5A6BA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 257
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
257
sequence length
627
structure length
612
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 257
structure length 612
sequence length 627
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bA01
2O9OA 3KL0A 4F9DA 1UWTA 2FGZA 3PZNA 1IV8A 1LG2A 2VRJA 2WZIA 3T0AA 2PBGA 4H2CA 1C93A 1V3HA 1P6WA 2TAAA 1NP2A 4J3VA 2CBUA 1UKQA 4WJXA 5FL1A 1E5NA 1GQIA 4OBSA 1NQ6A 2EQDA 1CECA 1QNQA 1JXKA 2E40A 1UA3A 4KMQA 2W4XA 3DC0A 2FGLA 5JBFA 4MTVA 1XCWA 4S3JA 1CDGA 1OINA 1LJYA 3NUKA 2V3EA 1FP8A 4AZ7A 4C7DA 1GORA 5CSUA 4YHEA 3VD9A 2WMFA 1KGWA 1V3JA 3RPMA 3VIMA 2C7FA 4W5UA 4Z2KA 5A69A 3VGGA 1GOMA 1XSIA 3W81A 7CGTA 2A3HA 1FA2A 5ABGA 1E6NA 3VD3A 1ECEA 2DSZA 3VDAA 2X0YA 3FHQA 1PZ3A 4J3WA 2QPSA 4HOZA 3ZSTA 4W8LA 4D71A 1ITXA 2BHUA 1HNYA 2CKRA 2J78A 4KH2A 4UFKA 4AZGA 1A47A 1CPUA 4XUYA 1FHLA 1PIFA 1HF6A 1UYQA 2DT2A 3A3HA 3FNDA 2XUCA 4U5IA 2XSAA 4W89A 3UR7A 3IAQA 5IDIA 3TTOA 4KRUA 3OB8A 2JEPA 1WP6A 3OIHA 1OIMA 4B9YA 4A4AA 1F4HA 4HA4A 3CH9A 3LPOA 1BTCA 3AIRA 4UQCA 3MKKA 2BNJA 5GNYA 2ZX7A 4KWUA 4U5KA 1UKPA 3KL3A 1B0IA 1JNDA 4TVDA 5ECUA 3VIGA 2YBUA 2ZX8A 1UZ4A 4AWEA 1NWUA 3WNLA 2OSYA 3EDKA 5I6SA 2VOTA 1UD6A 2Z1KA 4F8XA 1LL4A 3A4XA 1KGUA 2WYSA 4CD4A 1CENA 4JHOA 2ZE0A 4JFWA 4ZXLA 3I3DA 2D0HA 3CZLA 3W27A 3WBAA 2XVLA 1E15A 1KCKA 3WD2A 1W3JA 2WKLA 3N18A 3RIKA 1WO2A 3NSNA 3T0BA 4B15A 3F5JA 2EEXA 4CU6A 1WB0A 3W25A 4DWSD 5HPCA 3MV11 3ZMRA 2WC4A 3JUGA 1XD1A 3WH8A 4XV0A 1LF1A 2WCGA 5IFPA 4AIEA 4UQBA 3U57A 2PWDA 2QLYA 4AD5A 1V3KA 1JL8A 4W5ZA 2GJXA 1CZ1A 4LYQA 1HKKA 4JFUA 2VX5A 1E1FA 1OGSA 1TR1A 1VEMA 3MO4A 1E4NA 3CUJA 2WMJA 2QHAA 1DWGM 1CXLA 2VVSA 3IANA 4AD4A 1WZAA 1QNPA 1BYBA 2ZUUA 1B9ZA 