5A6BD

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 259
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
259
sequence length
626
structure length
616
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKMSIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 259
structure length 616
sequence length 626
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
D PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
D PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bD03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bD02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bD01
1E15A 5A6JA 1QBBA 3VVGA 4WIWA 3VINA 1VBRA 3ARUA 2DT1A 5A6AA 3SCWA 4MAZA 1B30A 1GQJA 5AC4A 4U2ZA 2CETA 4W84A 1EDQA 1PZ2A 2GJRA 2E3ZA 2YOCA 5HNNA 2PWEA 1E6NA 3VIOA 3RCNA 5A95A 5BCAA 2OWWA 1WZMA 4GIAA 1V3JA 1Y7VA 2OYMA 1XHGA 1BYAA 1DHKA 4DUXA 4JL1A 1DTUA 2CEQA 3VUPA 4MDOA 3PZOA 1C3FA 2QPSA 3D5HA 1D2KA 5GPRA 1EOMA 4UQBA 4JHZA 4P7LA 4XUYA 3GBDA 2XVNA 3MMWA 3NDYA 1X6NA 3NDZA 3VMNA 1CEOA 2VT0A 2VTFA 1EA9C 4HU0A 1F4HA 3J7HA 2VZOA 1JZ8A 1CDGA 1FH7A 4F9JA 1CENA 1J12A 1CXLA 1VRXA 1VEPA 1J0ZA 3VGDA 1KR1A 3BLPX 1ZBCA 3K8KA 2BXZA 3OLGA 1SYTA 5A6LA 4UQCA 3WNMA 2WPGA 4CD5A 2XVGA 2UY2A 1MYRA 3MV11 4HPGA 3ALGA 1YHTA 4W8BA 1B3XA 3PTQA 1QNRA 3VIJA 1GVIA 1JZ5A 2WZIA 1LL6A 1XGZA 3WEMA 2YL8A 3WF3A 2ZXQA 1CXHA 3QOMA 2J7DA 1W9VA 1MW3A 1C8YA 1WZAA 4J3XA 4D6JA 3WEZA 3GDBA 3UERA 3WF2A 4W87A 2D20A 3VNYA 2PB1A 3N12A 1UH2A 2BVTA 2WCSA 3W28A 4UFKA 1ISZA 3VGGA 1MVYA 3VDHA 1GOIA 3ZIZA 1KWKA 4MB3A 2G3IA 3FAWA 5D9MA 1JL8A 1KQZA 1EOKA 3BSGA 3F4VA 2WWDA 1K9DA 3MUZ1 3PZTA 3M7SA 4H04A 1W9BM 4TTUA 4DUVA 2GJXA 1KGXA 3F5JA 4V27A 1E1EA 2D3NA 1JDDA 1NARA 1O7AA 3UCQA 2G8ZA 2WZEA 7CGTA 1XSJA 2AMGA 4P7RA 3AYRA 1J0HA 1JXJA 1AQHA 5AYBA 3M6DA 2YL6A 3N9KA 4FMVA 1TA3B 3K4DA 2IUZA 1W1TA 3OIHA 3ZR5A 1V6XA 1LJYA 1JFXA 4OZOA 3WMSA 3PN8A 3T0BA 3RM9A 2FHFA 1JZ6A 4UFMA 3NUKA 4AEFA 4CN4A 4P8VA 4XV0A 1XC6A 1UQZA 3A6OA 3CLWA 3FHAA 3IANA 5C8BB 3WH9A 1P6WA 