5A69A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with gal-pugnac
Total Genus 231
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
231
sequence length
624
structure length
585
Chain Sequence
RFTGLSLKQTQAIEVLKHISLPVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNRLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKIDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 231
structure length 585
sequence length 624
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a69A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a69A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a69A01
4W7WA 4FF5A 1BG4A 4UOQA 3VOCA 4FMVA 1MW0A 3SIMA 1HF6A 3GBDA 3QHMA 4KRUA 3VM7A 2WKGA 2WWDA 3WDPP 4U33A 1ESWA 1J0KA 2CYGA 2D20A 4IPLA 3LPFA 3K46A 3OGSA 4OBSA 3AZTA 1TVPA 4AD1A 5EB8A 4PMXA 5LA1A 4KWUA 1UZ1A 1CGVA 5CLTA 1RP9A 5CPQA 1W2PA 3J7HA 3BLKA 2PF0A 3W82A 4AZ6A 5A1AA 4DM1A 3MANA 8A3HA 4MAVA 3D3AA 4ACZB 2E40A 3MUIA 2FHCA 4ATLA 3PTQA 4QAWA 1O7AA 2WMIA 3AIEA 3EDKA 2EJ1A 1KFWA 3RMEA 3T2QA 4BS0A 3CUIA 1H09A 2YL5A 3GYCA 5BXPA 3VD4A 3ARVA 1NOUA 1HKMA 2PWDA 2CKSA 2DIEA 2J8GA 3AIQA 4PCSA 4W87A 3PZQA 2W5FA 1PIFA 4AZ5A 1QW8A 3DC0A 4GI6A 1CXEA 2J47A 1CLVA 4PMZA 4WIWA 4C7FA 2WCGA 1E0XA 3W37A 4HPHA 1GHRA 1Q6GA 2BY2A 1MW3A 4F8XA 2OSWA 1WPCA 3QHNA 1DHKA 3LPGA 3K8LA 3BC9A 1PX4A 1BGAA 3VDHA 3ARZA 2FH8A 3SCRA 1H2JA 4PMRA 4D6DA 2DSWA 5F7UA 3AZSA 2OLHA 3I3DA 3VDBA 3VIFA 4ZEPA 4LGXA 4AIUA 3WH9A 3UERA 2WBGA 2VTFA 1NWTA 1QHOA 2G3NA 1B1YA 1V3KA 3PBGA 5JUVA 1XH1A 4LPCA 5FCZA 3VGDA 3BSGA 3WF2A 2QPUA 3W29A 1LLOA 2PWFA 1R8LA 4TTUA 1CNVA 2EPNA 2XYLA 3BAKA 4CU6A 4PMYA 1UG6A 2WVVA 2VX7A 1DWGM 2VVNA 4PCTA 1QOXA 3OLGA 4AZCA 2VZTA 2FGZA 4U5IA 4EAMA 2D3NA 2X8RA 1HX0A 3AROA 3GH4A 3VVGA 2WVSA 1AQ0A 1OGBA 4P7RA 2VNCA 3SCOA 3ZMRA 1A47A 3EMQA 3WEOA 2WB5A 2WW5A 4DWSB 5I24A 3SUWA 3K4AA 4JAWA 2VCBA 1E0VA 3IAQA 1CBGA 6A3HA 1XSJA 3G6MA 1V03A 7CGTA 5JBDA 1J0JA 3WF1A 3ARSA 2Z1KA 4OBRA 2B31A 3THCA 2DSUA 4UOZA 1BYDA 3BLPX 5A6BA 1VENA 