5A6BA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 257
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
257
sequence length
627
structure length
612
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 257
structure length 612
sequence length 627
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bA01
4QLJA 1AQMA 4BQ5A 5I2UA 2E9LA 1QNQA 1YHTA 3VIOA 2V3GA 3AZTA 1VB9A 5I77A 1PJ9A 2DEPA 5CGTA 3WF2A 1C92A 4W93A 4BCEA 4HA4A 2C7FA 2Z1KA 2WMIA 2XIBA 4DM2A 1GJUA 3D5HA 4XX6A 1CGXA 4GZIA 1ZU8A 3WD1A 3VD7A 1E1FA 2X0HA 3OZOA 2ZWZA 2Q8XA 2VX4A 4W85A 3W53A 3WL0A 3ZT5A 3AICA 4KMQA 4WKHA 2EJ1A 4RE4A 2XHYA 1KXHA 4ATLA 1CGYA 4JHOA 2YA2A 3L2LA 2VRJA 5IHSA 4TVUA 2BY0A 2IUZA 4PEEA 2WNWA 3VM7A 4Z2LA 4J28A 1BF2A 3POHA 3WDRA 4W87A 2WC7A 1UD6A 1ITXA 5AYIA 4AZBA 2GVYA 2DSZA 3AROA 2PWFA 2DGAA 4HU8A 3VGFA 5BXSA 2CBVA 1KR0A 4DWSA 1LG1A 4N42A 4AD4A 3MUIA 5A95A 3WNNA 1LL7A 1GOQA 2GJXA 2QF8A 2XPKA 4X9YA 1US3A 1I75A 2EPLX 1ESWA 2IXUA 3CMGA 3ZT7A 4DUVA 3BAYA 1EDTA 4ZXOA 2ZXDA 4NI3A 3SIMA 2VUYA 1ZBVA 4KGLA 1Q6GA 1JZ8A 3AQUA 4OOUA 1HX0A 2BVDA 1KCLA 1EQPA 3WDQA 3N13A 2JEPA 1E6NA 4CCEA 2YDRA 4H8HA 4OUEA 1BVNP 1CLVA 3N1AA 3MU7A 2RGMA 1KR1A 3GNPA 1C8YA 3CH9A 4B9ZA 3SURA 4DUWA 4D6EA 2WMJA 4LYQA 1BYCA 2VT0A 2ZX5A 4J3UA 4WSJA 1C91A 4LX4A 1E5NA 1J0ZA 4UQAA 2VTFA 5BROA 4OIFA 5A8OA 2YA0A 2BVYA 3T09A 1PZ2A 2GJRA 3BLPX 1W9VA 4PUEA 2PBOA 2YL9A 1B3ZA 1G94A 2D20A 4M80A 4HOWA 1VRXA 4CD4A 1H1NA 2BXZA 3EDEA 3HN3A 2O9OA 4CU7A 5ABEA 2ZUVA 1GCYA 3W82A 3A6OA 3BMVA 3AS1A 3OGSA 3VIJA 2ZWYA 2WZEA 1EO5A 2OYLA 4F66A 3VILA 1J0JA 3LPPA 3WH9A 3WELA 3W26A 4OBSA 4CD8A 4YHEA 1BHGA 1QNRA 1KXTA 3VIMA 4UFKA 3I3BA 1XYZA 4RE2A 4C7DA 1EQCA 5BCAA 5GNYA 2VR4A 4D6CA 3F5LA 4YHGA 2J7EA 4MAZA 1BFNA 4ACYA 5GPRA 3MV11 2OWWA 2NSXA 3T0AA 2WMFA 4P7QA 1Q6CA 3WF0A 4AMCA 4JKLA 3WQ5A 5BXTA 4NZCA 4GQRA 2HVMA 1UD4A 3W28A 4F9JA 1X6LA 3CZKA 3MO4A 1RP9A 2WANA 3VO0A 5FL0A 2J7DA 2OLHA 1HJUA 4URIA 