5AC4A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with galnac
Total Genus 263
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
263
sequence length
625
structure length
625
Chain Sequence
VRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDQAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 263
structure length 625
sequence length 625
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5ac4A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ac4A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5ac4A01
4H41A 4W8BA 1US2A 1W9BM 3CTTA 2A3AA 3KL0A 2E4TA 3ARSA 2VOTA 1JYNA 4BQ5A 1HX0A 3ZOAA 4J3VA 1ISZA 1SYTA 1NQ6A 2WXDM 3N12A 2F2HA 1E4MM 4JKKA 1I1WA 1U33A 2UY2A 1G01A 1E72M 2WZIA 4JCMA 3UR7A 4JL2A 1QI2A 3O9NA 2DGAA 2G3NA 2CERA 2XG9A 4WKAA 2G3JA 3WFZA 3TTOA 2WMFA 4OBSA 2XIIA 3BAKA 2C8NA 3SCWA 2ZWYA 1BPLB 4HMEA 3U7BA 3K4AA 5E0FA 1HJXA 3VIGA 8CGTA 3VVGA 4TVDA 4RL3A 5I79A 1QVBA 3THDA 1MFVA 1SR0A 4P8XA 4UFMA 3PZMA 4AWEA 1ESWA 1SMAA 1HJVA 2OWWA 1PIFA 3AOFA 3PZNA 3TONA 1MW1A 1GVYA 1GNXA 3WH6A 2XVKA 1Q6FA 1ZBWA 3S2CA 5EB8A 4AIOA 3CUHA 1B3XA 1E6PA 4QAWA 3OLDA 4F9DA 3ZJ6A 4QLKA 1GJWA 3JUGA 3DYPA 2QLYA 3QHOA 1BLIA 3WD1A 3VOCA 3WD2A 3BXWA 2BY2A 3BMWA 1FA2A 1XH1A 3F5LA 3POCA 1UKSA 3VIFA 2BVYA 3WF2A 1YQ2A 3MV01 1G5AA 3MS8A 2YBTA 3N9KA 3ZT6A 4BQ2A 4D1JA 3NDYA 3RIKA 1ZS2A 1WE5A 4MTVA 1LL7A 5F7UA 3IAPA 3VINA 5JBDA 4DUVA 5I5RA 1BVZA 1CBGA 3B9AA 3VD5A 1PX3A 4LYRA 4HZ8A 2FH6A 4LGXA 2J8FA 5FCZA 4CVUA 2J7HA 1XCWA 2WMIB 1V0LA 1FH8A 2OYKA 1KXHA 4CCCA 2UY4A 1QOXA 3WDRA 4D6IA 3GTNA 1WDPA 3MV11 4JFTA 4CN6A 1E6QM 3WY1A 7A3HA 4UQ9A 4U2ZA 3WENA 3GZAA 3MUIA 1AVAA 2JF6A 1B31A 1H3GA 2YL8A 4OBRA 4QP0A 5LA0A 2JIEA 1R86A 4DWSA 1PEZA 1B9ZA 3AIEA 2CBUA 1BHGA 1C8XA 4PCSA 4V28A 4FK9A 3ZT7A 2WBKA 1SFSA 1WDRA 2VRKA 3QHNA 2WM0A 2YL5A 1LWJA 3S6TA 2DT0A 1G1YA 2YIHA 3EMQA 1QNRA 1KGWA 4AEFA 4PMZA 2YL9A 3KWXA 1VRXA 3AHYA 4XUYA 2CHNA 3VO0A 1JG9A 2JEQA 3G6MA 3TOPA 5BXPA 3SUTA 1TVNA 4UOZA 1CGYA 4GI8A 1M03A 1PX8A 3E1F1 3K8MA 3ALFA 3SUSA 1Q6GA 