2EPNA

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 263
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
263
sequence length
626
structure length
623
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus gordonii
total genus 263
structure length 623
sequence length 626
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2epnA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2epnA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2epnA01
3S2CA 4EE9A 1EIBA 1JIBA 3RCNA 1GQJA 3M46A 1QI4A 2VZOA 2Y8VA 3UG4A 1IT0A 1B2YA 1PX4A 4MAZA 1EOMA 3EDFA 1QNQA 1EGZA 3VDAA 1KFWA 1BYBA 4PMXA 2WM0A 3WMBA 5M17A 3RDKA 5D9NA 3A47A 3A3HA 1EO5A 1QI2A 6CGTA 4UR9A 3VGBA 2VX7A 2W66A 3TA9A 5DEZA 4GZEA 1D2KA 4MDPA 3WL1A 2XIIA 1KCLA 4M56A 2VRJA 2AAAA 1UZ1A 5CJ5A 3RIKA 3A4AA 1NWSA 4H7VA 3AMKA 2XPKA 1CWYA 1HVQA 4BCEA 2VJXA 4CGTA 2WLZA 1CXFA 4ZXLA 4LYPA 1OINA 1WCGA 3T2OA 1W32A 3WY1A 2CERA 5I6SA 1NOUA 2WKLA 1W9UA 1E1FA 1VB9A 4AISA 4Z2JA 2WSPA 1CGWA 1ITXA 1CECA 1DWAM 4AZ7A 1I75A 1CEOA 3BLKA 3L4TA 1E4MM 2J77A 3RO8A 3L4YA 1J0IA 2B31A 3GZAA 4XUYA 1ODUA 2W5FA 4UQAA 4DWSB 3CBWA 3U7VA 3BAJA 4MNKA 3RM9A 5A8OA 4AEEA 4DUWA 1NOFA 4JHOA 1DWFM 1KR0A 1JZ5A 2W62A 1JZ3A 4F79A 1LLOA 4HMEA 1LL7A 1LWJA 3NSXA 4E4PA 5BXSA 3ARVA 4MADA 4PCSA 4WSJA 4P8VA 3TTQA 2CXGA 4MNLA 1CIUA 3DYMA 3ZSSA 2OWCA 3WQ6A 3RMEA 2UY2A 3JUGA 2OWWA 3UETA 1CGXA 1NM9A 4LGXA 1KWGA 1E1EA 2RGMA 1CNVA 3GNPA 4QLLA 2JF7A 1EQPA 1J18A 4D6EA 1XD1A 1C7TA 4R27A 1W91A 3OBAA 1NP2A 1UD6A 3I3BA 2CKRA 1M7XA 3AYRA 4CN6A 1H41A 2ZOXA 1PZ3A 4D71A 3FW6A 4E2OA 1JFHA 4AD3A 5BROA 5LA2A 2CEQA 3GXFA 1MW1A 2GK1A 3KEHA 3AI0A 1J0KA 5D4YA 2WCAA 4D6CA 3QHMA 4AD5A 3WUFA 3EDEA 1QNSA 1XH2A 1JG9A 4H04A 1FHLA 3LPGA 1WAWA 4X0VA 1A47A 4BF7A 2WC3A 2WMIA 3NIYA 5HDRA 3VPLA 4AZCA 2GK1B 3MSGA 