2RF2A

Hiv reverse transcriptase in complex with inhibitor 7e (nnrti)
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
557
structure length
554
Chain Sequence
PISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Novel indole-3-sulfonamides as potent HIV non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H (EC 2.7.7.49) (EC 2.7.7
molecule tags Transferase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
total genus 157
structure length 554
sequence length 557
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2007-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 2rf2A01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2rf2A04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2rf2A03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2rf2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2rf2A05
2F8EX 2W7OA 3KIOA 1RYRA 3QESA 4O4GB 2O5DA 4FJLA 3O3FA 3M9MB 2WONA 3G86A 3G6YA 2W9CB 3U6FA 1RBTA 2C2EA 3AA5X 5E41A 4J2AA 2E4LA 2FJXA 5I3UA 1RT5B 3AVGA 3ZCMA 3LWMA 2XWYA 2D0BA 4E7LA 4R0EA 3OYBA 3L2QA 3CFPA 4Y2AA 4FBUA 1U09A 1Z25A 4ZPAA 2J6UA 4IOBA 3AO1A 4NCGB 4ED8A 4J9KA 3V81A 4ZVHA 1WLJA 4URQU 1JKHA 4K4YA 3H4DA 2JEFA 4LH5A 4ECZA 4E89A 4QAGA 2I1RA 2FLLA 4I9QA 3MXIA 5T14A 3CM5A 1S1VB 2G8IA 1JLFA 1RT4B 4F50A 2RKIA 2RDIA 3ZSYA 3V1RA 4KHYA 2KW4A 4QW8A 1IM4A 5KFXA 4YR2A 5J2NB 1YTUA 4EBEA 4I2PA 4RW7B 5DQHA 3HXMA 5C42B 4H4MB 1BQNB 2G8VA 4DG1A 2FVSA 3RMCA 2VWKA 4JV2A 5KGWA 4KE5A 4RW4B 5C5JA 4J9MA 1UOCA 2XGPA 4K4VA 1TVRB 4KREA 1B9FA 3ZT4A 3VQEA 4O4GA 1GX6A 3WNEA 4KTWA 4WFYA 2F96A 2W9CA 3QO9B 3TARA 1MMLA 1QSSA 1NK0A 3SV3A 1RDCA 3HL8A 1S6PB 3CDUA 4CJPA 4ECXA 1RT5A 1TL3A 3KMQA 4KB1A 4ED1A 1RTIB 1W0HA 5JXSA 2WRMA 4RNMA 2HHWA 4RG8A 1S0NA 2HVHA 3U3GA 4ZP6A 3ISNC 5DG9A 4NCGA 4N56A 1KVBA 1VSHA 4J9OA 3G0ZA 4ZTJA 3NAEA 1TAUA 3NH0A 2F8TA 5SWMA 2OPRB 1D9DA 1JLCB 1KCFA 4DQSA 2V0NA 3HO1A 1S1TA 1WNSA 3K58A 4DTNA 1S1VA 5HROB 4DWIA 1LW2B 1QE1B 1RT4A 2B43A 4AHCA 1QSYA 1T05B 3WNFA 4WYLA 2E6LA 5J2NA 5KFAA 4RW7A 5C42A 1UAXA 5KFWA 4H4MA 4QWDA 1QHTA 1BQNA 