5A6JA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 257
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
257
sequence length
630
structure length
618
Chain Sequence
HMASMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 257
structure length 618
sequence length 630
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6jA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6jA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6jA01
2BY3A 3BSGA 5EFFA 3EDFA 4E8DA 1R85A 3QHOA 4WK9A 1W1TA 2NSXA 1E0XA 3G6MA 3U7VA 5GNXA 4ZENA 1HJUA 3AYSA 1OD0A 2JFEX 4AZ5A 5BRQA 2GJXB 2YA0A 2J7EA 2X05A 3IK2A 3VIMA 4J3TA 2Z1KA 5M17A 3VIHA 1B90A 4EANA 4JFTA 2W63A 2YL9A 1NWRA 3DECA 3CMGA 1GOMA 3GXFA 1ESWA 5I79A 4J3SA 3VM7A 4PMZA 3D3AA 4KWUA 2FDMA 3AI0A 4H8UA 2WCGA 3WF2A 1TCMA 1S46A 3F5KA 4AD1A 1B31A 2BHYA 2GK1A 3KWXA 3CPUA 4CU8A 1UKOA 3RO8A 2EEXA 1F4HA 4PMUA 1V3MA 5FCZA 1HP5A 2XFFA 4UOJA 1KGUA 2WVUA 3ARUA 2BFGA 1J0KA 1QI5A 3PZVA 4XX6A 3KE0A 4MB1A 4AC1X 2YDQA 1MW2A 4EAMA 5IFPA 4HOWA 2AAAA 3AIWA 3IAQA 1C8XA 2OLHA 1UR2A 3VIOA 1M01A 4AZBA 1HL9A 3L4ZA 3MKKA 2XYLA 2D24A 3FAXA 2EPMX 3CMJA 3LPFA 4HZ7A 1JYWA 5GPRA 3FY1A 1V6XA 4M82A 1G0CA 1V0MA 3WMCA 1PBGA 3GXDA 1NWSA 1FA2A 3EDEA 2D23A 3BAJA 1UOKA 4QFUA 3MMUA 1H5VA 2AOSA 3SCWA 1OSEA 2G3NA 1BYCA 1CZ1A 5CSUA 1JZ6A 5M03A 1B3XA 4C7GA 1R8LA 3BMWA 3NIYA 4DWSD 4W8AA 1HJSA 4KRTA 3EMCA 1QNOA 1UA7A 6A3HA 3L4YA 3AZTA 2WSPA 4MNKA 4JFSA 1BHGA 3II1A 2GJPA 5E9AA 1WB0A 3MUIA 4A4AA 1E6RA 4Y7EA 2PBGA 3LPGA 4QAWA 1GOKA 1V3JA 2J7DA 1JDAA 1HKMA 5ABFB 2GSJA 5CSYA 2BNJA 3CZEA 5I6SA 3WDJA 1KCLA 2BVYA 3WFZA 2V38A 2UY4A 2CHNA 3AZSA 4QLKA 1ITXA 1J9YA 3ALFA 1UR8A 2J47A 3ZSTA 3QR3A 4QDMA 1V0NA 1HJWA 2WZHA 4UQBA 3WBEA 3UEQA 1J12A 1N82A 4V28A 2Y5EA 1EDGA 1W32A 2WMIA 2VVNA 2VZUA 4LQ1A 1V6VA 1WDQA 3NDZA 2ZXAA 2G3JA 1MQPA 4AZCB 4AWEA 4J27A 2WKGA 4GO8A 3OB8A 1I1WA 3PZIA 4E8CA 1CPUA 4W7VA 1MQRA 1VIWA 3L2LA 4PMRA 3EYPA 3RCNA 1V6UA 1OIMA 4YHEA 1QI2A 2VCAA 