1REVA

Hiv-1 reverse transcriptase
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
536
structure length
524
Chain Sequence
PIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of HIV-1 reverse transcriptase complexed with 9-chloro-TIBO: lessons for inhibitor design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE
molecule tags Nucleotidyltransferase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 145
structure length 524
sequence length 536
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 1revA01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1revA04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1revA03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1revA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1revA05
4Y3CA 3EYZA 1S9GA 3OYGA 1TK8A 4DSJA 1RTJA 1XC9A 2HVIA 2RN2A 2IJNA 1RT1B 1R0AB 1JLEB 4DQRA 4FBTA 4ED3A 3TVKA 1CZBA 3OYKA 3CDUA 1KVBA 1MU2A 4QPXA 2JLEA 3RR7A 3PX0A 3PO4A 3E01A 3NL0A 4WFYA 3V9XA 4JS5A 5EWGA 3DLEA 4PY5A 4DL4A 2ASDA 5KTQA 4HTUA 3K5NA 4TY8A 3RR8A 5DGAA 4CGFA 3EPGA 2JEGA 3M8PB 4F4KA 1BQMA 3BSNA 3CFRA 4F4ZA 4YQWA 4TQSA 1EX4A 3LAKA 4ZTFA 4GC7A 3T5LA 2AWZA 3BSCA 4ECVA 4J9NA 5FDLA 4FZZA 3I0RB 3TAPA 5F8JA 2BRLA 4H4OB 1JX4A 4CJPA 4FCYA 1RTIA 3NBPA 5J2QB 1ZYQA 3NGZA 5CYQB 1Z4UA 4J2AA 5HBMB 3D0PA 3QEIA 3BDPA 1QTMA 4AH9A 4DSKA 4CJ5A 4WFXA 3I0RA 2G8UA 4U6PA 1LWEB 4C8LA 1S6QA 1SUQA 4KAIA 5I42B 4PA1A 4FLUA 3MXMA 4KHYA 4AHSA 1TV6B 2W7OA 2JC0A 4FLYA 4DQSA 2C2DA 1IKWA 3OYNA 4NZ0A 4WE1A 2WONB 3N6NA 4QWBA 3O4QA 2AU0A 3RAXA 3SFGA 4NLVA 4DS4A 4FK0A 1ITGA 4HCBA 2YKNA 3V6DB 4NLPA 4LSLB 4J9PA 1X9MA 4JUZA 1RTDA 1TAQA 4Z4CA 1TVRB 4TY9A 4WXWA 3ULDA 4HUFA 2HWIA 2E9ZA 3MF5A 4Y2CA 2F8SA 4BE2A 3NH2A 3M8SA 1TV6A 4IH7A 3IG1B 2VWKA 1WLJA 4OKJA 2IAJB 4KV8A 2O5DA 4O5BA 2IM3A 4W5QA 1C1BA 2ALZA 3CQ8A 1ZTTA 4NRUA 4FJXA 1JLCA 4O55A 4M94A 5C24B 3GIIA 1NHVA 2W8LA 4ICLB 2HMIB 2FLPA 4DLGA 3K5OA 