3AICA 1NOFA 4H41A 1JYWA 1FHDA 4LYRA 4HP5A 3WFZA 2A3AA 1V3IA 5LA2A 5A8PA 2J74A 3NSXA 2D3LA 1GJUA 1E0VA 1UWIA 2WZEA 3WF2A 2JIWA 5A94A 1L0PA 1E6XM 2D22A 5A1AA 5IXEA 2ZX5A 4B16A 1E70M 1WDRA 3AMGA 2GK1B 1CLXA 2J7CA 3QR3A 1E4MM 3BAJA 1E43A 4GO8A 3WNNA 3WL0A 3PZGA 3AIQA 1JYNA 4CU8A 1AQHA 2XJ7A 4ACZB 1BFNA 5DMYA 3L4ZA 4JKMA 1ZBVA 2E0PA 1FOBA 2EXOA 1FFQA 3UG5A 3GTNA 4MNJA 2ZXAA 1DWFM 3I3BA 1EH9A 2DSKA 1NOWA 4QLKA 3K46A 4R5EA 4HTYA 3G6LA 2BHZA 3VIFA 1JAEA 1MQRA 3T2OA 1NARA 4MAVA 1GOQA 2YKKA 3VGFA 5JBEA 5JIWA 4EAMA 3AXIA 4MAZA 3NJ3A 4IM4A 4UQEA 2BVYA 4PTWA 3K4DA 3OGVA 3ZT7A 3GBEA 1EGZA 3WUEA 4J3SA 4AD1A 1CTNA 4WKFA 4XB3A 4JCLA 3WL1A 3O2LA 2OSXA 3MSGA 1BSIA 2ZXBA 5CPQA 3E1F1 2VZSA 1FFRA 1E1EA 1V0KA 3TP4A 4AD0A 1R7OA 5A6JA 2XVGA 1E6SM 3QHMA 1UD2A 2UY5A 3WD1A 3GM8A 3AYSA 4UFLA 3K8MA 2WLYA 5FKYA 2VQUA 4J27A 1Q6GA 4GZEA 3ZR6A 1HJWA 2WAGA 1GW1A 2FHCA 3GXMA 3RMEA 5GQBA 1A3HA 3U7VA 1E71M 4GZIA 5HPOA 2J47A 1WZKA 2PWHA 2X8RA 3SUUA 5A8OA 1W91A 4EE9A 3AXHA 4PUEA 5C8BB 3VD5A 1KBKA 1PBGA 2FDMA 2J25A 3OGSA 3GNRA 2G3MA 3VIKA 4W8AA 3GXDA 3SUVA 1H3GA 4HMDA 1WZMA 3WKZA 2WNWA 1E5JA 2CBJA 5E09A 1OSEA 3U7BA 1C7TA 2YDQA 3CZGA 3CUIA 3GBDA 5F7UA 3BCDA 4NRSA 4HOWA 3POHA 3WMSA 3WFLA 5EFFA 4OKDA 4WK9A 3AIEA 3WF4A 3PZVA 3AS2A 3OZOA 1WAWA 1H0IA 1W9XA 3BC9A 4HU8A 2YL9A 1UQYA 2GVYA 4UQDA 1G1YA 3IJ9A 1V0MA 3VUPA 1QVBA 3SCQA 3W6MA 1J0IA 3AFBA 2ZWZA 2OSWA 3SUSA 4CD8A 3GYCA 5IFTA 2FH8A 1Q6FA 1UD4A 1NM9A 3CMJA 3DECA 4BQ2A 4M81A 1UD5A 2O92A 6TAAA 4BA0A 2XVNA 2J7FA 3TTQA 1EDGA 3TTYA 5M3WA 4GKLA 5IHRA 1NP0A 1JFXA 2CITA 4MDOA 4Q7NA 1X6LA 4AZCB 1QI4A 2GK1A 3HU7A 4TTGA 1CGVA 2BVTA 4UZUA 3VGBA 1KXHA 2VI0A 3WNKA 2IUZA 3PZUA 4ACZA 3AYRA 4HMCA 3AS1A 1QNSA 4E2OA 3OA5A 5CGTA 1CEOA 2CESA 3CPUA 1XGZA 3WH7A 4ATWA 3RILA 