2EPKX

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 241
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
241
sequence length
625
structure length
613
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus gordonii
total genus 241
structure length 613
sequence length 625
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
X PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
X PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2epkX03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2epkX02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2epkX01
3PZNA 1BYCA 1NOFA 4X0VA 4EANA 3PZ9A 4D6DA 3AXXA 5I2UA 1JZ2A 1UG6A 3PZQA 1E73M 4QLJA 3GDBA 1ISZA 1ISVA 1SMDA 4UZUA 1RD6A 1CWYA 3O2LA 4H41A 3K1DA 5GNYA 2D22A 1NWSA 4XZWA 2NSXA 1BF2A 2C8NA 3KWXA 1W1VA 2Y4SA 2X09A 2BVTA 1PX4A 2VX5A 1MQQA 4AISA 3AMCA 2WWCA 2YLAA 1D2KA 3WMBA 2ZIDA 4BCEA 2J8FA 1TFVA 2WC7A 3UESA 5A3HA 2WHJA 1V0KA 1JYXA 3WQ8A 4LX4A 3WELA 3ZT5A 4LXFA 3RMEA 4GZJA 2C7FA 3BSHA 4ACYA 1PZ3A 3KZSA 2OWCA 2QLYA 4TXEA 4TX8A 2BY1A 4P8WA 5DEZA 2GFTA 3WQ4A 5M03A 1JFHA 3WNPA 1WZKA 2ZE0A 1BG9A 3CZLA 1C7SA 5I23A 2E9LA 1UA7A 1KXVA 4R5EA 3T09A 1CGUA 5A8OA 2DT0A 4LYPA 3WMSA 3OLEA 4P7RA 3VM7A 2WVUA 3RJYA 2DSVA 3B9EA 1H0GA 1H5VA 2XHYA 5BRPA 1E6PA 2CHOA 2YLLA 4HOWA 3L4VA 2W61A 1QHOA 3AMKA 3NIYA 2FGZA 1E0XA 4ACZB 4PMYA 1WE5A 4R27A 1G94A 2CNCA 1CYGA 2VOTA 4PYSA 2QMKA 4W8AA 4PSRA 1GZJA 1HNYA 3CUIA 3UG4A 1BHGA 5JBEA 3VX0A 2GK1A 3DHUA 3DC0A 2J75A 5FCZA 1E56A 2CHNA 1LF1A 1OIMA 1UWQA 1KGWA 4WF7A 3VKKA 4QCFA 2J25A 2PWDA 3VD4A 5ECUA 2VR5A 5D9NA 1GW1A 3GXMA 4ZFMA 4Z2LA 3BLKA 1U2YA 4JKMA 3N1AA 4E8DA 1H0IA 4DM1A 2XFFA 1A3HA 1B3ZA 3K4AA 1PPIA 2XVNA 1FH9A 2W66A 2PI6A 2WBKA 1CLXA 1CTNA 1UD4A 4PTWA 3QOMA 2ZUVA 3AYRA 1HKIA 3WD4A 4D6EA 3FN9A 4W7VA 2DSZA 4JIEA 2VX4A 4UFJA 4AD3A 4AIOA 2WLZA 3ARXA 1CGWA 5A8MA 1JIBA 3O9NA 1IZKA 1UR8A 1L0PA 5BRQA 5FD0A 4CGTA 3WMCA 4BS0A 3W6LA 1H2JA 2WCAA 4C7FA 2VO5A 4JCMA 1W9PA 5A2AA 3PTKA 3N12A 4AIUA 1WZLA 4P8UA 