5AC4A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with galnac
Total Genus 263
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
263
sequence length
625
structure length
625
Chain Sequence
VRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDQAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
total genus 263
structure length 625
sequence length 625
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5ac4A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ac4A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5ac4A01
3WDQA 1W9XA 1RP8A 5A69A 6A3HA 2V3EA 5D9OA 3WMBA 4CN4A 4MB1A 2XVGA 2J7DA 5JIWA 5E6YA 3JUGA 1H4PA 1JGIA 3EMZA 3GXFA 3WFZA 3ARUA 2EPOA 2ZUTA 3RM8A 3AIWA 1QW8A 4ACYA 1H0IA 2J7HA 5D8WA 1IZJA 5BRPA 1XHGA 4JCLA 3WQWA 3ARYA 3PZMA 4J3WA 3THDA 1CWYA 1ZS2A 2EEXA 2YDSA 1QHZA 3OLEA 4M80A 2D3LA 3RM9A 2ESCA 2WM0A 2PBGA 1GHSA 1E6ZA 4DWSD 1J01A 3ZJ7A 3MUY1 2WVUA 1WKYA 1JYWA 1K6AA 3AI0A 5JIPA 1Q4NX 3ZSSA 3PZVA 2A3CA 2JEPA 2JFEX 1W3LA 4GQQA 1QNSA 2CETA 1B3XA 1GOOA 2WMFA 2D0FA 4J3UA 5FIPA 4FLSA 3WDPP 1L0PA 2ZX9A 3WDRA 4CGTA 3BH4A 1G9HA 1E55A 5I23A 2WCSA 1E5NA 1TR1A 5BRQA 2EJ1A 4ATDA 4CCCA 1XRVA 3RM4A 3TONA 2AOSA 4D6JA 3CPUA 4OUEA 1MW2A 3VIOA 1J18A 1W2VA 1JFXA 4WKHA 3D5HA 2CXGA 3FAWA 1K9EA 5ABEA 4NF7A 4P8VA 2XSBA 1UZ1A 4NZCA 2A3AA 1JZ8A 1I1WA 3N15A 4MB3A 2XGBA 3FXYA 1CDGA 3W25A 3ZOAA 3WUGA 1KR0A 3WL1A 4U31A 3AFBA 3OGVA 5E70A 1V0KA 4UFHA 1QVBA 1TVPA 3I3EA 1HX0A 3TP4A 2WW5A 2QLYA 1UH4A 2VJXA 3LPFA 1HVXA 5I3DA 5CGMA 7CGTA 3VIFA 3L4TA 4JKLA 1E6QM 2J4GA 3A6OA 1JI1A 3VPLA 3ZIZA 3WH9A 4IISA 4TTUA 4AY1A 1ESWA 3IJ8A 2WMHA 3CBWA 4OKDA 2XPKA 2BVTA 2JIEA 1W9VA 4AIEA 4TVUA 4KRTA 4YPJA 3AHVA 4XZWA 1ISVA 3L4ZA 3NSMA 3WH5A 3ZR5A 1TA3A 6TAAA 1NWSA 3VD5A 2ZUUA 4KGLA 3MUIA 1X1NA 4WIWA 4DWSB 4NI3A 3B8SA 4W93A 1WNOA 8A3HA 4DUWA 3WNLA 1GVYA 2VZUA 2WVTA 1ZBVA 2WVVB 4KMQA 1WDSA 4GZIA 2EXOA 1W1PA 1CXFA 3AZTA 2J77A 2ZUWA 1XCXA 2F2HA 3PZOA 4HMEA 4AISA 2OYKA 1ODZA 1W9UA 2FHFA 3MMUA 1B9ZA 