5A6BD

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 259
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
259
sequence length
626
structure length
616
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKMSIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 259
structure length 616
sequence length 626
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
D PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
D PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bD03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bD02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bD01
1J18A 2GK1B 4D6IA 5I6SA 2OLHA 4CU6A 3F5JA 1E43A 5A8QA 1VJZA 3ECQA 3HU7A 2WWCA 2WXDM 2J75A 3M6DA 1TMQA 2PBOA 3OLDA 4AZ7A 5ABFA 3VX0A 4AW7A 4MAVA 1BYDA 4PMUA 2WCSA 5CZKA 1WAWA 1RPKA 1BG4A 1W2PA 1DWFM 3LPGA 1KQZA 2D3LA 3L4UA 3NYDA 4S3JA 1TG7A 1Q6FA 5EB8A 5JIPA 4OOZA 4RE4A 1HL8A 2WNWA 2FHCA 4CN4A 4QFUA 4JL2A 4RL3A 1AQ0A 2EPMX 4ZE5A 1GZJA 2AMGA 4F66A 1PX4A 3ARXA 3OGRA 1XSJA 4C7FA 2J7EA 3TTYA 3DYMA 3O6AA 3PHAA 5D8WA 1UWIA 2CBIA 2XVLA 3W37A 5D9NA 3VU2A 5DEZA 5GQBA 2VC9A 4RE2A 4AD2A 5A1AA 3ARSA 2BY2A 3N17A 1CGTA 1K9FA 4N0RA 2FH8A 4FMVA 1MW1A 5AYIA 3J7HA 1V3JA 3A4AA 4UQCA 2VVNA 3CHCA 4JKKA 5HOSA 4S3KA 2C7FA 5IDIA 3F5LA 4DWSA 2OSWA 2UWFA 5E0CA 3PZ9A 5ABFB 1JZ5A 3EDDA 1W3LA 1ZU8A 3CZ8A 1B3ZA 1JZ6A 4WLCA 3WF4A 1B1YA 1ISXA 2Y5EA 2ZWZA 1NM9A 5A94A 4BQ4A 1JL8A 3T0AA 5JBFA 3WBAA 1M01A 3AROA 3AHXA 4IUGA 4B9ZA 2YL8A 4LPCA 2A3HA 5FOOA 2A3AA 1NH6A 1IV8A 3SCQA 5A8OA 1ODZA 2Y8VA 5EBAA 2PB1A 2W4XA 2VT0A 4N42A 3VGDA 4WF7A 1UR0A 3WQ8A 4BQ3A 2ESCA 3VGEA 5JIWA 1J0HA 1UKSA 4IPLA 5C71A 3PZTA 2X05A 2RGMA 3UR7A 1NARA 2ZUTA 2WHMA 4WSKA 4J3UA 4DWSB 4W7WA 4AZ5A 2WVVA 1HKKA 4FK9A 1Q6EA 2J7BA 1U30A 1WZMA 3FNDA 1CLXA 3A6OA 3UG3A 4A3HA 2ZUSA 1W32A 1UOKA 2BFGA 