1RT4A

Hiv-1 reverse transcriptase complexed with uc781
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
542
structure length
536
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structures of HIV-1 reverse transcriptase in complex with carboxanilide derivatives.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE
molecule tags Nucleotidyltransferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 147
structure length 536
sequence length 542
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-07-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 1rt4A01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt4A04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt4A03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt4A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rt4A05
5HBMB 3CFPA 2XI2A 3SYZA 1JLGA 3SI6A 5KT2A 1TVRA 2GIQA 2XHBA 2GBZA 4Z4IA 4ED2A 4EP5A 4OLAA 5KRSA 1OS5A 3GV7B 1GOBA 4Z4CA 4OJRA 4ECRA 2FBTA 4K4VA 3V4IA 1VSIA 3FQLA 2WK4A 2D0BA 1SL0A 3SQ2A 2JEGA 1XR5A 4CF2A 5KTQA 1SH0A 5I42A 4FJLA 3MFIA 4E7LA 3WNFA 1IM4A 1CXUA 3N6NA 3CJ5A 5J2PA 2R8IA 5DQIA 1IH7A 5JXSA 4HUEA 4K4XA 4W5TA 2JGUA 1BIZA 4NLDA 1Z26A 1LWEB 3DMJB 4TXSA 2W7OA 1C0TA 1RT3B 4CEOA 1YVUA 3G10A 3ZSZA 4DSLA 4DSFA 3VA0A 3LWMA 1XR6A 3DI6A 3PR4A 1NKCA 4U7CA 1NJXA 3KK1A 1QSYA 1J5OA 1JXLA 2O4IA 3KOAA 3OHBA 2R8HA 2E9ZA 5FROA 5F8LA 3F9KA 1C1AA 3OL8A 1W25A 4NCGA 1TKZA 4R5PB 4DFKA 1Y97A 3DYAB 4ZVGA 5KT7A 2DPJA 3ZT4A 1RBTA 3C95A 3SQ4A 2UVWA 3KLEB 2BRLA 2V9WA 3S3NA 1WLJA 3SUOA 4TY8A 1ZETA 3KLFB 4NLGA 4CE9A 3VQ9A 3OYJA 4FLUA 1DTTB 4WFYA 3JSMB 2E4LA 1RYSA 4IOBA 4ICLB 4YQWA 3V9UA 3QGGA 1W9HA 4CJ3A 4PY5A 4CJEA 2CJQA 1Q8IA 4G3IA 4O3PA 1RILA 1ZBUA 1B9DA 2DY4A 4CJUA 5KFXA 1TL3B 4RG8A 2XRIA 3FSIA 3RRGA 4O3SA 3K5MA 1S1TB 5C24A 3GV5B 5KG4A 5HBMA 2HNDB 3PVXA 4MIAA 3KHGA 3RMCA 4O44B 3VQDA 2QKKA 3NH1A 1RBVA 2FBYA 4K4SA 