2RF2A

Hiv reverse transcriptase in complex with inhibitor 7e (nnrti)
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
557
structure length
554
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel indole-3-sulfonamides as potent HIV non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H (EC 2.7.7.49) (EC 2.7.7
molecule tags Transferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 157
structure length 554
sequence length 557
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 2rf2A01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2rf2A04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2rf2A03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2rf2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2rf2A05
2Z1IA 3LP2B 2IAJB 3T3FA 3OYBA 2FBXA 1YVFA 4NLPA 4RW9A 3MECB 4ZVFA 5F8JA 2QKKA 1XC9A 1SKWA 3DM2A 1IKWA 4CF9A 3OYIA 4CFCA 1KVCA 4CESA 4J2EA 5C5JA 1JLCB 3KHHA 1S9EB 1CXUA 5KT3A 3VQ7A 3OYJA 5KRTA 5EUHA 3AVHA 2E6LA 4O55A 4PUOA 3MR3A 4E89A 3NE6A 1QQCA 4DL3A 3SJJA 1HNVB 3CDEA 2E6MA 3VQ4A 3NAHA 3OSPA 3M8RA 4CGDA 1T94A 3PUFA 3DRPB 4ZPBA 2JLEA 4IFVA 5KTQA 1NK8A 1RTJB 4BACA 3IG1B 2VG6B 1S0MA 4NLUA 2IBKA 4CEFA 4JUZA 1DTQB 3RRHA 2PY5A 2ILZA 1TL3A 4NZ0A 3BGRB 1SL0A 4DEZA 5F8GA 3AVJA 3OS1A 1D1UA 4QW9A 4B9UA 1F21A 4EP5A 2HHSA 1MMLA 5J2QB 3KK3A 4FM0A 4DTJA 3RWUA 2KZMA 1T05A 2FBVA 4MQ3A 4CIFA 5C42A 3AV9A 4KTQA 3FQKA 3H4BA 3SUOA 4IKFA 4KKOB 4O3NA 4OLAA 1CZBA 3V6KA 1HYZA 1EP4B 4ZVGA 4CHQA 3DLHA 4WZMA 1KCFA 5EDWA 4F4XA 3MEEA 2YHAA 1KLMA 3P1GA 4ELTA 3NF6A 1Y97A 4J2AA 2KW4A 3KLGB 1HYSA 1BGXT 1VSFA 1TKZA 3WNEA 1RA6A 3G6YA 4E19A 5HBMB 2HHXA 1TGOA 2BGGA 1N4LA 2RN2A 3L8BA 1RT6A 3Q8RB 4RUCA 3Q8QB 3OJSA 1HQUA 3LWMA 4HKQA 2ZE2B 2C28A 1LWEB 2XCAA 3S3MA 4ED7A 3L3UA 4WXWA 3PW4A 2Z1JA 3PJXA 2HVIA 1VRTA 3CWJA 1G15A 2KFZA 1K1QA 5F9NA 4OJRA 4F4WA 1C1BA 4XPEA 3C6TA 4PQUB 2ASJA 2OYQA 2BQ3A 3TAFA 3T1AA 3SFUA 4IR1A 2JEFA 3HP9A 1EETB 5KFHA 4IDKB 3MXJA 3V1OA 4CEBA 4CJPA 1XI1A 3L2UA 3RR7A 4JRPA 3KK1B 3TWHA 3FDSA 3FRZA 3VQQA 5KFMA 4ZPAA 1JLFB 4O3SA 1XR7A 2W9AA 4Q0BB 3EYZA 1DLOA 2HHVA 4TQSA 3HVTA 1KHWA 2AGPA 1TQLA 4MK7A 3HO1A 