1RT6A

Hiv-1 reverse transcriptase complexed with uc38
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
539
structure length
538
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structures of HIV-1 reverse transcriptase in complex with carboxanilide derivatives.
pubmed doi rcsb
molecule tags Nucleotidyltransferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
molecule keywords HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE
total genus 148
structure length 538
sequence length 539
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-07-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 1rt6A01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt6A04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt6A03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt6A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rt6A05
4O4GA 5J2NB 3RB0A 2F96A 4NCAA 3PZPA 2E9TA 4K4UA 2LSNA 3AVMA 3QGHA 4CEDA 3CWJA 4Y2AA 1D5AA 1TV6B 4CJVA 3BR9A 5KFLA 4CJEA 1JLCB 4E7LA 1VSHA 4B9VA 2YNHA 4DLEA 1RT4A 4B9MA 2FC0A 1MU2A 1ZBHA 1JLFB 4FS2A 4ZHRA 3V6DB 4NRUA 3NH2A 4NYFA 4MKAA 1BCMA 1IG9A 4FJ7A 3PO4A 3H98A 3E01A 4Z0UA 5KFOA 3OS0A 2QKBA 1RILA 1KFSA 4FZXC 4KV8A 2GUIA 4CJPA 3SPZA 3MECA 1JLBA 4HUFA 5KG3A 1RT2B 3QIDA 2I1RA 4IKFA 5DG9A 4MIBA 2HHUA 4CIFA 5FRNA 1IKWA 3T3FA 4GVMA 4DU4A 5DG8A 3KLGB 2IC3A 2IGIA 4Z4FA 4AHSA 1NNDA 3N6MA 3ZSQA 5L1KA 3OS2A 1XR6A 4CEQA 4DL5A 2DY4A 4J9LA 4RW6B 4BE2A 4IDKB 3DYAB 2ILYA 3OYNA 4NRTA 5E41A 5HP1A 4DFPA 3QO9A 1S0NA 1N5YB 4BE0A 3TAMA 3JSMA 2Z1IA 4LSNB 3IAYA 3DLGB 1QAIA 4B3OB 1KVCA 2XCPA 3RBEA 1B9FA 1L3UA 3KLHB 3CJ3A 2DPIA 4DL4A 1IKYA 4LH5A 5KFSA 4YR3A 4IFVA 2CKWA 4ID5B 1GX5A 4N56A 4M94A 4ZTJA 1QTMA 2D3UA 3V1OA 3IS9A 2YNGA 2B6AB 1S9FA 4DL7A 2R8IA 3V81A 3K59A 4B9NA 5F8LA 3PVXA 3DM2A 5KFTA 3K2PA 2O4GA 1TL3B 4FJKA 3KK2B 5KFGA 3DRRA 5EUHA 4B8CA 4EBDA 3LP1A 4O0JA 5DMRA 3V9UA 1KSPA 1RDDA 1XC9A 4Q0BB 3KK3B 5KFYA 1NK0A 5CZ2A 2G8HA 3HPOA 2OPRA 4NLSA 4KHQA 3SUQA 3MXMA 4F2SA 1TQLA 2GIRA 4FLYA 5C25B 4XPCA 1T03A 4CHYA 2V4RA 5JXSA 1S6QA 1S97A 