1RT6A

Hiv-1 reverse transcriptase complexed with uc38
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
539
structure length
538
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structures of HIV-1 reverse transcriptase in complex with carboxanilide derivatives.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE
molecule tags Nucleotidyltransferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 148
structure length 538
sequence length 539
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-07-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 1rt6A01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt6A04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt6A03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 1rt6A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1rt6A05
4YR0A 4R8UB 1RILA 3OYCA 5F8IA 3Q8QB 4KBIA 4UQGA 4DSFA 2W7PA 4K8ZA 5KFMA 3AVLA 5DG9A 4IG0A 5KGWA 3RMBA 1XR5A 3MXIA 1S6PB 3ISNC 3HT3A 2O5DA 1ZBFA 1VSDA 1HMVA 3UPFA 1RTJB 2RDJA 3O4NA 1RTDA 4FM2A 3BJYA 4J9KA 2OH2A 3IRXA 4HUGA 4E89A 3Q8SB 1U47A 3KK1A 2HVIA 1RT4A 4Z4EA 2G8HA 1TKTA 3MEEB 4M3YA 4RW4A 1RTHB 4NYFA 3MR6A 3ZSOA 2RDIA 4K4SA 2WB4A 4XO0A 4B9LA 2AQ4A 3CFPA 1RCHA 1S1WA 4W5OA 2HB5A 3QESA 4IR9A 1GOCA 4DG1A 2HNZA 2DFFA 1VSHA 4NCAA 4CEEA 2BQRA 1ITGA 5CYQB 2XHBA 1REVB 2HHUA 1A5XA 3Q8PB 2V4RA 4WZMA 4QPXA 4W5QA 1BHLA 1TVRB 3VQ8A 4BE2A 3QEIA 2D5RA 2VWKA 3V1RA 3KK3B 4F50A 3FDSA 1TKZB 5KFBA 4DTOA 2FBTA 2HHTA 5KFCA 2XI3A 1QS4A 4K4XA 4MK7A 4F3OA 5KG2A 4H4OA 4ED8A 2IM0A 4KFBA 5JS2A 1NJXA 3AA2A 1HYZA 4IFVA 3I5AA 4IG0B 5F9LA 3SPYA 4FLTA 2YNIA 1SUQA 5KT5A 5KFHA 4ED3A 4RNNA 3O3FA 4CJ5A 1HMVB 2W9CB 4DSJA 3GIJA 4FJ8A 4NLXA 1RBUA 3EZ5A 3V1QA 4KSEB 3IRXB 4WE1A 3NMAA 2J6UA 5KRTA 4CEQA 1K6YA 1VRTA 1RAJA 1LV5A 3E51A 4NLVA 4WZQA 1RT4B 4LH5A 1TKTB 4RW4B 4ELTA 2D3ZA 3FQLA 4CJPA 3P1GA 4URQU 