2EPOA

N-acetyl-b-d-glucosaminidase (gcna) from streptococcus gordonii
Total Genus 261
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
261
sequence length
626
structure length
626
Chain Sequence
ATFLGLSSKQEKALVRLDKYLNLGEIAVSLVTDSATSIKVEGRQGYYQVSYKQPHQLYRALALLSAALRSGQDEVQIEEEAAYEDLAYMADCSRNAVLNLSSAKKMIEVLALMGYSTFELYMEDTYEIENQPYFGYFRGRYTVAELQEIEDYAADFDMSFVPCIQTLAHLSAFVKWGIKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIEGMFQTMAHLHTRKINIGMDEAHLVGLGRYLIKHGFQNRSLLMCQHLERVLDIADKYGFNCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKERVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFQNHHKISQDIAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRKNQVKEVIVTGWGDNGGETSQFSVLPALQIWAELAYRNDLKKVSEHFLVSTGLDFDDFMKIDLANLLPDLPDNLSGINPNRYVLYQDVLCPLLEQHIRPEKDKQHFASSAQQLGEISKRAGEYAYIFETQAQLNALLALKISITSGIQKAYRNGDKEHLSALAEKDFPQLYQMVEDFSDQFSRQWQQENKIFGLDTIDIRFGGLLKRIKRAQERLEQFISGQIDCVEELEQEILPFNDFYKDQGLTATTANQWHLIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-acetyl-beta-D-glucosaminidase
publication title Structure of N-acetyl-beta-D-glucosaminidase (GcnA) from the Endocarditis Pathogen Streptococcus gordonii and its Complex with the Mechanism-based Inhibitor NAG-thiazoline
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus gordonii
total genus 261
structure length 626
sequence length 626
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 2epoA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2epoA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 2epoA01
2WKGA 3KL5A 2J7EA 1OWQA 3KL0A 4QDMA 1Q6GA 1HXJA 3VIOA 5HPOA 2B31A 1NP2A 4Q7NA 5HBFA 2XSBA 1KR1A 1N82A 1JXKA 3GXIA 2WLYA 1WPCA 3G6MA 3T0BA 1GQJA 1CLXA 3BAYA 2X0HA 2VC9A 4MDOA 3APGA 3NYDA 4NF7A 1GW1A 1NM9A 2BHZA 1P6WA 3CZLA 2XVGA 1ZBWA 1HT6A 2WANA 1OD0A 4D6GA 2ZX7A 2QMKA 1O7AA 1J11A 2WHKA 2ZUSA 1JL8A 3NDYA 1CXFA 1H0IA 3WUBA 2CKRA 4AEFA 4W7VA 3ZJ7A 5CZKA 2V3FA 4TTUA 3K4AA 1V02A 4ATDA 2YA2A 1MXDA 3BCFA 5A6MA 2D0GA 4JKLA 2W62A 