2EPKX

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 241
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
241
sequence length
625
structure length
613
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus gordonii
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
total genus 241
structure length 613
sequence length 625
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
X PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
X PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2epkX03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2epkX02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2epkX01
2XGBA 3WDJA 4DUVA 3O9NA 4BQ3A 2UY4A 3MKKA 1JZ8A 1UG6A 1RH9A 4M29A 4D6IA 4U3CA 2JEPA 4C7DA 1LLOA 1NQ6A 2VRKA 3VU2A 1B3WA 2YJQA 3HN3A 4BA0A 1W3HA 4JFUA 1UZ1A 1CIUA 3UERA 4HZ8A 5DMYA 2Y4SA 4CN6A 4FLQA 2UY2A 1UZ4A 4CD5A 1E0XA 4N0RA 1R85A 3QHMA 3WQVA 5FCZA 5DT7A 1EDQA 4MTVA 1BGAA 3SUVA 3GDBA 4GINA 4J3SA 1KXTA 2C0HA 5A69A 3GXFA 1GVYA 3B9EA 4MPKA 3SCVA 4P7LA 1Z32X 3T0BA 3PZGA 1BHGA 3MMWA 3L2MA 1MQPA 3AMDA 3WFZA 4W85A 1OWQA 1GHRA 4S3KA 1GCYA 1W9BM 3AXHA 5I23A 3WH8A 3FNDA 5I2UA 1HJXA 1V08A 3VUPA 1N82A 1BYBA 1PZ2A 4ATDA 3OBAA 4P8VA 3N13A 1PIFA 1PBGA 2WANA 1GVIA 1QI2A 1B0IA 4XV0A 4U2YA 4AZGA 3WUBA 2VZVA 4HA1A 3F5JA 1KGUA 1LL6A 1V3HA 4CD4A 2VO5A 5A8OA 1VEOA 3FHAA 3CBWA 3TTYA 2VC9A 2BHUA 2PWGA 6A3HA 1US3A 2CBJA 3VMNA 3QOKA 4A3YA 4D6CA 1SFSA 3OLEA 1Q6GA 2FGLA 1GOMA 2DT1A 3WH6A 1Q4NX 1GUVA 3AIVA 5DO8A 2RGMA 4E8DA 3N11A 1H0GA 2QPUA 3ZSSA 5BXPA 4BZYA 1QI4A 1CXHA 1E72M 5A2BA 3A4WA 1H5VA 1CYGA 1K9EA 5HDRA 2GJXB 1XD1A 4XUYA 3W37A 4YPJA 3K8MA 1JZ4A 1DWFM 4JHZA 1BSIA 4MDOA 3FN9A 1NWUA 2J7GA 3KE0A 2X2YA 3WNKA 1X6NA 4PTVA 1CLVA 3DYOA 4AEFA 4YHGA 3OB8A 3SCQA 3SCNA 1H1NA 4FLSA 1C3FA 1V6XA 3UG5A 5A6MA 4HZ7A 1HKIA 5BRQA 4XZBA 1E4LA 1W2PA 2PWFA 4W87A 1H41A 2GJRA 2ZUMA 3BGAA 4AYSA 1E70M 5A6JA 2W66A 1VIWA 1UD4A 1H09A 1KWKA 1UOKA 4W5ZA 2WHJA 1CWYA 3N9KA 2PWHA 4W8BA 1KWGA 5M3WA 3CIVA 1U2YA 2WVTA 3KL3A 5E6YA 1ISVA 2EPKX 1A3HA 4J7RA 4B9YA 3ZJKA 