5A69A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with gal-pugnac
Total Genus 231
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
231
sequence length
624
structure length
585
Chain Sequence
RFTGLSLKQTQAIEVLKHISLPVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNRLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKIDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
total genus 231
structure length 585
sequence length 624
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a69A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a69A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a69A01
4AW7A 4WIWA 2XVLA 5C8BB 2WZHA 2OYLA 4AZGA 3AISA 3LPGA 4XZWA 4WSJA 1KQZA 3EMQA 1LL6A 3AS2A 3BMWA 1UKSA 1B3VA 1HVQA 3O9NA 3BAJA 1C8QA 3AIEA 3O2LA 3GXDA 4CCDA 1LLOA 2A3BA 3AS3A 3CHCA 3N9KA 4WKAA 5BRQA 2WMIB 1B2YA 1IT0A 1H5VA 4NRSA 2PWFA 4J28A 1U2YA 2E40A 3QR3A 5E9AA 3WMSA 4LGXA 3VPLA 4BQ3A 5IFTA 2VURA 4H2CA 4HU0A 2D1ZA 1JZ6A 1B1YA 1VENA 3W37A 9CGTA 1C90A 3UR7A 3VGDA 4BF7A 1C8YA 1PX3A 1LG1A 2WC7A 1NARA 4QFUA 4D6IA 2VT0A 1LJYA 2VRQA 1G1YA 1OGGA 2Y8KA 3CUFA 3WEOA 3VILA 1XSKA 1TA3A 3ZR6A 3IANA 1PZ3A 3VD5A 4HOXA 3T0DA 3IJ8A 4HMDA 5DT5A 1X6NA 3KWXA 2VX5A 1CGUA 1IZKA 3A6OA 3AJ7A 3M46A 5FKYA 1B3WA 2PF0A 1QHOA 3MUY1 3FAXA 1OINA 1HIZA 4NF7A 4D1JA 1UKTA 3GM8A 1K9FA 2WLZA 4MTVA 1HJWA 1QNQA 1JYXA 5IHSA 3DHPA 3DECA 3WNKA 3S6TA 5I77A 1E6NA 3VO0A 2VX6A 1CDGA 3UESA 4OBSA 6TAAA 2QMJA 1B9ZA 4HZ6A 1TUXA 1BLIA 3FN9A 1E55A 2WKLA 3L2MA 5D8ZA 5TD4A 1BYBA 4V27A 3VIJA 4RE4A 1L0PA 2XTKA 3AYSA 1JZ8A 1GW1A 1RPKA 2GDUA 1BG4A 3WNPA 4UR9A 3CPUA 2VOTA 1JFXA 1XD1A 2WWDA 4B3KA 5BXSA 3PN8A 2YL5A 4AEEA 1KCLA 1UH2A 1CXEA 3PZIA 4MDOA 2YJQA 2VCBA 3ARPA 1G5AA 5BRPA 2YA0A 3ARZA 2ZXBA 3A4AA 4JFUA 4A3YA 1ESWA 1JD7A 4Z2HA 3NDYA 1J0YA 3MMUA 1NWSA 2J74A 2J7DA 1ODUA 1MFUA 1AMYA 1IV8A 2WK2A 1NWTA 3SCRA 1Y7VA 1CGVA 2F61A 4PMNA 2BFGA 4GIAA 1VFFA 1BGGA 3F5JA 4CU6A 3BXWA 5EBAA 3FAWA 2DSUA 1R87A 3SUVA 3WD0A 4UOJA 3GDBA 1H2JA 3VKKA 1UZ4A 