2YNGA

Hiv-1 reverse transcriptase in complex with inhibitor gsk560
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
560
structure length
560
Chain Sequence
NSPISPIETVPVKLKPGMDGPKVKQWPLTEEKIKALVEICTEMEKEGKISKIGPENPYNTPVFAIKKKDSTKWRKLVDFRELNKRTQDFWEVQLGIPHPAGLKKKKSVTVLDVGDAYFSVPLDEDFRKYTAFTIPSINNETPGIRYQYNVLPQGWKGSPAIFQSSMTKILEPFRKQNPDIVIYQYMDDLYVGSDLEIGQHRTKIEELRQHLLRWGLTTPDKKHQKEPPFLWMGYELHPDKWTVQPIVLPEKDSWTVNDIQKLVGKLNWASQIYPGIKVRQLCKLLRGTKALTEVIPLTEEAELELAENREILKEPVHGVYYDPSKDLIAEIQKQGQGQWTYQIYQEPFKNLKTGKYARMRGAHTNDVKQLTEAVQKITTESIVIWGKTPKFKLPIQKETWETWWTEYWQATWIPEWEFVNTPPLVKLWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNRGRQKVVTLTDTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDQSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m\:b_hxb2r
publication title Rational Design of Potent Non-Nucleoside Inhibitors of HIV-1 Reverse Transcriptase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords REVERSE TRANSCRIPTASE/RIBONUCLEASE H
total genus 168
structure length 560
sequence length 560
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00078 RVT_1 Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
A PF06815 RVT_connect Reverse transcriptase connection domain
A PF06817 RVT_thumb Reverse transcriptase thumb domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.10.10 Alpha Beta Roll HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 2yngA01
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2yngA04
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2yngA03
3.30.70.270 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Alpha-Beta Plaits Alpha-Beta Plaits 2yngA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2yngA05
3HL8A 3H5UA 3CFRA 2RDJA 3OS1A 2XY5A 3VQDA 1RTDB 2HVIA 4CEEA 3LAKA 4MFBA 5HROA 4NCGA 2IS3A 2DFEA 3GQCA 3OYMA 4CHNA 3NL0A 3M8RA 3HVTA 1R0AB 1VRTA 1XR5A 4QCLA 1J5OA 1ZBLA 4Q8FA 4NLSA 4HYKA 3KK1A 4IDKA 1T3NA 2HNDB 3TAQA 5C42A 1RBRA 4KB1A 4DU4A 4H8KA 3VQBA 3JSMB 4FCYA 2KZZA 2C22A 4PY5A 4M41A 2QV6A 1L3UA 4KHMA 1IKVB 4KREA 1X9MA 4MIAA 2AWZA 