5A6JA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 257
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
257
sequence length
630
structure length
618
Chain Sequence
HMASMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 257
structure length 618
sequence length 630
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6jA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6jA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6jA01
1J0KA 2PBOA 3FHAA 4JIEA 1G94A 2WMIB 5A6BA 4LX4A 2W92A 3CUIA 3OLDA 3CZLA 4ZE5A 4DWSD 2VZOA 5HXMA 1GPFA 4CCDA 4BF7A 3DYPA 2VX7A 1CIUA 2DT1A 2O9PA 1N82A 3WNPA 3GBDA 4CCEA 1JI1A 1XYFA 1PBGA 3AMCA 2DH3A 2CCRA 2YDRA 2VVSA 2V5DA 3VDAA 1W1TA 5A6SA 3DHUA 3GNOA 2WHJA 3AISA 1XH0A 1UWSA 3PZTA 2GJXB 5M03A 3T0BA 3TOPA 4UQDA 1HJSA 3WF4A 5A8QA 4BZYA 1KBBA 3NSMA 2G3IA 1QW8A 2XM1A 5BRPA 4HPGA 4FK9A 3EMQA 2O9RA 1XSJA 3PHAA 4GI8A 1K9DA 1KWKA 1E6NA 5JBFA 3AIVA 2X8RA 1JD7A 1GHRA 5KEZA 1NWRA 2VCAA 5CPTA 4L4PA 2NT0A 3IAPA 1SYTA 3RO8A 1W1PA 3PTKA 1CLVA 5A2CA 4UFJA 5JIWA 2PWEA 3A47A 4W88A 2CBUA 3VIOA 4QLKA 4HP5A 3ARSA 1WO2A 1ZBCA 3G6MA 4R27A 3WL1A 1TVPA 3CO4A 4Z2LA 1QVBA 5HPOA 4BQ5A 2ZWYA 1C7TA 2DPEA 3VGGA 4ACZB 1BPLB 2EPLX 4CN6A 4W7WA 1KCKA 5BYWA 4JFSA 2YA2A 4AY1A 1V3JA 1LWJA 1V0MA 2A3HA 1XH2A 2E9BA 4W84A 4MB4A 1E9LA 4U5IA 4MNMA 1R8LA 5DFAA 3VKKA 3AZRA 3N1AA 1RH9A 3N17A 3GXIA 1JGIA 5AC4A 3WSUA 3IAQA 1E6PA 3DYOA 1NOWA 3FY1A 1JAEA 1XRVA 3HMCA 2WCGA 2B31A 4MB5A 1VRXA 4JHZA 1FH7A 3WH7A 3KEHA 4W5ZA 1E70M 2AOSA 1WZLA 3TTQA 3RM8A 1HT6A 3ECQA 3OZOA 1E5NA 3M6DA 3K4AA 1XV8A 1TCMA 1EHNA 3BAJA 3MU7A 3BAIA 1EDQA 4AZCA 1V0KA 4H7VA 2ZIDA 4ZEPA 2E8YA 3N9KA 3S6TA 1ODZA 4RE3A 1VEOA 2OWCA 1KXTA 1V02E 3BCFA 3OGVA 2QV4A 2D0HA 1GW1A 1OGGA 4LGXA 2OYLA 2PBGA 4LPCA 1G01A 3WFZA 5E09A 1BVZA 1HIZA 