1ASVA 3HVWA 2V9WA 4E7JA 4K4VA 1RNHA 3V4IB 1S1WB 3NL0A 4AHUA 2HWHA 3WNHA 3N6NA 3RRHA 1DLOA 3OLBA 3MEDA 1SV5A 5HRSA 4DG1B 2VG5A 4FZZA 1D5AA 4Q8FA 2QE5A 4ICLA 1IG9A 4O3QA 2HVHA 1J9AA 1Q8IA 2DTUA 4FK2A 3CDWA 2AJQA 2ASLA 3OS2A 4KKOA 1KSPA 3JYTA 4CIFA 2BR0A 4NCGA 3OYDA 5KFEA 2FLNA 4J9OA 3PJXA 3ZT2A 4CEBA 2R8HA 4M45A 3AVBA 2E9ZA 1RT5A 3L2VA 1SKRA 4FLYA 3MECB 1TKDA 4N47A 4IKAA 3AO1A 4CECA 1L3UA 5C24A 4H4OB 4Y1DA 3TAEA 1JLEA 2ATLA 4KFBB 4DSEA 4CGJA 1QUVA 2HNDA 2WTFA 2E9RX 1WNSA 3OYBA 4IFVB 5EWEA 4J9LA 1ZBUA 3L2QA 3LZIA 1HQUA 3PW4A 5L1JA 3PUFA 3LP3A 3OL7A 1UOCA 3I0RA 3H98A 1SUQB 2UVVA 4KB1A 3DLGA 1BIUA 4AHVA 4K4ZA 5KFOA 4FLZA 5SZTA 3Q8RB 1RYSA 4DTJA 1IKXA 4EBEA 3BQ0A 4DLEA 2R8KA 4WE1B 2G8WA 3TAMA 3HK2A 4HCBA 1IKWA 3OLAA 1NNDA 1VRTB 2AX1A 5KFXA 5HROB 3OYHA 1JLBA 1LWEB 4Q44A 1S4FA 2PYLA 4KRFA 2V4QA 2P5GA 3IAYA 2X6NA 3KLEA 4IH7A 4F4WA 3O3GA 1SH0A 1ZTWA 4GVMA 4OLAA 1C0TA 3GIMA 5KFUA 1TKXA 3SYZA 4DLGA 1DLOB 2C28A 3MEDB 1SV5B 1KHWA 3K2PA 2VG5B 5C42A 3OSNA 1VSMA 1TL1A 3H5YA 2P5OA 5I3UB 2E9TA 4ICLB 3L2RA 2VG7A 1T3NA 1S1VA 3C95A 4KKOB 3OHAA 3PX0A 5KG6A 3GIKA 1RT7A 3JYTB 5EWGA 2ATQA 4NCGB 4IBNA 3AVFA 4FW2A 5KT6A 3OVNA 3H5XA 4M3RA 4CGIA 2FLLA 4F2SA 5KFAA 3KKSA 5KT3A 1B9FA 2ZD1A 3VQAA 4EZ9A 5C24B 2Z1JA 2VG6A 3SFGA 4RUCA 1JLEB 2JC1A 3FQKA 1C1BA 4MFBB 3SUNA 2G8FA 2HNDB 3ZT4A 3MR2A 3QEPA 3GIIA 3TVKA 4HUEA 1WNEA 5KFRA 3KTQA 1D8YA 3MTKA 1CZBA 1HQUB 3AVCA 3PV8A 2GBZA 1MU2A 1N5YA 4WFYA 3DMJA 2Q3SA 2KFZA 4FJJA 4I9QA 3DLGB 4K4YA 3KMSA 4R0EA 3K5OA 3MR3A 4IQXA 3DLBA 2OYQA 4DSKA 1IKXB 1A5WA 3KKRA 5EU7A 3ZT3A 5DLGA 3TAMB 3AO5A 1IKWB 1NHVA 2NUBA 2LSNA 1EX4A 4M42A 1JLBB 2FVPA 4K4TA 3CVKA 3NFAA 1CSJA 3KLEB 1LAWA 4AILC 4Y2AA 1NK7A 2OPRA 1C0TB 1EP4A 2AGPA 1FXXA 4RU9A 2F96A 1TKXB 5DQHA 1LWCB 5F8JA 4F2RA 3IG1A 5C42B 4DQSA 1TL1B 1S0MA 3NCIA 2AWZA 1T7PA 1ZTTA 3QNOA 1QAIA 3OSPA 3OJUA 4TY9A 1SKSA 1RDAA 