4JS5A 5KFQA 2XGQA 2PY5A 3WNEA 2R8JA 5F8JA 1NK5A 3OYCA 4WXOA 4BDYA 4O55A 3LPTA 1S5JA 4DFJA 3CDEA 3TAQA 1IKYB 1LWEA 3DMJA 1RT3A 4CGHA 3MTKA 4FJ8A 1U4BA 3BSCA 1NJZA 4DWIA 4BDZA 3OS1A 4WYLA 3OYLA 5HROB 3MEDB 1QAIA 1VSJA 1JLEB 5K14B 1ZTTA 1S1UB 5KG1A 4NRUA 4HUFA 4O3RA 2DFHA 4CHNA 3K5OA 4R5PA 2B4JA 3DYAA 2EHGA 3NBPB 3KLEA 4Y2AA 4J9RA 2BGGA 4CJWA 1KVBA 3GIKA 4H4MB 4B9MA 4EBCA 3ISND 3H5SA 3KLFA 4DL7A 2G8IA 2YNHB 3M9OB 4M45A 3EPGA 4CIGA 1DTTA 5F9NA 1SKRA 5C5JA 3MXMA 3JSMA 4E89A 4ICLA 5T14A 1ASWA 1S6QB 1N6QB 1RTDB 2AX1A 1WNSA 2ZQBA 2WRMA 4BE0A 2V4RA 2D0AA 3G6XA 2VG5B 3HVAA 4QPXA 3BDPA 2IGIA 5EU7A 1TL3A 2ITGA 3D0PA 4DQSA 3DLEB 5KFSA 3HP6A 4BE2A 4EO8A 3M8RA 1S1TA 1TK0A 3VQPA 4KPYA 4KHRA 5J2NB 2HNDA 3VQSA 3TWHA 4O44A 3MAQA 2QV6A 4FVMA 3TR8A 4KB7A 3CFOA 1CLQA 3C6UB 3PV8A 1WN7A 3PX6A 3C94A 3BSNA 1A5VA 4YFUA 3I8DA 4B8CA 3OJSA 2PYJA 1N5YB 3CM5A 2ZE2B 1VSEA 4F3TA 5KGWA 2E9RX 1F21A 5DG8A 3B6OA 4B9LA 3MR6A 4FJ5A 1VSDA 1IKXB 4ZTFA 4RNNA 1IKYA 3Q8PB 4K8ZA 1JXEA 1RT7B 1X9WA 4E1NA 4ZVFA 3LZIA 3V1RA 3VQ5A 1QHTA 3CJ2A 5DG7A 1X9MA 4N76A 3QNOA 3QINA 1JIHA 4UQGA 4QWDA 4DSIA 2PZSA 4IH5A 5HROA 3MEDA 3K57A 1JLEA 1S1UA 4NLYA 2BQUA 3RMDA 1IKVB 5DLFA 1RTHB 1VRUB 1BQMB 3NBPA 4KE5A 3VN5A 3OYIA 3IRXB 1KSPA 4TY9A 4ECWA 3P1GA 4CEBA 1REVB 3JYTB 2XY6A 4ZTJA 4LSNB 4H4MA 4CJFA 2NUBA 2YKMB 5KT3A 2AU0A 2YNHA 3ZSOA 3KIOA 2XGPA 4RW8B 4Y1CA 3BQ0A 3PY8A 3O4NA 2XWYA 3TAGA 1S6QA 1N6QA 1RTDA 5KG0A 5HP1B 4KSEB 1I6JA 4CFBA 4M3TA 1WSIA 2VG5A 2RKIB 1HRHA 3MEGB 3DLEA 3MXJA 3BQ2A 3LWLA 4LD0A 2F8SA 1G15A 4FJ9A 4FZXC 3FDSA 3THVA 5C25B 4I7FB 5J2NA 2KW4A 3V6KA 3HVRA 1NK8A 4TYBA 3ZT0A 2HHXA 5SZTA 3OL6A 3C6UA 3LDSA 1BCMA 5KRTA 3OYMA 5KT6A 4ZMMA 1CXQA 2Z1GA 4RUAA 5T7BA 1N4LA 4CJKA 4WZQA 3ZSYA 4J9KA 3RB4A 2AGPA 1N5YA 3L2RA 4Z4GA 2ZE2A 4H54A 1D5AA 4LSLB 4ZP6A 5F8NA 3QETA 4EP4A 5HRNA 3NMAA 1IKXA 3NF9A 2BR0A 4FJNA 1RT7A 4FS2A 2R8KA 1D9FA 4E7HA 4IFVB 