5A6BD

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 259
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
259
sequence length
626
structure length
616
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKMSIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 259
structure length 616
sequence length 626
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
D PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
D PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bD03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bD02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bD01
3RCNA 4QP0A 2DPEA 1E0XA 3NUKA 4S3JA 2CERA 1W2PA 2PC8A 4AZCB 3CUJA 2UY3A 2ZUSA 4Q7NA 5E6YA 2PF0A 3D5HA 5BYWA 1UR9A 1MFVA 2WSKA 5CG0A 4UQAA 4BQ2A 1HJVA 1CYGA 4KRTA 4P7LA 1V3JA 2VURA 3VDHA 4GI6A 3VIIA 1XYZA 3G6LA 3ZT5A 5C71A 3VDAA 3SUWA 3RM8A 5HOSA 3OBAA 1XD1A 4UFKA 2WNWA 2XM2A 5I6SA 1QI3A 2EPNA 2WAGA 1M04A 3HN3A 5ABFA 4OZOA 3FAXA 1UQZA 3II1A 3N15A 4AD3A 3WNMA 5JIPA 1OIFA 2XGBA 3MSDA 2W92A 1V0KA 4FF5A 1WNOA 3ARZA 4L4PA 3O6AA 4TVUA 1A47A 1ESWA 2WXDM 1GJWA 5A69A 1GNXA 1NWUA 1E70M 3MSGA 4P7QA 2WZEA 2WYSA 2CESA 4CN6A 3KZSA 2VR4A 2E4TA 3PTMA 1F4AA 3ALGA 4LXFA 1TUXA 1ZU8A 3ARRA 1ZS2A 5CZKA 3UEQA 1IV8A 3PZUA 4P7NA 2W61A 4MB5A 2WVVA 2G3MA 2ZX5A 3BAWA 3SUSA 4J3TA 5JUVA 5A6SA 1E71M 4M56A 3IAQA 1C90A 1GVYA 1UWIA 4HZ7A 1Z32X 1SMDA 1H5VA 1KWKA 2Y5EA 3CHFA 4D1JA 5C70A 1VEOA 3GNOA 5D8WA 3AXXA 3QHMA 3KL3A 1SMAA 2W66A 3VTRA 2WZHA 1OD8A 4CN1A 3SCQA 3EDFA 1KBKA 1U2YA 2J78A 3RILA 2J25A 1JGIA 4ZEPA 2VI0A 1DP0A 1WP6A 4PMRA 4ZFMA 1W9BM 1TA3A 2Q8XA 3WNKA 1OBAA 2YL8A 3LPGA 1B3XA 4R5EA 4GO9A 4JAWA 4PBGA 3G6MA 1EHNA 2ZXBA 2YA0A 3VUPA 3ARVA 4M1RA 2WHJA 2XGIA 3WQ5A 1E3ZA 1M7XA 4M24A 4WIWA 3K8MA 3L4TA 3ZM8A 4BF7A 5D8ZA 2XVPA 4GQRA 3GBDA 1KXHA 2ZX6A 2C7FA 