5AC5A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with glcnac
Total Genus 265
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
265
sequence length
625
structure length
625
Chain Sequence
VRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 265
structure length 625
sequence length 625
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5ac5A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ac5A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5ac5A01
5IFTA 1ODZA 2WWCA 5M3WA 1AMYA 1EQCA 1NWSA 2IXVA 2J8GA 1SMAA 5A6KA 2E9MA 4U2ZA 5A6MA 1I1WA 3ZJ7A 4GINA 4RE4A 4FLSA 3WBEA 2FDMA 5AY7A 3WH5A 2IUZA 4WJXA 1CYGA 3NJ3A 1V0NA 1UD8A 3U57A 3D3AA 3WQ8A 2GJRA 2ZE0A 1H5VA 2XVNA 3ALGA 3BLKA 4AD1A 1XRVA 3WL0A 1VENA 1PIFA 2ZXQA 2VOTA 4WF7A 1WZKA 3VIPA 2VX4A 1HJXA 1MQQA 2D0GA 2YBTA 5CPQA 4EANA 3VNYA 3T0BA 3RPMA 1FP9A 4XX6A 1OINA 3ARQA 3NIYA 4ML4A 1C8XA 7TAAA 1HF6A 3WIJA 3VMNA 3CZKA 5KZ6A 1KGWA 1BLIA 4EAMA 3T09A 3WUFA 1AQ0A 1MVYA 4M1RA 4HMEA 2VMFA 4LQ1A 3WFZA 1BHGA 3WF4A 4GKLA 1FFRA 1B3YA 1W9PA 2WKLA 3U5UA 1RPKA 4JCMA 4JZ5A 3VUPA 2AAAA 2PWFA 1V3MA 2VQUA 4B3KA 1UWIA 1GW1A 3WD3A 5CG0A 2W92A 2D1ZA 1E4NA 2E3ZA 5AYIA 2WM0A 4IISA 4P8UA 5HNNA 4WIWA 2EO7A 1BG4A 4QCEA 1UKPA 3ARWA 2TAAA 4Y7EA 3KL0A 3SCPA 3U7BA 4ATWA 1KR0A 1E6PA 1XYZA 4A4AA 2OYKA 3L4YA 3AMKA 2QHAA 4AD0A 3L4TA 3SCTA 4DM2A 1V6VA 3MSDA 1E43A 4WKAA 2X05A 1X6LA 4S3KA 3CHCA 4CVUA 1E0XA 3AIWA 3BXWA 1UD5A 2AOSA 4HZ7A 3WH7A 2VR5A 1HJVA 2EQDA 5ABHA 3WQ4A 1TVPA 2ZUSA 3AIUA 1Q6EA 1Q6CA 1HJQA 2WANA 3VDAA 3PBGA 2WXDM 2WMIA 1CGVA 2J75A 3PTMA 3AIRA 1QW9A 3KZSA 3D5HA 1QI3A 3OIHA 5A8MA 3ZJ6A 2EXOA 1JYNA 3QOKA 3FXYA 4NF7A 1UR1A 1W91A 4W86A 4AZGA 4GZIA 4ZFMA 4AZ7A 5BXTA 2VTFA 4Z2KA 3L2LA 2BHZA 1H1NA 2XSAA 1EXPA 5BXPA 1ODUA 3CUFA 2DEPA 4D1IA 1V6XA 3RDKA 1UKQA 3PZNA 2UY3A 3WD4A 2EPKX 1ISZA 4LPCA 3FW6A 1WO2A 3AMCA 1V3IA 2ZX7A 3GNPA 1V0KA 4E2OA 2FHCA 2IXUA 3GNOA 3WQWA 3NSXA 3VIGA 3WMBA 4ZXOA 3N15A 4AZCA 5M5DA 2RGLA 2A3HA 