5A6KA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with gal-ngt
Total Genus 262
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
262
sequence length
626
structure length
626
Chain Sequence
MVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second Beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus Pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans
pubmed doi rcsb
molecule keywords GH20C
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 262
structure length 626
sequence length 626
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6kA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6kA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6kA01
4RL3A 2BY0A 3FN9A 5A69A 3WDQA 2WMKA 3VOCA 1JI2A 4WF7A 3BGAA 4CN4A 1MFUA 4ZXLA 1CTNA 4PCTA 4FK9A 1RD6A 3AQUA 4FMVA 3WQWA 3BAIA 1DTUA 1KBKA 1BQCA 1GPFA 1QBAA 3VU2A 2JEQA 3WNLA 1RP8A 3OGSA 3PZMA 4B3KA 2CITA 3IAQA 4KH2A 1ESWA 3THDA 3PBGA 1TG7A 2E3ZA 1KB3A 3NJ3A 2XM1A 1PPIA 1EDQA 3AIWA 2X05A 1X6NA 1CBGA 4PMZA 1J0JA 2XSBA 3HU7A 4BQ2A 1HKMA 1M03A 1GOIA 3VGFA 3WKZA 3CUJA 4HPHA 1H2JA 1VB9A 1NOFA 3VINA 3FAXA 1CLXA 3W26A 1DWHM 3SEPA 5AC5A 3VDHA 4UOJA 3WFLA 3EMCA 1XV8A 1MQRA 3OG2A 3CGTA 1QNPA 4X0VA 2GJXB 3PZVA 3WF1A 3CHCA 5A2AA 1EO7A 2X1IA 5DEZA 3WUEA 3GXFA 5CXPA 3ZT6A 3NYDA 1HVXA 4DUXA 1HJVA 4AZBA 5HOSA 3UESA 1H1NA 1NP2A 4MNKA 5ABHA 1VEMA 5D9PA 1UD5A 1HF6A 3VGEA 4D6FA 3VD7A 1NM9A 1QI4A 2YJQA 4UFJA 1JYWA 1BYBA 3AMLA 2XJ7A 1ZJAA 3IK2A 5GNYA 4LXFA 2V3FA 2WB5A 1QHOA 1KXHA 3SURA 2J47A 2XVPA 4MAZA 1WP6A 3O2LA 4ATDA 2AOSA 2VZUA 1E6QM 4A3HA 2C7FA 3SUTA 4AD0A 5E6ZA 1TA3B 4KMQA 3AICA 2J7HA 3NDZA 1V3HA 3WNKA 4ACZB 4GINA 2EPNA 3ZOAA 5CLTA 2DT0A 3AXIA 2X2YA 4Q22A 5A2CA 1KCKA 1M53A 2VZOA 4QLJA 3DYMA 4W93A 1HT6A 2QPSA 2Y5EA 4L4OA 4C7FA 1WCGA 4JFUA 3VVGA 2J79A 5CPTA 1WDPA 3EMZA 5BXTA 1DHKA 4E8DA 3SUSA 4WK9A 1I1XA 1BGAA 3UG5A 3W82A 2Y24A 4HU8A 1J11A 3WH5A 3ZIZA 4V27A 4QP0A 1VJZA 2IXVA 5CPQA 3MKKA 1OGBA 1XCXA 4U5IA 5F7UA 3DYPA 3RPMA 1B3XA 5D9OA 3ECQA 5DMYA 4PMYA 