4AW7A 2WVUA 2G4FA 4V28A 4HOXA 4PCSA 3ZOAA 3K8KA 3PZ9A 3AHZA 3MUZ1 4FMVA 3NSNA 1BVNP 4NRSA 4PSPA 3ZR6A 1E55A 2IXUA 1UWSA 2DT0A 2TAAA 2V3FA 4JL2A 2GSJA 1E6ZA 2EEXA 3MS8A 1WZKA 4HU8A 2IUZA 1KXQA 1XYFA 4WK9A 1H2JA 3M07A 1QHPA 1OGBA 3IJ8A 4GI6A 1BYDA 3I3BA 2OSYA 4PTWA 4Z2KA 4Q22A 2BVYA 4UFIA 1CPUA 2GVYA 5A6SA 2WVSA 2G8ZA 1E6RA 1OM0A 3T0DA 4U3AA 2E0PA 3WF3A 3T08A 1W3KA 1HJUA 4L4PA 4KGJA 5FL1A 3WSUA 1KFWA 5I24A 2G3MA 2FH8A 3PHAA 3CHDA 3VIHA 4LX4A 3EMZA 4GO9A 1CBGA 3WNPA 1ISXA 3DHUA 3PZIA 2VL4A 1PAMA 5I3DA 2EJ1A 3EDJA 1GW1A 3ZSTA 1LQ0A 1AQMA 2YL6A 4D6FA 1JZ3A 1HF6A 4EK7A 5FOOA 5A2CA 2PF0A 1E4NA 1E56A 2CIPA 3UG3A 4GO8A 4QAWA 3S6TA 4N42A 3FY1A 5DF0A 5E09A 3A3HA 3ARTA 3GH7A 1R8LA 1B3XA 4PYSA 1KGWA 1UR8A 2ZXBA 5CG0A 1BVZA 1XH1A 5AC5A 4C7GA 3D3AA 3UG4A 1KQYA 2WMJA 4QFUA 3F5LA 4W88A 4CCEA 3VIFA 1JDAA 4GZIA 4MAVA 3RMEA 5CJ5A 1CXEA 1W3JA 1CDGA 2JIEA 1PX8A 1EO7A 3NYDA 4CU7A 1HKMA 1WDRA 2GFTA 1ISZA 3BCFA 3MMUA 3VX1A 2BXYA 3SUTA 1D7FA 1KR0A 2DDXA 2PBGA 3AICA 3AHVA 4TOQA 1LL7A 1VBRA 2W62A 3SCPA 3VDCA 4P7RA 1RD6A 1E3XA 5CLWA 2WMGA 1TFVA 3WD3A 5C70A 3EBVA 1J9YA 1WDSA 3CHCA 4J3VA 3AXIA 1GJUA 1DTUA 5JBDA 2FHCA 4RE2A 1QW8A 1JF5A 3FAWA 3IAQA 3KWXA 1TMQA 2V3GA 4PRWA 2YL5A 1CXLA 2ZX6A 3WN6A 4AZ6A 1G01A 5IHRA 3PTKA 1PX4A 2CBIA 3AS3A 3MUIA 1QNRA 4W93A 3W24A 1B30A 3N18A 2A3BA 2VZUA 3UR8A 1WO2A 2OYKA 3WY1A 4PUEA 2WKLA 5GNYA 2XM1A 2O9RA 6CGTA 2Y24A 1J0ZA 2ZUUA 1TG7A 5JUVA 3JUGA 1XH0A 1JZ2A 9CGTA 1UR0A 1GQJA 3A4AA 1ISWA 5EFFA 1BPLB 2D0FA 4F8XA 1QBAA 4LQ1A 4J28A 1QI5A 2WLYA 2XFFA 3AMLA 4CKQA 3EDDA 5CZKA 2V38A 4UQBA 1W1PA 3RCNA 1AMYA 1I1XA 3CGTA 3CHFA 4OIFA 3UETA 5AYIA 4W8LA 4PMQA 3VTRA 2VX6A 4CN1A 2X09A 3WL0A 5HBFA 1HKJA 3G6LA 4F9DA 3U7BA 1UR2A 4ACZA 2QLYA 1DWAM 1HJSA 4UTFA 2AAAA 2GK1A 4CN4A 5HPCA 1NM9A 4X0VA 4HTYA 2J7HA 2FDMA 1BYCA 4S3JA 1H0IA 2ZWYA 3PZOA 5EFDA 1AQHA 1PX3A 1UD3A 1Q6DA 3W25A 3GM8A 1Q6CA 4PMZA 1GJWA 4CVUA 3AYRA 4E4PA 1X6LA 4M80A 1ZBCA 2J62A 3NDYA 3BAXA 2CKRA 2VT0A 1WNOA 5JBEA 1E1EA 3EYPA 5BYWA 2YDSA 4GIAA 1QHZA 4JIEA 3IK2A 1ODZA 2XWEA 3VGGA 4TTGA 