5A6KA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with gal-ngt
Total Genus 262
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
262
sequence length
626
structure length
626
Chain Sequence
MVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title A Second Beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus Pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans
pubmed doi rcsb
molecule keywords GH20C
total genus 262
structure length 626
sequence length 626
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6kA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6kA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6kA01
3CZ8A 4YHGA 1B30A 2XWEA 4F8XA 1O6IA 1UR0A 4PMDA 5JBFA 2WWCA 4YN5A 4W87A 1L0PA 1QNRA 3DECA 3UERA 4PMVA 1W91A 4E8DA 3ZT7A 1P6WA 1TVNA 1LG2A 3NSNA 4UR9A 3T0BA 1VENA 2A3BA 2XIIA 2YJQA 2RGLA 1E5JA 5M17A 1WZLA 4PMNA 2WPGA 1W3JA 4P7QA 2XVGA 3POCA 2HISA 1EHNA 1B31A 3ZJ7A 3VGFA 1JYWA 1NP0A 2CETA 4CKQA 3ARXA 1ZJBA 3WUGA 4J7RA 3SURA 1HX0A 3N17A 3WH9A 2WSKA 3UETA 4CN4A 1V3LA 3WD1A 3PN8A 3F4VA 5I23A 3ARRA 5LA1A 1BG9A 1I1XA 1R7OA 2UY3A 2ZXBA 3OLEA 4WKFA 3VD3A 2FGZA 2DEPA 5A69A 4DUVA 1CGUA 2CITA 1LL7A 1ODZA 2WMGA 5HDRA 4AISA 1VFMA 3WDIA 4WSJA 3BMVA 1G1YA 3VOCA 3JUGA 5FCZA 5BXPA 4W8LA 4MNKA 1K6AA 4FLQA 2ZUWA 4UFHA 2VVNA 4K68A 1UR8A 3DHUA 3RCNA 1V3IA 1KXHA 1GOKA 1H0GA 4TX8A 1UD2A 4D6CA 3BCFA 4DUWA 4BZYA 2W63A 2GDUA 5ABEA 2E9BA 3AZTA 3WQ6A 2ZX7A 4OZOA 4WKHA 1V3MA 4LGXA 4W8BA 1B2YA 5EBAA 5FIPA 2DH2A 4AIEA 4UQBA 1JIBA 3NJ3A 1EOKA 2WVSA 4AD3A 3ZJKA 4QLKA 1KWKA 2X0HA 1WNOA 2O9OA 5CGTA 2ZXDA 1E1EA 2ZUTA 4ACYA 5CLTA 2CKSA 3VM5A 2YA2A 1KBBA 3NSXA 3SCQA 4TOQA 3PZOA 3ZSTA 1G01A 2J77A 1EHAA 3ZQ9A 5I6SA 1VFFA 4U5KA 3W25A 4HU0A 4HZ7A 4UQ9A 1G5AA 2G4FA 5KEZA 5A94A 2PB1A 3IANA 4EK7A 8A3HA 2TAAA 4M24A 3MKKA 3RO8A 5CPQA 