5AC5A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with glcnac
Total Genus 265
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
265
sequence length
625
structure length
625
Chain Sequence
VRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
total genus 265
structure length 625
sequence length 625
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5ac5A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ac5A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5ac5A01
3W6LA 1HJVA 3WY1A 1MQQA 1Q4NX 1E9LA 3AS2A 5FOOA 1GONA 4M80A 1ECEA 5GPRA 1PBGA 3NIYA 4PMRA 1UA7A 1SYTA 4JL2A 4CVUA 3WD0A 2GFTA 3T0AA 3DYPA 1UA3A 4PMOA 4FMVA 2BVYA 5IDIA 5CLWA 1FFQA 3ZT6A 2DQXA 2QLYA 2CPUA 3ZOAA 1PX3A 3AHYA 3PZVA 3UESA 4TVUA 2VRJA 3GXDA 3WELA 3VOCA 5LYRA 5CPSA 1UD3A 1CGTA 3VDAA 2UY4A 2VR4A 1LL4A 3SUVA 1ZBVA 6TAAA 3PZTA 2VCAA 3OLDA 4WK9A 2WSPA 3W24A 1QOXA 1W9PA 1WNOA 5A6BD 2WANA 1ISWA 3IAPA 4TVCA 1EH9A 3VMPA 1SR0A 3VD3A 2ZX6A 1MFUA 1SMAA 1W9XA 4ZENA 1BTCA 1E40A 1GQLA 1GJWA 1XRVA 5A8OA 8CGTA 5HBFA 2BXZA 3WNNA 4CU8A 2V3EA 2WXDM 4UQCA 3VIGA 1NOWA 4QFUA 1R7OA 3TOPA 5M5DA 4OOUA 2VC9A 3WBAA 2D3LA 2YA2A 5IHRA 1EDQA 2J7CA 4H8UA 1HNYA 4D6FA 1KR0A 1B90A 4JKMA 3WD4A 3BCDA 2D0FA 4Z2HA 1UYQA 3VGGA 2VZUA 4AIOA 4FLSA 1ZJAA 2XHYA 1JI1A 3CIVA 1UD8A 3VX1A 1HKKA 2WNWA 4R27A 1Z32X 1LQ0A 1MWOA 4OUEA 1JNEA 4D6JA 2X8RA 4D6GA 5A8QA 2O9TA 2GJXB 2JIEA 5GNXA 3PTKA 5AY7A 3AISA 3QOKA 1JZ6A 4MDOA 3W25A 1E56A 4V2XA 3SCUA 3AS0A 4KGJA 3W0KA 1L0PA 1U30A 1K9DA 2RGLA 1ZBCA 3I3DA 2WMKA 1GOKA 4WIWA 1E6ZA 3AXHA 1C92A 3WDJA 2VUYA 2WWCA 1UWSA 1JZ3A 2E8ZA 3D5HA 1QI0A 1XCWA 1CXHA 4UTFA 4CU6A 4GZEA 2BVDA 1DWHM 4WJXA 2DDXA 2XFRA 2ZXQA 3G6LA 2VZTA 4AZ7A 1HX0A 1HKIA 1JD9A 1HJSA 3W29A 4F9JA 4X9YA 3WUGA 5EFDA 3GZAA 3EDKA 4JFUA 3OGRA 1TMQA 3CZGA 4D6EA 