2EPLX

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 262
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
262
sequence length
626
structure length
614
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus gordonii
total genus 262
structure length 614
sequence length 626
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
X PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
X PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2eplX03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2eplX02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2eplX01
1OINA 1DTUA 3M6DA 1RP8A 3PHAA 3AYSA 1GZJA 5GQBA 4PMYA 1LLOA 3AIWA 3NIYA 1NOFA 4PTVA 1LL7A 4PTXA 3ARWA 1GW1A 4UOZA 1W2PA 5KZ6A 5FL1A 3AZTA 3RM4A 4W7UA 1MXGA 3SUVA 2JEPA 1XH0A 4Z2LA 2ZUVA 3PZQA 4D6FA 1E6XM 3G6MA 3T2PA 2XVNA 4AZBA 1HJSA 3SCQA 4UFHA 4ATLA 3ZIZA 5E9AA 5BXRA 4IPLA 4HU8A 4UQ9A 4QAWA 2PBOA 3ZJKA 1WAWA 2J77A 4PEEA 4AZHA 3WENA 5D9OA 1QI4A 3KZSA 2DPEA 4MJ4A 1W9VA 3EDKA 1WDPA 1E0VA 2WSKA 5D9NA 1OIFA 3G6LA 3PZNA 5C8BB 1IT0A 4DUWA 2GJXA 3WELA 1CGWA 1W3LA 4F66A 1L0PA 5A6AA 1ISWA 2DSKA 3AS2A 3ZJ8A 1OBAA 1R7OA 3AS1A 2WW5A 4Q22A 3ZM8A 1WZMA 1I1XA 3M46A 2WANA 1JZ3A 1W9XA 2XPKA 1KXTA 2OSXA 2RGMA 3IJ9A 3LPOA 3WDIA 2EEXA 2WWDA 3A47A 2W63A 4CN6A 3AS3A 4J3UA 1W9UA 1UD8A 2G8ZA 3IAPA 1VBRA 3A4WA 3AQUA 1QPKA 4WLCA 4BA0A 1JAEA 4ACZA 4H7VA 2VURA 2BVYA 4AZ6A 4UQCA 1VFMA 4IM4A 1JI2A 2V3EA 3MU7A 2D1ZA 1BF2A 1ZS2A 4R27A 3VX1A 1B3VA 3QGVA 1H5VA 1LG2A 4D6IA 4QLKA 5A95A 3PZVA 2ESCA 3TTYA 2OSYA 4ML4A 5HXMA 1J9YA 3AZSA 4AC1X 3FAWA 1E3XA 3W26A 1WZAA 1CXEA 4H8UA 1E4MM 3ZSTA 1WDSA 3PTMA 1H49A 4WKFA 5IDIA 2JF6A 1UZ4A 4F9DA 5LA2A 1W1YA 1JNDA 2CEQA 2G3MA 3ARSA 1NM9A 1E70M 1ITXA 3CUFA 3RMEA 4OIFA 5A8NA 3NUKA 4MB1A 4J27A 1O7AA 1HX0A 1EA9C 4M24A 2YL5A 3WMSA 3APGA 3K46A 5E6YA 2O9TA 4GZIA 1GVIA 1KBBA 5CPQA 2BHZA 1OGBA 1B31A 1NWUA 1UH4A 2WHJA 5EFFA 1OT2A 4AZIA 2XG9A 2TAAA 4GZJA 1V0NA 3VDCA 1TE1A 1G5AA 2ZUMA 3ARVA 3BLKA 2YBTA 1KXQA 3IAQA 3OA5A 