3FXYA 1QI0A 3L4ZA 3PTQA 1WP6A 4K68A 5IHSA 5A8NA 1JAEA 4PTMA 4HA3A 3SUWA 3LPPA 3AS1A 4BQ2A 5HPOA 4J27A 1ITXA 1UR4A 3VX0A 4QCFA 2JF6A 2O9TA 1GOQA 5CQ1A 1E15A 2Y5EA 1RP9A 1RPKA 2GJPA 2D23A 1E40A 3NSXA 3VKKA 3VILA 4ZE4A 4HMEA 4LXFA 1UD5A 1GQKA 4W89A 1M01A 1MQRA 2J25A 2CBVA 2YA1A 5FD0A 3TA9A 1OSEA 1OT2A 1ZL1A 2BHYA 3CHEA 3L4YA 2MANA 2OSWA 4IM4A 1UYQA 4A3HA 3RIKA 3RDKA 1VJZA 5E9AA 4RE4A 1TVNA 2WZEA 4AD4A 2J47A 2EBNA 2Y2WA 3GH5A 1IT0A 1EA9C 1PIGA 1OGGA 1UR9A 1O6IA 3MUY1 1JYWA 2DH3A 3CTTA 4AZHA 1FH7A 2ZXDA 3WENA 4DUWA 5A3HA 1M7XA 1VFMA 3CUIA 5D8ZA 4KGLA 1GNXA 3N15A 3BAIA 5D4YA 2J7EA 4QLLA 2WZHA 1XV8A 1ZBKA 2XJ7A 5FKYA 4ATLA 2CCRA 4GQRA 2OWCA 1ITCA 7A3HA 4PMVA 3WF0A 3HU7A 2GUYA 4Y7EA 2E40A 2W63A 3VIKA 4BS0A 5A8MA 3ZJ8A 4DM2A 3ARZA 5LA0A 2G3NA 1HIZA 1KR1A 3OLDA 2X0YA 2ZUTA 1PEZA 3AISA 5CXPA 2XFRA 1QW9A 3PZTA 2WCAA 3GZAA 3AMCA 1HL9A 3EMQA 2CBUA 3KL0A 1CECA 4D6JA 1U33A 3CUJA 2VVNA 2WSKA 1NOWA 3LPOA 4UOQA 1LG2A 4MNKA 2V5DA 4PMDA 4QLJA 4C7FA 1VAHA 2X0HA 5A6KA 3AYSA 1R87A 3NIYA 1UKOA 2F8QA 3ZT6A 5TD4A 3AHXA 4ACZB 4Q7NA 1Y7VA 3AIQA 4UQDA 4FLRA 1JZ7A 3OZPA 1MW2A 2CITA 1XCXA 3BAKA 2YLLA 1M03A 3WH7A 1U30A 1J10A 3D5HA 2GK1B 1DWGM 1JI1A 3BXWA 3E1F1 3CZGA 1E4IA 3VIJA 3LMYA 2ZUSA 2CEQA 5C71A 3OIHA 3WMBA 4ZEPA 3POCA 3WF2A 4E8CA 1JL8A 1K9FA 1EHNA 3M46A 1JDCA 4X0NA 3VD5A 2ZICA 4M8UA 5JBFA 2YBTA 3NCOA 2XUCA 1ZBWA 2OWWA 5IFPA 1JD7A 1J0YA 1GOKA 1MW3A 1S46A 1JF6A 5AY7A 2FHBA 3WNMA 3W0KA 1MW1A 2JFEX 3WD4A 1UD6A 3WMSA 1B1YA 3BAYA 1HNYA 2W91A 3I3EA 5DFAA 2WCSA 1FP9A 2CHNA 1EDTA 2VTFA 4OOUA 3T09A 1JYVA 1E71M 3VIIA 2QV4A 3QOMA 1HL8A 5D9NA 3WNNA 1MYRA 4OUEA 2OLHA 2OYLA 2VRQA 1XSIA 1VEPA 2FGZA 3W27A 1W2VA 3CUFA 3POHA 2VUYA 4EANA 1B31A 4B16A 4IISA 1E73M 4JCLA 2D0GA 3VDBA 4FF5A 2J79A 3EDEA 2F61A 4U5KA 1UQZA 4MJ2A 2OWXA 1O7AA 2BFGA 1B2YA 2WZIA 2EQDA 1CNVA 1NWTA 2VX4A 1KBBA 3WEMA 1FP8A 1LG1A 2DT2A 3ZM8A 2QPSA 1B90A 2VNCA 1J01A 4UQ9A 3IAPA 1QOXA 4Z2GA 2V3DA 1W9PA 1L8NA 4PCTA 1OD8A 2VURA 3OGSA 4PMYA 2DPEA 4Z2LA 1KQZA 3N04A 4UFJA 2J7DA 3GTNA 2YLAA 1FA2A 1UKSA 4UQCA 4AZ5A 5M5DA 