5A6BA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 257
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
257
sequence length
627
structure length
612
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
total genus 257
structure length 612
sequence length 627
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bA01
4QCFA 1KGXA 2BY2A 1JDAA 2WZHA 1E6ZA 5LA2A 3QHMA 3NSNA 1EOMA 1W9PA 3WNPA 1I75A 3CGTA 3OZOA 3RJYA 2JALA 4ACYA 2E9BA 2WC3A 4LYQA 3W81A 3SCUA 1O7AA 3AZTA 5DEZA 2Y8KA 1DWIM 4GZJA 1E5JA 1WDSA 3MSDA 1TZ7A 3AQUA 3MO4A 1EIBA 3AOFA 2MANA 1VEMA 1XSIA 1OCQA 3FN9A 1JXJA 3ARXA 2OYLA 1QI4A 2XUCA 3VNYA 1J11A 4GI9A 3OLGA 3WMBA 3BLKA 4FLRA 1R86A 1XYZA 3AHXA 3WMSA 4W5ZA 2PB1A 2RGLA 3CZKA 5A6LA 1GOKA 1WZMA 3NIYA 3CZJA 2JE8A 4H8HA 2YL8A 1W9BM 4PTXA 4PMQA 4CU8A 3WMCA 3CMJA 1DTUA 2XWDA 2E9LA 5LA1A 5IHRA 1B3XA 2ZUTA 5DO8A 1GONA 5FL0A 5GQBA 4CCCA 8A3HA 2A3EA 4MDPA 4P8XA 1UZ1A 4AIOA 1N82A 5C8BB 3NYDA 1BQCA 1JIBA 1ZBVA 4GKLA 3WQ4A 4UZSA 4AD4A 3AS1A 4J28A 4KRTA 4HOXA 1RH9A 1B1YA 4P8UA 2CITA 3POCA 3GH4A 4XV0A 3TA9A 2GDVA 2VMFA 1ZBKA 1B90A 1KCLA 6TAAA 4GO8A 4HMEA 3LPFA 3O6AA 5BROA 2VOTA 4AW7A 1JDCA 4UNIA 3VIHA 1J0YA 4LQ1A 3O9NA 1JXKA 3IJ7A 4CU7A 2PI6A 3VDAA 1E6XM 3ECQA 5I5RA 5I3DA 3LPGA 5M03A 2W61A 2NT0A 1E15A 1GNXA 2D0FA 1CXKA 4QLLA 1DWFM 5CPQA 2W67A 3CZEA 2WZEA 1O6IA 1V0KA 3RM4A 1DWAM 4UOJA 2A3HA 3TTSA 4AD1A 1J12A 4GZIA 2WLYA 3B9DA 4JCLA 1ZS2A 4JKLA 4HU8A 3CLWA 2J78A 3K4DA 3RCNA 3BAJA 1HKJA 3K1DA 2D23A 2WSKA 1E43A 3TONA 4CVWA 3N12A 1E6NA 4L4PA 1NWRA 4V27A 3KL0A 4GZEA 3DC0A 3PZIA 4PMVA 5A6BA 4JFSA 1CPUA 5BWFA 1Q6EA 5CLTA 4MAZA 5DFAA 3GNPA 1ISWA 2CKRA 2E8YA 3BCDA 4BA0A 4WSKA 1JZ5A 3WQ5A 1B9ZA 5BXPA 3VDBA 3BSGA 1VFFA 2ZUNA 4W7UA 4Z2IA 1CXHA 4W89A 3TTYA 4D1IA 3EDFA 2X8RA 4WIWA 3PTKA 3T0AA 5CJ5A 1UG6A 1W91A 1H49A 1J0ZA 2XHYA 2YA2A 3CZLA 3SUWA 1HN1A 4U2ZA 3VGHA 1VFMA 2DPEA 4PUDA 3W29A 2XGIA 1IZKA 4MJ2A 1AMYA 4CD4A 5CQ1A 4CN1A 