2EPOA

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 261
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
261
sequence length
626
structure length
626
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus gordonii
total genus 261
structure length 626
sequence length 626
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2epoA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2epoA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2epoA01
4GI9A 3ARUA 2QPSA 4OBSA 3WL0A 3CUIA 3AMDA 1MQQA 1JI1A 1NOFA 4QLJA 1XYZA 2GJXB 3AZTA 1UD3A 5AYIA 1US2A 3GTNA 1NOUA 2WWCA 1WZKA 3K4AA 3MMWA 5BXSA 1D2KA 1UD5A 4Z2KA 2YOCA 3L4WA 2EPKX 3SCPA 3NSNA 1JG9A 4J3UA 4AD0A 4PUDA 1ECEA 1PBGA 5DFAA 3VIMA 2G3MA 4Z2LA 4FF5A 1W3JA 4XB3A 4KRTA 3EDKA 1NWUA 4B9ZA 5I78A 2IXUA 4DM2A 4NRRA 1GVYA 1P6WA 3OBAA 2F8QA 3BAXA 3IK2A 2WC7A 2NSXA 2JALA 4HA1A 3VDHA 3NDZA 2QF8A 3VM5A 5M03A 5HXMA 3VMNA 5HNNA 1XH0A 4J27A 1UWRA 1HKJA 3EBVA 3J7HA 3WF2A 2CNCA 1HKMA 1EGZA 1XYFA 5KZ6A 4RE3A 4PTWA 3ZM8A 2XIIA 4P8WA 3BLPX 3PTQA 1B9ZA 1WDSA 2PWFA 3IJ8A 3MKKA 2YL6A 1E1EA 1CXEA 2DSWA 3PZVA 4UQAA 1GNXA 1V3KA 2DSUA 1E0XA 1C92A 3ARXA 3U5UA 2C0HA 5GNXA 1H0GA 3G6MA 1E6ZA 1C93A 3CUFA 3N04A 3AS1A 4R5EA 1VAHA 4D6DA 1XC6A 3SEPA 3U57A 3BLKA 3GH7A 4U31A 2X05A 1D7FA 2X8RA 4OZOA 3BAKA 4GINA 3RPMA 2YBUA 2BHYA 2J78A 4W89A 1TCMA 3TOPA 2EQDA 2WM0A 4V2XA 1Q4NX 2PWEA 3ZJ7A 3SIMA 3AI0A 3MO4A 2A3HA 5A69A 1LG1A 5IHRA 1I1WA 3RDKA 3AQUA 3W4RA 3AHYA 3DHUA 1BSIA 1E4MM 3WQ8A 4PMVA 1WCGA 4AZCA 1GOOA 3B8SA 3BSGA 1W3KA 2A3CA 1BVNP 1HT6A 3BAYA 1LL6A 3OGSA 2WHJA 1MQRA 2BY0A 4ATDA 4NZCA 1NWRA 3PZMA 3RJXA 2XIBA 5A8NA 1XD1A 3S2CA 4D6HA 9CGTA 4V28A 1BG4A 1F4HA 3K8KA 1W9BM 3CO4A 3WUGA 3WKZA 3VD7A 2J25A 3W82A 1V6VA 2Q8XA 4UFHA 1QHOA 4MB3A 4AZ6A 1H1NA 1ODZA 3VD4A 3N15A 1HNYA 1ZBWA 1OD8A 3O9NA 3KL3A 1W1YA 1UKSA 3BMVA 5JBEA 1AQ0A 5BRQA 2CBUA 4P8UA 1V0LA 3T0AA 3ZSTA 3SCWA 4MAVA 3VO0A 1TG7A 4P7RA 4W5UA 2XVGA 2AMGA 3L4UA 4PMRA 1BGGA 4YN5A 