4ZEPA 2WM0A 4AZ7A 1ESWA 5JIWA 1JAKA 3MMWA 1VB9A 2VNCA 4ATLA 4H04A 1NOUA 2GFTA 4CCCA 4JFTA 3L4WA 2GK1A 4P7LA 3DHPA 3W38A 2NT1A 2CBVA 2PF0A 1KCLA 1RPKA 4D6GA 2WMHA 3RPMA 1MW3A 1AQHA 3N1AA 3CUGA 1J0IA 3M46A 4CD4A 1UWQA 2E3ZA 1IT0A 4PTVA 3VDCA 3BCDA 3W24A 2W61A 5ECUA 1U33A 3L4XA 1E4MM 3AIVA 4F9JA 2W62A 2VZOA 7CGTA 4LYPA 3ECQA 1G9HA 3W0KA 4ZENA 1XRVA 1TFVA 3WIJA 1DWIM 3L4VA 1XYZA 3WD4A 3GYCA 3TTOA 2VO5A 2GDVA 1E0XA 3WNLA 1JD9A 2VCAA 4JKMA 4UFMA 2VX5A 5HOSA 2J8GA 3SCVA 3O9NA 2D3NA 2PWHA 3EMCA 5F7UA 1AMYA 3T2PA 6CGTA 1Q6GA 2DGAA 2J7EA 2YL5A 3N15A 1C7SA 4PSPA 3PTQA 2J62A 2J4GA 2BV9A 1OGSA 2BNJA 3VNZA 2J78A 1BPLB 2DSZA 3FHAA 4MADA 3VIHA 4A4AA 3VTRA 2XTKA 1E3ZA 2MANA 2WWDA 1PAMA 2WNWA 1E5NA 1GPFA 3RM8A 1FFQA 1GORA 3B9DA 1VIWA 1ISXA 1E70M 1ITCA 2EEXA 2XPKA 3ARTA 2WMFA 1OWQA 3BMWA 1K9TA 2FGLA 1H41A 3WH7A 4FMVA 2J7BA 5EFDA 3K1DA 1GQKA 2GJXB 4MB4A 2FHCA 2XGBA 3WNOA 4J28A 1GJWA 3GXDA 4N42A 1PZ3A 2ZXQA 4XZWA 2J7HA 3D3AA 1D2KA 3AMDA 2XVPA 1AQ0A 2GJXA 3NUKA 3AROA 3M07A 1S46A 4PTWA 3M6DA 3GXMA 3PZVA 1XCWA 3BLKA 5DO8A 2O9PA 4PTMA 3O6AA 1PIGA 2JF7A 3PZTA 4CCDA 1EQPA 3VD7A 1FA2A 4U5IA 3W82A 2F2HA 2JEPA 1H2JA 3LPFA 2BY0A 4M81A 1E6RA 1J0JA 4AZCB 1ZB5A 1BAGA 1GQIA 3FNDA 2GSJA 3VD5A 3QOMA 1U30A 1PIFA 2D23A 2VOTA 3W28A 4CN1A 3S6TA 1W9VA 1J18A 2ZWZA 3SCWA 1JL8A 2ZX5A 1MXDA 3AI0A 5CQ1A 4KWUA 2J7GA 5IXEA 1BLIA 3QOKA 4ZXLA 4P8VA 3VGEA 3WMSA 3RMEA 2DSWA 5GNZA 2PWGA 1VEPA 1UUQA 2XYLA 2Y8KA 1XSKA 1XSIA 4PUEA 4NI3A 4TVUA 4MB1A 3WUEA 1KQYA 3VGBA 3U5YA 1X6LA 1VRXA 3MUY1 1I75A 1NWTA 1NQ6A 3RDKA 2YA1A 1WZMA 2Y4SA 1LWHA 2G3JA 1UR2A 1HNYA 3WQWA 1H1NA 2X09A 4JFVA 3WF4A 4GO9A 3AISA 5BXSA 3T09A 3NSMA 1E73M 1R87A 4UTFA 1K9EA 4FLOA 4RE4A 1SFSA 1MFUA 3APGA 2OYKA 1K9FA 1PJ9A 4OBSA 1CWYA 2XSAA 4P8UA 3AIBA 4UZUA 4RE2A 1E43A 2FHBA 3OZOA 4AEFA 2X1IA 1WKYA 3U7VA 2E4TA 1W3HA 3L2MA 