5AC5A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with glcnac
Total Genus 265
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
265
sequence length
625
structure length
625
Chain Sequence
VRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDEAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 265
structure length 625
sequence length 625
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5ac5A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ac5A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5ac5A01
3ARSA 5BXRA 4UZSA 2ZUTA 2VL4A 4CVUA 4KGLA 5JBEA 1NP0A 2VRKA 1BPLB 5I24A 5HNNA 3ARPA 3PN8A 3UG5A 3CZGA 4JAWA 1A47A 2ZXAA 1H0GA 5EMYA 3AICA 2XGIA 3TTQA 1CXLA 3SCSA 3BH4A 4HTYA 1W91A 4E2OA 5C8BB 5IFPA 1KR1A 3QOKA 4CCCA 5KEZA 1UA7A 1J0JA 1JZ2A 3CZKA 6TAAA 1B90A 3UG4A 1QI5A 5CLTA 1E43A 2WCSA 2E9LA 3WEOA 2DH3A 1TR1A 2YLLA 4OOUA 4H2CA 3EMQA 3ARZA 1UQYA 3ARXA 3MO4A 3M7SA 4IISA 1DWGM 3CHDA 1J0KA 2XIBA 3GM8A 1OSEA 1FHDA 1I75A 1WZMA 1CXFA 2CYGA 4OUEA 4HOXA 1R7OA 3PBGA 4S3JA 1QI3A 1BG4A 3WF4A 1V3MA 3LPPA 1QHPA 1C8YA 3W28A 2CHOA 3B9EA 1PX8A 1E5NA 2WHJA 3WDIA 4FMVA 4YHGA 4HOWA 1V08A 3AXXA 4Z2HA 1MFVA 4UOQA 1M03A 2XVKA 1VJSA 2CXGA 3SCVA 3MUIA 5IHSA 1JFHA 4M80A 2CBJA 2ZE0A 3CZLA 4AD4A 4B15A 4HPHA 2XG9A 5CPTA 3U5YA 2WZEA 1Q6GA 3S6TA 4HZ7A 1GONA 3WDPP 1GQJA 4QFUA 3WNKA 1J10A 3AIRA 4V27A 4JFSA 1BSIA 1WNOA 2BHYA 1V6YA 4PBGA 5I2UA 2YA1A 1QI2A 3WH7A 3VGEA 4MTVA 1FH8A 1R86A 1OD0A 1TUXA 3ZJ8A 2OYKA 1FP9A 1H4PA 1FOBA 2WCAA 3KE0A 2ZUWA 3VO0A 3AYSA 4CN6A 4IPLA 5A6SA 4B9ZA 5M5DA 3CMGA 1MQPA 2BFGA 4PMUA 1BGAA 3N17A 4TTGA 2HVMA 2ZWZA 5DEZA 1E71M 1EO5A 2JIEA 1JYNA 5A6BA 1UZ4A 1BYBA 4TTUA 4UZUA 3MV01 3GDBA 1QNOA 3N04A 4P7OA 4Z2GA 4PYSA 1B3WA 4AZCA 1ISXA 1C92A 4W85A 3VD4A 1E1FA 4OBSA 3W25A 1OGBA 2J7BA 5KZ6A 2BNJA 4CKQA 2VQUA 5JBDA 4HMCA 1HJVA 3MKKA 1V3KA 2PWEA 3VX1A 2X0HA 2BHZA 2F2HA 2VI0A 1V3HA 5E0FA 2O9OA 4DUVA 5AC5A 3IK2A 4AXNA 3VILA 3ZSSA 2OYLA 2C0HA 5IHRA 3CHEA 1JG9A 1F4HA 3OLGA 1JF6A 4JCMA 4W89A 3A6OA 4MB5A 2JF7A 