3RPMA 1FH8A 1JYNA 3WNMA 3T0AA 3L4ZA 2CHNA 3U7BA 2VZTA 4D1JA 1EA9C 3WN6A 1WZKA 3AFBA 1ZU8A 4AIOA 3T08A 2YL8A 1S46A 4PRWA 2Y24A 3CUGA 3RJYA 1VIWA 3CHCA 3OLDA 2W67A 2DQXA 3G6MA 2WVUA 3VVGA 4AZCB 1J0YA 1W1TA 3II1A 3WD0A 1LWHA 2Q8XA 1XC6A 1ZBKA 3K46A 1V3KA 3WQ5A 3CIVA 1GCYA 3BSGA 4W93A 1H09A 4QCFA 1HT6A 2W92A 1QBBA 3AXXA 4JHZA 3F4VA 4LXFA 2XM2A 2WLYA 2ZXBA 3W37A 2BY3A 2G3JA 3UCQA 1ESWA 2ZUUA 4TX6A 2PWHA 4YHEA 1CTNA 2JE8A 5BXTA 2XIBA 5D9PA 4UQ9A 1M04A 3VIFA 5A6JA 4UOJA 3PZGA 2BY0A 1V3LA 4F9JA 4UFJA 3VIIA 2D3NA 2ZWZA 1MVYA 1E6PA 2HISA 3CTTA 2CIPA 4HOXA 2IXUA 1R7OA 1OIFA 2E40A 5JBDA 4F9DA 3SIMA 3SUTA 3PZQA 2OYMA 4AD1A 1B3WA 1NWTA 1BGGA 4JFVA 4OUEA 4D6GA 7TAAA 1JFXA 3B9EA 1UR4A 3IJ9A 5KEZA 4GINA 3AIVA 2GFTA 3AQUA 1E4LA 2VZSA 4WKHA 5HNNA 1M53A 2D0HA 3UR8A 4DM1A 1V02E 3K8LA 4HA3A 1NH6A 3DYOA 4CVWA 5I77A 2JEQA 5LA1A 3U5YA 4CU8A 2QV4A 3WEOA 1E71M 4A3YA 1LG2A 1ECEA 2ESCA 4RL3A 1V0MA 3GBEA 4CKQA 4AYSA 4U2YA 1JDDA 4J3XA 2ZUWA 5A6BD 1HIZA 2WBKA 4H8HA 1HVXA 1PJ9A 5AY7A 2JFEX 1LJYA 1QVBA 1GOKA 2DDXA 4UNIA 4B3KA 1ISZA 3GNOA 1JZ6A 2VVSA 5CPSA 2VR4A 3VD9A 3DC0A 4GPNA 1K6AA 5BRQA 1UOKA 1BF2A 3KE0A 1J0ZA 1TE1A 1VFMA 1C8XA 1V0NA 2GJXB 3IJ7A 4P8WA 1JD7A 1UD3A 2WK2A 4Z2IA 3VUPA 1V03A 3BCDA 1RPKA 1RP8A 4AZIA 2EPOA 4NI3A 1B3XA 4W86A 2G3MA 3MS8A 3CUFA 2EPNA 3PZVA 2ZX7A 1AQMA 7CGTA 4WIWA 4QFUA 2WHLA 3B8SA 3ARXA 2WANA 1J11A 1UA7A 3WD3A 4S3KA 5IXEA 1SMDA 5F7UA 2WYSA 3WFZA 2QMJA 4GQQA 4UQDA 5HXMA 3HJEA 1H0IA 4KH2A 5E09A 3S6TA 4XZWA 5KZ6A 1PIFA 1X1NA 2CKSA 1BG9A 1HJUA 4P8UA 5BXPA 2Y5EA 1JNDA 3ZOAA 3BMVA 2BY2A 2J7BA 1OCQA 4D6DA 1PPIA 2VVNA 5BRPA 4ZFMA 2EXOA 4M80A 4WKFA 2WZHA 4JL2A 1XYZA 3E1F1 1SFSA 4TTUA 1TMQA 3WSUA 1QI0A 3QOMA 4UQCA 1VJZA 1WE5A 3SUVA 1CXHA 1FFRA 3QR3A 5DFAA 2QF8A 4QLJA 1UR8A 5I79A 1GOMA 2G41A 2BVDA 2QLYA 2VMFA 