3WUFA 5EFDA 3ZJ6A 2Y2WA 3NSXA 3HN3A 4JCLA 3UESA 1GQLA 3ZMRA 1U33A 4GI8A 3AYSA 3EMCA 1KR1A 3FW6A 4TX6A 3SCSA 3FAWA 3WH6A 4BQ2A 3BXWA 3MSDA 1BSIA 2DIEA 4AIOA 1JFXA 5BWFA 3ZSSA 2ZX5A 4TXEA 1BPLB 3SUTA 1V0MA 5A95A 2VR4A 5LA1A 2XWDA 3CHEA 1LWHA 1UD3A 1BYCA 4WKAA 3VPLA 4UTFA 4J3SA 1B3XA 2UY4A 4NI3A 1QI2A 3MS8A 2PWHA 4XV0A 5HNNA 4YHEA 3BAKA 3W29A 1HJVA 3N04A 4HMDA 1BF2A 2YDSA 3N1AA 3GM8A 2IXUA 4UOZA 2WVVB 2J74A 2G3MA 1ISYA 1OIMA 2WVTA 5BXPA 1HKJA 3MV11 1ZJBA 1EH9A 2A3BA 4HTYA 3I3EA 3NCOA 3MUAA 2JEQA 2G3JA 3GTNA 5I78A 2QHAA 3MUIA 1W9VA 3MANA 1E1FA 2QMKA 1PPIA 3WY1A 1KXQA 3KL3A 3UERA 3VGHA 1W9UA 3WSUA 2WKGA 5A6LA 4UZUA 3AICA 4HZ8A 1H4PA 5E70A 3U5YA 3AS0A 3DC0A 1QI5A 2BV9A 3W0KA 3BSGA 3QOMA 4PYSA 4M56A 3EYPA 5I79A 3B8SA 5CSYA 2AOSA 4B9YA 4ML4A 4ZENA 4F9JA 1EXPA 1V02E 2C0HA 3CZKA 4J3TA 4KRUA 2X0HA 2JIEA 2YLLA 1IZKA 4W5UA 1NWRA 3K8MA 1PEZA 4JFTA 2ZOXA 4AY1A 2EQDA 2YBTA 1I75A 2WCAA 4AD4A 1DTUA 1C91A 3W25A 2F2HA 1DP0A 4JFUA 4P7LA 5E9AA 1U2YA 4MB1A 4TTGA 4JFWA 3D5HA 3AMKA 1WE5A 1UHVA 4HA1A 2CKRA 3IAPA 4ZEPA 5JUVA 2VZVA 4V28A 1LL7A 2QPSA 3VM7A 4YN5A 3N9KA 4D1IA 1FOBA 1QVBA 1BG9A 3U5UA 2WMGA 3ZIZA 3AXIA 3EBVA 3PZMA 1H11A 3WNPA 3A47A 4W5ZA 4ATLA 2DT3A 5IHRA 4AZGA 4D1JA 1YQ2A 1HXJA 1JXJA 3CZEA 3EDJA 7TAAA 4UQBA 1OGBA 1JZ7A 5JBDA 2XPKA 3MMWA 5DT7A 3SCWA 4CD6A 4HPHA 4JZ5A 1J0YA 4UFMA 4AD1A 4EANA 1QHPA 1QW8A 4DWSD 1CXKA 1QI4A 1WZAA 2FHBA 1EO7A 3RJXA 4W8AA 1VRXA 1WDRA 2HISA 4PTWA 5A6MA 5HPCA 4M82A 2VUYA 1WZKA 1FP8A 4HMCA 2E3ZA 4NSBA 1GQIA 2EPNA 1UR1A 3VIIA 1HIZA 4PN2A 1H49A 4CCEA 4QDMA 3VIOA 3THCA 4PRWA 1E6PA 2XIBA 4AMCA 3AIRA 1KGWA 1JAEA 5A6KA 3PN8A 2XJ7A 1CTNA 2CBJA 4J27A 3ALGA 4UR9A 3TA9A 3L4YA 1GUVA 3W6MA 3G6LA 1BLIA 3RPMA 1E6QM 1XH1A 2NW0A 1IT0A 1UKPA 3NJ3A 3GNRA 1V3HA 2DT0A 2PBGA 1KGXA 1EA9C 4L4OA 4AWEA 3AQUA 3DHUA 2CBVA 4WKHA 3RDKA 1HNYA 