4WKHA 4CCDA 3ARZA 1HP5A 4TTUA 3WMBA 1UR4A 3WD4A 2XFFA 6TAAA 5CLTA 4NF7A 2DPEA 3PZOA 3CUGA 1E70M 1JZ3A 2D2OA 1A3HA 1QNQA 1MXDA 4PSRA 1CXFA 3EDEA 1JD7A 1E71M 1V3KA 1CGUA 1ZBKA 4AC1X 1HKMA 2DIJA 3AMDA 3WNOA 4GQRA 4PSPA 5ABFA 4CN4A 5DT5A 5LYRA 1L8NA 5A6MA 4J7RA 3GNOA 3WNLA 2ZUNA 3N17A 2ZIDA 4ZE4A 4YPJA 4FLQA 2DT1A 3WF3A 2WKGA 1OD0A 5ABGA 6CGTA 2BVDA 3OLGA 1UH3A 4KRTA 4MB5A 5C71A 4PMXA 3SURA 3VIJA 4HTYA 2YBUA 3ALGA 2W67A 1M53A 4B16A 3AIQA 1HKKA 3DECA 1UD2A 1W3LA 1MQPA 3UESA 3SUVA 3UCQA 3GXIA 5E6ZA 2GVYA 1RD6A 4PMUA 3MUZ1 5M3WA 4A4AA 4WF7A 1W9XA 4GXPA 3TTYA 4J3UA 2EQDA 2FHBA 2VUYA 5JBEA 1CXEA 2F8QA 2Y2WA 4ML4A 3NYDA 2VZOA 2Q8XA 1E15A 3WBEA 3RJXA 4QDMA 4DUWA 1DHKA 1UWRA 1H0GA 2VJXA 1KGXA 4UOJA 3L4TA 4M8UA 1M01A 1UWSA 3N13A 4TX6A 3SCUA 3WH9A 1JFHA 4KMQA 4CD5A 2GDUA 2WZEA 3ZMRA 1FP9A 1W3KA 1Q6EA 2ZUUA 1IT0A 2ZX5A 1D7FA 4MPKA 4DWSB 1BQCA 1J0ZA 3NSXA 2CPUA 3W27A 5DO8A 3OZOA 3OGRA 3U57A 1HT6A 1B3YA 4W5ZA 2CCRA 4GKLA 1HKJA 2J7CA 4MAZA 5A2AA 4AD4A 1HIZA 1NM9A 5E6YA 1XC6A 2YDQA 1QW8A 5HPOA 4W93A 1NP2A 3GH4A 2O9TA 4M29A 4WLCA 1B3ZA 1QHZA 2WHJA 3NSNA 3IJ8A 4L4OA 2DDXA 4ACYA 2VCCA 1BG9A 4NRRA 3PHAA 3MMWA 4ATDA 4XX6A 3T08A 5CSUA 2WWCA 3F5JA 2EPKX 1UD3A 4HZ6A 1CXLA 3PTKA 4JKMA 2D0GA 5I24A 1V6XA 4IISA 1ZBVA 4UQAA 3ZJKA 2WVTA 4B3LA 1LJYA 2W92A 3I3DA 5I2UA 3FXYA 2CESA 3ZSTA 1C3FA 3AXXA 4LYQA 4F79A 5BYWA 3ZR6A 5D4YA 1NWTA 1WNOA 4ATWA 2XGBA 4MJ4A 4UFKA 1VFMA 1I75A 3VMPA 3W6MA 1LQ0A 1QW9A 3WQWA 1BYDA 3EDJA 1GOMA 1W3HA 4AD1A 2ESCA 4QFUA 2VR5A 4CU7A 4P8VA 5EMYA 5CQ1A 3MUAA 3VD3A 5D9NA 1CNVA 1E4NA 1KR1A 2YLAA 2XWDA 4Z2IA 1J11A 4CUCA 1HJWA 4DM2A 5A6KA 2EJ1A 3MUY1 5BRPA 3VTRA 2WVSA 3WMCA 1UD6A 1JF6A 3L4XA 1JDDA 3IJ9A 4X9YA 3QGVA 3AS1A 2J78A 1V0NA 3RCNA 1BYCA 1GQJA 1IZKA 4V27A 4HP5A 4QCEA 2B31A 3PZUA 5D9PA 4D6FA 3ECQA 1BGGA 2YA2A 3U5UA 1PIGA 2DH2A 1EGZA 4XV0A 1E6SM 5HXMA 5I77A 1O7AA 3WD0A 2CYGA 1UA3A 3VDCA 1CGVA 1TCMA 1J01A 4GO8A 3POHA 1WZLA 2VMFA 3VU2A 1E5JA 4URIA 1DWHM 3GDBA 4JAWA 4WSJA 2W61A 5DEZA 1NWRA 3DHPA 3W24A 3BCDA 5E09A 3WBAA 1EA9C 2WLZA 