4M56A 5M3WA 1HNYA 1LL4A 4HZ7A 2JEQA 5D9NA 2A3CA 4JFSA 3W6MA 1V0NA 1UQYA 1V3KA 5GNYA 2ZUTA 2GVYA 2CIPA 2FDMA 2WLYA 2VX4A 2GJPA 2VCCA 2PBOA 4EK7A 3NDZA 1UR1A 1W3KA 3N12A 1JF5A 1M04A 3TTSA 2VZTA 4D6EA 4L4OA 3ARTA 1FH8A 2FHBA 5E6ZA 3VMOA 1CXHA 4GXPA 4JAWA 4TUFA 1ZBWA 1KR0A 3RM8A 1HX0A 3B9AA 2XIIA 3W25A 1VFMA 2ZUWA 4WF7A 4HOWA 3WH7A 4BA0A 3AFBA 1GQKA 2WHKA 1SYTA 4QLJA 1W9UA 3THCA 1ISXA 4RL3A 2FH6A 2ESCA 4MAZA 1WZKA 2D3LA 4J27A 1EDQA 2O9OA 3WEZA 1NOWA 5D9MA 4MNKA 1V3IA 2V3EA 1QBAA 1KGWA 1VEMA 2GUYA 4HA4A 1X6LA 3MMWA 2PI6A 1E5JA 2CETA 5AYBA 2CPUA 4W84A 3RM9A 5E0CA 4U2ZA 4PMOA 4OOZA 1BSIA 1UR9A 1XC6A 3B9EA 2WNWA 3N13A 1LF1A 1HKJA 3II1A 4CN4A 2ZX6A 4BCEA 4W87A 5ABEA 1JXKA 1TVPA 5A6BD 3KZSA 3ZJ6A 2JF7A 4D6DA 5CGTA 2VQTA 1W1VA 4ZXOA 1B31A 2A3HA 3PZOA 2J7CA 5HDRA 1VJZA 1CXKA 4MNJA 2OLHA 2IXUA 5EFFA 5M03A 3WDJA 2OWWA 3VM7A 1AQMA 2VX7A 1MXDA 4ACZA 5M17A 1H49A 5M5DA 2CYGA 3QHMA 2A3EA 2J7FA 2O9TA 4W5UA 4AD3A 4QP0A 3RPMA 1E4NA 3NSNA 1GOIA 3HMCA 4GO9A 2WAGA 2DT2A 2XVNA 4YHGA 3B9DA 2W62A 2WZIA 1OM0A 3DHUA 4UQEA 4JHOA 2OYMA 2G41A 5A2CA 1NP0A 3W27A 2CBJA 2CESA 4P8WA 4EKJA 3FW6A 3GZAA 4UQ9A 1W3LA 5LA1A 4M8UA 2ZWYA 3VD7A 1O6IA 1VEOA 3VIMA 1TFVA 1RH9A 1C7TA 3W81A 4XZBA 1ZU8A 3GXIA 2GJXB 1QHZA 4OKDA 3W4RA 4NSBA 3PTMA 3DYPA 5ABHA 4IPNB 2V3GA 1E6XM 2MANA 1Q6GA 4ATWA 5ABFA 2EXOA 5I78A 4QAWA 1UWTA 4JL1A 5BWFA 3CMGA 4AYSA 1UKOA 1GVIA 2WSKA 3SCUA 1G94A 1GHSA 4J3TA 1ITCA 2YLAA 1W2PA 3MSGA 5AYIA 3NJ3A 5C70A 2X0YA 2XWDA 2GK1B 1GCYA 1FHLA 1VIWA 3WF0A 1HN1A 1MQPA 2XG9A 1EA9C 1WZAA 1ISYA 4U5IA 3LPFA 4D6HA 5BCAA 1J01A 4OUEA 4GQRA 3POHA 3N11A 1WKYA 3WNOA 2DT3A 3ARRA 3CZGA 1JFHA 4AXNA 5FCZA 3WH6A 2FGLA 1JZ4A 4FLRA 1VFOA 4PMYA 4AISA 2G3NA 4AZ5A 5JIPA 2ZXAA 1SFSA 3VU2A 2CITA 1HJUA 1JIBA 2O9RA 2PB1A 3WF2A 3K4DA 2XJ7A 5DO8A 2QV4A 1EHAA 1WAWA 5HPOA 1F4AA 3RDKA 1CLVA 1QNPA 4Q7NA 1LWHA 1V0MA 1KB3A 1YQ2A 2WW5A 3AMLA 2YDQA 1UUQA 4JKKA 3TOPA 1NP2A 3VMPA 1QW8A 2ZOXA 3K8MA 4IPLA 2J7BA 4MNLA 4D1IA 4AD0A 2E9MA 1A3HA 2QLYA 2YBTA 4H7VA 4JZ5A 4MPKA 