4M8UA 2BY2A 1MFUA 4GZJA 4AW7A 4TX8A 1EGZA 5IFTA 1GJWA 4AD0A 4LYQA 3CMGA 1KB3A 3AZSA 4CU8A 2Y2WA 1WE5A 2YL6A 3WFLA 2VZUA 1B31A 1UA3A 4KRTA 2GUYA 1PAMA 4UQBA 1R87A 5CLTA 3CHFA 3CMJA 1GONA 3TTOA 5DT7A 2EO7A 4PRWA 4MAVA 4H04A 1XD0A 1CNVA 4AEEA 1ZBVA 2W67A 4CKQA 3L4ZA 3BMVA 4HU0A 5JBDA 3RM9A 1QI3A 2QMJA 2VZVA 3PZNA 5CQ1A 1PIFA 4CD7A 5ABEA 1CGUA 3WDJA 3ZSTA 4PCSA 3W29A 1E6RA 4DUWA 5A6KA 4UQ9A 1W9UA 1B0IA 1XC6A 1QI5A 2D2OA 4UR9A 4CU7A 1HP5A 4M80A 3SUUA 4Z2HA 1FP9A 3EDDA 4C7FA 1MFVA 3WH8A 3VIJA 4PUEA 2C8NA 2J78A 4F8XA 1BQCA 1J18A 5CSUA 3POCA 1VB9A 1E15A 4KWUA 3MUZ1 2JEQA 3CBWA 2JEPA 4OZOA 1NOUA 4P8VA 1WDSA 4H8HA 3WNNA 4GINA 2D0GA 4PMVA 3L4XA 3MUIA 4ZXOA 3DYMA 2F61A 1OD8A 1Y7VA 4MNLA 4UFLA 4D1IA 4D1JA 4AZCB 5CPSA 2EBNA 5EBAA 1WZMA 2VRKA 2BFGA 4QP0A 1UWQA 4QAWA 1GQJA 3IJ7A 1JNEA 5A95A 3AIUA 4B16A 4PMUA 3ARTA 3KL3A 3WEMA 2FH6A 4DWSA 1A47A 1YQ2A 2C7FA 4PTMA 5AYIA 2J47A 3ARYA 4FLSA 4WKAA 2CBVA 2WXDM 3J7HA 4F9JA 3N12A 4AD2A 1WDPA 4ML4A 4FMVA 3ARVA 1FFRA 5HOSA 2YOCA 4V27A 1HF6A 2EXOA 1UR2A 3L4VA 2VQTA 1DWAM 2D20A 2GJRA 3BSGA 1JZ5A 2PB1A 2JF6A 4CD8A 2XSBA 2Y8KA 3VX1A 4BQ4A 5AC5A 1CZ1A 1UD6A 3ZR6A 9CGTA 1GVYA 2CHOA 3U57A 1WAWA 1MWOA 3APGA 2GFTA 1MW2A 3SCQA 3WD0A 2GK1A 1QNSA 2VRQA 3I3EA 1QNQA 3PZUA 4U33A 1BVNP 3QHMA 4ACYA 3POHA 4D6HA 4JKKA 2X09A 3OLEA 4MB1A 1EQPA 2PC8A 1HL8A 1P6WA 3VIFA 1SMDA 1JDDA 1BYDA 2ZXAA 3AYSA 3N11A 3SCNA 2G41A 1R85A 5BXSA 5M17A 5E6YA 2FHFA 2F2HA 1H11A 3FAWA 2XWDA 3SUVA 2AMGA 4DUVA 5BWFA 2PWGA 1I1WA 3GH4A 1HP4A 4E8DA 4ATDA 2J8FA 1J0ZA 4D71A 1JF6A 3MV01 1E72M 4PMXA 5A3HA 1ISXA 2BY1A 1EQCA 1HX0A 3W6MA 3GZAA 2W5FA 1MQPA 1CXKA 2EQDA 2XWEA 3ZJ6A 4OBSA 4BQ2A 5JUVA 3QOKA 2O92A 1BG9A 2WANA 1VENA 1JZ3A 2DIEA 4Y7EA 4GKLA 4DWSB 3ZSSA 1GCYA 1VBRA 1HKKA 3T0AA 4UFIA 2G8ZA 1PEZA 5GNZA 2WMKA 2OSYA 