1MU2A

Crystal structure of hiv-2 reverse transcriptase
Total Genus 150
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
150
sequence length
553
structure length
538
Chain Sequence
AKVEPIKIMLKPGKDGPKLRQWPLTKEKIEALKEICEKMEKEGQLEEAPPTNPYNTPTFAIKKKDRMLIDFRELNKVTQDFTEIQLGIPHPAGLAKKRRITVLDVGDAYFSIPLHEDFRPYTAFTLKRYIYKVLPQGWKGSPAIFQHTMRQVLEPFRKANKDVIIIQYMDDILIASDRTDLEHDRVVLQLKELLNGLGFSTPDEKFQKDPPYHWMGYELWPTKWKLQKIQLPQKEIWTVNDIQKLVGVLNWAAQLYPGIKTKHLCRLISGKMTLTEEVQWTELAEAELEENRIILSQEQEGHYYQEEKELEATVQKDQDNQWTYKIHQEEKILKVGKYAKVTHTNGIRLLAQVVQKIGKEALVIWGRIPKFHLPVEREIWEQWWDNYWQVTWIPDWDFVSTPPLVRLAFNLVGDPIPGAETFYTDGSCNRQSKEGKAGYVTDRGKDKVKKLEQTTNQQAELEAFAMALTDSGPKVNIIVDSQYVMGIVASQPTESESKIVNQIIEEMIKKEAIYVAWVPAHKGIGGNQEVDHLVSQGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of HIV-2 reverse transcriptase at 2.35-A resolution and the mechanism of resistance to non-nucleoside inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-2 RT
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 150
structure length 538
sequence length 553
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 1mu2A01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1mu2A04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1mu2A03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1mu2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1mu2A05
4IOBA 4YR0A 4KREA 3OHAA 3HJFA 3CVKA 5EUHA 1LW2A 5C42B 1S1XA 4ECUA 1WNEA 4LSNA 1KSPA 2IDOA 4AH9A 1F21A 4K8ZA 1ZETA 4EZ6A 4ZPDA 2FBVA 4RNOA 3AVNA 1VSMA 4RW8A 2RKIB 3CM6A 5CZ1A 3QEVA 2D0AA 3H5SA 1TQLA 4XO0A 2XO7A 5HLFA 3QEXA 2BQ3A 1I6JA 1EKEA 4JV2A 1GOAA 3M8SA 3VQ9A 3GQCA 1KVAA 4E7HA 5KT5A 1JIHA 3HYFA 4FBUA 3LP0A 4ZP6A 4IG0B 2IJFA 1SL0A 3OYBA 2B4JA 3OYCA 4IFVA 1SH0A 1EETA 4DTPA 5KFEA 4ID5B 1T7PA 2RF2B 2R2UA 4FK2A 3LWMA 