5AC5A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with glcnac
Total Genus 265
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
265
sequence length
625
structure length
625
Chain Sequence
VRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 265
structure length 625
sequence length 625
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5ac5A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ac5A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5ac5A01
1B3WA 1I1WA 1LL6A 4DWSC 4TTGA 1UR2A 1RPKA 3DYMA 1Q6GA 3W81A 1E6RA 6TAAA 2E8YA 1JYVA 4ML4A 4PMOA 4HOWA 3AHTA 4PSRA 2W91A 3AHXA 4PCSA 2GVYA 3WQ5A 3WSUA 1QI3A 1JI1A 1CWYA 3VGBA 5HPOA 4Q7NA 4JKMA 5E09A 1KB3A 2CCRA 2G3NA 1CGWA 1UH4A 1TCMA 2J7GA 2FGZA 4HA1A 2AMGA 1NWSA 1W3KA 4JAWA 1Y7VA 3SCOA 2D24A 4W8LA 3AIWA 3N18A 3PZVA 1QNSA 3ALFA 4AMCA 3AXXA 2XYLA 2DGAA 4RE2A 4KH2A 4DM1A 3VMNA 3TTQA 4FF5A 1E6NA 1H41A 2A3EA 4CU7A 1CXIA 3T09A 3THDA 5BRPA 5JIWA 1HL8A 4W7VA 5GQBA 1OT2A 4GZEA 2J25A 3ZO9A 5GNYA 3AROA 1WZAA 1R7OA 3DYPA 2G3IA 5IHSA 3RM8A 4B15A 5M5DA 1BSIA 5GPRA 2YJQA 1SR0A 3CZEA 5CXPA 1QVBA 2Z1KA 4TXEA 4W8AA 2EPKX 3EDEA 2W66A 3WY1A 1HKIA 1CNVA 1MQQA 2OWCA 3VO0A 2VUYA 2VX4A 4JL1A 3WDRA 5D9OA 3MUZ1 2YL8A 1VBRA 2NT1A 4CD7A 1CGXA 4IM4A 1KWKA 4F66A 3LMYA 2RGMA 1XV8A 2W67A 3RPMA 2VTFA 2VR5A 1X6LA 4U5KA 4OJYA 1MYRA 4R27A 5JUVA 1J0ZA 2UY4A 1EDQA 2C7FA 1W3LA 5AYBA 2Y8KA 1GOWA 2PWEA 2YA2A 2YLLA 5ABHA 4M29A 2TAAA 3G6LA 4HU8A 2GK1A 5I3DA 4ATDA 2EO7A 4PUEA 1VFOA 1MW0A 3SCNA 2DIEA 1I75A 1R87A 1HXJA 7A3HA 1BAGA 4A4AA 4R5EA 4MDPA 3PZUA 1E4NA 3PHAA 5BXTA 2XPKA 1M03A 3F5LA 4MNLA 3WUGA 3VM7A 3IJ8A 1BFNA 1J0IA 4W7WA 1JF5A 4PMVA 2PWFA 1XH0A 2VMFA 3ZR5A 2YOCA 4GZIA 4Z2GA 5BRQA 1XH2A 4E8DA 4WF7A 4X0VA 3OLGA 5EBAA 3WD4A 1F4HA 2BY1A 1E6QM 1JXKA 1ISWA 1R86A 1L0PA 3APGA 2PWDA 3WNNA 2PBGA 2ZWYA 2WWCA 4MNMA 4J3VA 4TX6A 2XSAA 1JL8A 1TVNA 3VIKA 1JZ8A 5LA2A 4QCFA 4M80A 2YL6A 4NI3A 5FL1A 2ZUWA 4GZJA 4AD1A 1XRVA 1EOKA 4PMNA 1K9TA 3A6OA 3BGAA 2BS9A 1XGZA 1B9ZA 1WCGA 4OKDA 5FOOA 