5A6BA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 257
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
257
sequence length
627
structure length
612
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
total genus 257
structure length 612
sequence length 627
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bA01
3N12A 3RILA 1ZJBA 4PMXA 1KQYA 4GKLA 3DYOA 4UFLA 1LQ0A 3AHXA 2BY0A 2WWDA 3MKKA 4RE3A 2WVTA 1QPKA 1JF5A 1R7OA 4HA1A 5KEZA 2WANA 2YBUA 3CUGA 2VX6A 1X6LA 2V3FA 1V6WA 4PSPA 1KR0A 3BAIA 5A95A 1DWIM 3KEHA 4ZXOA 2UY2A 5DEZA 2JEPA 3LPPA 1PZ2A 3AMCA 1EQPA 1C8QA 3BLKA 3MV11 3WQ4A 1V03A 2W5FA 3ZM8A 1SMDA 1UKSA 4GO9A 4CN1A 1SYTA 4QDMA 1VENA 2VCBA 4LGXA 1FH9A 2CYGA 2BXZA 2FH8A 3L4TA 5BYWA 3BAYA 1P6WA 2VI0A 1M7XA 4X0VA 1G5AA 5CGTA 3VOCA 1B9ZA 1TFVA 2ZX5A 3T2PA 5M3WA 4M24A 2VR5A 4GZJA 1CGTA 2Y4SA 1EO5A 1JXKA 2VVNA 3CUHA 3WY1A 1H0GA 2G3MA 4PTWA 1K9FA 1J0IA 2BVTA 1AQMA 2A3HA 4ML4A 4UFKA 3K46A 1WNOA 2WB5A 1HJVA 1CDGA 1KXHA 1BVZA 4PMVA 5I77A 2DDXA 4PMOA 3PZNA 3WNLA 1IV8A 3SUTA 1B0IA 1EIBA 4TX8A 1J0JA 1XD0A 1QNOA 3OZPA 1ZB5A 1OGGA 1WP6A 2EXOA 3K1DA 2XSAA 3B9AA 3OGVA 1GHRA 3WUGA 1KWGA 1CGYA 2IXVA 4JL2A 3VIFA 4IPLA 4JZ5A 3MUAA 2VZUA 3VMPA 4AEEA 1GOIA 5A6KA 3PZ9A 4OOZA 4KMQA 4FLQA 1HJWA 5A69A 3WFLA 4PUEA 2J8FA 5CQ1A 3WENA 5CPQA 2OSWA 3BCFA 4TXEA 2XWDA 3WH9A 1W1YA 1HL9A 1UKPA 3VDCA 2OWXA 1DWAM 3WD2A 1WDQA 1YQ2A 2BY3A 3WN6A 4LX4A 2ZUMA 1US3A 2BNJA 1NP0A 2WMJA 3CHFA 1ZS2A 5E9AA 2WMIB 2OWWA 2WVUA 3PZTA 1CGVA 2CETA 5E6YA 1QVBA 2D3NA 4IPNB 2CBUA 2E9MA 4AISA 4CGTA 4XZBA 5A6BD 1W1VA 4HOXA 1DWHM 3N13A 2AAAA 2W62A 1E4LA 1ODZA 4U3CA 4Z2KA 3VD7A 5ABFA 3W26A 3VPLA 3K4AA 1KBKA 2VCCA 4WK9A 1JD7A 2WVSA 4B16A 1R8LA 3MSDA 2Q8XA 2D0FA 3CLWA 3N18A 3L4XA 1VJSA 2A3EA 1BSIA 2WHLA 4H04A 1GCYA 4D6JA 4BQ2A 4Z2LA 4DM2A 3W53A 4PMUA 5JIWA 4Z2IA 2E3ZA 3WEZA 4WLCA 1CZ1A 5BXRA 3L4VA 1SR0A 3KZSA 3OLIA 1V3KA 3QR3A 3AIVA 3THCA 3ECQA 1MQRA 1XD1A 4AY1A 