5A6AA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with ngt
Total Genus 248
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
248
sequence length
622
structure length
620
Chain Sequence
TGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYAKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
total genus 248
structure length 620
sequence length 622
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6aA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6aA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6aA01
5F7UA 4PTWA 4UQDA 2VI0A 4J3SA 2BXZA 4H8VA 1J0IA 3SCUA 3D3AA 1V3IA 2RGMA 3A4AA 3BMWA 5GNZA 1KWKA 1JGIA 1UD2A 2W63A 2WSKA 3ARRA 3ZIZA 1DWFM 4MDOA 5E70A 1C7TA 3PZNA 3VOCA 1WAWA 1EO7A 2XM2A 3RCNA 2Q8XA 3AS1A 1L8NA 5BXTA 2UY4A 4FK9A 4M1RA 1VFOA 4C7GA 4HTYA 3PZUA 5GPRA 3APGA 4ZFMA 1PPIA 1XD1A 1TUXA 2JIWA 3PBGA 4P8WA 1U33A 3AZTA 1K9TA 2W62A 2X8RA 4KWUA 2VJXA 2J75A 5D8ZA 4P7RA 1VBRA 1UOKA 4QDMA 1W1TA 3SCTA 2X1IA 2F61A 1H3GA 3WUEA 1NOUA 4L4PA 4PTMA 5CPQA 3WENA 4AIEA 3CLWA 3S2CA 2GJRA 1Q6GA 1UWUA 4GINA 1TMQA 4E2OA 4GQQA 3W6LA 3IJ8A 2WHMA 4PTVA 2WK2A 4ATLA 4PMDA 4HA1A 2WMGA 4W7WA 1WO2A 1JZ2A 3WDJA 5ECUA 3BCDA 1HP4A 4UZSA 3AQUA 1JAKA 5GQBA 3FN9A 1DWAM 3GTNA 2W67A 1EDTA 2WLYA 4GZEA 2QF8A 1B3WA 1PX4A 1ZBWA 3AIBA 1LJYA 2NT1A 3PTKA 4J3XA 1E72M 3VINA 1UA3A 1OCQA 3AHZA 2VL4A 4YN5A 5BRQA 3MMDA 4U33A 2GDUA 4CU6A 1V6VA 3UEQA 3PZTA 4U5IA 2YL5A 2FHBA 1UR2A 1K9EA 4CCDA 2CBVA 1JZ3A 2D22A 3WBEA 4UOJA 4UR9A 5DT7A 2OYLA 1BVNP 4BS0A 2ZX6A 1JNDA 3GH7A 3WEMA 2W66A 4R5EA 1E0WA 5BROA 1C8XA 1XSJA 4OBSA 2WWCA 3ZSSA 4H04A 1NWTA 1QNOA 4H8UA 1FH7A 2Y4SA 4W8LA 1C91A 1R85A 3VX1A 4QCEA 3SUSA 1KBKA 4MDPA 1JI1A 1XRVA 5ABEA 1E5NA 2X09A 1V03A 5D9NA 3UG3A 4EAMA 5CLWA 4DWSB 4IPNB 4TVCA 1WDRA 2CESA 2O9OA 5A2AA 4W7UA 2OYKA 