5A6KA

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with gal-ngt
Total Genus 262
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
262
sequence length
626
structure length
626
Chain Sequence
MVRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second Beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus Pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans
pubmed doi rcsb
molecule keywords GH20C
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 262
structure length 626
sequence length 626
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5a6kA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a6kA02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5a6kA01
3EMQA 4JKKA 4MADA 3VKKA 1BHGA 2O92A 1W9XA 1XH1A 3DHPA 3WY1A 2FH8A 5AYIA 4MDPA 1V3HA 5GQBA 4AIOA 4AD1A 2W67A 4CD6A 2ZUVA 1JZ5A 1AQHA 3B9EA 4OBSA 3RCNA 1BGGA 2EEXA 5BYWA 3AIQA 4CN6A 1BSIA 3ARRA 3VDBA 1HP4A 2XM1A 2PWEA 3EDDA 1KQZA 4UOZA 2WVUA 1P6WA 1QNSA 1XCXA 1XD0A 4MJ4A 3WFLA 2YL5A 2FHBA 2WNWA 1UD2A 3NSMA 4IISA 1VEOA 1M7XA 3A3HA 1U2YA 3JUGA 3VIGA 1E1FA 1ZJBA 5M3WA 4CKQA 4H2CA 4YN5A 4PMOA 1ZS2A 2XUCA 4J7RA 3BGAA 3M46A 4UQDA 3VX1A 1OT1A 4GKLA 4PYSA 2XIIA 1VRXA 2RGLA 3FN9A 3WDRA 5E9AA 2XPKA 3GZAA 3NIYA 3L4WA 3SUTA 1EO7A 4L4OA 3BC9A 3U7VA 3EMZA 3PZTA 1UR2A 3AXIA 3SCQA 1K9TA 1EA9C 3VMOA 3M7SA 2WW5A 1CGTA 2E3ZA 2PF0A 2VNCA 1W9PA 1EQPA 2A3BA 3VO0A 5A1AA 3K8KA 4KMQA 2NT0A 1PX4A 1IZKA 1UH2A 1QI4A 1PZ2A 1UR8A 2YIHA 4AEFA 1MW1A 3FY1A 3BMWA 2CBJA 3VILA 3FXYA 3GNOA 3U57A 1MW0A 1LJYA 2WMHA 1MQPA 4OZOA 2WHLA 4H41A 3VVGA 1JG9A 3A47A 3PBGA 5JBFA 1W3LA 2J7HA 3CH9A 4H7VA 3KEHA 5HOSA 1L0PA 1WNOA 2D2OA 3BAKA 1E4NA 3W82A 4AD4A 1O7AA 2OWXA 4XUYA 1KGUA 1KXTA 1BYBA 1PPIA 2XYLA 1XH2A 5HXMA 3GDBA 5DEZA 3QHNA 3SCWA 3EDEA 5AC4A 3VINA 1E70M 3SUWA 3I3DA 4Q22A 2X09A 4U2YA 1OCQA 2J74A 5E70A 4M82A 4N42A 2FDMA 1VENA 1F4HA 3FNDA 1UWRA 4X9YA 3WQVA 3BSHA 1UR0A 2ZUNA 3KZSA 2W62A 4PMQA 4PMDA 1XSIA 1RH9A 5A2CA 2ZE0A 1X1NA 5CLWA 3T2QA 3IAPA 2YDSA 1J0HA 4HP5A 1BVZA 