2Q1ZB

Crystal structure of rhodobacter sphaeroides sige in complex with the anti-sigma chrr
Total Genus 36
2040608010012014016018005101520253035
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
193
structure length
185
Chain Sequence
TIRHHVSDALLTAYAAGTLSEAFSLVVATHLSLCDECRARAGALDAVGGSLMEETAPVALSEGSLASVMAQLDRQIADPRAPAPLADYVGRRLEDVRWRTLGGGVRQAILPTGGEAIARLLWIPGGQAVPDHGHRGLELTLVLQGAFRDETDRFGAGDIEIADQELEHTPVAERGLDCICLAATD
2040608010012014016018015010050
05101520253035Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTIV3 (111-114)AH3 (36-55)TII1 (62-65)TII'1 (91-94)3H1 (94-96)TIV2 (96-99)TI2 (101-104)TVIII2 (102-105)S1 (108-109)S3 (126-132)TIV7 (172-175)S6 (162-163)S5 (156-157)TIV5 (143-146)S4 (147-153)TVIII3 (151-154)S7 (167-171)AH4 (65-72)S8 (180-181)AH2 (22-34)AH1 (9-17)TI1 (87-90)S2 (115-119)TIV6 (158-161)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transcription
source organism Rhodobacter sphaeroides
publication title A conserved structural module regulates transcriptional responses to diverse stress signals in bacteria.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RpoE, ECF SigE
total genus 36
structure length 185
sequence length 193
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF12973 Cupin_7 ChrR Cupin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1320 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 2q1zB01
2.60.120.10 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2q1zB02
1YFWA 1UD1A 4MGZE 4ONUA 3HUGB 3N4MA 4XFCA 2QJVA 3KMHA 1NYWA 1QWRA 2QVSB 2N7GA 4AQ6A 4IEXA 4IEWA 4FBFA 5FQ0A 5J7MA 4N9HA 2FMYA 1X8EA 4L2NA 3D0JA 3C3VA 1CAVA 2QCSB 3EO6A 1CAXB 1ZZCA 4QMAA 2UYBA 4P9GA 2GC2A 4IEQA 3RNSA 3SCGA 4N9IA 1WGPA 4IEOA 1I6XA 4META 4PIZA 5JCTA 1ZZ9A 4GULA 1UW8A 4LULA 2IC1A 2XHKA 3OF1A 4Q0PA 4XFFA 2C0ZA 3ELNA 3RYPA 4AVCA 5I0TA 1EP0A 2GAUA 4EWEA 5JR7B 2OZ6A 4I0AA 3E5QA 2PA7A 5EZWA 4Z07A 1HW5A 4FAHA 1LKNA 5BY5A 1SFNA 2H6CA 2WFPA 3IWZA 3HT1A 1J1LA 4MGYE 3UKVA 4I3PA 4XF9A 4I01A 4XF0A 3RDIA 5I8TA 1LR5A 2XLFA 4KWJA 2MNGA 1O5LA 3E6BA 2GC3A 1ZZ7A 4IEZA 4QGNA 5BXXA 2PHDA 1ZNPA 4EWAA 3U11A 2DCTA 3KCCA 3FJSA 4HN1A 4QGLA 3B02A 1XE7A 4JVAA 1EPZA 4YARA 1TQ5A 