5A69A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with gal-pugnac
Total Genus 231
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
231
sequence length
624
structure length
585
Chain Sequence
RFTGLSLKQTQAIEVLKHISLPVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNRLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKIDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 231
structure length 585
sequence length 624
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a69A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a69A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a69A01
1F4AA 4AZHA 3ARUA 2DT2A 1CNVA 3EDFA 2GSJA 3KWXA 1RD6A 3B9DA 4LQ1A 3WDJA 1JZ5A 1UG6A 4ZE4A 4HA4A 2WMFA 3TP4A 3B9EA 4X0NA 1C90A 2VZVA 5FOOA 1EA9C 1OT1A 2O92A 2V5DA 2OYKA 3A4AA 4AZCB 3W4RA 3L2MA 1JDDA 3VU2A 1XSJA 1DWJM 1BF2A 4AMCA 2XJ7A 4CU6A 1WAWA 3NCOA 5ECUA 1GOQA 4HPGA 3SCSA 3F5JA 4J28A 4C7FA 1LWHA 5JBEA 1E6PA 5M3WA 3FAWA 3F4VA 5D9NA 4B16A 2O9RA 3MV11 1GONA 3ZSSA 2FGZA 1E70M 3MO4A 2XHYA 1VBRA 5DT5A 4P7RA 1UH2A 2G3JA 3RCNA 5M17A 2VRJA 3MSDA 2W91A 3G6LA 4MAZA 1EH9A 4N0RA 2CKRA 1O7AA 1CXHA 3DYPA 3MUY1 4TTGA 4BQ3A 4D6JA 3W53A 3W82A 4L4PA 3CUGA 3L2LA 3VM5A 2CBJA 3VX0A 2O9OA 5DF0A 3W28A 1HX0A 1ODZA 2WPGA 3WD3A 4PRWA 1OSEA 1B31A 4JL1A 2UWFA 3AHYA 7TAAA 4RE3A 4JFUA 2X0HA 4OBSA 1VEPA 5I2UA 1DHKA 1HKKA 1VRXA 2WYSA 4NZCA 1CECA 3WF0A 1NOUA 2CPUA 1BSIA 1BVZA 3ECQA 3L4ZA 2A3BA 2XFYA 2XPKA 3BH4A 1UWTA 2WB5A 3UG4A 3AICA 1IT0A 2PWFA 3GNOA 2YBTA 1Q6GA 1UOKA 1AQ0A 3WDRA 3WH9A 2XYLA 1CXLA 2JFEX 4MB5A 3VMNA 4GXPA 5ABFA 2BY2A 2VOTA 4NF7A 2E4TA 1QW9A 2G3NA 1V6XA 1CYGA 2FH8A 1JF5A 1JXKA 1VFUA 2UY2A 3WD2A 3AHXA 2J77A 3U5UA 2IXUA 5E0FA 1H4PA 1U33A 1E3ZA 4ACZA 2VCBA 4IUGA 1QI0A 3GTNA 4UFJA 3W0KA 3LPFA 2VT0A 1R8LA 2J7CA 1CTNA 1V0NA 5ABGA 2EXOA 3O9NA 1VAHA 1ZS2A 2DEPA 4F9JA 4IPNB 3OGRA 1KR1A 3PZGA 1E6RA 1V6YA 3APGA 2YL8A 3U7BA 8A3HA 4AWEA 4TUFA 5BXPA 1QPKA 4V28A 1HXJA 1BYCA 3EMZA 4Z2JA 1HJSA 1KWKA 4PCTA 4W5ZA 5GPRA 