3BC9A 3GXMA 4J3TA 2ZUSA 4MJ4A 3MMWA 3ZJKA 4HTYA 1G1YA 1JG9A 2A3HA 3QHOA 4UNIA 5FKYA 3BCFA 1VFMA 1JZ2A 2YDSA 1CENA 2DSZA 3UR7A 5GQBA 1BVZA 4AIEA 4C7DA 1VAHA 3N11A 4MNJA 1ODUA 4M82A 4HOXA 5D9PA 4TTUA 3AZSA 1HP4A 5A2CA 1KWGA 2CYGA 3L4YA 1WDSA 1CDGA 4ACZA 1GOIA 1R85A 5BRQA 3M7SA 3RMEA 3B8SA 5HPOA 1CPUA 3CUJA 3GTNA 4NRSA 1IT0A 5F7UA 1WZLA 3MMUA 4WF7A 2GK1A 4W8BA 6A3HA 3K8LA 4AD5A 1CECA 3ZT7A 5A69A 1C8QA 2CITA 4NZCA 1US2A 2BY0A 4CCEA 1WPCA 3JUGA 1XH2A 4H04A 2VQUA 3F4VA 1V0LA 3OGVA 1UR8A 2PWHA 5LA2A 3BAWA 5E0FA 2W66A 4PYSA 4E2OA 1EO7A 3WUEA 4ZEPA 1VB9A 4BQ5A 1KGWA 3O2LA 4UOQA 3WL0A 3AHZA 5C8BB 3KZSA 5FD0A 1W9DM 1UH4A 1CXEA 5A6SA 6CGTA 1K6AA 1OBAA 3WDIA 2CHOA 3GH5A 2CKRA 4V28A 5CGMA 2CESA 3RCNA 1BLIA 4DUXA 4D1IA 2X09A 1GORA 1J0YA 5A6AA 5M3WA 1G5AA 3OBAA 3EDFA 1V6YA 2G8ZA 3T0BA 3VIIA 2VZOA 1BHGA 1GOQA 2QMJA 3NYDA 1ISVA 3T0DA 1UKPA 4P8UA 2XJ7A 3OIHA 2CETA 1V3MA 4K68A 1VRXA 3CPUA 1TCMA 4GINA 5BCAA 3WF4A 4E4PA 2ZXAA 4JIEA 3WH9A 3K1DA 1NOUA 2Q8XA 3K4DA 2FHBA 1GOWA 3VD7A 3OZOA 1U2YA 1QHPA 3ARZA 2DEPA 1G01A 1RPKA 3U57A 1CYGA 1E0VA 3VGDA 4TUFA 4AZBA 1B2YA 2J79A 1V6XA 2JALA 2GJRA 1V08A 3RILA 2VR5A 3WD2A 1E3XA 4OBSA 4AZ6A 2ZWZA 3AIEA 4DM2A 2HVMA 1VIWA 2XUCA 1TA3A 1HJWA 2WAGA 4YHEA 1E4IA 1Q6EA 1JXKA 4XZWA 2PWGA 1XSIA 2PWEA 4LPCA 1TVPA 4AZGA 2V3FA 1PJ9A 2CBIA 2HISA 3WEOA 2A3CA 1G94A 1KR1A 2VI0A 3FHQA 1W32A 4B3KA 1E1EA 2ZICA 2DT3A 1J01A 1PPIA 4JFVA 2JF6A 2WZEA 4ZXLA 4HMCA 3L4XA 3SCNA 4PTWA 3ARQA 2X1IA 3PZOA 2ZWYA 1CTNA 3APGA 1W1VA 1HKJA 3EMZA 1DWJM 2EPOA 3PN8A 3VIJA 3TTSA 1LL7A 3WD3A 1P6WA 4Q7NA 2CEQA 3CO4A 1UH3A 4AC1X 4AIUA 2WSKA 2WPGA 1CXIA 5AC5A 3IANA 3MS8A 3OG2A 4U3CA 5I6SA 4QLKA 3EBVA 4JHOA 1CGVA 3SCPA 3DECA 5DO8A 5A8PA 4C7FA 4U5KA 4NI3A 1MW1A 4W87A 4MB4A 2AMGA 1E15A 5D9NA 1UR9A 3K8MA 2XVPA 3ARYA 3RM9A 4HPHA 