4XZWA 2YLAA 3GH4A 1IV8A 1UWTA 4OZOA 1EO5A 2J25A 1JI1A 5A6MA 1US2A 5A6BA 1JD9A 2CESA 2CBJA 5AC4A 2V3FA 1SR0A 1EDQA 3ZSSA 4U3AA 1MQRA 3EMZA 4W87A 1M03A 1ZBVA 2ZWYA 3WD3A 4MPKA 3WF1A 1MVYA 5A2BA 5AYIA 2IUZA 2UY4A 3VDAA 3BCFA 1J18A 2CBUA 4JCMA 1C93A 3ALFA 4U5IA 1B0IA 1BSIA 3VIMA 4CKQA 2BHUA 3K8KA 2WMGA 2YDQA 3WH5A 4PBGA 3MUAA 3L4UA 1CXIA 3ZT6A 2OYLA 3CGTA 1X1NA 1TMQA 3VIHA 3SUUA 4X9YA 4OOZA 2VX6A 2PWDA 1HNYA 2WPGA 4HZ6A 2FGLA 3CHEA 5D9PA 2GDUA 3GZAA 2FHBA 4AZCB 2AAAA 3AI0A 3WNMA 3ZR5A 1GPFA 3MS8A 4TVDA 3VGDA 1CTNA 3WFLA 4EANA 3O6AA 3TOPA 1E71M 4HMEA 1XSKA 3WUBA 2WHLA 3GDBA 1D2KA 2VRQA 4A3HA 4CCCA 5HNNA 4HTYA 4JFWA 1R85A 4OUEA 3A6OA 1E6RA 2WMKA 2WYSA 4HMCA 1PZ3A 1V3IA 1VB9A 1KWKA 3JUGA 1BYDA 1CXHA 2V3DA 3OBAA 4AMCA 2CKSA 3AXXA 4N42A 2JIWA 3W25A 2JALA 2CITA 2GK1B 4BQ2A 3WF0A 1W1PA 2ZUWA 2MANA 3VD5A 4QCEA 3AROA 2PWHA 4QCFA 2GVYA 1K9TA 4AISA 3MMUA 3WMBA 5HPOA 1OCQA 1V02A 2WMFA 1GHRA 2DT2A 1CGXA 2PI6A 1LJYA 1R86A 3EYPA 1UZ1A 2UY5A 5E6ZA 4W93A 2RGLA 2YL6A 4Z2JA 1QOXA 1ZB5A 5CLTA 3F4VA 3TA9A 1E15A 1AVAA 4PMNA 1BG9A 4W86A 3MANA 2WZIA 4PCSA 3WH9A 3KL3A 4WKAA 5GNZA 1H1NA 2WLYA 4GINA 5CSYA 1V08A 1UWSA 3I3DA 2WMHA 3GXDA 3KL0A 3CO4A 1V0KA 1AQHA 2VR4A 5ABFA 4U2ZA 1FFQA 4GI9A 2WCSA 5EB8A 1OGSA 1QBAA 3QHMA 3N9KA 1JZ2A 4KGLA 4IISA 3AJ7A 1E43A 4LX4A 3OZOA 4UQEA 5A8MA 3VIJA 5I78A 4X0VA 3PZIA 1CNVA 1BFNA 4GQQA 1MW3A 2DT3A 4BQ3A 3MKKA 5GPRA 2ZXAA 1SMAA 4U33A 3CUJA 3MV11 2J74A 1Q4NX 3WY1A 3WUGA 3NCOA 4B9YA 1CZ1A 4GQRA 1KBKA 1GNXA 4Y7EA 2X09A 4D6DA 4QP0A 3RPMA 1MXDA 4ZXOA 3CPUA 3WF4A 5C71A 3MV01 2YA1A 5E09A 1MFVA 3WUEA 1JZ8A 4W8BA 2EXOA 2WB5A 2BY2A 2PWGA 2A3CA 2F61A 2WLZA 1MFUA 1GOIA 3UR7A 3ZJ6A 4FK9A 1C8XA 1AQ0A 1H11A 2J7FA 3GYCA 1LL6A 4NI3A 4CU7A 1J0YA 4P7OA 1PPIA 3D5HA 1R87A 1WZKA 1EDGA 3EMQA 3OLEA 4M29A 3SCVA 2XGBA 3VINA 1AMYA 4M80A 4B3KA 2FHFA 1EHAA 3ZT5A 5CXPA 2EO7A 1B1YA 3WNNA 3MUZ1 3U57A 2D24A 3VDHA 1OSEA 1B2YA 1LF1A 1KCLA 2ZUTA 3SCOA 1TVNA 2XSAA 1V6WA 4YN5A 1Q6FA 2J4GA 4F9JA 4XUYA 3UCQA 3WNPA 5I2UA 