2XHYA 4FLRA 2YA1A 1V6XA 3RCNA 1PPIA 1LL6A 4P7LA 3NDYA 4AZ5A 1UR1A 4JZ5A 2W4XA 5I3DA 3DC0A 1V6VA 4D6DA 4HOZA 4JCMA 4PMRA 4NF7A 4JFWA 1UKOA 1PZ2A 1E43A 1VAHA 2WSPA 3WNLA 3O2LA 1Q6DA 3L2LA 1DWIM 1J9YA 3WQWA 1J01A 4E8CA 3II1A 4UFHA 3CUHA 4EAMA 1TUXA 1U2YA 4NRSA 3BAKA 3EDFA 5A8OA 5CLWA 3VM5A 5E9AA 2G4FA 3AMDA 1WDRA 5FIPA 3AMGA 1HJWA 4B15A 1KQYA 2WMFA 4EKJA 2WYSA 1DWHM 4QCFA 3WH6A 1W3LA 2E8ZA 3B8SA 4HU8A 3UERA 4TXEA 5CGMA 2ZX8A 4PTVA 4W89A 2X0YA 2UY5A 4JFUA 4AIOA 1LQ0A 1TFVA 2BHZA 1U33A 3GYCA 1E6XM 4P8UA 2FDMA 1XGZA 4YPJA 5ABFA 1QNRA 2VVNA 2Z1SA 1B30A 3VD9A 3W4RA 2QPSA 2CERA 1UWIA 1EA9C 5KZ6A 1QI4A 3WDIA 1L0PA 1LJYA 2WWCA 1IZKA 2XGIA 1CXFA 1E1FA 3ARQA 3AHVA 5HPCA 2J7FA 2VI0A 1Q6EA 3WNOA 2OWWA 1C3FA 3B9AA 3W37A 2WKGA 1M04A 2DH2A 1TZ7A 4HZ6A 2TAAA 3AS2A 1QI0A 2O9OA 3CZ8A 3WQ5A 3HU7A 1GUVA 1AQMA 4S3KA 5ABGA 1W3JA 3W53A 3WD2A 4TVCA 1FH8A 1KR0A 3L4WA 3CZKA 1H0IA 1RP9A 1BLIA 2WCSA 1NM9A 2O9TA 3FXYA 3VVGA 3VTRA 1QBBA 2WC7A 4HMDA 1BTCA 2YLAA 5C70A 1O6IA 1QHOA 2WMGA 2WZEA 3CUFA 2YIHA 3OB8A 1KGUA 4WKFA 4KRUA 5M3WA 2W66A 4XX6A 1A3HA 1AVAA 3DHPA 2J8GA 5D4YA 3N18A 3OGRA 7CGTA 1W9XA 1JDAA 1EH9A 3UEQA 4MJ2A 4CD6A 4DM1A 3BLKA 4CCCA 1LL7A 3LPPA 1LF1A 1UD5A 3MKKA 2C0HA 2XIIA 3TA9A 1CGXA 4URIA 4CU6A 4U3AA 3CUGA 4QDMA 1V6WA 2ZXDA 3MMWA 1CXIA 4AZIA 4Z2KA 3FHQA 4W5UA 3MUAA 1K6AA 3PZQA 3VGHA 4WSJA 3W24A 1LL4A 3RMEA 1W2VA 1JL8A 1E73M 4KGJA 4AZGA 4MJ4A 5IXEA 4PMOA 3U7VA 1I1XA 3AXIA 3VILA 5ABFB 3BC9A 1UG6A 2BHYA 4TTGA 1GZJA 3ARPA 1VEMA 2IUZA 4XZWA 1OD0A 1UZ1A 1EO7A 3RJYA 2ZUUA 1BGGA 1GQKA 3SCUA 2VMFA 3FW6A 4B9ZA 1W9PA 3CUJA 3ZJKA 1PJ9A 1ZBWA 3BXWA 5C71A 3AI0A 2ZUWA 3VGEA 2JFEX 2VZSA 1CEOA 2JIWA 1E0XA 1HN1A 2ZX9A 2HISA 4J7RA 4AZBA 3VUPA 2CYGA 2XFFA 4JL1A 4TX6A 3WMCA 4GI9A 1ITXA 1W3HA 1NH6A 1TR1A 2QLYA 2W61A 2YL9A 1UKQA 