1RT7A

Hiv-1 reverse transcriptase complexed with uc84
Total Genus 139
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
139
sequence length
536
structure length
535
Chain Sequence
PIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structures of HIV-1 reverse transcriptase in complex with carboxanilide derivatives.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE
molecule tags Nucleotidyltransferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 139
structure length 535
sequence length 536
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-07-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 1rt7A01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt7A04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt7A03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt7A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rt7A05
1WSIA 2KZMA 5DQHA 4DLGA 1HYSA 3PJXA 2G8FA 3RWUA 4KAIA 5KTQA 1JKHA 4BACA 4KAZA 1TL3A 3OYAA 4CHOA 5KFHA 3KK2B 4KV8B 1ZBUA 4N41A 2XO7A 2C2RA 1K6YA 3PV8A 3LPUA 3GILA 1NOZA 2B6AA 3CQ8A 1BGXT 1U48A 1HQUB 3RBEA 5DLGA 2VG5A 1EXQA 2G8VA 1J5OA 2ASLA 2OH2A 4I2PB 2RF2A 2HW3A 1QAJA 4ED2A 3SPZA 2IS3A 4ED3A 5KFGA 3SI8A 1HPZB 1RT5A 3E01B 3KJVA 4KE5A 3U3GA 1IKWA 1VRUB 3ZSVA 3OYHA 4YNQA 4CJ4A 4DSKA 4FK0A 4DFKA 1IKXA 3OL7A 1HJRA 1NNDA 4IH5A 2P1JA 1HNIA 4HUEA 2BDPA 1SV5B 4DL6A 4ED6A 4OVLA 2GIQA 3LP1B 4NCBA 5J2MA 5KFVA 4CJRA 4ID1A 4DQQA 1T05B 1RT4A 5J2NA 3C95A 4MQ3A 4AILC 2WB4A 3QGGA 5KG3A 1RTJA 4Q43A 4RW8A 4M3WA 3PO4A 3AA2A 4IRDA 4ED8A 1BQMB 1KHVA 3L3UA 3AA4A 3ZT0A 2QK9A 3RAXA 2IC3B 1TKDA 3QEIA 3S3MA 5KG0A 4ZP7A 5FRMA 3NDKA 3AA5X 2XCAA 1C0UA 2G8UA 4DG1B 1S6PB 5EWEA 1RTIA 4DL2A 2D0CA 4CF0A 5KG7A 3KTQA 1SKWA 2FVQA 3V4IA 3NBPA 3ZT4A 1BI4B 5DG8A 4IH6A 3MR2A 3DMJA 4Y1DA 2ZQBA 3EZUA 4E1NA 3KHLA 1KLMA 4MK7A 4DWIA 3MTKA 2YHAA 3SUPA 4CEQA 3K5NA 3RR8A 1T94A 3LAKA 1HYZA 1ITGA 1J9AA 1TKZB 2WK4A 3AVGA 4CECA 4NLWA 1S9FA 