5KHJA 3H1YA 3NSTA 2MPFA 4KL1A 1CAUB 4LUMA 4J1XA 3QACA 2Q0AA 2IXCA 1VP6A 3D0SA 4PIYA 1YFYA 4IEYA 4XEZA 1LRHA 3FE5A 1CAWB 3RPQA 4HSLA 3UKNA 2D40A 2FQPA 2EAAA 5CU1A 2Q30A 3OGJA 1RUNA 5BPXA 5LRRA 1FXZA 5JSPA 3SCHA 5I91A 2XGXA 1J59A 1ZRCA 3ES1A 2CV6A 3QOPA 4YNIA 1J3QA 1J3PA 4HSJA 3BB6A 2UY8A 1DZTA 5FLJA 2GH2A 2CAVA 4B29A 4F8AA 1IPJA 4CYDA 4MUVA 4Q0UA 2Z2SB 4FAGA 2PAKA 3KGZA 1RUOA 4WBBA 3ZDSA 4MX3A 2BYVE 1NXMA 4OFGA 4XFAA 3PLQA 1X7NA 1NE4A 4MGIE 3H50A 1Y3TA 2VQAA 1VR3A 4BHPA 4OLLA 1EYBA 5J3UA 4PIXA 4AQ2A 1PMIA 3JZVA 4BIFA 4NQWB 1O7FA 5HI0A 4QM8A 3IBMA 4FT8A 2OZJA 3EHKA 4HBNA 2B5HA 1CAXA 3FX3A 5BUVA 3NVCA 5LRSA 3H1MA 3H3UA 3E5UA 4D7TA 4LA3A 5FLIA 3BALA 3DL3A 2K0GA 4YSFA 5E1RA 4XETA 4BH9A 3FFQA 3D82A 1OD5A 5KHGA 3CEWA 4E2GA 1J58A 2XKOA 4DINB 1WA4A 4K8FA 5CVRA 4X6QB 5FLHA 3FHIB 1VJ2A 3E6DA 5JSRA 3FZ3A 2BNOA 2GC0A 4E2SA 4I09A 4IESA 2Q4SA 1ZVFA 1ZZBA 3EBRA 2UYAA 4XFHA 4XFBA 3ST7A 2VECA 1XRUA 3RYRA 4JV4A 4E2QA 2IXKA 4HLTA 4O9GA 2EVXA 2MHFA 3NKTA 1G6NA 3CLPA 3HQXA 1O3TA 1QXJA 2IXHA 5I8YA 4Q0VA 2B8MA 4YRDA 3UKTA 4ZU7A 4IETA 1I5ZA 5J48A 3RYKA 4KU8A 4EROA 1YWKA 1Q5OA 3LA3A 1CAUA 3OD0A 3SHRA 3I59B 1UIJA 3I7DA 2KXLA 4LLOA 3S7IA 3MYXA 2Q1ZB 2D5HA 4MZUA 3S0MA 2WC2A 3DV8A 4RD7A 5D1IA 1CX4A 2QDRA 3BCWA 4O9EA 4LTAA 3S7EA 2XL9A 4HVQA 5I8SA 3GYDA 4KU7A 4EWDA 3CJXA 3NJZA 1O4TA 4BYYA 3KGLA 5FDBA 1L3JA 3E97A 2ZKLA 3OCPA 3NL1A 4HZFA 1YFXA 2H6BA 5I93A 5C6CA 4F7ZA 2Y0OA 4TLFA 4L11A 4QX5A 1IPKA 4UXAA 3ACLA 5CADA 4ZU4A 3USSA 3G7DA 1H1MA 1ZZ6A 1OI6A 3WW1A 3ES4A 3PNAA 1YHFA 3SXWA 2BGCA 1QXRA 1SQ4A 3LOIA 2P17A 3IDCB 5LEJA 5FPXA 1RL3A 2OYZA 5JAXA 4XF1A 5AVPA 4EV0A 3LA7A 1Q3EA 2OPKA 1FT9A 2IXIA 1QY4A 1OFNA 4MV2A 3WW4A 4XFIA 2HJIA 4WVZA 1UPIA 5F1RA 4H7LA 4XFGA 3HT2A 1DGWA 3GBFA 3M70A 4QXKA 5KBFA 2I45A 2PQQA 5LEKA 5I0UA 3TNQA 4IEVA 3H8UA 1LB2A 2PAMA 3O14A 4HMZA 4WZCA 2H0VA 1RGSA 1YLLA 2CAUA 2IXLA 3LWCA 3E6CC 1ZRRA 2O8QA 5FQ0B 3I54A 5KHHA 5KHIA 2OA2A 1UIKA 1H1IA 2VPVA 4UBGA 1ZX5A 1Y9QA 4Z82A 1CAVB 1ZRFA 4LA2A 4PJYA 3TNPB 5JSOA 3E5XA 2PYTA 1OMIA 3LZZA 4NVPA 4UBHA 2PAEA 2D93A 3PVBB 3SCFA 4J1WA 1O3QA 1RTVA 5I0RA 3VHRA 5K8SA 2F4PA 5E16A 5T3NA 1ZREA 1GQHA 3FWEA 3H9AA 1NZCA 3EQEA 3H7JA 4R52A 1UCXA 3M3IA 2GC1A 3NW4A 4I02A 2XKPA 4LEJA 