1GCYA 3SCRA 1CXFA 1JD9A 4L4PA 4HA4A 3T2OA 4HTYA 1UWIA 3CHFA 1B3VA 3VUPA 1VEOA 1H3GA 2DT2A 5JUVA 2WCGA 1PX8A 4HZ8A 3VX1A 1EHNA 1OCQA 2WVVA 3NDYA 1GHSA 1GORA 5ABHA 2VRQA 3L4WA 1BG4A 1GQIA 2J62A 1EIBA 2JF7A 2W92A 3GH4A 3WF0A 5M3WA 2QF8A 4BQ2A 2FH8A 1JXKA 2XGIA 2VZSA 3VOCA 3AIVA 4X9YA 1KXTA 5A1AA 1TA3A 3FY1A 3VD9A 4JZ5A 3MUIA 2ESCA 3G6LA 4PMXA 1OGSA 2YOCA 3PTMA 3SUVA 4AZGA 2DPEA 1RP8A 1DP0A 3MSGA 4E4PA 5KZ6A 3MMDA 2O9TA 1W91A 5LYRA 5A6LA 1C8XA 1E70M 2FHFA 4F79A 2E3ZA 1C7TA 3VIJA 1HN1A 3AS3A 3UETA 2UY3A 2YBUA 3PBGA 5E09A 1G5AA 2GJXA 4J27A 5BROA 3WY1A 5BXTA 1I75A 1JI1A 5A6KA 3SCOA 4CKQA 1B3XA 3W26A 5CLWA 1G9HA 3L2MA 4D6JA 1MW3A 1KGXA 3VGFA 4YHEA 3U5YA 3CZ8A 1GOOA 2NT1A 2YDQA 4XZBA 1OT1A 5JBFA 1Q6CA 3QGVA 3WH6A 1SYTA 5KEZA 1GNXA 2WMIB 3WH9A 2PC8A 1LL7A 4D6CA 3MSDA 2VR4A 2WLYA 4H8HA 1EXPA 4W86A 3EDEA 2FH6A 1XSKA 3PZTA 3LMYA 3VILA 1QBAA 1BYDA 3OGRA 2VCBA 5IXEA 3AI0A 1HKJA 1GOIA 1X6NA 1DWFM 3W25A 3L4UA 2JALA 4MB3A 5M5DA 3KL3A 5HDRA 2CBVA 1E6ZA 3ZJ8A 3BSGA 3VIGA 2E4TA 1I1XA 3VVGA 1K9EA 2E0PA 2WSKA 3BXWA 3ZM8A 1W1PA 4AC1X 2VVNA 3F4VA 3WIJA 2ZUUA 5EB8A 1BLIA 3PHAA 4IUGA 1CGTA 2WZHA 2Z1SA 4W5UA 4DUWA 5AYBA 1JI2A 3AHYA 4GQRA 1NP2A 4OOZA 4FLQA 1W9XA 4M80A 2YL5A 3F5LA 4AEFA 3WBEA 3RM4A 2IUZA 3IJ8A 1FP8A 4UQAA 3ZQ9A 3AZSA 3U57A 3AICA 1TG7A 1QI2A 6A3HA 4JKLA 3FNDA 5CJ5A 1BYAA 2Z1KA 3M07A 5AC4A 1E6QM 3WD2A 1DWIM 1JG9A 1ZBCA 3WUGA 2ZXAA 3NJ3A 1BYBA 4FK9A 4CU7A 4CD5A 3WSUA 3ZT6A 3ARSA 3SUUA 3ZT7A 3UERA 1SFSA 1UA3A 4GZIA 2QPUA 3UG3A 4JFSA 1HL8A 1KFWA 2AAAA 1KWKA 1LL4A 4LPCA 1UZ1A 2G3JA 1OWQA 1B30A 3AMGA 3K8LA 3W27A 8CGTA 2EXOA 1N82A 3TTOA 4UZSA 1OSEA 2GVYA 1HKMA 4QLKA 1GOQA 2G3MA 3WL1A 1V3LA 2BY3A 4C7GA 2BVDA 3OIHA 2OYMA 3E1F1 5D4YA 1CLVA 1XHGA 1GJWA 1NQ6A 1GVYA 1V6YA 3M46A 4AEEA 1E6XM 1HJSA 2D1ZA 4W7WA 4YPJA 4J3UA 1WDSA 4X0NA 2WAGA 3ARTA 2XVGA 4Z2JA 3LPGA 5E0FA 4Z2KA 3MUAA 5BCAA 3AHTA 3LPPA 3WDIA 3EDFA 3AIEA 1PX3A 3U5UA 3EYPA 1K9TA 1HJQA 4UFMA 1VFFA 2O9OA 3MKKA 3T0AA 5LA0A 3CZJA 4CD4A 1ZU8A 4GQQA 1SMAA 