1GVYA 1XRVA 1K9DA 1VENA 3W29A 1ITCA 2XIBA 4D6EA 2XFRA 2G3NA 1PX4A 2PWGA 4UTFA 2JF6A 1UA7A 4PMOA 3VMPA 1Y7VA 3WH9A 3UCQA 3ZO9A 1UH2A 2GFTA 3PTMA 5AC5A 3W6LA 3AIUA 4HA3A 3WD4A 1G01A 1JZ7A 5I5RA 1QHOA 2V5CA 1V08A 4MJ4A 1UKSA 1FP9A 5HXMA 1MFVA 1JDDA 2WVVB 1LWJA 2WMGA 2WHKA 1OB0A 1SFSA 5BCAA 1W9UA 1NWSA 2QMJA 1BPLB 2V3GA 5A8QA 3NCOA 2BXYA 1CXKA 1L8NA 3WQ4A 3OGRA 2YIHA 4FF5A 3GH4A 4JCMA 5E6ZA 1S46A 1DP0A 5C71A 3EYPA 1W9DM 3EDDA 2VX4A 2J62A 3CIVA 2PF0A 5AYIA 3MUIA 4X9YA 3PN8A 2XFFA 3CZEA 1J9YA 2RGMA 3W82A 2WWCA 2YDRA 3OLGA 2GJXB 5A2BA 4LQ1A 1R87A 5CQ1A 2BY0A 4AZ6A 3VMNA 3AQUA 3N04A 2VURA 3T0DA 1KGXA 2XGIA 1NWTA 3W53A 4N42A 4C7FA 5E6YA 4D6IA 4ML4A 2DGAA 1CXEA 4AEEA 3HN3A 4GI9A 3WNPA 1GQKA 1KQZA 2ZIDA 3CZ8A 4JHZA 2DSWA 1LQ0A 3PZ9A 1ZBKA 4J3XA 1BYCA 3WDJA 4D6DA 4IPNB 4UNIA 2E3ZA 4MB1A 4PUDA 3BSGA 8CGTA 4FK9A 1V3MA 3K4AA 3RM9A 4P8VA 1HXJA 2D3NA 2W67A 4HZ7A 4KGJA 5D9PA 3WY1A 1HP5A 3GNOA 2UY2A 1VAHA 4D6GA 1SR0A 3KWXA 5A6LA 4C7GA 1E6QM 3OZPA 3WMBA 3EBVA 4AMCA 4PMYA 4XZBA 2E9BA 3DYMA 2Y4SA 2AOSA 1KXVA 2BXZA 4AYSA 4WKHA 1M7XA 1E56A 1HL8A 3AROA 2J7EA 3K8KA 2EBNA 1H09A 1C8XA 5D9NA 1BG4A 3HMCA 2DPEA 1E4IA 1QBBA 1LLOA 1MQPA 2DIJA 4YHGA 1B1YA 4A3YA 2HVMA 5IHSA 5CLWA 1H0GA 2VNCA 4URIA 1XHGA 4AZCA 4HZ6A 1ZJBA 4PMDA 1EDTA 5A2AA 3CHEA 2NT0A 1G9HA 1HKMA 4MNKA 1UWQA 3WEOA 1ISYA 2WC7A 3CHCA 2OWXA 3AIBA 3DYPA 3N11A 1SYTA 3IJ7A 5I0DA 2V3DA 2BY3A 3VOCA 2G41A 2V3FA 2DH3A 4AZIA 4CVUA 2XYLA 1HJXA 3CGTA 1E3ZA 5E70A 5ABFB 1UOKA 2C8NA 2FH6A 1CYGA 4WLCA 4XX6A 1JDCA 3S2CA 4MB3A 1E3XA 2C0HA 1JXJA 2CETA 4W86A 3N12A 1H41A 2CNCA 1C7SA 2E4TA 3AXXA 2DSUA 3ZJ8A 3VIIA 3L4WA 4MNLA 3AISA 2Y8VA 3ZQ9A 1WZLA 3WD3A 3ARTA 3CLWA 1YHTA 3ALFA 1J0YA 5BRQA 5CLTA 1BG9A 1EOMA 3VD4A 3RCNA 3ZSSA 1W3HA 3VMOA 1UQZA 3CZJA 1MW1A 