1EIBA 1E0WA 2O9OA 1JZ8A 1GOQA 1TMQA 1V3LA 3IAQA 5CXPA 3QHMA 3M7SA 3HJEA 3AXHA 2XUCA 1TE1A 3W38A 4PEEA 1LLOA 5FD0A 4OUEA 1XD0A 4ZFMA 1W2VA 4BCEA 4NZCA 3T0BA 3BSHA 1JI2A 1DP0A 1UR8A 4HA1A 2OSXA 3PZGA 2PWFA 1CIUA 2W91A 2WMKA 2X8RA 2XVLA 1ZB5A 4LX4A 3VNZA 3L4ZA 1C91A 2D3NA 2A3CA 3TTQA 3B8SA 4GINA 2EPOA 3BCFA 5IFTA 3MKKA 2A3BA 1NOWA 1ODUA 3AHTA 1BAGA 4E8CA 2D24A 1V03A 1K9FA 1MVYA 1UWIA 4C7GA 4LYPA 4H8HA 4PTXA 1W9VA 4P7RA 4E4PA 1WAWA 1W3JA 3QR3A 3RDKA 2YJQA 1W9UA 5I6SA 3L4VA 2JF7A 1AQHA 3UETA 5ABEA 3CZJA 4J28A 4P8UA 4PYSA 3AZTA 3VIKA 2BVTA 3CO4A 5A8OA 5CG0A 4KGLA 2BV9A 1OIFA 3SUUA 1E55A 1CWYA 2V38A 5GQBA 4AZHA 2VTFA 4J3XA 4EE9A 5A6AA 2DH3A 3FHQA 1GOIA 1OT1A 5IHSA 2VO5A 2Y8KA 3B9DA 3W26A 2BY0A 3GBEA 1GOKA 5GNXA 1UUQA 3AMCA 3L4WA 4U33A 1W9DM 3NJ3A 2GJPA 1X1NA 1XH2A 3OZPA 4HA4A 4GQQA 5A2CA 4X0VA 1XRVA 3CGTA 3L2MA 2Z1KA 2PBGA 1XSKA 3T2QA 2WCGA 4U2YA 1UH4A 1WDSA 5I78A 3AROA 3CUJA 5DMYA 2VX6A 3A4AA 2JEPA 2DSWA 1Q6CA 4AZ7A 1MW0A 1QHPA 5GPRA 1KB3A 2IXVA 4AD0A 5A95A 5A8NA 3CZKA 4B15A 1VBRA 3B9EA 4AIUA 2ZX6A 4CKQA 2EXOA 2DT2A 3RM8A 2CHOA 3AMKA 5KZ6A 3QOMA 1BYBA 2JE8A 2FHCA 3WF1A 3CHEA 3CUIA 1J12A 2VCBA 3N11A 3UERA 1HJUA 3WQVA 2V3EA 3MMDA 3TP4A 3VGFA 6A3HA 3AS2A 1OGGA 2G41A 1XYZA 2X0YA 2XVNA 4NRSA 1GZJA 2D20A 3OIHA 1E9LA 1H2JA 1H49A 1FH9A 3WD3A 3ZSSA 1JYXA 1W1VA 2UY5A 1J9YA 4BQ3A 4WKFA 1J0YA 1TR1A 1BF2A 3MO4A 1ECEA 4KGJA 2VC9A 1DWIM 2WBGA 4ACZA 1CENA 5CJ5A 1W1YA 3VKKA 1QNSA 4AZCA 3WNNA 3WNKA 2OYMA 4D72A 2CBIA 5JBFA 4FF5A 2CNCA 2VI0A 3CZGA 5BRQA 1EHAA 1V3MA 2BXYA 2W63A 3ARRA 2DT3A 4B3KA 4PMNA 5D9OA 1F4HA 3VM5A 1E1EA 1IV8A 3WNPA 1JNDA 2ZX8A 1EOKA 1DEDA 4W7UA 3GBDA 4GI6A 3VIPA 2X05A 1L0PA 4S3KA 3AS0A 1UKOA 3FW6A 5C70A 3AZSA 1OCQA 2OSYA 7CGTA 2O9RA 3SCTA 3D5HA 3OB8A 1QHOA 2XM1A 3M46A 1HN1A 4M24A 2E9BA 3WDIA 3IANA 1EDTA 1JNEA 1A47A 1NWSA 1PX4A 1GHRA 1GPFA 3CIVA 4GZEA 3PZ9A 4H8UA 4MB4A 2OWCA 4W8LA 2VVNA 2J7FA 2WK2A 3ARVA 4W7VA 3IJ7A 3FAWA 1GJUA 1J10A 1S46A 1UR1A 3BAYA 2CKSA 4Z2JA 1UHVA 3GH7A 2UWFA 4NI3A 1B3VA 5A69A 3BLKA 3U5YA 1RH9A 