2EPLX

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 262
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
262
sequence length
626
structure length
614
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus gordonii
total genus 262
structure length 614
sequence length 626
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
X PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
X PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2eplX03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2eplX02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2eplX01
2J47A 3AIBA 5CQ1A 2WVSA 4D6EA 3F5JA 3IJ8A 3WNNA 3BCDA 3PN8A 3AOFA 4AD3A 4LYPA 3NSMA 3W53A 4MNLA 2J7EA 1R7AA 1GQLA 5CG0A 2WVTA 5AY7A 3AI0A 3WNMA 1HIZA 1G5AA 2Z1KA 1GCYA 3RM9A 3I3DA 1CLXA 3ZOAA 4HU8A 1QNQA 3GXDA 1C92A 3DHPA 5HXMA 5GQBA 1AQMA 2G3MA 1G1YA 3AIRA 4Z2GA 2JF7A 4F66A 2QMJA 5BRPA 4M82A 3ALFA 4H8UA 1DP0A 1JNDA 1PX8A 2J7DA 2YLLA 3WH7A 1UWSA 3T0DA 3OLGA 2UY5A 3WNPA 1JG9A 4ZENA 5GNXA 3SCOA 5M03A 1BPLB 1J9YA 4URIA 1EQPA 2G8ZA 3UESA 7CGTA 1NM9A 1BYBA 1EDQA 3W6MA 2VZTA 3RJXA 3WF2A 4TX6A 3K8KA 1VEOA 1E3ZA 4UQ9A 1RP9A 2UY4A 5ABFB 4GQRA 1GOIA 5A94A 3AS2A 1QVBA 1KWKA 3ECQA 1VJZA 1JI1A 1V03A 1JYXA 1BYCA 3A4XA 3AZTA 1H0GA 3BAWA 1X6LA 1V02A 3WDIA 5CZKA 3AIUA 2WMIA 1XSIA 5I77A 4M56A 1UG6A 1PEZA 5A95A 2XFRA 7TAAA 1B1YA 3ZSSA 1QI4A 3GNRA 3L2LA 3CZEA 1BG9A 1VFMA 3WD3A 2W92A 1KCLA 4B16A 1GHRA 3BAYA 1JAKA 2WHJA 3AXXA 5AC5A 5TD4A 1DWGM 1HF6A 3FNDA 2NT0A 3BAKA 3W6LA 1IT0A 4CVUA 2O92A 4F8XA 1PAMA 1BGGA 1VEMA 1NOUA 3MS8A 4UOZA 1WB0A 4TVUA 1XD1A 1R87A 4UQAA 3PZGA 3WMBA 1CPUA 1OWQA 1UKQA 4Q7NA 3VX0A 1P6WA 4HA3A 2F61A 1TFVA 5A6JA 1FOBA 2EJ1A 1UZ4A 4HMDA 1J0YA 4J3UA 3L4UA 3OLIA 2J62A 3S2CA 1EH9A 1CGWA 3AJ7A 1GQIA 1V3HA 2XSBA 3AHZA 3LMYA 3BAJA 1XCXA 5A6LA 3TP4A 1WE5A 2F8QA 3AHTA 1Q6CA 1E4IA 1JDDA 1UD2A 1V0MA 3GBEA 3BGAA 1BHGA 4H2CA 3EDEA 4PMDA 3UR8A 4BQ4A 4F79A 3VIPA 1UH3A 3ARTA 1UH2A 1GOOA 1E5JA 3WBEA 1EOMA 2A3HA 3QHNA 5HPCA 4MDOA 