4FJGA 3LPTA 5KFNA 3CM5A 1I3AA 4ZPDA 5L1IA 3KMSA 2OPSB 1LAVA 3SQ0A 3SQ4A 2G8VA 5KFMA 4LSLB 1TP7A 2HWHA 1HQUA 2FBXA 5J1EB 2W9AA 3C6TA 4I2QA 1SKRA 3MFHA 3RTVA 3RWUA 5EU7A 4CEEA 3CM6A 4DQSA 2HNZB 3AO3A 2IOCA 4HTUA 2P5OA 2YNFA 3PR4A 1FKPA 3NF6A 4I9QA 4BE1A 1BIUA 3Q8PB 3K5MA 3SUPA 5DGBA 3RR7A 3OJUA 4PUOA 4FK4A 3KMQA 5KRSA 3KLIB 2A1RA 4FJHA 3OYDA 4KTWA 2B43A 2J6TA 1WLJA 2BRKA 2VA2A 4CGHA 1JX4A 2C22A 4CFDA 2HB5A 4CJQA 4EEYA 4O44A 1KLMB 1HNVA 4KHSA 3DRPB 4FLWA 4IRKA 2KW4A 4CHPA 1A5WA 4H4MB 5FRMA 1D8YA 4IR1A 5J2PA 1S9EA 2IA6A 4DS4A 4CCHA 1I6JA 2YNIA 5KFBA 4CK3A 3IRXA 3PJWA 2VG5B 4R5PB 3GILA 4FLUA 4DQPA 1TVRA 2WK4A 1U4BA 3N6NA 3QLHA 5KG7A 2YKMB 1TK5A 1S1UB 3CFPA 4KTZA 1QS4A 1KHVA 5DQIA 5HRRA 4CESA 1K6YA 1SL2A 1ZYQA 3AVAA 3DLHA 4FM1A 2ASLA 5HRNA 4JRPA 2PZSA 3SUNA 5CZ1A 3MEEB 3QZ7A 3PX6A 4KE5A 3V6JA 3SV4A 1LW2A 1SH3A 1WSIA 4AH9A 1S6PA 4KI4A 1DLOA 4URGA 1A5XA 3QIOA 4TLRA 4Z4IA 1T05B 3RB6A 1RBUA 4W5NA 4M3UA 4DTOA 5L1JA 4FK2A 3SZ2A 3ALYA 4CHZA 1SKWA 1R0AA 4DSFA 3OYGA 3A2FA 3O3FA 1O1WA 1WSHA 3MF5A 4O5BA 3M8RA 1HMVA 4WE1A 4FZZA 5KG0A 3TARA 5F9LA 3F9KA 4M41A 1XWLA 3M8SA 3QETA 1RTIB 4LY7A 1C1BA 2XY8A 1N6QB 1TKTB 5I42A 2OZMA 3TAGA 4TQRA 3PO5A 5KFCA 3UQSA 2WCXA 4KB0A 2FJWA 4CK1A 4Q44A 4G1QA 4E1MA 3AA5X 1QSSA 4ZVGA 3C6UA 3OHAA 3MEGB 4PWDB 5KT3A 4CHQA 1QUVA 3G6YA 1YTAA 3RRHA 3G6XA 2JC1A 4OKEA 1U09A 1DTQA 3ZT2A 1EXQA 2HNYB 2ATLA 4ICLA 1NKCA 2HMIB 3RAQA 3DI6A 3CDEA 2YHAA 4OGCA 2E6LA 2HHVA 1LWFA 5K14B 4KAIA 3BSOA 3OYLA 4W5RA 3QERA 4KBIA 4KTQA 3ZSZA 4ECSA 1VSMA 3U6FA 1VRTB 2Z1JA 4MH8A 4ECRA 2HNDB 4MIAA 5C42B 4MK7A 2Y1IA 3LP2B 5D3GA 3HVRA 4ECYA 4KAZA 2DFEA 2UVRA 4EYHB 3ZT3A 3U3YA 3HHKA 1S1WA 3T5HA 3BJYA 3V1RA 3Q8SB 3M9NB 4F50A 4OVLA 3QZ8A 3DOKB 4J9QA 4DG1B 2UUTA 5DQGA 2QK9A 2XCAA 1JIHA 4EP5A 4DSIA 4ELUA 1X1PA 1VSIA 1RTJB 4Z4GA 4ED1A 2W9CA 4W5QA 3T5KA 1RBTA 4FK0A 4AHVA 1J53A 3I5CA 4KHRA 4DTJA 2RDJA 4FJ5A 4FLTA 4IFYB 3KHLA 1S1VA 3SNNA 3SJJA 4DTMA 4QPXA 3NGIA 2R2TA 4RW8A 2W9BA 3I0RB 1BI4A 2HHQA 5EDWA 1RA6A 3L8BA 4KREA 3GV5B 1X9WA 1RT5B 2R2UA 1C0TA 3PW5A 5C24B 1L3VA 4CF8A 1C1AA 