5AC4A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with galnac
Total Genus 263
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
263
sequence length
625
structure length
625
Chain Sequence
VRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDQAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
total genus 263
structure length 625
sequence length 625
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5ac4A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ac4A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5ac4A01
2CEQA 1B2YA 4CD5A 2WZHA 3FXYA 1KCLA 4M1RA 5EFDA 3RJYA 4HOWA 4DUWA 1DHKA 2TAAA 1GW1A 2V5CA 3ARYA 4F9DA 5IHSA 2PBGA 4W8AA 2X2YA 3FAWA 4MJ4A 2WMIA 1JYWA 2WVUA 3ZR6A 2GJPA 4UQCA 4XUYA 3PTQA 2E0PA 2PB1A 1NOWA 1UQYA 1G0CA 3BAXA 4XZBA 2ZX5A 1JGIA 3I3BA 5CPQA 1B3YA 3WF3A 4B9ZA 1W3LA 1JZ3A 4OBRA 2Z1SA 3RCNA 2ZXDA 3ALFA 3WIJA 4U5IA 4W87A 2Y24A 4MTVA 2J8FA 3CH9A 1WE5A 2JEQA 3W26A 4OIFA 1RP8A 4TUFA 1DWFM 1AQMA 3WH9A 3AFBA 2WHLA 4H41A 3RMEA 3SUUA 5EB8A 2XGIA 4UZSA 4AZIA 5KZ6A 1CPUA 1HT6A 4CU8A 4P8WA 2VOTA 1SFSA 4HA1A 5JIPA 3G6MA 4LX4A 2VZOA 3WF2A 2PWDA 3ZQ9A 3U7VA 3B9EA 2J78A 5A6LA 4AIOA 3WQ8A 2EPNA 3CGTA 1WPCA 4F9JA 3L4ZA 4PTWA 2YJQA 4OKDA 4HMDA 4AZ6A 1CDGA 2OYMA 1X1NA 1UOKA 1QNQA 2B31A 4PEEA 5EBAA 4Z2KA 5D4YA 1GUVA 3VX1A 1HKIA 5CG0A 2VX4A 3WELA 4MB5A 2GK1B 2XSAA 3VILA 4GXPA 3B8SA 1JZ4A 3VIHA 3IAQA 1ZBWA 4OJYA 2BY1A 5I78A 5CLTA 4UFHA 3CUFA 5FD0A 1GQKA 2WKGA 2D1ZA 4AZGA 4C7FA 4Z2GA 3KE0A 3GNPA 1KR1A 5KEZA 1WDQA 3A47A 1UR1A 1W9DM 1FFQA 1H0IA 2XWEA 4L4PA 5D8WA 4QP0A 3TOPA 1E0WA 3AHVA 4D1JA 4UFKA 4DWSA 3VGEA 1UR2A 2WB5A 5A8PA 1JYXA 3MANA 3AOFA 3NSMA 4GI6A 1K6AA 3BCFA 1NM9A 3I3DA 2DT1A 5IFTA 2J7HA 5D9NA 4B15A 3WNOA 3RO8A 2D3NA 1K9EA 3AHZA 3PZOA 3WQ5A 3WDHA 2ZE0A 4PTMA 2YL5A 4JHZA 2ZXQA 