3PW0A 4NLRA 1RCHA 3HJFA 4F4ZA 2I1RA 3H5YA 3AA2A 3NAHA 1D9DA 4OKJA 3KHHA 3KD1E 1WSGA 4CHYA 4TQRA 4KTWA 5KT5A 2FJXA 4F4WA 3SNNA 4DLEA 1IKVA 1KVAA 2E6LA 1RTHA 2R2SA 1C0MA 1VRUA 1T03B 1KTQA 1BQMA 3K2PA 4KAZA 3IRXA 1QAJA 3D45A 3QIPB 1REVA 3JYTA 3KKSA 4AH9A 4LSNA 3RB3A 4J9NA 3PJWA 2ILYA 4AHTA 2YKMA 2VWKA 2HW3A 4BWMA 4GC7A 4RW8A 1B9FA 2HWHA 3FRZA 3NGZA 5EDWA 4XPEA 4FCYA 3D28A 5FRMA 5HP1A 1RDCA 5KFKA 4CJSA 1ZBIA 2X6NA 4FK2A 2ETJA 2RKIA 3MEGA 4E7IA 3OYHA 4IR9A 1RAJA 3O3HA 2Q3SA 4ELUA 5C25A 4I7FA 5HLFB 2W9CB 3MXIA 3S9HA 4FZZA 2G8VA 4I9QA 1DLOB 4IH7A 4Y34A 4KAIA 2W42A 3I0RB 2HVHA 2FLLA 2HWIA 1JLFB 1GX6A 4ZPBA 5KG5A 1HJRA 4ED0A 3PX0A 3DRPB 4LSLA 3BREA 1K6YA 2HHUA 4F4YA 1SL1A 1JLBB 1BI4B 3H4BA 2VWJA 3BGRB 4F4XA 1S0NA 3NH0A 3CJ0A 3H98A 4DTRA 1NK7A 2UUTA 4RNHA 4B9UA 1S0MA 4IFVA 4FM1A 1LW0B 4KREA 4DS4A 1NJWA 1T94A 1QQCA 2AGQA 3TVKA 2E9TA 3VQCA 2IM3A 4XO0A 3MR2A 2Z1HA 2Z1IA 3G6VA 3KK3B 4RNMA 4F50A 4CJ4A 4K8XA 2XCAA 5KFVA 3BQ1A 2KQ2A 2D0CA 2UVVA 1T03A 3CG7A 3NL0A 4J2DA 4EBEA 4O0IA 1JLAB 2JLEA 3SQ1A 4N56A 1L3SA 3QIPA 3NAEA 4KO0B 3PHEA 5KFAA 3ZSQA 4FM2A 4FLXA 3T5HA 4E3SA 5KFRA 3SPYA 2ASDA 5KGXA 3SV4A 2GC8A 1TV6B 4R8UB 2X6SA 4C8NA 3QZ7A 2FBXA 3RBDA 1N56A 1U09A 4DL2A 5KG7A 4IH6A 4DQQA 3OYKA 1XR7A 3MECB 3V6JA 1WSEA 3HKWA 4KI6A 4O4RA 4M3XA 4G1QB 3HHKA 4JRPA 3CDUA 3AVFA 5HLFA 3WNHA 5SWMA 2W9CA 1EX4A 3M8PB 2RDIA 4CEDA 3OYBA 4ED1A 2V4QA 1DLOA 4DSKA 4RW9B 5FRNA 1GOCA 5KFPA 3I0RA 1D8YA 1X9SA 1JLFA 1S0OA 5DMRA 4OKEA 4YMEA 4J9MA 4ED6A 1S1WB 5KFHA 2UVUA 3V9ZA 3HVWA 4ZVEA 3IG1B 4M3WA 3DRPA 2J6UA 1IO2A 4NYNA 3NGIA 3GIIA 4RUCA 1JLBA 1BI4A 1RDAA 5EWGA 4IFYB 4DU1A 4DF4A 3RWUA 1VK0A 3BGRA 1UA1A 1YTAA 4B9SA 4CK1A 3QLHB 3T5KA 4AHCA 1UA0A 1NKBA 1A5WA 3S3MA 5KFWA 2FJWA 4CHOA 4DSEA 2B5JB 2J6TA 3LP1B 1LW0A 4C8MA 3PR5B 2HNZB 3CQ8A 2BANB 5HRPA 1ASVA 3V1QA 4WFXA 2FVQA 4KHNA 4IRDA 2D3ZA 5DG9A 3LANA 3KK3A 1U04A 1RT2B 4F8RA 4DU4A 3T5JA 