5AC4A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with galnac
Total Genus 263
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
263
sequence length
625
structure length
625
Chain Sequence
VRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDQAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
total genus 263
structure length 625
sequence length 625
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5ac4A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ac4A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5ac4A01
3VIIA 5CJ5A 4JL1A 3ZJ7A 1BVZA 2VRJA 2X0HA 3GYCA 3U5UA 5FKYA 2JF7A 1M53A 2VX6A 4Z2KA 5A8OA 2YKKA 1C8QA 3WENA 2YIHA 2WMHA 1JGIA 3M46A 4QDMA 5BRPA 4XUYA 5CPSA 3RO8A 3GZAA 4JKLA 1HIZA 1XRVA 1UH3A 2J8GA 2DT2A 3K8MA 1JZ6A 2BNJA 3B8SA 3PZQA 3AYRA 1IZKA 3RILA 3QOKA 1WZAA 4AW7A 4PMXA 3FNDA 1Y7VA 3ZSSA 2UY5A 5CQ1A 1M01A 4MPKA 1UUQA 3AHZA 2VOTA 2D2OA 2XIBA 5BXSA 2QMKA 2WSKA 4JFWA 1NWSA 4PYSA 4IPLA 5D8ZA 2YOCA 1DWFM 1CZ1A 1W9DM 1UZ1A 4UOZA 5BROA 4HMCA 4X0NA 4GKLA 2W62A 1JI2A 1Q6FA 3O6AA 1BFNA 3MS8A 1G94A 3AIUA 1J18A 2CBVA 3NSNA 1W32A 2WSPA 1J11A 1DWIM 4AIOA 3VD3A 2WMFA 1QOXA 4AZGA 1EHAA 1V3JA 1CXFA 4E8CA 3N11A 3ZM8A 2ZXQA 3KEHA 3ARYA 3AMGA 3PZTA 1V6UA 5HPCA 1UWTA 3KL5A 5M03A 2YLLA 4FLOA 5CLTA 4MAZA 4RE2A 3NDYA 2JEPA 2AMGA 3K4DA 2D20A 3BCDA 5DT7A 1UH2A 1FFQA 2OSXA 1WAWA 1B3VA 4MTVA 3ARSA 2V3FA 2Y24A 2OYLA 1UR4A 5D9OA 5GNYA 2ZUUA 1LL4A 3AIVA 1R85A 1F4HA 4CKQA 5DF0A 1B3XA 3AIRA 1E56A 3WD1A 3M7SA 4S3JA 1CENA 3PBGA 2O9RA 4LPCA 5CGTA 1WZKA 3WNNA 1MVYA 1L8NA 3AXIA 1JAKA 2PWFA 3QHMA 1CECA 5I78A 4CD8A 2GSJA 4HP5A 5A2CA 3VNYA 1OCQA 2XGBA 4JCLA 2GK1A 2WHMA 1JYXA 3WN6A 1E4IA 4D6HA 3S6TA 1E43A 1ZBCA 4HPGA 2WC3A 1JD9A 2B31A 1FA2A 2VC9A 5JBFA 2D3NA 2Y4SA 4PUEA 1G9HA 3DC0A 2DGAA 2QMJA 3WQ6A 3LPPA 