3QOKA 3W53A 1QBAA 2W62A 5BXSA 2JIEA 1V3HA 1GVIA 3ARSA 1G01A 3AIVA 2PWGA 2V3GA 3PZMA 1EHNA 1KR0A 2CBUA 4BS0A 3OLDA 3VMPA 2X0YA 3BCDA 2BXYA 3UR7A 4AIUA 2WMFA 2UY5A 2B31A 5CLWA 5GNZA 5D9MA 5FL0A 3VIIA 4F9DA 2A3BA 4W5ZA 9CGTA 3K4DA 3WMSA 2FHBA 4PTXA 1WZAA 4HA4A 1OM0A 2EPOA 1AMYA 1BPLB 2A3HA 3WD2A 4WSJA 5CLTA 3ZSSA 1CYGA 1UH4A 1ZBKA 3AFBA 1JYXA 4MB4A 1E56A 4CD6A 4M56A 1LWJA 4H8HA 3SCNA 3VINA 2JIWA 3NCOA 1C7SA 1E4NA 3VDHA 1OB0A 2ZUSA 1E15A 3PTKA 3WNLA 4PMNA 2EQDA 1VEOA 2PWDA 4WLCA 3S6TA 2J4GA 3ARYA 3N11A 5A8OA 4AISA 1I1XA 4U5IA 4BQ4A 1HX0A 4AD4A 1B3WA 1JI2A 1BG4A 5CJ5A 3W24A 3GBDA 1H3GA 2V3DA 1KBBA 1E6NA 4HPGA 2WLYA 4JL1A 3UR8A 4EE9A 3OLIA 4JKMA 4HMEA 2BY1A 4OJYA 2YBUA 1SR0A 5BXTA 2WMHA 3AS0A 4KMQA 4AIEA 2ESCA 3F4VA 5A2CA 4XV0A 1GOQA 5LA2A 1E55A 5A2BA 2WHMA 1B3YA 5CGMA 1PX3A 1VRXA 1HT6A 2WLZA 2W5FA 1XSKA 1R7OA 1K9DA 1X1NA 1W2PA 2VC9A 4U5KA 3WNNA 4P8XA 4CCDA 1G94A 1CXEA 5A95A 4K68A 1VB9A 4CVWA 3VKKA 4V27A 3L4XA 1KXVA 1JGIA 2WPGA 1J11A 4N42A 3WENA 1GOOA 3CHCA 4CU6A 1A3HA 1PIGA 1AQMA 5A6JA 2VQUA 3EDKA 4URIA 1GORA 3SCTA 3OG2A 1VEMA 1HKIA 1QHZA 3BSHA 1JZ8A 3NSNA 1FH7A 1DEDA 3KL3A 1JYNA 1WZKA 2XM1A 1XCWA 3VIGA 2CXGA 2VX5A 5LA1A 3VD7A 3CHEA 1H0GA 2D3LA 3RIKA 3VILA 4MNJA 3BC9A 3UG4A 3L4WA 2JEQA 2VI0A 4LXFA 4M29A 2CETA 1H4PA 1ZBVA 2OSYA 5A8PA 4DUWA 1C8YA 2WCSA 5I5RA 1E0VA 4WIWA 5BXPA 3AIBA 1QVBA 1ODZA 2W4XA 2F8QA 5CPQA 2ZUUA 3K4AA 2JE8A 2VCCA 1K9EA 1GW1A 3AS3A 1UR0A 1GVYA 2OWWA 5JBFA 3BLPX 1KWGA 1UWQA 2DIJA 1PJ9A 4Z2JA 2J8FA 1VJZA 1EQCA 3QOMA 1VFMA 3ZQ9A 2VNCA 3GYCA 5EMYA 3ZO9A 4UQDA 1YHTA 1EDTA 5CZKA 2ZUMA 3PZTA 4M24A 3WQVA 1QNQA 3OGRA 2XUCA 3WD4A 3OIHA 2WYSA 3TOPA 4GI9A 1E6XM 3AZRA 2MANA 1FHDA 2E8ZA 3RMEA 2ZXQA 1C92A 4CGTA 1VEPA 1UKTA 3EDJA 6TAAA 2G8ZA 1MFUA 4AZCA 3WN6A 3DC0A 1J01A 2WWDA 5A69A 1EIBA 4KGLA 3N9KA 4UFHA 1GPFA 4PTWA 2A3EA 4Q22A 4TTGA 1KGWA 1JD9A 4D72A 3L4VA 4CU7A 3DYPA 4E2OA 1LF1A 3VNYA 1PIFA 3N17A 4DUXA 2Y4SA 2RGMA 4GKLA 2GFTA 1VENA 1E5NA 5E6ZA 3PHAA 