3WH5A 3BLPX 1WZLA 1ISYA 1MXDA 3EMCA 5I24A 1QNPA 2BXYA 4IUGA 3UR7A 2DIEA 2DT2A 4Z2KA 1MQQA 1C92A 4E8DA 2Y4SA 3ZSTA 4ATLA 2V3DA 1C8QA 1VBRA 1UKPA 1E40A 4TX8A 3M07A 2EPMX 1KXTA 1UH2A 5D9OA 1JL8A 4RE2A 1FA2A 5HPCA 1FP8A 4UFHA 1GVIA 4MAVA 4HMCA 4PEEA 5CQ1A 3VD5A 1XSJA 3VINA 2UY4A 3CO4A 1JXKA 1EDQA 4RE4A 4W88A 2YLLA 4JFTA 1VFOA 2D2OA 4CD4A 1OWQA 2UY3A 4EKJA 3PZ9A 2MANA 3WF0A 2GUYA 3SCQA 1TCMA 4IM4A 1C7SA 4RE3A 4AZBA 1QI3A 1UWQA 2WZEA 1V6WA 1UKSA 2J7GA 3HMCA 4WLCA 3WMSA 1E0WA 4P7LA 8A3HA 2WMFA 2PWEA 3W4RA 2GVYA 2YA1A 2D0FA 1CXEA 3AS0A 2D0GA 4LYQA 3MKKA 4M8UA 1UKTA 1JDAA 2J7FA 4WKAA 4C7FA 3OG2A 3T2PA 5IHSA 1CBGA 3EDKA 3GDBA 3VDCA 4CD7A 2J47A 1W9BM 1WDPA 4W5ZA 3SCTA 1TVPA 3CHDA 1XCWA 2DT1A 1H49A 2VL4A 4GO8A 4B3LA 3TTYA 1ZJAA 3AMLA 2YJQA 5E70A 2J25A 1KB3A 4TVDA 1HN1A 4P7OA 4IISA 3ZT7A 1HXJA 1ZBVA 4UOZA 2J7DA 2ZUMA 1QI5A 1Z32X 4URIA 1ZBCA 2E3ZA 1R86A 1NWRA 3UERA 5C71A 1VFFA 5M03A 4FLQA 3WL0A 3BC9A 1NP0A 3L4XA 3NSNA 3WBAA 3WF4A 3N11A 2HVMA 4M1RA 1BQCA 1OSEA 3WKZA 4HU0A 2A3CA 3SEPA 1V3HA 3AHZA 2J78A 2JALA 1UH4A 2XG9A 5CPQA 3UESA 3N12A 5TD4A 3WIJA 4IPNB 4J3SA 5A6AA 5D9MA 2DSKA 5A8QA 3WH6A 4PMZA 5JUVA 2JF6A 4U31A 1E43A 2YDRA 4JCLA 2NT1A 2DT3A 3VD7A 5C70A 3IAQA 2WCGA 2FGLA 3OZPA 2GSJA 1H2JA 1P6WA 4PTVA 3BXWA 4J3VA 1J9YA 2A3HA 5CSUA 4HP5A 1UWSA 1ISWA 2J8GA 1HKIA 2WMJA 2ZX9A 1WZMA 1MW3A 2CBUA 2QPUA 4HZ7A 3GH5A 4KGJA 4CU7A 1GJWA 3WNLA 4HU8A 1B90A 3DHPA 3NCOA 5M3WA 3EMQA 2WMGA 3M6DA 5JBEA 1J01A 4QDMA 3FAWA 1W9XA 4XX6A 2VT0A 3PZMA 5A95A 1W3LA 3GXIA 2Y8KA 1QW8A 2JEPA 2OSXA 4UCFA 1Q6DA 1VBUA 5A94A 2O9OA 2EBNA 4CU6A 1LL6A 3KWXA 3W82A 1PAMA 4Y7EA 4GZIA 2YOCA 4ZE4A 2WB5A 4FLSA 4PMUA 3HN3A 2ZE0A 1OB0A 1SYTA 1WO2A 1HF6A 1KWKA 1GOQA 4A4AA 1UQZA 4BS0A 1BG4A 1G0CA 2W4XA 5CGMA 1VJSA 3ARQA 3WFLA 4BQ2A 5FOOA 1A3HA 3POCA 