3ZJKA 1ESWA 1CBGA 3VIPA 1JZ6A 3CZGA 3N18A 1D7FA 3WD0A 2ZWZA 1KCLA 1ZB5A 3E1F1 4AD3A 3WUBA 2WB5A 2WMIA 3FAXA 2NT0A 3ECQA 3ZMRA 1HX0A 4PYSA 1PX3A 3POCA 2YA0A 2BY3A 3M46A 4U5KA 3SCQA 2VVSA 1SYTA 1R7OA 4UFLA 5LA2A 3W0KA 3K46A 4JFSA 2ZUUA 3VIJA 3EBVA 1XGZA 4MNLA 3AISA 3B9EA 5CGTA 3K8MA 1HJWA 5CSYA 3G6LA 2PI6A 1JZ8A 4M81A 1JXKA 4PCSA 4Q7NA 4WK9A 2YA2A 2WVTA 3LPGA 5LYRA 2IXUA 3EMCA 4MADA 1MXDA 5HPCA 5DMYA 1CECA 2XFYA 5IFPA 3GYCA 4F8XA 3VKKA 1KQZA 3AYRA 3CGTA 3KWXA 5A6BA 2Y5EA 1EOMA 4N42A 2WZIA 4HA4A 1K9FA 3BCFA 5AC5A 7A3HA 2X0YA 4UCFA 1E3XA 2ZUSA 2OWCA 3AJ7A 5FL0A 1ZJBA 2YLAA 4HOWA 2CYGA 3W26A 3OIHA 4PN2A 1CXLA 4BA0A 3ARYA 4D6IA 2VNCA 1MQPA 1VIWA 3IANA 2HVMA 2DIJA 2J77A 3SCVA 3RM9A 3ZOAA 1HVXA 1J0JA 2XYLA 3GNRA 4RE4A 2ZX5A 5EFFA 4ACZA 4LYQA 4YHEA 1Y7VA 2PC8A 1SR0A 3FY1A 1W9VA 4R27A 3WF2A 1J9YA 3FAWA 7TAAA 3CUIA 4AYSA 1K6AA 4MNMA 1ITCA 4ZE4A 1GVYA 2XJ7A 2VURA 3W81A 4HOXA 1GJWA 4TX8A 4DUWA 1UWIA 2C0HA 2WSPA 1V0NA 4X0VA 2JFEX 1UZ4A 1UD8A 4PTXA 3RO8A 2XIIA 3QHOA 1UH2A 2D3NA 2VQTA 3VGBA 1J18A 4CCEA 4ATWA 1KR0A 5A6JA 4C7DA 2DEPA 2ZX8A 1LWHA 3B9DA 4GZIA 2J7HA 5I5RA 4GXPA 3CZKA 1HF6A 1GVIA 1W9DM 4TTGA 5FKYA 4RE2A 1E56A 3ARVA 2ZXDA 3VGFA 1QNQA 2O92A 3ARWA 4TVUA 1V3KA 3PZQA 5BXPA 5ABFA 1WZAA 1UHVA 3MV01 2E9MA 1MFVA 3OGRA 1LQ0A 4PMVA 2TAAA 2GDVA 2VMFA 2DH2A 4JKMA 3CZLA 2ZE0A 5CJ5A 1OBAA 5I79A 1F4HA 1VRXA 3CUJA 3NDYA 2JF7A 1UYQA 2VC9A 5GNXA 1MYRA 1E1FA 1ZBKA 4BQ4A 2WVVB 1LF1A 3PZIA 1PZ3A 3TP4A 3RPMA 5A6MA 2YKKA 3WFLA 3LMYA 2PWEA 4E8DA 3W38A 2OSYA 3RMEA 3SUTA 5IXEA 2WMFA 3MKKA 2NSXA 1UH3A 1N82A 2UY2A 2V3EA 4KMQA 4LX4A 1OIFA 1UD5A 2F8QA 2V3GA 1RD6A 3KL5A 5AC4A 1XCWA 1BSIA 2WNWA 2Z1KA 1JZ4A 1US3A 1E43A 3KE0A 1UKTA 3WD3A 3AZRA 4WF7A 1EQCA 1Q6DA 1KGWA 2D23A 2DT3A 1B9ZA 4Z2JA 1GHSA 1UH4A 5BRPA 5HPOA 4PMQA 1SFSA 3W28A 4A3HA 3WD1A 