4D6DA 3WEZA 1UWSA 2VL4A 4D71A 3MSGA 4W84A 4W85A 3ZJKA 1V0NA 4DWSD 3WH9A 4A4AA 3T0BA 2BVDA 4UCFA 4IPNB 3MO4A 4RL3A 4W86A 5AYIA 3PTKA 2QLYA 3SCQA 3AI0A 1CLVA 1LG2A 1EH9A 3OGSA 1WPCA 2BHYA 2WBGA 2BHZA 1DWGM 1QI5A 2XJ7A 1EDQA 4CU8A 4PMNA 1FP9A 3POCA 5I5RA 1DHKA 4F66A 1C7SA 3BAWA 3AOFA 5A6JA 2AAAA 3VMOA 4XX6A 4BQ3A 2DIEA 3EDDA 5KEZA 4QAWA 1H0IA 4UQ9A 1UR9A 1XSJA 3WNKA 1FHLA 2YA1A 1J12A 1JZ2A 3SCRA 4QCFA 1VRXA 2EPNA 3F5LA 3WF3A 2V5DA 1UD4A 2WCAA 2WXDM 3WL0A 1PX8A 4BA0A 5A8MA 3VNZA 4CCEA 3WMSA 2JEQA 1JYNA 3FN9A 2GJPA 1Q6DA 2IUZA 3OLEA 3F5KA 1PZ3A 4JAWA 1HKKA 5CG0A 5A2BA 2A3AA 1H0GA 4OKDA 2GJRA 1ZBWA 1MW1A 1AQ0A 2VZUA 2DEPA 3PZNA 1C90A 2VX4A 2EO7A 1CGTA 3VPLA 4L4PA 3N15A 2VCCA 4OBRA 1XYZA 4J3SA 2EQDA 3W29A 3VM7A 5A1AA 3VM5A 1NOWA 3ARVA 1GORA 5CZKA 2ZUWA 5GPRA 1DWJM 4QFUA 2W4XA 4W89A 5KZ6A 5AY7A 3PZUA 3T2PA 3WH6A 4J27A 4KRUA 4CCDA 3ARQA 2XWDA 2PBOA 2ZWYA 3UG5A 4H8VA 3BAIA 3VGDA 1WNOA 2G4FA 2A3BA 3VOCA 2WHLA 2FH6A 3MUY1 2XG9A 3A4WA 5I77A 4CVWA 2WLZA 4FMVA 4IM4A 4AD0A 3EBVA 4AZCA 2Z1KA 3AIWA 3ALFA 3PN8A 5IHSA 4FK9A 4WKAA 5M3WA 5E6ZA 4AMCA 1BYDA 1TFVA 5BXPA 1CBGA 2OLHA 3WELA 1UA3A 2WC4A 5A8PA 1TA3A 5HBFA 3CHEA 3UETA 3RDKA 1VB9A 1J0YA 3SCWA 2WBKA 3GNRA 3OIHA 4P8XA 3VDCA 4NSBA 1W1PA 1OBAA 2UY4A 1KXTA 3W53A 4P7NA 3VD7A 1GQIA 5CGMA 4URIA 2DT3A 4DWSB 3N04A 1XH1A 4TX6A 2VNCA 3PZIA 1G1YA 2VR4A 3SCNA 2VI0A 1BLIA 5I3DA 1EHNA 2EPLX 1TR1A 2WZHA 5JIPA 1RD6A 1HL9A 4TVCA 2GK1B 3W81A 3ZR5A 4OOUA 2XUCA 5A69A 1B3YA 1QVBA 1W91A 4ZENA 5FL0A 3ZIZA 5ABHA 2DDXA 2QHAA 8A3HA 4B15A 1U33A 2PWEA 3UCQA 9CGTA 4QLJA 3MSDA 1J0IA 3HJEA 1IZJA 2BV9A 3ZOAA 3SUUA 2CYGA 1QNQA 3I3EA 2ZXAA 3AS1A 2WMIA 3L2MA 1EDTA 1EO5A 1BGGA 2WYSA 2XGIA 4F9JA 2WMJA 1UG6A 4NRRA 4GI9A 4W8BA 2YLAA 3BCFA 1D2KA 2YJQA 3MU7A 2C8NA 1K9EA 1KBKA 4ATDA 3L4VA 4H8HA 1XGZA 1FH7A 1VENA 1NARA 