5A6AA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with ngt
Total Genus 248
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
248
sequence length
622
structure length
620
Chain Sequence
TGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYAKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 248
structure length 620
sequence length 622
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6aA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6aA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6aA01
1HJUA 4CCDA 5EFFA 2C7FA 2ESCA 5CPTA 3GXDA 5KEZA 3O6AA 1NH6A 2XFYA 5D8ZA 3OIHA 1HP4A 1XH0A 1H3GA 2FDMA 3T0AA 1C7TA 2UY3A 2YBTA 3VD3A 1TE1A 2OWXA 1OM0A 2QV4A 2WMIA 3CUJA 2XM1A 4PCTA 1DWGM 2J74A 1TFVA 3PHAA 2XUCA 1A3HA 1UH4A 2W5FA 4H7VA 4JCMA 3AMDA 2X0YA 1UKTA 4AC1X 7CGTA 5ABHA 3EDEA 3QHOA 3FY1A 3WEMA 3RM8A 1NWUA 1CGUA 1L0PA 1MXDA 1UR4A 4CD4A 3HU7A 4Y7EA 5A8NA 3VM5A 2VR4A 2O9OA 1KXTA 1WPCA 4HOXA 1U30A 5A6MA 1M04A 3CPUA 1J11A 1SYTA 1OIMA 2YDQA 5BRPA 2J47A 2QMJA 1QHOA 3WBEA 3UEQA 3OLGA 3L4TA 3ZT6A 2JIEA 5BXSA 3WUGA 3T09A 3CTTA 1FP9A 3VPLA 2PWGA 3OZPA 4CD7A 2CHNA 2ZUTA 4GZIA 5E0FA 2BY2A 4X9YA 3F5KA 3AQUA 4Q7NA 1JF6A 1XGZA 3SCUA 1CDGA 1CGVA 2BXYA 3W26A 1GOKA 4W5UA 3AMKA 3WDRA 5LA2A 1QHPA 1ZBWA 2JEPA 5FOOA 4PRWA 4PCSA 3ZOAA 3SCPA 2ZX9A 2CNCA 1PPIA 1B2YA 1G0CA 1QBBA 4MPKA 2J7HA 2XPKA 2J7CA 3WQ5A 4PYSA 3FNDA 5BYWA 2ZOXA 3WH6A 2XVKA 1G01A 2DPEA 3VINA 1B31A 2FHCA 1W9VA 4LYRA 4U31A 4P8WA 3GXMA 2XG9A 3THDA 4WKFA 1VBUA 3SCNA 1LL6A 3AHYA 4P7NA 1V03A 3NDYA 3GNOA 1V0KA 2RGMA 1UZ4A 4ZFMA 4CN6A 2W91A 1VJZA 1JZ5A 5ECUA 3AHXA 4AD0A 1CXLA 3B9AA 4ATLA 1QPKA 3BMWA 2QLYA 3VDCA 1CGWA 1KWKA 1GPFA 3HMCA 1XD0A 4PEEA 1E15A 1C92A 3QOKA 1VB9A 4JKKA 3PZTA 3IAPA 2ZICA 3VO0A 1MXGA 3CHCA 4BZYA 4RE2A 2YIHA 1QI3A 2A3BA 3ARUA 1H1NA 1B90A 1KXQA 2DQXA 1BPLB 4HA3A 2ZIDA 1JZ7A 1MW3A 1H0GA 4GXPA 4ATWA 2E9LA 3OGVA 1QNQA 1TZ7A 3ARXA 5I23A 1OGGA 3THCA 1GQKA 4Z2IA 4CCCA 1TA3B 2J77A 1G9HA 5IFPA 1HJQA 