4WIWA 2PBGA 1BYAA 3PZ9A 3TTOA 3FHAA 4D6HA 3GNOA 2C8NA 4B3LA 3VIOA 4JL1A 3CUGA 1ISZA 3EDJA 4LPCA 3MO4A 3GM8A 2GK1A 4FLOA 2B31A 3N04A 4AW7A 2EPLX 1TA3A 4GI8A 2A3CA 4W85A 5JIWA 2VZUA 4JHOA 2CXGA 3VMNA 2JEPA 1G0CA 3L4WA 2WZEA 1AVAA 2ZWYA 3UCQA 2DSWA 2QPUA 1P6WA 2WYSA 1V0LA 4OOZA 2DIEA 3A3HA 2JIEA 1A47A 3IJ9A 2E40A 4DM2A 2DT1A 3MV11 3AZSA 5LA0A 3AMCA 2PBOA 3OA5A 5CZKA 5EMYA 4AZ5A 4BCEA 3W6MA 1BFNA 4B3KA 3AICA 5ABGA 1K9DA 2WVSA 4PMNA 1HJSA 2BHZA 2PWDA 2DSUA 1GOWA 1WE5A 1JZ7A 2G3JA 2WHJA 4IM4A 3WF0A 4W93A 1WZMA 2WCSA 5A69A 4W87A 3OGSA 1H5VA 1HNYA 1TVPA 5A8NA 1UR1A 1UWTA 2BY2A 3SCNA 3VIKA 1QNRA 4UNIA 1C7SA 4AEFA 3WDPP 3A47A 4D6JA 1OGGA 3LPPA 2DH3A 1XC6A 1JAEA 4AC1X 3VGHA 1ISYA 4L4OA 4EANA 3WH7A 3F4VA 1C93A 1RP8A 4HP5A 1GOQA 2GVYA 1CYGA 1C8QA 3LPFA 3U5YA 4TTUA 1O6IA 2XUCA 1ODZA 1KXQA 1VJZA 3RILA 3VD9A 3WL1A 2WWDA 3WD4A 4AZCB 1GOKA 3KL0A 1ZS2A 1WCGA 3UG4A 5A6AA 1DEDA 3WD2A 2PB1A 2BY0A 1E4MM 3L4YA 4GPNA 2DDXA 1J12A 1O7AA 3G6MA 1BTCA 4BZYA 1WB0A 1M53A 1LL6A 2YDSA 2XGBA 1FA2A 3WEZA 2X0HA 4JL2A 1MVYA 1WPCA 3NIYA 3QHMA 5E6YA 1WDPA 2AOSA 4AD4A 1QOXA 1H4PA 3GBDA 4P7OA 3T2QA 4PMRA 1UG6A 1UWSA 1FH8A 5E09A 1UR8A 4P8UA 4HOZA 1ODUA 3A4XA 2VZOA 2GJPA 4H8HA 2CERA 5D9OA 3BMVA 3UR8A 3UERA 1Q6FA 1E15A 2OWXA 5A3HA 5EBAA 3PHAA 1H1NA 1J10A 2G8ZA 3NYDA 2PWHA 1GQJA 2ZUVA 3BAJA 2DGAA 3N1AA 3VTRA 1W1YA 3VDAA 1BGAA 1JF6A 2YL8A 4MB5A 4WSJA 3VO0A 1AQMA 4UFMA 3WQVA 3UR7A 4D6EA 1NWSA 5I6SA 1V6UA 2XIBA 4QFUA 3W37A 4D6GA 4ZENA 2FGLA 1GQLA 1HJQA 1IV8A 1E55A 4CN1A 1DWIM 2OSXA 3GZAA 1XD0A 4M8UA 3VD7A 1JIBA 1NARA 5A6BD 1R86A 4CD4A 2XVNA 2WC3A 1JZ5A 2CCRA 2OLHA 2VZTA 3MS8A 1GCYA 1VJSA 3EDKA 4XZWA 3AS3A 3QHNA 1B3XA 2CETA 3PTQA 1HKMA 3AS0A 1MW3A 3W27A 2ZXQA 1HVQA 3BLPX 3N13A 3CMGA 1UR9A 3WDRA 4JCMA 1W1VA 3PZMA 4PMOA 2PWGA 3OLDA 2D0HA 5CPSA 1YQ2A 2CBJA 