5A6KA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with gal-ngt
Total Genus 262
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
262
sequence length
626
structure length
626
Chain Sequence
MVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second Beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus Pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans
pubmed doi rcsb
molecule keywords GH20C
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 262
structure length 626
sequence length 626
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6kA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6kA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6kA01
4AD1A 3WQWA 1O6IA 3N17A 3CUFA 3MMUA 3HN3A 3VIHA 5CGTA 4GI9A 1WKYA 1HJUA 2V3DA 4TTGA 2VURA 4IM4A 3ARYA 2EPMX 1H3GA 3THCA 1CZ1A 2ZUVA 1GVIA 2XJ7A 2QV4A 1BLIA 1JZ2A 5A8PA 2C0HA 3W0KA 4JFUA 3AMLA 3W6MA 1RP9A 4Q7NA 4W5UA 1M01A 1OT2A 1VAHA 4UFHA 3DYPA 4MB4A 4OBSA 5FCZA 5GQBA 1WDSA 3QHNA 5IXEA 1D7FA 3VTRA 5A6MA 2FH8A 2FHCA 2PWFA 1Q6CA 1R8LA 1W1YA 1KCLA 2PF0A 1OB0A 4Q22A 1B3VA 1UQZA 3AJ7A 1J11A 4RE2A 3ZT6A 4OUEA 2WVVA 5I6SA 3MUY1 4PTVA 1MQPA 5M3WA 1OCQA 4HU8A 1UQYA 1CGVA 2WAGA 5A6BA 1BTCA 1DWHM 4PMZA 3EDJA 1UR1A 4GO8A 3OBAA 1BSIA 1MVYA 1E5JA 2GVYA 1LWHA 1U33A 3WDIA 3VD9A 2DSKA 5A2CA 4AEEA 5A6JA 1OGSA 3AS3A 4W8LA 3ZO9A 1FP9A 4XUYA 1TA3B 1WAWA 2ZIDA 1KXVA 3WF4A 1HKMA 4UFLA 3VGFA 2WMKA 1HF6A 4PMQA 3WNOA 2ZUMA 3BAKA 1NP2A 4HMDA 3AIWA 5CPQA 3RDKA 4AD0A 3VM5A 1J01A 2EXOA 2J25A 5A6BD 3M7SA 3G6MA 1KFWA 4ACYA 1JYXA 4UZUA 1GPFA 3VIJA 4AZCB 3RJYA 1FHDA 4JKLA 1UH2A 3BCFA 3AIQA 2XWEA 3I3EA 1W3HA 3A4WA 1UKOA 3UG4A 3NIYA 3ZSSA 2CNCA 4GI6A 2ZUNA 4ZENA 2J7FA 3WUGA 5BRQA 5M17A 4MNMA 2GDVA 4HOXA 1E40A 3D3AA 2BS9A 2W92A 3WKZA 2OLHA 2A3HA 2J7BA 3CO4A 1B31A 4W84A 2VO5A 1JZ4A 1CTNA 4N0RA 