2UY2A 4GI6A 4W87A 4AZ7A 3HJEA 1RD6A 5LA0A 2O9PA 2YA1A 1KB3A 3RPMA 5AYBA 2WAGA 2O9TA 4HOZA 4N42A 1KGUA 3OZPA 1DWHM 2WHLA 1WZAA 5A6JA 4KWUA 3RJXA 3VINA 4MB1A 4EK7A 3MANA 2YBUA 1D2KA 3L2MA 3L4YA 4J3TA 3AIWA 4CGTA 3A4AA 1JNEA 3U7BA 1ODZA 4E4PA 3W82A 3UG4A 5EFFA 4CKQA 2J8GA 2O9RA 1V02E 5D8WA 4GO9A 3KEHA 1QNPA 2JFEX 5LYRA 3GM8A 4MAVA 3THDA 2JEPA 2D0GA 2WB5A 2B31A 3MUIA 3WL1A 1PBGA 1NWUA 3AYRA 3CHFA 4PMZA 4WKAA 4HPHA 1I1WA 4CN6A 4AD2A 1UR9A 4UFIA 2BHZA 3SCNA 1CGVA 1E71M 4QP0A 3BMVA 4B15A 4R5EA 2ZX7A 2J7BA 3PTQA 3L4VA 4JL2A 4QDMA 5D9PA 3AZSA 4C7FA 5GNXA 4URIA 4M82A 1UD3A 3CTTA 3WDIA 1CXLA 2A3BA 4XZWA 3W53A 3NJ3A 4K68A 1J10A 1LJYA 4HOWA 4RE3A 5EMYA 2E8ZA 3AS0A 1R8LA 2FHCA 4AZ6A 2VTFA 1E3ZA 1PZ2A 1XCXA 1TFVA 4JHOA 3MUAA 2EPLX 5D9NA 2WMKA 3ALGA 1FA2A 4W5UA 2WHMA 3CHDA 3WNOA 1W1TA 1E4IA 3THCA 5AYIA 1XH1A 5EFDA 1E1FA 4WSJA 1UKSA 3AMCA 4AEFA 4JIEA 1HP4A 3I3BA 3WF1A 2WHJA 4RE2A 3WEMA 5A6MA 4CN4A 2WC4A 2CCRA 4JFTA 1K9FA 1MWOA 1W32A 1WDQA 3CIVA 5F7UA 1K6AA 3F5JA 1US3A 3VDCA 2G3IA 4Z2GA 4AXNA 3GBDA 4J7RA 4D6IA 1MW2A 2YOCA 4CD7A 2OWCA 1C7SA 4PUEA 3D3AA 5ABHA 1ZL1A 1R7OA 4DWSC 3WKZA 1CXIA 3KL5A 4GQRA 4ZENA 1H4PA 3I3EA 4WK9A 5I6SA 1MQRA 2ZUMA 3SCSA 1D3CA 1MFUA 3UG3A 4P7QA 3OGRA 2FHFA 3G6LA 2C7FA 3UR7A 2PBGA 2WW5A 1UR1A 1QHZA 2XVNA 3WF4A 2XVKA 1HJUA 3QOMA 4OKDA 2O9OA 4UOQA 2OWWA 1ECEA 1ZU8A 1NM9A 3VIGA 2WANA 2V3EA 3W37A 2VQTA 1V6VA 3L4TA 1CNVA 1XV8A 3UERA 3GNOA 1R87A 1V08A 1KXHA 2V5CA 1E3XA 1X6LA 4LPCA 3EMQA 4TTUA 3CMGA 1V6YA 2BVDA 4QLKA 3MU7A 1UYQA 3M46A 5CGMA 4QAWA 4U3AA 4W8LA 1CLVA 2WCSA 4E8DA 3OLEA 1G0CA 3FY1A 1XYFA 4W8AA 2J7FA 3AFBA 5C70A 1FP9A 2YL9A 2GJXA 2ZXAA 1TE1A 1VRXA 3MMUA 1G1YA 1V02A 3WENA 3T2QA 4ACZA 3UR8A 3T2PA 2EJ1A 2V3FA 1UHVA 2EQDA 3LPPA 1E72M 3VIKA 3WD3A 2VCBA 3MSGA 4F66A 5IFPA 2VL4A 1J9YA 4UFJA 4MB4A 5BRPA 4OZOA 2WXDM 2XFFA 3IK2A 3VIOA 1KFWA 3AISA 3PBGA 4DWSA 4WLCA 3ZJ8A 5A6KA 2WVTA 2QMJA 4RE4A 1JAKA 3UCQA 1HVXA 4H8UA 3GXDA 