1O5UA 2HKXA 4X6RB 4QGMA 3WW3A 4KWKA 1J3RA 1X8MA 3I59A 4XF3A 2BNNA 2CGPA 3OTFA 1WLTA 5FPZA 4Q0QA 1CGPA 2ZCWA 4AVBA 4KWLA 3IIAA 1CAWA 4R8HA 1YFUA 2ATFA 3MPBA 2IXJA 2ET7A 1V70A 3ETQA 4I2OA 3H1WA 4AXOA 4D7SA 3MDPA 2UY9A 3CF6E 2XLAA 4MH0E 2BEOA 5BV6A 1FI2A 3CO2A 3ROUA 1U12A 2ET1A 1SEFA 3RZZA 1O3SA 1NE6A 3BU7A 1ZRDA 4ZU5A 2D5FA 1DZRA 5I0SA 1ZZ8A 2GZWA 3HIFA 4YYOA 4XF4A 3U10A 2BNMA 3WW2A 5EFUA 2PFWA 2GU9A 1PM7A 1X82A 2E9QA 2O1QA 1O3RA 4Q0SA 3U0ZA 4ORFA 2PTMA 4JTOA 1XE8A 2V09A 2ETEA 1JUHA 1Q43A 2Z69A 4MGKE 3L2HA 3IDBB 3MZHA 4HVOA 4Q29A 3DKWA 3SMHA 3CL1A 1GQGA 2XL7A 4IEUA 4A2UA 4IERA 1EY2A 1YUDA 2EA7A 2QNKA 3H7YA 5C8WA 2PHLA 3DN7A 3EJKA 3LA2A 3H3ZA 4QM9A 4AVAA 4HN0A 3BPZA 5KHKA 4I0BA 3LAGA 2K9ZA 3KSCA 5FCCA 2B9UA 2XLGA 1DGRA 1RC6A 4IEPA 3R6SA 4LUKA 4JTNA 4HVRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AP9A 1E5IA 2NQYA 3CJIB 3GZAA 2CDOA 5FQ0A 2QVSB 2R5YA 4QHBA 1AYM2 1GWKA 4K21A 3MUZ1 2QCSB 1V6JA 3WY6A 1CAXB 3VSLA 1MBGA 4W8JA 4Q1PA 5FYSA 1QJFA 3R61A 2O8OA 1ETVA 2ZO4A 1A34A 1OQEA 3D5OA 4XBNA 1Y7BA 3PMSA 2LMDA 2ZAAA 3IH4A 1AXZA 1ODNA 1REPC 1B8IA 2WFPA 1SD4A 4MGYE 3UKVA 2BHYA 3E6BA 2X6XA 1O4ZA 3LSHA 2W1QA 4QGLA 4AM3A 2WNOA 1UG2A 4XLNF 2QQOA 2ELHA 2Z99A 4HK9A 1XB4A 1OR7C 2LYCA 1ULPA 2B9SA 1QOSA 5F5QA 3LFIA 2NVXJ 4RBOA 2Q0AA 4GB32 2NXNB 4IEYA 4IHWA 5JFRA 2O5RA 1D5VA 3DECA 1KU2A 4Y24A 2GNDA 2P5VA 2VODA 3QU3A 3JRGA 4BE3A 3DXTA 2A07F 5F27A 5JSPA 1PX3A 5IK7A 3IKVA 1C8M1 4NWVA 3DEMA 2DFIA 1IV8A 2E2HJ 4Y5TA 2JDKA 1IZ1A 2DAOA 1DP7P 1EAH2 4CU8A 4EJTA 4YGEA 4FTBA 3T08A 1VIWB 1WJ5A 4BBRJ 5LGTA 3WTVC 2RHPA 2WV0A 3WNKA 3C7HA 1FOYA 5IOZA 3SLIA 4QTRA 3V8KA 1P7IA 4BHPA 4OLLA 2X9DA 3FMQA 2LF7A 1IXCA 1SDDB 1W8OA 3K6GA 1RUF3 3SZPA 3Q8BA 4XUQA 3FXRA 3TOJA 2NM1A 3N9OA 4YFKF 4GYIA 1EJ9A 1XYNA 4GQ7A 4K1YA 4D7TA 1TNRA 2MEV2 5DG2A 2ELKA 3KZZA 1QJX3 1QGPA 4NPMA 4JX6A 1GZ9A 2Y6JA 2PMZN 3VYUB 4QPQA 2C9KA 2BOJA 3B94A 2R7DA 4CEYB 2QLZA 3LAJA 3HN1A 5JR3A 4EJRA 4XUTA 2ZBJA 2R043 1YG2A 5JSRA 3B73A 2NLRA 3OBAA 1QJU2 1UHWA 5L7OB 1RVF1 4XCBA 1HN1A 2UYAA 3VBOA 4C3JJ 3GTMJ 1XRUA 1SLBA 4QPYA 1HRI3 1SLLA 1QHDA 4XLAA 2JECA 2IXHA 4AC0A 3BYWA 4G9YA 2V4VA 2E32A 3AP7A 4OHYA 4LR4A 1ACCA 4AVTA 3R4KA 1UXXX 1UMZA 4IKFA 4YIFA 2IA1A 3CJTB 