3VIIA 1OT1A 1NWRA 5BROA 3LMYA 1GJWA 1NH6A 1LLOA 2ZUSA 4A3YA 1SR0A 2Y24A 3GH5A 1HKKA 4URIA 3SUVA 4R5EA 3ARWA 1W9XA 1D2KA 3N13A 2BVYA 3AZTA 4KGJA 1VF8A 4Z2KA 3VGBA 4HOWA 5BXSA 4OBRA 3PZ9A 1FH9A 4MDOA 3ZMRA 1GONA 2VR4A 3HJEA 4UQBA 3CMJA 4MNJA 2XVGA 3AFBA 4C7FA 3EDFA 2GDUA 4PYSA 3D5HA 2DIJA 2XVNA 1SYTA 2MANA 3WF0A 2D3NA 3EMZA 4TX8A 3VPLA 1TMQA 4QAWA 4HPHA 1V0LA 4CD8A 1EXPA 1LJYA 1AQHA 2VL4A 2VRKA 1M04A 3FAXA 1W91A 4YHEA 4KH2A 4AIUA 5A6SA 2F2HA 2IXVA 3SUUA 1GOKA 3UR8A 2PWEA 4AZBA 3VDBA 3AS0A 2O9PA 2XSAA 5C8BB 1DEDA 4OZOA 4TTUA 1V3IA 2BVTA 3TA9A 1HX0A 1CLXA 3OGSA 4C7DA 3MMDA 1E56A 5CPTA 3ZM8A 3BCDA 1JF5A 7CGTA 4HOZA 3RCNA 3GXIA 2WZHA 3TONA 1XCWA 2VTFA 2W66A 2Y4SA 1WZKA 3VGEA 2WSPA 3VIFA 4JFSA 1UWSA 2O9RA 3DC0A 4UOZA 3RM8A 3OA5A 3AOFA 1GCYA 2ZUTA 1VEPA 3CZJA 3UETA 1NOFA 3TTSA 1UR0A 9CGTA 1ZBKA 1W3LA 3VVGA 2D0HA 3DYOA 1GW1A 5D9NA 5AY7A 1UD3A 2RGLA 1CGYA 1WB0A 4U31A 3W26A 3BLKA 4MB3A 3VINA 4GI8A 1ISVA 2ZUWA 3L4UA 1W2PA 2YLLA 3WMCA 4CN6A 3THDA 3ALGA 2CKSA 1OWQA 2UWFA 1MW1A 1BYCA 4MJ2A 5CG0A 4AXNA 4YPJA 3W27A 3KE0A 2GFTA 2WMJA 4WKAA 3WQ6A 3A47A 4WSKA 3WSUA 1E43A 3SUTA 1KXTA 3WL1A 1R7OA 2X2YA 5JBDA 3KWXA 3BC9A 1D3CA 2EEXA 3OLDA 2YL6A 2ZICA 5BXRA 1E70M 4QCFA 1R85A 1KBKA 3N04A 4UR9A 4V28A 2DT3A 3SIMA 1UR9A 4Z2HA 4TUFA 1NM9A 4P8UA 3HU7A 4LX4A 4BCEA 4Z2LA 1V0KA 5A6LA 2HVMA 2QLYA 1V3LA 1PX3A 3WNMA 1VB9A 1QI2A 2VI0A 4S3KA 4LPCA 4P7QA 1BYBA 1V6XA 4CKQA 4HA4A 2OYKA 4F66A 1XYFA 4P8XA 3U7BA 1OGGA 2ZWYA 1BYDA 3ECQA 3VOCA 2YDQA 1Q6FA 4HZ8A 2ZX7A 4LQ1A 1J0HA 2V5CA 1I75A 1DWIM 2XYLA 1UD2A 3SCVA 1CXIA 4D6JA 3WUEA 1KR0A 4W89A 3MV11 3AXXA 1MW3A 2OSWA 1PEZA 1JI2A 5IHRA 4BQ2A 4J27A 3CLWA 3L4XA 4MNLA 1K9DA 1V02E 4X0VA 1EHNA 2PBOA 1LG2A 1RD6A 2WANA 3IANA 4KRUA 5DT7A 3W81A 3KL0A 2XSBA 3RILA 3WF3A 3K4AA 4WKHA 1I1XA 2E3ZA 1OINA 2WHMA 3WUBA 1Z32X 5D8ZA 3AZSA 3POCA 3ZSTA 