4B9YA 3FN9A 1WKYA 2VTFA 2CNCA 2QMKA 4UFMA 5AYIA 3L4WA 1RD6A 1FH9A 3LPPA 4LPCA 2X0HA 2EQDA 4AZHA 1E4IA 1GONA 4E8CA 3GTNA 3WMCA 4PMRA 1UYQA 5AYBA 1B1YA 1WDRA 2DPEA 4MB1A 4IPLA 5M5DA 2BVTA 1SMAA 5EFFA 2XWEA 4HA4A 1UR1A 1VEPA 3BAKA 4OZOA 2O92A 3A4WA 1V6YA 1N82A 2ZX5A 4ZXOA 1ITCA 1EQCA 1UWRA 3QHNA 4PMQA 3K8KA 1BAGA 1TZ7A 2J4GA 1U30A 1XHGA 2OLHA 1CLVA 3IANA 2G3NA 1B30A 4UQEA 4AW7A 3AROA 2G3IA 3WNKA 4P7QA 4W5UA 1JYVA 2W61A 4R5EA 4J3UA 2Z1KA 3RILA 4OBRA 3VNZA 4MB3A 1LL4A 4WK9A 1GUVA 1V3MA 3SUUA 3ARPA 1HNYA 1OT1A 1QW9A 3WENA 4ZE5A 3SCPA 1JI1A 3SCSA 5FL1A 2CETA 3K4DA 4PBGA 4U33A 2IUZA 3VIGA 2WMIB 2A3AA 5BXRA 1MW2A 3G6LA 3GH4A 3VM5A 4AWEA 1G1YA 2EO7A 2XJ7A 4MB4A 1W9PA 2ZXDA 3BAIA 1AMYA 2ZXQA 1CXKA 1D7FA 2FHCA 2BHYA 3PZTA 4MNMA 2XYLA 2BV9A 5I0DA 5A2CA 1UKQA 3D5HA 1V6VA 3VGGA 5JIPA 2PF0A 2ZWYA 1GVYA 3AS2A 2XVNA 3AMDA 2JIWA 2DEPA 1OT2A 1U33A 1KBBA 3DYPA 3NDZA 3APGA 3WUEA 4B15A 3IAPA 3K4AA 3CHFA 5CG0A 1ISXA 4H2CA 1ZJBA 4QCEA 3PZOA 4D72A 1JI2A 3AHTA 4UZSA 2V3FA 3N17A 5EFDA 1DWJM 1QHOA 3VX0A 1X6NA 3FAXA 1OD8A 4PMDA 2FH8A 4C7GA 3CLWA 4F8XA 2VR5A 1BSIA 3SCVA 2AOSA 3MUZ1 3VGDA 4L4PA 1XRVA 5GNYA 5A69A 2WVSA 4HMDA 1VFUA 1EDGA 3QGVA 3SCOA 1M01A 1QNRA 5IHRA 2CBJA 3WDQA 2PI6A 4KGLA 1E6NA 1GZJA 1OGGA 5EBAA 1CYGA 2AMGA 1Q6EA 4DUVA 3GNRA 1JZ4A 2F8QA 3KZSA 5IFTA 3MANA 1DWIM 1E6QM 1VEOA 4QAWA 4AD0A 1K9DA 3QHOA 1HKMA 3N13A 2IXVA 2NW0A 2GJRA 1E6SM 1BPLB 4FLOA 2DGAA 3TTSA 3W38A 2XFYA 4PTXA 1MFVA 3W6LA 1UHVA 2VX6A 3AZRA 3VMOA 2X05A 2CCRA 4WSKA 1VRXA 3WDRA 4FF5A 1E72M 2V5CA 1W2PA 5CLTA 2C7FA 2XTKA 2CITA 3WDIA 4U2ZA 3MUAA 2BHUA 2X0YA 1OIMA 3CUHA 1HJXA 3N9KA 3VGFA 3L2MA 4PMYA 1HP4A 1HP5A 5BWFA 1JXJA 1H5VA 2BXZA 1E0XA 3W53A 2YBTA 3WD1A 2WHJA 3WD4A 1YQ2A 1E9LA 3ARUA 3OZOA 2WXDM 4KMQA 3WUGA 1HL8A 3W81A 2RGLA 4NRSA 4D6HA 5I23A 4HOZA 