5A6BD

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 259
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
259
sequence length
626
structure length
616
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKMSIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
total genus 259
structure length 616
sequence length 626
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
D PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
D PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bD03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bD02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bD01
2GSJA 3OA5A 1HJUA 5AY7A 2D20A 2JALA 3VGEA 2ZXAA 1E6ZA 4BZYA 5LA1A 3W24A 1HF6A 4P7OA 5A6AA 1JIBA 2WVVB 4PRWA 8A3HA 5A3HA 2ESCA 1WO2A 2EO7A 1TFVA 2VURA 1PZ3A 2VC9A 1J18A 1G9HA 2JE8A 3SCWA 2CYGA 4J3VA 1E0WA 1P6WA 5CZKA 4M8UA 3S6TA 2GUYA 1GJUA 4PCSA 2BXYA 4JAWA 5BWFA 2OYLA 2EPMX 2DT3A 3VIOA 3CUJA 4HA4A 1IZJA 4W7VA 2GJXA 4PTMA 2VUYA 4MB3A 4D6FA 3GH4A 5GNXA 1ITCA 4N42A 4Z2LA 5I24A 5A6KA 1UOKA 4ACYA 3UR8A 3CLWA 3NSNA 4ZXOA 2BXZA 4S3KA 2DIJA 1AVAA 2O9OA 3PZMA 4JCLA 1QW8A 1VEPA 3F4VA 1W2PA 2CBUA 3L4TA 1VJSA 3NSXA 1OBAA 4UQCA 5A8NA 2ZUVA 4OOZA 2GVYA 5CSUA 4A3HA 3WNPA 4QP0A 2J74A 5IFPA 2VR5A 3GNOA 4CN6A 1K9EA 4AW7A 1OGSA 1FP8A 5A69A 1CIUA 4UOJA 3A4AA 4FF5A 1LLOA 4H7VA 1FH8A 5EFFA 3CMJA 1TMQA 2XUCA 4WSKA 3WD1A 2YDRA 2BHZA 2CKSA 3DYPA 2J62A 2WCSA 1GZJA 4R5EA 2DH3A 2VVSA 4J3TA 4P8XA 3ZJ8A 3N9KA 3VD3A 1HKKA 4D6CA 2O9PA 2YLLA 1G94A 1OWQA 1KWKA 2WC3A 1XHGA 4PUDA 2X8RA 3W82A 3WMCA 4P7RA 4F8XA 6CGTA 1SMDA 3BC9A 3GYCA 1UQYA 4AD2A 3OGSA 3L4XA 5EFDA 3BAYA 3AHTA 4EAMA 9CGTA 1CZ1A 1HX0A 2VO5A 3CTTA 4HOWA 4AZCA 4EANA 5BRPA 2WAGA 1G0CA 1VBRA 4UFLA 1GCYA 3VMNA 1UD2A 4GI6A 3WF3A 1UD4A 4ATWA 3DC0A 1W3KA 2OYKA 1HVQA 5GNZA 2FH6A 5D9MA 1H0IA 4QCFA 3RM8A 2W62A 3PZGA 1HVXA 4B3LA 4P8UA 2EBNA 1GOOA 2D1ZA 1DWFM 3AZSA 2DEPA 1BPLB 4J28A 4W93A 4ACZB 2VOTA 3PTKA 3WDHA 1UR8A 1JGIA 3W6MA 3ZM8A 1QW9A 4KWUA 3KL3A 1EA9C 3VX1A 3W28A 