5A6BD

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with pugnac
Total Genus 259
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
259
sequence length
626
structure length
616
Chain Sequence
SMVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKMSIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 259
structure length 616
sequence length 626
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
D PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
D PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6bD03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6bD02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6bD01
3F4VA 3AROA 5FL1A 5BXRA 1FH9A 4ACZB 4BCEA 2VCCA 2E9LA 2CCRA 3DHUA 4X0VA 1L0PA 2F2HA 4HOXA 3GXDA 3J7HA 2X0HA 5IHSA 2Q8XA 2VNCA 2WW5A 2WZIA 3RM8A 5DEZA 3VIGA 1MFUA 1ZB5A 3M6DA 3CUFA 2BY1A 4B3LA 1EQPA 5I24A 2EPNA 3MUZ1 1UYQA 5AYIA 1HL9A 1QOXA 1K9DA 2RGLA 2G3JA 5EFDA 1M7XA 2GJXB 4TVUA 3RM4A 1WDSA 3FXYA 4HZ6A 3AXHA 4HP5A 4P8WA 3WH7A 3MMWA 2O9OA 3GH4A 4MNMA 2WB5A 4GZEA 5JBDA 2AOSA 1OM0A 1BYBA 5GNZA 2Y4SA 5JBEA 2XFYA 2XVKA 3SUWA 4PRWA 1W9BM 2WMIA 3BXWA 4GO9A 3RMEA 2BHYA 1WPCA 3UG3A 3SUTA 3THCA 1BYAA 2WHLA 1E15A 2VQTA 2ZXBA 4LXFA 4YHGA 5A6LA 1SMDA 4Q7NA 4UOZA 1BF2A 1UOKA 4TOQA 3AHYA 2V3DA 5E6ZA 5JBFA 1NWUA 3GTNA 2OSWA 3VMNA 1C8XA 5DMYA 2J25A 4R27A 3W53A 4D6JA 2VX4A 3AS3A 1LJYA 1W32A 1GNXA 3WENA 3W37A 3L4XA 3I3EA 3N18A 4UQDA 3L4TA 3W81A 2GDUA 3ZJ7A 5E0FA 1CXFA 1MW0A 2A3AA 3IK2A 4C7DA 3UCQA 2VR5A 3WF3A 4Z2JA 2JALA 4HMCA 1JI2A 3BAWA 2GJXA 4AZBA 3ZT7A 1OB0A 1MVYA 2WSKA 4W85A 5CPQA 4AD0A 1WZLA 1E1FA 1R87A 4PMOA 2ZUWA 1JYWA 1GQLA 2VZSA 3NUKA 4XB3A 4AZCB 3FAWA 4AD5A 1W9UA 3VUPA 1C3FA 4XV0A 2GDVA 2CYGA 1E6SM 3TTOA 1UA7A 4KGJA 4BQ4A 5I5RA 1QW8A 4S3JA 2VCBA 2D22A 2XM1A 4GI8A 4PTVA 4JCLA 2VRKA 1NM9A 2GFTA 2IUZA 3CBWA 1HJXA 4AIUA 2A3HA 3WD4A 2O9TA 4D6FA 2WAGA 4B15A 2WM0A 1GONA 1EDGA 3PZMA 4AXNA 1UR0A 1HIZA 2W67A 1F4AA 1KR0A 1YQ2A 1O7AA 4ZE4A 3VO0A 3BAXA 4PBGA 2EPLX 3MANA 1MYRA 1PAMA 