1HKJA 3K8KA 5HDRA 1XYFA 1RH9A 2OSWA 3PHAA 1NP0A 4DM2A 5BXTA 5BROA 1Q6CA 2WCAA 4LX4A 3PBGA 2ZXDA 1GVIA 1MFUA 2O9OA 1U30A 3AZRA 2BY2A 1CNVA 2WBKA 7TAAA 2D23A 1VEPA 5CPTA 5IFTA 2G41A 4AZBA 4EE9A 2J8FA 4TTGA 3DYOA 1OSEA 5GNXA 2WXDM 1UR1A 3GH5A 1E6RA 1JF6A 1DP0A 2G3IA 4F79A 1W9DM 4N42A 1UR2A 3KZSA 2GJXA 2YL8A 2PWFA 3OA5A 1C7SA 4MB5A 2E9BA 2ZWYA 3N12A 3VGEA 3WELA 5A1AA 3MU7A 1B0IA 1BYDA 1W9PA 3VMPA 4Q7NA 2WZEA 1FP9A 3WBEA 2V3DA 5LYRA 2WB5A 1E1FA 4BA0A 1XSKA 3SUSA 5LA2A 4N0RA 2HISA 1KCLA 1V6XA 3WF3A 5AYBA 3L2MA 3AJ7A 1G01A 3S6TA 2PWHA 4PUEA 3WIJA 5ABGA 4A3YA 3VU2A 1OINA 3WBAA 3WD3A 2OWXA 4LGXA 2XM1A 1B90A 1E4IA 5AY7A 4UTFA 2XSAA 1MQPA 4P8XA 4AEFA 1JD7A 1GZJA 3KL0A 4LQ1A 1AMYA 1VFMA 3T0AA 1BQCA 5FCZA 2WLZA 1X6NA 3VMOA 3ALFA 4IM4A 1HJQA 3UG4A 3GXMA 1IV8A 2WYSA 5E09A 1J0YA 1D7FA 4CU6A 1NQ6A 3F4VA 3HMCA 4M1RA 3U7VA 2XVKA 4MJ4A 2VR4A 4JL2A 3K4AA 2IXUA 2XG9A 3WDJA 1UQYA 4HPHA 1EHNA 1LL4A 3FAXA 1SYTA 2CHNA 3VIGA 5FL0A 3W81A 2DT3A 2CIPA 2V3FA 1Q6EA 3SCWA 4CCEA 3WNNA 5AYIA 1V02E 4KRUA 3HU7A 1HT6A 3GTNA 3A4WA 3OG2A 5A2AA 1XCWA 1XH1A 2ZUSA 1DWAM 4HP5A 4UFLA 2CKSA 3SCOA 1ZBCA 3WKZA 1RD6A 3BMWA 1KXVA 2EPMX 1E6SM 2BNJA 3ZO9A 3W82A 2V3GA 4MDPA 1H49A 4JAWA 3VIJA 2O9TA 1UD2A 4D6EA 4UOQA 4UQEA 3BAIA 1E70M 4B9YA 3AIVA 2X05A 4HU0A 3WD0A 1EHAA 3WQ4A 1MVYA 5JBEA 2WZHA 2WSKA 1MW1A 2D3NA 3HN3A 1FH7A 4D6DA 5CPSA 5A6SA 3QOKA 4H8VA 4B3LA 1BVZA 1QI3A 1ITCA 1BGAA 2J74A 3N1AA 4E4PA 5M5DA 2WBGA 3U7BA 1US3A 1UD6A 1SFSA 4A3HA 1E73M 3WH7A 3T2OA 3L4YA 1CEOA 3EMCA 3VIMA 2YA1A 5AC5A 2Y8KA 3ZT6A 4XV0A 1GOQA 2G4FA 4YN5A 3VD4A 2OYMA 3PTQA 3CTTA 3IJ9A 4U5KA 2JALA 2GK1B 4IPNB 4NRRA 4ZEPA 2WHJA 1CZ1A 1UR4A 5EFFA 3ARTA 1OGGA 5KEZA 4S3KA 6CGTA 2VQUA 1WDPA 3VVGA 4LYRA 4UFKA 4P7OA 1OIFA 1W1VA 2XM2A 1HKIA 5HXMA 2YIHA 3UCQA 4QLLA 1EDQA 3CZ8A 2GJPA 3WH6A 2ZXBA 1EIBA 2JE8A 4PMDA 3T2QA 3J7HA 1JIBA 1LG1A 3OB8A 1UD8A 4W84A 1NWRA 1E4NA 2J25A 3DYMA 3FNDA 1JZ3A 2XWEA 4WF7A 1UA7A 3VGDA 3UG3A 1GCYA 2VI0A 2WLYA 4AXNA 4KWUA 2TAAA 3T08A 