4NZCA 1ZL1A 5BWFA 2D2OA 1UQYA 3WF4A 3N15A 4FLSA 4ZEPA 4CVUA 3ZJ8A 3OZPA 4OKDA 3NSMA 1B31A 1FH9A 3B8SA 3BCDA 2J79A 4D1IA 3U5UA 1BQCA 1XSKA 2AOSA 2BVDA 4CD6A 1B90A 2BY2A 1I1XA 2CIPA 2V38A 2VX7A 1UR1A 4JCLA 5GNZA 1CGVA 4V28A 4CCDA 1UKQA 3AHXA 2QMJA 1PBGA 2FHCA 4ML4A 2VVNA 3CZKA 1WZKA 2WCGA 1MQPA 4QDMA 3I3DA 1GJUA 3AHTA 3WQVA 2WKLA 5AY7A 3W24A 3AXHA 2ZUWA 4PN2A 4P7NA 1PIFA 4AIEA 2JIWA 3WQ8A 3QHMA 1GNXA 6A3HA 1LL4A 1ISVA 4PTMA 4H7VA 1OBAA 2C8NA 3A47A 2GVYA 3KL5A 3U7VA 4CD8A 3AIBA 2VR5A 1M7XA 3VMOA 5ABHA 2XG9A 2V5DA 2DT0A 1FFRA 3CZLA 2A3HA 1UR4A 1FFQA 1ISXA 4YHGA 2YLLA 5CGMA 4B16A 2ZUSA 1PX8A 3L4YA 1EHNA 3K46A 3CTTA 4P8UA 1UWRA 3SCPA 3RPMA 1CYGA 1EO5A 4ZE4A 4LXFA 1ESWA 1IV8A 2J47A 1BTCA 4RE2A 2DSWA 4EE9A 3VIGA 2Z1SA 4GQQA 2B31A 3CZ8A 1E55A 2VQUA 5ABGA 3F5KA 1UKTA 3PTMA 1VEMA 1V3KA 2F2HA 2O92A 4B15A 1KWGA 4H8HA 1CBGA 2WAGA 3BSHA 3RJXA 1E73M 2ZXBA 5CLTA 4CVWA 2ZX7A 2WB5A 3VGBA 1XH2A 1BAGA 1UR0A 2W66A 3PZNA 1UD4A 3RJYA 2J78A 1EO7A 1Z32X 3G6LA 3AZSA 2WMJA 1E4MM 4P8XA 2JIEA 3DECA 4C7GA 4HZ7A 2O9PA 3OA5A 5EBAA 4Z2KA 5E09A 4LYRA 4PBGA 4UZSA 3CH9A 1LQ0A 4BCEA 5A6BD 1ODUA 2VOTA 5CPQA 3N17A 4J3WA 1QNSA 2BXYA 3VD3A 1HKKA 5A6BA 3L4UA 1BG4A 3QGVA 1UKOA 4DWSC 5A8NA 2ZUMA 5IFTA 3TTYA 1M04A 2XWDA 3MSGA 3ZT7A 3WNNA 2WVUA 1W1VA 2NW0A 4LPCA 3VX1A 3K1DA 4NI3A 1MFUA 3WD1A 4UOZA 1JZ4A 5FCZA 1WNOA 2WC3A 1VJZA 3BC9A 2CXGA 5DO8A 1TMQA 2X0HA 4MDPA 2GUYA 5BXRA 5CJ5A 2GDUA 1U30A 3VILA 4NRSA 1LWJA 3TTSA 3OGVA 1JNEA 1GHRA 3W6MA 5A6KA 1QI4A 4ZENA 4TX8A 5BRQA 3GNPA 3IJ9A 3WD0A 4HOXA 3EBVA 3PZMA 3WEOA 4ACZA 1H2JA 2ZWZA 4JAWA 4PUEA 1S46A 4AD0A 3WUGA 5ABFA 3WQWA 2YLAA 2BY1A 2AAAA 1RP8A 1GCYA 2G3JA 2ZOXA 2WCAA 3WFZA 2ZWYA 2CKSA 1UWIA 2W92A 4NRRA 3MMUA 3TTOA 4J7RA 1HJXA 1HL8A 2BHUA 3ZM8A 4D6HA 4AXNA 2C0HA 4AZ7A 1JI2A 1GHSA 5E0CA 5BXPA 1MQQA 3AZTA 1K9FA 1HKMA 2DT2A 2DEPA 1H09A 3CUGA 3VMPA 3BMVA 1FP8A 3AHZA 3L4VA 4KRUA 4MNJA 1AVAA 1WB0A 1HJWA 3EDEA 3TA9A 3WELA 4OIFA 2WMIB 4AZBA 2VZSA 1JYNA 2YBUA 1KXQA 2OYKA 4RE4A 2X8RA 4QCFA 3VKKA 