2DSWA 3L4VA 4JKKA 3FY1A 3SUWA 3FHAA 5FCZA 1GQLA 1OBAA 3ZM8A 3WEMA 5ABHA 3CZEA 3ZJ7A 5A2AA 1Q6GA 1F4AA 1M03A 2NSXA 3W26A 9CGTA 4EAMA 4J7RA 3WF2A 1BYCA 4UFLA 1E0VA 1PBGA 2DSUA 2A3EA 4GO9A 5I3DA 3VGEA 3F5KA 4CCEA 1E4NA 2UWFA 5FKYA 5DF0A 5CLWA 1WZAA 1O7AA 3WNNA 3CGTA 1CXLA 2VUYA 4Z2LA 1JNEA 4XB3A 4CUCA 3AHVA 3N18A 2DT0A 2O9TA 1J0JA 2J8FA 4AIEA 2FHBA 3VMNA 2CESA 5FL0A 4JAWA 1OD0A 3BMWA 1ZBWA 5A6BA 5JBFA 1W3HA 1BTCA 1JAKA 3PZIA 1TFVA 3SCRA 3OIHA 2YA0A 4FLRA 5BYWA 1JAEA 2E0PA 2E9MA 2J74A 3WH7A 4PUEA 4TTGA 4M24A 2BVYA 5CZKA 3FNDA 1V0LA 1H0GA 3AIEA 1PEZA 1JGIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3TOP A;  5A8P A;  1PIG A;  4XZB A;  3AZT A;  1ZPT A;  4RZ5 A;  1W3K A;  1RKE A;  1XLD A;  3RVZ A;  1XYA A;  1TPF A;  2V6A A;  3EPN A;  3WQO A;  4JIQ A;  5JH1 A;  1P0D A;  4GQR A;  3GNN A;  3KX6 A;  4RW5 A;  3LZ5 A;  1R3Q A;  1GGO A;  1QTW A;  3VM7 A;  2WJD A;  4NXN E;  4AZG A;  1L6F A;  4EKW A;  5FJR A;  3GS6 A;  2BOD X;  4K39 A;  1VYK A;  1X1O A;  5ABF A;  1V6X A;  2PCE A;  5LIU X;  4XZN X;  3UXL A;  1RJ9 B;  2EEX A;  4N9E A;  1ALD A;  2G5W A;  2CLK A;  1RP9 A;  3P0X A;  1PJS A;  3S9Z A;  2VE7 C;  4LFC E;  4G7E B;  3TQ0 A;  3HU7 A;  1F05 A;  1RR2 A;  2K7I A;  2VEM A;  4JZ5 A;  3LEP A;  3VIH A;  3ZWI A;  1JF5 A;  4DKK A;  5A6K A;  4Q5S F;  4JYA E;  2H6R A;  4C6D A;  1LRQ A;  4IAR A;  4NF7 A;  3LQL A;  1NG1 A;  4C6E A;  4B5S A;  2YYU A;  4P7N A;  5D02 A;  2DUX A;  1A0E A;  3CZG A;  1RVK A;  1K8C A;  4NYY A;  4GJJ A;  1DE5 A;  1TG7 A;  2RTX A;  3F46 A;  2C15 A;  1FWD C;  3E3H A;  3F6G A;  1S5V A;  3U2M A;  2XDF A;  4S3J A;  4CD8 A;  3EPH A;  4CIP A;  1ICQ A;  4UB9 A;  5JIW A;  2GJP A;  3UNT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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