5A6JA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 257
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
257
sequence length
630
structure length
618
Chain Sequence
HMASMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 257
structure length 618
sequence length 630
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6jA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6jA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6jA01
2YA1A 3WN6A 2MANA 1JAEA 5FL0A 3WNLA 1EGZA 3ZJ8A 3F5JA 5E6YA 3N04A 4HMEA 3PZGA 2V3FA 5BWFA 1DP0A 2XM2A 4HZ8A 4P8XA 5E0CA 2DPEA 2FGLA 3NYDA 3WEMA 2BY3A 1G1YA 2GDUA 4PEEA 1E6SM 2CERA 3WNPA 1E3XA 2UY4A 2WHLA 2WM0A 1W3KA 3O6AA 3A3HA 2A3EA 2J7FA 3UETA 3DHPA 1GW1A 1HKJA 1WPCA 4OJYA 2WK2A 3VDAA 4FK9A 2ZUSA 4TVDA 5A8MA 3TTYA 3CMGA 1K6AA 4PCSA 3WD2A 5I23A 1TCMA 4BQ3A 1XD1A 3WDQA 3GBDA 5CPSA 4PBGA 1UKQA 5FCZA 3NSXA 9CGTA 4MNJA 1G5AA 1V03A 3NSMA 1R85A 1HL9A 1KWKA 4MNMA 4F9JA 1DWHM 3AMGA 3MSDA 1GONA 3SCOA 1QVBA 3CZ8A 2FHBA 2YL9A 4ZE4A 5ABFA 1WDQA 2BNJA 1B3YA 4K68A 2VQUA 2E9MA 3AS1A 3SCQA 3WENA 1DWIM 1XSJA 2OWXA 3L4ZA 4CCEA 4KWUA 2WC7A 3K4DA 3RM4A 4V28A 1BPLB 1JDDA 2UY3A 3N15A 2VZTA 2PF0A 2EQDA 5EMYA 3PZTA 3ARUA 1V02A 2A3CA 4JCLA 1K9DA 4JHOA 3ALFA 3LPGA 2CNCA 2NT0A 3IAQA 3E1F1 1JI1A 2E8YA 4GZEA 1GHRA 1LL4A 3VM7A 2QLYA 4CN6A 1FH8A 1C93A 2VR4A 1CEOA 2WANA 3W0KA 3WMBA 3BGAA 4W87A 5DEZA 1MWOA 3AZSA 4IM4A 1ESWA 1ZBCA 4ZXOA 3VIJA 2C0HA 2D0GA 2Z1SA 3CHEA 4DWSC 2Q8XA 2VT0A 1GOMA 3WNKA 4CCCA 3AIQA 1C3FA 3SCNA 4OZOA 4YHGA 4AMCA 2W67A 1XSKA 4CVUA 1MW0A 1J0ZA 1OGGA 3GXMA 2JEQA 1QHOA 4Z2KA 4PRWA 4MNLA 4OOUA 1V6XA 3G6MA 1VB9A 1EA9C 1V6VA 1E6QM 3GZAA 1E72M 4PMRA 2CKSA 1KXTA 1QI0A 3WQVA 4AD3A 2OYLA 3POCA 3VIMA 4LPCA 4FLQA 2XVKA 3W53A 1E0WA 1OM0A 3OB8A 1QW9A 2Y4SA 4OBSA 3VDBA 