1XCXA 5A6JA 1NWSA 2WHJA 2WHLA 1H0GA 5ABEA 5A3HA 1CGUA 2QLYA 3M46A 1KQYA 2JEQA 5I79A 2W92A 1J0HA 1MQRA 2WCAA 3L4ZA 4M80A 3EBVA 4CU8A 3VILA 5D8WA 1LL7A 4AYSA 1E5NA 4E8CA 4D6FA 3PZ9A 4ZE5A 2ZX5A 4ML4A 2WLZA 5BWFA 1HN1A 2VQTA 1NH6A 2D0GA 2XPKA 4MNKA 3PTMA 4W8AA 1G01A 1Q4NX 2GJXB 5BYWA 1OGGA 1BHGA 1J0YA 1NQ6A 3EDJA 4AEEA 3WY1A 3CO4A 2A3HA 1GCYA 4P8XA 3WD3A 3PZUA 1NOWA 1WZKA 1GONA 1PJ9A 1H3GA 2F61A 3VIMA 2WBKA 3NDYA 4P7LA 3WH7A 2WVTA 2DSVA 2QHAA 4L4OA 4MB4A 5I2UA 5AYIA 3SUTA 5E6ZA 4M29A 4NZCA 2ZX6A 4B3KA 1IT0A 4HZ6A 4D6GA 1MFVA 2ZUMA 1E70M 4UQ9A 5HNNA 5BCAA 2WWCA 1E5JA 4AMCA 1E4IA 1I1WA 3NSXA 1US2A 2J78A 5M17A 4A3HA 3VIIA 3EDEA 1E6NA 5CG0A 1LG2A 3N18A 4TTGA 5IHSA 3WNPA 4HA3A 3DHUA 1C7SA 2HISA 3AHXA 3AXHA 1OD0A 3GNPA 3L2MA 1QNPA 3O9NA 3L4VA 5E0CA 2NSXA 1W32A 1FH8A 3AIBA 1C92A 1VRXA 2VURA 4JFSA 1J9YA 2J7GA 2PI6A 2OYLA 1GOKA 2WHKA 2BHZA 2GSJA 2J7BA 2V3GA 4P7OA 1UQYA 3GH7A 3CZEA 1SYTA 3HJEA 4UFLA 4PTMA 3CIVA 3CZJA 1BLIA 4W5ZA 4TVCA 4AD5A 4OIFA 5I6SA 1QHZA 1C8XA 1FFQA 3WD0A 3CUHA 5A6KA 4W89A 3NSMA 3KL3A 4L4PA 2Y5EA 1UD5A 1MWOA 1OINA 1X6NA 1SFSA 3BSHA 3N04A 1EXPA 4DWSA 1JYNA 3GXDA 4PEEA 1DWFM 2A3BA 4DWSD 3ARWA 3FN9A 2V5DA 4W86A 4PUDA 4FLOA 3OIHA 3AZRA 2BXZA 3TTYA 3WEZA 1IV8A 2CITA 1M01A 2DH3A 5HBFA 2WMKA 1HP5A 2Y24A 2E0PA 1N82A 1NWUA 3MV01 5C8BB 3DYMA 2ZE0A 1KWKA 4W5UA 4HOWA 5BRPA 2WNWA 2X05A 1GVYA 3QOKA 4QDMA 2GDVA 3GNOA 4XB3A 4U5KA 2CHNA 4MDPA 3UG3A 3AMDA 1SMDA 1UR9A 1J10A 1HT6A 3SURA 2YA2A 1PZ2A 4HMCA 4F79A 1K9DA 1D3CA 1V3HA 3ZJ8A 4J7RA 5ABHA 5I3DA 2PWGA 3FHQA 3WDQA 2DT2A 3U5YA 4WF7A 3OLEA 3UEQA 4JFUA 5DMYA 1HJXA 3WENA 1PBGA 3MKKA 3PZTA 1UWUA 2WLYA 2VZUA 4MPKA 3SCVA 1UH3A 4PMDA 1HKJA 4M24A 4N0RA 1H11A 3WNNA 1KR1A 1GQIA 1PAMA 1EIBA 1W1YA 4NF7A 5I23A 2CHOA 2C8NA 3VGHA 4Z2LA 1G5AA 1UR8A 2J79A 1UR1A 1UR2A 6TAAA 1HIZA 4GXPA 2DDXA 3ARYA 3VMNA 2XM2A 2W67A 4Z2JA 1UKPA 4JZ5A 2WSPA 5E70A 3RCNA 1TMQA 1Q6FA 2J8FA 4AZHA 1JZ2A 3VD3A 5A8OA 4A4AA 1QNRA 3S6TA 1JDDA 2J7FA 2A3AA 3W0KA 2D1ZA 4CCCA 4QFUA 5A8PA 3VGFA 1E6PA 