2YIHA 4MNLA 3GZAA 3WEOA 1D7FA 2XIBA 5A8NA 5A6SA 4NRRA 4GKLA 4OUEA 3FW6A 3VNYA 5A6AA 4DUXA 3G6LA 1SR0A 4D6HA 1HJSA 1Y7VA 2G3IA 2OSXA 3IAQA 4JKLA 4AWEA 3B9EA 1FHDA 4PMZA 1B0IA 3G6MA 2WZEA 4U3AA 4GIAA 3AYSA 4TTGA 1V6YA 3GNOA 1CDGA 2WMKA 2ZUVA 4NSBA 3WQ5A 1QNSA 1TR1A 3NCOA 3T08A 1UA3A 3TTYA 1C92A 1VBRA 3K8LA 1QOXA 1XV8A 2IXUA 4DWSD 5AYBA 5A2CA 4QCEA 2X2YA 4PN2A 3SIMA 2V38A 1B3ZA 5D4YA 1E71M 2WVVB 5E6ZA 3VDAA 3ZR5A 2PWDA 1E56A 1IZKA 1CZ1A 3MANA 1GQLA 1HJVA 2D0GA 2ZUMA 2NW0A 2BFGA 2RGMA 2J8FA 2WVVA 2CPUA 4HOWA 4WLCA 1A47A 3N04A 1TMQA 2WHMA 4LXFA 3K4DA 4F79A 4HA1A 2CNCA 2XGIA 4GINA 3RM9A 3WDRA 1JZ6A 3AIRA 2DT3A 1BG4A 4CUCA 2UWFA 4H8VA 3K4AA 2DPEA 2XVLA 3SCPA 1KBKA 3SUTA 5TD4A 4AYSA 3MO4A 1UWRA 1X6NA 1A3HA 4QP0A 1E55A 4H8HA 4ZXOA 3VD9A 1EDTA 2IXVA 3PZUA 4IPNB 5CLWA 1XD1A 4LX4A 3EBVA 2XFFA 4LYQA 4PUDA 4W7UA 1QNOA 2DSUA 2W91A 4X0NA 3T0AA 1OT1A 4L4PA 2AOSA 1C90A 3RM4A 1J12A 1AVAA 4TX6A 1W2PA 2WVTA 3ZT5A 2XG9A 2HVMA 5EMYA 3VIOA 1Q6EA 4ATWA 4QDMA 3RILA 2E8YA 1CYGA 3WELA 1O7AA 3DYOA 1OT2A 2DQXA 2W66A 4TVDA 1WZKA 1CGVA 1R8LA 2CIPA 3AMLA 1FOBA 3WBAA 1EDGA 3WF3A 1WDRA 1BGAA 5I0DA 1E0WA 1E4LA 1ZU8A 1BF2A 2WVUA 4V2XA 4AW7A 5FOOA 2J79A 4KGLA 1UWSA 3ARWA 4GI6A 7TAAA 3NDYA 5I24A 3HMCA 3FAWA 4UFJA 2DH3A 1HKMA 3N9KA 3VIIA 1B3XA 2NSXA 4MB5A 3RJYA 5A8OA 2J74A 4HTYA 2CCRA 3AIUA 3CHDA 3DYMA 5DT7A 3NIYA 3WH5A 1UH4A 1H11A 3WH8A 2WXDM 1NOFA 1KXVA 2WMIB 3RIKA 1OBAA 2EPOA 1OM0A 5D8WA 1JZ4A 2OYMA 5CGMA 4B3KA 3VMPA 2YBTA 4AC1X 1E4NA 2CXGA 2ZX8A 1HVQA 3SCSA 5FL1A 3KZSA 3VVGA 2WMIA 3QGVA 1XD0A 4WJXA 5A6BA 1GUVA 4AZHA 3CGTA 1JZ3A 4W7VA 2D22A 5A8MA 2J25A 2B31A 1JDAA 2V5DA 3B8SA 4JCMA 2EPKX 1D3CA 1ZBWA 1ZL1A 1KQZA 1W9DM 4YHEA 4QCFA 3UG5A 5BROA 3GNPA 4MJ2A 4NZCA 1JDDA 3A4WA 3TP4A 2A3AA 4OKDA 3BAWA 4B9YA 1IV8A 4ZE5A 4PMRA 1K9DA 3VGHA 1W3KA 3ZMRA 1BYAA 4P8XA 1QHPA 1UH3A 