2EPNA

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 263
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
263
sequence length
626
structure length
623
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus gordonii
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
total genus 263
structure length 623
sequence length 626
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2epnA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2epnA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2epnA01
1J0JA 2A3CA 1W9BM 2J62A 1V3KA 3SUVA 4RL3A 1VFFA 1AMYA 4H04A 1JDAA 1CLXA 3VIOA 1HP4A 3K46A 3OZOA 2BVYA 3WDPP 1KWGA 1AQHA 4JFVA 1E56A 1X6NA 4UQ9A 3AZRA 2A3BA 3SCSA 1W2VA 1BYBA 1FH7A 4U31A 1WPCA 4TVUA 1ODZA 1V0LA 2WXDM 1EDTA 4HMCA 4L4OA 4HA4A 3OLEA 1NP2A 3L4XA 4CCEA 3AHYA 4QCFA 1V6XA 2WMJA 3VIKA 5E6YA 1E6ZA 5A6AA 3JUGA 2EO7A 4MDOA 3II1A 5HPOA 5FOOA 1J01A 1VEOA 2D24A 1F4HA 1JF6A 4QLJA 2WC3A 3VO0A 3VIFA 3SCRA 4W8BA 1W3LA 1JAEA 2CPUA 2ZX5A 3N1AA 3EDJA 1W9XA 2ZX6A 3WNMA 1JAKA 3L4TA 1C8XA 4QLLA 3A4AA 3ZT6A 5AC5A 3GH7A 1PAMA 1UUQA 1V0MA 2O9TA 2WMIB 4PRWA 2CBUA 3B9AA 3OB8A 2ZUMA 2ZXAA 2ZX7A 1QNQA 2ZXBA 2FHFA 5GNYA 2DGAA 3GXFA 1BG4A 3AIVA 3BLKA 2EXOA 3TONA 3WF0A 4H8VA 2GFTA 1PEZA 3VVGA 3DYOA 1ZBVA 3AS2A 4D71A 3AHTA 4RE3A 1LF1A 4DUVA 3WQ4A 2OWCA 1J12A 3LPGA 3OIHA 1WZLA 1E73M 4TX8A 1L8NA 1VENA 1VEPA 1QPKA 3ZT5A 3CGTA 3MV11 1UA7A 5DT5A 4KRTA 3AQUA 4PMRA 1UYQA 2VR5A 2ZXQA 5GPRA 3VGBA 3CUGA 4D6IA 3ALFA 4B3KA 1GNXA 4PUDA 3W0KA 4PTXA 4QLKA 2WPGA 1XV8A 1ISYA 2WLZA 1QNPA 4HU0A 1UWTA 2WHJA 4Y7EA 3WDHA 3RCNA 1RP9A 3OZPA 1BTCA 4S3KA 2BY3A 2EBNA 2XSAA 2D0HA 1KXQA 1BF2A 3SEPA 3OLGA 1C8YA 2V3GA 4PN2A 1DWJM 1FH9A 1WNOA 2BY2A 4J7RA 2G3IA 1O7AA 2DSWA 2DSKA 1HN1A 2ZX8A 2ZUUA 1MFUA 3WNKA 1FH8A 4XZWA 3KEHA 4PEEA 5AYIA 2DT0A 