1C1AA 3D45A 3IG1A 4ZVFA 2UVRA 5KFTA 3OYHA 4WYWA 3MR5A 3I5CA 3SI6A 4IOBA 1BCOA 1XR5A 3T3FA 2XI3A 4K8ZA 3IN5A 4DTSA 2FJWA 1HPZA 2HHUA 3TQ1A 5C42A 4OL8A 3PO5A 4RNNA 3IS9B 2IOCA 3ZT4A 4IFYA 3OY9A 3NKYA 3D5MA 4I7FA 4RNFA 1HARA 1C0TB 3AVMA 3VQBA 3T5HA 2YNFB 3SUOA 2YKMB 2WB4A 4PQUA 5J2MB 2B5JB 4Q45A 2PYLA 2Z1GA 3BQ1A 3M9OB 2HHVA 4IRDA 4J2BA 3DRSB 3NE6A 2VG7A 4TN2A 5J2NA 3AVFA 2FVRA 4F4WA 5DK5A 3VQDA 3QGIA 4CJSA 2JC1A 1NK0A 3KJVA 4EBEA 2G8HA 4RU9A 5JXSA 2OPSB 4O0JA 1TKXB 1EXQA 2LSNA 4KRFA 3KMSA 1RBVA 5J2PA 1JKHA 2XY6A 1K1QA 4XPCA 4CHOA 4DL3A 1D9DA 2J6UA 4N41A 5HRSA 1HRHA 4ELVA 3KTQA 2UVUA 4NLXA 3NGIA 4G1QA 1IKVB 4IG0A 1ZBFA 3ZSWA 4ECQA 4KTQA 4CJTA 4OLBA 3PX4A 4R8UA 2DPIA 5HP1A 3JSMA 2V4QA 3M8RA 3KK3A 1RNHA 4BDZA 1Q9XA 4IQXA 3K57A 3RBEA 2VG5A 4FXDA 3NF6A 4YFUA 3HPGA 1RYSA 1NKCA 1SH0A 4DL5A 3ZSOA 1HNVA 3HVTB 2UVWA 2HHWA 2R8GA 4ID5B 4NLOA 4RW6B 1FKOB 3OJSA 1C1CA 4EO6A 1IKXA 4MK7A 5C5JA 3QNNA 5CYMA 1J54A 4Z0UA 5EU7A 4CECA 4CJUA 1BQNA 4RW7A 3ALYA 3GIJA 1TK0A 1UOCA 3PV8A 1BIZA 4URQU 1X9SA 2D41A 3AO3A 1T7PA 3KLHA 1UWBB 3OYCA 5I3UB 3LP2A 3L2RA 3S9HA 4CEQA 4DTUA 1FKOA 4DTOA 1C0UB 1RA7A 1REVB 4LD0A 1IO2A 1Z25A 3KD5E 3KLEB 4Q0BA 1GOCA 1DLOB 5JS1A 2BQUA 3HVAA 4C8KA 1B92A 3MR2A 1VSKA 1HYSB 3KLFB 4Q43A 3AO5A 2OPPB 5CZ1A 4NYFA 1FK9B 1JLAB 4J9SA 2ATLA 4NLTA 2BE2A 4CJRA 3DLGB 1C0UA 1TL3A 2IDOA 4NCGB 2P1JA 1RCHA 2ITGA 2I1RA 1S1TA 5EDWA 4UQGA 3K2PA 4E0DA 2VA3A 4FVMA 4CHPA 2JEIA 1ASVA 3SJJA 1JLAA 5KRTA 3NCIA 1TGOA 3PZPA 4CGIA 1S0OA 1KFSA 4QCLA 5DLFA 4LSNB 3ZSZA 2BANB 5KG1A 1TKTA 1TL1B 2V4RA 3OYEA 4CJFA 5T7BA 3QZ7A 1C6VA 3HP6A 3KK2B 3MR6A 3HT3A 4URGA 1CXQA 2PZSA 5KFYA 3PUFA 1J9AA 2YNHA 3V9UA 1G15A 3G0ZA 5SWMA 1RDRA 3KKSA 1WAFA 5KG2A 1XI1A 3H5YA 1F21A 3BQ0A 4RNOA 4IFVB 4CGGA 4K4TA 1TKZB 1YT3A 2FVQA 1S4FA 4CHZA 3VQ8A 4AHUA 3L2VA 4CFCA 3UIQA 3AVNA 3LP3A 3G6XA 4I9LA 4M45A 1RT6B 4CIFA 1SV5B 2XHBA 3AV9A 5KFJA 2QV6A 1NJZA 1S6PA 4URSA 2GUIA 4G3IA 