2EPMX

N-acetyl-b-d-glucoasminidase (gcna) from stretococcus gordonii
Total Genus 248
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
248
sequence length
626
structure length
592
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus gordonii
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
total genus 248
structure length 592
sequence length 626
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
X PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
X PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2epmX03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2epmX02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2epmX01
3WBAA 2QMKA 2VRQA 1UR4A 3ARVA 3SUSA 2EPNA 2WNWA 1DTUA 4RE2A 2WM0A 1E5NA 4RE4A 3UR8A 3SUVA 4B3LA 3NUKA 4W86A 3W53A 4WIWA 1SR0A 1UWIA 1KXQA 2BNJA 3WH5A 4AD5A 3SURA 3VM5A 1KCKA 1E6SM 2YDQA 4W7WA 1GOIA 1JDDA 4ZEPA 4M81A 3NDZA 1VBRA 4N0RA 4NF7A 3WH8A 4Q7NA 2QHAA 3AHYA 3VGGA 1V3IA 2D3LA 4MDPA 1V6WA 2VZVA 1GPFA 1JAEA 1RP8A 3E1F1 1RD6A 2CBUA 3WF0A 1DWFM 5CSYA 3PZOA 4WKHA 2DSZA 2E4TA 2WMKA 2WYSA 1B90A 1HNYA 1ITCA 2NT1A 4CKQA 5BROA 5I2UA 5DT7A 1UQZA 5LA2A 1KXVA 2BHUA 3I3DA 4YN5A 4PMDA 1JNDA 1HT6A 5AY7A 1W1VA 1ISYA 2FGZA 2BVDA 1TMQA 2G3NA 5ABEA 4WSKA 2XG9A 2PB1A 1O7AA 2GDUA 2PF0A 4AWEA 1QPKA 2BS9A 4GXPA 1JZ4A 2ZUUA 1MW1A 4UQAA 3N17A 3SIMA 3L4YA 3GYCA 4LXFA 1K9DA 2ZIDA 1LL4A 3AICA 1Q6DA 2DQXA 1KBKA 1X6LA 2XJ7A 2ZXDA 4NI3A 3EDKA 3WF4A 2JEPA 3NSXA 2ZUNA 5GPRA 4AZCB 1W9XA 1LG2A 3GBEA 2UY2A 2CBJA 2VX4A 5A6MA 3GBDA 4ATDA 2WBGA 1KWGA 2JIEA 1VAHA 1B3VA 3WUGA 5JBDA 3VD5A 3ZOAA 4TVDA 3BH4A 3WEOA 1OD8A 5HNNA 1JYXA 2XVPA 1W1YA 2VX5A 3II1A 1HKJA 3VUPA 2DT1A 3BMVA 1JG9A 3MUIA 1E6XM 4U2ZA 3AYSA 4M80A 3WNNA 4TOQA 2YL9A 1GOWA 5JIPA 5EMYA 1JFHA 4GIAA 4V28A 2OSWA 3KZSA 2OWWA 1UR0A 4XUYA 1YHTA 1R7AA 3VKKA 2X0YA 1P6WA 1V6XA 2XYLA 3UR7A 1EDQA 1BFNA 3TP4A 2XFYA 1EH9A 3ZSTA 1NP2A 3WBEA 5A8MA 1GQJA 3LPFA 1PAMA 1FFRA 5HPCA 1GVIA 3ALGA 2CNCA 4ZENA 3MUAA 2VQUA 3BC9A 2V5CA 1QOXA 1BPLB 1QI4A 3ARSA 