2RF2A

Hiv reverse transcriptase in complex with inhibitor 7e (nnrti)
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
557
structure length
554
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Novel indole-3-sulfonamides as potent HIV non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H (EC 2.7.7.49) (EC 2.7.7
molecule tags Transferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 157
structure length 554
sequence length 557
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 2rf2A01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2rf2A04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2rf2A03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2rf2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2rf2A05
3LP0A 2FJVA 4M3TA 3KKRA 3RAQA 2D3UA 2HNDB 5C42A 3I0SA 4XIUA 2G8WA 4RW8B 2CJQA 4CJTA 4DG1B 3DM2A 2DY4A 4FXDA 3ZT0A 3IAYA 1FKPB 3CFPA 5J2MB 5CZ2A 1N6QB 4OGCA 4KHUA 4IG0A 3V6DA 1RTDA 3DYAA 2R2UA 4RUAA 1T03A 1RTJB 1I6JA 1NOZA 3RWUA 5CYMB 2WB4A 2C2DA 1CZ9A 2P5GA 5F8JA 3S3OA 3RRGA 3S3MA 3JSMA 3PX0A 4FLZA 3KK3B 3QEWA 4KFBB 4I9LA 1RYRA 3OSPA 1D9FA 3K59A 4B9SA 1NOYA 5HBMA 5KFFA 3VQAA 5KG7A 3DLHA 3PW5A 1JL1A 3KLFB 4AHSA 3MEGB 1RT3B 3DI6A 2RKIA 4ICLA 4CHOA 2A1RA 3KLVA 4CF1A 1TK0A 2YKNB 4BE1A 3AA4A 4O5BA 5E41A 4ZTJA 4Z4CA 1C1BB 3M9MB 1S1TA 4LSNB 4OVLA 2W9CB 5FRMA 4KTWA 2ZD1A 4CFCA 5KT7A 2ASDA 1YT3A 2P51A 4PUOA 4CJFA 4QCLA 5C25B 4CJPA 5KFSA 3BJYA 1C0TA 4MKAA 1JLQB 3IRXA 3RB6A 2UVVA 4JRQA 2R2TA 3SFUA 1VRTB 3SCXA 4RG8A 4J9KA 1S6PB 4DSIA 1NJZA 3C95A 5EDWA 1S1XB 2IM2A 2BQUA 3TAGA 3SUQA 4CF0A 4L8RB 4E7JA 3UDLA 3NBPA 1RDBA 2F8TA 3OYCA 1S6QB 3QLHA 3U6FA 1EX4A 1WAFA 4FK0A 1UA0A 3CIZA 4HTUA 4BE2A 3JYTA 2IS3A 1X1PA 1ZTTA 3PUFA 4CJSA 2ASLA 4RW7B 5JXSA 4ZP6A 4H4OA 2OPQB 4DTXA 3KNAA 4B8AB 3AO2A 4CGHA 4XPCA 4DTNA 3PV8A 1XR5A 3KLIA 4DFJA 4IFVA 4O3RA 4Q5VA 5J1EB 1TKXA 1LW0A 3AO4A 4XO0A 5KI6A 5D3GB 4M3UA 