2VJXA 8CGTA 2WC4A 2DIJA 4X9YA 1VFFA 3ARPA 4MJ2A 1EQPA 5D9OA 2D0FA 3AOFA 3DYOA 3WQ6A 3RO8A 4WK9A 4J3TA 2C8NA 4HOXA 2YL5A 5AY7A 1UR9A 2DDXA 4CKQA 4E8DA 5A6MA 3T0BA 3W6MA 2DSZA 3I3BA 4AC1X 2YA0A 3TTOA 1GJUA 1CZ1A 5E09A 1J12A 2ESCA 2QLYA 3MUZ1 1PZ3A 1GUVA 3OA5A 4D1JA 1J18A 1B2YA 1C8XA 3M6DA 1HKJA 1UKPA 1MQPA 1GQIA 1NWTA 4L4OA 4CCDA 1MW2A 3VIKA 1UA3A 3D5HA 3L4VA 3AS0A 1PAMA 3N1AA 1VIWA 3SURA 1E6ZA 1H5VA 6A3HA 3AIBA 3I3EA 4P7NA 3EBVA 1FP9A 3CUFA 4BQ4A 1QHZA 1JF6A 3CBWA 3BAXA 3GNRA 1OIMA 1GPFA 3BMWA 3LPOA 5A8NA 1CLVA 1OD8A 1W91A 2YKKA 4U31A 3WSUA 1O6IA 1ECEA 2ZICA 1TG7A 1NWSA 1A47A 3E1F1 1OB0A 4DM2A 3K4DA 1XGZA 5BYWA 2XVGA 4ZE5A 4J3XA 2CEQA 4D6HA 2YDQA 3WUEA 3KL5A 2EQDA 3RJXA 2G41A 4LYRA 3VIIA 2Z1KA 1H0IA 3WNPA 3L4UA 1EXPA 5ABEA 3SCPA 3U5YA 1V3HA 2ZX7A 4M80A 5LA0A 1C92A 2O9PA 2Z1SA 3VDCA 3LMYA 2ZUNA 3OG2A 3GDBA 1QBBA 1QVBA 3U57A 2VZTA 3WDHA 4QFUA 5A95A 4UNIA 4GI9A 1W9BM 1UKSA 4UOJA 3UR7A 1ZBCA 1A3HA 2ZXBA 2ZUUA 1QNOA 1JYNA 1QW8A 1UQYA 2J7FA 1JXJA 1CDGA 1JDCA 1D3CA 1L0PA 2CKSA 1EOKA 1XC6A 1OGBA 1Q6DA 1Q4NX 1LG2A 3CUHA 2VQTA 4HA1A 2GJRA 1E4MM 1K9DA 4AD0A 1TFVA 2CHOA 5HBFA 1GOWA 2BY3A 1W1YA 2VX6A 4Q7NA 1C91A 1UWQA 3BCFA 2FHCA 2Y8KA 3DC0A 1HP5A 3WN6A 2BS9A 3IANA 3KL3A 3I3DA 1E4NA 3WH7A 2CYGA 3BAKA 1FH8A 1MFUA 4HOWA 5A6BD 3QGVA 5I77A 3WKZA 1ISYA 1QNSA 7A3HA 5E0CA 5LA1A 3CZLA 4AIEA 3BC9A 4U2YA 3POCA 5HXMA 5C8BB 3FN9A 1VFMA 1GOOA 4J3VA 4EK7A 1W2PA 2YL6A 1V03A 1V3LA 3VNZA 1E15A 3GXMA 3WMCA 4W8AA 1UZ1A 2CHNA 5A6SA 1R85A 1WP6A 3RPMA 3PZUA 1CGWA 4CN4A 4H04A 4CN6A 3CPUA 3IJ8A 4XV0A 5ABFB 3BCDA 2WSPA 2BXZA 1JZ6A 1FFQA 2XWEA 1UWRA 3WDPP 1V3IA 3GH4A 2VZOA 2G4FA 3WF1A 3VDHA 3WUGA 4AEEA 5A8QA 4HZ6A 5D8WA 2ZOXA 1H49A 5A6AA 3O2LA 2D1ZA 4BA0A 2PWDA 4ACZB 1P6WA 4PMVA 1E55A 2OYMA 1US3A 1FP8A 5GNZA 4QAWA 3ZJ6A 4DWSA 3QHOA 3GH5A 4MNJA 2QV4A 4JFTA 2UY3A 1I1XA 4OJYA 1LWJA 2VCAA 4W7UA 3GBDA 4QCFA 1NQ6A 5CSYA 1EOMA 3CHDA 1QI3A 4BCEA 3FW6A 3MUAA 1KBKA 1UKOA 1E0WA 1ESWA 1H11A 4D6FA 4M29A 1WDPA 1CGTA 5AYIA 1J9YA 3AMDA 4IISA 1NP2A 