4HA3A 3L4ZA 1CEOA 2WHJA 1GOWA 4PTMA 3PZGA 1R85A 2OWXA 2J4GA 2DSWA 1SYTA 4OKDA 1B9ZA 1CXEA 3VGBA 5LYRA 3N18A 2J77A 4LYQA 3VGDA 5BXRA 1DWAM 1DWFM 5C70A 4C7GA 3NSNA 3AS1A 4QFUA 3VD9A 3PZUA 3WDJA 2FH6A 1C91A 1ISXA 2BHUA 4A3YA 2ZX8A 5ABFB 1JF5A 5I77A 2VX7A 3BSHA 4TVUA 1OM0A 5TD4A 4IM4A 1HP5A 2PWHA 1MW2A 5BCAA 1E9LA 4EE9A 1LL4A 1GQIA 4MJ4A 1B3YA 3M46A 3KL0A 2WYSA 4GQQA 2CHNA 2JALA 2J7CA 4GI8A 3O6AA 4EANA 2D0GA 1O6IA 4LYRA 3WQ8A 2YBTA 1B3WA 2WC7A 3UERA 1W32A 4DUVA 3M7SA 4PMUA 4PEEA 2EPLX 3QOKA 1MYRA 3AYSA 1VFMA 3CZ8A 1UH3A 1TVNA 3U5UA 2WMIA 1J0YA 4XZWA 3TA9A 4W88A 2EJ1A 1UKQA 1CNVA 3THCA 4BQ5A 5A8OA 1CGXA 1EXPA 3AI0A 2GDUA 1J0HA 1KGXA 2QPUA 1V0LA 5D9NA 1XYFA 3ARQA 4DWSA 4NSBA 1LLOA 3WD4A 4ML4A 4AZ5A 3L4YA 3ZMRA 1ZBCA 1V08A 1ITXA 1L8NA 4MB4A 2YL6A 3ARZA 3IANA 3OGVA 4OOZA 1W91A 1VAHA 1UD3A 4CUCA 5FL0A 2XM2A 1W9XA 1MXDA 4NRSA 3RM8A 4BZYA 1UWIA 2ZX9A 2XVLA 4NRRA 3K46A 4HA1A 4JKMA 3T08A 1UD4A 2QHAA 4Z2JA 3OBAA 2WZEA 3W53A 2XFFA 4S3KA 2W61A 5JUVA 4A4AA 3T0BA 4U31A 4D6HA 3KZSA 1JIBA 2J7GA 1UWTA 1E55A 2GK1A 4PTWA 3TOPA 1OGSA 1B3VA 2A3HA 1HVQA 1V6VA 3VGGA 1WZAA 4UNIA 4UCFA 4PCSA 1A47A 2E9BA 2IXUA 3EBVA 1UA7A 4F79A 2D3NA 4JIEA 5CGMA 4AD3A 1E70M 2E4TA 3N15A 4UFMA 3HN3A 4W7VA 2FDMA 1H41A 3BAYA 3MUZ1 1ISWA 2QV4A 2V5DA 1SMDA 1GHSA 1OWQA 4CGTA 1W9PA 1PEZA 3TTYA 4M82A 4GI6A 4MJ2A 1Q6FA 1W9UA 2J78A 1LWJA 2D20A 2BY3A 5HNNA 4J7RA 4F8XA 5AYIA 1LWHA 1BYDA 1XC6A 1P6WA 3U5YA 6CGTA 1XH2A 3UG3A 5CSUA 1JFXA 2WMIB 1HIZA 2ZXBA 3A4WA 1J01A 4TOQA 3VIJA 4PMNA 1HJUA 4V2XA 4PN2A 1E73M 1EH9A 2GUYA 2WC3A 3B9DA 1RP9A 1BLIA 3O9NA 3N11A 4J3UA 2OLHA 1QOXA 3EDFA 1OSEA 2F61A 2CESA 3ARPA 4M81A 3W28A 5ABGA 3ARYA 3N12A 3AHTA 2WXDM 4GKLA 1Q6GA 4FLRA 3AROA 1GQJA 3WD1A 1HKKA 4JFSA 2CKRA 1CPUA 1PBGA 5JBFA 1KQZA 1J0ZA 4CN1A 8CGTA 2X09A 4J3WA 3WF2A 3WH8A 4U2ZA 5A8MA 3WH6A 1XRVA 2WKGA 2G41A 1NARA 3MS8A 1PZ3A 5I0DA 4PTXA 2CETA 3TTOA 3VX1A 4HOZA 1QPKA 3VPLA 5BYWA 3AMKA 1E4LA 4WIWA 3G6MA 5A6JA 3VNYA 4Y7EA 1R87A 4PYSA 3N1AA 4PMQA 3DC0A 4JKLA 1F4AA 1CWYA 2YDRA 1WPCA 