5A6BA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 257
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
257
sequence length
627
structure length
612
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 257
structure length 612
sequence length 627
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bA01
4MAZA 4AD0A 2CKSA 1V0LA 3AIUA 2CNCA 2ZXDA 3OIHA 1R7AA 1HVXA 4PUDA 5E09A 4JKKA 5A6BD 2YBUA 4OBSA 2YL5A 4P7LA 3LPPA 2WANA 3A3HA 1D3CA 1HKJA 4NF7A 4B9YA 3VM7A 4GO9A 3VD5A 3M07A 5DF0A 1JAKA 2WZHA 1KBBA 3GNOA 3OZPA 3T2PA 4FMVA 3IJ7A 1FOBA 1C8QA 1JZ7A 3DHPA 3WD4A 3NCOA 1BHGA 1UD6A 1EXPA 3RJXA 3B8SA 4AZ6A 4MNJA 2DSVA 2PWDA 4J3WA 5A95A 3F4VA 1E4IA 4EE9A 1QI5A 2J7BA 3WQ4A 4S3JA 4U2ZA 3PZMA 4QP0A 4AZ5A 1KQYA 3AZSA 4M80A 1WDPA 5FOOA 1GNXA 1W2PA 4HTYA 4U5KA 4DM2A 4QLLA 2ZIDA 1EDQA 2G41A 3SCVA 2XWEA 4CUCA 1CIUA 1JNEA 2XM1A 3L4WA 3ZSSA 4KRUA 4P8WA 1F4AA 2A3HA 1EQCA 2XYLA 3W27A 1VEOA 1B3WA 2GSJA 3UESA 4W89A 2O9TA 4PSRA 3POHA 2XTKA 5BRPA 3SCQA 5IHSA 1HXJA 5I78A 1MW1A 3VIJA 3IJ9A 5JBEA 4HA3A 2UWFA 3VILA 4IPLA 1WKYA 2VJXA 3M46A 4BF7A 2J79A 3ZT5A 2Y8KA 4W5UA 5HPCA 1K9TA 3RPMA 3APGA 3WBEA 5A8NA 1DWAM 2D1ZA 1OGSA 1V02E 1V08A 5A6MA 2PBOA 3NYDA 1YQ2A 2GJPA 4PCTA 2VL4A 4CU6A 3NSXA 1KQZA 1BSIA 3AMCA 4EANA 3T08A 1CYGA 1HKIA 3VIIA 1PIFA 1J0ZA 4NRRA 4GI9A 2Q8XA 3O9NA 2GFTA 2Z1SA 1Q6EA 1V6YA 3POCA 4GI8A 4PMXA 1W3HA 3U5UA 3VGGA 3L4VA 3VNZA 1LQ0A 4TOQA 4FLSA 3AI0A 1XH0A 3CUHA 1RP8A 1G1YA 2VZTA 1XCWA 5AC5A 1UKTA 3BAIA 2B31A 4Q7NA 4JFUA 1V0NA 4PTMA 1WAWA 1JXJA 2QLYA 1JNDA 1B1YA 2G4FA 4M8UA 1CXLA 3WDQA 1FHLA 1XD1A 2J75A 4UFHA 1R8LA 1TG7A 4PMRA 1W9UA 3CHFA 4CN6A 1XC6A 4E8CA 3NSMA 4CN1A 2ZUNA 2YL8A 3RDKA 1JDCA 2CIPA 2D0GA 1C7TA 3RILA 1AQMA 3CZKA 3VOCA 4Z2LA 1UR9A 3NDZA 2CPUA 1BYCA 1WPCA 5DT5A 4CD6A 2CBJA 2WPGA 4J27A 2ZWYA 4PMUA 3WMBA 4ATLA 2WBGA 3WDRA 4JIEA 1WP6A 5AY7A 3BCDA 3MMUA 3WMSA 1VBRA 2VNCA 3AMKA 4MJ2A 5I6SA 3N17A 4D6JA 2WMGA 2A3BA 