5AC4A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with galnac
Total Genus 263
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
263
sequence length
625
structure length
625
Chain Sequence
VRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDQAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
total genus 263
structure length 625
sequence length 625
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5ac4A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ac4A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5ac4A01
3G6LA 4CVUA 1HXJA 3FAWA 2W62A 1E43A 3ZIZA 3LPGA 2EXOA 2VZOA 4HP5A 1V3HA 1OWQA 2CHOA 1WCGA 3ARUA 4UOQA 2J7FA 2FGLA 2GJXA 4OKDA 5M03A 4RL3A 4TXEA 3OZPA 1P6WA 3W38A 7A3HA 4MJ4A 1LJYA 1LWHA 2QHAA 4M81A 3JUGA 1IZKA 2XFRA 4DUVA 2A3EA 2FH8A 5CLTA 1CIUA 1PIGA 4Q22A 1W1YA 1H0IA 1LF1A 2YL5A 4V2XA 1XH1A 1EHNA 1PPIA 1HJUA 3O9NA 4BQ5A 2CXGA 4LX4A 4AISA 1V0LA 1W3LA 1C91A 1UZ1A 5FOOA 3W29A 2WZEA 3AS3A 2VX5A 4MDOA 5D8WA 2J7HA 4W5ZA 1M01A 1KCKA 4LPCA 4JIEA 3PZIA 5M5DA 1DWIM 1QBAA 2A3HA 3VO0A 4Z2JA 5E09A 1AVAA 4UOJA 5E6ZA 5JIPA 3AMLA 2FDMA 1JZ7A 5A94A 5FD0A 1JFHA 3MUY1 3BAIA 1ZS2A 2BS9A 4R27A 3ZR6A 5FCZA 2G3JA 1FP8A 1ZBKA 3ARPA 4W86A 2BVTA 2V5CA 4JL2A 1NQ6A 1DWJM 4H2CA 4W89A 3RILA 2AAAA 3T0BA 5I78A 1J18A 3W4RA 4U3CA 3M7SA 4NF7A 3APGA 1JF6A 1GOMA 3BH4A 4AD5A 1VENA 2FHBA 5CJ5A 1V6VA 3CHCA 3OLIA 1JZ3A 5KEZA 1WDSA 3AICA 1CXEA 3WMBA 1OT1A 3ARYA 1CGYA 5D9OA 3U57A 2EPNA 1V3LA 2ZWZA 3B9AA 3EMQA 1ECEA 1HP5A 2GJPA 4UFJA 4B9ZA 4H7VA 3B8SA 2ZX9A 2DQXA 2YLLA 4PTVA 3LPFA 3AIEA 2E9MA 3SUTA 1TUXA 2BXZA 3ZOAA 4PMYA 1JYXA 4P7RA 2F2HA 3N12A 3II1A 4H41A 3AHZA 3GNOA 1TVPA 3PZTA 3WNOA 4UQDA 2ZUUA 4M29A 2BHZA 1NOWA 3BAYA 3MMWA 2Y4SA 3VVGA 3AIUA 3OBAA 1KR1A 3WEZA 4TX8A 2WVSA 3MV01 1UR1A 3GTNA 3IANA 2VRKA 1GNXA 4GINA 4PMUA 4W7WA 3B9DA 1W91A 1CWYA 1EXPA 4JFSA 3K4AA 4GI8A 5I2UA 4HA1A 4GZEA 4LXFA 3MUIA 4UZUA 4JKKA 1E4MM 1XYFA 5A95A 2O92A 2XSAA 1JYWA 3VIFA 4CU8A 1BVZA 1PJ9A 1J0KA 3CZGA 