5ABGA 2G41A 4UFIA 4HPGA 1KQYA 4W88A 4AZBA 1J0JA 2YIHA 1DWJM 5A6BD 1MW2A 4JHOA 4ZEPA 4UOZA 1GVYA 1JYVA 3MO4A 4P7OA 3GBDA 2DSKA 1X6LA 4V28A 3ARPA 2VTFA 3LPOA 5HPCA 4GI9A 1GCYA 4PBGA 2CCRA 1HNYA 2WC4A 3AHTA 4PMRA 1K9FA 1LL4A 4D6GA 1JL8A 3OG2A 1BHGA 2XGBA 1QVBA 4AD4A 4W8LA 1A47A 4CN4A 4FLQA 3WH7A 2WLZA 1DTUA 1GHSA 3OGVA 8CGTA 4OZOA 3WEZA 3CHDA 1NWTA 3CZ8A 1FFRA 1PIGA 3BAJA 1WB0A 1FOBA 2O9TA 1QNSA 1JD7A 5IDIA 4AXNA 5CPTA 5ABFA 2J74A 2J8GA 1EDTA 4PMQA 4CD4A 2V3EA 1EHNA 4LXFA 1NP2A 2OWXA 2X0YA 3DYOA 1E6NA 2YA1A 3G6LA 2VZVA 5EMYA 1UKOA 2X1IA 3GBEA 1D2KA 2XVKA 4OBSA 3VIOA 2Y4SA 5CXPA 2VQUA 3L4TA 5I0DA 3KL3A 3HJEA 2OLHA 3WDIA 5JBEA 1DWAM 2WHKA 2WMHA 3DECA 4Y7EA 3VDAA 3DYMA 2J75A 5CLWA 2QHAA 1CWYA 1VIWA 3QGVA 2E3ZA 4JFSA 3K4AA 3FHAA 3M7SA 1JI2A 1M53A 1HIZA 2ZICA 2FGZA 4W7VA 4RL3A 2G3NA 5A6MA 2XTKA 1KXVA 1H1NA 3AHYA 2WCAA 1PJ9A 4MB3A 2CHOA 4M24A 5IFPA 5A6SA 2HISA 1E9LA 4NZCA 1J0HA 5CSYA 1P6WA 4AC1X 4U5KA 4H8UA 4Z2JA 3POHA 1WKYA 3W81A 4NRSA 4NI3A 5AC5A 2C7FA 4TOQA 4URIA 4D1IA 4W86A 2WKLA 3MMUA 1E40A 3W4RA 2DIEA 1LWHA 3AZSA 3VD9A 4U2ZA 1E72M 1E4IA 5M03A 3AS3A 1CBGA 3BAIA 4H2CA 4PMXA 2BHUA 5A2BA 3MSGA 1CYGA 3EDJA 3TTSA 3BAYA 2E4TA 1PX8A 2AAAA 4WKAA 4AY1A 4Z2IA 4MDOA 4B3KA 3AXXA 3PN8A 3WMCA 2YL8A 3GXMA 2ZUWA 5E09A 4W85A 1DP0A 1GQJA 3K8LA 1H11A 4WK9A 3WNKA 4CVWA 5A94A 1XH0A 2CNCA 3M46A 4AWEA 1UR8A 4V27A 1ODUA 3AYSA 1TMQA 4XB3A 1E6ZA 2EXOA 5FCZA 1UD2A 1ZS2A 1I75A 5A1AA 3CMGA 3J7HA 3AIQA 4FLOA 1CGXA 1EH9A 2WWCA 3F5LA 1NQ6A 1V6WA 2BV9A 1M7XA 2AMGA 4EK7A 3N04A 1MW3A 4KGJA 3NIYA 2QMJA 4E8DA 1QBAA 3ZR5A 1W2PA 4CN1A 3CZJA 4JKMA 1ZL1A 3SCNA 4HZ6A 2O9OA 3ARSA 2JFEX 4TVDA 4RE3A 4JCMA 1OINA 2GJXA 3VIPA 3A3HA 1NP0A 2E9LA 1KR0A 2VMFA 1QI4A 3TTYA 4UFJA 4PRWA 4HP5A 1U30A 4PSRA 1B3VA 2V3DA 1HF6A 2PF0A 3RPMA 3WD3A 4PTVA 4PMDA 4QLKA 4W84A 1KB3A 