1ZS2A 1WO2A 2WSPA 4PSPA 3WBAA 4UFMA 1TVPA 2WWCA 3CUFA 3CZ8A 1QHOA 2J4GA 2WCAA 4UOQA 1H4PA 4OBSA 3W25A 3ZT7A 2W66A 3VGHA 1UYQA 3VM7A 2W63A 2QLYA 2WZEA 2QF8A 1Q6GA 2XVPA 3U57A 1CDGA 3ARVA 3KEHA 1H09A 4ZEPA 5BCAA 4LQ1A 4GO8A 5CGTA 1ISWA 4PMRA 1ZB5A 3WN6A 1CXIA 4HMEA 1G01A 1OGSA 3W81A 4BZYA 1AQHA 3VOCA 1MW2A 3OZOA 3QOKA 1JI2A 4CN1A 1QI2A 4J3SA 2ZX9A 1OGBA 3WD4A 4BCEA 4EE9A 5KZ6A 5I79A 3SCUA 2VNCA 1LL7A 2AMGA 1UWTA 4W7UA 2JIWA 5A6SA 1JD9A 4NI3A 4A3HA 5A8OA 3SUVA 2WAGA 1H2JA 3ZR5A 4IUGA 1L0PA 1J12A 4D6GA 3ZJ8A 3OBAA 1LLOA 4NRRA 4AZ5A 1GPFA 1C3FA 3ARPA 4CKQA 1O7AA 1EXPA 2A3BA 4ATDA 3VDHA 3IK2A 1FHDA 5C71A 2DDXA 4JIEA 2XM1A 3AIWA 1LG2A 4AIOA 1XYZA 3SCQA 2X0HA 1QBAA 2X1IA 3VUPA 2VRJA 3UCQA 1K6AA 2DT0A 3AYSA 3GNPA 4QFUA 2OSWA 1CXFA 2Z1SA 3CO4A 4UR9A 1SMAA 1RPKA 2OSXA 2VX6A 1Q6DA 3GYCA 1K9TA 3CUGA 2W61A 1OCQA 1RD6A 4W89A 1OINA 2VRQA 3D3AA 2G4FA 3AROA 4WK9A 5A6MA 2DT3A 3SCSA 4GZJA 3VIOA 1E4NA 5BYWA 4UQBA 5D4YA 2W5FA 4AEEA 3KL3A 4KRTA 2EPNA 1XSJA 2D3NA 3N1AA 1E73M 2NW0A 1K9EA 1TUXA 4HOWA 3SURA 1HKJA 1JAEA 4X9YA 1GQJA 3ZT5A 1OM0A 4C7FA 1VBUA 3WUFA 4U33A 1UWUA 4AD0A 1JYNA 2JEQA 1D3CA 1UWQA 4PMYA 3BLKA 2XUCA 5D8WA 3CUIA 2W62A 1GVYA 2YIHA 4M80A 3O2LA 5C70A 3T2QA 2GDUA 1CXHA 1JGIA 2PB1A 1IV8A 3G6LA 4OOZA 2BY1A 3MO4A 5A6AA 2OSYA 1KGXA 3CZKA 2WANA 1AMYA 1Q6EA 2E40A 1BFNA 1UR8A 3NSXA 5AYBA 2Y8VA 3MSGA 4H04A 4JKLA 3RDKA 3GH5A 1W1PA 2VRKA 4BQ5A 1HX0A 2A3AA 3PTQA 4ATWA 4GQQA 3SCWA 4XX6A 2VL4A 1VAHA 4ML4A 1OIFA 5E6ZA 5FKYA 3FW6A 3EDKA 3PZOA 1XSKA 2D1ZA 4CD4A 3RIKA 1I75A 3U5YA 5JBFA 3VIKA 4AZ7A 5FL1A 3L4VA 4PN2A 4WF7A 3SIMA 1K9DA 1MVYA 4JHOA 1TA3B 3KL5A 3VPLA 1XH1A 1NWTA 1BYDA 2RGLA 2VT0A 1ISZA 3TTOA 3ARXA 4CD5A 2ZX8A 4UCFA 5IHSA 1M7XA 1PIFA 4CU8A 2WKLA 2ZXAA 3SCNA 1OT2A 2D0GA 4P8XA 4JFUA 3QR3A 4PCSA 5BXPA 1NWRA 4HZ7A 1B3YA 5EBAA 1I1WA 5CPQA 2BNJA 2CEQA 3VMPA 4AMCA 1MW3A 4ZFMA 3M7SA 1JZ7A 1KB3A 5DT7A 3OGVA 1CNVA 4B3KA 4HP5A 1UOKA 4HPHA 4E4PA 1PX4A 1UD5A 3CUHA 1E6QM 2BHZA 3RJYA 3SCVA 1VJSA 3WFLA 3CMGA 4D6FA 