3ARTA 1E1EA 3B8SA 2WANA 1GZJA 3VIHA 2WAGA 2G3NA 1KCKA 2W4XA 2DPEA 3N15A 4J28A 5EB8A 2VZSA 5IFTA 5A2CA 3OZOA 2UY5A 3EDFA 4F9DA 2VCCA 3WF3A 5AYIA 1AQ0A 4W89A 5M3WA 3BH4A 3W29A 3L4TA 3VNZA 5CG0A 4KRUA 3FNDA 3WDIA 2YA1A 2BHYA 4WLCA 3MMWA 2ZXAA 2EJ1A 4TVDA 5FOOA 1LL4A 5DEZA 2ZICA 3BAIA 2VCBA 1I75A 1JFXA 1PIGA 5HBFA 4LQ1A 3NSNA 1CXIA 2CHNA 5AYBA 4AD5A 4AISA 2VRJA 3PZOA 1GPFA 3TTSA 1QBBA 4FLSA 3WELA 5ABHA 2A3AA 1H0IA 3PZVA 2O9TA 2VR4A 4J3UA 1ZU8A 5FIPA 4JKLA 4CVWA 2CKSA 4UFKA 1IZJA 1UR4A 1QI0A 3GXFA 3WEOA 3BAKA 1EHNA 2FH8A 4QP0A 4UQBA 2CEQA 3VDHA 4UTFA 4UOQA 3T0BA 2V5DA 4BF7A 4D6CA 4CD7A 1OIMA 3TOPA 1WZKA 2W5FA 3QOMA 5LA1A 4PUDA 1CGVA 3WNLA 1GJUA 4UQAA 4CVUA 1CLVA 1OGSA 3GXIA 3N12A 5BCAA 2WVVA 3WH5A 5I0DA 1BHGA 1OM0A 3QR3A 8A3HA 3O9NA 5I24A 1J11A 4BQ5A 1UD3A 3L4VA 3AIEA 3WBAA 3VD3A 1G01A 4LXFA 1XCXA 2WZHA 1TVNA 2ZUWA 3O2LA 1HKKA 2RGLA 2J7DA 2WXDM 3OG2A 4XV0A 4PMUA 4PBGA 3N17A 2VRQA 4A3YA 1L0PA 4JFWA 4M80A 1V0MA 3TONA 3VGDA 3ZR6A 2XVGA 5FD0A 4OOUA 3L4ZA 2GSJA 3AHTA 2MANA 4URIA 2IXVA 1E5JA 1CGUA 2CITA 4JFUA 1F4AA 5CGMA 2ZIDA 2WM0A 1V02E 4HMEA 3NUKA 2J7FA 1BF2A 2WKGA 2V3FA 1E0VA 1I1XA 1WDSA 1UKPA 1FP8A 2J8FA 3CTTA 5I3DA 3WNPA 1S46A 1WP6A 2VZVA 3I3BA 4TOQA 3CUFA 1BYDA 1E71M 5E0FA 1GOMA 2ESCA 3IJ7A 2QPSA 3WQ4A 1E6ZA 1V6WA 2E8ZA 4K68A 2WMIB 4P7LA 1QHZA 3RM4A 4UQEA 3K8LA 2XFRA 2YJQA 4GIAA 2WVUA 1VEPA 4MAVA 4AZIA 1JYXA 3AIWA 2W92A 3BGAA 1XV8A 4HPGA 3W82A 4UQCA 3VMPA 5FL1A 2EXOA 3TTYA 2QV4A 4E8CA 3HJEA 1LG1A 2V38A 1E70M 2BVDA 2X05A 1CIUA 2FHFA 2EPNA 3OBAA 1UKQA 4KH2A 3DECA 3VVGA 1E73M 1FOBA 1JL8A 3WQ6A 5AY7A 3WUFA 3LPOA 2XVKA 1JFHA 4W86A 2WCGA 2J7CA 3WKZA 4E4PA 3U7VA 3F5KA 3DYOA 2DQXA 1C3FA 2OSWA 3VGGA 2BVTA 2ZUMA 4HPHA 1H11A 3MSDA 3M7SA 2D20A 1VAHA 2GFTA 3WNOA 1V6XA 1UR0A 3VILA 5D4YA 4PUEA 1HL9A 3A6OA 1JDCA 4JZ5A 3J7HA 