4FJ8A 1G15A 3D0PA 2UVRA 2E9ZA 1ASUA 2FVPA 1GX5A 3IRXB 4KBIA 3BQ1A 1UA1A 3V81A 2ITGA 5EDWA 3G6XA 4ECVA 1JLFB 3OHBA 1XHXA 4MKAA 4LY7A 4E3SA 4DSFA 4Q44A 2J6TA 3H5SA 2FJVA 1YTUA 4DTJA 3SUOA 3G86A 1NJYA 3BJYA 3AO1A 1U09A 4CJKA 4KHMA 3VQ4A 4YMEA 1CXUA 1LWEA 3K5MA 4URSA 5C24B 4AHRA 1RT1A 4Z4FA 4NLOA 2BQUA 2FBYA 3QNOA 3M8QA 5L1IA 5L1LA 4MIBA 2X78A 4ID5A 3CJ5A 3OL9A 5EUHA 2D0AA 1BISA 4AHVA 1JKHB 1TL3B 2XY7A 3GYNA 4OKJA 1RBRA 3H40A 1S5JA 4FJNA 2F8SA 1L5UA 4MK9A 4W5NA 4CF8A 3BSCA 4EBCA 5DGBA 4EP4A 2B6AB 2VWKA 3ISNC 4CGIA 1JL1A 1DLOA 4EEYA 1IKVA 2VG7A 2EHGA 4F4WA 3ZT3A 1KFSA 2RF2B 4FK2A 4ZP8A 1KTQA 1C0MA 4IBNA 3KMSA 5KFBA 2UVWA 1EP4A 3T5LA 2FLNA 3DLKA 1I6JA 4Y34A 4CJQA 4BWMA 1LAWA 3KHGA 5HRSA 1RT5B 1IKWB 4WZQA 4NLXA 3GIIA 3CFPA 4K4YA 3A2FA 2AX1A 3MXJA 1KRPA 4RW9A 1HNIB 2HHQA 2ZD1A 4PA1A 4KTZA 5J2MB 5E41A 4J9NA 4CEDA 1HNVB 1UOCA 4NLSA 1NJXA 4KHRA 3OS0A 3CFOA 5J2NB 3VQDA 4J2EA 3NAHA 1QSYA 1VSHA 5KFEA 4TYAA 1YVFA 4Z4CA 4QOZB 2QV6A 5FROA 3L8BA 1ZBIA 2OPSA 3RMBA 4OGEA 4RW8B 4K8XA 4BDPA 1RAJA 3SPYA 1ZTTA 4IG0A 3MF5A 4O3NA 3G0ZA 2Y1IA 4JS5A 1D5AA 4ICLB 4FZYA 3I5BA 3KNAA 4OKKA 3CJ0A 4B3OA 5KFNA 4C8KA 4PUOA 5KG4A 4E7JA 4WXWA 1WN7A 2PZSA 1TL1A 3N6LA 3IG1A 3CDWA 1C0UB 1TK8A 3FQKA 3AVMA 2G8IA 2FLLA 3L2QA 3CJ4A 2R2RA 1VRTA 1X9MA 4J2AA 4RG8A 4ZTJA 1U04A 4FLWA 2V0NA 3V4IB 3PX0A 1S6QA 5FDLB 1BCMA 4WYWA 3PW0A 4BE2A 4ECXA 4DQRA 2OZSA 1KLMB 1W25A 4F4YA 3M9NB 4RNOA 3WNEA 4DS4A 3OL6A 3BREA 1UA0A 1SL1A 2KFZA 1NK9A 2CJQA 3SQ0A 1B9DA 1RNHA 1X9SA 2F8TA 4YQWA 3VQ6A 4BDYA 3P1GA 1EETA 4CJUA 2C28A 1WSGA 4CJLA 3V81B 4ECWA 4KO0A 3KLGB 4Q8EA 1IKYA 1S0NA 5KT6A 4Q5VA 4CGFA 4ED0A 1C1BB 1GOCA 4ECZA 2JGUA 4H8KA 4Q0BA 4FM1A 1JLQA 5KFFA 4CF9A 3QIPA 2HHXA 3MEDA 3T3FA 2JEFA 2YNIA 1JLEB 3QEWA 4F4ZA 3ALYA 3CJ3A 1LWEB 1RCHA 1RT2A 4DQIA 4OJRA 3OYGA 1RT1B 4ZPBA 1SKSA 4NZ0A 4FS1A 2O4IA 3TAPA 4F8RA 4N56A 2IDOA 3SUNA 4X2BA 4J9QA 1WSJA 1TK5A 3CG7A 3I0RA 3MXMA 4O44A 4XPCA 2ETJA 5F8LA 4DFPA 