1WKYA 3OZOA 1B1YA 1VJZA 4H7VA 3HMCA 1DWJM 4PSRA 4HA1A 3WD0A 3ZT7A 4EKJA 5D8ZA 4IISA 4M56A 3GH7A 4ACYA 2WZEA 2OYKA 1ZJBA 2DSWA 3WENA 1E0VA 3AMGA 3W6MA 5BCAA 2VZOA 5JBEA 1JDCA 1GOKA 3VNYA 1BG9A 3ZM8A 3VIMA 3ARRA 5A69A 2F61A 3VMNA 1H11A 4J3SA 2J7HA 1J01A 3U5UA 1E3ZA 2BFGA 2EBNA 1PZ2A 3PBGA 2XVLA 1UR1A 4HPHA 4PEEA 4U33A 1J0KA 1HP4A 1GZJA 2YLLA 1JI2A 1HJSA 4B15A 1KGWA 3ECQA 4JL2A 3OLEA 1E1EA 3ARTA 2XSBA 1W9VA 2ZUMA 2YLAA 4UTFA 3AZTA 1C90A 2J75A 3THDA 4AD1A 4U5KA 1MFVA 5HDRA 3QGVA 4E2OA 1EOKA 1TA3A 5A6LA 3RPMA 4JFUA 2CBIA 1BGAA 3W37A 1JD9A 3BSHA 5EFFA 4J3XA 3VX0A 2WANA 1UG6A 3UG4A 5GNYA 2PBGA 4MB5A 4HA4A 4W85A 1XRVA 2VR5A 1CLXA 1H2JA 1HJXA 1SMAA 4AIEA 2RGLA 3CBWA 1V0MA 3DYMA 1C92A 4D6JA 4GQRA 1NOWA 2OYMA 1E56A 2EPOA 5A6KA 4AD2A 1D7FA 3NDYA 2JFEX 3WDRA 5IFTA 7TAAA 4QDMA 1NWRA 2D3NA 3LPPA 1BG4A 3WDPP 4MB1A 1J12A 1GORA 2YDSA 3AISA 1A47A 4M82A 1KCLA 4V27A 1PEZA 2ZX5A 1JXJA 4W89A 4AIUA 2BY0A 3VOCA 1XGZA 3BSGA 3NSNA 1PPIA 2WVTA 3BAWA 3CLWA 3IJ7A 3NCOA 1G01A 1MW0A 5E09A 1HJQA 2VURA 4PTMA 5AC5A 5A6BD 1C91A 1E1FA 3CUIA 2WAGA 1CDGA 2IXUA 2PWFA 4ZXLA 3WY1A 1E70M 3VIGA 1CYGA 1B3ZA 4S3KA 5LA1A 2WVUA 2YA1A 1JL8A 5A6BA 3BCFA 4OZOA 4DWSD 2EEXA 1HL9A 2GK1B 2VVSA 1UUQA 3CH9A 3PZ9A 4JAWA 3KL0A 3MSGA 1W3JA 3AHZA 4DUWA 3HJEA 4CU8A 4P8UA 2E3ZA 2X05A 3VVGA 1VFMA 4LQ1A 4QCFA 3WD4A 4P7NA 4DWSA 2VX7A 4IM4A 4TX6A 1FH8A 3A4AA 4AISA 5D9NA 1ZL1A 1JAKA 3CPUA 2AOSA 3DECA 2CXGA 4QLJA 4AYSA 4UFLA 1XV8A 5CGMA 1XD1A 4ATWA 3W81A 1I1XA 2WHKA 1UWQA 1K9EA 1J0HA 2C0HA 3L4TA 2VVNA 4GINA 4KWUA 4MAVA 2YIHA 3W6LA 4FLRA 4YPJA 1CXHA 2A3BA 3TA9A 1B9ZA 2WZHA 2CYGA 1QNRA 1U30A 1CENA 2XIBA 3EDDA 3WF1A 3NJ3A 4PBGA 4MDOA 1SFSA 3T0DA 1LF1A 3EMQA 1KR1A 3L4UA 2WHMA 3FXYA 3BAYA 3T08A 1NWSA 4U5IA 3U57A 5CGTA 3RJXA 3GXIA 3CUJA 1O6IA 2XM1A 4LYPA 2W92A 1ZBWA 5CPQA 2XTKA 5A6JA 1QI0A 1L0PA 3WQ5A 4PMUA 2J62A 2QLYA 4PMVA 2WXDM 4QLLA 3VO0A 1SMDA 4FLQA 2D0HA 1OGSA 1V3KA 2VZTA 2WWCA 1S46A 1PBGA 1E55A 1EIBA 3N12A 2G4FA 3WELA 4D71A 4BF7A 2DSKA 3RILA 1GQKA 3TTQA 4PMYA 2AAAA 