2J47A 4HMDA 2V3GA 3SCOA 1E4MM 3GNOA 3THDA 1JYWA 3PZ9A 4IM4A 1NWRA 1GCYA 5CG0A 3L4ZA 1DWGM 4H8VA 3VIHA 1RD6A 4N42A 4RE4A 1UHVA 1W2PA 1VFOA 2XYLA 3RPMA 4P8VA 4PMUA 3T2QA 3EMQA 3FY1A 3W82A 2WMJA 1O7AA 1TA3B 1CGUA 2J77A 1UD6A 1HF6A 4J28A 1QNRA 3AIQA 5HXMA 1CBGA 4JZ5A 2FGLA 4AY1A 3UERA 3IAQA 4UFIA 1E6NA 5I78A 4ACYA 3VDHA 4L4OA 4OKDA 5EBAA 2NW0A 4AD0A 3VIFA 1UKSA 5EB8A 4PEEA 1NARA 4UFLA 4FLOA 4ATDA 1OGBA 3ZMRA 2WVVA 4OBRA 1UWUA 2CIPA 4CD5A 8A3HA 2EPMX 3FAXA 4GPNA 1UOKA 4CU7A 3BMVA 3IJ8A 1ISZA 1CGXA 1ESWA 3WH7A 2OSYA 2X05A 3L4WA 2D23A 1W3LA 3TA9A 3ARRA 3BAKA 1RH9A 1TZ7A 3VIKA 3GXFA 1TFVA 1V3LA 2O92A 3AIWA 1JYVA 4Z2GA 3NSNA 4HZ7A 5A6BA 1LWJA 1KXHA 4YN5A 1NWUA 1E5NA 5E6ZA 1EO5A 2FGZA 3MANA 4IISA 1C91A 3L2MA 5GNZA 2EPKX 1E70M 4XB3A 2YBUA 1GQJA 4UFMA 2OSWA 2WYSA 3AHTA 2VX7A 4F9DA 3UEQA 1JL8A 3N18A 3W4RA 3W37A 4J3UA 1HKMA 1NWTA 1MXGA 1CGYA 2Y2WA 1UZ4A 7A3HA 3WEZA 2C7FA 1AQ0A 1CXKA 5A94A 2C0HA 3OLGA 5FL0A 4ZXOA 1EGZA 1VFFA 3WUFA 2Z1KA 4W7VA 1B31A 1KGUA 3OGSA 2DPEA 5ABHA 5BYWA 3VDCA 4F8XA 1VEMA 2YL8A 3L4VA 1GHSA 2J8GA 3AJ7A 3N12A 3BSHA 1MVYA 1MQRA 3KEHA 3T2OA 4Y7EA 2OWCA 3N15A 1LJYA 1HJXA 2GJXA 3WNPA 3AXXA 1UR2A 4LYQA 2DSWA 4W85A 3AMGA 3SURA 4QP0A 2CBJA 1PEZA 3RJYA 3AS1A 3AHVA 1BF2A 2WVVB 2GDUA 4UFKA 2BS9A 1OWQA 3FAWA 1PZ3A 2XSBA 2O9OA 3VILA 2DSVA 3PTMA 4XX6A 4CD7A 2XSAA 1QNSA 3WN6A 1MQPA 2ZE0A 1V6UA 2DGAA 1KCKA 4HP5A 1W3KA 1DWIM 1SFSA 3OA5A 3VMNA 4AD2A 2BY2A 4LX4A 2G41A 2YBTA 3GXIA 3BAJA 2PI6A 4FK9A 2CKSA 2QF8A 2ZUNA 3BLKA 3GNRA 5LA0A 3CMGA 2WCAA 3OB8A 1XD1A 3CZKA 1OGGA 5E70A 4HOWA 5A8NA 1J0IA 3CZEA 1R7AA 2YKKA 1X6NA 4JKLA 2YLLA 5FL1A 3DYOA 4AZ5A 4M24A 4LYRA 2XM2A 4B16A 1VEOA 2WC4A 4W7UA 4EE9A 2YL9A 1UQZA 2WCGA 2VZSA 3U5YA 3KL5A 4CKQA 1UKQA 3CZLA 3FN9A 3HJEA 3KE0A 3CUHA 1H1NA 2VNCA 4JFSA 1EQCA 1CZ1A 3CLWA 1M53A 