1XCWA 2WWCA 3TTYA 4PSPA 4ACYA 1XSKA 1ITXA 1G5AA 5DT5A 3MANA 2WAGA 3UERA 4MJ2A 1VF8A 3VMPA 3QR3A 4AY1A 5AC4A 2YBTA 1KQZA 3VIOA 2XYLA 3ZT5A 1VBRA 1NOUA 4C7GA 4JIEA 1IV8A 4J3TA 4GI8A 4JFSA 3DYPA 4AEFA 3DECA 3L4TA 3ZQ9A 3OZPA 3OZOA 3OG2A 1PAMA 3BGAA 5E0CA 4HTYA 3W24A 1E40A 4MNJA 3D3AA 2CETA 3ZJ6A 1E3ZA 3GDBA 4HMEA 5DEZA 3W0KA 4ZEPA 2XTKA 3VTRA 3WQ8A 1C93A 1GOIA 1BYAA 2UY2A 1UR0A 2YL6A 2VCAA 5M5DA 2BY2A 3PZMA 5I0DA 2ZWZA 1TE1A 3A4XA 3PTMA 4S3KA 4GQQA 3LMYA 1HVQA 2QV4A 3OBAA 1AQHA 3WDPP 1E1EA 2NT1A 5M17A 1WB0A 3BSGA 1J0JA 4UR9A 4LGXA 1HKJA 1XD1A 4U2YA 4AZCB 5CSYA 2Y2WA 3AZRA 4HA1A 3ZO9A 5ABFB 1CXHA 4PEEA 1BVNP 1NOFA 1PIGA 3U7BA 1JZ3A 3VINA 4J3WA 5GNZA 4PRWA 4EE9A 1ESWA 2J25A 2CEQA 2BHUA 3CBWA 1W1VA 1UZ4A 3GXFA 3II1A 1TA3B 2YL5A 2VURA 3O2LA 1UKSA 1ZBKA 1E6NA 1KFWA 1XSIA 4WJXA 5F7UA 3IAQA 1TVNA 5DMYA 2WHKA 2YL9A 5AYBA 1XV8A 2G3NA 4B3KA 2VZTA 4BCEA 1AQMA 1FH8A 1KBBA 4V27A 3WF1A 1BG4A 2BVYA 2QPUA 1QI2A 1UWIA 3VDBA 1UD2A 4ZFMA 1HJSA 3HN3A 4CN6A 1PPIA 1RPKA 4HZ7A 3APGA 3EDKA 5D8WA 4L4OA 2ZXDA 2J4GA 2G3MA 4CD7A 1V03A 4W93A 3CMJA 4JZ5A 4QP0A 3SCPA 3CUFA 3K46A 2E8ZA 4D1IA 1E72M 1JG9A 1E70M 3F5JA 2C0HA 2GFTA 1KCKA 1NWTA 1UKTA 4NI3A 2XHYA 1OM0A 1XD0A 3GH7A 1E4NA 5HNNA 2PBGA 1V3HA 3U5YA 4PTMA 3ZR6A 1LLOA 3AS2A 3TTSA 1BAGA 1HJVA 1GJWA 3WDQA 3A6OA 1H5VA 1WZLA 2YDSA 2WMIB 1C91A 1WZMA 1CXLA 3UG4A 2PWGA 1HKMA 1P6WA 5JIWA 4WK9A 4D6CA 4FLSA 1JIBA 1LG1A 2X05A 3W38A 1VEPA 3S2CA 3WH7A 4H04A 1BF2A 3VIPA 8CGTA 1W9PA 4AZHA 1MXGA 1E0WA 4D72A 3KZSA 1H1NA 4WF7A 4BS0A 3GTNA 2VMFA 1B31A 2GVYA 4EKJA 3IJ9A 5TD4A 1OIFA 3SCTA 2J7FA 5D9PA 4NRSA 1CNVA 1CXEA 1E5NA 1E73M 2J7HA 1UH4A 4M24A 1B3ZA 1GOWA 1OIMA 1QHZA 2J7GA 3CZ8A 1VFFA 4DUVA 2ZUNA 1ODUA 4W5ZA 3CUHA 3WBAA 1JZ4A 2WCGA 1HP5A 2W61A 2A3CA 5HXMA 3WQ5A 3T0DA 3W28A 1BYCA 1CPUA 3N12A 2ZE0A 5BWFA 