5HNNA 1JYVA 2WKLA 2J8FA 3VM7A 1TVPA 3FY1A 2QMKA 2CIPA 3SCUA 4PMDA 1XH1A 2XWDA 4M8UA 5F7UA 3ZR6A 4NZCA 4AZCA 5D9NA 3SCQA 2G3IA 2X09A 4C7FA 2IXUA 2O92A 2MANA 1E6XM 4ZE5A 4A3YA 2Z1KA 1QBAA 1UWUA 4AIOA 3ZM8A 4WKHA 4OUEA 4Z2HA 4AISA 1MXGA 3RM9A 2DPEA 3RCNA 2XGBA 2NT0A 4U3AA 1JZ5A 4HOZA 4NI3A 1UH3A 4DM1A 1B90A 3AHXA 5A8OA 2YL6A 4D6EA 2WVUA 1U2YA 1B2YA 2PB1A 1VAHA 3PZUA 7A3HA 3A4AA 4TTUA 4AEFA 2W92A 1J0YA 2ZX6A 4JCMA 4NRRA 1UD8A 3N1AA 1HJVA 2XSAA 1R7AA 1H0IA 1G9HA 2WWDA 2YDSA 1KWKA 1LG1A 3AZRA 3KEHA 1CXKA 2J47A 1EOMA 3ARXA 1ISZA 2ZICA 2DDXA 5LA2A 4KRUA 1LL7A 4PSPA 4W8BA 4B9YA 4KH2A 4RE3A 1ESWA 2UY4A 3W25A 1UWTA 2VO5A 1SR0A 1BGAA 1UD3A 1X6NA 1V3JA 2XFFA 3QHOA 3MUIA 2Y2WA 1GORA 2Y8VA 4JZ5A 4AD1A 1D3CA 1V0LA 4MB4A 4OZOA 1FH7A 4L4OA 2J4GA 1D2KA 4UQAA 3D3AA 2PF0A 5BWFA 4Z2LA 5BXSA 3SUVA 2O9RA 2BVTA 3LMYA 2WYSA 3RPMA 1HF6A 1BAGA 3W6MA 2E8ZA 3PZ9A 2VZVA 3AICA 5CXPA 2J62A 3GM8A 4EKJA 1QNSA 2EO7A 3GNRA 1TA3B 2E3ZA 2J75A 4V2XA 2DSWA 3WL0A 4URIA 2A3EA 4LYPA 1GOKA 2E40A 4PCSA 2XTKA 3UG4A 3BH4A 1ISVA 4DUVA 3LPGA 3L4UA 1KBKA 4MADA 3AS1A 1E56A 4PYSA 4W5UA 4UQ9A 3VINA 3M46A 3WKZA 5E6YA 1EGZA 3T2QA 4KRTA 2GSJA 1J0KA 3VOCA 1I1WA 1H11A 1GQJA 3ZMRA 3W24A 4AZ6A 4H41A 5IFTA 1CXEA 3MKKA 4IISA 3UG5A 3CMGA 2GJPA 2E0PA 1WDPA 3VIJA 1OT2A 5AC5A 1XD0A 2CETA 4AEEA 4IPNB 5GQBA 2J7HA 4D72A 2WZEA 4LQ1A 4B9ZA 1S46A 3BSHA 3DYMA 3OBAA 5LYRA 3GBDA 4RE2A 3CHEA 5CSUA 3VGFA 1V02E 4UFLA 4CD6A 3VD7A 1ZBVA 3VX0A 2WMJA 3AS0A 3VIMA 1MQRA 5ABGA 4HMEA 3K8KA 4IM4A 1ECEA 3BCFA 4JIEA 3VGEA 1NOUA 1TA3A 4KGLA 4M82A 3B9EA 2WANA 5GNXA 3ALFA 1V3MA 3VKKA 4PEEA 3GBEA 4AD4A 2DH2A 4W93A 2FGZA 3WQVA 1CBGA 2EPMX 2DT1A 1CWYA 3UETA 4TX8A 4AIEA 2WK2A 1UKQA 1J0HA 1JNDA 1QBBA 2ZX7A 3PTMA 3VIOA 3ARTA 4GQQA 4NSBA 3FNDA 1CXLA 4PMUA 3AMDA 1VEPA 4FF5A 1B9ZA 4UOJA 2EPKX 1VFOA 1JIBA 4DWSC 4HOWA 1JZ3A 4HZ7A 1B1YA 2E9MA 2UY2A 1BLIA 2D3LA 4QCEA 3WD3A 3CHCA 1P6WA 1GJWA 5A8MA 3BMVA 1J12A 3ZSTA 1HKKA 1B0IA 1VB9A 3BAJA 4HTYA 3RO8A 4MJ4A 4AYSA 2WMFA 5M3WA 4HPHA 3SCNA 4J3XA 3N17A 4B3KA 