2ZICA 2WANA 1CGVA 1CGUA 5BRQA 4ZXLA 2VCCA 2XVLA 1OGGA 4JL1A 8A3HA 1VEPA 2ZXQA 2CIPA 4KWUA 4BA0A 1K9DA 3VGHA 2XTKA 1DWIM 2J7CA 1TFVA 3TTQA 1X6NA 1GVIA 2GUYA 4A4AA 2ZUVA 2J75A 4GINA 1V3IA 2GJXA 3QHNA 3EDJA 1JZ4A 2FGZA 3HJEA 3F4VA 1WPCA 1OGBA 1JI2A 4P7RA 4QFUA 5ABHA 1JF6A 2EBNA 2X2YA 1CXHA 3GXDA 4Z2IA 1E9LA 4K68A 4V27A 1XH1A 3PZOA 1H11A 3WF2A 2GDUA 3F5JA 1V0NA 3KWXA 1NM9A 3RM4A 2BVTA 1BPLB 1J11A 1E73M 2JEQA 1G94A 1I75A 1UD8A 5A2BA 4DM2A 3WL1A 1E0WA 4U2YA 3QGVA 4NF7A 1LL4A 2OWCA 1JYVA 5M3WA 1OT1A 1NOWA 3BAJA 3EMCA 2V5DA 1B90A 4ZENA 4LQ1A 2VCAA 4B9YA 2XSAA 4M82A 3WNPA 2OYLA 2CHNA 4DUWA 1W1PA 1E5JA 1Q6DA 1ZBWA 5A8MA 4H2CA 2CITA 1CBGA 3NYDA 3MO4A 2XSBA 3WUBA 1CNVA 2OSYA 3BXWA 1FP8A 1ZL1A 1HNYA 4HTYA 3TOPA 4OJYA 5CLWA 2WLYA 3BSGA 3VOCA 1FOBA 3K46A 4FLQA 1MFUA 3BAKA 3UERA 4X0VA 2D1ZA 2WBKA 3AZSA 1LLOA 3DC0A 3SCVA 1GQKA 1EOMA 3SUTA 1KGXA 4GZIA 5BCAA 4MAVA 4AD1A 2X09A 4UQDA 1BG9A 3NCOA 3WSUA 2OLHA 2CHOA 4CN4A 1BYBA 1PEZA 5CLTA 3MMDA 4FK9A 1EOKA 4LGXA 3AMCA 3W38A 3W37A 3RM9A 1TR1A 3BAYA 5CQ1A 2BY0A 4ACZA 4AZ5A 1HN1A 3VM7A 4C7DA 1R8LA 3RO8A 5A6BD 1RP8A 3CBWA 4MDOA 4C7GA 3T0DA 1FHLA 3VIOA 3AMGA 4WLCA 1GQJA 2ZX7A 1MQRA 1JZ3A 1XC6A 1EDTA 3BMWA 4HOWA 4PCSA 1EGZA 1J12A 1MWOA 4CKQA 3THCA 4HU8A 1TG7A 2NW0A 5A94A 5A8PA 1C92A 1J10A 2WC7A 1EHAA 1ZBVA 4XX6A 1UH3A 3GNPA 1P6WA 3MV01 2CEQA 4EE9A 3WQVA 5ABEA 1OSEA 3BGAA 4JCMA 3GTNA 3WD0A 3W82A 2EXOA 4HU0A 4CUCA 3L2MA 4AD2A 1CGTA 3A6OA 4PMYA 1W3KA 5I2UA 1C8XA 1NWSA 5D9OA 1KXQA 2V5CA 3B9DA 1DTUA 3IJ7A 3WELA 3CZEA 1JYXA 4E8CA 2BNJA 3VDCA 2WBGA 1B31A 3BAXA 2J77A 2JF6A 2XVGA 2BHUA 5TD4A 4W8BA 2XYLA 4J7RA 3CZJA 3WKZA 1G5AA 3AQUA 3M7SA 1X1NA 1GOIA 3ARXA 1UD4A 1UWRA 2VC9A 3SCRA 1E6RA 5CSYA 2XIIA 4J3SA 3PTQA 3VIJA 5E0FA 1Q4NX 3AIRA 4GXPA 4XV0A 4TX8A 2J7DA 2Y2WA 3RMEA 3WQWA 5M5DA 4E2OA 2DT0A 1DWGM 3ZT7A 1JAEA 