2G8KA 4YP3A 5T14A 3NF8A 5HRSA 1XHXA 3I5AA 4CHZA 1S9EB 3NGDA 3DRPA 1N4LA 1RBRA 3SQ2A 1HYVA 3MTKA 4KV8A 1NK0A 2VG6B 4MIAA 3ULDA 3D0PA 3L3VA 4O0IA 3NMAA 2HNDA 1ASUA 3HPGA 3V9SA 4NLYA 4RW8A 4K4TA 4WZMA 4BACA 5JS2A 3FRZA 3LPTA 4Y34A 1VK0A 3DOLB 3AVNA 3HP6A 1LWEB 2FVCA 5KFGA 2FVRA 4E0DA 4CEBA 4DSJA 1FKPA 2ATLA 1SH0A 5J2MA 2GIRA 1N6QA 3P83D 3ZCMA 1S9GB 2XY7A 1TKDA 1VRUB 3CDUA 3QEVA 3PX4A 3QIPB 2W7PA 1RTJA 1D9DA 1L3SA 4J9OA 1RBSA 4FJJA 3C6UB 3KLGB 5CYMA 2HHSA 4TY9A 4CEQA 2G8VA 2G8UA 4IFYB 3KKSA 4M42A 2B43A 3KK3A 4I2PB 1K1QA 1DLOB 4KFBA 3DRRB 1NK7A 1U04A 3MECB 3M8QB 2QV6A 3MEEB 3OYMA 1O1WA 4FW2A 3AVJA 3KLFA 3MEGA 4BE0A 3CG7A 1RT3A 3VQ5A 2HVIA 5KFYA 1SUQB 4CK1A 4DTUA 3TAMA 4M95A 2D41A 4LH4A 2YKNA 1BGXT 1GX6A 4ZVEA 3AVBA 3MR5A 4KHWA 2R8IA 3KHLA 1C1BA 4LSNA 4FM0A 4R0EA 2W9CA 3V6HA 3QZ7A 5L1LA 2JEJA 1JX4A 2E4LA 3O3GA 2G8FA 4KHMA 5C25A 1C0UB 3ZSOA 2IM3A 4IG3B 1T3NA 4QWBA 2RDIA 3V81B 4FBTA 4R8UB 3G10A 2FBTA 1JLQA 1QQCA 3CM5A 4FZYA 2OYQA 4FJMA 1VRTA 4CIGA 2YNGB 1RBUA 1S6PA 3H5SA 3OYLA 3WNHA 2ATQA 1C1CB 4KHQA 4I7FA 3EPGA 2P5OA 2BGGA 1S1XA 3GILA 3CFRA 3KTQA 3NHGA 2GIQA 4J2AA 4ECUA 4JS5A 1K1SA 3MR2A 4DQPA 5KFDA 1FK9B 2AJQA 4QAGA 4CEOA 4IRCA 1HQUB 4IDKB 4RW7A 4C8OA 4E1NA 3THVA 2OPQA 3QIDA 3SV3A 1RT6B 1HRHA 3VQEA 4G1QB 2JEFA 2UUWA 1TL1B 4GC7A 3BSNA 1R0AB 4TYBA 3FQKA 2XY6A 4K4ZA 1JXBA 4AHCA 5DQHA 5J1EA 2XGQA 4IH7A 4WYLA 3F73A 4FLTA 3K5NA 1QTMA 1QSSA 5D3GA 4K8XA 4J9SA 4Q44A 1FXXA 3OHAA 3NGIA 5C24B 4J9MA 3OYBA 5J2PB 1S9EA 4FCYA 5KFOA 4AHRA 2BRKA 3DLRA 2ZQBA 4KTZA 3OYJA 2R2SA 2BE2B 3S9HA 3G6VA 2VG6A 2QE5A 4ELVA 1KVAA 4DL6A 2HWIA 2XO7A 4ZP7A 5KFIA 2XRIA 3CJ3A 2IJFA 4IKAA 5KFBA 4WZQA 4CE9A 1Z26A 2OPPB 3DOLA 1LWEA 1C0MA 1LV5A 2WRMA 1A5XA 4C8NA 1ASVA 4OL8A 4QOZB 4ED6A 2D5RA 2QK9A 4MH8A 1S9GA 4I2QB 1VRUA 4NCBA 4FW1A 1VSEA 3QIPA 3C6UA 3KLGA 4DTSA 4QWAA 4HVJA 2E9TA 4ECXA 4KREA 1F21A 3CFOA 4IFYA 2DFHA 5HRNA 4I2PA 4OLAA 1T7PA 1NK5A 4EYIB 3DRRA 