1TCMA 3GZAA 3WL1A 3ZJ7A 1C8XA 3RPMA 1W2VA 1NWSA 2YJQA 1CGYA 4QLLA 3GNOA 4LQ1A 3SCNA 1B3VA 2G3JA 2GJRA 5FOOA 4GKLA 1L8NA 4JKKA 2J77A 4PSPA 7CGTA 4ZEPA 2VJXA 1DTUA 2Y24A 1VENA 1KBKA 2ZUVA 4EAMA 4H8HA 1HKJA 3CZJA 1H5VA 1MW0A 3KEHA 3OLDA 4CN1A 3W24A 2YBUA 2GJXA 2J7GA 2J47A 4MB1A 2OYMA 2GVYA 1KQYA 3WNMA 4MDPA 2J79A 1JXKA 4U2ZA 3ARWA 5A3HA 1PIGA 3B8SA 2VZUA 1MW2A 2VNCA 1J9YA 3O9NA 3OA5A 1E4LA 2J75A 1KXHA 2CETA 2WSKA 4BQ3A 2J25A 4DUXA 1W9UA 8A3HA 2ZUNA 3PTMA 4CU8A 1V02E 2EJ1A 1WPCA 2JFEX 1WZAA 3APGA 1H1NA 4ML4A 3PZQA 1E6RA 4J28A 4C7GA 1X6NA 2DSZA 5CSYA 5ABGA 4V28A 3THDA 1KWGA 3QHMA 4W7WA 3FAWA 2XM2A 2WBKA 4D1JA 1HN1A 4WSKA 1ZS2A 1M53A 3T09A 4W93A 1OB0A 3DECA 3F5JA 3NUKA 5LA2A 2OWCA 1GHRA 1H41A 2EPMX 4GZEA 3VX0A 1EDGA 2J8GA 4LYRA 2YKKA 5I77A 4F79A 3VMPA 5ABFB 4P8XA 3ZT7A 3WUBA 2CPUA 4PUEA 1VJZA 4PMRA 2X05A 3TTOA 5CZKA 1DWAM 4PUDA 1NP2A 4A4AA 4QP0A 3EBVA 1MW1A 1VEPA 4LYQA 5D9NA 2VVSA 1QW8A 1AVAA 2JE8A 4GO9A 1UKPA 2CNCA 1OM0A 2DQXA 1ZBKA 2CBUA 2NT1A 4PN2A 2BY0A 3VIFA 1EO7A 3OG2A 1V3LA 1NOWA 5I78A 4MB3A 1DWHM 3O2LA 1XHGA 3HJEA 4AY1A 3OB8A 3VGBA 3BMVA 1LG1A 5FL1A 3BSHA 3ARTA 2UY2A 1GCYA 3WQ6A 1CGUA 1OIFA 2GSJA 4AZ6A 2G3IA 3AXIA 2EPKX 2TAAA 4A3YA 2D0HA 3CUIA 1HXJA 1KCLA 5GPRA 5I23A 4OZOA 1I1WA 1TE1A 4OJYA 3HMCA 1E40A 4MNLA 4PTMA 1UWSA 4CD7A 3LPFA 2YOCA 3K1DA 2ZXQA 2W62A 3ECQA 4XX6A 3II1A 2PF0A 3HU7A 2XFRA 3ZM8A 2V5DA 4M81A 2ZXDA 5E9AA 1UR2A 1QOXA 3TOPA 2BXYA 4FLSA 2ZX5A 3GXIA 2VRJA 1E72M 3WNLA 3VKKA 5A6JA 3TONA 2W91A 3VGGA 1DWFM 3CUGA 3SCTA 3ZSTA 2J62A 4DWSA 5I3DA 2XUCA 4UR9A 3AIQA 2J4GA 4PMXA 1K9TA 3W81A 4U3CA 3UERA 3VD3A 1W9DM 4P7QA 4ATDA 4CN4A 3K46A 2W4XA 4U2YA 2WVUA 4W84A 5M03A 2UY5A 3PZGA 3AHTA 1MXDA 1DWIM 1EQCA 4QLKA 1D7FA 2GDVA 2Y8KA 1UYQA 3GNRA 1NOFA 1P6WA 4D6IA 2BS9A 3D3AA 5I5RA 3W27A 1LWHA 4HOZA 1PPIA 4B9YA 4TUFA 1GJWA 2ZUSA 2YDSA 4TVUA 2Y4SA 3GH7A 3VVGA 2XVNA 1CENA 4NRRA 5DT5A 1HP4A 2G4FA 3VD5A 4PMOA 5CGTA 2ZWYA 1UWRA 2EXOA 1CTNA 4OKDA 1NOUA 2DH2A 5M3WA 4JFWA 4HZ8A 3LPGA 2A3HA 4OOZA 1UZ1A 1JDCA 1GOMA 3EMZA 3ZR5A 