4B3LA 4PRWA 3AYSA 1JZ8A 1C93A 4D6EA 4NRRA 4MDPA 3PZUA 3A3HA 1J12A 2QPUA 1JD9A 1R7AA 4JFWA 4B9YA 1H0GA 1QBBA 2CBIA 4UOQA 1U30A 2J78A 4W7WA 3BLPX 1G94A 5I3DA 3FN9A 4CUCA 3W4RA 1BYAA 3W29A 2XIBA 3RJXA 4D71A 3VNYA 1HJVA 2XWDA 1JI1A 3SCTA 2J7HA 1RP8A 5E0CA 3WH7A 2ZUUA 2VZVA 3MKKA 5KZ6A 4KMQA 3VIPA 1W3JA 4GO9A 4AZ6A 2YA1A 4E8CA 4PMXA 5BXPA 4DWSC 3TOPA 3AHTA 3AMGA 3PTQA 2G3IA 3TTQA 4W5ZA 4U2ZA 3RIKA 1TZ7A 3CZKA 2IXUA 4U33A 3PZOA 5FKYA 1BFNA 2EQDA 2E9BA 2X1IA 2GUYA 1EOMA 3M46A 3WNKA 2CESA 1Q6DA 1JGIA 1WE5A 4JZ5A 4BQ3A 1UKQA 2XVPA 1PIGA 3B9AA 4B9ZA 2XPKA 2WLYA 1WDPA 1BPLB 3AIBA 4M1RA 1E9LA 2D20A 3WD1A 1E0VA 4TVCA 1UH4A 2J7EA 1G9HA 3VNZA 2DPEA 1B3YA 4F9DA 2W62A 1PZ2A 2PB1A 5I0DA 4UQEA 3BGAA 1J0ZA 3W53A 1V08A 3VX0A 4JL2A 4OOZA 1XCXA 4GINA 1DWGM 5ABEA 3PBGA 3TP4A 2EPLX 1W3KA 5E0FA 4UTFA 3AZRA 2WLZA 4AZHA 3MANA 4ACZB 3HMCA 3OIHA 3NYDA 2EJ1A 4H41A 3K8MA 4AZGA 1H41A 2OSYA 2E8ZA 2FH6A 1CECA 1ZL1A 3SCUA 2D22A 4PTXA 4CCEA 4HZ6A 3UEQA 4UFIA 4D72A 1E6NA 3PTMA 1LF1A 1VFMA 3ZJKA 5A3HA 3OB8A 4UFJA 1K9TA 2XHYA 4OOUA 2ZXBA 3II1A 4UQDA 1NWUA 3VX1A 2VCCA 1ESWA 2ZX5A 3MSDA 3WDHA 1KGXA 3ZIZA 3AICA 1CPUA 3IJ7A 4GKLA 3EMQA 1Q4NX 2PWDA 3SUWA 4P8VA 2A3CA 4HA1A 3ARSA 4PN2A 5IHSA 2V5DA 1E15A 3CUIA 3ZR5A 4CD7A 4EK7A 1UH3A 2F8QA 3IK2A 4WF7A 1QNSA 1LL6A 4KWUA 4XZWA 1F4AA 2A3EA 3DECA 3U5UA 4MB1A 4DWSA 2G3JA 4PCTA 1CIUA 3FY1A 4PEEA 2XVKA 3WMBA 1FH8A 4J3VA 1WZLA 1UWUA 1M7XA 1B1YA 2RGMA 2CXGA 1VIWA 2Y8KA 2QMJA 1QW8A 5A2BA 2J7DA 2WMHA 3WH8A 3RPMA 1WP6A 2J62A 1W9PA 2W5FA 3VD4A 1UKSA 1XD0A 3N11A 2CITA 3PZGA 2X0YA 1J0KA 5F7UA 3WF1A 2W63A 2JF7A 1MFUA 3VDCA 1UZ4A 1GZJA 4V27A 1NP0A 1W9VA 1V3MA 2ZX9A 2DQXA 3QOMA 3VU2A 2QMKA 1C8XA 1MYRA 3POHA 3K4DA 1DWAM 1XD1A 2JF6A 5A6AA 1XHGA 4M82A 2DSZA 3W25A 1WDRA 3AXHA 2BY0A 2WNWA 2WVTA 2V3GA 1HP5A 2BY2A 5JBEA 3GH4A 3PZMA 1VBRA 2UY5A 1VENA 2JIWA 