2VX7A 2E8YA 2DGAA 5I23A 3OLEA 3ZMRA 5M17A 3E1F1 1AQMA 2XG9A 1JL8A 1C3FA 3WNOA 4PMDA 4JHZA 4UQEA 4LYQA 3WNLA 3OIHA 3GH4A 4GQQA 1C8YA 3QOMA 2G4FA 1JZ2A 5D9PA 3WMBA 3SCTA 2G3JA 5I77A 1BAGA 4AMCA 4PMNA 4AWEA 5CXPA 3VD7A 4YN5A 1NP2A 2PI6A 1ISZA 1OWQA 2XPKA 2EJ1A 3A4WA 1JXKA 3LPFA 1NWTA 4W88A 1HJQA 1C91A 3QHOA 4H8HA 4PMZA 3WEOA 2FGLA 3AIBA 1OB0A 1OT2A 4UFIA 3A47A 5HXMA 4MADA 1JNDA 4J3WA 5DMYA 1QNQA 5CPQA 4WKHA 1CGWA 2DSWA 3MUIA 4P8UA 1UOKA 1MQQA 1KCLA 2PWDA 3OA5A 1H09A 2UY2A 1HJWA 4F9DA 1UH2A 1W9VA 3CHDA 1WB0A 2CCRA 2E0PA 3TTSA 1W3JA 2VR5A 4W8LA 5EFFA 1QHOA 4AZIA 1C7SA 2WWDA 3T0BA 1HKMA 1H4PA 3FAWA 3T2OA 2OWXA 4ATDA 3LPOA 5A6LA 1B3VA 4RE2A 1RH9A 4R27A 4Y7EA 2VX6A 4UQCA 4JFWA 5EFDA 4YHEA 1UZ1A 3A4XA 1H1NA 1DWFM 4BQ3A 2XM1A 3GH7A 1JFXA 3AS2A 2XIBA 4M8UA 4TVCA 1V6YA 3U57A 5ABGA 4QAWA 2JFEX 1KGUA 2O9OA 1XD0A 2J7GA 4GI8A 3VU2A 3U5UA 4JFUA 1UQYA 2YLAA 3AIEA 2CETA 2BY2A 3WDQA 3MUZ1 1VIWA 2E9LA 3W0KA 3CO4A 1LL7A 2YJQA 2D0HA 9CGTA 4W7WA 1M01A 3CH9A 3EMQA 4D6DA 3BC9A 3KEHA 1E6PA 4DWSA 1CECA 4PEEA 1NP0A 2WC4A 1MQPA 4PMVA 4P8WA 1LF1A 1TVPA 3AS1A 3OLIA 2QLYA 4J27A 4PCTA 3WUEA 6CGTA 1CZ1A 4AIEA 3CUFA 4M80A 4IPNB 3GXFA 1WE5A 3U7VA 1SYTA 2X0HA 1UKSA 1E4LA 4AZ7A 1GQLA 4LPCA 4N0RA 4MB4A 5FOOA 3PZQA 2J7HA 3TP4A 4RE4A 4B9ZA 5BXRA 1UH4A 1QNOA 4MPKA 3EDEA 1S46A 2J8FA 3DHUA 3UG5A 2ZWYA 4PTWA 5CGTA 2ZUTA 4XZWA 3PN8A 2FHCA 4J3UA 1G1YA 3FHQA 4JKMA 7A3HA 7CGTA 1XYFA 5IFPA 2PWGA 5JBEA 1J0HA 1V3MA 2DIJA 4PMQA 2CPUA 4AYSA 1EO7A 4CU8A 1EDGA 1RPKA 5AYIA 4OKDA 4W86A 1CPUA 3WFZA 2YBTA 4GKLA 4PSPA 1AVAA 5IXEA 5JBFA 1XSKA 4MNJA 4AY1A 2E9MA 1FH7A 5ECUA 5BWFA 1C8QA 3GXIA 5AC4A 1Q6EA 2PWHA 1KXTA 3BLPX 3WBAA 4FMVA 1BHGA 2VO5A 5A95A 2C8NA 2V3FA 3WDRA 3GM8A 3T0AA 1R7AA 4TTGA 1HVQA 1K9TA 1UYQA 2EPOA 4UOJA 1BG4A 1FP9A 3WDHA 1BYAA 5A6AA 1B3WA 1NH6A 2J4GA 4BQ5A 2OYMA 