4WSKA 2DSUA 1GORA 5AY7A 3PTQA 4Y7EA 1JF5A 2PF0A 3RCNA 3W38A 2Y24A 2DIJA 3PN8A 3RILA 1E6ZA 1JYXA 1VEPA 4M8UA 5IFTA 1UR0A 2VZSA 1ZS2A 1JAEA 4JFTA 3ZJ6A 1V02A 4P8WA 5BYWA 1PAMA 4GO8A 4IUGA 1MW1A 1FH7A 3WFZA 2WVVB 1JGIA 2GDUA 1W1YA 1H0GA 3NJ3A 5EFFA 3WQWA 3RMEA 3O9NA 2VX6A 2W63A 3M07A 3GZAA 5I78A 3JUGA 3ALGA 3G6LA 3WMCA 3OG2A 5I24A 5A6AA 3EMQA 2WMGA 1TFVA 1MQPA 4M29A 1UKSA 4IISA 1B9ZA 1PBGA 3ARRA 1XYFA 3VIHA 1ISWA 1GQLA 2JALA 3AMCA 2XVKA 2G3JA 2W67A 4XB3A 3QHNA 1GNXA 1J18A 3RM8A 2QPUA 1WDQA 5FD0A 2VNCA 1G01A 1ODZA 2WHKA 5M03A 1UD5A 2G3IA 3ZO9A 2VZTA 3WD0A 4J7RA 2WKLA 3NUKA 2VVSA 4U33A 1W1VA 2BS9A 4KWUA 3BC9A 4GI8A 3ZM8A 3MMWA 1EIBA 2G3NA 4Z2HA 5D8ZA 4ZE4A 2BY1A 4JCLA 1LWHA 1XHGA 3ECQA 1FP9A 1HL8A 3L4UA 4UFIA 1G1YA 4B3KA 2PWEA 4BF7A 4HMEA 1E4LA 1R87A 4ATDA 3L4XA 1WAWA 1NP0A 4AZCB 1XGZA 1A3HA 1FFQA 1W2PA 2CHOA 2RGLA 3GYCA 3PBGA 4M82A 2MANA 2OSWA 3ZR5A 2E8YA 1YQ2A 1B2YA 2UY5A 3MSGA 2F8QA 1C3FA 3CZEA 2V3FA 5E6ZA 1MYRA 1TR1A 3GXMA 3L2MA 2FGZA 4WIWA 2PC8A 3AI0A 3ZJKA 1H11A 4UZUA 1UG6A 1HJWA 1NARA 3VGEA 2WC4A 5GNXA 1FP8A 1JAKA 1CBGA 1KGUA 3SUUA 3VGBA 1W1PA 1XH0A 4AZGA 1Q4NX 1KWGA 3AXIA 2D22A 5FIPA 3W29A 1TUXA 5C70A 3AXHA 1GOIA 3PZVA 1QW8A 3OA5A 5D8WA 2YLAA 3D3AA 3WD4A 1CGWA 3WUGA 2WMHA 1ZBWA 1PIGA 4NF7A 4M81A 3MS8A 2D1ZA 4U2ZA 1WNOA 5A8NA 3IJ8A 1MW2A 3EMCA 4UFLA 3WUBA 2GDVA 1LG2A 3MSDA 1LLOA 3FHQA 4MB1A 1CWYA 3L4YA 1EDQA 3U57A 1E72M 2OSXA 3AFBA 4YPJA 3OZPA 4BQ3A 4UQBA 2Y8VA 1E0WA 3BAJA 4UTFA 2ZXQA 5DMYA 3DYOA 4UFMA 4JHZA 1RP8A 3CPUA 3WFLA 2WKGA 1EA9C 4HMDA 5EBAA 1R86A 1CGTA 1K9EA 1E6RA 2UWFA 1BYAA 4MNJA 2CYGA 3AHXA 1V0KA 3PZIA 4AZIA 5CJ5A 1NOWA 2ZX8A 3HMCA 1KBKA 4D1JA 1ISZA 1TVNA 5JBEA 2E4TA 4UFHA 1CXFA 3S2CA 4PMUA 3QHOA 3VDCA 3BCDA 4LQ1A 2WSPA 1WB0A 1FOBA 2WHLA 1DP0A 3K4AA 4BQ2A 3U5YA 3PZOA 3PHAA 3VDAA 4FK9A 3A47A 4J3WA 2ZE0A 4JIEA 1UA3A 1RH9A 4E8CA 3VIKA 4HPHA 2QMKA 3WDHA 2OWXA 1J12A 3CHCA 2BHZA 1SFSA 3WNOA 2Z1SA 4AZ5A 1J10A 