1LWHA 3N12A 3I3BA 4V27A 5GPRA 5IDIA 3AROA 5EBAA 1HKKA 1VIWA 3PZGA 4AYSA 1HVXA 1PZ3A 4UNIA 1MW2A 2GVYA 1TMQA 1E6QM 4HU8A 6CGTA 2EPMX 4RE3A 1ISXA 3WNKA 3IANA 2JEQA 5KZ6A 3CO4A 3ARXA 4DUWA 2Y8KA 3ARWA 4LYRA 3VGGA 2WZHA 1N82A 3N15A 5EFDA 1TE1A 4D6CA 1VBUA 1X6NA 1PAMA 2V38A 2JALA 3OB8A 1OWQA 1E1EA 1HL9A 3WD1A 3G6MA 4LYQA 4GI9A 3WUGA 1UZ4A 2D22A 1ISYA 3BAIA 4MNLA 1S46A 1VEMA 2D3NA 1UUQA 4U2ZA 2CETA 4AZIA 2ZX6A 1OD8A 1FP8A 3CZ8A 2ZWZA 1H11A 3WD4A 2VZUA 5A6KA 4QFUA 3MUIA 1BPLB 4AISA 4XB3A 4PSRA 1KR1A 4E4PA 5CSYA 4OJYA 1HKMA 1MXGA 1QW9A 1GOKA 2G3NA 1HL8A 4KRTA 3VD5A 1FFQA 4JFTA 4LGXA 3VIIA 1Q6EA 4NF7A 2GDUA 3VIHA 5CGMA 1ITXA 4AZ7A 1EIBA 1KXVA 1WZMA 2WLYA 3PZNA 5BCAA 2BFGA 4K68A 1GOMA 3UESA 2ZXQA 4M80A 3RJXA 3AYSA 1UG6A 5FKYA 5KEZA 2E9LA 4RE2A 2VZTA 1TG7A 3BSGA 1DWGM 4BCEA 3DYOA 4TX8A 2JEPA 4ACZB 3SIMA 2WHMA 3FW6A 5C70A 3SCTA 2CBUA 3TTSA 5HNNA 2ZUWA 4TXEA 1JYNA 3U5UA 3MU7A 2WSKA 3ZMRA 4C7FA 1GVYA 3IJ8A 4D6EA 3AIVA 1UYQA 4RE4A 2CBVA 3E1F1 5JIPA 3RILA 1H09A 1VB9A 4W8LA 5CPTA 3SUSA 3AICA 1OB0A 3CZGA 4BF7A 1J12A 2HVMA 2WKLA 2Q8XA 4P7QA 2XTKA 1KWGA 4DWSD 4S3KA 4UFIA 4PMXA 1UA3A 1V0LA 4DM1A 1WDQA 1ZBVA 4PMZA 4F9DA 5I24A 4TUFA 2ZX5A 2OLHA 3QHOA 2OYKA 2QLYA 4HA1A 2G3JA 2VX5A 4AZCB 2YOCA 3OZOA 3W28A 2W4XA 2CKRA 3WSUA 4W8BA 1E5NA 4J3XA 5BXSA 5CJ5A 5ABEA 4PTXA 4ZE5A 3ZSTA 1E15A 4P7OA 3WH5A 3VGHA 4CD7A 3WMCA 4NI3A 4UR9A 3VM5A 3W25A 1E9LA 3MMUA 2ZICA 2W61A 4J27A 3WELA 1E6PA 1LLOA 2QPUA 1JF6A 1Q6FA 5I79A 1A3HA 1HKJA 1KBBA 2E40A 4ACZA 3WNPA 4M81A 4CU7A 1W9UA 4AW7A 3DECA 3RJYA 1HP5A 2V3GA 3LPGA 3WUEA 1HXJA 1JAKA 1PX3A 1CTNA 3TOPA 1TA3B 5A6BA 1BQCA 4AZ6A 2E0PA 1UWIA 5BXRA 3QHMA 2VURA 4CCEA 3BLPX 4MDOA 2WCSA 4AZHA 4HTYA 4PRWA 1NP0A 4KGLA 3T2PA 2WVVB 3VOCA 1V08A 1NM9A 3DHUA 3RMEA 4IUGA 2WZEA 2VC9A 3AS0A 1E6NA 3CZKA 4XX6A 4QCEA 1JL8A 2UWFA 2WM0A 2XIBA 5DT5A 5JUVA 1CGYA 1CWYA 1K6AA 5E09A 4NSBA 1CXLA 3VGBA 1ISVA 2ZX7A 3T2OA 2GJXB 1V0MA 4GI8A 4AZCA 1W2VA 5D9MA 3WEOA 4MNKA 4CCDA 1ITCA 1E4LA 3WDIA 4FLRA 2G3MA 4BQ3A 2EPOA 1CXKA 1W9VA 3MS8A 2D3LA 