1S0OA 1RTHB 2BANB 3ZCMA 4O55A 1DLOB 3NGYA 3IS9A 4DU3A 4TY8A 4ZVHA 2YNHA 5F8MA 3DLRA 4EO6A 4DU1A 1CSJA 4OLAA 2YKNA 3C6TA 4H4MA 1FXXA 4DTMA 3SYZA 3TAMA 5FRNA 1YTAA 1TVRB 4B8CA 3NE6A 1TKTB 3DOKB 1K1QA 1NKEA 3BSOA 3HJFA 3D28A 4DFMA 2DFFA 1J53A 4DTRA 3H08A 2IM1A 4DMNA 4KTQA 3FQLA 3NGDA 3PJWA 4RW9B 2HNYA 1A5WA 1QTMA 1T03A 3THVA 2ZD1B 1TQLA 3AVJA 4DSLA 3RAQA 4G3IA 3K5LA 4K50A 3DM2A 2A1RA 5KFKA 1CZBA 4EZ9A 3SQ2A 1RT3A 1KHWA 1RTDA 3NF7A 4HVJA 4EYHB 3I0SA 1WNSA 4H4OA 1Q8IA 3ZSZA 4JS4A 1NK0A 3V9WA 3QEXA 3G6VA 4G1QB 4W5TA 5KFWA 4RNHA 2DPJA 1D1UA 2G8HA 4E19A 4O0JA 3OYMA 4IG0B 4FK4A 1U45A 3AO4A 1REVA 4KB1A 1SH0A 3LP3A 1C1AA 1VSEA 3LWLA 1RDDA 4B3OB 1N56A 3ICLA 4XPEA 3MECB 2B4JA 2KQ2A 2D7SA 3LZIA 1TL1B 1TK0A 3IG1B 3SI6A 3DRRA 1I39A 4Y2CA 2DY4A 1SUQB 3GQCA 1QE1A 1XWLA 4KHUA 3AVCA 1S1XA 1NJZA 1VRTB 5K14A 3TVKA 1TKXA 4I9QA 1HQEA 4FW2A 3MEEB 3V6DA 5J2PA 4CHPA 4CEBA 3L2VA 3UQSA 1T7PA 3HHKA 2RKIA 5F8JA 3M8PB 2FVCA 4E89A 1MU2A 4AH9A 4C8OA 4OKEA 1A5VA 4CEEA 2PY5A 3HT3A 4C8MA 3KLIA 3KHHA 4LH4A 5KFTA 2C2EA 1YT3A 2HB5A 3HSTB 1RBUA 4KO0B 1NK6A 3GV5B 3T5HA 3ZSYA 1IKYB 1D9FA 5KFQA 3CM6A 4CF1A 4DTUA 2QXFA 1ZYQA 2DPIA 4N76A 4Q0BB 4ECSA 4KKOA 3V1OA 1QSLA 2W8KA 3MR6A 1JLQB 1VSIA 4KHWA 3P5JA 1JLCB 1S1WA 3AO2A 2ZKUA 3K5OA 1S1TB 3OSPA 3MEDB 4Z4HA 4DSIA 3OJUA 1Q9XA 5J1EA 4J9SA 3T1AA 4M95A 1XR7A 2HNZA 1RT2B 1EX4A 3ZSWA 1EKEA 1OS5A 1VSDA 3AO5A 1WSEA 4WE1A 1HARA 5F8IA 2EX3A 5HRNA 5F8NA 2D5RA 1WSHA 3QLHB 1IO2A 3K58A 1CXQA 2VA3A 2PYLA 3KOAA 1NKCA 5HROB 3MFIA 1R0AB 2OZMA 1JLAA 5DGAA 4E7LA 3I0RB 5KGWA 1RDRA 3H98A 4NLRA 2D41A 3H5XA 2W9AA 4I9LA 3AVLA 3CDUA 4O3QA 2A1SA 4KHQA 3IS9B 1DTTB 3VQSA 4TY8B 4MH8A 4TXSA 4CK1A 3U3YA 4HCBA 1C1CB 2UVUA 2Z1IA 3RMAA 1NOYA 1JL2A 2YKNB 4H4MB 3B6OA 3OYLA 4DU4A 3BDPA 4FBUA 5CYMA 3PW7A 2HMIA 4KB0A 1JLGA 1DTQB 1LW2A 3P83D 5HBMB 4K4VA 2V4RA 4ZHRB 1LWFB 4EBEA 4KI4A 3KD5E 4O5BA 5KFZA 4WFZA 1HMVA 1K1SA 4Y3CA 4WYLA 2D0BA 1T03B 3RB3A 4R8UA 1Z26A 3OY9A 3DRPA 