3I3DA 1OIFA 5A8MA 3OIHA 4OJYA 1K6AA 4Z2JA 3CBWA 1NWTA 1OT2A 1ISXA 4UQEA 3SEPA 3VIGA 4AY1A 2WC3A 3WQVA 3N04A 4ZENA 2JE8A 1WZMA 2BXYA 4GZJA 4H04A 4H41A 2VRQA 3LPFA 4PTVA 3WY1A 4HZ8A 5E0FA 1BG9A 5BXRA 4AD2A 2DQXA 3BCFA 2W5FA 2OYKA 1GOMA 5C71A 4JZ5A 4JAWA 1UR4A 3SUTA 1HIZA 2WMIB 2X0YA 3K4DA 1AQ0A 3CUFA 1O6IA 4MNLA 4AYSA 3TOPA 2J7GA 3AS2A 1GVIA 3WN6A 2YL5A 2WCSA 2DSKA 3VVGA 1FH8A 1U2YA 3FW6A 3LPGA 1XCXA 4E2OA 3BSGA 4CU8A 4B15A 1EDGA 1QBBA 5EB8A 2UY2A 2WCGA 4EAMA 3FY1A 1V3KA 1MW0A 2D24A 3DC0A 3O2LA 5ABGA 3AHTA 2ZUSA 2WLYA 4MJ2A 3KL5A 3OGRA 3ARSA 1HJXA 3IK2A 1WPCA 2FHCA 3B8SA 2YBUA 1QI0A 4GZEA 1QI5A 1E4NA 4DWSD 4DWSB 1MXGA 4F8XA 1NOFA 2BY3A 2GJXB 5CSUA 3EMZA 1GPFA 1BVZA 3KL3A 3ZSTA 4P7NA 1UH4A 1KQZA 4EKJA 2VZUA 3AIQA 1J01A 3L4ZA 2B31A 2XVNA 3OLGA 3AIVA 4JFVA 3DHUA 2GFTA 4PMNA 3GNOA 1LQ0A 1MQQA 1VFFA 2QV4A 2AMGA 1JDDA 3KL0A 3VMOA 4BZYA 4HP5A 2XVGA 9CGTA 1BYBA 1UWTA 4Z2IA 2ZOXA 5BRQA 1GOOA 2J78A 3ARQA 4S3KA 3VINA 4HA1A 1GHSA 3TTQA 3NCOA 2VQTA 4MNKA 3MMUA 3N15A 4D72A 2BFGA 2BV9A 3WSUA 4AC1X 3IAQA 3AIBA 4QCFA 1E3XA 1QVBA 4PMOA 3OGVA 1M04A 5A6SA 2WZHA 2ZXBA 3B9DA 1D7FA 1ZBCA 3VNZA 3DHPA 5A2BA 3NSNA 4MADA 3AZRA 4A4AA 4K68A 3MMDA 4BQ4A 2YOCA 4TX8A 1XRVA 1GVYA 1UQZA 2D3NA 3EDKA 1UKQA 2VO5A 3F5KA 1TMQA 4TTUA 4MTVA 1XSIA 4OOZA 2AAAA 4BS0A 1E40A 3GXIA 1FHDA 3AYSA 1UR9A 3ZT6A 1LJYA 2W91A 3ZJ7A 1QI2A 2F61A 2EPOA 1JD9A 6A3HA 2VURA 3CMJA 2CETA 1WE5A 2BVTA 5GQBA 1V6YA 5FOOA 3S6TA 2A3AA 2WSKA 4AIOA 4UR9A 1HJQA 2XFFA 4TOQA 3VMPA 4GI9A 1HXJA 3ARTA 1CTNA 1K9FA 8CGTA 3UCQA 4PMVA 2J25A 4UNIA 3K8KA 1DTUA 2XTKA 2CIPA 3GBEA 3CLWA 1BSIA 3WNLA 4EK7A 1ZBKA 2YDQA 2WAGA 4L4OA 1V0MA 1CZ1A 1OT1A 1TE1A 3CZLA 1K9TA 3B9AA 4P7OA 3E1F1 4GPNA 4V28A 1EHAA 1V0NA 4DUXA 4PBGA 5EFDA 5D9MA 3CTTA 3A3HA 4OBRA 2ZICA 1J11A 2EO7A 3WNPA 3ZOAA 5DEZA 2VL4A 3BAIA 4KRUA 1UOKA 2EEXA 1DEDA 3IJ7A 5EMYA 4B16A 5D9NA 2DT3A 1D3CA 1XSKA 3POCA 1UZ1A 3AIRA 3AHZA 3AHYA 3WH6A 1JZ3A 1EOMA 