5A6BD

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 259
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
259
sequence length
626
structure length
616
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKMSIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
total genus 259
structure length 616
sequence length 626
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
D PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
D PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bD03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bD02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bD01
2VT0A 1CGUA 1XH0A 5E0CA 4UCFA 1HP4A 3FAWA 1J11A 2EPLX 2XYLA 2BXYA 5CXPA 1V02A 1BPLB 4TVCA 1DWAM 3CBWA 4JFTA 2XTKA 5IHRA 1JXJA 2DQXA 3FHAA 4HA3A 1ECEA 4E4PA 4H8HA 3ARRA 1GQIA 3AZTA 2Y8VA 4JAWA 4XX6A 4X0VA 4GQRA 5GNXA 1VFMA 2B31A 4OUEA 5EFDA 4BQ5A 1KGXA 3S2CA 1MQPA 5BRPA 3WDRA 4ZXOA 3EMQA 4U2ZA 3W37A 5CGMA 1FOBA 4H7VA 3GNOA 1NM9A 1W91A 1QNOA 1UWRA 4OZOA 4HPHA 1DWIM 4D6CA 4OOZA 3L4WA 1VEMA 3BMVA 3AXIA 1KCLA 3BMWA 4H8UA 5ABFA 4WSJA 3VD9A 3TTYA 3AMLA 2OLHA 2DDXA 1QBAA 1NOFA 3K8KA 1X6NA 1KR0A 3NYDA 1D7FA 1S46A 4PMQA 4Z2KA 1MFUA 1H1NA 4ZE5A 1K6AA 3CZEA 2Q8XA 3MSGA 2G8ZA 2V3GA 5DEZA 3TONA 1GNXA 4TUFA 3TTOA 4W7VA 2WLYA 4WJXA 2DT0A 4U3AA 3ALFA 2X09A 1E43A 3AS0A 1HKKA 4J3TA 3CUIA 3CZGA 2EXOA 2ZIDA 2CETA 3ZJ7A 4PSRA 2Z1SA 1FP8A 2VCCA 4QLKA 1Q6FA 3FHQA 3WDQA 4MADA 2V5CA 3GH5A 2GVYA 1JIBA 1F4HA 3DYMA 1ISYA 1V3JA 1B1YA 3SCUA 1MQQA 2YOCA 1W3LA 2V3FA 4FLOA 2EBNA 3EMZA 1VJZA 4PMRA 2F61A 4A3HA 3KWXA 2J79A 3B9DA 3WFZA 3VMPA 3I3BA 4LXFA 8CGTA 4MJ4A 1LG1A 1MYRA 3L2MA 3NIYA 1L8NA 3OGVA 5JBEA 1Q6GA 4QDMA 3O9NA 1G1YA 1IT0A 1H5VA 3M7SA 3VO0A 1V6XA 1HJVA 1V02E 2XGBA 4HZ7A 1BG4A 1QNQA 1QI0A 2CITA 4FLRA 1LWJA 1GUVA 3NSXA 1C91A 4TX6A 2OWWA 3T0AA 2WK2A 1KB3A 2D0GA 1GZJA 1XYFA 1E3ZA 1AVAA 2GJRA 4ACZB 2V3DA 4B16A 3UG3A 1MW2A 1E73M 1XD1A 2J74A 3PTQA 4Q22A 5C8BB 3SCRA 1FH7A 1MFVA 1GHSA 3HMCA 2XVGA 1C93A 3MMWA 1V03A 2X8RA 4U31A 3FXYA 4JFUA 4AD2A 4IPLA 2C8NA 