1KQZA 5JIPA 1JD7A 5ABGA 7TAAA 1GUVA 2J8FA 4DWSB 3PZNA 4AZBA 2YBUA 2FDMA 2XFFA 3LPFA 5HBFA 1W9PA 2C8NA 2WCAA 1J01A 4PTWA 2EPOA 4CCDA 2UY2A 4AY1A 2X2YA 3NCOA 1UZ4A 2W5FA 3PZGA 4GO9A 4V28A 2EEXA 4NRRA 1HP4A 1G9HA 1JNEA 5D8WA 1UR4A 3VIGA 1KR1A 4M8UA 8CGTA 4UOZA 1B3ZA 1BHGA 3II1A 4J3XA 4BA0A 5IDIA 5EB8A 1MQPA 2WSPA 3TTOA 1WB0A 5M17A 3CHDA 4JFTA 4ACZA 2XFYA 1BVNP 1E0XA 3VILA 3RILA 5DMYA 1NOUA 1ZJBA 3RJYA 4MJ2A 3N04A 4P7RA 4D6GA 1QI4A 2G4FA 3SUTA 1PIFA 1WDSA 4FLQA 1B90A 3NDZA 5I23A 4YHEA 5JBEA 5ABFB 3CTTA 1C8QA 2OSYA 1E0WA 3OGVA 4CD6A 3W6MA 2WLZA 3L2LA 4AD0A 1Q6FA 3AXHA 3OA5A 3WH9A 1QNQA 1WAWA 1EO5A 1JZ5A 1B31A 3AMLA 2QMJA 3WELA 3W82A 1XHGA 3GNOA 3DHPA 4BF7A 1W3HA 1ESWA 3GXIA 4AZCA 5CSYA 1UD5A 2VR4A 5HXMA 2WHLA 5FL0A 1V0MA 5JBFA 2VVSA 4JFUA 1E0VA 3PZTA 1VRXA 2E4TA 1GW1A 4NRSA 2GSJA 5LYRA 3ZM8A 3VKKA 4UTFA 2VI0A 3ARVA 1JZ7A 1HKKA 3HN3A 1HKMA 1FP9A 4WIWA 4LPCA 5E9AA 3I3BA 3VX1A 1J12A 3VIMA 4J28A 2W92A 1QW9A 2A3AA 2ZXQA 3OB8A 1HT6A 2D3LA 3CH9A 1H09A 2WCSA 3F4VA 3T08A 3WF3A 2IXUA 3O9NA 3WFLA 2VO5A 1R7AA 2E3ZA 3WH8A 1VFFA 4KRTA 3RMEA 2BHYA 2F2HA 3T2PA 1W1YA 5A8MA 1LL4A 2XVGA 5DT5A 5ECUA 2FH8A 1HJWA 4N0RA 5EMYA 4IISA 1V0LA 1VEPA 1KXVA 1YQ2A 3A3HA 3NSMA 4P8VA 3CLWA 1VEOA 3M7SA 3TTSA 4EE9A 4W87A 4UFHA 2OYKA 2V5CA 2HVMA 1UKTA 4FK9A 1E5JA 3ZT7A 1AQHA 2E8ZA 5LA0A 5BCAA 1B2YA 4H41A 2XVKA 3CBWA 3WQWA 2EXOA 3WDQA 1M53A 2JFEX 5E0CA 3ZQ9A 1XC6A 2WMIB 4NSBA 2X8RA 3K4DA 4HPHA 1TA3A 3PTMA 3CUJA 2GJRA 2VX5A 5IXEA 2XFRA 3HMCA 4MJ4A 4LXFA 1OGBA 4LGXA 3N11A 6CGTA 3W27A 3CMGA 4UQEA 2J74A 4M1RA 5BWFA 1GHSA 1LG2A 1H3GA 1GOKA 3L4ZA 4BQ5A 1V3HA 1ZB5A 3WKZA 1K9EA 4EK7A 2WM0A 1OM0A 3L4UA 1NP2A 3U5YA 1GQLA 1UR8A 4AD2A 2WVUA 2J79A 5HDRA 4RL3A 2GUYA 1TVPA 3AMKA 3GTNA 1L8NA 3F5JA 3GXMA 2VZOA 4TVDA 1U30A 3ZIZA 1VFMA 4GXPA 2WZIA 3FW6A 2VCAA 1KQYA 4F79A 2A3CA 2ZUMA 1NM9A 1XSIA 4AWEA 3CIVA 3MV01 4AIUA 1B3XA 1KWGA 3VU2A 4W93A 1LWHA 5F7UA 1VFUA 4PRWA 1JDDA 1DP0A 1UWTA 1PJ9A 4IPLA 2GDVA 2YBTA 2NW0A 3VPLA 3ARYA 1MVYA 8A3HA 2A3BA 2CHNA 3NUKA 3BAIA 