1J0JA 1C3FA 1MW1A 3T2PA 5A94A 2GVYA 3AROA 3NUKA 3MV01 1M01A 1UKSA 2CXGA 4H41A 1UWQA 3GXIA 1C90A 4F9JA 1W1PA 2W4XA 1Q6DA 4BA0A 1H11A 2CPUA 3AIRA 1KXHA 3TTSA 1GQLA 1WNOA 1E70M 2Y5EA 5A6BD 2ZUSA 1UKQA 2J79A 2V3DA 3CH9A 4D6EA 5ABFB 2G3IA 1GOQA 2VX5A 1X6LA 2WWCA 1AVAA 4W86A 1W1TA 4HA1A 4PMZA 5GNXA 1ISXA 1HVQA 2DH2A 2VQUA 2PB1A 3ZJ8A 3WNLA 4ACZB 2X09A 4BS0A 4LGXA 5KZ6A 3OB8A 3DYOA 1TA3A 3W24A 1JDDA 1FH9A 4D6FA 4GO9A 4QLJA 3CO4A 1UD6A 3QR3A 2VZTA 3NCOA 5BRQA 1H41A 1BF2A 3JUGA 2CERA 1GNXA 1KFWA 1H0IA 2DH3A 4DUXA 1VJSA 1W3JA 1ECEA 5CGMA 1E0WA 1JFHA 2V5CA 2WCAA 5I78A 2QMKA 2VCAA 4EANA 1V6UA 5DEZA 3UR7A 1YHTA 4B3LA 1JZ2A 3ALGA 4W8AA 4Z2HA 4V2XA 1QNRA 5DT5A 3APGA 1E72M 2OWWA 2JALA 4A4AA 4ZEPA 5ABFA 3VVGA 3FAXA 2OYMA 1UWIA 2ZX6A 1V6YA 2YDRA 2HISA 5A2BA 1BTCA 5I3DA 4PMDA 1J0KA 1CBGA 3HN3A 1KR0A 4ACZA 5I0DA 3S2CA 4W87A 4DUWA 1GHRA 4W84A 3T0DA 4GZEA 5IHSA 2E8YA 3K8KA 1NWTA 2DSZA 3W82A 2WBGA 2ZUWA 4D6CA 4MB3A 4CKQA 1QHZA 4UFKA 2PBGA 1KWGA 1QBAA 1W32A 5E0CA 1GVYA 2XFRA 4D6JA 4OKDA 2DSWA 1JI2A 1D3CA 6CGTA 2XVGA 3CZ8A 4B16A 3IAQA 1QI4A 1JNDA 2WYSA 8A3HA 3GNRA 2YA1A 2XJ7A 2FH6A 2WZIA 3BAXA 3VIHA 3HJEA 4QDMA 5E6YA 3K8MA 5BXRA 1VFFA 4A3YA 4AYSA 1TUXA 3ECQA 2VOTA 2QPSA 3AZSA 5AY7A 1ISYA 4P7RA 2DT2A 2VCCA 4EAMA 1TVPA 5CGTA 1XD1A 4M80A 1BHGA 2JEQA 1KQYA 3T0BA 1DWJM 3ARTA 3VOCA 3WQ8A 3U57A 4GQRA 2G3MA 3FW6A 2WMGA 1KR1A 4U5IA 1KGWA 3AHVA 1VBRA 1OT1A 4MDPA 1JGIA 3WF3A 4UNIA 4AW7A 1MFUA 1KGXA 4UQBA 4YN5A 3U7VA 1JYNA 1W9BM 1XSKA 4H2CA 2XHYA 2A3EA 1B3XA 4MAZA 4P8VA 1V3IA 1QI0A 2WC3A 2V5DA 2ZUUA 1JAKA 4AMCA 1UWUA 3ZM8A 3DYMA 4F66A 2F8QA 3CLWA 3VX1A 4OJYA 1GQJA 4QAWA 1J18A 1XH2A 4J3TA 1EA9C 1E55A 2YLAA 1GJWA 1ZU8A 4WF7A 4OZOA 1SMDA 4D1JA 4FF5A 3AZRA 1ISVA 3MU7A 1CNVA 1FOBA 4IISA 5JIWA 3BAJA 2VI0A 1CYGA 4TTUA 3L4VA 2CCRA 4Z2KA 2E8ZA 2BFGA 3SIMA 4WSKA 2FGLA 1VEPA 4M56A 5LYRA 1EDTA 1V08A 5EMYA 4JIEA 1VEMA 3BGAA 3MMDA 4CD5A 3ZT7A 6TAAA 4DUVA 2F61A 1GVIA 3ARSA 1VFOA 3U7BA 2Y2WA 2A3AA 1KBBA 3U5UA 4LYQA 4GINA 