4U3AA 2XGIA 4F9JA 2JF7A 3B9AA 4AZ6A 2XHYA 1OT1A 1RP9A 2J75A 3MO4A 4H8HA 1JD9A 1HNYA 5E0FA 3WL0A 1QNSA 1UWIA 3WMBA 3BCDA 3WF0A 2XVLA 3N17A 3PZUA 4JL1A 3N12A 1CXLA 3MSDA 4AISA 1XYZA 4AXNA 1QW8A 1GQIA 1EO5A 2WWDA 3IAPA 2CBVA 4J3TA 5JIPA 1IZJA 1X6LA 4EANA 1EDQA 1UKPA 1GJWA 1JF6A 3IJ9A 1E56A 4P7LA 3F4VA 2E3ZA 2O9PA 2ZX8A 4N42A 1V6VA 3OLGA 4NRRA 4PTWA 2VTFA 2J62A 1V6YA 2Y4SA 4B15A 3PTKA 1G1YA 2VL4A 4F9DA 3VIHA 4HA4A 1E5JA 1WDPA 4XX6A 1VFMA 3ZR6A 1HJXA 1KXVA 1M7XA 1TE1A 4S3KA 1UYQA 2BNJA 3OG2A 2WSPA 1KB3A 1F4HA 4BQ3A 1V3MA 2V5CA 1TFVA 4W8BA 4TX8A 1UD3A 1MYRA 2O9OA 1J0YA 3VMPA 1ISVA 3IK2A 1ESWA 3WELA 1GOMA 1W9DM 1KFWA 1KQZA 2D2OA 1TG7A 4GZEA 1B3WA 4CVUA 3CZJA 4MB1A 2WVUA 1GUVA 4WKAA 1VFOA 3W28A 3DHUA 3BXWA 2WZHA 1HN1A 2X05A 1MW3A 1W3JA 3OBAA 5HNNA 1R8LA 3SUTA 1K9EA 4AZIA 1ISWA 3PZMA 1XSKA 1JZ2A 4PSPA 3L4TA 2A3HA 2IUZA 4ACZA 2J7FA 3CUHA 4YPJA 3AMCA 3HMCA 2DSZA 2WXDM 4BQ4A 3T0DA 1E6PA 1E1EA 1IZKA 1JZ5A 5E0CA 3B9DA 2D1ZA 3WF2A 2E9BA 3A3HA 3FHQA 4B9YA 3CLWA 4TX6A 2FDMA 1QI0A 1HJSA 7CGTA 5JBEA 3K8KA 4F66A 4ZEPA 3CZKA 4UOJA 1W9XA 3AIEA 2E9MA 4PMVA 2CBIA 1V08A 1PJ9A 4FLQA 2CETA 3VX1A 4BCEA 2EPOA 3NIYA 1UD2A 1XD1A 1XC6A 1JNEA 2DIEA 3AIVA 4JFSA 2TAAA 4UFHA 4JKKA 4BQ5A 4CUCA 3VU2A 1WZLA 2CBJA 3UG4A 3N11A 4JHOA 1LWHA 2CERA 2J7HA 2YA1A 5DT5A 5DT7A 2E0PA 2PBGA 4IISA 5I77A 2V3EA 3WSUA 1E4IA 5A2CA 2YLAA 4CU8A 4Z2IA 4WKHA 1ODUA 3OA5A 4GI6A 2A3AA 3IJ7A 3QHNA 3DECA 1BG9A 4CD8A 2EXOA 3BMVA 5A8PA 3VM5A 4B16A 2VZVA 3MV11 4P8VA 2XTKA 1EH9A 3VDBA 4GXPA 4XV0A 5A6AA 2JEPA 3S2CA 1SR0A 1UD6A 1VENA 3FW6A 1G9HA 1DP0A 2D20A 4PMOA 1CXEA 2WVVA 1WP6A 4D1JA 6TAAA 2A3CA 2WYSA 2V5DA 1RH9A 1GOKA 3DC0A 1BAGA 3FAXA 1SYTA 2O9RA 5CSUA 3SUSA 1HP4A 2CHNA 4AD4A 3VM7A 5AY7A 2NT0A 3AYSA 3CBWA 1UWSA 3I3BA 3SCOA 1LL7A 2J47A 3ZJ6A 2VRQA 1XH2A 1EGZA 3FAWA 2XWDA 2WLZA 4XB3A 3AXXA 3GNPA 3QGVA 3CUIA 3VUPA 3WN6A 4WSJA 3PTMA 2WCSA 1Q6EA 1HF6A 4B9ZA 3AHTA 2XFRA 2GVYA 3L4XA 1OCQA 4QLJA 3W4RA 1UWRA 1QVBA 4WF7A 3UR7A 4HMCA 3W37A 2XVPA 1V3KA 4QCEA 1ISYA 3EDEA 