1RT5A

Hiv-1 reverse transcriptase complexed with uc10
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
542
structure length
536
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structures of HIV-1 reverse transcriptase in complex with carboxanilide derivatives.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE
molecule tags Nucleotidyltransferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 143
structure length 536
sequence length 542
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-07-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 1rt5A01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt5A04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt5A03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt5A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rt5A05
4O3OA 2ZD1A 2JEIA 3ZT1A 4O4GB 2QE5A 3ZSYA 4EP5A 4OPJA 1C1AA 3AVMA 1S9GA 2BANA 1BIZA 2DPIA 1T94A 2XC9A 1TK0A 3GYNA 3MF5A 5CZ2A 4ELUA 3ZT4A 4I9QA 2IDOA 2IAJB 3ASMA 1S10A 4ZVEA 5CYMA 4LQ3A 4URSA 1JLFB 1HMVA 4MK8A 1L3UA 1JLAB 5JS2A 2BR0A 4DFPA 3LWMA 3DRSB 3I0SA 3HVAA 4FJXA 1RTHA 1LAWA 2RKIA 1JKHA 4NCGA 4CESA 3M8RA 1WLJA 3PO4A 4ZPCA 2FBXA 1Z26A 4W5TA 3QETA 1ZBIA 1N48A 1IKWB 4FLWA 5F9NA 1SH2A 3ZT2A 5J2NA 2FJWA 1KLMB 4FJLA 4IDKA 4W5QA 2F8SA 4NLUA 1C6VA 4YMEA 3DRRA 2E6MA 1IKYB 2JC1A 4HKQA 2C22A 3TAGA 1D9FA 4H4MB 4CJEA 3H4DA 3NF9A 3TWHA 2OPQB 5KFUA 1JL1A 1WSEA 4DQPA 2YNFB 3AO5A 4ED8A 4W5OA 3OS0A 2PY5A 2OPSB 4E3SA 3RMBA 3LWLA 1SKSA 2HHVA 3BGRA 4M95A 4QWEA 1HYSA 2D5RA 3PX6A 2AGQA 1XR7A 4E89A 1VSEA 4K8XA 2AGOA 2RN2A 5KFHA 4J9RA 3DLHA 3PO5A 3BQ1A 2D0AA 3QEPA 4ECZA 1RBUA 3IRXB 1NK5A 1S9FA 4EBCA 1TGOA 3HVTB 5KFEA 1N5YA 3RMCA 2OZSA 3LP1A 4M3RA 1HPZB 4IG3B 2V4QA 2W7OA 4J9KA 1OS5A 2ZD1B 3QIDA 4TY8A 4FK4A 1IKXB 1S9GB 4KRFA 2FJXA 3NF8A 4F4XA 3EPGA 2O5DA 1EP4A 3K57A 4CFCA 2R2UA 1T7PA 5KT2A 1BQNA 4CJKA 4YQWA 1D1UA 1VRUA 4EZ6A 3NGIA 5HBMA 3T5LA 3T5HA 3U3GA 4M3YA 1HMVB 3MEEB 5KG4A 3VQCA 3M9MB 3PX4A 3KHHA 4J9PA 1LW0B 4MFBA 2WK4A 3I0SB 3AVAA 5I42A 2AGPA 3L2WA 4NCGB 3SPZA 1WN7A 4ECVA 1S1VB 4CHOA 4CIFA 1SL2A 4WFZA 3OJSA 4DSFA 1XR5A 4Q8FA 3NF6A 1RT7A 2X78A 4DFKA 