3WQ6A 1HJWA 1UD4A 4PMDA 1DWFM 1G0CA 5I6SA 5A6BD 4NSBA 1ZBCA 4B3LA 4HOWA 3WF3A 3CZJA 5ABGA 3RM9A 4B16A 1BLIA 1V6UA 1G1YA 1QHOA 3EBVA 3N11A 2PI6A 2VTFA 1GOKA 1WAWA 3RDKA 2O92A 4AYSA 2DT3A 2UY3A 1HIZA 3W6MA 1JYNA 1CGWA 4W89A 5HNNA 4F9DA 4XZBA 2DH3A 4PMQA 2D20A 3NDZA 1H0IA 3SUTA 1CIUA 3WUBA 2BXZA 4JL1A 4MB3A 5BWFA 2W92A 2YL5A 3U57A 1EQPA 2X09A 1Q6GA 3EMZA 1J11A 2VO5A 2XTKA 2Z1KA 3MS8A 1UKOA 5ABEA 3AXHA 2WCSA 4ATWA 3PZTA 4AD1A 1MYRA 2WSPA 1NP0A 1G94A 2VQUA 5FCZA 3APGA 4V2XA 1RPKA 1DTUA 5FL1A 5JIWA 1M7XA 3WEZA 4AZCB 1BYDA 5AYBA 3ZT7A 1H0GA 2WKLA 2C7FA 2Y2WA 4MNJA 1JNEA 2A3EA 2WVTA 3UG5A 4WIWA 1E4NA 3MV01 1J9YA 4AZIA 2BHZA 1VF8A 2DSVA 4DUXA 2EJ1A 4Q22A 1RD6A 2ZUTA 4DWSC 3UG4A 2ZXDA 1W1YA 3KE0A 4AIOA 1WZKA 1GCYA 2UY5A 4PUEA 1B3WA 4BS0A 1V6VA 3GH5A 2XJ7A 1B2YA 1U33A 2YIHA 1BVNP 4XV0A 1GHRA 3AXIA 1H4PA 4N42A 5D9NA 1QW9A 3ZJ7A 1UA3A 1E40A 3SCNA 1V3IA 3TP4A 5M17A 2BV9A 1B1YA 2WCGA 3AS0A 1TMQA 3EDFA 3QGVA 2VT0A 2VZTA 4FF5A 3RJYA 1E0XA 5A95A 3VPLA 2EPMX 4JHOA 1ODUA 2V3DA 4M56A 4E8DA 1CWYA 4ML4A 5I2UA 3FAXA 3O9NA 2G4FA 4ZENA 2Y8VA 4MADA 2YA0A 1E1FA 4MNMA 4BCEA 3VGGA 5JBDA 3L4ZA 2YL9A 3OA5A 1E5NA 3AYSA 3NUKA 1R8LA 2XVKA 1R87A 2J7BA 4J27A 3KL5A 1TG7A 3WQ8A 5I24A 2J79A 4K68A 3VM7A 1VIWA 5A6LA 1OIMA 3DECA 2VQTA 4J3WA 2VZOA 1HP5A 2PC8A 1FP9A 1V3HA 1E55A 4WK9A 1SYTA 3I3BA 4AZBA 4KMQA 3AFBA 3N9KA 3BC9A 2DEPA 3G6LA 1EIBA 4UOQA 1HVQA 2CCRA 2VURA 1IZKA 1GQKA 3J7HA 3AIWA 1VBRA 1W91A 1UZ4A 1GQJA 3U7VA 1ZL1A 1J18A 4AISA 4J3VA 2G3NA 3SUSA 3W4RA 1BGAA 1ZB5A 2OWWA 3AROA 2PWFA 4AZGA 4P8WA 3VGFA 1E3XA 5C70A 4EAMA 4ACZA 3PZQA 4D6CA 3GXIA 4AD5A 5E0CA 3WBEA 5EBAA 3ZMRA 1A47A 1A3HA 1HNYA 2YKKA 4M1RA 2QF8A 1Q6DA 1H3GA 4AZ6A 1V3MA 4CN4A 3W38A 1V0NA 3MU7A 1CDGA 3T2PA 1QHZA 4CU6A 4D72A 2O9OA 2WC4A 3SCUA 5DF0A 2WKGA 4CN6A 1FFRA 3RILA 3WF2A 