4ZFMA 2VRJA 4C7GA 4GPNA 3SUSA 3WDQA 2CBUA 5KZ6A 4LQ1A 3ZJ8A 3PZNA 1FP9A 1FHLA 3MV01 3QHNA 2XM2A 3VIKA 4JKKA 4F9DA 3WQ4A 3VIGA 1CGYA 5A1AA 3SUWA 3AQUA 5A6JA 5D9OA 1C8XA 1E40A 1KR0A 5A3HA 3PZMA 3I3EA 1CGWA 1MW2A 4PCTA 3CIVA 3BXWA 3AYRA 6TAAA 1JYXA 5E6YA 2YKKA 2QV4A 1UA7A 2YA0A 2BVDA 3EMQA 2WMJA 4V28A 1UH2A 3WDPP 5A8PA 1UKTA 5E0CA 1FP8A 1KCKA 1SMAA 3GTNA 2WLYA 1XYFA 2XWDA 4NF7A 3EYPA 2DT0A 2FH8A 5A8QA 4QFUA 3VX0A 5AC5A 4Z2GA 1J0YA 3J7HA 1PX4A 2V3EA 3ARUA 5BYWA 1HF6A 3WN6A 1BTCA 2VI0A 2C7FA 3AZSA 1MXGA 3CO4A 4PBGA 1J01A 1WE5A 2V3GA 1W1PA 3CUHA 3PZ9A 1JFHA 1UD4A 1V0MA 3EDDA 4HA3A 5IDIA 1ITXA 2WCSA 1J0KA 1PPIA 2O92A 4AIUA 2GK1B 2CBIA 1JNEA 4CD5A 1W2VA 3L4UA 4CD6A 1UWIA 5I5RA 3LPPA 3IJ7A 1C91A 4OBRA 3NYDA 4W5ZA 3WNMA 5FL0A 1G0CA 1WB0A 2WW5A 3W81A 1H09A 4D6EA 2WBGA 2WZHA 2Y8VA 2VVSA 1MVYA 1VJSA 5D9PA 1WDSA 4MAVA 3AICA 4GZIA 1CXEA 2BVYA 5LA2A 4FLSA 3WNKA 4OJYA 1V6WA 4CD7A 4QAWA 3AHTA 4WIWA 3AIWA 2JIWA 3AMGA 1V6XA 4JFSA 4GQRA 5E09A 2YL9A 3KL5A 2V3DA 4LPCA 4WK9A 4XUYA 1UKQA 3SUVA 2BXYA 1PX3A 2DT2A 4AXNA 1ODUA 4KMQA 2WYSA 3KL0A 5CXPA 1HL8A 3ZIZA 1WP6A 1Q4NX 2OLHA 4JIEA 4AD5A 2VX7A 2ZX9A 4AEEA 3N11A 4XZBA 2DDXA 1CENA 1JXJA 4KRTA 5D8ZA 5D9MA 3CH9A 4LYRA 2JE8A 4U31A 4Z2LA 3L4ZA 2NT0A 2Z1KA 2WHLA 3GBDA 2QLYA 3DC0A 3U5UA 2XUCA 3GXFA 2E9LA 1E6XM 4MNJA 3FAXA 3TOPA 1J9YA 1M04A 4JL2A 2VZTA 1H5VA 2Q8XA 1LJYA 3AS1A 5C70A 3W29A 3AMKA 1TA3B 4CGTA 4BF7A 3WMBA 4JFUA 1UD8A 1WAWA 4ML4A 3UESA 3GNRA 4ACZB 2PBOA 1B9ZA 1IZJA 2J7CA 2OYLA 1TA3A 4E8CA 2QHAA 3AOFA 3VGGA 1OD0A 2F8QA 4Z2IA 1GOWA 3WMCA 2PWEA 5D9NA 1LWJA 4ACZA 3CZLA 1KGUA 2A3HA 3K46A 5HXMA 1PZ2A 4W89A 4W7WA 4D6FA 3F5LA 2D0HA 3BSHA 1C3FA 3ARPA 3BH4A 4FF5A 1U2YA 2UY2A 1V0LA 1BFNA 1HJUA 4JZ5A 4F66A 1HP5A 3VMNA 3GH7A 8CGTA 1HKIA 1E1FA 1M03A 1LL6A 5A2AA 2PC8A 3ZM8A 5C71A 1GOMA 3WDHA 4PTXA 3CZEA 3QHOA 4IUGA 