2FH6A 1PX3A 3BMWA 3VINA 1QW8A 4TOQA 1UKPA 4MADA 4CVUA 5CJ5A 2UWFA 3UG3A 2B31A 3WQWA 4EANA 3AISA 3NIYA 1WZLA 4E8DA 2EPOA 1UA3A 2OSXA 1TE1A 4JIEA 1H41A 1E5JA 2E4TA 2WAGA 2VX7A 4R27A 4LGXA 3VIFA 2WSPA 2BVDA 4AZCB 4F8XA 5A8PA 3WD3A 2G3NA 1KFWA 1QI5A 3IAQA 3PZGA 3W26A 3T09A 3S6TA 4F9JA 3WDJA 3VGFA 1UKQA 4MNMA 6A3HA 1YQ2A 1VEOA 1ISVA 2GJRA 2VR5A 4TXEA 5IFTA 5CGTA 2C7FA 4J3VA 2BV9A 3VNYA 3W24A 4ACZA 1UYQA 1O6IA 3GXFA 3K4DA 4BA0A 1MW2A 4AYSA 5CXPA 1Q6GA 3ZJ6A 1JGIA 4S3KA 5BRPA 1AMYA 4MDPA 4LXFA 3THDA 1OGGA 1JZ3A 4H8UA 1MXGA 1W2PA 5LYRA 5I79A 1V02A 4UCFA 1ITCA 2DT2A 2VVNA 4D71A 3GH4A 3O2LA 1E55A 1DWJM 1UWSA 1UWTA 2W92A 1GQIA 2C8NA 1E6PA 1H5VA 3N18A 4MB4A 3ARPA 2GJPA 2DIJA 2E0PA 4TVCA 1V3HA 1K9EA 2XTKA 2EPLX 5FOOA 2VI0A 4OJYA 3VILA 1LL7A 3NYDA 4XV0A 1QI3A 3AIUA 3W38A 3AIBA 1MWOA 2GDVA 1QPKA 2XVLA 3QHNA 2E9LA 5IFPA 3WNOA 2EBNA 3WMSA 2D0FA 1KR1A 2FHBA 1OD0A 2W4XA 5D4YA 1L8NA 5LA0A 2DH3A 4UOZA 2XFYA 3AYRA 4ACZB 1J0ZA 5CSUA 3GBDA 1CENA 2BY2A 1C8QA 2VNCA 2W5FA 3VIPA 3VDBA 2VCBA 1QHZA 1UKOA 3AHZA 3KEHA 4ZXLA 5HOSA 5A6AA 1QOXA 1N82A 3GXIA 3SUVA 1BAGA 1IT0A 3WF4A 4HZ7A 2WVVA 1C91A 1KBBA 2J8FA 4J7RA 3N17A 3VGDA 1JZ2A 4D6IA 3CZEA 1M7XA 1B3ZA 4CCDA 1GW1A 1GQKA 5A8OA 2WZHA 4U2ZA 5BXRA 1QNPA 2DT1A 1BYAA 2EPNA 3SUUA 4PSPA 5IXEA 1A47A 1EQCA 2CBJA 2DIEA 2FH8A 4MAZA 1EA9C 2VUYA 1CGXA 1UWQA 3KWXA 1VEPA 1LF1A 2CKRA 5D9NA 3E1F1 4HPGA 3PHAA 3ZO9A 2D3LA 2D0HA 4DUVA 2GSJA 1TUXA 2PWGA 3AS2A 3KZSA 2A3AA 1PZ3A 2XVKA 3CUJA 2CBVA 5AC4A 1H09A 4QDMA 3VD5A 1KGWA 5FL0A 4J3TA 4W93A 1WZMA 5FKYA 3VGHA 3PZNA 1SMDA 1JYWA 3BCFA 1UR8A 3CGTA 1BG9A 3N11A 7CGTA 2RGMA 3SUSA 2PI6A 2QMJA 3CUHA 3CUGA 2WC4A 1JFHA 1J9YA 3ZIZA 3RILA 3L4YA 2XHYA 1BYCA 4OIFA 4MJ2A 4UQDA 2ESCA 1FOBA 4Z2GA 4ZFMA 5GQBA 3WMCA 3IAPA 1ZBKA 2WVVB 5CPTA 3BC9A 4GZEA 1UR9A 4QCFA 4NRSA 4AZIA 4PMQA 1WDRA 1NM9A 2DH2A 2E8ZA 2EPMX 4EE9A 1MFVA 3WD2A 2CPUA 2WHKA 1B90A 2XFRA 2ZXQA 5ABFA 5I24A 4WIWA 7A3HA 3GNOA 1JF5A 3UERA 1R86A 3AICA 1UWIA 1OINA 