1MW0A 2WZEA 1J0JA 2WC4A 4AIOA 2F2HA 1E1FA 4UFIA 2XYLA 1ISXA 4CD6A 1NOWA 1V6YA 1FFRA 2J8FA 1ISYA 5IXEA 1E4NA 1HN1A 1O6IA 3BAIA 3W27A 1QI2A 5A94A 3VDBA 2AMGA 3SCUA 1ZJAA 1QNRA 4Z2HA 2OLHA 3VUPA 3WD4A 4DM2A 3SCRA 4KMQA 1E5NA 4W5ZA 4DUXA 1UYQA 1BTCA 4PN2A 1TVPA 4P8UA 3VGHA 1VEOA 3PZ9A 4AZ5A 1CXFA 4N0RA 4QLJA 3WL1A 1JYWA 1K9EA 1J10A 4WKHA 4HPHA 1VEMA 1DWIM 1OWQA 3SEPA 3CHDA 2GJRA 1UR9A 3ARYA 4MNMA 4UFKA 1JDDA 3AIEA 3VM7A 2V38A 3VIPA 3T2QA 2Y5EA 2D0HA 2WMIB 2E8ZA 4GZEA 2VVNA 3BAWA 3WFZA 2DSZA 1HJQA 1EH9A 1WE5A 5ECUA 1RPKA 2ZX5A 5I6SA 3WEOA 1ZU8A 1C8YA 2VVSA 3UG5A 5A2CA 4GXPA 4Z2IA 2GJPA 3N1AA 2EPMX 2A3BA 5FKYA 4MJ2A 3WH8A 5IFPA 4PMXA 4CD7A 1GOQA 4L4PA 1CLVA 2J75A 3E1F1 4JFSA 2DSUA 3CHCA 1RD6A 1EO7A 3GXMA 3W38A 3POCA 1V3HA 3ZOAA 4URIA 2DT0A 1CYGA 4GKLA 2W91A 1GHSA 2VO5A 1UKSA 2BVDA 2XUCA 5ABHA 4ZXLA 1QI3A 3OB8A 1M7XA 1B30A 3THDA 2F8QA 1GORA 4HA1A 3BXWA 3EDDA 1MYRA 1W9DM 1FP9A 3QHNA 2DH3A 3IJ8A 2A3AA 4GPNA 2WSPA 2ZXQA 3DHUA 3UR8A 1JIBA 2GSJA 5CLWA 1JF5A 1HF6A 5I0DA 1H2JA 5A6SA 4MB3A 1WDRA 4C7FA 6TAAA 3I3BA 3NSXA 4MB5A 4JAWA 1NQ6A 2CBIA 1FHLA 4TUFA 4JZ5A 4L4OA 1XSJA 4TTUA 5AY7A 3N13A 4KH2A 3BSHA 4B16A 2VCBA 1CENA 2WBKA 1PIGA 4QLLA 1NARA 2XFRA 3GBEA 1RP9A 4TTGA 2D3LA 4DUVA 1E4IA 3BAYA 1M04A 1BAGA 1V02E 1BGGA 3W6LA 4JCLA 3VMPA 2YDSA 1KGXA 4J3TA 1ZL1A 3SUSA 2PWFA 2Y2WA 2WKGA 1UD4A 3MMWA 3B9EA 1VFUA 2WVTA 3SCWA 3QR3A 1ISVA 2XFFA 1E6QM 5E0CA 3KWXA 3TTOA 1ZBWA 9CGTA 1ESWA 4GI6A 3CBWA 1PEZA 5JBEA 4P7RA 3KE0A 2GDVA 2J8GA 3MMDA 2YKKA 5BXTA 3VD4A 3ZQ9A 8A3HA 1VAHA 1W1TA 1TUXA 2YDRA 1W32A 3BCDA 4JKKA 3WQ6A 4DWSB 4U31A 1BHGA 5I5RA 4UTFA 2XWEA 3T2OA 2OYKA 1LL4A 1PZ2A 1PX4A 1UA7A 1D3CA 1SYTA 2WK2A 1US3A 3SUTA 5A6LA 3T0AA 3PZMA 4OOUA 1JNEA 3RM9A 1IZJA 1CXKA 3ARTA 4W89A 1DP0A 1V3KA 4M8UA 3B9DA 2V3GA 5BXSA 4D1IA 1V6VA 3W82A 3NSNA 2X0YA 3LPPA 1UR2A 4D71A 3W53A 3N15A 4HZ7A 4AYSA 1C7SA 2C7FA 1BLIA 1VJSA 1HKMA 1X6LA 3WD2A 3AMDA 3UERA 3WQWA 3VKKA 1G01A 1C3FA 5CGMA 2BHYA 3W6MA 5A8QA 5BXPA 1JZ7A 4AXNA 4B3LA 2VJXA 