQIA 2W91A 1KXTA 1XH0A 1UD6A 3PZMA 1WNOA 4MJ2A 4PRWA 5GNYA 1TFVA 2JEQA 1HJXA 2J47A 1TA3A 3CUJA 2VZUA 3U7BA 1CGXA 3CZJA 5A2AA 3WQ6A 1QW8A 2WW5A 1CGWA 4MTVA 1JFXA 1NARA 1DWFM 1MXDA 3T09A 1BVNP 2XFYA 2WC4A 1E3ZA 3L4UA 1IZJA 3UEQA 1E0XA 4P7RA 4HA1A 3IJ9A 2YL5A 1CPUA 4U33A 3G6LA 3DC0A 3AXXA 2GDUA 4U3AA 1OD0A 3RJXA 1MW3A 4D72A 1EH9A 2OYMA 1CXIA 3M07A 2QMJA 3CUGA 5A94A 2DT1A 1UKOA 3OGSA 3LPOA 4F79A 4JFTA 2IUZA 3SURA 3GZAA 4HZ7A 2ZUUA 2A3BA 1EQCA 3OB8A 2ZXBA 3RPMA 2VRKA 1OGSA 4PMQA 1CXFA 1QHOA 2AMGA 4UFMA 4W5UA 2J4GA 2MANA 1L0PA 4ZXLA 3II1A 3W26A 3N1AA 3AS1A 4CN6A 4AW7A 1K9EA 4TVCA 3EBVA 2QPSA 2VT0A 4MDOA 2D20A 2DQXA 2YJQA 3WSUA 1M01A 2DPEA 1B2YA 3CO4A 3WN6A 2ZUNA 2WHMA 4D6EA 2WMFA 5D9PA 2D3LA 2PWEA 3GH4A 3T0DA 3IJ8A 3B9AA 2CXGA 4PUDA 4V2XA 6TAAA 2WSKA 3F4VA 3AHXA 4LYQA 1PIGA 2XVKA 5A2BA 1UWQA 1QI4A 1EXPA 4JFWA 2JIWA 3T2OA 3OGRA 1JZ4A 4CU6A 1V02A 5A3HA 5A6BD 2YL8A 1D7FA 3ARRA 5ABFB 1AVAA 3EDKA 1UKPA 2CESA 1VF8A 1H41A 3RM9A 3VIIA 3WD4A 4CD7A 1E0VA 1DHKA 4AZ7A 4P8XA 4XX6A 1S46A 2ZIDA 5BROA 1GJUA 1WB0A 4AD5A 4U3CA 1F4AA 1OIFA 4ML4A 4JFSA 3CHFA 1B90A 4GQQA 3VOCA 1GUVA 1BHGA 4W8LA 1J0ZA 1H0GA 3VMNA 5CGTA 1CYGA 1V6XA 2CIPA 5DMYA 3GTNA 4P8WA 3SUSA 1EGZA 4M24A 1Q6DA 3EDDA 3MUZ1 1V3IA 2WMKA 3GBEA 3GDBA 3SCVA 1WZLA 1B30A 1QOXA 2VI0A 2Z1SA 4C7FA 5LYRA 2O9TA 2DH2A 4W8BA 3D5HA 1JAEA 3QR3A 3AICA 1C91A 2D0FA 3CZLA 1JZ8A 1VIWA 2XIIA 1NOUA 2XTKA 3BCDA 4HP5A 2EQDA 1E71M 3CUIA 3QHMA 4MNKA 1ISYA 2J7BA 2V3FA 3AZSA 1UZ4A 1TE1A 3SCPA 2WM0A 1JAKA 5CG0A 2CKSA 2GVYA 2WMJA 3AIUA 4RL3A 1WDQA 3WD1A 2J77A 1R7AA 2BY0A 3A4XA 1HXJA 4XUYA 4BQ4A 1ZBWA 2G4FA 3VUPA 2XUCA 1KFWA 3DYMA 2EPNA 3VDCA 1VJZA 3ZT7A 1MFUA 5A6LA 1XC6A 3AZTA 1NWTA 1Q6CA 2WB5A 5M17A 2Z1KA 4D6HA 3N13A 7TAAA 1X6NA 2BVTA 3HN3A 4BZYA 2GUYA 5IDIA 4F9JA 1W91A 4AC1X 1MW0A 2D22A 2BY3A 3N12A 3EMCA 1JZ7A 2YLAA 1TVPA 2QLYA 4RE4A 1XSKA 3QOMA 1JGIA 4M29A 3ECQA 4W86A 3ZOAA 5ABEA 4PCTA 2UY2A 3SCNA 3WNNA 2NT0A 5A2CA 2DT3A 1WZKA 3WQ8A 2W67A 1LL7A 1U30A 1UR9A 2VO5A 2PWGA 3AMKA 2WCGA 4U5IA 3VMPA 2YIHA 4HOZA 1KWGA 4CU7A 3U5UA 2J8GA 2X0YA 1D2KA 1QI2A 1GNXA 1JNEA 2J62A 3WENA 4GXPA 1LL4A 3WDQA 4D6FA 1LF1A 1V6YA 2VNCA 4OIFA 2ZXDA 1C7TA 1JXJA 2IXUA 4GKLA 1H49A 3HU7A 1JZ2A 1HF6A 4JL2A 2Y5EA 1JYVA 2VCAA 3DYOA 5CJ5A 1R85A 2DSVA 4AD0A 4JIEA 4GZJA 4LYRA 3FNDA 3OLGA 3L4XA 4UFIA 1ZJAA 4OOUA 3OLDA 3AIWA 3O6AA 2CBUA 2PWDA 4OUEA 1E56A 4N42A 1C8YA 1UUQA 1H3GA 4XB3A 4BQ5A 2FGLA 1IT0A 1UYQA 3VD3A 3K8KA 5I2UA 1QHPA 1LG1A 3U5YA 4AD3A 3AMCA 2JIEA 3CUHA 1HL8A 3CZ8A 2XSAA 3WKZA 4DWSD 1E3XA 2X8RA 3VTRA 1V6UA 2PWFA 4YHGA 3AYSA 4WF7A 1KCKA 4FLSA 1W9DM 1ESWA 3BAYA 3IAQA 3CLWA 3K46A 4U2YA 3CH9A 1H4PA 1JI2A 3SUUA 1OIMA 2RGLA 1WAWA 2GFTA 5CPSA 3WH6A 4WKFA 1LL6A 5CPQA 5HNNA 4Z2HA 1ITCA 2E0PA 4E4PA 3THCA 3L2LA 5D9OA 2YA0A 5AC4A 1KR0A 1VFOA 1UA7A 3AS2A 1YQ2A 1GOOA 5A1AA 5LA2A 3LPPA 2EPOA 1KR1A 2FH6A 3AIRA 3ARVA 1TA3B 3ZR6A 1EO7A 4PMYA 4P7OA 1J18A 3FY1A 4KMQA 4CD6A 1MFVA 5JIPA 1KWKA 1MQRA 2AOSA 4EKJA 4IISA 1ZS2A 1BAGA 5A6JA 2V3GA 4NI3A 5GNZA 3WQ4A 5M3WA 3NDZA 1PEZA 3NSMA 1V0KA 1ZU8A 2O9OA 1O7AA 1FP8A 3EMQA 1KXQA 1UR2A 1JI1A 4JHZA 5HXMA 3EYPA 1J10A 1FH9A 3APGA 1VAHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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