2WC4A 4DWSD 1E56A 4OOZA 1E6XM 2AAAA 2XYLA 4U5KA 5IDIA 3WDHA 5A2BA 2O92A 3CHCA 3CMJA 2WWDA 2FHFA 3VIIA 5E0CA 2XHYA 1CXIA 4YHEA 2FGZA 3GNRA 1QI4A 3PBGA 3SCQA 3T0DA 3VDAA 4H04A 2FGLA 2XIBA 3GXDA 4UZSA 2WCSA 1E0VA 1RP8A 2G8ZA 2D0FA 2YA0A 1UWQA 5BXTA 2ZXDA 4J3SA 4V2XA 4JFWA 5HBFA 1EO7A 1EDGA 1JF5A 2DSZA 3OLIA 4PRWA 4U31A 5DT7A 1V0KA 3KEHA 5AYIA 1C93A 1CPUA 1PAMA 4H2CA 1PZ3A 1M7XA 3LPGA 1OWQA 4GO9A 1CXKA 4BF7A 3ARPA 1VEPA 2X2YA 2GK1A 1UQYA 1LF1A 3VNYA 5ECUA 1XV8A 4TVUA 1UD5A 3BH4A 1ODZA 1MW2A 4LPCA 1QBBA 2PI6A 1B90A 5CGMA 2ZXQA 3SEPA 4IPNB 2AMGA 2XSBA 4ATLA 1ISXA 2FH8A 4PN2A 3AYRA 3A3HA 1JYVA 1UR9A 3SCNA 3CZLA 1MQQA 1ZJBA 3CPUA 3W37A 1ZL1A 2J7GA 4ACZB 3K4DA 3O2LA 1CECA 2ZUSA 5CSYA 4A3HA 4AZCB 1VFUA 4WSKA 4CD4A 1HKIA 4WJXA 4OKDA 3AXIA 3WIJA 2RGLA 1GONA 2F61A 4AEEA 5FOOA 1VFOA 3ZIZA 2WC3A 1CZ1A 4M81A 1V02E 2WMJA 2VX4A 4AY1A 2XPKA 2XWEA 1OBAA 2C7FA 3OLEA 5EBAA 2XGIA 4JL1A 2ZUWA 2DSVA 5E9AA 3VPLA 1WZAA 2UY3A 2C0HA 1NOFA 5HPCA 1TUXA 1OGBA 1GORA 4UFJA 2BHUA 1UKQA 3BLPX 3WELA 1E5NA 4JCLA 4OOUA 3RJYA 4GPNA 1C92A 3WN6A 1FHLA 1BVNP 5A8PA 1G9HA 4TTGA 4BS0A 5A6SA 1GQIA 1H41A 4M56A 3VX1A 2PWEA 3OGVA 2DQXA 3PZQA 1B0IA 4LQ1A 4JFVA 2WMHA 5JIPA 1V3HA 2J74A 3F5KA 1WKYA 1J18A 2QMJA 3ZT5A 1VIWA 4AZ6A 4W5UA 4JHZA 3K8LA 1VEMA 2ZX7A 4DWSC 1VB9A 2VX7A 3AIUA 1O6IA 2NT1A 3W28A 4B9YA 4PTVA 4PMVA 1WZKA 2J47A 3MANA 4MNMA 1V3JA 3PTQA 2YA1A 3VGBA 1K9DA 1C7SA 2WVVA 5AC5A 1BFNA 4U3AA 3RMEA 2J25A 4TVCA 2Z1SA 5IHRA 3MSDA 4J27A 3BAJA 4P7OA 4FMVA 4BZYA 4U3CA 2W66A 2IUZA 3I3BA 1VJZA 4HPGA 3NDZA 1QNPA 3OG2A 4CCEA 1UG6A 2WB5A 4UQBA 1GQKA 4IPLA 3L4YA 4PTMA 1FFRA 2XSAA 1E0XA 4D6DA 3AQUA 1EXPA 1WZMA 5GNZA 1W9PA 4UFIA 2GK1B 2CITA 4K68A 3WQ5A 3VD7A 3VD9A 1V6WA 1FFQA 2WSKA 2YLLA 1BG4A 4R5EA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XID A;  3GM1 A;  3V35 A;  3U2E A;  2Q3T A;  2YU8 A;  4UNI A;  1BTM A;  4HJF A;  1QZX A;  1GOO A;  2BXZ A;  3QPZ A;  3U48 A;  1ST6 A;  2YCJ A;  1TG7 A;  2Q6Z A;  1Z7Q c;  5EU9 A;  3VDH A;  2E0P A;  2AGK A;  3MWC A;  3WYZ A;  