3UESA 2V5CA 4HZ6A 1WCGA 2W67A 3KZSA 4Z2IA 2W61A 1CLXA 2QMKA 4BF7A 3K4DA 1OBAA 3TTQA 2WW5A 4V27A 3PN8A 3EDKA 1X1NA 5HNNA 4YHEA 3THCA 1J0KA 3II1A 3PZQA 3OA5A 3PZUA 5A6BA 3T2QA 3DECA 4IPLA 1F4HA 5CPSA 2YBUA 4P8UA 1VB9A 4PN2A 2VCCA 1FOBA 1V6VA 4OZOA 5JIPA 1MXGA 3OLIA 2QMJA 1BG4A 1UQYA 2J8GA 4WKFA 5BCAA 3SCWA 2XSAA 1M53A 3GBEA 4GPNA 3ZIZA 4KRUA 4BCEA 1VRXA 1J0IA 2WBGA 1HVXA 1CGUA 3BAWA 2XGIA 4H2CA 5GQBA 1VF8A 4M81A 3LPGA 1W1TA 3ARUA 4OBSA 4TTUA 4TX6A 3TP4A 2A3AA 2DIJA 1JAKA 4TXEA 1Q6EA 4UOZA 3WH9A 4GI8A 2XYLA 2YL8A 1V0NA 1EXPA 4AD5A 1W9XA 3WF4A 2B31A 4PSRA 4GQQA 4W5UA 3ZO9A 2CNCA 3VDAA 4J3UA 4PTXA 1VFFA 3ZJ7A 3NDZA 5A6BD 3L2LA 3THDA 3OG2A 2YL9A 1XYZA 1C8QA 1K9TA 1L0PA 3W28A 3SIMA 3GXIA 4W8AA 2IXVA 3VVGA 1C92A 3VM7A 8CGTA 4RE3A 4ZENA 2EPMX 1MW0A 1WDQA 2WK2A 3RILA 1RP8A 3ARRA 2XIIA 1OCQA 7CGTA 1E1FA 1UUQA 4LYPA 4J3WA 2BHZA 5IDIA 1QVBA 2DT3A 3ARYA 5I5RA 3M6DA 4DWSA 1K6AA 1LF1A 4D71A 2XWDA 5I78A 3VGFA 1V3LA 3AMGA 2PWEA 4AISA 1BTCA 1GQLA 2J78A 2DH2A 3PZVA 4AZIA 2CXGA 2YA0A 4JHOA 4P8WA 3SCTA 1B3YA 3ZT7A 2ZIDA 3VDHA 4TVDA 2E9MA 4F9JA 1MWOA 5IXEA 3ALGA 5HXMA 1M04A 1I1WA 4HMCA 3ARXA 4EE9A 5DT5A 3CMGA 1CGYA 2JF7A 4JFTA 1QPKA 3W38A 2VVSA 1V3JA 2XG9A 1B3ZA 1SYTA 3CZJA 4HOZA 3VMOA 1EQCA 4B15A 4E2OA 2ZXQA 1FHLA 4XB3A 2CERA 3VGEA 1JXJA 2WMKA 1J18A 3BLPX 1GHSA 2VX7A 4GKLA 4JFSA 4OBRA 4D6GA 4AIUA 3CH9A 3GYCA 5HOSA 3ECQA 4HU0A 1OINA 3WDIA 2WC7A 4DWSD 4WSKA 3QHOA 5A1AA 3B8SA 4D1JA 1GOIA 1PJ9A 4D72A 2WB5A 2WMFA 1CXFA 2EPOA 3WKZA 5M17A 1B3VA 4PMXA 4OJYA 3WUGA 4MDPA 3WIJA 4UCFA 2UY3A 1WKYA 2CESA 1W9DM 4AD1A 3AOFA 4OOZA 2JALA 2VZOA 3ARVA 4MNJA 2XVPA 2A3HA 2A3EA 3W81A 5I79A 2OSXA 3VIOA 1HVQA 3TONA 2VX5A 3AXXA 1V6YA 3SURA 1EOMA 1Q6FA 2WM0A 4CD7A 1DEDA 2D0HA 3MSGA 1V6UA 1GOOA 1WZAA 3A47A 1BF2A 3CZKA 2YDQA 1KCKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2RQL A;  1T38 A;  5ABT A;  3UCQ A;  1V55 C;  5I7G A;  4BQ4 A;  1S2V A;  4Q4S A;  2C0A A;  3N12 A;  4MZ8 A;  3VOH A;  2PGR A;  5LZL A;  3BSM A;  2A69 F;  1IZK A;  2NX1 A;  1AA1 B;  3U5U A;  3U2Z A;  2CHO