3AIEA 1E5NA 4HU8A 4PMYA 1GQKA 2PWDA 2TAAA 4AZIA 1M03A 3AIRA 2PWHA 1LG2A 4A3HA 4LX4A 4LPCA 4PMZA 2VX7A 2OYKA 3ZO9A 5AC4A 3UEQA 2BV9A 1G1YA 2FH6A 3WNKA 1JZ4A 3WD1A 5M5DA 1CIUA 4Z2GA 5FIPA 1RH9A 3GXFA 3WUGA 3AIWA 4UFIA 5CGTA 1EOKA 1XSJA 7CGTA 3WELA 1G5AA 3PZOA 4XUYA 3VGGA 3PZTA 1VFMA 3VD4A 3FHQA 4ZXOA 4GPNA 3WH5A 1EH9A 4AWEA 3QOKA 5A69A 4PMNA 1W3KA 3PN8A 5A8NA 1HJQA 4P8XA 4E8CA 1ZBKA 4RE4A 4PMRA 3M7SA 4H04A 3DYOA 3WMBA 4WK9A 1W3JA 1V6UA 5A1AA 1UZ4A 3FW6A 2EBNA 1GQIA 2X8RA 2D2OA 5TD4A 1XRVA 5CZKA 3I3BA 1EDTA 2HISA 2DH3A 3FHAA 1HNYA 1MW2A 3TTSA 5A6AA 4UR9A 2FH8A 5I0DA 4ZENA 3AOFA 4EE9A 4UTFA 1J0IA 1QNOA 3TTYA 3WMSA 5A95A 4WKFA 4W86A 5CPSA 2JIEA 4IPLA 4TXEA 2ZE0A 1KCLA 4CCDA 1W2PA 2PWGA 2W62A 2VUYA 2PWEA 1B3XA 3A3HA 5A3HA 3ARUA 4P7NA 1CGWA 1CGVA 4UQBA 4B16A 4M29A 1XD1A 2J8GA 1ZBCA 4J28A 3BAIA 4PSRA 4PTXA 3PTQA 2DSVA 4UOQA 1UD4A 1TE1A 4JHZA 4CD4A 3OGRA 3EMZA 1UKPA 5A2AA 4WF7A 1CGXA 2DSUA 3AIBA 1E0VA 2DEPA 3ZT5A 2QHAA 2QPUA 1V02A 3I3DA 4ACZA 3WQ6A 3AMCA 4CU7A 1J01A 1PZ2A 1MFVA 3VGHA 3OGVA 5C71A 3ZJ8A 3VGBA 4MTVA 3ZJKA 2DT3A 3MSGA 4GZJA 4AY1A 3CZLA 3B8SA 2WXDM 3VIFA 2CERA 1WZAA 1NWRA 1JD9A 1Q6GA 4PMVA 2JFEX 4H2CA 5IFPA 4ATDA 4W89A 2J79A 2QPSA 4AD3A 3OIHA 2PC8A 2CEQA 5ABHA 3VPLA 3W28A 1EXPA 3RILA 1LQ0A 2V38A 2JEQA 2XVGA 3VMPA 2GK1B 1PBGA 3WD2A 5E70A 5IDIA 1W9DM 3IJ8A 3OZOA 1QNQA 3WDJA 2DGAA 3HJEA 4PUDA 4GI9A 4YPJA 1HVXA 3VM5A 4JL1A 5DT7A 3GH7A 1FP8A 3HU7A 1GHSA 2YL8A 4W8LA 3S2CA 2XHYA 5GNYA 3WEOA 1C92A 2YA0A 1W3LA 3NSNA 3PZIA 3MV01 5A6KA 5BRQA 3K4DA 2VJXA 2J7FA 1TUXA 1H49A 1XH2A 4J3WA 1MW1A 1V3IA 5AYBA 1JAEA 3PBGA 3WDRA 3VD9A 1W1VA 1DEDA 1U33A 6A3HA 2WWCA 4ATLA 1UQYA 1H41A 4MB3A 4AZHA 4L4PA 1HKIA 2WHKA 1CEOA 4LGXA 3SUSA 4WKAA 5CLWA 2J7EA 1U30A 2ZUNA 2XG9A 1C7TA 3VD3A 4PMQA 1C8YA 3CHFA 2YL5A 6TAAA 2XFRA 4J3UA 3KL0A 4XZWA 2GK1A 1HN1A 2CHNA 2WNWA 3QHNA 4OBRA 1E6PA 2JE8A 2WC4A 3ARSA 1ISWA 1ZU8A 1V3HA 3PZQA 1MXDA 3ALGA 5IHRA 4MNJA 3CUIA 2ZX8A 3T2PA 1C90A 1QI3A 5I78A 2J7BA 3M07A 2QF8A 4D1JA 4QFUA 1EA9C 4H8HA 3W82A 