5L9XA 3D45A 4CJQA 2HWIA 3FSIA 1HJRA 4R5PA 2RPIA 1Q8IA 3LP3A 1ASUA 1LW2B 4J9LA 3CFPA 2HAIA 2AX1A 2YNGB 3V9XA 1SH2A 4FXDA 1X9MA 1LWFB 4GC7A 2FLNA 2YKNA 2YHBA 2W9CA 4ID5A 4RG8A 4CJSA 4ZP6A 4DFKA 3V4IB 1NK7A 2WONB 4DSIA 2R8JA 5CYQB 4B9MA 4KHMA 4J9QA 5J2MB 3NFAA 5KFTA 4GW6A 4CFBA 1SL2A 5KFSA 3PW7A 5KFFA 3BQ2A 3HM9A 2R7YA 1U48A 3IAYA 3HP6A 4EZ9A 3RMBA 3DYAB 4DL6A 3O4QA 5HROA 4Y2AA 2FBYA 4KV8A 4R8UA 5SZTA 5KFGA 2WRMA 1TKTA 4DTRA 3H5YA 4F4ZA 3TABA 2G8VA 1RTDA 4NCGB 4B8AB 1XR6A 1QHTA 2IM2A 1IKXA 5J2NB 3C94A 2YNHA 4I2QA 4FJIA 1WLJA 3VA0A 2BE2A 5F8IA 3DRSA 4W5TA 3QNNA 4TN2A 4Z4IA 2ITGA 2C2RA 3M9NB 4KB7A 4CJUA 1S97A 4RNMA 3M8QA 4CF8A 4J9KA 1N5YB 1C0UA 3O3GA 4DLGA 4CGHA 2YNIB 4Q8FA 2RKIA 5J2PB 3KD5E 3DI6B 3PR4A 4HCCA 2D0CA 1N56A 3ZSOA 5HRPA 4BE0A 1TKDA 4U7CA 3PO5A 3KLFB 3T5LA 5F8HA 4Z4GA 4EZ6A 4FJHA 3HL8A 4BE1A 3MEDB 3C6UB 1TP7A 5HP1B 3K5LA 1JIHA 3IRXA 3QGGA 5EU7A 1WNSA 1TKXB 3DRRB 1CZ9A 3TAMA 4Y1DA 3B6PA 4O4GA 3AA3A 1RT3A 1TK8A 5D3GA 4CHYA 4JS5A 5T14A 2KTQA 4TY8B 1JKHA 3PW2A 4K4TA 2IJNA 1DTTA 1SH0A 2IAJA 4LH5A 2R2SA 1RT4A 2J6SA 4RW7A 1S0OA 4Z4HA 3LZJA 1JLCA 2XHBA 3VQBA 1RTIB 2EX3A 4TYBA 2WOMB 3QIPA 4KO0B 4B9LA 3BSNA 2W8LA 4O0JA 4KAZA 4EYIB 4M3YA 3BR9A 1S9GA 3LP1A 4OVLA 2IM3A 3L2WA 1C0MA 1LAWA 1C1CB 4IH6A 4FZYA 3K5NA 2QV6A 1D9FA 3V81A 4CEDA 5KG0A 1FXXA 3ITHA 1T03A 3PV8A 4C8MA 3CO9A 4NLVA 4E7LA 3TAPA 5KGXA 3G86A 4ED6A 1TV6A 1WNEA 4IG3B 1JL1A 2O5DA 3V1QA 3CM6A 5KT5A 4M3XA 1A5VA 5J2QA 1RTHB 4ELVA 4ECTA 3AVFA 2GUIA 5KFRA 1RDCA 5FDLB 1RBVA 2F8SA 1VSLA 2HNDA 4YMEA 1SKRA 4C8NA 2VG7B 2CJQA 3I5AA 4OGCA 2FVCA 3DLGB 4KAIA 4B9NA 3Q8PB 1LWCB 4TLRA 1WN7A 2Y1JA 4ZTFA 3TAGA 3BREA 1FKPA 1EXQA 3RMAA 2X6SA 4G3IA 1YTAA 4CEAA 3F9KA 1S6PB 1I39A 1K6YA 4FCYA 2XRIA 1IKVA 3GIMA 2AGQA 3AA4A 3H40A 3JSMB 2B6AA 2JEIA 1IKYB 4NYZA 3EPIA 4U6PA 1S10A 2G8FA 4K8ZA 3UQSA 2D0AA 1KFSA 1LWEA 5KG1A 1S1TB 3E01B 3GIJA 4O3QA 4CJWA 4RW4B 2E9RX 2G8KA 3SQ0A 3VQCA 1RA7A 4RUAA 4E7IA 4N76A 1S1XA 1NKEA 2ZD1B 1HMVA 1ZETA 4OKJA 5KFVA 4WFXA 3IGNA 5KG2A 3JYTB 2E4LA 1YTUA 1N6QA 3HSTB 4PA1A 4RNOA 3V9ZA 4FZZA 3KK1A 3LDSA 5DG9A 5KT6A 4R0EA 1CLQA 1S1VA 3DLRA 3MR6A 1JLFA 3NAIA 3WNFA 