1V02E 3L4YA 3KE0A 4JKKA 2CCRA 1FH8A 2WVVA 4PEEA 1KFWA 3OLIA 1M04A 1W1YA 3VGDA 4EANA 1K6AA 4EK7A 1KR1A 4OJYA 3MMUA 4WSJA 2GJRA 4CN4A 1Q6DA 1NWRA 1R85A 4V2XA 1AQ0A 1KWKA 4AIUA 2QF8A 2NSXA 3ARQA 1GUVA 1WE5A 1QOXA 4Z2GA 1HJQA 1E0WA 1GQLA 1EO7A 3EMCA 4JL2A 3W37A 3POCA 3APGA 2CEQA 2XWEA 4Q22A 3EMQA 2OWWA 4QDMA 1TA3B 1EO5A 1V6UA 4H8VA 3WF0A 5A6BD 3AIVA 4P7LA 4Z2HA 4XZWA 4ACYA 2BS9A 4B3KA 1UR0A 4TX6A 1UHVA 1K9TA 1JZ6A 1B3VA 1UH3A 3BAWA 4ATDA 2W61A 3RDKA 3ECQA 2GSJA 2VX7A 2VO5A 3ARSA 2WBKA 4DUXA 4UZSA 3SUTA 1JDAA 4DUVA 3M7SA 5CJ5A 4BQ4A 2E8YA 3PHAA 3SCVA 3WQ6A 1G94A 5ABHA 5A2CA 3N15A 4W84A 1ISVA 2W92A 4W87A 2D23A 4D6CA 1CGWA 2OWCA 2WSKA 3THCA 5CPSA 5TD4A 2AMGA 1HX0A 4YPJA 3KEHA 4CGTA 4H04A 4TVUA 5A95A 1CGUA 1JF6A 3EMZA 1Q6CA 5LYRA 4ZXOA 3MSDA 2J7BA 5HDRA 1JZ3A 3W38A 1V6XA 2BHYA 4DWSB 3WNOA 3VD7A 1E9LA 2D0GA 3FAWA 5DT5A 3ZJKA 1H5VA 1QW8A 2WVSA 5GPRA 2DQXA 4M82A 2VZOA 1PX3A 2O9PA 1VFOA 3W28A 4P7QA 1ESWA 1H11A 2WMHA 3WH5A 3PTQA 3VDBA 1MXDA 5AC4A 4MPKA 3SUWA 4H8UA 4CCCA 4J3UA 4JFVA 3CBWA 4UQ9A 1J11A 1BQCA 1I1XA 1CBGA 1V6VA 2XVPA 2EPLX 2OYKA 2W5FA 1J12A 2WCAA 1F4AA 1DWAM 2XFYA 4BF7A 9CGTA 4W7VA 2DH2A 3FHAA 3NYDA 3UG4A 1J0HA 1RD6A 3N1AA 4LGXA 1E6ZA 1E55A 1JYXA 4QFUA 5D8WA 4B3LA 1RPKA 3GDBA 1C8YA 1H4PA 5ABFA 3QGVA 8A3HA 4E4PA 1KBBA 2J7HA 1QNRA 1AQMA 2DIEA 2O9TA 3B8SA 4CD7A 1BHGA 1ZB5A 4AZ5A 3AHZA 4Z2IA 2XPKA 3RM4A 1CXHA 2OYMA 5CXPA 4HPHA 1W2PA 2CXGA 3KL5A 1GOIA 3BGAA 5BXRA 1C91A 4U2YA 4PMUA 3AZRA 5I77A 2F61A 3G6MA 5FCZA 4GQRA 2OLHA 1J0KA 2UWFA 1UKOA 5A6SA 4RE4A 5M5DA 4GIAA 1CXFA 2D20A 2A3CA 3T2PA 1J10A 3ARXA 5CSYA 5E0FA 1JZ2A 2DEPA 4TXEA 3T09A 3UEQA 1DWHM 3AMLA 1UZ1A 3L2LA 2XSBA 1RP9A 1TMQA 4HMEA 4JIEA 4F9JA 3WF3A 1TUXA 4CCEA 5LA0A 2J7DA 4B9ZA 3UERA 3RO8A 2YBTA 1IZKA 3LMYA 1TVNA 