2JEGA 3HL8A 3NAEA 2P1JA 2Q3SA 3LZJA 4RW7A 4MQ3A 4NLQA 4IG0B 3P5JA 2GV9A 3CFRA 4ZVFA 2AGQA 1NJYA 4DFMA 4EYIB 3KKRA 4ZP6A 1VSLA 3KLEB 4DU1A 1NJWA 2W8LA 1KVBA 1CLQA 4F4ZA 1JLEB 4RNHA 4FYDA 4YNQA 3RMAA 4YR2A 4ECWA 3KIOA 4O4GB 4TQSA 4FJMA 3BGRA 1VSJA 1TKDA 2ASDA 1HJRA 4NLYA 3L2WA 3QGIA 1T8EA 2R8JA 2YNHB 1HPZA 1RT4B 3GV7B 3RB4A 2QE5A 4Y2CA 1MU2B 5F8NA 4ZHRB 1EP4A 1LWEA 1MMLA 4I2PA 3MAQA 5CYQA 3Q8RB 1B92A 3E01B 3OYJA 4WXOA 3VQ6A 3VQEA 3TI0A 2XHBA 3HO1A 4LQ3A 3THVA 4KV8B 4WYWA 4DTPA 1J5OA 3MECB 5HLFB 2DFFA 1HYZA 1JLBB 4URSA 4U7CA 4KPYA 3H5XA 1SUQA 3H2LA 4CHOA 3MR6A 5C5JA 1IKWB 1HNIA 4NLPA 4RZRA 3TVKA 3TAEA 2IC3B 4E7KA 1BQNA 5CY4A 4AILC 4ZP9A 3TAFA 5F8GA 3NMAA 4BDZA 3O4NA 4ECTA 5HP1B 3AO4A 2AGOA 1B9DA 4PA1A 1NJZA 3FRZA 3QO9B 1ASVA 3NF9A 4F4WA 4JS4A 1XR7A 1ZTWA 3TAMB 3MEDA 3D0PA 3JSMB 3FFIA 4C8LA 4HCBA 4KI6A 2NUBA 3QEXA 2X6NA 4N76A 4F2RA 2HVIA 2V9WA 3B6PA 4RW9A 4F4KA 1IKYB 4M45A 1SKSA 4WFZA 3VQ8A 3KLVA 3DLBA 4IFVB 4IBNA 5F9NA 1RT7A 1VK0A 3AVFA 2UVUA 2GC8A 1RBVA 3SPYA 3KD5E 1U04A 5SZTA 2KFZA 2BANA 3IS9B 4B9LA 2YNGB 1IKXA 3BQ0A 4GC7A 1U47A 1TAQA 1BGXT 5HRSA 2DFHA 1UAXA 2ATQA 2IAJA 3DM2B 1ZBUA 3BSCA 3AVKA 3QEWA 5KG6A 1KVAA 3H4BA 1NK5A 4QOZB 3PV8A 4CEFA 3DRRB 1CXQA 4B9SA 3LP1B 4NLDA 2ZE2A 1VRUA 3UDLA 3DOLA 4FW2A 1NK4A 4F4XA 4NCGA 2RKIA 5JUMA 2WTFA 1JLAA 1HYSA 2KFNA 1BCOA 3ZT0A 2OPRB 3AO5A 2OA8A 4WXWA 3H5YA 4OKKA 3CQ8A 1T03B 1L5UA 2XY7A 2KTQA 1S1TB 1S6QB 4ZPAA 1N56A 4DEZA 4ECXA 4O55A 3M9MB 4C8KA 1CXUA 2OPQA 4HYKA 2BDPA 4K4WA 3NDKA 1BIZA 2YHBA 2G8WA 4E1NA 2E9ZA 3C6TB 1UWBA 3AV9A 4I2QB 5KFIA 3AO1A 4O3PA 1VSEA 3JYTA 2RF2A 4EBCA 4FJ8A 3OYEA 3LANA 1Q9YA 1RYRA 1D0EA 2D3ZA 3NGZA 1S0OA 4BDYA 3ZSVA 1JL1A 2YNFB 3O3GA 4IQXA 1FKPB 1ZBFA 1N48A 1IO2A 5KFAA 2W8KA 1F21A 4ZTFA 1KFDA 1WSJA 1JKHA 1FKOA 4NYNA 4FLZA 2FVPA 1SL0A 5JS1A 4TY8A 3PY8A 3G10A 2VG7A 1Q8IA 4CGDA 1KCFA 4HHTA 5T7BA 1WSFA 3S3OA 4O44B 4R0EA 3ULDA 1UA1A 1GOCA 3VA0A 1HNVB 3OL7A 3BDPA 3UIQA 3HSTB 4XPEA 1NK6A 2IDOA 3AA3A 4FW1A 1W25A 2AGPA 1BQMA 4HUGA 5KRTA 1QE1A 5J2PB 3NCIA 4MK8A 2Z1GA 2X6SA 3OYAA 2YNIB 3AA4A 3IRXB 4J9PA 