1E70M 4ATLA 2OWWA 2WLZA 2Z1SA 1CDGA 4MNMA 2DH2A 1E40A 3EMQA 3AIBA 3T2QA 4CU8A 9CGTA 3VVGA 3CHDA 3N1AA 1PZ3A 3ZSSA 4UQCA 2CHOA 3AHYA 3FN9A 3UETA 1MWOA 1V3HA 1JGIA 1ZBCA 4UOZA 3M7SA 4QDMA 1B3WA 1WZMA 4TOQA 1D2KA 2JEQA 1HN1A 1B0IA 3TA9A 3BLPX 1TFVA 3CIVA 1R86A 1NWUA 3ARSA 3VDBA 3SCVA 4AD3A 1FHLA 2A3BA 3OBAA 1OGBA 1HKIA 2ZUNA 2O92A 4PUDA 3EDKA 1C91A 2CBJA 4DUXA 1HT6A 1QNRA 3SCQA 2X8RA 4PCSA 3CO4A 3WH8A 1MW3A 4JL2A 1E6XM 1WDPA 2J7HA 3AQUA 2VVNA 1WCGA 1PZ2A 3I3BA 4FF5A 3HN3A 2WVUA 3ARZA 1Q6DA 1QI5A 3IAQA 1ZJBA 5BYWA 2XFFA 3ZMRA 2VZUA 2NSXA 5D9NA 2O9OA 4JFTA 3RILA 4MB3A 3PZOA 1B2YA 4UFKA 3LPGA 2ZUWA 5FCZA 2XG9A 4GI6A 3OZOA 5JIPA 1ISVA 3PZQA 1W3JA 3WBAA 3VD9A 2G4FA 2VUYA 1H11A 4B3LA 5DF0A 4MB4A 1JIBA 2G3NA 5I24A 3GH4A 4P8XA 3RM4A 1UD3A 4WKHA 1A47A 4PMVA 2GDUA 4W8LA 4PUEA 1FHDA 3L4VA 5CQ1A 1UHVA 2YLLA 2PWHA 1UWUA 1NH6A 1EIBA 1FH8A 4HA3A 3MANA 1G9HA 2ZX9A 3GH5A 4GO8A 1OB0A 4UQ9A 4PCTA 4AYSA 3WDHA 1J12A 2WMGA 4AZIA 3W53A 1HJWA 3AROA 3WFLA 4UFMA 2PBOA 1UR8A 2J7CA 2JE8A 3DECA 1JF5A 3POHA 4XUYA 4RE2A 3AYSA 2OSXA 4RE3A 2O9RA 2J7FA 1QI2A 3U5YA 2Y8KA 1MQRA 2WCSA 3T08A 1GQIA 4TVCA 2EPLX 3K8MA 1Q6GA 4YHEA 1LQ0A 4WKFA 3AIQA 3SURA 3THCA 3GXDA 3W27A 3AMLA 3AXHA 3KWXA 1XH1A 4J27A 4E8DA 2WHMA 3APGA 1C8QA 1UWSA 2YIHA 5TD4A 3WD0A 1LG1A 3VGGA 4TTGA 4DWSD 3WNOA 2YBUA 1GHSA 3NUKA 1PAMA 1UWTA 3WY1A 4W5ZA 1BAGA 4OOUA 1WE5A 3N17A 3B9AA 1KXQA 3BAJA 2BY0A 1JD9A 5CPSA 1V3KA 3L2MA 2XIBA 2VC9A 1UD4A 5A1AA 2X0YA 5CSYA 2W66A 1L0PA 3VINA 2YA2A 3AS1A 5M17A 2ZX5A 3DHPA 2CYGA 2GVYA 4OUEA 4KRUA 4CD8A 3W28A 1WZAA 3WMCA 5GNXA 2NT0A 1MQPA 4AD5A 2WVVB 1K9FA 4CVWA 1PEZA 3CZGA 4AC1X 1ZJAA 1SMDA 4B16A 4KMQA 1E4IA 1XGZA 3VDHA 4DWSB 1OGSA 1V08A 4CUCA 3MS8A 3MU7A 4OJYA 4AIUA 4NSBA 3WEMA 4V2XA 1TA3B 2E0PA 4MNLA 4LGXA 1Q6FA 4OKDA 5FD0A 3W0KA 4J3WA 1CLVA 3BGAA 5GPRA 4FLRA 4HZ8A 4IUGA 5FOOA 3VX0A 1GVYA 3WL1A 1DEDA 1UZ4A 1LL4A 3FY1A 3VX1A 1HIZA 4ACZB 3QHMA 4D6EA 4D1JA 5A6LA 1HXJA 2DSUA 1H0GA 3GXFA 3BAIA 2EBNA 2G3MA 