4D1JA 1EO7A 4TVCA 5HOSA 1E5JA 2WWCA 5GPRA 5CXPA 3TTQA 4HMDA 5IHRA 1UD8A 3SCTA 5ABFA 1EGZA 2GK1B 1CGVA 1XV8A 3IK2A 3WH6A 1QNRA 2F61A 4AMCA 3OZOA 5E9AA 2V5DA 2E8YA 2E3ZA 1E0VA 5FD0A 3N9KA 3ZJ8A 5DO8A 3ARYA 1GQLA 3A4AA 1U33A 2RGMA 1E3XA 2D3NA 1UKSA 1BG9A 4D6HA 1QVBA 3K4AA 2PB1A 1NWSA 3IANA 2VR4A 1JYNA 3IAQA 4KH2A 4C7FA 1GONA 4OZOA 3NIYA 1W1YA 3N11A 2GUYA 4LGXA 4N0RA 4BQ3A 2XVPA 4PTWA 4PMQA 1J01A 3PZUA 3AJ7A 2QMJA 5BWFA 2EPLX 5CPTA 5BXRA 3PN8A 1ISYA 1UWTA 4HA4A 4IISA 4XUYA 4B3LA 2Y8VA 4WK9A 3VDAA 1FFQA 2ZE0A 1IZJA 2XG9A 3A4WA 3EMQA 1CGUA 3SCUA 1PX4A 2W61A 2JF7A 1MQPA 3CH9A 1V6VA 3U5YA 2ZUTA 3K46A 3I3BA 1UA3A 4CKQA 4P7OA 1CGTA 3W37A 4AD1A 1LL7A 3WDIA 3TTOA 1QI4A 4B3KA 1BGAA 4W85A 2V3FA 5A6KA 1WZAA 3BCFA 3CZEA 4XB3A 4HPHA 4V27A 2J77A 2E9LA 2IUZA 2XUCA 1UH4A 1KFWA 1BVZA 1V3JA 2DH2A 3MKKA 4MB5A 4BQ4A 3AIRA 3PBGA 1OM0A 1ZJBA 2DSZA 3VVGA 3W82A 6TAAA 2J7HA 4V28A 3VMPA 4TTGA 3VDCA 4AW7A 8CGTA 5C8BB 3AMDA 1V03A 3ARQA 3CZ8A 3KEHA 1A3HA 2D0HA 2VTFA 3BAWA 4UTFA 4OKDA 2DT1A 5AC4A 3AMLA 2VZUA 1FFRA 3OLIA 1SFSA 4AEFA 1LG1A 1A47A 2J74A 5DT7A 1OIMA 1MYRA 1PEZA 1ITCA 3WD1A 1UR8A 2VZVA 3W24A 4JL1A 4MDOA 4A4AA 1H11A 4PMVA 3VX1A 3AS3A 1C8YA 1VJZA 4XX6A 2X1IA 2CKRA 1KCKA 4W88A 3SUUA 2QHAA 2WLYA 3NUKA 3VGBA 4JHOA 3ALGA 4H7VA 5ABEA 5E6YA 2WC3A 4QFUA 3GBDA 1BYBA 2EPOA 2J78A 2ZICA 3VU2A 1X1NA 2YLLA 4JFTA 3WUFA 3VDHA 5BXSA 2WHLA 4ATDA 1V02A 3ZT7A 3PZTA 4L4OA 3VIGA 3WH5A 1GUVA 2HVMA 1B31A 3MV11 2W63A 3QHNA 1NWUA 2Y4SA 3N1AA 3KL3A 1TMQA 2ZUSA 1UR2A 3CHCA 1E4NA 3OGVA 4QDMA 1VIWA 4CD5A 3QOKA 4GQQA 3ARRA 2FHBA 2JE8A 1TZ7A 2ZX5A 4AZBA 2J25A 2XVGA 3B9EA 4H04A 1JZ6A 2PBGA 1V0MA 3MANA 2EPNA 4WSJA 1DWJM 1XSJA 2BV9A 2VC9A 4D6GA 1I75A 2YL6A 1VFFA 4UFMA 4HU0A 3WD2A 1ODZA 3AHZA 2WC4A 3ARSA 1HJWA 3CBWA 3DHUA 4HMCA 5F7UA 2WMIA 4WSKA 3F5LA 6CGTA 3DECA 2E40A 2XVLA 1WNOA 1UWUA 4KGJA 3SUWA 4UR9A 4AIEA 2OWWA 4DUVA 1JI2A 1J0YA 1V0KA 1JXKA 1N82A 3GXIA 1UUQA 1WCGA 1ZB5A 