5CZ1A 2HHXA 3GIMA 4CJUA 4LSNB 3CYMA 3C6TB 1JLQB 1MU2A 1DLOB 3F9KA 2NUBA 1WSFA 2ZKUA 2D5RA 3EPGA 1HYZA 3LP0B 1VSLA 2OA8A 3H2LA 1EKEA 3FDSA 1HJRA 3MEDA 1TKZB 4FJMA 3ISND 1RT4B 4RNMA 2ILYA 2WTFA 1EP4B 2AX0A 1LWFA 1EX4A 3LANA 3THVA 4Q43A 3NE6A 1NKEA 2XY8A 3MR5A 1L5UA 4IR1A 4LH5A 5T14A 2BR0A 2HB5A 2FJVA 4IBNA 2W7PA 5KFNA 3FSIA 4CGGA 4Y2CA 2G8VA 4Z4EA 4IOBA 4K4UA 4Q0BA 3AA3A 3NGIA 4IKFA 1TKDA 3SZ2A 4YFUA 3PR4A 3RRGA 1RT3B 1KFSA 3OYLA 1GOBA 2KZMA 2X6NA 1Q9YA 4CJLA 1L3VA 3RR8A 1BQNB 2BE2A 5F9LA 1BCMA 4OGCA 5D3GB 4OKKA 5JS1A 4M3UA 5F8IA 3QEPA 4KHUA 1NK6A 5DK5A 1DTTB 4M94A 4FS1A 1ZBFA 4O3OA 4CIFA 1CLQA 3L2RA 2C2DA 4FBUA 1VRUA 1C0UA 1TV6A 5K14B 3DLRA 5HRNA 2HW3A 3T5JA 3KHHA 4DWIA 1Y97A 1KTQA 1JLAA 2YNFB 2E6MA 4AILC 3ZSXA 2XWYA 4ZVFA 5KFSA 3HP9A 4CJWA 3RBEA 1LWEB 3AVGA 5J2PA 4DSKA 2PZSA 2W9BB 1TK0A 1RTDA 5KT4A 4CJEA 5DQHA 3DOLB 1WAFA 2WOMB 1WN7A 3QETA 2VG6B 2E9TA 3ICLA 3KHLA 3VA3A 4IFVB 4WFYA 3IN5A 5KFKA 3DRSA 5KT7A 3NF7A 3KLIA 3VA0A 5SWMA 3LAMA 2FJXA 1QQCA 3NH2A 5FRMA 2XY7A 4IH7A 4N47A 2RKIB 2HNDA 4FVMA 4BDPA 4F3OA 1KSPA 1NJZA 2X74A 2PY5A 2HHTA 4MH8A 3AVFA 4RW7A 3SPZA 2IC3B 1S9GB 3JSMA 4CIEA 2ASJA 4KB0A 3LP2B 2GUIA 4FLZA 3NGDA 2Y1JA 1IKVA 1HYVA 3KOAA 4TSXA 3QNNA 4IG3B 3ZSYA 1SL1A 3C6TA 4NLUA 1JLQA 3H98A 1DLOA 4HUEA 2WB4A 5KFEA 3V6JA 2R8HA 3LP0A 2KFZA 4Z4HA 4ELVA 3V1QA 4J2AA 1ZBUA 4ED6A 3AA2A 2BGGA 5KFJA 3QIOA 3OYEA 3DDKA 2YNGA 1RT4A 3HSTB 3L2WA 2F8SA 3WNEA 2O4IA 3G0ZA 4ZP6A 1ASUA 1EP4A 3CJ2A 4NLRA 5JUMA 4BWJA 1SUQB 4ECYA 1ASWA 1TK8A 2DPJA 3CG7A 4ZP9A 3DLBA 3CWJA 4N76A 4E89A 5J1EB 2W9AA 3DRPB 3OYCA 4CERA 4DTXA 4RZRA 2HHQA 3MR6A 3I5BA 3NAIA 2R2RA 4F4ZA 3KK3A 4AHRA 4N5SA 1JX4A 3KD1E 4CF8A 1RT3A 3IRXB 4K4XA 2UVRA 4AHTA 3BSOA 3SFGA 4J9LA 4Q45A 1BQNA 1N6QA 1TL1A 5D3GA 4CEAA 5DLGA 5F8LA 4O3QA 1WNEA 1U09A 4KI4A 4N56A 4F8RA 3PV8A 2P5OA 1DTTA 1IO2A 4BE1A 3I8DA 5K14A 4IRKA 4K4SA 1L3TA 2BRKA 3TAGA 1RCHA 4G3IA 3EZ5A 2YNFA 1HNVB 4FS2A 1S1WB 4NLDA 4ED3A 2IM1A 4J9SA 1RBTA 1LWEA 3PO5A 4F4KA 2J6SA 2LSNA 4O4GB 2WOMA 3N6LA 5KFCA 2VG6A 4CJVA 4EO8A 1ZBHA 3HJFA 4PQUB 3PX4A 4IFVA 2KFNA 2BANB 3VQCA 5J2QB 4CJPA 4TYAA 3MECB 1A5VA 