1S97A 4LSLA 3FFIA 2IBKA 4NCAA 2VG6A 1RT3B 3I8DA 1C0TA 3CDEA 2YHBA 4IG3A 3I0SB 4CF2A 2IM3A 2YKMB 3UDLA 4H4OB 4OGCA 4KHNA 4Z4GA 1FKOA 3V1QA 4Q45A 4FM2A 4IFYA 1RDAA 3HVTA 4NRTA 5DG9A 4EBDA 2BRKA 1NHVA 4FYDA 4WXOA 4CESA 1CZ9A 1J54A 4DL5A 1GOBA 3LPTA 5KI6A 5T7BA 1REVB 3OJSA 1LW0A 1RT7A 4NRUA 4NLDA 3CVKA 5KT2A 1ZTWA 5JS2A 4MFBB 5CZ2A 3QZ8A 3AO3A 3AA3A 3M9MB 4WFXA 4Y1CA 2RN2A 5HP1A 2ATQA 4NYFA 2JC0A 4FCYA 1QE1B 1WAFA 2AWZA 3PW4A 1T8EA 5HLFA 2ZE2B 1KFDA 1FKPB 1SL0A 5K14B 3OSNA 4URQU 1HQEB 4IH7A 2JC1A 3EPIA 5J2PB 4ZP6A 3PW2A 4E7KA 4BWJA 3OYIA 2BR0A 3TABA 4O4RA 3HP9A 4RZRA 5EU7A 1N5YB 1MU2B 3HVWA 2OPPA 3VQ9A 1Z4UA 4DTNA 2FVRA 3I5CA 4JV2A 3AVFA 4IFVA 4O0IA 5DQIA 3KLIB 3HO1A 2BRLA 3FRZA 3OS2A 1HYSB 2WHOA 3NF8A 3PUFA 3DDKA 5KFCA 4FLYA 3O3HA 4CEFA 4URGA 3LDSA 4CCHA 2GIRA 1UAXA 5L9XA 2HHTA 4KKOB 4TYBA 4CGHA 1BIUA 4XIUA 5CYQA 3NF9A 1S1WB 3C6UA 3HPOA 4LD0A 4R5PA 3FSIA 2VG5B 3V6JA 3H4BA 1J5OB 5J1EB 3Q8RB 1W9HA 5CY4A 2FLPA 3DI6A 3RMCA 1NKBA 1CLQA 2HNZB 4B9NA 1LWCA 1S1VA 4WE1B 4ED7A 4TN2A 4K4XA 4KFBA 4M3ZA 3NHGA 4J9PA 3GIJA 3KJVB 4B9SA 4OPKA 2BQ3A 1MMLA 3LANA 2ASJA 1RT6A 1IKXB 4FVMA 2YNGA 4HUGA 1NK5A 3ZT1A 2VA2A 1RILA 5KRSA 4ZPDA 3BGRA 4DTXA 4FBTA 3AVNA 4CE9A 4QWAA 3PZPA 1RT4B 1TAQA 4BDZA 2DFEA 3HXMA 4J2BA 3SV4A 3BQ2A 5KFAA 3ZSOA 1C6VA 1L3TA 3NH2A 1WLJA 4I2QA 2IA6A 3QGIA 1RTJB 2E9RX 3CWJA 1VSMA 2E9TA 2HHUA 3LALA 3KLVA 2W9CA 5CYMB 1QSSA 3CIZA 4YP3A 2HNDA 1D9DA 2NUBA 3TQ1A 1LW2B 3F9KA 2HVHA 3H4DA 3KLEA 5CZ1A 1S1UA 1U4BA 1HMVB 2XGQA 3ULDA 4E0DA 2RPIA 4N47A 2AJQA 2XI2A 3IAYA 1RTIB 2X6SA 4ECRA 2O4GA 4WFYA 3LP2A 4KSEB 3DLGA 2VG6B 2Y1JA 1T3NA 4ZVFA 1C0TB 3QYYA 4IG3B 4CGJA 3NBPB 1FKOB 3DMJB 4OLBA 3T5JA 4GW6A 1N6QA 3OVNA 1LW0B 1RT7B 2C2DA 1JXBA 1IH7A 4CERA 4CJTA 2I1RA 4PQUA 3RRHA 2P5GA 3DOLA 3I5AA 4CJEA 3OYJA 5HP1B 4CJ3A 4BE0A 3B6PA 2W7OA 5DMRA 4CGGA 4Z4EA 1S48A 3HYFA 3LAMA 5HLFB 4CFDA 3OHAA 2VWJA 3NF6A 3JSMA 3TAFA 3MR3A 3O4NA 4FJGA 3QIDA 5F8GA 3MFHA 2HWHA 