3OL8A 3QEPA 3F9KA 2GUIA 4IH7A 2V9WA 3A2FA 3L3VA 4CJ5A 3QESA 1LWEB 2JEJA 1RBVA 3P83D 4CEBA 3FFIB 5K14B 4F4XA 4ZTJA 3MR2A 4KV8A 4G1QB 1XWLA 1ASWA 2B6AB 4ZVEA 5EDWA 4FJHA 3DLGB 2OPQA 1REVA 2R8JA 4ED6A 3DRPB 3VQEA 1KHVA 2DFFA 3TAGA 4R5PB 4NLOA 4DFMA 1JLFA 3BGRB 2OH2A 1C1BA 3QERA 4DL2A 5KFSA 1QQCA 4J9KA 3QGGA 4KB0A 1XHZA 1S9EA 4E7KA 3P1GA 4DFKA 1WLJA 4F4ZA 4AHSA 4ZPCA 3V6JA 3KK3A 3T5LA 4PWDA 4Q8FA 2AWZA 3C6UA 4TY9A 3MF5A 4FLUA 2OA8A 1BI4B 5JS1A 1SUQB 3IGNA 2ATQA 3OJSA 2XGPA 4NLDA 4Y34A 3CJ4A 2I5JB 1S6QB 4HUEA 3UIQA 1VRUB 4DLEA 4ZHRA 5JS2A 1VSKA 3O4QA 2IM3A 1T05B 4IKAA 5KFZA 3D45A 4B9UA 3KHRA 1UWBB 3T5HA 1LAWA 2WK4A 2OZMA 4M3RA 5KG4A 1C1AA 1DTQB 1S6PA 3I0RA 3GIMA 1C0TA 4OGCA 4O3PA 3OYEA 1CSJA 3SQ4A 1N48A 1HNIA 5KT6A 4ECZA 1S1WA 4CFCA 5J1EA 5I42B 4TY8B 4B9TA 2DTUA 1JLAB 3ZT1A 1U4BA 4CEDA 2PY5A 4K4XA 4JLHA 2IM1A 4CK1A 3PV8A 2XCAA 3VQ4A 1NHVA 3LDSA 2HHXA 1EP4B 1RT3B 4QW9A 4J2AA 4FM2A 4KB1A 4DL7A 4IH6A 4M41A 4M3WA 2IC3A 2QV6A 4FJMA 3E01B 5CYMB 4WYLA 3CO9A 3SUPA 4TLRA 2BDPA 4F8RA 2RKIA 4O3NA 2RN2A 1TL3B 1RTDB 3DLKB 4FJ8A 3UDLA 1L3VA 4NLRA 2D0BA 3K5NA 2R2RA 3P5JA 3UPFA 2FLPA 3TQ1A 2YV0X 4CJPA 4IG0A 2W7PA 3NGZA 3DLBA 3HPGA 4RW7B 2OPRA 3BR9A 1NK5A 1ZBIA 1C0UB 3ZSOA 3CFRA 2RF2A 4JV1A 2JC0A 4NLVA 3I5BA 4N56A 1T03B 2WRMA 1LWEA 5KFMA 5C25A 3ZSXA 4RNFA 1VK0A 4Q0BB 3KK1B 3DI6B 2B6AA 3QZ7A 2JEIA 1O1WA 4W5TA 5KG0A 3DLGA 1W0HA 1LWFB 2YKMB 3VQ8A 4NYNA 5KFBA 3S9HA 1RTHB 3GV7B 4EEYA 4R5PA 2QKKA 4IH5A 4TYAA 3VQ5A 3BGRA 3DOKB 3ZSYA 3EYZA 2QXFA 4ZTFA 4NLGA 1R0AB 3AO4A 2Z1GA 3VA3A 4QCLA 3VQCA 2QK9A 1WSGA 3O4NA 1D9FA 2D5RA 4X2BA 4ECSA 4ZP9A 3H59A 1S0MA 3DMJB 5EWEA 4HCBA 3AVFA 2OPSB 3HM9A 3RR8A 5L1IA 3NAIA 4QWCA 4W5QA 2UVRA 3N6LA 1BI4A 2W7OA 3K2PA 3G0ZA 4IG3B 1SUQA 3MXIA 3JYTB 3FRZA 3B6OA 1HJRA 4DU3A 4CHYA 4GW6A 2O4IA 1RBTA 1A5WA 4ECYA 1WSHA 3CJ3A 2I5JA 3QO9B 