3WQ4A 3N1AA 3WUEA 1U2YA 1WZLA 1EHNA 2DT1A 1TE1A 1HJUA 1K9FA 1GJWA 4V28A 2J7DA 1QNOA 2DSKA 2XVLA 2OSXA 3F5LA 5E09A 1JZ6A 2QMJA 4UFHA 5FKYA 1OB0A 2YBTA 5HOSA 2F2HA 3APGA 2XGIA 1UWIA 2V3DA 5E6YA 5KEZA 1JL8A 3NIYA 2WVUA 1JI2A 2VRJA 1ISZA 2WPGA 3VX1A 4AZBA 3L4YA 3CUJA 1QI5A 1UKTA 3GTNA 3RM9A 3A47A 5GNXA 4ZXLA 3RJYA 3WMSA 3KZSA 4CD4A 2WZIA 5CXPA 2YIHA 4W84A 2BY0A 1QBAA 1ODUA 1ISXA 1BQCA 2D24A 3NJ3A 2YA0A 2VOTA 3E1F1 5DEZA 3AMGA 4W7UA 2DSZA 4KGJA 5A8QA 2XG9A 1W1TA 1B3WA 4UTFA 2XSBA 5CJ5A 1B30A 1UQZA 1WB0A 1QI0A 2EPOA 1ISWA 2UWFA 4GI8A 2NT0A 1A3HA 1JD9A 3ZSSA 5DF0A 2BHYA 4HA4A 2D23A 1SMAA 4DUVA 3EDDA 1UH4A 4OUEA 5CPTA 4AXNA 2XVGA 3ZOAA 1WDPA 4BQ2A 1GQLA 1JFXA 3GH5A 4U2YA 3GDBA 1V02E 2UY5A 3UR8A 3B9AA 3ARUA 2VR5A 1TVNA 4CGTA 5FD0A 3GXMA 4J27A 2VQUA 1EDQA 4ATWA 3K8KA 4WKFA 1MFUA 5D4YA 7TAAA 1FHDA 3UETA 4LYQA 2VI0A 4F66A 3FAXA 3WUGA 1HKIA 4F9JA 3ARQA 2OSYA 2GFTA 3N11A 3WMBA 1W9PA 2Y4SA 1CPUA 1QNSA 2E9LA 1BYCA 1BYAA 2O9RA 4JHZA 2YKKA 2FDMA 2PWHA 3EDFA 5DO8A 4UR9A 1XD0A 3VU2A 1G9HA 4OJYA 3SUUA 2EPLX 4Q7NA 2C0HA 4X0NA 4UFJA 3A4XA 1KQZA 4GZJA 2PWEA 4ZXOA 4UQDA 1B0IA 1TCMA 3AIRA 3BGAA 2XFRA 1OGSA 1W1VA 3CMGA 2WMFA 3ZM8A 1WZAA 4PTVA 4R5EA 3AIVA 2VRQA 4UFKA 3M07A 1EO7A 3ZSTA 1V3LA 2XTKA 1JI1A 1R7AA 4UQEA 1JXKA 3OA5A 3NUKA 1BSIA 2JF6A 1KR0A 5JBEA 4OOUA 3BMVA 2J25A 5M03A 1C8YA 1XHGA 4U2ZA 1W9XA 3CZKA 4W7VA 2OYKA 3K8MA 4PSRA 1Q6EA 4P7NA 4P8VA 4HZ8A 4V27A 1AQMA 4YHGA 5CZKA 3POHA 2ZUVA 5CSYA 3VTRA 2D0FA 3MMWA 4E4PA 1HVQA 2ZWZA 1FH7A 2Z1SA 2XVKA 1W3JA 1W1PA 3W26A 4AD3A 1UWRA 4ZFMA 2Y2WA 5IHRA 4Z2HA 2FH6A 3BAYA 2D0HA 2DH2A 4UFIA 3VDAA 4C7GA 3WUFA 2WC7A 1XCWA 3DYOA 1KXHA 3WNMA 1GZJA 2X0YA 5EFDA 5KZ6A 1VIWA 1H49A 3VDCA 1Y7VA 1KXTA 1P6WA 2QV4A 4PTWA 1XYFA 2UY3A 5GQBA 4MNLA 3WDJA 2JFEX 3WL1A 3NYDA 2EPKX 1IZKA 1TUXA 5D9NA 2VX4A 1M04A 3U5UA 1MXDA 1ZL1A 4A3YA 1EQCA 3AOFA 1TFVA 4MTVA 2W61A 4WSKA 3T2OA 1R85A 1C8QA 3FNDA 3VPLA 4KGLA 1FP8A 2E9BA 3EMZA 2ZUUA 1XC6A 4WKAA 4M56A 2ZOXA 4IM4A 4UZSA 3N12A 2VCCA 2NT1A 3AIWA 3CZLA 