4CFAA 3ITHB 2BQ3A 4GW6A 3D0PA 2OPQB 4GVMA 3I0SB 2BRLA 3UR0A 3KKRA 2FVPA 4RUAA 4GC6A 4LSLA 1S9GA 2ATQA 3QIDA 1WSEA 3LP2A 3SPYA 3SJJA 3FQKA 3HT3A 2G8FA 2FBXA 4EZ6A 3CVKA 1JKHB 4OKEA 5KFHA 1QHTA 3MEGB 2E4LA 4DL7A 1XR6A 2OPPB 4QW9A 3DYAB 2D41A 4PUOB 4HTUA 4FZZA 2HHWA 4M3WA 4NLQA 3SQ1A 4CJFA 4Y34A 4EBDA 3KLFB 4DSFA 3DLEB 4QOZB 1Z4UA 1BGXT 4RNHA 1JLCB 4OJRA 1SUQA 2VG7B 3NBPA 2DTUA 4ZPAA 2JC0A 3CFPA 3KK2B 2GIRA 5I3UA 1D8YA 3QEIA 3DRPA 3G6XA 2AGOA 4K4VA 4MKBA 1U48A 1QAIA 1FXXA 3AVKA 1TK5A 2VA3A 2AQ4A 2OPRB 1W25A 1NKCA 5KFWA 4ICLB 1A5WA 4FM0A 3IRXA 4NLXA 3H5SA 4E0DA 4TYBA 4F4WA 1D9DA 4J9QA 2YNIB 1JXBA 3OHBA 3VN5A 4ED2A 1IKWA 4EP4A 4R5PB 4ZP8A 3SQ4A 1JIHA 1NK7A 3KLGB 3TABA 5F9NA 3CJ0A 4DLEA 3CQ8A 1X9SA 4E1MA 3AO1A 1HNVA 3V9WA 1S1WA 3MXJA 3PW4A 3V9SA 5CYQB 4JV0A 4KSEB 5DQGA 2WRMA 2V4RA 1S1VB 3DI6B 4O4GA 1Q8IA 1KRPA 1RT2A 1HYSB 1SV5B 3WNGA 2ZE2B 3QEXA 4CFBA 1FKOB 5KG1A 3OL7A 2G8UA 3HKWA 2BANA 3H59A 1S0NA 1T94A 5KT2A 5J2QA 4DQQA 3MECA 3MTKA 2B6AB 3ITHA 4FLUA 4HUFA 2BQUA 4ZVHA 4QWAA 1BISA 2GV9A 3LZJA 3OS0A 4W5QA 4W5TA 4O3SA 3AVJA 4ECQA 1WSJA 3Q8RB 1QE1A 1KCFA 1YT3A 4KHYA 1JKHA 4CF2A 3TAMA 2OPPA 1C1BB 4ZTJA 4CGJA 2FVCA 3H08A 4CEZA 5KT5A 4DL5A 1U04A 3OJUA 3PVXA 4XIUA 5KFMA 2IAJA 3G86A 4NYZA 3CM5A 3M9OB 3UDLA 5KFXA 3PJXA 3DLEA 2XI3A 1ZTTA 1UOCA 4LQ9A 1J9AA 3E51A 3SUNA 5KG5A 2VG7A 1S1UB 4JLHA 1WSGA 5CY4A 3QEWA 5KG6A 3KK2A 3AVAA 4YNQA 4W5NA 4Y1CA 4RW9B 2UUWA 2I5JB 3DLGA 4DLGA 4ZP7A 1XC9A 1S9EB 2I1RA 5KI6A 4DFPA 1GOCA 1QSLA 1RTJB 3DMJA 3QGHA 1S1XB 2WCXA 5DMRA 3RR7A 2OPRA 1JLFA 3OS2A 3K5MA 3M8PA 4FJ7A 4CGDA 3SCXA 1NK4A 4ID5B 2C2RA 4M3RA 2YNIA 5C24B 4U7CA 1Q9XA 4AHSA 3OVNA 3QESA 4R5PA 2ALZA 4Q8EA 4DQPA 2YHBA 2UUTA 1SH3A 4FLYA 1BIZA 2UVUA 3KLGA 1RTHA 4KO0B 4DFMA 1S5JA 4WFZA 1RILA 4CFCA 1RT1A 4RW6B 1SH2A 4OKJA 5KFYA 2W9CB 3S9HA 2DFFA 5HLFB 3BDPA 5KGWA 2YKMB 5CYQA 1S1VA 3DI6A 3NAHA 1S10A 1HQEB 1NK5A 4DS5A 4DSEA 5F8JA 4CHOA 1U47A 2OYQA 2F8TA 1SV5A 4O3NA 2ZE2A 2JGUA 3IS9A 3MF5A 1RBSA 1FKOA 3BGRB 3ZSQA 3SUPA 4IG0A 1S6QB 5L1JA 4M3TA 3RMDA 3EYZA 2IOCA 4K8ZA 3RMAA 2B6AA 4CHZA 3NFAA 3FFIB 4Z0UA 3IAYA 4CIGA 2O4GA 1UA1A 2HNZB 