2OSYA 3AXHA 3QGVA 1X6LA 3GZAA 1DWIM 2VVSA 2ZXAA 3GNRA 3OB8A 4Z2GA 4CU8A 1BGGA 1ISXA 5BXTA 4YN5A 2GVYA 1CXEA 2WSKA 3AHVA 4ATWA 2YBTA 2ZX6A 5FKYA 4UZUA 5JUVA 2WZEA 5E6ZA 1ISWA 2D24A 2QPSA 4YPJA 1MFVA 1B3YA 4K68A 1HT6A 1W9XA 1W9BM 2WVSA 3WL0A 2J7CA 4BQ2A 5IXEA 1NWRA 3I3EA 4HOZA 1AVAA 1V3LA 4M29A 4P7NA 4RE3A 3VGEA 1V6XA 4PN2A 2OWXA 1JZ2A 3WH8A 3ZR5A 2VT0A 1BYDA 3ZJ7A 1WZKA 3AZTA 1VBUA 5A8PA 3AIBA 1UQYA 4MNKA 5CG0A 3BGAA 4GKLA 4RE2A 2EO7A 3EMCA 2V38A 3WNMA 4J3UA 3OGSA 2HISA 1RP9A 3AS1A 2J7DA 2V3EA 1DWFM 2W62A 4UQ9A 3ZJ6A 4JHZA 4ZE5A 5E0CA 1GZJA 2CBIA 1R87A 4H8UA 1K9EA 1MXGA 2QPUA 2OYMA 4ACYA 1BQCA 2CCRA 3CO4A 3HU7A 1OBAA 5FL1A 1CXFA 4ML4A 3PTMA 1H09A 3EDKA 1M01A 3VIOA 2XSBA 4H8VA 3PZVA 4P8VA 3ZT6A 2VCAA 2JIEA 4F9DA 3BAYA 3WFLA 4AISA 1BF2A 2VZOA 1B0IA 2WMJA 2WVVA 4KWUA 4FLQA 2WLZA 3T09A 1OB0A 3GTNA 3WEZA 4HPGA 2XVNA 1BAGA 2X09A 1FA2A 4ZE4A 5A2BA 3UR8A 3L4ZA 4BCEA 4UQEA 1D7FA 2BY3A 2EXOA 2X05A 1NQ6A 1W9DM 3CHDA 1E3ZA 3UG3A 1J0JA 5ECUA 3OLEA 4FF5A 3RJYA 1JL8A 4HU8A 1E6SM 1J0IA 2WW5A 1LL4A 1XH1A 1IT0A 2CESA 3BLKA 2F8QA 2XVKA 1ITXA 3EDEA 5EBAA 1W3LA 2W5FA 4TXEA 1BYAA 3LPGA 3W6LA 1UD3A 3PZ9A 5M03A 1MQRA 1FP8A 2J47A 3ARPA 3MUY1 1HJSA 3CMJA 2CITA 1O7AA 3IAPA 1OGGA 1OT1A 2BY0A 3OLDA 1K9FA 3SCPA 3QOMA 3WQWA 4CCCA 1YHTA 2FHCA 3RMEA 4U33A 4PMOA 3FN9A 2EEXA 3HJEA 1E9LA 3FW6A 5CSYA 1KXHA 4QAWA 5CQ1A 4H2CA 2NW0A 3ARXA 1ZS2A 1VFOA 1O6IA 2PWEA 1CENA 1TA3A 2CBVA 3UETA 4W84A 5DMYA 2YOCA 1QOXA 2DIJA 3WUBA 1HNYA 2JF6A 1LJYA 2FH8A 1WO2A 2WHKA 1XYFA 1D2KA 1FHDA 5EFFA 3T0AA 1KBKA 2ZOXA 4W93A 1V3IA 4OBRA 4JKLA 3W38A 3VTRA 5A6LA 1VAHA 3ARVA 4E2OA 4AZCA 5CSUA 3WSUA 4C7GA 1H49A 2D0FA 4GO8A 1W1TA 4MNLA 3MV01 3AZRA 1NP0A 3W26A 1TFVA 1Q6CA 1J0KA 2Y5EA 1V6UA 3ZIZA 4X9YA 2O9RA 3AIWA 2VOTA 1W1VA 1CXIA 2X0HA 4PCSA 1XSKA 1UQZA 2PWGA 1G5AA 3BC9A 4GXPA 2OYKA 5CGMA 1C91A 2X0YA 2XPKA 2EBNA 4AD5A 1XGZA 5CGTA 1OIFA 4MDPA 4A3HA 3FAXA 4L4PA 1CTNA 3TTSA 1BG4A 1OGBA 