3GBDA 1VJZA 1UH2A 3SCWA 2A3EA 3T09A 2DH3A 2YDQA 4X0VA 5F7UA 2VCCA 1V0MA 4P8UA 2WNWA 2ZUWA 4AD0A 3EDDA 1IV8A 2CCRA 2BVYA 1NWTA 5ABHA 1UA3A 1ZBCA 5BXTA 2BFGA 2VX6A 2WBGA 3BGAA 7TAAA 3ARVA 2DSWA 3AZTA 3U57A 4DUXA 1KBKA 2F61A 5I5RA 2GSJA 5JUVA 3WEZA 1CWYA 3AFBA 1BLIA 2VZUA 5CLWA 1Q6DA 1JZ6A 2JE8A 3VGFA 2WKLA 4HOZA 3ARZA 3LMYA 3RDKA 5A8OA 4DWSA 3J7HA 1WKYA 2GJPA 1MVYA 1OGGA 2PF0A 4URIA 1UR0A 4D6CA 4DWSD 3RPMA 4CD4A 4GI8A 1AQ0A 4XZWA 1OSEA 4UQAA 1VB9A 3SCRA 1QPKA 4ATLA 2DSKA 4D6FA 1DWFM 4OUEA 5A3HA 3WDRA 3MMUA 2XSAA 1WZKA 4HPGA 1UD4A 1ECEA 2OLHA 2OWXA 3BC9A 4AZCB 5E6YA 4BF7A 3W6LA 1C7SA 2CITA 1XD0A 3AICA 3AQUA 1MFVA 3NUKA 1VFFA 1QOXA 2QV4A 3K8LA 1B3XA 4CN4A 1SMDA 1FA2A 1EIBA 1LL4A 2UY5A 4JHZA 3AHVA 4QFUA 4NRSA 3VIMA 1K6AA 4U33A 3VD3A 1UKSA 4YN5A 3ZJKA 4V2XA 1AMYA 3O6AA 4BS0A 2FH6A 5IHRA 3WH8A 1TUXA 2WM0A 4IUGA 4CD7A 1FHDA 2G8ZA 2EQDA 3SCSA 3VNYA 2X2YA 3IANA 3WFZA 2FHFA 3WMCA 1MQQA 4M8UA 1WAWA 4GKLA 2CKSA 2PWHA 2WVSA 3T2PA 3VIKA 5IFTA 1DWAM 1K9FA 4R27A 2W91A 1J18A 1R87A 1VFUA 2V38A 1JFHA 3VIIA 4LYPA 1GPFA 4D1IA 2OWCA 1W1VA 1C8XA 5GQBA 4FF5A 5BRPA 3EDFA 4UQCA 2QF8A 2D24A 2J25A 3PZQA 3TONA 2CXGA 4D71A 3MMDA 5AC5A 2JALA 4GIAA 1W1YA 2V3GA 4PMQA 3RM9A 3T08A 1GOQA 3OLIA 3GXDA 8CGTA 3A4XA 4RL3A 4QP0A 3ZQ9A 1JD7A 2G3JA 2QPUA 5D4YA 3BAKA 1D2KA 4IM4A 1UZ4A 3ZJ8A 2XVKA 4AIOA 4CN6A 1KR0A 4YHEA 4DM1A 1W1TA 1HP5A 1JXJA 1V6WA 3VDAA 3VGGA 1E43A 1US2A 3I3DA 4E2OA 1ZBKA 1OB0A 3M6DA 1HL8A 1E73M 1MQRA 1CEOA 1ISXA 1GHRA 4J7RA 5CJ5A 4CVWA 1WZMA 4AIUA 1JZ8A 5KEZA 1PPIA 4PCSA 3QOKA 1KWGA 1GZJA 1UR8A 5ABFA 1V0NA 1G01A 1V3HA 1MW1A 2VVNA 1UZ1A 2QMJA 4UZSA 3PN8A 1H1NA 5ABEA 4CU7A 3GNRA 1BSIA 2YOCA 5A69A 2WCGA 3SCTA 2J74A 2GJRA 2D22A 5BYWA 4LX4A 1FP9A 1WZAA 3SCVA 5A6KA 1JGIA 5E70A 3PZOA 4QLLA 1DWJM 2ZUVA 4LYRA 3E1F1 3VGBA 4GINA 3SCNA 1B0IA 2QPSA 2VZOA 1CDGA 1E6RA 2DGAA 4Z2LA 2VT0A 2W63A 3GXMA 4DUVA 4HOWA 4QLKA 1W3LA 4XUYA 1E40A 1J0KA 3WDHA 2GUYA 3LPGA 3TA9A 3ZT7A 2PWEA 1ZU8A 3ARRA 3TTYA 5A6BA 1CBGA 1H2JA 4OOUA 5D9PA 1AQMA 1J10A 