2GJPA 5TD4A 4ACZB 3N11A 4OBSA 5ABFA 2IXVA 1E4IA 1GQIA 2ZXQA 1CNVA 3ZO9A 3W25A 1V08A 3VILA 2O9OA 3WMSA 4GI8A 3VM7A 1R87A 2BV9A 5ABHA 1GJWA 4JL1A 4D6EA 4JKMA 1DWAM 3VPLA 1G1YA 2OLHA 4N42A 3RCNA 1V03A 3MU7A 4WKAA 4PCTA 3WQVA 4PN2A 2W67A 4AC1X 3FHAA 1FH9A 3WD1A 4CD5A 2WMHA 4AMCA 1Q6GA 4CD8A 1EDGA 3AXIA 2J47A 3SCVA 2F2HA 1E40A 2J7GA 1HVXA 4HU8A 1UD4A 2GUYA 5IHRA 3VD9A 5IHSA 5LA0A 3ZSSA 1U2YA 1PX3A 5D8WA 3WSUA 4CU7A 2VZUA 2ZE0A 3WMBA 1UKPA 2WVVA 1XH0A 1KFWA 2ZX9A 3TTYA 4MB4A 5HXMA 2O9RA 1QHOA 1WZMA 3BAJA 4TXEA 3EDEA 3VTRA 4CN4A 4GI6A 3K1DA 1J9YA 1D3CA 1DEDA 2DDXA 2DSUA 2W63A 2XM2A 2ZWZA 1VJSA 4NRRA 3RM8A 4UZUA 1V0LA 1EO7A 1B31A 5A2BA 2FH6A 3BAIA 2GVYA 2VTFA 3AIBA 2EQDA 1V3LA 2BVYA 3QR3A 4AW7A 2JF6A 1B2YA 3AIRA 3WD2A 1VFUA 2Y5EA 3POCA 2J25A 3GXMA 3EMZA 3S6TA 4F9JA 1G94A 2BXZA 2V3GA 4AXNA 4E4PA 4C7DA 3VMPA 1VF8A 1MQQA 3OIHA 2PBOA 1EXPA 1GHSA 4UCFA 3PZGA 1EA9C 2CKSA 3SCQA 5I0DA 1J10A 4TVCA 1C8YA 2BHYA 1J0JA 2E9MA 2MANA 3B9EA 3VIKA 3GXDA 1CXIA 1UH2A 3WL1A 3AS1A 3HU7A 5FIPA 1MXDA 1WAWA 2ZICA 1CBGA 8A3HA 3EMCA 1MFUA 1JF6A 1UWRA 2XGIA 1ZBVA 3MMUA 1H09A 2Y8KA 3ZJ8A 4UQDA 4MTVA 3QHMA 2XPKA 5FOOA 4BQ4A 1BQCA 4MAZA 3ZT5A 4X0VA 1OM0A 2XWDA 1C3FA 3WKZA 5JUVA 5C70A 1HL8A 1TFVA 4CN1A 4EE9A 2GJXA 3WQ6A 4HOXA 2WCAA 3L4XA 4GKLA 3IK2A 3CMGA 3CO4A 2J7DA 1R8LA 3CHCA 1J18A 1HN1A 3L2LA 2EXOA 3MMDA 4B9YA 4D6HA 4HPGA 3K8MA 3W28A 1OB0A 5M3WA 1KXHA 2DEPA 4QFUA 3ARYA 3BGAA 5A95A 1X6NA 3K4AA 2E9LA 9CGTA 5M5DA 2VC9A 1W2VA 3CTTA 3QHNA 1MWOA 4PTWA 3PTQA 4NZCA 4PMNA 3AIWA 3AFBA 1ZU8A 1X1NA 6A3HA 4AZBA 2DT2A 4OUEA 1F4HA 3SCOA 1PX4A 4CVUA 1V3JA 3WUEA 1E9LA 3WH9A 3WIJA 1CXKA 1LWHA 1VIWA 2EPKX 2V38A 2DIJA 5CLTA 3AOFA 1ISZA 3KL5A 3WFLA 1C93A 1JFXA 3W29A 2VR4A 2PWDA 3VIJA 1OWQA 4TTGA 1FH7A 3J7HA 1N82A 1CZ1A 2WC7A 3CZEA 4EK7A 3QOKA 3ZQ9A 1HIZA 3RM4A 4CU6A 3W0KA 3VU2A 1E4MM 1NARA 1E4NA 2WZIA 4WK9A 4M1RA 4YHEA 5GNXA 4UOJA 4M8UA 4MJ4A 2CHOA 3PZMA 3VMOA 4CD7A 2BHZA 1C8QA 1KGUA 3AMLA 4MADA 2OSXA 4D6DA 2J7EA 4XB3A 2VUYA 5M17A 3RO8A 3IJ8A 1WE5A 4PUEA 