4JCLA 5A8NA 1UKTA 1V3IA 2GUYA 5ABHA 4GQRA 4CGTA 4ZFMA 1W9UA 3BCFA 3N13A 4GZIA 1BGAA 1BG9A 4X0VA 5CSYA 1D3CA 2XYLA 4RE4A 1X1NA 5LA1A 1V03A 4HU0A 3CMJA 2ZX5A 4UOZA 2Y24A 4JKLA 2VX7A 1HKMA 2EO7A 5ABFA 3F5JA 4AIEA 3WNPA 5CLWA 3BGAA 5DF0A 4HU8A 2YKKA 3FHAA 3HN3A 1HL9A 1UZ4A 3PTMA 3RIKA 2E40A 5C8BB 5CZKA 2BVDA 2XUCA 1JNDA 2EPLX 4OOUA 1NP0A 2OSXA 5JBEA 2VL4A 1SMAA 4NRRA 4GIAA 2DSZA 4FK9A 1ISZA 3RJYA 2WKGA 1KQYA 3ARQA 4AW7A 1J10A 4X9YA 3AZSA 4OIFA 1WZMA 1ZBVA 1PZ3A 4DM1A 4CD5A 2DSVA 2BNJA 2WYSA 3KL5A 3WDPP 1M7XA 3BLKA 2O9TA 2JALA 1ODZA 3IJ9A 1KWKA 4CD4A 3AISA 2WPGA 4C7GA 1D7FA 1XH2A 1PAMA 1RP9A 4F66A 3MMUA 1MQQA 3VDAA 4BA0A 2D20A 1DWFM 1CXLA 2WVVA 3GH5A 1FH9A 2YOCA 1TG7A 1UD5A 6CGTA 3K1DA 4PMQA 1E9LA 1VF8A 4J7RA 4V27A 3PTKA 1JZ2A 1EDTA 4UFLA 1VEOA 1E72M 5A6BD 1E4LA 4JKMA 5DT5A 1VJZA 4P7QA 1MWOA 2XFYA 1ZL1A 3DYOA 1US2A 2J7BA 2YIHA 1XSIA 4YHEA 4XX6A 3S6TA 1VEMA 3VIIA 5AY7A 1ITXA 3AHTA 5DMYA 3WNNA 4CU7A 4UFHA 3WH6A 3FW6A 1V6WA 1XHGA 4AIOA 1E6PA 4WF7A 5BXRA 5BCAA 2VX4A 3N15A 2YDRA 4PUEA 3WF3A 1WZLA 2VR5A 1VFOA 4B3KA 2WMIB 3AYRA 5A6LA 1WE5A 3IJ8A 4RE3A 1B3WA 2DSUA 1QNPA 4HOWA 1RH9A 4J3TA 2X0YA 5EFFA 3ZJ8A 3ZMRA 1B3ZA 1HNYA 2WVVB 4CCCA 1NARA 1C8QA 3MANA 2BHUA 1JG9A 1JFXA 3VNZA 4D6JA 4D6CA 2NT1A 3W28A 2J62A 2YLAA 2GFTA 3WUGA 1GONA 1BQCA 2EPOA 5A2AA 1KXVA 4CKQA 2D23A 3OIHA 3SEPA 3OB8A 2BVYA 4Z2GA 3L4YA 3RMEA 1UWSA 3AYSA 2OYLA 1H09A 4S3KA 2OSYA 2VZVA 1ISWA 3WH8A 2ZUWA 3THCA 3WD0A 4PRWA 3VIPA 4J3XA 2CHNA 4EANA 4PBGA 1UD3A 3QOMA 4P7OA 3CZ8A 1CEOA 4WK9A 1GOIA 2O9PA 4LQ1A 1EGZA 2JIEA 5IFTA 1UD2A 3VMOA 1HX0A 1OGBA 4KGJA 2ZIDA 1TZ7A 3BAKA 4D71A 1UWTA 1E71M 2G3NA 2VMFA 2X8RA 3PTQA 4HZ8A 3TONA 2OYKA 1QW9A 1A47A 4DWSC 1B31A 1W1VA 4D6DA 1BF2A 5CSUA 1E0XA 1J0IA 3BAXA 2BY2A 2V3DA 4D6IA 1C7TA 3SCWA 1W3KA 1JZ8A 4YHGA 5A6BA 1JDCA 1W1PA 1NOUA 1U33A 3GNPA 4CU6A 1GUVA 8CGTA 2JE8A 5I0DA 2GDUA 2CESA 2ZUNA 5TD4A 3WUEA 2PF0A 1QNSA 3A6OA 2WKLA 3ARZA 1EQCA 3AZTA 4CN1A 2TAAA 2ZXQA 3WELA 2PI6A 4XV0A 2JIWA 2CIPA 