3GBEA 2WHLA 1GHRA 1E15A 4PMUA 4PSRA 1ZJBA 4JFSA 1V3MA 1E71M 3PZTA 1E6RA 4AWEA 2V3DA 3TP4A 4WIWA 3N15A 5JIPA 4FLRA 2ZXQA 2J7GA 3WNMA 3G6MA 5IHSA 2YOCA 1U30A 2J78A 3CZGA 3WDPP 4UQ9A 4C7FA 1HP4A 1EO7A 2GK1B 1E40A 3GH7A 2VZUA 5I77A 5LA2A 4Z2GA 3GZAA 5A2BA 1YQ2A 2XSBA 3WL1A 1TZ7A 4AY1A 4R27A 4PMZA 1B3VA 1J0IA 4DWSA 1JNEA 4TXEA 1JNDA 1C8YA 1VRXA 1J0HA 5M03A 3RO8A 1NWUA 5TD4A 2AMGA 4CD7A 2ZUTA 1LL7A 3BH4A 3MU7A 4MTVA 5HDRA 2VRKA 4AIEA 4KMQA 3J7HA 3M46A 1DEDA 3ARWA 4EK7A 1D7FA 1CTNA 3WNLA 3CZJA 1ISYA 1O7AA 1KWGA 4CVWA 3VD7A 1FFRA 1TCMA 2UY5A 4UOZA 2E3ZA 2XYLA 5D9PA 3VD9A 1HXJA 2ZIDA 3FAWA 1E1EA 1XYZA 1GOQA 5A2CA 4UTFA 2IUZA 1UWTA 4W7WA 3OBAA 1JYVA 2X2YA 1IZKA 4UQBA 2W5FA 1BF2A 1OGGA 2D23A 4AD4A 1CGXA 3MSGA 3RJYA 5ABHA 1C7SA 1BG9A 4F66A 2X05A 2QLYA 2F61A 3WH6A 3OLEA 1ZBWA 4OUEA 1X6LA 1XGZA 2V5CA 1C8XA 1KXQA 4PMXA 1QNOA 2C7FA 3L2MA 2WW5A 3AZTA 4V28A 3RCNA 4GXPA 3WQWA 2J79A 4NF7A 1BG4A 1GOWA 5CLTA 3PN8A 1WZKA 4UCFA 3W29A 3WDJA 3FN9A 3AYRA 4PTXA 2YA1A 1WB0A 3VU2A 2HISA 1HJVA 3WENA 3D5HA 2OSWA 3EDKA 3LPOA 3VILA 2PWGA 1H1NA 5CPQA 2WWCA 4F9JA 2WC7A 3KWXA 1BHGA 1W9XA 2ZXDA 2J7FA 3GBDA 7TAAA 4B3KA 2CERA 2O9RA 3OG2A 4CU6A 5JBFA 1QI0A 3MS8A 3W53A 1B0IA 1W1TA 3WNNA 4RE3A 2YL6A 4XUYA 2FH8A 1WZAA 1GQJA 1EIBA 1H2JA 5BCAA 1M03A 4HZ7A 1E56A 2OWWA 1UWSA 1QHOA 4HMEA 1FA2A 3K46A 3ARQA 5DT7A 2OLHA 4WK9A 3O6AA 4Z2HA 3N1AA 3CHEA 2CIPA 1V3JA 2V3FA 2YDSA 3VPLA 1CGVA 1E55A 2JFEX 4D6GA 1C92A 4AYSA 2NW0A 3ZR5A 5AC5A 3BCDA 1V08A 3VD5A 3A3HA 1UYQA 3K8MA 1E73M 2WKLA 3GTNA 2XG9A 3CZKA 2JIWA 3AIQA 3ZR6A 4CGTA 5DEZA 3WNKA 5CLWA 2W61A 1ISXA 3ALFA 5E70A 4LYRA 3GM8A 5M17A 1QNRA 1I1WA 2Y2WA 4D72A 2CNCA 3GXIA 5LA0A 3AMLA 3VX0A 3B9DA 5EMYA 1C93A 4UZUA 4QLJA 4H41A 4AZBA 3MUZ1 2E8YA 5ABFA 1JD9A 2CEQA 4AEFA 3AXXA 2QPSA 4UFJA 4WF7A 5KEZA 3MO4A 4MPKA 4B9ZA 4HMDA 3VIPA 2DPEA 5M3WA 2YA2A 1EDTA 4J3XA 3PZ9A 1CWYA 1E0VA 4F79A 1G1YA 3VDBA 3UG3A 3KL5A 2J75A 2D3LA 3B9EA 4JCMA 2XVLA 4UR9A 2JIEA 3PTQA 4UFIA 4J3WA 2CCRA 4W5UA 2WANA 1JZ6A 3WF0A 3BAJA 