1JYXA 1BGGA 2VVSA 1B3ZA 1OINA 4UNIA 4E2OA 3NIYA 1V6YA 1UWQA 4UZUA 2DH2A 3NYDA 1EDTA 1UUQA 2GDVA 3VIPA 5HXMA 1H49A 1NOFA 4BQ2A 4JCMA 4FLRA 2WVVA 3UG4A 4J3TA 3BGAA 4PMZA 1X6LA 3POCA 4GO8A 2CITA 2E9MA 3THCA 1CGTA 3TOPA 1JD7A 2Y2WA 1DWGM 2CBVA 1K6AA 1H3GA 1H4PA 3PZ9A 4W85A 3MANA 2NT0A 1M53A 2ZXDA 4B9ZA 4Y7EA 3KL3A 1QW8A 1JXKA 4P8WA 4F79A 5D8ZA 3SUSA 1UG6A 3UR8A 3EMQA 1TVNA 4PTXA 1HVXA 4DWSB 3WNKA 2WM0A 3CHCA 3LPFA 4URIA 3KWXA 1BLIA 2EBNA 1GUVA 4PMUA 4QLJA 2JF6A 3WD4A 3VTRA 3WDJA 2UWFA 5DF0A 3CMGA 4JIEA 3W82A 4DM2A 1TUXA 3L4ZA 3MS8A 2QHAA 5A6SA 4XX6A 4X9YA 1AQ0A 2CYGA 3WUBA 2VX4A 3A3HA 2XJ7A 5A8PA 3O9NA 1MXDA 2ZIDA 5IDIA 5CG0A 4OBRA 3GBEA 1NWUA 1E6PA 4M81A 1A3HA 1BFNA 3CUJA 4TVUA 4BF7A 4CD4A 1BSIA 3AS3A 1CNVA 3SUTA 4NSBA 4HTYA 2WZHA 1OD8A 4FK9A 3EMZA 3GXIA 4Q7NA 4MNKA 1C92A 2E0PA 1Q4NX 1G94A 3WQ6A 3ZT5A 4JKMA 2XFYA 1FH8A 3KZSA 2CKRA 3LMYA 4M24A 1TA3A 2WC7A 2NT1A 2A3EA 1PX3A 4P7OA 1BPLB 3RILA 3AIRA 3BLKA 5JUVA 2J7GA 1NOUA 1UD6A 3WSUA 1KBBA 3HMCA 2VQTA 2PC8A 2WMFA 4W5UA 2CBIA 2D0HA 3BXWA 3MUIA 3MKKA 4ATLA 1MW0A 3NCOA 1E72M 5FL1A 1QHZA 2YIHA 3VIFA 4C7DA 4PCTA 4ZXOA 4GZIA 3VIKA 2YA2A 4A4AA 3PTKA 2CHOA 3UG3A 4PMYA 2D0FA 4UQ9A 1Q6FA 3AIUA 3W26A 4PMNA 5A69A 3SUUA 2EEXA 4U3CA 2E40A 2O9RA 4JL2A 5D9OA 3HJEA 1AQMA 3HU7A 4PMOA 1G5AA 3S2CA 1HJQA 1C7SA 4MJ2A 2WVTA 1BG9A 1O6IA 4M29A 1LWHA 1R8LA 3WL1A 2FDMA 1XYFA 3T2OA 2PWDA 3VIHA 4F8XA 4EK7A 5A6MA 1W9XA 1XYZA 2J7BA 3OLDA 1GOMA 3W25A 5I6SA 2YBTA 3UEQA 1CZ1A 4W7UA 3VIIA 3BMWA 5D9PA 4HMDA 5M17A 4W86A 3NSNA 3VDAA 2J7HA 1CTNA 4D6FA 1DWJM 2D23A 5FKYA 1HX0A 1EQCA 1B3WA 4BS0A 1XH0A 3WDIA 1R87A 4PUDA 1JIBA 3CZJA 5IXEA 2QMKA 2OWXA 3VIMA 1UHVA 4X0NA 4ATWA 4B9YA 4BQ4A 2XHYA 2OYLA 2Y4SA 2DSVA 5CLWA 1B9ZA 4AZ5A 1VF8A 2XYLA 1B2YA 4B3LA 5I23A 3AZRA 5A8OA 3VDBA 1GW1A 2RGLA 1QPKA 1LG2A 3GH4A 3RDKA 1V08A 3DYOA 3KEHA 1SFSA 3QOKA 4Z2LA 1VJSA 3ARTA 2EPNA 3ARYA 3AIEA 3GXMA 3EDKA 3F5LA 1WAWA 4OBSA 4Z2IA 1ZJAA 4KWUA 4TX6A 2J7EA 3T09A 1E71M 5F7UA 2RGMA 1H0IA 2VZTA 3DC0A 5E9AA 5IFPA 