1BYBA 2BXYA 1QI2A 4PMOA 4XZBA 1G0CA 2XWEA 2CBUA 4BS0A 4Z2LA 1SMDA 3AMKA 1UQYA 1TR1A 3VX1A 2VJXA 3W82A 1C92A 1NOFA 2MANA 1A3HA 4JZ5A 1C8YA 4ATWA 1V6YA 3W0KA 2FHFA 2J47A 3ZT7A 3SUVA 1GZJA 4P8WA 3RCNA 4BQ4A 3WQ8A 3L2LA 4GI6A 3VMPA 5JUVA 4U3AA 5CPSA 2QV4A 4AXNA 5HXMA 3NUKA 4PN2A 1UWIA 5M17A 3K8MA 4ZE5A 1Z32X 2GK1A 3THDA 1N82A 2X0HA 4AD1A 2UWFA 3TTSA 3VIOA 3AXIA 3AS2A 2WMGA 3UCQA 1CBGA 1HP4A 1M03A 1PIFA 5I77A 1I75A 1F4AA 1GVIA 3ZJ6A 2JEPA 3WF0A 3B9EA 1R87A 1B1YA 1V0MA 4AZCA 4YPJA 3CZEA 2UY5A 2WMHA 3AIRA 1YHTA 2ZUVA 2D1ZA 1E6SM 2E4TA 3WNLA 1SFSA 4EE9A 1F4HA 5DFAA 1TFVA 4AC1X 5D8ZA 3LMYA 1R7OA 3M46A 3O6AA 1XSKA 4AZ6A 4AD4A 1EH9A 1QW8A 2W61A 5A1AA 1V08A 3WN6A 2WZIA 5CPQA 2E9BA 1V6UA 4U5KA 2AMGA 5EB8A 2VO5A 3WDJA 3PBGA 1NWUA 2A3CA 1KWGA 3CBWA 2V5DA 3VINA 4AZIA 2QMKA 5JBFA 5AYBA 1EO7A 1EQPA 2VQUA 4PMZA 3VDHA 4ATLA 3EDEA 3VKKA 3E1F1 1GJWA 1OIMA 1NWTA 3UESA 5A8QA 1UR4A 1JXKA 3WF1A 2CBVA 2NW0A 1GJUA 4WKAA 3AHYA 1HKKA 4AZCB 1E6QM 4BCEA 1G9HA 3PZ9A 1WAWA 1J12A 3T09A 3EBVA 1WZAA 1MYRA 5GNXA 5CPTA 3CPUA 3VUPA 3RM4A 3K46A 3D5HA 3TA9A 4ML4A 1US3A 3ZSSA 2W66A 1E3ZA 4PMRA 4WKFA 5DT7A 4ACZA 1KB3A 1WDRA 2D0GA 3G6MA 1XSJA 4A4AA 3KWXA 4MNKA 4QDMA 1LQ0A 2ZX7A 3WL0A 4Z2IA 3CTTA 4LYPA 2RGMA 1G5AA 1TCMA 2J4GA 1QHPA 3WDRA 2DEPA 4TOQA 1BG4A 1RD6A 2Q8XA 3BCDA 2GDVA 4A3HA 2VRJA 2GJXB 1GVYA 1E40A 2XFFA 1H1NA 1GQJA 3CZKA 1E4NA 1ODUA 1XRVA 4AZ7A 1JL8A 2VCCA 1FHDA 4W88A 2G3MA 3SIMA 4JFTA 3TP4A 5A2BA 3KL3A 3WEMA 3T08A 1MW1A 2WVTA 2CERA 4UQAA 1CLXA 2EPMX 2BY0A 2E8ZA 3UG5A 4D6GA 2WC7A 1H2JA 1HJQA 1W32A 4DWSD 3ECQA 1FOBA 4W87A 3L4XA 3IAPA 3CMGA 4GZJA 2WCGA 3DYPA 1E6ZA 4J28A 2Y8VA 4OUEA 1CECA 3TOPA 2BHYA 2GSJA 1E4IA 3A4XA 3ARVA 1TVNA 5IFPA 2D22A 4BQ2A 3PZGA 4MAVA 4CD6A 3CUGA 3AS0A 3AFBA 3VX0A 4MNJA 3WD3A 1E3XA 3M07A 4U31A 4PSRA 1CPUA 1EIBA 2CBIA 2VNCA 3K8KA 4PCSA 5LA2A 3SCTA 3SCRA 3PZMA 3WDQA 3MMDA 2WSKA 2YBUA 1MQPA 3VDBA 2WW5A 1J11A 2XHYA 3EMCA 2J7DA 1H5VA 2VT0A 3L2MA 4B9YA 2OYMA 3UR8A 2G3IA 1J01A 4KRUA 3WL1A 1LLOA 