2OYLA 4MNMA 5D4YA 4AZCA 3N13A 4JIEA 1GVYA 1UWUA 4PEEA 3GZAA 2J7FA 3IANA 2EJ1A 3AMDA 2O9OA 1W3KA 3I3DA 3U7VA 4CCCA 1XSKA 4FF5A 1UR4A 1US3A 4ACZA 2J7GA 1E6SM 2X8RA 1L0PA 2DSKA 2ZXQA 1G1YA 1OBAA 4TVDA 5E09A 2WMIA 4HA3A 3WNMA 2OYKA 1UR8A 5IFPA 2CIPA 3L4XA 3AHVA 1EHAA 1VEMA 1AMYA 2CESA 2NT1A 4CVWA 3FHAA 3PTKA 1UA3A 4TVCA 5A6BA 2V5DA 2QLYA 1QI3A 1C7TA 4E8CA 3RILA 1R8LA 1WDSA 4PMXA 5E6ZA 3BLKA 4AZCB 1JF5A 2FHFA 3UG5A 3BH4A 2YA0A 4CD8A 5FL0A 1XHGA 3UG4A 3K4DA 3N11A 4GZJA 4TTUA 3KWXA 5CJ5A 3VDAA 1UZ4A 3AZSA 3BCFA 3UEQA 3OZOA 4PBGA 4TVUA 1HKIA 3I3BA 4ACZB 2W67A 1FH9A 2VX6A 1NOFA 1TUXA 2QMJA 3WH7A 1JNDA 2WMIB 1BGGA 1HP4A 2WSKA 3WD2A 1NWTA 1TFVA 5E6YA 1JG9A 2VZOA 3ARPA 4L4PA 3PZNA 2VOTA 4PMOA 4GQQA 4P8UA 3CBWA 4V2XA 3CZLA 1MW0A 4W93A 1OSEA 1LJYA 1I1WA 3SUVA 3VINA 2JALA 3MMDA 2YDQA 2G3NA 3WQ4A 2XSAA 3GXFA 4FLOA 4KGLA 1UH4A 4XZBA 3QR3A 5A2CA 4QCEA 1P6WA 1CDGA 4F79A 1GJWA 3NSMA 3W24A 4MB4A 1JDDA 2A3EA 4OBSA 2W61A 3FAXA 2O9RA 2D0HA 3K8LA 5I5RA 3WNKA 5FCZA 2WC3A 2AAAA 1LWJA 2WC7A 2XVKA 2FGLA 4GINA 3PTQA 4H7VA 3AS3A 1BGAA 1E6NA 4FLQA 5KEZA 2BXYA 1E71M 3M07A 1HJWA 1CENA 3WQVA 1OGGA 2J8FA 2Y8KA 2GFTA 3AS2A 4GXPA 3WEOA 1R86A 2DDXA 1OD0A 1LQ0A 1UD6A 1V3LA 2J47A 1CYGA 1VAHA 2WHLA 1W9PA 3LPFA 3VNZA 3WKZA 2UY2A 3A4XA 2VX4A 4P8VA 1MW2A 4JFSA 1D7FA 1J11A 1K9DA 3CHFA 1E3ZA 1MFVA 1ZBWA 3WL0A 1PAMA 1PIGA 5A6JA 1B3WA 4OIFA 4U5KA 4W8BA 1EOKA 1HKMA 2XYLA 1E73M 5CG0A 2XTKA 3VO0A 4GQRA 5CPTA 2D23A 4PCSA 3LPOA 3OIHA 1WP6A 1L8NA 3BLPX 4UZSA 3GH7A 4URIA 3BAWA 1V3IA 4U3AA 4E4PA 3GXMA 3PZVA 3EMQA 3K1DA 2G3IA 3ARTA 2PWFA 2B31A 4ZE4A 1QNPA 1EIBA 4B15A 1ZS2A 4HMEA 2VZTA 5AY7A 2XVPA 4LQ1A 4JKMA 1HF6A 4CN1A 3SURA 1CZ1A 2WZIA 3W82A 1E5NA 2VCCA 3TOPA 5BRPA 5ABGA 4B16A 1OINA 4CD4A 3ZR6A 3BC9A 1KGUA 3CUIA 2WANA 1US2A 2D0GA 3VD4A 1E15A 1KBBA 3E1F1 4H8HA 4GIAA 1XH2A 