2BY1A 1VEOA 4XV0A 3VTRA 1SYTA 4RL3A 2C7FA 3WMSA 1W3HA 4E8CA 2WB5A 5F7UA 1BAGA 1VBRA 1G1YA 1GVYA 1RH9A 1HJXA 4GXPA 4XZWA 3RJYA 4UQBA 1TVPA 2FHFA 5IFTA 5CPQA 2E8YA 1HT6A 5CGMA 4CVWA 3CGTA 3MSGA 2YA0A 4HU0A 4Z2LA 4KMQA 4JL1A 3VM7A 5ABEA 3RDKA 2XSAA 1LL4A 1UWTA 2VR5A 4AZCB 2WKGA 4D72A 4CU6A 2FGLA 1GORA 1CDGA 1HVXA 1C7SA 2J7EA 2RGLA 2WMFA 2BVTA 1LLOA 1QNQA 1E5JA 3PHAA 1GJUA 3VGFA 5LA0A 5HPOA 3T2PA 2DT0A 3WQ5A 3AFBA 4E8DA 2DT2A 2E4TA 3WD2A 1JGIA 1RP8A 3OGRA 1B1YA 4D6DA 4M1RA 1QNPA 3AIBA 2X8RA 3EDKA 4A3HA 1JNDA 5ABHA 5DFAA 2WCGA 3W82A 3W37A 4L4PA 1LG2A 1ZJAA 3BSGA 2YL8A 4AISA 3L4TA 4UFHA 5BROA 1W3LA 1OINA 4PCTA 1UKSA 1W9BM 2D2OA 5CQ1A 4ZE5A 4EANA 4MNKA 3PZVA 3CHCA 2X0YA 3A47A 1JI1A 1MWOA 1WZLA 3SCOA 3WFZA 4WSJA 1E70M 2W66A 1D2KA 1J0HA 1XGZA 1V3JA 1CNVA 2Z1SA 5BRPA 1Z32X 2GJXB 4WKFA 4F8XA 1OIMA 2XPKA 3SUWA 1EHAA 1O6IA 1OWQA 1B3ZA 1FA2A 4HA1A 1VFFA 1C3FA 2VOTA 1LF1A 1JDDA 1NWUA 1K6AA 1PBGA 2BXZA 1QI4A 3WD0A 3LMYA 2Y2WA 2XM1A 1YQ2A 4UFIA 2FH8A 3VD7A 3BAKA 1TVNA 1JZ5A 5A6BD 2XHYA 1QW9A 2J8FA 3ZMRA 2QPUA 4JHZA 3U7BA 1XH2A 3QR3A 4P8VA 2D3LA 5A94A 2DSKA 2XVPA 4HPGA 1HX0A 4W5ZA 1NARA 1GOOA 3CUFA 1GOWA 1Q6EA 4JKMA 1CXKA 1V3IA 3QGVA 3ARVA 2XFFA 1J12A 3K8KA 4UQDA 5HDRA 3MUY1 1VEMA 3AIVA 2G3MA 3T2QA 5CXPA 3W29A 1PJ9A 4M56A 1TA3A 3T0DA 3A4AA 1CLVA 2ZIDA 3VNZA 2DPEA 4EK7A 3WKZA 3WFLA 3DHUA 2DIEA 4QLJA 3W0KA 5D9OA 4AWEA 2OSWA 2VZSA 4R27A 2WMIA 1LWJA 3CZEA 2DSWA 6A3HA 3MMDA 4J3TA 5D8ZA 4MAVA 4AZHA 3CUJA 1JFXA 1GUVA 1G5AA 2DDXA 4HZ6A 3KL3A 3WQWA 4BQ4A 1ZJBA 1MQQA 4RE2A 2ZX6A 4JHOA 1IV8A 4BF7A 2E9BA 4UQ9A 2F61A 3ARYA 3PZIA 2D24A 1CPUA 1KCKA 4ATWA 1E6PA 4PMQA 3U7VA 3F5KA 4CCEA 4GIAA 1TMQA 5EBAA 2WHMA 1JXJA 2JEPA 2W67A 1GVIA 1G01A 2G41A 4BS0A 3T0BA 1J0IA 1AQHA 4AZBA 2G3NA 3F5LA 2WWDA 3WMBA 4MJ2A 1NWRA 1GW1A 1BFNA 3WIJA 2WVVB 4BQ2A 5BCAA 1J0YA 3KWXA 1EOKA 3U5UA 2VZTA 3M07A 2ZXBA 2ZX7A 2FH6A 1E4NA 3FHAA 3L4WA 3EMCA 2VRQA 5IDIA 3MU7A 4D6HA 1KWKA 3NYDA 5BXTA 4JFUA 4N0RA 2QHAA 3KL5A 2BY3A 3NSNA 4B3LA 1TZ7A 2OLHA 4BCEA 3WH5A 4OIFA 1GOKA 1VAHA 4CU7A 