4PMVA 2WSKA 1EHAA 1UKSA 1VEPA 1AQ0A 4PTMA 5DMYA 3MO4A 1NOUA 4GKLA 2EQDA 4JKKA 4HMCA 2GFTA 4JHOA 2V5DA 2WCGA 3WUEA 3WL1A 3VD4A 2G41A 3AROA 3RCNA 4R27A 1CBGA 1UWUA 3W27A 1QBBA 1ISVA 1X6LA 1B9ZA 1NP2A 3RM4A 4CU8A 2YBTA 4NRSA 1MVYA 3SUTA 1QHZA 4CD5A 2ZUMA 3A4WA 1ODZA 1E9LA 2VRKA 3VGDA 4RE4A 4PRWA 4C7FA 2PBGA 3MMDA 4M1RA 5ABEA 1UHVA 1MQRA 3SUUA 3RIKA 3WNLA 4S3KA 3CUHA 3KL3A 4MAVA 1OGSA 2E9BA 2HISA 4J28A 1PIFA 1LF1A 2A3CA 5TD4A 3B8SA 4TTGA 2AOSA 4LPCA 5D8WA 5E09A 3VILA 2WBGA 4LYRA 4TOQA 4XV0A 1CENA 1VBUA 3T0BA 3CO4A 4CN1A 4HA1A 2XVLA 3VUPA 1M53A 1HVQA 3WH7A 3WEOA 4CKQA 3GH7A 1EXPA 4AZBA 2WC3A 2PWFA 3RJYA 3VINA 3W26A 1CLXA 1XSKA 2YL8A 1BFNA 4J3XA 3CHFA 1UD6A 3GBDA 3WL0A 1XH1A 2IXVA 5CSUA 1BTCA 4C7DA 2A3BA 3WUGA 4GO9A 1ISXA 1AQMA 2WMKA 1UD4A 2D0FA 3A4XA 4U3CA 3N18A 5HXMA 3NDYA 3S6TA 3KL0A 2J7GA 1L0PA 1W1YA 1Y7VA 3ZQ9A 4AZCA 3VIIA 5IFTA 4U5IA 4WIWA 2W4XA 1CTNA 1CYGA 1LQ0A 2YBUA 3SEPA 4Y7EA 2OSXA 5LYRA 1TG7A 2YDSA 2DH3A 2E9LA 2WKLA 1UUQA 2CKSA 2WM0A 1JF6A 1NOWA 3OIHA 1UZ4A 3AHZA 5D9MA 1HNYA 1KXTA 1BYCA 3WQ4A 1JI1A 1VJSA 4TX8A 3WIJA 3F5LA 1K9EA 3L2LA 3G6MA 2GJXB 2XWEA 3CUGA 3VIOA 4C7GA 3SCPA 1LG2A 4GZJA 3W29A 5LA2A 1EDTA 1D3CA 1QVBA 3K8LA 4CD6A 1EQPA 3VTRA 2XM1A 2OWXA 4AZGA 3L4VA 4F79A 4B9YA 1OM0A 2J62A 4GZEA 5CSYA 1R86A 1JNEA 3DHUA 1GJWA 3AIQA 3SCWA 3CHCA 4GIAA 1HKMA 1KXQA 4JL2A 3VNYA 2ZUTA 5M03A 1CXLA 2ZICA 2YDRA 3ARXA 2ZUNA 3AXHA 4AMCA 1KGWA 1U2YA 4W7UA 1JF5A 4K68A 1B31A 2D22A 4BQ4A 1LJYA 1ZJAA 4DM1A 4Z2JA 1WDRA 5GPRA 2DSVA 4NF7A 4CN4A 4GO8A 4PMOA 1FHLA 4PTXA 3BH4A 3WSUA 3SCTA 1CPUA 3LPOA 2ZX7A 4YN5A 3AIBA 3SCVA 1HX0A 1JAKA 1E4LA 1TUXA 2VX6A 1QNRA 3A6OA 3BLKA 2DT2A 2FGLA 2PF0A 1E3XA 3BC9A 1BLIA 1ZBVA 1JFHA 1W9UA 3IJ9A 3K8MA 3L4YA 5A8OA 3THCA 4UTFA 3WEZA 3A3HA 2PWEA 3ZT5A 1UA7A 4PCSA 1QI4A 4KH2A 1CXEA 1DWGM 1OT1A 1C8YA 3QGVA 1PX3A 4LGXA 3W4RA 3UCQA 7A3HA 4WF7A 1WDSA 5I78A 1DWJM 3OB8A 3OA5A 4YHGA 3NDZA 4H41A 4QFUA 2YA0A 3ZO9A 1C3FA 4AZHA 4EANA 3MUIA 1ZL1A 1V6UA 1HJSA 3WENA 4CD4A 1CGXA 4JHZA 1HT6A 3CPUA 2O9RA 3E1F1 4P8WA 4ATDA 3IJ7A 1CXKA 