1Q6DA 2VURA 1JD7A 1WNOA 2XPKA 2YA0A 1E6PA 1EGZA 5E9AA 5KEZA 1HT6A 2CERA 1EDQA 2V38A 2CNCA 1H1NA 1B3ZA 3MMWA 2GJXB 3BMWA 4Z2LA 2FGLA 1OGSA 1OINA 1UR4A 4W88A 3M6DA 4ACZB 5D9OA 2ZWZA 4AMCA 7A3HA 1XSJA 3W26A 2FDMA 2BXZA 2VUYA 4PBGA 2OSYA 4HPGA 5M3WA 2VX6A 5JIPA 1CEOA 3WNLA 2PWFA 4GI8A 3CHEA 1OD0A 5BXRA 1AQMA 5HPOA 3VO0A 1LWJA 2CBIA 1E0WA 1UH2A 1GOIA 1XD1A 4CD6A 4YHEA 2J7HA 4OBSA 2DSZA 3N1AA 4HTYA 4B9YA 1CXEA 1QPKA 4JL1A 1Z32X 3N15A 3ALFA 1XH2A 2CXGA 3WDPP 2PWHA 4HU0A 4UFLA 1KXVA 1QBAA 4B3KA 3WN6A 1CENA 1BHGA 1H0GA 5E09A 1SMDA 2VI0A 1EDTA 3VIJA 4AIEA 1LL6A 1EDGA 3CUFA 4LYRA 1MYRA 3VD3A 4S3KA 4J3VA 3D5HA 1B30A 1GQLA 4JFWA 1V3LA 2DIEA 2DSWA 3B8SA 2J77A 3SUUA 1MXDA 1AQHA 3ZT5A 3F5LA 1Q6GA 4HA4A 2OSXA 3WL0A 2XSBA 3WDQA 1JYVA 2CHOA 4J3WA 5FCZA 2DT3A 2PWEA 4JAWA 3WUGA 2JF7A 4JKMA 3WF3A 5D8ZA 1MQPA 2QF8A 3GH7A 4GXPA 1FFRA 7CGTA 1LLOA 2PWGA 1BGGA 4TX8A 4D6JA 2J7CA 1C8XA 1TMQA 4MB3A 3WD1A 3ZJ6A 3A6OA 2J47A 4FLSA 2ZXBA 1E9LA 4A3YA 3ARUA 1H3GA 1JF5A 1JI2A 4AY1A 1GOOA 1CIUA 4S3JA 4ATDA 6CGTA 1GOMA 1HKMA 3BLPX 1GVIA 1KXQA 2CKSA 2VRKA 2Z1KA 5KZ6A 4C7DA 2DH2A 1QNSA 3PZOA 1VJZA 4P8VA 4DWSD 1CBGA 1UWIA 4N0RA 3CUGA 4CD5A 2WMGA 2QHAA 4BQ5A 1QHOA 3SCQA 4PMDA 5AC4A 4PTVA 4F8XA 3WH7A 5A69A 2JF6A 5EB8A 3W6LA 1PJ9A 3ARSA 1K9DA 1P6WA 2V5DA 1JG9A 3MKKA 4A4AA 1FHLA 2DQXA 1GQKA 3RILA 3CUJA 2F8QA 1KR0A 1SMAA 3O2LA 5E70A 3NCOA 1NARA 4PCSA 3WNKA 2JIWA 1KWGA 3EDDA 2YJQA 1WZKA 4CD8A 2WMIA 3K8KA 2C8NA 1JZ3A 4AZCA 5ABFA 2VR5A 2X1IA 3WH6A 1WDPA 2VO5A 2G8ZA 3CZGA 5I2UA 1IZJA 4M1RA 2D3LA 3UEQA 1BFNA 3VX0A 1OSEA 1V6XA 4AD3A 1E4MM 4P7LA 5JBFA 4U5IA 1UD2A 3IAQA 3W27A 3G6MA 5C71A 1KXTA 2DT1A 1GOWA 4IISA 2DT2A 4JFVA 1W1VA 4D71A 2UY4A 2YLAA 3WUFA 3GZAA 2CIPA 5JUVA 3QR3A 3VD5A 2A3AA 1XC6A 1ODUA 2GFTA 4Z2KA 2ZX8A 3M7SA 5DMYA 1BAGA 3T0BA 3OG2A 1UH3A 1IV8A 2EBNA 1VENA 2WCAA 4AD5A 1X6NA 2CYGA 2E3ZA 3A4WA 1JL8A 2WMIB 3EMZA 1GCYA 5I79A 1B3VA 2BXYA 1C93A 4QLJA 1M03A 4AZCB 5ABFB 