2BXYA 3MUIA 3OLDA 1BQCA 3GH5A 1B30A 2E4TA 1UR2A 2DSKA 2JALA 5A8QA 3ALGA 4PMRA 5CPTA 4U33A 1C92A 1GW1A 1GQLA 3W27A 1R7OA 4GI6A 3RCNA 3CZEA 3G6LA 1V02E 4TTGA 3VGEA 1VJZA 5EB8A 4BQ5A 1GOKA 4HMDA 1D3CA 2W5FA 4CU6A 4P7QA 4AZ5A 3AIBA 1CEOA 1JD7A 2VX7A 3ARPA 3IJ8A 1HKIA 4J28A 1XHGA 3WL1A 3BAJA 4JFVA 3WD0A 5ABEA 1JDCA 2J7EA 2WANA 3VMNA 3AIEA 3WFZA 3WF0A 2J7BA 2Q8XA 4UQEA 1NWUA 3KL0A 4J3UA 4PMVA 2XFRA 1CLXA 3A4AA 5C8BB 2OYKA 2J78A 2CHOA 3SCVA 2WKLA 1NP0A 1JF6A 1RP9A 1U2YA 1JNDA 1E4LA 3CZJA 3MV01 1W2PA 3GXIA 3BAXA 1X6NA 3WNPA 1MW2A 1CGUA 1EQCA 1B1YA 5CPQA 2QF8A 4D1JA 2F2HA 4DUXA 2G3JA 3WDJA 3MMWA 1BYBA 1H09A 3GXMA 3PHAA 1KGXA 3MMDA 1JZ7A 1GCYA 1V6XA 1HN1A 1QI0A 1CGYA 3GBDA 1ZS2A 4U5IA 3WDRA 5E6YA 1OSEA 3ARZA 3TP4A 4W8LA 4AC1X 1JDDA 3SUSA 3N1AA 5C70A 1GONA 3VIJA 2XM2A 1C8YA 3AHXA 3UEQA 1E15A 3N9KA 1H4PA 1UD5A 2VRQA 2D0GA 3EDEA 3L4WA 3FXYA 4R5EA 4GO9A 4DM1A 1OT2A 3AZTA 5A6AA 4PUDA 3PZOA 3GBEA 3QOMA 5A6BA 4UZUA 5FCZA 4MB3A 3N18A 3WNOA 3VX0A 2JF6A 3VIKA 3WQWA 4UQAA 3ARRA 4B3LA 3GH4A 1LWJA 1N82A 1GJUA 2JE8A 5GNXA 4UFJA 3CGTA 3VIGA 4N0RA 3CZGA 3HMCA 4BZYA 4M8UA 2D3LA 2J8FA 4QLKA 5HOSA 1HJQA 4AD2A 1H3GA 5EMYA 5IFTA 2V38A 1CYGA 1JFXA 1HNYA 4YPJA 4PSRA 4W8AA 3VGBA 1OWQA 2GJXA 4WIWA 1DP0A 2WC7A 3UR7A 4E8DA 3D5HA 4GZIA 2WPGA 2JIWA 1WDSA 4GZJA 1OB0A 5BXRA 3BC9A 4UZSA 1FHDA 3BXWA 2WW5A 4TX8A 3MKKA 1WDPA 1VBUA 2X09A 1J0HA 5EBAA 2FHCA 2VTFA 4ACZA 2VCBA 1KXVA 2WKGA 2CBJA 2QPSA 1OGGA 2W63A 1B0IA 4KH2A 4HU8A 3FAWA 1EOMA 5JBEA 2ZXBA 2OWWA 1GNXA 3NSXA 1L0PA 4W7VA 3WF4A 4HZ6A 2GDVA 1NH6A 4IISA 1UKPA 1CGWA 1SMDA 3WQVA 5BRQA 2E3ZA 2D0FA 3A47A 1EGZA 4KGLA 1HP4A 2WZEA 5FOOA 2W66A 1XH0A 2WVVA 3VVGA 4GXPA 1CGXA 1EIBA 5CSUA 1ISYA 4H7VA 1M03A 1BSIA 2HVMA 4GO8A 1W3JA 1MFVA 4D6JA 3AHTA 6TAAA 1HX0A 2CNCA 2JIEA 2PC8A 3NCOA 4KGJA 1F4AA 1KCLA 2G8ZA 