3OLIA 4UFKA 5E0FA 1FFRA 1ZJBA 4W86A 1XH0A 2EO7A 5JBEA 3BMVA 1V3KA 2BVDA 4F9JA 1OIMA 5BRQA 2PWGA 2WMGA 2J7BA 1QNRA 4AEFA 3WNMA 3VMNA 4TTGA 1UR1A 3ARWA 1GVIA 2XG9A 4MNJA 4JKKA 6A3HA 1K9DA 3WL1A 2J62A 1UUQA 4GIAA 1I75A 1FP9A 1UZ1A 2YIHA 7CGTA 1E0XA 3VD4A 1PIGA 2BFGA 2NW0A 1JYVA 4ZEPA 2EPOA 1JGIA 3VILA 3TONA 1W3LA 3WENA 1UWUA 3AIEA 3VM5A 4KWUA 1CIUA 2Z1KA 1C8QA 4LGXA 4CN6A 1BPLB 3MO4A 1ZBVA 3OIHA 4ZE5A 2XYLA 4R27A 3CHEA 1LF1A 4Z2LA 3UCQA 2DT1A 2V5CA 2Z1SA 1EOMA 5HXMA 1UD8A 2CERA 2VX4A 3BAJA 4XV0A 2VR5A 4PMXA 4UFIA 3T09A 1BGGA 1ISZA 2HISA 5E0CA 3F5LA 3VDBA 3BSGA 4JCMA 3OGRA 4HMEA 3N9KA 3SCRA 4J3VA 2Q8XA 4TX6A 1KXQA 5E09A 1A3HA 1BYCA 3L2LA 1NQ6A 2EEXA 1JYNA 5CJ5A 3VIIA 3VIOA 4DUWA 4D6DA 1C7SA 4J28A 1PX3A 1WZLA 4F9DA 1VEPA 2CBJA 4Z2KA 1QI5A 3VM7A 4RE4A 2UWFA 3WDHA 2WM0A 1B1YA 3SCWA 5JIWA 1XGZA 4W8AA 1W2VA 1Z32X 1UR0A 2X8RA 1EIBA 1YQ2A 2XPKA 3MV11 1VF8A 1CXLA 4PRWA 1XH1A 4L4PA 3WBEA 4K68A 2VQUA 2CBVA 4J27A 3GNOA 3WEMA 1B3ZA 3NIYA 4BQ4A 3EDKA 2VTFA 3ARXA 3AIUA 1HNYA 1H09A 5IHRA 7A3HA 2WVUA 1D7FA 1V0KA 2XIIA 2WC4A 1H11A 4D6JA 5I23A 3WFZA 4XB3A 3SCQA 4U3CA 2JEPA 1GNXA 1HKIA 5A6SA 5AC4A 4AW7A 3WELA 1C7TA 2D23A 2VCCA 1BYAA 3W6LA 4EKJA 1ZB5A 1W3KA 2DQXA 3A3HA 4HPGA 3WQ4A 4IISA 4EAMA 1KWKA 3S6TA 1XYZA 1UWRA 1UR9A 3MMDA 4GZJA 2E9MA 1WZMA 5A8PA 4UZSA 2E9LA 2VX6A 2BVYA 2V3EA 1E4MM 1ITCA 1NWRA 1HKJA 2ZUVA 1F4HA 3OB8A 2D0FA 2PWFA 1TMQA 2OYMA 3TTQA 1NOUA 2XVNA 3CHFA 2ZX6A 3CUGA 1HP4A 1MFVA 2VVSA 3AFBA 5I24A 3GYCA 2WVVB 1KXVA 3WUBA 5A3HA 4GQRA 4JFTA 1OCQA 2RGMA 2FH8A 3LPOA 4IUGA 5A6MA 1J0KA 1CXIA 1XHGA 3RM9A 4AZIA 4P8UA 4JL1A 2A3CA 1GZJA 1MQPA 1CDGA 2X0HA 4JFVA 5D8WA 1WDQA 3GNRA 1G0CA 3GNPA 3GM8A 1HL8A 1GW1A 1IV8A 2WLZA 1U33A 2FHFA 3VIGA 1D3CA 4ATLA 2ZOXA 5M5DA 5EMYA 3WQ5A 2WMHA 3DHPA 4TTUA 1FHDA 4BS0A 1CXFA 3BC9A 2W67A 1CGYA 3E1F1 3L4UA 4MNMA 1JZ8A 2Y4SA 3FXYA 4HP5A 5IFTA 4FLQA 1CECA 2JE8A 3VIHA 3IAPA 3LPFA 5BXSA 1ECEA 3ZSTA 3WF4A 1MWOA 1GQLA 4AZCA 2ZX5A 2A3BA 2ESCA 3K8KA 1US3A 4TXEA 2TAAA 1CXHA 5KZ6A 4W87A 3CTTA 1KGWA 1MW0A 2UY2A 