3CZGA 4PTXA 4D6IA 1YQ2A 4OUEA 4HMCA 4W87A 3ZOAA 2A3EA 3BCFA 3OZPA 5FD0A 2GVYA 4AEEA 2WVUA 4CU6A 1HKJA 4DM1A 2UWFA 2QF8A 2Y8KA 1W3LA 2RGLA 4C7FA 3WH9A 1XH0A 3AXHA 1FH8A 1CEOA 4U3AA 1K6AA 1KB3A 2QMJA 3W24A 4D6JA 2JIWA 1A3HA 1W3HA 1ZBKA 4JFVA 1V08A 3IANA 1IZKA 3IJ9A 3KL5A 2E3ZA 1E4NA 1W1VA 3ZJ7A 2D24A 1OM0A 2YL6A 2Z1SA 3SCPA 1V6VA 1V3KA 5E9AA 2O9RA 1E6QM 1J0IA 3CLWA 1W1YA 1TCMA 2IUZA 4CD8A 2F8QA 2AAAA 3IK2A 2MANA 1JZ8A 3RJXA 4UQ9A 1C7TA 2CXGA 2QHAA 1CXLA 2CKSA 1E56A 1R87A 3ZIZA 3VGEA 3RPMA 2DSKA 2VTFA 3ZSSA 2IXVA 1PZ3A 3FN9A 3N11A 4HA3A 3WUFA 4H8UA 3WL0A 1CWYA 3POHA 1NOUA 1EIBA 3AZRA 3VNZA 2NT1A 3BMVA 2WHLA 2HISA 1HVXA 4FLOA 2WKLA 4TX6A 3T08A 2YOCA 1KR0A 2J8GA 4JIEA 3NSNA 1EH9A 4MJ4A 3AJ7A 2ZXDA 3VIKA 3KE0A 4HZ8A 3DECA 5KZ6A 3A3HA 1NWRA 2D22A 1TMQA 4KGJA 1QBBA 4CD5A 4UFJA 1VBUA 4AC1X 2CNCA 3W4RA 4N42A 3ZJKA 1PX3A 4EKJA 2YLLA 1V3HA 3ZO9A 2A3BA 4GIAA 3VX0A 2CKRA 1GUVA 4D6CA 3PBGA 3DYPA 3VIHA 5AY7A 4GPNA 2YBUA 1QBAA 1TVNA 2WSPA 3ZT6A 1JD7A 1E4MM 5E70A 2E40A 3SEPA 5DT7A 3ARYA 1QNPA 3RDKA 4BQ4A 2V38A 1TE1A 3ARTA 3L4ZA 1QW9A 1JI1A 5A6MA 3VGFA 1GONA 2VJXA 2D0FA 1PBGA 1WCGA 2J7FA 4ZXOA 4FLSA 4WJXA 3OB8A 1BYDA 5HPOA 1GJUA 3OGRA 4NI3A 1ODUA 5BXTA 1J18A 2RGMA 3SURA 1E43A 4KGLA 5D9MA 3WQ8A 4OBRA 2G41A 5HPCA 4KMQA 4AD5A 1QPKA 5LA0A 3ARPA 5ABFB 1GZJA 4F8XA 3WENA 2VZTA 2DIEA 3PTKA 3L4YA 3VMPA 4DWSC 4QDMA 4B3LA 3M6DA 3VILA 2QPUA 4MAZA 3WMSA 1ITXA 4CVUA 3AHYA 4CCCA 5EB8A 3LPPA 2W5FA 2VZUA 3F5LA 1BVZA 2J7BA 3OZOA 3VGGA 2VRKA 2WHKA 1BF2A 2XUCA 4URIA 2VCBA 1PJ9A 2YIHA 2GK1A 3AI0A 3WH5A 1E5NA 2WW5A 2ZX9A 4H04A 1UD6A 1EQCA 4Z2GA 4AISA 3F5KA 2WVVB 4XZBA 3W81A 4PTVA 2W91A 3U7BA 1QNSA 3B9AA 2DQXA 3NSMA 1X6LA 2WLZA 1E6ZA 2NT0A 4UCFA 3N18A 1KGWA 4QLKA 4UZSA 1UD5A 1UR4A 4HMDA 1QNRA 3GXMA 4H41A 4PRWA 4NRSA 1H3GA 4W8AA 4M29A 3WD1A 4Z2JA 4NZCA 1BFNA 