3K5MA 2B43A 3MEEB 4Z4GA 2QK9A 3DRPB 3AA3A 3DLHA 1KVAA 4NRTA 1LWCB 4R5PB 3RRGA 1O1WA 2FBXA 3OS2A 2XY7A 3DOKA 2ASJA 4B9MA 4NCBA 3G86A 1RT6A 2G8VA 2XI2A 1WNEA 1NNDA 1SV5A 1IH7A 1JXBA 1IKYA 4YR3A 1HQEB 2DFFA 3TARA 3VQ5A 2WOMB 4ZP6A 4O3QA 1J5OA 3TI0A 4FLTA 2DFEA 2W9BA 3BR9A 1LW2B 5KFHA 1RTHA 5KFGA 3BSAA 3C94A 4B9NA 4O4GA 3OYBA 4KHMA 1ZETA 4DF4A 2OA8A 2VG6B 4MK8A 3EY1A 5KFLA 5D3GB 4FJIA 3TAMB 2P5OA 1QAIA 3L2QA 3RAQA 3G6YA 1FKPB 2I5JB 1JLFB 4E1NA 3I5BA 3THVA 3C6UB 1LAWA 1ASWA 3CJ2A 1S1VA 1BIUA 3RWUA 4ZHRB 4CHYA 3TAEA 3KK1A 1RA6A 4OJRA 3LWLA 2HNZA 2KFZA 3HYFA 4C8MA 1A5VA 5KT7A 2ZKUA 4L8RB 3DYAB 3O3GA 4FZYA 4DFKA 3CIZA 4H4MB 1NJXA 2HNDB 3OS0A 4QW8A 3V81A 4OKEA 4AHCA 3ITHA 1N6QA 1JIHA 3DI6B 3QYYA 3O3FA 1JLGB 2HHQA 1VRTA 4IDKB 4DTNA 2G8WA 3CDWA 1GOAA 2QXFA 1VK0A 2FVCA 4M42A 3DMJB 2YNGB 3QIPB 4O44A 1S9GB 2AGOA 1RTJB 1XHZA 4FJGA 1NK9A 1VRUA 3QGHA 2D7SA 1TK5A 5DQIA 3VQQA 4IH6A 2KW4A 4DLEA 5EUHA 3DI6A 3MAQA 1I39A 2C28A 1YTUA 2C22A 3QIDA 3DLEB 2WCXA 3DMJA 3QIPA 3D28A 4Y1CA 4OVLA 3KHRA 3AO1A 4TY8B 3H40A 3CWJA 3GV7B 1BQMB 1FXXA 4LH5A 1JLBA 4WZQA 1S0NA 4I2QB 4E89A 3SCXA 5FDLB 4FJ5A 3LP0B 1LAVA 2ETJA 4CEBA 4DS5A 1QS4A 2D0AA 2B6AB 1CZ9A 2RPIA 4IH5A 1BL3A 1QSYA 3CDEA 3ZSYA 3PJXA 3OJUA 1KLMA 1RTIB 3NBPB 4CEEA 4EZ9A 3CG7A 4R0EA 3KLGA 2GV9A 4DTPA 1WAJA 1L3SA 4HKQA 4BACA 3OYLA 3H5SA 4IKAA 4I2QA 4KFBA 3RB0A 2FC0A 1UAXA 3MXJA 5DG9A 2R8IA 3LP0A 3T19A 1S6QB 2OZSA 1SUQB 2Y1JA 2B6AA 4H8KA 3I8DA 1NHUA 4QWDA 3OL9A 2BR0A 3VQEA 3VQ9A 2RDJA 3HP9A 1IKWB 2HAIA 4WE1B 1S0MA 1RDAA 5F8MA 3G6VA 2HNYB 1LV5A 3EZ5A 3QEXA 3PR5B 4QWAA 2YKNB 1RTDB 3L2WA 5DQHA 5EWFA 3HK2A 3HO1A 5HLFB 3VA3A 3HPOA 4ED8A 3AVBA 4N56A 3QEPA 3KD1E 3V6KA 1T94A 1W9HA 3HSTB 4KV8B 1XR6A 4E7IA 1JLQA 1LW0A 4QWEA 3AO2A 5KG0A 4QAGA 3WNHA 1U49A 3AVIA 2HNYA 5L1IA 2FVPA 4LY7A 4E7LA 1C1BB 2RDIA 3S3NA 3VQPA 5KT3A 5DG8A 4J2DA 1VSLA 3LPTA 3ISND 3QIOA 2WRMA 5F8HA 3QESA 4ELUA 1JLCB 2OPRA 4IG3A 3SUPA 