5I78A 1W2VA 4C7DA 1MFVA 3WEZA 1UR4A 4U31A 3PZVA 1WP6A 2WSKA 3BCFA 4AD2A 1AQ0A 3RPMA 1XRVA 3HU7A 4D6IA 2VCAA 4BQ2A 1XCWA 3W27A 1EDGA 2DIEA 4H8HA 5ABHA 5D8ZA 3VD7A 5HDRA 1BF2A 4CCCA 2ZUSA 1VB9A 2FDMA 2WCGA 1W3KA 4PTMA 4CCDA 4TX8A 1W1TA 4W7WA 3PZMA 2NSXA 4J28A 3WEMA 2BY3A 1JF6A 2D2OA 3T0BA 1LL6A 1SYTA 2BY2A 3EMCA 2CKRA 3GNOA 1UZ1A 2A3EA 3VILA 5DFAA 1E70M 5JUVA 1W9DM 3VINA 4MNJA 2J79A 3NCOA 1PPIA 6TAAA 2XWDA 5DMYA 3EMQA 4WKHA 4W5ZA 4AZCB 4D1IA 2BHUA 2JFEX 2ZXQA 1ISVA 4PYSA 3AHYA 2CKSA 5IFPA 1MYRA 1DWFM 1QW8A 4N42A 1VRXA 2F2HA 3W28A 2XHYA 1UR2A 3WF4A 2D22A 3OLEA 3WDJA 2XVLA 3EYPA 2WPGA 2ZXBA 4M29A 1NWUA 4GXPA 3GH4A 4P7LA 4P8WA 4MAZA 3B9DA 3POHA 1CGVA 2J74A 1QHZA 4MJ4A 3WQ6A 4HA1A 3B9EA 4W8LA 3MV01 4AEFA 4LYQA 3TTQA 1GJUA 3OGRA 4HPGA 3LPOA 3MUAA 2YDSA 3SCPA 3WELA 1Q6FA 5FL0A 2YJQA 2VR4A 2J7FA 2XG9A 1G94A 2VCBA 4CD8A 4QCEA 2AOSA 1TE1A 1MW0A 3ARRA 3HJEA 3GZAA 1UUQA 2D0HA 3GBDA 1U33A 1LWHA 1G0CA 5AC4A 1XGZA 1KR0A 2YDQA 1WDRA 3VDCA 1ZJAA 4GZIA 1J11A 2ZOXA 1UHVA 4J3VA 2DH3A 3VIGA 4UTFA 4CN6A 3VD3A 2GJRA 5A6BA 4GZEA 4BF7A 1E15A 5A8MA 3KL0A 3K8MA 3WH5A 4PUDA 4UFHA 4TVCA 4S3KA 3BAIA 2W4XA 1XH0A 4XZWA 5FD0A 1NOFA 1US2A 2WVUA 4AD4A 4FLSA 2ZUUA 3AICA 2J7HA 4RE2A 3FHQA 1CGXA 3ZJ7A 5DF0A 1DTUA 3SUUA 1BSIA 1ZBVA 2XSAA 2V38A 1V3JA 3K4DA 3WENA 3WD0A 2ZE0A 5C8BB 2D23A 1GUVA 3W0KA 3PTKA 8A3HA 2VI0A 2EPKX 4YN5A 2G3NA 3OB8A 3OZPA 5CGMA 4J27A 2XWEA 3ARWA 4ZE5A 4P7RA 2DSZA 3WDRA 1J18A 1BAGA 3U7BA 4DWSA 4TUFA 3THCA 2YLAA 5A8PA 4AC1X 9CGTA 4GI6A 3GTNA 3TOPA 2CITA 3VDBA 3VMNA 2C7FA 2X2YA 4YHGA 3VIIA 2DSVA 1E6NA 1KXHA 3I3EA 4OBRA 4E8CA 1EQCA 1KR1A 3LPFA 1UWRA 1B0IA 5LA2A 1VEPA 3IAQA 5D9MA 3CTTA 3HN3A 2PC8A 4M1RA 3WIJA 4CUCA 3A47A 1XD0A 2EQDA 1UD8A 1JXJA 4S3JA 4M8UA 3UG4A 1JDAA 4TTUA 3W4RA 2V5DA 3NUKA 4E8DA 5CJ5A 1BTCA 1PZ2A 5CPTA 2EXOA 1OIMA 3WH8A 1ZJBA 1BG4A 1Q4NX 1LJYA 2X09A 1KWGA 1MXGA 3WFZA 4GIAA 2ZX7A 2WC4A 3ZR6A 2WMGA 2CBJA 1C8QA 3CHFA 1ZBWA 2DSUA 4PRWA 1ODZA 1V08A 2ZIDA 4PMNA 2VURA 4MJ2A 5BXRA 1HXJA 2WC3A 