3EYZA 1S1VB 2IAJA 1D9DA 3NF9A 4DFMA 4DTUA 2J6SA 2FVRA 5F9NA 4FLXA 1RT7B 5FROA 5JS1A 3LAMA 4B9UA 3LP1A 1VRUA 4ZVEA 4TY8A 3PX4A 3HSTB 1NKEA 3HL8A 2Z1HA 2ZD1B 2IA6A 4DQRA 1S97A 2ITGA 4C8KA 2VG6B 3HVTA 1XR6A 2XY6A 3QETA 4BDZA 1TAUA 1SL0A 4RNOA 4TQRA 4QCLA 3L8BA 1S1XA 1HYSA 3SUOA 4LQ3A 3AVMA 4DU3A 2R2UA 1HNIA 4LQ9A 2DY4A 4NYNA 3MXMA 1O1WA 1VSKA 3SNNA 3D5MA 1MU2B 1N5YB 2FBVA 4CFCA 3DMJB 5K14A 4E7KA 1J5OA 4KV8A 3T5LA 1GOBA 4ECUA 2XY8A 4YFUA 2R7YA 4I2QA 3LPUA 2IMWP 1EXQA 2IC3A 4M41A 4ECZA 3QIPA 4EZ6A 3NH0A 1FKPA 2Z1GA 3NGIA 3I8DA 1S6PA 4CGDA 1TAQA 4FJMA 4ZTFA 3HXMA 2E6MA 2IJNA 3CM5A 3HO1A 1IKVA 3V9UA 3I5CA 2FVSA 3EPIA 4ELUA 2KQ2A 1U48A 5KFDA 5DLFA 2OPRB 3NDKA 5JXSA 1EP4B 4CHQA 2Y1JA 4ECSA 5KFGA 3IG1B 3HM9A 2IM1A 3BQ1A 4O4RA 4QW9A 3IN5A 4LSLA 3F73A 3QGHA 3SQ0A 1QTMA 3P5JA 4H54A 4W5NA 2IAJB 4ID5B 1L3TA 4DF8A 1Q9YA 3T1AA 3GYNA 4CK3A 3AVAA 4DU4A 3LP1B 1MMLA 4CIEA 3N6LA 3BSAA 3QGGA 1VRUB 5J1EB 1ZBHA 4CGGA 4AHTA 4TY8B 3RRGA 4Y2CA 5L1IA 3HPOA 2GIRA 3N6MA 1NK5A 2EHGA 2YNHA 2VA2A 4F4YA 1S10A 3QIOA 3HVTB 4KHSA 3FRZA 1B9DA 3SV3A 1JKHA 1UA0A 4DL2A 1S1XB 1TKZA 3V6DA 1HYSB 4TN2A 1ZBLA 1RT1A 3DLRA 2ETJA 3CQ8A 3SCXA 4CF1A 3NGDA 2JEIA 3PW7A 4M3WA 3PVXA 1RT3A 3GQCA 4CF2A 4N5SA 3VA0A 3FFIA 3D0PA 4XIUA 4FJ5A 3LAKA 5F8HA 5K14B 1J5OB 3WNEA 4KV8B 3V81B 1L3SA 2OA8A 2XWYA 1KVAA 3OS1A 4KHYA 4I2QB 4J2DA 4ECTA 2IC3B 3QIPB 3OS0A 4ZP7A 5KFIA 1FKPB 1RDRA 4FJ7A 3SI8A 5DGBA 3OYLA 2ALZA 3NAIA 4TYBA 4ZVGA 3RWUA 1JLFA 4ECVA 1W9HA 4KPYA 2EX3A 4DS4A 2W9CA 3SUQA 1IKVB 3G86A 3HKWA 3VQ4A 1FKOA 3T19A 4EEYA 3M8SA 4CIGA 2XY5A 3ZSQA 3PJWA 2YNGB 3MR5A 1OS5A 4U6PA 4GMJB 4E1NA 3VA3A 1JX4A 3U3GA 4FCYA 1U4BA 4IRKA 4LSLB 2IBKA 3V4IA 4Q43A 1WSFA 3BREA 3CFRA 1KFSA 1HYVA 3G0ZA 2UUWA 2F8TA 4CJKA 1EKEA 3VQEA 1N4LA 1JXBA 3AVKA 3UR0A 5J2NA 4GC6A 4ED6A 2DFHA 3K57A 3MAQA 2WK4A 1TGOA 4F3TA 4KB0A 2KTQA 2YNHB 4OKKA 1XR7A 1RTIA 