1ZJBA 5D4YA 1V3IA 5E09A 1W9UA 2B31A 3PTQA 1C7SA 2GJPA 2VO5A 1WE5A 3VGEA 1GUVA 5ECUA 1QI4A 3GH4A 3UG3A 3N1AA 4RE3A 5CGTA 2PC8A 4P7OA 3WNKA 1J0KA 3LPGA 3RIKA 1C8YA 3WF1A 3WL1A 3ARPA 4MADA 1V02A 1YQ2A 1WZMA 1HXJA 2FH8A 4MTVA 2J7EA 3II1A 5FIPA 4AEFA 3SCRA 1CLVA 4PN2A 1FP9A 5HOSA 1M01A 3B9DA 4EKJA 3A3HA 2ZUWA 4WLCA 1JFHA 4PTXA 2ZUUA 4PMNA 1D2KA 1GVIA 1LF1A 5DMYA 5IXEA 4WKAA 1MW3A 1TE1A 1OT2A 1B3ZA 1B0IA 4W5ZA 3POCA 2YIHA 3AFBA 4CN6A 2WKLA 3VNYA 3POHA 2WB5A 1W3JA 2A3AA 1TG7A 2YA0A 4CN4A 1ZB5A 1XSKA 4N0RA 3N17A 1DHKA 1EDTA 4MB1A 1R87A 2D0HA 1BG4A 4OOZA 3WH6A 2YDRA 1MFVA 3FXYA 3MUIA 1Q6CA 3DHPA 4KRUA 4UQDA 1W3HA 1OIMA 1IZKA 3VD5A 3IJ9A 4UQEA 4PBGA 4AMCA 1J0JA 3AIBA 1AVAA 1A47A 1EQPA 1JZ7A 2E8YA 4ZE5A 2G3IA 1NQ6A 2BY3A 4PCSA 1BFNA 3WDPP 5I23A 3IK2A 2J74A 1FP8A 1RP9A 4PMXA 3BMWA 1HVQA 3IJ7A 3VGFA 4BF7A 3WD1A 3SUTA 3WMSA 1H5VA 4GI6A 3RO8A 3ZQ9A 4LGXA 2BY1A 1ZU8A 2YLAA 3ZSTA 3OZPA 1M03A 1FHDA 5JBFA 4URIA 3AYSA 1QNOA 1NP0A 1Q6FA 4AZCB 3A4AA 4MJ2A 2G3MA 1UWQA 1ISXA 2AOSA 3MV01 4CN1A 5BWFA 4WSKA 3VM5A 3N04A 2D1ZA 5LA1A 1FHLA 3WDQA 4U2ZA 1H3GA 4BQ2A 2OWXA 3VX0A 1WDRA 3FNDA 3G6MA 2BVTA 4JHZA 2WMIB 2EPNA 4TX8A 3W81A 4ZE4A 5A8MA 1AQHA 1XC6A 3B9AA 3WQ4A 2E0PA 2J75A 3SCSA 3QHNA 4UZUA 3VD4A 4MDPA 4HZ8A 3VGHA 2FHCA 1XGZA 3VVGA 2O9RA 2Y8KA 4HPGA 2VCBA 2J7BA 2YA1A 5CJ5A 2V3DA 1GW1A 1ITXA 4QDMA 2DIEA 4TOQA 3NSXA 4GZIA 5CXPA 4BA0A 1Q6GA 2WMHA 3WF2A 1CGWA 1DEDA 2D22A 2YOCA 3CHEA 3WKZA 3MMDA 3MUZ1 4XZBA 2DSKA 2E9LA 4AD4A 1CWYA 3W6MA 1HJQA 2IXVA 4DWSD 4DWSB 2YL6A 1UWRA 1WAWA 4QLLA 1VEPA 4PUEA 1LLOA 4EAMA 3W38A 1V6WA 3AI0A 5CPTA 2BFGA 1V3HA 1UG6A 3LPFA 4A3HA 3AS3A 1C8XA 4AZIA 3BAIA 1B1YA 1MXDA 3UG4A 3S2CA 3TONA 1W91A 2BHZA 1J9YA 5AC4A 2D2OA 1BYAA 3AMKA 1R86A 1UUQA 5A6LA 3WQ6A 4E8CA 2XVNA 1UR1A 5A6KA 5JIWA 4RE2A 3TTOA 3VPLA 