1OSEA 5IFTA 1GORA 1I1XA 1EHNA 4M24A 4UFJA 3VM5A 4DWSC 4WLCA 2BXZA 3IAPA 3PTMA 3GXMA 5CLWA 3A3HA 1ISYA 2WMIB 3IJ9A 3WY1A 3VGFA 4OZOA 3CHDA 4CU7A 2GK1A 2XM2A 1W3JA 4Z2LA 2VUYA 2VZSA 3N9KA 1NP2A 4AXNA 1OGGA 1OB0A 3MMWA 4W5UA 4DUXA 2J7BA 2XYLA 2V3EA 4HOXA 4AISA 4P7OA 4R27A 2O9TA 1E6XM 2WMHA 5AYIA 2VR5A 3VNYA 1JYWA 3ALGA 1W32A 5DEZA 1E9LA 1UKPA 3NDZA 1WZKA 3I3BA 4MB3A 1FFQA 2ZUMA 4HA4A 1PIGA 4AW7A 4U3CA 4WIWA 1UQYA 1HJXA 4OKDA 1C8XA 1B3ZA 1CXLA 4W85A 1FP8A 1H11A 2G3IA 3AMLA 1JZ5A 4ACZA 4AWEA 2DT2A 3WUBA 3MUY1 4QDMA 4K68A 1UR1A 1EDTA 2CBIA 5F7UA 4V27A 3FN9A 4KMQA 4YHEA 2VO5A 5BWFA 4DUVA 4XZBA 1VFOA 1EA9C 4JFTA 1JZ3A 1IZJA 1NQ6A 1ZBCA 4XUYA 3BMVA 3RM4A 1AVAA 1V6UA 4W86A 3KE0A 3WQ4A 1JZ8A 1W1YA 1QHPA 4EKJA 2XVKA 3AZRA 1JNEA 2DEPA 3SUWA 5A69A 3O9NA 1KBKA 1XYFA 3AS3A 1UA3A 4AD5A 4NRSA 2CESA 3MUIA 3A4WA 3F5KA 2ZICA 4Z2IA 4Q22A 1EOKA 1MQQA 3WNKA 4W88A 4BA0A 3UERA 1UD4A 4HU0A 1KXTA 1E40A 4XV0A 5A6KA 3AMKA 2PWFA 4EK7A 5D9OA 1C90A 4JCMA 5A8NA 4PTWA 1H41A 2VMFA 4ACZB 5JBDA 1NP0A 1MWOA 4H41A 3W24A 3NIYA 1HKIA 3ZM8A 1LF1A 1C8YA 1V3LA 1LQ0A 1E6ZA 1HT6A 5KEZA 1E1FA 1V6VA 1IZKA 3OIHA 2QPSA 1GW1A 5GNZA 3IANA 1BVZA 3QOMA 4W93A 2J25A 4TXEA 1FH9A 3WUGA 3ZO9A 2XGIA 3BLPX 4H7VA 1XV8A 4F9JA 4X0VA 1F4AA 3ARUA 3PZUA 5D9PA 4LX4A 5I5RA 4XB3A 3BMWA 1H1NA 2Y8KA 1V02E 4MDPA 2OYKA 1FHLA 3KZSA 3B9AA 2CIPA 2ZUWA 2PF0A 3S6TA 3AMGA 4KWUA 1XHGA 4D6HA 3EMZA 2RGMA 3OG2A 3UG3A 3WDPP 4Z2HA 2E9BA 1PBGA 3BH4A 5GNYA 3WD1A 1XC6A 3OA5A 2YA0A 1UR9A 2UWFA 1VFFA 2Y5EA 2CHOA 1E56A 4AD1A 2ZUTA 4FLOA 3QGVA 3WUEA 3WKZA 2G3JA 4PMZA 2QV4A 2BVYA 1HKKA 4PTVA 2E4TA 3K46A 4CGTA 1MQRA 1UD6A 3WD2A 1QI5A 3WH6A 2UY2A 4UFLA 4N0RA 1W9VA 3ZT6A 1FP9A 3T0AA 3RCNA 3FY1A 1W2PA 2WW5A 3VIJA 2J8FA 4V28A 2WMKA 1CGUA 4JHZA 2JE8A 3JUGA 1J0HA 1X1NA 2CCRA 3EDDA 1ITXA 4UNIA 5HPOA 1VIWA 1BVNP 3VO0A 3MKKA 1VENA 3N04A 4QLJA 2V3GA 1CXKA 2D24A 2DSWA 2WMJA 4P7NA 1YHTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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