4D6FA 4JHOA 2WC4A 3VPLA 2D22A 2X2YA 4W93A 1BAGA 1NOUA 2PBOA 3SUTA 1QNPA 4H7VA 1E1FA 3AISA 2EPLX 5A6SA 1UQYA 2BHZA 5FD0A 4UQAA 7TAAA 3ARRA 5D8ZA 4J3XA 3AYRA 2XFYA 4ZFMA 4ATWA 3W29A 3N13A 4GI8A 3PZ9A 1GJUA 1O7AA 1E3ZA 2VT0A 1M53A 3THCA 2ZUNA 2BHUA 4UNIA 3T08A 2Z1SA 2QPSA 1NOWA 5GNYA 4CUCA 2D0GA 4AXNA 5BXRA 2WVVA 3ARPA 1V0LA 3EMZA 5HNNA 4BF7A 4PUEA 2D0FA 3OLEA 4C7FA 2GJRA 2TAAA 4AIOA 4HA1A 3UESA 2RGLA 5ABHA 1JFXA 2GUYA 5IXEA 3WKZA 3SCVA 1W3JA 2V3FA 3TP4A 2EJ1A 2EPKX 3W6MA 4BCEA 2A3CA 3POCA 2Y2WA 5LA0A 2VL4A 2DDXA 3AROA 3WQ8A 1MW3A 2VRQA 1GQKA 3LPPA 4D1IA 5D9NA 1VF8A 1U2YA 5TD4A 3W81A 3FAWA 1VFOA 1CBGA 1HJVA 3SCQA 4J3WA 4Z2GA 5FIPA 4FLOA 4W87A 1CENA 2XVKA 1UD4A 4OBSA 1EXPA 2W61A 4E4PA 1UKPA 2VRKA 5E0FA 2XGBA 4PUDA 2J79A 1UKSA 5I2UA 3QHMA 1WKYA 1CXKA 3THDA 7A3HA 3AOFA 5CG0A 3A4AA 4NZCA 3ZJKA 2DSKA 2VR4A 3HJEA 3OGVA 4JCLA 4WKAA 1P6WA 5E6YA 3B9DA 3OA5A 3D5HA 4WKFA 1UWTA 2E40A 3CGTA 1CNVA 4D6JA 1H49A 5HPOA 3CUJA 3UERA 1C3FA 1SMAA 5JIPA 1UD8A 5A6LA 3AXIA 4KRUA 4HU8A 4MNLA 3APGA 4U31A 1KBKA 1MVYA 5DT7A 4KGJA 4V2XA 1UH3A 1NWUA 3BAKA 2VTFA 3SCPA 4UOZA 4FK9A 4DUVA 1JL8A 1HN1A 1Q4NX 1MYRA 2CIPA 3F5LA 1GQJA 3VD4A 4LYRA 1XSJA 2Y24A 2WHLA 3ZJ6A 1GQLA 4UZUA 4UFMA 1H09A 2NT0A 4AD0A 3WUEA 3TTOA 1R7AA 3GDBA 4W8LA 1V02E 5C8BB 2QV4A 4HU0A 3VU2A 3MSGA 3WL1A 1EGZA 2YJQA 4OKDA 4MNMA 3QHNA 1H2JA 1EO7A 1OGSA 2DT1A 3PZOA 1QW8A 5EB8A 1C7TA 3WELA 1ZL1A 4OZOA 1BTCA 2C0HA 5GQBA 3VGFA 3VDAA 1FP8A 3AHXA 4ACYA 1W9PA 3NSXA 4RL3A 1BYAA 3FNDA 2Q8XA 1E6QM 3CZJA 1V6WA 4W88A 4PMOA 3W82A 1B0IA 3WDRA 3W26A 2YLAA 5CGTA 1JAEA 4F9JA 2VZSA 2UY2A 3L4UA 3MU7A 3S2CA 2ZX8A 2CKRA 4CKQA 3WH5A 1QHOA 2HISA 3A3HA 4NRSA 5ABGA 3NSMA 3GM8A 2GDUA 3VGEA 4Q7NA 2PWEA 3SUSA 4H8VA 4LYQA 4W5UA 1V03A 3K1DA 1XD1A 5A1AA 4UFKA 2DSWA 4UFLA 3DHPA 5A6AA 2WMGA 4IPNB 5M5DA 3WDQA 2ZWYA 4D71A 3TTQA 5AYBA 1BVZA 1WDSA 2XWEA 1UD6A 1OBAA 1JDDA 1TG7A 4W89A 2CITA 1KXHA 3NYDA 2GDVA 1JIBA 1V3LA 4AD5A 2XIIA 1GOWA 2J74A 3LMYA 1CIUA 3WH7A 