5C71A 1WE5A 4CD6A 1FP8A 3OBAA 1UD4A 3HJEA 4UFHA 1BVNP 1V08A 1J11A 1R8LA 2DH2A 1M7XA 1WO2A 3F5LA 5FOOA 1CENA 5A6SA 3AS0A 4P8UA 1D2KA 2DQXA 3BLKA 4W7VA 1U33A 1W91A 1CGTA 3L4TA 1B3YA 3MV11 1WP6A 3WDRA 2D0FA 1QNRA 2BXYA 1PPIA 1UOKA 4ACYA 1UR4A 4FF5A 1TA3B 3G6LA 3BAYA 3ARUA 4S3JA 4ZE4A 1OWQA 1NOFA 1WNOA 2VI0A 4P7LA 4FLSA 2VNCA 2J77A 4M80A 4H41A 4NRRA 1MFVA 3WSUA 1JZ5A 3J7HA 1A47A 3VVGA 4C7FA 2EBNA 2PWEA 1B3XA 1JDCA 1E6PA 4V28A 1HKMA 2A3AA 1GJWA 1CPUA 3K46A 2WPGA 4HPGA 1UYQA 1W1TA 1V0KA 2YIHA 2XM2A 3OLEA 2QHAA 3I3EA 1UH3A 3IJ9A 3PZNA 4F8XA 3KEHA 4HMEA 1MW0A 1US3A 1ZJBA 2BY3A 3RJXA 1KWKA 2ZIDA 1DHKA 1HJSA 1B90A 3F4VA 3SCQA 3N1AA 1GPFA 1WPCA 2ZICA 4AD1A 5A95A 2YA1A 1H09A 1E0VA 1C3FA 3BSHA 1MQQA 2OWXA 4HA1A 3QHOA 2W91A 1K9EA 3EDKA 2VR4A 3A4WA 1E40A 4HU8A 1ISVA 4MAVA 2VR5A 1ZL1A 3OLGA 3NSXA 1XRVA 1UWUA 4Y7EA 4HMCA 2BY2A 1FFRA 1E15A 1NQ6A 2XFRA 1V3JA 4AIUA 2W92A 2VC9A 3EBVA 2UY3A 1XSIA 2X8RA 1W3JA 3KE0A 1W9VA 1E73M 1W2VA 4AZHA 5HOSA 4J3VA 2WMGA 4E4PA 5IHRA 1NWRA 3OLIA 1UWSA 4TTUA 3CZJA 2EPOA 4W88A 3CTTA 1ODZA 1GOQA 2WCSA 2VZVA 3UG4A 3GTNA 1E3ZA 3UETA 1UR2A 3L4YA 3CO4A 3WN6A 4H8UA 2WVSA 3IAPA 4W8AA 4V2XA 1BAGA 2VRJA 3DC0A 3VOCA 4JCLA 4B9ZA 2V38A 3WH5A 1W1YA 1C8XA 4CN6A 4X0VA 3L4WA 5I24A 2WB5A 3EDFA 3EDJA 4JFVA 5AY7A 3W38A 4J3WA 4IUGA 3W29A 1B30A 4R5EA 1FH9A 3RO8A 2VL4A 1DTUA 1HVXA 4K68A 5E70A 2JE8A 1XSJA 5DT7A 1OIFA 3WMCA 7TAAA 5IXEA 3QGVA 2J62A 1C7SA 1B3ZA 4AZ7A 1WDRA 3AHZA 5KEZA 5I5RA 3K1DA 1U30A 4F66A 3PZTA 1CGXA 1X1NA 3WIJA 1E9LA 4AWEA 2Y8VA 4BS0A 2D22A 2WHJA 4ZFMA 4ZENA 3VTRA 4UQBA 1EIBA 4DUVA 1RP9A 1JDDA 1WDPA 1DWGM 2DSZA 3IAQA 2DT1A 3AQUA 4LYPA 4B3LA 4GI8A 2DSWA 1KBBA 4MDPA 1K9DA 1BYDA 1E0XA 2YL8A 4TVUA 2CCRA 3HN3A 4N42A 5FL0A 1HJQA 3PTKA 4PTXA 1US2A 1KQYA 2UWFA 3HU7A 3L4VA 3WDHA 1BYAA 4GZIA 4CD7A 2BVYA 3NSMA 2HVMA 4W93A 4PTVA 3GH5A 3ZO9A 4MB4A 5A69A 1ZJAA 1AVAA 1BFNA 3T0AA 5A6KA 3AHYA 1PX8A 2E3ZA 3DYOA 3SUWA 5A2AA 4PN2A 1UD6A 4OJYA 3CUHA 1V6VA 1BG9A 4X9YA 3WEMA 2Z1SA 2EPLX 4DWSC 2J8FA 4WK9A 