5A6AA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with ngt
Total Genus 248
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
248
sequence length
622
structure length
620
Chain Sequence
TGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYAKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 248
structure length 620
sequence length 622
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6aA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6aA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6aA01
3W53A 1HKJA 3UG4A 1QI5A 2FGLA 1BYDA 4GZIA 1H5VA 1YHTA 3VUPA 1UWSA 2W67A 1CLVA 3BAWA 3OLGA 2UY4A 5A1AA 2XIBA 1OSEA 3OZPA 2YJQA 4D6HA 1C91A 1U30A 1UD3A 2WVSA 1XV8A 2PF0A 1WDQA 3OLDA 1NP2A 4OBRA 4CN6A 5BCAA 1HNYA 2F8QA 5IXEA 3VGDA 2VZVA 1EH9A 1B0IA 5A6BD 2F61A 3N12A 2YLAA 2J62A 1Q6FA 2BHZA 2GK1B 2E8ZA 1QI0A 1DEDA 3WF0A 2WBKA 3NCOA 3DYOA 4JFVA 4TUFA 1KR1A 1UKPA 3VGGA 4FLSA 1HKIA 1W3HA 4EAMA 1Q6DA 2RGLA 2QV4A 3WBAA 4AWEA 4B9ZA 1CGVA 3WD3A 2WMIA 3GH7A 2BVTA 5LYRA 3SCQA 1QBBA 2OSWA 4AD2A 2CKRA 3CZGA 4Z2KA 1UH2A 1WPCA 2J74A 1W1VA 1E6XM 4BQ2A 4M1RA 1W9XA 2WPGA 1JD7A 3LPOA 2ZWYA 1ISZA 2A3BA 5A3HA 3CTTA 3LPGA 4J3WA 2VVSA 4CUCA 4J3VA 3WNMA 1CXIA 2V3DA 3VIGA 1Q6CA 2BVDA 3EBVA 1BPLB 3APGA 2QF8A 3AICA 4HOXA 2BV9A 1OIMA 5BRPA 1QBAA 5CGTA 1K9FA 2ZXDA 3WH7A 1W9VA 3S2CA 4AW7A 3AMDA 3AQUA 3HJEA 1CWYA 2J7HA 1D7FA 1E6SM 2G8ZA 2ZOXA 3WF1A 1CIUA 1GZJA 1ZS2A 1V08A 5GNZA 2JALA 1SYTA 2IXUA 2EPMX 1UD2A 4PEEA 4CGTA 1VJSA 2J77A 3LMYA 2WVUA 1MWOA 2DT3A 1VF8A 1UA7A 3QR3A 1DTUA 1GQJA 2XUCA 3EMQA 1E5NA 3GXIA 2YIHA 2GDUA 4MB3A 2ZXQA 4UOQA 3CGTA 3EDDA 1JZ4A 2WKLA 1O6IA 2CYGA 4JZ5A 1JIBA 4X0VA 2ZX9A 3PZUA 3WUBA 3WH6A 1BAGA 2WVTA 1EHNA 3A3HA 4WKAA 3W81A 3PZ9A 2DH3A 5CLTA 1CXEA 4NRSA 2XHYA 3AS2A 4AZCA 3ARQA 4PCSA 1B3XA 1LJYA 2YDRA 2PBOA 3N13A 1H3GA 4BQ5A 7A3HA 4HPHA 3FW6A 1J0ZA 1JD9A 1OD8A 1W1YA 4H2CA 4CD4A 3PN8A 1XH0A 3ZJKA 4UFMA 3VMOA 2J79A 2VNCA 4M24A 1EOKA 3ZM8A 4W7WA 4B16A 1HJSA 3PTMA 