2F2HA 4S3KA 4F9DA 2AOSA 2V3FA 3RILA 3W38A 3W81A 2GJXB 1HL8A 3KL5A 4IM4A 2HVMA 2ZXDA 2O9PA 2WW5A 5FD0A 3CHFA 2Z1KA 2NSXA 4ACYA 4Z2GA 4AD2A 1QW9A 5AYBA 3F5LA 5TD4A 2JF7A 5BXTA 2WVVB 3WMCA 3VD5A 4WK9A 5DFAA 1JYXA 4UFHA 1IZJA 1SMAA 1OBAA 4GIAA 4PSPA 3CGTA 2DSKA 1D2KA 1VIWA 4BCEA 3AMCA 1DWHM 1V6WA 1PX8A 4XV0A 3RO8A 1R7OA 3CMGA 1E43A 2W63A 1NP0A 2W66A 5E9AA 3WDJA 1UQYA 5DF0A 2C8NA 2E40A 4JFTA 1D7FA 3L4XA 1GONA 1W9XA 1J0HA 3KWXA 4MADA 4BQ5A 2WPGA 1J9YA 2WCSA 1RPKA 4NRRA 3WD2A 1E56A 2GJXA 1OD8A 1E4LA 3CZJA 4TVUA 3ZJKA 1MQPA 1PX4A 2WLZA 3I3EA 5JBDA 1IV8A 2AAAA 1CGYA 1I1WA 3D3AA 2W62A 2G41A 2WVVA 3QHNA 3CZGA 3RM9A 2VZOA 3QOMA 4Z2LA 1PJ9A 3OBAA 2DSUA 1CLVA 4M82A 1CXEA 2VNCA 2D1ZA 5HBFA 2E3ZA 1CXFA 3BAYA 2QHAA 4J3SA 3WKZA 3W0KA 4QFUA 3N12A 5D9NA 2PWFA 4E8DA 3MUAA 2EEXA 3N13A 5I2UA 3AYRA 1E0VA 4LX4A 4WKHA 4U33A 5D8WA 3OG2A 3WBAA 1J0ZA 1E6XM 2VRQA 1XYZA 3MSGA 4B15A 2MANA 2WC7A 1Q6FA 2CEQA 3ARYA 1BSIA 4JAWA 4DM2A 4D6IA 3BSHA 2D0FA 5M5DA 1PIGA 3W53A 3WDHA 1W9UA 3K8LA 2XVLA 2J8GA 2BVTA 1JZ8A 4MTVA 1JYWA 4PTVA 1HXJA 3VD9A 2DT3A 3ZSTA 3GBEA 3TTYA 3VX0A 2PWHA 3B9DA 4MNJA 3BLPX 3GZAA 4OOZA 1C7SA 2GDVA 4LPCA 4HZ7A 5HPCA 5A8OA 1GJUA 1OSEA 1HN1A 3WD1A 3W29A 3VDHA 1PZ3A 4PMOA 3VIPA 1OCQA 3AMLA 1H49A 2CKSA 2YA2A 5CSUA 1DP0A 1KCLA 2CHOA 1CTNA 3WH8A 4PTMA 1LQ0A 1OWQA 4DWSB 1C93A 2V3GA 1LL7A 1C91A 2D24A 4GZJA 5M03A 3WDQA 1W9PA 1CXHA 3ZJ7A 4GI6A 3G6MA 4K68A 4URIA 1YQ2A 1BYBA 3PBGA 3WFZA 4CCEA 1GHSA 3BH4A 3CIVA 4AZBA 3ZR6A 4FLRA 1H4PA 3PZ9A 4W85A 1B9ZA 1VRXA 1E1FA 1TG7A 1V3JA 3VDBA 2EBNA 2J7DA 1JFXA 1V6XA 2XIBA 1UR2A 2FHBA 1MFVA 1RD6A 2J62A 1Q4NX 2WAGA 4UR9A 4WSJA 2WCGA 1OGSA 2FGZA 5M3WA 2D23A 3ZT5A 1GQIA 3GYCA 5IHRA 3MANA 1M53A 1CLXA 1EHNA 3N17A 2VZUA 2D22A 3I3DA 1AMYA 4MJ2A 3WF2A 5C70A 1VF8A 1K9FA 1W2VA 2ZWZA 1PIFA 2IXUA 3WD4A 3K4AA 1V3MA 2WK2A 3EDFA 1LG2A 4JL2A 4H8VA 3VIFA 2X1IA 2J7BA 3MUZ1 2NT0A 2VX7A 3BLKA 1NOWA 1FA2A 2BY3A 2ZX7A 2XFFA 4AZ5A 2XSBA 1OIFA 3B9EA 3OA5A 1PX3A 5A6BA 2BV9A 1R85A 4TTGA 