2GUYA 2J7FA 3U57A 1UQZA 1EGZA 2XYLA 1WZLA 1UZ1A 4CU7A 1EDQA 1R7AA 1G1YA 1X6NA 2CBVA 4P7LA 2FH6A 3FHQA 1WDRA 1CGWA 4WLCA 3A4XA 3N13A 3D3AA 4DWSB 1ZU8A 4H8HA 4J3WA 3VMOA 7A3HA 3ARQA 1WZAA 4L4OA 4J3TA 3W29A 3VMPA 1WZMA 3QHOA 2CBUA 3AHXA 2XVNA 4WSJA 4CU6A 4D71A 2Y2WA 3VD5A 4TVCA 1JNDA 5HNNA 2FHCA 2GVYA 1DEDA 4GI8A 4U31A 3OLIA 4D72A 1W3KA 3T08A 3WENA 4PCSA 5GQBA 3ZMRA 2VZTA 1SMDA 3QR3A 2Q8XA 3WD0A 2DH2A 1UWSA 1B31A 3GH7A 1JG9A 2W5FA 2EQDA 4LYQA 3TP4A 1CXLA 1FP9A 1CXKA 4LYPA 4D6JA 5E0FA 5DF0A 1CNVA 5A6JA 3IK2A 2DT3A 2YKKA 4AD1A 4AEFA 1NWUA 2D0FA 3OBAA 3S2CA 3UETA 1ECEA 1QHOA 5EFFA 1HJXA 3O2LA 5DFAA 2ZX8A 1EOKA 2XFYA 4ACYA 3VD3A 1KFWA 3VKKA 3OZOA 4ACZB 4U3CA 3NCOA 4BF7A 4HMCA 4BZYA 5I6SA 1GQIA 3SCPA 1F4AA 2F2HA 4M8UA 3PZIA 4MB1A 4UQDA 5HBFA 1KGUA 4LYRA 4ZE5A 2G3IA 2QLYA 1H5VA 1JXJA 1FA2A 4TXEA 4F8XA 4GZJA 1SYTA 1UWQA 5ECUA 3VMNA 2PC8A 2XFFA 1ZBCA 4AD2A 3AIEA 3L2MA 3VINA 1MW0A 2WMGA 3D5HA 3MUY1 2GDUA 4AZCA 5M3WA 3HN3A 2Y8VA 1N82A 1V3MA 2NW0A 3FNDA 5I24A 4GINA 1Q6GA 1DWIM 2VURA 3GTNA 4AMCA 3GNOA 4WIWA 1QOXA 1OD0A 1HJVA 3VD7A 3WD2A 1J0YA 4JFTA 1E0XA 2OSXA 1E3ZA 2WAGA 2XHYA 1CTNA 1E56A 2J7GA 3L4VA 1QI5A 4YHGA 4E4PA 1UWUA 3AS1A 3VO0A 1CGUA 4JKKA 2J79A 4HOXA 4YN5A 3A4WA 1VJSA 3RM8A 4UFLA 2QPUA 1JZ6A 4W5ZA 3VIGA 1O6IA 3NUKA 3WFZA 1BLIA 1W9VA 3PZQA 1KBKA 2OSYA 2CKSA 4KH2A 3SCTA 3U5UA 1GOKA 2DSUA 1JZ5A 3W82A 1UWTA 1E6QM 2QV4A 3ARWA 1B3XA 3U5YA 3AIVA 4P7NA 3QOKA 4NRRA 2DEPA 3WDRA 1ODZA 1G9HA 2DQXA 2QPSA 2VRQA 2E8YA 3PZUA 4NSBA 4C7DA 3AXHA 3ARVA 3BAWA 3UESA 3WF0A 1M01A 4JFUA 3KZSA 3SCWA 3VGBA 4HMEA 1E5NA 5GNYA 4S3JA 3VUPA 1JZ8A 1UZ4A 1F4HA 3SIMA 1J0IA 1C7TA 1V0LA 1B0IA 4UNIA 5CQ1A 1WDSA 4CCDA 3AMCA 3ZIZA 1OGGA 1EO5A 1BPLB 4NF7A 2J77A 5E0CA 2UWFA 4XX6A 1M04A 4R5EA 1XHGA 1BGAA 3ZJ8A 3WD1A 1W91A 1SMAA 3EBVA 4AIUA 3OIHA 4BQ5A 