The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
70
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sequence length |
195
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structure length |
195
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Chain Sequence |
MKRFARKETIYLRGEEARTLYRLEEGLVRVVELLPDGRLITLRHVLPGDYFGEEALEGKAYRYTAEAMTEAVVQGLEPRAMDHEALHRVARNLARQMRRVQAYEAHLQTGELRARIARYLLFLADTPLSARDRQGIYVTVSHEEIADATASIRESVSKVLADLRREGLIATAYRRVYLLDLAALEREAGSALEAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
X-ray crystal structure of TTHB099, a CRP/FNR superfamily transcriptional regulator from Thermus thermophilus HB8, reveals a DNA-binding protein with no required allosteric effector molecule
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transcription regulator
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source organism |
Thermus thermophilus
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molecule keywords |
Transcriptional regulator, Crp family
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total genus |
70
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structure length |
195
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sequence length |
195
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2011-06-03 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00027 | cNMP_binding | Cyclic nucleotide-binding domain |
A | PF13545 | HTH_Crp_2 | Crp-like helix-turn-helix domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain | ||
Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Jelly Rolls |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EFW A; 1ZZ9 A; 2XVC A; 1QBJ A; 4G8X A; 2A68 F; 2B0L A; 1KU7 A; 1WQ2 A; 3CO7 C; 5JFR A; 3FZV A; 4M71 A; 3OCP A; 3J80 K; 4ZU4 A; 4PZJ A; 1Q43 A; 3MDP A; 1K79 A; 4YFX F; 5DCM B; 2EB7 A; 4ZZD A; 1CAW B; 3CO2 A; 4XSX F; 5D5X B; 1SFN A; 4JVA A; 1TQI A; 3FXQ A; 3VHR A; 2NS0 A; 4IVN A; 2D45 A; 2GIV A; 4MZU A; 3E6M A; 1R58 A; 4M9S A; 2RV8 A; 1QY4 A; 3LAG A; 1RIO H; 1I1G A; 1ZRD A; 3WU0 A; 2KXL A; 2YX7 A; 1ZLK A; 5D5V B; 3ECO A; 3V7S A; 5E1Z B; 3EHK A; 1W7P D; 5HS7 A; 1O3R A; 2HTS A; 3DXJ F; 2TDX A; 3Q9V A; 3J81 Z; 1TLH B; 2QUF