2Y2WA 1GOWA 1HJSA 3CHEA 4AEFA 3CTTA 3ECQA 3L2MA 4OBRA 1WZAA 2VCAA 2VVSA 4UNIA 5A6KA 4BQ5A 3LMYA 4Q7NA 1I75A 1V6XA 1X6LA 3LPOA 2BFGA 3POCA 2G4FA 4QAWA 3FHAA 1EH9A 1I1XA 2YIHA 1SMAA 3WDRA 2CIPA 3EDJA 2YLLA 2X1IA 3WIJA 5I5RA 3DYMA 5TD4A 4UTFA 2PBOA 1E40A 1G01A 4D1IA 2ZUMA 2OLHA 4W86A 3ARTA 4PMOA 3M7SA 3T08A 4GZIA 5D9PA 1GONA 3CHFA 3PTMA 2VR4A 1H2JA 5C8BB 4JZ5A 3W27A 2BVYA 3OLGA 4QLLA 5A95A 2ZXBA 4PMYA 2D22A 3ALGA 1JZ8A 1J12A 3ZJKA 4CVWA 3PZUA 4UQCA 2G3JA 4PEEA 2ZUUA 4NF7A 2E9BA 5E6ZA 3ARRA 1OCQA 1CYGA 4TTUA 4UQBA 1ZU8A 3MS8A 1G9HA 4TTGA 1EO7A 5DO8A 4UFJA 5I77A 3W81A 2J7CA 3LPFA 3TTYA 1JZ6A 2WKLA 1W9UA 3HMCA 1U2YA 1BGAA 5CLWA 1NWSA 1V3IA 1DTUA 1MVYA 1VBUA 1ISWA 2BY1A 3VIIA 4H04A 3UEQA 1JDCA 1XSKA 2VZVA 5A2BA 2D23A 1GOKA 3U7BA 4M56A 4HP5A 1CGTA 3BAJA 3VDAA 4W88A 1CZ1A 1R87A 3A3HA 1KGUA 3WSUA 4MNKA 4M81A 1UUQA 1UOKA 1GZJA 2BXYA 2WPGA 4BQ4A 4AISA 1BYDA 2X0YA 1VJSA 2CBIA 3VMPA 3SCSA 2W62A 4D1JA 1IZJA 2WMFA 3QOKA 3TA9A 3VGEA 2VJXA 5EFFA 1CTNA 1GHRA 1E1FA 3ARQA 3MUAA 2JF7A 3VUPA 3A6OA 4OOZA 3U7VA 3WEZA 5D9OA 2J7HA 4AZGA 1E71M 3FHQA 4UR9A 2VTFA 1XSIA 2YDSA 2E9MA 4UFIA 1VF8A 1UD6A 2PBGA 2ZUSA 1KR0A 1VENA 4JCLA 1LWJA 5FL1A 4DWSC 1DEDA 4W8LA 1WDPA 1GPFA 4V27A 2Y24A 4PTXA 3U5YA 2J7EA 3W6LA 1K9FA 2XUCA 2DQXA 4AWEA 4CKQA 3A47A 3OLDA 2D3NA 2VOTA 5D8WA 1ODUA 2OYLA 1D3CA 3RM8A 1FHDA 3GNPA 4JFVA 1E0VA 4HMEA 4DWSD 1JFXA 3T2OA 3WL1A 2FHFA 3ARSA 2DT0A 1GOQA 3WF1A 2WLYA 3ARZA 3VD9A 4LYPA 2O92A 2TAAA 2J74A 3WNLA 4KWUA 4A3YA 2A3BA 4CU6A 2HISA 2FDMA 1PIFA 1KCKA 4HMDA 3CBWA 4M80A 2J75A 2CETA 4FLRA 2PB1A 3WNNA 1GQLA 3CZGA 2CCRA 1B3XA 4FLQA 5A2CA 1E70M 3UESA 4DUWA 3N1AA 2JEPA 3L2LA 5BROA 1V0NA 4K68A 3WQVA 2XWEA 2W67A 4HTYA 1A3HA 4IPNB 3VGGA 1U30A 2D0GA 4ML4A 1NWTA 2GUYA 2YA2A 1KQZA 3I3DA 4GXPA 1JL8A 2O9RA 4U3CA 3WUEA 3W28A 3L4ZA 1WKYA 4WKAA 4WKHA 3ZR5A 4HA4A 3OIHA 2VZSA 1SYTA 4P7OA 4UOQA 1UD4A 2VCCA 3EYPA 3L4TA 4AIUA 5I23A 1OBAA 3FY1A 2CKSA 2WHLA 3AZSA 3AXIA 3DYOA 1EDGA 5A3HA 1LJYA 