3GDBA 1GOIA 2DT1A 4M8UA 1GJUA 1PBGA 3CHFA 4UQCA 1YQ2A 1QI5A 4BS0A 1ISWA 1EO5A 3N18A 2OWCA 2GVYA 2WBKA 4HP5A 4C7FA 1M01A 3AHVA 2WB5A 1UKPA 4S3JA 1GHRA 2WC3A 4W84A 4J3SA 3SCTA 2QF8A 3WKZA 3WNPA 2XFRA 3OG2A 3SUUA 1QI0A 2VX6A 3BAKA 1EH9A 5ABFB 1OIFA 2VCBA 1GQJA 3BSGA 1E6QM 3UR8A 5A95A 4HZ6A 1HVXA 3ZR6A 3UG3A 1E4IA 5I2UA 2G3NA 1ISVA 2OWXA 5ABFA 2Y24A 1J0ZA 1CGXA 2CBJA 4ATDA 1TE1A 1OGGA 1I1WA 1RH9A 1QI4A 1TZ7A 3VIMA 3WDJA 1JGIA 1KXTA 4HMCA 2YLLA 5LYRA 1PEZA 3BC9A 4IISA 2BY1A 3ARSA 5DEZA 1QW8A 1UR9A 2G8ZA 1C7TA 9CGTA 2ZUUA 4UOQA 1GZJA 4PMQA 4UOZA 4J27A 1W9BM 2YOCA 3EDKA 1CXIA 2YLAA 2VRKA 3AZRA 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 5LGZ A;  3VYX A;  2TYS A;  4K7V A;  4UQE A;  3SN1 A;  2MKN A;  3K33 A;  1AFS A;  1Z3N A;  4NRS A;  5KTL A;  4TO8 A;  1HT6 A;  1GM5 A;  3CQ0 A;  4FNP A;  2ACR A;  5DXX A;  1E1C A;  1EPV A;  1H63 A;  4CN6 A;  1OIM A;  3JU2 A;  2R6O A;  1G4U S;  2BHZ A;  4JGD A;  1SW3 A;  2YCK X;  3A6O A;  3KRZ A;  2IHR 1;  3OZM A;  3DM5 A;  3IQC A;  3EOE A;  5L0F A;  3SY5 A;  3LHT A;  3WF1 A;  3N2Z B;  1ZP4 A;  3GM8 A;  3KRU A;  2JAL A;  4Y7E A;  3KTC A;  2YDR A;  2CER A;  4Z9I A;  1QI3 A;  3B29 A;  2QMK A;  1HL9 A;  3VOF A;  2DIJ A;  5CIV A;  1QPN A;  3KL3 A;  3WUF A;  1X7I A;  3FIG A;  1NFO A;  1UR1 A;  1GON A;  1TPC 1;  3ALF A;  1BF6 A;  5HUP A;  1T39 A;  5BRB A;  3CHE A;  4DBS A;  2CES A;  3RVY A;  3TA9 A;  5CPT A;  1KM0 A;  1SSG A;  3L67 A;  4OV9 A;  4DV7 E;  1J11 A;  2J8W A;  3PAN A;  5HPC A;  1U83 A;  4X61 A;  3W7P A;  3SAD A;  4GX9 A;  3SCO A;  2PE4 A;  1S2V A;  1RA5 A;  4GNV A;  1GKP A;  1YTK A;  4ZOC A;  2L2N A;  4JEB A;  5DY3 A;  1W3L A;  3W23 A;  2WNN A;  3HQ1 A;  2V87 A;  1CEO A;  1VB5 A;  5G1T A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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