1DWAM 2VVNA 3VGFA 1DWFM 3DECA 2DT0A 3A4WA 4F8XA 1JFXA 3SCNA 2IXVA 4QLJA 3AYSA 3VKKA 3SIMA 1W9XA 2D20A 5M03A 3CUJA 3PZMA 1JD9A 1W32A 4JFSA 4FLQA 2ZX8A 1HP4A 4W5UA 1TUXA 4PSRA 1PPIA 3WBAA 2XVLA 3WIJA 1QNQA 4U3AA 4E2OA 1ZBWA 4CD6A 2V3FA 2BXYA 1QOXA 1VEMA 4UFHA 4HMEA 4FMVA 1NWRA 1SYTA 5A8MA 4B9YA 1VB9A 1WDRA 1HL8A 1WZMA 1LF1A 3EDEA 1I75A 4W88A 1E73M 2YA2A 2VRKA 3BSHA 4D71A 2BY0A 5AYBA 3CHEA 5C71A 3AISA 3FY1A 1ZB5A 1YHTA 4P8XA 4TVUA 2J7GA 4D1IA 3IAQA 4HMCA 3VGGA 3WH8A 1X1NA 3AI0A 2JIWA 4HP5A 3W81A 3WEOA 1B3XA 1LQ0A 1E43A 3B9AA 1EDGA 1XH0A 3NDZA 4QLKA 3N18A 3FAXA 1MW3A 2DH3A 2XFFA 2XWDA 3AIWA 5CZKA 2X1IA 2E0PA 3PBGA 2YDRA 2CNCA 1BQCA 4TVCA 1Z32X 2UY5A 3OLIA 1JYVA 5FL0A 5DMYA 4HPHA 2W62A 3RMEA 2VR5A 3KZSA 3OGVA 4U5KA 1QBAA 1V3KA 4BQ5A 1WNOA 4AZ7A 4D6GA 3VO0A 5HDRA 1UWSA 5A2CA 1ISWA 1FA2A 3CZEA 3N04A 5I0DA 1OT2A 1UWIA 1TE1A 1JIBA 3VPLA 3O6AA 3ZSTA 4PYSA 4ZENA 1WB0A 3ARTA 1NWUA 3IJ7A 1ISXA 1CENA 4PSPA 4WIWA 3W24A 1DWGM 4IM4A 3L4WA 2WMHA 4GQQA 2D2OA 1UR2A 4WLCA 3WNNA 5A6BA 4XZBA 3MV01 1RPKA 4QCEA 2NSXA 1M7XA 2UY4A 1XV8A 1FOBA 2WBGA 4Y7EA 4PTMA 4CUCA 1K9TA 3GXIA 2J7BA 1OINA 4TOQA 4EANA 4MNKA 1CXEA 1SFSA 2DQXA 3ZT7A 1HJQA 2YLLA 2YOCA 1BYDA 3CMGA 4W8BA 3UG5A 1UR0A 2ZE0A 3PZIA 3MU7A 3K1DA 4HMDA 2JEQA 5HOSA 2VX7A 4RE4A 4H8UA 2WHMA 2DIEA 2YLAA 3EDJA 4HTYA 1NP0A 1BGGA 2BVTA 3ZR6A 1NOFA 1Y7VA 3GXDA 5I3DA 5LA2A 3VDBA 2F8QA 2VR4A 3IJ9A 4M82A 1G9HA 5JIPA 2XVNA 1EHAA 1BYAA 4GI8A 3W6LA 2E8YA 1B30A 3VINA 5AC5A 4H8HA 4DWSB 1LL6A 1RH9A 1NH6A 1V3MA 3EDKA 1JDAA 3IAPA 3VD4A 4MB4A 5KEZA 3QHNA 2WXDM 3WNLA 2OWXA 5E6YA 4D6EA 2PF0A 1IV8A 4PN2A 2CIPA 1RP9A 3ZT6A 5I79A 4MNMA 2XUCA 5BXSA 4FLSA 4F79A 5HNNA 5KZ6A 3CTTA 3K8MA 4J3UA 4OIFA 2DSVA 1GVYA 3CZGA 4NI3A 2QPSA 1US2A 4D72A 4PMDA 3N17A 1OGSA 1UKQA 1KXHA 4URIA 1H0GA 4UFKA 3T2OA 4NSBA 1V08A 1B0IA 5ABHA 1MQRA 1UH4A 3WH5A 4UZSA 1J11A 4Z2IA 4CN1A 2Y5EA 3AZTA 4GZJA 3TOPA 1E6SM 1BTCA 1JG9A 1Q6FA 5IFTA 3SUUA 2O9TA 4QDMA 2WM0A 1WZKA 1DTUA 3LPPA 4GQRA 4WKAA 1UH3A 2WKGA 3ARQA 4DWSD 