3G6LA 3WL0A 4ZFMA 1E6NA 2EEXA 2G8ZA 3AJ7A 3SCQA 2ZOXA 3BAYA 2XJ7A 3ZJKA 1PX4A 4IPNB 4DWSB 1KR0A 1KGWA 1Q6DA 5TD4A 1X1NA 3DHPA 2O92A 3WDJA 2D20A 1XV8A 2J78A 3L4VA 1ISVA 1UD4A 3SCWA 2WMGA 4JL2A 2WZIA 4LYPA 2WC3A 4HMEA 1VF8A 3AYRA 3U57A 4W7VA 2CHNA 1JNEA 1H09A 5A69A 2FHBA 4BQ5A 2XWEA 1UD6A 2PBOA 1BGGA 3A3HA 4W8LA 4KRUA 4DM2A 1KFWA 1BYAA 4DUWA 3L2LA 1MYRA 2UY4A 1OD8A 1ISYA 2ZX9A 1XSJA 2ZUUA 3BCFA 4MAZA 2OSYA 1JZ3A 1V6XA 3TTSA 5BWFA 1UD3A 2ZUMA 4ACZA 2VX5A 2WSPA 4CD8A 4YN5A 3WH9A 4PRWA 1UR4A 1B30A 5E0CA 5C71A 4MNJA 3WF3A 2W63A 4KWUA 1V6WA 2X2YA 4WIWA 1B2YA 1UKQA 3GH4A 4GQQA 1JYWA 2CKRA 1CWYA 3KZSA 4MADA 1C91A 1VBUA 2ZX8A 4J3VA 1HL8A 1BVNP 4AEFA 3OGVA 3OLEA 1IZJA 3W53A 2WAGA 3WENA 5GQBA 1V0NA 2CERA 2VX7A 2J7FA 2Y5EA 1GQIA 1WDRA 3DC0A 1XSKA 4PMZA 1JDAA 3WBAA 1W32A 1S46A 2PB1A 4AIOA 4LPCA 2VCBA 2W61A 4Z2KA 4CGTA 3AZSA 2CKSA 4DWSD 4TVDA 1M7XA 3D5HA 2W5FA 1OGSA 3VIHA 4N42A 4IUGA 3PZUA 3FXYA 1WDSA 4PMVA 3QHOA 4JFVA 2NSXA 1HKMA 4P7RA 2WMHA 3AMGA 4WKHA 3WD4A 1XRVA 1M01A 3PZMA 4PMDA 3B9AA 3VINA 2C8NA 1R85A 3BXWA 3VMNA 2VMFA 2BY2A 1UH4A 2JALA 5CPSA 4U5IA 4AD5A 3W6LA 2VX4A 1RPKA 4PTXA 5A6MA 1UR9A 1CLXA 1H0IA 2DGAA 3FW6A 3GBDA 3I3DA 4GI8A 1E4MM 2WMJA 1QNSA 2PBGA 4B3KA 5E6YA 2YL6A 4YHEA 2WANA 1K9DA 1XSIA 1JZ6A 3SCRA 1ISWA 3IJ9A 1JD9A 1EIBA 4J3WA 1UKOA 1UQZA 5BYWA 3O6AA 3VUPA 4X0NA 1QBBA 1HP5A 2GDUA 3VIIA 3UR8A 3UEQA 3WH6A 5DMYA 1BTCA 2WVVA 3MUZ1 3EDEA 1UG6A 4M8UA 3WBEA 1C93A 4M82A 3ZOAA 2Q8XA 4BZYA 2V38A 4WKAA 1UR0A 4ZXOA 4ZXLA 2UWFA 1FP8A 1DP0A 3NDZA 1PIFA 3SUSA 1PZ2A 2EQDA 1QVBA 2E9MA 1E6XM 3N12A 2QPSA 5E09A 1D3CA 2VQTA 3GXFA 3N18A 3OZOA 4W88A 2FGZA 2WLZA 5A8MA 1CZ1A 3CTTA 9CGTA 3NJ3A 2D23A 4F9JA 1W9XA 4GPNA 4HP5A 4UQAA 2VZVA 4H04A 3QOMA 3VOCA 1KQZA 5BXSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1DV7 A;  3V5Y A;  1PCW A;  3M0M A;  3WF0 A;  2I9E A;  1OGG A;  3G6M A;  5CPO A;  2Z1K A;  4O1D A;  1MMF A;  1VS1 A;  4MVS A;  5BRQ A;  1J96 A;  3S27 A;  3SUT A;  5A2A A;  1VLW A;  1PAM A;  1G0C A;  5ECU A;  3EJN A;  6CGT A;  