1UR0A 5A8PA 3BCDA 2C8NA 2J8FA 1W91A 1W9UA 2PB1A 1WDRA 3MSGA 3GH4A 5ABFB 4H8HA 1ODUA 2JE8A 4J3VA 4ZEPA 1VJZA 4AZ5A 4LYPA 1FOBA 1TA3A 1VF8A 5D8ZA 1V02E 4QDMA 3M46A 4AIEA 4HU0A 2IXUA 3WKZA 5JUVA 1U30A 2RGMA 2PBOA 2NW0A 4UFLA 1E5JA 3I3BA 3VD7A 2CYGA 2D0FA 3ZT7A 1LQ0A 1MW1A 2Z1KA 3FXYA 4F9DA 1J0JA 1PZ2A 2C7FA 2YBTA 3BMWA 5A6JA 4HA3A 1EH9A 1JIBA 5BCAA 3WDRA 4CU8A 2PWEA 1NOFA 2PWDA 3S6TA 1UR1A 2V3EA 6TAAA 4IISA 2ESCA 3WF0A 1J01A 1TZ7A 2VR5A 1W3JA 5ABGA 3B8SA 1G01A 1ITCA 3VIOA 3PZ9A 5CZKA 4ZXLA 1BVNP 1UR2A 4AWEA 2VNCA 1GNXA 3A4AA 3EDFA 2V3DA 1ISYA 1HJVA 5I0DA 1QI2A 1B1YA 3L4TA 1AQ0A 3N1AA 1BG4A 1VJSA 2EPOA 1E0XA 1X6NA 3AMDA 4GO9A 3MUIA 3PZVA 2TAAA 4GI6A 1JG9A 4Z2IA 1B3ZA 1R7OA 3KEHA 3KE0A 3F5KA 4D6HA 3ZIZA 5A1AA 3AS3A 1I1WA 4B9YA 3OZOA 2VMFA 3QHNA 3L2LA 4CCDA 4NF7A 5GNXA 5I24A 2PWFA 4MPKA 1WP6A 1EQCA 1GOOA 3PTKA 1TE1A 4UZSA 2UY5A 4U3CA 1DEDA 3ECQA 4A3YA 1L0PA 1XYFA 1GVIA 4UQBA 4FLSA 4RL3A 3SUSA 1B90A 4S3JA 1WO2A 2GSJA 3EDKA 1HKMA 1J18A 1JZ4A 4W8LA 1ZJAA 3TTOA 3NIYA 3B9DA 3QR3A 4HU8A 4CKQA 3WH9A 1FFQA 2EPMX 2BY1A 4P7QA 4D6FA 3SCUA 3TTSA 2G8ZA 3DYPA 4B3KA 1K9TA 4MJ4A 1FH7A 4AIUA 2B31A 3T2QA 3WBAA 3VGDA 4JKKA 1VBUA 3K8LA 1RP8A 1V3HA 3BAYA 2JIEA 3L4YA 3TOPA 4IPLA 3OZPA 2VL4A 3QOMA 3FW6A 1W1PA 2WXDM 2ZX8A 1V0KA 1C90A 4P8UA 1E71M 4ATDA 1WE5A 3AIWA 4GPNA 2YBUA 3K46A 1E70M 2GK1A 4UR9A 1BTCA 2JALA 1GOWA 5JIWA 1U2YA 3ZJ7A 3ZR6A 1JF5A 5BRQA 2DT0A 2Y24A 3LPFA 3CUIA 1C92A 3MUAA 3SCVA 4D6JA 2WZEA 4PMZA 5A2CA 4H41A 1SMAA 4L4PA 3VDHA 3WD0A 3RIKA 4H8UA 3OIHA 3SUWA 5A8QA 4CD7A 1JYXA 1TR1A 5A6KA 1HJUA 2X2YA 3ZO9A 1NM9A 3OG2A 1KCKA 5A2AA 2VX6A 1WKYA 3L4XA 2BHYA 1JDCA 1WAWA 4KRTA 1KXVA 1E40A 1V3MA 3WQ4A 4GXPA 2BXZA 1NQ6A 5ECUA 3BAIA 3NJ3A 3BMVA 4JFWA 3CBWA 2X05A 4W5UA 4UFHA 2DSWA 4MAVA 1BYAA 4PTVA 1C8XA 1W9VA 1GCYA 