1HQUB 3NDKA 5FRNA 3QIPB 5L1LA 4RG8A 3P83D 3KLEB 5KT3A 4JS5A 3I5CA 2IBKA 4HVJA 3HP6A 5FDLB 4BACA 3CIZA 1KVCA 4KTZA 4DG1B 2OH2A 4DEZA 4Y2AA 2JEJA 4QAGA 3K59A 5KFIA 3T3FA 1C1BA 3CDWA 3OL8A 4CGIA 1D9FA 1TP7A 4B3OB 4M42A 4CK1A 3K5LA 4K4TA 3KHRA 3LZIA 4TN2A 4CEDA 1NOYA 4FJJA 3NF6A 1RDDA 3CJ3A 3VQEA 3KD5E 1LAWA 4ECVA 3NF8A 4ID1A 4KPYA 5T7BA 3KMSA 2JC1A 3UQSA 1S1UA 2IJNA 4U6PA 3QERA 2X6SA 4CF9A 4RW9A 1NKBA 4FM1A 3K57A 1N5YA 1S0MA 1S9EA 3OSPA 1RTJA 2XHBA 1S1XA 5KFUA 1K1SA 4CHPA 3UIQA 5J2MB 4KV8B 2HNYB 1VSJA 1R0AA 3GYNA 2Z1GA 4G1QB 2AX1A 4CECA 5KFGA 2IDOA 1U45A 5HBMB 5C24A 1VSKA 3NHGA 3NCIA 3RAXA 4CEBA 4K8XA 3SV4A 1Z25A 2ETJA 2Q3SA 5KFFA 4DTNA 3T1AA 3SUOA 4WE1B 4KAIA 4WYWA 4DL3A 1XR7A 3NH1A 5KFTA 4ED1A 2HHVA 2QKBA 4RW6A 2OZMA 4NYFA 1CXUA 1RT5B 1N4LA 2W9CA 3V1RA 4NLYA 3RRHA 4B8AB 1UAXA 4FZXC 4FLVA 5F8NA 5HLFA 4F2SA 4NZ0A 1UA0A 4LSNA 1C0MA 2YKMA 2XI2A 1BQMB 4NYNA 3G6VA 1NHUA 3D45A 4CE9A 2Z1IA 5EUHA 1N48A 1HQEA 4NLVA 4QWEA 3B6OA 3H4DA 4FYDA 1G15A 1JLEB 1OS5A 2HWIA 3BGRA 1TKZA 1XI1A 1S6QA 3VQPA 4J9RA 4X2BA 3VQ4A 3KMQA 5JS2A 4YP3A 1RAJA 5KFPA 3DLKB 2O5DA 5EU7A 3VQ8A 2QE5A 2HNZA 1HQUA 5DG8A 4FXDA 3V6KA 4ECXA 3ZT2A 4IFYB 3PY8A 2YV0X 3L3VA 4J9KA 4DG1A 2EX3A 1S6PB 5I42B 3KLVA 4C8NA 4N41A 4F50A 3RB0A 1KHVA 3TR8A 4W5OA 3ALYA 2C28A 5KFOA 4Q5VA 2ZD1B 1NHVA 4O44B 4MK7A 4MIBA 1JLGB 2AGPA 2PYLA 4KFBB 2AJQA 3NMAA 2IMWP 1ZBIA 4FZYA 1VK0A 2VWKA 3O3FA 1QSSA 5KRTA 3MEEB 1SKWA 1CSJA 4B9SA 4LQ3A 4FJ5A 3BQ1A 4DTSA 2FVSA 3AVHA 3RBDA 1RDCA 4DQSA 5J2NB 1IKXB 1VSIA 3L3UA 2W8KA 3AVBA 3Q8QB 4GC7A 3V9ZA 5SZTA 1J54A 3VQ5A 4CJQA 2W9BA 3DOLA 3DM2B 1B9DA 4FM2A 3TARA 4J9PA 3NGZA 3FRZA 4URGA 2IM3A 3H40A 1XWLA 4ZPCA 5HP1B 4KI6A 4WZQA 4B9MA 3IG1B 3OYGA 4F2RA 4G1QA 5HBMA 1BI4B 2B43A 4M3ZA 4YMEA 3MXIA 3OSNA 3OLAA 4AH9A 1TVRB 4KRFA 4ECRA 2RKIA 4FBTA 2B5JB 4CGHA 4ECWA 4RNFA 4WE1A 4AHUA 1UWBB 5L1IA 1N56A 2IC3A 2XCAA 5L9XA 2FLPA 1RT5A 4QWDA 3RB3A 4NRUA 4IG3A 3OYFA 2XGQA 4WXWA 4R0EA 4OVLA 1YTAA 4ZMMA 1BQMA 4KAZA 3OYKA 4IH6A 4DU3A 4XO0A 1S4FA 3M8QB 4ECSA 4KTQA 1JLEA 1JL2A 2FLLA 1EETB 3AVCA 4B9VA 4C8MA 3ZSZA 3L2QA 4DQIA 4J2BA 1WLJA 4HCCA 4B9NA 3JYTB 