3DLGB 4ED7A 3T19A 4CF9A 1JLAA 5EWEA 1ZBFA 4NLVA 2IM0A 4CGJA 4KO0A 4TSXA 4Q43A 3KLGB 2A1SA 4QCLA 2AQ4A 1TKDA 1NHVA 5KFBA 1TV6A 4R8UA 4JLHA 1HNIB 4DTPA 4CEQA 4Q8FA 4ZPAA 4QWCA 2G8HA 3NF8A 4NLXA 1NK4A 2G8WA 3OYFA 3MECA 2P1JA 4FJHA 4EO6A 1EP4B 4NLUA 4G1QA 4CGIA 2PYLA 4FZYA 3H2LA 3M8PA 5KFLA 5KFCA 3O4QA 1KHWA 3EY1A 2ATLA 4Q44A 1SH3A 2HMIB 4DL5A 5KFEA 4B9VA 1VSHA 3V81B 4RW9A 5L1LA 2X78A 3IGVA 4FK4A 2HB5A 3QEWA 2IS3A 3DLRA 1RT5B 4DG1B 4Q0BB 4R0EA 4I2PB 1C2PA 3SUQA 5E41A 4B3OB 3ASMA 1S1WA 4FS1A 3IG1A 2YKNB 4PWDB 4XIUA 4RW4B 3TAFA 4CGFA 1RT4B 4IFYA 3I0SB 4H4OB 4PA1A 1RBSA 3K5LA 1T05B 2W9BB 3QLHA 4RW6B 2OPRB 4IKFA 3KLVA 1LW2B 1J53A 4KRFA 2JEIA 2OPSB 2IM1A 3G0ZA 2B5JA 3CYMA 3LP1A 5KFDA 4ECXA 2HNZA 2BANA 2OZSA 4W5NA 4OGCA 2FVPA 1XHXA 3AVNA 1RDBA 4ELTA 3L8BA 1JLQB 3AO2A 3MF5A 2KFZA 3ZT3A 1RT2A 1TL1B 5DQHA 4MK7A 4CJQA 3DLGA 4K4WA 4QWEA 3TAMB 1NOYA 2Y1IA 1VSKA 4QW9A 3HYFA 3H08A 1HYZA 4KBIA 2HNYB 4BDPA 4M3RA 5DLGA 5KFIA 3KLGA 4HCCA 5DQGA 2JEJA 1QE1B 4ECZA 1L3UA 3H4DA 4L8RB 1HQUB 4ECQA 2IJFA 1HNIA 3PUFA 5CZ1A 5J2MB 1WNEA 4KI4A 3V9XA 5D3GB 3KHRA 1EP4A 4KHQA 3H59A 4EBDA 3PW4A 4ID5B 5HRRA 4E1MA 2BQRA 4GVMA 1LWCB 3T3FA 4LQ3A 1B92A 4CGDA 1L3VA 4M41A 3L2QA 4F2SA 4M94A 2HMIA 3HXMA 1BIUA 3V1OA 3QZ8A 1S9FA 3V81A 3I5BA 2QXFA 2BE2B 1GOAA 1RT5A 4MFBB 1C1CB 4DG1A 4Q0BA 3GIMA 4O3NA 4CERA 4CEFA 4I2PA 1CZ9A 4B3OA 3GILA 3DOLB 2O5DA 1MU2B 3AV9A 1HYSB 3CM6A 2BDPA 4DTSA 2YKNA 4DTNA 4PWDA 2V0NA 2E6MA 4URQU 4RW4A 3P83D 1D1UA 2HHVA 1RT4A 5K14A 3GQCA 1WSFA 4RZRA 3I0SA 4H4OA 4Z4EA 3V9SA 1N48A 2R2RA 3Q8SB 4MQ3A 3L2VA 1T05A 1S9EB 2W9BA 4CFCA 4FLZA 4RW6A 2OPRA 2GUIA 1LW2A 2W9AA 3O3FA 4BWJA 4DQIA 2OPSA 5KFGA 2VG6B 3KNAA 3A2FA 3Q8RB 4NCAA 2OYQA 4J2EA 3OJUA 4KB1A 1FKPB 1JLQA 2RPIA 1TL1A 1D0EA 1TQLA 4DL3A 4CJTA 3TAMA 4Z4HA 1NK6A 3L2WA 2ZD1B 1RBUA 4CHQA 2YNGB 2HNYA 3QIDA 3HO1A 3HP9A 4CJVA 5F9LA 1BCOA 1QE1A 4EYHB 2YNFB 1HQUA 4KTQA 2OPPB 