4MPKA 2CCRA 4ATLA 1EH9A 3B9EA 2VT0A 2YKKA 1XYZA 1E9LA 4JFWA 2B31A 1CXKA 4QCEA 1FP8A 1V0LA 3PZNA 3VGHA 3OIHA 1UWRA 3WQ5A 1W9BM 1W1YA 1UG6A 1YQ2A 2ZX5A 3VOCA 3GYCA 5E9AA 5IDIA 3OZPA 2YOCA 5HBFA 4EK7A 1Q6FA 3FHQA 4E8DA 1UR0A 1UWUA 4BZYA 3AS0A 3ZR6A 3APGA 3ZJ6A 2YDQA 4ZE5A 1JXJA 1H11A 4K68A 3IANA 3LPGA 2J7CA 2WHLA 2GSJA 2E4TA 2YLLA 2WMIB 3L4VA 3POCA 4WSKA 1OD0A 3VM7A 1VFFA 1WZAA 3WF2A 4AIUA 2EBNA 4WKFA 2WSPA 4PYSA 3WFLA 5LA1A 2FDMA 4U2ZA 1B2YA 4MNMA 3WUEA 1QNQA 3SCUA 4UQ9A 4GO8A 1W91A 2D1ZA 4B9ZA 4CKQA 1CECA 1H3GA 1PZ2A 5BCAA 1HP4A 3PN8A 3GNOA 4EAMA 1PZ3A 2BHZA 4F9DA 2V5DA 1R8LA 1FOBA 3VMNA 4WJXA 2J7GA 1UUQA 1GJWA 1JDCA 4OIFA 5F7UA 5LA0A 2W63A 3WN6A 2ZWZA 4V2XA 5DMYA 1DTUA 4GZJA 3LPPA 5GNYA 5A2BA 2Y24A 1UD5A 4J3VA 2XYLA 5D4YA 4HA4A 1ISZA 1EQCA 3A47A 4LPCA 4J3SA 2YA0A 2E3ZA 5D9MA 4HZ7A 1HL8A 1I75A 5BYWA 2X8RA 2QF8A 3LMYA 1JL8A 4IPLA 3CZGA 1MFVA 3WQ6A 1DWGM 5GQBA 5D9PA 4BS0A 2CYGA 4H8HA 1ECEA 5A3HA 4PMVA 1UQZA 2AMGA 1KWGA 3WNMA 4R5EA 4D1JA 4FLQA 3ARPA 2Z1SA 3FHAA 3WNPA 1QBBA 3VNZA 3BAWA 1R87A 3WENA 2NSXA 4OOZA 1XD1A 2BHYA 1OT1A 1EDGA 4Z2HA 1QI2A 1UKQA 4AEEA 1E6XM 4BQ5A 3I3BA 3W27A 1LL6A 2GDUA 4L4PA 2FHBA 2WVSA 1B30A 4LYQA 3CMGA 1NH6A 5A6BD 2XWDA 5I79A 3RDKA 2JF6A 2DIJA 4H04A 4D6IA 1IZKA 1ITXA 1TMQA 1BHGA 3WD1A 3ARSA 1CGTA 1NP2A 2X2YA 2W61A 4DUXA 3TA9A 1QBAA 3BAYA 2YL6A 3AISA 9CGTA 4GI9A 1E56A 3VIKA 4QLJA 1XH0A 4Z2GA 1H1NA 4M82A 1HJVA 1MW0A 1JYXA 2W91A 2XTKA 1WPCA 3BLKA 3SCQA 1UKSA 4W5ZA 3WNKA 2QMJA 2Y2WA 2GDVA 3GZAA 3W29A 1WZLA 4UNIA 2VX6A 3N17A 4BQ3A 5IXEA 2XHYA 1JF5A 2X1IA 4UFJA 5CSYA 2GUYA 3ARXA 1DWJM 3WNOA 1BPLB 2OSYA 3VDBA 1PX8A 1HKKA 2PC8A 4AWEA 1QI4A 7A3HA 4P7NA 3KE0A 2WAGA 1I1XA 4MDOA 2CBUA 1TA3B 1NOWA 4PTXA 2WCGA 5KZ6A 2WC3A 1E5JA 5EMYA 4ZENA 1LF1A 4PTVA 1H09A 4CN1A 3CUIA 2G3MA 2ZX7A 3MUAA 4CVWA 2VR5A 1ISWA 5BWFA 1G0CA 1PBGA 4D6HA 2VVSA 3NJ3A 1GQLA 2ZIDA 2CBJA 4CUCA 4BCEA 1VBRA 1A3HA 2BY0A 4R27A 4UOJA 2CNCA 3SCPA 3K8LA 5CPQA 3VILA 5EFDA 1A47A 1UYQA 1KQYA 2XIIA 2WK2A 4JFTA 