3M07A 3BAJA 2EPKX 3OLDA 3EBVA 4J3TA 4GZIA 5IFPA 2OYMA 2GJRA 3RM8A 1UOKA 5FIPA 2J25A 1OD8A 3THDA 3VIPA 4P7OA 3ARSA 2YL8A 1AVAA 5KZ6A 1JZ6A 4F79A 2FH6A 4X9YA 3W4RA 2FH8A 2V5CA 1FHDA 5DT5A 2IUZA 2JEPA 2PBGA 4YPJA 2WB5A 3UR8A 1HXJA 4KRUA 4TXEA 4QLJA 6A3HA 3PZIA 5CG0A 4BCEA 3BLPX 2QV4A 4XUYA 1EXPA 1IT0A 3BSHA 1FP9A 3WBEA 4UFJA 4UZUA 1UH3A 2Y8VA 4ZE5A 2WMFA 3MV01 4QLLA 1PX8A 1CXIA 1R8LA 1TG7A 1QW8A 2RGLA 2ZUUA 2GK1B 1CGVA 1JF6A 1M03A 1J0YA 1HJWA 1VFFA 2XJ7A 3WQ8A 2A3HA 3W25A 1JD9A 1V0MA 3WH5A 4QLKA 4Q22A 3CZJA 1EO7A 2XVNA 4AXNA 3IJ8A 3O9NA 2E9BA 3VGEA 1JFHA 1QNQA 1OBAA 3AISA 4WK9A 3VM5A 2W63A 3AXXA 3A4WA 1BF2A 1JAKA 2XG9A 1C91A 2VQTA 4KGLA 3ARPA 1XC6A 4DWSA 4M24A 4M29A 4CGTA 4A3HA 3RDKA 4AYSA 2WVSA 1MVYA 1V08A 2BXYA 3AFBA 3QHMA 1J0IA 1EHAA 1YQ2A 3WUGA 1KGXA 3GTNA 3ZJKA 1CWYA 1QPKA 1UWRA 1UR4A 4MJ2A 3W38A 2BVDA 3ARZA 1CECA 3VX0A 1MXGA 2J7CA 2AMGA 4PCTA 2ZX9A 3NUKA 1M04A 2WC3A 3WMSA 1CXFA 3ARYA 1PIGA 1R87A 1TVNA 2J79A 4UQCA 3CUHA 4ZENA 3RPMA 4HP5A 2DH3A 5LYRA 3WELA 5DMYA 3SCSA 1JNDA 3POHA 2X0HA 1CXLA 2WAGA 2QF8A 1W9XA 3WNMA 4AEFA 1PIFA 2JIWA 1U33A 5D4YA 3FHQA 3VTRA 2J78A 3CGTA 4HOWA 4X0NA 2D20A 2WMKA 1UD4A 3AIRA 1JL8A 1DWFM 1ZBKA 3SUVA 1QBAA 5A6AA 1UA7A 1NOWA 4ML4A 4P7RA 3OBAA 2WLZA 2WMIA 2DSZA 2VUYA 1B9ZA 1UR9A 1OCQA 1XV8A 1MFVA 1UWUA 3RO8A 1LWHA 2VO5A 1JZ8A 2WSKA 7CGTA 4W93A 4WKAA 1KBKA 5GPRA 4IPNB 2WMGA 3T08A 4BZYA 1JYVA 5A95A 5E70A 1RP9A 1XRVA 1W32A 1EIBA 5D8WA 3GDBA 2Y2WA 3O2LA 4JKLA 3VMOA 2WSPA 4QP0A 3ZR5A 5DT7A 4MB3A 3VPLA 4LGXA 1CXHA 4MB1A 5JBEA 4GI9A 1CIUA 2J7GA 3AHVA 4S3KA 2VC9A 5CQ1A 3N13A 2DSKA 3WQ5A 2JFEX 1DWJM 3II1A 1E6XM 2F8QA 5A6BA 2WMJA 2DT3A 1FH9A 2CHOA 1EOKA 5IHSA 1BGAA 4R27A 4QCEA 3SCRA 5A2BA 3ZQ9A 4AEEA 5DFAA 1TMQA 2W4XA 3EMZA 4JZ5A 2Y8KA 2YLLA 2J77A 3LPOA 1E4LA 2ZX7A 2JF6A 