5I3DA 4HU0A 5A1AA 2DSUA 4ZEPA 1UD6A 3EDJA 1R8LA 3GNRA 1ISVA 3QGVA 1A47A 1E6NA 5CQ1A 1E43A 3IK2A 2YDQA 4U31A 1KBBA 4MAVA 3L4VA 4M80A 3VIGA 3CUFA 4GI8A 1M7XA 1GJWA 4JFTA 2W66A 1OD0A 4Y7EA 2D0HA 2WC4A 4D6DA 2A3HA 3BAIA 2NSXA 5A6BD 4ZXLA 1XD1A 3VOCA 1GQKA 2VJXA 4UNIA 3E1F1 2A3BA 1FH7A 1GUVA 4ATDA 1X6NA 4JFVA 2BY0A 1PPIA 1Q4NX 2VZTA 2BNJA 2PB1A 3ECQA 2WPGA 1GOIA 1IT0A 3SUSA 4YPJA 3II1A 1CEOA 3CH9A 2C8NA 4HA1A 3WELA 5C71A 1XC6A 5FOOA 3HJEA 4AD5A 5BXRA 3AIVA 4IPNB 1O6IA 3LPGA 4N0RA 1E4MM 3UR7A 4D6HA 1C3FA 3BSHA 3POCA 2XWDA 3EBVA 3WUGA 3OIHA 4LXFA 1NWSA 3CMGA 1PEZA 3FNDA 1QI2A 4U5KA 4MDOA 3HN3A 3U7VA 2BS9A 4IUGA 1RPKA 4MJ4A 4URIA 1GQLA 2DGAA 4MAZA 2J7HA 2VTFA 4QLLA 3POHA 2WMJA 2WZEA 2YBTA 4A3YA 1DHKA 1OIFA 1JZ5A 2ZX5A 1SFSA 1XH2A 3WEZA 3VKKA 4B9YA 1XSKA 1NWRA 5A94A 4Q7NA 1HJSA 2W63A 3AIEA 3NSMA 1V3KA 2E8ZA 2PWDA 1B90A 1EDQA 4WKAA 4XV0A 3CPUA 4HPGA 4W7UA 5E0FA 4GZIA 2PWHA 3WQ6A 5I23A 1OIMA 3PZOA 1H4PA 3AQUA 3K1DA 3MKKA 1BTCA 1XH0A 1JZ3A 4W8LA 4W86A 4GO8A 3BMWA 4CCDA 3WBEA 4BQ3A 4UQEA 2VT0A 1V3IA 1BVNP 1H3GA 4JHZA 2EPNA 5BXSA 1MFUA 1BLIA 3W26A 3W0KA 4CKQA 1YHTA 3WNOA 2PBOA 1JF6A 1EHAA 2CBVA 5EBAA 1JYXA 4GIAA 2WXDM 3T0BA 2D3NA 1UKPA 5I6SA 4AZGA 3AICA 4PTWA 3UG4A 4P8VA 1AMYA 3WH5A 1KGXA 3VTRA 4JKKA 3AHZA 3WH7A 2J47A 1Q6CA 2WBGA 1MW2A 4QCEA 1OT1A 2F2HA 1R85A 1GHSA 4MB5A 3EMZA 2VX4A 2G4FA 3OLDA 1UA7A 2V5DA 1XCXA 2WK2A 3VGGA 2J8GA 2BVTA 3ARSA 1JI1A 3RMEA 1H09A 4L4PA 1PAMA 2ZUNA 2J25A 1NWTA 5FCZA 1QI3A 4EKJA 7CGTA 3IJ8A 1W9DM 2XHYA 1UH2A 1E3XA 4LQ1A 1JZ4A 1CLXA 1US2A 1PZ2A 2WLYA 3DHUA 4WSJA 1B1YA 3GDBA 1EO5A 2Y5EA 4MNKA 1L0PA 1UR0A 2CETA 2PI6A 4HMCA 2XFYA 1MFVA 2ZUMA 4AD1A 1H41A 3TTSA 3CIVA 4NI3A 3VVGA 2J77A 3ZT7A 2ZICA 1KR1A 3K8KA 3BGAA 4X9YA 3AS0A 2GDUA 5CJ5A 5CPTA 3WBAA 1H11A 2W92A 4L4OA 4MNLA 1UR4A 2WZIA 1ISZA 3ARZA 3NYDA 4YHEA 1K9DA 4UZSA 3PHAA 3VO0A 3AS1A 4JFUA 2VMFA 3CZLA 2BY2A 4HU8A 1Z32X 4BQ2A 4AC1X 4LYPA 5BXPA 3AMGA 1HKJA 1JDCA 2WMHA 3IAPA 4ZENA 4GINA 4AD0A 2X0HA 1JDDA 1G5AA 1XSJA 1RD6A 3AYSA 4XZBA 