4DM2A 3PN8A 5M3WA 1IZKA 1TVPA 2PI6A 2F61A 2PWHA 4TOQA 4C7DA 2ZXDA 3AXHA 3WNMA 1XSIA 1EHAA 4UZSA 4W86A 3I3BA 1DWGM 1VBRA 5BYWA 3CUGA 3SCSA 4F66A 2E9BA 1W9XA 1XYFA 4CCEA 2J7HA 2E9MA 3TTSA 3WY1A 1HKJA 2YOCA 2YKKA 3PZUA 4WSKA 1JF5A 2BY0A 1DP0A 4EKJA 1V3KA 2J7CA 1AQHA 4B3LA 1D7FA 1Y7VA 3CLWA 3VDBA 1J0JA 3AMGA 3WD3A 4AZ7A 3GH7A 2CERA 1OGGA 1XGZA 2Y8KA 2WKLA 4YPJA 1GJWA 2IUZA 1BGAA 4HPHA 5A3HA 4MDOA 5C70A 1GHRA 1ZS2A 1NWTA 2J77A 4HMDA 5JIWA 1A47A 4CVUA 1KR1A 3WBAA 2J7FA 2CBIA 4X0NA 5I77A 1V02A 4TX6A 1Z32X 4HMCA 4FLSA 4Z2IA 1QW9A 4AZGA 3AMLA 4PSRA 4BZYA 1C91A 2O9RA 1OINA 3SCUA 4CD8A 1TMQA 3TTYA 1HJXA 1ISVA 3CZ8A 5CPSA 4QCFA 2WVVB 4YN5A 5D9OA 1LQ0A 2OYKA 2XTKA 1WO2A 3IAPA 1CGXA 2XFRA 2ZUTA 1M7XA 3AHTA 2J78A 4S3JA 3OZOA 5HXMA 4XB3A 1JZ3A 4PEEA 3AIUA 4P7OA 4S3KA 1W9DM 1W9BM 1CXLA 3ZT5A 1DWFM 1MW1A 1E70M 4D1JA 5A6BA 2WC3A 3IANA 3PZGA 3VD3A 3WDHA 2WW5A 1LL4A 3T2OA 3W37A 1JFHA 1LL6A 2CEQA 1E72M 5A6MA 7CGTA 2F2HA 4GIAA 3K8LA 4JKKA 2CBVA 3EMQA 1OD8A 4D6HA 4B9YA 3SUVA 3GNRA 3A4WA 4GZEA 1ECEA 1UG6A 4BQ5A 1OWQA 1BF2A 4F79A 2FHFA 4HA3A 3TA9A 1O6IA 3VIJA 1Q6GA 4W7UA 1E6SM 2ZXBA 2YDSA 2CCRA 3RJYA 3PTMA 1I75A 1BQCA 3WQ5A 1PX8A 2V3EA 4IPLA 4HZ8A 4IISA 1LWHA 4B16A 1H1NA 2QLYA 2VRJA 2WM0A 3AS2A 4R5EA 2DSZA 4AYSA 1HVQA 2DGAA 2QMKA 3RPMA 1ITCA 3N18A 1FOBA 4JFVA 3SUUA 3VGBA 3T2QA 3AQUA 3GTNA 1JZ5A 3O2LA 4H41A 2XGIA 5I3DA 1W1PA 3WEMA 3W25A 3T2PA 2DT2A 5A6KA 1XC6A 3WF4A 5KZ6A 4ACZB 3WIJA 4X0VA 3L4TA 2XM2A 3K8MA 3I3DA 1AVAA 2DEPA 1GONA 3N04A 1SMDA 3CUHA 4XZWA 2CESA 3WF3A 4PN2A 4YHGA 4MDPA 2VUYA 1UD3A 4FF5A 4BQ3A 4AW7A 4MJ4A 4AY1A 3BAXA 4OOUA 1BYDA 2ZX6A 1GOIA 4JAWA 2DH2A 4JCMA 3CBWA 2WK2A 1WDRA 4CD5A 2E0PA 1ZBCA 3PBGA 1E0WA 1DWIM 1LG2A 2UWFA 2VZOA 3GXMA 1E4IA 4NI3A 3A47A 3WH9A 4WJXA 3WSUA 2PWFA 2ZICA 2VURA 5KEZA 1ZB5A 3U5YA 1UWUA 4N0RA 4U3CA 1VAHA 1W1YA 3G6LA 3ALGA 4TVUA 3AIQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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