1JYVA 2XHYA 1CXKA 5E09A 3W29A 3QHOA 4J28A 3UEQA 3VOCA 4CU7A 3PZIA 1UR1A 4AD2A 4P8VA 4P7LA 1E6PA 1BFNA 1WDSA 1KCKA 4LQ1A 2VI0A 3CUJA 5DT7A 3AZSA 1LL4A 2OYMA 2JEPA 3ECQA 3D5HA 2V38A 1ISXA 2PWDA 5EMYA 2AMGA 1E70M 4W87A 2C0HA 2WHKA 2XFRA 1CECA 4M80A 3OG2A 1XH2A 3GNRA 1OGBA 4MNKA 1PX3A 1U2YA 5CXPA 3U5YA 4MAZA 3ARVA 3ZR5A 1OD0A 2PF0A 3RM8A 3IAQA 4TX6A 2VL4A 5IDIA 4W93A 4AZ7A 4UOJA 1AQ0A 4PMUA 3SCVA 1QNSA 3VU2A 4PCSA 4PMVA 2E9LA 4Z2KA 2IXVA 4AD4A 4AZHA 1LL7A 3I3DA 4D1IA 4TXEA 2QPSA 1BG9A 1UD2A 3IAPA 3GBDA 3UR7A 3RO8A 3KZSA 3U5UA 3OBAA 1PIFA 1ZS2A 3UR8A 3W27A 3WN6A 1E6RA 3E1F1 1KXHA 4MB4A 3NDYA 1CXEA 1TVPA 3AZTA 3EYPA 4BF7A 1KFWA 3WQ5A 3IJ9A 4MTVA 2FHBA 4B9ZA 1NWUA 1NARA 5CSUA 1EHNA 4ATLA 1JYWA 2EEXA 3BMVA 4X0NA 5KZ6A 2JF7A 3ARWA 5M3WA 5I3DA 1FP8A 1E9LA 2VVNA 2ZICA 1XYFA 2EQDA 1HL9A 5GQBA 1HXJA 3KL0A 1Z32X 2GSJA 3WDJA 1UWQA 1OSEA 4D6FA 1H5VA 2J78A 4AXNA 1GOOA 2WAGA 4BQ3A 5A2CA 3BAKA 2A3HA 1GHSA 1GVIA 3W28A 3UERA 4S3JA 3CIVA 4LXFA 1M01A 1XCXA 1F4AA 3WELA 2W91A 6A3HA 1FHDA 2XGBA 3ZR6A 4Q7NA 4EE9A 2XVLA 2W4XA 2D3LA 1KBKA 1HT6A 1C7TA 3BXWA 4M81A 4UFMA 1VJZA 2DPEA 4C7DA 3RIKA 1NWRA 4GI8A 2VCBA 2DQXA 1HJQA 1PIGA 3VD7A 4CKQA 4W86A 1W9PA 1FOBA 4DM1A 3CZKA 3MUIA 1QW8A 5CQ1A 2E9BA 2YDQA 3PZGA 1JNDA 3L2LA 3B9DA 4H41A 4TUFA 4CD4A 3QHMA 4U5KA 2EPKX 4TTUA 2J8FA 1UKSA 1JF5A 1XD1A 4IUGA 3AMLA 1KXVA 2EPOA 1TE1A 1SFSA 3EDDA 4UQAA 1LG2A 1LQ0A 1UD3A 1Y7VA 1UR9A 2D1ZA 3BAJA 4FLRA 4XUYA 3BAXA 1JFHA 3RPMA 1UR8A 2JIEA 4W5ZA 4UFIA 1C93A 2D0FA 2ZUWA 3MSGA 1OIFA 5AY7A 3AMCA 3N18A 2DIJA 1KB3A 1GW1A 4WLCA 4AY1A 4L4PA 5CG0A 3GTNA 2YL6A 2WVVA 3CUHA 3VGDA 2J74A 2E4TA 3NSMA 1E3ZA 1GONA 5FD0A 4AD0A 1VFOA 1UHVA 1V3JA 3GM8A 5HOSA 3VMPA 1JZ4A 2MANA 3VDCA 2FGZA 3GYCA 1VFMA 2NW0A 1H41A 2W5FA 1GUVA 4B9YA 1X1NA 4KH2A 3VKKA 2QMJA 1NQ6A 1JXKA 3IANA 4AC1X 