1TKXB 3RB0A 5EU7A 1VRUA 1T05A 2CKWA 4KHMA 3SI8A 3SUQA 3QLHB 3SFUA 4Z4IA 2HVIA 4RNMA 2X74A 1YTUA 1D9DA 2G8VA 4URGA 1CXQA 3S3OA 1JLGA 2GC8A 3H2LA 3H4BA 5KTQA 1JLAA 4FCYA 2WONB 4OKJA 4AHVA 3SJJA 3PR5B 4C8MA 3ITHB 2I1RA 4DFPA 4I2QB 3AVGA 4CK3A 1EP4A 1RT3A 3KHHA 4I7FA 1VSHA 4W5RA 4KFBB 4DSJA 3NH0A 4DSFA 5CYMA 5T7BA 4ED0A 1U45A 3PX0A 3AVBA 2IM2A 3PX4A 4YP3A 1TL3A 1RTDA 2D41A 4NLUA 4CJFA 4KAZA 4J2EA 5DQIA 1RAJA 2EC0A 1B92A 4RW7A 2WB4A 4CFDA 4DTOA 1L5UA 5HRSA 4F2SA 3KLEB 4PY5A 2C2RA 2R7YA 3EZ5A 3KLHB 2Z1HA 4Q8EA 1LV5A 4DTMA 3TAEA 2KZMA 4J9RA 4FXDA 3DM2B 3SV3A 4Q0BA 3DI6A 2HB5A 4Y1DA 2UUWA 3GYNA 2ZE2B 1BL3A 2XWYA 1LWFA 3AO2A 2YKMA 3CFOA 2W42A 4O0JA 2YHBA 4ICLB 5KG5A 5L9XA 4O3SA 3MFHA 4J9NA 1IKXB 2XI3A 2BE2B 3DOKA 4FJ5A 3TAMB 1R0AA 2HNZB 4PUOB 4KTZA 1BQNA 4EBEA 2PZSA 3LP2B 2W8LA 4CESA 1C2PA 3DMJA 4WFZA 4FBTA 2OPSA 4EP4A 1S0OA 1YT3A 1Q8IA 1IM4A 3JYTA 1SKWA 5JUMA 2R8IA 3KKSA 5DGAA 3NH1A 5I3UB 1W9HA 4CERA 3QO9A 1TKXA 4FJGA 2F96A 5KG3A 2C2EA 4AHCA 2HW3A 3QLHA 3MTKA 2HVHA 4ZVHA 3ZSQA 3AVAA 3OS1A 1HQEB 4FM0A 5HROB 4OVLA 1WSEA 2LSNA 3V1OA 1SL2A 4CFAA 2R8KA 3KD1E 3HP9A 4O5BA 4YR2A 3KJVA 3Q8PB 3E51A 3ZSRA 3D5MA 1JLQB 1TK8A 4C8OA 2WONA 4XPCA 1ZBFA 2XY5A 3ITHA 2VG5B 4I2QA 4YNQA 1S97A 4CK2A 1HMVA 3M9OB 2RDJA 1N6QB 1MU2B 3IN5A 1NKCA 4KFBA 3I5AA 2D3ZA 3HPHA 1QSYA 4KPYA 1U09A 2VA3A 3OYHA 4FJKA 3AA4A 2OYQA 1NHUA 3DRSB 4JV0A 5D3GB 4LQ3A 4Z4EA 1FKPA 1RBRA 3RMBA 3OVNA 1SL1A 4H54A 1S9FA 3AA3A 2VWJA 4FJLA 3L2QA 3VQ6A 1ZBUA 3GIIA 3TWHA 4WFYA 2YNGA 4GC7A 1IG9A 4CJSA 5KFUA 4WXWA 4OPKA 1L3TA 4DL5A 2YKNB 3ZT3A 1TAQA 3KLEA 3GV5B 3RB4A 2O4GA 3VQAA 5F8NA 2AGQA 2WOMA 3KLHA 3OYLA 5F9LA 1IKVB 3FSIA 2IJNA 1RILA 1B9DA 5DG9A 3GIJA 3EPIA 4DS4A 4CF8A 1YVFA 2ZE2A 1RDCA 4J2DA 1TK0A 4MFBB 4ICLA 4BWMA 3BREA 1IKXA 2BE2A 3SFGA 1LW0B 3NH2A 3HXMA 1BIZA 2BQRA 5J2PA 1BISA 5KFIA 