1V3LA 4HMEA 3THCA 3VILA 1SFSA 2X2YA 3WD2A 3JUGA 4P8XA 1LG1A 4TVUA 3AMCA 3BSGA 3QOKA 5A6MA 2J7CA 4PMQA 2OYMA 5JBEA 1ISXA 3NIYA 1PJ9A 3AXIA 1C8XA 4DUVA 3NSNA 3IANA 1BVNP 3WL1A 1B1YA 1MW2A 4Z2GA 2WWDA 4TOQA 1V3HA 3CMGA 1E6RA 5I3DA 2WHLA 3KL5A 3N11A 4QCEA 3ZJ7A 4HOWA 1LWJA 1OT2A 3CUHA 3RJYA 2V3FA 3MUZ1 1EQCA 2Y8KA 4U2ZA 1VIWA 3OGSA 3CUIA 1KGWA 5LA1A 2JEPA 1BG9A 1QHPA 1WAWA 4GZEA 1NM9A 4M82A 1NOWA 1XH1A 5EBAA 1GNXA 4AD1A 2NSXA 1E1EA 4MDOA 4UCFA 3UERA 4JCLA 1MW0A 1J0HA 1IV8A 3SCSA 1VFFA 1C3FA 1ITXA 1JG9A 1E3ZA 4W87A 1UR0A 4DWSD 5A2BA 1JNEA 2UY5A 4P8VA 4P8UA 2VCAA 3AHVA 2J7FA 5I23A 3FAWA 1GQIA 4C7FA 2DPEA 4MJ2A 2UWFA 1V3IA 1HKMA 4IPLA 2NW0A 3UR7A 2ZIDA 1SR0A 1UG6A 1E70M 1UWRA 1WDRA 1ISWA 5CGMA 4HOZA 5A6KA 3GM8A 2CIPA 3VGBA 4JL2A 3RPMA 2VJXA 3WY1A 3WQWA 1B30A 2QMKA 2V38A 1CGTA 4U3CA 4EANA 2JE8A 5IFPA 1XCXA 1W1PA 4Z2LA 2YL6A 2VRQA 1TFVA 3WDIA 1V0MA 1DWAM 3MUIA 4GO8A 3A6OA 2WHMA 1JFHA 1HL9A 4BA0A 2Y5EA 3UETA 3BAIA 2CBIA 4MDPA 2D1ZA 4P7OA 3WD0A 5JUVA 1HN1A 5FL1A 1HIZA 1KFWA 1US3A 4PMXA 3ARTA 3AYSA 3SCUA 5HNNA 1DWJM 4PMZA 2CHOA 1CYGA 1E40A 1KCKA 1E3XA 2FH6A 5HXMA 1JZ7A 2JIEA 2CHNA 5M5DA 3U5UA 3L4TA 1WP6A 4XV0A 1WCGA 3AZSA 2W92A 5TD4A 5M03A 1G9HA 1OT1A 2OYLA 3ZR6A 3BC9A 4BQ3A 1L8NA 2Y8VA 1M03A 3PBGA 2XFYA 1PIGA 4YN5A 3IJ8A 1LL4A 3NJ3A 1DWHM 4ML4A 1TVPA 3IK2A 1ZBVA 4PRWA 5ABFB 1WO2A 4AIOA 3WELA 1HP4A 5I77A 1CGWA 3W29A 4PMUA 1XYZA 2VX6A 4B3LA 4V28A 3T0DA 2WBGA 3AXHA 1ECEA 3WDQA 1HJVA 2CITA 4WSJA 1E1FA 2W5FA 1C8YA 2VX7A 2WWCA 1GOKA 5A6JA 1PBGA 4D6JA 5JBDA 3AMLA 1FHLA 2OSYA 3RM8A 1OB0A 3CMJA 3AROA 2VO5A 4FLRA 3WUEA 1W9UA 3G6MA 3WSUA 4TTUA 1US2A 2WLYA 1CEOA 1DWFM 2G4FA 1HL8A 5IHRA 2ZUWA 3SUVA 2ZICA 2JF6A 3EDEA 1RPKA 4RE3A 3WMSA 1OGBA 5DT7A 5CXPA 4PN2A 2EJ1A 4XUYA 4AISA 3CUGA 3FAXA 3BLPX 1E6NA 1LLOA 1R8LA 2X0YA 1L0PA 7CGTA 4XB3A 4PTVA 5CSYA 4H7VA 3DECA 4XZBA 4CCDA 1HJUA 2XVKA 3ARSA 4OZOA 3VD3A 5D9OA 1E0VA 1W32A 3K46A 2J75A 2JF7A 4GIAA 2ZXAA 1G0CA 1EO5A 1XC6A 1E9LA 4HZ6A 3BAXA 2QPUA 3RDKA 