4W5UA 1CPUA 1EDGA 5BXRA 3M6DA 1QI3A 2VVNA 1R87A 3BSHA 2Y2WA 1V0KA 4F9JA 1UQYA 4GI9A 3EMZA 4JHZA 4H2CA 2XPKA 3CMJA 3CBWA 1V6YA 4CD5A 4MB1A 2DT2A 2EO7A 3CUHA 3AYSA 1UKOA 1GNXA 1BYCA 3EYPA 4J7RA 1NQ6A 1E6QM 3ZT6A 1EDQA 4H7VA 5C8BB 3QGVA 1H09A 1XYFA 4P7NA 2O9PA 5JBFA 4MB4A 1NP2A 2WPGA 1DHKA 3WIJA 4AMCA 3EDDA 3ARQA 3NJ3A 4P8XA 3AIVA 1CXFA 3HMCA 4PRWA 1MXGA 3ARSA 1EHAA 1QBAA 1UD4A 4D6DA 3L2MA 4AZGA 1W1PA 1HJUA 1XSKA 3AMLA 3IK2A 2J78A 3L4XA 3SIMA 2VX5A 4FLRA 5I23A 1JI2A 4ZEPA 2WC4A 4Z2KA 1JF5A 3I3DA 5KEZA 4XB3A 3GXMA 4FLQA 4PEEA 2CHOA 4X0NA 9CGTA 2BHUA 2WBKA 3AHXA 3PTMA 5CSUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3QQ0 A;  4Z17 A;  2E1M A;  3CPR A;  1M2O A;  1DTU A;  5CBI A;  4YIW A;  1SZN A;  4ORI A;  2F6U A;  1N7K A;  3VD4 A;  4LVG A;  3NYL A;  1WKE A;  4AHO A;  3WQD A;  2F4V E;  3WLT A;  4B92 A;  1P6C A;  1IQS A;  2P3E A;  3AI0 A;  3LJB A;  4QCF A;  4LYK A;  4P9F A;  1IWB A;  3GAK A;  2VGG A;  1NF0 A;  4U3A A;  4F9C B;  3MCM A;  4H9V A;  3C6C A;  4ML4 A;  4ADS A;  3S5N A;  2PA6 A;  4C6B A;  2XLW A;  1VJI A;  4OGZ A;  4Q8T A;  4NZ4 A;  3DEQ A;  3RCY A;  2EBN A;  4B5X A;  4XAG A;  1SZI A;  2YZ5 A;  3C2Y A;  2CTD A;  5CC5 A;  1CGT A;  2O4Q A;  3NQ7 A;  4FB7 A;  4XO7 A;  4NVT A;  2ZZ3 A;  1XMQ E;  3GY1 A;  3KZS A;  3BXW A;  4HA3 A;  2JAL A;  2A79 A;  3EA2 A;  1FWD C;  4CGT A;  2LTR A;  2NUE A;  1M2V B;  4US6 A;  3GVG A;  2V68 A;  3IVS A;  1AA1 B;  3AOF A;  4M63 A;  3FSU A;  1CCW B;  4L6R A;  1RJP A;  4N6C A;  1N55 A;  1BQC A;  5J04 A;  3NG1 A;  3OLG A;  4UB9 A;  4E0C A;  3N2M A;  4DUX A;  4GYT A;  3AJM A;  4JIQ A;  4E18 A;  3CIV A;  1RP9 A;  4J3W A;  5C71 A;  2J47 A;  1VH7 A;  4EP8 C;  2KK1 A;  2YFN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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