3AKRA 3DPTA 1CZVA 4M3CE 5GTHC 3WP3A 3AKQA 3U1XA 2BWAA 4BB3A 2QDRA 2F5DA 1PGW2 2GP5A 3T2OA 2HPMA 3FK6A 4B47A 1A35A 3D6EA 2Y60A 4DO0A 3IL2A 4QQLA 5TISC 2XB0X 2AQEA 5B1AH 4E8DA 1TMF1 2Q2EB 4F3QA 3TN91 4Q4W2 5JI6A 2PEXA 3TOAA 5FPLA 1BK1A 1OI6A 3ES4A 2HWVA 2XC7A 2V1DA 1C1LA 4XZPA 5CG9A 4LOSA 2K9QA 5M5XJ 3RWNA 3KQ4B 2D6KA 3IWFA 1UZWA 5CKMA 5CAZA 3HOVJ 2VNGA 5F04A 4UF0A 3U9GA 2OUHA 1JHNA 1YJLA 1LB2A 2VZ1A 4WM7A 5T5JA 3ISPA 3ENRA 4WZCA 1RGSA 1MNDA 3U4SA 1FNYA 4CDQC 1H88C 4W1UA 1SFKA 2W47A 4S2FA 1FPN1 3WODF 5F6LB 5KHIA 2EZKA 4ZONA 2O8KA 2VPVA 3BR5A 3LQQA 1ZX5A 2BV4A 1W05A 4YVWC 3GF6A 4RSUA 4Z92B 4RQPB 5DCMA 1OMIA 1YW7A 5L19A 5BOXA 3PVBB 3NV2A 2QBXA 4XL9A 3I2OA 1W6NA 1QQP1 1P4AA 2VO5A 3DKYA 2DA2A 4R52A 3OYWA 4FFHA 1RMU2 4RB0A 1QJEA 4U87A 3TDZC 1X8MA 4EZ4A 2A5WA 1AL23 3OUIA 4P1WA 1H8TB 2LY9A 2FJ1A 4MNUA 4BACA 4LIVA 3JTGA 1CIWA 2VCCA 1ULCA 1HQWA 3ZMOA 4HOOA 2IGKA 3TW7A 3R05A 4MADA 4Y20B 4MGRA 2IGNA 4B1RA 1MSEC 4MH0E 1KQ8A 4AEDC 3P9IA 2VNRA 2EXIA 2W57A 1DZQA 4JGZC 3WDWA 1VAVA 3F6VA 4I7HA 4LO5B 4NIDA 5LA0A 4WVMB 1MZBA 3DWLE 3PSFA 3MW4A 4U7BA 2J22A 3U0ZA 2PLV3 2J5PA 3NEUA 3C8XA 2V09A 5T52A 2W5FA 4NPRA 2JG9C 2ADUA 4Q4V3 2P6SA 5C70A 4QPIA 3H7YA 4N53A 4JK1X 4XVHA 5C8WA 1IAWA 2D44A 1MEC3 1S2KA 3VDDB 3VBFB 1RIRA 2FDHA 4HDVA 4ARXA 4MHGA 4QSHA 1MBKA 1HN0A 4TZDA 5FZ8A 2ESNA 2ZPXA 5FAXA 4FOVA 3N4MA 5D4RA 2J1EA 1LNSA 2QJVA 2WNVA 1URXA 1N3OA 4ZTJA 2VM9A 3KIOA 2CU5A 1HV1A 1NHAA 4N9IA 4UVAA 5JCTA 3UR3C 4HLYA 2HXOA 2VZRA 2IC1A 3VD7A 3OMYA 3RYPA 5L9VA 2JJ7A 1R1VA 3K70C 1Q1VA 2FD8A 3PL0A 4BBSJ 4FAHA 2E1NA 1LKNA 1HB3A 1ZBE2 4LPLA 5BY5A 1WJEA 3IH2A 5K7ZA 3JSOA 4YG6A 1WMFA 1S7OA 3KV5A 3O7OA 1X1DA 2PHTA 1IS6A 1DGWY 1O5LA 3SZGA 4A6DA 3ZXGA 3AVRA 2MC4A 4QGNA 4DQ2A 3R4DB 4EWAA 2JDHA 4EQQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YFW A;  1UD1 A;  4MGZ E;  4ONU A;  3HUG B;  3N4M A;  4XFC A;  2QJV A;  3KMH A;  1NYW A;  1QWR A;  2QVS B;  2N7G A;  4AQ6 A;  4IEX A;  4IEW A;  4FBF A;  5FQ0 A;  5J7M A;  4N9H A;  2FMY A;  1X8E A;  4L2N A;  3D0J A;  3C3V A;  1CAV A;  2QCS B;  3EO6 A;  1CAX B;  1ZZC A;  4QMA A;  2UYB A;  4P9G A;  2GC2 A;  4IEQ A;  3RNS A;  3SCG A;  4N9I A;  1WGP A;  4IEO A;  1I6X A;  4MET A;  4PIZ A;  5JCT