3VDBA 4PSPA 3ZT6A 1JZ7A 2D23A 4ACZB 3WQWA 3WUFA 2BNJA 1KWGA 4KGJA 4AD4A 1SMAA 1YHTA 1V03A 1GORA 3WL0A 3WF4A 3ZM8A 2WMJA 3NYDA 3U57A 4QDMA 1ZB5A 3WD2A 4GPNA 4JIEA 3SCSA 1QI3A 1PEZA 1E5NA 2WZEA 3AXXA 4LYQA 4CCCA 1CGYA 3FXYA 1HP5A 2J25A 1V3HA 3LPPA 3BAKA 5EFDA 3GNRA 1I1XA 4PUEA 3CZEA 5CQ1A 3OIHA 1C91A 1EQCA 1E4MM 3L2LA 4UZSA 4D6JA 1NWUA 2CBUA 5ABGA 4HP5A 3SUTA 4EE9A 2WVTA 2NW0A 1QPKA 5A8MA 1KXVA 3QOKA 1KGUA 5I6SA 3A47A 1HP4A 3MKKA 2VQUA 2BVTA 2PWGA 4X0NA 3EDEA 3CIVA 4CN1A 4U33A 1NOUA 4AD2A 1H41A 5CSYA 1HF6A 1V3LA 2D0HA 2E8YA 3QOMA 5CLTA 5ABFB 4Z2JA 3BGAA 4KH2A 3SUUA 1TMQA 2WBKA 2Y24A 2QPUA 5F7UA 2G3JA 4FLQA 1OGBA 3JUGA 1R86A 5I2UA 4HTYA 3OZPA 3G6MA 1BHGA 4HOZA 2RGMA 2AAAA 2DH3A 3TTYA 1D3CA 3ARVA 1J12A 2D24A 3GXFA 3IJ7A 3SURA 3WDQA 4FLOA 3B8SA 1Q6DA 1LWJA 4J3XA 4LXFA 4UFJA 5FIPA 2OSXA 3SCOA 3AIRA 1WCGA 4CD5A 3TONA 2GJRA 4AZBA 1UWIA 2J75A 1CBGA 1DWAM 1GONA 7A3HA 4D6GA 1UWRA 2F8QA 3NUKA 3WF1A 1ZBCA 4Z2GA 1AQHA 3L4ZA 3RM4A 4JFTA 4PMUA 3SCTA 2W5FA 4PMQA 1HJVA 4TXEA 4W89A 4WKFA 1LG2A 1OBAA 4GZEA 2TAAA 1N82A 1BYCA 1V6WA 1UKQA 1J0KA 1J10A 3CHDA 1GOWA 1CECA 2WMHA 1W1PA 3KL5A 1PIFA 2EPNA 1E4IA 2DGAA 3VGFA 2ZE0A 5HNNA 2GSJA 4WSKA 1KR1A 3PZVA 3RJYA 3W6LA 2YL9A 3SEPA 3OZOA 1CZ1A 4P7NA 4RE3A 5BXTA 5CSUA 1HKKA 3VGBA 3MV01 4P8VA 1LL7A 4UCFA 3WQ6A 1ISZA 2RGLA 3MS8A 3VDHA 2XUCA 5JBEA 2Y5EA 3VNYA 2C8NA 2ZX7A 3WH8A 5E0FA 3EYPA 3N17A 5GPRA 2BHYA 4PTWA 3ZJKA 5HPCA 2WHLA 1DP0A 4P7QA 5D9OA 3OGRA 1PIGA 1KBKA 1UQZA 4MB1A 1UZ1A 1VBRA 4UFMA 1W9BM 1GHRA 5DFAA 1CWYA 2C7FA 4M81A 3WBEA 3OG2A 3UR8A 4C7DA 2O9PA 4Z2IA 2WYSA 4PRWA 2PBGA 2W61A 2PC8A 4ZEPA 3VX1A 4UQCA 1O7AA 2VZSA 2CNCA 2BY1A 2DSKA 5A6AA 2XIBA 4F9JA 1KXTA 4AIEA 4CGTA 3VGGA 4W7UA 3O6AA 5CPTA 2X09A 3CZLA 3PBGA 4CVUA 2Q8XA 3GBEA 2VRKA 4DWSA 1UD8A 1GQLA 3VX0A 4B15A 2J7HA 4J7RA 1JNDA 1VF8A 2JEPA 1ZBKA 5A8QA 1R7OA 1HXJA 3PHAA 4UFKA 3VGEA 1L8NA 1E6ZA 1J0ZA 2QMKA 2WVVA 5DMYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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