4KKOB 2HNZA 4PUOA 2XY7A 3V4IB 4ZVGA 3RB6A 2XY6A 4KHWA 4OL8A 4CIFA 4E89A 3LP2A 4QAGA 2J6SA 2OPPB 3RMAA 1BGXT 2PYLA 3DYAB 1UOCA 5KT7A 3M8RA 1S1VB 3IS9B 4O55A 4KHUA 3IRXA 3L3UA 1IKWB 4IDKB 2B43A 3LZJA 4NLTA 2W9CB 1WSFA 2FJXA 3UR0A 2D7SA 1XC9A 3BSAA 2HNYB 2HHQA 4WZQA 4BE2A 3KMQA 4DU4A 4Z4GA 3BQ1A 4NCAA 5KFCA 5KGXA 3G6YA 5KFYA 3RWUA 3F73A 4CJ3A 3QYYA 2JLEA 1HQEA 4FLZA 4EZ9A 1G15A 3NKYA 4CHPA 3TVKA 5HBMB 3G6XA 3L2RA 2YNHB 4NLSA 1KTQA 3S3NA 3HL8A 2FVSA 3OYAA 1D8YA 3G6VA 1IKYB 1WSJA 3V1QA 2KFZA 4NCBA 2VG5A 4ECWA 3ZCMA 4FJNA 2IGIA 4FZZA 4URQU 4CHQA 4ZPAA 1RTJA 1MU2A 1N6QA 3EY1A 3I5CA 1N4LA 1QUVA 1J54A 4WZMA 3TARA 4RUAA 1KHWA 4DTXA 4UQGA 3NGDA 4HHTA 1S1UB 3DRSA 3KNAA 2E6MA 1T8EA 4KTQA 5KFTA 5KFVA 5KG1A 1RT7B 3WNHA 3H5UA 5KFGA 3RB3A 5C24B 3BSNA 1QAJA 4CF2A 3OL6A 2WTFA 4R8UB 1SV5B 1S48A 2HAIA 1UAXA 2Z1JA 4I9LA 4KSEB 2VG7B 4ELUA 1ZYQA 2AGOA 3NGYA 4L8RB 3V9XA 4EO6A 4N5SA 1NKBA 4BDYA 2A1RA 2YKNA 2DPJA 4QW8A 1DTTB 1J9AA 5C42A 3OS2A 3AO5A 4DSEA 3AA5X 4F3OA 3KTQA 1D0EA 4KBIA 3GIKA 4ELTA 5KGWA 4I9QA 1IKVA 4HCCA 3NHGA 3CQ8A 1VSLA 1EXQA 3AVHA 3M8QB 2ILZA 2ITGA 3LPUA 2ETJA 1HRHA 2XGQA 4FZXC 1HNVB 4MFBA 3MXMA 1CZBA 1XI1A 4Y2CA 1SH3A 4AHUA 4ZP7A 1VSEA 3RMCA 3MEGB 1QS4A 3QINA 2FBYA 3T3FA 1QSSA 4KKOA 2VWKA 4U7CA 4J9SA 4E1MA 4RW9B 3V4IA 1LAVA 1FKOB 4KAIA 2OPPA 2IA6A 4EO8A 4ID5A 2R8HA 3AVMA 4G3IA 3DYAA 1N5YB 1HARA 3NAEA 2IOCA 1S1VA 5KRSA 3CIZA 2P5OA 3IS9A 2YNIB 5KFXA 4Q43A 1D5AA 3FFIA 5K14A 3QIDA 4M3XA 4MKBA 3Q8QB 3SUNA 1IKWA 4IDKA 4TQSA 4G1QA 2AU0A 2UVVA 1X9MA 2W9AA 1A5XA 4CJEA 2C28A 1S1TB 2HNYA 3OL9A 4ELVA 2HNDB 3CYMA 4CEOA 2IMWP 4N41A 4DFJA 3GV8B 3DRPA 3N6NA 5F8LA 4OPJA 3ZSZA 1XR5A 1K6YA 3LALA 3CJ0A 4CJUA 4CEEA 5DQHA 5HBMA 3AVIA 3C6TB 1LWCB 2XCPA 3PR4A 3LP1B 1RA7A 3RAQA 3PW5A 3CDWA 1KFDA 3M8PB 2FLNA 4BE0A 4DS5A 5KT3A 1HYZA 5FRNA 4O44B 4LY7A 3QNOA 4OGEA 