2ZOXA 2GK1A 3BH4A 4J3UA 4HA4A 4U3AA 1DWJM 2XVPA 3ZT5A 2ZICA 1CXIA 1GONA 1K9TA 2FH6A 2WHJA 5CPTA 5I78A 3SCNA 2W91A 2ZUUA 1VEPA 6TAAA 4HPGA 4AZGA 1B3YA 2VVSA 2WHKA 4P7NA 2E9BA 2VQUA 3BAWA 5LA2A 1U30A 4BA0A 4CU8A 5E09A 2CEQA 3CHDA 3WQ5A 4TVCA 4K68A 4DWSC 4PMQA 3J7HA 3T0BA 2ZIDA 1CENA 4P7QA 4EKJA 4NF7A 2ZX8A 1JZ5A 1EHAA 1NWTA 3WMSA 3HJEA 2OWCA 3HU7A 3II1A 4UFIA 1C91A 5BROA 1WCGA 4A3YA 2E4TA 2BHYA 1XYFA 5CSYA 3WMBA 1OIFA 1HKIA 2XPKA 4UQDA 5A8OA 4PN2A 1X6NA 5E6ZA 2GFTA 1XH1A 2CPUA 2DSKA 3WELA 3MMUA 5BXPA 2A3BA 4PRWA 2XFFA 4QCFA 1WE5A 4KWUA 5D8ZA 9CGTA 3T0AA 2J7HA 4AIUA 1UH2A 4N0RA 1ESWA 1EQCA 3WF4A 2PWGA 2BHUA 3UR7A 3ZJ6A 4MDOA 3CMJA 2GUYA 4WKFA 3LPOA 3VDHA 3TTOA 4R27A 2UWFA 1PEZA 3SCVA 5EFFA 1G9HA 3UEQA 1G94A 1RH9A 4CU7A 2E40A 5DMYA 4LYRA 3U7VA 3W4RA 4E4PA 2J7EA 3SUSA 4J27A 1BG9A 2G3IA 4UOQA 3PZIA 1C7SA 2WVVB 3ZSTA 4CCDA 2WCSA 4S3KA 1KXQA 3POHA 3VNYA 4GXPA 4HZ8A 4KGLA 4EE9A 1JYVA 2WBGA 4D6DA 2WNWA 3CZGA 1PZ3A 4BQ4A 5CGMA 2VL4A 3KL0A 3VGGA 3EYPA 1E4IA 2GJXA 1UWQA 1MFVA 4AZ5A 1JAEA 3AYSA 3MSGA 1UH4A 4BQ3A 1UD6A 4HZ6A 1W91A 1UD2A 1E15A 1U33A 1DHKA 1ECEA 2ZX9A 4M82A 4U2ZA 1Q6EA 3VIMA 3FXYA 4AW7A 2Y8KA 1WZMA 4QAWA 1EGZA 3AMGA 4W8BA 3CIVA 1K9DA 1QI0A 2CHOA 2DQXA 3IAQA 3UG4A 2BS9A 2YL8A 2XVNA 4OUEA 2JF6A 4Q22A 2WMHA 1UA3A 2YA1A 1JZ6A 1UR2A 4D71A 2YDSA 3AIUA 3WSUA 1R7AA 1GJUA 3N11A 1A47A 8CGTA 3W24A 3OB8A 4CD6A 2O92A 3AIQA 1RPKA 1HL8A 2CNCA 3QOKA 4D6IA 4MAVA 4UQCA 1H09A 4FLOA 2GDVA 5GQBA 1ODUA 4GQQA 1KGXA 3WKZA 1OIMA 1XH0A 2PWDA 3OLEA 1UWSA 2OYMA 3PZQA 2VRKA 4P8XA 3A6OA 1W3HA 2OLHA 2YL9A 5LYRA 3NSXA 3VKKA 3RM9A 1CWYA 2J7FA 1QNPA 1E3XA 3CUFA 1OD8A 1ITCA 3WF0A 2DGAA 2EPLX 2Y5EA 4W5UA 4XX6A 1B3WA 4UTFA 3WF2A 4JFUA 4B9ZA 3G6MA 3W0KA 4CU6A 1LL6A 1XV8A 2XWEA 3POCA 4ZEPA 1W9BM 5I3DA 4J3WA 1TUXA 4J3XA 2E8YA 1AVAA 2VZTA 4JFWA 2DIEA 1UD4A 3LPFA 1XHGA 4WKHA 2XFRA 3AIBA 4D6HA 4H7VA 2D23A 4FK9A 5FL0A 8A3HA 1FP9A 2XIBA 3L2LA 3ZJKA 3RIKA 2NSXA 2J75A 