4DU4A 1SL0A 1VSDA 4IDKB 4HCBA 5EU7A 1ZETA 2BQUA 1TAUA 4IR9A 3DRRB 4CECA 4FLYA 2W9AA 2WONA 3D5MA 3G6VA 4KHNA 1SKRA 3DI6B 2JEJA 3HVRA 2ZE2B 4PQUB 2HNZA 4K4SA 1UAXA 2FJVA 2XRIA 5KT4A 2HHQA 2V0NA 1LWCA 1NHUA 4FLZA 3BGRB 1N56A 2JGUA 4R8UA 1ZBFA 4RW4A 1HYSB 4TYBA 1JLEA 1NK6A 4K4TA 2P5GA 3ITHA 4J2BA 3DYAB 4K4YA 1BQMB 4I2QB 3TAMA 3KHRA 4MK9A 1J53A 3NAEA 4ECSA 3KKSA 1NOYA 3PZPA 4JUZA 3N6NA 2OPRA 1N5YB 4CF8A 2XY6A 3LP1B 4Z4IA 3AVLA 1RT1A 1ZYQA 3RB4A 3PJWA 1KFSA 3PJXA 4TY8B 4Q0BA 3SQ2A 3SPYA 3L3UA 2KFZA 1ZTTA 5DG9A 4WXWA 2XY5A 1TL1A 4KREA 1VSFA 1BQNB 4ECUA 4HVJA 4LD0A 1VRUB 3HP6A 5HBMB 4E19A 3KD5E 3N6MA 1RNHA 4KFBA 4CJVA 4CFDA 4FZZA 4OPKA 4MFBB 4OKEA 5T14A 1CZBA 4E1NA 2IM0A 5I42B 3OLBA 3BSNA 1C2PA 4QWBA 3RTVA 3VQSA 4IH7A 3JYTB 3LALA 2HAIA 5L1LA 3OYKA 1VSHA 2E4LA 1U09A 3OYAA 1NKBA 4QCLA 4JV1A 4NLWA 3V6KA 3RB3A 3D45A 4I9LA 2IGIA 3NFAA 3PW2A 4Y2AA 4AHUA 2D7SA 4NYZA 5F8IA 4IG0A 2WONB 2FLLA 1FKPA 2J6UA 1NK9A 3RR8A 2FBTA 3LP2A 3VQDA 2HHUA 4FJ5A 4O55A 4IOBA 2UVRA 1RYSA 1A5XA 1SV5B 4RW4B 4N56A 3H5UA 3IGNA 1JLEB 5EDWA 3ITHB 4EO6A 1CLQA 3CDUA 5EWFA 3PHEA 3TAMB 1U4BA 4WZQA 4DSLA 4E1MA 4KO0A 3MR2A 3WNHA 1HYVA 2W7PA 3G6YA 4OJRA 4CHZA 1RAJA 4CJWA 3TVKA 4DU1A 1RT1B 3KOAA 2HVHA 4CK3A 3AVKA 3NGYA 1TK8A 3AVGA 4Q0BB 5KG1A 4B3OA 2G8WA 1JL2A 2XY8A 3LZJA 3GV7B 1NK8A 5J2PB 4J9SA 2CJQA 1X9SA 1EETA 3QYYA 4DTUA 4CIEA 2HNDA 1XHZA 4DTSA 2C28A 2A1RA 3IGVA 4CHNA 4DLGA 1RTIA 4KFBB 1HQEA 4KHSA 1TKZA 3V4IA 4Z0UA 4Q43A 4F3OA 3KNAA 1RDRA 1WSFA 4FYDA 1RBSA 1WNSA 2G8KA 5KFRA 3OYBA 4ECQA 3MR3A 2B4JA 3DMJA 3MAQA 1VSIA 3L2UA 2WOMA 3T5JA 4JRQA 4FJ8A 4CHPA 3O3GA 3OYFA 1J54A 1GX6A 4BWMA 3CJ3A 1T03B 4UQGA 4RW6A 3EZ5A 3C6TA 3CWJA 2KZZA 3L3VA 4CF2A 4O3QA 4IG0B 1QSSA 3FQLA 2BGGA 3T1AA 4OL8A 1FKPB 2XGPA 3LP2B 3OJUA 4CHYA 3SNNA 2YHBA 4KHWA 1U04A 3C6UA 4H4OB 3AV9A 3HP9A 2FC0A 3KK1B 1JIHA 2PYLA 1FK9A 3BSAA 3NHGA 4WZMA 2F96A 4URQU 3LDSA 5KFZA 4LSLA 2ASDA 3LAMA 5FDLA 2HMIA 4IQXA 1QAIA 5KT5A 4FJ9A 4KO0B 1HRHA 4AHCA 1ZBUA 2R7YA 4GC6A 3S3OA 3ALYA 4DTXA 1R0AA 1KRPA 4CEQA 1S1XB 2QK9A 2R2SA 2HWIA 2BRLA 3KLGA 4XO0A 4FBTA 4BACA 4ZP6A 3NGZA 3OHBA 3VQQA 3HKWA 2BQRA 4FS1A 3CYMA 4FK0A 1ZTWA 2ATQA 4F4KA 