1JL2A 4NLOA 3AVKA 4DL2A 4YFUA 1HNIB 3MECA 3M8QA 3QEIA 1RT2A 4CJ3A 3MEEA 3VQ8A 3P5JA 5KFUA 5HBMB 3D45A 4DF8A 1LWFA 4DQSA 4F3OA 3AVHA 2D7SA 1SL1A 1SUQA 2FJWA 1LWCB 3M9NB 5KT4A 4WE1B 3HVRA 1XHZA 3VN5A 1RBVA 3NF9A 4CERA 4FJLA 1S0OA 1T94A 1W25A 1WSGA 5FDLB 3TARA 1IKXB 3BREA 4PWDB 2YNIB 4F50A 4LY7A 2XCPA 3TAPA 3DDKA 1C0UA 4KBIA 4CHQA 4IG3A 3LWLA 3T5KA 4WFYA 4Q8EA 3V81A 2HHQA 4R8UA 1C1AA 3OYAA 5DMRA 4DQQA 4O4RA 3PZPA 1NHUA 2YNGA 1C1CA 4HUEA 1YVUA 3OS0A 3TQ1A 3QZ8A 4OKJA 3PJWA 5F9LA 2KZMA 1RA7A 1FK9A 4NCGB 2KZZA 3AA2A 1HQUA 2WOMB 1IKYB 2AGOA 2HNZB 1Y97A 1KLNA 4IDKA 4DL3A 1TGOA 2X6NA 1JLFB 3TR8A 3C94A 3V1OA 1QS4A 1RT6A 2OA8A 4ZVFA 4G1QA 3SQ4A 3T5HA 1TL1A 3LZJA 1SL2A 4U7CA 1QUVA 1VSLA 5KT5A 2XCAA 3CJ5A 4JUZA 3OSNA 4TQSA 3H08A 5KFHA 3QESA 4UQGA 4CGJA 4FZXC 4N56A 4CJRA 1C2PA 1HARA 3GIKA 5T7BA 4CECA 4TXSA 1EKEA 2B4JA 3GIJA 1KHWA 4Z4EA 5C24A 1GOBA 4O4GB 5J2PA 5DGBA 4K4SA 1VSMA 4KB7A 2PYLA 2XI3A 2BE2A 3SI6A 4FYDA 1WAJA 5KG2A 3AVLA 3ZSYA 4F8RA 4NRTA 2V0NA 3H40A 4TYAA 4K50A 5KFPA 2R8HA 3VQCA 2O5DA 4CJ4A 3BGRB 3VQSA 2OPPA 4K4WA 1D8YA 5F9NA 3UQSA 1VSHA 1MU2B 4Q8FA 4KHYA 3SPZA 4CEZA 2JC0A 1WLJA 1RT1B 3CQ8A 4I2QA 4IR1A 1G15A 3BR9A 2X78A 4H8KA 1YTAA 2PZSA 1Z25A 1UAXA 4Y2CA 2OPSB 4BDPA 4ED2A 3HXMA 4MQ3A 3LANA 4CK2A 4KSEB 1WSHA 3QGIA 1HNIA 3K5MA 3QNOA 1QE1B 1L3VA 1IKWB 2R2RA 2PYJA 4J9RA 3CWJA 3RAXA 4HUFA 3MFHA 1LWCA 4NYFA 4ED0A 4WE1A 3WNEA 3TAMB 3DLGB 5I42B 1S9FA 1X9WA 3QINA 3QGGA 4ECWA 2D0AA 5I3UB 5FDLA 1IKXA 4PWDA 4X2BA 2YNIA 3F9KA 4FJGA 1EETB 1QSLA 5HRPA 2Z1JA 3GIIA 3HP9A 4QWCA 3DOKB 4LSLB 3ZSWA 5L1JA 4DFMA 4FK4A 3RRHA 3OYNA 4CGIA 3ZT2A 4IH5A 4RW4B 3OYHA 4YMEA 5F8LA 4DFKA 3HVTB 2FBVA 4CJQA 3VQ4A 2EC0A 2DFEA 4ECQA 1HQEB 3V6KA 4I7FB 1B92A 4NYNA 1RT5B 1RBTA 4J9QA 2HHWA 1JLAA 3OLBA 3KD5E 5KT3A 3Q8QB 1T05B 1U47A 4M3RA 4NLQA 4NCGA 5KGXA 2WOMA 1IKYA 2HNZA 4DWIA 4KAIA 4Z4IA 1JLFA 4JV1A 4B9MA 1KLMB 3MR3A 3KLHB 3FDSA 1BQNB 3DLEB 5JUMA 