2EPMX

N-acetyl-b-d-glucoasminidase (gcna) from stretococcus gordonii
Total Genus 248
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
248
sequence length
626
structure length
592
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus gordonii
total genus 248
structure length 592
sequence length 626
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
X PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
X PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2epmX03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2epmX02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2epmX01
1M01A 3OLIA 2J78A 1QNQA 3CZJA 3WUBA 4PRWA 4D6FA 5F7UA 4JKMA 2VCCA 5BRQA 3LPGA 3UR8A 3WNNA 3WL0A 1VFMA 3RJXA 1E6NA 5E6YA 2EQDA 4OIFA 1LF1A 1W2VA 2VI0A 4AEEA 4GO8A 3WDRA 3T2QA 2FH6A 3CTTA 2ZICA 4FLSA 4AIEA 1KXVA 2JALA 3AXHA 4WKFA 2X8RA 3N18A 3BAXA 4Z2IA 3U7BA 1XSJA 4P8VA 3OA5A 2XVKA 3M7SA 1QHOA 3WQWA 1PBGA 2D20A 1GUVA 1B9ZA 2G8ZA 4N0RA 1E6PA 3ARSA 2BHZA 3POCA 1AQMA 4BS0A 4YN5A 3W82A 4PTMA 1GOQA 2VT0A 3NSMA 5I0DA 2CESA 3AZRA 3WFZA 3IAQA 2PWHA 4JFTA 2IXUA 1UD3A 3GH7A 3NYDA 8CGTA 3RILA 1J0IA 1BYCA 3CHEA 5FCZA 1KWGA 1CXLA 1EIBA 4EANA 5JBFA 1SYTA 2WMJA 1Q6FA 2DIEA 1UR9A 1V6UA 2CERA 2YDQA 2D0GA 2J7GA 3E1F1 5HDRA 5CXPA 2PI6A 2CBVA 4AD1A 4ACZB 1H3GA 2WLYA 3WH7A 2Y4SA 2PF0A 3SURA 2QV4A 1B31A 3WL1A 3B9DA 4KMQA 4Z2HA 4PSPA 1E1FA 1CNVA 3VOCA 3W29A 2DPEA 3VVGA 2VR4A 1RP9A 3QOMA 1JZ8A 4TUFA 4PMNA 5D9MA 7TAAA 1PX3A 2W5FA 2YA0A 4D71A 4MNLA 2A3CA 3VMPA 4AIUA 3U7VA 3PZ9A 1XH2A 1KFWA 3AMDA 4UOQA 4H04A 1TMQA 1UOKA 4JCMA 2QPSA 4TOQA 3WKZA 1HT6A 2DSKA 1FH9A 2A3HA 2ZE0A 1ZJBA 2E8ZA 1RPKA 1BGAA 4EE9A 3UR7A 4CD5A 4M81A 3T2PA 3G6MA 3AISA 1E40A 3AIVA 1UA3A 1S46A 1GHSA 2CHOA 3BLKA 1UWUA 4ZENA 5C71A 4GI6A 3AS3A 1KB3A 1WNOA 1H0GA 1FHDA 4HOZA 4CD8A 1GJWA 1HKKA 3VM5A 1ZBKA 3SCNA 3RM8A 4JAWA 1VIWA 1HKJA 5AC4A 2O9RA 1A47A 2UY5A 5A6MA 3THCA 2D24A 3NSXA 3ZIZA 2D2OA 1UH3A 3WUEA 3CBWA 2X05A 1VENA 1VJZA 4UQAA 3VGHA 3W27A 1UA7A 1AQHA 2ZXBA 