1H5VA 1JYXA 2OSXA 3MU7A 4MJ2A 5LA0A 4CD7A 2VX6A 3WBAA 1UZ1A 2ESCA 1H3GA 3CTTA 2G4FA 1Q6EA 1JF6A 4N42A 3ARZA 1W1YA 3EDJA 1AQHA 5A6JA 4UFMA 4CU6A 1KFWA 1JGIA 1JG9A 1HL8A 3VGDA 3IAPA 1WE5A 4HA1A 3VDHA 1ITXA 4JL2A 2Y5EA 1AMYA 3JUGA 2DIEA 3O2LA 4WSKA 1F4HA 3MMUA 4NF7A 1W9VA 1V6YA 1E55A 4QCFA 3U7BA 2BXYA 4JHOA 3SCSA 1OCQA 3WUBA 4FLRA 1H1NA 2DT0A 1XSIA 5BYWA 5CLTA 1M04A 1B3YA 3W0KA 1LWHA 1VBRA 3RDKA 3WF2A 3MV11 2D3NA 3WIJA 2G8ZA 5IXEA 1JZ8A 2VRJA 4Z2KA 5HDRA 4GO8A 2C7FA 3OB8A 1EO7A 3IJ7A 3F5JA 4CGTA 2VOTA 2BFGA 4W5ZA 3VIKA 1DWJM 3N13A 4H8UA 1CECA 3WMCA 3G6MA 2OSYA 3AJ7A 3UR7A 5KZ6A 3W27A 2ZUSA 2C0HA 4CCEA 2XM2A 1GZJA 4U5KA 1Q6DA 1M53A 4U33A 1BVNP 5BXPA 2O9PA 1UQZA 2YKKA 3VD5A 3AZTA 2G41A 1KGWA 5EFFA 2WBGA 4TVDA 3OLDA 4WJXA 8A3HA 1NH6A 2Y24A 1HVQA 5M03A 4NRSA 1WCGA 1V6XA 4PMXA 1Y7VA 2BY2A 2XSBA 1W91A 1HP4A 3VIPA 4AC1X 4FLOA 3GYCA 2UY5A 1DHKA 5I23A 1R7OA 4N0RA 1UH2A 3K8LA 1M01A 2X2YA 1SFSA 1W2VA 1XCWA 3WDQA 4ZXLA 1J10A 1Q6FA 1QPKA 1BPLB 2FHCA 2QLYA 3DYPA 3SUUA 1DWGM 1UD2A 1CXIA 3EDKA 1GOOA 2F61A 3WNPA 1QNPA 1HKJA 4CUCA 1V08A 4P7OA 2UY3A 2VZUA 4XZBA 1RD6A 2X1IA 1E72M 5FOOA 3QGVA 2JEPA 2VMFA 3MUY1 3AI0A 3AZSA 4CD8A 1MWOA 1E4IA 2VTFA 4GKLA 3NDZA 3TTQA 1DP0A 2Z1SA 1BFNA 1H0GA 4U2YA 2XGIA 1UUQA 1OWQA 3HMCA 2PWFA 3W38A 2D1ZA 2G3MA 3RJYA 4M1RA 1OD0A 3BLPX 3RJXA 5BROA 2WVVB 1CYGA 4V27A 1WDQA 2D0HA 3WY1A 4M81A 1V6WA 1V0KA 3CLWA 4J3TA 3WDIA 2UWFA 4M56A 4CN4A 4IUGA 1W3HA 1W1PA 5A6MA 2CKSA 3WNNA 1E9LA 3N11A 4JKLA 3WNOA 2OWWA 1B31A 1LL4A 1G0CA 4DWSB 2PBOA 1GOWA 1WO2A 5BXTA 2W5FA 3F5LA 1K6AA 3QHMA 3UERA 1FFQA 1KQYA 2G3NA 1B30A 4FLSA 2Y8KA 2XVLA 3W29A 1XCXA 3OLIA 2XYLA 1ZL1A 2YL9A 4QDMA 3QR3A 1CPUA 3SEPA 3WEMA 1XYZA 1ZS2A 1J0ZA 3AMLA 1CDGA 4MB5A 2E8YA 3A47A 3PHAA 3DC0A 3GZAA 1TR1A 3AS2A 3VVGA 1GW1A 2CESA 1MQQA 1J9YA 2ZUTA 1TCMA 3ZT6A 8CGTA 1QI4A 1ZBWA 1VBUA 1E6RA 2ZXAA 3IANA 3A4WA 4GI6A 3SURA 5ABEA 4D6HA 3SCTA 5CPTA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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