1RT6A

Hiv-1 reverse transcriptase complexed with uc38
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
539
structure length
538
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structures of HIV-1 reverse transcriptase in complex with carboxanilide derivatives.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE
molecule tags Nucleotidyltransferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 148
structure length 538
sequence length 539
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-07-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 1rt6A01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt6A04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt6A03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt6A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rt6A05
3Q8RB 3LP2B 4ECVA 5KFGA 1QE1A 4DF4A 4WFXA 2D7SA 3NGDA 3BSCA 4ZPBA 5F9LA 4L8RB 2B5JA 2HHWA 3PO5A 1L3UA 2YNGA 1S4FA 4CEEA 2OZMA 3GILA 5KTQA 2IM0A 4NYFA 1QQCA 3AA3A 4RW6A 1TAUA 5F8LA 5KI6A 1S6QA 4DU3A 3KLFB 2HMIB 3KHGA 4PA1A 4PQUA 4CJ3A 3QO9B 4DQPA 2WTFA 1S0NA 4F4ZA 3PHEA 4AILC 2IOCA 3DM2B 1D0EA 1TAQA 2P51A 4KFBA 4Q8FA 4C8NA 3OYIA 1NK5A 3CFOA 3KLGA 3G6VA 4DG1B 4FJHA 2IJNA 2ASDA 4J9OA 1VRUB 4FS1A 1S1UA 4YR2A 2R8IA 3PX6A 4JV2A 1U04A 1ZTWA 4H4MA 2IJFA 5T7BA 4K4WA 3OYLA 3OSNA 4F4WA 3N6NA 4F3OA 3HM9A 3NBPA 1LW2B 4CFCA 1MMLA 2RN2A 3M8PA 1XWLA 5D3GB 4W5NA 3KD5E 1SL1A 5KFOA 3U3YA 3KMQA 4AHRA 3SJJA 1BQNA 4DWIA 4F4KA 1S48A 2XY6A 3SQ4A 2P5GA 2HW3A 4DFMA 4K4VA 1HPZB 4ZVEA 1IH7A 3V6HA 3ALYA 5KG1A 4ECWA 4CCHA 4URSA 4NCAA 4IFVB 1S6PA 3IAYA 1X9MA 1U49A 4F2RA 4B8AB 1YT3A 3C6UB 4EZ9A 4YQWA 4MIAA 4EO6A 2D41A 5I3UA 4MIBA 1RDDA 3NGIA 5KT4A 3GYNA 4C8LA 3T3FA 4NLVA 3ZSXA 4RW8A 4QW9A 3QEWA 2W7OA 1CZBA 4DS5A 3SI8A 3ZSQA 1S10A 3OYHA 1WSIA 1UWBA 3G0ZA 2XGQA 4J9NA 3KOAA 4GC6A 1S49A 2W9AA 1W9HA 1N56A 3QNOA 3L2UA 3I8DA 3LAKA 5J2QA 3I5BA 4ZVHA 5HRSA 4Y2AA 2YKMB 2E9ZA 3WNFA 2XC9A 1T8EA 5KFEA 1L3SA 3F73A 2QXFA 3FQKA 2E9RX 3AVLA 4FW1A 2HAIA 3WNGA 4ECRA 1EP4A 2RKIB 4O0JA 3RB3A 4JV1A 