1K6A A;  5C8B B;  3QY6 A;  1GVI A;  4N9C A;  2PWD A;  5EYW A;  1V08 A;  2DMI A;  2WHL A;  3C2F A;  4WXY A;  4RV8 A;  2ZUM A;  3FXG A;  2J7B A;  1DHP A;  2ALR A;  1IT8 A;  3DD7 A;  5KYU A;  1CB2 A;  5A8Q A;  1HL8 A;  1V6Y A;  1C8Q A;  3U2Z A;  3SN4 A;  1PV3 A;  1KBK A;  2OZ3 A;  1IZM A;  3WSU A;  5HWN A;  1H62 A;  3RPM A;  3LMZ A;  3PWI A;  4H83 A;  1T7L A;  1N82 A;  2ZA1 A;  4YL1 A;  3TU9 A;  1R7O A;  3BID A;  2GVE A;  4G56 A;  1H0I A;  5E3C A;  1PDA A;  1TPB 1;  3AC0 A;  3PZI A;  2D5R B;  1I9C B;  4S3D A;  3UEQ A;  3UZJ A;  3ZTM A;  2DW7 A;  1QK2 A;  3VUP A;  4GBD A;  1U5J A;  4L9Z A;  2KK1 A;  4YN0 B;  5D2T A;  2VVS A;  3WJY A;  1TR9 A;  4NXK A;  3TNO A;  3GIP A;  2BFG A;  1TV5 A;  3M07 A;  1A1J A;  1DTN A;  4EWJ A;  5KL2 A;  1KTM A;  3DH7 A;  4DUO A;  1OT2 A;  1GKQ A; 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 2QPS A;  5FL0 A;  4XAY A;  7REQ B;  2XZ7 A;  1GUV A;  2PDB A;  4TX8 A;  2HC5 A;  1OR2 A;  2LSE A;  4PUJ A;  3WLJ A;  2EOX A;  1JPI A;  3ZR4 A;  3NUR A;  4K7B A;  4GQ0 A;  3F4W A;  4IIF A;  2O7Q A;  4C1K A;  4HJW A;  4QG6 A;  3L0N A;  4JTC B;  3VOF A;  3HJZ A;  3R8G A;  1WDW A;  2OO6 A;  1EH9 A;  3LCF A;  4E6M A;  3ARY A;  1UBD C;  1UWU A;  2DQW A;  4PCT A;  2ZFA A;  1S05 A;  3VC6 A;  5FL1 A;  1T5O A;  3PPF A;  1RP9 A;  1NOU A;  1EJR C;  3GW0 A;  3T6J A;  1XS2 A;  1LM1 A;  5CGQ A;  3ARQ A;  5AYY A;  2ONE A;  2K7I A;  3MHG A;  4LB4 A;  3QKE A;  2QUV A;  3N18 A;  2PZN A;  4XTD A;  1XIE A;  2TMD A;  3WL0 A;  3NO1 A;  3G77 A;  7TAA A;  2A68 F;  5F2I A;  3DG7 A;  2EKG A;  2Y4S A;  1ZU8 A;  1REQ B;  2BY3 A;  3TOM A;  1NBB A;  4KRU A;  1O60 A;  2OX4 A;  5AC7 A;  3HF3 A;  2WHM A;  4JHO A;  1J2B A;  4ZO9 A;  1XBZ A;  2ZZ4 A;  1GYM A;  3GDL A;  1ISY A;  1E0T A;  2PMQ A;  3S29 A;  1UPP A;  2QVN A;  3RO8 A;  4DM1 A;  3CM4 A;  3LPP A;  2WPG A;  2EG6 A;  4O4V A;  4HPJ A;  4PTN A;  2WC7 A;  1UKT A;  3DC0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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