3QERA 5DQHA 2IA6A 3V6DB 4CF2A 4DQIA 3SYZA 4Z4FA 1WSIA 4KHWA 4DTMA 2FJXA 1TK5A 2FVSA 1HYVA 2YKMA 2JC1A 4MFBB 5CYMB 2W9BB 1TL1B 4DFJA 3AO3A 3G10A 1LW2A 4FJ9A 4CJ3A 3K58A 3PX6A 5HLFA 4ECVA 2GBZA 4CEZA 3KHRA 4ICLB 4FJNA 3MXMA 4CJ4A 4CEQA 3KTQA 5KFJA 4FW1A 1A5XA 3KJVA 4K4ZA 4GVMA 4M3TA 2V9WA 5C24A 4OKKA 3PY8A 4FM2A 1I3AA 4WE1B 2JGUA 3SFGA 1GX5A 1S6QA 3KLIA 3U3YA 4KTZA 3L3VA 4FS1A 4K4YA 1QE1A 3LP0B 5I3UA 5C25B 4CFAA 3QEPA 4LH4A 2X6NA 1RILA 2V0NA 2XY5A 1LW0B 2UVVA 1WSHA 3KNAA 3VN5A 1KTQA 2W8KA 3OYGA 2B5JB 1RDAA 4LSLB 4QWAA 1RT1A 2R8GA 3I8DA 2NUBA 3KHGA 4J2BA 5KFPA 4YR2A 4Z4CA 5KG5A 4ECSA 2DY4A 4J2DA 4CEOA 1I6JA 2YNFB 4DS4A 3MEGA 3BJYA 4X2BA 1BQNB 4ID1A 1RDBA 4N47A 3DOLA 4K4SA 5F8LA 1UAXA 1SUQA 4I2PA 4G1QA 4KFBB 5F9LA 1C1AA 3QGIA 4JV2A 3OYNA 4YR3A 5EWGA 3RRGA 2I5JB 4IH5A 5HRRA 3THVA 4RW6A 5KFWA 3AVIA 1NK6A 3S9HA 3T5KA 2XGQA 1S49A 3T5JA 2FC0A 3C6UA 3RB6A 4RW8B 2V4RA 1VSKA 1SV5A 1BCMA 3SV3A 1VSJA 3PHEA 3T5HA 2BQUA 3OHAA 4NLRA 3ZSWA 4FJ7A 4DMNA 3CFOA 5KG6A 3GILA 4FM1A 1A5WA 4ED0A 3ZT3A 2R2RA 4WFZA 1XR5A 4HVJA 1TVRB 3NBPB 3OYAA 4IKAA 3O4NA 3CM5A 3BSAA 1JLQA 3VQDA 4HUGA 4N5SA 2W42A 1ZBLA 1UWBA 1VK0A 4H4MA 1WSGA 4M3RA 5K14B 4J9PA 4QPXA 3NAEA 1NKCA 4FBTA 2P51A 4DTUA 4ECRA 4CIGA 3ISNC 3V9UA 4E7JA 2Y1IA 4EBEA 3GYNA 4K4UA 5L1IA 3CJ0A 1R0AA 2IJFA 4KHQA 3G6VA 4WFYA 4B3OA 2AWZA 4ZVEA 2ETJA 3KLHB 3ULDA 4B08A 1FKOA 4FK4A 1ZYQA 4CGFA 3AVGA 2OPQA 1WSEA 3IN5A 4BDZA 2OPRA 1IH7A 4ED3A 4FJLA 3LZIA 2DFFA 1ZBIA 3PJWA 4I7FB 3MR2A 3QIOA 1CSJA 1RT5A 4PWDA 1ZTTA 1B9DA 3DLEA 1S4FA 3NL0A 3RB3A 2VG5A 3ASMA 4DL7A 1RTHA 3I0SA 2W7PA 3HXMA 4HHTA 5FDLA 3Q8SB 4CHPA 3OYHA 3I5CA 4KI6A 4O44B 3NCIA 1UA0A 3OYFA 4N41A 4XO0A 1S1UB 2HNZA 3KK2A 1QUVA 1LWCA 3OSNA 1RBUA 1T7PA 1JLAB 1RT7B 4URSA 3TANA 4L8RB 1IM4A 1JX4A 3KKSA 4DTXA 3P5JA 3CIZA 3DDKA 3NF8A 5KFNA 5DLGA 3FQLA 1IKYA 4FLUA 1UOCA 2B4JA 5DGBA 4ECQA 3GQCA 3ISND 2FJVA 3IGVA 3NF9A 1GOCA 2HMIB 3CG7A 2QKBA 4MK8A 4KSEB 4RW4A 3CDUA 4CFDA 5I42B 3OHBA 1EKEA 1HPZB 2FLPA 5CY4A 5KFCA 2P1JA 4CCHA 1D9DA 2IMWP 3ZSXA 1KVAA 3OJUA 3QIDA 3AVBA 4AHVA 3UIQA 2QK9A 3ICLA 4JV1A 1ITGA 4FLTA 4HTUA 1BI4A 4YNQA 3JYTA 4LQ9A 4UQGA 4NRUA 