4BQ5A 2VC9A 2WXDM 2HISA 2IXUA 2G3JA 3VM5A 4LX4A 2ZX9A 1E72M 1UD8A 5HOSA 1JFHA 1YQ2A 1EQCA 4GPNA 1XC6A 1HT6A 4MJ2A 3AHXA 4X0NA 4PMNA 1MWOA 5E0CA 3WNMA 4UFIA 4NI3A 1UKTA 1LL6A 4V27A 4AC1X 2WKGA 5EMYA 2XVKA 3ARYA 3MMDA 1TA3A 3NIYA 2VX6A 5HNNA 3VX0A 4W8BA 3BLPX 3VGEA 5A8MA 1Q6EA 4W93A 2PBOA 3B9DA 1OIFA 4RE3A 2VR5A 4LXFA 4GI6A 1E4LA 2DT0A 1WDPA 2YLAA 3N9KA 4AD2A 3AOFA 1XV8A 3ZM8A 3N13A 3QOMA 1JI1A 1UWSA 3BMVA 3TOPA 3WF1A 1B90A 2PWEA 1PPIA 3EDEA 4UQAA 3ZT5A 1NH6A 4N0RA 3CO4A 2VZUA 1WDSA 1V6YA 4OBRA 1GJWA 1I1WA 1OT1A 2NT1A 1ISXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2O9O A;  3LTP A;  4L6H A;  3F4W A;  1HMD A;  3V5Z A;  1LG2 A;  2WZI A;  1Q45 A;  5H8M A;  2PBG A;  4YTQ A;  4IQL A;  4AX6 A;  2CLM A;  2PDM A;  1PDY A;  1VLW A;  3B29 A;  4FNS A;  2IHR 1;  2VFH A;  4MWA B;  2CBU A;  5FL1 A;  1E5N A;  3Q67 A;  1GQI A;  4OBS A;  1TJ1 A;  2EMY A;  5HUL A;  4AC7 C;  1MEW A;  1FFT C;  3GAK A;  4WY0 F;  1JXK A;  2ZM6 E;  1QDS A;  2FTP A;  4KMQ A;  3DC0 A;  2QV5 A;  3HG3 A;  4EF8 A;  5JBF A;  1EH7 A;  4S3J A;  3VI2 A;  1CDG A;  3CAX A;  4DNM A;  4C7D A;  2PNO A;  1XIG A;  3G1H A;  4WGX A;  3VD9 A;  2WB7 A;  2YWA A;  1BEU A;  3RPM A;  1YA9 A;  4S2C A;  4W5U A;  2HUJ A;  1KD0 A;  5A6T C;  3W81 A;  7CGT A;  2A3H A;  1UB3 A;  1W3T A;  3PP7 A;  1AH5 A;  2WKJ A;  1E6N A;  2I9U A;  4DBR A;  2DSZ A;  4NIR A;  2CLO A;  2HS8 A;  1QUM A;  3ZST A;  2QNL A;  2QGH A;  1ITX A;  3DH7 A;  4IMD A;  4XEV A;  4NNB A;  5GVJ A;  3P0X A;  4UFK A;  1E86 A;  5CG7 A;  1A47 A;  3S1X A;  2HRO A;  1HF6 A;  2H3D A;  1GVR A;  1UYQ A;  1RKE A;  5B3I A;  3W72 A;  3O1N A;  4JX4 A;  4WSH A;  4DR6 E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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