4XPEA 4K50A 3M8SA 2ASDA 1C1CB 4WYLA 3CDUA 3V81B 3HK2A 5J1EA 2RDIA 2X78A 3PHEA 1JL1A 1SKRA 3KLHB 3P1GA 3LDSA 4CGFA 3M9MB 1RYRA 1S6PA 5I42A 5L1KA 4NLTA 4Z4CA 4ZHRB 4I2PB 1NJWA 2E9RX 1HNIB 3AO4A 3OY9A 4O4RA 3SNNA 4C8OA 2ZD1A 4O0JA 4O44A 3SYZA 1JLGA 1RA7A 4NLPA 2D0BA 4OL8A 4ELUA 4KFBA 3MXMA 3C94A 4E7IA 3ZT1A 5CYMB 1I3AA 2RF2B 4DF4A 1QS4A 1YVUA 3HVAA 2R8JA 2Z1JA 3MEEA 4OPJA 4FLWA 3KIOA 2BDPA 3PX6A 4EBEA 1SL2A 4FJGA 2JLEA 1IH7A 1ZYQA 3QZ8A 5KFZA 3RMCA 2V9WA 2ATLA 4QWCA 1I39A 3VQSA 5J2NA 1IKXA 2R8GA 1KLMB 3AO3A 3HO1A 4IDKB 3OYAA 2W7OA 4KHQA 5C42B 3AO5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1J53 A;  1ITG A;  5KG0 A;  3PW2 A;  5HRS A;  1LWC A;  1BIU A;  1D5A A;  4JS4 A;  4FJ9 A;  3KK1 B;  5EDW A;  3U3G A;  1RBV A;  5KTQ A;  4OGE A;  3F73 A;  1RTH B;  4FK0 A;  3KKS A;  3H4B A;  5KFR A;  1RT1 B;  1TQL A;  4YR3 A;  4DTJ A;  3OYI A;  4TQR A;  1BHL A;  3QGI A;  1RA6 A;  4BWM A;  4J9N A;  3L2V A;  3O4N A;  2F96 A;  4O55 A;  1JXL A;  1MU2 B;  3HVR A;  1TL3 A;  4YR2 A;  2R7Y A;  1D0E A;  1ZTW A;  1TVR A;  4GMJ B;  3KJV A;  4LH4 A;  4TQS A;  1NJY A;  4RU9 A;  4NCA A;  2ILZ A;  3GIK A;  3RAQ A;  5FRO A;  3IS9 B;  5KG4 A;  1UWB A;  2AU0 A;  4MK9 A;  4IG0 B;  4EP5 A;  1KLN A;  1REV A;  4TY8 A;  1LW2 A;  5F8G A;  1LWF B;  2G8H A;  2VA2 A;  1RYS A;  4OLB A;  2VG5 A;  4ECT A;  1Z26 A;  1FK9 A;  1WAJ A;  3TQ1 A;  4EZ9 A;  1CZB A;  3LWM A;  3VQQ A;  2QXF A;  1RT7 A;  3RWU A;  1HAR A;  4KHN A;  4Q0B B;  5EWE A;  1QUV A;  4WZM A;  1TKT A;  4KTW A;  5KFB A;  1VSM A;  4QW8 A;  2R8K A;  4EYH B;  3RB6 A;  4FJ8 A;  3K5O A;  4HCB A;  2KW4 A;  2HHU A;  3V81 A;  3DRR A;  5KFV A;  3CO9 A;  4ZVG A;  4MQ3 A;  4H4M A;  3S3O A;  5KFQ A;  3T5L A;  2FVR A;  1KHW A;  2R2T A;  4B9U A;  5C25 A;  3RB4 A;  4QPX A;  1XHX A;  4CJ3 A;  3PO4 A;  4CFD A;  5KGX A;  1C0U B;  2J6T A;  1HNI A;  3VQ7 A;  1TV6 B;  3LPU A;  4PA1 A;  3NF9 A;  1N5Y B;  2EHG A;  4F4Y A;  1IKY A;  4NCB A;  1JLA B;  2DFH A;  3OJS A;  2V0N A;  3AA5 X;  3PW5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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