3UR8A 1G5AA 3VIFA 1MFVA 1HJUA 5I79A 2V5DA 3ARVA 1FH9A 2CETA 2NW0A 5IHRA 1CENA 3ZIZA 1JYVA 2DSVA 3CMGA 1CXKA 3LMYA 1P6WA 4HU8A 2WCAA 3S2CA 3EDEA 1BFNA 3VIHA 2WZEA 3NDZA 4M81A 3CTTA 1JI2A 2DSWA 2GUYA 3GZAA 4W84A 1E3XA 1UR4A 2FHBA 2V5CA 1TZ7A 1ZBVA 3ALFA 1OBAA 5DT5A 1J11A 2YA1A 3RIKA 3N9KA 2X09A 3FNDA 3A3HA 2FHFA 3ARYA 3W81A 1MW1A 1EOKA 2BV9A 3CUJA 3TTQA 2Y2WA 1IT0A 1CXIA 3DYMA 1E9LA 1CNVA 2E9LA 4AIEA 4OZOA 4GIAA 1EA9C 2WHKA 1XCWA 1XD0A 4H8UA 1RH9A 2W63A 1QOXA 1JDDA 4FLOA 1G01A 1E5NA 5HXMA 1F4AA 1E3ZA 2VJXA 3MKKA 3RJXA 2AMGA 2VX6A 3AS3A 1DWIM 4NRRA 4CD6A 2DIJA 1J01A 3THDA 4C7FA 3VNZA 3L4UA 1OIMA 3AIVA 3AYRA 4ZEPA 2QPSA 5JBFA 2JIWA 3II1A 3CHFA 3CUHA 1E56A 1QNPA 1TMQA 1UQZA 1UWQA 1K9TA 1TE1A 2VZSA 3W82A 2DPEA 1UA3A 5E0CA 1XSIA 4W7VA 4LXFA 1UD6A 1XH0A 2NT1A 5CXPA 2XYLA 3GH7A 5CZKA 3SCWA 1J0JA 3WUBA 4Q7NA 2Y24A 1VBRA 1GHRA 4H04A 1KGUA 4OBSA 2VX7A 2DT2A 1KCKA 1WPCA 3PTKA 4L4OA 4UFLA 2YOCA 3WN6A 3WDIA 4P7RA 1CEOA 4P8WA 4LYPA 2DSZA 1Y7VA 1VEOA 2WC7A 3WDJA 1V3JA 5A8QA 3AFBA 5BRPA 5FIPA 1X1NA 5CJ5A 3F5LA 3OGSA 3CH9A 2E8ZA 3TTOA 3AHZA 1UG6A 1HVQA 3S6TA 3SIMA 3WQ6A 1V0MA 2DDXA 4CD5A 4NRSA 4BF7A 2VQTA 3EBVA 1E4LA 2YDQA 4H8VA 4H41A 1EO5A 1BYAA 1BVNP 1FP8A 5E09A 3O9NA 2W91A 1GOKA 3HU7A 4PMYA 3SUSA 2J79A 2RGMA 1V6YA 4QLLA 1IZJA 4KRTA 1WNOA 2VNCA 3GYCA 1W3LA 4JKLA 2CBVA 2EJ1A 4D6DA 2GJPA 1JAEA 1WB0A 3I3DA 4J3VA 1NOWA 1VB9A 2OSWA 2OLHA 1E6QM 4PTXA 2JFEX 1K6AA 3B9EA 3AZTA 3AZSA 1UKOA 4XV0A 1EGZA 3MO4A 7CGTA 1PX8A 5DT7A 3F5JA 3AHTA 1GOMA 5E70A 2BFGA 2CXGA 4MDOA 4UQAA 2BXYA 4GZJA 2D20A 3MUAA 8A3HA 3OLDA 2OYLA 3K4AA 1CGWA 2VZTA 2G3JA 5A6AA 1DWFM 2XFYA 5AYBA 5GQBA 1DWAM 3CZLA 1NWTA 2OWXA 4XB3A 4BQ4A 3UESA 1ZU8A 4U33A 1Q4NX 3VO0A 5HPCA 2JIEA 1QHZA 2D3LA 1I1XA 3VIIA 4H8HA 2BHUA 1KR1A 3WDPP 1NP2A 2CESA 2E9BA 1W3HA 2WZHA 2XPKA 2Z1KA 3VM5A 6CGTA 3PZVA 1K9EA 3VDCA 2PBGA 3POCA 4GZEA 1C93A 3OA5A 1LWHA 2WMHA 3M07A 1LL6A 1BGGA 3PZTA 5C70A 1R87A 4X0VA 3WNNA 1V02A 1PIGA 4W87A 4HOZA 5E6YA 3FAWA 