3BCDA 3CUIA 1UZ1A 1QW8A 1UR9A 2O9TA 2YOCA 2DEPA 1WZLA 3CBWA 5A6KA 2BHZA 3LPFA 3VMOA 4KMQA 4DWSD 1BVZA 2J7FA 1JZ4A 3TOPA 4B9ZA 3ZIZA 1PAMA 4PMQA 1LJYA 1Q6EA 3A4AA 3VD4A 1M03A 2JIWA 4HPGA 1E6RA 4OOUA 1U33A 4EKJA 3IANA 3OZOA 4AD3A 3MS8A 5EBAA 5HOSA 1AQHA 1WDPA 1ISZA 1EXPA 1ZJBA 1W9DM 2WLYA 4KWUA 1F4AA 2WM0A 4UFMA 3VNYA 2WMJA 3BAIA 1MQQA 1E4NA 2X2YA 4U2YA 5GQBA 4DWSC 1WB0A 3WDIA 4NF7A 1JDAA 1ZL1A 1CGXA 4HMEA 3BAKA 4WIWA 1EH9A 4CVUA 1WZMA 2J25A 3K46A 1UD4A 4CU6A 2YKKA 3GM8A 5A2AA 1EOMA 2VR5A 3SCWA 1J0YA 3WSUA 4TVDA 4HU8A 3WDPP 3PZMA 4LYPA 1CEOA 3KL0A 3SCSA 1QNPA 5HPOA 2PWEA 1UH2A 1J12A 1UH3A 2EJ1A 1W91A 4J3VA 2XM2A 2C0HA 4P7OA 1KXVA 3CZKA 1JXJA 4L4PA 3WQ4A 5IFTA 3SCTA 1RP9A 3N18A 3WF4A 3ALFA 1HJVA 1XSIA 1VEOA 2UY4A 1UA7A 1E71M 5C8BB 1NWSA 5HNNA 2PF0A 4ATDA 2NW0A 5E70A 4D6DA 4BF7A 4D1IA 4W7VA 1B3YA 1NP2A 3FAWA 1LL4A 2WVSA 1DEDA 1FH7A 1P6WA 3WNPA 5ABEA 1E3XA 2PBOA 3AXHA 4YPJA 2DSVA 1WDSA 4ZXLA 1JI1A 3EYPA 2NT1A 4TX8A 1R8LA 3SEPA 3EDDA 3POHA 2ZE0A 3SCRA 1LG1A 3ARWA 3PTMA 4HP5A 2J8FA 3SUTA 2G4FA 4V28A 2CESA 1C8QA 2JE8A 2BVDA 1FHLA 4MNMA 3AJ7A 1EQPA 1HL9A 4UQCA 4XX6A 5E09A 5GNZA 5CZKA 5AYIA 2BS9A 1JXKA 2ZWYA 4FMVA 3L2LA 5LA0A 1UR1A 4RE3A 5CJ5A 1E6PA 3VGHA 4YHGA 2DIJA 2VVSA 3WQWA 5BWFA 3TP4A 2JF6A 4UZSA 2OYKA 3L4ZA 3A4XA 3GH4A 4FK9A 3NSXA 3AFBA 3NJ3A 2G3NA 1JL8A 3CZEA 2ZUVA 5DO8A 2GK1B 1XC6A 2WHLA 4EE9A 3GNPA 2XVPA 2IXVA 4HMCA 4MAVA 2YJQA 1UD8A 4ZENA 1R86A 3VD7A 2E9BA 1B30A 4GI9A 1K9TA 1W1YA 3BAWA 2WXDM 2YL5A 3N15A 1EIBA 1Z32X 4GKLA 3RCNA 4TX6A 3TA9A 1V02A 5AC4A 5A8PA 4XZWA 2WKGA 4HA4A 3W37A 4UFIA 3IJ8A 2XYLA 3E1F1 2YA0A 1K6AA 3OLEA 4OBSA 4P8UA 3T2QA 1UWSA 1E1EA 3VGEA 2G8ZA 1CGTA 4PMYA 3DHUA 4BQ2A 4P8XA 4TUFA 3VMNA 1CXKA 3MMUA 3VIMA 1WE5A 1TVNA 1BYAA 3F4VA 2CBVA 3NSMA 3L4YA 1W2PA 4IPNB 5CPSA 1DTUA 3VNZA 6A3HA 4AZGA 1UD2A 1M7XA 2GK1A 3K1DA 1R7AA 1UKOA 2YL9A 5I24A 4XZBA 2XGIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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