3OYGA 3TWHA 4W5RA 1JXEA 1EP4B 4CESA 1TL3B 3VA3A 3HVAA 2XI2A 4ED8A 3TAEA 1RILA 2QKKA 3QEPA 1JIHA 3PY8A 3T5LA 3T3FA 5KFNA 1J54A 4CGDA 2KQ2A 3VQ6A 1TQLA 4EEYA 2GV9A 3AO3A 4TQRA 4FJ7A 4DU3A 1EXQA 1HJRA 4DTPA 2IAJB 1LAVA 2BANB 4O4GA 3M8SA 5KG6A 4CJWA 1QSYA 2YHBA 5DQGA 1RDRA 3O3FA 3M8PB 1BL3A 1SH3A 1U48A 1S1VB 2CKWA 2G8IA 3HPOA 2XY5A 3L3UA 4CHYA 3K58A 2NUBA 3BGRA 4JLHA 3H59A 4NLVA 1RDDA 4CHNA 1L3UA 1MU2A 4FJHA 1B9FA 1TV6B 4N5SA 1SKSA 1OS5A 3GV7B 4Y2AA 3ZT3A 1U45A 1NK6A 2RDJA 1RT1A 5J2QB 4O3OA 3BQ0A 4JRPA 4I9QA 4ZMMA 2W9BB 5KFAA 1NK8A 4NCAA 4EO8A 1XR7A 4WXOA 4Y1DA 4NYZA 4Q0BB 2OPSA 4F2RA 3RBDA 4E7KA 3MF5A 5HP1A 5KFCA 3H5YA 2BDPA 4B8CA 1NKEA 3KMQA 2QXFA 3K57A 4IH6A 5KFXA 4AHTA 4CIEA 2FC0A 5DG7A 2DPJA 1I3AA 1QE1A 1KHVA 2VWKA 4EO6A 4LH5A 3L2WA 1IKWA 1RT2B 3H4DA 4E7HA 3CDWA 5KRSA 5CY4A 4KE5A 2R8GA 5KFQA 4AHVA 3PX6A 5EWFA 4KTQA 1WSFA 4Z4FA 1LWFB 4FLYA 3MXMA 2BQRA 4RNMA 1JLBB 3NH2A 4MIBA 4M3YA 3AVFA 4EBEA 4M3WA 4DQRA 3DLGA 5I42A 4RU9A 4NLSA 5I3UA 3D5MA 5EU7A 2WCXA 4DMNA 2HHXA 2JEIA 3PW7A 2ITGA 3ZSRA 5C5JA 1W0HA 1EETA 3TI0A 4F3TA 4KHSA 1N5YB 3BSCA 3KOAA 2FBYA 3VA0A 2HB5A 2E6MA 3DOKA 3EYZA 3HK2A 4LSLA 3H2LA 1UWBB 2J6UA 1KVBA 1JLGB 3AVCA 4Z4GA 4RW4A 4O3QA 1NJWA 1UOCA 4W5NA 3HVTA 4NLUA 3DRSB 1IM4A 3I5BA 1HQEA 1T8EA 1RT5A 3LP1B 3OYDA 1T05A 4ECSA 1TAQA 1B9DA 3VQQA 4ZPCA 2P1JA 4URGA 4B9NA 3SUNA 2O4IA 1NJXA 1KLMA 3KLHA 1BQNA 3CJ2A 3MXJA 3DLEA 3KIOA 3SPYA 5SWMA 3CM6A 1EP4A 2FLLA 1TL3A 3IS9B 2HAIA 1L3TA 1QAJA 1WNEA 4OPKA 2UVRA 2YNFB 2HNYB 4EBDA 4RW6B 3RB3A 2EHGA 1NNDA 2KFZA 2B6AB 4TSXA 3SJJA 2Q3SA 2IAJA 2JEGA 1BISA 2BANA 4CEFA 2R7YA 3RMBA 4CCHA 3M8PA 4B3OB 1S1VA 3B6OA 3HVWA 4KI4A 1ZBIA 3LDSA 4IQXA 1NK4A 4O3SA 4J2DA 2JC1A 2PY5A 3VQBA 5DGAA 1TV6A 3SV4A 2FLPA 3RMCA 5KG3A 3NL0A 5J2QA 4OPJA 4KKOB 3ZSQA 2GUIA 4J9LA 2W9BA 4BDYA 4DLGA 1U4BA 1LAWA 1HYZA 1CXUA 1XR6A 2WHOA 4DTJA 1N56A 4MK9A 3GV5B 3K5LA 3SQ0A 4Q0BA 3LP2A 4EYHB 3UPFA 3DLBA 