A; 1XSD A; 4L0Y B; 1IUY A; 3HOT A; 3D5L A; 5TJJ A; 3IWF A; 3WTU C; 1WRJ A; 2NAZ A; 5FPX A; 3K9T A; 3Q9S A; 1T2K A; 1KQ0 A; 3WW1 A; 3KP5 A; 2ISY A; 2UYB A; 3CEW A; 3R4K A; 4M74 A; 3LST A; 3RIR A; 2XAQ A; 3EDP A; 1LR5 A; 4CYD A; 4KL1 A; 2IA1 A; 2OU2 A; 3L09 A; 3EO6 A; 5C8W A; 3QAH A; 4QM9 A; 5JR7 B; 3EYI A; 3U2R A; 3RJP A; 3G7D A; 3QP6 A; 3MZH A; 1SD7 A; 4A5M A; 4KIF A; 4RB3 C; 1FSE A; 4LLN A; 4JTN A; 1SMY F; 2O3F A; 2A5Y B; 3WTW C; 1U12 A; 3C18 A; 2QQB A; 1XE7 A; 2IXJ A; 4RGX A; 4PIY A; 1KYW A; 4FAG A; 3RDI A; 2GWR A; 5JSO A; 2IRF G; 3H9A A; 3USS A; 3OF1 A; 2RN7 A; 1P92 A; 1I5Z A; 3B02 A; 1R1T A; 4GCV A; 2G7U A; 2A6H F; 3ZMV A; 2MH2 A; 4QM8 A; 2GC3 A; 2GA2 A; 2Z69 A; 5DD4 A; 1X7N A; 2QWW A; 1SFU A; 4KFC A; 2EV5 A; 3I58 A; 4WXD A; 3H1Y A; 4G9Y A; 2F2E A; 2BNM A; 2HTJ A; 3PQJ A; 3FHI B; 5CVU A; 1ZRR A; 1YFY A; 2QYO A; 2BBY A; 4L9T A; 5FGM A; 1O3S A; 4F8A A; 3SCG A; 4L9N A; 5K8S A; 5ICF A; 4IEQ A; 1YLL A; 1MGT A; 5ICE A; 3AAF A; 3FE5 A; 1LQ1 A; 3LFK A; 3PLQ A; 1FOK A; 5BPI A; 2A61 A; 3TO7 A; 3NW4 A; 4Y13 A; 3J81 K; 1R23 A; 5FLX Z; 2CQK A; 1O7F A; 3EQL F; 5LEK A; 3HQX A; 3MYX A; 2AXL A; 2IC1 A; 3RNS A; 1UCR A; 2GAU A; 4AQ6 A; 3EET A; 1T6S A; 5C6C A; 4Q0V A; 2P6T A; 3WGH A; 1R36 A; 4HQM A; 4IEP A; 4I98 B; 4ZH4 F; 2E1N A; 1RL3 A; 3LA7 A; 1SEF A; 1Q5O A; 2PI0 A; 5FQ0 B; 3E3V A; 1ON2 A; 5FFX A; 2Q30 A; 2EV6 A; 2NNN A; 4L9J A; 2JTV A; 2RNJ A; 4L5I A; 4KWL A; 5L3E A; 4XSZ F; 1Y0U A; 2JRT A; 1IPJ A; 3H7J A; 4YFK F; 1LRH A; 1XSX A; 5DUK A; 4XRF A; 3KP3 A; 2RVC A; 3MCZ A; 3KE2 A; 2MNG A; 2BV6 A; 2B9U A; 3GUD A; 2CWE A; 2QM3 A; 2HDC A; 3QAC A; 4EJO A; 5HLH A; 3BJ6 A; 4KIC A; 1VJ2 A; 1O5L A; 2PJP A; 2VT3 A; 3M3I A; 1CAX A; 3H1M A; 5BOX A; 1SD6 A; 4X6R B; 1XD7 A; 5KHI A; 2HKO A; 2P7C B; 1I6X A; 4YIF A; 2XAG A; 2EFO A; 4ERO A; 3ZMT A; 4ONU A; 5EEH A; 4OFG A; 1ZRE A; 5J6X A; 1HKS A; 3WW3 A; 2OQG A; 2VOP A; 5HVQ C; 5FLX K; 2NNY A; 4A5N A; 3WGI A; 5K5Q A; 4KDP A; 3KLO A; 1Y9Q A; 1IRF A; 3P7N A; 5E17 F; 3O6B B; 4LLO A; 1X82 A; 1MKM A; 2HKX A; 5LBQ A; 5KBF A; 2CO5 A; 4AXO A; 1YS7 A; 2DW4 A; 4UV9 A; 4FAH A; 1GXP A; 4X6Q B; 3KZY A; 5E18 F; 3B73 A; 1FY7 A; 2RKH A; 2ZJ2 A; 2H0V A; 1HXD A; 2PAE A; 2BYV E; 2CYY A; 1DGW A; 2XHK A; 4HBN A; 4P55 A; 2L4M