1JXEA 4KRFA 1S9EA 2FJVA 4FZZA 2QV6A 1TQLA 4I2QB 4RW4A 5KG0A 3HSTB 1EP4B 2R8GA 5FRMA 2ILZA 1TVRA 1BIZA 3TWHA 4DTMA 3M8RA 3F9KA 1L5UA 1VK0A 4CIGA 1T8EA 3DOLB 2YHBA 3QEPA 2D7SA 2GUIA 1J5OB 3QO9A 1BQMB 5KFIA 1BISA 4ZMMA 3RBEA 4E3SA 1S6PA 2E9RX 3G10A 5KTQA 5F9LA 3V6KA 1GOCA 1RTIA 1L3VA 4Z4GA 4DTRA 3MTKA 5JS2A 4CHQA 4O3RA 2OPSB 1FXXA 1I6JA 2XCPA 4YFUA 2OPPB 3FQKA 4EP5A 4KTQA 3QERA 3RR8A 4DF8A 4F3TA 2OPRA 4MK9A 3S3MA 2AJQA 5DLFA 2QE5A 3NAIA 3PW7A 4FLVA 4CEDA 1HPZB 5HROA 5KT3A 1LW2A 1QE1A 3TI0A 4OKKA 4B9VA 1T05A 1JXLA 3V1OA 2VG7B 4KAIA 3T1AA 1N56A 1ZTWA 4WYWA 3U3YA 3QGIA 4I2QA 3GIMA 1EP4A 3TANA 4ED2A 4KHUA 1S1WB 2RF2B 3IAYA 5J2PB 3PO4A 3MR6A 3QYYA 1Z26A 3KD1E 3H5SA 3DOLA 1C1BB 4KHWA 1Q9XA 4KKOB 1J5OA 1T7PA 3MEEB 4ECUA 4C8NA 3I0RB 4TSXA 3PO5A 4DSJA 3IG1B 4DQPA 4OPKA 3VQ6A 1FK9B 4ZVFA 2KFZA 1IKXB 4ED3A 4O0IA 4J9QA 4BDZA 4O3SA 4C8KA 1IO2A 2OPSA 3M8QB 4RNHA 2AX0A 1X9WA 2OPPA 2G8KA 4K4ZA 4DF4A 2IM3A 4J9PA 2C2DA 1S0MA 4FJIA 1X1PA 2FBTA 2R8IA 4Z4FA 4DLGA 1HYVA 3RRGA 1LAVA 4HTUA 4FJMA 1RDDA 1HPZA 1K6YA 4FK4A 5HRNA 4C8LA 4CJWA 1YTAA 2VG7A 4BDYA 1KFSA 1IKWB 2YNIB 3HVTB 2DFHA 4AHUA 1UWBB 3DLKB 3CYMA 4EEYA 5DGAA 3AO3A 2PYLA 4U7CA 4DLEA 4ECRA 2D0CA 3ZSVA 4ICLB 5KRSA 3AVJA 4ZVEA 3HJFA 1S1WA 3HP6A 2RF2A 2GBZA 5J2PA 4I7FB 4NLDA 1BGXT 1C1BA 5KG7A 5FDLB 4KKOA 3MR3A 3P1GA 3VQ4A 3AA3A 3OYMA 3N6MA 3NH2A 3MEEA 3I0RA 1YT3A 2D3UA 4ECWA 3IG1A 1SKRA 1FK9A 2JEJA 3RAQA 3MFHA 3HPGA 1IKXA 4RW8B 3B6OA 2YKNB 2R2RA 5KG5A 3S9HA 3NE6A 1Q9YA 4H54A 3M8QA 4Q45A 1JLGB 1WSGA 1X9MA 3DLHA 2W42A 3UQSA 3QINA 5DG8A 4BWJA 4ZTFA 4M3WA 4GW6A 4CF1A 5KI6A 3RWUA 3H59A 3AO2A 3OS2A 4YQWA 3L3VA 4PUOB 4ELUA 4CGDA 2FJWA 3NH1A 4EBCA 1RT7B 5I42B 3KK2B 3CDEA 3QEVA 3CWJA 3AVIA 1NK9A 4Q8FA 4O5BA 4DSKA 5T7BA 4FM1A 2ZD1B 2J6TA 1IKWA 2YNIA 4M3RA 3HVTA 1UWBA 1VSIA 3KHHA 4ED0A 3DLKA 3NDKA 1VSEA 3TAQA 4MKAA 4DSIA 2BR0A 4ICLA 4I7FA 1VRTB 5JUMA 1RA6A 1S1UB 4OKJA 5FDLA 1QSLA 3KLIB 4B8AB 4WZQA 3RBDA 3OHAA 1RBVA 2E9ZA 5HLFB 2XO7A 4X2BA 1WN7A 3VQAA 1XI1A 4CGGA 4RW8A 3CO9A 4DFKA 3HYFA 2YKNA 3VQ5A 1QAJA 1TKTB 4IR9A 5KFVA 1JLGA 