2VOTA 2FH8A 3RMEA 3MSGA 4Z2IA 4FLRA 4CD8A 4FMVA 3FY1A 3T09A 1EGZA 4AZCB 3BAJA 3NIYA 1VRXA 1SMDA 2J7EA 1FFRA 1QW9A 3VO0A 3TTSA 3AHXA 1E43A 1L8NA 4XB3A 3ZMRA 5A6KA 3CZEA 5HNNA 2O9RA 2YL9A 3WH8A 1GQIA 4UOZA 5A8PA 1UD3A 3CUFA 1D2KA 3CHDA 1MWOA 4OJYA 2WWDA 2UWFA 2XFRA 5A6JA 3RCNA 4PMZA 2W5FA 1TE1A 5C8BB 3GH4A 4X0NA 3SURA 2ZOXA 1UKOA 2VZTA 3W4RA 1JAEA 1HJWA 2YLAA 1LL7A 5E0CA 1Z32X 1KGXA 3AIEA 3SCTA 3RPMA 2Z1KA 3NDYA 1C90A 4AZ7A 4AZGA 1US2A 1ZBKA 3UR7A 1EXPA 2WANA 1XV8A 1E72M 3FN9A 4PUDA 3QR3A 1QI0A 1ZBWA 1TFVA 1Y7VA 4TUFA 4W5UA 4ZFMA 1E6PA 2C8NA 3CZJA 1AVAA 2PBOA 1C92A 3CH9A 2RGMA 2PB1A 4QLKA 1E4LA 5ECUA 3L4UA 4Y7EA 4HTYA 1QHPA 1B31A 3S2CA 3WEZA 3O6AA 1JZ7A 1WP6A 3WF1A 1H2JA 1K9DA 4C7FA 4HPGA 2D24A 1CBGA 4F9JA 5DT5A 3CUHA 4JFUA 1BYAA 3ARZA 4DWSA 1UWIA 1HJUA 2W62A 4CCDA 5JBDA 3W6MA 4X0VA 1HNYA 4HZ8A 4W8LA 2XFYA 3AS2A 1ZB5A 4B16A 3KWXA 2NT0A 3VNYA 2WVVA 1FHDA 2Y5EA 2CITA 4PCTA 3DECA 3II1A 4Z2LA 1Q6DA 4MADA 2VC9A 1C93A 3VIPA 2DH2A 4HA3A 2D0HA 1VJZA 3AIUA 4GPNA 3OGSA 4Q22A 4W85A 4ZXOA 3AMCA 4MAVA 2WKLA 4PMRA 1EO7A 4HMCA 4LXFA 1V3HA 4AZHA 2QPSA 1UWSA 3MMWA 2VX4A 3MO4A 2G3NA 5I5RA 4D6CA 1QNOA 3AICA 3SUTA 3U57A 1GHRA 4QCFA 4Z2KA 1HP5A 3LPOA 4M29A 3PZIA 2J8GA 4U2YA 1CGVA 1PPIA 5A8OA 1G94A 1E40A 4X9YA 2E0PA 3PZGA 3VKKA 1HVQA 2WMJA 4JHZA 4W88A 4ACZB 1GONA 1V6UA 2WWCA 3AXIA 1EOMA 3ARVA 1XSJA 4HMDA 3OZOA 1DWHM 1CYGA 4YHGA 4UQBA 3BSGA 3K46A 2CESA 3VGFA 4CD5A 3TTYA 1J10A 2VVNA 3GDBA 3AOFA 3VX1A 3VIHA 4QP0A 1V03A 2J78A 3SIMA 2OYLA 4U5IA 3SUVA 1SMAA 3VD7A 3W6LA 4AZ6A 4J3XA 4M8UA 1WE5A 1BFNA 4PCSA 4AZIA 4XUYA 4XZBA 4W87A 1NOUA 2WNWA 4YHEA 2BXYA 2DSWA 5CLWA 3ARRA 3M7SA 4CD4A 2BFGA 3RILA 2DSZA 3ARWA 2CHOA 4JCMA 1DWIM 5ABFB 1BAGA 3AROA 3K8MA 3CHCA 1W3JA 4FK9A 3GNRA 1LLOA 3EDJA 3PZ9A 2W92A 3AXHA 4D71A 2UY2A 4JZ5A 3KL5A 2UY5A 4GI6A 2DT2A 2D2OA 8CGTA 1FH8A 1KFWA 1DEDA 1G5AA 3UEQA 1BG9A 3VDHA 4TXEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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