3CFRA 2D7SA 1KVCA 4ZP9A 3QEPA 3F73A 1U47A 1RTIB 3PO5A 5J2MA 3H5UA 2I5JB 4WXWA 1NK0A 5D3GA 3NF7A 3VQ7A 4ID5A 3LP2B 5CYQB 3U3GA 2FVSA 5FDLB 3LP0B 1LWCA 3I5AA 3M9NB 4JV2A 3AA4A 5DGBA 3EPIA 2WONB 1RT1B 1S4FA 4BACA 4HKQA 2BE2A 2IAJB 2FVCA 4MFBA 1C1CA 2WTFA 2QK9A 4KFBB 4YR3A 4FJKA 1RA6A 4FBTA 4ED3A 3AVJA 3ULDA 4FLYA 2XY5A 3L3UA 2LSNA 1BISA 1T3NA 3NFAA 3DOLA 1MU2A 1HYSA 4IG0B 2DTUA 4FJGA 3BR9A 4Y3CA 3VQ6A 2C28A 2P5GA 4YNQA 2FJVA 3QYYA 4CGGA 1S9EA 3AVGA 1QUVA 2HHQA 1TAQA 4F3OA 1BGXT 2CKWA 3NGYA 3RMAA 4J2AA 2VG6A 4YP3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5CHC B;  1VLO A;  1M1G A;  1KFS A;  4X65 K;  2WW8 A;  1NJY A;  3Q7B A;  1MLA A;  1P1L A;  3W2V A;  5HL7 L;  3HX9 A;  5C24 B;  3CCR N; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1ZBT A;  5HBM B;  3CFP A;  3MM9 A;  2XI2 A;  3SYZ A;  1SC6 A;  1JLG A;  2AV5 A;  5HMY A;  1JJ2 R;  3F44 A;  3SI6 A;  5KT2 A;  1TVR A;  2GIQ A;  2XHB A;  2GBZ A;  4Z4I A;  4ED2 A;  4EP5 A;  3NCP A;  4OLA A;  4I69 A;  5KRS A;  1FA0 A;  5AE1 A;  4I67 A;  3GR0 A;  1FT8 A;  4UUW A;  1OS5 A;  3GV7 B;  4CO4 A;  2AJF E;  2FGO A;  1GOB A;  4Z4C A;  4OJR A;  2ZH2 A;  4ECR A;  2FBT A;  2K2P A;  1CVJ A;  1Q7L B;  2ZC4 A;  4K4V A;  2YH0 A;  3V4I A;  4QJV A;  3HZE A;  1VSI A;  3FQL A;  2IVM A;  2W24 A;  2WK4 A;  2D0B A;  1SL0 A;  3SQ2 A;  2JEG A;  2E7W A;  4Y2I A;  4LUB A;  1Y5L B;  2VKR A;  1KQK A;  1XR5 A;  2JX2 A;  5KTQ A;  4CF2 A;  1WI6 A;  2J0Q D;  2OSR A;  1SH0 A;  5I42 A;  4FJL A;  1W2I A;  3MFI A;  4E7L A;  3R5C A;  3WNF A;  1IM4 A;  1CXU A;  2VL1 A;  3N6N A;  3CJ5 A;  5J2P A;  4ES3 A;  2KG1 A;  2R8I A;  2VOO A;  4Z37 A;  4A8O A;  5DQI A;  4MIW A;  1IH7 A;  2J9D A;  5JXS A;  4HUE A;  1FEH A;  4HL9 A;  4K4X A;  3HHD A;  3SDE A;  5IWA F;  2JGU A;  4W5T A;  3SSQ A;  1BIZ A;  1Q82 T;  4NLD A;  2VPW B; 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