3CVKA 3G6YA 4CJUA 1KVCA 4NLRA 3AO1A 5K14B 4IRKA 1KRPA 1TKTB 2IBKA 1JKHB 3QO9B 4RNHA 5KTQA 4NZ0A 3M9OB 3PJXA 5KFTA 4WXWA 3OL8A 3Q8SB 2IDOA 2W8LA 3Q8PB 3C6TB 3NFAA 1JLBA 2D3ZA 3UIQA 3LALA 2ILYA 4FM2A 3RMAA 4O44B 4ID5B 4DL4A 3IGNA 4FJ8A 5J2NB 3G6XA 2WK4A 3O3HA 1VSKA 5KGWA 1ZYQA 3OS1A 4ECVA 2J6TA 4N41A 5DLGA 3OJUA 3NAIA 5KT2A 1DTTB 4DEZA 3UR0A 2E9RX 1ZBFA 3NF7A 4EP5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5DLF A;  3VQ9 A;  3DI6 B;  1BCO A;  4GC6 A;  4DS5 A;  2RKI B;  1S48 A;  2XC9 A;  4ICL B;  3V6J A;  1XWL A;  1S97 A;  4CF2 A;  5HRR A;  4PA1 A;  4F4K A;  4PQU A;  3ISN D;  1CSJ A;  4C8M A;  3OL6 A;  3IGV A;  5KT6 A;  2DFF A;  3OVN A;  2Y1J A;  5L9X A;  5KG0 A;  4NLT A;  1S1T B;  4B9V A;  4O3P A;  3SZ2 A;  2ZD1 B;  4DU1 A;  4PUO B;  4ID1 A;  1S49 A;  4OKK A;  4F4X A;  1C0T B;  3H5X A;  1A5V A;  3AVM A;  4KRF A;  3IRX B;  5EUH A;  4NLD A;  1RNH A;  1ZBL A;  4J9P A;  3EZ5 A;  1QHT A;  5F8G A;  1S0M A;  4F4Y A;  4KI6 A;  2Y1I A;  1L5U A;  1HPZ A;  4M45 A;  3MXI A;  3S3N A;  3OY9 A;  1RA6 A;  3AVG A;  4U6P A;  3NBP B;  4FS1 A;  3QLH B;  3V9X A;  3PR4 A;  3OS2 A;  4NLX A;  2V9W A;  3LAK A;  1BI4 A;  3JYT B;  3BSA A;  2B5J A;  2V4Q A;  3TAN A;  3E51 A;  1WN7 A;  4CFA A;  4FM1 A;  3AV9 A;  2VA2 A;  4H4M A;  4H4O B;  2V4R A;  3KK1 A;  4B9U A;  4TN2 A;  4ZVG A;  1R0A A;  3PR5 B;  3WNF A;  3NGZ A;  4ZHR A;  4OKE A;  3KLI B;  2ALZ A;  4F2S A;  4IFV B;  4F4Z A;  3HM9 A;  1SKR A;  3SI8 A;  4CEA A;  1TKX B;  1GOA A;  1KSP A;  1W9H A;  1LW0 B;  4DTO A;  3ZSX A;  2IM1 A;  2EX3 A;  4HUG A;  4LQ3 A;  4B9L A;  4K4X A;  4HYK A;  2IJN A;  4QWD A;  4RNN A;  3RB0 A;  4DLE A;  5F8N A;  2W42 A;  1Q9Y A;  3DRP B;  4J2B A;  5SZT A;  3T5J A;  4DQI A;  4CGF A;  2DPI A;  4DL5 A;  4KV8 B;  4IKF A;  1REV A;  2IMW P;  3I5C A;  1ITG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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