1E4NA 2E0PA 1E3XA 3WNMA 4MDPA 4WF7A 1UHVA 1WB0A 2XVGA 2WLZA 2VCCA 5D9OA 1GORA 3OIHA 1MW0A 4AWEA 1QNPA 5A2AA 3UR8A 3NDZA 3UG5A 1G1YA 1W9VA 2OYMA 4JKMA 1ZB5A 3W25A 1RPKA 4PN2A 3VX0A 2W91A 2XPKA 3IK2A 2G3MA 5A94A 3KL0A 1EHAA 4N0RA 1ISZA 2D3LA 3WD1A 4RL3A 5DF0A 4JAWA 7A3HA 5LA2A 1YHTA 5AY7A 2CXGA 3VNZA 1JZ2A 4HOWA 3TTSA 4D6JA 1V03A 3VD5A 4PTXA 1D2KA 4J3TA 5M5DA 1GJUA 1OT1A 2YKKA 4R5EA 1VF8A 3W82A 1W1VA 2CHNA 1UWTA 1S46A 1HVQA 4X0VA 1EDTA 1B3YA 4UOJA 4FLQA 1UKTA 3T0DA 4AZ7A 4CGTA 3MUY1 1H5VA 3CHDA 4D6GA 1I75A 3RPMA 2WVUA 3K46A 4W8LA 1CDGA 5BXPA 1XCXA 2EPOA 5A6JA 2WSKA 1AQHA 3AFBA 3WF1A 1UYQA 3U5YA 1K9EA 3MSGA 5A8PA 1CYGA 1NARA 1OCQA 2VJXA 4D6IA 3BLPX 4V2XA 3WD3A 2WZIA 3GXFA 2Y24A 1LWHA 2X2YA 1V3IA 2WBKA 3T2OA 3K1DA 1MXDA 1US2A 4A4AA 3L4TA 4HMCA 2V3FA 3MANA 4LQ1A 2YA0A 5FOOA 3F4VA 4AXNA 1GOKA 5E70A 3E1F1 1BGAA 1CECA 5FL0A 1HVXA 1E71M 3GH5A 1D7FA 3ALFA 3WEZA 3SCTA 1G5AA 1E5JA 2WW5A 1UD2A 5CG0A 1V6YA 4J27A 4B9YA 1JXJA 4JFVA 1B3ZA 3AQUA 1KFWA 4WK9A 1ZBKA 3VIMA 1DHKA 2DSKA 1UKSA 1EDGA 4AD3A 1UKPA 2WZHA 1MXGA 3GM8A 4J3SA 4YHGA 1EXPA 1JYWA 1V0NA 2J7CA 3WDQA 1MQQA 4Q7NA 4UZUA 2ZX7A 2JE8A 3PZOA 4M1RA 3MMDA 1X6LA 1GVIA 3IJ8A 3WUFA 3PZVA 3UESA 1K9FA 2UY2A 3NCOA 4MADA 3U5UA 1UWRA 1FHLA 2DDXA 4H8VA 2BNJA 2F8QA 3KZSA 1B3VA 2DGAA 1ODUA 2WB5A 3WQ6A 4P7NA 2BVYA 1UQYA 3ZR5A 3A4XA 2DSUA 3RILA 3ZT7A 5GNXA 4NI3A 1KQZA 4B3KA 2BXZA 2D24A 4HZ8A 5A6BD 1JDCA 1UUQA 3ZT6A 3K4DA 1QBAA 1JFHA 2BVDA 3WF2A 2ZE0A 3WF3A 5A1AA 5ECUA 3AS3A 4ZFMA 3M7SA 3UR7A 2QHAA 3GXDA 2E9LA 3W0KA 3ZM8A 3QGVA 4MDOA 1C92A 1EOKA 4TVDA 1HJVA 2WLYA 1HL9A 3VMPA 3OLGA 2ZXBA 5DEZA 4FF5A 3QHNA 2WPGA 4UZSA 4C7GA 1V3KA 3VMOA 4LYPA 1CBGA 1NWSA 2BHUA 3HJEA 1E6QM 3PZ9A 4TUFA 4W7VA 4ZE4A 2XIBA 4OKDA 3WKZA 3A6OA 2WVSA 3AZTA 1JZ6A 2PWDA 2Y8VA 1QW9A 3PZGA 1GOWA 