1UD8A 3TTQA 3UR7A 4TX6A 3W28A 4NSBA 1GHSA 2DDXA 4D1IA 1PPIA 3W27A 1W1VA 1JZ5A 5HPCA 1QBBA 4J3WA 4DUVA 2XM1A 5BROA 4CU7A 3T0AA 2YDRA 1BFNA 4XZBA 1CBGA 1UQYA 1XCWA 1V6YA 5JIPA 1R86A 3VD9A 2WLYA 3VX1A 3PZUA 3CZEA 3D5HA 4PMYA 4N0RA 4CUCA 4OKDA 4D6EA 2AOSA 1LF1A 3AS2A 2J7BA 1W9DM 1WZMA 2FHFA 3RILA 1E4MM 3ZSSA 1H1NA 5HXMA 3L4VA 3DYOA 2VCBA 1US2A 4JAWA 1CGTA 3WFZA 1GJUA 2WCGA 1PX3A 1E1EA 1OINA 5CGMA 2V5DA 1W2VA 3MUY1 4JFTA 2VURA 2GJXA 3WNNA 1BYDA 1B2YA 5D9MA 5GNZA 2WCSA 4AD2A 3WD3A 3EMQA 5HBFA 5EBAA 3ZOAA 4UTFA 3CPUA 4U2YA 1QHPA 1XD0A 1UWTA 3VUPA 3WH8A 3CUJA 2ZUNA 4ACYA 1UQZA 1JGIA 4EANA 3SUUA 1ISZA 3PHAA 3VNYA 1FFRA 1UYQA 5C71A 4PSRA 1B3WA 2CCRA 3NSNA 3S2CA 4JFUA 4M80A 5FD0A 4ZFMA 4AD0A 1MYRA 3VGBA 3AZRA 1ZBVA 5GNYA 1IZJA 1KQZA 1JZ3A 6CGTA 2ZE0A 1XYZA 4J28A 2AAAA 3GXIA 4DUXA 2VRQA 3GM8A 1D2KA 1WCGA 1WZLA 4P8VA 5DF0A 2A3BA 3FNDA 4M1RA 3MANA 1LL6A 4XX6A 3GYCA 1HVQA 3VVGA 1BSIA 1WDPA 1PEZA 1UD5A 3CTTA 3MMDA 4A4AA 1KCLA 2D2OA 3BAXA 1BLIA 4E4PA 1AMYA 5I3DA 4ACZA 1UD2A 4HA4A 4W89A 3TA9A 5CGTA 3VD3A 2ZXDA 2QMKA 1NWTA 1CYGA 1UZ4A 2DGAA 4MDOA 1TFVA 4M81A 4UQ9A 1OGSA 1LWJA 1E5NA 4UOZA 1ISXA 3FHAA 4AY1A 1H2JA 5IXEA 1GOKA 2V3GA 3AS0A 4GINA 3BCFA 3MKKA 4EAMA 2J74A 3PTQA 1E73M 1OT2A 5LA1A 4U31A 4E8DA 4WSKA 4QCFA 4GO8A 4H2CA 1J0HA 3U57A 3G6LA 4LYQA 3BAWA 4JFVA 2GJXB 3FAXA 5KEZA 3WQWA 1NP2A 3HN3A 5BXRA 2WVVA 5AC4A 2DSUA 3L4WA 1BVZA 2D22A 3GH7A 1Q6GA 3WUBA 2WW5A 4WSJA 2G3MA 1GOQA 3IJ9A 5AY7A 4AZCA 5HNNA 1NWRA 2WWCA 8CGTA 2WBGA 2WZHA 5FL1A 1HJXA 4BS0A 5ABHA 1CXKA 5D9PA 1GQIA 3IAPA 4W84A 2CITA 3LMYA 1ZBWA 3ZM8A 1H0GA 3ARTA 2DIJA 1HP4A 2E0PA 3VIGA 1TA3B 2O9RA 4CN1A 2J7EA 4J7RA 1BG9A 5E6ZA 1M53A 3NCOA 4PMOA 1OD0A 3VD5A 3MMUA 4C7GA 1FA2A 4R5EA 4ATWA 1FHLA 4D72A 5M5DA 4TVUA 2GVYA 5AYIA 3T2OA 2GJPA 3AIUA 1VIWA 3GXDA 