2VI0A 2ZUTA 1KBBA 3ARZA 1BLIA 5KZ6A 4Z2LA 4HZ8A 4D1JA 1ODZA 4PCSA 3AHTA 4H41A 4JHZA 3GM8A 1HP5A 4AIOA 3TOPA 4Q22A 3W26A 3F5JA 4D1IA 2J79A 2X09A 2NT0A 5BXPA 3OBAA 2OSYA 2NW0A 3UG5A 5A94A 5DF0A 1M7XA 5IXEA 4AZ5A 1QI5A 1RP9A 2DGAA 3SUWA 1WDRA 3OZPA 3VIIA 3M07A 4AD0A 3ALFA 1OGBA 1Q6EA 4M24A 3RMEA 5I24A 4QLKA 4MJ2A 3NIYA 2J8FA 3N04A 4AZIA 6TAAA 1CGXA 2ZX8A 3WDJA 3RDKA 4AD3A 1M01A 4P7OA 2W4XA 2D20A 3FHQA 1XYZA 1E6ZA 1V3HA 2Q8XA 1UWTA 3A3HA 2JE8A 3MS8A 2FH8A 1XSIA 4BZYA 2WC3A 4DM2A 2ZXAA 2PWHA 4GO8A 2J7BA 4GZIA 1MW3A 2YA0A 3VX1A 4NRSA 4OOUA 1UA7A 4JIEA 1BSIA 3M46A 3FNDA 3GNOA 3APGA 1VENA 2D0FA 4EANA 2E9BA 1WO2A 2O92A 4H8HA 1W3KA 3CZLA 4TVUA 2Y2WA 3K46A 4JFTA 5D4YA 8CGTA 4PMXA 3VGHA 2CERA 4HA3A 1H4PA 4BS0A 1MVYA 3PN8A 2DT3A 3B9AA 2W61A 4PYSA 1B3XA 3PHAA 1R7OA 1UKQA 2XVKA 3L4WA 1HJWA 2PI6A 3K4DA 1FHLA 3T2PA 1UKSA 1B0IA 3WDIA 4JCMA 3CHFA 3AIEA 2CHNA 2BVTA 4U3AA 1W1PA 1W9DM 4BCEA 3EBVA 4OOZA 1Z32X 1AQ0A 1VRXA 3WQ8A 2GSJA 1DHKA 1H0GA 1UZ1A 1HJVA 4JFVA 3I3BA 1MYRA 1V02E 4OJYA 1JIBA 1JXKA 3OLIA 1JZ6A 1ISVA 1E3XA 3MSDA 2C7FA 1JZ7A 1LL6A 3OA5A 4UFIA 2YL6A 4E8DA 1UR2A 5E9AA 4OKDA 2DPEA 1UD5A 1H0IA 1UKOA 1WDSA 3M6DA 2VNCA 2QPUA 4W93A 1OIFA 1BHGA 2UWFA 3N18A 1GQLA 4PMZA 1C7SA 1DWIM 2XVNA 2J78A 3O2LA 3N9KA 1TCMA 4KMQA 1KQYA 4KGJA 2G3MA 1OBAA 1C8XA 4CD4A 2VQTA 2VZSA 2XWEA 5I79A 1EO5A 1G5AA 1V6YA 3WNLA 5BYWA 5BWFA 6CGTA 2GK1A 2GFTA 1CTNA 3U7BA 2JEQA 1VB9A 1FA2A 3RIKA 3SCUA 5BXRA 3IAPA 5CXPA 5CG0A 3KWXA 3VIOA 2WLYA 3A4XA 2VRKA 4W5UA 1GOMA 1UQYA 4UFKA 4P8VA 3AI0A 2JALA 4EAMA 3CZJA 5I77A 1EDTA 3W24A 4PTXA 1GOQA 4ZXOA 4AEEA 5CSUA 1KR0A 4J7RA 1LQ0A 3SCSA 4JCLA 5HPOA 1E0WA 5EFDA 3A4WA 2DT0A 4UOQA 2AMGA 5CQ1A 1W32A 1B3YA 1I75A 5F7UA 3TTSA 1HVQA 3N15A 3BLPX 4MPKA 3MUY1 3ARQA 2OYLA 2WHJA 1QVBA 2J74A 3ARXA 2IUZA 1XH1A 1TUXA 3AS2A 5C71A 2EPMX 1ISXA 3PZQA 1Q6FA 3WUBA 3QHOA 3FN9A 4AZGA 5D9MA 4YHGA 5KEZA 1GHRA 1W1TA 5ABGA 2NSXA 1JZ3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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