4PMUA 4CVUA 4C7FA 1GONA 3QHMA 4YN5A 2Q8XA 1HVQA 3PZQA 4UZSA 2VRKA 1V3JA 3PN8A 2HISA 1J0JA 3BC9A 3GM8A 1KCLA 4WJXA 3AFBA 4J3TA 3AJ7A 4C7GA 1E4LA 1W2PA 1E6ZA 1ISVA 3PTKA 2ZE0A 3W53A 1JZ2A 4MAVA 3SCUA 5D8ZA 4CN1A 1D2KA 5E6ZA 1FHLA 3FHAA 2D2OA 4MNKA 3HU7A 1LLOA 2BV9A 1H1NA 3WNOA 3A4AA 3UG5A 2OWWA 2J75A 2VZVA 3BCFA 4KGJA 4GINA 1QPKA 1EQPA 1UD2A 2D3NA 5TD4A 4UQAA 2XTKA 1HF6A 2YA1A 4Z2JA 4V2XA 2VQTA 2X05A 3WH5A 4XZWA 3WQ6A 1QI5A 2DSZA 4ZEPA 3AS0A 4QFUA 5FIPA 1XH1A 4P7NA 3S6TA 1O6IA 4GIAA 4MPKA 4WSJA 3G6MA 1HNYA 5CGTA 5A95A 4WSKA 3AIVA 4IPNB 3ZSTA 3VVGA 4ZENA 4D71A 2J7DA 3VIIA 3WD1A 1UHVA 3VNYA 1C92A 3SUUA 4PYSA 3M07A 1OT1A 1HN1A 4X9YA 1PEZA 3CHFA 4AZ5A 1OD8A 4RE3A 1ISYA 4M82A 2XUCA 1E1EA 1QI2A 4CN4A 5A8NA 1C91A 3ZJKA 2WW5A 3CZGA 4PUDA 3RM4A 2J77A 1TG7A 3LPPA 1JYXA 4U3CA 2MANA 4KMQA 3VTRA 4QLJA 5BYWA 1RH9A 2EPNA 3IANA 3OZPA 4TX8A 4WKFA 2VX7A 4PMRA 2BY0A 4W86A 1BVZA 1EA9C 3GH5A 3VD5A 5BXPA 4CCEA 2PWHA 2FHFA 3FAXA 4TOQA 3T0AA 2XIIA 2YLAA 2J7HA 3W28A 5I6SA 2PBOA 3SUSA 3S2CA 2CHOA 3AYSA 1Q6DA 4HA4A 4HMCA 3GXDA 2DSVA 1XD0A 2F61A 1C8YA 2GJXB 3BH4A 5KEZA 3VDHA 1RP8A 2F8QA 2VZSA 4ACYA 1GOMA 1W2VA 1ZBCA 1CZ1A 1TUXA 3VGFA 4EAMA 1EDTA 1ZU8A 1EXPA 1UWUA 2Y5EA 2EBNA 3AS3A 3ARXA 3GXFA 3EBVA 3A4WA 1V6XA 2WZEA 5LA1A 3BAYA 1WPCA 5I77A 4WKAA 1R85A 2YDSA 2J47A 1KGUA 1G0CA 3RM9A 1ZL1A 2G8ZA 3BCDA 3SCTA 3BXWA 4UFKA 3WMBA 1US3A 1HJSA 3VGDA 4ZE4A 3K46A 2E9BA 4D6CA 4J7RA 3RJXA 4JIEA 2XM1A 1HJVA 2BVYA 1WE5A 1J0KA 1S46A 1GQKA 3QGVA 1ZBWA 3ARQA 2V5DA 4UR9A 4Z2IA 5CSUA 3T0BA 2ZX6A 1KCKA 4J3UA 3BAWA 3MSGA 4RE4A 4AW7A 4GI9A 1NOFA 4GO8A 3ZOAA 5I5RA 1HIZA 3CHEA 2WC4A 3VM5A 1SMDA 2VT0A 5CPTA 3W37A 2WNWA 5AC4A 2WPGA 2QLYA 4M24A 2W63A 4CU8A 4JFSA 2AAAA 2VURA 3EYPA 3DECA 4GI6A 3OLIA 3L4TA 1J18A 3OIHA 4MB1A 3D3AA 3BMVA 2VOTA 1DEDA 5A6AA 5A1AA 1E6XM 1PX4A 5C71A 1E4IA 3MMWA 4KWUA 4C7DA 5A94A 2FH6A 3AICA 5I24A 3VNZA 1QHPA 3UETA 1CGUA 3OGSA 3UERA 5CGMA 3EDFA 2XHYA 1CGVA 3QR3A 1HJUA 2CEQA 3VIJA 5DF0A 2DSWA 1DWFM 5EFDA 1FA2A 1FH9A 1V3MA 2ZOXA 3IJ7A 2VVNA 