2YOCA 4U5KA 1RH9A 5A2CA 5HNNA 4UQBA 5C70A 1E0VA 1EHNA 1OSEA 4U33A 4DWSD 3AMLA 1UR2A 4E4PA 1JD7A 4BQ4A 1GW1A 2GJPA 2Z1SA 3AROA 4V2XA 4OBRA 2O9TA 1TFVA 2D22A 5DF0A 2RGLA 3MKKA 3CZLA 1H2JA 1ISWA 1TE1A 1E4LA 2VRJA 3VIIA 4TVCA 2ZXQA 3LPFA 1BSIA 3KWXA 3WD3A 2FDMA 3AIRA 5AC5A 1UWQA 1VJSA 1JFHA 1JF5A 1FH8A 5I5RA 3AI0A 5M3WA 2E8YA 3KEHA 1E1EA 1AQ0A 4C7FA 2WHKA 1UWTA 3S6TA 2VZVA 1IT0A 2CKRA 1WDRA 1X6LA 1C8QA 4OUEA 4X0NA 5ABFA 4C7DA 3VX1A 4WLCA 5IXEA 1Q6CA 2EBNA 5HXMA 2JIWA 4AD2A 4IPNB 1O7AA 3NSNA 3SUWA 3WQ5A 5I23A 3BC9A 3L4ZA 5A6BD 5TD4A 1UWIA 2GSJA 5A2BA 1RD6A 1SMDA 3ZJ8A 1QI2A 2WLZA 4OOUA 2GFTA 3OZOA 2CNCA 3MV11 3TTOA 2YKKA 2Y2WA 1JZ4A 1Q6EA 1QI4A 4FLOA 3CUFA 4CN1A 4DUVA 3QHOA 4GXPA 4UOJA 4FMVA 3THDA 4PN2A 4CD6A 5EMYA 4HMDA 5LYRA 3BCDA 2ZIDA 3RIKA 2GJXA 3BLPX 1J18A 3TTQA 2F61A 3SEPA 3VX0A 1E71M 2C7FA 3PZOA 4AZGA 1E0XA 3L4VA 1CGUA 2E9LA 2ESCA 1NWSA 2RGMA 4DWSC 3GYCA 2WHLA 1JYWA 2CXGA 1XGZA 1ITXA 3NDZA 3SCTA 4JIEA 4W89A 3ZR6A 2J7DA 3WD0A 1GORA 3UEQA 5DEZA 2FGZA 1V6WA 1UKQA 3KL0A 4GPNA 6A3HA 2BV9A 4A3YA 2FH8A 5IFTA 3IAPA 2GUYA 4F66A 3CMGA 1G5AA 4MB4A 2XIIA 2ZOXA 1JXKA 4FK9A 2OLHA 4NSBA 2D0HA 4W7WA 1VAHA 2BVTA 4BF7A 2J47A 1JAKA 5BCAA 2B31A 3KZSA 3GH5A 3WDJA 5D8ZA 1MXGA 4QLLA 5D9NA 2IXVA 4CU8A 1JYXA 1CEOA 1W9BM 3AICA 1ITCA 4GZIA 3T2OA 1UQYA 4B9YA 2WVVA 1U2YA 3HMCA 1B3YA 3WH6A 2CBJA 4H41A 3ALFA 4LYQA 1V3JA 2G4FA 1K9TA 4CUCA 1W1PA 1G1YA 4WSKA 1BQCA 2EPNA 1WDSA 2ZX8A 1R8LA 2WCAA 4W5ZA 4Z2GA 1GZJA 4V27A 1JZ6A 2VVNA 3L4YA 1ESWA 2BY2A 1UKSA 2PWDA 2VCAA 1WZAA 2DIJA 4AD4A 1BVZA 3T0DA 4X9YA 5E70A 4S3KA 1KXTA 3VGEA 4BZYA 3SCRA 5JIPA 1VEOA 2VTFA 3SCWA 3CZ8A 2A3EA 3AIBA 1MFUA 1I1XA 4H8VA 4PSRA 4UR9A 2OYLA 3BH4A 3TONA 1BAGA 4GKLA 1J0KA 1ISYA 2DSUA 4AZ6A 1HJVA 4QP0A 1KGXA 3DYMA 1PEZA 4M1RA 5I79A 2VVSA 1CXKA 1UR8A 1OT1A 2BVDA 4RL3A 2OWWA 5ECUA 4AYSA 3T0AA 3K1DA 2CBUA 1HL9A 3GXIA 2UY3A 4UFLA 1KGUA 1UKTA 1E6SM 2E9MA 3VIJA 1BYDA 2AAAA 2CKSA 1V3HA 1XRVA 2EO7A 1V0KA 2WNWA 3SUSA 4ACZA 3GXFA 5ABGA 3WDPP 3MO4A 3EBVA 