2WMIA 3GM8A 1HJXA 3AHXA 1GOOA 4UZSA 3MUAA 4IISA 3UERA 2BHYA 3N9KA 3VVGA 5A2AA 3WF0A 3ARPA 1ODUA 2JALA 3OG2A 2CBUA 2WC4A 3TA9A 1EOMA 3WQVA 2VL4A 1VAHA 1VF8A 1DTUA 2XG9A 2J47A 5CLTA 3IAQA 1V08A 4P8UA 1Q6DA 2VR5A 4AD1A 5HPOA 1FH9A 1M04A 1GW1A 4PEEA 1AMYA 4DWSA 4QLJA 2ZXDA 3CGTA 4N42A 1GVYA 1BQCA 4FLSA 4PMXA 5GNZA 4BQ3A 2XPKA 1E6ZA 3VGFA 4PTWA 3TTQA 1EO7A 5HNNA 3L4TA 4U2YA 3ARUA 1W9BM 2YLAA 4X0NA 3UESA 3WFLA 1WZMA 3MMUA 3MSDA 5M3WA 4D6JA 3NSNA 4UOJA 1XCWA 1CDGA 5JUVA 3N15A 3WF1A 1FH8A 3WH6A 4M80A 1MXGA 3W0KA 3HN3A 3WNNA 3SCOA 3WF4A 2BY3A 3ZJ8A 3ZR5A 1O7AA 1I1WA 1A47A 4H04A 3VMNA 5EBAA 2TAAA 4HU0A 4Z2LA 1TA3A 2EPNA 4TXEA 3AZSA 3T08A 2JIWA 5FKYA 1GQJA 2QHAA 1PAMA 3CZ8A 1ZS2A 5KEZA 1HJQA 2PWGA 2VQUA 4YPJA 1E40A 5DT7A 3VGEA 2NT0A 4BF7A 2WCAA 4BS0A 3WNKA 1E6QM 2WZIA 4PSPA 3ARWA 3WD4A 4ATLA 1J0KA 1WNOA 1CZ1A 4M24A 1ITCA 4WKFA 2Z1KA 2CNCA 3BAYA 1VFOA 2VMFA 5A69A 4W8LA 4XUYA 1W2VA 2WZHA 2E3ZA 3MU7A 1XH2A 2XUCA 4HMDA 2VZOA 1E70M 1U30A 3M46A 3KZSA 5JIWA 2VZUA 3PZGA 2E8YA 5BWFA 2X0HA 4CD8A 3W24A 2VX5A 4D6EA 5I79A 1UOKA 1J12A 1RH9A 3W38A 2OSYA 2WB5A 1GVIA 4D1IA 1H11A 1BYDA 3PZMA 3WH5A 4ZENA 1B3ZA 1W9PA 2WVVA 3PZVA 2VRQA 4J27A 2XSBA 1ISWA 1H2JA 4LX4A 4JFSA 2ZE0A 5I23A 3F4VA 2VVSA 1ISZA 2WVSA 2EO7A 3VGHA 1BYBA 1C7TA 1WE5A 5KZ6A 3DC0A 1UA3A 5I3DA 1TZ7A 6A3HA 1UD5A 2FGZA 3CUJA 1PZ3A 4KGLA 4A4AA 4AYSA 1J0YA 1K9DA 2D20A 2FHFA 3IANA 1BVNP 4F66A 4J3SA 4RL3A 5FOOA 1E0VA 1IZJA 2HVMA 1BHGA 2IXUA 2QV4A 4GZIA 3K1DA 1WCGA 4BA0A 1E6SM 2ZX6A 1E5JA 4PMUA 2JFEX 1BGGA 1R8LA 3I3EA 4HOWA 2WC7A 1UH3A 4QCEA 2BY1A 3OZOA 2X1IA 4UQAA 4A3YA 3ECQA 4W7WA 4AZIA 4W84A 1UKOA 3QOKA 3VOCA 2J7DA 4ZFMA 1NH6A 2GJPA 3WMCA 3N12A 4AD3A 3SIMA 1WB0A 2W5FA 4MB1A 4JKMA 4R5EA 1CGTA 1A3HA 3CMGA 4GI9A 3WUBA 4EE9A 2VZVA 3WBEA 2YL6A 2XFFA 1DHKA 1UQYA 3WDHA 1HJUA 5BXPA 4NSBA 2OSWA 5F7UA 2VCAA 1VFUA 4UQBA 1LLOA 5CQ1A 3W25A 3WKZA 2X05A 3UETA 2VX7A 4AD0A 4N0RA 1U33A 2QF8A 2GUYA 3QHMA 2D1ZA 1ZBKA 4WKAA 4TVDA 4RE3A 4H8VA 3WF2A 2CIPA 5A94A 1JI2A 1GOWA 4KRUA 3AS3A 1H41A 1W1PA 1JZ4A 1G9HA 5C71A 3ZIZA 