3SURA 3VMNA 3VGEA 5I5RA 2EPOA 2BY1A 4ZENA 4PMDA 2E40A 1KBBA 1H1NA 1F4HA 2D3NA 4UNIA 4R5EA 2V5DA 3F5JA 3VIFA 5HBFA 2BFGA 1BYBA 1O7AA 1V0NA 3A47A 3IJ9A 4JKMA 1V6UA 4PMYA 4W93A 4UOJA 1E56A 2XYLA 3WEOA 1LL6A 3AZRA 5A6LA 1KXTA 4AZ7A 3THDA 4B9YA 1WDPA 5I2UA 2WZIA 2WVVA 5CG0A 3GDBA 5IDIA 3KZSA 4W84A 3M46A 5LA0A 2GK1A 1IT0A 1PZ3A 1E0XA 2XTKA 1E6QM 1BYCA 3B9DA 4QAWA 3BGAA 1EHAA 1JXJA 5A6SA 3ARRA 3MMWA 2DSWA 2VUYA 1GOIA 5HPCA 1VBUA 4HMDA 2O9RA 1EIBA 3VIHA 5E0FA 1KBKA 4CN1A 4XZWA 4CU6A 3GBDA 2WAGA 4W89A 3DYMA 3OA5A 1CGUA 5E09A 4MB4A 4LYQA 1GORA 2J25A 3PTQA 5GQBA 2Z1SA 1KQZA 2D0GA 1E71M 2YBTA 3VIIA 1KXQA 2Z1KA 2WC4A 4MB5A 1N82A 4JFSA 3WDPP 1UA3A 3WNKA 2FDMA 3L2MA 4AD4A 1NP0A 3VIKA 3OIHA 4TVDA 5D9MA 2EEXA 1ITCA 1OGGA 3FY1A 2DSVA 2UY3A 4X0NA 1UH3A 4J3SA 4PUEA 1S46A 1MW1A 1V0KA 5ABGA 2WVVB 3QGVA 4ZE5A 3N18A 3NSMA 5C8BB 3ARVA 1E4IA 2DIJA 1NQ6A 2XSAA 3VIMA 3OGRA 3NUKA 4HZ7A 1UZ4A 4MNLA 2IXVA 1UD4A 3WQ5A 5CQ1A 4H41A 1R7AA 3CUFA 4PTMA 4W7VA 4J7RA 4M81A 3WQ6A 3SCOA 2EXOA 3BSHA 2WZEA 3PZNA 2ZUUA 3I3EA 3WFZA 4F79A 2A3CA 1TE1A 3EDFA 3A4AA 2QLYA 1HXJA 2F2HA 1KXVA 1FH7A 3POCA 4CVWA 1VFOA 2BHUA 3GXMA 1RP8A 3CH9A 1BF2A 5CZKA 4L4PA 3T2PA 5GNXA 4A3YA 5F7UA 3UG5A 4JIEA 2NT1A 1QNOA 1WNOA 3BH4A 4PTWA 1E73M 4U3AA 2DEPA 4R27A 4J3TA 5DT5A 3ZJ8A 2WNWA 4UFIA 3MSGA 3VPLA 1GQLA 3GYCA 4Z2JA 4HZ8A 1TCMA 3AIVA 4PUDA 3A4WA 2PB1A 4WK9A 3BAKA 4Q22A 1XCWA 3CZEA 2ZX7A 1YQ2A 2PBGA 1VAHA 4UR9A 1JYWA 3CHDA 2YA0A 3SCVA 3NDZA 3WDJA 4GZJA 2W66A 1QPKA 4U31A 4TTGA 4N42A 4OIFA 4AD5A 4NRRA 3LPFA 3WNNA 2WC3A 3FHAA 1BGAA 3TTOA 1BLIA 2OSXA 1QHOA 3WIJA 4W8AA 4D1IA 8A3HA 1HP5A 1E15A 2X05A 2IUZA 2A3HA 4OBSA 5GNYA 2V3EA 3RILA 4BF7A 3VO0A 2DGAA 3BCFA 2VT0A 4AIUA 2J78A 2QPSA 3SCTA 5FKYA 5FOOA 2QHAA 4LQ1A 2VRKA 4GPNA 3IAQA 2X09A 4KRTA 1GW1A 4PCTA 1UR1A 1FP9A 4MAZA 4D71A 1MFUA 1Q4NX 1FH8A 2ZX6A 2FHCA 2O9OA 4F66A 1C93A 3ZT5A 3CHEA 4AZBA 4WJXA 4LX4A 1JZ2A 5A94A 1UR2A 1V3JA 1AMYA 1V02E 2XGIA 1JI2A 3MS8A 4L4OA 4BCEA 2VOTA 1CTNA 1BHGA 3WQ4A 