5A69A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with gal-pugnac
Total Genus 231
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
231
sequence length
624
structure length
585
Chain Sequence
RFTGLSLKQTQAIEVLKHISLPVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNRLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKIDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 231
structure length 585
sequence length 624
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a69A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a69A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a69A01
1UQZA 4H8VA 1WB0A 4JCMA 5LYRA 3T2PA 1JZ3A 5CGTA 2ZXBA 1GVIA 3DECA 1JFHA 1JZ2A 1B0IA 4AZCA 4OIFA 3NDYA 3WDPP 1HVQA 3CUJA 2WC3A 4J28A 4JL2A 2WHLA 2WHMA 3W6LA 4A4AA 1A3HA 2DH2A 2WMIB 3VMOA 2E3ZA 1W9BM 4PRWA 1FP9A 1BHGA 4UFKA 1K9EA 3DHPA 3NSMA 4EKJA 1GHRA 4E2OA 3MUAA 4QAWA 3AXXA 1GQIA 3WKZA 1G0CA 2XVNA 3AZRA 3AZTA 3IAQA 3VGEA 4MNMA 5CPQA 2Y2WA 3KWXA 3L4UA 3PZNA 1LF1A 8A3HA 2PB1A 4ATDA 1BAGA 4LXFA 4CD6A 4PSRA 3LMYA 3UETA 1BSIA 2XPKA 1B3XA 1UUQA 1XD0A 1XH1A 4MPKA 3W81A 3QOMA 3WNMA 1B3YA 1XYZA 4H04A 1E0XA 4AD4A 1JYWA 5F7UA 4E8DA 3ALFA 4WF7A 1OM0A 1KGWA 2BXYA 4B9ZA 1HJXA 1ITCA 3IJ8A 4W84A 3N17A 1EOKA 4J3VA 3WH9A 2GJXB 4PTWA 1V3LA 2XVPA 1RP9A 2FHCA 3WD3A 1TCMA 2FDMA 3ZR5A 1UWUA 3GBEA 2VCBA 4TOQA 4Z2LA 3VILA 1W9UA 3BLKA 2WCSA 3WMSA 1GZJA 5IDIA 1M7XA 2VZTA 3CO4A 3SCUA 3PZGA 4B15A 5CGMA 3WH6A 2JEQA 4BQ4A 4F9JA 4MB3A 3SCPA 3W29A 3AI0A 3OBAA 3MMDA 2O9RA 2CBJA 5TD4A 4U2ZA 3WNOA 3CZGA 2J62A 3SCNA 3KL0A 3WMBA 3POCA 3AIEA 1AQMA 5KZ6A 4JCLA 1C7TA 5D8ZA 3MS8A 5E9AA 4M1RA 2CERA 4XB3A 2VNCA 3ARUA 5JUVA 2C7FA 2WSKA 3WD4A 1XCXA 2BY1A 1O7AA 1KB3A 1MQPA 2ZE0A 2XGBA 2A3BA 3VM5A 2E4TA 1V08A 2E8ZA 4DWSD 4QDMA 1GORA 1OT1A 1NP2A 3WD1A 2EO7A 3K4AA 4AW7A 4FMVA 2W67A 2YDRA 2XSBA 2XTKA 4F9DA 3AIRA 4NRSA 3W4RA 2C0HA 2BHYA 4AZGA 2V3GA 1OIMA 3O2LA 2BFGA 3WQWA 1G94A 2OSXA 1WDQA 3WQ6A 3NSXA 4V27A 3SIMA 2BY0A 5FKYA 5GQBA 4HMCA 