4UQCA 2BY0A 1JD9A 2ZIDA 4PMVA 3W53A 2ZXDA 3MMWA 2BS9A 1CIUA 1E40A 2NT1A 4B3LA 2Y24A 4D6GA 4CCCA 5ABHA 1GHRA 3N18A 4QDMA 1H49A 2ZX8A 1HJQA 1QHPA 1I75A 4ZXOA 4YHEA 3RIKA 1ZB5A 3U7BA 1TA3A 4JCLA 4PMRA 1V02E 3W27A 3WEMA 3VD4A 3UR7A 3POHA 5JBDA 3RPMA 1KGWA 2VR4A 1UOKA 1FA2A 4L4PA 1OIMA 4M1RA 4JKLA 3VPLA 3NSNA 4H8UA 2VL4A 2YLAA 1E6XM 3APGA 2WVVA 3L4TA 1DWFM 1DP0A 4MAVA 3ZSSA 1E6ZA 1J18A 1W1VA 1CGUA 4EK7A 2XFRA 1NOWA 3AYRA 1ZU8A 4X0VA 1GQKA 3CPUA 4J3TA 4HZ7A 4JL1A 3ZJ7A 1Q6GA 4J3UA 3ZT5A 3GH4A 3GTNA 4UZSA 1H41A 4MNMA 3VD7A 2J7CA 1LG2A 5I77A 2GJXA 2WB5A 4J3VA 3T09A 1V6YA 3CHEA 3BAYA 3AIEA 3WBAA 2DSKA 3MSDA 3GXFA 4TVDA 3WQ6A 4JFWA 3AMKA 2YA1A 2UY3A 3VMNA 1C3FA 1HJSA 4D6DA 1WZAA 4E2OA 3HJEA 3KE0A 4CD8A 2DDXA 5EFFA 5AY7A 4HU0A 1QI3A 1NWRA 3ZOAA 3MV01 1UA7A 1CXFA 5DO8A 1DWIM 4H8VA 2PBOA 3SURA 4JFVA 2PC8A 2XVKA 1EHAA 2J8GA 1BYCA 3G6LA 2CITA 3L4ZA 2BV9A 1QW8A 5I78A 2J7FA 3M6DA 5CLTA 1HF6A 3SCNA 2BVDA 4EKJA 1FP9A 2F61A 3L4UA 1HT6A 4LX4A 1B1YA 1B3XA 1KWKA 4TX6A 3MO4A 2JF7A 4AD2A 2Y4SA 3BXWA 1WO2A 3MUY1 1JIBA 4M8UA 5CXPA 2EBNA 4JCMA 4CU6A 1WE5A 2WVSA 3T0BA 4PMUA 4ATLA 2WHKA 5TD4A 3ZO9A 1SMDA 4HPHA 1V3LA 1R8LA 1UD4A 1WB0A 1OINA 3BH4A 3PZMA 3WNOA 1XSJA 2GDVA 2WK2A 3ARZA 4MB3A 2BY3A 3WL0A 3T08A 1D3CA 2EPNA 1HJWA 1PIGA 2WMFA 3F5LA 4PMYA 3UG3A 2XWDA 3HN3A 4YPJA 3ZJ8A 2XSAA 4ZEPA 4MAZA 4YHGA 2O9OA 2E9MA 3HU7A 4KRUA 2WLZA 3ARVA 3LPPA 2YBTA 4WJXA 1JZ8A 1PX8A 2DSUA 1UD6A 1EOKA 5A69A 1VBRA 1H4PA 1JAEA 1V02A 2UY2A 1HJUA 1D2KA 4W89A 2OSYA 4ATDA 1UH3A 1XV8A 7TAAA 1V6UA 3AS1A 1JDDA 5ABFB 4QLLA 3K46A 3PHAA 5D4YA 1US3A 2J7DA 1UR1A 2CXGA 1BYAA 4GZEA 5CQ1A 2V5DA 1WPCA 2ZX9A 1G0CA 1LQ0A 3GYCA 4DWSB 4D71A 2QMKA 1TUXA 4DUVA 5BRPA 1JYXA 1LL7A 3VD9A 1J10A 1KBKA 2WXDM 1W32A 1VJZA 3LMYA 3ZM8A 3VIFA 3AZRA 2F8QA 2AOSA 1W1YA 2XFYA 4MNJA 1JZ2A 1B3ZA 2QV4A 4WK9A 1U30A 1K9EA 4OKDA 3CZLA 1FH7A 4NRSA 2D24A 1H5VA 1XGZA 1ZBWA 3QGVA 4OOUA 4UQBA 2WANA 3J7HA 2A3EA 2VX4A 3D5HA 3UETA 2WCAA 1JNDA 5JIWA 3OZPA 1CBGA 4LYPA 3MANA 3K8MA 4F79A 1VFFA 1SYTA 1W1PA 3MSGA 1CDGA 