1US3A 3FY1A 2ZUNA 5A6BD 3WF1A 1B90A 3VD9A 4IPNB 4OIFA 1BGAA 2WHMA 5D8ZA 3BSHA 4J27A 5CGTA 5A8NA 3VDHA 4P7RA 4GPNA 5M5DA 1EHNA 3ARQA 3WD2A 3VGEA 2JF6A 1E6NA 3WQ8A 1W3HA 2VO5A 3L4ZA 3HN3A 1BG4A 3WH7A 4LXFA 4GO9A 1V3IA 4FLRA 2OSXA 1W3KA 4TTGA 4MJ4A 5ABGA 3VX0A 5FL1A 3RM8A 2WC3A 2WK2A 3F5JA 3RIKA 4LYQA 4PUDA 3CTTA 1FHLA 3WKZA 3L4UA 2DT2A 1C90A 4KMQA 2HISA 1L0PA 2ZWYA 2Y8VA 3OGSA 1K9DA 4Q22A 4P8XA 3MUIA 5A6SA 4J28A 1E0XA 1BPLB 2G4FA 3AXHA 3WY1A 5FCZA 5I0DA 3N13A 2WW5A 1J9YA 5BWFA 1AQHA 3AROA 1HKIA 1V3LA 1EOMA 2RGMA 1G5AA 3POCA 5GNYA 4ML4A 3LPPA 5GPRA 3W53A 3KL3A 1WO2A 3U7BA 4WLCA 2BY2A 3A47A 3ZR5A 2Y2WA 3S6TA 1J0HA 5CPTA 2QLYA 4TVUA 4Z2KA 2XFYA 3N04A 4GO8A 2EPNA 3AMKA 1FFRA 3WUGA 3WFLA 1B1YA 2G3NA 4U2ZA 3RJYA 2VNCA 3MMWA 3THCA 1PZ2A 1HX0A 4F8XA 1GCYA 1BYAA 1B9ZA 1A3HA 3MANA 1LJYA 4NSBA 5A95A 4TOQA 3SCPA 5LA1A 4PMRA 4UNIA 5BXPA 1UR4A 5D9OA 3VIJA 1Q6FA 1XCXA 3VINA 1K9TA 3BMWA 5A1AA 3AIQA 1WCGA 3AMGA 2PI6A 2EPMX 2CNCA 2YBTA 3UEQA 2E9LA 2WHJA 3WH6A 5HPCA 3WF4A 3WBAA 2PB1A 4M82A 4JKMA 4RE2A 5BXSA 1V02E 5DMYA 1EA9C 4AD5A 1BF2A 2XG9A 3ARWA 3NCOA 2W92A 1GORA 1E71M 1PIFA 2EPKX 3W81A 5JBDA 1VF8A 4RE4A 1E15A 1KGXA 3BSGA 4UQDA 1ODZA 4HP5A 3T0AA 1GOIA 5IDIA 3MU7A 3VIGA 4D6EA 2YL9A 3VD7A 1JFXA 4M80A 1ZS2A 4AZHA 2VR4A 2F8QA 3ZSTA 3L4VA 4HA3A 2MANA 4FLOA 1E4NA 4OBRA 3PZTA 2WMFA 3I3EA 1NWUA 3K8MA 2ZXDA 4C7GA 1L8NA 2XGBA 5CPQA 8A3HA 5FD0A 3VMNA 3CMGA 2E8YA 3TP4A 1R7OA 1H09A 2BXZA 5CPSA 4PMYA 4P7OA 1W91A 3UETA 1IT0A 3WNMA 3EDJA 1I75A 2BY1A 2WMKA 1M01A 2BVTA 2EJ1A 5I79A 1TCMA 5DFAA 3WQVA 1KQYA 2BY3A 4LQ1A 5I6SA 4HZ6A 4AYSA 4UFKA 3W82A 2WZIA 2WAGA 2V3DA 5LYRA 1E0WA 3AIRA 3N9KA 2XYLA 1DEDA 1WB0A 1M03A 1UD5A 4D6HA 2VMFA 1M04A 2OYKA 3AJ7A 1UOKA 4CCDA 3WNNA 1U30A 3SUWA 1LG1A 4AW7A 4H04A 3VPLA 5KZ6A 1CGWA 1OIMA 3FXYA 2W67A 3WUFA 2E40A 2XIBA 4CCCA 3CH9A 1E6ZA 1UWUA 1W2PA 4F79A 1XGZA 4OJYA 4HZ8A 4PN2A 3AMLA 4PTMA 4J3WA 5D9MA 1QNPA 1ISZA 3ZSSA 3T2OA 4DUWA 5CGMA 2DH2A 1C7TA 3O9NA 3IAQA 2VCAA 1HL9A 3ARXA 5M03A 4W87A 1E72M 4MAZA 