4M3RA 3NH0A 4E19A 3V9XA 5JS2A 1TVRB 3QLHB 1NJXA 1XR5A 4I7FA 2F8EX 1HRHA 4K4XA 3BQ1A 3ISND 2E9RX 4X2BA 3QESA 1SL1A 2E6MA 4RUCA 5SWMA 2FLLA 4FM2A 3BREA 1RT3A 4KHNA 4Q43A 2IM0A 3HJFA 1LW2B 5KT5A 3S9HA 1S6PB 3U3GA 1DLOB 3FQLA 4FCYA 3HK2A 3RB3A 3OLAA 3BSAA 4PQUA 2I5JA 1VSDA 4CIGA 4Z4CA 3I5BA 1LW0A 3FSIA 4ED3A 2BQUA 3P1GA 4ED6A 2IMWP 5KFKA 5KG2A 1HMVB 4WE1B 4H8KA 1YTUA 3PW7A 2VG6A 1GX6A 1JLQA 5KT4A 1C1BB 4KRFA 2X78A 4OL8A 3NAHA 4CE9A 5I42B 3SI8A 3GIIA 1ZTTA 4DF4A 4G1QB 2XGPA 1IH7A 3QNOA 4J9NA 4NLXA 3ZSOA 3PR5B 3ISNC 3QIPA 1DTQB 2C2DA 1WAJA 4ICLB 5J2QA 1D1UA 5DLGA 2FBYA 4C8NA 3L2VA 3DI6B 2Y1JA 5J2MA 1QQCA 1LWFB 3H5SA 1D9DA 4EZ9A 4O3SA 2GBZA 4R8UB 3VQ7A 1U48A 4KKOB 1IKVA 4CFAA 3KLIA 4QW9A 5CYMB 3CDWA 4TY9A 4URQU 4H54A 3V1QA 1NK8A 2WONA 4OLAA 5KFVA 1WNEA 4JV2A 1KLMA 5D3GB 3L3VA 2RDIA 4NLOA 3HP9A 1DTTA 1NOZA 2ZD1A 1QSLA 3CDUA 2JEJA 2E4LA 3TAQA 1RYSA 1YVUA 3OYBA 4CF0A 1S1WB 1XHXA 3VQSA 4DSLA 3V9WA 3TAPA 1RCHA 1S48A 4WFXA 3KK1A 3SQ2A 3AVBA 5HROA 3WNHA 3HVTA 4ZPBA 3LZIA 5KFHA 2PYJA 3VQ4A 3KHHA 5KG1A 4CF1A 2W9CB 4L8RB 4MK9A 2KZMA 1WN7A 4JLHA 3V4IA 3DLKA 3QEPA 3CJ0A 5KFJA 1BL3A 3OY9A 1SV5A 4AHUA 1RTHA 4J2DA 3KTQA 4BWJA 4JV1A 1QAJA 1S1VB 3OL9A 1W9HA 3PJXA 4ZPCA 4BWMA 3D45A 2QKKA 4RW4A 2ZQBA 1LWCA 4RW8B 3E51A 1BI4B 3ZT1A 4ED2A 4QWBA 4CJUA 3CJ4A 1TGOA 2B5JB 2D41A 2A1SA 1C6VA 2W7OA 1JLGA 3EPIA 1S0MA 4IH6A 3H59A 4EO6A 4DL3A 3SFGA 5L1LA 5HBMA 1C0TB 4ECVA 4QWAA 2J6UA 4QAGA 5EWGA 3PW4A 4OKJA 4RW7B 1TKZA 1EX4A 4B08A 4TXSA 4YFUA 1BHLA 2D0CA 1RT6A 4LD0A 2QV6A 4KO0A 1C0UA 5FDLA 4K50A 3GV8B 5DQHA 2V4QA 3RMCA 1REVA 3ITHA 2R7YA 1S1XA 5L9XA 4EO8A 3DLEA 3KLFA 3L2RA 1RDCA 4CF2A 2HWIA 4WZQA 2R2RA 1C2PA 3ICLA 2YKNA 4DSEA 4NLTA 2F8TA 3BQ2A 4WFYA 2BQ3A 4IG3A 4FJ9A 3EZUA 4CGJA 3BGRB 1TL1A 1CZBA 4J9KA 3LAMA 2X74A 3CJ5A 3O4QA 1T94A 2Z1HA 2FVSA 3VQQA 3MXIA 1ZBLA 3HVWA 3NGDA 3M8PA 2D7SA 1HPZB 2FBTA 3NF7A 3I0SB 5I3UA 1VSKA 4OPKA 1WSGA 4I2PB 1LWEB 4ED8A 3TABA 5CYQB 4KSEB 4I9LA 2WOMA 3H40A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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