1QAJA 1A5XA 5KFBA 1S97A 3C6TB 5HLFA 1JL2A 2GIQA 4DF8A 1BHLA 4ED6A 4O3NA 3RBDA 1TQLA 5KGWA 4E7KA 3I5AA 3IGNA 4M41A 2FJXA 3SQ4A 2KZZA 3AVKA 4M3RA 3OHAA 1UA1A 2XY5A 3IRXA 2BQRA 2FLLA 2X6NA 3C6TA 3MECA 4CEFA 4CJ4A 4CERA 1HPZB 5C42B 4CF8A 1T3NA 4FM0A 5L1LA 1DTTB 1EETA 2F96A 2BQ3A 1RBRA 5JS2A 4AHRA 1X9WA 3QLHA 4IFYB 3MEGB 4I7FB 3V9SA 2ATQA 4I9QA 4CEAA 1GX6A 4KHSA 4NLGA 4PQUB 4NLDA 2FBTA 3QETA 4RW4B 1DTTA 3V9WA 4ECXA 1YVUA 4EP4A 2VG7B 4RNMA 3GILA 4H54A 3MEGA 4EZ6A 4MFBA 5J2NB 3LWMA 1N4LA 2XY8A 3BJYA 3KJVB 4K4SA 4B9SA 3DLBA 3WNGA 2IM2A 2NUBA 1W25A 5J2PB 1JKHB 4RW4A 3PR4A 4CHNA 3LDSA 3FQLA 4FYDA 3U3GA 1I3AA 4ECSA 2KTQA 1EKEA 3DRRA 4F8RA 2R8JA 3H59A 4G1QB 2FJVA 3P83D 5K14A 4IG0B 4ZVHA 3LZIA 4KHUA 4NYZA 5HRRA 3OL6A 4RUCA 2UUWA 2JEFA 4KBIA 4R8UB 5HP1B 3JSMB 1NK4A 3KK3B 4EO8A 2VG5B 5KFZA 4ED0A 2X78A 4X2BA 4CF9A 3ZSRA 1HNVB 3AVGA 1MMLA 5KT4A 4KB0A 3VA0A 1C1CB 1IKXB 3NAIA 3IGVA 5CYMB 5F8IA 3QEVA 1BQNB 4RW7B 1ZBIA 4OPJA 3QO9A 4CE9A 2RKIA 1JXEA 1RT4A 3RRHA 1DTQA 3EPIA 3QNOA 4ECTA 1Q9YA 3G10A 3LANA 3KLHB 1RILA 2Z1JA 3LP2B 4M3UA 4RUAA 4E7JA 3S3MA 4CEZA 1S1XA 5DLGA 3NHGA 4DQPA 2IJFA 3SNNA 2UVVA 4Q0BB 4KKOA 4O3SA 1YTAA 4FLZA 4MIBA 4ZP7A 2P5GA 2HVHA 5KFVA 1A5WA 1D5AA 2BDPA 4HUEA 2BE2B 3KHGA 3K59A 3OHBA 4Y34A 4ZP8A 1D0EA 1TL3B 3RMDA 4TQRA 3PJWA 1HNIB 1KCFA 2VA2A 3Q8QB 1S1TB 3F9KA 1RBUA 1QHTA 4FJHA 2OYQA 4CJ3A 3SPZA 3AO4A 3I0SB 5JUMA 3LP1B 1KTQA 2D3UA 5FROA 3LPUA 1TP7A 3TANA 2AJQA 4ECWA 4FJ8A 1GX5A 3SQ0A 2HWHA 3JYTA 1HNIA 4K4XA 4FJ9A 1TKTB 2XRIA 1T03A 4FM2A 4F50A 4B08A 5E41A 4N5SA 4FZXC 3I0SA 3HXMA 1S9FA 1NK7A 5J1EA 3LP1A 4YNQA 1EP4A 3B6OA 1NOYA 2HHTA 4CK3A 1N5YA 3A2FA 3AA5X 3WNEA 3RTVA 3CO9A 3K58A 2YNHB 4CCHA 5KT6A 3RB6A 4IRCA 2RF2B 2D0BA 1RDDA 4DEZA 2G8FA 3T5JA 1U48A 4DSLA 5KG4A 1RAJA 4N47A 4ZPBA 1KFDA 3HKWA 3LAMA 4ED7A 5KG5A 3ZCMA 3AVAA 2G8IA 2ZD1A 4FLXA 3FDSA 3PVXA 3DM2A 3FFIA 1YVFA 5KFRA 3Q8RB 2RF2A 4C8NA 1WSJA 2IC3B 2V0NA 3OSPA 