A; 3HT1 A; 3FFQ A; 5KHK A; 3WW4 A; 2O1Q A; 3BRO A; 4HVO A; 2J5O A; 2F5C A; 1KA8 A; 2CAV A; 1SD5 A; 2UWM A; 4UBH A; 4EMS A; 4BYY A; 6PAX A; 2QBY B; 1YFW A; 2PHD A; 2ZCW A; 2XUB A; 1ZN2 A; 3WU1 B; 1YW8 A; 3LZZ A; 3WTZ A; 3RZZ A; 3GBF A; 2EVX A; 4PGH A; 3VB2 A; 1I1S A; 5E16 A; 1OR7 A; 1ZAO A; 1H1M A; 1QQI A; 1XB4 A; 1MJ9 A; 2Q0O A; 3V8L A; 3GYH X; 5DDG A; 4UHT A; 2V1U A; 2HOE A; 1XDU A; 3I5U A; 4A2U A; 2PQ8 A; 2H09 A; 4WZC A; 1AWC A; 3CL1 A; 5D6E A; 2K86 A; 5AIQ A; 3ROU A; 4D0P A; 1VP6 A; 5L3C A; 4KWK A; 4J1W A; 2KRF A; 3CUQ C; 1LJ9 A; 1TW3 A; 3BPV A; 1QXR A; 4AVA A; 4L11 A; 3HHH A; 2XL7 A; 3JSO A; 1S7O A; 4LG0 A; 3ZDS A; 4MTE A; 1TBX A; 5BV6 A; 1E17 A; 1S7A A; 3HOS A; 4U0V A; 1K78 A; 1IAW A; 4A6E A; 4R52 A; 2D5H A; 4Z82 A; 3LQR A; 5L3G A; 4BQA A; 2ESN A; 3H1W A; 5I8S A; 1CF7 B; 5I0T A; 5BPX A; 1GVJ A; 4Z07 A; 1OPC A; 2F4P A; 3VFZ A; 5I91 A; 2ETE A; 4G94 A; 3GEZ A; 2Z2S B; 1YO5 C; 2M5W A; 1KGS A; 3R61 A; 5AIP A; 4WXH A; 2NRA C; 4MTD A; 2LSO A; 1MJB A; 5CVJ A; 4B8X A; 1IXR C; 1UHM A; 2Z9O A; 1LEB A; 4WBB A; 1O7L A; 2L54 A; 1Z9C A; 4BHB A; 4QGN A; 1W5T A; 1O3T A; 4BHC A; 2IA0 A; 4EGZ A; 4R1H A; 4ENK A; 3I53 A; 2Y0O A; 1FP1 D; 4QXK A; 4LUL A; 1WA4 A; 4QMA A; 3UKN A; 2MBF A; 2FEZ A; 2HFH A; 4AVB A; 4HF0 A; 4IHS A; 1WLT A; 2FML A; 3NEU A; 3H3Z A; 2DO7 A; 4GUL A; 1ZNP A; 3QRF F; 1WWX A; 5ILU A; 2EA4 A; 2DK5 A; 1SD4 A; 3QPT A; 1O57 A; 3T5X A; 3CJN A; 4LK0 F; 1CAU B; 3KET A; 2DPU A; 4HF1 A; 2A3S A; 3J7A O; 3I64 A; 3W6J B; 1J1L A; 1YFU A; 5H6R A; 2PAK A; 2HWV A; 3KP4 A; 1RI7 A; 3KP7 A; 3BWG A; 1XDS A; 4CDG A; 1E2X A; 1ZG1 A; 4KU7 A; 4OLL A; 1XMK A; 2IP2 A; 2L01 A; 4D7T A; 4N0B A; 4JBA A; 1K7A A; 4HVQ A; 4TLF A; 2XLA A; 1OYW A; 4HN1 A; 1L3J A; 2QNK A; 2MLG A; 1UHW A; 4LJZ F; 1TW2 A; 3F8N A; 4LD5 A; 1KYZ A; 1DPU A; 4IES A; 2IXK A; 2MD5 A; 1U5T A; 3D0J A; 1V4R A; 1LDK B; 4M73 A; 1HSJ A; 2EA7 A; 1S8N A; 2DFI A; 2QCS B; 2IA2 A; 3FXR A; 3R6S A; 2V79 A; 1IN7 A; 2O8Q A; 3ZMU A; 3MAJ A; 3QPH A; 4PIX A; 2CV6 A; 1IN6 A; 4XF4 A; 5E1R A; 2EWN A; 2CG4 A; 4RB2 C; 3RKW A; 4AVP A; 2GZW A; 1EH6 A; 2KKO A; 4XF0 A; 4YII A; 2O8X A; 1QWR A; 4NB5 A; 3WE3 A; 1D8J A; 1STZ A; 5EEG A; 3E97 A; 5FDB A; 4WK8 F; 2XRO A; 4FHT A; 1ZVF A; 1IXC A; 3EUH A; 2BEO A; 