5CQ1A 2VX4A 4AZBA 4PTVA 2W61A 4OZOA 3VO0A 4EE9A 6A3HA 4UR9A 4UTFA 1HJUA 4PMDA 2UY2A 1UA7A 3BLKA 1LLOA 3JUGA 5FKYA 1GONA 3DYOA 2WVVB 3ARTA 5C71A 3II1A 3UESA 3LPOA 3QR3A 2ZE0A 3EYPA 3CUGA 2YL6A 2YIHA 4NI3A 1GQLA 3PZGA 2WMIA 3WQ4A 1VEOA 2WCAA 1BYCA 1JI1A 3WD1A 3AS2A 4OBSA 1TVNA 1B30A 1JYVA 3NSNA 1WE5A 4EAMA 3MSGA 3A4AA 4MPKA 2BXYA 4AZCA 4WJXA 3CUJA 2FGLA 2XJ7A 1I1WA 1KCKA 5A6LA 3GM8A 5CSYA 1ITCA 1UH4A 1UR9A 4FMVA 1JDAA 3EMQA 1CGUA 5M17A 3GH4A 1UKTA 3WUEA 2X8RA 3B8SA 1YQ2A 4E8CA 2J4GA 1RD6A 3ARSA 3UR8A 3VIPA 3ALGA 1CGVA 3D3AA 2WHLA 4PEEA 1V6XA 1E4MM 4KGJA 4L4PA 4AY1A 2ZOXA 3VDCA 2VJXA 5BXRA 4U5IA 2VCBA 4J3UA 2Z1KA 1EXPA 1OIFA 1XHGA 2ZX5A 2ZXBA 1DWIM 2ZX9A 2X09A 3U7VA 1GOOA 4M29A 3THDA 4LPCA 5A6JA 4W8LA 5A8MA 4AD2A 4M81A 5D8WA 4GQRA 3UG5A 3PHAA 4B3LA 2DIJA 1XV8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2RPC A;  2NW0 A;  4FNQ A;  5FL0 A;  5MKG A;  4U5C E;  3W7K A;  3E38 A;  2PBO A;  4JI6 E;  4JIH A;  3G24 A;  3P62 A;  1FWD C;  4Z2G A;  4G1K A;  1E55 A;  4FNP A;  2XIS A;  1S3T C;  2YL5 A;  4RH8 A;  4PR4 A;  2UY3 A;  3A3W A;  2D73 A;  4DO5 A;  2ADR A;  3UG8 A;  4E17 A;  3PZI A;  1XLG A;  4HNN A;  3W7Q A;  5H91 A;  4N0R A;  4PMN A;  2GDQ A;  4XQ6 A;  2R1L A;  3KOX A;  2UXB E;  3HTX A;  4S1F A;  5D37 A;  1KM1 A;  2CPU A;  3RYL A;  4UR7 A;  3NDZ A;  1EF2 A;  4FZI A;  2IKG A;  3A4J A;  4LUY A;  1C8Y A;  4Q4O A;  1QI2 A;  3ECQ A;  4H6Q A;  3C2V A;  2TYS A;  1DID A;  1S5N A;  4OIR F;  5DLJ A;  1ZCO A;  2FFC A;  1URO A;  1HW2 A;  4UOZ A;  4NU7 A;  4PH6 A;  4TVD A;  2ZA3 A;  2WSY A;  2CCY A;  1WBJ A;  1TPC 1;  3NMI A;  1JUK A;  3V75 A;  5D05 A;  4EKW A;  2NQZ A;  3MCM A;  2YRK A;  1ZFJ A;  2GDV A;  4E2B A;  2ABB A;  4ZE5 A;  5AYI A;  1J26 A;  3MYO A;  4W88 A;  5FAJ A;  3WQ6 A;  4CCE A;  3W29 A;  1XKJ A;  1GG0 A;  1VR6 A;  3CQI A;  1IGW A;  2O7Q A;  5CG0 A;  1AUE A;  3LDV A;  2JP9 A;  5IFP A;  4U5K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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