1JYNA 2A3AA 1R85A 1GHSA 3VD5A 2FH8A 2J62A 1GQIA 3FW6A 5A2CA 1KBBA 4XB3A 4D6HA 3NDZA 2OYKA 1WKYA 2X1IA 3CUIA 1TA3B 1DWAM 1QW8A 1V02E 5F7UA 1G9HA 1PPIA 3VMNA 4S3KA 2FHBA 1QHZA 1HXJA 1J01A 3PZNA 5A8NA 2DEPA 1KWGA 2A3CA 4EAMA 1B3ZA 3W27A 4W7UA 3DYMA 1F4HA 4JFTA 3AHTA 3L2LA 5DFAA 4M81A 5A8OA 2WVSA 2D3LA 1QI0A 2UY4A 3VM5A 1GORA 1E3XA 1HT6A 3WF0A 4D6GA 3VD3A 3AHZA 2OSXA 3BH4A 3WQ4A 1QHPA 4CCDA 2D3NA 3JUGA 3D3AA 8CGTA 2DH3A 1Q6CA 2IXUA 3AHXA 4AXNA 4W5ZA 3CZLA 1J0KA 2FDMA 1FHDA 5I79A 4IM4A 4U31A 4YHGA 1UKOA 3EDDA 2WVTA 4UOZA 3AOFA 1UHVA 1E0VA 3ALFA 2GJXB 2ZUUA 2WPGA 4X0NA 1ECEA 3IJ8A 3N17A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2LLE A;  3HKK A;  3NEV A;  4DHG A;  2R1K A;  1OC7 A;  2ZZ3 A;  2X0Y A;  1EKO A;  1TF6 A;  1CXE A;  4UTT A;  2QMK A;  1PSC A;  1PE1 A;  4P7O A;  3BCJ A;  3KDN A;  2LRS A;  2PP0 A;  3ARS A;  2JVA A;  3WF1 A;  4BJH A;  1KA9 F;  3TQK A;  1PD0 A;  5KL2 A;  2EPC A;  4DPP A;  4FLR A;  2RSE B;  3O2L A;  4NNA A;  2P8B A;  1JCT A;  2FB2 A;  2FHF A;  5FEX A;  1F3W A;  4QCE A;  2OEK A;  3WML A;  2OEV A;  1JIB A;  4Z0S A;  3WNN A;  4PL2 A;  2HEJ A;  2PCQ A;  1F6Y A;  4G6C A;  3K7D A;  4XPY A;  2GGH A;  4AQY E;  3L4U A;  1SJD A;  3TXZ A;  5LMN E;  3RU6 A;  5ADZ A;  3H2F A;  4B5V A;  2UXB E;  2BX7 A;  3W25 A;  1DJX A;  4FXR A;  1FWE C;  4POC A;  3MUY 1;  1JPN A;  2TPS A;  3E9A A;  1PXG A;  4P9T A;  2WMI B;  4K38 A;  1AMY A;  2DZB A;  4MQ9 F;  2NPU A;  5IBX C;  3R6I A;  5FCZ A;  3GHU A;  1WKD A;  2GL5 A;  3T2P A;  4DVO A;  4ONV A;  1HKI A;  2Q3R A;  1ZW2 A;  3RFA A;  2XWD A;  2QE9 A;  2WV8 A;  3B8W A;  1TV4 A;  3B8D A;  1CIU A;  2VEP A;  2VUY A;  4ML4 A;  1J5T A;  4LVG A;  1SW3 A;  3VAB A;  1EA9 C;  1FFR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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