3K2PA 4XIUA 4DSEA 4HVJA 4EZ9A 4Y34A 2OA8A 4KHNA 1TV6B 4CGIA 3ZSWA 3DYAB 4PUOA 4ECSA 2IJNA 4W5OA 5HRSA 1RT7A 5I42A 3KK2A 4PY5A 4CFBA 5HRPA 3RB6A 3GV5B 4IBNA 4NLWA 5J2QB 4NZ0A 3ZT1A 4TLRA 3T5HA 3OYFA 4W5NA 2ZD1A 4CJKA 1QUVA 4HCCA 3V6HA 3LWLA 3PR5B 3LANA 1HMVB 3KD5E 2R8HA 1GOAA 3OL6A 3OJUA 1C1CB 4BACA 4IH6A 1I39A 3I5CA 5HBMB 4NLRA 1ASUA 1EETB 4QWCA 1VRTA 4Y1CA 4NCAA 3UPFA 1XR7A 2XRIA 3MR5A 1N4LA 4FJ5A 4KBIA 1S1UA 5DQGA 1ZBFA 3BSNA 3KLIA 2D41A 4DU4A 4RW9B 5HLFA 1KLNA 3HVAA 4CEAA 3Q8RB 2PY5A 1VRUB 1NJZA 3BJYA 1U49A 2IM2A 3RB0A 4EP4A 4KV8B 1S6QB 3PJXA 4Q0BB 5KG2A 4QOZB 1BI4B 4G1QB 1TKTA 4K4XA 2WK4A 3DI6B 1WNEA 3AA4A 2G8FA 3VQPA 1TV6A 4IR1A 3KLHB 2GIRA 3HKWA 3DYAA 5KT4A 3RB4A 1TKZB 4CJRA 3SUNA 3C94A 4IH5A 2XY8A 3CFRA 4M45A 4DQRA 1RILA 2YNFB 4EO8A 3OS1A 3DRRB 5KG4A 4NRUA 5J2QA 1XC9A 4J2BA 3CJ0A 2OZMA 3NF8A 4FK2A 1J54A 3Q8SB 1WAFA 2IS3A 2R7YA 4CECA 4DS4A 1HMVA 2G8HA 1SL1A 1HARA 1C1CA 1RTHB 2D3ZA 1MU2B 3EPGA 2UUWA 5HBMA 1J53A 1EETA 4JS4A 2A1SA 3TAGA 4CJSA 3V9XA 4CGFA 2BE2B 4Z4EA 4KO0B 3V9SA 3FQLA 2FLNA 4DS5A 4K8ZA 2YKMB 1KVAA 4N76A 5F8MA 4K4WA 4ZPCA 4KSEB 4M3TA 4RW9A 5EDWA 3EYZA 1GX5A 3NF6A 2GIQA 4HUEA 3JSMA 1VRUA 3OLBA 4OPJA 3CM6A 4ED7A 4KV8A 1S6QA 2FVQA 4Q0BA 1HRHA 1S97A 4F4XA 5KFKA 1BI4A 2P5OA 4G1QA 2HNYB 1S9FA 4CK1A 3RTVA 1EKEA 3OS0A 4H4OB 3SCXA 3EPIA 1NHVA 5KFSA 4ZHRB 2X6SA 4CJFA 3F73A 3KLHA 3ITHB 3AVAA 2JC1A 1TP7A 5DQIA 5F8NA 4AILC 2VA2A 4R8UB 4CEFA 4DEZA 3CJ5A 2P1JA 2YNFA 3GIJA 3DRRA 1BHLA 1N5YB 4EYHB 2UVWA 5KFJA 2I5JB 4LQ3A 3P5JA 3BQ1A 5J1EB 2DFFA 4CHOA 1Z4UA 4CF2A 1NKEA 1XR5A 1CLQA 2FLPA 4RW6B 2JGUA 2Q3SA 1RTHA 4DQQA 4WXOA 1MU2A 4CJUA 4O3OA 2W9BB 4F4ZA 4RUCA 4QWEA 4DU3A 4K8XA 2W7PA 2BE2A 4FLWA 4KO0A 1RT2B 5D3GB 4WZMA 3QZ8A 4PQUB 4Q43A 2YKMA 3H98A 2VG5B 2BANB 4AHRA 4WFZA 3SNNA 1QQCA 3M8PB 1DTQB 4IDKB 3L2WA 3FRZA 3FDSA 4NLYA 1TKXB 2XCAA 5KT6A 3H4BA 1LV5A 4JRPA 5DMRA 2HNYA 2BRLA 3CVKA 1I3AA 4H4OA 3NGIA 3I8DA 2HHQA 4MIAA 5KFMA 3IN5A 3IRXB 3KTQA 3MAQA 4ZHRA 3DLRA 4HCBA 1FKOB 2BRKA 2GC8A 4KPYA 3ITHA 1ZETA 3H08A 3NF7A 4CGHA 1YVFA 1W25A 4R8UA 4K4SA 1KLMB 