1JKHB 3QLHA 3SQ1A 3CJ4A 3H08A 2R8IA 4DL6A 3V6DB 1RT1B 1VK0A 4FW1A 3MECA 3CIZA 1U49A 1XI1A 2YHBA 2ZE2A 3AA5X 3OJSA 1RT3B 3FFIB 4CCHA 4Q8EA 4PA1A 3IGVA 5KGXA 3U6FA 5KT4A 1X1PA 5D3GB 3VQDA 1GX6A 3EY1A 3EZUA 2O4GA 4PWDB 3D28A 2AX0A 3V6JA 4BE0A 1WSGA 4CK1A 1YTAA 4ECQA 4J9PA 5HRPA 3BDPA 3DLEA 4CJ3A 4RUAA 4O5BA 4CHNA 1NK8A 1L3VA 1JLFB 4CHYA 3ULDA 4KO0A 1C2PA 1RBSA 2XRIA 4DQQA 4FZYA 2BE2A 2C2EA 4KHQA 4FVMA 4CJUA 4N56A 1FKOB 3OL9A 1QAJA 4NLSA 2OPQA 3PW2A 2FBXA 4J2BA 4DFPA 1QQCA 4E0DA 3IGNA 5HROA 3RBEA 1JIHA 4NLQA 1LWEA 3HVRA 4LY7A 1JL1A 3WNFA 5KFZA 3H4DA 3PO4A 3MFHA 2B4JA 3QEWA 2PZSA 1LW2A 3BR9A 3HPGA 1D9FA 5KFSA 2E6LA 4M94A 4RZRA 3OL8A 1ASWA 3RB6A 5I3UA 4WFZA 4ZPBA 3NF8A 4Z4FA 2BGGA 4EBCA 3CJ0A 3KLVA 4MIBA 3ZSYA 3NBPA 5J2NB 1BGXT 3VQPA 2YKMA 3TABA 1WSEA 1ZBIA 3V9XA 1RTIB 4HCCA 4DQIA 4B9NA 2O4IA 4DTXA 4B9VA 3HVAA 4GC7A 4ZTJA 3QLHB 1QE1A 4LD0A 3P83D 4KHUA 2KW4A 5DK5A 2ZE2B 4FBTA 4MFBA 1NOYA 5FRNA 1BISA 1RDCA 4E19A 4Z0UA 5F8NA 1WSJA 4OPKA 3V9SA 4KHWA 4MK8A 1JLQA 3DLEB 1BQNB 3LP2A 4ECRA 3TI0A 1HRHA 4FS1A 4ZVFA 4N41A 5T7BA 4KO0B 5FRMA 2QK9A 2BE2B 3V9ZA 4J9SA 3KHRA 3AA4A 4IR1A 4Q45A 2ILYA 3AVIA 1XHXA 2OPQB 2B6AA 1XHZA 3ISND 4CEDA 1NK0A 1NJWA 4TLRA 3LALA 5HRRA 2IGIA 3NF7A 2IS3A 1QSYA 4I9LA 4CF8A 4MIAA 1LW2B 5KFFA 2YHAA 4B8AB 1LWCA 3VQQA 4Q0BB 2ASDA 2GV9A 2W9BA 4AHSA 4CJQA 2X74A 4KI4A 3CJ5A 3IS9A 4K4UA 1Q9XA 4J9MA 3NBPB 4NCBA 4H8KA 2YKMB 3GV5B 4FBUA 4IKFA 3CG7A 2G8VA 1WSHA 5DMRA 4LSNA 4JV2A 3OYMA 3AO3A 3MF5A 1NK9A 3DRSB 4FM0A 1KVBA 1QE1B 2XI2A 2FLPA 4CJRA 3C94A 4RW7A 3CJ2A 2RF2A 4F8RA 3CFOA 2D41A 2W8LA 3H5UA 4RW9A 2IOCA 3VQSA 1YT3A 4KHMA 3M9OB 1U09A 4TXSA 1DTTA 4PY5A 2C2DA 2C2RA 4DF4A 1JLQB 4NLYA 1CXQA 3LP2B 1JLAA 1T05A 3HPHA 3ICLA 4FJKA 5L9XA 2BQUA 4CEZA 1TL3A 1HQEA 1RA7A 2I5JB 2D7SA 2BRLA 4FJIA 2KFNA 3MEGA 4O3NA 4C8LA 2X6SA 1NHUA 2B6AB 4CF0A 4RNHA 4QWDA 3NGZA 5KTQA 3D45A 