1JXJA 1ISWA 1QVBA 3CHFA 2WVTA 3WDJA 2D0GA 1E55A 5A2BA 1XYZA 3OA5A 4MTVA 3FAWA 5M17A 3WIJA 1MQRA 1Y7VA 4P7RA 1JD7A 1UKPA 4BA0A 2D20A 4D6HA 2FHCA 4HZ6A 3VNZA 4GQRA 4EAMA 4Z2GA 4W87A 1CLVA 5IFTA 3GXMA 2OYMA 1R7AA 3MKKA 1K9DA 1CZ1A 1W9BM 1H3GA 3EDKA 4MJ2A 3PTKA 5A6SA 2XG9A 1GJWA 5ABFA 3ZIZA 2WWDA 3TTOA 1HX0A 1B0IA 1SMAA 4TTUA 1UD8A 5DFAA 4D72A 2WMGA 4WIWA 4EE9A 3A4XA 3BMVA 5ECUA 4D1IA 1GOIA 3ZJKA 4DWSA 3OIHA 4GXPA 1A47A 2W91A 1E3ZA 2J8FA 3THCA 1W1TA 4M24A 3SEPA 2ZUMA 2CYGA 1ODUA 3WQ8A 4TVCA 2ZWYA 5A8NA 1MYRA 1V0NA 2EJ1A 4W84A 1CGVA 3L2MA 1DWAM 4Z2JA 2WHJA 1H2JA 3AMLA 1NOFA 3ECQA 1UD3A 2UY5A 4DWSC 1FH8A 3NYDA 4UFHA 1GOWA 4V28A 3SCPA 3GNRA 2VZSA 3OG2A 5DMYA 3GH5A 3AOFA 4IPLA 1Q6DA 2MANA 3NCOA 3L2LA 4UQAA 4AIUA 2OSWA 3WF0A 3CLWA 3KL0A 1B30A 5FIPA 2X0YA 3L4YA 4WKHA 3WH9A 1FHDA 2CKSA 1C8XA 1B31A 1QI5A 3POCA 3W24A 1LWJA 4U31A 2DIJA 3BAJA 4X0NA 3CUGA 1UD5A 5BXTA 4UQ9A 2VRKA 5I3DA 2FGLA 4CD4A 1BG9A 1CGXA 1JF5A 3GNPA 4OIFA 1JXKA 4CVWA 1WKYA 3D3AA 2WMJA 1CECA 2X05A 1WZKA 5FOOA 2WPGA 2BNJA 5BROA 2QHAA 4ZXLA 2D0FA 2YKKA 2V3EA 1JNEA 2YL6A 4V2XA 2X0HA 4PN2A 1NP2A 3WF4A 1GQLA 2GSJA 4FLOA 3AXHA 1V3JA 4HA3A 1EQCA 3CBWA 3OLGA 1WDRA 2VX6A 1UWUA 1HIZA 1E72M 2J62A 3VGDA 2DQXA 5A8PA 1F4AA 2PWGA 2PWHA 3IK2A 4DM2A 2WC7A 2BHYA 2DT3A 5GNXA 2J7EA 1GJUA 2C8NA 5A8QA 3ARUA 1NOUA 5DT7A 4BQ4A 3M07A 3RM9A 1G94A 3ALFA 1JI1A 4Y7EA 5A6MA 4GZJA 1RP9A 1MQQA 3GH7A 4PCSA 3BCFA 4W7WA 1GQIA 2RGMA 2E8YA 3PZIA 5DF0A 5ABGA 3WFZA 4B3KA 3LPOA 1LL6A 1X6LA 1XHGA 3WNNA 1G01A 4FLQA 4GI6A 7CGTA 3SUVA 4EANA 1EHNA 1JZ6A 3O2LA 1LL4A 3ZJ6A 5FL1A 3W37A 3F5JA 1BYDA 2X8RA 3WQ4A 5I6SA 3TONA 4HZ8A 1C90A 4AZ5A 4AMCA 2A3AA 4CGTA 5A8MA 2GK1B 2XVPA 1XCWA 4UZUA 1B3WA 3FHAA 3KL5A 2V3DA 2BHUA 1BVNP 3N04A 3AS2A 1OT2A 3ZT7A 1UR4A 3PTMA 1QHZA 1GUVA 1E0WA 2J79A 1UQZA 3AIBA 3WQWA 3AMDA 3SUUA 1KB3A 1WP6A 4JAWA 3CTTA 2E4TA 3UERA 1QBBA 3OGVA 2ZXAA 1VJSA 1G1YA 2FH6A 4BS0A 1W3JA 3ARQA 1UHVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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