3KWXA 4AZCB 2QPSA 4JCLA 5JBFA 4OBRA 1QI4A 1NOUA 4UCFA 4JKMA 1OGSA 5CJ5A 2WMGA 1NARA 5AYBA 2X0YA 1CBGA 4MJ4A 5FKYA 4NI3A 5BXTA 2VRQA 1DWFM 1WKYA 1BHGA 3NYDA 3ARYA 4AD1A 4XZWA 4GI9A 3TTYA 1EA9C 4F8XA 3I3EA 4ATDA 4AIOA 1HKMA 4J3TA 2TAAA 1GUVA 3K4DA 4GI8A 2XHYA 5I79A 2GJPA 5A1AA 4JHOA 1GW1A 1Y7VA 3VM7A 3ZJ7A 1W1TA 3AICA 2WSKA 1W2PA 4BS0A 1E1EA 4UR9A 1V6YA 5DT7A 1W1PA 3L2MA 1B3ZA 3AZSA 3A47A 2BY1A 3S6TA 2XIIA 3M7SA 1ISZA 1V02A 1I1XA 5FL1A 2DH3A 1ISXA 2CIPA 5D4YA 4D6FA 5CLWA 3K8MA 5BCAA 1E6NA 3QHOA 1MFUA 2ZUNA 5CG0A 3ARUA 4CN4A 5A6JA 2J25A 1V6XA 1ZBVA 3UERA 3A3HA 2E0PA 1TE1A 4EANA 3OLDA 5A8PA 1E43A 1FP8A 5DFAA 1WAWA 2XYLA 1UWIA 3VO0A 1SMAA 3PBGA 1OM0A 4WKAA 1JNDA 4TVDA 3UESA 4F9DA 1PPIA 2WK2A 2VX4A 2WMIA 3DC0A 2X1IA 4IM4A 3ZMRA 1VFUA 2WZEA 1XCXA 3SCWA 3WQVA 2WM0A 3VMNA 2OYKA 3WNPA 4YHGA 1MQPA 1JXJA 4B15A 1V0KA 3CZ8A 3RMEA 4WSJA 1UHVA 3BAJA 3NDZA 1TMQA 3VIIA 3WUFA 5BRPA 1J12A 2O9RA 4WSKA 1FH7A 1H2JA 2JEQA 4FLSA 3RCNA 1HJSA 5M5DA 3GYCA 5FCZA 4NZCA 3I3DA 1EHNA 1GOQA 4PMRA 4LPCA 1HIZA 2YL5A 3WFZA 3SCOA 4PTVA 3AFBA 4CVUA 3T08A 4W8AA 2D1ZA 3FNDA 4F66A 1M04A 1MYRA 2VUYA 2F8QA 3FHQA 3M07A 3WD3A 1UQYA 3EDJA 3VGEA 4PTXA 3CBWA 2GSJA 2G8ZA 4NSBA 2VTFA 5E0CA 5DT5A 3APGA 5I2UA 4P8UA 4UQ9A 1CNVA 3M6DA 4BCEA 2ZUWA 1DWGM 3A4AA 1MW3A 1B1YA 1QHOA 1GHSA 2XM1A 1LF1A 3GH4A 1UWRA 2J74A 1WB0A 1LJYA 1XSIA 3PZUA 1GOWA 2BVYA 1UQZA 1CXHA 2W92A 3VMOA 1OSEA 4MB1A 2WMFA 2X8RA 2JALA 5M17A 4YPJA 3WH6A 3WDHA 4JFTA 3PZMA 1C93A 1CGXA 1W9UA 7CGTA 1GOKA 1VIWA 1C3FA 4J7RA 1MXGA 2VMFA 1XSJA 3GBDA 4N42A 5GNZA 1H1NA 4MB5A 2XUCA 1TZ7A 2UY5A 5HDRA 1HNYA 1M03A 3WNNA 1QW9A 1WZLA 4GQRA 4AZIA 1L0PA 4RE4A 2WPGA 1Q6DA 5A8NA 2DSZA 2J62A 4PMDA 1TR1A 2VOTA 4DWSA 1BYAA 4W8LA 4ZENA 1JYWA 4AYSA 1CLVA 4MDPA 3VGFA 3OGRA 2WMKA 3ARWA 1CXLA 3AXIA 1G0CA 2DT2A 3VTRA 2IUZA 3K8LA 2YLAA 3M46A 3SEPA 2HISA 1C90A 3MUY1 3NJ3A 4AD2A 2EPKX 3QOMA 1J0ZA 1B30A 2CBJA 3OA5A 5FD0A 3IANA 5IHSA 2YOCA 1KCLA 