3E01B 4O3RA 4IDKB 4LSNB 3PW4A 1HRHA 5KFXA 3B6OA 1TKTB 1HQUB 1NHUA 5EDWA 5L1JA 2OH2A 4NLQA 1JLFA 1QUVA 1C1AA 5J2NA 4ED0A 4I7FB 3RB0A 2XY7A 3NHGA 4OLBA 1JL2A 5F8MA 2OYQA 1KLMB 3NL0A 3VA3A 4FM2A 2YNFA 1RDBA 4F3TA 3MTKA 2G8VA 4YR0A 3LWLA 4NCGB 3K5LA 4M3YA 1WSJA 1HMVB 3KK2B 3QEVA 2HHQA 3H2LA 2G8UA 1HQEA 2XWYA 2O4IA 2VG7B 4QWBA 4HUGA 3DOLB 1RT1A 4LQ9A 4O3PA 5KG6A 3TAMA 1QSYA 1JXBA 1JKHB 2WOMB 4OJRA 3PW2A 3OHBA 3K58A 5HP1B 4OGEA 1C1CB 1S1XB 3KMSA 1LW0A 3ZSOA 5L1LA 4KRFA 1RT7A 1NJXA 1VSFA 3KLEB 3ITHB 3HVAA 3QYYA 5KG0A 3PZPA 3NH0A 1JLGA 1DLOA 3IGVA 3I0RA 3CG7A 2ITGA 1IKVB 2E9TA 1Q9YA 3DRRB 4W5RA 3TAGA 3CJ0A 1YTAA 2PYJA 4HHTA 3MR6A 4IKFA 4LH4A 2UVRA 5JS1A 4I2QB 3MEGB 1MU2B 2FJVA 4CJ5A 4TY9A 4ED8A 1WNSA 4K4UA 1HNIA 3PW7A 4CGIA 2HNDB 5FRMA 1JIHA 1RT5B 1L3VA 3I5CA 4LH5A 5KFKA 4JRQA 2YNIB 2VA3A 4FJJA 2RF2B 4W5OA 3ZT3A 5E41A 4LQ3A 5KFHA 1RILA 1FK9B 3V6DA 4ZP8A 4E7HA 5FDLA 4U6PA 5CYQA 3RB4A 4M3TA 5F8HA 5SWMA 3QIPB 3AVIA 2KZZA 2AX0A 1VSMA 1NKBA 2W9CB 2PY5A 3RWUA 1FXXA 2WHOA 2YHAA 4C8OA 3QGHA 3VQ4A 4WZMA 3LANA 3I5AA 4KE5A 4YR3A 2QKBA 5J1EB 2WK4A 4RW9B 3G6YA 3QLHB 4FK0A 2C22A 2AWZA 1RT4B 1TL1B 5EWFA 3MXJA 3MEDA 3THVA 3H08A 1SL2A 4KV8B 4DTOA 2BANB 4K4TA 2FVPA 5KFQA 4IOBA 3HVWA 1NJYA 2B6AB 3RTVA 3PR4A 1JLEA 5KFZA 1UA1A 5HRRA 5CYMB 2C2EA 3IGNA 3NH1A 2HB5A 4KI6A 3KNAA 4E3SA 4AHSA 1K1QA 4DLEA 2QK9A 2W42A 3V4IA 1ZBFA 2D3ZA 4AHTA 4ED3A 3EPIA 2ETJA 4J2EA 3IN5A 3PO4A 1TL3A 2KFZA 1LWFB 1Q8IA 4DL2A 3NAHA 3PJWA 3MR3A 5J2MA 4Y34A 1U4BA 3V9SA 2DY4A 2FJWA 3PX0A 1I6JA 4NLGA 1RT2A 4E7IA 3FQLA 3IG1B 2IA6A 3LZJA 2R2UA 4K4YA 1NK4A 3DLEB 2XHBA 4KHQA 3KHHA 1SV5A 4NZ0A 1EETA 1TV6B 1QS4A 3RAXA 2DPIA 1FKOA 4IBNA 3SPZA 3QEXA 4FK4A 4KI4A 3BREA 1T3NA 4U7CA 1SH0A 1S9FA 2KTQA 5C42B 3KLHA 2IDOA 3LP2A 3RAQA 4K8XA 3ZSRA 4BE1A 4ZHRB 3VQ5A 2I5JB 2HHVA 3O3GA 5KFCA 4FBTA 3LP0B 2BR0A 4IRCA 3S3NA 4AH9A 4CHPA 3U6FA 1IKWB 1JXLA 1U47A 3AO1A 3AO2A 4K4XA 5DMRA 3BQ2A 3KLFA 2HMIA 2O4GA 3QO9A 3GV5B 3DI6B 4B9UA 3WNHA 1HNVB 3DM2A 3OYMA 3L3UA 4DTXA 2IC3B 2RDJA 1WN7A 4KKOB 3VQ7A 1RT6B 3PW5A 3AVCA 1C0UB 