3EDFA 1KXHA 5IFPA 1BG4A 2VX5A 3L4YA 1Q6CA 1CZ1A 2X1IA 2WZHA 4HU8A 4PMRA 1GJUA 3VIOA 1TA3B 3ZMRA 1JL8A 1GQKA 2O9PA 1YQ2A 2E8YA 1QNQA 2GUYA 4PMXA 3I3EA 4KH2A 3RM8A 1V6UA 1J18A 2EPOA 1NWTA 5A2CA 5AYIA 2E40A 3CUIA 3KL5A 2VTFA 3ARTA 2QMKA 3MMUA 1JGIA 1WZMA 4TVUA 3RM9A 3I3DA 1BYBA 1VJSA 2G3IA 1MQQA 3UR8A 1W3LA 1VAHA 4LX4A 4OOUA 1NQ6A 1BGAA 4GXPA 2D3NA 2W92A 3W28A 2BXZA 2C8NA 4H8HA 4D1JA 4AD0A 5E0CA 4WK9A 2J8GA 1CXIA 1MFVA 4UQAA 1E0VA 1MW0A 1OB0A 4QCEA 2YA1A 3RILA 5A1AA 1Q6DA 2XVKA 2D22A 5A2AA 4CU8A 3WD2A 1Y7VA 3AXIA 5C8BB 3O6AA 2WPGA 4ACZA 1WKYA 2D0FA 1P6WA 1RP8A 3BSHA 2FHFA 1AMYA 1MQRA 3OLGA 3AXHA 4FLSA 1M03A 3ZJ6A 3UESA 3VMPA 4KWUA 4EANA 1UZ4A 3GH4A 3QHMA 4UFMA 2O9OA 3EMCA 4TXEA 1V3HA 4DWSB 2D20A 4UOZA 1SMAA 1D7FA 1YHTA 1QI0A 4NZCA 2CITA 4IPNB 3VIJA 2XYLA 1HJQA 3AMGA 3OZOA 4TUFA 5I5RA 3BH4A 4S3KA 4MADA 3WQ4A 4AIOA 4KMQA 1R86A 1VEOA 1OGBA 2ZUNA 1TFVA 4PMYA 3VDAA 1GJWA 1PZ3A 2W4XA 2XGIA 2VX7A 1W1PA 4YPJA 3VGFA 4FK9A 2QLYA 2WMHA 3BSGA 2MANA 2GFTA 4CN4A 2DT2A 1W1TA 4X0NA 3VNZA 4GO9A 3NIYA 2VJXA 1QHZA 4R27A 2JALA 3W24A 2WANA 4H7VA 1JZ5A 1LWJA 4IUGA 1VFMA 2E9MA 2WWDA 3W6MA 1JYNA 4AMCA 4CD4A 4W5UA 2GSJA 3CBWA 1KXTA 1FHDA 1E6QM 3B9AA 1F4HA 1C7SA 2JIWA 2GJRA 2XIIA 5CXPA 2VR4A 4D6HA 2J7DA 4GZEA 1FH9A 3F5JA 4UOJA 2XHYA 4ZXLA 4GI6A 3U5YA 3GDBA 3ARSA 2PC8A 5EMYA 9CGTA 2EQDA 2DEPA 3KL3A 2CHNA 3VIGA 5BXTA 3EMZA 4TVCA 5HDRA 1CWYA 2YL8A 4PEEA 5LA0A 2OWWA 2A3HA 3FXYA 4D6GA 1OGGA 4U33A 2E9BA 1E5NA 4FLQA 5A2BA 3CUGA 5JIWA 3MUIA 4GIAA 8CGTA 3QR3A 2HVMA 3BCFA 1W1YA 4Y7EA 1IZJA 4AZCB 7A3HA 3E1F1 4W5ZA 1ZB5A 1H09A 4FLRA 3VU2A 4WIWA 2O9TA 1KBBA 1PIFA 3N1AA 3BMWA 4AZBA 1UH3A 1CGVA 1LL6A 4MDOA 5FOOA 5FD0A 4OZOA 3WL0A 4CU7A 4MAVA 4CVWA 1JZ6A 3VDHA 5I23A 1C3FA 4GO8A 2TAAA 4QP0A 1E4IA 3AHVA 3CMJA 3LPFA 1PX8A 1XCWA 1ZU8A 5JBFA 2VRJA 3QOKA 1UKSA 1HKIA 1E3ZA 3SCWA 3HJEA 5ABHA 3VM7A 2VRQA 1XH2A 5CZKA 1FA2A 1WCGA 2W61A 4UOQA 1J01A 2WK2A 4BCEA 1H2JA 3S2CA 4BA0A 2WBGA 5AC5A 1W3HA 3BMVA 5CLWA 1L8NA 1HIZA 5HPCA 4OJYA 3WBAA 3WY1A 1ISVA 