1QZZ A; 2GU9 A; 3EBR A; 3DQV C; 3WTV C; 3U9G A; 2UXN A; 2OZU A; 3E5U A; 3MEX A; 4RD7 A; 5DCM A; 4LLL A; 1KQ8 A; 3CUQ B; 1SFX A; 1ZGJ A; 4YFN F; 2O61 A; 3DEU A; 2C6Y A; 1Q3E A; 4CHU A; 3P9K A; 1FC3 A; 2P7V B; 5HOO A; 1BM9 A; 5HLI A; 1FI2 A; 3R60 A; 2GC2 A; 4AIK A; 2X0L A; 3JTH A; 5FD5 A; 4YNI A; 4A12 A; 2GC0 A; 1P4X A; 2FF4 A; 1DZT A; 3C3V A; 2FMY A; 4BIF A; 2D93 A; 4MGR A; 2Z99 A; 3DN7 A; 4OIN F; 3RPU A; 4QX5 A; 3I4P A; 2IXL A; 2W85 A; 3MZY A; 1QXJ A; 2DAO A; 4QWQ A; 4M6X A; 1ZZ7 A; 4J1X A; 5I8T A; 1QNT A; 4M6Y A; 5FO5 A; 1U8R A; 2NYX A; 1W7P B; 3F8F A; 4HAM A; 3FMS A; 2LF7 A; 3U10 A; 3F22 A; 5ICG A; 3I59 B; 3ZMZ A; 1BI2 A; 1DDN A; 3LAP A; 1IN8 A; 1J7K A; 1FSH A; 3HHG A; 3PNA A; 2IXI A; 2UY9 A; 3LOI A; 3IRR A; 3CLP A; 5DCF A; 3PQK A; 4EGY A; 3E5X A; 5LGU A; 3V7R A; 5JHU A; 2R7F A; 3ACL A; 1O4T A; 3FMR A; 3IKV A; 4PIZ A; 4D7S A; 3NKT A; 4A6D A; 2XLG A; 4HSJ A; 4AVC A; 1R1U A; 5HLG A; 2O03 A; 1VR3 A; 4IPA A; 5JVT A; 5D8K B; 1ZRF A; 1YFX A; 5FPZ A; 1Z1D A; 2QQA A; 4YSF A; 3NQO A; 2E9Q A; 2PHL A; 5DD8 A; 1RUN A; 3NRV A; 1XGM A; 3H50 A; 4HDU A; 3HTU A; 3KLN A; 1RGS A; 1XMA A; 3HSF A; 3TDU C; 2D40 A; 4S04 A; 4AIJ A; 2PN6 A; 3S7I A; 2CFX A; 5LLQ A; 1T0F A; 1BJA A; 1NE4 A; 3SFZ A; 3FWE A; 1WI9 A; 5FCC A; 3HYI A; 4MX3 A; 3E6C C; 2OQR A; 2V1D A; 2ETH A; 4P9G A; 1AOY A; 1ZZ8 A; 3WGG A; 5L3B A; 2BE5 F; 3RKX A; 4CO8 A; 4EM2 A; 4MV2 A; 1ZZB A; 4LLG F; 1XGN A; 4XFF A; 2BGC A; 2CAU A; 3FHZ A; 2HQR A; 4IRG A; 5DV5 A; 3NL1 A; 1FX7 A; 3SQN A; 1XSV A; 3F6V A; 3DP7 A; 2Q1Z B; 3FMQ A; 3M70 A; 3ELN A; 2JPB A; 3K0L A; 5HDG A; 1J5Y A; 4U0W A; 3OD0 A; 5EFU A; 4O5V A; 5HS9 A; 4JV4 A; 2RC4 A; 1B1B A; 4KU8 A; 4ON0 A; 1EH8 A; 1OI6 A; 2ZNY A; 5K1Y A; 5BPD A; 4HOB A; 4Q0S A; 4AWX B; 1UCX A; 4EQQ A; 3BPX A; 1YFH A; 4Q0P A; 3JAM Z; 2P5L C; 3T0Y A; 1PP8 F; 4XBF A; 2GC1 A; 4ENN A; 1NZC A; 1OD5 A; 5BXX A; 5ILS A; 4UVA A; 1BI1 A; 2KIM A; 3REO A; 4I01 A; 3FF5 A; 2Q2E A; 3ULQ B; 4HN0 A; 1TQM A; 4OIR F; 4L18 B; 2O0Y A; 1SMT A; 3I54 A; 4A0Z A; 1Z6R A; 4IF4 A; 2DK8 A; 1RTV A; 2PBI A; 4IRI A; 2IXH A; 3BAL A; 3L00 A; 2L02 A; 2V6C A; 4CZZ A; 5LHG A; 4IXA A; 4P9U A; 2QVO A; 4E2S A; 4MGK E; 4ORF A; 1J75 A; 2VT2 A; 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