2YL6A 1JNEA 2VR4A 3HMCA 1UA7A 1VJZA 3LPFA 4A3HA 1XD1A 2WK2A 5CPTA 2YJQA 1TCMA 1B30A 2WPGA 3VOCA 4A3YA 5HBFA 4KH2A 3AOFA 3T2OA 1OD0A 4D6HA 4D6CA 1VIWA 4P7NA 1NOUA 1QW8A 1XCXA 4YPJA 2D22A 5IFPA 1LJYA 3CMJA 3I3EA 5GNZA 2C7FA 2YDSA 3ZR6A 3TONA 4UQDA 1JDAA 3K4DA 4MNKA 2J78A 4PMRA 3QHNA 1CGTA 1GCYA 1JAKA 5CLTA 1BGAA 1XHGA 4S3JA 1J10A 3K1DA 3NDYA 2D2OA 4OIFA 2CBIA 3K46A 2XM1A 5BXSA 2EEXA 2CBUA 1W1TA 3QHOA 1FH7A 1JZ4A 3WNKA 3BAWA 5CGTA 4ZXLA 2EPOA 3NSMA 2ZUUA 3RO8A 1GQJA 3W6LA 4W7WA 2UY4A 5D8ZA 4XZBA 4U31A 1CZ1A 2WHJA 4ZE4A 3AISA 4L4PA 4JFVA 4ZE5A 1EO7A 4M80A 4P8VA 1H3GA 3MV11 3IJ9A 4ZENA 1KWGA 1BVZA 2CITA 3MMDA 4U3CA 3RCNA 1D3CA 3SUTA 2J4GA 2ZOXA 4Z2LA 2PF0A 2GSJA 3N18A 3ZM8A 2Y5EA 3PN8A 4D6GA 5KEZA 2VRKA 2X0HA 1WDRA 4JFWA 4JKKA 2YKKA 8CGTA 1VRXA 1QPKA 2GJXB 2CNCA 1W1YA 4DM1A 1QHPA 3E1F1 1KCLA 4B9ZA 3AIEA 4EKJA 4HPHA 3CZ8A 1QI0A 3BCDA 2XJ7A 1GPFA 1W3KA 2ZUTA 3VGBA 5EB8A 1UH2A 2ESCA 1OGGA 1GNXA 4PSRA 1QNOA 3OLIA 2DIEA 1ECEA 3BAKA 3AI0A 2DQXA 3BMWA 1H41A 2BS9A 3EMZA 3ARXA 3WF3A 2A3EA 5D9MA 3J7HA 1M03A 4NI3A 3WEZA 5CGMA 3MMWA 5I77A 4C7DA 1CXEA 4W85A 2BVDA 2FH8A 3M46A 3ZR5A 3ZT7A 4PMOA 1KGXA 4AZ6A 3JUGA 2G8ZA 1C90A 2PWEA 2A3AA 3EDDA 1LWJA 3GXMA 4DWSA 1PPIA 4KGLA 3RMEA 3N04A 1GJUA 1NWRA 1EH9A 1NARA 2J74A 1W9XA 1I75A 1MXDA 1UH4A 4GQQA 2YLAA 5BXRA 3IJ7A 4GI8A 4TX8A 3CLWA 1VF8A 2ZXDA 2V3DA 3CPUA 3O6AA 3WUGA 3VKKA 3MSGA 5ABFA 1CBGA 4HP5A 1GQLA 2WVTA 4PTWA 2ZXAA 5JUVA 4TX6A 4Q22A 2J8FA 2XWEA 1KB3A 1LG2A 1C7SA 2WBGA 2WMKA 3ZJKA 2WBKA 3SEPA 2FGZA 4AW7A 1QHOA 3VD3A 1BQCA 2OSYA 2HVMA 1UH3A 2EPNA 1HKJA 2UY5A 5A2BA 1GOIA 4J7RA 3BMVA 1OM0A 1Z32X 1EDQA 1M01A 4GPNA 1MW0A 2WVSA 5D9PA 2D23A 2DGAA 4TVDA 1NM9A 1SYTA 2G3IA 3ARUA 3WQVA 2XWDA 4ACYA 1VEMA 1DWJM 2XGBA 1U33A 5FL1A 1LL7A 3IAPA 1IZKA 4AEFA 3PZGA 1EHNA 2YL8A 2VI0A 1E6SM 3VTRA 3ARPA 2EPMX 4JHZA 1OSEA 2E4TA 3FHAA 3PZMA 4M56A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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