1BPLB 3L4VA 1CXKA 1M53A 3UG4A 3N18A 4OZOA 2E8YA 1DWHM 3WH9A 3CHEA 4H8UA 3MUAA 5GPRA 4TVUA 2WHKA 1J0HA 1DHKA 1KGXA 1TA3A 1ZBCA 4GPNA 4QLKA 1FH7A 1XV8A 1W9BM 2Z1KA 1UWRA 4GXPA 1FHLA 3DECA 2W4XA 2BV9A 1LG1A 4MNLA 3T0AA 3SUWA 4UCFA 4WSJA 2DPEA 1HVXA 2ZUMA 2UY4A 2ZE0A 3SUSA 3VIGA 1QBBA 3AIQA 2E0PA 2OWWA 1OINA 3L4ZA 5FL1A 1IZJA 1WB0A 3TTOA 2D2OA 3PZQA 4C7FA 4M82A 5FIPA 1CZ1A 4GI9A 4XB3A 1XYZA 2ESCA 4TTUA 3SUUA 5BROA 3N11A 4B15A 4DWSA 1BFNA 2UY3A 2XVPA 1V3KA 2XIIA 3BMVA 3S2CA 2D0HA 1VBUA 3SCNA 5CG0A 5A8OA 4AWEA 2AOSA 3ZJ7A 1E1FA 3WEOA 1JAKA 1DWGM 4AIUA 3AIWA 3NDZA 1CGXA 4ZEPA 4HMEA 3WUBA 4X0NA 5HPCA 3DC0A 5BXSA 3WD2A 2ZXDA 1R86A 2WM0A 3TTQA 1UR2A 1C93A 3BAJA 3GH4A 5ABFB 1GORA 3VD5A 2VZUA 3OGRA 3PZUA 4PMXA 3CUHA 4HZ7A 2RGLA 3WENA 2Y2WA 4CVWA 5JBDA 1VFMA 2ZOXA 1R8LA 4UQCA 5I3DA 1Q6GA 3W81A 5GNYA 1IV8A 3VD4A 5IHSA 1B3VA 3EYPA 2XPKA 4AMCA 1UH3A 5E70A 1NH6A 4HOXA 1EOKA 2WNWA 1J0ZA 4JHOA 5DO8A 1U30A 1QPKA 2PWEA 2Y8KA 1VJSA 1E6XM 2W92A 5I24A 2VZSA 4HPHA 2GJRA 1R85A 3OG2A 1E73M 1UG6A 3PN8A 5IHRA 3WH5A 1Q6CA 4WLCA 1QI5A 1PEZA 4UTFA 3VD9A 1H41A 4F79A 1UKQA 3GYCA 2J7GA 3SCVA 1BHGA 4PSPA 2A3AA 1QOXA 2XSBA 1G01A 3M6DA 3W53A 2VCBA 2VR4A 1YQ2A 3NDYA 1RPKA 2QF8A 3F4VA 3OGSA 1KGUA 1EO5A 4HMDA 4FF5A 1GHRA 3ZJKA 4UFKA 4PMVA 2WC3A 5D4YA 2JF7A 4F8XA 5C71A 2CNCA 1EHAA 3UETA 1H11A 1WO2A 3HJEA 3VMNA 2WWDA 1BLIA 3QHOA 3AIBA 1X6LA 1CYGA 1UUQA 4BQ3A 1HJVA 1ESWA 1CGTA 3MS8A 4MDPA 3WQ6A 2WXDM 1FP9A 1GCYA 3WQ4A 1LWJA 3T0DA 1C3FA 4P8XA 3CH9A 5LYRA 2W63A 1V6XA 3CHDA 4P8UA 1GOKA 1MW0A 3ARXA 4FLQA 3W6MA 1WNOA 3VIJA 3GBDA 5HNNA 3WF4A 1CDGA 1ISYA 1AQ0A 1UKSA 4PCTA 2XJ7A 4OJYA 4YN5A 2XM1A 4MJ2A 1HVQA 2GVYA 1DP0A 2D3NA 4W8LA 1R7AA 1CXFA 1UYQA 1AQMA 3NCOA 5HBFA 3L4TA 1ZJAA 2V3FA 3POHA 1XCWA 1E6NA 2CETA 1E6RA 1J0YA 4HPGA 2WHLA 4WJXA 4E4PA 4F9DA 1XC6A 2ZXBA 4W93A 1JNEA 2ZWYA 3IK2A 4AYSA 1KQZA 4J3VA 1C7SA 4IUGA 3ARRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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