4ZEPA 2VL4A 5AYBA 1XD1A 1JD9A 3N15A 3KZSA 1NOWA 3PZ9A 1C91A 1JXJA 1G9HA 4TTGA 1G5AA 1EH9A 3BAWA 1PEZA 3WNKA 1BF2A 1HX0A 1A47A 3GH7A 2WBKA 3W26A 1XGZA 3B8SA 4BF7A 1E6XM 2WCGA 2EPNA 4TVDA 1XSKA 3ZJ7A 2D0GA 2VCCA 2F61A 5GNXA 1GPFA 3L2LA 3N9KA 5LA1A 1H0IA 2JIEA 4AD3A 2UWFA 1J11A 1JF5A 3VIKA 1E6RA 1GOOA 3TTOA 4GQRA 5JBEA 3VD5A 1GUVA 3WQ8A 4DM2A 3A3HA 1SYTA 1UR4A 1JNEA 5JIPA 3U7VA 1PAMA 3B9DA 4DM1A 1UG6A 1VBUA 3BCDA 3W0KA 3GXFA 1AQHA 3FW6A 1C93A 1E15A 2XG9A 5A95A 4Z2IA 1GCYA 4LYPA 4W7WA 1VFFA 4CGTA 1OCQA 3OB8A 4W8BA 1W91A 5FCZA 5DMYA 1I75A 4MJ2A 2D24A 1ISWA 3L2MA 4LYQA 1OSEA 3WH8A 3VD4A 3EBVA 1I1XA 2WKLA 2XM1A 4PMNA 3AYSA 1W32A 4LQ1A 5BROA 2JF6A 1H5VA 1W1VA 3WEOA 4RE3A 5DT5A 3S6TA 1WZLA 3WEZA 4GZIA 3CZKA 3UR7A 4ATWA 1HJUA 1CLXA 2VVSA 2ZUMA 1XSJA 1C8QA 1VEPA 1QW9A 2V3DA 2YLLA 3PN8A 2V3EA 1VF8A 3GZAA 1JYXA 1E73M 2OYMA 3TONA 3EYPA 3RM4A 2XFRA 2XVLA 4NSBA 4OUEA 2YA0A 3AFBA 3CZEA 1E55A 1UYQA 3AIQA 2IUZA 3SCTA 3UG4A 1QI4A 4M56A 2ZICA 4PMUA 1CIUA 5CPTA 2EXOA 2VO5A 1K9DA 1XC6A 2WVVA 3WDJA 1XRVA 3ZT7A 3VD9A 3AZSA 4UZSA 3WF1A 3CHFA 1AVAA 3IJ9A 2NT1A 2DT1A 3BAYA 1QNOA 2BY2A 3WDRA 3POHA 1ZBWA 4HA1A 4HA4A 1E43A 1W9XA 4AZ5A 2VURA 3MO4A 1EIBA 4HZ8A 3OLIA 4RL3A 1NWSA 2DSWA 4PUEA 4CD5A 2FH8A 2QF8A 4OOZA 1DP0A 1BG9A 1WDRA 3FY1A 1X6LA 2OYLA 1EQCA 1D2KA 3ARWA 1CXLA 1MVYA 4P7RA 2ESCA 4P7LA 5CJ5A 1UKTA 1G01A 4M81A 2VCAA 2V3FA 2ZX8A 2VZUA 2ZXAA 4PMZA 3PZTA 1UD5A 4BQ5A 5C71A 2JF7A 2W5FA 1EDTA 4ACZB 4UR9A 2JE8A 1W2PA 3K8LA 2CNCA 3VO0A 1W3KA 1DEDA 2YL6A 2YBUA 1VIWA 2BHUA 2BVYA 3TP4A 3ZIZA 1GHSA 1LLOA 3MANA 1UR9A 3GH5A 1DWHM 1E6PA 3BLPX 4HMEA 4UQCA 4EAMA 2VC9A 3NSNA 1DWJM 1HVXA 2A3EA 3AIUA 3AMKA 3MKKA 1EQPA 2EPMX 4WKAA 3SUTA 3AHTA 4F8XA 2PI6A 2VX6A 5BXSA 2PWEA 1C90A 4HOZA 2CESA 4PYSA 3ZO9A 3K8KA 2Y24A 4W8LA 3W27A 4D6EA 1L0PA 4HU0A 3TTSA 3BAIA 3PTQA 3ARPA 1LJYA 2XFFA 1J10A 1VBRA 2DSUA 2D23A 3VGBA 3IJ7A 1QBBA 1RD6A 1SFSA 3BAJA 2BHZA 1BGGA 1CGYA 1GQJA 5D4YA 4L4OA 2RGMA 5HOSA 1TR1A 3WNPA 1UWTA 2XUCA 1JXKA 3VX0A 1KR0A 5I24A 