A;  1ZZ9 A;  4GUL A;  1UW8 A;  4LUL A;  2IC1 A;  2XHK A;  3OF1 A;  4Q0P A;  4XFF A;  2C0Z A;  3ELN A;  3RYP A;  4AVC A;  5I0T A;  1EP0 A;  2GAU A;  4EWE A;  5JR7 B;  2OZ6 A;  4I0A A;  3E5Q A;  2PA7 A;  5EZW A;  4Z07 A;  1HW5 A;  4FAH A;  1LKN A;  5BY5 A;  1SFN A;  2H6C A;  2WFP A;  3IWZ A;  3HT1 A;  1J1L A;  4MGY E;  3UKV A;  4I3P A;  4XF9 A;  4I01 A;  4XF0 A;  3RDI A;  5I8T A;  1LR5 A;  2XLF A;  4KWJ A;  2MNG A;  1O5L A;  3E6B A;  2GC3 A;  1ZZ7 A;  4IEZ A;  4QGN A;  5BXX A;  2PHD A;  1ZNP A;  4EWA A;  3U11 A;  2DCT A;  3KCC A;  3FJS A;  4HN1 A;  4QGL A;  3B02 A;  1XE7 A;  4JVA A;  1EPZ A;  4YAR A;  1TQ5 A; 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 4IEU A;  4A2U A;  4IER A;  1EY2 A;  1YUD A;  2EA7 A;  2QNK A;  3H7Y A;  5C8W A;  2PHL A;  3DN7 A;  3EJK A;  3LA2 A;  3H3Z A;  4QM9 A;  4AVA A;  4HN0 A;  3BPZ A;  5KHK A;  4I0B A;  3LAG A;  2K9Z A;  3KSC A;  5FCC A;  2B9U A;  2XLG A;  1DGR A;  1RC6 A;  4IEP A;  3R6S A;  4LUK A;  4JTN A;  4HVR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AP9 A;  1E5I A;  2NQY A;  3CJI B;  3GZA A;  2CDO A;  5FQ0 A;  2QVS B;  2R5Y A;  4QHB A;  1AYM 2;  1GWK A;  4K21 A;  3MUZ 1;  2QCS B;  1V6J A;  3WY6 A;  1CAX B;  3VSL A;  1MBG A;  4W8J A;  4Q1P A;  5FYS A;  1QJF A;  3R61 A;  2O8O A;  1ETV A;  2ZO4 A;  1A34 A;  1OQE A;  3D5O A;  4XBN A;  1Y7B A;  3PMS A;  2LMD A;  2ZAA A;  3IH4 A;  1AXZ A;  1ODN A;  1REP C;  1B8I A;  2WFP A;  1SD4 A;  4MGY E;  3UKV A;  2BHY A;  3E6B A;  2X6X A;  1O4Z A;  3LSH A;  2W1Q A;  4QGL A;  4AM3 A;  2WNO A;  1UG2 A;  4XLN F;  2QQO A;  2ELH A;  2Z99 A;  4HK9 A;  1XB4 A;  1OR7 C;  2LYC A;  1ULP A;  2B9S A;  1QOS A;  5F5Q A;  3LFI A;  2NVX J;  4RBO A;  2Q0A A;  4GB3 2;  2NXN B;  4IEY A;  4IHW A;  5JFR A;  2O5R A;  1D5V A;  3DEC A;  1KU2 A;  4Y24 A;  2GND A;  2P5V A;  2VOD A;  3QU3 A;  3JRG A;  4BE3 A;  3DXT A;  2A07 F;  5F27 A;  5JSP A;  1PX3 A;  5IK7 A;  3IKV A;  1C8M 1;  4NWV A;  3DEM A;  2DFI A;  1IV8 A;  2E2H J;  4Y5T A;  2JDK A;  1IZ1 A;  2DAO A;  1DP7 P;  1EAH 2;  4CU8 A;  4EJT A;  4YGE A;  4FTB A;  3T08 A;  1VIW B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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