2Y24A 2GSJA 4PYSA 4OBRA 2VC9A 1UR1A 3VX0A 3O2LA 1O6IA 4JFVA 5IDIA 1HL9A 4CCDA 5GNYA 2E40A 3EDDA 4CU7A 2GK1B 2YKKA 2UY4A 2ZUVA 1V3IA 2DT3A 4JCLA 4AEFA 5A2BA 1J0ZA 5FD0A 1XSJA 2DEPA 1WPCA 9CGTA 1HKJA 1QI3A 4P7OA 2VOTA 4W86A 1SFSA 1TR1A 1M7XA 5ABGA 1E15A 4M56A 4PBGA 1UR8A 2XWDA 3ZM8A 5BXTA 3POHA 5AYBA 1G5AA 2WPGA 1JD9A 3LPFA 1SMAA 1E71M 1MW0A 2PBOA 1PJ9A 1V0KA 4V2XA 5LA0A 4AZ6A 3GNRA 3ARTA 4RE2A 5CJ5A 3GXDA 2CBJA 4P7RA 3CTTA 1Q6CA 4ZE4A 2D3NA 1I1XA 2CHOA 5DFAA 1JZ7A 3GYCA 4JL1A 5I5RA 3A4AA 4DUWA 1WZAA 4GQQA 2FHBA 1JZ8A 3BAIA 1RP9A 3ZR6A 2CPUA 4CN6A 2YA1A 1UR4A 3GTNA 1UWQA 1QW8A 3CH9A 4CUCA 5A3HA 3RM9A 3IK2A 3W82A 3O6AA 2EPKX 1NARA 2MANA 5BYWA 1BF2A 1CXIA 4AD4A 1EIBA 2ZUSA 3G6LA 2CHNA 5A6LA 1WAWA 3U5UA 2J7BA 5BCAA 1TVPA 1UQZA 1GOQA 1JNDA 5A1AA 2WYSA 3ZT6A 4AISA 1YHTA 2JEQA 4WLCA 1BGAA 1OIFA 2J78A 4W89A 3BAKA 2WNWA 3M6DA 5HOSA 2DSKA 3IAPA 2VQTA 3BAWA 5A6AA 2XFYA 4QCFA 1PEZA 5A6BD 1E55A 4TTUA 2RGMA 7CGTA 2F2HA 3WDPP 4E8DA 1HJWA 4EKJA 4UOZA 2EJ1A 4HA4A 3RJXA 4ZEPA 2XM2A 3GNPA 1E6PA 4ACZA 1E5NA 1R85A 2CEQA 2VI0A 2DSUA 5AY7A 3VM5A 4B3LA 3WEMA 1NP0A 2XIBA 1KGUA 1SR0A 5DO8A 4AXNA 2XVKA 3DECA 3VD7A 1V0MA 3ZMRA 2YA2A 2YIHA 1JD7A 3EBVA 1JZ3A 4UFHA 1ZU8A 1V6WA 4D6HA 3AI0A 3FN9A 4D6DA 1E6XM 3ALGA 3UEQA 1TFVA 2BNJA 3AMDA 3KE0A 1KQZA 3WNMA 3BCFA 4TVUA 5BROA 2J75A 3BSGA 2XVPA 3LMYA 3OLEA 1QOXA 2CESA 2YDQA 4Q7NA 1B90A 1HVXA 3LPPA 4Z2HA 3VM7A 5A6KA 2J7EA 2WZEA 1W2PA 4DUXA 3VX1A 3B9EA 5EFFA 4MB5A 1J18A 2WMFA 1OD8A 4Z2IA 1CIUA 2A3AA 1EGZA 1EO5A 3QR3A 4FLQA 4QAWA 5C70A 5I6SA 1OSEA 5I77A 1VEOA 3D3AA 1E6NA 1B30A 3J7HA 5CPQA 2A3HA 3GH4A 1XC6A 3VIFA 3WQ8A 1UWIA 1WP6A 2BFGA 1BAGA 2WAGA 5EMYA 1K9FA 5A95A 3N1AA 1JDDA 1H0GA 3PBGA 3JUGA 4XB3A 3SUSA 3GDBA 3MKKA 3T0DA 1UKQA 1OT2A 1MWOA 2G3IA 3EDKA 1WDQA 5JBFA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2XL4 A;  5DEZ A;  3U3B A;  4OIO F;  5EU9 A;  1PYM A;  2HS8 A;  1LRT A;  2X09 A;  1E43 A;  3AS0 A;  1EJS C;  4Q4K A;  3CUI A;  4K8H A;  3CZG A;  3QQ0 A;  3W1L A;  2EF9 A;  2EXO A;  4OV4 A;  2ZID A;  3TC7 A;  