2ZUUA 9CGTA 4B16A 1G01A 3AI0A 4BQ2A 1VEPA 2QLYA 5A94A 3E1F1 2OLHA 2CHNA 2QMKA 2WMFA 4W84A 1EQPA 1ISYA 3NUKA 1KGWA 2XTKA 3OLDA 2BS9A 3ZJKA 3RMEA 3WH5A 3VM7A 1FH8A 3AIEA 2XJ7A 4Q22A 2VR4A 4JFUA 5CZKA 3WD2A 2ZICA 4HZ6A 1GQIA 4TVCA 2X0HA 4EE9A 5HPCA 1DWJM 1HNYA 3ARRA 3U5YA 1XD0A 1UR2A 2OWXA 5GPRA 2VZVA 4ATLA 1LG2A 1QI0A 4IUGA 1GJUA 3CO4A 4PMYA 2XYLA 1WDRA 2W5FA 1H41A 1ISVA 1V3IA 1W3KA 1A47A 1E55A 2UWFA 4NF7A 5AY7A 4PYSA 3B9EA 3T08A 4KRUA 4ZXLA 2VC9A 2EEXA 1B0IA 2VVNA 4XUYA 2WBKA 4HZ7A 1YQ2A 1GUVA 4TVDA 2D1ZA 1YHTA 1UD6A 4UCFA 3NSXA 1CDGA 1E1EA 1XSKA 5IXEA 3BH4A 1UWUA 1PX8A 3M07A 1UA3A 4W7VA 5A1AA 2NT1A 3PZVA 3AROA 3VUPA 2J62A 2W62A 5CGTA 3WBAA 1KWKA 3VILA 2VZOA 2D2OA 3WDJA 4UTFA 3WNNA 3WH8A 4MNKA 2X09A 1VFUA 4X0VA 3SURA 3WF2A 2XSAA 1EQCA 2E0PA 1WE5A 4TX6A 5A2CA 1W3LA 2CBVA 3OA5A 1PPIA 2AAAA 1PZ3A 4D72A 3AHZA 1JNDA 3SUTA 4WF7A 4X9YA 1E6QM 4ZFMA 3LMYA 2GUYA 1G5AA 1LWHA 2CBJA 2JEQA 2OSWA 1TCMA 2WVVA 3OIHA 1Q6CA 3AXXA 4OBRA 4W86A 4M24A 1CLXA 3J7HA 1H5VA 3DHPA 5A6BD 4WKHA 5A8OA 1NOFA 1QVBA 5CPTA 3W38A 1TA3A 1J18A 1QI5A 1W9VA 1HIZA 3TTOA 5JBEA 2WYSA 1AQ0A 2J8FA 3WDRA 3AICA 2IXVA 3PZUA 1UR8A 2WVSA 1K9TA 1JD9A 1HJQA 2DDXA 5JBDA 2ZOXA 1XH0A 2VCAA 2YDSA 3JUGA 1UKOA 3EDJA 4AZ5A 2W4XA 1F4HA 4PRWA 1TUXA 4GQQA 3MUY1 1JFXA 5BRQA 4J27A 3ZJ7A 2VZUA 4LX4A 2DSKA 1E70M 1FH7A 2J7DA 1UD5A 5M17A 4XZBA 2WVVB 1BPLB 3ARWA 2G3MA 1US2A 4M8UA 4UQEA 2EPKX 1W1YA 3TP4A 1EH9A 2ZX6A 5IFTA 5ECUA 2ZE0A 1JDDA 3SCRA 4GIAA 4ZXOA 4OOZA 1TA3B 1KBKA 7TAAA 3VIFA 2HISA 5HOSA 1QOXA 1SFSA 3RM8A 3VIMA 4M56A 3MUZ1 1HKKA 3PZ9A 4W85A 4UQAA 1TG7A 3WD4A 1AVAA 1ZB5A 2E9MA 3UETA 4FF5A 1QW8A 2BVTA 1VBRA 1JYXA 3NSMA 1VJSA 1XHGA 3VD4A 3WF0A 1E73M 3GDBA 1FH9A 1ITXA 1H0IA 1ISZA 5IHSA 2FH8A 1VFOA 3VD7A 1HL9A 1BLIA 4H7VA 4P7OA 4AWEA 5I0DA 2CETA 3FXYA 4DM1A 3WIJA 3FNDA 4IM4A 2J75A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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