4QP0A 2VRJA 1UR4A 5E6YA 4ATDA 1H11A 2G3JA 3BMVA 1VEOA 4ACYA 4D6IA 5GPRA 1GOWA 3N04A 1BG4A 4KGLA 4UFJA 3AFBA 2CNCA 1GHRA 3EYPA 1HT6A 1IZKA 1UR8A 1R87A 3AS1A 1FHDA 1NWSA 2DQXA 4MPKA 3VD4A 1H09A 1W91A 4UQCA 4PMOA 1NOUA 3OZOA 3D5HA 3EDKA 1W3LA 4KGJA 4E8CA 2ZUMA 5M3WA 3RO8A 3K8KA 4B15A 4D6DA 5KEZA 2Q8XA 2JEQA 4A3HA 1FH9A 4CU8A 1EDQA 2BY2A 3QHMA 2VVNA 8CGTA 4D6EA 3L4WA 3VOCA 2WC7A 1UKQA 5E0CA 4WLCA 3VX1A 4B3KA 2WMKA 3VU2A 2WM0A 2VI0A 2V3GA 3VDAA 2FH8A 1TVNA 1CENA 3AYRA 4AZ5A 1SMDA 4Q7NA 2YA1A 1LL7A 5A69A 1X6LA 3U7BA 1J12A 2O9PA 3AMGA 1G5AA 5A6AA 4U33A 1OINA 1VEMA 3CZ8A 2JFEX 4ZFMA 1M53A 3ALFA 4JFUA 3TP4A 3WDRA 3AXXA 1DWGM 4AD0A 1LWHA 3CIVA 1BYAA 1ZU8A 2Y4SA 3VD5A 1XRVA 3VDCA 1R7OA 4JKLA 4PMNA 3U57A 4DM1A 1V6XA 3CPUA 1C7SA 1HJXA 1R86A 1EGZA 1JL8A 3W25A 5CLWA 3VIPA 2AOSA 4JL1A 4CU7A 2G3NA 2XM2A 5ABFA 2VL4A 3E1F1 3VKKA 2YOCA 2FHFA 5AC5A 2D22A 1QW8A 3WH5A 2PC8A 3OBAA 4PBGA 4P7NA 4DWSB 1E43A 3VD9A 2XJ7A 3KL0A 5D9PA 3CUJA 1E0WA 3RJXA 3KE0A 1OWQA 1FFQA 1DHKA 2GUYA 3D3AA 1KB3A 5HPOA 1QNSA 5E70A 2G3MA 1B3VA 4WF7A 2E0PA 1V0LA 1GJUA 4GO9A 1PZ2A 1C92A 4Y7EA 2W63A 5EFFA 1PX4A 2YL5A 4DUWA 5HDRA 3L4YA 3SUSA 5A8PA 1W1TA 2BS9A 4UZSA 1JYNA 3ZSSA 3CZJA 4BZYA 3GZAA 2YLLA 4QFUA 2VR5A 3SUWA 4IPNB 2YDQA 1CZ1A 4XX6A 1TG7A 2ZUTA 4URIA 5EFDA 3ALGA 3GTNA 3K4AA 1FP8A 1VEPA 1UQZA 2XWDA 4MNKA 3SUTA 3WEMA 4AZGA 1CXLA 3BLKA 5DF0A 3K1DA 1NARA 3I3BA 3VGHA 3PZGA 4JHZA 3S6TA 1XSIA 1HX0A 3VVGA 1VENA 1Y7VA 1KGXA 3O9NA 4V2XA 5FD0A 3LPPA 4D6CA 3BMWA 1PX3A 3I3DA 1VFMA 3EDJA 1EA9C 1QI4A 4HTYA 4ZEPA 2X8RA 1H2JA 1CECA 2ZE0A 1HVQA 2CEQA 4A4AA 3BAYA 1JAEA 2OYKA 3CZKA 4M29A 3OLEA 5CPTA 2DT2A 1VBRA 2XPKA 3ARPA 2B31A 3RM4A 1XGZA 3EMZA 3AHZA 2PI6A 3BCDA 1UWUA 1AQHA 2VZSA 3ZIZA 4AIEA 2O9TA 4WKFA 1W2VA 5ABHA 5BXRA 2J7EA 1E6ZA 4CCCA 1XSJA 5DO8A 4PSRA 5BXTA 2YKKA 1CXKA 3AHYA 3NYDA 1BSIA 4NZCA 4AEFA 4FLQA 1U33A 2EPLX 1WDSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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