A;  2WWD A;  3ZQ9 A;  4ZTY A;  5CJM A;  3NQV A;  4GUF A;  1OZQ A;  1KO0 A;  4AZ7 A;  1MQQ A;  2VGF A;  4WQ6 A;  4U5B E;  5ABG A;  4RL3 A;  1DID A;  1ZU8 A;  4F9B B;  1A7V A;  3BGG A;  1WA3 A;  4PB5 A;  5E0K A;  2M4I A;  4UR7 A;  4QDM A;  2VGI A;  3R94 A;  3WJZ A;  4PCN A;  3G3M A;  4XZ9 A;  3WDR A;  1AJ2 A;  4WSG A;  4FX5 A;  3IK4 A;  3UR7 A;  2EPL X;  3CQK A;  1ZBT A;  7ODC A;  3LN3 A;  1YPX A;  5DN1 A;  1SR9 A;  4XAY A;  1E84 A;  5LNS A;  4IPN B;  4P61 A;  1HX0 A;  1LLZ A;  3GY1 A;  4AHQ A;  2ISF A;  3LD5 A;  4Y6G A;  3W85 A;  3TEV A;  2CWN A;  2NAB A;  2OEL A;  2RGL A;  1SZR A;  1Y4C A;  2PLC A;  1KM6 A;  1W32 A;  5REQ B;  2PDH A;  1NOF A;  3J7H A;  3N2X A;  3DG7 A;  3IUI A;  2P53 A;  1SFJ A;  5DBT A;  3QEZ A;  5TNV A;  2LTS A;  1KU2 A;  2ESC A;  2FTP A;  4Z9H A;  4YTS A;  2BY0 A;  3K8L A; 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 3DMD A;  1QAP A;  5IY5 C;  2O0T A;  2V0T A;  3N4A A;  3KL4 A;  3EEZ A;  2OQH A;  5TAO A;  2E5B A;  2KQ9 A;  1KYQ A;  4BEJ A;  1XYL A;  5LSM A;  3K13 A;  2PDP A;  2OXN A;  4IME A;  3K1D A;  1AH5 A;  4IMD A;  2QTV A;  3MBF A;  3CZ8 A;  3FAJ A;  3ZC4 A;  5A6A A;  3IIO A;  2HXU A;  1HG3 A;  3J81 C;  4B2D D;  4BBY A;  3I6T A;  1G0C A;  2XPK A;  4PTD A;  3FGC B;  3LS0 A;  1GPF A;  3GM2 A;  3ARO A;  1UWT A;  3ZMR A;  1WTY A;  3D6N A;  2WKJ A;  3H2O A;  2OEX A;  1RXO B;  3UPW A;  2WBS A;  4AVF A;  4KC9 A;  1CGM E;  4NJH A;  1XLB A;  1RA0 A;  5KZE A;  2Z1K A;  1DHK A;  1ZP4 A;  3KCJ A;  3LM7 A;  2G3V A;  3KVJ A;  3W29 A;  2YCK X;  4DMI A;  2NUP B;  2VFH A;  4LGX A;  3UU0 A;  4I8O A;  1EB3 A;  3COT A;  1EJS C;  4NZC A;  3W4R A;  3WQP A;  3B71 A;  3AGT A;  2YR1 A;  2TSY A;  2Z1B A;  2UUI A;  2BDQ A;  3V0T A;  1ZU5 A;  4B3S E;  4LFC E;  1PYF A;  2ZX5 A;  3G6M A;  2QUV A;  3GNO A;  2YB1 A;  5E1Q A;  1C7S A;  3HNL A;  1QPN A;  3G1X A;  1CGT A;  1Q6L A;  2O92 A;  1YPI A;  2I7G A;  1JYX A;  3NM1 A;  3QV7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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