1YFH A;  2HS6 A;  2PTD A;  3ZJ7 A;  4GHR A;  4H9Z A;  2XLD A;  2Z1S A;  3RRA A;  1X7I A;  1FP8 A;  3RIT A;  3REQ B;  1YSA C;  4HU4 A;  2R7R A;  2TMV P;  2FZB A;  1PSC A;  2VXN A;  4MAD A;  4PC8 A;  3C8G A;  1G2D C;  1ISY A;  2YOC A;  2IPJ A;  3H2F A;  3WHN A;  3KUM A;  3B8T A;  1UFB A;  1TJ1 A;  3HNJ A;  3WFZ A;  1OX4 B;  3I3B A;  8CGT A;  2Q9B A;  4MJ4 A;  2ZDR A;  3NIY A;  1OC6 A;  3RYL A;  3OGV A;  4J35 A;  1VHN A;  2OG9 A;  1Q6G A;  4CQB A;  3Q4D A;  4F4B A;  1G1Y A;  2PDM A;  1IT0 A;  5BMX A;  3GU1 A;  1H5V A;  4BHB A;  4BWL C;  1RMD A;  2PDH A;  3M7S A;  1ZTV A;  4I5R A;  4AMA A;  2N3G A;  2XGB A;  1T4O A;  1QNQ A;  3SZR A;  2EM9 A;  1QI0 A;  2CIT A;  2HZ8 A;  1PDA A;  3DC8 A;  1GUV A;  1AZ1 A;  1C91 A;  2NQL A;  2PTW A;  4GD0 A;  1HMD A;  4KNW A;  1KB3 A;  2D0G A;  7REQ A;  3R1Z A; 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 1C8Y A;  3QGV A;  3EWZ A;  5H1W A;  2YWA A;  3EFO A;  2WZL A;  4ECL A;  4PFO A;  2Y3G A;  3OB8 A;  4ZQP A;  2QCF A;  1XBY A;  1DL3 A;  3AUO A;  1I2R A;  3UXD A;  3CV1 A;  4AWT A;  1SW0 A;  2X1U A;  1TV2 A;  3LXB A;  4XEK A;  1EC7 A;  1DBT A;  4E7S A;  1RQ0 A;  2JPU A;  1CGX A;  4JHZ A;  4ERG A;  4JI5 E;  1EP3 A;  4Q7C A;  3P0W A;  4P8W A;  1SFE A;  2ADA A;  2H8X A;  1X96 A;  1F61 A;  2WMI A;  1HJX A;  1NG1 A;  1X7F A;  3RLG A;  4ZL1 A;  3MUA A;  3G1Y A;  3IQ6 A;  2EMY A;  1V74 B;  3FDK A;  3VVG A;  5A2A A;  2V89 A;  1ODU A;  2CBU A;  5L0D A;  3TN3 A;  2ENA A;  2E09 A;  3WQV A;  1RXO B;  2H36 X;  2G4J A;  1VAH A;  3L5M A;  3CJP A;  1A5N C;  2B7O A;  1VPQ A;  1TTP A;  1Q6D A;  2JP9 A;  4NTB A;  4X66 E;  5EPD A;  2I14 A;  2P76 A;  4DWS A;  3CGT A;  4PMX A;  1BQC A;  2EPU A;  4BQ3 A;  3VGF A;  1WYI A;  3QMT A;  3CIX A;  3A13 A;  2F4V E;  5XIN A;  4U10 A;  4RZ5 A;  1D0Y A;  4WHB A;  2EN1 A;  3WFL A;  1WZM A;  1WKE A;  3EA2 A;  1WWP A;  4DF0 A;  3PUG A;  4MYA A;  4EX4 A;  1M68 A;  3RXZ A;  2NSO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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