5LA2A 5M5DA 2WMKA 1W91A 3WF0A 1DWHM 2WSPA 1TCMA 2OSYA 2A3CA 4UFIA 4QAWA 4PMQA 3GH4A 2VCBA 5LA0A 3EDFA 2GJXA 4QLKA 4JKLA 2EPOA 3PZQA 3BAIA 1IZJA 2QF8A 4LYRA 2CERA 1E0WA 3T0DA 2XFFA 4GO8A 1QNSA 4Z2IA 1V6WA 5DMYA 1PX3A 5IFTA 5CGMA 1N82A 2WLZA 4XUYA 2JEPA 4M80A 5CGTA 1UQZA 4AXNA 3MUZ1 4CKQA 2X09A 1ZL1A 4UQEA 1UD4A 3FN9A 5ECUA 3WH5A 4D71A 4P7QA 3AFBA 1M53A 1KCLA 2ZX6A 1R85A 2BVDA 5A69A 2E9MA 3SUUA 3WDPP 4YPJA 4D6DA 3AISA 4U5IA 1ITXA 3VTRA 2J7HA 4NRRA 3RJYA 4P7OA 1BVNP 1V02A 1GQJA 3QGVA 2CCRA 3VMOA 1W1VA 1DWJM 2FH6A 5A6BD 3VMNA 4XX6A 4MNKA 1ZB5A 3D3AA 1QW9A 2GJXB 4JCMA 4PSRA 2Q8XA 2UY5A 1MXDA 3GBEA 1A3HA 4V27A 1TE1A 2VNCA 3CH9A 4U3CA 2VQUA 3U7BA 4UQAA 2NT0A 4MTVA 4MPKA 3WDIA 2VR5A 5ABEA 4FLRA 3AIBA 4A4AA 3VIJA 3SCUA 2ZXAA 1ESWA 3AXHA 3B9AA 3WNOA 1UR9A 2ZX7A 3O9NA 5HBFA 1KWGA 2F8QA 1NP0A 4Z2JA 3NUKA 3ZT5A 1FFQA 1H41A 3A3HA 4TX8A 3CO4A 1WB0A 1EDGA 2ZUVA 2BHZA 3VUPA 1X1NA 4TOQA 3T08A 3BCDA 1EOMA 1XV8A 5E0FA 1W1PA 4H8UA 1Q4NX 4CU8A 1K9EA 1GONA 3ZOAA 5BXTA 4PSPA 3PZOA 3RM9A 5I2UA 4M24A 3WH8A 4GPNA 3M46A 3AZTA 4LGXA 2CXGA 4RE3A 1GHRA 2GSJA 1XCWA 3GYCA 2DH2A 1GOOA 1ITCA 2O9PA 3K8KA 1UKTA 2CEQA 4J3WA 1EO5A 2D22A 2IUZA 4X0NA 2WMJA 3SCVA 2DIJA 6TAAA 3JUGA 2GVYA 3WD1A 3VGGA 4D6HA 4CD7A 1MYRA 4D6EA 2VURA 2D3NA 1UKOA 3W6LA 2Z1SA 3AYRA 2PC8A 1AQMA 3G6MA 1O6IA 2ZUMA 1J10A 1V6YA 1JD9A 1VF8A 4OUEA 1JDCA 3SUSA 3T2QA 1C92A 2DEPA 1J0ZA 2VZUA 1FH7A 2DT2A 3WQ5A 5C8BB 3CLWA 2G41A 1VIWA 4UNIA 1H3GA 1EQPA 2W5FA 4R5EA 4PTXA 4BA0A 2WM0A 1ISWA 4K68A 4OOUA 1LLOA 1KQYA 4OKDA 4MAZA 1LG1A 5D9MA 1VB9A 1E0XA 1S46A 2YOCA 2NSXA 1W9BM 5I3DA 4PUDA 3WNLA 5AYBA 5D8ZA 2VMFA 3CMGA 1E3XA 2VVSA 1Q6CA 3WL1A 4AD3A 4AD0A 3ARWA 1MQQA 4AD5A 1WKYA 4X0VA 3N15A 1E4IA 3WUGA 3W38A 4QLJA 1CGUA 2BXZA 4MDPA 4JL1A 1VJSA 3WENA 2WW5A 2Y4SA 1W2VA 4B3LA 2E9BA 5EMYA 4U33A 4AC1X 3EMZA 