1VBUA 3O6AA 1OM0A 2DSUA 4QLJA 5BXSA 1JZ4A 5IFTA 3SUWA 1S46A 4P7RA 3WDRA 3NDZA 3WFZA 4H41A 4TTGA 1JAKA 5C70A 2BXYA 3GM8A 2XVGA 4JL1A 4J3VA 1UD4A 2WBKA 3KWXA 1V3KA 2V38A 4PRWA 3BGAA 1XSJA 4J27A 1UWIA 2W4XA 3AXIA 1EOKA 1QBAA 2BHUA 4AEEA 1UWTA 3ZR5A 2WVSA 4TVDA 1UH2A 1DWAM 1OIFA 2D3NA 2VX4A 3O9NA 1BPLB 5HDRA 3AMDA 1SMDA 3A6OA 3ZJ8A 1JDAA 1GOOA 1GHRA 1VJSA 1NWSA 4OJYA 1M04A 1QPKA 1W1YA 3T09A 1OD0A 4P7LA 4DWSC 3ZR6A 3WFLA 4D1JA 1HL8A 1DWFM 3CZJA 1TVNA 4YPJA 2UY5A 1Q6DA 2ZX5A 3MKKA 3GYCA 4KH2A 3MU7A 1WP6A 2G3NA 4A3YA 3E1F1 2VVNA 3BAYA 4ZFMA 3BAXA 4RL3A 3AYRA 3L4UA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3KS6 A;  4RKA A;  1YPX A;  4B2D A;  3RUB L;  3S27 A;  4K2S A;  1Q5M A;  4EAN A;  1OK6 A;  4NAF A;  4DR4 E;  1HE9 A;  3AHX A;  2ADA A;  3QMT A;  3SFK A;  4IF2 A;  1JR8 A;  1TV5 A;  1H09 A;  3JYY A;  4R34 A;  1MDL A;  1OXB A;  3D6N A;  3GM3 A;  4Z2I A;  4XQ1 A;  3ARW A;  1I1W A;  2GOU A;  1VB5 A;  4EK7 A;  1WZK A;  1YZC A;  3NPV A;  2RDT A;  3WNO A;  1D7F A;  4WOQ A;  1B4K A;  1KBL A;  4S3J A;  4GBD A;  2NVD A;  3SCW A;  4QCF A;  4BS9 A;  4R2A A;  2OEJ A;  1HN1 A;  4ERG A;  3AMC A;  4JUR I;  4Q4S A;  1RZM A;  3OG3 A;  2J7F A;  1AW2 A;  2OKU A;  5IY5 C;  1QTW A;  2PDC A;  3NYZ A;  1EC8 A;  2OPJ A;  2O9X A;  2PB1 A;  1I2Q A;  4GI4 A;  4E18 A;  4BEU A;  4WFT A;  2DH3 A;  3VDB A;  3FGC A;  5TD4 A;  1UW9 A;  2ZRU A;  3SEP A;  3G1Y A;  3ALF A;  4IPP A;  4DNH A;  2IUZ A;  1L4S A;  3ABX A;  1JIB A;  2I15 A;  3ITF A;  1JVN A;  2DH2 A;  4ADS A;  3Q65 A;  4D8Z A;  5EMM A;  4CD6 A;  3R0K A;  3PUG A;  1G6C A;  3PZM A;  3GFZ A;  2W61 A;  3TK0 A;  3AQB A;  3SIM A;  3CBW A;  4AVO A;  2XGB A;  2L8T A;  1R38 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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