2YA0A 4OOZA 2VI0A 1E6RA 3F5JA 2DSVA 2YOCA 3VGFA 4P8UA 5I5RA 1BF2A 1BG9A 2FGLA 3IANA 1TA3A 4MB4A 1W1TA 1UH2A 1L0PA 5A2AA 2YDRA 1J12A 4JL2A 2E40A 1QI3A 1MQPA 3MU7A 4RE4A 3MUAA 1VFFA 3ARUA 4QLJA 1WDPA 3MKKA 3MV01 3QHMA 3KEHA 3QOMA 2BNJA 3OB8A 4J3UA 3T2PA 3WMBA 4QAWA 3ZT5A 1JDCA 1UYQA 1CGVA 1QNOA 2GJXB 1ISYA 3CLWA 5BXSA 1R85A 4ATLA 3K8KA 2WZIA 1XC6A 2ZOXA 3N11A 1DWGM 1CGYA 5E9AA 1E3XA 3ZJ7A 4MPKA 1UG6A 1OCQA 1R87A 1UA7A 2VJXA 3K8MA 1UD3A 4QFUA 1TCMA 3PTMA 2ZXBA 2JIEA 2ZUVA 2YLAA 3SCQA 4AEEA 3AISA 4BQ4A 5AC4A 1AMYA 1FHDA 4PUDA 2RGMA 4ZE4A 3RIKA 2DSWA 1NOFA 3AIBA 5HPOA 3KL5A 3VPLA 1UKSA 3GXFA 1ISXA 2HVMA 3ZOAA 3DHPA 1OT1A 4J3XA 3A4AA 2DPEA 4OUEA 2AOSA 4V2XA 2D20A 2EJ1A 1BVZA 1GOOA 1LL7A 1G94A 1HJSA 3NSXA 4J28A 2O9PA 2JE8A 5I3DA 3PBGA 3RM4A 1XD1A 1UA3A 6TAAA 3TONA 2PWGA 1E73M 1EQPA 5IXEA 2J7BA 1RPKA 3EDDA 5DEZA 1C8YA 2UY4A 6A3HA 3RILA 1FHLA 1RP9A 2DIJA 4GZIA 2D2OA 1BYAA 4MNMA 2W67A 1C7SA 3VIIA 2JIWA 3NJ3A 4EAMA 3PZVA 3CHCA 1B1YA 2V3FA 1EHAA 1HXJA 1NH6A 2CKRA 2WPGA 4KGLA 3WD4A 4AD5A 1EOMA 3BMWA 1JI1A 2E8ZA 2YL6A 1W3HA 2YDSA 4AD0A 4UQEA 1C3FA 5AYIA 2WBKA 1BYDA 5DT5A 3CZKA 1BSIA 1V0NA 1UH4A 1E1FA 2XJ7A 2CBJA 1LWJA 3WUEA 3N9KA 4BA0A 4F79A 5HXMA 2BXZA 5A69A 1HJWA 1HVQA 2FHBA 2C0HA 4AW7A 4U2YA 2DDXA 3K1DA 2DSZA 3W25A 3AJ7A 1CXFA 2JF7A 4AISA 3BGAA 1H09A 2J47A 3OGRA 1XH2A 1US3A 3NDYA 1UKTA 2D24A 4D6HA 1VB9A 3BSHA 3TTOA 3PZGA 3CUHA 4JFWA 2XVLA 2O9RA 2WCGA 2WLYA 2YBTA 1PX3A 4HPHA 1W9UA 4AZCB 3WEOA 1WCGA 2WCSA 2WVTA 2ZUSA 4JKLA 1ISZA 3WDPP 4KWUA 4PMYA 1G01A 4IPNB 1MYRA 1MFVA 3HU7A 3WKZA 3ZSTA 1IT0A 2A3EA 2PWFA 3AXIA 3VGDA 4PMZA 4CD6A 4DWSC 3T09A 3EMCA 3SUVA 2WMIB 4W7WA 2GDVA 2A3BA 1GOQA 3VIFA 1UKPA 2VCCA 1V6YA 3PZMA 5C8BB 1VF8A 2WW5A 1E6XM 3UR7A 1VBRA 4AD3A 2OWWA 2QF8A 3O9NA 2XIIA 2D23A 2FHFA 3VTRA 2VRJA 3VD4A 1EA9C 3MS8A 