1DP0A 2X2YA 3NYDA 2ZUTA 1KCLA 3TA9A 5D4YA 2J75A 3THCA 4ATWA 1JNEA 3BAIA 1E71M 3WEZA 1M03A 2GFTA 4KH2A 2WZEA 1S46A 1TVPA 3UR8A 2FH6A 2E3ZA 4YN5A 5A1AA 2ZX5A 5BCAA 1WZAA 1V6VA 5CJ5A 1GOKA 1KFWA 3N11A 1PIGA 4V2XA 1LL4A 2XIBA 4PMRA 3AXXA 3CIVA 5A2AA 2D3NA 2WZIA 2V3DA 4EAMA 4UQCA 3ZR5A 3AQUA 3UCQA 3UG3A 1HKMA 4JFVA 2GJXA 4W93A 1WDQA 4PTWA 2DT3A 2GDVA 2WHJA 2ZXAA 3VIHA 1PX3A 4M81A 2A3EA 4WSKA 1E1EA 3FXYA 5A2BA 2GJPA 3WMBA 3WQWA 1NARA 4MDPA 3VOCA 1J0KA 2WBKA 4ZFMA 3BSGA 3OB8A 1F4HA 2EPMX 4ML4A 3U7VA 3WFZA 1EO7A 4R5EA 6CGTA 1N82A 2MANA 4J27A 1OCQA 1UZ4A 2CESA 4OOZA 4DUWA 3NSNA 2JIEA 4FF5A 3RDKA 4XX6A 3ARSA 1XH2A 2XSAA 5JIWA 3CHFA 3BXWA 3WQVA 2WC7A 3N13A 4M56A 3N9KA 1GQLA 3RJYA 3WBEA 4PCSA 4ZXOA 4Z2HA 1VJZA 4UFLA 5EFFA 5A6JA 2WMIA 1JYWA 4LYPA 4PMZA 1YQ2A 3GXFA 1E5NA 3NSMA 2Y4SA 5I5RA 1ZJBA 1TA3A 1E56A 1W3LA 2BHUA 1ITXA 1SMAA 4WKHA 4LPCA 2W67A 3OBAA 3SCTA 4TXEA 5DO8A 1JL8A 2FDMA 1VFOA 3W29A 4CD5A 3GBEA 2G8ZA 1HL9A 4H7VA 3WEMA 1LG1A 2CITA 3HJEA 3AIQA 3WNMA 2V5CA 1E72M 1XHGA 5IFPA 4HU0A 2CCRA 1W9PA 1LL7A 2GK1A 2RGLA 3PTKA 2QMKA 2DPEA 2A3AA 3WY1A 2OSYA 3VILA 3VIOA 4GI6A 4GO8A 1WPCA 1ZBVA 2CXGA 1AQHA 3K46A 3M7SA 5IHSA 4AZ6A 1M53A 3PTMA 2VRQA 3SEPA 1W1VA 2DSWA 3WDIA 2X8RA 2VZUA 2VMFA 3ZJ7A 1XYFA 2V3EA 3CO4A 3ZM8A 3OIHA 2J74A 1PBGA 1B3VA 1HNYA 4MJ4A 2ZX6A 3QR3A 2WVSA 1B1YA 4ACYA 3QOMA 3TTQA 2WANA 1JYXA 1GORA 4B3LA 1UR4A 3WL0A 2PWEA 1GQJA 3AS1A 5JBFA 1OWQA 4TX8A 4UQAA 2YJQA 4S3JA 4UQ9A 1E3XA 2EPKX 2WCAA 4UQBA 5AC4A 1JAEA 3ZOAA 1V02A 2EJ1A 3ZO9A 4CD7A 4QLLA 1ISVA 1UKTA 2WNWA 4XB3A 3L4XA 4AZBA 2WCSA 5BROA 4AW7A 1WO2A 2ZUSA 4K68A 1BG9A 1XRVA 3RM8A 3MUIA 4JZ5A 4AZIA 3VMPA 3WQ4A 4H2CA 4PMQA 3ALFA 2OYLA 3A6OA 2OSXA 3VGDA 5FCZA 1V0MA 2XSBA 4UR9A 3POHA 1CXIA 2FGLA 1XD0A 3MMDA 3WF3A 2G3MA 4W85A 4GO9A 4CVUA 2WVVA 3T09A 1JZ3A 1K6AA 3TTSA 3WQ8A 2XM1A 4Z2GA 3BMVA 5DFAA 4JHZA 1KB3A 2ZXDA 4IPLA 2QHAA 1DWIM 2XIIA 1MQQA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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