2EPNA 1V6XA 2DSUA 2XVPA 1B0IA 2GJRA 1C90A 4W8LA 3FHAA 3TA9A 5FL1A 2MANA 2BY0A 1NM9A 1CXIA 1UZ4A 4ZEPA 3DYMA 4H2CA 5DFAA 3WEMA 2IXUA 1M7XA 3K8MA 1R7OA 3MMUA 4ATLA 4KWUA 1JYWA 3WBAA 2YBTA 4NI3A 4CUCA 1EH9A 1W3KA 1CIUA 2JE8A 5I5RA 5A69A 4Z2GA 1GQJA 1ZBVA 2PWFA 3BAKA 2GUYA 3EMQA 1E4MM 4PMQA 3WF3A 3BLPX 3OGSA 2WMHA 1UYQA 2QMJA 1XD1A 2DEPA 4QP0A 4P8XA 4MJ2A 5I77A 1CGYA 2D3NA 4WK9A 1HJWA 1MFUA 1E4IA 5TD4A 4JFTA 5A6AA 1GUVA 2W5FA 5I6SA 4CVWA 1H11A 1V6VA 4B9YA 2XTKA 4BQ4A 2PWGA 2VRKA 1MQRA 1H49A 4AYSA 3NCOA 5GNXA 3QOKA 3CBWA 1VF8A 4XB3A 3WNMA 5E70A 2O9PA 2ZWZA 3KE0A 4J3SA 4UQEA 5CSUA 1EDQA 4NF7A 5E9AA 2XSAA 1CXHA 1E0WA 1HP4A 3VGHA 2ZX5A 4MADA 1B1YA 1AQHA 2VCCA 1WPCA 1C92A 4JFWA 1WDQA 2VNCA 2XWEA 3BC9A 4TUFA 5HPCA 2XWDA 2XFYA 4GZEA 1UR1A 4CCEA 2E9MA 2W63A 2BVYA 1KBKA 4OZOA 3VIKA 2D3LA 2D0GA 2YL9A 3A4WA 1XYZA 4LYRA 1MYRA 5DO8A 3RM8A 1EO7A 3POCA 7A3HA 5E0CA 1M01A 1ZL1A 4QFUA 3ZMRA 4HPGA 4JL2A 1TVPA 1LG1A 4IPNB 2FGLA 2CKSA 4WIWA 3EDDA 3CIVA 5C70A 1H41A 4UCFA 1JGIA 1OD0A 1LJYA 1UR2A 2W67A 4AZBA 3T2QA 1E4LA 4AZ7A 3PZOA 2OSYA 1IZJA 3WUEA 2BY2A 4F9DA 1UWUA 4D6GA 4MNJA 2JIEA 2CBIA 3A4XA 4KGLA 2YKKA 4E2OA 3KL0A 3N13A 3GXDA 3FW6A 4MNLA 3WH8A 3DECA 1EOKA 1NWTA 1QOXA 3SUWA 5IHRA 2E40A 4H04A 4CCCA 4PUDA 1D3CA 5AC5A 1V6WA 2QV4A 3IJ7A 2ZUWA 4XUYA 1WP6A 2DSKA 1CBGA 2W62A 3PZVA 3WQ6A 1V08A 2JEQA 1AQ0A 4U2YA 1PEZA 4FLSA 1XD0A 1W3JA 2CXGA 2VJXA 4HMCA 4GO9A 1ITXA 1NWRA 1JFXA 4M81A 1ISXA 1KB3A 5AY7A 5I0DA 3GYCA 3CZEA 3WNOA 1JDDA 4PMOA 1QW8A 4B16A 4CD6A 3DYPA 4PUEA 3CUHA 5BXPA 4XX6A 1G1YA 2WVSA 2WM0A 3VTRA 3CTTA 3UG5A 4F66A 1KWGA 3CUFA 1F4HA 1FH8A 1UHVA 1E1FA 3VDHA 1JDCA 4OBSA 4Z2HA 1JYNA 1B90A 3AFBA 1OB0A 1K6AA 3WD3A 2XJ7A 3ZR5A 5A2CA 1KXHA 4GXPA 3GM8A 5FL0A 2OLHA 3IAPA 5ABFB 4N42A 5CZKA 1KR1A 4M29A 3CUGA 5E6ZA 2CIPA 2HVMA 2BHYA 3WKZA 4W5ZA 1JF5A 1EOMA 4UNIA 1QHPA 3AHVA 1UR9A 4PMNA 3SUSA 3AISA 2Q8XA 4B3LA 3VIHA 3GZAA 3GXIA 1QNRA 1P6WA 2DQXA 1C3FA 1EHAA 4QDMA 4BA0A 4OJYA 4GI9A 4HZ6A 1UD5A 3VMPA 2XIIA 5CGTA 1Q6EA 