2JF7A 3OLEA 2Y5EA 1QOXA 4AZBA 4OOZA 1G9HA 4TTUA 2BV9A 4RE4A 2WHKA 2E9LA 2BY2A 5HPOA 1V6UA 1D7FA 1I75A 3BAKA 3MS8A 3AZTA 1KFWA 1HN1A 3CIVA 5E09A 4DWSD 2UWFA 4D6DA 1H0IA 3WDHA 1E56A 2FGZA 1ZU8A 2XWDA 2WVUA 4CVWA 1O6IA 3KZSA 1EDQA 1PBGA 4JIEA 2ZOXA 5C8BB 2PI6A 3VIFA 1SFSA 4W7UA 1HJSA 4M8UA 4AD4A 1P6WA 2DT2A 2DH2A 4UOQA 3K1DA 4W8AA 1V3JA 3K4AA 1R7AA 1XCXA 4JFSA 4GQQA 3AIBA 2XVLA 2IXVA 5CPTA 4PTWA 4WJXA 3PZOA 2WVVB 2D24A 3UG5A 1NWSA 3VIIA 3W6LA 1OIMA 3WY1A 1QI4A 3CHFA 3WDJA 4OUEA 5I2UA 3QGVA 4PMXA 1H5VA 5I6SA 2DSVA 1UG6A 3WSUA 1BAGA 4ATLA 4W88A 3CMJA 4B3LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 1JK1 A;  3LJB A;  4UQD A;  1W9P A;  4Z1B A;  1EJU C;  2IPW A;  1LQA A;  4GBU A;  4LVA A;  3MV1 1;  2H8Z A;  4HCH A;  1BR1 A;  1YTD A;  3JAM C;  1ICP A;  3BJT A;  2AGT A;  3B9A A;  3BGJ A;  1B9B A;  1G2F C;  4MTV A;  3IIP A;  3HTK C;  3MUX A;  5F2M A;  2VDG A;  5HAT A;  2EN7 A;  4LVF A;  5CPN A;  4BY3 A;  5HWJ A;  4TUF A;  5I06 A;  3G1D A;  3LRK A;  2IQD A;  3S42 A;  3FAJ A;  2YKK A;  4NYY A;  3A47 A;  3MCN A;  4R53 A;  1XMQ E;  1S1P A;  4XPW A;  4QTG A;  1OF8 A;  4GEQ B;  3EXT A;  1VAH A;  3T05 A;  1A7V A;  5F28 E;  2PWH A;  4O6N A;  2GJN A;  3GAN A;  4C1K A;  1LLZ A;  2HMZ A;  4X3Z A;  1PDZ A;  3C2O A;  1K04 A;  1ZB5 A;  3RHG A;  3M7W A;  4DYJ A;  3QPY A;  1BWL A;  5COG A;  1V8E A;  4Z42 C;  2PD9 A;  4JI7 E;  2AL2 B;  2KON A;  3VC6 A;  3VOH A;  2FGG A;  4MTO A;  1EYE A;  4ZZ9 A;  1OQC A;  3E2S A;  3WEO A;  3RIT A;  4UMC A;  1WDS A;  4JE9 A;  2YPN A;  1CDG A;  2XSB A;  2VZO A;  4AZC B;  1TPC 1;  1E4I A;  1W31 A;  7XIM A;  3HJE A;  2EMI A;  2LCE A;  2DB4 A;  2A3L A;  2OXN A;  3GK0 A;  2QGY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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