5E0FA 4OOZA 1GQIA 3BCFA 1UKPA 3EDJA 1OIFA 4Z2JA 4MB5A 1FA2A 5I24A 2FGLA 1G01A 4H2CA 4GINA 1VIWA 3AQUA 1CXEA 4M82A 3WN6A 2Z1KA 3OLEA 3ZJ6A 1UH4A 2XPKA 4BQ5A 2G3MA 1K9EA 1UYQA 5HPOA 2X0YA 4YN5A 2DDXA 4MNMA 1JAEA 5CQ1A 3BH4A 4S3JA 1E9LA 5A2AA 3VD9A 1QHPA 1ZB5A 1H0GA 1Q6CA 1B3YA 2J74A 1JDCA 3RM4A 4GXPA 2MANA 1FOBA 4H8VA 4QP0A 1KXVA 1TVPA 4NF7A 5A8MA 2HISA 1U33A 1HN1A 1V3IA 4MPKA 4QFUA 2J8FA 5CGTA 3W27A 2GK1B 2CHNA 2DSKA 4F66A 4HPHA 2VX6A 2XUCA 1CXFA 1OCQA 5CZKA 1BYDA 2WK2A 2J8GA 3KE0A 4H8UA 4AD5A 2WW5A 5D4YA 1QHOA 4QLLA 1JZ2A 2WANA 2PF0A 3K8MA 1N82A 3QHOA 3ZOAA 1D3CA 4J3UA 1NM9A 1XCWA 1HXJA 3AFBA 1PEZA 3CHEA 2ESCA 2CERA 1CIUA 1QNOA 1WDSA 1NWSA 2NSXA 1OIMA 5D9NA 4E4PA 4J3VA 3VNZA 3WIJA 2UY5A 1XRVA 4GZEA 1E6RA 1UWTA 2DQXA 1CGUA 4S3KA 1XD0A 4JKLA 3U5YA 4HU8A 1UA7A 3FN9A 2A3CA 4MB1A 3AROA 4LYQA 3W37A 1UR8A 4GKLA 1V3HA 4CU8A 1KGUA 3AMCA 3FW6A 3W38A 1NP0A 3W81A 2ZX9A 3FAXA 1V0KA 1V02E 3VO0A 4IISA 1J0JA 3ZQ9A 4UFLA 3LPOA 2V3FA 4WK9A 3AYSA 1M01A 1ZJBA 4JFUA 4AYSA 4AW7A 1HKIA 1XV8A 1QI3A 4CN1A 2WMHA 3WBEA 1ZU8A 3VD4A 4AZGA 4MNLA 3ARWA 3U57A 1QNPA 3CUFA 2IXVA 2CBUA 2BY0A 2EJ1A 3CHDA 3AS0A 3ARSA 4CU7A 3GH7A 1MW2A 2WMIA 2DSUA 1H1NA 3WENA 1BF2A 2BHYA 3PZVA 3MO4A 3VX0A 1BHGA 4JFSA 2DIEA 4EKJA 3AMLA 1DWHM 4UOQA 2VZUA 1NP2A 2X09A 5DMYA 2XVLA 1EXPA 4GZJA 1GORA 2QLYA 3WH6A 3KL0A 1W9PA 2G41A 4N42A 1MW1A 4D6GA 3SUWA 3CZEA 3GH5A 2XVPA 4WJXA 2VJXA 4U5KA 3LPPA 4HA1A 3AICA 1XH1A 3ZO9A 4GQRA 1JDAA 3AXXA 4M8UA 1ODZA 1HIZA 1QI0A 3ZR6A 3ZJKA 3HN3A 3MUAA 5I77A 2ZUTA 1GOKA 2G4FA 5I3DA 3AIQA 1UD5A 3A4XA 5I78A 4P7QA 3ARRA 1OGGA 1GONA 1BVZA 4CGTA 1J01A 1J0KA 2J25A 4ATDA 4CCCA 4W89A 2YJQA 3APGA 3SCQA 3WF1A 1WE5A 1GQLA 3IAQA 2WKGA 5FOOA 2WVSA 1V6UA 1V3MA 5AC5A 1KCLA 1VFUA 1E6SM 5KEZA 1UR2A 2GJPA 4EAMA 2WNWA 4W93A 3A4AA 2DSZA 3SCUA 4PYSA 2WHJA 2PBOA 2VI0A 1E43A 1W1YA 1JF5A 4UQDA 2VZVA 3WD3A 1DWIM 1XCXA 2XTKA 2JEQA 1V0MA 3VGFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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