3LWMA 2YNFA 1S0OA 5KG1A 2FVCA 4FJNA 2W8KA 1HARA 4CFAA 4E1MA 4O3PA 4O55A 4M95A 2GC8A 4C8NA 5KRSA 4CF9A 4DTPA 2W9BB 3SFUA 4ZPAA 5KG0A 5KI6A 2PYJA 1X9WA 3IS9B 4DFKA 4CEFA 4IG3A 4ID5A 4TSXA 3M8RA 2AGOA 3K59A 3NAEA 4ZP8A 1J54A 1JXLA 2FJVA 3SJJA 4LSNB 4EP5A 5EUHA 4ZP6A 4FZXC 5J1EA 4XPEA 4RW7B 3V6HA 4YP3A 2RF2B 4HKQA 1R0AA 3NHGA 2D0CA 2AGQA 3HP6A 4E7LA 3H5SA 5DQGA 3OHBA 4O3RA 3DRRB 1TK0A 1TP7A 2ILZA 3NF6A 4RW9B 3ZSZA 4AH9A 3OYNA 1RDBA 4NLRA 4BACA 2XO7A 3RB0A 2IM3A 1A5VA 4BDPA 2KZZA 3M9MB 4RW8A 1DTTB 3VN5A 5KFPA 1IH7A 2A1RA 3RR8A 1K1QA 2R8GA 3OYGA 1JLAB 4DEZA 1T05B 3BGRA 4HTUA 4QOZB 4FYDA 3V81A 2HW3A 4J9RA 4KE5A 4EYHB 4NLDA 4BWMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4M5N A;  4DSJ A;  2HBQ B;  4LF7 J;  4KSE B;  4PWU A;  3ZTO A;  3IRX B;  5AZI B;  4P2X A;  5GAD P;  5EOY A;  2QA2 A;  5H9F J;  1RAJ A;  4Y6I A;  1LV5 A;  4WF9 Q;  1RT4 B;  2OD6 A;  2QWP A;  4LH5 A;  4RW4 B;  1YJ7 A;  2NZ4 A;  3AOB A;  2E7V A;  4LF1 A;  2AZ1 A;  4YB1 P;  2AJ1 A;  4K4V A;  4B9Q A;  4AHU A;  3RRH A;  2FGC A;  1S77 D;  3O3L A;  4NXN K;  4ZLL A;  4Q8F A;  3H6E A;  3GFY A;  4BQL A;  5AQT A;  2A41 A;  4BR7 A;  3CDW A;  2AJQ A;  1YJW S;  4U7U D;  3RAM A;  1KSP A;  1Q7Y T;  2HRT A;  4NCG A;  3OYD A;  4ERD A;  4LT6 A;  1KC8 T;  2FLN A;  4AXJ A;  1DZ5 A;  3IA0 A;  3AVB A;  1TKD A;  5B09 A;  1L3U A;  5C24 A;  1BDG A;  4Y1D A;  3TAE A;  4KFB B;  1Q16 B;  2NRT A;  1FDB A;  3VCD A;  2ASM A;  4KGX B;  4QQB A;  4OZJ A;  3I4P A;  2MY8 A;  2Y9H A;  2FC9 A;  3PUF A;  3LP3 A;  3O9U A;  4RKU C;  1SUQ B;  1R8C A;  3DLG A;  1BIU A;  4FLZ A;  2RD5 C;  4B1W B;  1HHQ A;  1NH8 A;  4EBE A;  4G1P A;  1WUA A;  5THW A;  4M5J A;  3BKT A;  2G8W A;  3HK2 A;  5ADZ A;  3TJ9 A;  5AE2 A;  3R27 A;  2VV5 A;  1IKW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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