4CJQA 1IKXB 4DG1A 3DLKB 3NAEA 4CE9A 4FK2A 1VRUA 4LY7A 3NGYA 4CEZA 4NLRA 4Z4HA 3SZ2A 4ECYA 5KG7A 1K1SA 2UUTA 4DSEA 4AHVA 2C2DA 4FXDA 4MFBB 3OY9A 3EYZA 5DG9A 1J5OB 3OL9A 4E1NA 5D3GA 2NUBA 1XI1A 5KFMA 4E19A 3C94A 4PUOB 1TKXB 3V1QA 1HPZA 5HROB 1SUQB 4TQRA 1QHTA 5F8NA 5KFPA 4N47A 1XR6A 4E89A 5DQIA 4IFVA 4N5SA 4KSEB 3AVHA 3TAFA 3TABA 5KT7A 3TAPA 3C6UA 3OL8A 4NRTA 2J6UA 4ECZA 1JLAB 4BWMA 1TKDA 4GC7A 2DFFA 4FM0A 3HL8A 3TVKA 1ITGA 3NKYA 2AGQA 4IH6A 1S1WB 2XRIA 1XR7A 1VRTB 3OYJA 3IS9B 3QGGA 3OS2A 3IRXB 2ZD1B 1NOZA 4OKJA 4FJ8A 3JYTB 1HJRA 3KJVB 5KRTA 1YVFA 4YP3A 4WXWA 3M9NB 4KTQA 2BQUA 4B9LA 2A1SA 5HBMB 3DLHA 4MK7A 4DL7A 4DU1A 3SFUA 1JLBB 3H98A 4Y3CA 4FS2A 5HRPA 4CEFA 4FCYA 2YKMA 3MEEB 4ELUA 4J9PA 4J9KA 2FVRA 4B3OB 2YHBA 4B9MA 4IH5A 2ZQBA 4ECTA 1KHVA 4DU4A 1EKEA 1RDRA 1GOBA 3HPGA 2HNYA 3HYFA 2RKIA 1NK0A 3E01A 2JLEA 2CKWA 2G8FA 4LSNA 3V9WA 1C2PA 3BDPA 1TKTA 4HUEA 3SV4A 1HQUA 3DRSB 2LSNA 3L2WA 1A5VA 1LV5A 4ZP7A 3OLBA 1N48A 1RDAA 4DF8A 3RMAA 4ED7A 3MFHA 4I7FA 3MFIA 4M3ZA 3H4BA 1QTMA 1R0AB 5F8JA 1KLMA 2WCXA 1X1PA 2R2SA 4NCGA 4CJKA 4KHYA 3ZT4A 3MXMA 1HMVA 4WE1A 4JLHA 2P1JA 3KK2A 4CF1A 4YNQA 1NK6A 4DSJA 4OKKA 3SQ1A 2VG7A 4E0DA 3DOLA 4WZQA 3V81B 2OPQA 1BCOA 2D0CA 4FLWA 1TKZB 4ELTA 1JKHA 3QEIA 4FJXA 4BACA 2Y1IA 2WOMA 1TK8A 2VWKA 5HP1A 1C1CA 1I3AA 4NLYA 1U48A 4O3NA 4FJ7A 4Z0UA 3D45A 3EPGA 4NYZA 3OS1A 4OPKA 1VSHA 1RTIB 3KLEA 3ITHA 5JUMA 4RUCA 2IAJB 5I42B 2XY5A 3H5XA 1TVRB 1FKPB 4LD0A 4URGA 1IKVA 2ALZA 3DRRA 4O44B 3O4NA 3BQ0A 2FBVA 3HKWA 2EHGA 1WAJA 3H4DA 3CJ4A 4I2QA 3MEGA 1B9DA 3OYEA 2C2RA 2FJXA 3OL7A 1BIUA 4CFDA 1REVA 3JSMB 1ASWA 1RT5A 4IRKA 4IFYB 2BQRA 1N4LA 4ED1A 2YNIA 3ZCMA 4KHRA 3UR0A 2DPJA 3AVBA 1S0OA 2RF2A 2RDIA 1X9WA 2WONB 4FZYA 1FK9A 1HYSB 3QZ8A 4EBDA 4FJLA 4NLTA 4URQU 4M45A 4E1MA 1YTUA 3H59A 4HCCA 2GIQA 5SZTA 3RBDA 3VQQA 3L2QA 3DOKB 1VSLA 3QIPA 4DTUA 2OPRA 3H5UA 2W9CA 5EU7A 3KKRA 1BI4B 2PZSA 1LWCB 4TY8B 1NJZA 3FFIB 3GIJA 2BQ3A 5J1EA 3MR5A 3U3GA 4EZ6A 4RW9A 2A1RA 4DFJA 3M8RA 1RTHA 4FW2A 3M9OB 1RT4A 1TL1A 3M8QB 3KLIA 1RBUA 4B9SA 1JXEA 4KV8A 1T94A 2HVHA 