4E2OA 4W5UA 5E6YA 3GBDA 3PN8A 5LA1A 5FCZA 3POCA 3PZOA 4WJXA 2FGLA 3MMWA 1GOKA 4W5ZA 1V3MA 1UH4A 1QHZA 2EBNA 1W1YA 1G9HA 4FLSA 4PUEA 1PX4A 5A8QA 1JZ4A 1VBRA 3RILA 4C7DA 2CNCA 2EXOA 1IZKA 2UY4A 3U7BA 4TX8A 8A3HA 2O9OA 1RH9A 5EB8A 1YHTA 5E70A 2D24A 1BF2A 2DSUA 4AC1X 2VT0A 3VIPA 3AMGA 4RE2A 2VZTA 4PMVA 1JNEA 3ZT5A 1SR0A 3GXIA 2VUYA 1UG6A 1UKTA 4HTYA 1U2YA 4D1IA 5I2UA 2V3DA 4WKHA 1GHRA 2WCAA 2DSVA 2CXGA 4E4PA 4MPKA 4UQCA 4Z2IA 5DT5A 2BXZA 5M3WA 5IDIA 4MNLA 4PTVA 2DH3A 3AZTA 4AMCA 1UWQA 1C92A 4UZUA 6TAAA 5A6LA 1UWSA 2VX5A 5EFDA 2G8ZA 1JZ7A 3CIVA 4OUEA 2Y8KA 1CYGA 5D9MA 1V6UA 2WZIA 3FAWA 4D6EA 1H3GA 1G1YA 1NWUA 2W63A 2WWDA 3WL0A 1C90A 4MB1A 2ZUUA 4GZIA 3KL5A 3K1DA 1VIWA 4P7QA 3CLWA 3K4AA 4D6IA 5HDRA 4QLKA 4XZBA 1OINA 3A4XA 1KR0A 4QCFA 1KFWA 1E6SM 5LA2A 1UQZA 4XUYA 5DT7A 2VCAA 3EDJA 4AZCB 1BVZA 5AYBA 2G3MA 1PJ9A 1JZ2A 2V3GA 2DEPA 5FL1A 3BMWA 2OWCA 1V3JA 3CO4A 1VRXA 4UQ9A 1B2YA 2DSKA 1UR2A 1WO2A 2BS9A 4AWEA 4OZOA 4MAVA 4M56A 3SCPA 3U57A 3W27A 1ZBKA 3EYPA 4LYPA 1R7AA 3OZOA 1UKSA 3VIKA 1HJQA 4UQBA 4HU0A 4ZE4A 4P8VA 4J3XA 4NF7A 3DECA 2BVTA 5E9AA 1VEOA 3CUIA 2G4FA 3ZJKA 2GJPA 1UA3A 2J8FA 4J3TA 3PZ9A 3D3AA 1FHLA 2WBKA 4DWSD 3NDYA 5C8BB 4UTFA 1UQYA 1GOMA 1E3XA 4U33A 3WUGA 4OJYA 2D1ZA 2GFTA 3VGHA 1V6WA 4M29A 2WAGA 2IUZA 4J3SA 4PMRA 2VURA 1UZ4A 3BAXA 4UQEA 1LQ0A 3WBAA 2W4XA 2VC9A 3WIJA 1MW3A 4BQ3A 1Q4NX 1GOOA 1V03A 4H8UA 3WH7A 2ZWZA 2CIPA 3NSMA 2BY2A 2JF7A 4U3AA 1SFSA 5A6BA 2WVSA 1XSJA 4AYSA 4QLLA 3AYRA 1VBUA 2W62A 1E0VA 2WANA 1CENA 2UY5A 2O9RA 4CD8A 5DFAA 2OWWA 3SUUA 4CD7A 4DWSB 4GPNA 2ZUMA 2B31A 1Q6CA 4KRUA 5A6KA 4AD1A 1TE1A 4LX4A 1V0MA 1LL6A 4CU8A 4Z2HA 1TCMA 3UG4A 2VR4A 4W89A 4PSPA 1HL9A 2WWCA 1W3JA 3AHZA 3T2QA 5D8ZA 2DIJA 4DM2A 2WZHA 1R7OA 4AD2A 3BLPX 2PWEA 1AQHA 1B31A 1JFHA 5IFPA 2Y2WA 3RO8A 1B0IA 2PI6A 3WEOA 2ZICA 1C8XA 2YLLA 2F8QA 2GDVA 1MXGA 2BNJA 2W66A 4YHGA 2E40A 1QI2A 5A6AA 4PMOA 1PIFA 5CLWA 1FA2A 3K4DA 2GK1B 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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