5I6SA 3IK2A 3WKZA 3WY1A 3K4AA 1ZB5A 2J74A 1PBGA 3ZT7A 3SUTA 4AD1A 5I2UA 1WCGA 3MUZ1 3WUEA 4MB5A 2EBNA 2XVKA 3UR8A 2G3IA 2WLYA 3U57A 4AYSA 2BY3A 1BHGA 3SCOA 4CU7A 1G01A 1KQYA 2E0PA 4KRTA 1UWRA 5EFDA 5IFPA 4U2ZA 4ZXOA 2NW0A 4BQ2A 4P8WA 3VO0A 1VAHA 2E9MA 3CZKA 1FOBA 4YHEA 3TA9A 4PMUA 2W92A 2XWEA 3VD4A 1C8XA 4AIEA 1HL8A 1J01A 3MMUA 3NUKA 1UA7A 1CWYA 4AD5A 3WD2A 1OGSA 4W5UA 3VD9A 2VZSA 1WKYA 3TTQA 2J47A 1A47A 1LJYA 2F8QA 3M6DA 4OZOA 4UTFA 3CO4A 3O9NA 1J0KA 4MDPA 4UQCA 4GINA 4PMYA 1HJUA 3VIMA 2CKRA 3WIJA 2VZVA 4RE4A 4KMQA 1QHPA 2A3HA 2V5CA 2XFYA 4CGTA 2Y8VA 3AFBA 4Q7NA 3KL3A 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 3AJM A;  3PUL A;  4JRZ A;  3VIL A;  3NDZ A;  4AWT A;  4IUG A;  1FH9 A;  3NYD A;  2NWR A;  3GNO A;  1HW2 A;  4WLC A;  3OTO E;  1BRL B;  1LP6 A;  4HBK A;  5HWJ A;  4OUI A;  5HWN A;  2P0I A;  2A25 A;  4S23 A;  1KGW A;  4RBN A;  5AE2 A;  1DQU A;  4L5N C;  1W9U A;  4Y9M A;  3GXN A;  1LRO A;  3BAN A;  1XMO E;  1P7T B;  4O13 A;  5HA7 A;  4L6D A;  2N3H A;  1FWA C;  3KUM A;  1I1X A;  3TCE A;  3BLK A;  2WKJ A;  2Z26 A;  2CFF A;  2YTN A;  3K2G A;  4I8D A;  1OF8 A;  2WBS A;  2M9A A;  1V6W A;  2WZL A;  2P88 A;  1NQ6 A;  1O5Q A;  4O0K A;  3B0P A;  4NTF A;  2LRS A;  3PPG A;  3LLH A;  4A8L A;  1IR1 A;  1SW7 A;  1YNP A;  3OPS A;  4ENL A;  2EEX A;  4HZ8 A;  2GUB A;  3DCP A;  2EXO A;  4IMG A;  1XQL A;  4EF9 A;  4G56 A;  3U3H A;  2QXW A;  2VR2 A;  3PTQ A;  5D2V A;  2LQG A;  2O9P A;  3S1U A;  1XDJ A;  2VQT A;  1QPU A;  4EP8 C;  3EX4 A;  2AL2 B;  1ZW3 A;  4R2S A;  1AJ2 A;  3N2Z B;  1YNY A;  5JS5 A;  1EGV A;  2DPE A;  4E0C A;  1ZGD A;  2IS7 A;  3H26 A;  3SZR A;  3QZE A;  3WEM A;  2YRH A;  3FSU A;  3BJS A;  4UNK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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