2YV0X 3GV8B 3V1OA 1BI4A 1S6PB 5KG6A 1S9EB 4ID1A 4KO0A 2XO7A 1HMVA 3DLKB 1ZBHA 5KI6A 3U6FA 3DOKB 4KSEB 5HRNA 3ICLA 4NLWA 3P1GA 3HHKA 2IC3A 5L1KA 1IKYB 4B9UA 4ZMMA 4OLAA 1S9EA 1HQUA 1UA0A 2CKWA 3ZSQA 1J5OB 4DL7A 3V1QA 4FJLA 3FRZA 1X1PA 3MEDA 3DLKA 3UR0A 3PX6A 1RT3A 2W9BB 4FJJA 1RTHB 4CJKA 4O4GB 2WHOA 4F4XA 4B3OA 4RW9A 4DG1A 4HVJA 3QERA 3K5LA 4WZMA 3NAEA 4CIGA 2W9CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4H4M A;  4DU4 A;  3OYA A;  2HND A;  4F4Y A;  3DOL B;  4N76 A;  4NLQ A;  2DPJ A;  1WNS A;  5KT2 A;  4BDY A;  1VSH A;  1MU2 B;  4MKB A;  4OPK A;  4AIL C;  4MIA A;  5CZ2 A;  1JLG A;  1RT2 B;  4KRE A;  3E01 B;  1RT7 B;  4IDK A;  2ZE2 A;  1LWF A;  2A1S A;  4WFZ A;  2IA6 A;  2E4L A;  3HL8 A;  4DL2 A;  2YNG A;  1L5U A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4IYQ A;  4Z4C A;  4TY9 A;  4HUF A;  4BE2 A;  5AQI A;  3IG1 B;  2VWK A;  1WLJ A;  4OKJ A;  2VBW A;  4KV8 A;  2BM1 A;  4UUX A;  1HBM B;  4DB3 A;  4LF8 K;  4LF6 J;  3CQ8 A;  1IUJ A;  3L7P A;  2GV1 A;  7FDR A;  4FJX A;  2ZH5 A;  5A6W A;  2YKO A;  2W8L A;  1X0P A;  3MWT A;  1SQF A;  1GMU A;  4BRO A;  4DLG A;  2FLP A;  4CI0 B;  1C1A A;  3D45 A;  3IG1 A;  5IWA K;  1OSD A;  2WSF C;  1NJI T;  3KG0 A;  2DRB A;  1H74 A;  1XR5 A;  2RVJ A;  4CJ7 A;  3R2C J;  2HFU A;  3M7V A;  1VJW A;  3VF6 A;  4LF8 J;  2HHU A;  2RU9 A;  4OL8 A;  1GH8 A;  3PO5 A;  2F65 A;  3N79 A;  1W7W A;  3CJ7 A;  3IKM A;  3Q22 A;  1QLN A;  2XLJ A;  3OY9 A;  4FYX B;  3D5M A;  4NB4 A;  4I7F A;  4WFA Q;  1HAR A;  1RWU A;  1C0T B;  1U1L A;  3AVM A;  1Y11 A;  5IWA J;  4LF9 K;  1FRJ A;  5LXY A;  1E6V A;  2Z1G A;  3ENO A;  4DUZ F;  3MCP A;  3DKD A;  4USI A;  1RUS A;  5JVH L;  4HVZ A;  4AM6 A;  3DRS B;  1BWF O;  2VG7 A;  2DGT A;  4TN2 A;  2C3Y A;  4FP9 A;  3AVF A;  5DK5 A;  5JMV A;  3KJV A;  4EBE A;  4I6W A;  2J8S A;  3U1M A;  5JXS A;  3BPS P; 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