4HOXA 3OLDA 4OBSA 3VGFA 1VBUA 1V6YA 1HKMA 1GOMA 2WC7A 2OYKA 4AXNA 1WZLA 4U3CA 1H0IA 1J10A 5BYWA 1V3LA 2WVSA 4CCEA 1HKIA 5CLWA 7A3HA 1UD8A 4DUWA 5FL1A 4JHZA 3WDIA 5E0FA 3FAXA 4J3VA 3VIGA 3OIHA 1H09A 2Q8XA 3GTNA 3AFBA 4M24A 2J7HA 1GJUA 1EDGA 5M5DA 3W6MA 4H7VA 3ARRA 2ZX7A 3B9EA 4QFUA 3WQ6A 2YLLA 1M53A 2QLYA 1TUXA 3N04A 3SCUA 3F5LA 4HMCA 1PJ9A 1ODZA 2ZUMA 1JAEA 4W8LA 1JZ3A 3W24A 1LG1A 2YA2A 3WQ4A 2W67A 2WVUA 3PZNA 3BMWA 2V3EA 4WKAA 2J25A 1IV8A 4LYPA 1NWTA 2DDXA 2PWFA 4JFVA 3VD9A 1BFNA 2VURA 3WDHA 3GXDA 1CGYA 1MQQA 3AS2A 1X6NA 1BTCA 4DM2A 1E43A 5CPTA 5KZ6A 4CVWA 4D6JA 2XPKA 4D6HA 4MNJA 4MB3A 2FHBA 1EQCA 5CJ5A 3PHAA 1ISXA 1CECA 1WCGA 2YLAA 2J7FA 2WXDM 3D3AA 1MXDA 3HN3A 3POHA 5AY7A 4UQCA 4J3WA 5IHRA 2OSXA 3DC0A 2CHNA 3EMCA 2IUZA 4Z2KA 2XVLA 4CU6A 1GOWA 1UYQA 1NWRA 1LLOA 1W9UA 1R87A 3LPOA 4BQ2A 4B9ZA 1ISZA 3MUY1 4AIOA 4WF7A 3MV01 3BSHA 4L4PA 3PN8A 1UUQA 3WF2A 4P8UA 3TP4A 1QHPA 5HBFA 5D9OA 2ZUWA 2OWCA 3WMCA 4FLRA 3ZO9A 3U5UA 4UQ9A 1DWAM 1UD5A 5CZKA 5M17A 1ZL1A 1MWOA 2V5DA 2VCBA 2BXZA 1H4PA 1L8NA 4F79A 1W3KA 1D3CA 4UQDA 1HP4A 4N42A 5EFFA 4PMQA 3VU2A 5JBEA 1HVQA 4MPKA 3AQUA 2PB1A 1XSKA 5A8MA 2J75A 1P6WA 4NI3A 1CXFA 3VNZA 3CZGA 4D6EA 3SCSA 3O2LA 2V3DA 1EDQA 3BCFA 3VPLA 1DTUA 1QNRA 2DSZA 4NZCA 4ATLA 4IUGA 1KR1A 1CWYA 4E8CA 3VNYA 1K9FA 2WHJA 1V0NA 4LGXA 4PEEA 1CBGA 3OGVA 1E0WA 2J7EA 1WO2A 3OGSA 3RM9A 1WPCA 4PMUA 2V5CA 3OGRA 3O9NA 4KRTA 4QLKA 2E9BA 3ARUA 4AMCA 2W62A 1SMAA 2CCRA 3MUIA 3D5HA 4XB3A 2XVNA 3GXMA 3VD5A 4OZOA 2GDVA 4FLQA 3PZVA 1OT2A 2WVTA 2WC3A 2VNCA 3ARWA 2XIBA 1PZ3A 4J7RA 3EDJA 4IPLA 3WEOA 2WZIA 1E73M 2DGAA 4UZUA 2FHFA 2VX4A 1LG2A 5DMYA 4BCEA 1J0HA 3GNPA 4PMZA 1B90A 1D2KA 4HZ6A 2BY0A 4ACYA 3OG2A 4JFSA 2J8GA 1E3ZA 5DT7A 3BAWA 3WF1A 1MW3A 8A3HA 1JNEA 3BAIA 2J7CA 5E09A 1GQIA 1IZKA 5FL0A 3VDHA 3W53A 1QW9A 4JKLA 1UKOA 2WK2A 5A69A 3UCQA 3ZT6A 2WANA 2XFRA 3CLWA 3GDBA 1JDCA 1PX8A 2XJ7A 5LA2A 4OKDA 4UQEA 3VUPA 3M07A 5A94A 4NF7A 4GO9A 4AZCA 3CZEA 4UFKA 1XV8A 3CPUA 3W6LA 5HPOA 2F2HA 1W2PA 4HP5A 1BYAA 