2HNDB 1Q8IA 4DS5A 2JEFA 2QKBA 1RTIB 1RTJA 1HQEB 4M94A 3SUNA 3MEGA 4CHQA 3V4IB 4FJ7A 2W9CA 2VA2A 4M3TA 3KD1E 3SJJA 5F8NA 4NLTA 5HRNA 4CJTA 1DTTA 3F73A 3I5BA 1RT3B 1RA6A 4HCCA 3DMJB 4H4MA 1RTDA 4DLEA 4DSKA 2W8LA 4CJPA 1MMLA 5KFXA 4C8LA 2WOMB 5CZ1A 1D8YA 4NLGA 5FRNA 3V9SA 2KW4A 4JS4A 5L1IA 3RBDA 1DLOA 4DFMA 4AILC 2IM1A 3C6TB 4KHUA 3H98A 3DLRA 4W5RA 5KFSA 3PX0A 3DOKA 1JXLA 1QTMA 4C8OA 1HNIA 3MTKA 2VG6A 1NNDA 4TQSA 4XPCA 5KFAA 1C0UA 4KHRA 1VSMA 2W8KA 4CGIA 3FFIA 2RDJA 1BGXT 2FLNA 3CJ4A 4KTQA 4CJUA 3ZT3A 5D3GB 4YNQA 4LSLB 2UVUA 4J9MA 3EZUA 1IKXA 4JV0A 5FDLB 2HMIB 5KFYA 3E51A 3OL8A 1B92A 3RAXA 4FK2A 1UA1A 1KCFA 3QNNA 1R0AB 4G3IA 5FROA 5CY4A 1WNEA 4DQRA 4DFJA 5KRSA 3CJ5A 3AVFA 3MEEA 4URGA 3UPFA 4FJGA 3KLGB 4ZPDA 3NAHA 4WXOA 3ZCMA 4ICLB 1Z25A 1LW0A 3LPTA 4K4XA 4ED3A 1JLCA 4ZP9A 2FBVA 3AA5X 5JS1A 1S1VA 4MKBA 2X6SA 4M3XA 4IH6A 5C42A 3LPUA 4RW9A 2D3UA 3KLIA 1RTJB 2IM2A 2KFNA 3MEGB 2DTUA 3I8DA 5JUMA 3VQ9A 1ASWA 2Y1IA 1XHXA 3TAPA 4IKFA 2W9CB 3NF7A 1RILA 3Q8PB 1D9DA 5KFDA 4E7IA 3LANA 2RPIA 1DTTB 4NLOA 3PW5A 5KFFA 3AVNA 5KFWA 1RTDB 3FSIA 3H2LA 5HROA 3K58A 2GUIA 5KTQA 3DI6A 4PA1A 2ZE2A 2ITGA 4PQUA 4B9LA 3TI0A 3OYHA 1DLOB 5DQIA 4JS5A 1MU2A 1WSHA 2A1SA 4K4UA 3DOLB 3DOKB 3DYAA 3QIPA 3KMSA 3OYCA 1BQMA 1LV5A 4I2QA 4FLTA 1HNIB 1TKXB 1B9DA 3TR8A 4B9SA 3RBEA 4LY7A 4MKAA 2VG6B 4IRCA 3AA2A 1CZ9A 1C0UB 4K8ZA 4CEFA 5T7BA 4FVMA 3KLHA 3HL8A 3FFIB 2HHSA 4JLHA 4ZTJA 3E01A 4E7KA 2F8EX 4F4WA 4QWDA 4FW2A 5KI6A 5C24B 4TSXA 1Q9YA 4DQIA 1WSJA 4Q5VA 3RWUA 2I1RA 4TN2A 2R8HA 1UA0A 3VA3A 2IBKA 2IJFA 3RMAA 2D0BA 2FLPA 1QHTA 4CGHA 4EO8A 1YTUA 4O44A 2VA3A 2OZMA 2ETJA 3HPGA 4W5NA 1JLGA 2WB4A 4NLPA 2QKKA 1JLCB 3DLGA 1F21A 4RNOA 1HQUB 1JXBA 2Z1IA 1U48A 1IKVB 1S1TB 4KKOA 3VQ4A 3JYTA 4J9LA 3TABA 5C42B 4HTUA 4RW9B 4RG8A 1S0MA 2P1JA 3KLIB 3L2QA 2R8GA 1C1CA 3P5JA 4B9VA 4WE1A 4LQ9A 3VQ8A 2B43A 5DK5A 4X2BA 4IH5A 3U3YA 5HRSA 3MECA 1SH3A 4J2EA 3ZSQA 5HROB 5DLGA 4FS2A 4BE1A 1D5AA 2KTQA 5L1KA 1QSLA 1QS4A 5KG2A 2PZSA 1ZBHA 4J2AA 1SV5A 4FJIA 4CFAA 4NRUA 1TQLA 4K50A 1MU2B 3NH1A 2AJQA 3NH0A 3QZ7A 4BE0A 4RNHA 3RB0A 3M9NB 3QIPB 4IBNA 4LSNA 3QINA 3V6DB 5KG7A 2I5JA 2EHGA 3A2FA 4Y1CA 4NLDA 