1H1NA 1KXHA 5FIPA 3IJ7A 4M29A 5GNXA 3K4AA 1BYBA 1E1EA 1XYFA 2VL4A 1UH3A 3POCA 1GPFA 1OM0A 3ZQ9A 1GOWA 5ABHA 4PCTA 1UWTA 2EO7A 2X1IA 1DWAM 1PZ2A 3VGBA 2ZUUA 1UD5A 3VOCA 4CD5A 1CGWA 2ZX9A 3HJEA 1UD2A 3W4RA 2WK2A 2VRJA 4H2CA 2YDRA 8A3HA 5BXRA 2BHYA 2WMFA 4MNJA 4W86A 2ZX8A 1X6LA 2MANA 4DWSC 2YLAA 3VM5A 5CLWA 1UUQA 3WMBA 2WZHA 4J3VA 3CUJA 1QHZA 2OWWA 2W63A 4AIUA 1JYVA 5AC5A 3WBEA 1KBKA 3WUEA 1NOWA 1QNQA 5FL1A 2WC4A 5M3WA 2EPKX 3T2OA 2ZE0A 2GJPA 4P8XA 1NWUA 4DUXA 3L4VA 2PWGA 4DM2A 1UG6A 5IHSA 1VFMA 4M1RA 1QPKA 1C7SA 1OD8A 3GDBA 1OT1A 3KL0A 1H09A 1ISVA 1FHLA 3ARZA 3CIVA 4OJYA 3OBAA 5A8MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4FX5 A;  4C6D A;  4N6H A;  2Z0I A;  2DRP A;  1VCV A;  2CXE A;  3I7R A;  3S83 A;  2FAP B;  1FRB A;  2GDC A;  2V85 A;  1M01 A;  4YLW A;  2YL8 A;  4BFA A;  3EZH A;  4GAC A;  2MDG A;  1IIH A;  1NH6 A;  4LY8 A;  3M41 A;  4JCZ A;  3VI2 A;  2YLI A;  4XO6 A;  2KYH A;  4HU3 A;  2KON A;  1X6H A;  5EA9 A;  3GQY A;  4FX8 A;  3H26 A;  3ZDL A;  3BPW A;  3C62 A;  3EB4 A;  3GUW A;  4H00 A;  4C65 A;  5I3K A;  3G1S A;  2PDN A;  1XMO E;  2X05 A;  1K8X A;  4OHQ A;  4KIR A;  4WSK A;  1HUV A;  3C6M A;  2OT0 A;  3KVM A;  3DI1 A;  1ZU5 A;  4YTQ A;  2A21 A;  3P81 A;  1Q6E A;  1U30 A;  1QQ3 A;  3FND A;  1CLX A;  1OF8 A;  3UG3 A;  1W32 A;  1IIG A;  3LHY A;  2BFG A;  1Q3N A;  3ZJ6 A;  2YYU A;  3COT A;  2CWX A;  5T3W A;  3UES A;  1FDY A;  4GI8 A;  1K8Z A;  5I02 A;  4ER9 A;  3EMC A;  3FW6 A;  4N9E A;  1LOQ A;  1DPM A;  3ZSS A;  1W3N A;  1F9C A;  3W7C A;  2XWD A;  3CHE A;  2PTZ A;  1LWH A;  2B0H A;  4O4V A;  4WKA A;  1E2X A;  1R3T A;  3CS2 A;  2NUY A;  2OEM A;  4OV4 A;  4GC4 A;  1TB3 A;  4DBE A;  1IEX A;  3POV A;  3E2R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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