2IC3B 4IG0B 3U6FA 3PW5A 4QWEA 2Z1GA 4E7HA 3LALA 3OS0A 3SUPA 4J9OA 4BDYA 3K5OA 1JLGB 4C8LA 2BRKA 3KMSA 1RNHA 3K2PA 4CHZA 4O5BA 1K1SA 3QLHA 3PVXA 3V6DA 3LAKA 3QESA 4OPJA 4FLYA 4NCBA 3KOAA 4CEEA 4LSNA 2AQ4A 3QEWA 4F50A 4IFYA 1C0TB 2RF2B 1ZTWA 4NYFA 3IS9A 4Q45A 3NHGA 1RT2B 1BQMA 4ZVHA 3RAQA 4RW9B 2O4IA 3ZT4A 4ICLA 3MTKA 4KBIA 4ZHRA 4KTWA 1IKWB 4QWDA 4ZMMA 3QEVA 4QWCA 3HVRA 3CQ8A 4MH8A 1ZBUA 4Q43A 3BDPA 4WE1A 1WAJA 3TI0A 2HVHA 4JS4A 3LAMA 4CECA 4PUOB 2GV9A 4TQRA 3OS2A 4DSLA 4W5OA 2HB5A 4ECUA 2UVRA 1BCOA 1IG9A 1S0NA 4EO8A 4NLSA 1Z25A 4HUEA 4E3SA 4DG1A 4CJKA 3QO9A 3EY1A 1LW0A 4FW2A 3SI6A 1XWLA 3KD1E 3LP2A 4N56A 5DMRA 4J9SA 2B5JA 5KFOA 4NLXA 3MECA 4FJGA 2ATLA 2XO7A 1TL3B 4IQXA 4Z4EA 5L1LA 2FLLA 1BISA 3N6NA 1S9EA 4F2SA 1BQNA 1SKSA 3D5MA 3KK3B 1T05B 3O3HA 3CDWA 5C42B 4KHUA 1UA1A 3ZSVA 1HNVA 2P5GA 3TAQA 2FVQA 5DG8A 1RYSA 2OPSB 3OYLA 1U47A 4CK2A 1JLBB 1J5OB 5KG4A 3MEEB 3VA3A 3V6HA 3DRPA 4IRCA 3EPGA 3SQ1A 1RTJA 4LQ3A 1HYSB 3OL9A 3IG1A 2VG6A 2KFNA 1S9FA 1Q9XA 1DTQA 4NCAA 2WTFA 3ZT2A 3QGHA 4CJLA 1REVB 3BGRA 2IGIA 1RT6B 2OZMA 2BRLA 2F8EX 5DK5A 3AVNA 4FLVA 4O3RA 4M41A 3H08A 2JEJA 4E1NA 2HHWA 3MFIA 2E9ZA 4B9VA 4CIEA 4NLTA 4BWJA 4Q44A 2EC0A 1RDRA 4B9SA 4KKOA 4FLXA 1EP4A 4KHNA 1C1BB 4KI4A 3C6TB 4M42A 4F3OA 3K57A 3M9OB 3KIOA 3SNNA 1NKBA 4FJMA 3RR8A 1LAVA 3KLEB 3QEIA 4XPCA 3K59A 3KLGA 5FRMA 4BE2A 4O0IA 5E41A 5HBMA 3QINA 4RNHA 4NYNA 4URGA 1W9HA 3N6LA 3VQ9A 5L1KA 4MKBA 5KG7A 1BL3A 2D41A 2GIQA 1D5AA 2XGPA 4OLBA 4MIBA 3HJFA 5DQGA 1KHVA 2ZE2A 3HPOA 4EEYA 4K4XA 3WNGA 3DLBA 3NF7A 5T7BA 4I7FA 1YVUA 2HWHA 1S1WB 5DQIA 4J9MA 3CFRA 1DLOB 2FVPA 3UPFA 3HVTB 4O3PA 4PQUA 4H8KA 4KHYA 4M94A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1WSF A;  3KHL A;  4DTN A;  1JLG A;  4CK3 A;  4MKA A;  1JLE A;  3IRX B;  4H4O A;  4OKE A;  2BDP A;  3HPH A;  1RAJ A;  1KVB A;  5KT4 A;  1HQE A;  4CF1 A;  1D8Y A;  5D3G B;  4IBN A;  4CHN A;  4DG1 B;  3VQS A;  2J6U A;  3QO9 B;  3V6J A;  1C0T A;  1NHV A;  1SH3 A;  1B92 A;  1J54 A;  2RF2 A;  2FVR A;  2AX0 A;  1VSM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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