2CBJA 3CZGA 1EIBA 1EO7A 4IPLA 3ARRA 1MWOA 2DT0A 2OSXA 1CXKA 1ZBCA 3VIGA 3WQ5A 3VD7A 2BVDA 5I2UA 5A69A 1VJSA 3GNPA 2V3EA 2WVVB 4S3JA 3VGGA 4DUWA 2ZXAA 3NSNA 4V2XA 5I23A 4OIFA 3N9KA 1LL4A 5AC4A 1ZJAA 2BFGA 1EO5A 1B3ZA 3UERA 1QVBA 2DGAA 5BWFA 3I3BA 2CPUA 3NJ3A 1SMAA 1R87A 5E09A 2CIPA 2JFEX 4Z2IA 2CCRA 2OWWA 1TR1A 3NDZA 2QPSA 2BXYA 3BXWA 1LL7A 1GUVA 1BHGA 2EO7A 2YA2A 4UQCA 1HN1A 4MPKA 6TAAA 3K8LA 3PHAA 3AIVA 5AYIA 4ZFMA 5LA0A 4AD5A 2WMIA 4JCLA 1HP4A 3L2MA 1JYNA 1JF6A 2WBKA 1UA3A 1LWJA 1E0XA 4TOQA 4UQ9A 2WVUA 1V0MA 4AWEA 4MAZA 2WBGA 5HNNA 4CVUA 5HXMA 3L4TA 3ARUA 3GH7A 1E6ZA 3ARPA 3NDYA 1ISXA 2PBGA 3SEPA 1IZJA 2ZXDA 3SCPA 3CGTA 3ZOAA 1KB3A 1VEOA 4Z2JA 1EQCA 4CGTA 3L4YA 1US2A 4PTWA 1HIZA 4B16A 1E6PA 1Q6EA 4TX6A 1XSKA 1FFRA 4D6IA 1E4NA 2WKGA 3VD3A 2AOSA 2G8ZA 3WDRA 1EGZA 4CN4A 1GQJA 1ZB5A 4FLSA 2GK1A 2Y2WA 1DP0A 5CLTA 3OLGA 4OJYA 2CBVA 4GPNA 1FA2A 4P7RA 1JIBA 3U7VA 1W9BM 1GOIA 3BSHA 3LPFA 1QNQA 2VQTA 3ZJ7A 3VO0A 3VMOA 1GOQA 1R86A 1RH9A 2WXDM 2Z1SA 4GZJA 3DYMA 2WMFA 3B9DA 1J9YA 2Y5EA 3GTNA 8A3HA 5CSUA 1GQLA 2D2OA 4P7LA 1KQYA 4F8XA 3CUGA 4N42A 5A8OA 4CD6A 6A3HA 4E2OA 3PZQA 1B90A 1CGXA 2NT1A 2J7GA 3CHEA 5EMYA 4CD4A 2JALA 1EHAA 2YL8A 2ZE0A 3CMGA 2G3MA 2WHLA 4AD3A 4LXFA 2BY1A 4P8WA 3VILA 1UD4A 1ITXA 3W82A 3RM9A 1UZ1A 1H5VA 8CGTA 2CBUA 2O9OA 1GOWA 2X09A 1B2YA 1LQ0A 1GNXA 2DIEA 3W28A 3FNDA 4GZEA 1JZ6A 4PMVA 1MQRA 4BQ4A 3S2CA 4FK9A 2DEPA 3CZLA 3W38A 4HPGA 4PMUA 4QCEA 3KL3A 1E1FA 4MAVA 1ODUA 1V6YA 1ZS2A 3SCSA 4J3XA 1BAGA 1E6RA 1GQIA 1OD8A 1ISZA 3EDEA 4AIEA 2ZOXA 2XGBA 1IV8A 2J77A 3GYCA 1G5AA 3CHFA 3VD5A 2E8YA 3LPOA 4IPNB 3M07A 1E4MM 1O7AA 1EDTA 1WDQA 1US3A 4U3CA 1RPKA 4PBGA 2G3NA 3GXMA 2XFFA 4KRTA 4JFVA 2GSJA 4CCDA 5C71A 3A4XA 3OGVA 2VX4A 3EDKA 2O92A 3CPUA 4DM1A 2VCAA 1XYZA 5CQ1A 4PMRA 3UESA 5A8NA 1CGUA 3L4WA 2JE8A 4M24A 1H1NA 1C92A 4JHZA 1C7TA 1MQQA 