3MMDA 2DIEA 1C90A 4F8XA 5IFTA 4PTVA 4LPCA 5EB8A 1CBGA 3FXYA 2EPLX 4PCTA 4OUEA 1E6XM 2GK1B 1EGZA 1H11A 2CYGA 4F9JA 4GQQA 1B9ZA 2YA1A 3KWXA 3WY1A 2XM2A 3CUFA 1V02A 2XWEA 1G9HA 3A47A 2G8ZA 4UQBA 5HXMA 3GDBA 5HPCA 3MUAA 2WZEA 1JZ6A 5HDRA 4M82A 2VX4A 2O9PA 3PBGA 1GOWA 3OLDA 1BHGA 5BYWA 2YA2A 2V5DA 2WB5A 2ZE0A 3WNPA 1WKYA 7CGTA 3SIMA 4OKDA 2XGIA 5FL0A 3TTOA 4PMZA 2WM0A 3F4VA 3CZEA 1ZJAA 3HJEA 3IJ7A 1HX0A 4PTMA 1B30A 3MMWA 3VX0A 1UQZA 3VNZA 4PSRA 3NJ3A 2YLLA 3WH9A 4UCFA 4YHGA 3ZJ8A 4AWEA 1MW0A 4NI3A 2CKRA 1DWAM 3K8LA 3AIUA 4D1JA 1QBAA 1B90A 2D23A 3IJ8A 2CBVA 4Z2HA 1OWQA 3NYDA 3I3EA 2V3FA 1B3ZA 5JBEA 4IISA 4EKJA 4BQ5A 1NWTA 2GDVA 5BXPA 1E43A 3LPPA 1KR1A 1OGGA 4HP5A 4CVWA 2WK2A 1B3VA 4P7NA 1UWRA 4UQEA 4LYPA 3FW6A 1CEOA 3WQVA 3GNOA 2D3NA 2CERA 4A4AA 1Q4NX 3SCPA 5I78A 3N12A 2F2HA 1FA2A 4WKAA 1CGVA 3WMSA 2BFGA 1MW2A 2YDRA 1E6SM 1UD5A 4KGLA 2WMKA 2WWCA 3BLPX 4UFHA 1EDGA 1XCWA 4IPNB 1J0YA 2ZWYA 4GZIA 1UKQA 2VRKA 2WLYA 3CHCA 2YL8A 4A3HA 1TUXA 5A6JA 3VIMA 1UR2A 3SCTA 3DYMA 2ZOXA 1HVXA 1QHPA 5JIPA 4OOUA 2HVMA 3POCA 2ZUNA 4HMEA 2B31A 5M5DA 2VRJA 1QNOA 2WMGA 4JCLA 1NWSA 4D6GA 2YJQA 1MXDA 4WSKA 5E9AA 3HN3A 1QOXA 2UY2A 1BAGA 1LJYA 2E9MA 4RE4A 5CSYA 1Q6FA 4PSPA 4W88A 5IFPA 4OBSA 5F7UA 4W8LA 1W1TA 2IUZA 2W63A 2WC7A 3UCQA 4UQDA 3AI0A 1OT1A 1UR4A 5E70A 3AHXA 3PZNA 4R27A 3BMWA 4PMOA 4N0RA 4CD8A 5E0FA 1VFUA 4JFTA 1NOUA 3FHQA 1EOMA 4UZUA 2DH2A 3FN9A 3RJXA 1TA3A 3AS3A 1UWUA 1EDQA 3WKZA 4NRSA 5BCAA 2G3MA 1CZ1A 3AICA 3THDA 5GNZA 1HKMA 6TAAA 4HPHA 4JHZA 1EQCA 2Y8KA 3LMYA 3CZ8A 1WZMA 3VD3A 4ZEPA 1QI4A 2WVUA 4HA3A 3PHAA 2XYLA 3VD9A 8A3HA 2OSXA 1E15A 4UTFA 1BGGA 3GNPA 1E4IA 2X05A 3POHA 1EHAA 1UKTA 3F5KA 3VD5A 4E8CA 1W32A 2AAAA 1CXFA 4HA1A 1HJSA 3LPFA 3VUPA 5BRQA 4M29A 3SCOA 3GZAA 4BZYA 4M8UA 5CLTA 1XRVA 4QCEA 4MDPA 5IHSA 1E5JA 1KGXA 