2VT0A 2V5CA 5A6KA 3AIQA 1V3LA 2IXUA 4UFJA 1QI0A 4W5UA 1PJ9A 1QHOA 3DECA 2YIHA 2G41A 3CTTA 4KRUA 3L2MA 3VGBA 2YL8A 3ARUA 3RJYA 1BVZA 1DWFM 1V6UA 5BCAA 5JBDA 1E55A 1QNPA 4P7LA 1MW1A 1QNSA 1EXPA 1KXVA 1WCGA 3N04A 1WDQA 2OWWA 2NT1A 3OGSA 1ITCA 1QBBA 3WH6A 3GM8A 3ZO9A 1UH2A 2EPNA 5FD0A 3MSDA 4HOZA 3VU2A 1I1WA 3WF3A 3UG3A 1BPLB 4M81A 7CGTA 4JL2A 1U30A 3ZMRA 3F5JA 1FP8A 3O9NA 5IHSA 3AIUA 1B3YA 3ARRA 5D4YA 2QPUA 1GOMA 3L4YA 1TA3B 3PZUA 1UQYA 4MDOA 1E6ZA 4W84A 2XVGA 2XIIA 1UR8A 3AISA 4FLOA 2WNWA 1H0IA 4MTVA 4S3JA 1V6XA 3L4XA 3AIVA 4GIAA 4CVUA 4LPCA 1VFOA 4JIEA 2EPOA 2XFYA 2ZUUA 3WN6A 3OG2A 4ZFMA 3CZKA 3N17A 5DFAA 1C8QA 2EBNA 1UUQA 2YA2A 3KL5A 1H09A 1CGTA 2W67A 4TOQA 2BXYA 5M5DA 1JD7A 3RJXA 2PF0A 4A4AA 2DIEA 4BQ5A 2OSWA 1V3MA 1E6NA 2VCAA 5AYBA 4E8CA 1UQZA 1DEDA 2G3JA 2WHKA 3FHQA 1ZBKA 4TXEA 1E73M 3L4WA 3VMNA 2J79A 3ZJ7A 3BSGA 1N82A 2Q8XA 4CD8A 4DWSD 2WCAA 4TX8A 2D0GA 2EPLX 4W8LA 1XD0A 5BROA 3FXYA 4B9ZA 4D6CA 4R5EA 3W4RA 4H41A 1NH6A 1DWHM 5BRQA 2VZUA 1ODZA 2CBVA 1UD5A 3K8MA 4PYSA 1JXKA 1TFVA 1A3HA 3WF2A 3PZGA 1GQJA 4DWSC 4GO9A 1TCMA 3QOMA 4PRWA 3WNOA 2BS9A 4CCDA 4MNKA 3GXIA 3CUHA 2CXGA 4PUEA 4BCEA 4UZSA 2DH2A 2C0HA 3WIJA 3L4ZA 4DWSA 3VTRA 1ECEA 1ZJBA 4LYPA 1UHVA 2BVTA 4J3XA 1H4PA 4AZ7A 3VO0A 1UWRA 3POHA 1HIZA 4PSRA 5JBFA 4CD5A 4HA4A 1V0LA 4UCFA 1QI5A 4P8XA 1G9HA 4W7VA 2VX4A 3SCSA 4UOJA 3WQVA 2E9MA 2CHOA 4TVCA 1M53A 3WDQA 2EPKX 4ATDA 5JIWA 2WVVB 5EFDA 2VRJA 4RL3A 3OZPA 1DWJM 2JE8A 1HL8A 3FY1A 3VD3A 2W66A 1J0IA 2GUYA 2WMJA 5FOOA 2W92A 2WKLA 1BG4A 1GJUA 3ECQA 3DC0A 1HJWA 3VMOA 1XCWA 2YOCA 1LWHA 4C7DA 1HKIA 3AXHA 1VRXA 5ABEA 2Y8VA 5I23A 2J78A 1VFFA 3SUWA 3OLIA 1GCYA 4UOQA 2DGAA 1U33A 3K1DA 4E4PA 1JG9A 3WD1A 4PMZA 1HKKA 2WHMA 2E8YA 3WQ4A 2WZHA 1UKOA 2J7CA 3DYOA 3NJ3A 5EBAA 4PMOA 1W1VA 2J62A 4OKDA 4EKJA 1BQCA 3GH5A 1EIBA 2ZX6A 1W91A 4CU6A 4AIEA 1C91A 3CIVA 4MNJA 5C70A 2W5FA 4AEEA 4UR9A 1PX8A 3SURA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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