3WDQA 4DWSC 4B15A 1UWQA 4CD5A 3CUHA 1UKSA 3OGVA 4PMDA 2VX7A 3BAKA 4PSPA 1GONA 3RM4A 3AJ7A 3EMQA 1M04A 4XX6A 2ZWYA 5A8OA 1CGYA 3F5LA 3MSDA 3NUKA 3RIKA 2Y8KA 2DSZA 3FY1A 3WFLA 1HJXA 2D22A 1JAEA 5E0CA 4W5ZA 5E9AA 4AEEA 4NRRA 5D4YA 3ZIZA 1UKQA 1HJWA 1QNPA 4NRSA 3SCQA 3TA9A 1WNOA 5A6BA 3RM9A 1KCLA 2YA0A 5A6SA 4Z2IA 2YL9A 1DP0A 3QOKA 2MANA 4PMVA 2WVUA 3M7SA 1RP9A 3AXIA 4TX6A 1HL9A 1VB9A 2WVVA 4CD8A 3WUFA 1WE5A 3IAQA 5I79A 1CGWA 5AYBA 3FHQA 3NDZA 1J0ZA 1CLVA 4PMOA 2XTKA 3ARXA 3AISA 3ARTA 1DTUA 1QNQA 3ARRA 1CDGA 3SCUA 1W9BM 4P7NA 3U5UA 4IM4A 3GXDA 4NZCA 3W6LA 1MYRA 4PN2A 3T0DA 3I3BA 2XM1A 3WIJA 3WMSA 1HN1A 1BAGA 1NOWA 4DUXA 2XJ7A 5JBDA 2V38A 4K68A 2ZX8A 1CBGA 2CBJA 5D8ZA 1V03A 4V27A 1BYBA 3IJ7A 1VEMA 1CPUA 3OLGA 1J0KA 2X0YA 1B30A 1ZBCA 2WCGA 3T2OA 1X1NA 5FL0A 4CU8A 1M01A 2A3CA 1N82A 1DWGM 4WLCA 5F7UA 2DT2A 3DHPA 1BQCA 1JAKA 3OB8A 3IJ9A 3WQ4A 4HP5A 1S46A 5HPCA 4TTGA 3W38A 4MNJA 1QI4A 4E8CA 3UESA 4W89A 1J0YA 1VENA 4PMRA 3VM7A 1GPFA 5KZ6A 4BS0A 2G3JA 1CXFA 2ZE0A 3M07A 3AIUA 1J10A 1MVYA 2ZUSA 3BLPX 1UUQA 1H0GA 2WMIB 2WM0A 3MMUA 1WDRA 1Q6GA 3SIMA 1UKTA 2XSAA 3W81A 2WMFA 4W88A 1W2VA 3WQ8A 5D8WA 5JBEA 1KXVA 5A95A 2VZOA 3N04A 5C8BB 1WCGA 4UQAA 3CZ8A 3OZPA 1US3A 1V6WA 1C90A 4QDMA 3U5YA 1E4LA 3APGA 3CZEA 4PMNA 3ARVA 1HL8A 3G6LA 1GNXA 1SYTA 1TA3B 1WDSA 3WD0A 2G8ZA 4B16A 3ZJ7A 4GQRA 4U3AA 1WAWA 1ODZA 2EPKX 4M81A 1Q6EA 3HMCA 3N12A 5IFTA 4D6EA 4AZ5A 3UEQA 2VRJA 2VVNA 5A2AA 3VDCA 2WZHA 2CITA 2W4XA 4YN5A 3SCOA 5A8PA 2WSPA 3VDHA 3EDFA 2VX6A 1JI2A 1BYAA 2Z1SA 2PF0A 1ISWA 2WB5A 1OSEA 1QHZA 1VFOA 3W4RA 1FH9A 1BSIA 4CD4A 4D6JA 4KGJA 5ABGA 5FKYA 2J7CA 4PCTA 1EH9A 2BHUA 2DIEA 2WVTA 1ECEA 1NP0A 4C7GA 2XPKA 2V3GA 1B2YA 1GOMA 1V6XA 4MJ2A 4U2YA 3WF2A 5DMYA 3FHAA 2DSWA 4GKLA 2E4TA 1XYFA 5E6ZA 1TE1A 1WZMA 3VM5A 1GORA 5IHRA 2GJXB 2XM2A 5GQBA 1V3HA 1CXLA 2YLAA 1B9ZA 4JHOA 3VGBA 2UY2A 1BFNA 1E4IA 5A6LA 3K8LA 1MXDA 3PZUA 4H8UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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