2WW5A 1XRVA 2VVSA 1XH1A 4UNIA 3AMDA 5JBFA 3AHXA 3VIOA 2WSKA 3PZIA 2A3BA 4B3KA 1HKJA 5CLWA 3CIVA 3MUZ1 1V03A 1XH2A 3U5YA 5GNZA 2YDSA 3WDQA 1WZMA 5KEZA 2DH2A 3WQVA 2CETA 5HDRA 3GDBA 3ZJ8A 1XGZA 5I77A 2X8RA 3LPGA 3CZEA 3WNPA 1DWFM 3T0AA 4W85A 4AEFA 4ZEPA 3ZR6A 2VOTA 2VZSA 3J7HA 1G0CA 3MMWA 2D3LA 2WCGA 3BH4A 2GJXA 2UY2A 2D23A 2VNCA 5BYWA 5ECUA 3UG5A 4ZXLA 3MU7A 3WD2A 4F9JA 3IAQA 3T09A 2YLAA 4F79A 2OWCA 1TVPA 2DT2A 3QHMA 4M80A 4AD2A 2YL5A 3BAJA 3K1DA 1GORA 1ZBVA 3WBEA 3OG2A 4BS0A 4NZCA 2NT0A 1JAEA 3VIKA 1PX4A 2VR5A 3GXFA 5FIPA 3QR3A 2YDRA 1UR2A 3LPPA 1C90A 4J7RA 4DUVA 1KQZA 1E5NA 4HMEA 2UY4A 3FW6A 4JAWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LUC B;  3P81 A;  1KW1 A;  1QHO A;  3TR2 A;  1CGW A;  1PKP A;  1EQP A;  4DVY P;  1V4Y A;  2RQL A;  1H7P A;  2W27 A;  4KS0 A;  5BR8 E;  1DJX A;  2V5K A;  1Z5Z A;  1HJW A;  1DOV A;  1BBO A;  2JPU A;  2XG9 A;  1EIX A;  2TYS A;  3QC3 A;  2EMB A;  4U5B E;  2IS7 A;  4IX2 A;  4NIL A;  3WFL A;  3CV2 A;  4LWW A;  4K7V A;  3OZP A;  1A3W A;  3LBM A;  4IUG A;  1EUN A;  1VRX A;  3T2P A;  4JTA B;  3PMR A;  1VLS A;  1QO5 A;  3WQ4 A;  5AFD A;  3MHF A;  3KXQ A;  4D1I A;  3DN5 A;  3TSM A;  2CWN A;  4CNO A;  1L8N A;  3WD0 A;  4S3G A;  4A4A A;  5FD0 A;  3N1A A;  1EP1 A;  4NY2 A;  4JKM A;  3E0F A;  1TWC A;  1W17 A;  5KYY B;  1A1I A;  1B54 A;  1YDO A;  1QU6 A;  1W9D M;  4NZF A;  4Z17 A;  1HXJ A;  3GC4 A;  3JUG A;  3JSE O;  4JCM A;  4PSP A;  3HNJ A;  4NAS A;  3WOD F;  2IOQ A;  3MUX A;  3RKO F;  4NNA A;  1AH0 A;  1T0O A;  3GNR A;  1OC7 A;  4B15 A;  1UUQ A;  2I15 A;  1JG9 A;  1L6W A;  3O8A A;  4QLJ A;  1M3U A;  3KRS A;  6PTD A;  1LT8 A;  1EH8 A;  3LI0 A;  4YTU A;  1ISY A;  3KLK A;  2BV9 A;  1V55 C;  5DMY A;  1MUW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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