2WK2A 2NSXA 3N17A 2BVDA 4MB5A 2J78A 2VNCA 4WK9A 2AOSA 4CCCA 1EHAA 4BZYA 1LQ0A 3KE0A 2O9TA 1K6AA 2WKLA 4U33A 2BVTA 5A8QA 2BY3A 3ZT5A 1FH8A 4P7LA 2CETA 3KWXA 5A3HA 2JE8A 2PI6A 2ZX8A 5GNZA 2XM2A 1AQMA 3WMSA 5A2BA 1OB0A 4PSPA 1BTCA 2JIWA 4CGTA 3MV11 6A3HA 4F9DA 1U2YA 5A6SA 1KGXA 2DQXA 4L4PA 2CESA 2E0PA 2OLHA 1X6NA 3WNKA 1HKJA 3VMPA 4Q22A 4OOZA 1BGGA 1HVXA 5CPSA 3GZAA 1GHRA 1VBUA 1GORA 1ODUA 2XGIA 2E40A 4CD4A 3WDJA 4U2YA 1MW2A 4JCLA 4JCMA 3WL1A 2YIHA 1UYQA 3VDAA 4MDOA 2ZUVA 5FKYA 1BF2A 3K8LA 2OSXA 2CXGA 1JYNA 4KGLA 3UCQA 1CYGA 4M81A 3WD2A 2DIJA 2J62A 2XGBA 1B1YA 1WZKA 1QBBA 2CBIA 3BSHA 4S3KA 4AIOA 4FLSA 3WUFA 2WVVB 1WP6A 3L4WA 4AYSA 3ZJ6A 3RIKA 5A6JA 1K9FA 2FHCA 1CEOA 1GOOA 2ZX5A 1XSJA 4PTMA 4AD5A 3GNRA 4MB3A 1C3FA 4MB4A 4UNIA 4D6IA 2QF8A 1UQYA 4HOXA 4UQBA 1CLXA 4CKQA 1EGZA 2CERA 2CKRA 3CUGA 4D1JA 4HZ8A 4D1IA 3E1F1 1E70M 1XCWA 1UA3A 4DM2A 3UEQA 3N12A 1BLIA 1VEMA 3CPUA 3GNPA 1CTNA 3WQ8A 2JF6A 1HJXA 3BLKA 3PZ9A 5M03A 3WD0A 2VX6A 2XG9A 1PX8A 3AHYA 1B0IA 1OIFA 3WF0A 2RGLA 4DUVA 3UR7A 4ZXLA 3VINA 4U3AA 3CZLA 2C0HA 1N82A 1BGAA 2UY5A 3EDJA 4DWSA 1KBKA 1CIUA 1E9LA 4TUFA 1NH6A 2VRQA 4JFWA 1JFXA 4PMYA 4UFLA 1CGTA 1NWTA 1H49A 3OGRA 4OOUA 4UFJA 4AZ7A 1OGSA 2V38A 4UFIA 2WMGA 3DC0A 3SCPA 1CXHA 1B3VA 5A6BD 3TTYA 3VGHA 1QNOA 3IK2A 1JNDA 3WUEA 3AMDA 2ZUNA 4QCEA 4TVCA 1V3KA 3WH6A 3QOMA 1V6YA 2WVTA 2Y8VA 1WZMA 1UWQA 1WDQA 2WBGA 5FD0A 1JDCA 4P8WA 1UD4A 1ZBVA 1D3CA 5IFPA 1JIBA 1IT0A 1J0HA 4QAWA 1A3HA 1UUQA 3WEZA 3WQ4A 4UQ9A 1Q6CA 1E55A 1KXTA 1W9BM 3NSNA 2WZHA 2DT0A 3B9AA 3BLPX 4LYPA 1XD1A 3AXIA 1MXDA 5A8OA 1WO2A 5ABFA 1CBGA 1W9VA 3AOFA 3WIJA 4U31A 1H2JA 1UQZA 1PIGA 3VD4A 1J0YA 4UQCA 3AIQA 3SCVA 3VGEA 3KL3A 2X0YA 2O9PA 1QI0A 2OYMA 3PZMA 1V0NA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2WJZ A;  1WKY A;  3W87 A;  2E5B A;  4UQD A;  2WAG A;  4YHG A;  2BB8 A;  1XG4 A;  5TQL A;  3V5X A;  1PV3 A;  2VEM A;  2QJM A;  1O68 A;  1YTE A;  1UWR A;  1VIW A;  4L7Z A;  4P7O A;  3OJG A;  4C3B A;  2PDC A;  5D02 A;  3HO8 A;  1UJP A;  