4P8XA 1MW3A 1G9HA 5D8WA 1M53A 3A3HA 4CUCA 2RGMA 1HNYA 3ARWA 4W86A 2D23A 5A69A 3WEOA 2X0HA 1BF2A 1OM0A 1IT0A 3W6LA 4MNJA 1TE1A 2JIEA 5GPRA 1RD6A 2CETA 1VJSA 2XYLA 2ZUSA 3U7BA 1WPCA 3G6LA 2XGBA 1CXEA 4D72A 1QPKA 3SCPA 5BXRA 4AIUA 4PEEA 3T09A 1HJQA 1NWUA 4IPNB 4TTUA 3AIEA 1IV8A 1FH9A 1BFNA 4P7RA 1VBUA 4W93A 4IPLA 3LPFA 1QI2A 2FHBA 1OSEA 3VNYA 1Q6FA 2V3DA 1BAGA 5A6AA 4GXPA 4H8UA 1XCWA 2VL4A 2GJPA 1CXLA 1HKJA 1ZJAA 3PTMA 3EBVA 3NYDA 3I3BA 2J74A 1XD1A 3CHEA 2ZUTA 2DT0A 4QLLA 6A3HA 2VX6A 2GDVA 2XVNA 4OBRA 2CESA 2WHLA 4MPKA 1DEDA 1JXKA 3L4UA 3NSNA 1GHSA 1XHGA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4RNJ A;  3TH6 A;  4CD5 A;  4RW3 A;  2YDS A;  4MW8 A;  2QEZ A;  3PFR A;  3VCC A;  1TWD A;  4I5U A;  3LU2 A;  6PTD A;  3S6D A;  3TW9 A;  1ZS2 A;  5MHB A;  4JX4 A;  2Z0I A;  1JZ8 A;  4D6C A;  4WKH A;  5FSE C;  3R8H A;  2YJQ A;  3AXX A;  2KJG A;  3R7M A;  2DB4 A;  3VD4 A;  2EM7 A;  4BI7 A;  3T1Y E;  4C5Z A;  1C9W A;  3CS2 A;  2POT A;  4JFT A;  4ANJ A;  3DX5 A;  3B0U X;  1XBX A;  3PUG A;  3R58 A;  1BYC A;  1D3C A;  4L7Z A;  1F3X A;  4YWS A;  3LV5 A;  3CAV A;  3ZJ7 A;  3V0U A;  1H09 A;  5CSY A;  1EP2 A;  5B7Z A;  4LAK A;  4AHQ A;  2HJJ A;  2EOZ A;  3AYR A;  2JX0 A;  1A1F A;  1EO5 A;  2CLE A;  4NSB A;  1S1P A;  1G5Z A;  3S1G A;  4WCJ A;  1GM5 A;  1BYA A;  3MMT A;  1T8Q A;  2VT0 A;  3DER A;  1H1N A;  1YYW A;  3G4X A;  1OFP A;  3BAW A;  4ZEN A;  2YCE A;  1FOB A;  3DI1 A;  2XS1 A;  3LS1 A;  3SRD A;  5TJ5 E;  1URO A;  4CN4 A;  4PTW A;  2AL1 A;  1QU6 A;  3MFN A;  4R3U A;  3PPH A;  2WAG A;  2OEM A;  1C91 A;  3GM3 A;  2DSW A;  4JIR A;  1RLC L;  5IHS A;  1TWI A;  4NXM E;  4OUE A;  4DI9 A;  4IUG A;  2OO6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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