4D6EA 3MS8A 1EDTA 1DWHM 3T0BA 4JKLA 4PYSA 3CHFA 1XYZA 3EMCA 3W38A 1GPFA 1HJQA 3ARPA 1UR0A 3GM8A 1FOBA 1E72M 2DT0A 1LWHA 1E43A 1VJSA 3T09A 3OGVA 3NCOA 1FHLA 1H0IA 4AWEA 1GW1A 1G1YA 3ZIZA 3KWXA 1J12A 4CD7A 3NDZA 4UNIA 4DM2A 2DEPA 1VBUA 3BAJA 1M03A 2BVTA 5IFPA 1WP6A 3SCPA 4CD6A 2ZX9A 1CGXA 1TA3A 3CH9A 4JCLA 1LQ0A 4OKDA 4B3LA 1V6UA 3FXYA 1YQ2A 2CETA 4QCEA 1WDRA 1H4PA 4HP5A 4RL3A 1KCLA 1UUQA 1NOFA 2BVYA 1IZJA 3POCA 4LXFA 5GPRA 4MNJA 1ITXA 2ZIDA 1H1NA 2VRKA 4CVUA 1EO5A 4D6JA 3RM4A 1Z32X 1E4MM 2QMKA 4RE2A 2VZSA 3GZAA 4CU7A 2V3EA 2CBVA 3AICA 5LA0A 3PZVA 1M53A 1PEZA 4XX6A 3ECQA 3WELA 2XWDA 3WDIA 4XV0A 2VX5A 5IDIA 1CXIA 3AISA 4P8UA 1D2KA 2E4TA 3D5HA 3VNZA 3WSUA 3CBWA 5BXSA 5CQ1A 3AMCA 3M6DA 1VFMA 1JXJA 9CGTA 1ZBWA 2J77A 4AW7A 3WQVA 1OIMA 1UD4A 5A6AA 1QBBA 1ZU8A 4MAZA 1JZ3A 2ESCA 2JEPA 3QGVA 4J28A 2X1IA 1W3KA 3VKKA 4KRTA 5TD4A 5GNZA 4EK7A 2WZEA 2GJPA 5AYBA 1VFFA 3WNKA 3T0DA 1WAWA 4PBGA 4B9ZA 1WNOA 1XSIA 2VMFA 1RP8A 3DHPA 4MB3A 4TVUA 1ISVA 1V0LA 1EDGA 2O9TA 1JZ4A 1KWGA 5EFFA 3VD7A 2X0HA 3B8SA 2WM0A 5ABGA 4MADA 3VIPA 2E9MA 2J7HA 4GI9A 4IISA 5A8NA 2NW0A 2D2OA 2CCRA 3CHCA 4JKKA 4W85A 4B9YA 1BG9A 4B15A 4JL1A 2GJRA 3AS3A 2GK1B 1MXGA 5A2AA 2YLAA 4H8VA 1SR0A 1GUVA 4WK9A 2BS9A 2XVNA 3L4XA 4PTXA 3RM8A 5HDRA 1CEOA 3PZGA 1E71M 4JFVA 1B3VA 1UKOA 3ALFA 3IK2A 4GZEA 4S3KA 4Y7EA 3WKZA 3GBEA 4AISA 1B90A 1V3IA 1L0PA 1JYVA 1E4NA 4JCMA 3ZT7A 2D22A 2PBGA 1KBBA 1BGGA 3VX0A 4HZ7A 1EA9C 2ZUSA 1JG9A 2YDSA 5A6SA 3AHVA 5AY7A 2Y8VA 4GIAA 3W27A 1HVXA 1B3XA 2PB1A 5EMYA 3WFZA 1G94A 4EANA 4M81A 1X1NA 4TX6A 1E1EA 1EOMA 2G3IA 3GNRA 4WKHA 5LYRA 2O9PA 3UR7A 2DGAA 1V08A 5HPOA 4BCEA 4JFWA 3II1A 4FLRA 5JBFA 2WMGA 3N9KA 1C90A 5I5RA 3M7SA 4P8WA 1MVYA 1QPKA 1U33A 1E40A 4LYRA 1V6VA 2BXYA 4Z2KA 4DUXA 4IPNB 3PTKA 1GHSA 1FP9A 4RE4A 3IJ9A 4PMQA 4AZIA 1XH2A 1NP2A 2O92A 1ECEA 1VEMA 2XM1A 4FLQA 5FL0A 1GQJA 4QCFA 4OOZA 1JNEA 3SCNA 1JIBA 5CSUA 3WEMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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