9CGTA 4WKAA 3OGVA 1VENA 1W3HA 2WKLA 3MO4A 4UFHA 3CLWA 3WEZA 4GKLA 2X1IA 2Y5EA 2OYKA 3S6TA 3SCWA 3ALFA 3WDHA 1WO2A 3D5HA 3EDKA 2CESA 1E6NA 3F5JA 1V02A 3MV01 2D20A 1GQLA 1FHLA 1MW0A 3SCNA 4Q7NA 2ZXQA 2EO7A 1XH2A 3M6DA 5A6MA 1GOWA 1E43A 1J0JA 3WDJA 4EAMA 4ZE5A 1VB9A 1ZBKA 3WNLA 1MXDA 4QAWA 1E6RA 4UFIA 1PAMA 3UCQA 4PRWA 5A8QA 4HP5A 3W29A 1IV8A 1VFOA 2VTFA 3T0BA 3BAXA 1LL6A 2VCAA 4KMQA 1J0ZA 3O6AA 1E1EA 1ECEA 1ITCA 2VQUA 2XGBA 1PBGA 1UD3A 4W87A 3WD0A 4AZIA 1CPUA 4AZCB 2D23A 2YIHA 3UEQA 5BWFA 5D8WA 8A3HA 5GQBA 4JL1A 3J7HA 3M7SA 4AW7A 1V03A 1X1NA 1G01A 1AQMA 1ZJBA 3RM9A 2J7CA 1RH9A 4PBGA 3SCVA 1W9DM 1PIFA 1US2A 3WF4A 5D8ZA 4TVUA 4HOZA 1NWUA 1B3YA 4JCLA 3ZO9A 1J18A 5BYWA 1H09A 1E15A 1FFQA 5IFPA 2DH2A 4DWSC 4W89A 1TE1A 3CZKA 1J12A 1JD7A 4W93A 2GDVA 4A3HA 5ABEA 4IISA 3AJ7A 2Y8KA 1JAEA 3OBAA 2XPKA 4F9JA 2JEPA 1VJZA 4PMUA 1V0MA 2PBOA 4OIFA 1Q6DA 1V0LA 4CN1A 5EMYA 3CO4A 2NW0A 5HPOA 3RIKA 5FKYA 3KL5A 2UY5A 3B9AA 3TONA 2EPOA 7TAAA 1EGZA 2J79A 1PIGA 3EMCA 1V3JA 3VMNA 3I3BA 1K9FA 3CHEA 1VFMA 4B3KA 1MW2A 3FXYA 3TP4A 2CPUA 3MS8A 5HXMA 4UOZA 1XSJA 2G41A 1E40A 4A4AA 4NZCA 3RPMA 4CVUA 3AYSA 3POHA 5CGMA 5D9PA 5E6YA 3VDAA 1UKPA 1UOKA 4ZE4A 2W91A 3ARRA 3F5KA 3QR3A 2ZUMA 1DWJM 3WDPP 2XSBA 3WNNA 1W3LA 4Z2IA 4AZHA 3PZIA 1HT6A 3II1A 3ZSTA 3B8SA 1UH4A 4D71A 4U3AA 1J11A 2D0HA 1FP9A 2YA1A 3ZR6A 4RL3A 3OB8A 1J0YA 1R7AA 5EFFA 2WYSA 2D0FA 2GK1B 2G3NA 2OWXA 1Y7VA 4GINA 4JAWA 3SURA 4Q22A 2CBJA 4KRTA 3WD1A 4MDOA 3PN8A 3W53A 5A6BD 4P7QA 4NRSA 1ISWA 4ZXOA 3SCSA 4UQBA 5FOOA 3UR7A 2BXZA 3SUTA 2V3FA 1TR1A 3N18A 1US3A 1UD6A 2V5DA 5CLTA 3AROA 5JIWA 4WKFA 4HA1A 1H1NA 2X8RA 2ZWYA 2J7FA 1WZAA 3VPLA 2VZUA 1JDAA 1CZ1A 1E5NA 3CMGA 2X0YA 3K46A 3OLIA 5M17A 3U7BA 3VGDA 1VEPA 4D6IA 4UQDA 2XG9A 4FF5A 3RILA 3W37A 1Q4NX 3AXHA 1E71M 4ACZA 4WSJA 5LA2A 3OG2A 4J3WA 1DEDA 3NSMA 1JZ5A 4BZYA 3APGA 4AZ5A 5A8PA 3NUKA 3OLDA 1FOBA 1JAKA 2DSWA 4TVDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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