4B9TA 3KLHB 5C25B 3NGDA 1BCOA 4AHVA 4CJLA 3E01B 4WFYA 5C5JA 4QAGA 3MXIA 4CJ4A 3GIKA 4KTWA 4ZVHA 5F8GA 3DLKB 2B5JB 4GMJB 1VK0A 5J2PA 4FW1A 3BDPA 4DU3A 3BQ0A 2YKNA 4KV8A 5KFOA 4ECYA 3OYDA 4O44B 4MQ3A 1NKCA 4Q44A 1TKDA 1VRTA 3NDKA 4DQSA 1CXQA 4J9NA 3V1RA 1JLGB 4EYIB 4CEDA 4RUAA 3DLGB 2G8VA 2C2RA 3EYZA 3LP0A 2OPPA 2BRKA 3V81B 1SL1A 4KKOB 2X74A 1U45A 5J1EA 4KB0A 4CF0A 1S9EA 5HP1A 3RRHA 3H5SA 2P51A 1HJRA 1C1CB 4WE1B 4HYKA 3I0RA 1SUQB 4DTJA 2IS3A 1T03A 1T05B 3MECB 4QWAA 4NZ0A 4OLAA 2XO7A 3KK2A 3OYMA 4CGFA 2LSNA 2YKMA 3CM6A 4Z4GA 4IFVB 1RBVA 1HYZA 3KK3A 2DPJA 2G8UA 4M42A 1L3VA 4O3NA 3ZSVA 4ECWA 4H4OA 1RT2B 2E9TA 2VWKA 3GIIA 3M9OB 3KK1A 1QAJA 4LSNB 1TV6A 3VQBA 4DTNA 2I5JB 3OL7A 4FZXC 4FM0A 4WYWA 3C94A 3IN5A 4M41A 2XCPA 4KHYA 2ASLA 1YT3A 4CJRA 3OYIA 3B6OA 5J2QA 4Y2CA 2O4GA 1S1XA 3SUPA 2C2EA 4MIAA 2UVVA 3KIOA 3ZSRA 4U6PA 1QE1B 4GW6A 1RYRA 3IAYA 1TAQA 2BDPA 4ZVFA 3OSNA 4CE9A 2YKNB 5I3UB 1QUVA 1U49A 4KV8B 5EUHA 4IRDA 4FM1A 3TARA 1DTQA 3ICLA 3T5KA 1VRTB 3NE6A 4XIUA 4KPYA 4KSEB 1S1UB 3QO9A 2HWHA 3LP0B 2OPPB 5F8MA 4O3SA 3HVWA 4E7LA 1RT3A 3AO4A 5J1EB 2R2TA 1NHVA 3GV5B 1S9EB 4RW7A 5HP1B 3Q8RB 1YTAA 3UDLA 4CGDA 2D3ZA 5HRPA 3DDKA 2AWZA 4NLXA 3SV3A 3I0RB 3H08A 4EEYA 5KG0A 1RBTA 1X1PA 3AA4A 3K5OA 2UVWA 4TQRA 3SYZA 4OGCA 1G15A 3KK2B 4ED7A 2YKMB 1O1WA 4N76A 4G1QA 3K5LA 1W25A 3KK3B 1S6PA 3MFIA 2F8TA 3V6JA 4KE5A 1Q9XA 3C95A 2WRMA 4ZVGA 3O3HA 4CGJA 2D0CA 3I5AA 3DM2A 1NJXA 1VSKA 4Z4EA 1TV6B 1CXUA 5D3GA 4DTOA 2BQ3A 2EC0A 4NCBA 2NUBA 4IR1A 3RR7A 3T19A 4IFYA 3VQEA 1SKWA 2HHTA 4FJKA 3O3FA 3MR6A 4RU9A 5J2QB 4K4ZA 2R2RA 1CSJA 4M45A 4Q8EA 3ISND 3ISNC 2IC3A 1JLQB 2XHBA 3QGGA 4ICLA 2B6AB 4RZRA 3RAQA 2FVSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4F4Z A;  4NLQ A;  4CJS A;  3HK2 A;  3M8P A;  4RW6 B;  3PVX A;  3AO1 A;  3QEI A;  4EYH B;  4L8R B;  4Z4F A;  1JXE A;  4F2S A;  4DTM A;  3OLA A;  2FVQ A;  5K14 B;  3SFU A;  3IRX A;  1RT5 B;  3HVT A;  3GIM A;  4J9O A;  3C6U B;  1KHW A;  4N41 A;  1KLN A;  3V1O A;  1HPZ A;  4IG3 A;  1FK9 B;  3OSP A;  3V6H A;  5KFC A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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