1E5JA 3AI0A 3MUIA 1PZ2A 2CETA 3EDEA 5JBFA 1J10A 3WQ6A 3SCRA 2PWHA 1IZKA 3AZTA 3FN9A 1RH9A 3L2LA 1C92A 5TD4A 2ZX9A 3SUWA 4GO8A 4HU8A 2F61A 1UD4A 4N42A 4ML4A 1V03A 3PZ9A 1CXHA 2VCBA 2NT0A 2VX7A 5A8MA 3RM9A 1W1YA 1W9PA 1TUXA 5LA0A 1WP6A 2BS9A 2VVNA 1W3JA 5I23A 4PTXA 2W91A 1H4PA 2WMJA 3THDA 5BYWA 2GK1A 1W1VA 3AIUA 4EANA 1VEPA 3MUZ1 3WY1A 1BYCA 1ISVA 1JAEA 2V3GA 3JUGA 1KXHA 4X9YA 3ZT7A 2WK2A 2NT1A 4H04A 4A4AA 3BXWA 2WHMA 3IAPA 3T2OA 4D6DA 4CUCA 3ECQA 4U3AA 3WL0A 4QCFA 4UTFA 4PMUA 1GOMA 4W7UA 3MSDA 1J18A 3GZAA 1HN1A 2D0HA 2X09A 2YLLA 4BQ3A 3UEQA 1PPIA 4U33A 2XWDA 3ZJKA 3UG4A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2EE8 A;  4BHY A;  2DI3 A;  5C2C A;  2J7D A;  3FGC A;  4PB3 A;  1OHL A;  2PCE A;  4CLM A;  2OX4 A;  3EEG A;  3GEE A;  4LUS B;  3NFU A;  2QQ6 A;  4NAF B;  2QJH A;  5XIA A;  2CXG A;  1XLI A;  2EZ6 A;  3VM5 A;  2Y5S A;  2ZUM A;  3VNY A;  4DJD C;  3DER A;  3CB8 A;  2KAU C;  4GAC A;  2BBG A;  4L64 A;  4F9C B;  3K33 A;  5FSE C;  3BG9 A;  4M9V C;  2YTQ A;  1O3U A;  2VQT A;  1AW5 A;  5FA5 A;  1NU5 A;  1W9X A;  4GJI A;  2H9A B;  3W88 A;  1RQH A;  3FOP A;  3DCP A;  4QNW A;  4CCZ A;  4BS9 A;  1DIO A;  1A5C A;  3F5K A;  4Z2L A;  4HB7 A;  4I7U A;  2QTV A;  5DQT A;  4UQA A;  4B90 A;  1QPU A;  3NUR A;  1TPU A;  1CZ1 A;  5C9U A;  3M0X A;  3F4V A;  2FAP B;  3XIS A;  1Z6A A;  5F2L A;  4JIR A;  2EEX A;  1JUB A;  3VIM A;  1QZX A;  2WVS A;  3DH7 A;  1M56 C;  3N1A A;  5A6K A;  1Y5X A;  3M99 B;  4QI0 A;  3H65 A;  1YNY A;  3ES8 A;  4J7R A;  4P78 A;  2MYS A;  1RY8 A;  2F8B A;  2QT3 A;  2KX9 A;  4WY0 A;  1TWA A;  3UJ2 A;  3R6I A;  3BRJ A;  3CEU A;  5H1W A;  1B3W A;  1C8X A;  1GZG A;  1XRT A;  4HYR A;  3FAX A;  4KKX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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