1KVAA 1YVUA 2WCXA 4RW7A 3KK2A 4KV8A 1Y97A 4ELTA 5JXSA 1QQCA 2OPPB 4CIGA 4IFVB 2QKKA 2CKWA 3M8QB 3L2UA 4KHYA 4YR3A 4ID5B 4C8NA 4I2PA 5C25A 3QETA 3G10A 2KFNA 4RW6A 4ZPAA 3VQPA 1S9EA 5CYQB 4TY9A 3C6UB 3V9SA 3E01A 1A5XA 4MKBA 4FJXA 4R5PB 4RU9A 3PX6A 1L3VA 2HHWA 1IKVB 2VG7B 4DL4A 2FBTA 1NK7A 5F9LA 3TAQA 3H2LA 4J9RA 2V9WA 1LWCB 3H5YA 3LP1A 3KK1A 3PW5A 3AVBA 4O3OA 4NLGA 1EP4B 2WONA 4KB7A 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 1S1V B;  3NGZ A;  3OYN A;  4KFB B;  1T05 A;  4LSN B;  3BQ0 A;  3SV3 A;  3MEG B;  4O3R A;  1DTT A;  2FJX A;  1WNE A;  3KLH B;  5KFR A;  1C1C A;  4FJ7 A;  3VQE A;  4O3S A;  3AVA A;  1S4F A;  2QKB A;  4E1M A;  3OYB A;  1JXL A;  3OLB A;  3ZT2 A;  1BQM A;  4EO8 A;  1DTQ A;  4K4W A;  5HBM A;  1RA6 A;  4M3U A;  5KG6 A;  1RBS A;  3CJ2 A;  3WNG A;  2G8K A;  4ZHR A;  1LWF A;  2J6S A;  3PVX A;  1FK9 B;  4HYK A;  4B9U A;  2R8G A;  1RBV A;  4CJF A;  1S6P A;  3QZ7 A;  3OYK A;  3VQ7 A;  1JX4 A;  4GMJ B;  3QIO A;  1S9G B;  2IMW P;  1S0M A;  4UQG A;  2AU0 A;  3HPH A;  1BQN B;  4MIA A;  4QWC A;  2GV9 A;  2YKM A;  5L1K A;  1BI4 A;  4DFJ A;  4TQR A;  3KLE B;  3C94 A;  4OPJ A;  1S1U B;  1Q9Y A;  2OYQ A;  3HL8 A;  4IDK B;  3CYM A;  4CFA A;  3TWH A;  4ED1 A;  4J9L A;  2Z1H A;  1TKZ A;  1XR6 A;  4MFB A;  2W9B B;  5F8H A;  4CIF A;  2R8I A;  2XHB A;  2D3U A;  4DTS A;  2G8W A;  5T14 A;  2XI3 A;  4J9O A;  5HRR A;  4M42 A;  1B9F A;  1JLF A;  4O4G B;  5KT4 A;  2R2T A;  4NLU A;  4CJS A;  2ZE2 A;  1FKP A;  4XO0 A;  3RR7 A;  2UUT A;  4CHZ A;  3MXI A;  2IAJ B;  4PQU B;  3DOL B;  2JLE A;  3HPG A;  4IKF A;  3RRG A;  3SZ2 A;  3JYT B;  1W0H A;  3M8R A;  1KLN A;  2AGQ A;  4CK3 A;  4NCG B;  1N5Y A;  4EYI B;  4FM0 A;  1SKR A;  4NLY A;  4RNM A;  4E7H A;  1QS4 A;  5JUM A;  3DLB A;  4M3T A;  3NKY A;  3JSM B;  5SWM A;  3TAR A;  1Z25 A;  1QAI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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