3B9DA 3II1A 1XV8A 4X0VA 1JYVA 3HU7A 1EOKA 3MMDA 3RJYA 2ZE0A 1V0KA 2QPUA 4B3KA 1E56A 2XJ7A 3ZMRA 2O9OA 1E15A 1W91A 4B15A 4FLSA 3BAWA 4PMNA 4BQ3A 1FH7A 1GJUA 2OWXA 2WVUA 4LPCA 3WDIA 3ZSSA 1ZL1A 1JDAA 4WSJA 2E8YA 4MNJA 2BHZA 3I3BA 1QVBA 3GDBA 2JF6A 1CLXA 1FFRA 4J3WA 1W9VA 2JIWA 4L4PA 2XSAA 1WNOA 3L4XA 2WC3A 2YLAA 1LLOA 2WNWA 4UQ9A 3DECA 3WN6A 4C7GA 3NCOA 1FH8A 4AIOA 4D6JA 2DDXA 1KWGA 2VZUA 1VJZA 1TR1A 3ZQ9A 1XRVA 2MANA 1E6QM 4CU7A 1B3YA 3VTRA 3RIKA 4BCEA 1UH4A 1H3GA 3DC0A 3NSMA 3WBEA 5DMYA 3AS3A 3MANA 1EHAA 4AW7A 5IHSA 4CN6A 3BCDA 1KXTA 1KXVA 1W9DM 4MPKA 4CD6A 1J10A 1PZ2A 3SUWA 2V3EA 3VIGA 4Z2JA 3UR8A 1ITXA 1BYBA 1WB0A 1HJVA 5ABHA 5F7UA 8CGTA 2VX6A 1E6SM 1WP6A 1FP9A 1VFUA 5ABEA 4S3JA 3UETA 4E2OA 1GORA 3IJ9A 4QP0A 1CGVA 5IDIA 5BYWA 3W29A 1C3FA 1WPCA 2WZEA 3SCVA 5CG0A 3WFZA 4KMQA 2XVPA 3BSHA 3I3EA 2W61A 4IPLA 1HN1A 4HU8A 1V02E 3WDPP 3CZ8A 3BH4A 1J01A 3THCA 4TX8A 1AQHA 3M6DA 3T2PA 2G41A 2DSZA 4ZE4A 3VX0A 4W8BA 2FGZA 2WHMA 3CIVA 5A6JA 2WXDM 1HJWA 1Q6DA 3PZTA 5C70A 2VZOA 1CDGA 1GCYA 2DT3A 3ALFA 3LPPA 3VOCA 5GPRA 2JFEX 4Z2HA 2GK1A 2XYLA 4GIAA 2WSKA 5CSYA 1G94A 2BY3A 1HJQA 3IJ7A 4BS0A 4OUEA 3JUGA 2XM1A 2O9PA 5JIWA 2ZIDA 4HOZA 3F5KA 2F2HA 2JE8A 3MV01 1RP8A 2JIEA 1HJUA 4D6EA 4TVDA 4PSRA 3CZLA 1OWQA 4XZWA 1GUVA 3ZT7A 4WK9A 1EQPA 3GXMA 4WKFA 2WWDA 3SCTA 1KXHA 1CLVA 4JAWA 5EMYA 1LL4A 1LQ0A 1UA7A 4AD2A 3PTKA 4FLOA 1UR0A 2J7DA 3SCNA 1AQMA 1NOWA 2JEQA 1J0KA 2UY3A 4J3SA 3GZAA 1NH6A 1UR1A 1EXPA 2WBKA 3OB8A 1M03A 3AIWA 1J0YA 1CGUA 1UZ1A 2E40A 3CH9A 3UR7A 3UG4A 1R7AA 6TAAA 7TAAA 4DM1A 2OSYA 1BHGA 5BWFA 4KGLA 4GPNA 4J28A 1LG2A 5E6YA 2VX4A 4AC1X 1E4NA 3PZOA 2YA0A 1JF6A 3WF3A 1HL9A 4HOWA 1JDDA 5E9AA 5CPSA 4PN2A 4QLKA 1UQZA 3BAIA 4W7VA 2D24A 1XD0A 3WH8A 3OZOA 3PZQA 3EDFA 1EO5A 4H7VA 5HPCA 1DWHM 5I0DA 5A8MA 2ZX9A 4HZ8A 4ATWA 2G3IA 1KXQA 1GOIA 1OIFA 5A1AA 2W91A 3ARYA 3CHCA 4UFMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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