4CF0A 1Y97A 4DFMA 5KT7A 4KTZA 4XPEA 1JXBA 1N5YA 4BE2A 2I5JA 2YNGB 4CEEA 5K14B 3I5AA 3NCIA 1N6QB 1RT6B 2X78A 4CJLA 3TAEA 5KT2A 5J1EA 3QETA 2A1RA 2PYJA 4RW6A 1IH7A 3DLEB 1J9AA 3AO4A 4B9LA 2W9BA 1XHXA 4B08A 1RTJB 5JS1A 3QGHA 4E19A 3BSOA 1RTDB 1X9SA 1JLCA 3OLAA 4ELTA 2HB5A 3ZSZA 3ULDA 2ETJA 4DSLA 2Z1JA 3DDKA 3AVKA 1RT2A 5D3GA 4PQUA 2D0AA 3T5LA 5F8HA 4EZ6A 4NLUA 2VG5A 2BANA 3IGVA 4JLHA 4BE1A 4CHPA 3QEIA 2XY7A 1C0UB 3M8PA 1DTQA 4IDKA 2ALZA 5CY4A 1RBUA 4LH4A 1B9DA 4KHRA 4E0DA 1TKXA 3PW4A 4RZRA 4CJQA 4UQGA 4YMEA 5KG1A 4LY7A 1VSFA 2XY5A 4CF8A 3OL7A 3PJWA 4F4YA 3SI6A 2HAIA 1LWEB 5L9XA 3IRXA 4OLAA 3RAXA 1FKOA 2WTFA 5KFQA 1RNHA 4CE9A 1BQMA 3SQ4A 4OVLA 2R8KA 1SL2A 1KLMA 2CKWA 3ZT0A 2KZMA 4B8CA 2ATQA 4XPCA 2P51A 2YNGA 4ID1A 5K14A 3UR0A 4CFCA 4MFBB 1N6QA 1RT6A 4B9SA 4FJHA 4DU1A 3H5XA 1BCOA 3H5UA 4ECYA 1SKWA 4EBDA 4JV0A 2VA3A 3DLEA 2IAJB 5HP1B 3LZIA 3VQ7A 3K5NA 2IDOA 2BGGA 1RTJA 4Q8EA 3MR2A 1RTDA 5DGBA 3PX0A 1JX4A 4L8RB 1KHVA 4FS2A 1C2PA 2V9WA 1KRPA 5KT5A 4MH8A 3G6VA 2C22A 1VSJA 2ITGA 4KHMA 3OYLA 5KFUA 4FK0A 2J6SA 1NJYA 1C0UA 3OSPA 4G3IA 5KG3A 4J2EA 3G6XA 3OSNA 1JLAB 3NKYA 4WFXA 3SUOA 2AGQA 2Z1IA 4TQRA 5CYQB 5DK5A 2FBYA 4U6PA 3V1QA 4FJGA 3KHGA 4HUGA 2IGIA 2AGPA 1NKCA 4R5PB 3QNOA 1S10A 4KHQA 2RDJA 4M3ZA 3MEGB 3CQ8A 2OZSA 4DL6A 4NYZA 5EWEA 4IKFA 1RT1B 4E1MA 2QK9A 4ZP7A 3SI8A 1YVUA 4DL7A 3PUFA 2QKKA 4NLGA 2OPQB 3D0PA 3NGYA 3LP1B 4MFBA 4FBTA 4DFPA 1Q8IA 3ZT3A 4LQ9A 3VN5A 4DQIA 2IAJA 5HP1A 1S1XB 4CIEA 1EXQA 4J2DA 4ECQA 2O4IA 2AX1A 3LAKA 2RPIA 3SQ0A 4HHTA 3VQ9A 1TL1B 4Z4HA 4OGEA 4FJNA 2V4QA 3OYNA 3DOKB 3V9UA 1JL1A 3BGRB 4B9UA 5CYMB 1RDRA 3H2LA 2XHBA 2ZKUA 1JLAA 2ZE2B 4CJ3A 3OYCA 4AHTA 3BREA 3EZ5A 3ZSRA 1R0AB 2KTQA 5CYQA 4H8KA 3HVRA 2W8KA 5L1LA 4F2SA 4O3PA 4NYNA 4M3YA 2HHSA 1TK5A 1GOBA 4R5PA 5F8IA 4E1NA 3OL8A 4RUAA 2HW3A 3MEGA 4E7IA 4FJ7A 1NOZA 3V6JA 1ZTTA 1RT1A 4TY9A 5KRTA 5EUHA 3KNAA 4CFDA 3Q8QB 2BQRA 2GV9A 4IFYB 1LAWA 2FBVA 1HJRA 2WHOA 3OYGA 3SV4A 2OPQA 4J9SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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