2FH6A 1EGZA 2V5CA 5AC4A 1BLIA 5D9MA 3ZT5A 1D3CA 5BRQA 3GYCA 2ZWZA 2ZUTA 1C8XA 1UWRA 1V3KA 3K46A 4WSJA 1CENA 4W87A 1HP5A 3WEMA 2OYKA 4HA3A 2VUYA 1M53A 1E4LA 1M01A 4KGLA 1ZL1A 3WENA 1KXVA 2WMGA 1E9LA 1K6AA 1XSIA 5IHRA 4CCDA 4R5EA 2CKRA 2ZX9A 1FHLA 1UKOA 1EA9C 1CXFA 2XWEA 1UD6A 5IXEA 2ZUWA 3T2QA 2WZIA 3BAXA 2DH3A 1Q4NX 1GOKA 5M03A 3THDA 1GOWA 2OWCA 1VRXA 5DT7A 2G4FA 4MNKA 3MV01 2OWXA 4CVUA 2A3AA 3GNPA 4N0RA 4LGXA 3F5KA 3O9NA 2JFEX 2YL5A 3L4WA 1HL9A 1UQYA 1KCLA 5I78A 2BVTA 4PMDA 5A6AA 2A3CA 3GXMA 3L4TA 4GINA 2W62A 3JUGA 1WDSA 1Z32X 3AS1A 3WN6A 3L4ZA 2WM0A 1TUXA 2X2YA 1MXDA 6A3HA 1BVZA 1NH6A 1U33A 1BFNA 1HKKA 3UG3A 2ZX5A 4X9YA 5A3HA 1XH0A 4ZFMA 2DSKA 3WF2A 1TVNA 4AY1A 3K4DA 2PWFA 1LQ0A 3PZQA 4BQ2A 4ZE5A 4Z2JA 4M82A 1KWKA 4AD2A 3VD3A 3W37A 3PZMA 4ATLA 4P8UA 1LL7A 1JFXA 1QW8A 3W82A 2W66A 3WBEA 2YOCA 1TG7A 2ZWYA 3AIWA 3NYDA 2EJ1A 3ARZA 2WC7A 4HZ6A 1B3ZA 1J0HA 4JFUA 2ZXQA 3PTMA 4M8UA 5FL0A 4DUVA 2WCAA 2WMFA 5E09A 4E8CA 1NWRA 3SEPA 1NWUA 4UFIA 1E71M 1J0YA 2DIEA 1W2VA 1ZJAA 2V5DA 2GK1A 2WC4A 2J7GA 2DQXA 5FIPA 4JZ5A 4XZWA 4URIA 1QNSA 4EK7A 3ALGA 2PWDA 2G3JA 2WB5A 3AHXA 3WF4A 5A69A 2F2HA 4JHOA 1NM9A 3L4VA 1BVNP 1H49A 1EHNA 4MB1A 3DYPA 3WF0A 2UY2A 3U7BA 2WNWA 5M17A 3QGVA 3OA5A 4UFJA 4U31A 3II1A 2G3NA 1QNRA 1U2YA 3AQUA 1VFOA 4PTVA 4E4PA 1XHGA 1B90A 3ZJKA 4M24A 2J78A 3ARVA 1UD2A 3WDIA 5I0DA 3SCOA 3TA9A 3T0BA 1PPIA 3M46A 4N42A 4AISA 3WIJA 1JDCA 3EDJA 2WLZA 4FF5A 1LG1A 3F5LA 4U5KA 4M80A 4GZJA 4XZBA 1CTNA 1E56A 4CCCA 1E6ZA 4C7GA 1Q6GA 2GVYA 4W7UA 5E70A 5ABGA 1EXPA 2FHBA 3THCA 4FLOA 4PBGA 1DWGM 3ZOAA 2WVVB 1KQYA 4CN6A 1E6NA 2J79A 3SCVA 1UR2A 4Z2HA 4OBSA 3VOCA 1FH8A 3OGVA 1EDGA 5I77A 4JL1A 3CIVA 1WDPA 3CGTA 1HNYA 3KE0A 1PBGA 4AXNA 6CGTA 1Q6EA 3VINA 4AZ6A 4W88A 2ZXDA 1CPUA 4D6DA 3VDBA 5DF0A 3PZOA 4P8WA 2YDQA 1JDDA 1BTCA 2RGLA 3VIHA 2F8QA 2XVGA 3WUEA 1GQLA 3M6DA 1ZS2A 5D9PA 1B1YA 1F4AA 5BRPA 4MB4A 2WVSA 2BNJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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