3VDCA 2EPMX 1E55A 3WQVA 3B8SA 3KL5A 5IDIA 1E15A 1CYGA 3T08A 2ZX6A 3AIWA 2XM2A 1H11A 3WF0A 4D6CA 5A6LA 2QF8A 1K9EA 3NCOA 3ZT5A 1E9LA 1GOOA 1KWKA 2CIPA 1W3HA 2WMHA 3EDDA 5FKYA 1CZ1A 2UY2A 2YL5A 3L4UA 3WNLA 1VEPA 1MVYA 3J7HA 4K68A 4UFIA 4UFMA 2VL4A 2FGLA 1XYFA 3NDYA 4Z2JA 3NIYA 1HJQA 4DWSA 5HPCA 5D8WA 1B3XA 1HF6A 2V38A 4PMRA 4H8UA 1GNXA 2WYSA 5DT5A 1J9YA 4JKKA 4UFJA 3PTQA 4H2CA 1PZ2A 1ODUA 1PAMA 5FOOA 1B3ZA 1MFVA 4U2YA 3OBAA 4J3UA 4PMXA 3SIMA 4P7RA 2CYGA 5A8PA 3B9AA 1JD9A 1OINA 3AHVA 4Y7EA 3WUFA 5A6JA 1DWHM 1EQPA 4U5IA 5BWFA 3IK2A 1WDQA 2JEQA 2EPOA 4F8XA 1KQZA 2XG9A 1JXJA 3BMVA 3ARYA 1GQJA 5CPSA 4HA1A 2BXYA 1OB0A 2V3GA 4MB5A 4D72A 5JIWA 5D9PA 1C3FA 4W86A 4HU0A 1G94A 2D0FA 3FW6A 3N9KA 4GZEA 3A3HA 4R5EA 4AZIA 1US3A 2WB5A 2WHMA 5A6BA 3GNRA 2G3IA 1FA2A 3CH9A 5BXRA 1LL6A 3A4XA 1BLIA 4C7GA 4P8XA 1GHRA 1WZKA 3N11A 1JI1A 1Y7VA 3VMOA 3GNOA 1SFSA 4DUXA 4PBGA 1W9PA 1ZJAA 2XVGA 1WAWA 2X0HA 2J77A 2VZUA 1C8XA 4PCTA 2VR5A 3JUGA 3WY1A 3A47A 1OCQA 1QOXA 3VINA 2J74A 3IJ7A 2BVYA 4AD5A 2W61A 4URIA 4WIWA 5JBDA 3WMBA 3BGAA 3UESA 1JGIA 1TR1A 3PZMA 3FNDA 1UWRA 3DECA 1NH6A 2ZUVA 3GBDA 1TA3B 3ARQA 3EMQA 1NP2A 1V0LA 2PWGA 4W88A 2JIEA 1WP6A 3IJ8A 3W28A 2DT0A 4AD3A 2HVMA 2ZX5A 5A8OA 1C91A 1MW1A 3WENA 1W3JA 1D7FA 3RO8A 4GQQA 1AVAA 2YL6A 2E0PA 1HJSA 2UY4A 4CD4A 1EDTA 3OLGA 3RMEA 1ZBCA 3VDAA 1E70M 4NRRA 3WD1A 1DP0A 2XWEA 5BROA 5ABHA 2X0YA 2XUCA 2BHUA 4UZSA 4WJXA 4U3AA 1R86A 4EK7A 4CKQA 1PPIA 4A4AA 5A6KA 4TVDA 2PC8A 1E72M 1GOIA 4B16A 3AMGA 1VF8A 2BHYA 1JZ7A 4F9DA 1OBAA 4J3XA 2V3FA 2GJRA 4CCCA 1KCKA 1V6VA 2YDSA 3WF3A 3MSDA 2VJXA 5AYBA 4GQRA 3ZJKA 1NOFA 2O9PA 3CUGA 4H8HA 2X09A 2QMJA 2VZTA 1CDGA 2D23A 2DH2A 1CGVA 2QMKA 2OSYA 3BAKA 2WZHA 2Y8KA 1B30A 3EDFA 4W8AA 2NSXA 2CITA 5DFAA 3WSUA 1I1WA 4W8BA 3W81A 2W92A 5KEZA 5EBAA 3AZTA 4EAMA 2VC9A 2WW5A 2WMKA 5FIPA 1EHAA 4MJ2A 1UR4A 3AIUA 1MQPA 4JHOA 1HJXA 1Z32X 3A6OA 4LYRA 2CBIA 3F5JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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