1ITXA 1J10A 1OM0A 1EXPA 1VAHA 1P6WA 3G6MA 1D2KA 2ZIDA 1HL8A 5A94A 4AIUA 4DM2A 2VUYA 4MJ4A 1LWHA 1UH2A 3IK2A 2WBKA 1GPFA 4OIFA 3VGEA 1BVZA 4AMCA 4Z2LA 3D3AA 1WDQA 3T2OA 3MMUA 2ZWZA 4CD5A 4GXPA 2VCCA 4YPJA 1LG1A 1CNVA 2PWGA 1NOFA 1NOWA 4HMDA 5FIPA 4D6EA 1XSIA 5CGTA 4HTYA 4CCDA 4F79A 3MKKA 1E71M 4W5UA 3WDQA 4TVCA 4W8AA 4RE2A 4FLSA 1QI3A 2BVDA 3ZIZA 1JD7A 4DWSA 3WEMA 2JF6A 4YHEA 2BS9A 4FK9A 3WEOA 2J4GA 3GH4A 4V28A 3VIGA 4AIEA 3ZJKA 4HZ6A 1DWHM 2Z1SA 3M46A 1X6LA 4CD6A 1YQ2A 1MW1A 2E0PA 3PN8A 4JIEA 4IPLA 5IXEA 3ARSA 4AEEA 3ZQ9A 3CBWA 4J3SA 2CNCA 2FH8A 1UH3A 1TR1A 4D6DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2A1D D;  3U8G A;  2A3C A;  1HO4 A;  3VHT B;  4KKX A;  3KWS A;  2DUZ A;  4BK9 A;  2PRL A;  4K2S A;  5DCD A;  2EQ1 A;  5BNK A;  2FB3 A;  3T6C A;  1CLX A;  3LCI A;  3E0F A;  1YZA A;  1MMF A;  3WDP P;  4N4Q A;  2WSR A;  3V1H A;  4FK5 C;  2VGG A;  4H9Z A;  3HM7 A;  3UWE A;  4JFV A;  1E56 A;  1YX1 A;  3KYI A;  1X6N A;  2OTD A;  4NY2 A;  3AZR A;  3DKA A;  1RJQ A;  4BWL A;  2DZW A;  4UBP C;  3ADI A;  1JDE A;  1S2A A;  1WPC A;  1OX6 A;  1TZ9 A;  1C17 M;  3OOD A;  2WB7 A;  3MQT A;  3OVQ A;  4QCF A;  3PF3 A;  4JTG A;  3DFT A;  1R2R A;  1V6X A;  4ZQO A;  3VOH A;  1QML A;  3BE7 A;  4NJH A;  1SVD A;  2IKH A;  1CCW B;  2YR1 A;  5DS5 A;  1J01 A;  4FF7 A;  1Q0G A;  1FCQ A;  2D24 A;  1JF6 A;  1D7K A;  3TYZ A;  2WC3 A;  3WML A;  1F6K A;  3VIF A;  3W9Z A;  4I7W A;  4DJE C;  3C61 A;  1AJ0 A;  2BZN A;  2ZX5 A;  2A68 F;  2FPT A;  3KRB A;  2OJP A;  4P5U A;  4RH8 A;  2NUF A;  5BOO A;  3BLF A;  3ADG A;  3MCM A;  1RJ9 B;  1PAM A;  5F1U A;  3T4C A;  1I94 E;  2P61 A;  1T6U A;  1IR1 A;  4LUT A;  4UTI A;  4POC A;  3TNO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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