2WHMA 4W88A 3A4WA 3AMGA 2DT0A 3KZSA 2J62A 1VEMA 1B1YA 3SUVA 1PIFA 1WKYA 4AD1A 3SUSA 1ZJBA 3T2QA 1M01A 4PTWA 4RL3A 1G9HA 1VF8A 1TA3B 5C8BB 3TTYA 3T0BA 1CXIA 2WVSA 1QW9A 3CUGA 2JIWA 1E6SM 3VTRA 4MDPA 4W7UA 4OKDA 4CVUA 1G5AA 5HPOA 1Z32X 4QLKA 3RJYA 2VCBA 3F5JA 1J0YA 3VM5A 1BPLB 1W9PA 1ECEA 4AISA 2A3HA 3MUAA 1B3WA 1UD3A 4HU0A 3VD4A 1UR2A 4WJXA 1V08A 4H8VA 4P8XA 3VGHA 3ZSSA 2FDMA 1GOKA 5CLWA 4QAWA 3GBDA 2W4XA 5CG0A 4HZ6A 4LXFA 2EXOA 2J7HA 4JFWA 2XSBA 1IZKA 2ZX9A 5ECUA 1JD7A 1CENA 1V3LA 1UR8A 4GQQA 1V3IA 3FXYA 4AD3A 3O6AA 2WYSA 3WDPP 4UOQA 1JI1A 2ZUNA 3U7VA 5I3DA 3AZSA 4MB3A 4PMQA 1VFMA 3WD2A 5JBDA 1CLXA 4CD7A 4MB5A 3UG3A 3AISA 2WHJA 3W37A 1C90A 1E71M 1TVPA 3GH5A 2CKRA 1NOUA 1BTCA 1JYNA 1UQYA 5A1AA 2ZUTA 4F79A 1B3YA 4ZFMA 2WVVA 2XM1A 2A3BA 3BAKA 4PCSA 3W81A 5CPSA 1I1XA 1UH3A 2XJ7A 4UCFA 4U5KA 4Z2KA 4WK9A 3ZJ8A 3AMDA 1B0IA 2XGBA 2CITA 1FH9A 2WZIA 2F2HA 3MKKA 1WDSA 1V3HA 4PN2A 4CN1A 3FHAA 5ABFB 1KBBA 5BRPA 4HOXA 2WW5A 2PI6A 3SCWA 2Y4SA 3WNMA 2FHFA 4JCMA 4U3CA 2JEQA 2D0GA 3IJ9A 2QLYA 1E6QM 3PZQA 1QHZA 3SCPA 1JIBA 3L4WA 2VRKA 4WKAA 2WK2A 2V5DA 2VCAA 3WKZA 4GKLA 1UR1A 3THDA 2PWHA 4HA3A 1JYVA 2V3DA 2QMJA 1U33A 2J7FA 3EBVA 5A3HA 2UY4A 3IANA 5M3WA 3T0DA 5HDRA 2VQUA 2EPMX 3FAWA 2XWDA 4W8BA 5CQ1A 3T2OA 1NWUA 2O9PA 4J27A 3AS3A 4W86A 3QOMA 2PBGA 1E43A 4TX6A 3THCA 2YKKA 4MDOA 1W32A 1F4HA 1RPKA 3PZUA 1Q6DA 2PWGA 3CIVA 1JI2A 1E6PA 1PX8A 2XYLA 4X0NA 1HP4A 3AHVA 2XGIA 4M24A 5A6BA 3PZ9A 5A2AA 1B90A 1E0VA 5M5DA 3GXDA 4FLSA 5HBFA 4AW7A 5DF0A 1XV8A 1W3JA 4LGXA 1HVQA 2XWEA 3CO4A 1PX3A 2JF6A 4JKMA 2IXVA 4JKKA 4YN5A 5HNNA 3NSXA 2D0FA 2EPNA 2WBKA 1HJVA 2GUYA 4UOZA 1CXEA 1OINA 1VJSA 4D1IA 4MAVA 2EQDA 4W89A 5AC5A 3EDFA 1JXKA 1WCGA 1CGVA 1UKTA 3WEMA 1E5JA 1QBAA 1WZAA 1E1EA 3NYDA 2G4FA 5I6SA 2JIEA 1OIMA 3RM9A 1J0HA 1JF6A 1Q6EA 4WKFA 1OSEA 4W7VA 3ARWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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