5JBFA 3WDPP 1OT2A 4HZ6A 1ZBVA 4QCEA 3WNNA 3AYRA 1ODUA 2GDVA 1CGWA 3WNPA 5JIWA 4Z2JA 1OCQA 4D6FA 5BROA 3VUPA 1E55A 4HZ7A 4PTVA 3TONA 3W81A 1UR1A 4MTVA 4AD4A 4AZIA 3WF0A 3AHTA 2DIEA 1HL8A 1J10A 1UHVA 3VINA 4HOWA 1KXVA 4PTXA 1BPLB 1CDGA 4HMEA 1K9DA 1WB0A 1RPKA 3BLPX 4JFVA 2DPEA 3MUIA 4W8AA 3O2LA 1G94A 1EOMA 2TAAA 3AIQA 3K1DA 2J8FA 1TE1A 4J28A 2JIWA 4D6CA 2V3DA 1B9ZA 1W2VA 3G6MA 1J12A 1E70M 2EPKX 1UWQA 5D9MA 2VCCA 4XZBA 3AFBA 3K8KA 1B90A 1QW9A 1E73M 4CD8A 5ABFB 1GVYA 2DQXA 5A2CA 2ZUMA 3J7HA 4UCFA 1UD4A 1R7OA 5JIPA 5I3DA 1QBAA 1ZBWA 4FLOA 4UFIA 6A3HA 2WCGA 1BTCA 1E6QM 1KXQA 1HX0A 1Y7VA 5FCZA 4W8LA 3PZGA 4PEEA 3L4XA 4J7RA 2CBUA 2GJXA 5KZ6A 4TUFA 2V5CA 2FHFA 3VIMA 4WKFA 1UR0A 1ZBCA 3LPFA 1DWGM 3K8MA 4DWSA 2CXGA 4Z2IA 4CGTA 3ALFA 3U57A 1LWHA 2IXVA 1RD6A 2DEPA 1W9PA 3VGHA 5FIPA 2UY4A 3RO8A 2PWFA 2WSPA 5I77A 1CWYA 4AWEA 1MVYA 2Z1KA 3LMYA 2VCBA 4KMQA 2PWHA 4UQCA 4LYPA 3AYSA 1VENA 5C70A 5E0FA 1VFMA 2A3AA 4EK7A 4EKJA 5FL0A 1ZU8A 4X0NA 1M53A 3N12A 4IM4A 5A6AA 1PX3A 1JDDA 3THCA 4H8HA 1E6RA 4J3VA 1OD0A 4R27A 3ARTA 3M6DA 1KWKA 3TP4A 1NOWA 3WN6A 3BAKA 1MXDA 2AOSA 3WQ8A 4AZGA 4JFSA 4OOUA 2WAGA 4D72A 2BXZA 1PZ3A 3VMNA 1H0IA 3EYPA 3CLWA 2AAAA 3CHEA 1MW2A 1GQKA 1E56A 4CCEA 3CUFA 3SCNA 5I5RA 3WF2A 5LA1A 2OSWA 1C3FA 3EDJA 4CCDA 4J3TA 4M82A 4PBGA 3UR7A 2OYLA 3VPLA 2YA2A 1E6NA 1GOKA 4LX4A 3VIFA 5CLTA 3CGTA 2WHMA 2WVTA 3WFZA 4AYSA 1VJSA 2D3LA 4ACZA 1K6AA 1I1XA 3CUGA 2E9BA 1AQHA 1UZ4A 2DSKA 3GYCA 1QHZA 1JDAA 3WF3A 1US2A 4U3AA 1SMDA 5A69A 3FNDA 3WY1A 3W6MA 2JEQA 2WCSA 2G3NA 3T0DA 5BYWA 5LYRA 3MMDA 2WK2A 3MMWA 5IFPA 1EDGA 2WMKA 3W4RA 4GI6A 1UH3A 2XGBA 1EIBA 4UOJA 1PX8A 1UA7A 4TX6A 2J62A 1PAMA 4N42A 2Y24A 4WIWA 2E9MA 4MPKA 3AROA 3ZMRA 1DEDA 7TAAA 3WBAA 4KGLA 4AEEA 4WF7A 4X0VA 3GXFA 1JAEA 2BHZA 3MU7A 4F9JA 3CZGA 1JFXA 3L2LA 5M3WA 3OBAA 3WUEA 1GJUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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