2WSPA 2XG9A 1R87A 1C7TA 4GINA 2C0HA 5EBAA 3AS2A 2NT0A 1OB0A 3NCOA 1BF2A 1XSKA 4XV0A 5JIPA 4EAMA 1GQJA 2XM2A 1BLIA 2CBVA 1CYGA 3RO8A 4M8UA 4E2OA 1W9VA 1AQHA 3EMZA 2XJ7A 2ZX7A 1BGGA 1EOKA 3VX1A 2WVVA 5HPOA 1KWKA 3RJXA 2ESCA 4MNLA 1Q6FA 4GZEA 3SCQA 1HX0A 1JD9A 4MJ2A 4J28A 2JIEA 2YL6A 3VX0A 1JZ4A 4JL1A 2G4FA 3K8KA 1J18A 1UD8A 3CZEA 4PUDA 4TUFA 5FOOA 4Z2HA 3ARPA 5DF0A 4F9JA 2PBGA 1BYCA 3WD0A 2BY2A 1O7AA 3SCRA 1QBBA 3BMVA 5JUVA 3B8SA 3WL0A 3ZR6A 1WDSA 2ZUVA 2EJ1A 3N15A 1GOMA 5C8BB 1JDAA 1KGWA 2XVLA 1B90A 3CGTA 5IFTA 3SCPA 1UYQA 1I1WA 5I5RA 3CUIA 3VD9A 4HZ7A 3T0DA 1TVPA 2WZIA 4AZ7A 4ACYA 1ZBWA 2J77A 1E71M 1OT2A 4D72A 1CXEA 1Q6CA 4UQEA 4DUWA 3W37A 1W3LA 3MO4A 1QHPA 1JDDA 2PC8A 3FW6A 4P7LA 2WW5A 2Z1SA 5ABEA 2IXUA 2J7CA 1B31A 1OD0A 5A3HA 4GZIA 3DHUA 4M81A 3W28A 1QI3A 2DSWA 3EDKA 2A3CA 4DUXA 1H11A 2MANA 3GM8A 2QMJA 1QBAA 2DH2A 3NSMA 3L4WA 4B3KA 4OIFA 5AYIA 1E0WA 1E73M 1CXFA 4W84A 2Y24A 4W86A 1IZKA 1BYDA 4FMVA 4X0NA 3WF1A 1VBRA 4ZE4A 4HP5A 3MANA 1EH9A 4W7WA 4JFSA 4U33A 1W3JA 4ZE5A 3ARZA 2WCGA 3SURA 1D2KA 4URIA 4CVWA 1IZJA 1GPFA 3FN9A 4U5KA 5D9NA 4CUCA 1J0KA 3CUJA 3VU2A 2GK1B 1NWSA 3GXFA 1B3VA 1ZL1A 3CZLA 1V0LA 3WQ6A 1HVXA 3TA9A 1MW1A 5C70A 3KL3A 4QLLA 2WC3A 4AD0A 3TP4A 1GOOA 3SCUA 2PWHA 1UD5A 1VRXA 1ZBKA 4B9YA 5I6SA 2QV4A 1HVQA 3NUKA 3PTKA 2EPNA 1HP4A 4PEEA 1ITXA 1E6PA 1MVYA 2XFYA 2DSUA 1CGWA 1W9XA 1OGBA 2YIHA 1HXJA 3PTMA 6A3HA 4MTVA 1F4HA 3VM5A 2FGLA 1GVYA 3ZO9A 3U7BA 1E56A 5CXPA 2A3AA 3FHAA 3VGDA 4W7UA 2J7DA 2YLLA 3L4ZA 1XCWA 3BSHA 5LA1A 4PYSA 1E55A 2B31A 5GNYA 4UQBA 1E4MM 4ACZA 1F4AA 2PWEA 3O2LA 3WNMA 3ZJ8A 5AC5A 3TOPA 1MW0A 4GPNA 4WJXA 3AISA 4JKLA 1OWQA 1ISVA 3UR8A 3W6LA 5TD4A 4D1IA 3CO4A 1CPUA 2VRJA 4UFHA 2D0GA 1A3HA 4LQ1A 1JIBA 3WH7A 5IHRA 3VDAA 4W88A 1LLOA 4QP0A 4NRRA 3MU7A 3OZOA 4AZBA 3W82A 4HTYA 4Q7NA 1UKOA 1E6XM 1EDGA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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