2BANA 3HVTB 2QV6A 4O4RA 3V1RA 3CFPA 4R8UB 1NKCA 1S1VB 5CYMA 4NYNA 4DSLA 1QE1B 4DQRA 3VQ9A 4FLXA 2JC0A 4DS4A 4JRPA 2XCAA 3FSIA 1BISA 3VQEA 4DQQA 1VSKA 1RYRA 3Q8QB 4IG3A 1UA0A 4M95A 3AVMA 3FRZA 1G15A 4FYDA 3K2PA 4CF9A 1LWFA 2WRMA 4Q44A 3Q8SB 1QAJA 4BWJA 4OVLA 4MQ3A 4ECXA 4O3QA 4RUAA 3ZSZA 3UIQA 3K59A 5DLFA 4DL5A 4DQSA 4RU9A 3CM6A 3V9XA 4CHZA 2B43A 3PY8A 3IG1A 3MECB 1N5YB 1B92A 4TSXA 2ATLA 1F21A 2YNHB 3DLEA 2HNZB 5KT2A 4O3SA 3SQ0A 1LWEB 2F8TA 3PX4A 1TV6A 3D28A 5J2PA 4CGHA 4B08A 1C1BB 2F8EX 4DTMA 5L9XA 5KG2A 2V0NA 3M8PB 5KT6A 4DL4A 4GMJB 3CYMA 2BDPA 4Z4CA 5C42A 3T19A 4DMNA 3EZUA 4Z4EA 4ZHRA 4MK8A 3CDWA 4WFZA 3OL6A 3EZ5A 2I5JA 2IM1A 2C28A 4XPCA 2Y1JA 3LP0A 2F96A 1C0TB 5K14B 3HJFA 3UQSA 4KAIA 1S0MA 1Y97A 4FM1A 1IKWA 3T5JA 3I0SA 2KQ2A 4O5BA 2X6NA 5DG7A 4NLDA 1RTDB 4RW8B 3ZT1A 1SKWA 4CJSA 2ILZA 3QGIA 4EO8A 3DI6A 3A2FA 1HNVA 1NK8A 1RBTA 2IC3A 2GUIA 3NH2A 1RT6A 3KHLA 1C0UA 2FVSA 1IKXA 1KVBA 4I2PB 3OVNA 1RTJB 4TXSA 2X6SA 4CGGA 3DLKA 5HLFB 4FJIA 3G10A 4F4XA 3LP1B 5L1KA 5KFYA 3AVJA 5KGXA 3RR7A 3NAIA 3BQ1A 4W5QA 1CLQA 4QWEA 2KFNA 4MFBA 4M3XA 4K50A 3TR8A 3LAMA 4ZP9A 1RBSA 3AVFA 4CJWA 4PUOA 4CHNA 2GC8A 1VK0A 1TKXA 3S3OA 4Q0BB 3ZT0A 5HROA 1SUQA 3AVAA 3AV9A 4CK1A 2JEGA 3OLAA 1L5UA 3UDLA 1Z4UA 4XO0A 1CXQA 4HTUA 3BSOA 4H8KA 3RRGA 2ZE2B 4ICLB 2E4LA 1ZBLA 2XI2A 3O3HA 4CEDA 4CJEA 4CGFA 1KSPA 1XHXA 1RYSA 4DFPA 1DTTB 1JLAA 4Z4FA 2GIRA 1N6QB 2FBTA 2G8HA 1S1WA 4CERA 4BDPA 4J2AA 3ZT2A 1VRTA 4K4SA 3C95A 4ECQA 2G8IA 4G3IA 4KHMA 3CJ3A 2IM3A 2ASJA 3IS9A 4WXOA 3IRXA 2ZD1A 3ZSVA 3JYTA 3KJVA 2BE2B 4RW7B 4MK9A 3LDSA 2HHSA 1KLNA 4CEQA 3LPUA 1UAXA 2HHXA 5KG4A 4WYLA 2JC1A 3SNNA 5HBMA 4YMEA 4O4GB 3HPOA 2CJQA 1KHWA 1JLBA 4QAGA 4OL8A 4ZTFA 1U09A 4IR9A 2IBKA 1BIZA 3G6XA 3NF9A 4PY5A 4B3OA 2JEFA 4FLUA 2OPSB 4W5TA 3L2RA 1NNDA 1BHLA 1NK7A 3O4QA 4RZRA 2X78A 1IKYB 4WFYA 5DGAA 4JS4A 3RBEA 3MR2A 3T5LA 2YKNB 1TP7A 1DTQB 4C8KA 4N56A 3GQCA 4MH8A 5DK5A 2PYLA 3CDEA 3PV8A 4Q45A 2ZKUA 4LSLB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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