4MWA A;  1BPL B;  1B3Y A;  1XYZ A;  2NUP B;  2YTQ A;  1RY8 A;  5GNX A;  3H4W A;  2D0F A;  1ZNN A;  2X30 A;  2PDK A;  2ZZ7 A;  2ATS A;  1F74 A;  3WK1 A;  3EDD A;  3TN4 A;  4E6M A;  3Q67 A;  3A12 A;  1H7I A;  4R9X A;  3CGT A;  3U7V A;  4MKS A;  3ABO A;  3VNL A;  2DT2 A;  3DYO A;  3LHV A;  2BXZ A;  4JUR I;  2PWG A;  3AOU A;  1UR1 A;  4ACZ B;  2GSE A;  4JI3 E;  3NJ3 A;  1R3T A;  5KMY A;  2H36 X;  4LF9 E;  1S1P A;  2Y0F A;  4ICC X;  2V3E A;  2VGI A;  2VFI A;  2YYT A;  3JT1 A;  3QMT A;  2WKJ A;  4C65 A;  3LJB A;  1YW1 A;  2UUB E;  4JBR A;  3AZR A;  1YPI A;  4JEA A;  2LO3 A;  4IFR A;  3V0U A;  2YL9 A;  1OGG A;  4JC7 A;  2D0G A;  1QWK A;  2G3J A;  4AZ6 A;  4GQB A;  2WWD A;  3DF6 A;  3M0X A;  2OJE D;  1M5W A;  3MMU A;  4J7Y A;  1SFS A;  3DE9 A;  5BQG A;  4E8C A;  5I02 A; 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 2XRH A;  4PRR A;  2HS6 A;  4WSP A;  2KK1 A;  2AWY A;  1BVW A;  3NSX A;  4BJH A;  4L6O A;  3N13 A;  3PB0 A;  3A3W A;  3D5H A;  3WJX A;  3T1G A;  2RD9 A;  4IMG A;  3RDK A;  2VRJ A;  4C6N A;  2O9O A;  1J11 A;  5HUP A;  4AZG A;  1AQ0 A;  2OX4 A;  3S1X A;  1A5S A;  1TO3 A;  1X49 A;  2AKM A;  1Q4N X;  1OIN A;  4BR1 A;  4JEQ A;  4AIB A;  4F40 A;  2I1O A;  2GSH A;  1F2J A;  4EIY A;  1JUE A;  4ONV A;  4I6V A;  4M63 A;  1V6U A;  3H6O A;  1F3X A;  3OEX A;  5DT7 A;  3ME3 A;  3TXV A;  2GVE A;  1FHV A;  3GXT A;  3EB2 A;  1GKP A;  1YYA A;  2YL5 A;  1K7F A;  3Q2D A;  1FWT A;  1TPB 1;  3SO7 A;  3AHZ A;  3ECQ A;  4M3P A;  3ALG A;  4LEF A;  4YT4 A;  1E3X A;  3T2O A;  3MI3 A;  1AVA A;  4I5X A;  1NIU A;  2DDX A;  3VIH A;  4HFK B;  4ALD A;  3GDB A;  3KLK A;  4NI8 A;  3C8Z A;  4MAZ A;  1M68 A;  3I3E A;  4PCT A;  4JQ3 A;  5JBD A;  1RK6 A;  2WQD A;  4UCG A;  1F05 A;  3OBA A;  3U57 A;  4X9S A;  4U5B E;  1BYD A;  1PZ3 A;  4MKN A;  1ZJH A;  3LOT A;  4BJ5 A;  3EX2 A;  3WQF A;  2WZG A;  3JRK A;  4PUJ A;  1M01 A;  1TE1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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