3O3FA 5KFDA 1VSFA 4K4YA 4MH8A 1IKYA 4GC6A 5FDLB 4FJJA 1KCFA 1RT6B 3OYKA 3DLHA 4BE1A 5HRNA 5F8IA 1TP7A 3ISND 2IS3A 3AVLA 3V81B 3L2WA 3QEWA 4B9VA 4B9MA 4OKKA 3V6KA 1S6QA 1S1UA 3G86A 4IBNA 2E6LA 4KHNA 3QIPB 2FVQA 2FVPA 1RDBA 1TV6B 1RT7A 3CG7A 3PW7A 1UWBA 4ECRA 3DLRA 4HVJA 4JUZA 5L1LA 5C24A 1DTQA 3DOLB 1TKTB 2G8WA 1RT5B 2FVRA 4DL4A 4DMNA 4CJVA 4R8UA 3SNNA 5HRPA 1XHXA 1SV5A 1Y97A 2KZZA 4NLPA 2VG7A 3T1AA 3KK2B 3ICLA 3NF6A 3IG1B 5I42A 4TY8A 3MXJA 5SWMA 4F4KA 1ZBLA 1SH2A 1TK5A 3VQQA 1DTTA 3NBPB 4J9QA 4J2BA 2E4LA 1U04A 4E1NA 4NLYA 4QWAA 3HHKA 4FM1A 1CXUA 4HYKA 5DG7A 3SCXA 3E01A 5J2MB 3DRRB 3H40A 4MIAA 2G8IA 3CJ2A 2X78A 1NJXA 3SUOA 1HNVA 4DQSA 3DLKA 3KLIB 1ZBHA 4AHTA 2O5DA 5C5JA 3WNGA 3M9MB 3MEGA 2GV9A 2HHTA 5FROA 3L2VA 1HYSB 1U49A 3U6FA 2C22A 3BSOA 2IAJB 4RW9A 1D1UA 3AO3A 1FKOA 3MEEB 4BACA 3SPZA 3V9UA 4F2RA 1C0UA 3SI6A 1N5YA 3BQ2A 2Q3SA 5F8JA 3H98A 1VSJA 2Y1IA 3VQSA 1NK7A 3LWLA 1T03A 2YNIA 3PO5A 3MR3A 5KFFA 2DFEA 3JSMB 5KFOA 1N56A 3OS0A 4O0IA 2ASDA 2Z1IA 3KK1A 1S1TA 3V6DB 5T14A 3K5OA 4CEZA 4DF4A 2HNDA 4E0DA 3KD5E 2AJQA 1FXXA 1RTHA 3IGVA 4TYBA 1MMLA 1GX5A 4OJRA 3DDKA 3C95A 1RDAA 3C6TA 1LWCA 1RDRA 3K5LA 3LP1A 2G8HA 5L1JA 3BSCA 3M8PA 4K50A 4KTWA 4O44A 3B6PA 3Q8SB 4ED1A 3TI0A 4ZPBA 2AQ4A 3O3HA 4CGDA 1RA6A 5FDLA 5KFJA 4RUCA 1JXBA 3O3GA 4MIBA 1RT6A 4CIEA 3QIOA 1RYSA 3CM5A 4KI4A 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 5KFA A;  4ECQ A;  4ZHR B;  1I39 A;  1S10 A;  2ALZ A;  2GIR A;  5E41 A;  4FS2 A;  3H5X A;  2BQU A;  4GVM A;  3HO1 A;  2HHS A;  4K4W A;  3T5J A;  2WCX A;  3H08 A;  3PY8 A;  3VQ7 A;  3HP6 A;  1S6P B;  2G8K A;  3I0R B;  4CEF A;  1C0T B;  3LZI A;  4Q45 A;  1VSI A;  3EPG A;  3NE6 A;  4CHN A;  3K57 A;  1HNI B;  4Y2A A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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