5LGZ A;  1DXF A;  1C02 A;  4BC7 A;  4L4L A;  2QVN A;  4C6E A;  5E33 A;  4XO7 A;  1A5S A;  4IGM A;  1Q13 A;  2Q8U A;  1W3T A;  1OCB A;  1EH9 A;  1VLI A;  1CGT A;  1H1Y A;  3G3M A;  4ZA0 A;  2Z1X A;  3G3D A;  4QIT A;  4G7O F;  3QC3 A;  2L81 A;  1NAL 1;  3RMP A;  4IXH A;  4DEL A;  1MNE A;  4PUW A;  5D03 A;  1J11 A;  2XM4 A;  2OOF A;  4N6H A;  4YYF A;  3ALF A;  3SFW A;  4I1M A;  2JKA A;  4R2A A;  3WEM A;  2QV4 A;  4NTA A;  1FJG E;  4H6K A;  3WNP A;  5HUP A;  5G4E A;  5HUO A;  1TKK A;  4UFK A;  3TQ0 A;  3UPM A;  2VQE E;  3Q45 A;  1S38 A;  1RMD A;  1ESW A;  3W2V A;  4IIC A;  1XD0 A;  4F9D A;  3W1N A;  2ZRV A;  1BLI A;  1CXH A;  3M43 A;  1H11 A;  1TV8 A;  4C5Z A;  4MND A;  5I03 A;  1HNY A;  4PTW A;  1KFB A;  1Y7V A;  1GYN A;  1OX4 A;  4ROP A;  4QG8 A;  4OBR A;  4YT8 A;  3AJX A; 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 3HGO A;  2VR4 A;  3O6Y X;  5L0C A;  3K5X A;  5F2M A;  3RU6 A;  4HA4 A;  2Q01 A;  1BKH A;  4YYC A;  2YLG A;  1HJU A;  5EFD A;  4S3G A;  3TC3 A;  4W5U A;  3M1Z A;  5FEX A;  2JBM A;  3BUV A;  4IGG A;  3RIP A;  4GH3 A;  3EB2 A;  2YPN A;  5DMM A;  3CO8 A;  3VOH A;  4HCD A;  4LB4 A;  5K9D A;  4KEZ A;  3LBC A;  1FKA E;  3G8E A;  4ZQC A;  3DBP A;  2J7D A;  2XN1 A;  3FCP A;  3K1G A;  3FN9 A;  1EPX A;  1QFE A;  1U22 A;  2IBF A;  3QKZ A;  2HQA A;  2VUR A;  3QPY A;  1BBO A;  1W1I E;  3DEQ A;  3VCC A;  1REQ B;  1QU4 A;  3NIY A;  2XVG A;  4AG0 A;  1TV7 A;  3F2C A;  3TWB A;  1QBA A;  1KTB A;  4CD6 A;  3JTL O;  4WD0 A;  4J3U A;  3GHS A;  2OPJ A;  4X65 E;  1VPX A;  1QPK A;  3UET A;  4TX6 A;  2QUV A;  4O1E A;  3AIE A;  2LUP B;  1VOM A;  1JPH A;  2J74 A;  3GVR A;  5D91 A;  3M46 A;  1TWI A;  4M29 A;  3KFT A;  4AZG A;  3E2V A;  4A3Q A;  2WWC A;  4EAC A;  2FFI A;  3N6Q A;  2CTD A;  4P61 A;  3OQ8 A;  3IJI A;  5I7G A;  4AZI A;  4R33 A;  1YTE A;  3S9I A;  1IEI A;  4ENL A;  3ATZ A;  5GNY A;  3SQM A;  4C1K A;  2OZ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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